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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>8/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>General</em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
  81               and memory efficiency (~30x faster)
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
  85               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
  86               and other calculations
  87               <ul>
  88                 <li>
  89                   <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
  90                   files within the Jalview codebase
  91                 <li>
  92                   <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
  93                   Similarity may have different topology due to
  94                   increased precision
  95                 </li>
  96               </ul>
  97             </li>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 100               a calculation dialog box
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 104               model for alignments and groups
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 108               scripts
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views
 112               via Overview or sequence motif search operations
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 116               with alignment and overview windows
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 120               omitted in Overview
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 124               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 128               extension when importing structure files without embedded
 129               names or PDB accessions
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 133               opened by double clicking gaps within sequence feature
 134               extent
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 138               included in the example feature file
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 142               ungapped positions in each column of the alignment.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2533 -->File extension pruned from Sequence ID
 146               for sequences derived from structure files without
 147               embedded database accession
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 151               aligned positions were available to create a 3D structure
 152               superposition.
 153             </li>
 154             <li>
 155             <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional annotation input/output via stockholm flatfile
 156             </li>
 157
 158           </ul>
 159           <em>Application</em>
 160           <ul>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 163               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 164               the application.
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when
 168               there are not enough columns to superimpose structures in
 169               Chimera
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 173               file-based command exchange
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 177               cross-references provided by identifiers.org and the
 178               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 185               format sequence substitution matrices
 186             </li>
 187             <li>
 188             <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows Cached Structures rather than querying the PDBe if structures are already available for sequences
 189             </li>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 192               the Jalview project rather than downloaded again when the
 193               project is reopened.
 194             </li>
 195
 196           </ul>
 197           <em>Experimental features</em>
 198           <ul>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 201               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 202               features, and vice-versa.
 203             </li>
 204           </ul>
 205           <em>Applet</em>
 206           <ul>
 207             <li>
 208               <!--  -->
 209             </li>
 210           </ul>
 211           <em>Test Suite</em>
 212           <ul>
 213             <li>
 214               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 218               during tests
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 222               Uniprot REST Free Text Search Client
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!--  --> <em>Scripting</em>
 226               <ul>
 227                 <li>
 228                   <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing
 229                   and identifying file formats (instead of String
 230                   constants)
 231                 </li>
 232                 <li>
 233                   <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for efficiency when counting all displayed features (not backwards compatible with 2.10.1)
 234                 </li>
 235                 <li>
 236
 237                 </li>
 238
 239
 240               </ul>
 241           </ul>
 242         </div></td>
 243       <td><div align="left">
 244           <em>General</em>
 245           <ul>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 248               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 249               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 253               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 254               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 255               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 256               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 257               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 258               Jalview's PCAs were different to those produced by
 259               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 260               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 261               behaviour<br />
 262               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 263               2.10.1 mode<br />
 264               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 265               restore 2.10.2 mode
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected scaling
 269               of branch lengths for trees computed using Sequence
 270               Feature Similarity.
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 274               doesn't reselect a specific sequence's associated
 275               annotation after it was used for colouring a view
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 279               coloured in linked structure views
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 283               opened on a region of alignment without groups
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 287               of an alignment with overlapping groups
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 291               name and description match
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 295               hidden regions results in incorrect hidden regions
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 299               generating output report when working with highly
 300               redundant alignments
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with
 304               lightGray or darkGray via features file
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 308               erratically when hidden rows or columns are present
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 312               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 313               sequence colouring
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 317               colour and group colour menu for protein alignments
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 321               changing colour does not apply Conservation slider value
 322               to all groups
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 326               reflect currently selected view or group's shading
 327               thresholds
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 331               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 335               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 339               gaps before start of features
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 343               load
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 347               restored to UI when feature colour is edited
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 351               when rendered on overview and structures when opacity at
 352               100%
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 356               as graduate feature colour settings are modified via the
 357               dialog box
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 361               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 365               when a group defined on the alignment is resized
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 369               wrapped view result in positional status updates
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2563 -->Status bar shows position for ambiguous
 373               amino acid and nucleotide symbols
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 377               alignment included gapped columns
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 381               overview when features overlaid on alignment
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so widgets don't permanently disappear
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 388               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 389               T-Coffee column reliability scores)
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2589 -->Gap colours in user-defined colourschemes are not shown
 393             </li>
 394             <li><!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a sequence feature on gaps only</li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 397               right of selected region when gaps present on right-hand
 398               boundary
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 402               button from a Find inherit previously defined feature type
 403               rather than the Find query string
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 407               exporting tree calculated in Jalview
 408             </li>
 409             <li>
 410             <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures added after a sequence was imported are not written to Stockholm File
 411             </li>
 412             <li>
 413             <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost when importing RNA secondary structure via Stockholm
 414             </li>
 415             <li>
 416             <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {} not shown in correct direction for simple pseudoknots
 417             </li>
 418             <li>
 419             <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment and then revealing them reorders sequences on the alignment
 420             </li><li>
 421             <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings doesn't update to reflect available set of groups after interactively adding or modifying features
 422             </li>
 423             <li>
 424             <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on Linux
 425             </li>
 426             <li>
 427             <!-- JAL -->
 428             </li>
 429             <li>
 430             <!-- JAL -->
 431             </li>
 432             <li>
 433             <!-- JAL -->
 434             </li>
 435           </ul>
 436           <strong>Documentation</strong>
 437           <ul>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 440               with the built-in Java help viewer
 441             </li>
 442             <li><!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search sequence description' option</li>
 443           </ul>
 444           <em>Application</em>
 445           <ul>
 446             <li>
 447             <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser doesn't show available databases panel on Linux
 448             </li>
 449             <li><!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after release of Ensembl v.88</li>
 450             <li><!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour menu</li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 453               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 454               new documentation and tooltips added)
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 458               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 462               new features are added to alignment
 463             </li>
 464             <li>
 465             <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts changes to feature colours via the Amend features dialog
 466             </li>
 467             <li><!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to edit graduated feature colour via amend features dialog box</li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 470               selection menu changes colours of alignment views
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 474               appear enabled in Preferences->Connections
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 478               from alignment calculation workers after alignment has
 479               been closed
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 483               groups now 'Create Group'
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 487               Create/Undefine group doesn't always work
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 491               shown again after pressing 'Cancel'
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 495               removed from console output
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 499               when alignment view imported from project
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between structure
 503               and sequences extracted from structure files imported via
 504               URL and viewed in Jmol
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 508               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 509               the project is loaded and the structure viewed
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 513               adjusts start position in wrap mode
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 517               ambiguous amino acids
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes
 521               gaps in selection, current sequence and only within
 522               selected columns
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 526               Ensembl by Peptide ID
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 530               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 531               proteins
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2482 -->SIFTs mappings not created for some structures
 535             </li>
 536
 537
 538           </ul>
 539           <em>Applet</em>
 540           <ul>
 541             <li>
 542               <!-- JAL- -->
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 546               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 550               overview or linked structure view
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 554               work (since 2.8)
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 558               user-defined colourscheme doesn't restore original
 559               colourscheme
 560             </li>
 561           </ul>
 562           <em>New Known Issues</em>
 563           <ul>
 564             <li>
 565               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 566               phase after a sequence motif find operation
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 570               containing just upper and lower case letters are
 571               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 575               ortholog database
 576             </li>
 577           </ul>
 578           <em>Test Suite</em>
 579           <ul>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 582               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 586               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 587               problems with deep array comparison equality asserts in
 588               successive versions of TestNG
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 592               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 593             </li>
 594
 595           </ul>
 596         </div>
 597     <tr>
 598       <td width="60" nowrap>
 599         <div align="center">
 600           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 601         </div>
 602       </td>
 603       <td><div align="left">
 604           <em>General</em>
 605           <ul>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 608               for all consensus calculations
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 612               3rd Oct 2016)
 613             </li>
 614             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 615               for 2016-2017</li>
 616           </ul>
 617           <em>Application</em>
 618           <ul>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 621               set of database cross-references, sorted alphabetically
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 625               from database cross references. Users with custom links
 626               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 627                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 631               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 632               Chimera session
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 636               the Chimera it is connected to is shut down
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 640               columns menu item to mark columns containing highlighted
 641               regions (e.g. from structure selections or results of a
 642               Find operation)
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 646               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 647               MSAviewer
 648             </li>
 649           </ul>
 650         </div></td>
 651       <td>
 652         <div align="left">
 653           <em>General</em>
 654           <ul>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 657               are not coloured or thresholded according to percent
 658               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 662               hydrophobic
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 666               threshold, amino acid properties)
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 670               reported as mapped to residues in a structure file in the
 671               View Mapping report
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 675               could be added multiple times to a sequence
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 679               bond features shown as two highlighted residues rather
 680               than a range in linked structure views, and treated
 681               correctly when selecting and computing trees from features
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 685               cross-references are matched to database name regardless
 686               of case
 687             </li>
 688
 689           </ul>
 690           <em>Application</em>
 691           <ul>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 694               names without regular expressions also offer links from
 695               Sequence ID
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 699               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 700               update Jalview configuration
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 704               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 708               files with similarly named sequences if dropped onto the
 709               alignment
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 713               entries where more chains exist in the PDB accession than
 714               are reported in the SIFTS file
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 718               the structure view when displayed with Chimera
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 722               panel's View->Show Chains submenu
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 726               work for wrapped alignment views
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 730               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 734               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 735               first annotation row
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 739               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 743               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 744             </li>
 745             <!-- JAL-2319 -->
 746             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 747             coordindate data
 748             </li>
 749           </ul>
 750           <!--           <em>New Known Issues</em>
 751           <ul>
 752             <li></li>
 753           </ul> -->
 754         </div>
 755       </td>
 756     </tr>
 757     <td width="60" nowrap>
 758       <div align="center">
 759         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 760           <em>25/10/2016</em></strong>
 761       </div>
 762     </td>
 763     <td><em>Application</em>
 764       <ul>
 765         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 766           view if structures already loaded</li>
 767         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 768           structure views</li>
 769       </ul></td>
 770     <td>
 771       <div align="left">
 772         <em>General</em>
 773         <ul>
 774           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 775             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 776           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 777             example sequences/projects/trees</li>
 778         </ul>
 779         <em>Application</em>
 780         <ul>
 781           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 782             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 783           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 784             without timeout for structures with multiple models or
 785             multiple sequences in alignment</li>
 786           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 787             PDB ID HEADER line</li>
 788           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 789             is performed</li>
 790           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 791             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 792           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 793           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 794             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 795             option</li>
 796           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 797             is created on the alignment</li>
 798           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 799             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 800             pop-up menu</li>
 801         </ul>
 802         <em>Build and deployment</em>
 803         <ul>
 804           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 805             tags</li>
 806         </ul>
 807         <em>New Known Issues</em>
 808         <ul>
 809           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 810             on Windows</li>
 811         </ul>
 812       </div>
 813     </td>
 814     </tr>
 815     <tr>
 816       <td width="60" nowrap>
 817         <div align="center">
 818           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 819         </div>
 820       </td>
 821       <td><em>General</em>
 822         <ul>
 823           <li>
 824             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 825           </li>
 826           <li>
 827             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 828             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 829             better PDB parsing.
 830           </li>
 831           <li>
 832             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 833             reference sequence
 834           </li>
 835           <li>
 836             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 837             mousing over sequence associated annotation
 838           </li>
 839           <li>
 840             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 841             for manual entry
 842           </li>
 843           <li>
 844             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 845             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 846             for each column
 847           </li>
 848           <li>
 849             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 850             showing or hiding columns containing a feature
 851           </li>
 852           <li>
 853             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 854             group and sequence associated annotation labels
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 858             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 859             dialogs
 860           </li>
 861
 862         </ul> <em>Application</em>
 863         <ul>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 866             gene/transcript view
 867           </li>
 868           <li>
 869             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 870             dialog
 871           </li>
 872           <li>
 873             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 874             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 875           </li>
 876           <li>
 877             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 878             Pfam sources to xfam.org
 879           </li>
 880           <li>
 881             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 885             over sequences in Jalview
 886           </li>
 887           <li>
 888             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 889             regions in ENA and EMBL
 890           </li>
 891           <li>
 892             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 893             for record retrieval via ENA rest API
 894           </li>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 897             complement operator
 898           </li>
 899           <li>
 900             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 901             groovy script execution
 902           </li>
 903           <li>
 904             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 905             alignment window's Calculate menu
 906           </li>
 907           <li>
 908             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 909             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 910           </li>
 911           <li>
 912             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 913             calculation workers from groovy scripts
 914           </li>
 915           <li>
 916             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 917             Jalview projects
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 921             associations are now saved/restored from project
 922           </li>
 923           <li>
 924             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 925             before sequence fetcher is opened
 926           </li>
 927           <li>
 928             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 929             database chooser opens a sequence fetcher
 930           </li>
 931           <li>
 932             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 933             the UniProt REST API
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 937             the news reader opening
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 941             querying stored in preferences
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 945             search results
 946           </li>
 947           <li>
 948             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 949           </li>
 950           <li>
 951             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 952             menu for nucleotide sequences
 953           </li>
 954           <li>
 955             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 956             and feature counts preserves alignment ordering (and
 957             debugged for complex feature sets).
 958           </li>
 959           <li>
 960             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 961             viewing structures with Jalview 2.10
 962           </li>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 965             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 966             Ensembl Genomes REST API
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 970             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 971             (Ensembl)
 972           </li>
 973           <li>
 974             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 975             sequences
 976           </li>
 977           <li>
 978             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 979             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 980             data from external database records.
 981           </li>
 982           <li>
 983             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 984             efficient recovery of sequence coding and alignment
 985             annotation relationships.
 986           </li>
 987         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 988         <ul>
 989           <li>
 990             -- JAL---
 991           </li>
 992         </ul> --></td>
 993       <td>
 994         <div align="left">
 995           <em>General</em>
 996           <ul>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 999               menu on OSX
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1003               includes graduated colourschemes
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1007               working with big alignments and lots of hidden columns
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1011               at right of alignment window
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1015               contents
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1019               for DNA alignments
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1023               based tree calculation
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1027               unconserved enabled for group on alignment
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1031               set as reference
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1035               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1036               annotation
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1040               hidden columns present
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1044               user created annotation added to alignment
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1048               '()' base pair annotation
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1052               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1053               Consensus
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1057               feature not working
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1061               beginning of sequence
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1065               entry 3a6s
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1069               from a tree when t-coffee scores are shown
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1073               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1077               some structures
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1081               to Clustal, PIR and PileUp output
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1085               not visible causes alignment window to repaint
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1089               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1090               scores associated with features and annotation rows
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1094               calculation should be case independent
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1098               columns
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1102               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1103               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1107               problems when reference sequence defined and 'show
1108               non-conserved' enabled
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1112               load even when Consensus calculation is disabled
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1116               alignment does nothing
1117             </li>
1118           </ul>
1119           <em>Application</em>
1120           <ul>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1123               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1124               yet fixed for El Capitan)
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1128               output when running on non-gb/us i18n platforms
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1132               hidden sequences as flat-file alignment
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1136               launching Chimera
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1140               (also hotfix for 2.9.0b2)
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1144               reference sequence defined
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1148               alignments and views when revealing hidden columns
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1152               view in a cDNA/Protein splitframe
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1156               sequence from project when only one sequence is
1157               represented
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1161               in Structure Chooser
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1165               structure consensus didn't refresh annotation panel
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1169               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1173               dialogs format columns correctly, don't display array
1174               data, sort columns according to type
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1178               file chooser is cancelled during an image export
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1182               sequence name containing special characters
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1186               case insensitive
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1190               formatting don't wrap
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1194               truncated so L looks like I in consensus annotation
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1198               currently displayed features for the current selection or
1199               view
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1203               after fetching cross-references, and restoring from
1204               project
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1208               followed in the structure viewer
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1212               splitframe not restored from project
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1216               trailing end of protein alignment in transcript/product
1217               splitview when pad-gaps not enabled by default
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1221               is case dependent
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1225               article has been read (reopened issue due to
1226               internationalisation problems)
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1230               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1231               cross-references
1232             </li>
1233
1234             <li>
1235               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1236               alignment as HTML
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1240               multiple structures are shown for one or more sequences.
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1244               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1245               is enabled.
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1249               specific PDB id for sequence
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1253               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1254               columns' is disabled.
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1258               selects lowest rather than highest resolution structures
1259               for each sequence
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1263               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1267               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1271               after clicking on it to create new annotation for a
1272               column.
1273             </li>
1274             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1275             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1276           </ul>
1277           <em>Applet</em>
1278           <ul>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1281               hidden columns present before start of sequence
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1285               (JSON jars)
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1289               sequences are hidden in applet
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1293               deployment on examples pages.
1294             </li>
1295           </ul>
1296         </div>
1297       </td>
1298     </tr>
1299     <tr>
1300       <td width="60" nowrap>
1301         <div align="center">
1302           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1303             <em>16/10/2015</em></strong>
1304         </div>
1305       </td>
1306       <td><em>General</em>
1307         <ul>
1308           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1309             jars</li>
1310         </ul></td>
1311       <td>
1312         <div align="left">
1313           <em>Application</em>
1314           <ul>
1315             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1316               shown when tree is partitioned</li>
1317             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1318               multiple cDNA/Protein split views</li>
1319           </ul>
1320         </div>
1321       </td>
1322     </tr>
1323     <tr>
1324       <td width="60" nowrap>
1325         <div align="center">
1326           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1327             <em>8/10/2015</em></strong>
1328         </div>
1329       </td>
1330       <td><em>General</em>
1331         <ul>
1332           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1333             2.9</li>
1334         </ul> <em>Application</em>
1335         <ul>
1336           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1337           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1338           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1339         </ul> <em>Applet</em>
1340         <ul>
1341           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1342         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1343         <ul>
1344           <li>
1345             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1346             suite
1347           </li>
1348         </ul></td>
1349       <td>
1350         <div align="left">
1351           <em>General</em>
1352           <ul>
1353             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1354               incorrect when sequence start > 1</li>
1355             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1356               documentation</li>
1357             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1358             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1359               loading a features file containing HTML tags in feature
1360               description</li>
1361
1362           </ul>
1363           <em>Application</em>
1364           <ul>
1365             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1366               reimport</li>
1367             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1368               with 'trim retrieved sequences'</li>
1369             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1370               deleting selected columns</li>
1371             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1372               JNLP templates for webstart launch</li>
1373             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1374               unreleased structures for download or viewing</li>
1375             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1376               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1377             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1378               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1379             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1380               recovered from jalview project</li>
1381             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1382               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1383               alignment view</li>
1384             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1385               color schemes from BioJSON</li>
1386           </ul>
1387           <em>Applet</em>
1388           <ul>
1389             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1390               frame</li>
1391             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1392           </ul>
1393         </div>
1394       </td>
1395     </tr>
1396     <tr>
1397       <td><div align="center">
1398           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1399         </div></td>
1400       <td><em>General</em>
1401         <ul>
1402           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1403             alignments:
1404             <ul>
1405               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1406                 and DNA alignment views</li>
1407               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1408                 cDNA alignment views</li>
1409               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1410                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1411               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1412                 protein sequences</li>
1413             </ul>
1414           </li>
1415           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1416           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1417             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1418           <li>New alignment annotation file statements for
1419             reference sequences and marking hidden columns</li>
1420           <li>Reference sequence based alignment shading to
1421             highlight variation</li>
1422           <li>Select or hide columns according to alignment
1423             annotation</li>
1424           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1425           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1426             acid conservation row</li>
1427           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1428         </ul> <em>Application</em>
1429         <ul>
1430           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1431             <ul>
1432               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1433                 view with cDNA/Protein</li>
1434               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1435                 sequences are placed in the same alignment</li>
1436               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1437                 projects</li>
1438             </ul>
1439           </li>
1440
1441           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1442           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1443             Jalview windows</li>
1444
1445           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1446           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1447           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1448             be shown in VARNA</li>
1449
1450           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1451             as the active selected region</li>
1452
1453           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1454             similarity</li>
1455           <li>New Export options
1456             <ul>
1457               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1458                 region export in flat file generation</li>
1459
1460               <li>Export alignment views for display with the <a
1461                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1462
1463               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1464               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1465                 alignment figures to HTML</li>
1466           </li>
1467           <li>3D structure retrieval and display
1468             <ul>
1469               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1470                 Search API</li>
1471               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1472                 PDB structures for a sequence set</li>
1473             </ul>
1474           </li>
1475
1476           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1477             predictions</li>
1478           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1479             for one or a group of sequences</li>
1480           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1481             from the JPred4 web server</li>
1482           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1483             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1484             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1485           </li>
1486           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1487             VARNA 2D Structure'</li>
1488           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1489             Structure ..."</li>
1490
1491         </ul> <em>Applet</em>
1492         <ul>
1493           <li>New layout for applet example pages</li>
1494           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1495             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1496           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1497             Protein alignments</li>
1498         </ul> <em>Development and deployment</em>
1499         <ul>
1500           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1501           <li>Include installation type and git revision in build
1502             properties and console log output</li>
1503           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1504             storing BioJsMSA Templates</li>
1505           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1506         </ul></td>
1507       <td>
1508         <!-- <em>General</em>
1509         <ul>
1510         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1511         <ul>
1512           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1513           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1514           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1515             predictions are not highlighted in amber</li>
1516           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1517             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1518           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1519             associated structure views</li>
1520           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1521             width checkbox not enabled</li>
1522           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1523             creating user defined colours</li>
1524           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1525             mappings for just that viewer's sequences</li>
1526           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1527             multiple models in Chimera</li>
1528           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1529             over Jmol structure</li>
1530           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1531             output to text box</li>
1532           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1533             have incorrect sequence start/end</li>
1534           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1535             Jalview fails</li>
1536           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1537             work for nucleotide</li>
1538           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1539             to a grey/invisible alignment window</li>
1540           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1541             imports to different position</li>
1542           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1543             on some platforms</li>
1544           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1545             populated</li>
1546           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1547             console if Chimera has been opened</li>
1548           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1549           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1550             retrieved</li>
1551           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1552           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1553             either sequence shows on first structure</li>
1554           <li>'Show annotations' options should not make
1555             non-positional annotations visible</li>
1556           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1557             in right place after 'view flanking regions'</li>
1558           <li>File Save As type unset when current file format is
1559             unknown</li>
1560           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1561             projects</li>
1562           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1563             responsive</li>
1564           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1565             several views on same alignment</li>
1566           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1567           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1568             spaces</li>
1569         </ul> <em>Applet</em>
1570         <ul>
1571           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1572           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1573             descriptions containing angle brackets</li>
1574         </ul> <em>General</em>
1575         <ul>
1576           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1577             via jalview annotation file</li>
1578           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1579             with RNA secondary structure</li>
1580           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1581             translation doesn't work.</li>
1582           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1583           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1584             positions</li>
1585           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1586             choosing 1pt font</li>
1587           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1588             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1589             'h'</li>
1590           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1591             new feature</li>
1592           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1593             order dependent</li>
1594           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1595             sequences</li>
1596           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1597         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1598         <ul>
1599           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1600             www.jalview.org</li>
1601         </ul> <em>Application Known issues</em>
1602         <ul>
1603           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1604           <li>Misleading message appears after trying to delete
1605             solid column.</li>
1606           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1607             version launches</li>
1608           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1609             fails with a sequence mismatch</li>
1610           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1611             scrolling alignment to right</li>
1612           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1613             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1614           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1615             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1616           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1617             ultra-high resolution</li>
1618           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1619             quality and conservation</li>
1620           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1621             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1622         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1623         <ul>
1624           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1625           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1626             window is being resized</li>
1627
1628         </ul>
1629       </td>
1630     </tr>
1631     <tr>
1632       <td><div align="center">
1633           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1634         </div></td>
1635       <td><em>General</em>
1636         <ul>
1637           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1638             Certum.PL.</li>
1639           <li>Features and annotation preserved when performing
1640             pairwise alignment</li>
1641           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1642             imported/exported/displayed</li>
1643           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1644             protein secondary structure</li>
1645           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1646               post-hoc with 2.9 release</em>)
1647           </li>
1648
1649         </ul> <em>Application</em>
1650         <ul>
1651           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1652             with 3D structures</li>
1653           <li>Support for parsing RNAML</li>
1654           <li>Annotations menu for layout
1655             <ul>
1656               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1657               <li>place sequence annotation above/below alignment
1658                 annotation</li>
1659             </ul>
1660           <li>Output in Stockholm format</li>
1661           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1662             translation</li>
1663           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1664           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1665             shared between alignments</li>
1666           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1667             Jalview</li>
1668           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1669             all or current selection</li>
1670           <li>disorder and secondary structure predictions
1671             available as dataset annotation</li>
1672           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1673
1674
1675           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1676             alignments from Rfam</li>
1677           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1678
1679           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1680             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1681           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1682           <li>include installation type in build properties and
1683             console log output</li>
1684           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1685             annotation</li>
1686         </ul></td>
1687       <td>
1688         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1689         <ul>
1690           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1691             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1692           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1693             alignment</li>
1694           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1695           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1696           <li>Double click on sequence associated annotation
1697             selects only first column</li>
1698           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1699             leaves shown in tree</li>
1700           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1701             properly</li>
1702           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1703           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1704             screen and buttons not visible</li>
1705           <li>author list isn't updated if already written to
1706             Jalview properties</li>
1707           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1708             from database</li>
1709           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1710           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1711             browser search window</li>
1712           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1713             in feature settings dialog</li>
1714           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1715             desktop</li>
1716           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1717             pass validation</li>
1718           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1719             fit on screen</li>
1720           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1721             tooltip</li>
1722           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1723             defined user preset</li>
1724           <li>MSA web services warns user if they were launched
1725             with invalid input</li>
1726           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1727             Java 8</li>
1728           <li>
1729             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1730             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1731             created
1732           </li>
1733
1734         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1735         <ul>
1736         </ul> <em>General</em>
1737         <ul>
1738         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1739         <ul>
1740           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1741             memory allocation</li>
1742           <li>launchApp service doesn't automatically open
1743             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1744           <li>
1745             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1746             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1747             1.7_055 is available
1748           </li>
1749         </ul> <em>Application Known issues</em>
1750         <ul>
1751           <li>
1752             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1753             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1754             alignment to right
1755           </li>
1756           <li>
1757             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1758             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1759             with large number of ID
1760           </li>
1761           <li>
1762             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1763             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1764             start/end
1765           </li>
1766           <li>
1767             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1768             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1769             structure tracks are rearranged
1770           </li>
1771           <li>
1772             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1773             invalid rna structure positional highlighting does not
1774             highlight position of invalid base pairs
1775           </li>
1776           <li>
1777             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1778             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1779             project from alignment window file menu
1780           </li>
1781           <li>
1782             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1783             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1784             structures
1785           </li>
1786           <li>
1787             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1788             colour by RNA Helices not enabled when user created
1789             annotation added to alignment
1790           </li>
1791           <li>
1792             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1793             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1794           </li>
1795         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1796         <ul>
1797           <li>
1798             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1799             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1800           </li>
1801           <li>
1802             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1803             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1804           </li>
1805
1806           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1807             when selected</li>
1808         </ul>
1809       </td>
1810     </tr>
1811     <tr>
1812       <td><div align="center">
1813           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1814         </div></td>
1815       <td>
1816         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1817         <em>General</em>
1818         <ul>
1819           <li>Internationalisation of user interface (usually
1820             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1821           <li>Define/Undefine group on current selection with
1822             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1823           <li>Improved group creation/removal options in
1824             alignment/sequence Popup menu</li>
1825           <li>Sensible precision for symbol distribution
1826             percentages shown in logo tooltip.</li>
1827           <li>Annotation panel height set according to amount of
1828             annotation when alignment first opened</li>
1829         </ul> <em>Application</em>
1830         <ul>
1831           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1832             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1833           <li>Select columns containing particular features from
1834             Feature Settings dialog</li>
1835           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1836             sequences</li>
1837           <li>Update Jalview project format:
1838             <ul>
1839               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1840               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1841                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1842               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1843                 colouring</li>
1844             </ul>
1845           </li>
1846           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1847             (PAM250)</li>
1848           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1849             flanking regions for an alignment</li>
1850         </ul>
1851       </td>
1852       <td>
1853         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1854         <ul>
1855           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1856             running after job is cancelled</li>
1857           <li>cannot export features from alignments imported from
1858             Jalview/VAMSAS projects</li>
1859           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1860             float values</li>
1861           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1862             have 'display all symbols' flag set</li>
1863           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1864             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1865           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1866             Jalview</li>
1867           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1868             Lion/Webstart</li>
1869           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1870           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1871           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1872             alignment onto desktop</li>
1873           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1874             'extract scores' function</li>
1875           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1876             alignment window</li>
1877           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1878             performing IUPred disorder prediction</li>
1879           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1880             changing 'normalise logo' display setting</li>
1881           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1882             nothing matches query</li>
1883           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1884             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1885           </li>
1886           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1887             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1888           </li>
1889           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1890             Jalview's menu</li>
1891           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1892             'invalid literal/length code'</li>
1893           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1894             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1895           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1896             colourscheme</li>
1897
1898         </ul> <em>Applet</em>
1899         <ul>
1900           <li>Remove group option is shown even when selection is
1901             not a group</li>
1902           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1903             don't affect groups</li>
1904           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1905             colourscheme name</li>
1906           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1907             Annotation panel is not displayed</li>
1908           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1909             embedded windows</li>
1910         </ul> <em>Other</em>
1911         <ul>
1912           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1913             single sequence were not calculated</li>
1914           <li>annotation files that contain only groups imported as
1915             annotation and junk sequences</li>
1916           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1917             recognised as PFAM or BLC</li>
1918           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1919             doesn't affect background (2.8.0b1)
1920           <li></li>
1921           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1922           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1923             trailing gaps</li>
1924           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1925             registered correctly on import</li>
1926           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1927             certain alignments</li>
1928           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1929             existing annotation based 'use original colours'
1930             colourscheme loses original colours setting</li>
1931         </ul>
1932       </td>
1933     </tr>
1934     <tr>
1935       <td><div align="center">
1936           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1937             <em>30/1/2014</em></strong>
1938         </div></td>
1939       <td>
1940         <ul>
1941           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1942             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1943             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1944             open source project).
1945           </li>
1946           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
1947           <li>Output in Stockholm format</li>
1948           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1949           <li>Export/import group and sequence associated line
1950             graph thresholds</li>
1951           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1952             ambiguity codes</li>
1953           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1954             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1955             works</li>
1956           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1957         </ul> <em>Other improvements</em>
1958         <ul>
1959           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1960           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1961             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1962           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1963             files</li>
1964           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1965           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1966             link but no description</li>
1967           <li>Select primary source when selecting authority in
1968             database fetcher GUI</li>
1969           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1970             Jalview</li>
1971           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1972         </ul>
1973       </td>
1974       <td>
1975         <ul>
1976           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1977             displayed</li>
1978           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1979             secondary structure annotation line</li>
1980           <li>Sequence database accessions not imported when
1981             fetching alignments from Rfam</li>
1982           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1983             identical IDs</li>
1984           <li>View all structures does not always superpose
1985             structures</li>
1986           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1987             reflect user or preset settings</li>
1988           <li>Null pointer exceptions for some services without
1989             presets or adjustable parameters</li>
1990           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1991             discover PDB xRefs</li>
1992           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1993             features with DAS</li>
1994           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1995             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1996           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1997             residue follows a gap</li>
1998           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1999             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2000           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2001             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2002           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2003             annotation already exists on alignment</li>
2004           <li>oninit javascript function should be called after
2005             initialisation completes</li>
2006           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2007             alignment window display</li>
2008           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2009           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2010             to annotation file</li>
2011           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2012             groups created</li>
2013           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2014             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2015           <li>Pressing return several times causes Number Format
2016             exceptions in keyboard mode</li>
2017           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2018             correct partitions for input data</li>
2019           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2020           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2021           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2022           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2023             mode</li>
2024           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2025             changes one row&#39;s threshold</li>
2026           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2027             doesn&#39;t open</li>
2028           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2029             quality histograms</li>
2030         </ul>
2031       </td>
2032     </tr>
2033     <tr>
2034       <td><div align="center">
2035           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2036         </div></td>
2037       <td><em>Application</em>
2038         <ul>
2039           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2040             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2041           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2042             preferences</li>
2043           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2044             in Jalview alignment window</li>
2045           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2046             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2047           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2048             RNA and ambiguity codes</li>
2049
2050           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2051           <li>Support fetching and database reference look up
2052             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2053             refs')</li>
2054           <li>Jalview project improvements
2055             <ul>
2056               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2057                 flag for annotation</li>
2058               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2059                 alignment</li>
2060               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2061                 Jalview project</li>
2062
2063             </ul>
2064           </li>
2065           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2066           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2067             running</li>
2068           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2069           <li>visual indication that web service results are still
2070             being retrieved from server</li>
2071           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2072             starts up for first time</li>
2073           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2074             services</li>
2075           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2076             client library</li>
2077           <li>Examples directory and Groovy library included in
2078             InstallAnywhere distribution</li>
2079         </ul> <em>Applet</em>
2080         <ul>
2081           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2082             visualization applet example</li>
2083         </ul> <em>General</em>
2084         <ul>
2085           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2086           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2087             defaults</li>
2088           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2089             calculation</li>
2090           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2091             matrices
2092           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2093             in HTML</li>
2094           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2095             structure contacts</li>
2096           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2097           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2098           <li>Parse sequence associated secondary structure
2099             information in Stockholm files</li>
2100           <li>HTML Export database accessions and annotation
2101             information presented in tooltip for sequences</li>
2102           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2103             style RNA alignment files</li>
2104           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2105             alignment</li>
2106           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2107             shade each sequence according to its associated alignment
2108             annotation</li>
2109           <li>New Jalview Logo</li>
2110         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2111         <ul>
2112           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2113           <li>New Website!</li>
2114         </ul></td>
2115       <td><em>Application</em>
2116         <ul>
2117           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2118             wsdbfetch REST service</li>
2119           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2120           <li>Filetype associations not installed for webstart
2121             launch</li>
2122           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2123             job execution in full once it is complete</li>
2124           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2125             uploaded via ali_file parameter</li>
2126           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2127           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2128           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2129             submitted for prediction</li>
2130           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2131             desktop window</li>
2132           <li>Putting fractional value into integer text box in
2133             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2134           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2135             windows 7</li>
2136           <li>View all structures fails with exception shown in
2137             structure view</li>
2138           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2139             escaped in a platform independent way</li>
2140           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2141             using proxy</li>
2142           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2143             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2144           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2145             failure when java web start temporary file caching is
2146             disabled</li>
2147           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2148             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2149           <li>Errors during processing of command line arguments
2150             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2151           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2152             DAS sources in sequence fetcher</li>
2153           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2154             dialog is shown</li>
2155           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2156           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2157           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2158           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2159             on OSX Mountain Lion</li>
2160           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2161             sequences with alignment annotation are pasted into the
2162             alignment</li>
2163           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2164             when loaded from Jalview project</li>
2165           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2166           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2167             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2168           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2169             associated with all views</li>
2170           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2171             annotation rows to new window</li>
2172         </ul> <em>Applet</em>
2173         <ul>
2174           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2175             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2176           <li>loading features via javascript API automatically
2177             enables feature display</li>
2178           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2179             work</li>
2180         </ul> <em>General</em>
2181         <ul>
2182           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2183           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2184             and then deselected</li>
2185           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2186           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2187             coloured with clustalx</li>
2188           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2189             exceptions and redraw errors</li>
2190           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2191             reconfigured view</li>
2192           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2193             colour</li>
2194           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2195             for lots of labels</li>
2196         </ul>
2197     </tr>
2198     <tr>
2199       <td>
2200         <div align="center">
2201           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2202         </div>
2203       </td>
2204       <td><em>Application</em>
2205         <ul>
2206           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2207           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2208           <li>View/alignment association menu to enable user to
2209             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2210             its colours/correspondences from</li>
2211           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2212           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2213             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2214           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2215           <li>Annotation row column label formatting attributes
2216             stored in project file</li>
2217           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2218             rows preserved in Jalview project file</li>
2219           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2220             saved using Desktop window menu</li>
2221           <li>Visual indication that command line arguments are
2222             still being processed</li>
2223           <li>Groovy script execution from URL</li>
2224           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2225             preferences</li>
2226           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2227             alignment with sequences that have high similarity and
2228             matching IDs</li>
2229           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2230           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2231             structures in same window</li>
2232           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2233           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2234             analysis function in its own submenu</li>
2235         </ul> <em>Applet</em>
2236         <ul>
2237           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2238             groups</li>
2239           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2240           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2241           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2242           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2243           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2244             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2245           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2246           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2247             parameters are treated as such</li>
2248           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2249             <ul>
2250               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2251               <li>Javascript callbacks for
2252                 <ul>
2253                   <li>Applet initialisation</li>
2254                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2255                 </ul>
2256               </li>
2257               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2258                 functions</li>
2259               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2260               <li>javascript structure viewer harness to pass
2261                 messages between Jmol and Jalview when running as
2262                 distinct applets</li>
2263               <li>sortBy method</li>
2264               <li>Set of applet and application examples shipped
2265                 with documentation</li>
2266               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2267                 javascript message exchange</li>
2268             </ul>
2269         </ul> <em>General</em>
2270         <ul>
2271           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2272             multiple alignments</li>
2273           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2274           <li>User configurable link to enable redirects to a
2275             www.Jalview.org mirror</li>
2276           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2277           <li>Configurable newline string when writing alignment
2278             and other flat files</li>
2279           <li>Allow alignment annotation description lines to
2280             contain html tags</li>
2281         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2282         <ul>
2283           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2284             examples</li>
2285           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2286             using a web service before displaying the result in the
2287             Jalview desktop</li>
2288           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2289           <li>Ant target to publish example html files with applet
2290             archive</li>
2291           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2292           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2293         </ul></td>
2294       <td><em>Application</em>
2295         <ul>
2296           <li>User defined colourscheme throws exception when
2297             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2298           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2299             dialog for valid filename/format</li>
2300           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2301           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2302             P37173</li>
2303           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2304             which sequence is to be associated with the file</li>
2305           <li>Find All raises null pointer exception when query
2306             only matches sequence IDs</li>
2307           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2308           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2309             2.4 cannot be loaded</li>
2310           <li>Filetype associations not installed for webstart
2311             launch</li>
2312           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2313             with sequences in different alignments do not get coloured
2314             by their associated sequence</li>
2315           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2316             not preserved when project is loaded</li>
2317           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2318             stored in Jalview project</li>
2319           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2320             Jalview project</li>
2321           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2322           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2323             by conservation</li>
2324           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2325             created on new view</li>
2326           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2327             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2328           <li>Alignment quality not updated after alignment
2329             annotation row is hidden then shown</li>
2330           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2331             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2332           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2333             properly</li>
2334           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2335             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2336           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2337           <li>Structures imported from file and saved in project
2338             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2339           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2340             job execution in full once it is complete</li>
2341         </ul> <em>Applet</em>
2342         <ul>
2343           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2344             annotation rows are displayed</li>
2345           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2346             codebase</li>
2347           <li>View follows highlighting does not work for positions
2348             in sequences</li>
2349           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2350           <li>Export features raises exception when no features
2351             exist</li>
2352           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2353             for javascript api is modified when separator string
2354             provided as parameter</li>
2355           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2356             alignment with no existing selection</li>
2357           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2358             to applet&#39;s codebase</li>
2359           <li>Status bar not updated after finished searching and
2360             search wraps around to first result</li>
2361           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2362             several Jalview applets causes race conditions and memory
2363             leaks</li>
2364           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2365             not sent from Jmol in applet</li>
2366           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2367             applet API fatally hang browser</li>
2368         </ul> <em>General</em>
2369         <ul>
2370           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2371             position with wrapped view and hidden regions</li>
2372           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2373             with/without hidden columns</li>
2374           <li>Sequence length given in alignment properties window
2375             is off by 1</li>
2376           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2377             import PDB like structure files</li>
2378           <li>Positional search results are only highlighted
2379             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2380           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2381           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2382             given sequence position</li>
2383           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2384             output</li>
2385           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2386             from nucleotide chains correctly</li>
2387           <li>Structure colours not updated when tree partition
2388             changed in alignment</li>
2389           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2390             parsed in interleaved stockholm</li>
2391           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2392             state</li>
2393           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2394             properly</li>
2395           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2396             properly associated with their pdb files</li>
2397         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2398         <ul>
2399           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2400             ApplyCopyright tool</li>
2401         </ul></td>
2402     </tr>
2403     <tr>
2404       <td>
2405         <div align="center">
2406           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2407         </div>
2408       </td>
2409       <td><em>Application</em>
2410         <ul>
2411           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2412             contact web services</li>
2413           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2414             service job window</li>
2415           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2416         </ul></td>
2417       <td>
2418         <ul>
2419           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2420             pir file emitted by Jalview</li>
2421           <li>Existing feature settings transferred to new
2422             alignment view created from cut'n'paste</li>
2423           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2424             parsing PDB files</li>
2425           <li>Consensus and conservation annotation rows
2426             occasionally become blank for all new windows</li>
2427           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2428             in wrapped view mode</li>
2429         </ul> <em>Application</em>
2430         <ul>
2431           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2432             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2433           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2434             parameter names</li>
2435           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2436             is down</li>
2437         </ul>
2438       </td>
2439     </tr>
2440     <tr>
2441       <td>
2442         <div align="center">
2443           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2444         </div>
2445       </td>
2446       <td><em>Application</em>
2447         <ul>
2448           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2449             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2450             (JABAWS)
2451           </li>
2452           <li>Web Services preference tab</li>
2453           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2454             preferences</li>
2455           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2456           <li>Superpose structures using associated sequence
2457             alignment</li>
2458           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2459             viewer</li>
2460         </ul> <em>Applet</em>
2461         <ul>
2462           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2463             link out mechanism</li>
2464         </ul> <em>Other</em>
2465         <ul>
2466           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2467             series 12</li>
2468           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2469             require Java 1.5</li>
2470           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2471             sequence annotation files</li>
2472           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2473             type colour specification</li>
2474           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2475             script to check if it being run in an interactive session or
2476             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2477         </ul></td>
2478       <td>
2479         <ul>
2480           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2481             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2482         </ul> <em>Application</em>
2483         <ul>
2484           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2485             selected Regions menu item</li>
2486           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2487             part of a valid accession ID</li>
2488           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2489             runs out of memory</li>
2490           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2491             analysis results</li>
2492           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2493             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2494           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2495         </ul> <em>Applet</em>
2496         <ul>
2497           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2498             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2499             defined.</li>
2500         </ul>
2501       </td>
2502     </tr>
2503     <tr>
2504       <td>
2505         <div align="center">
2506           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2507         </div>
2508       </td>
2509       <td></td>
2510       <td>
2511         <ul>
2512           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2513             sequence IDs</li>
2514           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2515             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2516           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2517             import correctly</li>
2518           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2519             number of columns are hidden</li>
2520           <li>annotation label popup menu not providing correct
2521             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2522             present</li>
2523           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2524             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2525           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2526             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2527
2528         </ul> <em>Applet</em>
2529         <ul>
2530           <li>annotation panel disappears when annotation is
2531             hidden/removed</li>
2532         </ul> <em>Application</em>
2533         <ul>
2534           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2535             alignment opened where annotation panel is visible but no
2536             annotations are present on alignment</li>
2537           <li>pasted region containing hidden columns is
2538             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2539           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2540             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2541           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2542             selected Rregions menu item.</li>
2543           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2544             'Un' or 'Non'conserved</li>
2545           <li>Sequence feature settings are being shared by
2546             multiple distinct alignments</li>
2547           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2548             changed</li>
2549           <li>double click on group annotation to select sequences
2550             does not propagate to associated trees</li>
2551           <li>Mac OSX specific issues:
2552             <ul>
2553               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2554                 window background</li>
2555               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2556                 name set correctly</li>
2557               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2558                 save feature colourscheme button</li>
2559             </ul>
2560           </li>
2561         </ul>
2562       </td>
2563     </tr>
2564     <tr>
2565
2566       <td>
2567         <div align="center">
2568           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2569         </div>
2570       </td>
2571       <td><em>New Capabilities</em>
2572         <ul>
2573           <li>URL links generated from description line for
2574             regular-expression based URL links (applet and application)
2575
2576           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2577             menu</li>
2578           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2579             structures</li>
2580           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2581             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2582           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2583             average score or total feature count for each sequence.</li>
2584           <li>Shading features by score or associated description</li>
2585           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2586             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2587           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2588             hide everything but the currently selected region.</li>
2589           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2590         </ul> <em>Application</em>
2591         <ul>
2592           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2593             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2594           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2595             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2596           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2597             database references and protein_name is parsed as
2598             description line (BioSapiens terms).</li>
2599           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2600             references in sequence ID tooltip from View menu in
2601             application.</li>
2602           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2603       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2604           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2605             conservation plots</li>
2606           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2607             and visualized as sequence logos</li>
2608           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2609             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2610           </li>
2611           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2612             when a new tree is opened.</li>
2613           <li>Jalview Java Console</li>
2614           <li>Better placement of desktop window when moving
2615             between different screens.</li>
2616           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2617             consensus annotation</li>
2618           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2619             Workflows</li>
2620           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2621             <ul>
2622               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2623                 used to preserve views, structures, and tree display
2624                 settings)</li>
2625               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2626                 command line</li>
2627               <li>Sharing of selected regions between views and
2628                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2629               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2630             </ul></li>
2631         </ul> <em>Applet</em>
2632         <ul>
2633           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2634           <li>New Parameters
2635             <ul>
2636               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2637                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2638                 opened.</li>
2639               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2640                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2641               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2642                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2643               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2644                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2645                 view</li>
2646               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2647                 increase the height or width of a cell in the alignment
2648                 grid relative to the current font size.</li>
2649             </ul>
2650           </li>
2651           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2652             tooltip</li>
2653         </ul> <em>Other</em>
2654         <ul>
2655           <li>Features format: graduated colour definitions and
2656             specification of feature scores</li>
2657           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2658             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2659             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2660           <li>XML formats extended to support graduated feature
2661             colourschemes, group associated annotation, and profile
2662             visualization settings.</li></td>
2663       <td>
2664         <ul>
2665           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2666             rather than description</li>
2667           <li>Non-positional features are now included in sequence
2668             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2669             visibility in tooltip).</li>
2670           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2671           <li>Added URL embedding instructions to features file
2672             documentation.</li>
2673           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2674             'X' in peptide product</li>
2675           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2676             sequence ID and sequence string and query strings do not
2677             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2678           <li>AMSA files only contain first column of
2679             multi-character column annotation labels</li>
2680           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2681             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2682             exported and re-imported)</li>
2683           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2684             name</li>
2685           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2686             as subsequence matches, and correctly reports total number
2687             of both.</li>
2688           <li>Application:
2689             <ul>
2690               <li>Better handling of exceptions during sequence
2691                 retrieval</li>
2692               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2693                 link text excludes the start_end suffix</li>
2694               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2695                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2696               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2697               <li>Sequence description lines properly shared via
2698                 VAMSAS</li>
2699               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2700                 data sources</li>
2701               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2702                 completes before alignment figures are generated.</li>
2703               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2704                 first time.</li>
2705               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2706                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2707               <li>User defined group colours properly recovered
2708                 from Jalview projects.</li>
2709             </ul>
2710           </li>
2711         </ul>
2712       </td>
2713
2714     </tr>
2715     <tr>
2716       <td>
2717         <div align="center">
2718           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2719         </div>
2720       </td>
2721       <td>
2722         <ul>
2723           <li>Experimental support for google analytics usage
2724             tracking.</li>
2725           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2726         </ul>
2727       </td>
2728       <td>
2729         <ul>
2730           <li>Race condition in applet preventing startup in
2731             jre1.6.0u12+.</li>
2732           <li>Exception when feature created from selection beyond
2733             length of sequence.</li>
2734           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2735           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2736             all sequences with a given id</li>
2737           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2738             ID string searches</li>
2739           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2740             alignment to fail with exception</li>
2741         </ul> <em>Application Issues</em>
2742         <ul>
2743           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2744           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2745             data sources</li>
2746         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2747         <ul>
2748           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2749             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2750           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2751             version (java class versioning error fixed)</li>
2752         </ul>
2753       </td>
2754     </tr>
2755     <tr>
2756       <td>
2757
2758         <div align="center">
2759           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2760         </div>
2761       </td>
2762       <td><em>User Interface</em>
2763         <ul>
2764           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2765             translation and protein products</li>
2766           <li>Linked highlighting of structure associated with
2767             residue mapping to codon position</li>
2768           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2769             and 'clear' button</li>
2770           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2771             Tools menu</li>
2772           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2773             numeric data in description line</li>
2774           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2775           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2776             of sequence</li>
2777         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2778         <ul>
2779           <li>JPred3 web service</li>
2780           <li>Prototype sequence search client (no public services
2781             available yet)</li>
2782           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2783             PFAM</li>
2784           <li>URL Links created for matching database cross
2785             references as well as sequence ID</li>
2786           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2787         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2788         <ul>
2789           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2790             databases</li>
2791           <li>Generalised database reference retrieval and
2792             validation to all fetchable databases</li>
2793           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2794             sequence command</li>
2795         </ul> <em>Import and Export</em>
2796         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2797         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2798           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2799         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2800           File</li>
2801         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2802           triplet as name of colourscheme</li>
2803         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2804         <ul>
2805           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2806           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2807             alignments (experimental)</li>
2808           <li>Create new or select existing session to join</li>
2809           <li>load and save of vamsas documents</li>
2810         </ul> <em>Application command line</em>
2811         <ul>
2812           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2813             from applet)</li>
2814           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2815             of DAS servers to query for alignment features</li>
2816           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2817             that are also automatically queried for features</li>
2818           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2819             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2820         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2821         <ul>
2822           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2823             application (when using &quot;View in full
2824             application&quot;)</li>
2825         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2826         <ul>
2827           <li>feature group display control parameter</li>
2828           <li>debug parameter</li>
2829           <li>showbutton parameter</li>
2830         </ul> <em>Applet API methods</em>
2831         <ul>
2832           <li>newView public method</li>
2833           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2834           <li>Feature display control methods</li>
2835           <li>get list of currently selected sequences</li>
2836         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2837         <ul>
2838           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2839           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2840             Jalview release.</li>
2841           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2842             property controls execution of obfuscator</li>
2843           <li>Build target for generating source distribution</li>
2844           <li>Debug flag for javacc</li>
2845           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2846             jalview.bin.Cache</li>
2847           <li>Continuous Build Integration for stable and
2848             development version of Application, Applet and source
2849             distribution</li>
2850         </ul></td>
2851       <td>
2852         <ul>
2853           <li>selected region output includes visible annotations
2854             (for certain formats)</li>
2855           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2856             for editing</li>
2857           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2858           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2859           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2860           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2861             comments</li>
2862           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2863             filenames containing a ':'</li>
2864           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2865             global sequence features</li>
2866           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2867             references from alignment sequences goes to zero</li>
2868           <li>Close of tree branch colour box without colour
2869             selection causes cascading exceptions</li>
2870           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2871           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2872             file parsing fails.</li>
2873           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2874           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2875             not a valid output format</li>
2876           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2877             vamsas</li>
2878           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2879           <li>error messages passed up and output when data read
2880             fails</li>
2881           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2882             sequence is edited</li>
2883           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2884             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2885           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2886             filetype</li>
2887           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2888             import fixed for PFAM records</li>
2889           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2890             window list</li>
2891           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2892             can be read and written correctly to annotation file</li>
2893           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2894             correctly</li>
2895           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2896             non-italic font for representatives in Applet</li>
2897           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2898             Macs.</li>
2899           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2900             Applet)</li>
2901           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2902             due to null pointer exceptions</li>
2903           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2904             first column of alignment</li>
2905           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2906             July 2008</li>
2907           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2908             file is case-insensitive</li>
2909           <li>Sequence features read from Features file appended to
2910             all sequences with matching IDs</li>
2911           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2912             containing a sub-sequence</li>
2913           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2914           <li>feature and annotation file applet parameters
2915             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2916           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2917           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2918             splash-screen version check to complete</li>
2919           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2920             when passing them to the launchApp service</li>
2921           <li>display name and local features preserved in results
2922             retrieved from web service</li>
2923           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2924             sequence fetcher initialisation</li>
2925           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2926             dasobert DAS client</li>
2927           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2928             association</li>
2929           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2930             sequences
2931           </li>
2932         </ul>
2933       </td>
2934     </tr>
2935     <tr>
2936       <td>
2937         <div align="center">
2938           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2939         </div>
2940       </td>
2941       <td>
2942         <ul>
2943           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2944           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2945           <li>Slide sequences</li>
2946           <li>Edit sequence in place</li>
2947           <li>EMBL CDS features</li>
2948           <li>DAS Feature mapping</li>
2949           <li>Feature ordering</li>
2950           <li>Alignment Properties</li>
2951           <li>Annotation Scores</li>
2952           <li>Sort by scores</li>
2953           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2954         </ul>
2955       </td>
2956       <td>
2957         <ul>
2958           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2959           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2960           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2961           <li>Feature group display state in XML</li>
2962           <li>Feature ordering in XML</li>
2963           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2964           <li>Stockholm alignment properties</li>
2965           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2966           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2967           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2968           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2969         </ul>
2970       </td>
2971
2972     </tr>
2973     <tr>
2974       <td>
2975         <div align="center">
2976           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2977         </div>
2978       </td>
2979       <td>
2980         <ul>
2981           <li>Non standard characters can be read and displayed
2982           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2983             applet via textbox
2984           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2985             name &amp; description
2986           <li>Preference setting to display sequence name in
2987             italics
2988           <li>Annotation file format extended to allow
2989             Sequence_groups to be defined
2990           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2991             specified in preferences
2992           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2993             sequences
2994         </ul>
2995       </td>
2996       <td>
2997         <ul>
2998           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2999             installed
3000           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3001           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3002         </ul>
3003       </td>
3004     </tr>
3005     <tr>
3006       <td>
3007         <div align="center">
3008           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3009         </div>
3010       </td>
3011       <td>
3012         <ul>
3013           <li>Multiple views on alignment
3014           <li>Sequence feature editing
3015           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3016           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3017           <li>Background dependent text colour
3018           <li>Right align sequence ids
3019           <li>User-defined lower case residue colours
3020           <li>Format Menu
3021           <li>Select Menu
3022           <li>Menu item accelerator keys
3023           <li>Control-V pastes to current alignment
3024           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3025           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3026           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3027
3028           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3029         </ul>
3030       </td>
3031       <td>
3032         <ul>
3033           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3034           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3035             calculations
3036           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3037             edits
3038           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3039             of alignment)
3040           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3041
3042           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3043             display correctly
3044           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3045           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3046             analysis results
3047           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3048             &#8739;
3049           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3050           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3051           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3052
3053         </ul>
3054       </td>
3055     </tr>
3056     <tr>
3057       <td>
3058         <div align="center">
3059           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3060         </div>
3061       </td>
3062       <td>
3063         <ul>
3064           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3065         </ul>
3066       </td>
3067       <td>
3068         <ul>
3069           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3070             sequence id panel has been resized</li>
3071           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3072             rendered</li>
3073           <li>Annotation files with sequence references - all
3074             elements in file are relative to sequence position</li>
3075           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3076         </ul>
3077       </td>
3078     </tr>
3079     <tr>
3080       <td>
3081         <div align="center">
3082           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3083         </div>
3084       </td>
3085       <td>
3086         <ul>
3087           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3088           <li>DAS Feature fetching</li>
3089           <li>Hide sequences and columns</li>
3090           <li>Export Annotations and Features</li>
3091           <li>GFF file reading / writing</li>
3092           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3093             files</li>
3094           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3095           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3096           <li>Applet can launch the full application</li>
3097           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3098             required)</li>
3099           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3100           <li>Applet can load sequences from parameter
3101             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3102           </li>
3103         </ul>
3104       </td>
3105       <td>
3106         <ul>
3107           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3108           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3109           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3110         </ul>
3111       </td>
3112     </tr>
3113     <tr>
3114       <td>
3115         <div align="center">
3116           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3117         </div>
3118       </td>
3119       <td>
3120         <ul>
3121           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3122           <li>Choose to match case when searching</li>
3123           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3124             expand the visible width and height of the alignment</li>
3125         </ul>
3126       </td>
3127       <td>
3128         <ul>
3129           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3130         </ul>
3131       </td>
3132     </tr>
3133     <tr>
3134       <td>
3135         <div align="center">
3136           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3137         </div>
3138       </td>
3139       <td>&nbsp;</td>
3140       <td>
3141         <ul>
3142           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3143           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3144             value</li>
3145         </ul>
3146       </td>
3147     </tr>
3148     <tr>
3149       <td>
3150         <div align="center">
3151           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3152         </div>
3153       </td>
3154       <td>
3155         <ul>
3156           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3157           <li>Keyboard editing</li>
3158           <li>Create sequence features from searches</li>
3159           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3160             alignments</li>
3161           <li>Features file allows grouping of features</li>
3162           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3163           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3164           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3165         </ul>
3166       </td>
3167       <td>
3168         <ul>
3169           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3170           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3171             descriptions saved.</li>
3172         </ul>
3173       </td>
3174     </tr>
3175     <tr>
3176       <td>
3177         <div align="center">
3178           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3179         </div>
3180       </td>
3181       <td>
3182         <ul>
3183           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3184           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3185           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3186             name for file output</li>
3187           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3188           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3189             used for HTML form input</li>
3190         </ul>
3191       </td>
3192       <td>
3193         <ul>
3194           <li>HTML output writes groups and features</li>
3195           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3196           <li>File IO bugs</li>
3197         </ul>
3198       </td>
3199     </tr>
3200     <tr>
3201       <td>
3202         <div align="center">
3203           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3204         </div>
3205       </td>
3206       <td>
3207         <ul>
3208           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3209           <li>More options for PCA viewer</li>
3210         </ul>
3211       </td>
3212       <td>
3213         <ul>
3214           <li>GUI bugs resolved</li>
3215           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3216         </ul>
3217       </td>
3218     </tr>
3219     <tr>
3220       <td height="63">
3221         <div align="center">
3222           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3223         </div>
3224       </td>
3225       <td>
3226         <ul>
3227           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3228           <li>Jar files are executable</li>
3229           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3230         </ul>
3231       </td>
3232       <td>
3233         <ul>
3234           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3235           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3236           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3237         </ul>
3238       </td>
3239     </tr>
3240     <tr>
3241       <td>
3242         <div align="center">
3243           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3244         </div>
3245       </td>
3246       <td>
3247         <ul>
3248           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3249         </ul>
3250       </td>
3251       <td>
3252         <ul>
3253           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3254         </ul>
3255       </td>
3256     </tr>
3257     <tr>
3258       <td>
3259         <div align="center">
3260           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3261         </div>
3262       </td>
3263       <td>
3264         <ul>
3265           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3266             size</li>
3267         </ul>
3268       </td>
3269       <td>
3270         <ul>
3271           <li>Improved JPred client reliability</li>
3272           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3273         </ul>
3274       </td>
3275     </tr>
3276     <tr>
3277       <td>
3278         <div align="center">
3279           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3280         </div>
3281       </td>
3282       <td>
3283         <ul>
3284           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3285           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3286           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3287             to Colour Menu</li>
3288           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3289           <li>Unix users can set default web browser</li>
3290           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3291           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3292         </ul>
3293       </td>
3294       <td>
3295         <ul>
3296           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3297         </ul>
3298       </td>
3299     </tr>
3300     <tr>
3301       <td>
3302         <div align="center">
3303           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3304         </div>
3305       </td>
3306       <td>&nbsp;</td>
3307       <td>
3308         <ul>
3309           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3310             alignment order.</li>
3311         </ul>
3312       </td>
3313     </tr>
3314     <tr>
3315       <td>
3316         <div align="center">
3317           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3318         </div>
3319       </td>
3320       <td>
3321         <ul>
3322           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3323           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3324           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3325             annotations.</li>
3326           <li>Version and build date written to build properties
3327             file.</li>
3328           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3329             at launch of Jalview.</li>
3330         </ul>
3331       </td>
3332       <td>
3333         <ul>
3334           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3335           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3336           <li>Can remove groups one by one.</li>
3337           <li>Filechooser icons installed.</li>
3338           <li>Finder ignores return character when searching.
3339             Return key will initiate a search.<br>
3340           </li>
3341         </ul>
3342       </td>
3343     </tr>
3344     <tr>
3345       <td>
3346         <div align="center">
3347           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3348         </div>
3349       </td>
3350       <td>
3351         <ul>
3352           <li>New codebase</li>
3353         </ul>
3354       </td>
3355       <td>&nbsp;</td>
3356     </tr>
3357   </table>
3358   <p>&nbsp;</p>
3359 </body>
3360 </html>