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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.10.0b1</a><br />
  51             <em>18/10/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><em>Application</em>
  55         <ul>
  56         </ul></td>
  57       <td>
  58         <div align="left">
  59           <em>Application</em>
  60           <ul>
  61           </ul>
  62         </div>
  63       </td>
  64     </tr>
  65     <tr>
  66       <td width="60" nowrap>
  67         <div align="center">
  68           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
  69         </div>
  70       </td>
  71       <td><em>General</em>
  72         <ul>
  73           <li>
  74           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
  75           </li>
  76           <li>
  77             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
  78             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
  79             better PDB parsing.
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
  83             reference sequence
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
  87             mousing over sequence associated annotation
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
  91             for manual entry
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
  95             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
  96             for each column
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 100             showing or hiding columns containing a feature
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 104             group and sequence associated annotation labels
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 108             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 109             dialogs
 110           </li>
 111
 112         </ul> <em>Application</em>
 113         <ul>
 114           <li>
 115             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 116             gene/transcript view
 117           </li>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 120             dialog
 121           </li>
 122           <li>
 123             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 124             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 128             Pfam sources to xfam.org
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 135             over sequences in Jalview
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 139             regions in ENA and EMBL
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 143             for record retrieval via ENA rest API
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 147             complement operator
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 151             groovy script execution
 152           </li>
 153           <li>
 154             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 155             alignment window's Calculate menu
 156           </li>
 157           <li>
 158             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 159             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 160           </li>
 161           <li>
 162             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 163             calculation workers from groovy scripts
 164           </li>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 167             Jalview projects
 168           </li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 171             associations are now saved/restored from project
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 175             before sequence fetcher is opened
 176           </li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 179             database chooser opens a sequence fetcher
 180           </li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 183             the UniProt REST API
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 187             the news reader opening
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 191             querying stored in preferences
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 195             search results
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 202             menu for nucleotide sequences
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 206             and feature counts preserves alignment ordering (and
 207             debugged for complex feature sets).
 208           </li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 211             viewing structures with Jalview 2.10
 212           </li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 215             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 216             Ensembl Genomes REST API
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 220             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 221             (Ensembl)
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 225             sequences
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 229             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 230             data from external database records.
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 234             efficient recovery of sequence coding and alignment
 235             annotation relationships.
 236           </li>
 237         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 238         <ul>
 239           <li>
 240             -- JAL---
 241           </li>
 242         </ul> --></td>
 243       <td>
 244         <div align="left">
 245           <em>General</em>
 246           <ul>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 249               menu on OSX
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 253               includes graduated colourschemes
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 257               working with big alignments and lots of hidden columns
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 261               at right of alignment window
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 265               contents
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 269               for DNA alignments
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 273               based tree calculation
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 277               unconserved enabled for group on alignment
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 281               set as reference
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 285               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 286               annotation
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 290               hidden columns present
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 294               user created annotation added to alignment
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 298               '()' base pair annotation
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 302               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 303               Consensus
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 307               feature not working
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 311               beginning of sequence
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 315               entry 3a6s
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 319               from a tree when t-coffee scores are shown
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 323               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 327               some structures
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 331               to Clustal, PIR and PileUp output
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 335               not visible causes alignment window to repaint
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 339               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 340               scores associated with features and annotation rows
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 344               calculation should be case independent
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 348               columns
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 352               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 353               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 357               problems when reference sequence defined and 'show
 358               non-conserved' enabled
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 362               load even when Consensus calculation is disabled
 363             </li>
 364           </ul>
 365           <em>Application</em>
 366           <ul>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 369               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 370               yet fixed for El Capitan)
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 374               output when running on non-gb/us i18n platforms
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 378               hidden sequences as flat-file alignment
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 382               launching Chimera
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 386               (also hotfix for 2.9.0b2)
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 390               reference sequence defined
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 394               alignments and views when revealing hidden columns
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 398               view in a cDNA/Protein splitframe
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 402               sequence from project when only one sequence is
 403               represented
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 407               in Structure Chooser
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 411               structure consensus didn't refresh annotation panel
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 415               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 419               dialogs format columns correctly, don't display array
 420               data, sort columns according to type
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 424               file chooser is cancelled during an image export
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 428               sequence name containing special characters
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 432               case insensitive
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 436               formatting don't wrap
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 440               truncated so L looks like I in consensus annotation
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 444               currently displayed features for the current selection or
 445               view
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 449               after fetching cross-references, and restoring from project
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 453               followed in the structure viewer
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 457               splitframe not restored from project
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 461               trailing end of protein alignment in transcript/product
 462               splitview when pad-gaps not enabled by default
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 466               is case dependent
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 470               article has been read (reopened issue due to
 471               internationalisation problems)
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 475               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 476               cross-references
 477             </li>
 478
 479             <li>
 480               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 481               alignment as HTML
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 485               multiple structures are shown for one or more sequences.
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 489               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 490               is enabled.
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 494               specific PDB id for sequence
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 498               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 499               columns' is disabled.
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 503               selects lowest rather than highest resolution structures
 504               for each sequence
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 508               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 509             </li>
 510             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 511             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 512           </ul>
 513           <em>Applet</em>
 514           <ul>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 517               hidden columns present before start of sequence
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 521               (JSON jars)
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 525               sequences are hidden in applet
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 529               deployment on examples pages.
 530             </li>
 531           </ul>
 532         </div>
 533       </td>
 534     </tr>
 535     <tr>
 536       <td width="60" nowrap>
 537         <div align="center">
 538           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 539             <em>16/10/2015</em></strong>
 540         </div>
 541       </td>
 542       <td><em>General</em>
 543         <ul>
 544           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 545             jars</li>
 546         </ul></td>
 547       <td>
 548         <div align="left">
 549           <em>Application</em>
 550           <ul>
 551             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 552               shown when tree is partitioned</li>
 553             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 554               multiple cDNA/Protein split views</li>
 555           </ul>
 556         </div>
 557       </td>
 558     </tr>
 559     <tr>
 560       <td width="60" nowrap>
 561         <div align="center">
 562           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 563             <em>8/10/2015</em></strong>
 564         </div>
 565       </td>
 566       <td><em>General</em>
 567         <ul>
 568           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 569             2.9</li>
 570         </ul> <em>Application</em>
 571         <ul>
 572           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 573           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 574           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 575         </ul> <em>Applet</em>
 576         <ul>
 577           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 578         </ul></td>
 579       <td>
 580         <div align="left">
 581           <em>General</em>
 582           <ul>
 583             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 584               incorrect when sequence start > 1</li>
 585             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 586               documentation</li>
 587             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 588             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 589               loading a features file containing HTML tags in feature
 590               description</li>
 591
 592           </ul>
 593           <em>Application</em>
 594           <ul>
 595             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 596               reimport</li>
 597             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 598               with 'trim retrieved sequences'</li>
 599             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 600               deleting selected columns</li>
 601             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 602               JNLP templates for webstart launch</li>
 603             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 604               unreleased structures for download or viewing</li>
 605             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 606               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 607             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 608               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 609             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 610               recovered from jalview project</li>
 611             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 612               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 613               alignment view</li>
 614             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 615               color schemes from BioJSON</li>
 616           </ul>
 617           <em>Applet</em>
 618           <ul>
 619             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 620               frame</li>
 621             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 622           </ul>
 623         </div>
 624       </td>
 625     </tr>
 626     <tr>
 627       <td><div align="center">
 628           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 629         </div></td>
 630       <td><em>General</em>
 631         <ul>
 632           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 633             alignments:
 634             <ul>
 635               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 636                 and DNA alignment views</li>
 637               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 638                 cDNA alignment views</li>
 639               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 640                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 641               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 642                 protein sequences</li>
 643             </ul>
 644           </li>
 645           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 646           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 647             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 648           <li>New alignment annotation file statements for
 649             reference sequences and marking hidden columns</li>
 650           <li>Reference sequence based alignment shading to
 651             highlight variation</li>
 652           <li>Select or hide columns according to alignment
 653             annotation</li>
 654           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 655           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 656             acid conservation row</li>
 657           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 658         </ul> <em>Application</em>
 659         <ul>
 660           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 661             <ul>
 662               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 663                 view with cDNA/Protein</li>
 664               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 665                 sequences are placed in the same alignment</li>
 666               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 667                 projects</li>
 668             </ul>
 669           </li>
 670
 671           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 672           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 673             Jalview windows</li>
 674
 675           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 676           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 677           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 678             be shown in VARNA</li>
 679
 680           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 681             as the active selected region</li>
 682
 683           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 684             similarity</li>
 685           <li>New Export options
 686             <ul>
 687               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 688                 region export in flat file generation</li>
 689
 690               <li>Export alignment views for display with the <a
 691                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 692
 693               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 694               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 695                 alignment figures to HTML</li>
 696           </li>
 697           <li>3D structure retrieval and display
 698             <ul>
 699               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 700                 Search API</li>
 701               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 702                 PDB structures for a sequence set</li>
 703             </ul>
 704           </li>
 705
 706           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 707             predictions</li>
 708           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 709             for one or a group of sequences</li>
 710           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 711             from the JPred4 web server</li>
 712           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 713             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 714             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 715           </li>
 716           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 717             VARNA 2D Structure'</li>
 718           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 719             Structure ..."</li>
 720
 721         </ul> <em>Applet</em>
 722         <ul>
 723           <li>New layout for applet example pages</li>
 724           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 725             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 726           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 727             Protein alignments</li>
 728         </ul> <em>Development and deployment</em>
 729         <ul>
 730           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 731           <li>Include installation type and git revision in build
 732             properties and console log output</li>
 733           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 734             storing BioJsMSA Templates</li>
 735           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 736         </ul></td>
 737       <td>
 738         <!-- <em>General</em>
 739         <ul>
 740         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 741         <ul>
 742           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 743           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 744           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 745             predictions are not highlighted in amber</li>
 746           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 747             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 748           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 749             associated structure views</li>
 750           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 751             width checkbox not enabled</li>
 752           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 753             creating user defined colours</li>
 754           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 755             mappings for just that viewer's sequences</li>
 756           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 757             multiple models in Chimera</li>
 758           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 759             over Jmol structure</li>
 760           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 761             output to text box</li>
 762           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 763             have incorrect sequence start/end</li>
 764           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 765             Jalview fails</li>
 766           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 767             work for nucleotide</li>
 768           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 769             to a grey/invisible alignment window</li>
 770           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 771             imports to different position</li>
 772           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 773             on some platforms</li>
 774           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 775             populated</li>
 776           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 777             console if Chimera has been opened</li>
 778           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 779           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 780             retrieved</li>
 781           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 782           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 783             either sequence shows on first structure</li>
 784           <li>'Show annotations' options should not make
 785             non-positional annotations visible</li>
 786           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 787             in right place after 'view flanking regions'</li>
 788           <li>File Save As type unset when current file format is
 789             unknown</li>
 790           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 791             projects</li>
 792           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 793             responsive</li>
 794           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 795             several views on same alignment</li>
 796           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 797           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 798             spaces</li>
 799         </ul> <em>Applet</em>
 800         <ul>
 801           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 802           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 803             descriptions containing angle brackets</li>
 804         </ul> <em>General</em>
 805         <ul>
 806           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 807             via jalview annotation file</li>
 808           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 809             with RNA secondary structure</li>
 810           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 811             translation doesn't work.</li>
 812           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 813           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 814             positions</li>
 815           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 816             choosing 1pt font</li>
 817           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 818             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 819             'h'</li>
 820           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 821             new feature</li>
 822           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 823             order dependent</li>
 824           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 825             sequences</li>
 826           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 827         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 828         <ul>
 829           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 830             www.jalview.org</li>
 831         </ul> <em>Application Known issues</em>
 832         <ul>
 833           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 834           <li>Misleading message appears after trying to delete
 835             solid column.</li>
 836           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 837             version launches</li>
 838           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 839             fails with a sequence mismatch</li>
 840           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 841             scrolling alignment to right</li>
 842           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 843             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 844           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 845             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 846           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 847             ultra-high resolution</li>
 848           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 849             quality and conservation</li>
 850           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 851             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 852         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 853         <ul>
 854           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 855           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 856             window is being resized</li>
 857
 858         </ul>
 859       </td>
 860     </tr>
 861     <tr>
 862       <td><div align="center">
 863           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 864         </div></td>
 865       <td><em>General</em>
 866         <ul>
 867           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 868             Certum.PL.</li>
 869           <li>Features and annotation preserved when performing
 870             pairwise alignment</li>
 871           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 872             imported/exported/displayed</li>
 873           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 874             protein secondary structure</li>
 875           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 876               post-hoc with 2.9 release</em>)
 877           </li>
 878
 879         </ul> <em>Application</em>
 880         <ul>
 881           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 882             with 3D structures</li>
 883           <li>Support for parsing RNAML</li>
 884           <li>Annotations menu for layout
 885             <ul>
 886               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 887               <li>place sequence annotation above/below alignment
 888                 annotation</li>
 889             </ul>
 890           <li>Output in Stockholm format</li>
 891           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 892             translation</li>
 893           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 894           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 895             shared between alignments</li>
 896           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 897             Jalview</li>
 898           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 899             all or current selection</li>
 900           <li>disorder and secondary structure predictions
 901             available as dataset annotation</li>
 902           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 903
 904
 905           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 906             alignments from Rfam</li>
 907           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 908
 909           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 910             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 911           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 912           <li>include installation type in build properties and
 913             console log output</li>
 914           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 915             annotation</li>
 916         </ul></td>
 917       <td>
 918         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 919         <ul>
 920           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 921             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 922           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 923             alignment</li>
 924           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 925           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 926           <li>Double click on sequence associated annotation
 927             selects only first column</li>
 928           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 929             leaves shown in tree</li>
 930           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 931             properly</li>
 932           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 933           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 934             screen and buttons not visible</li>
 935           <li>author list isn't updated if already written to
 936             Jalview properties</li>
 937           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 938             from database</li>
 939           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 940           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 941             browser search window</li>
 942           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 943             in feature settings dialog</li>
 944           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 945             desktop</li>
 946           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 947             pass validation</li>
 948           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 949             fit on screen</li>
 950           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 951             tooltip</li>
 952           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 953             defined user preset</li>
 954           <li>MSA web services warns user if they were launched
 955             with invalid input</li>
 956           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 957             Java 8</li>
 958           <li>
 959             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 960             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 961             created
 962           </li>
 963
 964         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 965                                 <ul>
 966                                 </ul> <em>General</em>
 967                                 <ul>
 968                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 969         <ul>
 970           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 971             memory allocation</li>
 972           <li>launchApp service doesn't automatically open
 973             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 974           <li>
 975             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 976             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 977             1.7_055 is available
 978           </li>
 979         </ul> <em>Application Known issues</em>
 980         <ul>
 981           <li>
 982             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 983             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 984             alignment to right
 985           </li>
 986           <li>
 987             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 988             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 989             with large number of ID
 990           </li>
 991           <li>
 992             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 993             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 994             start/end
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 998             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 999             structure tracks are rearranged
1000           </li>
1001           <li>
1002             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1003             invalid rna structure positional highlighting does not
1004             highlight position of invalid base pairs
1005           </li>
1006           <li>
1007             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1008             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1009             project from alignment window file menu
1010           </li>
1011           <li>
1012             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1013             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1014             structures
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1018             colour by RNA Helices not enabled when user created
1019             annotation added to alignment
1020           </li>
1021           <li>
1022             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1023             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1024           </li>
1025         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1026         <ul>
1027           <li>
1028             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1029             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1033             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1034           </li>
1035
1036           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1037             when selected</li>
1038         </ul>
1039       </td>
1040     </tr>
1041     <tr>
1042       <td><div align="center">
1043           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1044         </div></td>
1045       <td>
1046         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1047         <em>General</em>
1048         <ul>
1049           <li>Internationalisation of user interface (usually
1050             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1051           <li>Define/Undefine group on current selection with
1052             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1053           <li>Improved group creation/removal options in
1054             alignment/sequence Popup menu</li>
1055           <li>Sensible precision for symbol distribution
1056             percentages shown in logo tooltip.</li>
1057           <li>Annotation panel height set according to amount of
1058             annotation when alignment first opened</li>
1059         </ul> <em>Application</em>
1060         <ul>
1061           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1062             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1063           <li>Select columns containing particular features from
1064             Feature Settings dialog</li>
1065           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1066             sequences</li>
1067           <li>Update Jalview project format:
1068             <ul>
1069               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1070               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1071                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1072               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1073                 colouring</li>
1074             </ul>
1075           </li>
1076           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1077             (PAM250)</li>
1078           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1079             flanking regions for an alignment</li>
1080         </ul>
1081       </td>
1082       <td>
1083         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1084         <ul>
1085           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1086             running after job is cancelled</li>
1087           <li>cannot export features from alignments imported from
1088             Jalview/VAMSAS projects</li>
1089           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1090             float values</li>
1091           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1092             have 'display all symbols' flag set</li>
1093           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1094             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1095           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1096             Jalview</li>
1097           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1098             Lion/Webstart</li>
1099           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1100           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1101           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1102             alignment onto desktop</li>
1103           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1104             'extract scores' function</li>
1105           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1106             alignment window</li>
1107           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1108             performing IUPred disorder prediction</li>
1109           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1110             changing 'normalise logo' display setting</li>
1111           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1112             nothing matches query</li>
1113           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1114             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1115           </li>
1116           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1117             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1118           </li>
1119           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1120             Jalview's menu</li>
1121           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1122             'invalid literal/length code'</li>
1123           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1124             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1125           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1126             colourscheme</li>
1127
1128         </ul> <em>Applet</em>
1129         <ul>
1130           <li>Remove group option is shown even when selection is
1131             not a group</li>
1132           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1133             don't affect groups</li>
1134           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1135             colourscheme name</li>
1136           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1137             Annotation panel is not displayed</li>
1138           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1139             embedded windows</li>
1140         </ul> <em>Other</em>
1141         <ul>
1142           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1143             single sequence were not calculated</li>
1144           <li>annotation files that contain only groups imported as
1145             annotation and junk sequences</li>
1146           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1147             recognised as PFAM or BLC</li>
1148           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1149             doesn't affect background (2.8.0b1)
1150           <li></li>
1151           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1152           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1153             trailing gaps</li>
1154           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1155             registered correctly on import</li>
1156           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1157             certain alignments</li>
1158           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1159             existing annotation based 'use original colours'
1160             colourscheme loses original colours setting</li>
1161         </ul>
1162       </td>
1163     </tr>
1164     <tr>
1165       <td><div align="center">
1166           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1167             <em>30/1/2014</em></strong>
1168         </div></td>
1169       <td>
1170         <ul>
1171           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1172             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1173             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1174             open source project).
1175           </li>
1176           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1177           </li>
1178           <li>Output in Stockholm format</li>
1179           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1180           <li>Export/import group and sequence associated line
1181             graph thresholds</li>
1182           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1183             ambiguity codes</li>
1184           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1185             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1186             works</li>
1187           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1188         </ul> <em>Other improvements</em>
1189         <ul>
1190           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1191           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1192             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1193           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1194             files</li>
1195           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1196           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1197             link but no description</li>
1198           <li>Select primary source when selecting authority in
1199             database fetcher GUI</li>
1200           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1201             Jalview</li>
1202           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1203         </ul>
1204       </td>
1205       <td>
1206         <ul>
1207           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1208             displayed</li>
1209           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1210             secondary structure annotation line</li>
1211           <li>Sequence database accessions not imported when
1212             fetching alignments from Rfam</li>
1213           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1214             identical IDs</li>
1215           <li>View all structures does not always superpose
1216             structures</li>
1217           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1218             reflect user or preset settings</li>
1219           <li>Null pointer exceptions for some services without
1220             presets or adjustable parameters</li>
1221           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1222             discover PDB xRefs</li>
1223           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1224             features with DAS</li>
1225           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1226             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1227           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1228             residue follows a gap</li>
1229           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1230             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1231           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1232             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1233           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1234             annotation already exists on alignment</li>
1235           <li>oninit javascript function should be called after
1236             initialisation completes</li>
1237           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1238             alignment window display</li>
1239           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1240           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1241             to annotation file</li>
1242           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1243             groups created</li>
1244           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1245             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1246           <li>Pressing return several times causes Number Format
1247             exceptions in keyboard mode</li>
1248           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1249             correct partitions for input data</li>
1250           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1251           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1252           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1253           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1254             mode</li>
1255           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1256             changes one row&#39;s threshold</li>
1257           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1258             doesn&#39;t open</li>
1259           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1260             quality histograms</li>
1261         </ul>
1262       </td>
1263     </tr>
1264     <tr>
1265       <td><div align="center">
1266           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1267         </div></td>
1268       <td><em>Application</em>
1269         <ul>
1270           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1271             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1272           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1273             preferences</li>
1274           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1275             in Jalview alignment window</li>
1276           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1277             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1278           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1279             RNA and ambiguity codes</li>
1280
1281           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1282           <li>Support fetching and database reference look up
1283             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1284             refs')</li>
1285           <li>Jalview project improvements
1286             <ul>
1287               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1288                 flag for annotation</li>
1289               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1290                 alignment</li>
1291               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1292                 Jalview project</li>
1293
1294             </ul>
1295           </li>
1296           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1297           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1298             running</li>
1299           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1300           <li>visual indication that web service results are still
1301             being retrieved from server</li>
1302           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1303             starts up for first time</li>
1304           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1305             services</li>
1306           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1307             client library</li>
1308           <li>Examples directory and Groovy library included in
1309             InstallAnywhere distribution</li>
1310         </ul> <em>Applet</em>
1311         <ul>
1312           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1313             visualization applet example</li>
1314         </ul> <em>General</em>
1315         <ul>
1316           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1317           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1318             defaults</li>
1319           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1320             calculation</li>
1321           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1322             matrices
1323           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1324             in HTML</li>
1325           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1326             structure contacts</li>
1327           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1328           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1329           <li>Parse sequence associated secondary structure
1330             information in Stockholm files</li>
1331           <li>HTML Export database accessions and annotation
1332             information presented in tooltip for sequences</li>
1333           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1334             style RNA alignment files</li>
1335           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1336             alignment</li>
1337           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1338             shade each sequence according to its associated alignment
1339             annotation</li>
1340           <li>New Jalview Logo</li>
1341         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1342         <ul>
1343           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1344           <li>New Website!</li>
1345         </ul></td>
1346       <td><em>Application</em>
1347         <ul>
1348           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1349             wsdbfetch REST service</li>
1350           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1351           <li>Filetype associations not installed for webstart
1352             launch</li>
1353           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1354             job execution in full once it is complete</li>
1355           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1356             uploaded via ali_file parameter</li>
1357           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1358           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1359           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1360             submitted for prediction</li>
1361           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1362             desktop window</li>
1363           <li>Putting fractional value into integer text box in
1364             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1365           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1366             windows 7</li>
1367           <li>View all structures fails with exception shown in
1368             structure view</li>
1369           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1370             escaped in a platform independent way</li>
1371           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1372             using proxy</li>
1373           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1374             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1375           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1376             failure when java web start temporary file caching is
1377             disabled</li>
1378           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1379             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1380           <li>Errors during processing of command line arguments
1381             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1382           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1383             DAS sources in sequence fetcher</li>
1384           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1385             dialog is shown</li>
1386           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1387           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1388           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1389           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1390             on OSX Mountain Lion</li>
1391           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1392             sequences with alignment annotation are pasted into the
1393             alignment</li>
1394           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1395             when loaded from Jalview project</li>
1396           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1397           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1398             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1399           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1400             associated with all views</li>
1401           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1402             annotation rows to new window</li>
1403         </ul> <em>Applet</em>
1404         <ul>
1405           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1406             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1407           <li>loading features via javascript API automatically
1408             enables feature display</li>
1409           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1410             work</li>
1411         </ul> <em>General</em>
1412         <ul>
1413           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1414           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1415             and then deselected</li>
1416           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1417           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1418             coloured with clustalx</li>
1419           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1420             exceptions and redraw errors</li>
1421           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1422             reconfigured view</li>
1423           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1424             colour</li>
1425           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1426             for lots of labels</li>
1427         </ul>
1428     </tr>
1429     <tr>
1430       <td>
1431         <div align="center">
1432           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1433         </div>
1434       </td>
1435       <td><em>Application</em>
1436         <ul>
1437           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1438           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1439           <li>View/alignment association menu to enable user to
1440             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1441             its colours/correspondences from</li>
1442           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1443           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1444             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1445           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1446           <li>Annotation row column label formatting attributes
1447             stored in project file</li>
1448           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1449             rows preserved in Jalview project file</li>
1450           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1451             saved using Desktop window menu</li>
1452           <li>Visual indication that command line arguments are
1453             still being processed</li>
1454           <li>Groovy script execution from URL</li>
1455           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1456             preferences</li>
1457           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1458             alignment with sequences that have high similarity and
1459             matching IDs</li>
1460           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1461           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1462             structures in same window</li>
1463           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1464           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1465             analysis function in its own submenu</li>
1466         </ul> <em>Applet</em>
1467         <ul>
1468           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1469             groups</li>
1470           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1471           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1472           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1473           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1474           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1475             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1476           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1477           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1478             parameters are treated as such</li>
1479           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1480             <ul>
1481               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1482               <li>Javascript callbacks for
1483                 <ul>
1484                   <li>Applet initialisation</li>
1485                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1486                 </ul>
1487               </li>
1488               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1489                 functions</li>
1490               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1491               <li>javascript structure viewer harness to pass
1492                 messages between Jmol and Jalview when running as
1493                 distinct applets</li>
1494               <li>sortBy method</li>
1495               <li>Set of applet and application examples shipped
1496                 with documentation</li>
1497               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1498                 javascript message exchange</li>
1499             </ul>
1500         </ul> <em>General</em>
1501         <ul>
1502           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1503             multiple alignments</li>
1504           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1505           <li>User configurable link to enable redirects to a
1506             www.Jalview.org mirror</li>
1507           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1508           <li>Configurable newline string when writing alignment
1509             and other flat files</li>
1510           <li>Allow alignment annotation description lines to
1511             contain html tags</li>
1512         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1513         <ul>
1514           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1515             examples</li>
1516           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1517             using a web service before displaying the result in the
1518             Jalview desktop</li>
1519           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1520           <li>Ant target to publish example html files with applet
1521             archive</li>
1522           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1523           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1524         </ul></td>
1525       <td><em>Application</em>
1526         <ul>
1527           <li>User defined colourscheme throws exception when
1528             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1529           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1530             dialog for valid filename/format</li>
1531           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1532           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1533             P37173</li>
1534           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1535             which sequence is to be associated with the file</li>
1536           <li>Find All raises null pointer exception when query
1537             only matches sequence IDs</li>
1538           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1539           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1540             2.4 cannot be loaded</li>
1541           <li>Filetype associations not installed for webstart
1542             launch</li>
1543           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1544             with sequences in different alignments do not get coloured
1545             by their associated sequence</li>
1546           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1547             not preserved when project is loaded</li>
1548           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1549             stored in Jalview project</li>
1550           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1551             Jalview project</li>
1552           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1553           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1554             by conservation</li>
1555           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1556             created on new view</li>
1557           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1558             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1559           <li>Alignment quality not updated after alignment
1560             annotation row is hidden then shown</li>
1561           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1562             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1563           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1564             properly</li>
1565           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1566             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1567           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1568           <li>Structures imported from file and saved in project
1569             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1570           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1571             job execution in full once it is complete</li>
1572         </ul> <em>Applet</em>
1573         <ul>
1574           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1575             annotation rows are displayed</li>
1576           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1577             codebase</li>
1578           <li>View follows highlighting does not work for positions
1579             in sequences</li>
1580           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1581           <li>Export features raises exception when no features
1582             exist</li>
1583           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1584             for javascript api is modified when separator string
1585             provided as parameter</li>
1586           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1587             alignment with no existing selection</li>
1588           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1589             to applet&#39;s codebase</li>
1590           <li>Status bar not updated after finished searching and
1591             search wraps around to first result</li>
1592           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1593             several Jalview applets causes race conditions and memory
1594             leaks</li>
1595           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1596             not sent from Jmol in applet</li>
1597           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1598             applet API fatally hang browser</li>
1599         </ul> <em>General</em>
1600         <ul>
1601           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1602             position with wrapped view and hidden regions</li>
1603           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1604             with/without hidden columns</li>
1605           <li>Sequence length given in alignment properties window
1606             is off by 1</li>
1607           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1608             import PDB like structure files</li>
1609           <li>Positional search results are only highlighted
1610             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1611           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1612           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1613             given sequence position</li>
1614           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1615             output</li>
1616           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1617             from nucleotide chains correctly</li>
1618           <li>Structure colours not updated when tree partition
1619             changed in alignment</li>
1620           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1621             parsed in interleaved stockholm</li>
1622           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1623             state</li>
1624           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1625             properly</li>
1626           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1627             properly associated with their pdb files</li>
1628         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1629         <ul>
1630           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1631             ApplyCopyright tool</li>
1632         </ul></td>
1633     </tr>
1634     <tr>
1635       <td>
1636         <div align="center">
1637           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1638         </div>
1639       </td>
1640       <td><em>Application</em>
1641         <ul>
1642           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1643             contact web services</li>
1644           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1645             service job window</li>
1646           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1647         </ul></td>
1648       <td>
1649         <ul>
1650           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1651             pir file emitted by Jalview</li>
1652           <li>Existing feature settings transferred to new
1653             alignment view created from cut'n'paste</li>
1654           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1655             parsing PDB files</li>
1656           <li>Consensus and conservation annotation rows
1657             occasionally become blank for all new windows</li>
1658           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1659             in wrapped view mode</li>
1660         </ul> <em>Application</em>
1661         <ul>
1662           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1663             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1664           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1665             parameter names</li>
1666           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1667             is down</li>
1668         </ul>
1669       </td>
1670     </tr>
1671     <tr>
1672       <td>
1673         <div align="center">
1674           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1675         </div>
1676       </td>
1677       <td><em>Application</em>
1678         <ul>
1679           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1680             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1681             (JABAWS)
1682           </li>
1683           <li>Web Services preference tab</li>
1684           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1685             preferences</li>
1686           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1687           <li>Superpose structures using associated sequence
1688             alignment</li>
1689           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1690             viewer</li>
1691         </ul> <em>Applet</em>
1692         <ul>
1693           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1694             link out mechanism</li>
1695         </ul> <em>Other</em>
1696         <ul>
1697           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1698             series 12</li>
1699           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1700             require Java 1.5</li>
1701           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1702             sequence annotation files</li>
1703           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1704             type colour specification</li>
1705           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1706             script to check if it being run in an interactive session or
1707             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1708         </ul></td>
1709       <td>
1710         <ul>
1711           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1712             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1713         </ul> <em>Application</em>
1714         <ul>
1715           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1716             selected Regions menu item</li>
1717           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1718             part of a valid accession ID</li>
1719           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1720             runs out of memory</li>
1721           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1722             analysis results</li>
1723           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1724             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1725           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1726         </ul> <em>Applet</em>
1727         <ul>
1728           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1729             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1730             defined.</li>
1731         </ul>
1732       </td>
1733     </tr>
1734     <tr>
1735       <td>
1736         <div align="center">
1737           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1738         </div>
1739       </td>
1740       <td></td>
1741       <td>
1742         <ul>
1743           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1744             sequence IDs</li>
1745           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1746             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1747           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1748             import correctly</li>
1749           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1750             number of columns are hidden</li>
1751           <li>annotation label popup menu not providing correct
1752             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1753             present</li>
1754           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1755             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1756           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1757             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1758
1759         </ul> <em>Applet</em>
1760         <ul>
1761           <li>annotation panel disappears when annotation is
1762             hidden/removed</li>
1763         </ul> <em>Application</em>
1764         <ul>
1765           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1766             alignment opened where annotation panel is visible but no
1767             annotations are present on alignment</li>
1768           <li>pasted region containing hidden columns is
1769             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1770           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1771             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1772           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1773             selected Rregions menu item.</li>
1774           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1775             'Un' or 'Non'conserved</li>
1776           <li>Sequence feature settings are being shared by
1777             multiple distinct alignments</li>
1778           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1779             changed</li>
1780           <li>double click on group annotation to select sequences
1781             does not propagate to associated trees</li>
1782           <li>Mac OSX specific issues:
1783             <ul>
1784               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1785                 window background</li>
1786               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1787                 name set correctly</li>
1788               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1789                 save feature colourscheme button</li>
1790             </ul>
1791           </li>
1792         </ul>
1793       </td>
1794     </tr>
1795     <tr>
1796
1797       <td>
1798         <div align="center">
1799           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1800         </div>
1801       </td>
1802       <td><em>New Capabilities</em>
1803         <ul>
1804           <li>URL links generated from description line for
1805             regular-expression based URL links (applet and application)
1806
1807
1808
1809
1810
1811
1812           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1813             menu</li>
1814           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1815             structures</li>
1816           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1817             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1818           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1819             average score or total feature count for each sequence.</li>
1820           <li>Shading features by score or associated description</li>
1821           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1822             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1823           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1824             hide everything but the currently selected region.</li>
1825           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1826         </ul> <em>Application</em>
1827         <ul>
1828           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1829             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1830           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1831             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1832           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1833             database references and protein_name is parsed as
1834             description line (BioSapiens terms).</li>
1835           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1836             references in sequence ID tooltip from View menu in
1837             application.</li>
1838           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1839                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1840           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1841             conservation plots</li>
1842           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1843             and visualized as sequence logos</li>
1844           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1845             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1846           </li>
1847           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1848             when a new tree is opened.</li>
1849           <li>Jalview Java Console</li>
1850           <li>Better placement of desktop window when moving
1851             between different screens.</li>
1852           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1853             consensus annotation</li>
1854           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1855             Workflows</li>
1856           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1857             <ul>
1858               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1859                 used to preserve views, structures, and tree display
1860                 settings)</li>
1861               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1862                 command line</li>
1863               <li>Sharing of selected regions between views and
1864                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1865               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1866             </ul></li>
1867         </ul> <em>Applet</em>
1868         <ul>
1869           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1870           <li>New Parameters
1871             <ul>
1872               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1873                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1874                 opened.</li>
1875               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1876                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1877               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1878                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1879               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1880                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1881                 view</li>
1882               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1883                 increase the height or width of a cell in the alignment
1884                 grid relative to the current font size.</li>
1885             </ul>
1886           </li>
1887           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1888             tooltip</li>
1889         </ul> <em>Other</em>
1890         <ul>
1891           <li>Features format: graduated colour definitions and
1892             specification of feature scores</li>
1893           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1894             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1895             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1896           <li>XML formats extended to support graduated feature
1897             colourschemes, group associated annotation, and profile
1898             visualization settings.</li></td>
1899       <td>
1900         <ul>
1901           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1902             rather than description</li>
1903           <li>Non-positional features are now included in sequence
1904             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1905             visibility in tooltip).</li>
1906           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1907           <li>Added URL embedding instructions to features file
1908             documentation.</li>
1909           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1910             'X' in peptide product</li>
1911           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1912             sequence ID and sequence string and query strings do not
1913             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1914           <li>AMSA files only contain first column of
1915             multi-character column annotation labels</li>
1916           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1917             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1918             exported and re-imported)</li>
1919           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1920             name</li>
1921           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1922             as subsequence matches, and correctly reports total number
1923             of both.</li>
1924           <li>Application:
1925             <ul>
1926               <li>Better handling of exceptions during sequence
1927                 retrieval</li>
1928               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1929                 link text excludes the start_end suffix</li>
1930               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1931                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1932               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1933               <li>Sequence description lines properly shared via
1934                 VAMSAS</li>
1935               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1936                 data sources</li>
1937               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1938                 completes before alignment figures are generated.</li>
1939               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1940                 first time.</li>
1941               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1942                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1943               <li>User defined group colours properly recovered
1944                 from Jalview projects.</li>
1945             </ul>
1946           </li>
1947         </ul>
1948       </td>
1949
1950     </tr>
1951     <tr>
1952       <td>
1953         <div align="center">
1954           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1955         </div>
1956       </td>
1957       <td>
1958         <ul>
1959           <li>Experimental support for google analytics usage
1960             tracking.</li>
1961           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1962         </ul>
1963       </td>
1964       <td>
1965         <ul>
1966           <li>Race condition in applet preventing startup in
1967             jre1.6.0u12+.</li>
1968           <li>Exception when feature created from selection beyond
1969             length of sequence.</li>
1970           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1971           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1972             all sequences with a given id</li>
1973           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1974             ID string searches</li>
1975           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1976             alignment to fail with exception</li>
1977         </ul> <em>Application Issues</em>
1978         <ul>
1979           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1980           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1981             data sources</li>
1982         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1983         <ul>
1984           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1985             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1986           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1987             version (java class versioning error fixed)</li>
1988         </ul>
1989       </td>
1990     </tr>
1991     <tr>
1992       <td>
1993
1994         <div align="center">
1995           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1996         </div>
1997       </td>
1998       <td><em>User Interface</em>
1999         <ul>
2000           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2001             translation and protein products</li>
2002           <li>Linked highlighting of structure associated with
2003             residue mapping to codon position</li>
2004           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2005             and 'clear' button</li>
2006           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2007             Tools menu</li>
2008           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2009             numeric data in description line</li>
2010           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2011           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2012             of sequence</li>
2013         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2014         <ul>
2015           <li>JPred3 web service</li>
2016           <li>Prototype sequence search client (no public services
2017             available yet)</li>
2018           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2019             PFAM</li>
2020           <li>URL Links created for matching database cross
2021             references as well as sequence ID</li>
2022           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2023         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2024         <ul>
2025           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2026             databases</li>
2027           <li>Generalised database reference retrieval and
2028             validation to all fetchable databases</li>
2029           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2030             sequence command</li>
2031         </ul> <em>Import and Export</em>
2032         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2033         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2034           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2035         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2036           File</li>
2037         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2038           triplet as name of colourscheme</li>
2039         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2040         <ul>
2041           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2042           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2043             alignments (experimental)</li>
2044           <li>Create new or select existing session to join</li>
2045           <li>load and save of vamsas documents</li>
2046         </ul> <em>Application command line</em>
2047         <ul>
2048           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2049             from applet)</li>
2050           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2051             of DAS servers to query for alignment features</li>
2052           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2053             that are also automatically queried for features</li>
2054           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2055             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2056         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2057         <ul>
2058           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2059             application (when using &quot;View in full
2060             application&quot;)</li>
2061         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2062         <ul>
2063           <li>feature group display control parameter</li>
2064           <li>debug parameter</li>
2065           <li>showbutton parameter</li>
2066         </ul> <em>Applet API methods</em>
2067         <ul>
2068           <li>newView public method</li>
2069           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2070           <li>Feature display control methods</li>
2071           <li>get list of currently selected sequences</li>
2072         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2073         <ul>
2074           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2075           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2076             Jalview release.</li>
2077           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2078             property controls execution of obfuscator</li>
2079           <li>Build target for generating source distribution</li>
2080           <li>Debug flag for javacc</li>
2081           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2082             jalview.bin.Cache</li>
2083           <li>Continuous Build Integration for stable and
2084             development version of Application, Applet and source
2085             distribution</li>
2086         </ul></td>
2087       <td>
2088         <ul>
2089           <li>selected region output includes visible annotations
2090             (for certain formats)</li>
2091           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2092             for editing</li>
2093           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2094           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2095           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2096           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2097             comments</li>
2098           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2099             filenames containing a ':'</li>
2100           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2101             global sequence features</li>
2102           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2103             references from alignment sequences goes to zero</li>
2104           <li>Close of tree branch colour box without colour
2105             selection causes cascading exceptions</li>
2106           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2107           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2108             file parsing fails.</li>
2109           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2110           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2111             not a valid output format</li>
2112           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2113             vamsas</li>
2114           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2115           <li>error messages passed up and output when data read
2116             fails</li>
2117           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2118             sequence is edited</li>
2119           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2120             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2121           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2122             filetype</li>
2123           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2124             import fixed for PFAM records</li>
2125           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2126             window list</li>
2127           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2128             can be read and written correctly to annotation file</li>
2129           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2130             correctly</li>
2131           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2132             non-italic font for representatives in Applet</li>
2133           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2134             Macs.</li>
2135           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2136             Applet)</li>
2137           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2138             due to null pointer exceptions</li>
2139           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2140             first column of alignment</li>
2141           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2142             July 2008</li>
2143           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2144             file is case-insensitive</li>
2145           <li>Sequence features read from Features file appended to
2146             all sequences with matching IDs</li>
2147           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2148             containing a sub-sequence</li>
2149           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2150           <li>feature and annotation file applet parameters
2151             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2152           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2153           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2154             splash-screen version check to complete</li>
2155           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2156             when passing them to the launchApp service</li>
2157           <li>display name and local features preserved in results
2158             retrieved from web service</li>
2159           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2160             sequence fetcher initialisation</li>
2161           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2162             dasobert DAS client</li>
2163           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2164             association</li>
2165           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2166             sequences
2167           </li>
2168         </ul>
2169       </td>
2170     </tr>
2171     <tr>
2172       <td>
2173         <div align="center">
2174           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2175         </div>
2176       </td>
2177       <td>
2178         <ul>
2179           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2180           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2181           <li>Slide sequences</li>
2182           <li>Edit sequence in place</li>
2183           <li>EMBL CDS features</li>
2184           <li>DAS Feature mapping</li>
2185           <li>Feature ordering</li>
2186           <li>Alignment Properties</li>
2187           <li>Annotation Scores</li>
2188           <li>Sort by scores</li>
2189           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2190         </ul>
2191       </td>
2192       <td>
2193         <ul>
2194           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2195           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2196           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2197           <li>Feature group display state in XML</li>
2198           <li>Feature ordering in XML</li>
2199           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2200           <li>Stockholm alignment properties</li>
2201           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2202           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2203           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2204           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2205         </ul>
2206       </td>
2207
2208     </tr>
2209     <tr>
2210       <td>
2211         <div align="center">
2212           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2213         </div>
2214       </td>
2215       <td>
2216         <ul>
2217           <li>Non standard characters can be read and displayed
2218           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2219             applet via textbox
2220           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2221             name &amp; description
2222           <li>Preference setting to display sequence name in
2223             italics
2224           <li>Annotation file format extended to allow
2225             Sequence_groups to be defined
2226           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2227             specified in preferences
2228           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2229             sequences
2230         </ul>
2231       </td>
2232       <td>
2233         <ul>
2234           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2235             installed
2236           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2237           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2238         </ul>
2239       </td>
2240     </tr>
2241     <tr>
2242       <td>
2243         <div align="center">
2244           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2245         </div>
2246       </td>
2247       <td>
2248         <ul>
2249           <li>Multiple views on alignment
2250           <li>Sequence feature editing
2251           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2252           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2253           <li>Background dependent text colour
2254           <li>Right align sequence ids
2255           <li>User-defined lower case residue colours
2256           <li>Format Menu
2257           <li>Select Menu
2258           <li>Menu item accelerator keys
2259           <li>Control-V pastes to current alignment
2260           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2261           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2262           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2263
2264
2265
2266
2267
2268
2269           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2270         </ul>
2271       </td>
2272       <td>
2273         <ul>
2274           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2275           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2276             calculations
2277           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2278             edits
2279           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2280             of alignment)
2281           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2282
2283
2284
2285
2286
2287
2288           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2289             display correctly
2290           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2291           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2292             analysis results
2293           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2294             &#8739;
2295           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2296           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2297           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2298
2299
2300
2301
2302
2303
2304         </ul>
2305       </td>
2306     </tr>
2307     <tr>
2308       <td>
2309         <div align="center">
2310           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2311         </div>
2312       </td>
2313       <td>
2314         <ul>
2315           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2316         </ul>
2317       </td>
2318       <td>
2319         <ul>
2320           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2321             sequence id panel has been resized</li>
2322           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2323             rendered</li>
2324           <li>Annotation files with sequence references - all
2325             elements in file are relative to sequence position</li>
2326           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2327         </ul>
2328       </td>
2329     </tr>
2330     <tr>
2331       <td>
2332         <div align="center">
2333           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2334         </div>
2335       </td>
2336       <td>
2337         <ul>
2338           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2339           <li>DAS Feature fetching</li>
2340           <li>Hide sequences and columns</li>
2341           <li>Export Annotations and Features</li>
2342           <li>GFF file reading / writing</li>
2343           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2344             files</li>
2345           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2346           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2347           <li>Applet can launch the full application</li>
2348           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2349             required)</li>
2350           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2351           <li>Applet can load sequences from parameter
2352             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2353           </li>
2354         </ul>
2355       </td>
2356       <td>
2357         <ul>
2358           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2359           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2360           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2361         </ul>
2362       </td>
2363     </tr>
2364     <tr>
2365       <td>
2366         <div align="center">
2367           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2368         </div>
2369       </td>
2370       <td>
2371         <ul>
2372           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2373           <li>Choose to match case when searching</li>
2374           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2375             expand the visible width and height of the alignment</li>
2376         </ul>
2377       </td>
2378       <td>
2379         <ul>
2380           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2381         </ul>
2382       </td>
2383     </tr>
2384     <tr>
2385       <td>
2386         <div align="center">
2387           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2388         </div>
2389       </td>
2390       <td>&nbsp;</td>
2391       <td>
2392         <ul>
2393           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2394           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2395             value</li>
2396         </ul>
2397       </td>
2398     </tr>
2399     <tr>
2400       <td>
2401         <div align="center">
2402           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2403         </div>
2404       </td>
2405       <td>
2406         <ul>
2407           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2408           <li>Keyboard editing</li>
2409           <li>Create sequence features from searches</li>
2410           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2411             alignments</li>
2412           <li>Features file allows grouping of features</li>
2413           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2414           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2415           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2416         </ul>
2417       </td>
2418       <td>
2419         <ul>
2420           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2421           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2422             descriptions saved.</li>
2423         </ul>
2424       </td>
2425     </tr>
2426     <tr>
2427       <td>
2428         <div align="center">
2429           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2430         </div>
2431       </td>
2432       <td>
2433         <ul>
2434           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2435           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2436           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2437             name for file output</li>
2438           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2439           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2440             used for HTML form input</li>
2441         </ul>
2442       </td>
2443       <td>
2444         <ul>
2445           <li>HTML output writes groups and features</li>
2446           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2447           <li>File IO bugs</li>
2448         </ul>
2449       </td>
2450     </tr>
2451     <tr>
2452       <td>
2453         <div align="center">
2454           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2455         </div>
2456       </td>
2457       <td>
2458         <ul>
2459           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2460           <li>More options for PCA viewer</li>
2461         </ul>
2462       </td>
2463       <td>
2464         <ul>
2465           <li>GUI bugs resolved</li>
2466           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2467         </ul>
2468       </td>
2469     </tr>
2470     <tr>
2471       <td height="63">
2472         <div align="center">
2473           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2474         </div>
2475       </td>
2476       <td>
2477         <ul>
2478           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2479           <li>Jar files are executable</li>
2480           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2481         </ul>
2482       </td>
2483       <td>
2484         <ul>
2485           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2486           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2487           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2488         </ul>
2489       </td>
2490     </tr>
2491     <tr>
2492       <td>
2493         <div align="center">
2494           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2495         </div>
2496       </td>
2497       <td>
2498         <ul>
2499           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2500         </ul>
2501       </td>
2502       <td>
2503         <ul>
2504           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2505         </ul>
2506       </td>
2507     </tr>
2508     <tr>
2509       <td>
2510         <div align="center">
2511           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2512         </div>
2513       </td>
2514       <td>
2515         <ul>
2516           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2517             size</li>
2518         </ul>
2519       </td>
2520       <td>
2521         <ul>
2522           <li>Improved JPred client reliability</li>
2523           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2524         </ul>
2525       </td>
2526     </tr>
2527     <tr>
2528       <td>
2529         <div align="center">
2530           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2531         </div>
2532       </td>
2533       <td>
2534         <ul>
2535           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2536           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2537           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2538             to Colour Menu</li>
2539           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2540           <li>Unix users can set default web browser</li>
2541           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2542           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2543         </ul>
2544       </td>
2545       <td>
2546         <ul>
2547           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2548         </ul>
2549       </td>
2550     </tr>
2551     <tr>
2552       <td>
2553         <div align="center">
2554           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2555         </div>
2556       </td>
2557       <td>&nbsp;</td>
2558       <td>
2559         <ul>
2560           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2561             alignment order.</li>
2562         </ul>
2563       </td>
2564     </tr>
2565     <tr>
2566       <td>
2567         <div align="center">
2568           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2569         </div>
2570       </td>
2571       <td>
2572         <ul>
2573           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2574           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2575           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2576             annotations.</li>
2577           <li>Version and build date written to build properties
2578             file.</li>
2579           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2580             at launch of Jalview.</li>
2581         </ul>
2582       </td>
2583       <td>
2584         <ul>
2585           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2586           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2587           <li>Can remove groups one by one.</li>
2588           <li>Filechooser icons installed.</li>
2589           <li>Finder ignores return character when searching.
2590             Return key will initiate a search.<br>
2591           </li>
2592         </ul>
2593       </td>
2594     </tr>
2595     <tr>
2596       <td>
2597         <div align="center">
2598           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2599         </div>
2600       </td>
2601       <td>
2602         <ul>
2603           <li>New codebase</li>
2604         </ul>
2605       </td>
2606       <td>&nbsp;</td>
2607     </tr>
2608   </table>
2609   <p>&nbsp;</p>
2610 </body>
2611 </html>