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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
  51             <em>25/10/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><em>Application</em>
  55         <ul>
  56           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
  57             view if structures already loaded</li>
  58           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
  59             structure views</li>
  60         </ul></td>
  61       <td>
  62         <div align="left">
  63           <em>General</em>
  64           <ul>
  65             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
  66               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
  67             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
  68               example sequences/projects/trees</li>
  69           </ul>
  70           <em>Application</em>
  71           <ul>
  72             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
  73               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
  74             <li>Multiple structure views can be opened and
  75               superposed without timeout for structures with multiple
  76               models or multiple sequences in alignment</li>
  77             <li>Cannot import or associated local PDB files without
  78               a PDB ID HEADER line</li>
  79             <li>RMSD is not output in Jmol console when
  80               superposition is performed</li>
  81             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
  82               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
  83             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
  84             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
  85               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
  86               Refs UI option</li>
  87             <li>Exceptions are not raised in console when a new
  88               view is created on the alignment</li>
  89             <li>OSX right-click fixed for group selections:
  90               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
  91               to open group pop-up menu</li>
  92           </ul>
  93           <em>Build and deployment</em>
  94           <ul>
  95             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
  96               tags</li>
  97           </ul>
  98           <em>New Known Issues</em>
  99           <ul>
 100             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 101               work on Windows</li>
 102           </ul>
 103         </div>
 104       </td>
 105     </tr>
 106     <tr>
 107       <td width="60" nowrap>
 108         <div align="center">
 109           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 110         </div>
 111       </td>
 112       <td><em>General</em>
 113         <ul>
 114           <li>
 115           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 116           </li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 119             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 120             better PDB parsing.
 121           </li>
 122           <li>
 123             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 124             reference sequence
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 128             mousing over sequence associated annotation
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 132             for manual entry
 133           </li>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 136             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 137             for each column
 138           </li>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 141             showing or hiding columns containing a feature
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 145             group and sequence associated annotation labels
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 149             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 150             dialogs
 151           </li>
 152
 153         </ul> <em>Application</em>
 154         <ul>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 157             gene/transcript view
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 161             dialog
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 165             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 169             Pfam sources to xfam.org
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 176             over sequences in Jalview
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 180             regions in ENA and EMBL
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 184             for record retrieval via ENA rest API
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 188             complement operator
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 192             groovy script execution
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 196             alignment window's Calculate menu
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 200             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 204             calculation workers from groovy scripts
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 208             Jalview projects
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 212             associations are now saved/restored from project
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 216             before sequence fetcher is opened
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 220             database chooser opens a sequence fetcher
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 224             the UniProt REST API
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 228             the news reader opening
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 232             querying stored in preferences
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 236             search results
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 243             menu for nucleotide sequences
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 247             and feature counts preserves alignment ordering (and
 248             debugged for complex feature sets).
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 252             viewing structures with Jalview 2.10
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 256             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 257             Ensembl Genomes REST API
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 261             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 262             (Ensembl)
 263           </li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 266             sequences
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 270             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 271             data from external database records.
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 275             efficient recovery of sequence coding and alignment
 276             annotation relationships.
 277           </li>
 278         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 279         <ul>
 280           <li>
 281             -- JAL---
 282           </li>
 283         </ul> --></td>
 284       <td>
 285         <div align="left">
 286           <em>General</em>
 287           <ul>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 290               menu on OSX
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 294               includes graduated colourschemes
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 298               working with big alignments and lots of hidden columns
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 302               at right of alignment window
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 306               contents
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 310               for DNA alignments
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 314               based tree calculation
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 318               unconserved enabled for group on alignment
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 322               set as reference
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 326               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 327               annotation
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 331               hidden columns present
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 335               user created annotation added to alignment
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 339               '()' base pair annotation
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 343               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 344               Consensus
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 348               feature not working
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 352               beginning of sequence
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 356               entry 3a6s
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 360               from a tree when t-coffee scores are shown
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 364               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 368               some structures
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 372               to Clustal, PIR and PileUp output
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 376               not visible causes alignment window to repaint
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 380               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 381               scores associated with features and annotation rows
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 385               calculation should be case independent
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 389               columns
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 393               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 394               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 398               problems when reference sequence defined and 'show
 399               non-conserved' enabled
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 403               load even when Consensus calculation is disabled
 404             </li>
 405           </ul>
 406           <em>Application</em>
 407           <ul>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 410               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 411               yet fixed for El Capitan)
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 415               output when running on non-gb/us i18n platforms
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 419               hidden sequences as flat-file alignment
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 423               launching Chimera
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 427               (also hotfix for 2.9.0b2)
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 431               reference sequence defined
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 435               alignments and views when revealing hidden columns
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 439               view in a cDNA/Protein splitframe
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 443               sequence from project when only one sequence is
 444               represented
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 448               in Structure Chooser
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 452               structure consensus didn't refresh annotation panel
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 456               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 460               dialogs format columns correctly, don't display array
 461               data, sort columns according to type
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 465               file chooser is cancelled during an image export
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 469               sequence name containing special characters
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 473               case insensitive
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 477               formatting don't wrap
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 481               truncated so L looks like I in consensus annotation
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 485               currently displayed features for the current selection or
 486               view
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 490               after fetching cross-references, and restoring from project
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 494               followed in the structure viewer
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 498               splitframe not restored from project
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 502               trailing end of protein alignment in transcript/product
 503               splitview when pad-gaps not enabled by default
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 507               is case dependent
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 511               article has been read (reopened issue due to
 512               internationalisation problems)
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 516               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 517               cross-references
 518             </li>
 519
 520             <li>
 521               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 522               alignment as HTML
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 526               multiple structures are shown for one or more sequences.
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 530               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 531               is enabled.
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 535               specific PDB id for sequence
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 539               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 540               columns' is disabled.
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 544               selects lowest rather than highest resolution structures
 545               for each sequence
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 549               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 550             </li>
 551             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 552             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 553           </ul>
 554           <em>Applet</em>
 555           <ul>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 558               hidden columns present before start of sequence
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 562               (JSON jars)
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 566               sequences are hidden in applet
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 570               deployment on examples pages.
 571             </li>
 572           </ul>
 573         </div>
 574       </td>
 575     </tr>
 576     <tr>
 577       <td width="60" nowrap>
 578         <div align="center">
 579           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 580             <em>16/10/2015</em></strong>
 581         </div>
 582       </td>
 583       <td><em>General</em>
 584         <ul>
 585           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 586             jars</li>
 587         </ul></td>
 588       <td>
 589         <div align="left">
 590           <em>Application</em>
 591           <ul>
 592             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 593               shown when tree is partitioned</li>
 594             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 595               multiple cDNA/Protein split views</li>
 596           </ul>
 597         </div>
 598       </td>
 599     </tr>
 600     <tr>
 601       <td width="60" nowrap>
 602         <div align="center">
 603           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 604             <em>8/10/2015</em></strong>
 605         </div>
 606       </td>
 607       <td><em>General</em>
 608         <ul>
 609           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 610             2.9</li>
 611         </ul> <em>Application</em>
 612         <ul>
 613           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 614           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 615           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 616         </ul> <em>Applet</em>
 617         <ul>
 618           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 619         </ul></td>
 620       <td>
 621         <div align="left">
 622           <em>General</em>
 623           <ul>
 624             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 625               incorrect when sequence start > 1</li>
 626             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 627               documentation</li>
 628             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 629             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 630               loading a features file containing HTML tags in feature
 631               description</li>
 632
 633           </ul>
 634           <em>Application</em>
 635           <ul>
 636             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 637               reimport</li>
 638             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 639               with 'trim retrieved sequences'</li>
 640             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 641               deleting selected columns</li>
 642             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 643               JNLP templates for webstart launch</li>
 644             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 645               unreleased structures for download or viewing</li>
 646             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 647               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 648             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 649               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 650             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 651               recovered from jalview project</li>
 652             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 653               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 654               alignment view</li>
 655             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 656               color schemes from BioJSON</li>
 657           </ul>
 658           <em>Applet</em>
 659           <ul>
 660             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 661               frame</li>
 662             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 663           </ul>
 664         </div>
 665       </td>
 666     </tr>
 667     <tr>
 668       <td><div align="center">
 669           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 670         </div></td>
 671       <td><em>General</em>
 672         <ul>
 673           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 674             alignments:
 675             <ul>
 676               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 677                 and DNA alignment views</li>
 678               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 679                 cDNA alignment views</li>
 680               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 681                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 682               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 683                 protein sequences</li>
 684             </ul>
 685           </li>
 686           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 687           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 688             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 689           <li>New alignment annotation file statements for
 690             reference sequences and marking hidden columns</li>
 691           <li>Reference sequence based alignment shading to
 692             highlight variation</li>
 693           <li>Select or hide columns according to alignment
 694             annotation</li>
 695           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 696           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 697             acid conservation row</li>
 698           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 699         </ul> <em>Application</em>
 700         <ul>
 701           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 702             <ul>
 703               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 704                 view with cDNA/Protein</li>
 705               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 706                 sequences are placed in the same alignment</li>
 707               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 708                 projects</li>
 709             </ul>
 710           </li>
 711
 712           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 713           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 714             Jalview windows</li>
 715
 716           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 717           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 718           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 719             be shown in VARNA</li>
 720
 721           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 722             as the active selected region</li>
 723
 724           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 725             similarity</li>
 726           <li>New Export options
 727             <ul>
 728               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 729                 region export in flat file generation</li>
 730
 731               <li>Export alignment views for display with the <a
 732                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 733
 734               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 735               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 736                 alignment figures to HTML</li>
 737           </li>
 738           <li>3D structure retrieval and display
 739             <ul>
 740               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 741                 Search API</li>
 742               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 743                 PDB structures for a sequence set</li>
 744             </ul>
 745           </li>
 746
 747           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 748             predictions</li>
 749           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 750             for one or a group of sequences</li>
 751           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 752             from the JPred4 web server</li>
 753           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 754             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 755             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 756           </li>
 757           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 758             VARNA 2D Structure'</li>
 759           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 760             Structure ..."</li>
 761
 762         </ul> <em>Applet</em>
 763         <ul>
 764           <li>New layout for applet example pages</li>
 765           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 766             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 767           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 768             Protein alignments</li>
 769         </ul> <em>Development and deployment</em>
 770         <ul>
 771           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 772           <li>Include installation type and git revision in build
 773             properties and console log output</li>
 774           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 775             storing BioJsMSA Templates</li>
 776           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 777         </ul></td>
 778       <td>
 779         <!-- <em>General</em>
 780         <ul>
 781         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 782         <ul>
 783           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 784           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 785           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 786             predictions are not highlighted in amber</li>
 787           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 788             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 789           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 790             associated structure views</li>
 791           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 792             width checkbox not enabled</li>
 793           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 794             creating user defined colours</li>
 795           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 796             mappings for just that viewer's sequences</li>
 797           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 798             multiple models in Chimera</li>
 799           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 800             over Jmol structure</li>
 801           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 802             output to text box</li>
 803           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 804             have incorrect sequence start/end</li>
 805           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 806             Jalview fails</li>
 807           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 808             work for nucleotide</li>
 809           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 810             to a grey/invisible alignment window</li>
 811           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 812             imports to different position</li>
 813           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 814             on some platforms</li>
 815           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 816             populated</li>
 817           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 818             console if Chimera has been opened</li>
 819           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 820           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 821             retrieved</li>
 822           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 823           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 824             either sequence shows on first structure</li>
 825           <li>'Show annotations' options should not make
 826             non-positional annotations visible</li>
 827           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 828             in right place after 'view flanking regions'</li>
 829           <li>File Save As type unset when current file format is
 830             unknown</li>
 831           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 832             projects</li>
 833           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 834             responsive</li>
 835           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 836             several views on same alignment</li>
 837           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 838           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 839             spaces</li>
 840         </ul> <em>Applet</em>
 841         <ul>
 842           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 843           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 844             descriptions containing angle brackets</li>
 845         </ul> <em>General</em>
 846         <ul>
 847           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 848             via jalview annotation file</li>
 849           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 850             with RNA secondary structure</li>
 851           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 852             translation doesn't work.</li>
 853           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 854           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 855             positions</li>
 856           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 857             choosing 1pt font</li>
 858           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 859             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 860             'h'</li>
 861           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 862             new feature</li>
 863           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 864             order dependent</li>
 865           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 866             sequences</li>
 867           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 868         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 869         <ul>
 870           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 871             www.jalview.org</li>
 872         </ul> <em>Application Known issues</em>
 873         <ul>
 874           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 875           <li>Misleading message appears after trying to delete
 876             solid column.</li>
 877           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 878             version launches</li>
 879           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 880             fails with a sequence mismatch</li>
 881           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 882             scrolling alignment to right</li>
 883           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 884             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 885           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 886             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 887           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 888             ultra-high resolution</li>
 889           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 890             quality and conservation</li>
 891           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 892             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 893         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 894         <ul>
 895           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 896           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 897             window is being resized</li>
 898
 899         </ul>
 900       </td>
 901     </tr>
 902     <tr>
 903       <td><div align="center">
 904           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 905         </div></td>
 906       <td><em>General</em>
 907         <ul>
 908           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 909             Certum.PL.</li>
 910           <li>Features and annotation preserved when performing
 911             pairwise alignment</li>
 912           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 913             imported/exported/displayed</li>
 914           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 915             protein secondary structure</li>
 916           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 917               post-hoc with 2.9 release</em>)
 918           </li>
 919
 920         </ul> <em>Application</em>
 921         <ul>
 922           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 923             with 3D structures</li>
 924           <li>Support for parsing RNAML</li>
 925           <li>Annotations menu for layout
 926             <ul>
 927               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 928               <li>place sequence annotation above/below alignment
 929                 annotation</li>
 930             </ul>
 931           <li>Output in Stockholm format</li>
 932           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 933             translation</li>
 934           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 935           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 936             shared between alignments</li>
 937           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 938             Jalview</li>
 939           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 940             all or current selection</li>
 941           <li>disorder and secondary structure predictions
 942             available as dataset annotation</li>
 943           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 944
 945
 946           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 947             alignments from Rfam</li>
 948           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 949
 950           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 951             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 952           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 953           <li>include installation type in build properties and
 954             console log output</li>
 955           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 956             annotation</li>
 957         </ul></td>
 958       <td>
 959         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 960         <ul>
 961           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 962             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 963           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 964             alignment</li>
 965           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 966           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 967           <li>Double click on sequence associated annotation
 968             selects only first column</li>
 969           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 970             leaves shown in tree</li>
 971           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 972             properly</li>
 973           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 974           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 975             screen and buttons not visible</li>
 976           <li>author list isn't updated if already written to
 977             Jalview properties</li>
 978           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 979             from database</li>
 980           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 981           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 982             browser search window</li>
 983           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 984             in feature settings dialog</li>
 985           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 986             desktop</li>
 987           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 988             pass validation</li>
 989           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 990             fit on screen</li>
 991           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 992             tooltip</li>
 993           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 994             defined user preset</li>
 995           <li>MSA web services warns user if they were launched
 996             with invalid input</li>
 997           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 998             Java 8</li>
 999           <li>
1000             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1001             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1002             created
1003           </li>
1004
1005         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1006                                 <ul>
1007                                 </ul> <em>General</em>
1008                                 <ul>
1009                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1010         <ul>
1011           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1012             memory allocation</li>
1013           <li>launchApp service doesn't automatically open
1014             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1015           <li>
1016             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1017             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1018             1.7_055 is available
1019           </li>
1020         </ul> <em>Application Known issues</em>
1021         <ul>
1022           <li>
1023             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1024             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1025             alignment to right
1026           </li>
1027           <li>
1028             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1029             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1030             with large number of ID
1031           </li>
1032           <li>
1033             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1034             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1035             start/end
1036           </li>
1037           <li>
1038             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1039             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1040             structure tracks are rearranged
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1044             invalid rna structure positional highlighting does not
1045             highlight position of invalid base pairs
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1049             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1050             project from alignment window file menu
1051           </li>
1052           <li>
1053             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1054             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1055             structures
1056           </li>
1057           <li>
1058             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1059             colour by RNA Helices not enabled when user created
1060             annotation added to alignment
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1064             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1065           </li>
1066         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1067         <ul>
1068           <li>
1069             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1070             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1074             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1075           </li>
1076
1077           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1078             when selected</li>
1079         </ul>
1080       </td>
1081     </tr>
1082     <tr>
1083       <td><div align="center">
1084           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1085         </div></td>
1086       <td>
1087         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1088         <em>General</em>
1089         <ul>
1090           <li>Internationalisation of user interface (usually
1091             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1092           <li>Define/Undefine group on current selection with
1093             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1094           <li>Improved group creation/removal options in
1095             alignment/sequence Popup menu</li>
1096           <li>Sensible precision for symbol distribution
1097             percentages shown in logo tooltip.</li>
1098           <li>Annotation panel height set according to amount of
1099             annotation when alignment first opened</li>
1100         </ul> <em>Application</em>
1101         <ul>
1102           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1103             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1104           <li>Select columns containing particular features from
1105             Feature Settings dialog</li>
1106           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1107             sequences</li>
1108           <li>Update Jalview project format:
1109             <ul>
1110               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1111               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1112                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1113               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1114                 colouring</li>
1115             </ul>
1116           </li>
1117           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1118             (PAM250)</li>
1119           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1120             flanking regions for an alignment</li>
1121         </ul>
1122       </td>
1123       <td>
1124         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1125         <ul>
1126           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1127             running after job is cancelled</li>
1128           <li>cannot export features from alignments imported from
1129             Jalview/VAMSAS projects</li>
1130           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1131             float values</li>
1132           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1133             have 'display all symbols' flag set</li>
1134           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1135             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1136           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1137             Jalview</li>
1138           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1139             Lion/Webstart</li>
1140           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1141           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1142           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1143             alignment onto desktop</li>
1144           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1145             'extract scores' function</li>
1146           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1147             alignment window</li>
1148           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1149             performing IUPred disorder prediction</li>
1150           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1151             changing 'normalise logo' display setting</li>
1152           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1153             nothing matches query</li>
1154           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1155             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1156           </li>
1157           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1158             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1159           </li>
1160           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1161             Jalview's menu</li>
1162           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1163             'invalid literal/length code'</li>
1164           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1165             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1166           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1167             colourscheme</li>
1168
1169         </ul> <em>Applet</em>
1170         <ul>
1171           <li>Remove group option is shown even when selection is
1172             not a group</li>
1173           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1174             don't affect groups</li>
1175           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1176             colourscheme name</li>
1177           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1178             Annotation panel is not displayed</li>
1179           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1180             embedded windows</li>
1181         </ul> <em>Other</em>
1182         <ul>
1183           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1184             single sequence were not calculated</li>
1185           <li>annotation files that contain only groups imported as
1186             annotation and junk sequences</li>
1187           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1188             recognised as PFAM or BLC</li>
1189           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1190             doesn't affect background (2.8.0b1)
1191           <li></li>
1192           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1193           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1194             trailing gaps</li>
1195           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1196             registered correctly on import</li>
1197           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1198             certain alignments</li>
1199           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1200             existing annotation based 'use original colours'
1201             colourscheme loses original colours setting</li>
1202         </ul>
1203       </td>
1204     </tr>
1205     <tr>
1206       <td><div align="center">
1207           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1208             <em>30/1/2014</em></strong>
1209         </div></td>
1210       <td>
1211         <ul>
1212           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1213             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1214             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1215             open source project).
1216           </li>
1217           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1218           </li>
1219           <li>Output in Stockholm format</li>
1220           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1221           <li>Export/import group and sequence associated line
1222             graph thresholds</li>
1223           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1224             ambiguity codes</li>
1225           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1226             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1227             works</li>
1228           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1229         </ul> <em>Other improvements</em>
1230         <ul>
1231           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1232           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1233             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1234           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1235             files</li>
1236           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1237           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1238             link but no description</li>
1239           <li>Select primary source when selecting authority in
1240             database fetcher GUI</li>
1241           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1242             Jalview</li>
1243           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1244         </ul>
1245       </td>
1246       <td>
1247         <ul>
1248           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1249             displayed</li>
1250           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1251             secondary structure annotation line</li>
1252           <li>Sequence database accessions not imported when
1253             fetching alignments from Rfam</li>
1254           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1255             identical IDs</li>
1256           <li>View all structures does not always superpose
1257             structures</li>
1258           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1259             reflect user or preset settings</li>
1260           <li>Null pointer exceptions for some services without
1261             presets or adjustable parameters</li>
1262           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1263             discover PDB xRefs</li>
1264           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1265             features with DAS</li>
1266           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1267             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1268           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1269             residue follows a gap</li>
1270           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1271             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1272           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1273             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1274           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1275             annotation already exists on alignment</li>
1276           <li>oninit javascript function should be called after
1277             initialisation completes</li>
1278           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1279             alignment window display</li>
1280           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1281           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1282             to annotation file</li>
1283           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1284             groups created</li>
1285           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1286             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1287           <li>Pressing return several times causes Number Format
1288             exceptions in keyboard mode</li>
1289           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1290             correct partitions for input data</li>
1291           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1292           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1293           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1294           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1295             mode</li>
1296           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1297             changes one row&#39;s threshold</li>
1298           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1299             doesn&#39;t open</li>
1300           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1301             quality histograms</li>
1302         </ul>
1303       </td>
1304     </tr>
1305     <tr>
1306       <td><div align="center">
1307           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1308         </div></td>
1309       <td><em>Application</em>
1310         <ul>
1311           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1312             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1313           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1314             preferences</li>
1315           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1316             in Jalview alignment window</li>
1317           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1318             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1319           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1320             RNA and ambiguity codes</li>
1321
1322           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1323           <li>Support fetching and database reference look up
1324             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1325             refs')</li>
1326           <li>Jalview project improvements
1327             <ul>
1328               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1329                 flag for annotation</li>
1330               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1331                 alignment</li>
1332               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1333                 Jalview project</li>
1334
1335             </ul>
1336           </li>
1337           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1338           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1339             running</li>
1340           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1341           <li>visual indication that web service results are still
1342             being retrieved from server</li>
1343           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1344             starts up for first time</li>
1345           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1346             services</li>
1347           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1348             client library</li>
1349           <li>Examples directory and Groovy library included in
1350             InstallAnywhere distribution</li>
1351         </ul> <em>Applet</em>
1352         <ul>
1353           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1354             visualization applet example</li>
1355         </ul> <em>General</em>
1356         <ul>
1357           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1358           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1359             defaults</li>
1360           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1361             calculation</li>
1362           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1363             matrices
1364           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1365             in HTML</li>
1366           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1367             structure contacts</li>
1368           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1369           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1370           <li>Parse sequence associated secondary structure
1371             information in Stockholm files</li>
1372           <li>HTML Export database accessions and annotation
1373             information presented in tooltip for sequences</li>
1374           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1375             style RNA alignment files</li>
1376           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1377             alignment</li>
1378           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1379             shade each sequence according to its associated alignment
1380             annotation</li>
1381           <li>New Jalview Logo</li>
1382         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1383         <ul>
1384           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1385           <li>New Website!</li>
1386         </ul></td>
1387       <td><em>Application</em>
1388         <ul>
1389           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1390             wsdbfetch REST service</li>
1391           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1392           <li>Filetype associations not installed for webstart
1393             launch</li>
1394           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1395             job execution in full once it is complete</li>
1396           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1397             uploaded via ali_file parameter</li>
1398           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1399           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1400           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1401             submitted for prediction</li>
1402           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1403             desktop window</li>
1404           <li>Putting fractional value into integer text box in
1405             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1406           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1407             windows 7</li>
1408           <li>View all structures fails with exception shown in
1409             structure view</li>
1410           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1411             escaped in a platform independent way</li>
1412           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1413             using proxy</li>
1414           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1415             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1416           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1417             failure when java web start temporary file caching is
1418             disabled</li>
1419           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1420             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1421           <li>Errors during processing of command line arguments
1422             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1423           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1424             DAS sources in sequence fetcher</li>
1425           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1426             dialog is shown</li>
1427           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1428           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1429           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1430           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1431             on OSX Mountain Lion</li>
1432           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1433             sequences with alignment annotation are pasted into the
1434             alignment</li>
1435           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1436             when loaded from Jalview project</li>
1437           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1438           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1439             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1440           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1441             associated with all views</li>
1442           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1443             annotation rows to new window</li>
1444         </ul> <em>Applet</em>
1445         <ul>
1446           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1447             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1448           <li>loading features via javascript API automatically
1449             enables feature display</li>
1450           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1451             work</li>
1452         </ul> <em>General</em>
1453         <ul>
1454           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1455           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1456             and then deselected</li>
1457           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1458           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1459             coloured with clustalx</li>
1460           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1461             exceptions and redraw errors</li>
1462           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1463             reconfigured view</li>
1464           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1465             colour</li>
1466           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1467             for lots of labels</li>
1468         </ul>
1469     </tr>
1470     <tr>
1471       <td>
1472         <div align="center">
1473           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1474         </div>
1475       </td>
1476       <td><em>Application</em>
1477         <ul>
1478           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1479           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1480           <li>View/alignment association menu to enable user to
1481             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1482             its colours/correspondences from</li>
1483           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1484           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1485             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1486           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1487           <li>Annotation row column label formatting attributes
1488             stored in project file</li>
1489           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1490             rows preserved in Jalview project file</li>
1491           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1492             saved using Desktop window menu</li>
1493           <li>Visual indication that command line arguments are
1494             still being processed</li>
1495           <li>Groovy script execution from URL</li>
1496           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1497             preferences</li>
1498           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1499             alignment with sequences that have high similarity and
1500             matching IDs</li>
1501           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1502           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1503             structures in same window</li>
1504           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1505           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1506             analysis function in its own submenu</li>
1507         </ul> <em>Applet</em>
1508         <ul>
1509           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1510             groups</li>
1511           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1512           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1513           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1514           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1515           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1516             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1517           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1518           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1519             parameters are treated as such</li>
1520           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1521             <ul>
1522               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1523               <li>Javascript callbacks for
1524                 <ul>
1525                   <li>Applet initialisation</li>
1526                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1527                 </ul>
1528               </li>
1529               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1530                 functions</li>
1531               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1532               <li>javascript structure viewer harness to pass
1533                 messages between Jmol and Jalview when running as
1534                 distinct applets</li>
1535               <li>sortBy method</li>
1536               <li>Set of applet and application examples shipped
1537                 with documentation</li>
1538               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1539                 javascript message exchange</li>
1540             </ul>
1541         </ul> <em>General</em>
1542         <ul>
1543           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1544             multiple alignments</li>
1545           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1546           <li>User configurable link to enable redirects to a
1547             www.Jalview.org mirror</li>
1548           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1549           <li>Configurable newline string when writing alignment
1550             and other flat files</li>
1551           <li>Allow alignment annotation description lines to
1552             contain html tags</li>
1553         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1554         <ul>
1555           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1556             examples</li>
1557           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1558             using a web service before displaying the result in the
1559             Jalview desktop</li>
1560           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1561           <li>Ant target to publish example html files with applet
1562             archive</li>
1563           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1564           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1565         </ul></td>
1566       <td><em>Application</em>
1567         <ul>
1568           <li>User defined colourscheme throws exception when
1569             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1570           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1571             dialog for valid filename/format</li>
1572           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1573           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1574             P37173</li>
1575           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1576             which sequence is to be associated with the file</li>
1577           <li>Find All raises null pointer exception when query
1578             only matches sequence IDs</li>
1579           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1580           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1581             2.4 cannot be loaded</li>
1582           <li>Filetype associations not installed for webstart
1583             launch</li>
1584           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1585             with sequences in different alignments do not get coloured
1586             by their associated sequence</li>
1587           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1588             not preserved when project is loaded</li>
1589           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1590             stored in Jalview project</li>
1591           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1592             Jalview project</li>
1593           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1594           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1595             by conservation</li>
1596           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1597             created on new view</li>
1598           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1599             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1600           <li>Alignment quality not updated after alignment
1601             annotation row is hidden then shown</li>
1602           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1603             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1604           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1605             properly</li>
1606           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1607             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1608           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1609           <li>Structures imported from file and saved in project
1610             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1611           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1612             job execution in full once it is complete</li>
1613         </ul> <em>Applet</em>
1614         <ul>
1615           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1616             annotation rows are displayed</li>
1617           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1618             codebase</li>
1619           <li>View follows highlighting does not work for positions
1620             in sequences</li>
1621           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1622           <li>Export features raises exception when no features
1623             exist</li>
1624           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1625             for javascript api is modified when separator string
1626             provided as parameter</li>
1627           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1628             alignment with no existing selection</li>
1629           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1630             to applet&#39;s codebase</li>
1631           <li>Status bar not updated after finished searching and
1632             search wraps around to first result</li>
1633           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1634             several Jalview applets causes race conditions and memory
1635             leaks</li>
1636           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1637             not sent from Jmol in applet</li>
1638           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1639             applet API fatally hang browser</li>
1640         </ul> <em>General</em>
1641         <ul>
1642           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1643             position with wrapped view and hidden regions</li>
1644           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1645             with/without hidden columns</li>
1646           <li>Sequence length given in alignment properties window
1647             is off by 1</li>
1648           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1649             import PDB like structure files</li>
1650           <li>Positional search results are only highlighted
1651             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1652           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1653           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1654             given sequence position</li>
1655           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1656             output</li>
1657           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1658             from nucleotide chains correctly</li>
1659           <li>Structure colours not updated when tree partition
1660             changed in alignment</li>
1661           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1662             parsed in interleaved stockholm</li>
1663           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1664             state</li>
1665           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1666             properly</li>
1667           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1668             properly associated with their pdb files</li>
1669         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1670         <ul>
1671           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1672             ApplyCopyright tool</li>
1673         </ul></td>
1674     </tr>
1675     <tr>
1676       <td>
1677         <div align="center">
1678           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1679         </div>
1680       </td>
1681       <td><em>Application</em>
1682         <ul>
1683           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1684             contact web services</li>
1685           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1686             service job window</li>
1687           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1688         </ul></td>
1689       <td>
1690         <ul>
1691           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1692             pir file emitted by Jalview</li>
1693           <li>Existing feature settings transferred to new
1694             alignment view created from cut'n'paste</li>
1695           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1696             parsing PDB files</li>
1697           <li>Consensus and conservation annotation rows
1698             occasionally become blank for all new windows</li>
1699           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1700             in wrapped view mode</li>
1701         </ul> <em>Application</em>
1702         <ul>
1703           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1704             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1705           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1706             parameter names</li>
1707           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1708             is down</li>
1709         </ul>
1710       </td>
1711     </tr>
1712     <tr>
1713       <td>
1714         <div align="center">
1715           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1716         </div>
1717       </td>
1718       <td><em>Application</em>
1719         <ul>
1720           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1721             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1722             (JABAWS)
1723           </li>
1724           <li>Web Services preference tab</li>
1725           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1726             preferences</li>
1727           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1728           <li>Superpose structures using associated sequence
1729             alignment</li>
1730           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1731             viewer</li>
1732         </ul> <em>Applet</em>
1733         <ul>
1734           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1735             link out mechanism</li>
1736         </ul> <em>Other</em>
1737         <ul>
1738           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1739             series 12</li>
1740           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1741             require Java 1.5</li>
1742           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1743             sequence annotation files</li>
1744           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1745             type colour specification</li>
1746           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1747             script to check if it being run in an interactive session or
1748             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1749         </ul></td>
1750       <td>
1751         <ul>
1752           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1753             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1754         </ul> <em>Application</em>
1755         <ul>
1756           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1757             selected Regions menu item</li>
1758           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1759             part of a valid accession ID</li>
1760           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1761             runs out of memory</li>
1762           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1763             analysis results</li>
1764           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1765             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1766           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1767         </ul> <em>Applet</em>
1768         <ul>
1769           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1770             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1771             defined.</li>
1772         </ul>
1773       </td>
1774     </tr>
1775     <tr>
1776       <td>
1777         <div align="center">
1778           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1779         </div>
1780       </td>
1781       <td></td>
1782       <td>
1783         <ul>
1784           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1785             sequence IDs</li>
1786           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1787             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1788           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1789             import correctly</li>
1790           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1791             number of columns are hidden</li>
1792           <li>annotation label popup menu not providing correct
1793             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1794             present</li>
1795           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1796             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1797           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1798             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1799
1800         </ul> <em>Applet</em>
1801         <ul>
1802           <li>annotation panel disappears when annotation is
1803             hidden/removed</li>
1804         </ul> <em>Application</em>
1805         <ul>
1806           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1807             alignment opened where annotation panel is visible but no
1808             annotations are present on alignment</li>
1809           <li>pasted region containing hidden columns is
1810             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1811           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1812             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1813           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1814             selected Rregions menu item.</li>
1815           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1816             'Un' or 'Non'conserved</li>
1817           <li>Sequence feature settings are being shared by
1818             multiple distinct alignments</li>
1819           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1820             changed</li>
1821           <li>double click on group annotation to select sequences
1822             does not propagate to associated trees</li>
1823           <li>Mac OSX specific issues:
1824             <ul>
1825               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1826                 window background</li>
1827               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1828                 name set correctly</li>
1829               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1830                 save feature colourscheme button</li>
1831             </ul>
1832           </li>
1833         </ul>
1834       </td>
1835     </tr>
1836     <tr>
1837
1838       <td>
1839         <div align="center">
1840           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1841         </div>
1842       </td>
1843       <td><em>New Capabilities</em>
1844         <ul>
1845           <li>URL links generated from description line for
1846             regular-expression based URL links (applet and application)
1847
1848
1849
1850
1851
1852
1853           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1854             menu</li>
1855           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1856             structures</li>
1857           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1858             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1859           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1860             average score or total feature count for each sequence.</li>
1861           <li>Shading features by score or associated description</li>
1862           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1863             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1864           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1865             hide everything but the currently selected region.</li>
1866           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1867         </ul> <em>Application</em>
1868         <ul>
1869           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1870             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1871           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1872             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1873           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1874             database references and protein_name is parsed as
1875             description line (BioSapiens terms).</li>
1876           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1877             references in sequence ID tooltip from View menu in
1878             application.</li>
1879           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1880                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1881           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1882             conservation plots</li>
1883           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1884             and visualized as sequence logos</li>
1885           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1886             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1887           </li>
1888           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1889             when a new tree is opened.</li>
1890           <li>Jalview Java Console</li>
1891           <li>Better placement of desktop window when moving
1892             between different screens.</li>
1893           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1894             consensus annotation</li>
1895           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1896             Workflows</li>
1897           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1898             <ul>
1899               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1900                 used to preserve views, structures, and tree display
1901                 settings)</li>
1902               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1903                 command line</li>
1904               <li>Sharing of selected regions between views and
1905                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1906               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1907             </ul></li>
1908         </ul> <em>Applet</em>
1909         <ul>
1910           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1911           <li>New Parameters
1912             <ul>
1913               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1914                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1915                 opened.</li>
1916               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1917                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1918               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1919                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1920               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1921                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1922                 view</li>
1923               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1924                 increase the height or width of a cell in the alignment
1925                 grid relative to the current font size.</li>
1926             </ul>
1927           </li>
1928           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1929             tooltip</li>
1930         </ul> <em>Other</em>
1931         <ul>
1932           <li>Features format: graduated colour definitions and
1933             specification of feature scores</li>
1934           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1935             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1936             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1937           <li>XML formats extended to support graduated feature
1938             colourschemes, group associated annotation, and profile
1939             visualization settings.</li></td>
1940       <td>
1941         <ul>
1942           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1943             rather than description</li>
1944           <li>Non-positional features are now included in sequence
1945             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1946             visibility in tooltip).</li>
1947           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1948           <li>Added URL embedding instructions to features file
1949             documentation.</li>
1950           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1951             'X' in peptide product</li>
1952           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1953             sequence ID and sequence string and query strings do not
1954             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1955           <li>AMSA files only contain first column of
1956             multi-character column annotation labels</li>
1957           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1958             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1959             exported and re-imported)</li>
1960           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1961             name</li>
1962           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1963             as subsequence matches, and correctly reports total number
1964             of both.</li>
1965           <li>Application:
1966             <ul>
1967               <li>Better handling of exceptions during sequence
1968                 retrieval</li>
1969               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1970                 link text excludes the start_end suffix</li>
1971               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1972                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1973               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1974               <li>Sequence description lines properly shared via
1975                 VAMSAS</li>
1976               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1977                 data sources</li>
1978               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1979                 completes before alignment figures are generated.</li>
1980               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1981                 first time.</li>
1982               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1983                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1984               <li>User defined group colours properly recovered
1985                 from Jalview projects.</li>
1986             </ul>
1987           </li>
1988         </ul>
1989       </td>
1990
1991     </tr>
1992     <tr>
1993       <td>
1994         <div align="center">
1995           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1996         </div>
1997       </td>
1998       <td>
1999         <ul>
2000           <li>Experimental support for google analytics usage
2001             tracking.</li>
2002           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2003         </ul>
2004       </td>
2005       <td>
2006         <ul>
2007           <li>Race condition in applet preventing startup in
2008             jre1.6.0u12+.</li>
2009           <li>Exception when feature created from selection beyond
2010             length of sequence.</li>
2011           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2012           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2013             all sequences with a given id</li>
2014           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2015             ID string searches</li>
2016           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2017             alignment to fail with exception</li>
2018         </ul> <em>Application Issues</em>
2019         <ul>
2020           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2021           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2022             data sources</li>
2023         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2024         <ul>
2025           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2026             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2027           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2028             version (java class versioning error fixed)</li>
2029         </ul>
2030       </td>
2031     </tr>
2032     <tr>
2033       <td>
2034
2035         <div align="center">
2036           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2037         </div>
2038       </td>
2039       <td><em>User Interface</em>
2040         <ul>
2041           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2042             translation and protein products</li>
2043           <li>Linked highlighting of structure associated with
2044             residue mapping to codon position</li>
2045           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2046             and 'clear' button</li>
2047           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2048             Tools menu</li>
2049           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2050             numeric data in description line</li>
2051           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2052           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2053             of sequence</li>
2054         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2055         <ul>
2056           <li>JPred3 web service</li>
2057           <li>Prototype sequence search client (no public services
2058             available yet)</li>
2059           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2060             PFAM</li>
2061           <li>URL Links created for matching database cross
2062             references as well as sequence ID</li>
2063           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2064         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2065         <ul>
2066           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2067             databases</li>
2068           <li>Generalised database reference retrieval and
2069             validation to all fetchable databases</li>
2070           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2071             sequence command</li>
2072         </ul> <em>Import and Export</em>
2073         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2074         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2075           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2076         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2077           File</li>
2078         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2079           triplet as name of colourscheme</li>
2080         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2081         <ul>
2082           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2083           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2084             alignments (experimental)</li>
2085           <li>Create new or select existing session to join</li>
2086           <li>load and save of vamsas documents</li>
2087         </ul> <em>Application command line</em>
2088         <ul>
2089           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2090             from applet)</li>
2091           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2092             of DAS servers to query for alignment features</li>
2093           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2094             that are also automatically queried for features</li>
2095           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2096             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2097         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2098         <ul>
2099           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2100             application (when using &quot;View in full
2101             application&quot;)</li>
2102         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2103         <ul>
2104           <li>feature group display control parameter</li>
2105           <li>debug parameter</li>
2106           <li>showbutton parameter</li>
2107         </ul> <em>Applet API methods</em>
2108         <ul>
2109           <li>newView public method</li>
2110           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2111           <li>Feature display control methods</li>
2112           <li>get list of currently selected sequences</li>
2113         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2114         <ul>
2115           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2116           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2117             Jalview release.</li>
2118           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2119             property controls execution of obfuscator</li>
2120           <li>Build target for generating source distribution</li>
2121           <li>Debug flag for javacc</li>
2122           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2123             jalview.bin.Cache</li>
2124           <li>Continuous Build Integration for stable and
2125             development version of Application, Applet and source
2126             distribution</li>
2127         </ul></td>
2128       <td>
2129         <ul>
2130           <li>selected region output includes visible annotations
2131             (for certain formats)</li>
2132           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2133             for editing</li>
2134           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2135           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2136           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2137           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2138             comments</li>
2139           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2140             filenames containing a ':'</li>
2141           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2142             global sequence features</li>
2143           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2144             references from alignment sequences goes to zero</li>
2145           <li>Close of tree branch colour box without colour
2146             selection causes cascading exceptions</li>
2147           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2148           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2149             file parsing fails.</li>
2150           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2151           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2152             not a valid output format</li>
2153           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2154             vamsas</li>
2155           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2156           <li>error messages passed up and output when data read
2157             fails</li>
2158           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2159             sequence is edited</li>
2160           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2161             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2162           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2163             filetype</li>
2164           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2165             import fixed for PFAM records</li>
2166           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2167             window list</li>
2168           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2169             can be read and written correctly to annotation file</li>
2170           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2171             correctly</li>
2172           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2173             non-italic font for representatives in Applet</li>
2174           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2175             Macs.</li>
2176           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2177             Applet)</li>
2178           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2179             due to null pointer exceptions</li>
2180           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2181             first column of alignment</li>
2182           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2183             July 2008</li>
2184           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2185             file is case-insensitive</li>
2186           <li>Sequence features read from Features file appended to
2187             all sequences with matching IDs</li>
2188           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2189             containing a sub-sequence</li>
2190           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2191           <li>feature and annotation file applet parameters
2192             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2193           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2194           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2195             splash-screen version check to complete</li>
2196           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2197             when passing them to the launchApp service</li>
2198           <li>display name and local features preserved in results
2199             retrieved from web service</li>
2200           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2201             sequence fetcher initialisation</li>
2202           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2203             dasobert DAS client</li>
2204           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2205             association</li>
2206           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2207             sequences
2208           </li>
2209         </ul>
2210       </td>
2211     </tr>
2212     <tr>
2213       <td>
2214         <div align="center">
2215           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2216         </div>
2217       </td>
2218       <td>
2219         <ul>
2220           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2221           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2222           <li>Slide sequences</li>
2223           <li>Edit sequence in place</li>
2224           <li>EMBL CDS features</li>
2225           <li>DAS Feature mapping</li>
2226           <li>Feature ordering</li>
2227           <li>Alignment Properties</li>
2228           <li>Annotation Scores</li>
2229           <li>Sort by scores</li>
2230           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2231         </ul>
2232       </td>
2233       <td>
2234         <ul>
2235           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2236           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2237           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2238           <li>Feature group display state in XML</li>
2239           <li>Feature ordering in XML</li>
2240           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2241           <li>Stockholm alignment properties</li>
2242           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2243           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2244           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2245           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2246         </ul>
2247       </td>
2248
2249     </tr>
2250     <tr>
2251       <td>
2252         <div align="center">
2253           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2254         </div>
2255       </td>
2256       <td>
2257         <ul>
2258           <li>Non standard characters can be read and displayed
2259           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2260             applet via textbox
2261           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2262             name &amp; description
2263           <li>Preference setting to display sequence name in
2264             italics
2265           <li>Annotation file format extended to allow
2266             Sequence_groups to be defined
2267           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2268             specified in preferences
2269           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2270             sequences
2271         </ul>
2272       </td>
2273       <td>
2274         <ul>
2275           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2276             installed
2277           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2278           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2279         </ul>
2280       </td>
2281     </tr>
2282     <tr>
2283       <td>
2284         <div align="center">
2285           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2286         </div>
2287       </td>
2288       <td>
2289         <ul>
2290           <li>Multiple views on alignment
2291           <li>Sequence feature editing
2292           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2293           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2294           <li>Background dependent text colour
2295           <li>Right align sequence ids
2296           <li>User-defined lower case residue colours
2297           <li>Format Menu
2298           <li>Select Menu
2299           <li>Menu item accelerator keys
2300           <li>Control-V pastes to current alignment
2301           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2302           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2303           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2304
2305
2306
2307
2308
2309
2310           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2311         </ul>
2312       </td>
2313       <td>
2314         <ul>
2315           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2316           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2317             calculations
2318           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2319             edits
2320           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2321             of alignment)
2322           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2323
2324
2325
2326
2327
2328
2329           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2330             display correctly
2331           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2332           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2333             analysis results
2334           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2335             &#8739;
2336           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2337           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2338           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2339
2340
2341
2342
2343
2344
2345         </ul>
2346       </td>
2347     </tr>
2348     <tr>
2349       <td>
2350         <div align="center">
2351           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2352         </div>
2353       </td>
2354       <td>
2355         <ul>
2356           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2357         </ul>
2358       </td>
2359       <td>
2360         <ul>
2361           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2362             sequence id panel has been resized</li>
2363           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2364             rendered</li>
2365           <li>Annotation files with sequence references - all
2366             elements in file are relative to sequence position</li>
2367           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2368         </ul>
2369       </td>
2370     </tr>
2371     <tr>
2372       <td>
2373         <div align="center">
2374           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2375         </div>
2376       </td>
2377       <td>
2378         <ul>
2379           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2380           <li>DAS Feature fetching</li>
2381           <li>Hide sequences and columns</li>
2382           <li>Export Annotations and Features</li>
2383           <li>GFF file reading / writing</li>
2384           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2385             files</li>
2386           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2387           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2388           <li>Applet can launch the full application</li>
2389           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2390             required)</li>
2391           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2392           <li>Applet can load sequences from parameter
2393             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2394           </li>
2395         </ul>
2396       </td>
2397       <td>
2398         <ul>
2399           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2400           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2401           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2402         </ul>
2403       </td>
2404     </tr>
2405     <tr>
2406       <td>
2407         <div align="center">
2408           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2409         </div>
2410       </td>
2411       <td>
2412         <ul>
2413           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2414           <li>Choose to match case when searching</li>
2415           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2416             expand the visible width and height of the alignment</li>
2417         </ul>
2418       </td>
2419       <td>
2420         <ul>
2421           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2422         </ul>
2423       </td>
2424     </tr>
2425     <tr>
2426       <td>
2427         <div align="center">
2428           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2429         </div>
2430       </td>
2431       <td>&nbsp;</td>
2432       <td>
2433         <ul>
2434           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2435           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2436             value</li>
2437         </ul>
2438       </td>
2439     </tr>
2440     <tr>
2441       <td>
2442         <div align="center">
2443           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2444         </div>
2445       </td>
2446       <td>
2447         <ul>
2448           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2449           <li>Keyboard editing</li>
2450           <li>Create sequence features from searches</li>
2451           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2452             alignments</li>
2453           <li>Features file allows grouping of features</li>
2454           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2455           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2456           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2457         </ul>
2458       </td>
2459       <td>
2460         <ul>
2461           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2462           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2463             descriptions saved.</li>
2464         </ul>
2465       </td>
2466     </tr>
2467     <tr>
2468       <td>
2469         <div align="center">
2470           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2471         </div>
2472       </td>
2473       <td>
2474         <ul>
2475           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2476           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2477           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2478             name for file output</li>
2479           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2480           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2481             used for HTML form input</li>
2482         </ul>
2483       </td>
2484       <td>
2485         <ul>
2486           <li>HTML output writes groups and features</li>
2487           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2488           <li>File IO bugs</li>
2489         </ul>
2490       </td>
2491     </tr>
2492     <tr>
2493       <td>
2494         <div align="center">
2495           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2496         </div>
2497       </td>
2498       <td>
2499         <ul>
2500           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2501           <li>More options for PCA viewer</li>
2502         </ul>
2503       </td>
2504       <td>
2505         <ul>
2506           <li>GUI bugs resolved</li>
2507           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2508         </ul>
2509       </td>
2510     </tr>
2511     <tr>
2512       <td height="63">
2513         <div align="center">
2514           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2515         </div>
2516       </td>
2517       <td>
2518         <ul>
2519           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2520           <li>Jar files are executable</li>
2521           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2522         </ul>
2523       </td>
2524       <td>
2525         <ul>
2526           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2527           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2528           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2529         </ul>
2530       </td>
2531     </tr>
2532     <tr>
2533       <td>
2534         <div align="center">
2535           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2536         </div>
2537       </td>
2538       <td>
2539         <ul>
2540           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2541         </ul>
2542       </td>
2543       <td>
2544         <ul>
2545           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2546         </ul>
2547       </td>
2548     </tr>
2549     <tr>
2550       <td>
2551         <div align="center">
2552           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2553         </div>
2554       </td>
2555       <td>
2556         <ul>
2557           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2558             size</li>
2559         </ul>
2560       </td>
2561       <td>
2562         <ul>
2563           <li>Improved JPred client reliability</li>
2564           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2565         </ul>
2566       </td>
2567     </tr>
2568     <tr>
2569       <td>
2570         <div align="center">
2571           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2572         </div>
2573       </td>
2574       <td>
2575         <ul>
2576           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2577           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2578           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2579             to Colour Menu</li>
2580           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2581           <li>Unix users can set default web browser</li>
2582           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2583           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2584         </ul>
2585       </td>
2586       <td>
2587         <ul>
2588           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2589         </ul>
2590       </td>
2591     </tr>
2592     <tr>
2593       <td>
2594         <div align="center">
2595           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2596         </div>
2597       </td>
2598       <td>&nbsp;</td>
2599       <td>
2600         <ul>
2601           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2602             alignment order.</li>
2603         </ul>
2604       </td>
2605     </tr>
2606     <tr>
2607       <td>
2608         <div align="center">
2609           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2610         </div>
2611       </td>
2612       <td>
2613         <ul>
2614           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2615           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2616           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2617             annotations.</li>
2618           <li>Version and build date written to build properties
2619             file.</li>
2620           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2621             at launch of Jalview.</li>
2622         </ul>
2623       </td>
2624       <td>
2625         <ul>
2626           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2627           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2628           <li>Can remove groups one by one.</li>
2629           <li>Filechooser icons installed.</li>
2630           <li>Finder ignores return character when searching.
2631             Return key will initiate a search.<br>
2632           </li>
2633         </ul>
2634       </td>
2635     </tr>
2636     <tr>
2637       <td>
2638         <div align="center">
2639           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2640         </div>
2641       </td>
2642       <td>
2643         <ul>
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2645         </ul>
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2652 </html>