help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           </ul>
  83           <em>Application</em>
  84           <ul>
  85           <li><!-- JAL-2447 --><em>Experimental Features</em>Checkbox in Desktop's Tools menu to hide or show untested features in the application<ul>
  86                 <li>
  87                   <!-- JAL-2295 -->Entry in Chimera menu to create attributes on a structure in
  88                   from its associated sequence's features in Jalview
  89                 </li>
  90                 <li>
  91                   <!-- JAL-2296 -->Entry in Chimera menu to create sequence features in Jalview
  92                   from structure attributes in Chimera
  93                 </li>
  94               </ul></li>
  95           <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
  96           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
  97           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
  98
  99           </ul>
 100           <em>Applet</em>
 101           <ul>
 102           <li><!--  --></li>
 103           </ul>
 104           <em>Test Suite</em>
 105           <ul><li><!-- JAL-2314, -->Test suite expanded and debugged (over 940 functional unit tests, only 3 failing due to ongoing work!)</li>
 106           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivelegedAccessor to test suite</li>
 107           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 108           <li><!--  -->
 109           </ul>
 110           </div></td><td><div align="left">
 111           <em>General</em>
 112           <ul>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 115               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 116               this one-line groovy script:<br />jalview.schemes.ResidueProperties.BLOSUM62[4][1]=3
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 120               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 121               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 122               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 123               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 124               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 125               Jalview's PCAs were different to those produced by
 126               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 127               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 128               behaviour<br />
 129               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 130               2.10.1 mode<br />
 131               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 132               restore 2.10.2 mode
 133             </li>
 134             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 135           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 136           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 137           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 138           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 139           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 140           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 141           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 142           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 143           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 144           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 145           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 146           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 147           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 148           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 149           </ul>
 150           <em>Application</em>
 151           <ul>
 152           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 153           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 154           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 155           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 156           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 157           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 158           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 159           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 160           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 161           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 162           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 163
 164           </ul>
 165           <em>Applet</em>
 166           <ul>
 167           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 168           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 169           </ul>
 170           <em>New Known Issues</em>
 171           <ul>
 172           <li></li>
 173           </ul>
 174
 175           </div>
 176     <tr>
 177       <td width="60" nowrap>
 178         <div align="center">
 179           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 180             <em>29/11/2016</em></strong>
 181         </div>
 182       </td>
 183       <td><div align="left">
 184           <em>General</em>
 185           <ul>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 188               for all consensus calculations
 189             </li>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 192             </li>
 193             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 194               for 2016-2017</li>
 195           </ul>
 196           <em>Application</em>
 197           <ul>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 200               set of database cross-references, sorted alphabetically
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 204               from database cross references. Users with custom links
 205               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 206                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 210               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 211               Chimera session
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 215               the Chimera it is connected to is shut down
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 219               columns menu item to mark columns containing
 220               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 221               of a Find operation)
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 225               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 226               MSAviewer
 227             </li>
 228           </ul>
 229         </div></td>
 230       <td>
 231         <div align="left">
 232           <em>General</em>
 233           <ul>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 236               are not coloured or thresholded according to percent
 237               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 241               hydrophobic
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 245               threshold, amino acid properties)
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 249               reported as mapped to residues in a structure file in the
 250               View Mapping report
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 254               could be added multiple times to a sequence
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 258               bond features shown as two highlighted residues rather
 259               than a range in linked structure views, and treated
 260               correctly when selecting and computing trees from features
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 264               cross-references are matched to database name regardless
 265               of case
 266             </li>
 267
 268           </ul>
 269           <em>Application</em>
 270           <ul>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 273               names without regular expressions also offer links from
 274               Sequence ID
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 278               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 279               update Jalview configuration
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 283               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 287               files with similarly named sequences if dropped onto the
 288               alignment
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 292               entries where more chains exist in the PDB accession than
 293               are reported in the SIFTS file
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 297               the structure view when displayed with Chimera
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 301               panel's View->Show Chains submenu
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 305               work for wrapped alignment views
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 309               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 313               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 314               first annotation row
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 318               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 319             </li>
 320             <li>
 321             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 322             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 323           </ul>
 324 <!--           <em>New Known Issues</em>
 325           <ul>
 326             <li></li>
 327           </ul> -->
 328         </div>
 329       </td>
 330     </tr>
 331       <td width="60" nowrap>
 332         <div align="center">
 333           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 334             <em>25/10/2016</em></strong>
 335         </div>
 336       </td>
 337       <td><em>Application</em>
 338         <ul>
 339           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 340             view if structures already loaded</li>
 341           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 342             structure views</li>
 343         </ul></td>
 344       <td>
 345         <div align="left">
 346           <em>General</em>
 347           <ul>
 348             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 349               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 350             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 351               example sequences/projects/trees</li>
 352           </ul>
 353           <em>Application</em>
 354           <ul>
 355             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 356               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 357             <li>Multiple structure views can be opened and
 358               superposed without timeout for structures with multiple
 359               models or multiple sequences in alignment</li>
 360             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 361               a PDB ID HEADER line</li>
 362             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 363               superposition is performed</li>
 364             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 365               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 366             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 367             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 368               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 369               Refs UI option</li>
 370             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 371               view is created on the alignment</li>
 372             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 373               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 374               to open group pop-up menu</li>
 375           </ul>
 376           <em>Build and deployment</em>
 377           <ul>
 378             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 379               tags</li>
 380           </ul>
 381           <em>New Known Issues</em>
 382           <ul>
 383             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 384               work on Windows</li>
 385           </ul>
 386         </div>
 387       </td>
 388     </tr>
 389     <tr>
 390       <td width="60" nowrap>
 391         <div align="center">
 392           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 393         </div>
 394       </td>
 395       <td><em>General</em>
 396         <ul>
 397           <li>
 398           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 399           </li>
 400           <li>
 401             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 402             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 403             better PDB parsing.
 404           </li>
 405           <li>
 406             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 407             reference sequence
 408           </li>
 409           <li>
 410             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 411             mousing over sequence associated annotation
 412           </li>
 413           <li>
 414             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 415             for manual entry
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 419             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 420             for each column
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 424             showing or hiding columns containing a feature
 425           </li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 428             group and sequence associated annotation labels
 429           </li>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 432             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 433             dialogs
 434           </li>
 435
 436         </ul> <em>Application</em>
 437         <ul>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 440             gene/transcript view
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 444             dialog
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 448             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 452             Pfam sources to xfam.org
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 456           </li>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 459             over sequences in Jalview
 460           </li>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 463             regions in ENA and EMBL
 464           </li>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 467             for record retrieval via ENA rest API
 468           </li>
 469           <li>
 470             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 471             complement operator
 472           </li>
 473           <li>
 474             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 475             groovy script execution
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 479             alignment window's Calculate menu
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 483             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 487             calculation workers from groovy scripts
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 491             Jalview projects
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 495             associations are now saved/restored from project
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 499             before sequence fetcher is opened
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 503             database chooser opens a sequence fetcher
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 507             the UniProt REST API
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 511             the news reader opening
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 515             querying stored in preferences
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 519             search results
 520           </li>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 526             menu for nucleotide sequences
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 530             and feature counts preserves alignment ordering (and
 531             debugged for complex feature sets).
 532           </li>
 533           <li>
 534             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 535             viewing structures with Jalview 2.10
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 539             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 540             Ensembl Genomes REST API
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 544             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 545             (Ensembl)
 546           </li>
 547           <li>
 548             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 549             sequences
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 553             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 554             data from external database records.
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 558             efficient recovery of sequence coding and alignment
 559             annotation relationships.
 560           </li>
 561         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 562         <ul>
 563           <li>
 564             -- JAL---
 565           </li>
 566         </ul> --></td>
 567       <td>
 568         <div align="left">
 569           <em>General</em>
 570           <ul>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 573               menu on OSX
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 577               includes graduated colourschemes
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 581               working with big alignments and lots of hidden columns
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 585               at right of alignment window
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 589               contents
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 593               for DNA alignments
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 597               based tree calculation
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 601               unconserved enabled for group on alignment
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 605               set as reference
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 609               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 610               annotation
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 614               hidden columns present
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 618               user created annotation added to alignment
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 622               '()' base pair annotation
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 626               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 627               Consensus
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 631               feature not working
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 635               beginning of sequence
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 639               entry 3a6s
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 643               from a tree when t-coffee scores are shown
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 647               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 651               some structures
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 655               to Clustal, PIR and PileUp output
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 659               not visible causes alignment window to repaint
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 663               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 664               scores associated with features and annotation rows
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 668               calculation should be case independent
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 672               columns
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 676               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 677               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 681               problems when reference sequence defined and 'show
 682               non-conserved' enabled
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 686               load even when Consensus calculation is disabled
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 690               alignment does nothing
 691             </li>
 692           </ul>
 693           <em>Application</em>
 694           <ul>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 697               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 698               yet fixed for El Capitan)
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 702               output when running on non-gb/us i18n platforms
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 706               hidden sequences as flat-file alignment
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 710               launching Chimera
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 714               (also hotfix for 2.9.0b2)
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 718               reference sequence defined
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 722               alignments and views when revealing hidden columns
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 726               view in a cDNA/Protein splitframe
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 730               sequence from project when only one sequence is
 731               represented
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 735               in Structure Chooser
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 739               structure consensus didn't refresh annotation panel
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 743               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 747               dialogs format columns correctly, don't display array
 748               data, sort columns according to type
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 752               file chooser is cancelled during an image export
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 756               sequence name containing special characters
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 760               case insensitive
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 764               formatting don't wrap
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 768               truncated so L looks like I in consensus annotation
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 772               currently displayed features for the current selection or
 773               view
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 777               after fetching cross-references, and restoring from project
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 781               followed in the structure viewer
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 785               splitframe not restored from project
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 789               trailing end of protein alignment in transcript/product
 790               splitview when pad-gaps not enabled by default
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 794               is case dependent
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 798               article has been read (reopened issue due to
 799               internationalisation problems)
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 803               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 804               cross-references
 805             </li>
 806
 807             <li>
 808               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 809               alignment as HTML
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 813               multiple structures are shown for one or more sequences.
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 817               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 818               is enabled.
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 822               specific PDB id for sequence
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 826               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 827               columns' is disabled.
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 831               selects lowest rather than highest resolution structures
 832               for each sequence
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 836               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 840               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 841             </li>
 842             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 843               after clicking on it to create new annotation for a
 844               column.
 845             </li>
 846             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 847             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 848           </ul>
 849           <em>Applet</em>
 850           <ul>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 853               hidden columns present before start of sequence
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 857               (JSON jars)
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 861               sequences are hidden in applet
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 865               deployment on examples pages.
 866             </li>
 867           </ul>
 868         </div>
 869       </td>
 870     </tr>
 871     <tr>
 872       <td width="60" nowrap>
 873         <div align="center">
 874           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 875             <em>16/10/2015</em></strong>
 876         </div>
 877       </td>
 878       <td><em>General</em>
 879         <ul>
 880           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 881             jars</li>
 882         </ul></td>
 883       <td>
 884         <div align="left">
 885           <em>Application</em>
 886           <ul>
 887             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 888               shown when tree is partitioned</li>
 889             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 890               multiple cDNA/Protein split views</li>
 891           </ul>
 892         </div>
 893       </td>
 894     </tr>
 895     <tr>
 896       <td width="60" nowrap>
 897         <div align="center">
 898           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 899             <em>8/10/2015</em></strong>
 900         </div>
 901       </td>
 902       <td><em>General</em>
 903         <ul>
 904           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 905             2.9</li>
 906         </ul> <em>Application</em>
 907         <ul>
 908           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 909           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 910           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 911         </ul> <em>Applet</em>
 912         <ul>
 913           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 914         </ul><em>Build and Deployment</em>
 915         <ul>
 916           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 917         </ul></td>
 918       <td>
 919         <div align="left">
 920           <em>General</em>
 921           <ul>
 922             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 923               incorrect when sequence start > 1</li>
 924             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 925               documentation</li>
 926             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 927             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 928               loading a features file containing HTML tags in feature
 929               description</li>
 930
 931           </ul>
 932           <em>Application</em>
 933           <ul>
 934             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 935               reimport</li>
 936             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 937               with 'trim retrieved sequences'</li>
 938             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 939               deleting selected columns</li>
 940             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 941               JNLP templates for webstart launch</li>
 942             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 943               unreleased structures for download or viewing</li>
 944             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 945               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 946             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 947               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 948             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 949               recovered from jalview project</li>
 950             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 951               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 952               alignment view</li>
 953             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 954               color schemes from BioJSON</li>
 955           </ul>
 956           <em>Applet</em>
 957           <ul>
 958             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 959               frame</li>
 960             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 961           </ul>
 962         </div>
 963       </td>
 964     </tr>
 965     <tr>
 966       <td><div align="center">
 967           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 968         </div></td>
 969       <td><em>General</em>
 970         <ul>
 971           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 972             alignments:
 973             <ul>
 974               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 975                 and DNA alignment views</li>
 976               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 977                 cDNA alignment views</li>
 978               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 979                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 980               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 981                 protein sequences</li>
 982             </ul>
 983           </li>
 984           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 985           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 986             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 987           <li>New alignment annotation file statements for
 988             reference sequences and marking hidden columns</li>
 989           <li>Reference sequence based alignment shading to
 990             highlight variation</li>
 991           <li>Select or hide columns according to alignment
 992             annotation</li>
 993           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 994           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 995             acid conservation row</li>
 996           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 997         </ul> <em>Application</em>
 998         <ul>
 999           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1000             <ul>
1001               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1002                 view with cDNA/Protein</li>
1003               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1004                 sequences are placed in the same alignment</li>
1005               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1006                 projects</li>
1007             </ul>
1008           </li>
1009
1010           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1011           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1012             Jalview windows</li>
1013
1014           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1015           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1016           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1017             be shown in VARNA</li>
1018
1019           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1020             as the active selected region</li>
1021
1022           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1023             similarity</li>
1024           <li>New Export options
1025             <ul>
1026               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1027                 region export in flat file generation</li>
1028
1029               <li>Export alignment views for display with the <a
1030                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1031
1032               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1033               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1034                 alignment figures to HTML</li>
1035           </li>
1036           <li>3D structure retrieval and display
1037             <ul>
1038               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1039                 Search API</li>
1040               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1041                 PDB structures for a sequence set</li>
1042             </ul>
1043           </li>
1044
1045           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1046             predictions</li>
1047           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1048             for one or a group of sequences</li>
1049           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1050             from the JPred4 web server</li>
1051           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1052             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1053             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1054           </li>
1055           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1056             VARNA 2D Structure'</li>
1057           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1058             Structure ..."</li>
1059
1060         </ul> <em>Applet</em>
1061         <ul>
1062           <li>New layout for applet example pages</li>
1063           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1064             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1065           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1066             Protein alignments</li>
1067         </ul> <em>Development and deployment</em>
1068         <ul>
1069           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1070           <li>Include installation type and git revision in build
1071             properties and console log output</li>
1072           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1073             storing BioJsMSA Templates</li>
1074           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1075         </ul></td>
1076       <td>
1077         <!-- <em>General</em>
1078         <ul>
1079         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1080         <ul>
1081           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1082           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1083           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1084             predictions are not highlighted in amber</li>
1085           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1086             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1087           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1088             associated structure views</li>
1089           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1090             width checkbox not enabled</li>
1091           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1092             creating user defined colours</li>
1093           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1094             mappings for just that viewer's sequences</li>
1095           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1096             multiple models in Chimera</li>
1097           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1098             over Jmol structure</li>
1099           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1100             output to text box</li>
1101           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1102             have incorrect sequence start/end</li>
1103           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1104             Jalview fails</li>
1105           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1106             work for nucleotide</li>
1107           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1108             to a grey/invisible alignment window</li>
1109           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1110             imports to different position</li>
1111           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1112             on some platforms</li>
1113           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1114             populated</li>
1115           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1116             console if Chimera has been opened</li>
1117           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1118           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1119             retrieved</li>
1120           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1121           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1122             either sequence shows on first structure</li>
1123           <li>'Show annotations' options should not make
1124             non-positional annotations visible</li>
1125           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1126             in right place after 'view flanking regions'</li>
1127           <li>File Save As type unset when current file format is
1128             unknown</li>
1129           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1130             projects</li>
1131           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1132             responsive</li>
1133           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1134             several views on same alignment</li>
1135           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1136           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1137             spaces</li>
1138         </ul> <em>Applet</em>
1139         <ul>
1140           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1141           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1142             descriptions containing angle brackets</li>
1143         </ul> <em>General</em>
1144         <ul>
1145           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1146             via jalview annotation file</li>
1147           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1148             with RNA secondary structure</li>
1149           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1150             translation doesn't work.</li>
1151           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1152           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1153             positions</li>
1154           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1155             choosing 1pt font</li>
1156           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1157             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1158             'h'</li>
1159           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1160             new feature</li>
1161           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1162             order dependent</li>
1163           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1164             sequences</li>
1165           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1166         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1167         <ul>
1168           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1169             www.jalview.org</li>
1170         </ul> <em>Application Known issues</em>
1171         <ul>
1172           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1173           <li>Misleading message appears after trying to delete
1174             solid column.</li>
1175           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1176             version launches</li>
1177           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1178             fails with a sequence mismatch</li>
1179           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1180             scrolling alignment to right</li>
1181           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1182             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1183           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1184             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1185           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1186             ultra-high resolution</li>
1187           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1188             quality and conservation</li>
1189           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1190             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1191         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1192         <ul>
1193           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1194           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1195             window is being resized</li>
1196
1197         </ul>
1198       </td>
1199     </tr>
1200     <tr>
1201       <td><div align="center">
1202           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1203         </div></td>
1204       <td><em>General</em>
1205         <ul>
1206           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1207             Certum.PL.</li>
1208           <li>Features and annotation preserved when performing
1209             pairwise alignment</li>
1210           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1211             imported/exported/displayed</li>
1212           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1213             protein secondary structure</li>
1214           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1215               post-hoc with 2.9 release</em>)
1216           </li>
1217
1218         </ul> <em>Application</em>
1219         <ul>
1220           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1221             with 3D structures</li>
1222           <li>Support for parsing RNAML</li>
1223           <li>Annotations menu for layout
1224             <ul>
1225               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1226               <li>place sequence annotation above/below alignment
1227                 annotation</li>
1228             </ul>
1229           <li>Output in Stockholm format</li>
1230           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1231             translation</li>
1232           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1233           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1234             shared between alignments</li>
1235           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1236             Jalview</li>
1237           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1238             all or current selection</li>
1239           <li>disorder and secondary structure predictions
1240             available as dataset annotation</li>
1241           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1242
1243
1244           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1245             alignments from Rfam</li>
1246           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1247
1248           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1249             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1250           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1251           <li>include installation type in build properties and
1252             console log output</li>
1253           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1254             annotation</li>
1255         </ul></td>
1256       <td>
1257         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1258         <ul>
1259           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1260             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1261           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1262             alignment</li>
1263           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1264           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1265           <li>Double click on sequence associated annotation
1266             selects only first column</li>
1267           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1268             leaves shown in tree</li>
1269           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1270             properly</li>
1271           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1272           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1273             screen and buttons not visible</li>
1274           <li>author list isn't updated if already written to
1275             Jalview properties</li>
1276           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1277             from database</li>
1278           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1279           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1280             browser search window</li>
1281           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1282             in feature settings dialog</li>
1283           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1284             desktop</li>
1285           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1286             pass validation</li>
1287           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1288             fit on screen</li>
1289           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1290             tooltip</li>
1291           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1292             defined user preset</li>
1293           <li>MSA web services warns user if they were launched
1294             with invalid input</li>
1295           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1296             Java 8</li>
1297           <li>
1298             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1299             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1300             created
1301           </li>
1302
1303         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1304                                 <ul>
1305                                 </ul> <em>General</em>
1306                                 <ul>
1307                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1308         <ul>
1309           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1310             memory allocation</li>
1311           <li>launchApp service doesn't automatically open
1312             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1313           <li>
1314             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1315             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1316             1.7_055 is available
1317           </li>
1318         </ul> <em>Application Known issues</em>
1319         <ul>
1320           <li>
1321             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1322             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1323             alignment to right
1324           </li>
1325           <li>
1326             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1327             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1328             with large number of ID
1329           </li>
1330           <li>
1331             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1332             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1333             start/end
1334           </li>
1335           <li>
1336             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1337             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1338             structure tracks are rearranged
1339           </li>
1340           <li>
1341             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1342             invalid rna structure positional highlighting does not
1343             highlight position of invalid base pairs
1344           </li>
1345           <li>
1346             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1347             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1348             project from alignment window file menu
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1352             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1353             structures
1354           </li>
1355           <li>
1356             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1357             colour by RNA Helices not enabled when user created
1358             annotation added to alignment
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1362             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1363           </li>
1364         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1365         <ul>
1366           <li>
1367             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1368             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1369           </li>
1370           <li>
1371             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1372             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1373           </li>
1374
1375           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1376             when selected</li>
1377         </ul>
1378       </td>
1379     </tr>
1380     <tr>
1381       <td><div align="center">
1382           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1383         </div></td>
1384       <td>
1385         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1386         <em>General</em>
1387         <ul>
1388           <li>Internationalisation of user interface (usually
1389             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1390           <li>Define/Undefine group on current selection with
1391             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1392           <li>Improved group creation/removal options in
1393             alignment/sequence Popup menu</li>
1394           <li>Sensible precision for symbol distribution
1395             percentages shown in logo tooltip.</li>
1396           <li>Annotation panel height set according to amount of
1397             annotation when alignment first opened</li>
1398         </ul> <em>Application</em>
1399         <ul>
1400           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1401             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1402           <li>Select columns containing particular features from
1403             Feature Settings dialog</li>
1404           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1405             sequences</li>
1406           <li>Update Jalview project format:
1407             <ul>
1408               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1409               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1410                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1411               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1412                 colouring</li>
1413             </ul>
1414           </li>
1415           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1416             (PAM250)</li>
1417           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1418             flanking regions for an alignment</li>
1419         </ul>
1420       </td>
1421       <td>
1422         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1423         <ul>
1424           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1425             running after job is cancelled</li>
1426           <li>cannot export features from alignments imported from
1427             Jalview/VAMSAS projects</li>
1428           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1429             float values</li>
1430           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1431             have 'display all symbols' flag set</li>
1432           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1433             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1434           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1435             Jalview</li>
1436           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1437             Lion/Webstart</li>
1438           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1439           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1440           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1441             alignment onto desktop</li>
1442           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1443             'extract scores' function</li>
1444           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1445             alignment window</li>
1446           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1447             performing IUPred disorder prediction</li>
1448           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1449             changing 'normalise logo' display setting</li>
1450           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1451             nothing matches query</li>
1452           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1453             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1454           </li>
1455           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1456             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1457           </li>
1458           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1459             Jalview's menu</li>
1460           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1461             'invalid literal/length code'</li>
1462           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1463             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1464           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1465             colourscheme</li>
1466
1467         </ul> <em>Applet</em>
1468         <ul>
1469           <li>Remove group option is shown even when selection is
1470             not a group</li>
1471           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1472             don't affect groups</li>
1473           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1474             colourscheme name</li>
1475           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1476             Annotation panel is not displayed</li>
1477           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1478             embedded windows</li>
1479         </ul> <em>Other</em>
1480         <ul>
1481           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1482             single sequence were not calculated</li>
1483           <li>annotation files that contain only groups imported as
1484             annotation and junk sequences</li>
1485           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1486             recognised as PFAM or BLC</li>
1487           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1488             doesn't affect background (2.8.0b1)
1489           <li></li>
1490           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1491           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1492             trailing gaps</li>
1493           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1494             registered correctly on import</li>
1495           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1496             certain alignments</li>
1497           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1498             existing annotation based 'use original colours'
1499             colourscheme loses original colours setting</li>
1500         </ul>
1501       </td>
1502     </tr>
1503     <tr>
1504       <td><div align="center">
1505           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1506             <em>30/1/2014</em></strong>
1507         </div></td>
1508       <td>
1509         <ul>
1510           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1511             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1512             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1513             open source project).
1514           </li>
1515           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1516           </li>
1517           <li>Output in Stockholm format</li>
1518           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1519           <li>Export/import group and sequence associated line
1520             graph thresholds</li>
1521           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1522             ambiguity codes</li>
1523           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1524             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1525             works</li>
1526           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1527         </ul> <em>Other improvements</em>
1528         <ul>
1529           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1530           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1531             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1532           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1533             files</li>
1534           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1535           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1536             link but no description</li>
1537           <li>Select primary source when selecting authority in
1538             database fetcher GUI</li>
1539           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1540             Jalview</li>
1541           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1542         </ul>
1543       </td>
1544       <td>
1545         <ul>
1546           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1547             displayed</li>
1548           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1549             secondary structure annotation line</li>
1550           <li>Sequence database accessions not imported when
1551             fetching alignments from Rfam</li>
1552           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1553             identical IDs</li>
1554           <li>View all structures does not always superpose
1555             structures</li>
1556           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1557             reflect user or preset settings</li>
1558           <li>Null pointer exceptions for some services without
1559             presets or adjustable parameters</li>
1560           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1561             discover PDB xRefs</li>
1562           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1563             features with DAS</li>
1564           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1565             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1566           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1567             residue follows a gap</li>
1568           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1569             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1570           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1571             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1572           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1573             annotation already exists on alignment</li>
1574           <li>oninit javascript function should be called after
1575             initialisation completes</li>
1576           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1577             alignment window display</li>
1578           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1579           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1580             to annotation file</li>
1581           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1582             groups created</li>
1583           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1584             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1585           <li>Pressing return several times causes Number Format
1586             exceptions in keyboard mode</li>
1587           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1588             correct partitions for input data</li>
1589           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1590           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1591           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1592           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1593             mode</li>
1594           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1595             changes one row&#39;s threshold</li>
1596           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1597             doesn&#39;t open</li>
1598           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1599             quality histograms</li>
1600         </ul>
1601       </td>
1602     </tr>
1603     <tr>
1604       <td><div align="center">
1605           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1606         </div></td>
1607       <td><em>Application</em>
1608         <ul>
1609           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1610             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1611           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1612             preferences</li>
1613           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1614             in Jalview alignment window</li>
1615           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1616             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1617           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1618             RNA and ambiguity codes</li>
1619
1620           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1621           <li>Support fetching and database reference look up
1622             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1623             refs')</li>
1624           <li>Jalview project improvements
1625             <ul>
1626               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1627                 flag for annotation</li>
1628               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1629                 alignment</li>
1630               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1631                 Jalview project</li>
1632
1633             </ul>
1634           </li>
1635           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1636           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1637             running</li>
1638           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1639           <li>visual indication that web service results are still
1640             being retrieved from server</li>
1641           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1642             starts up for first time</li>
1643           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1644             services</li>
1645           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1646             client library</li>
1647           <li>Examples directory and Groovy library included in
1648             InstallAnywhere distribution</li>
1649         </ul> <em>Applet</em>
1650         <ul>
1651           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1652             visualization applet example</li>
1653         </ul> <em>General</em>
1654         <ul>
1655           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1656           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1657             defaults</li>
1658           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1659             calculation</li>
1660           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1661             matrices
1662           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1663             in HTML</li>
1664           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1665             structure contacts</li>
1666           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1667           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1668           <li>Parse sequence associated secondary structure
1669             information in Stockholm files</li>
1670           <li>HTML Export database accessions and annotation
1671             information presented in tooltip for sequences</li>
1672           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1673             style RNA alignment files</li>
1674           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1675             alignment</li>
1676           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1677             shade each sequence according to its associated alignment
1678             annotation</li>
1679           <li>New Jalview Logo</li>
1680         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1681         <ul>
1682           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1683           <li>New Website!</li>
1684         </ul></td>
1685       <td><em>Application</em>
1686         <ul>
1687           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1688             wsdbfetch REST service</li>
1689           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1690           <li>Filetype associations not installed for webstart
1691             launch</li>
1692           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1693             job execution in full once it is complete</li>
1694           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1695             uploaded via ali_file parameter</li>
1696           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1697           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1698           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1699             submitted for prediction</li>
1700           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1701             desktop window</li>
1702           <li>Putting fractional value into integer text box in
1703             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1704           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1705             windows 7</li>
1706           <li>View all structures fails with exception shown in
1707             structure view</li>
1708           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1709             escaped in a platform independent way</li>
1710           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1711             using proxy</li>
1712           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1713             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1714           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1715             failure when java web start temporary file caching is
1716             disabled</li>
1717           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1718             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1719           <li>Errors during processing of command line arguments
1720             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1721           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1722             DAS sources in sequence fetcher</li>
1723           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1724             dialog is shown</li>
1725           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1726           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1727           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1728           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1729             on OSX Mountain Lion</li>
1730           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1731             sequences with alignment annotation are pasted into the
1732             alignment</li>
1733           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1734             when loaded from Jalview project</li>
1735           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1736           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1737             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1738           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1739             associated with all views</li>
1740           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1741             annotation rows to new window</li>
1742         </ul> <em>Applet</em>
1743         <ul>
1744           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1745             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1746           <li>loading features via javascript API automatically
1747             enables feature display</li>
1748           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1749             work</li>
1750         </ul> <em>General</em>
1751         <ul>
1752           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1753           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1754             and then deselected</li>
1755           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1756           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1757             coloured with clustalx</li>
1758           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1759             exceptions and redraw errors</li>
1760           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1761             reconfigured view</li>
1762           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1763             colour</li>
1764           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1765             for lots of labels</li>
1766         </ul>
1767     </tr>
1768     <tr>
1769       <td>
1770         <div align="center">
1771           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1772         </div>
1773       </td>
1774       <td><em>Application</em>
1775         <ul>
1776           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1777           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1778           <li>View/alignment association menu to enable user to
1779             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1780             its colours/correspondences from</li>
1781           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1782           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1783             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1784           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1785           <li>Annotation row column label formatting attributes
1786             stored in project file</li>
1787           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1788             rows preserved in Jalview project file</li>
1789           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1790             saved using Desktop window menu</li>
1791           <li>Visual indication that command line arguments are
1792             still being processed</li>
1793           <li>Groovy script execution from URL</li>
1794           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1795             preferences</li>
1796           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1797             alignment with sequences that have high similarity and
1798             matching IDs</li>
1799           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1800           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1801             structures in same window</li>
1802           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1803           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1804             analysis function in its own submenu</li>
1805         </ul> <em>Applet</em>
1806         <ul>
1807           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1808             groups</li>
1809           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1810           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1811           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1812           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1813           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1814             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1815           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1816           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1817             parameters are treated as such</li>
1818           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1819             <ul>
1820               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1821               <li>Javascript callbacks for
1822                 <ul>
1823                   <li>Applet initialisation</li>
1824                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1825                 </ul>
1826               </li>
1827               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1828                 functions</li>
1829               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1830               <li>javascript structure viewer harness to pass
1831                 messages between Jmol and Jalview when running as
1832                 distinct applets</li>
1833               <li>sortBy method</li>
1834               <li>Set of applet and application examples shipped
1835                 with documentation</li>
1836               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1837                 javascript message exchange</li>
1838             </ul>
1839         </ul> <em>General</em>
1840         <ul>
1841           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1842             multiple alignments</li>
1843           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1844           <li>User configurable link to enable redirects to a
1845             www.Jalview.org mirror</li>
1846           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1847           <li>Configurable newline string when writing alignment
1848             and other flat files</li>
1849           <li>Allow alignment annotation description lines to
1850             contain html tags</li>
1851         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1852         <ul>
1853           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1854             examples</li>
1855           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1856             using a web service before displaying the result in the
1857             Jalview desktop</li>
1858           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1859           <li>Ant target to publish example html files with applet
1860             archive</li>
1861           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1862           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1863         </ul></td>
1864       <td><em>Application</em>
1865         <ul>
1866           <li>User defined colourscheme throws exception when
1867             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1868           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1869             dialog for valid filename/format</li>
1870           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1871           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1872             P37173</li>
1873           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1874             which sequence is to be associated with the file</li>
1875           <li>Find All raises null pointer exception when query
1876             only matches sequence IDs</li>
1877           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1878           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1879             2.4 cannot be loaded</li>
1880           <li>Filetype associations not installed for webstart
1881             launch</li>
1882           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1883             with sequences in different alignments do not get coloured
1884             by their associated sequence</li>
1885           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1886             not preserved when project is loaded</li>
1887           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1888             stored in Jalview project</li>
1889           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1890             Jalview project</li>
1891           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1892           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1893             by conservation</li>
1894           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1895             created on new view</li>
1896           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1897             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1898           <li>Alignment quality not updated after alignment
1899             annotation row is hidden then shown</li>
1900           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1901             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1902           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1903             properly</li>
1904           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1905             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1906           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1907           <li>Structures imported from file and saved in project
1908             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1909           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1910             job execution in full once it is complete</li>
1911         </ul> <em>Applet</em>
1912         <ul>
1913           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1914             annotation rows are displayed</li>
1915           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1916             codebase</li>
1917           <li>View follows highlighting does not work for positions
1918             in sequences</li>
1919           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1920           <li>Export features raises exception when no features
1921             exist</li>
1922           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1923             for javascript api is modified when separator string
1924             provided as parameter</li>
1925           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1926             alignment with no existing selection</li>
1927           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1928             to applet&#39;s codebase</li>
1929           <li>Status bar not updated after finished searching and
1930             search wraps around to first result</li>
1931           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1932             several Jalview applets causes race conditions and memory
1933             leaks</li>
1934           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1935             not sent from Jmol in applet</li>
1936           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1937             applet API fatally hang browser</li>
1938         </ul> <em>General</em>
1939         <ul>
1940           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1941             position with wrapped view and hidden regions</li>
1942           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1943             with/without hidden columns</li>
1944           <li>Sequence length given in alignment properties window
1945             is off by 1</li>
1946           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1947             import PDB like structure files</li>
1948           <li>Positional search results are only highlighted
1949             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1950           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1951           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1952             given sequence position</li>
1953           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1954             output</li>
1955           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1956             from nucleotide chains correctly</li>
1957           <li>Structure colours not updated when tree partition
1958             changed in alignment</li>
1959           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1960             parsed in interleaved stockholm</li>
1961           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1962             state</li>
1963           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1964             properly</li>
1965           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1966             properly associated with their pdb files</li>
1967         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1968         <ul>
1969           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1970             ApplyCopyright tool</li>
1971         </ul></td>
1972     </tr>
1973     <tr>
1974       <td>
1975         <div align="center">
1976           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1977         </div>
1978       </td>
1979       <td><em>Application</em>
1980         <ul>
1981           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1982             contact web services</li>
1983           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1984             service job window</li>
1985           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1986         </ul></td>
1987       <td>
1988         <ul>
1989           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1990             pir file emitted by Jalview</li>
1991           <li>Existing feature settings transferred to new
1992             alignment view created from cut'n'paste</li>
1993           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1994             parsing PDB files</li>
1995           <li>Consensus and conservation annotation rows
1996             occasionally become blank for all new windows</li>
1997           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1998             in wrapped view mode</li>
1999         </ul> <em>Application</em>
2000         <ul>
2001           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2002             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2003           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2004             parameter names</li>
2005           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2006             is down</li>
2007         </ul>
2008       </td>
2009     </tr>
2010     <tr>
2011       <td>
2012         <div align="center">
2013           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2014         </div>
2015       </td>
2016       <td><em>Application</em>
2017         <ul>
2018           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2019             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2020             (JABAWS)
2021           </li>
2022           <li>Web Services preference tab</li>
2023           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2024             preferences</li>
2025           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2026           <li>Superpose structures using associated sequence
2027             alignment</li>
2028           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2029             viewer</li>
2030         </ul> <em>Applet</em>
2031         <ul>
2032           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2033             link out mechanism</li>
2034         </ul> <em>Other</em>
2035         <ul>
2036           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2037             series 12</li>
2038           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2039             require Java 1.5</li>
2040           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2041             sequence annotation files</li>
2042           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2043             type colour specification</li>
2044           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2045             script to check if it being run in an interactive session or
2046             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2047         </ul></td>
2048       <td>
2049         <ul>
2050           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2051             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2052         </ul> <em>Application</em>
2053         <ul>
2054           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2055             selected Regions menu item</li>
2056           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2057             part of a valid accession ID</li>
2058           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2059             runs out of memory</li>
2060           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2061             analysis results</li>
2062           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2063             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2064           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2065         </ul> <em>Applet</em>
2066         <ul>
2067           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2068             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2069             defined.</li>
2070         </ul>
2071       </td>
2072     </tr>
2073     <tr>
2074       <td>
2075         <div align="center">
2076           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2077         </div>
2078       </td>
2079       <td></td>
2080       <td>
2081         <ul>
2082           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2083             sequence IDs</li>
2084           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2085             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2086           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2087             import correctly</li>
2088           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2089             number of columns are hidden</li>
2090           <li>annotation label popup menu not providing correct
2091             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2092             present</li>
2093           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2094             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2095           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2096             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2097
2098         </ul> <em>Applet</em>
2099         <ul>
2100           <li>annotation panel disappears when annotation is
2101             hidden/removed</li>
2102         </ul> <em>Application</em>
2103         <ul>
2104           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2105             alignment opened where annotation panel is visible but no
2106             annotations are present on alignment</li>
2107           <li>pasted region containing hidden columns is
2108             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2109           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2110             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2111           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2112             selected Rregions menu item.</li>
2113           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2114             'Un' or 'Non'conserved</li>
2115           <li>Sequence feature settings are being shared by
2116             multiple distinct alignments</li>
2117           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2118             changed</li>
2119           <li>double click on group annotation to select sequences
2120             does not propagate to associated trees</li>
2121           <li>Mac OSX specific issues:
2122             <ul>
2123               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2124                 window background</li>
2125               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2126                 name set correctly</li>
2127               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2128                 save feature colourscheme button</li>
2129             </ul>
2130           </li>
2131         </ul>
2132       </td>
2133     </tr>
2134     <tr>
2135
2136       <td>
2137         <div align="center">
2138           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2139         </div>
2140       </td>
2141       <td><em>New Capabilities</em>
2142         <ul>
2143           <li>URL links generated from description line for
2144             regular-expression based URL links (applet and application)
2145
2146
2147
2148
2149
2150
2151           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2152             menu</li>
2153           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2154             structures</li>
2155           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2156             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2157           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2158             average score or total feature count for each sequence.</li>
2159           <li>Shading features by score or associated description</li>
2160           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2161             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2162           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2163             hide everything but the currently selected region.</li>
2164           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2165         </ul> <em>Application</em>
2166         <ul>
2167           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2168             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2169           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2170             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2171           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2172             database references and protein_name is parsed as
2173             description line (BioSapiens terms).</li>
2174           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2175             references in sequence ID tooltip from View menu in
2176             application.</li>
2177           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2178                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2179           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2180             conservation plots</li>
2181           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2182             and visualized as sequence logos</li>
2183           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2184             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2185           </li>
2186           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2187             when a new tree is opened.</li>
2188           <li>Jalview Java Console</li>
2189           <li>Better placement of desktop window when moving
2190             between different screens.</li>
2191           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2192             consensus annotation</li>
2193           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2194             Workflows</li>
2195           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2196             <ul>
2197               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2198                 used to preserve views, structures, and tree display
2199                 settings)</li>
2200               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2201                 command line</li>
2202               <li>Sharing of selected regions between views and
2203                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2204               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2205             </ul></li>
2206         </ul> <em>Applet</em>
2207         <ul>
2208           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2209           <li>New Parameters
2210             <ul>
2211               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2212                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2213                 opened.</li>
2214               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2215                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2216               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2217                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2218               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2219                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2220                 view</li>
2221               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2222                 increase the height or width of a cell in the alignment
2223                 grid relative to the current font size.</li>
2224             </ul>
2225           </li>
2226           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2227             tooltip</li>
2228         </ul> <em>Other</em>
2229         <ul>
2230           <li>Features format: graduated colour definitions and
2231             specification of feature scores</li>
2232           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2233             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2234             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2235           <li>XML formats extended to support graduated feature
2236             colourschemes, group associated annotation, and profile
2237             visualization settings.</li></td>
2238       <td>
2239         <ul>
2240           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2241             rather than description</li>
2242           <li>Non-positional features are now included in sequence
2243             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2244             visibility in tooltip).</li>
2245           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2246           <li>Added URL embedding instructions to features file
2247             documentation.</li>
2248           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2249             'X' in peptide product</li>
2250           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2251             sequence ID and sequence string and query strings do not
2252             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2253           <li>AMSA files only contain first column of
2254             multi-character column annotation labels</li>
2255           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2256             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2257             exported and re-imported)</li>
2258           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2259             name</li>
2260           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2261             as subsequence matches, and correctly reports total number
2262             of both.</li>
2263           <li>Application:
2264             <ul>
2265               <li>Better handling of exceptions during sequence
2266                 retrieval</li>
2267               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2268                 link text excludes the start_end suffix</li>
2269               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2270                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2271               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2272               <li>Sequence description lines properly shared via
2273                 VAMSAS</li>
2274               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2275                 data sources</li>
2276               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2277                 completes before alignment figures are generated.</li>
2278               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2279                 first time.</li>
2280               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2281                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2282               <li>User defined group colours properly recovered
2283                 from Jalview projects.</li>
2284             </ul>
2285           </li>
2286         </ul>
2287       </td>
2288
2289     </tr>
2290     <tr>
2291       <td>
2292         <div align="center">
2293           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2294         </div>
2295       </td>
2296       <td>
2297         <ul>
2298           <li>Experimental support for google analytics usage
2299             tracking.</li>
2300           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2301         </ul>
2302       </td>
2303       <td>
2304         <ul>
2305           <li>Race condition in applet preventing startup in
2306             jre1.6.0u12+.</li>
2307           <li>Exception when feature created from selection beyond
2308             length of sequence.</li>
2309           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2310           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2311             all sequences with a given id</li>
2312           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2313             ID string searches</li>
2314           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2315             alignment to fail with exception</li>
2316         </ul> <em>Application Issues</em>
2317         <ul>
2318           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2319           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2320             data sources</li>
2321         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2322         <ul>
2323           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2324             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2325           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2326             version (java class versioning error fixed)</li>
2327         </ul>
2328       </td>
2329     </tr>
2330     <tr>
2331       <td>
2332
2333         <div align="center">
2334           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2335         </div>
2336       </td>
2337       <td><em>User Interface</em>
2338         <ul>
2339           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2340             translation and protein products</li>
2341           <li>Linked highlighting of structure associated with
2342             residue mapping to codon position</li>
2343           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2344             and 'clear' button</li>
2345           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2346             Tools menu</li>
2347           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2348             numeric data in description line</li>
2349           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2350           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2351             of sequence</li>
2352         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2353         <ul>
2354           <li>JPred3 web service</li>
2355           <li>Prototype sequence search client (no public services
2356             available yet)</li>
2357           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2358             PFAM</li>
2359           <li>URL Links created for matching database cross
2360             references as well as sequence ID</li>
2361           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2362         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2363         <ul>
2364           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2365             databases</li>
2366           <li>Generalised database reference retrieval and
2367             validation to all fetchable databases</li>
2368           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2369             sequence command</li>
2370         </ul> <em>Import and Export</em>
2371         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2372         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2373           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2374         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2375           File</li>
2376         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2377           triplet as name of colourscheme</li>
2378         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2379         <ul>
2380           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2381           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2382             alignments (experimental)</li>
2383           <li>Create new or select existing session to join</li>
2384           <li>load and save of vamsas documents</li>
2385         </ul> <em>Application command line</em>
2386         <ul>
2387           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2388             from applet)</li>
2389           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2390             of DAS servers to query for alignment features</li>
2391           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2392             that are also automatically queried for features</li>
2393           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2394             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2395         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2396         <ul>
2397           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2398             application (when using &quot;View in full
2399             application&quot;)</li>
2400         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2401         <ul>
2402           <li>feature group display control parameter</li>
2403           <li>debug parameter</li>
2404           <li>showbutton parameter</li>
2405         </ul> <em>Applet API methods</em>
2406         <ul>
2407           <li>newView public method</li>
2408           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2409           <li>Feature display control methods</li>
2410           <li>get list of currently selected sequences</li>
2411         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2412         <ul>
2413           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2414           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2415             Jalview release.</li>
2416           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2417             property controls execution of obfuscator</li>
2418           <li>Build target for generating source distribution</li>
2419           <li>Debug flag for javacc</li>
2420           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2421             jalview.bin.Cache</li>
2422           <li>Continuous Build Integration for stable and
2423             development version of Application, Applet and source
2424             distribution</li>
2425         </ul></td>
2426       <td>
2427         <ul>
2428           <li>selected region output includes visible annotations
2429             (for certain formats)</li>
2430           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2431             for editing</li>
2432           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2433           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2434           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2435           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2436             comments</li>
2437           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2438             filenames containing a ':'</li>
2439           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2440             global sequence features</li>
2441           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2442             references from alignment sequences goes to zero</li>
2443           <li>Close of tree branch colour box without colour
2444             selection causes cascading exceptions</li>
2445           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2446           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2447             file parsing fails.</li>
2448           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2449           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2450             not a valid output format</li>
2451           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2452             vamsas</li>
2453           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2454           <li>error messages passed up and output when data read
2455             fails</li>
2456           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2457             sequence is edited</li>
2458           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2459             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2460           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2461             filetype</li>
2462           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2463             import fixed for PFAM records</li>
2464           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2465             window list</li>
2466           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2467             can be read and written correctly to annotation file</li>
2468           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2469             correctly</li>
2470           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2471             non-italic font for representatives in Applet</li>
2472           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2473             Macs.</li>
2474           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2475             Applet)</li>
2476           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2477             due to null pointer exceptions</li>
2478           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2479             first column of alignment</li>
2480           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2481             July 2008</li>
2482           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2483             file is case-insensitive</li>
2484           <li>Sequence features read from Features file appended to
2485             all sequences with matching IDs</li>
2486           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2487             containing a sub-sequence</li>
2488           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2489           <li>feature and annotation file applet parameters
2490             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2491           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2492           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2493             splash-screen version check to complete</li>
2494           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2495             when passing them to the launchApp service</li>
2496           <li>display name and local features preserved in results
2497             retrieved from web service</li>
2498           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2499             sequence fetcher initialisation</li>
2500           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2501             dasobert DAS client</li>
2502           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2503             association</li>
2504           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2505             sequences
2506           </li>
2507         </ul>
2508       </td>
2509     </tr>
2510     <tr>
2511       <td>
2512         <div align="center">
2513           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2514         </div>
2515       </td>
2516       <td>
2517         <ul>
2518           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2519           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2520           <li>Slide sequences</li>
2521           <li>Edit sequence in place</li>
2522           <li>EMBL CDS features</li>
2523           <li>DAS Feature mapping</li>
2524           <li>Feature ordering</li>
2525           <li>Alignment Properties</li>
2526           <li>Annotation Scores</li>
2527           <li>Sort by scores</li>
2528           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2529         </ul>
2530       </td>
2531       <td>
2532         <ul>
2533           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2534           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2535           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2536           <li>Feature group display state in XML</li>
2537           <li>Feature ordering in XML</li>
2538           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2539           <li>Stockholm alignment properties</li>
2540           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2541           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2542           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2543           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2544         </ul>
2545       </td>
2546
2547     </tr>
2548     <tr>
2549       <td>
2550         <div align="center">
2551           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2552         </div>
2553       </td>
2554       <td>
2555         <ul>
2556           <li>Non standard characters can be read and displayed
2557           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2558             applet via textbox
2559           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2560             name &amp; description
2561           <li>Preference setting to display sequence name in
2562             italics
2563           <li>Annotation file format extended to allow
2564             Sequence_groups to be defined
2565           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2566             specified in preferences
2567           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2568             sequences
2569         </ul>
2570       </td>
2571       <td>
2572         <ul>
2573           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2574             installed
2575           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2576           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2577         </ul>
2578       </td>
2579     </tr>
2580     <tr>
2581       <td>
2582         <div align="center">
2583           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2584         </div>
2585       </td>
2586       <td>
2587         <ul>
2588           <li>Multiple views on alignment
2589           <li>Sequence feature editing
2590           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2591           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2592           <li>Background dependent text colour
2593           <li>Right align sequence ids
2594           <li>User-defined lower case residue colours
2595           <li>Format Menu
2596           <li>Select Menu
2597           <li>Menu item accelerator keys
2598           <li>Control-V pastes to current alignment
2599           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2600           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2601           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2602
2603
2604
2605
2606
2607
2608           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2609         </ul>
2610       </td>
2611       <td>
2612         <ul>
2613           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2614           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2615             calculations
2616           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2617             edits
2618           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2619             of alignment)
2620           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2621
2622
2623
2624
2625
2626
2627           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2628             display correctly
2629           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2630           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2631             analysis results
2632           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2633             &#8739;
2634           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2635           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2636           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2637
2638
2639
2640
2641
2642
2643         </ul>
2644       </td>
2645     </tr>
2646     <tr>
2647       <td>
2648         <div align="center">
2649           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2650         </div>
2651       </td>
2652       <td>
2653         <ul>
2654           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2655         </ul>
2656       </td>
2657       <td>
2658         <ul>
2659           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2660             sequence id panel has been resized</li>
2661           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2662             rendered</li>
2663           <li>Annotation files with sequence references - all
2664             elements in file are relative to sequence position</li>
2665           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2666         </ul>
2667       </td>
2668     </tr>
2669     <tr>
2670       <td>
2671         <div align="center">
2672           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2673         </div>
2674       </td>
2675       <td>
2676         <ul>
2677           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2678           <li>DAS Feature fetching</li>
2679           <li>Hide sequences and columns</li>
2680           <li>Export Annotations and Features</li>
2681           <li>GFF file reading / writing</li>
2682           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2683             files</li>
2684           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2685           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2686           <li>Applet can launch the full application</li>
2687           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2688             required)</li>
2689           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2690           <li>Applet can load sequences from parameter
2691             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2692           </li>
2693         </ul>
2694       </td>
2695       <td>
2696         <ul>
2697           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2698           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2699           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2700         </ul>
2701       </td>
2702     </tr>
2703     <tr>
2704       <td>
2705         <div align="center">
2706           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2707         </div>
2708       </td>
2709       <td>
2710         <ul>
2711           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2712           <li>Choose to match case when searching</li>
2713           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2714             expand the visible width and height of the alignment</li>
2715         </ul>
2716       </td>
2717       <td>
2718         <ul>
2719           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2720         </ul>
2721       </td>
2722     </tr>
2723     <tr>
2724       <td>
2725         <div align="center">
2726           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2727         </div>
2728       </td>
2729       <td>&nbsp;</td>
2730       <td>
2731         <ul>
2732           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2733           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2734             value</li>
2735         </ul>
2736       </td>
2737     </tr>
2738     <tr>
2739       <td>
2740         <div align="center">
2741           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2742         </div>
2743       </td>
2744       <td>
2745         <ul>
2746           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2747           <li>Keyboard editing</li>
2748           <li>Create sequence features from searches</li>
2749           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2750             alignments</li>
2751           <li>Features file allows grouping of features</li>
2752           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2753           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2754           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2755         </ul>
2756       </td>
2757       <td>
2758         <ul>
2759           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2760           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2761             descriptions saved.</li>
2762         </ul>
2763       </td>
2764     </tr>
2765     <tr>
2766       <td>
2767         <div align="center">
2768           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2769         </div>
2770       </td>
2771       <td>
2772         <ul>
2773           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2774           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2775           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2776             name for file output</li>
2777           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2778           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2779             used for HTML form input</li>
2780         </ul>
2781       </td>
2782       <td>
2783         <ul>
2784           <li>HTML output writes groups and features</li>
2785           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2786           <li>File IO bugs</li>
2787         </ul>
2788       </td>
2789     </tr>
2790     <tr>
2791       <td>
2792         <div align="center">
2793           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2794         </div>
2795       </td>
2796       <td>
2797         <ul>
2798           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2799           <li>More options for PCA viewer</li>
2800         </ul>
2801       </td>
2802       <td>
2803         <ul>
2804           <li>GUI bugs resolved</li>
2805           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2806         </ul>
2807       </td>
2808     </tr>
2809     <tr>
2810       <td height="63">
2811         <div align="center">
2812           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2813         </div>
2814       </td>
2815       <td>
2816         <ul>
2817           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2818           <li>Jar files are executable</li>
2819           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2820         </ul>
2821       </td>
2822       <td>
2823         <ul>
2824           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2825           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2826           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2827         </ul>
2828       </td>
2829     </tr>
2830     <tr>
2831       <td>
2832         <div align="center">
2833           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2834         </div>
2835       </td>
2836       <td>
2837         <ul>
2838           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2839         </ul>
2840       </td>
2841       <td>
2842         <ul>
2843           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2844         </ul>
2845       </td>
2846     </tr>
2847     <tr>
2848       <td>
2849         <div align="center">
2850           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2851         </div>
2852       </td>
2853       <td>
2854         <ul>
2855           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2856             size</li>
2857         </ul>
2858       </td>
2859       <td>
2860         <ul>
2861           <li>Improved JPred client reliability</li>
2862           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2863         </ul>
2864       </td>
2865     </tr>
2866     <tr>
2867       <td>
2868         <div align="center">
2869           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2870         </div>
2871       </td>
2872       <td>
2873         <ul>
2874           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2875           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2876           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2877             to Colour Menu</li>
2878           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2879           <li>Unix users can set default web browser</li>
2880           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2881           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2882         </ul>
2883       </td>
2884       <td>
2885         <ul>
2886           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2887         </ul>
2888       </td>
2889     </tr>
2890     <tr>
2891       <td>
2892         <div align="center">
2893           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2894         </div>
2895       </td>
2896       <td>&nbsp;</td>
2897       <td>
2898         <ul>
2899           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2900             alignment order.</li>
2901         </ul>
2902       </td>
2903     </tr>
2904     <tr>
2905       <td>
2906         <div align="center">
2907           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2908         </div>
2909       </td>
2910       <td>
2911         <ul>
2912           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2913           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2914           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2915             annotations.</li>
2916           <li>Version and build date written to build properties
2917             file.</li>
2918           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2919             at launch of Jalview.</li>
2920         </ul>
2921       </td>
2922       <td>
2923         <ul>
2924           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2925           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2926           <li>Can remove groups one by one.</li>
2927           <li>Filechooser icons installed.</li>
2928           <li>Finder ignores return character when searching.
2929             Return key will initiate a search.<br>
2930           </li>
2931         </ul>
2932       </td>
2933     </tr>
2934     <tr>
2935       <td>
2936         <div align="center">
2937           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2938         </div>
2939       </td>
2940       <td>
2941         <ul>
2942           <li>New codebase</li>
2943         </ul>
2944       </td>
2945       <td>&nbsp;</td>
2946     </tr>
2947   </table>
2948   <p>&nbsp;</p>
2949 </body>
2950 </html>