help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98           </ul>
  99           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
 100           <em>Testing and Deployment</em>
 101           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <em>General</em>
 106           <ul>
 107             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 108             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 109             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 110           </ul>
 111           <em>Desktop</em>
 112           <ul>
 113             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 114             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 115             </li>
 116             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 117             </li>
 118             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 119             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 120             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 121             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 122             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 123             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 124             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 125             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 126             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 127             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 128             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 129             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 130             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment only aligns selected regions of each selected sequence</li>
 131            </ul>
 132           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 133            <ul>
 134             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 135           </ul>
 136           </div>
 137       </td>
 138     </tr>
 139     <tr>
 140       <td width="60" nowrap>
 141         <div align="center">
 142           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 143             <em>2/10/2017</em></strong>
 144         </div>
 145       </td>
 146       <td><div align="left">
 147           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 148           <ul>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 151             </li>
 152             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 153             </li>
 154           </ul>
 155         </div></td>
 156       <td><div align="left">
 157         </div></td>
 158     </tr>
 159     <tr>
 160       <td width="60" nowrap>
 161         <div align="center">
 162           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 163             <em>7/9/2017</em></strong>
 164         </div>
 165       </td>
 166       <td><div align="left">
 167           <em></em>
 168           <ul>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 171               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 172               white)
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 176               Preferences
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 180               in size and progress bar shown as higher resolution
 181               overview is recalculated
 182             </li>
 183
 184           </ul>
 185         </div></td>
 186       <td><div align="left">
 187           <em></em>
 188           <ul>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 191               column region row by row
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 195               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 199               format setting is unticked
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 203               if group has show boxes format setting unticked
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 207               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 208               include sequences and columns not currently displayed
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 212               assemblies are imported via CIF file
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 216               displayed when threshold or conservation colouring is also
 217               enabled.
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 221               server version
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 225               dragging a selected region off the visible region of the
 226               alignment
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 230               colourscheme to all groups in a view
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 234               initially after font size change using the Font chooser or
 235               middle-mouse zoom
 236             </li>
 237           </ul>
 238         </div></td>
 239     </tr>
 240     <tr>
 241       <td width="60" nowrap>
 242         <div align="center">
 243           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 244         </div>
 245       </td>
 246       <td><div align="left">
 247           <em>Calculations</em>
 248           <ul>
 249
 250             <li>
 251               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 252               ungapped positions in each column of the alignment.
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 256               a calculation dialog box
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 260               and memory efficiency (~30x faster)
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 264               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 265               and other calculations
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 269               files within the Jalview codebase
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 273               Similarity may have different topology due to increased
 274               precision
 275             </li>
 276           </ul>
 277           <em>Rendering</em>
 278           <ul>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 281               model for alignments and groups
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 285               scripts
 286             </li>
 287           </ul>
 288           <em>Overview</em>
 289           <ul>
 290             <li>
 291               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 292               with alignment and overview windows
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 296               overview
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 300               omitted in Overview
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 304               adjustment of visible position
 305             </li>
 306           </ul>
 307
 308           <em>Data import/export</em>
 309           <ul>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 312               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 316               annotation input/output via stockholm flatfile
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 320               extension when importing structure files without embedded
 321               names or PDB accessions
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 325               format sequence substitution matrices
 326             </li>
 327           </ul>
 328           <em>User Interface</em>
 329           <ul>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 332               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 333               the application.
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 337               via Overview or sequence motif search operations
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 341               opened by double clicking gaps within sequence feature
 342               extent
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 346               aligned positions were available to create a 3D structure
 347               superposition.
 348             </li>
 349           </ul>
 350           <em>3D Structure</em>
 351           <ul>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 354               coloured in linked structure views
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 358               file-based command exchange
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 362               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 363               structures are already available for sequences
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 367               the Jalview project rather than downloaded again when the
 368               project is reopened.
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 372               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 373               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 374                 Feature</strong>)
 375             </li>
 376           </ul>
 377           <em>Web Services</em>
 378           <ul>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 384               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 385               Analysis services
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 389               cross-references provided by identifiers.org and the
 390               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 391             </li>
 392           </ul>
 393
 394           <em>Scripting</em>
 395           <ul>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 398               identifying file formats (instead of String constants)
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 402               efficiency when counting all displayed features (not
 403               backwards compatible with 2.10.1)
 404             </li>
 405           </ul>
 406           <em>Example files</em>
 407           <ul>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 410               included in the example feature file
 411             </li>
 412           </ul>
 413           <em>Documentation</em>
 414           <ul>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 417               with the built-in Java help viewer
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 421               sequence description' option
 422             </li>
 423           </ul>
 424           <em>Test Suite</em>
 425           <ul>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 428               Uniprot REST Free Text Search Client
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 435               during tests
 436             </li>
 437           </ul>
 438         </div></td>
 439       <td><div align="left">
 440           <em>Calculations</em>
 441           <ul>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 444               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 445               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 446             </li>
 447             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 448               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 449               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 450               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 451               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 452               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 453               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 454               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 455               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 456               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 457               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 458               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 459               // for 2.10.1 mode <br />
 460               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 461               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 462                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 463                 calculations (not recommended)</em></li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 466               scaling of branch lengths for trees computed using
 467               Sequence Feature Similarity.
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 471               generating output report when working with highly
 472               redundant alignments
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 476               right of selected region when gaps present on right-hand
 477               boundary
 478             </li>
 479           </ul>
 480           <em>User Interface</em>
 481           <ul>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 484               doesn't reselect a specific sequence's associated
 485               annotation after it was used for colouring a view
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 489               opened on a region of alignment without groups
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 493               of an alignment with overlapping groups
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 497               name and description match
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 501               hidden regions results in incorrect hidden regions
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 505               changing colour does not apply Conservation slider value
 506               to all groups
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 510               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 514               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 518               gaps before start of features
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 522               restored to UI when feature colour is edited
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 526               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 530               as graduate feature colour settings are modified via the
 531               dialog box
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 535               when a group defined on the alignment is resized
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 539               wrapped view result in positional status updates
 540             </li>
 541
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 544               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 548               alignment included gapped columns
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 552               widgets don't permanently disappear
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 556               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 557               T-Coffee column reliability scores)
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 561               sequence feature on gaps only
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 565               button from a Find inherit previously defined feature type
 566               rather than the Find query string
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 570               exporting tree calculated in Jalview
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 574               and then revealing them reorders sequences on the
 575               alignment
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 579               doesn't update to reflect available set of groups after
 580               interactively adding or modifying features
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 584               Linux
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 588               only excluded gaps in current sequence and ignored
 589               selection.
 590             </li>
 591           </ul>
 592           <em>Rendering</em>
 593           <ul>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 596               erratically when hidden rows or columns are present
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 600               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 601               sequence colouring
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 605               colour and group colour menu for protein alignments
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 609               reflect currently selected view or group's shading
 610               thresholds
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 614               when rendered on overview and structures when opacity at
 615               100%
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 619               overview when features overlaid on alignment
 620             </li>
 621           </ul>
 622           <em>Data import/export</em>
 623           <ul>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 626               load
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 630               added after a sequence was imported are not written to
 631               Stockholm File
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 635               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 639               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 643               with lightGray or darkGray via features file (but can
 644               specify lightgray)
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 648               when alignment view imported from project
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 652               structure and sequences extracted from structure files
 653               imported via URL and viewed in Jmol
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 657               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 658               the project is loaded and the structure viewed
 659             </li>
 660           </ul>
 661           <em>Web Services</em>
 662           <ul>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 665               release of Ensembl v.88
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 669               appear enabled in Preferences->Connections
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 673               removed from console output
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 677               Ensembl by Peptide ID
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 681               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 682               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 683               due to 'null' string rather than empty string used for
 684               residues with no corresponding PDB mapping).
 685             </li>
 686           </ul>
 687           <em>Application UI</em>
 688           <ul>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 691               menu
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 695               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 696               new documentation and tooltips added)
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 700               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 704               new features are added to alignment
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 708               changes to feature colours via the Amend features dialog
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 712               edit graduated feature colour via amend features dialog
 713               box
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 717               selection menu changes colours of alignment views
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 721               from alignment calculation workers after alignment has
 722               been closed
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 726               groups now 'Create Group'
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 730               Create/Undefine group doesn't always work
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 734               shown again after pressing 'Cancel'
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 738               adjusts start position in wrap mode
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 742               ambiguous amino acids
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 746               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 747               proteins
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 751               Defined' don't appear in Colours menu
 752             </li>
 753           </ul>
 754           <em>Applet</em>
 755           <ul>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 758               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 762               overview or linked structure view
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 766               work (since 2.8)
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 770               user-defined colourscheme doesn't restore original
 771               colourscheme
 772             </li>
 773           </ul>
 774           <em>Test Suite</em>
 775           <ul>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 778               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 782               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 783               problems with deep array comparison equality asserts in
 784               successive versions of TestNG
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 788               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 789             </li>
 790           </ul>
 791           <em>New Known Issues</em>
 792           <ul>
 793             <li>
 794               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 795               phase after a sequence motif find operation
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 799               containing just upper and lower case letters are
 800               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 804               reliably from eggnog Ortholog database
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 808               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 809               to mark columns containing highlighted regions.
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 813               doesn't always add secondary structure annotation.
 814             </li>
 815           </ul>
 816         </div>
 817     <tr>
 818       <td width="60" nowrap>
 819         <div align="center">
 820           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 821         </div>
 822       </td>
 823       <td><div align="left">
 824           <em>General</em>
 825           <ul>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 828               for all consensus calculations
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 832               3rd Oct 2016)
 833             </li>
 834             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 835               for 2016-2017</li>
 836           </ul>
 837           <em>Application</em>
 838           <ul>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 841               set of database cross-references, sorted alphabetically
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 845               from database cross references. Users with custom links
 846               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 847                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 851               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 852               Chimera session
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 856               the Chimera it is connected to is shut down
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 860               columns menu item to mark columns containing highlighted
 861               regions (e.g. from structure selections or results of a
 862               Find operation)
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 866               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 867               MSAviewer
 868             </li>
 869           </ul>
 870         </div></td>
 871       <td>
 872         <div align="left">
 873           <em>General</em>
 874           <ul>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 877               are not coloured or thresholded according to percent
 878               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 882               hydrophobic
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 886               threshold, amino acid properties)
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 890               reported as mapped to residues in a structure file in the
 891               View Mapping report
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 895               could be added multiple times to a sequence
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 899               bond features shown as two highlighted residues rather
 900               than a range in linked structure views, and treated
 901               correctly when selecting and computing trees from features
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 905               cross-references are matched to database name regardless
 906               of case
 907             </li>
 908
 909           </ul>
 910           <em>Application</em>
 911           <ul>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 914               names without regular expressions also offer links from
 915               Sequence ID
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 919               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 920               update Jalview configuration
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 924               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 928               files with similarly named sequences if dropped onto the
 929               alignment
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 933               entries where more chains exist in the PDB accession than
 934               are reported in the SIFTS file
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 938               the structure view when displayed with Chimera
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 942               panel's View->Show Chains submenu
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 946               work for wrapped alignment views
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 950               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 954               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 955               first annotation row
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 959               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 963               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 964             </li>
 965             <!-- JAL-2319 -->
 966             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 967             coordindate data
 968             </li>
 969           </ul>
 970           <!--           <em>New Known Issues</em>
 971           <ul>
 972             <li></li>
 973           </ul> -->
 974         </div>
 975       </td>
 976     </tr>
 977     <td width="60" nowrap>
 978       <div align="center">
 979         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 980           <em>25/10/2016</em></strong>
 981       </div>
 982     </td>
 983     <td><em>Application</em>
 984       <ul>
 985         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 986           view if structures already loaded</li>
 987         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 988           structure views</li>
 989       </ul></td>
 990     <td>
 991       <div align="left">
 992         <em>General</em>
 993         <ul>
 994           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 995             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 996           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 997             example sequences/projects/trees</li>
 998         </ul>
 999         <em>Application</em>
1000         <ul>
1001           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1002             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1003           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1004             without timeout for structures with multiple models or
1005             multiple sequences in alignment</li>
1006           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1007             PDB ID HEADER line</li>
1008           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1009             is performed</li>
1010           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1011             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1012           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1013           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1014             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1015             option</li>
1016           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1017             is created on the alignment</li>
1018           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1019             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1020             pop-up menu</li>
1021         </ul>
1022         <em>Build and deployment</em>
1023         <ul>
1024           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1025             tags</li>
1026         </ul>
1027         <em>New Known Issues</em>
1028         <ul>
1029           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1030             on Windows</li>
1031         </ul>
1032       </div>
1033     </td>
1034     </tr>
1035     <tr>
1036       <td width="60" nowrap>
1037         <div align="center">
1038           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1039         </div>
1040       </td>
1041       <td><em>General</em>
1042         <ul>
1043           <li>
1044             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1045           </li>
1046           <li>
1047             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1048             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1049             better PDB parsing.
1050           </li>
1051           <li>
1052             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1053             reference sequence
1054           </li>
1055           <li>
1056             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1057             mousing over sequence associated annotation
1058           </li>
1059           <li>
1060             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1061             for manual entry
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1065             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1066             for each column
1067           </li>
1068           <li>
1069             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1070             showing or hiding columns containing a feature
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1074             group and sequence associated annotation labels
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1078             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1079             dialogs
1080           </li>
1081
1082         </ul> <em>Application</em>
1083         <ul>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1086             gene/transcript view
1087           </li>
1088           <li>
1089             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1090             dialog
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1094             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1098             Pfam sources to xfam.org
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1105             over sequences in Jalview
1106           </li>
1107           <li>
1108             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1109             regions in ENA and EMBL
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1113             for record retrieval via ENA rest API
1114           </li>
1115           <li>
1116             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1117             complement operator
1118           </li>
1119           <li>
1120             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1121             groovy script execution
1122           </li>
1123           <li>
1124             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1125             alignment window's Calculate menu
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1129             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1133             calculation workers from groovy scripts
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1137             Jalview projects
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1141             associations are now saved/restored from project
1142           </li>
1143           <li>
1144             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1145             before sequence fetcher is opened
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1149             database chooser opens a sequence fetcher
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1153             the UniProt REST API
1154           </li>
1155           <li>
1156             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1157             the news reader opening
1158           </li>
1159           <li>
1160             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1161             querying stored in preferences
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1165             search results
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1172             menu for nucleotide sequences
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1176             and feature counts preserves alignment ordering (and
1177             debugged for complex feature sets).
1178           </li>
1179           <li>
1180             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1181             viewing structures with Jalview 2.10
1182           </li>
1183           <li>
1184             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1185             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1186             Ensembl Genomes REST API
1187           </li>
1188           <li>
1189             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1190             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1191             (Ensembl)
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1195             sequences
1196           </li>
1197           <li>
1198             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1199             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1200             data from external database records.
1201           </li>
1202           <li>
1203             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1204             efficient recovery of sequence coding and alignment
1205             annotation relationships.
1206           </li>
1207         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1208         <ul>
1209           <li>
1210             -- JAL---
1211           </li>
1212         </ul> --></td>
1213       <td>
1214         <div align="left">
1215           <em>General</em>
1216           <ul>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1219               menu on OSX
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1223               includes graduated colourschemes
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1227               working with big alignments and lots of hidden columns
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1231               at right of alignment window
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1235               contents
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1239               for DNA alignments
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1243               based tree calculation
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1247               unconserved enabled for group on alignment
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1251               set as reference
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1255               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1256               annotation
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1260               hidden columns present
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1264               user created annotation added to alignment
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1268               '()' base pair annotation
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1272               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1273               Consensus
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1277               feature not working
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1281               beginning of sequence
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1285               entry 3a6s
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1289               from a tree when t-coffee scores are shown
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1293               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1297               some structures
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1301               to Clustal, PIR and PileUp output
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1305               not visible causes alignment window to repaint
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1309               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1310               scores associated with features and annotation rows
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1314               calculation should be case independent
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1318               columns
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1322               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1323               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1327               problems when reference sequence defined and 'show
1328               non-conserved' enabled
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1332               load even when Consensus calculation is disabled
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1336               alignment does nothing
1337             </li>
1338           </ul>
1339           <em>Application</em>
1340           <ul>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1343               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1344               yet fixed for El Capitan)
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1348               output when running on non-gb/us i18n platforms
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1352               hidden sequences as flat-file alignment
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1356               launching Chimera
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1360               (also hotfix for 2.9.0b2)
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1364               reference sequence defined
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1368               alignments and views when revealing hidden columns
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1372               view in a cDNA/Protein splitframe
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1376               sequence from project when only one sequence is
1377               represented
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1381               in Structure Chooser
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1385               structure consensus didn't refresh annotation panel
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1389               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1393               dialogs format columns correctly, don't display array
1394               data, sort columns according to type
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1398               file chooser is cancelled during an image export
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1402               sequence name containing special characters
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1406               case insensitive
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1410               formatting don't wrap
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1414               truncated so L looks like I in consensus annotation
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1418               currently displayed features for the current selection or
1419               view
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1423               after fetching cross-references, and restoring from
1424               project
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1428               followed in the structure viewer
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1432               splitframe not restored from project
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1436               trailing end of protein alignment in transcript/product
1437               splitview when pad-gaps not enabled by default
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1441               is case dependent
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1445               article has been read (reopened issue due to
1446               internationalisation problems)
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1450               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1451               cross-references
1452             </li>
1453
1454             <li>
1455               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1456               alignment as HTML
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1460               multiple structures are shown for one or more sequences.
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1464               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1465               is enabled.
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1469               specific PDB id for sequence
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1473               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1474               columns' is disabled.
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1478               selects lowest rather than highest resolution structures
1479               for each sequence
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1483               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1487               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1491               after clicking on it to create new annotation for a
1492               column.
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1496               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1497             </li>
1498             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1499             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1500           </ul>
1501           <em>Applet</em>
1502           <ul>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1505               hidden columns present before start of sequence
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1509               (JSON jars)
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1513               sequences are hidden in applet
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1517               deployment on examples pages.
1518             </li>
1519           </ul>
1520         </div>
1521       </td>
1522     </tr>
1523     <tr>
1524       <td width="60" nowrap>
1525         <div align="center">
1526           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1527             <em>16/10/2015</em></strong>
1528         </div>
1529       </td>
1530       <td><em>General</em>
1531         <ul>
1532           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1533             jars</li>
1534         </ul></td>
1535       <td>
1536         <div align="left">
1537           <em>Application</em>
1538           <ul>
1539             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1540               shown when tree is partitioned</li>
1541             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1542               multiple cDNA/Protein split views</li>
1543           </ul>
1544         </div>
1545       </td>
1546     </tr>
1547     <tr>
1548       <td width="60" nowrap>
1549         <div align="center">
1550           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1551             <em>8/10/2015</em></strong>
1552         </div>
1553       </td>
1554       <td><em>General</em>
1555         <ul>
1556           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1557             2.9</li>
1558         </ul> <em>Application</em>
1559         <ul>
1560           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1561           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1562           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1563         </ul> <em>Applet</em>
1564         <ul>
1565           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1566         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1567         <ul>
1568           <li>
1569             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1570             suite
1571           </li>
1572         </ul></td>
1573       <td>
1574         <div align="left">
1575           <em>General</em>
1576           <ul>
1577             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1578               incorrect when sequence start > 1</li>
1579             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1580               documentation</li>
1581             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1582             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1583               loading a features file containing HTML tags in feature
1584               description</li>
1585
1586           </ul>
1587           <em>Application</em>
1588           <ul>
1589             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1590               reimport</li>
1591             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1592               with 'trim retrieved sequences'</li>
1593             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1594               deleting selected columns</li>
1595             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1596               JNLP templates for webstart launch</li>
1597             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1598               unreleased structures for download or viewing</li>
1599             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1600               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1601             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1602               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1603             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1604               recovered from jalview project</li>
1605             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1606               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1607               alignment view</li>
1608             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1609               color schemes from BioJSON</li>
1610           </ul>
1611           <em>Applet</em>
1612           <ul>
1613             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1614               frame</li>
1615             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1616           </ul>
1617         </div>
1618       </td>
1619     </tr>
1620     <tr>
1621       <td><div align="center">
1622           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1623         </div></td>
1624       <td><em>General</em>
1625         <ul>
1626           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1627             alignments:
1628             <ul>
1629               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1630                 and DNA alignment views</li>
1631               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1632                 cDNA alignment views</li>
1633               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1634                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1635               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1636                 protein sequences</li>
1637             </ul>
1638           </li>
1639           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1640           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1641             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1642           <li>New alignment annotation file statements for
1643             reference sequences and marking hidden columns</li>
1644           <li>Reference sequence based alignment shading to
1645             highlight variation</li>
1646           <li>Select or hide columns according to alignment
1647             annotation</li>
1648           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1649           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1650             acid conservation row</li>
1651           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1652         </ul> <em>Application</em>
1653         <ul>
1654           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1655             <ul>
1656               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1657                 view with cDNA/Protein</li>
1658               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1659                 sequences are placed in the same alignment</li>
1660               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1661                 projects</li>
1662             </ul>
1663           </li>
1664
1665           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1666           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1667             Jalview windows</li>
1668
1669           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1670           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1671           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1672             be shown in VARNA</li>
1673
1674           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1675             as the active selected region</li>
1676
1677           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1678             similarity</li>
1679           <li>New Export options
1680             <ul>
1681               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1682                 region export in flat file generation</li>
1683
1684               <li>Export alignment views for display with the <a
1685                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1686
1687               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1688               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1689                 alignment figures to HTML</li>
1690           </li>
1691           <li>3D structure retrieval and display
1692             <ul>
1693               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1694                 Search API</li>
1695               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1696                 PDB structures for a sequence set</li>
1697             </ul>
1698           </li>
1699
1700           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1701             predictions</li>
1702           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1703             for one or a group of sequences</li>
1704           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1705             from the JPred4 web server</li>
1706           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1707             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1708             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1709           </li>
1710           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1711             VARNA 2D Structure'</li>
1712           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1713             Structure ..."</li>
1714
1715         </ul> <em>Applet</em>
1716         <ul>
1717           <li>New layout for applet example pages</li>
1718           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1719             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1720           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1721             Protein alignments</li>
1722         </ul> <em>Development and deployment</em>
1723         <ul>
1724           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1725           <li>Include installation type and git revision in build
1726             properties and console log output</li>
1727           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1728             storing BioJsMSA Templates</li>
1729           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1730         </ul></td>
1731       <td>
1732         <!-- <em>General</em>
1733         <ul>
1734         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1735         <ul>
1736           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1737           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1738           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1739             predictions are not highlighted in amber</li>
1740           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1741             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1742           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1743             associated structure views</li>
1744           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1745             width checkbox not enabled</li>
1746           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1747             creating user defined colours</li>
1748           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1749             mappings for just that viewer's sequences</li>
1750           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1751             multiple models in Chimera</li>
1752           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1753             over Jmol structure</li>
1754           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1755             output to text box</li>
1756           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1757             have incorrect sequence start/end</li>
1758           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1759             Jalview fails</li>
1760           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1761             work for nucleotide</li>
1762           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1763             to a grey/invisible alignment window</li>
1764           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1765             imports to different position</li>
1766           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1767             on some platforms</li>
1768           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1769             populated</li>
1770           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1771             console if Chimera has been opened</li>
1772           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1773           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1774             retrieved</li>
1775           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1776           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1777             either sequence shows on first structure</li>
1778           <li>'Show annotations' options should not make
1779             non-positional annotations visible</li>
1780           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1781             in right place after 'view flanking regions'</li>
1782           <li>File Save As type unset when current file format is
1783             unknown</li>
1784           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1785             projects</li>
1786           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1787             responsive</li>
1788           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1789             several views on same alignment</li>
1790           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1791           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1792             spaces</li>
1793         </ul> <em>Applet</em>
1794         <ul>
1795           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1796           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1797             descriptions containing angle brackets</li>
1798         </ul> <em>General</em>
1799         <ul>
1800           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1801             via jalview annotation file</li>
1802           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1803             with RNA secondary structure</li>
1804           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1805             translation doesn't work.</li>
1806           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1807           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1808             positions</li>
1809           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1810             choosing 1pt font</li>
1811           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1812             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1813             'h'</li>
1814           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1815             new feature</li>
1816           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1817             order dependent</li>
1818           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1819             sequences</li>
1820           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1821         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1822         <ul>
1823           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1824             www.jalview.org</li>
1825         </ul> <em>Application Known issues</em>
1826         <ul>
1827           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1828           <li>Misleading message appears after trying to delete
1829             solid column.</li>
1830           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1831             version launches</li>
1832           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1833             fails with a sequence mismatch</li>
1834           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1835             scrolling alignment to right</li>
1836           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1837             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1838           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1839             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1840           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1841             ultra-high resolution</li>
1842           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1843             quality and conservation</li>
1844           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1845             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1846         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1847         <ul>
1848           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1849           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1850             window is being resized</li>
1851
1852         </ul>
1853       </td>
1854     </tr>
1855     <tr>
1856       <td><div align="center">
1857           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1858         </div></td>
1859       <td><em>General</em>
1860         <ul>
1861           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1862             Certum.PL.</li>
1863           <li>Features and annotation preserved when performing
1864             pairwise alignment</li>
1865           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1866             imported/exported/displayed</li>
1867           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1868             protein secondary structure</li>
1869           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1870               post-hoc with 2.9 release</em>)
1871           </li>
1872
1873         </ul> <em>Application</em>
1874         <ul>
1875           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1876             with 3D structures</li>
1877           <li>Support for parsing RNAML</li>
1878           <li>Annotations menu for layout
1879             <ul>
1880               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1881               <li>place sequence annotation above/below alignment
1882                 annotation</li>
1883             </ul>
1884           <li>Output in Stockholm format</li>
1885           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1886             translation</li>
1887           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1888           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1889             shared between alignments</li>
1890           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1891             Jalview</li>
1892           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1893             all or current selection</li>
1894           <li>disorder and secondary structure predictions
1895             available as dataset annotation</li>
1896           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1897
1898
1899           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1900             alignments from Rfam</li>
1901           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1902
1903           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1904             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1905           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1906           <li>include installation type in build properties and
1907             console log output</li>
1908           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1909             annotation</li>
1910         </ul></td>
1911       <td>
1912         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1913         <ul>
1914           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1915             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1916           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1917             alignment</li>
1918           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1919           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1920           <li>Double click on sequence associated annotation
1921             selects only first column</li>
1922           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1923             leaves shown in tree</li>
1924           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1925             properly</li>
1926           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1927           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1928             screen and buttons not visible</li>
1929           <li>author list isn't updated if already written to
1930             Jalview properties</li>
1931           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1932             from database</li>
1933           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1934           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1935             browser search window</li>
1936           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1937             in feature settings dialog</li>
1938           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1939             desktop</li>
1940           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1941             pass validation</li>
1942           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1943             fit on screen</li>
1944           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1945             tooltip</li>
1946           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1947             defined user preset</li>
1948           <li>MSA web services warns user if they were launched
1949             with invalid input</li>
1950           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1951             Java 8</li>
1952           <li>
1953             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1954             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1955             created
1956           </li>
1957
1958         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1959         <ul>
1960         </ul> <em>General</em>
1961         <ul>
1962         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1963         <ul>
1964           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1965             memory allocation</li>
1966           <li>launchApp service doesn't automatically open
1967             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1968           <li>
1969             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1970             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1971             1.7_055 is available
1972           </li>
1973         </ul> <em>Application Known issues</em>
1974         <ul>
1975           <li>
1976             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1977             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1978             alignment to right
1979           </li>
1980           <li>
1981             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1982             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1983             with large number of ID
1984           </li>
1985           <li>
1986             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1987             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1988             start/end
1989           </li>
1990           <li>
1991             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1992             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1993             structure tracks are rearranged
1994           </li>
1995           <li>
1996             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1997             invalid rna structure positional highlighting does not
1998             highlight position of invalid base pairs
1999           </li>
2000           <li>
2001             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2002             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2003             project from alignment window file menu
2004           </li>
2005           <li>
2006             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2007             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2008             structures
2009           </li>
2010           <li>
2011             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2012             colour by RNA Helices not enabled when user created
2013             annotation added to alignment
2014           </li>
2015           <li>
2016             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2017             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2018           </li>
2019         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2020         <ul>
2021           <li>
2022             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2023             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2024           </li>
2025           <li>
2026             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2027             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2028           </li>
2029
2030           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2031             when selected</li>
2032         </ul>
2033       </td>
2034     </tr>
2035     <tr>
2036       <td><div align="center">
2037           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2038         </div></td>
2039       <td>
2040         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2041         <em>General</em>
2042         <ul>
2043           <li>Internationalisation of user interface (usually
2044             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2045           <li>Define/Undefine group on current selection with
2046             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2047           <li>Improved group creation/removal options in
2048             alignment/sequence Popup menu</li>
2049           <li>Sensible precision for symbol distribution
2050             percentages shown in logo tooltip.</li>
2051           <li>Annotation panel height set according to amount of
2052             annotation when alignment first opened</li>
2053         </ul> <em>Application</em>
2054         <ul>
2055           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2056             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2057           <li>Select columns containing particular features from
2058             Feature Settings dialog</li>
2059           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2060             sequences</li>
2061           <li>Update Jalview project format:
2062             <ul>
2063               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2064               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2065                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2066               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2067                 colouring</li>
2068             </ul>
2069           </li>
2070           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2071             (PAM250)</li>
2072           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2073             flanking regions for an alignment</li>
2074         </ul>
2075       </td>
2076       <td>
2077         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2078         <ul>
2079           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2080             running after job is cancelled</li>
2081           <li>cannot export features from alignments imported from
2082             Jalview/VAMSAS projects</li>
2083           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2084             float values</li>
2085           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2086             have 'display all symbols' flag set</li>
2087           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2088             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2089           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2090             Jalview</li>
2091           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2092             Lion/Webstart</li>
2093           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2094           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2095           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2096             alignment onto desktop</li>
2097           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2098             'extract scores' function</li>
2099           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2100             alignment window</li>
2101           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2102             performing IUPred disorder prediction</li>
2103           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2104             changing 'normalise logo' display setting</li>
2105           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2106             nothing matches query</li>
2107           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2108             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2109           </li>
2110           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2111             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2112           </li>
2113           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2114             Jalview's menu</li>
2115           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2116             'invalid literal/length code'</li>
2117           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2118             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2119           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2120             colourscheme</li>
2121
2122         </ul> <em>Applet</em>
2123         <ul>
2124           <li>Remove group option is shown even when selection is
2125             not a group</li>
2126           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2127             don't affect groups</li>
2128           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2129             colourscheme name</li>
2130           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2131             Annotation panel is not displayed</li>
2132           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2133             embedded windows</li>
2134         </ul> <em>Other</em>
2135         <ul>
2136           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2137             single sequence were not calculated</li>
2138           <li>annotation files that contain only groups imported as
2139             annotation and junk sequences</li>
2140           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2141             recognised as PFAM or BLC</li>
2142           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2143             doesn't affect background (2.8.0b1)
2144           <li></li>
2145           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2146           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2147             trailing gaps</li>
2148           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2149             registered correctly on import</li>
2150           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2151             certain alignments</li>
2152           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2153             existing annotation based 'use original colours'
2154             colourscheme loses original colours setting</li>
2155         </ul>
2156       </td>
2157     </tr>
2158     <tr>
2159       <td><div align="center">
2160           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2161             <em>30/1/2014</em></strong>
2162         </div></td>
2163       <td>
2164         <ul>
2165           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2166             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2167             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2168             open source project).
2169           </li>
2170           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2171           <li>Output in Stockholm format</li>
2172           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2173           <li>Export/import group and sequence associated line
2174             graph thresholds</li>
2175           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2176             ambiguity codes</li>
2177           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2178             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2179             works</li>
2180           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2181         </ul> <em>Other improvements</em>
2182         <ul>
2183           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2184           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2185             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2186           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2187             files</li>
2188           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2189           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2190             link but no description</li>
2191           <li>Select primary source when selecting authority in
2192             database fetcher GUI</li>
2193           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2194             Jalview</li>
2195           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2196         </ul>
2197       </td>
2198       <td>
2199         <ul>
2200           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2201             displayed</li>
2202           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2203             secondary structure annotation line</li>
2204           <li>Sequence database accessions not imported when
2205             fetching alignments from Rfam</li>
2206           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2207             identical IDs</li>
2208           <li>View all structures does not always superpose
2209             structures</li>
2210           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2211             reflect user or preset settings</li>
2212           <li>Null pointer exceptions for some services without
2213             presets or adjustable parameters</li>
2214           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2215             discover PDB xRefs</li>
2216           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2217             features with DAS</li>
2218           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2219             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2220           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2221             residue follows a gap</li>
2222           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2223             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2224           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2225             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2226           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2227             annotation already exists on alignment</li>
2228           <li>oninit javascript function should be called after
2229             initialisation completes</li>
2230           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2231             alignment window display</li>
2232           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2233           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2234             to annotation file</li>
2235           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2236             groups created</li>
2237           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2238             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2239           <li>Pressing return several times causes Number Format
2240             exceptions in keyboard mode</li>
2241           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2242             correct partitions for input data</li>
2243           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2244           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2245           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2246           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2247             mode</li>
2248           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2249             changes one row&#39;s threshold</li>
2250           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2251             doesn&#39;t open</li>
2252           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2253             quality histograms</li>
2254         </ul>
2255       </td>
2256     </tr>
2257     <tr>
2258       <td><div align="center">
2259           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2260         </div></td>
2261       <td><em>Application</em>
2262         <ul>
2263           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2264             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2265           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2266             preferences</li>
2267           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2268             in Jalview alignment window</li>
2269           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2270             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2271           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2272             RNA and ambiguity codes</li>
2273
2274           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2275           <li>Support fetching and database reference look up
2276             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2277             refs')</li>
2278           <li>Jalview project improvements
2279             <ul>
2280               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2281                 flag for annotation</li>
2282               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2283                 alignment</li>
2284               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2285                 Jalview project</li>
2286
2287             </ul>
2288           </li>
2289           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2290           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2291             running</li>
2292           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2293           <li>visual indication that web service results are still
2294             being retrieved from server</li>
2295           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2296             starts up for first time</li>
2297           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2298             services</li>
2299           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2300             client library</li>
2301           <li>Examples directory and Groovy library included in
2302             InstallAnywhere distribution</li>
2303         </ul> <em>Applet</em>
2304         <ul>
2305           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2306             visualization applet example</li>
2307         </ul> <em>General</em>
2308         <ul>
2309           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2310           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2311             defaults</li>
2312           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2313             calculation</li>
2314           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2315             matrices
2316           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2317             in HTML</li>
2318           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2319             structure contacts</li>
2320           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2321           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2322           <li>Parse sequence associated secondary structure
2323             information in Stockholm files</li>
2324           <li>HTML Export database accessions and annotation
2325             information presented in tooltip for sequences</li>
2326           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2327             style RNA alignment files</li>
2328           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2329             alignment</li>
2330           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2331             shade each sequence according to its associated alignment
2332             annotation</li>
2333           <li>New Jalview Logo</li>
2334         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2335         <ul>
2336           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2337           <li>New Website!</li>
2338         </ul></td>
2339       <td><em>Application</em>
2340         <ul>
2341           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2342             wsdbfetch REST service</li>
2343           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2344           <li>Filetype associations not installed for webstart
2345             launch</li>
2346           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2347             job execution in full once it is complete</li>
2348           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2349             uploaded via ali_file parameter</li>
2350           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2351           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2352           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2353             submitted for prediction</li>
2354           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2355             desktop window</li>
2356           <li>Putting fractional value into integer text box in
2357             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2358           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2359             windows 7</li>
2360           <li>View all structures fails with exception shown in
2361             structure view</li>
2362           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2363             escaped in a platform independent way</li>
2364           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2365             using proxy</li>
2366           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2367             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2368           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2369             failure when java web start temporary file caching is
2370             disabled</li>
2371           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2372             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2373           <li>Errors during processing of command line arguments
2374             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2375           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2376             DAS sources in sequence fetcher</li>
2377           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2378             dialog is shown</li>
2379           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2380           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2381           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2382           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2383             on OSX Mountain Lion</li>
2384           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2385             sequences with alignment annotation are pasted into the
2386             alignment</li>
2387           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2388             when loaded from Jalview project</li>
2389           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2390           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2391             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2392           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2393             associated with all views</li>
2394           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2395             annotation rows to new window</li>
2396         </ul> <em>Applet</em>
2397         <ul>
2398           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2399             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2400           <li>loading features via javascript API automatically
2401             enables feature display</li>
2402           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2403             work</li>
2404         </ul> <em>General</em>
2405         <ul>
2406           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2407           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2408             and then deselected</li>
2409           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2410           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2411             coloured with clustalx</li>
2412           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2413             exceptions and redraw errors</li>
2414           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2415             reconfigured view</li>
2416           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2417             colour</li>
2418           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2419             for lots of labels</li>
2420         </ul>
2421     </tr>
2422     <tr>
2423       <td>
2424         <div align="center">
2425           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2426         </div>
2427       </td>
2428       <td><em>Application</em>
2429         <ul>
2430           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2431           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2432           <li>View/alignment association menu to enable user to
2433             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2434             its colours/correspondences from</li>
2435           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2436           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2437             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2438           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2439           <li>Annotation row column label formatting attributes
2440             stored in project file</li>
2441           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2442             rows preserved in Jalview project file</li>
2443           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2444             saved using Desktop window menu</li>
2445           <li>Visual indication that command line arguments are
2446             still being processed</li>
2447           <li>Groovy script execution from URL</li>
2448           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2449             preferences</li>
2450           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2451             alignment with sequences that have high similarity and
2452             matching IDs</li>
2453           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2454           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2455             structures in same window</li>
2456           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2457           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2458             analysis function in its own submenu</li>
2459         </ul> <em>Applet</em>
2460         <ul>
2461           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2462             groups</li>
2463           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2464           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2465           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2466           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2467           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2468             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2469           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2470           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2471             parameters are treated as such</li>
2472           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2473             <ul>
2474               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2475               <li>Javascript callbacks for
2476                 <ul>
2477                   <li>Applet initialisation</li>
2478                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2479                 </ul>
2480               </li>
2481               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2482                 functions</li>
2483               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2484               <li>javascript structure viewer harness to pass
2485                 messages between Jmol and Jalview when running as
2486                 distinct applets</li>
2487               <li>sortBy method</li>
2488               <li>Set of applet and application examples shipped
2489                 with documentation</li>
2490               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2491                 javascript message exchange</li>
2492             </ul>
2493         </ul> <em>General</em>
2494         <ul>
2495           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2496             multiple alignments</li>
2497           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2498           <li>User configurable link to enable redirects to a
2499             www.Jalview.org mirror</li>
2500           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2501           <li>Configurable newline string when writing alignment
2502             and other flat files</li>
2503           <li>Allow alignment annotation description lines to
2504             contain html tags</li>
2505         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2506         <ul>
2507           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2508             examples</li>
2509           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2510             using a web service before displaying the result in the
2511             Jalview desktop</li>
2512           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2513           <li>Ant target to publish example html files with applet
2514             archive</li>
2515           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2516           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2517         </ul></td>
2518       <td><em>Application</em>
2519         <ul>
2520           <li>User defined colourscheme throws exception when
2521             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2522           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2523             dialog for valid filename/format</li>
2524           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2525           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2526             P37173</li>
2527           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2528             which sequence is to be associated with the file</li>
2529           <li>Find All raises null pointer exception when query
2530             only matches sequence IDs</li>
2531           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2532           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2533             2.4 cannot be loaded</li>
2534           <li>Filetype associations not installed for webstart
2535             launch</li>
2536           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2537             with sequences in different alignments do not get coloured
2538             by their associated sequence</li>
2539           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2540             not preserved when project is loaded</li>
2541           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2542             stored in Jalview project</li>
2543           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2544             Jalview project</li>
2545           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2546           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2547             by conservation</li>
2548           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2549             created on new view</li>
2550           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2551             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2552           <li>Alignment quality not updated after alignment
2553             annotation row is hidden then shown</li>
2554           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2555             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2556           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2557             properly</li>
2558           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2559             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2560           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2561           <li>Structures imported from file and saved in project
2562             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2563           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2564             job execution in full once it is complete</li>
2565         </ul> <em>Applet</em>
2566         <ul>
2567           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2568             annotation rows are displayed</li>
2569           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2570             codebase</li>
2571           <li>View follows highlighting does not work for positions
2572             in sequences</li>
2573           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2574           <li>Export features raises exception when no features
2575             exist</li>
2576           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2577             for javascript api is modified when separator string
2578             provided as parameter</li>
2579           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2580             alignment with no existing selection</li>
2581           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2582             to applet&#39;s codebase</li>
2583           <li>Status bar not updated after finished searching and
2584             search wraps around to first result</li>
2585           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2586             several Jalview applets causes race conditions and memory
2587             leaks</li>
2588           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2589             not sent from Jmol in applet</li>
2590           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2591             applet API fatally hang browser</li>
2592         </ul> <em>General</em>
2593         <ul>
2594           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2595             position with wrapped view and hidden regions</li>
2596           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2597             with/without hidden columns</li>
2598           <li>Sequence length given in alignment properties window
2599             is off by 1</li>
2600           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2601             import PDB like structure files</li>
2602           <li>Positional search results are only highlighted
2603             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2604           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2605           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2606             given sequence position</li>
2607           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2608             output</li>
2609           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2610             from nucleotide chains correctly</li>
2611           <li>Structure colours not updated when tree partition
2612             changed in alignment</li>
2613           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2614             parsed in interleaved stockholm</li>
2615           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2616             state</li>
2617           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2618             properly</li>
2619           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2620             properly associated with their pdb files</li>
2621         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2622         <ul>
2623           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2624             ApplyCopyright tool</li>
2625         </ul></td>
2626     </tr>
2627     <tr>
2628       <td>
2629         <div align="center">
2630           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2631         </div>
2632       </td>
2633       <td><em>Application</em>
2634         <ul>
2635           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2636             contact web services</li>
2637           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2638             service job window</li>
2639           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2640         </ul></td>
2641       <td>
2642         <ul>
2643           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2644             pir file emitted by Jalview</li>
2645           <li>Existing feature settings transferred to new
2646             alignment view created from cut'n'paste</li>
2647           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2648             parsing PDB files</li>
2649           <li>Consensus and conservation annotation rows
2650             occasionally become blank for all new windows</li>
2651           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2652             in wrapped view mode</li>
2653         </ul> <em>Application</em>
2654         <ul>
2655           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2656             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2657           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2658             parameter names</li>
2659           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2660             is down</li>
2661         </ul>
2662       </td>
2663     </tr>
2664     <tr>
2665       <td>
2666         <div align="center">
2667           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2668         </div>
2669       </td>
2670       <td><em>Application</em>
2671         <ul>
2672           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2673             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2674             (JABAWS)
2675           </li>
2676           <li>Web Services preference tab</li>
2677           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2678             preferences</li>
2679           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2680           <li>Superpose structures using associated sequence
2681             alignment</li>
2682           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2683             viewer</li>
2684         </ul> <em>Applet</em>
2685         <ul>
2686           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2687             link out mechanism</li>
2688         </ul> <em>Other</em>
2689         <ul>
2690           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2691             series 12</li>
2692           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2693             require Java 1.5</li>
2694           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2695             sequence annotation files</li>
2696           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2697             type colour specification</li>
2698           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2699             script to check if it being run in an interactive session or
2700             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2701         </ul></td>
2702       <td>
2703         <ul>
2704           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2705             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2706         </ul> <em>Application</em>
2707         <ul>
2708           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2709             selected Regions menu item</li>
2710           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2711             part of a valid accession ID</li>
2712           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2713             runs out of memory</li>
2714           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2715             analysis results</li>
2716           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2717             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2718           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2719         </ul> <em>Applet</em>
2720         <ul>
2721           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2722             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2723             defined.</li>
2724         </ul>
2725       </td>
2726     </tr>
2727     <tr>
2728       <td>
2729         <div align="center">
2730           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2731         </div>
2732       </td>
2733       <td></td>
2734       <td>
2735         <ul>
2736           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2737             sequence IDs</li>
2738           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2739             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2740           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2741             import correctly</li>
2742           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2743             number of columns are hidden</li>
2744           <li>annotation label popup menu not providing correct
2745             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2746             present</li>
2747           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2748             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2749           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2750             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2751
2752         </ul> <em>Applet</em>
2753         <ul>
2754           <li>annotation panel disappears when annotation is
2755             hidden/removed</li>
2756         </ul> <em>Application</em>
2757         <ul>
2758           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2759             alignment opened where annotation panel is visible but no
2760             annotations are present on alignment</li>
2761           <li>pasted region containing hidden columns is
2762             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2763           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2764             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2765           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2766             selected Rregions menu item.</li>
2767           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2768             'Un' or 'Non'conserved</li>
2769           <li>Sequence feature settings are being shared by
2770             multiple distinct alignments</li>
2771           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2772             changed</li>
2773           <li>double click on group annotation to select sequences
2774             does not propagate to associated trees</li>
2775           <li>Mac OSX specific issues:
2776             <ul>
2777               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2778                 window background</li>
2779               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2780                 name set correctly</li>
2781               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2782                 save feature colourscheme button</li>
2783             </ul>
2784           </li>
2785         </ul>
2786       </td>
2787     </tr>
2788     <tr>
2789
2790       <td>
2791         <div align="center">
2792           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2793         </div>
2794       </td>
2795       <td><em>New Capabilities</em>
2796         <ul>
2797           <li>URL links generated from description line for
2798             regular-expression based URL links (applet and application)
2799
2800           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2801             menu</li>
2802           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2803             structures</li>
2804           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2805             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2806           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2807             average score or total feature count for each sequence.</li>
2808           <li>Shading features by score or associated description</li>
2809           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2810             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2811           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2812             hide everything but the currently selected region.</li>
2813           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2814         </ul> <em>Application</em>
2815         <ul>
2816           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2817             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2818           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2819             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2820           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2821             database references and protein_name is parsed as
2822             description line (BioSapiens terms).</li>
2823           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2824             references in sequence ID tooltip from View menu in
2825             application.</li>
2826           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2827       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2828           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2829             conservation plots</li>
2830           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2831             and visualized as sequence logos</li>
2832           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2833             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2834           </li>
2835           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2836             when a new tree is opened.</li>
2837           <li>Jalview Java Console</li>
2838           <li>Better placement of desktop window when moving
2839             between different screens.</li>
2840           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2841             consensus annotation</li>
2842           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2843             Workflows</li>
2844           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2845             <ul>
2846               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2847                 used to preserve views, structures, and tree display
2848                 settings)</li>
2849               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2850                 command line</li>
2851               <li>Sharing of selected regions between views and
2852                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2853               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2854             </ul></li>
2855         </ul> <em>Applet</em>
2856         <ul>
2857           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2858           <li>New Parameters
2859             <ul>
2860               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2861                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2862                 opened.</li>
2863               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2864                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2865               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2866                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2867               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2868                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2869                 view</li>
2870               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2871                 increase the height or width of a cell in the alignment
2872                 grid relative to the current font size.</li>
2873             </ul>
2874           </li>
2875           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2876             tooltip</li>
2877         </ul> <em>Other</em>
2878         <ul>
2879           <li>Features format: graduated colour definitions and
2880             specification of feature scores</li>
2881           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2882             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2883             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2884           <li>XML formats extended to support graduated feature
2885             colourschemes, group associated annotation, and profile
2886             visualization settings.</li></td>
2887       <td>
2888         <ul>
2889           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2890             rather than description</li>
2891           <li>Non-positional features are now included in sequence
2892             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2893             visibility in tooltip).</li>
2894           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2895           <li>Added URL embedding instructions to features file
2896             documentation.</li>
2897           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2898             'X' in peptide product</li>
2899           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2900             sequence ID and sequence string and query strings do not
2901             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2902           <li>AMSA files only contain first column of
2903             multi-character column annotation labels</li>
2904           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2905             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2906             exported and re-imported)</li>
2907           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2908             name</li>
2909           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2910             as subsequence matches, and correctly reports total number
2911             of both.</li>
2912           <li>Application:
2913             <ul>
2914               <li>Better handling of exceptions during sequence
2915                 retrieval</li>
2916               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2917                 link text excludes the start_end suffix</li>
2918               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2919                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2920               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2921               <li>Sequence description lines properly shared via
2922                 VAMSAS</li>
2923               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2924                 data sources</li>
2925               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2926                 completes before alignment figures are generated.</li>
2927               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2928                 first time.</li>
2929               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2930                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2931               <li>User defined group colours properly recovered
2932                 from Jalview projects.</li>
2933             </ul>
2934           </li>
2935         </ul>
2936       </td>
2937
2938     </tr>
2939     <tr>
2940       <td>
2941         <div align="center">
2942           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2943         </div>
2944       </td>
2945       <td>
2946         <ul>
2947           <li>Experimental support for google analytics usage
2948             tracking.</li>
2949           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2950         </ul>
2951       </td>
2952       <td>
2953         <ul>
2954           <li>Race condition in applet preventing startup in
2955             jre1.6.0u12+.</li>
2956           <li>Exception when feature created from selection beyond
2957             length of sequence.</li>
2958           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2959           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2960             all sequences with a given id</li>
2961           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2962             ID string searches</li>
2963           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2964             alignment to fail with exception</li>
2965         </ul> <em>Application Issues</em>
2966         <ul>
2967           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2968           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2969             data sources</li>
2970         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2971         <ul>
2972           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2973             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2974           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2975             version (java class versioning error fixed)</li>
2976         </ul>
2977       </td>
2978     </tr>
2979     <tr>
2980       <td>
2981
2982         <div align="center">
2983           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2984         </div>
2985       </td>
2986       <td><em>User Interface</em>
2987         <ul>
2988           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2989             translation and protein products</li>
2990           <li>Linked highlighting of structure associated with
2991             residue mapping to codon position</li>
2992           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2993             and 'clear' button</li>
2994           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2995             Tools menu</li>
2996           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2997             numeric data in description line</li>
2998           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2999           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3000             of sequence</li>
3001         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3002         <ul>
3003           <li>JPred3 web service</li>
3004           <li>Prototype sequence search client (no public services
3005             available yet)</li>
3006           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3007             PFAM</li>
3008           <li>URL Links created for matching database cross
3009             references as well as sequence ID</li>
3010           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3011         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3012         <ul>
3013           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3014             databases</li>
3015           <li>Generalised database reference retrieval and
3016             validation to all fetchable databases</li>
3017           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3018             sequence command</li>
3019         </ul> <em>Import and Export</em>
3020         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3021         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3022           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3023         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3024           File</li>
3025         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3026           triplet as name of colourscheme</li>
3027         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3028         <ul>
3029           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3030           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3031             alignments (experimental)</li>
3032           <li>Create new or select existing session to join</li>
3033           <li>load and save of vamsas documents</li>
3034         </ul> <em>Application command line</em>
3035         <ul>
3036           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3037             from applet)</li>
3038           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3039             of DAS servers to query for alignment features</li>
3040           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3041             that are also automatically queried for features</li>
3042           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3043             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3044         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3045         <ul>
3046           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3047             application (when using &quot;View in full
3048             application&quot;)</li>
3049         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3050         <ul>
3051           <li>feature group display control parameter</li>
3052           <li>debug parameter</li>
3053           <li>showbutton parameter</li>
3054         </ul> <em>Applet API methods</em>
3055         <ul>
3056           <li>newView public method</li>
3057           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3058           <li>Feature display control methods</li>
3059           <li>get list of currently selected sequences</li>
3060         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3061         <ul>
3062           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3063           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3064             Jalview release.</li>
3065           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3066             property controls execution of obfuscator</li>
3067           <li>Build target for generating source distribution</li>
3068           <li>Debug flag for javacc</li>
3069           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3070             jalview.bin.Cache</li>
3071           <li>Continuous Build Integration for stable and
3072             development version of Application, Applet and source
3073             distribution</li>
3074         </ul></td>
3075       <td>
3076         <ul>
3077           <li>selected region output includes visible annotations
3078             (for certain formats)</li>
3079           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3080             for editing</li>
3081           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3082           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3083           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3084           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3085             comments</li>
3086           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3087             filenames containing a ':'</li>
3088           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3089             global sequence features</li>
3090           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3091             references from alignment sequences goes to zero</li>
3092           <li>Close of tree branch colour box without colour
3093             selection causes cascading exceptions</li>
3094           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3095           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3096             file parsing fails.</li>
3097           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3098           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3099             not a valid output format</li>
3100           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3101             vamsas</li>
3102           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3103           <li>error messages passed up and output when data read
3104             fails</li>
3105           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3106             sequence is edited</li>
3107           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3108             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3109           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3110             filetype</li>
3111           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3112             import fixed for PFAM records</li>
3113           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3114             window list</li>
3115           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3116             can be read and written correctly to annotation file</li>
3117           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3118             correctly</li>
3119           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3120             non-italic font for representatives in Applet</li>
3121           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3122             Macs.</li>
3123           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3124             Applet)</li>
3125           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3126             due to null pointer exceptions</li>
3127           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3128             first column of alignment</li>
3129           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3130             July 2008</li>
3131           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3132             file is case-insensitive</li>
3133           <li>Sequence features read from Features file appended to
3134             all sequences with matching IDs</li>
3135           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3136             containing a sub-sequence</li>
3137           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3138           <li>feature and annotation file applet parameters
3139             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3140           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3141           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3142             splash-screen version check to complete</li>
3143           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3144             when passing them to the launchApp service</li>
3145           <li>display name and local features preserved in results
3146             retrieved from web service</li>
3147           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3148             sequence fetcher initialisation</li>
3149           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3150             dasobert DAS client</li>
3151           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3152             association</li>
3153           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3154             sequences
3155           </li>
3156         </ul>
3157       </td>
3158     </tr>
3159     <tr>
3160       <td>
3161         <div align="center">
3162           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3163         </div>
3164       </td>
3165       <td>
3166         <ul>
3167           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3168           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3169           <li>Slide sequences</li>
3170           <li>Edit sequence in place</li>
3171           <li>EMBL CDS features</li>
3172           <li>DAS Feature mapping</li>
3173           <li>Feature ordering</li>
3174           <li>Alignment Properties</li>
3175           <li>Annotation Scores</li>
3176           <li>Sort by scores</li>
3177           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3178         </ul>
3179       </td>
3180       <td>
3181         <ul>
3182           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3183           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3184           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3185           <li>Feature group display state in XML</li>
3186           <li>Feature ordering in XML</li>
3187           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3188           <li>Stockholm alignment properties</li>
3189           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3190           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3191           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3192           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3193         </ul>
3194       </td>
3195
3196     </tr>
3197     <tr>
3198       <td>
3199         <div align="center">
3200           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3201         </div>
3202       </td>
3203       <td>
3204         <ul>
3205           <li>Non standard characters can be read and displayed
3206           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3207             applet via textbox
3208           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3209             name &amp; description
3210           <li>Preference setting to display sequence name in
3211             italics
3212           <li>Annotation file format extended to allow
3213             Sequence_groups to be defined
3214           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3215             specified in preferences
3216           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3217             sequences
3218         </ul>
3219       </td>
3220       <td>
3221         <ul>
3222           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3223             installed
3224           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3225           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3226         </ul>
3227       </td>
3228     </tr>
3229     <tr>
3230       <td>
3231         <div align="center">
3232           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3233         </div>
3234       </td>
3235       <td>
3236         <ul>
3237           <li>Multiple views on alignment
3238           <li>Sequence feature editing
3239           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3240           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3241           <li>Background dependent text colour
3242           <li>Right align sequence ids
3243           <li>User-defined lower case residue colours
3244           <li>Format Menu
3245           <li>Select Menu
3246           <li>Menu item accelerator keys
3247           <li>Control-V pastes to current alignment
3248           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3249           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3250           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3251
3252           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3253         </ul>
3254       </td>
3255       <td>
3256         <ul>
3257           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3258           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3259             calculations
3260           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3261             edits
3262           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3263             of alignment)
3264           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3265
3266           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3267             display correctly
3268           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3269           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3270             analysis results
3271           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3272             &#8739;
3273           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3274           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3275           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3276
3277         </ul>
3278       </td>
3279     </tr>
3280     <tr>
3281       <td>
3282         <div align="center">
3283           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3284         </div>
3285       </td>
3286       <td>
3287         <ul>
3288           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3289         </ul>
3290       </td>
3291       <td>
3292         <ul>
3293           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3294             sequence id panel has been resized</li>
3295           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3296             rendered</li>
3297           <li>Annotation files with sequence references - all
3298             elements in file are relative to sequence position</li>
3299           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3300         </ul>
3301       </td>
3302     </tr>
3303     <tr>
3304       <td>
3305         <div align="center">
3306           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3307         </div>
3308       </td>
3309       <td>
3310         <ul>
3311           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3312           <li>DAS Feature fetching</li>
3313           <li>Hide sequences and columns</li>
3314           <li>Export Annotations and Features</li>
3315           <li>GFF file reading / writing</li>
3316           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3317             files</li>
3318           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3319           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3320           <li>Applet can launch the full application</li>
3321           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3322             required)</li>
3323           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3324           <li>Applet can load sequences from parameter
3325             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3326           </li>
3327         </ul>
3328       </td>
3329       <td>
3330         <ul>
3331           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3332           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3333           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3334         </ul>
3335       </td>
3336     </tr>
3337     <tr>
3338       <td>
3339         <div align="center">
3340           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3341         </div>
3342       </td>
3343       <td>
3344         <ul>
3345           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3346           <li>Choose to match case when searching</li>
3347           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3348             expand the visible width and height of the alignment</li>
3349         </ul>
3350       </td>
3351       <td>
3352         <ul>
3353           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3354         </ul>
3355       </td>
3356     </tr>
3357     <tr>
3358       <td>
3359         <div align="center">
3360           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3361         </div>
3362       </td>
3363       <td>&nbsp;</td>
3364       <td>
3365         <ul>
3366           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3367           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3368             value</li>
3369         </ul>
3370       </td>
3371     </tr>
3372     <tr>
3373       <td>
3374         <div align="center">
3375           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3376         </div>
3377       </td>
3378       <td>
3379         <ul>
3380           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3381           <li>Keyboard editing</li>
3382           <li>Create sequence features from searches</li>
3383           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3384             alignments</li>
3385           <li>Features file allows grouping of features</li>
3386           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3387           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3388           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3389         </ul>
3390       </td>
3391       <td>
3392         <ul>
3393           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3394           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3395             descriptions saved.</li>
3396         </ul>
3397       </td>
3398     </tr>
3399     <tr>
3400       <td>
3401         <div align="center">
3402           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3403         </div>
3404       </td>
3405       <td>
3406         <ul>
3407           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3408           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3409           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3410             name for file output</li>
3411           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3412           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3413             used for HTML form input</li>
3414         </ul>
3415       </td>
3416       <td>
3417         <ul>
3418           <li>HTML output writes groups and features</li>
3419           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3420           <li>File IO bugs</li>
3421         </ul>
3422       </td>
3423     </tr>
3424     <tr>
3425       <td>
3426         <div align="center">
3427           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3428         </div>
3429       </td>
3430       <td>
3431         <ul>
3432           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3433           <li>More options for PCA viewer</li>
3434         </ul>
3435       </td>
3436       <td>
3437         <ul>
3438           <li>GUI bugs resolved</li>
3439           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3440         </ul>
3441       </td>
3442     </tr>
3443     <tr>
3444       <td height="63">
3445         <div align="center">
3446           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3447         </div>
3448       </td>
3449       <td>
3450         <ul>
3451           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3452           <li>Jar files are executable</li>
3453           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3454         </ul>
3455       </td>
3456       <td>
3457         <ul>
3458           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3459           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3460           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3461         </ul>
3462       </td>
3463     </tr>
3464     <tr>
3465       <td>
3466         <div align="center">
3467           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3468         </div>
3469       </td>
3470       <td>
3471         <ul>
3472           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3473         </ul>
3474       </td>
3475       <td>
3476         <ul>
3477           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3478         </ul>
3479       </td>
3480     </tr>
3481     <tr>
3482       <td>
3483         <div align="center">
3484           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3485         </div>
3486       </td>
3487       <td>
3488         <ul>
3489           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3490             size</li>
3491         </ul>
3492       </td>
3493       <td>
3494         <ul>
3495           <li>Improved JPred client reliability</li>
3496           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3497         </ul>
3498       </td>
3499     </tr>
3500     <tr>
3501       <td>
3502         <div align="center">
3503           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3504         </div>
3505       </td>
3506       <td>
3507         <ul>
3508           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3509           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3510           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3511             to Colour Menu</li>
3512           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3513           <li>Unix users can set default web browser</li>
3514           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3515           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3516         </ul>
3517       </td>
3518       <td>
3519         <ul>
3520           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3521         </ul>
3522       </td>
3523     </tr>
3524     <tr>
3525       <td>
3526         <div align="center">
3527           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3528         </div>
3529       </td>
3530       <td>&nbsp;</td>
3531       <td>
3532         <ul>
3533           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3534             alignment order.</li>
3535         </ul>
3536       </td>
3537     </tr>
3538     <tr>
3539       <td>
3540         <div align="center">
3541           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3542         </div>
3543       </td>
3544       <td>
3545         <ul>
3546           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3547           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3548           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3549             annotations.</li>
3550           <li>Version and build date written to build properties
3551             file.</li>
3552           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3553             at launch of Jalview.</li>
3554         </ul>
3555       </td>
3556       <td>
3557         <ul>
3558           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3559           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3560           <li>Can remove groups one by one.</li>
3561           <li>Filechooser icons installed.</li>
3562           <li>Finder ignores return character when searching.
3563             Return key will initiate a search.<br>
3564           </li>
3565         </ul>
3566       </td>
3567     </tr>
3568     <tr>
3569       <td>
3570         <div align="center">
3571           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3572         </div>
3573       </td>
3574       <td>
3575         <ul>
3576           <li>New codebase</li>
3577         </ul>
3578       </td>
3579       <td>&nbsp;</td>
3580     </tr>
3581   </table>
3582   <p>&nbsp;</p>
3583 </body>
3584 </html>