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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92           </ul>
  93           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  94       </td>
  95       <td><div align="left">
  96           <em></em>
  97           <ul>
  98             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
  99             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 100             </li>
 101             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 102             </li>
 103             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 104             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 105             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 106           </ul>
 107       </td>
 108     </tr>
 109     <tr>
 110       <td width="60" nowrap>
 111         <div align="center">
 112           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 113             <em>2/10/2017</em></strong>
 114         </div>
 115       </td>
 116       <td><div align="left">
 117           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 118           <ul>
 119             <li>
 120               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 121             </li>
 122             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 123             </li>
 124           </ul>
 125         </div></td>
 126       <td><div align="left">
 127         </div></td>
 128     </tr>
 129     <tr>
 130       <td width="60" nowrap>
 131         <div align="center">
 132           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 133             <em>7/9/2017</em></strong>
 134         </div>
 135       </td>
 136       <td><div align="left">
 137           <em></em>
 138           <ul>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 141               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 142               white)
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 146               Preferences
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 150               in size and progress bar shown as higher resolution
 151               overview is recalculated
 152             </li>
 153
 154           </ul>
 155         </div></td>
 156       <td><div align="left">
 157           <em></em>
 158           <ul>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 161               column region row by row
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 165               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 169               format setting is unticked
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 173               if group has show boxes format setting unticked
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 177               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 178               include sequences and columns not currently displayed
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 182               assemblies are imported via CIF file
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 186               displayed when threshold or conservation colouring is also
 187               enabled.
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 191               server version
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 195               dragging a selected region off the visible region of the
 196               alignment
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 200               colourscheme to all groups in a view
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 204               initially after font size change using the Font chooser or
 205               middle-mouse zoom
 206             </li>
 207           </ul>
 208         </div></td>
 209     </tr>
 210     <tr>
 211       <td width="60" nowrap>
 212         <div align="center">
 213           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 214         </div>
 215       </td>
 216       <td><div align="left">
 217           <em>Calculations</em>
 218           <ul>
 219
 220             <li>
 221               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 222               ungapped positions in each column of the alignment.
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 226               a calculation dialog box
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 230               and memory efficiency (~30x faster)
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 234               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 235               and other calculations
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 239               files within the Jalview codebase
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 243               Similarity may have different topology due to increased
 244               precision
 245             </li>
 246           </ul>
 247           <em>Rendering</em>
 248           <ul>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 251               model for alignments and groups
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 255               scripts
 256             </li>
 257           </ul>
 258           <em>Overview</em>
 259           <ul>
 260             <li>
 261               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 262               with alignment and overview windows
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 266               overview
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 270               omitted in Overview
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 274               adjustment of visible position
 275             </li>
 276           </ul>
 277
 278           <em>Data import/export</em>
 279           <ul>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 282               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 286               annotation input/output via stockholm flatfile
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 290               extension when importing structure files without embedded
 291               names or PDB accessions
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 295               format sequence substitution matrices
 296             </li>
 297           </ul>
 298           <em>User Interface</em>
 299           <ul>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 302               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 303               the application.
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 307               via Overview or sequence motif search operations
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 311               opened by double clicking gaps within sequence feature
 312               extent
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 316               aligned positions were available to create a 3D structure
 317               superposition.
 318             </li>
 319           </ul>
 320           <em>3D Structure</em>
 321           <ul>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 324               coloured in linked structure views
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 328               file-based command exchange
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 332               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 333               structures are already available for sequences
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 337               the Jalview project rather than downloaded again when the
 338               project is reopened.
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 342               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 343               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 344                 Feature</strong>)
 345             </li>
 346           </ul>
 347           <em>Web Services</em>
 348           <ul>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 354               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 355               Analysis services
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 359               cross-references provided by identifiers.org and the
 360               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 361             </li>
 362           </ul>
 363
 364           <em>Scripting</em>
 365           <ul>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 368               identifying file formats (instead of String constants)
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 372               efficiency when counting all displayed features (not
 373               backwards compatible with 2.10.1)
 374             </li>
 375           </ul>
 376           <em>Example files</em>
 377           <ul>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 380               included in the example feature file
 381             </li>
 382           </ul>
 383           <em>Documentation</em>
 384           <ul>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 387               with the built-in Java help viewer
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 391               sequence description' option
 392             </li>
 393           </ul>
 394           <em>Test Suite</em>
 395           <ul>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 398               Uniprot REST Free Text Search Client
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 405               during tests
 406             </li>
 407           </ul>
 408         </div></td>
 409       <td><div align="left">
 410           <em>Calculations</em>
 411           <ul>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 414               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 415               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 416             </li>
 417             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 418               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 419               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 420               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 421               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 422               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 423               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 424               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 425               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 426               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 427               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 428               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 429               // for 2.10.1 mode <br />
 430               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 431               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 432                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 433                 calculations (not recommended)</em></li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 436               scaling of branch lengths for trees computed using
 437               Sequence Feature Similarity.
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 441               generating output report when working with highly
 442               redundant alignments
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 446               right of selected region when gaps present on right-hand
 447               boundary
 448             </li>
 449           </ul>
 450           <em>User Interface</em>
 451           <ul>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 454               doesn't reselect a specific sequence's associated
 455               annotation after it was used for colouring a view
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 459               opened on a region of alignment without groups
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 463               of an alignment with overlapping groups
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 467               name and description match
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 471               hidden regions results in incorrect hidden regions
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 475               changing colour does not apply Conservation slider value
 476               to all groups
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 480               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 484               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 488               gaps before start of features
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 492               restored to UI when feature colour is edited
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 496               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 500               as graduate feature colour settings are modified via the
 501               dialog box
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 505               when a group defined on the alignment is resized
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 509               wrapped view result in positional status updates
 510             </li>
 511
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 514               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 518               alignment included gapped columns
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 522               widgets don't permanently disappear
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 526               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 527               T-Coffee column reliability scores)
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 531               sequence feature on gaps only
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 535               button from a Find inherit previously defined feature type
 536               rather than the Find query string
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 540               exporting tree calculated in Jalview
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 544               and then revealing them reorders sequences on the
 545               alignment
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 549               doesn't update to reflect available set of groups after
 550               interactively adding or modifying features
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 554               Linux
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 558               only excluded gaps in current sequence and ignored
 559               selection.
 560             </li>
 561           </ul>
 562           <em>Rendering</em>
 563           <ul>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 566               erratically when hidden rows or columns are present
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 570               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 571               sequence colouring
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 575               colour and group colour menu for protein alignments
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 579               reflect currently selected view or group's shading
 580               thresholds
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 584               when rendered on overview and structures when opacity at
 585               100%
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 589               overview when features overlaid on alignment
 590             </li>
 591           </ul>
 592           <em>Data import/export</em>
 593           <ul>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 596               load
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 600               added after a sequence was imported are not written to
 601               Stockholm File
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 605               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 609               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 613               with lightGray or darkGray via features file (but can
 614               specify lightgray)
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 618               when alignment view imported from project
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 622               structure and sequences extracted from structure files
 623               imported via URL and viewed in Jmol
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 627               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 628               the project is loaded and the structure viewed
 629             </li>
 630           </ul>
 631           <em>Web Services</em>
 632           <ul>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 635               release of Ensembl v.88
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 639               appear enabled in Preferences->Connections
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 643               removed from console output
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 647               Ensembl by Peptide ID
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 651               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 652               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 653               due to 'null' string rather than empty string used for
 654               residues with no corresponding PDB mapping).
 655             </li>
 656           </ul>
 657           <em>Application UI</em>
 658           <ul>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 661               menu
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 665               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 666               new documentation and tooltips added)
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 670               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 674               new features are added to alignment
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 678               changes to feature colours via the Amend features dialog
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 682               edit graduated feature colour via amend features dialog
 683               box
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 687               selection menu changes colours of alignment views
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 691               from alignment calculation workers after alignment has
 692               been closed
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 696               groups now 'Create Group'
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 700               Create/Undefine group doesn't always work
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 704               shown again after pressing 'Cancel'
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 708               adjusts start position in wrap mode
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 712               ambiguous amino acids
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 716               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 717               proteins
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 721               Defined' don't appear in Colours menu
 722             </li>
 723           </ul>
 724           <em>Applet</em>
 725           <ul>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 728               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 732               overview or linked structure view
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 736               work (since 2.8)
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 740               user-defined colourscheme doesn't restore original
 741               colourscheme
 742             </li>
 743           </ul>
 744           <em>Test Suite</em>
 745           <ul>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 748               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 752               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 753               problems with deep array comparison equality asserts in
 754               successive versions of TestNG
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 758               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 759             </li>
 760           </ul>
 761           <em>New Known Issues</em>
 762           <ul>
 763             <li>
 764               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 765               phase after a sequence motif find operation
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 769               containing just upper and lower case letters are
 770               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 774               reliably from eggnog Ortholog database
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 778               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 779               to mark columns containing highlighted regions.
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 783               doesn't always add secondary structure annotation.
 784             </li>
 785           </ul>
 786         </div>
 787     <tr>
 788       <td width="60" nowrap>
 789         <div align="center">
 790           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 791         </div>
 792       </td>
 793       <td><div align="left">
 794           <em>General</em>
 795           <ul>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 798               for all consensus calculations
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 802               3rd Oct 2016)
 803             </li>
 804             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 805               for 2016-2017</li>
 806           </ul>
 807           <em>Application</em>
 808           <ul>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 811               set of database cross-references, sorted alphabetically
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 815               from database cross references. Users with custom links
 816               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 817                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 821               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 822               Chimera session
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 826               the Chimera it is connected to is shut down
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 830               columns menu item to mark columns containing highlighted
 831               regions (e.g. from structure selections or results of a
 832               Find operation)
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 836               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 837               MSAviewer
 838             </li>
 839           </ul>
 840         </div></td>
 841       <td>
 842         <div align="left">
 843           <em>General</em>
 844           <ul>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 847               are not coloured or thresholded according to percent
 848               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 852               hydrophobic
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 856               threshold, amino acid properties)
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 860               reported as mapped to residues in a structure file in the
 861               View Mapping report
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 865               could be added multiple times to a sequence
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 869               bond features shown as two highlighted residues rather
 870               than a range in linked structure views, and treated
 871               correctly when selecting and computing trees from features
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 875               cross-references are matched to database name regardless
 876               of case
 877             </li>
 878
 879           </ul>
 880           <em>Application</em>
 881           <ul>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 884               names without regular expressions also offer links from
 885               Sequence ID
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 889               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 890               update Jalview configuration
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 894               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 898               files with similarly named sequences if dropped onto the
 899               alignment
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 903               entries where more chains exist in the PDB accession than
 904               are reported in the SIFTS file
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 908               the structure view when displayed with Chimera
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 912               panel's View->Show Chains submenu
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 916               work for wrapped alignment views
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 920               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 924               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 925               first annotation row
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 929               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 933               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 934             </li>
 935             <!-- JAL-2319 -->
 936             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 937             coordindate data
 938             </li>
 939           </ul>
 940           <!--           <em>New Known Issues</em>
 941           <ul>
 942             <li></li>
 943           </ul> -->
 944         </div>
 945       </td>
 946     </tr>
 947     <td width="60" nowrap>
 948       <div align="center">
 949         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 950           <em>25/10/2016</em></strong>
 951       </div>
 952     </td>
 953     <td><em>Application</em>
 954       <ul>
 955         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 956           view if structures already loaded</li>
 957         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 958           structure views</li>
 959       </ul></td>
 960     <td>
 961       <div align="left">
 962         <em>General</em>
 963         <ul>
 964           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 965             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 966           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 967             example sequences/projects/trees</li>
 968         </ul>
 969         <em>Application</em>
 970         <ul>
 971           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 972             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 973           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 974             without timeout for structures with multiple models or
 975             multiple sequences in alignment</li>
 976           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 977             PDB ID HEADER line</li>
 978           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 979             is performed</li>
 980           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 981             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 982           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 983           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 984             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 985             option</li>
 986           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 987             is created on the alignment</li>
 988           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 989             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 990             pop-up menu</li>
 991         </ul>
 992         <em>Build and deployment</em>
 993         <ul>
 994           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 995             tags</li>
 996         </ul>
 997         <em>New Known Issues</em>
 998         <ul>
 999           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1000             on Windows</li>
1001         </ul>
1002       </div>
1003     </td>
1004     </tr>
1005     <tr>
1006       <td width="60" nowrap>
1007         <div align="center">
1008           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1009         </div>
1010       </td>
1011       <td><em>General</em>
1012         <ul>
1013           <li>
1014             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1018             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1019             better PDB parsing.
1020           </li>
1021           <li>
1022             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1023             reference sequence
1024           </li>
1025           <li>
1026             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1027             mousing over sequence associated annotation
1028           </li>
1029           <li>
1030             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1031             for manual entry
1032           </li>
1033           <li>
1034             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1035             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1036             for each column
1037           </li>
1038           <li>
1039             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1040             showing or hiding columns containing a feature
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1044             group and sequence associated annotation labels
1045           </li>
1046           <li>
1047             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1048             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1049             dialogs
1050           </li>
1051
1052         </ul> <em>Application</em>
1053         <ul>
1054           <li>
1055             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1056             gene/transcript view
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1060             dialog
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1064             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1065           </li>
1066           <li>
1067             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1068             Pfam sources to xfam.org
1069           </li>
1070           <li>
1071             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1072           </li>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1075             over sequences in Jalview
1076           </li>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1079             regions in ENA and EMBL
1080           </li>
1081           <li>
1082             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1083             for record retrieval via ENA rest API
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1087             complement operator
1088           </li>
1089           <li>
1090             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1091             groovy script execution
1092           </li>
1093           <li>
1094             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1095             alignment window's Calculate menu
1096           </li>
1097           <li>
1098             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1099             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1103             calculation workers from groovy scripts
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1107             Jalview projects
1108           </li>
1109           <li>
1110             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1111             associations are now saved/restored from project
1112           </li>
1113           <li>
1114             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1115             before sequence fetcher is opened
1116           </li>
1117           <li>
1118             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1119             database chooser opens a sequence fetcher
1120           </li>
1121           <li>
1122             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1123             the UniProt REST API
1124           </li>
1125           <li>
1126             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1127             the news reader opening
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1131             querying stored in preferences
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1135             search results
1136           </li>
1137           <li>
1138             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1142             menu for nucleotide sequences
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1146             and feature counts preserves alignment ordering (and
1147             debugged for complex feature sets).
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1151             viewing structures with Jalview 2.10
1152           </li>
1153           <li>
1154             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1155             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1156             Ensembl Genomes REST API
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1160             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1161             (Ensembl)
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1165             sequences
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1169             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1170             data from external database records.
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1174             efficient recovery of sequence coding and alignment
1175             annotation relationships.
1176           </li>
1177         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1178         <ul>
1179           <li>
1180             -- JAL---
1181           </li>
1182         </ul> --></td>
1183       <td>
1184         <div align="left">
1185           <em>General</em>
1186           <ul>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1189               menu on OSX
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1193               includes graduated colourschemes
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1197               working with big alignments and lots of hidden columns
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1201               at right of alignment window
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1205               contents
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1209               for DNA alignments
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1213               based tree calculation
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1217               unconserved enabled for group on alignment
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1221               set as reference
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1225               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1226               annotation
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1230               hidden columns present
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1234               user created annotation added to alignment
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1238               '()' base pair annotation
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1242               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1243               Consensus
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1247               feature not working
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1251               beginning of sequence
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1255               entry 3a6s
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1259               from a tree when t-coffee scores are shown
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1263               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1267               some structures
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1271               to Clustal, PIR and PileUp output
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1275               not visible causes alignment window to repaint
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1279               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1280               scores associated with features and annotation rows
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1284               calculation should be case independent
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1288               columns
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1292               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1293               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1297               problems when reference sequence defined and 'show
1298               non-conserved' enabled
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1302               load even when Consensus calculation is disabled
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1306               alignment does nothing
1307             </li>
1308           </ul>
1309           <em>Application</em>
1310           <ul>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1313               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1314               yet fixed for El Capitan)
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1318               output when running on non-gb/us i18n platforms
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1322               hidden sequences as flat-file alignment
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1326               launching Chimera
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1330               (also hotfix for 2.9.0b2)
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1334               reference sequence defined
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1338               alignments and views when revealing hidden columns
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1342               view in a cDNA/Protein splitframe
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1346               sequence from project when only one sequence is
1347               represented
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1351               in Structure Chooser
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1355               structure consensus didn't refresh annotation panel
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1359               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1363               dialogs format columns correctly, don't display array
1364               data, sort columns according to type
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1368               file chooser is cancelled during an image export
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1372               sequence name containing special characters
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1376               case insensitive
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1380               formatting don't wrap
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1384               truncated so L looks like I in consensus annotation
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1388               currently displayed features for the current selection or
1389               view
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1393               after fetching cross-references, and restoring from
1394               project
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1398               followed in the structure viewer
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1402               splitframe not restored from project
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1406               trailing end of protein alignment in transcript/product
1407               splitview when pad-gaps not enabled by default
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1411               is case dependent
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1415               article has been read (reopened issue due to
1416               internationalisation problems)
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1420               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1421               cross-references
1422             </li>
1423
1424             <li>
1425               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1426               alignment as HTML
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1430               multiple structures are shown for one or more sequences.
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1434               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1435               is enabled.
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1439               specific PDB id for sequence
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1443               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1444               columns' is disabled.
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1448               selects lowest rather than highest resolution structures
1449               for each sequence
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1453               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1457               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1461               after clicking on it to create new annotation for a
1462               column.
1463             </li>
1464             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1465             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1466           </ul>
1467           <em>Applet</em>
1468           <ul>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1471               hidden columns present before start of sequence
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1475               (JSON jars)
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1479               sequences are hidden in applet
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1483               deployment on examples pages.
1484             </li>
1485           </ul>
1486         </div>
1487       </td>
1488     </tr>
1489     <tr>
1490       <td width="60" nowrap>
1491         <div align="center">
1492           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1493             <em>16/10/2015</em></strong>
1494         </div>
1495       </td>
1496       <td><em>General</em>
1497         <ul>
1498           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1499             jars</li>
1500         </ul></td>
1501       <td>
1502         <div align="left">
1503           <em>Application</em>
1504           <ul>
1505             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1506               shown when tree is partitioned</li>
1507             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1508               multiple cDNA/Protein split views</li>
1509           </ul>
1510         </div>
1511       </td>
1512     </tr>
1513     <tr>
1514       <td width="60" nowrap>
1515         <div align="center">
1516           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1517             <em>8/10/2015</em></strong>
1518         </div>
1519       </td>
1520       <td><em>General</em>
1521         <ul>
1522           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1523             2.9</li>
1524         </ul> <em>Application</em>
1525         <ul>
1526           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1527           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1528           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1529         </ul> <em>Applet</em>
1530         <ul>
1531           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1532         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1533         <ul>
1534           <li>
1535             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1536             suite
1537           </li>
1538         </ul></td>
1539       <td>
1540         <div align="left">
1541           <em>General</em>
1542           <ul>
1543             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1544               incorrect when sequence start > 1</li>
1545             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1546               documentation</li>
1547             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1548             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1549               loading a features file containing HTML tags in feature
1550               description</li>
1551
1552           </ul>
1553           <em>Application</em>
1554           <ul>
1555             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1556               reimport</li>
1557             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1558               with 'trim retrieved sequences'</li>
1559             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1560               deleting selected columns</li>
1561             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1562               JNLP templates for webstart launch</li>
1563             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1564               unreleased structures for download or viewing</li>
1565             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1566               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1567             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1568               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1569             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1570               recovered from jalview project</li>
1571             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1572               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1573               alignment view</li>
1574             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1575               color schemes from BioJSON</li>
1576           </ul>
1577           <em>Applet</em>
1578           <ul>
1579             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1580               frame</li>
1581             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1582           </ul>
1583         </div>
1584       </td>
1585     </tr>
1586     <tr>
1587       <td><div align="center">
1588           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1589         </div></td>
1590       <td><em>General</em>
1591         <ul>
1592           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1593             alignments:
1594             <ul>
1595               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1596                 and DNA alignment views</li>
1597               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1598                 cDNA alignment views</li>
1599               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1600                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1601               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1602                 protein sequences</li>
1603             </ul>
1604           </li>
1605           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1606           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1607             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1608           <li>New alignment annotation file statements for
1609             reference sequences and marking hidden columns</li>
1610           <li>Reference sequence based alignment shading to
1611             highlight variation</li>
1612           <li>Select or hide columns according to alignment
1613             annotation</li>
1614           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1615           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1616             acid conservation row</li>
1617           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1618         </ul> <em>Application</em>
1619         <ul>
1620           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1621             <ul>
1622               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1623                 view with cDNA/Protein</li>
1624               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1625                 sequences are placed in the same alignment</li>
1626               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1627                 projects</li>
1628             </ul>
1629           </li>
1630
1631           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1632           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1633             Jalview windows</li>
1634
1635           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1636           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1637           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1638             be shown in VARNA</li>
1639
1640           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1641             as the active selected region</li>
1642
1643           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1644             similarity</li>
1645           <li>New Export options
1646             <ul>
1647               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1648                 region export in flat file generation</li>
1649
1650               <li>Export alignment views for display with the <a
1651                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1652
1653               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1654               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1655                 alignment figures to HTML</li>
1656           </li>
1657           <li>3D structure retrieval and display
1658             <ul>
1659               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1660                 Search API</li>
1661               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1662                 PDB structures for a sequence set</li>
1663             </ul>
1664           </li>
1665
1666           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1667             predictions</li>
1668           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1669             for one or a group of sequences</li>
1670           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1671             from the JPred4 web server</li>
1672           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1673             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1674             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1675           </li>
1676           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1677             VARNA 2D Structure'</li>
1678           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1679             Structure ..."</li>
1680
1681         </ul> <em>Applet</em>
1682         <ul>
1683           <li>New layout for applet example pages</li>
1684           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1685             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1686           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1687             Protein alignments</li>
1688         </ul> <em>Development and deployment</em>
1689         <ul>
1690           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1691           <li>Include installation type and git revision in build
1692             properties and console log output</li>
1693           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1694             storing BioJsMSA Templates</li>
1695           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1696         </ul></td>
1697       <td>
1698         <!-- <em>General</em>
1699         <ul>
1700         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1701         <ul>
1702           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1703           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1704           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1705             predictions are not highlighted in amber</li>
1706           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1707             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1708           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1709             associated structure views</li>
1710           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1711             width checkbox not enabled</li>
1712           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1713             creating user defined colours</li>
1714           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1715             mappings for just that viewer's sequences</li>
1716           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1717             multiple models in Chimera</li>
1718           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1719             over Jmol structure</li>
1720           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1721             output to text box</li>
1722           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1723             have incorrect sequence start/end</li>
1724           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1725             Jalview fails</li>
1726           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1727             work for nucleotide</li>
1728           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1729             to a grey/invisible alignment window</li>
1730           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1731             imports to different position</li>
1732           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1733             on some platforms</li>
1734           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1735             populated</li>
1736           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1737             console if Chimera has been opened</li>
1738           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1739           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1740             retrieved</li>
1741           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1742           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1743             either sequence shows on first structure</li>
1744           <li>'Show annotations' options should not make
1745             non-positional annotations visible</li>
1746           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1747             in right place after 'view flanking regions'</li>
1748           <li>File Save As type unset when current file format is
1749             unknown</li>
1750           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1751             projects</li>
1752           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1753             responsive</li>
1754           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1755             several views on same alignment</li>
1756           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1757           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1758             spaces</li>
1759         </ul> <em>Applet</em>
1760         <ul>
1761           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1762           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1763             descriptions containing angle brackets</li>
1764         </ul> <em>General</em>
1765         <ul>
1766           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1767             via jalview annotation file</li>
1768           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1769             with RNA secondary structure</li>
1770           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1771             translation doesn't work.</li>
1772           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1773           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1774             positions</li>
1775           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1776             choosing 1pt font</li>
1777           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1778             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1779             'h'</li>
1780           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1781             new feature</li>
1782           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1783             order dependent</li>
1784           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1785             sequences</li>
1786           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1787         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1788         <ul>
1789           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1790             www.jalview.org</li>
1791         </ul> <em>Application Known issues</em>
1792         <ul>
1793           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1794           <li>Misleading message appears after trying to delete
1795             solid column.</li>
1796           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1797             version launches</li>
1798           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1799             fails with a sequence mismatch</li>
1800           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1801             scrolling alignment to right</li>
1802           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1803             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1804           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1805             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1806           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1807             ultra-high resolution</li>
1808           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1809             quality and conservation</li>
1810           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1811             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1812         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1813         <ul>
1814           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1815           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1816             window is being resized</li>
1817
1818         </ul>
1819       </td>
1820     </tr>
1821     <tr>
1822       <td><div align="center">
1823           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1824         </div></td>
1825       <td><em>General</em>
1826         <ul>
1827           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1828             Certum.PL.</li>
1829           <li>Features and annotation preserved when performing
1830             pairwise alignment</li>
1831           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1832             imported/exported/displayed</li>
1833           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1834             protein secondary structure</li>
1835           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1836               post-hoc with 2.9 release</em>)
1837           </li>
1838
1839         </ul> <em>Application</em>
1840         <ul>
1841           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1842             with 3D structures</li>
1843           <li>Support for parsing RNAML</li>
1844           <li>Annotations menu for layout
1845             <ul>
1846               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1847               <li>place sequence annotation above/below alignment
1848                 annotation</li>
1849             </ul>
1850           <li>Output in Stockholm format</li>
1851           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1852             translation</li>
1853           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1854           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1855             shared between alignments</li>
1856           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1857             Jalview</li>
1858           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1859             all or current selection</li>
1860           <li>disorder and secondary structure predictions
1861             available as dataset annotation</li>
1862           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1863
1864
1865           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1866             alignments from Rfam</li>
1867           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1868
1869           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1870             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1871           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1872           <li>include installation type in build properties and
1873             console log output</li>
1874           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1875             annotation</li>
1876         </ul></td>
1877       <td>
1878         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1879         <ul>
1880           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1881             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1882           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1883             alignment</li>
1884           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1885           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1886           <li>Double click on sequence associated annotation
1887             selects only first column</li>
1888           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1889             leaves shown in tree</li>
1890           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1891             properly</li>
1892           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1893           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1894             screen and buttons not visible</li>
1895           <li>author list isn't updated if already written to
1896             Jalview properties</li>
1897           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1898             from database</li>
1899           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1900           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1901             browser search window</li>
1902           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1903             in feature settings dialog</li>
1904           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1905             desktop</li>
1906           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1907             pass validation</li>
1908           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1909             fit on screen</li>
1910           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1911             tooltip</li>
1912           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1913             defined user preset</li>
1914           <li>MSA web services warns user if they were launched
1915             with invalid input</li>
1916           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1917             Java 8</li>
1918           <li>
1919             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1920             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1921             created
1922           </li>
1923
1924         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1925         <ul>
1926         </ul> <em>General</em>
1927         <ul>
1928         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1929         <ul>
1930           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1931             memory allocation</li>
1932           <li>launchApp service doesn't automatically open
1933             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1934           <li>
1935             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1936             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1937             1.7_055 is available
1938           </li>
1939         </ul> <em>Application Known issues</em>
1940         <ul>
1941           <li>
1942             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1943             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1944             alignment to right
1945           </li>
1946           <li>
1947             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1948             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1949             with large number of ID
1950           </li>
1951           <li>
1952             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1953             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1954             start/end
1955           </li>
1956           <li>
1957             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1958             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1959             structure tracks are rearranged
1960           </li>
1961           <li>
1962             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1963             invalid rna structure positional highlighting does not
1964             highlight position of invalid base pairs
1965           </li>
1966           <li>
1967             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1968             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1969             project from alignment window file menu
1970           </li>
1971           <li>
1972             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1973             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1974             structures
1975           </li>
1976           <li>
1977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1978             colour by RNA Helices not enabled when user created
1979             annotation added to alignment
1980           </li>
1981           <li>
1982             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1983             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1984           </li>
1985         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1986         <ul>
1987           <li>
1988             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1989             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1990           </li>
1991           <li>
1992             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1993             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1994           </li>
1995
1996           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1997             when selected</li>
1998         </ul>
1999       </td>
2000     </tr>
2001     <tr>
2002       <td><div align="center">
2003           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2004         </div></td>
2005       <td>
2006         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2007         <em>General</em>
2008         <ul>
2009           <li>Internationalisation of user interface (usually
2010             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2011           <li>Define/Undefine group on current selection with
2012             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2013           <li>Improved group creation/removal options in
2014             alignment/sequence Popup menu</li>
2015           <li>Sensible precision for symbol distribution
2016             percentages shown in logo tooltip.</li>
2017           <li>Annotation panel height set according to amount of
2018             annotation when alignment first opened</li>
2019         </ul> <em>Application</em>
2020         <ul>
2021           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2022             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2023           <li>Select columns containing particular features from
2024             Feature Settings dialog</li>
2025           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2026             sequences</li>
2027           <li>Update Jalview project format:
2028             <ul>
2029               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2030               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2031                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2032               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2033                 colouring</li>
2034             </ul>
2035           </li>
2036           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2037             (PAM250)</li>
2038           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2039             flanking regions for an alignment</li>
2040         </ul>
2041       </td>
2042       <td>
2043         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2044         <ul>
2045           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2046             running after job is cancelled</li>
2047           <li>cannot export features from alignments imported from
2048             Jalview/VAMSAS projects</li>
2049           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2050             float values</li>
2051           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2052             have 'display all symbols' flag set</li>
2053           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2054             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2055           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2056             Jalview</li>
2057           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2058             Lion/Webstart</li>
2059           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2060           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2061           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2062             alignment onto desktop</li>
2063           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2064             'extract scores' function</li>
2065           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2066             alignment window</li>
2067           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2068             performing IUPred disorder prediction</li>
2069           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2070             changing 'normalise logo' display setting</li>
2071           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2072             nothing matches query</li>
2073           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2074             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2075           </li>
2076           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2077             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2078           </li>
2079           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2080             Jalview's menu</li>
2081           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2082             'invalid literal/length code'</li>
2083           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2084             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2085           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2086             colourscheme</li>
2087
2088         </ul> <em>Applet</em>
2089         <ul>
2090           <li>Remove group option is shown even when selection is
2091             not a group</li>
2092           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2093             don't affect groups</li>
2094           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2095             colourscheme name</li>
2096           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2097             Annotation panel is not displayed</li>
2098           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2099             embedded windows</li>
2100         </ul> <em>Other</em>
2101         <ul>
2102           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2103             single sequence were not calculated</li>
2104           <li>annotation files that contain only groups imported as
2105             annotation and junk sequences</li>
2106           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2107             recognised as PFAM or BLC</li>
2108           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2109             doesn't affect background (2.8.0b1)
2110           <li></li>
2111           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2112           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2113             trailing gaps</li>
2114           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2115             registered correctly on import</li>
2116           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2117             certain alignments</li>
2118           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2119             existing annotation based 'use original colours'
2120             colourscheme loses original colours setting</li>
2121         </ul>
2122       </td>
2123     </tr>
2124     <tr>
2125       <td><div align="center">
2126           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2127             <em>30/1/2014</em></strong>
2128         </div></td>
2129       <td>
2130         <ul>
2131           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2132             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2133             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2134             open source project).
2135           </li>
2136           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2137           <li>Output in Stockholm format</li>
2138           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2139           <li>Export/import group and sequence associated line
2140             graph thresholds</li>
2141           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2142             ambiguity codes</li>
2143           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2144             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2145             works</li>
2146           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2147         </ul> <em>Other improvements</em>
2148         <ul>
2149           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2150           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2151             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2152           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2153             files</li>
2154           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2155           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2156             link but no description</li>
2157           <li>Select primary source when selecting authority in
2158             database fetcher GUI</li>
2159           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2160             Jalview</li>
2161           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2162         </ul>
2163       </td>
2164       <td>
2165         <ul>
2166           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2167             displayed</li>
2168           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2169             secondary structure annotation line</li>
2170           <li>Sequence database accessions not imported when
2171             fetching alignments from Rfam</li>
2172           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2173             identical IDs</li>
2174           <li>View all structures does not always superpose
2175             structures</li>
2176           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2177             reflect user or preset settings</li>
2178           <li>Null pointer exceptions for some services without
2179             presets or adjustable parameters</li>
2180           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2181             discover PDB xRefs</li>
2182           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2183             features with DAS</li>
2184           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2185             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2186           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2187             residue follows a gap</li>
2188           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2189             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2190           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2191             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2192           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2193             annotation already exists on alignment</li>
2194           <li>oninit javascript function should be called after
2195             initialisation completes</li>
2196           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2197             alignment window display</li>
2198           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2199           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2200             to annotation file</li>
2201           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2202             groups created</li>
2203           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2204             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2205           <li>Pressing return several times causes Number Format
2206             exceptions in keyboard mode</li>
2207           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2208             correct partitions for input data</li>
2209           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2210           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2211           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2212           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2213             mode</li>
2214           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2215             changes one row&#39;s threshold</li>
2216           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2217             doesn&#39;t open</li>
2218           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2219             quality histograms</li>
2220         </ul>
2221       </td>
2222     </tr>
2223     <tr>
2224       <td><div align="center">
2225           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2226         </div></td>
2227       <td><em>Application</em>
2228         <ul>
2229           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2230             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2231           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2232             preferences</li>
2233           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2234             in Jalview alignment window</li>
2235           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2236             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2237           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2238             RNA and ambiguity codes</li>
2239
2240           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2241           <li>Support fetching and database reference look up
2242             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2243             refs')</li>
2244           <li>Jalview project improvements
2245             <ul>
2246               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2247                 flag for annotation</li>
2248               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2249                 alignment</li>
2250               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2251                 Jalview project</li>
2252
2253             </ul>
2254           </li>
2255           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2256           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2257             running</li>
2258           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2259           <li>visual indication that web service results are still
2260             being retrieved from server</li>
2261           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2262             starts up for first time</li>
2263           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2264             services</li>
2265           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2266             client library</li>
2267           <li>Examples directory and Groovy library included in
2268             InstallAnywhere distribution</li>
2269         </ul> <em>Applet</em>
2270         <ul>
2271           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2272             visualization applet example</li>
2273         </ul> <em>General</em>
2274         <ul>
2275           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2276           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2277             defaults</li>
2278           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2279             calculation</li>
2280           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2281             matrices
2282           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2283             in HTML</li>
2284           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2285             structure contacts</li>
2286           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2287           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2288           <li>Parse sequence associated secondary structure
2289             information in Stockholm files</li>
2290           <li>HTML Export database accessions and annotation
2291             information presented in tooltip for sequences</li>
2292           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2293             style RNA alignment files</li>
2294           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2295             alignment</li>
2296           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2297             shade each sequence according to its associated alignment
2298             annotation</li>
2299           <li>New Jalview Logo</li>
2300         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2301         <ul>
2302           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2303           <li>New Website!</li>
2304         </ul></td>
2305       <td><em>Application</em>
2306         <ul>
2307           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2308             wsdbfetch REST service</li>
2309           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2310           <li>Filetype associations not installed for webstart
2311             launch</li>
2312           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2313             job execution in full once it is complete</li>
2314           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2315             uploaded via ali_file parameter</li>
2316           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2317           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2318           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2319             submitted for prediction</li>
2320           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2321             desktop window</li>
2322           <li>Putting fractional value into integer text box in
2323             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2324           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2325             windows 7</li>
2326           <li>View all structures fails with exception shown in
2327             structure view</li>
2328           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2329             escaped in a platform independent way</li>
2330           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2331             using proxy</li>
2332           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2333             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2334           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2335             failure when java web start temporary file caching is
2336             disabled</li>
2337           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2338             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2339           <li>Errors during processing of command line arguments
2340             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2341           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2342             DAS sources in sequence fetcher</li>
2343           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2344             dialog is shown</li>
2345           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2346           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2347           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2348           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2349             on OSX Mountain Lion</li>
2350           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2351             sequences with alignment annotation are pasted into the
2352             alignment</li>
2353           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2354             when loaded from Jalview project</li>
2355           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2356           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2357             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2358           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2359             associated with all views</li>
2360           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2361             annotation rows to new window</li>
2362         </ul> <em>Applet</em>
2363         <ul>
2364           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2365             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2366           <li>loading features via javascript API automatically
2367             enables feature display</li>
2368           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2369             work</li>
2370         </ul> <em>General</em>
2371         <ul>
2372           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2373           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2374             and then deselected</li>
2375           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2376           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2377             coloured with clustalx</li>
2378           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2379             exceptions and redraw errors</li>
2380           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2381             reconfigured view</li>
2382           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2383             colour</li>
2384           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2385             for lots of labels</li>
2386         </ul>
2387     </tr>
2388     <tr>
2389       <td>
2390         <div align="center">
2391           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2392         </div>
2393       </td>
2394       <td><em>Application</em>
2395         <ul>
2396           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2397           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2398           <li>View/alignment association menu to enable user to
2399             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2400             its colours/correspondences from</li>
2401           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2402           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2403             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2404           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2405           <li>Annotation row column label formatting attributes
2406             stored in project file</li>
2407           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2408             rows preserved in Jalview project file</li>
2409           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2410             saved using Desktop window menu</li>
2411           <li>Visual indication that command line arguments are
2412             still being processed</li>
2413           <li>Groovy script execution from URL</li>
2414           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2415             preferences</li>
2416           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2417             alignment with sequences that have high similarity and
2418             matching IDs</li>
2419           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2420           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2421             structures in same window</li>
2422           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2423           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2424             analysis function in its own submenu</li>
2425         </ul> <em>Applet</em>
2426         <ul>
2427           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2428             groups</li>
2429           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2430           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2431           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2432           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2433           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2434             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2435           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2436           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2437             parameters are treated as such</li>
2438           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2439             <ul>
2440               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2441               <li>Javascript callbacks for
2442                 <ul>
2443                   <li>Applet initialisation</li>
2444                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2445                 </ul>
2446               </li>
2447               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2448                 functions</li>
2449               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2450               <li>javascript structure viewer harness to pass
2451                 messages between Jmol and Jalview when running as
2452                 distinct applets</li>
2453               <li>sortBy method</li>
2454               <li>Set of applet and application examples shipped
2455                 with documentation</li>
2456               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2457                 javascript message exchange</li>
2458             </ul>
2459         </ul> <em>General</em>
2460         <ul>
2461           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2462             multiple alignments</li>
2463           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2464           <li>User configurable link to enable redirects to a
2465             www.Jalview.org mirror</li>
2466           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2467           <li>Configurable newline string when writing alignment
2468             and other flat files</li>
2469           <li>Allow alignment annotation description lines to
2470             contain html tags</li>
2471         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2472         <ul>
2473           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2474             examples</li>
2475           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2476             using a web service before displaying the result in the
2477             Jalview desktop</li>
2478           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2479           <li>Ant target to publish example html files with applet
2480             archive</li>
2481           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2482           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2483         </ul></td>
2484       <td><em>Application</em>
2485         <ul>
2486           <li>User defined colourscheme throws exception when
2487             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2488           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2489             dialog for valid filename/format</li>
2490           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2491           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2492             P37173</li>
2493           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2494             which sequence is to be associated with the file</li>
2495           <li>Find All raises null pointer exception when query
2496             only matches sequence IDs</li>
2497           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2498           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2499             2.4 cannot be loaded</li>
2500           <li>Filetype associations not installed for webstart
2501             launch</li>
2502           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2503             with sequences in different alignments do not get coloured
2504             by their associated sequence</li>
2505           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2506             not preserved when project is loaded</li>
2507           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2508             stored in Jalview project</li>
2509           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2510             Jalview project</li>
2511           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2512           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2513             by conservation</li>
2514           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2515             created on new view</li>
2516           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2517             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2518           <li>Alignment quality not updated after alignment
2519             annotation row is hidden then shown</li>
2520           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2521             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2522           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2523             properly</li>
2524           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2525             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2526           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2527           <li>Structures imported from file and saved in project
2528             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2529           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2530             job execution in full once it is complete</li>
2531         </ul> <em>Applet</em>
2532         <ul>
2533           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2534             annotation rows are displayed</li>
2535           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2536             codebase</li>
2537           <li>View follows highlighting does not work for positions
2538             in sequences</li>
2539           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2540           <li>Export features raises exception when no features
2541             exist</li>
2542           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2543             for javascript api is modified when separator string
2544             provided as parameter</li>
2545           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2546             alignment with no existing selection</li>
2547           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2548             to applet&#39;s codebase</li>
2549           <li>Status bar not updated after finished searching and
2550             search wraps around to first result</li>
2551           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2552             several Jalview applets causes race conditions and memory
2553             leaks</li>
2554           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2555             not sent from Jmol in applet</li>
2556           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2557             applet API fatally hang browser</li>
2558         </ul> <em>General</em>
2559         <ul>
2560           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2561             position with wrapped view and hidden regions</li>
2562           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2563             with/without hidden columns</li>
2564           <li>Sequence length given in alignment properties window
2565             is off by 1</li>
2566           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2567             import PDB like structure files</li>
2568           <li>Positional search results are only highlighted
2569             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2570           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2571           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2572             given sequence position</li>
2573           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2574             output</li>
2575           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2576             from nucleotide chains correctly</li>
2577           <li>Structure colours not updated when tree partition
2578             changed in alignment</li>
2579           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2580             parsed in interleaved stockholm</li>
2581           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2582             state</li>
2583           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2584             properly</li>
2585           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2586             properly associated with their pdb files</li>
2587         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2588         <ul>
2589           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2590             ApplyCopyright tool</li>
2591         </ul></td>
2592     </tr>
2593     <tr>
2594       <td>
2595         <div align="center">
2596           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2597         </div>
2598       </td>
2599       <td><em>Application</em>
2600         <ul>
2601           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2602             contact web services</li>
2603           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2604             service job window</li>
2605           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2606         </ul></td>
2607       <td>
2608         <ul>
2609           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2610             pir file emitted by Jalview</li>
2611           <li>Existing feature settings transferred to new
2612             alignment view created from cut'n'paste</li>
2613           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2614             parsing PDB files</li>
2615           <li>Consensus and conservation annotation rows
2616             occasionally become blank for all new windows</li>
2617           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2618             in wrapped view mode</li>
2619         </ul> <em>Application</em>
2620         <ul>
2621           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2622             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2623           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2624             parameter names</li>
2625           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2626             is down</li>
2627         </ul>
2628       </td>
2629     </tr>
2630     <tr>
2631       <td>
2632         <div align="center">
2633           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2634         </div>
2635       </td>
2636       <td><em>Application</em>
2637         <ul>
2638           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2639             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2640             (JABAWS)
2641           </li>
2642           <li>Web Services preference tab</li>
2643           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2644             preferences</li>
2645           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2646           <li>Superpose structures using associated sequence
2647             alignment</li>
2648           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2649             viewer</li>
2650         </ul> <em>Applet</em>
2651         <ul>
2652           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2653             link out mechanism</li>
2654         </ul> <em>Other</em>
2655         <ul>
2656           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2657             series 12</li>
2658           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2659             require Java 1.5</li>
2660           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2661             sequence annotation files</li>
2662           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2663             type colour specification</li>
2664           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2665             script to check if it being run in an interactive session or
2666             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2667         </ul></td>
2668       <td>
2669         <ul>
2670           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2671             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2672         </ul> <em>Application</em>
2673         <ul>
2674           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2675             selected Regions menu item</li>
2676           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2677             part of a valid accession ID</li>
2678           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2679             runs out of memory</li>
2680           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2681             analysis results</li>
2682           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2683             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2684           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2685         </ul> <em>Applet</em>
2686         <ul>
2687           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2688             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2689             defined.</li>
2690         </ul>
2691       </td>
2692     </tr>
2693     <tr>
2694       <td>
2695         <div align="center">
2696           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2697         </div>
2698       </td>
2699       <td></td>
2700       <td>
2701         <ul>
2702           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2703             sequence IDs</li>
2704           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2705             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2706           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2707             import correctly</li>
2708           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2709             number of columns are hidden</li>
2710           <li>annotation label popup menu not providing correct
2711             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2712             present</li>
2713           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2714             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2715           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2716             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2717
2718         </ul> <em>Applet</em>
2719         <ul>
2720           <li>annotation panel disappears when annotation is
2721             hidden/removed</li>
2722         </ul> <em>Application</em>
2723         <ul>
2724           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2725             alignment opened where annotation panel is visible but no
2726             annotations are present on alignment</li>
2727           <li>pasted region containing hidden columns is
2728             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2729           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2730             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2731           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2732             selected Rregions menu item.</li>
2733           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2734             'Un' or 'Non'conserved</li>
2735           <li>Sequence feature settings are being shared by
2736             multiple distinct alignments</li>
2737           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2738             changed</li>
2739           <li>double click on group annotation to select sequences
2740             does not propagate to associated trees</li>
2741           <li>Mac OSX specific issues:
2742             <ul>
2743               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2744                 window background</li>
2745               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2746                 name set correctly</li>
2747               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2748                 save feature colourscheme button</li>
2749             </ul>
2750           </li>
2751         </ul>
2752       </td>
2753     </tr>
2754     <tr>
2755
2756       <td>
2757         <div align="center">
2758           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2759         </div>
2760       </td>
2761       <td><em>New Capabilities</em>
2762         <ul>
2763           <li>URL links generated from description line for
2764             regular-expression based URL links (applet and application)
2765
2766           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2767             menu</li>
2768           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2769             structures</li>
2770           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2771             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2772           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2773             average score or total feature count for each sequence.</li>
2774           <li>Shading features by score or associated description</li>
2775           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2776             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2777           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2778             hide everything but the currently selected region.</li>
2779           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2780         </ul> <em>Application</em>
2781         <ul>
2782           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2783             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2784           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2785             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2786           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2787             database references and protein_name is parsed as
2788             description line (BioSapiens terms).</li>
2789           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2790             references in sequence ID tooltip from View menu in
2791             application.</li>
2792           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2793       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2794           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2795             conservation plots</li>
2796           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2797             and visualized as sequence logos</li>
2798           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2799             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2800           </li>
2801           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2802             when a new tree is opened.</li>
2803           <li>Jalview Java Console</li>
2804           <li>Better placement of desktop window when moving
2805             between different screens.</li>
2806           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2807             consensus annotation</li>
2808           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2809             Workflows</li>
2810           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2811             <ul>
2812               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2813                 used to preserve views, structures, and tree display
2814                 settings)</li>
2815               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2816                 command line</li>
2817               <li>Sharing of selected regions between views and
2818                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2819               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2820             </ul></li>
2821         </ul> <em>Applet</em>
2822         <ul>
2823           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2824           <li>New Parameters
2825             <ul>
2826               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2827                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2828                 opened.</li>
2829               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2830                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2831               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2832                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2833               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2834                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2835                 view</li>
2836               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2837                 increase the height or width of a cell in the alignment
2838                 grid relative to the current font size.</li>
2839             </ul>
2840           </li>
2841           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2842             tooltip</li>
2843         </ul> <em>Other</em>
2844         <ul>
2845           <li>Features format: graduated colour definitions and
2846             specification of feature scores</li>
2847           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2848             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2849             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2850           <li>XML formats extended to support graduated feature
2851             colourschemes, group associated annotation, and profile
2852             visualization settings.</li></td>
2853       <td>
2854         <ul>
2855           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2856             rather than description</li>
2857           <li>Non-positional features are now included in sequence
2858             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2859             visibility in tooltip).</li>
2860           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2861           <li>Added URL embedding instructions to features file
2862             documentation.</li>
2863           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2864             'X' in peptide product</li>
2865           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2866             sequence ID and sequence string and query strings do not
2867             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2868           <li>AMSA files only contain first column of
2869             multi-character column annotation labels</li>
2870           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2871             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2872             exported and re-imported)</li>
2873           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2874             name</li>
2875           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2876             as subsequence matches, and correctly reports total number
2877             of both.</li>
2878           <li>Application:
2879             <ul>
2880               <li>Better handling of exceptions during sequence
2881                 retrieval</li>
2882               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2883                 link text excludes the start_end suffix</li>
2884               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2885                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2886               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2887               <li>Sequence description lines properly shared via
2888                 VAMSAS</li>
2889               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2890                 data sources</li>
2891               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2892                 completes before alignment figures are generated.</li>
2893               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2894                 first time.</li>
2895               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2896                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2897               <li>User defined group colours properly recovered
2898                 from Jalview projects.</li>
2899             </ul>
2900           </li>
2901         </ul>
2902       </td>
2903
2904     </tr>
2905     <tr>
2906       <td>
2907         <div align="center">
2908           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2909         </div>
2910       </td>
2911       <td>
2912         <ul>
2913           <li>Experimental support for google analytics usage
2914             tracking.</li>
2915           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2916         </ul>
2917       </td>
2918       <td>
2919         <ul>
2920           <li>Race condition in applet preventing startup in
2921             jre1.6.0u12+.</li>
2922           <li>Exception when feature created from selection beyond
2923             length of sequence.</li>
2924           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2925           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2926             all sequences with a given id</li>
2927           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2928             ID string searches</li>
2929           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2930             alignment to fail with exception</li>
2931         </ul> <em>Application Issues</em>
2932         <ul>
2933           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2934           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2935             data sources</li>
2936         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2937         <ul>
2938           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2939             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2940           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2941             version (java class versioning error fixed)</li>
2942         </ul>
2943       </td>
2944     </tr>
2945     <tr>
2946       <td>
2947
2948         <div align="center">
2949           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2950         </div>
2951       </td>
2952       <td><em>User Interface</em>
2953         <ul>
2954           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2955             translation and protein products</li>
2956           <li>Linked highlighting of structure associated with
2957             residue mapping to codon position</li>
2958           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2959             and 'clear' button</li>
2960           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2961             Tools menu</li>
2962           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2963             numeric data in description line</li>
2964           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2965           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2966             of sequence</li>
2967         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2968         <ul>
2969           <li>JPred3 web service</li>
2970           <li>Prototype sequence search client (no public services
2971             available yet)</li>
2972           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2973             PFAM</li>
2974           <li>URL Links created for matching database cross
2975             references as well as sequence ID</li>
2976           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2977         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2978         <ul>
2979           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2980             databases</li>
2981           <li>Generalised database reference retrieval and
2982             validation to all fetchable databases</li>
2983           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2984             sequence command</li>
2985         </ul> <em>Import and Export</em>
2986         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2987         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2988           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2989         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2990           File</li>
2991         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2992           triplet as name of colourscheme</li>
2993         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2994         <ul>
2995           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2996           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2997             alignments (experimental)</li>
2998           <li>Create new or select existing session to join</li>
2999           <li>load and save of vamsas documents</li>
3000         </ul> <em>Application command line</em>
3001         <ul>
3002           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3003             from applet)</li>
3004           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3005             of DAS servers to query for alignment features</li>
3006           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3007             that are also automatically queried for features</li>
3008           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3009             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3010         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3011         <ul>
3012           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3013             application (when using &quot;View in full
3014             application&quot;)</li>
3015         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3016         <ul>
3017           <li>feature group display control parameter</li>
3018           <li>debug parameter</li>
3019           <li>showbutton parameter</li>
3020         </ul> <em>Applet API methods</em>
3021         <ul>
3022           <li>newView public method</li>
3023           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3024           <li>Feature display control methods</li>
3025           <li>get list of currently selected sequences</li>
3026         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3027         <ul>
3028           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3029           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3030             Jalview release.</li>
3031           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3032             property controls execution of obfuscator</li>
3033           <li>Build target for generating source distribution</li>
3034           <li>Debug flag for javacc</li>
3035           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3036             jalview.bin.Cache</li>
3037           <li>Continuous Build Integration for stable and
3038             development version of Application, Applet and source
3039             distribution</li>
3040         </ul></td>
3041       <td>
3042         <ul>
3043           <li>selected region output includes visible annotations
3044             (for certain formats)</li>
3045           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3046             for editing</li>
3047           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3048           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3049           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3050           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3051             comments</li>
3052           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3053             filenames containing a ':'</li>
3054           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3055             global sequence features</li>
3056           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3057             references from alignment sequences goes to zero</li>
3058           <li>Close of tree branch colour box without colour
3059             selection causes cascading exceptions</li>
3060           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3061           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3062             file parsing fails.</li>
3063           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3064           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3065             not a valid output format</li>
3066           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3067             vamsas</li>
3068           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3069           <li>error messages passed up and output when data read
3070             fails</li>
3071           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3072             sequence is edited</li>
3073           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3074             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3075           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3076             filetype</li>
3077           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3078             import fixed for PFAM records</li>
3079           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3080             window list</li>
3081           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3082             can be read and written correctly to annotation file</li>
3083           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3084             correctly</li>
3085           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3086             non-italic font for representatives in Applet</li>
3087           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3088             Macs.</li>
3089           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3090             Applet)</li>
3091           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3092             due to null pointer exceptions</li>
3093           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3094             first column of alignment</li>
3095           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3096             July 2008</li>
3097           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3098             file is case-insensitive</li>
3099           <li>Sequence features read from Features file appended to
3100             all sequences with matching IDs</li>
3101           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3102             containing a sub-sequence</li>
3103           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3104           <li>feature and annotation file applet parameters
3105             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3106           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3107           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3108             splash-screen version check to complete</li>
3109           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3110             when passing them to the launchApp service</li>
3111           <li>display name and local features preserved in results
3112             retrieved from web service</li>
3113           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3114             sequence fetcher initialisation</li>
3115           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3116             dasobert DAS client</li>
3117           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3118             association</li>
3119           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3120             sequences
3121           </li>
3122         </ul>
3123       </td>
3124     </tr>
3125     <tr>
3126       <td>
3127         <div align="center">
3128           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3129         </div>
3130       </td>
3131       <td>
3132         <ul>
3133           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3134           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3135           <li>Slide sequences</li>
3136           <li>Edit sequence in place</li>
3137           <li>EMBL CDS features</li>
3138           <li>DAS Feature mapping</li>
3139           <li>Feature ordering</li>
3140           <li>Alignment Properties</li>
3141           <li>Annotation Scores</li>
3142           <li>Sort by scores</li>
3143           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3144         </ul>
3145       </td>
3146       <td>
3147         <ul>
3148           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3149           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3150           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3151           <li>Feature group display state in XML</li>
3152           <li>Feature ordering in XML</li>
3153           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3154           <li>Stockholm alignment properties</li>
3155           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3156           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3157           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3158           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3159         </ul>
3160       </td>
3161
3162     </tr>
3163     <tr>
3164       <td>
3165         <div align="center">
3166           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3167         </div>
3168       </td>
3169       <td>
3170         <ul>
3171           <li>Non standard characters can be read and displayed
3172           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3173             applet via textbox
3174           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3175             name &amp; description
3176           <li>Preference setting to display sequence name in
3177             italics
3178           <li>Annotation file format extended to allow
3179             Sequence_groups to be defined
3180           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3181             specified in preferences
3182           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3183             sequences
3184         </ul>
3185       </td>
3186       <td>
3187         <ul>
3188           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3189             installed
3190           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3191           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3192         </ul>
3193       </td>
3194     </tr>
3195     <tr>
3196       <td>
3197         <div align="center">
3198           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3199         </div>
3200       </td>
3201       <td>
3202         <ul>
3203           <li>Multiple views on alignment
3204           <li>Sequence feature editing
3205           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3206           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3207           <li>Background dependent text colour
3208           <li>Right align sequence ids
3209           <li>User-defined lower case residue colours
3210           <li>Format Menu
3211           <li>Select Menu
3212           <li>Menu item accelerator keys
3213           <li>Control-V pastes to current alignment
3214           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3215           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3216           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3217
3218           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3219         </ul>
3220       </td>
3221       <td>
3222         <ul>
3223           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3224           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3225             calculations
3226           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3227             edits
3228           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3229             of alignment)
3230           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3231
3232           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3233             display correctly
3234           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3235           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3236             analysis results
3237           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3238             &#8739;
3239           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3240           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3241           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3242
3243         </ul>
3244       </td>
3245     </tr>
3246     <tr>
3247       <td>
3248         <div align="center">
3249           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3250         </div>
3251       </td>
3252       <td>
3253         <ul>
3254           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3255         </ul>
3256       </td>
3257       <td>
3258         <ul>
3259           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3260             sequence id panel has been resized</li>
3261           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3262             rendered</li>
3263           <li>Annotation files with sequence references - all
3264             elements in file are relative to sequence position</li>
3265           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3266         </ul>
3267       </td>
3268     </tr>
3269     <tr>
3270       <td>
3271         <div align="center">
3272           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3273         </div>
3274       </td>
3275       <td>
3276         <ul>
3277           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3278           <li>DAS Feature fetching</li>
3279           <li>Hide sequences and columns</li>
3280           <li>Export Annotations and Features</li>
3281           <li>GFF file reading / writing</li>
3282           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3283             files</li>
3284           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3285           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3286           <li>Applet can launch the full application</li>
3287           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3288             required)</li>
3289           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3290           <li>Applet can load sequences from parameter
3291             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3292           </li>
3293         </ul>
3294       </td>
3295       <td>
3296         <ul>
3297           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3298           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3299           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3300         </ul>
3301       </td>
3302     </tr>
3303     <tr>
3304       <td>
3305         <div align="center">
3306           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3307         </div>
3308       </td>
3309       <td>
3310         <ul>
3311           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3312           <li>Choose to match case when searching</li>
3313           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3314             expand the visible width and height of the alignment</li>
3315         </ul>
3316       </td>
3317       <td>
3318         <ul>
3319           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3320         </ul>
3321       </td>
3322     </tr>
3323     <tr>
3324       <td>
3325         <div align="center">
3326           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3327         </div>
3328       </td>
3329       <td>&nbsp;</td>
3330       <td>
3331         <ul>
3332           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3333           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3334             value</li>
3335         </ul>
3336       </td>
3337     </tr>
3338     <tr>
3339       <td>
3340         <div align="center">
3341           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3342         </div>
3343       </td>
3344       <td>
3345         <ul>
3346           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3347           <li>Keyboard editing</li>
3348           <li>Create sequence features from searches</li>
3349           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3350             alignments</li>
3351           <li>Features file allows grouping of features</li>
3352           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3353           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3354           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3355         </ul>
3356       </td>
3357       <td>
3358         <ul>
3359           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3360           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3361             descriptions saved.</li>
3362         </ul>
3363       </td>
3364     </tr>
3365     <tr>
3366       <td>
3367         <div align="center">
3368           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3369         </div>
3370       </td>
3371       <td>
3372         <ul>
3373           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3374           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3375           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3376             name for file output</li>
3377           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3378           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3379             used for HTML form input</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382       <td>
3383         <ul>
3384           <li>HTML output writes groups and features</li>
3385           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3386           <li>File IO bugs</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389     </tr>
3390     <tr>
3391       <td>
3392         <div align="center">
3393           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3394         </div>
3395       </td>
3396       <td>
3397         <ul>
3398           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3399           <li>More options for PCA viewer</li>
3400         </ul>
3401       </td>
3402       <td>
3403         <ul>
3404           <li>GUI bugs resolved</li>
3405           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3406         </ul>
3407       </td>
3408     </tr>
3409     <tr>
3410       <td height="63">
3411         <div align="center">
3412           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3413         </div>
3414       </td>
3415       <td>
3416         <ul>
3417           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3418           <li>Jar files are executable</li>
3419           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3420         </ul>
3421       </td>
3422       <td>
3423         <ul>
3424           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3425           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3426           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3427         </ul>
3428       </td>
3429     </tr>
3430     <tr>
3431       <td>
3432         <div align="center">
3433           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3434         </div>
3435       </td>
3436       <td>
3437         <ul>
3438           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3439         </ul>
3440       </td>
3441       <td>
3442         <ul>
3443           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3444         </ul>
3445       </td>
3446     </tr>
3447     <tr>
3448       <td>
3449         <div align="center">
3450           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3451         </div>
3452       </td>
3453       <td>
3454         <ul>
3455           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3456             size</li>
3457         </ul>
3458       </td>
3459       <td>
3460         <ul>
3461           <li>Improved JPred client reliability</li>
3462           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3463         </ul>
3464       </td>
3465     </tr>
3466     <tr>
3467       <td>
3468         <div align="center">
3469           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3470         </div>
3471       </td>
3472       <td>
3473         <ul>
3474           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3475           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3476           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3477             to Colour Menu</li>
3478           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3479           <li>Unix users can set default web browser</li>
3480           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3481           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3482         </ul>
3483       </td>
3484       <td>
3485         <ul>
3486           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3487         </ul>
3488       </td>
3489     </tr>
3490     <tr>
3491       <td>
3492         <div align="center">
3493           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3494         </div>
3495       </td>
3496       <td>&nbsp;</td>
3497       <td>
3498         <ul>
3499           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3500             alignment order.</li>
3501         </ul>
3502       </td>
3503     </tr>
3504     <tr>
3505       <td>
3506         <div align="center">
3507           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3508         </div>
3509       </td>
3510       <td>
3511         <ul>
3512           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3513           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3514           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3515             annotations.</li>
3516           <li>Version and build date written to build properties
3517             file.</li>
3518           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3519             at launch of Jalview.</li>
3520         </ul>
3521       </td>
3522       <td>
3523         <ul>
3524           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3525           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3526           <li>Can remove groups one by one.</li>
3527           <li>Filechooser icons installed.</li>
3528           <li>Finder ignores return character when searching.
3529             Return key will initiate a search.<br>
3530           </li>
3531         </ul>
3532       </td>
3533     </tr>
3534     <tr>
3535       <td>
3536         <div align="center">
3537           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3538         </div>
3539       </td>
3540       <td>
3541         <ul>
3542           <li>New codebase</li>
3543         </ul>
3544       </td>
3545       <td>&nbsp;</td>
3546     </tr>
3547   </table>
3548   <p>&nbsp;</p>
3549 </body>
3550 </html>