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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
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  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
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  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
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  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>14/11/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98           </ul>
  99           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
 100           <em>Testing and Deployment</em>
 101           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <em>General</em>
 106           <ul>
 107             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 108             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 109             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 110             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 111           </ul>
 112           <em>Desktop</em>
 113           <ul>
 114             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 115             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 116             </li>
 117             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 118             </li>
 119             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 120             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 121             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 122             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 123             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 124             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 125             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 126             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 127             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 128             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 129             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 130             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 131             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 132             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment only aligns selected regions of each selected sequence</li>
 133             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 134             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 135             <li><!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in URL links appears when only default EMBL-EBI link is configured (since 2.10.2b2)</li>
 136             <li><!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box position is adjusted</li>
 137             <li><!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains in a multi-chain structure when viewing alignment involving more than one chain (since 2.10)</li>
 138            </ul>
 139           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 140            <ul>
 141             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 142           </ul>
 143           <strong><em>BioJSON</em></strong><br/>
 144           <ul>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 147           </li>
 148           </ul>
 149           </div>
 150       </td>
 151     </tr>
 152     <tr>
 153       <td width="60" nowrap>
 154         <div align="center">
 155           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 156             <em>2/10/2017</em></strong>
 157         </div>
 158       </td>
 159       <td><div align="left">
 160           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 161           <ul>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 164             </li>
 165             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 166             </li>
 167           </ul>
 168         </div></td>
 169       <td><div align="left">
 170         </div></td>
 171     </tr>
 172     <tr>
 173       <td width="60" nowrap>
 174         <div align="center">
 175           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 176             <em>7/9/2017</em></strong>
 177         </div>
 178       </td>
 179       <td><div align="left">
 180           <em></em>
 181           <ul>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 184               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 185               white)
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 189               Preferences
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 193               in size and progress bar shown as higher resolution
 194               overview is recalculated
 195             </li>
 196
 197           </ul>
 198         </div></td>
 199       <td><div align="left">
 200           <em></em>
 201           <ul>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 204               column region row by row
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 208               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 212               format setting is unticked
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 216               if group has show boxes format setting unticked
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 220               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 221               include sequences and columns not currently displayed
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 225               assemblies are imported via CIF file
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 229               displayed when threshold or conservation colouring is also
 230               enabled.
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 234               server version
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 238               dragging a selected region off the visible region of the
 239               alignment
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 243               colourscheme to all groups in a view
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 247               initially after font size change using the Font chooser or
 248               middle-mouse zoom
 249             </li>
 250           </ul>
 251         </div></td>
 252     </tr>
 253     <tr>
 254       <td width="60" nowrap>
 255         <div align="center">
 256           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 257         </div>
 258       </td>
 259       <td><div align="left">
 260           <em>Calculations</em>
 261           <ul>
 262
 263             <li>
 264               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 265               ungapped positions in each column of the alignment.
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 269               a calculation dialog box
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 273               and memory efficiency (~30x faster)
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 277               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 278               and other calculations
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 282               files within the Jalview codebase
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 286               Similarity may have different topology due to increased
 287               precision
 288             </li>
 289           </ul>
 290           <em>Rendering</em>
 291           <ul>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 294               model for alignments and groups
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 298               scripts
 299             </li>
 300           </ul>
 301           <em>Overview</em>
 302           <ul>
 303             <li>
 304               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 305               with alignment and overview windows
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 309               overview
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 313               omitted in Overview
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 317               adjustment of visible position
 318             </li>
 319           </ul>
 320
 321           <em>Data import/export</em>
 322           <ul>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 325               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 329               annotation input/output via stockholm flatfile
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 333               extension when importing structure files without embedded
 334               names or PDB accessions
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 338               format sequence substitution matrices
 339             </li>
 340           </ul>
 341           <em>User Interface</em>
 342           <ul>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 345               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 346               the application.
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 350               via Overview or sequence motif search operations
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 354               opened by double clicking gaps within sequence feature
 355               extent
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 359               aligned positions were available to create a 3D structure
 360               superposition.
 361             </li>
 362           </ul>
 363           <em>3D Structure</em>
 364           <ul>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 367               coloured in linked structure views
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 371               file-based command exchange
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 375               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 376               structures are already available for sequences
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 380               the Jalview project rather than downloaded again when the
 381               project is reopened.
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 385               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 386               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 387                 Feature</strong>)
 388             </li>
 389           </ul>
 390           <em>Web Services</em>
 391           <ul>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 397               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 398               Analysis services
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 402               cross-references provided by identifiers.org and the
 403               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 404             </li>
 405           </ul>
 406
 407           <em>Scripting</em>
 408           <ul>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 411               identifying file formats (instead of String constants)
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 415               efficiency when counting all displayed features (not
 416               backwards compatible with 2.10.1)
 417             </li>
 418           </ul>
 419           <em>Example files</em>
 420           <ul>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 423               included in the example feature file
 424             </li>
 425           </ul>
 426           <em>Documentation</em>
 427           <ul>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 430               with the built-in Java help viewer
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 434               sequence description' option
 435             </li>
 436           </ul>
 437           <em>Test Suite</em>
 438           <ul>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 441               Uniprot REST Free Text Search Client
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 448               during tests
 449             </li>
 450           </ul>
 451         </div></td>
 452       <td><div align="left">
 453           <em>Calculations</em>
 454           <ul>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 457               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 458               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 459             </li>
 460             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 461               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 462               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 463               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 464               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 465               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 466               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 467               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 468               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 469               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 470               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 471               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 472               // for 2.10.1 mode <br />
 473               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 474               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 475                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 476                 calculations (not recommended)</em></li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 479               scaling of branch lengths for trees computed using
 480               Sequence Feature Similarity.
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 484               generating output report when working with highly
 485               redundant alignments
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 489               right of selected region when gaps present on right-hand
 490               boundary
 491             </li>
 492           </ul>
 493           <em>User Interface</em>
 494           <ul>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 497               doesn't reselect a specific sequence's associated
 498               annotation after it was used for colouring a view
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 502               opened on a region of alignment without groups
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 506               of an alignment with overlapping groups
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 510               name and description match
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 514               hidden regions results in incorrect hidden regions
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 518               changing colour does not apply Conservation slider value
 519               to all groups
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 523               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 527               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 531               gaps before start of features
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 535               restored to UI when feature colour is edited
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 539               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 543               as graduate feature colour settings are modified via the
 544               dialog box
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 548               when a group defined on the alignment is resized
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 552               wrapped view result in positional status updates
 553             </li>
 554
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 557               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 561               alignment included gapped columns
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 565               widgets don't permanently disappear
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 569               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 570               T-Coffee column reliability scores)
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 574               sequence feature on gaps only
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 578               button from a Find inherit previously defined feature type
 579               rather than the Find query string
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 583               exporting tree calculated in Jalview
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 587               and then revealing them reorders sequences on the
 588               alignment
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 592               doesn't update to reflect available set of groups after
 593               interactively adding or modifying features
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 597               Linux
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 601               only excluded gaps in current sequence and ignored
 602               selection.
 603             </li>
 604           </ul>
 605           <em>Rendering</em>
 606           <ul>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 609               erratically when hidden rows or columns are present
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 613               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 614               sequence colouring
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 618               colour and group colour menu for protein alignments
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 622               reflect currently selected view or group's shading
 623               thresholds
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 627               when rendered on overview and structures when opacity at
 628               100%
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 632               overview when features overlaid on alignment
 633             </li>
 634           </ul>
 635           <em>Data import/export</em>
 636           <ul>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 639               load
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 643               added after a sequence was imported are not written to
 644               Stockholm File
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 648               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 652               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 656               with lightGray or darkGray via features file (but can
 657               specify lightgray)
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 661               when alignment view imported from project
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 665               structure and sequences extracted from structure files
 666               imported via URL and viewed in Jmol
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 670               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 671               the project is loaded and the structure viewed
 672             </li>
 673           </ul>
 674           <em>Web Services</em>
 675           <ul>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 678               release of Ensembl v.88
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 682               appear enabled in Preferences->Connections
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 686               removed from console output
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 690               Ensembl by Peptide ID
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 694               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 695               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 696               due to 'null' string rather than empty string used for
 697               residues with no corresponding PDB mapping).
 698             </li>
 699           </ul>
 700           <em>Application UI</em>
 701           <ul>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 704               menu
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 708               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 709               new documentation and tooltips added)
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 713               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 717               new features are added to alignment
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 721               changes to feature colours via the Amend features dialog
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 725               edit graduated feature colour via amend features dialog
 726               box
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 730               selection menu changes colours of alignment views
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 734               from alignment calculation workers after alignment has
 735               been closed
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 739               groups now 'Create Group'
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 743               Create/Undefine group doesn't always work
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 747               shown again after pressing 'Cancel'
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 751               adjusts start position in wrap mode
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 755               ambiguous amino acids
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 759               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 760               proteins
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 764               Defined' don't appear in Colours menu
 765             </li>
 766           </ul>
 767           <em>Applet</em>
 768           <ul>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 771               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 775               overview or linked structure view
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 779               work (since 2.8)
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 783               user-defined colourscheme doesn't restore original
 784               colourscheme
 785             </li>
 786           </ul>
 787           <em>Test Suite</em>
 788           <ul>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 791               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 795               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 796               problems with deep array comparison equality asserts in
 797               successive versions of TestNG
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 801               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 802             </li>
 803           </ul>
 804           <em>New Known Issues</em>
 805           <ul>
 806             <li>
 807               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 808               phase after a sequence motif find operation
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 812               containing just upper and lower case letters are
 813               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 817               reliably from eggnog Ortholog database
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 821               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 822               to mark columns containing highlighted regions.
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 826               doesn't always add secondary structure annotation.
 827             </li>
 828           </ul>
 829         </div>
 830     <tr>
 831       <td width="60" nowrap>
 832         <div align="center">
 833           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 834         </div>
 835       </td>
 836       <td><div align="left">
 837           <em>General</em>
 838           <ul>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 841               for all consensus calculations
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 845               3rd Oct 2016)
 846             </li>
 847             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 848               for 2016-2017</li>
 849           </ul>
 850           <em>Application</em>
 851           <ul>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 854               set of database cross-references, sorted alphabetically
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 858               from database cross references. Users with custom links
 859               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 860                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 864               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 865               Chimera session
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 869               the Chimera it is connected to is shut down
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 873               columns menu item to mark columns containing highlighted
 874               regions (e.g. from structure selections or results of a
 875               Find operation)
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 879               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 880               MSAviewer
 881             </li>
 882           </ul>
 883         </div></td>
 884       <td>
 885         <div align="left">
 886           <em>General</em>
 887           <ul>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 890               are not coloured or thresholded according to percent
 891               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 895               hydrophobic
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 899               threshold, amino acid properties)
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 903               reported as mapped to residues in a structure file in the
 904               View Mapping report
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 908               could be added multiple times to a sequence
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 912               bond features shown as two highlighted residues rather
 913               than a range in linked structure views, and treated
 914               correctly when selecting and computing trees from features
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 918               cross-references are matched to database name regardless
 919               of case
 920             </li>
 921
 922           </ul>
 923           <em>Application</em>
 924           <ul>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 927               names without regular expressions also offer links from
 928               Sequence ID
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 932               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 933               update Jalview configuration
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 937               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 941               files with similarly named sequences if dropped onto the
 942               alignment
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 946               entries where more chains exist in the PDB accession than
 947               are reported in the SIFTS file
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 951               the structure view when displayed with Chimera
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 955               panel's View->Show Chains submenu
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 959               work for wrapped alignment views
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 963               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 967               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 968               first annotation row
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 972               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 976               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 977             </li>
 978             <!-- JAL-2319 -->
 979             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 980             coordindate data
 981             </li>
 982           </ul>
 983           <!--           <em>New Known Issues</em>
 984           <ul>
 985             <li></li>
 986           </ul> -->
 987         </div>
 988       </td>
 989     </tr>
 990     <td width="60" nowrap>
 991       <div align="center">
 992         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 993           <em>25/10/2016</em></strong>
 994       </div>
 995     </td>
 996     <td><em>Application</em>
 997       <ul>
 998         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 999           view if structures already loaded</li>
1000         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1001           structure views</li>
1002       </ul></td>
1003     <td>
1004       <div align="left">
1005         <em>General</em>
1006         <ul>
1007           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1008             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1009           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1010             example sequences/projects/trees</li>
1011         </ul>
1012         <em>Application</em>
1013         <ul>
1014           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1015             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1016           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1017             without timeout for structures with multiple models or
1018             multiple sequences in alignment</li>
1019           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1020             PDB ID HEADER line</li>
1021           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1022             is performed</li>
1023           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1024             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1025           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1026           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1027             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1028             option</li>
1029           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1030             is created on the alignment</li>
1031           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1032             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1033             pop-up menu</li>
1034         </ul>
1035         <em>Build and deployment</em>
1036         <ul>
1037           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1038             tags</li>
1039         </ul>
1040         <em>New Known Issues</em>
1041         <ul>
1042           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1043             on Windows</li>
1044         </ul>
1045       </div>
1046     </td>
1047     </tr>
1048     <tr>
1049       <td width="60" nowrap>
1050         <div align="center">
1051           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1052         </div>
1053       </td>
1054       <td><em>General</em>
1055         <ul>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1058           </li>
1059           <li>
1060             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1061             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1062             better PDB parsing.
1063           </li>
1064           <li>
1065             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1066             reference sequence
1067           </li>
1068           <li>
1069             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1070             mousing over sequence associated annotation
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1074             for manual entry
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1078             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1079             for each column
1080           </li>
1081           <li>
1082             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1083             showing or hiding columns containing a feature
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1087             group and sequence associated annotation labels
1088           </li>
1089           <li>
1090             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1091             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1092             dialogs
1093           </li>
1094
1095         </ul> <em>Application</em>
1096         <ul>
1097           <li>
1098             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1099             gene/transcript view
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1103             dialog
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1107             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1108           </li>
1109           <li>
1110             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1111             Pfam sources to xfam.org
1112           </li>
1113           <li>
1114             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1118             over sequences in Jalview
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1122             regions in ENA and EMBL
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1126             for record retrieval via ENA rest API
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1130             complement operator
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1134             groovy script execution
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1138             alignment window's Calculate menu
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1142             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1146             calculation workers from groovy scripts
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1150             Jalview projects
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1154             associations are now saved/restored from project
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1158             before sequence fetcher is opened
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1162             database chooser opens a sequence fetcher
1163           </li>
1164           <li>
1165             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1166             the UniProt REST API
1167           </li>
1168           <li>
1169             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1170             the news reader opening
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1174             querying stored in preferences
1175           </li>
1176           <li>
1177             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1178             search results
1179           </li>
1180           <li>
1181             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1182           </li>
1183           <li>
1184             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1185             menu for nucleotide sequences
1186           </li>
1187           <li>
1188             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1189             and feature counts preserves alignment ordering (and
1190             debugged for complex feature sets).
1191           </li>
1192           <li>
1193             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1194             viewing structures with Jalview 2.10
1195           </li>
1196           <li>
1197             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1198             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1199             Ensembl Genomes REST API
1200           </li>
1201           <li>
1202             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1203             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1204             (Ensembl)
1205           </li>
1206           <li>
1207             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1208             sequences
1209           </li>
1210           <li>
1211             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1212             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1213             data from external database records.
1214           </li>
1215           <li>
1216             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1217             efficient recovery of sequence coding and alignment
1218             annotation relationships.
1219           </li>
1220         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1221         <ul>
1222           <li>
1223             -- JAL---
1224           </li>
1225         </ul> --></td>
1226       <td>
1227         <div align="left">
1228           <em>General</em>
1229           <ul>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1232               menu on OSX
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1236               includes graduated colourschemes
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1240               working with big alignments and lots of hidden columns
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1244               at right of alignment window
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1248               contents
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1252               for DNA alignments
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1256               based tree calculation
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1260               unconserved enabled for group on alignment
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1264               set as reference
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1268               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1269               annotation
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1273               hidden columns present
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1277               user created annotation added to alignment
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1281               '()' base pair annotation
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1285               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1286               Consensus
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1290               feature not working
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1294               beginning of sequence
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1298               entry 3a6s
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1302               from a tree when t-coffee scores are shown
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1306               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1310               some structures
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1314               to Clustal, PIR and PileUp output
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1318               not visible causes alignment window to repaint
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1322               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1323               scores associated with features and annotation rows
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1327               calculation should be case independent
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1331               columns
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1335               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1336               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1340               problems when reference sequence defined and 'show
1341               non-conserved' enabled
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1345               load even when Consensus calculation is disabled
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1349               alignment does nothing
1350             </li>
1351           </ul>
1352           <em>Application</em>
1353           <ul>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1356               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1357               yet fixed for El Capitan)
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1361               output when running on non-gb/us i18n platforms
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1365               hidden sequences as flat-file alignment
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1369               launching Chimera
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1373               (also hotfix for 2.9.0b2)
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1377               reference sequence defined
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1381               alignments and views when revealing hidden columns
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1385               view in a cDNA/Protein splitframe
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1389               sequence from project when only one sequence is
1390               represented
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1394               in Structure Chooser
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1398               structure consensus didn't refresh annotation panel
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1402               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1406               dialogs format columns correctly, don't display array
1407               data, sort columns according to type
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1411               file chooser is cancelled during an image export
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1415               sequence name containing special characters
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1419               case insensitive
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1423               formatting don't wrap
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1427               truncated so L looks like I in consensus annotation
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1431               currently displayed features for the current selection or
1432               view
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1436               after fetching cross-references, and restoring from
1437               project
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1441               followed in the structure viewer
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1445               splitframe not restored from project
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1449               trailing end of protein alignment in transcript/product
1450               splitview when pad-gaps not enabled by default
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1454               is case dependent
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1458               article has been read (reopened issue due to
1459               internationalisation problems)
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1463               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1464               cross-references
1465             </li>
1466
1467             <li>
1468               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1469               alignment as HTML
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1473               multiple structures are shown for one or more sequences.
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1477               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1478               is enabled.
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1482               specific PDB id for sequence
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1486               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1487               columns' is disabled.
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1491               selects lowest rather than highest resolution structures
1492               for each sequence
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1496               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1500               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1504               after clicking on it to create new annotation for a
1505               column.
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1509               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1510             </li>
1511             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1512             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1513           </ul>
1514           <em>Applet</em>
1515           <ul>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1518               hidden columns present before start of sequence
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1522               (JSON jars)
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1526               sequences are hidden in applet
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1530               deployment on examples pages.
1531             </li>
1532           </ul>
1533         </div>
1534       </td>
1535     </tr>
1536     <tr>
1537       <td width="60" nowrap>
1538         <div align="center">
1539           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1540             <em>16/10/2015</em></strong>
1541         </div>
1542       </td>
1543       <td><em>General</em>
1544         <ul>
1545           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1546             jars</li>
1547         </ul></td>
1548       <td>
1549         <div align="left">
1550           <em>Application</em>
1551           <ul>
1552             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1553               shown when tree is partitioned</li>
1554             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1555               multiple cDNA/Protein split views</li>
1556           </ul>
1557         </div>
1558       </td>
1559     </tr>
1560     <tr>
1561       <td width="60" nowrap>
1562         <div align="center">
1563           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1564             <em>8/10/2015</em></strong>
1565         </div>
1566       </td>
1567       <td><em>General</em>
1568         <ul>
1569           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1570             2.9</li>
1571         </ul> <em>Application</em>
1572         <ul>
1573           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1574           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1575           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1576         </ul> <em>Applet</em>
1577         <ul>
1578           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1579         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1580         <ul>
1581           <li>
1582             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1583             suite
1584           </li>
1585         </ul></td>
1586       <td>
1587         <div align="left">
1588           <em>General</em>
1589           <ul>
1590             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1591               incorrect when sequence start > 1</li>
1592             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1593               documentation</li>
1594             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1595             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1596               loading a features file containing HTML tags in feature
1597               description</li>
1598
1599           </ul>
1600           <em>Application</em>
1601           <ul>
1602             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1603               reimport</li>
1604             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1605               with 'trim retrieved sequences'</li>
1606             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1607               deleting selected columns</li>
1608             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1609               JNLP templates for webstart launch</li>
1610             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1611               unreleased structures for download or viewing</li>
1612             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1613               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1614             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1615               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1616             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1617               recovered from jalview project</li>
1618             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1619               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1620               alignment view</li>
1621             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1622               color schemes from BioJSON</li>
1623           </ul>
1624           <em>Applet</em>
1625           <ul>
1626             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1627               frame</li>
1628             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1629           </ul>
1630         </div>
1631       </td>
1632     </tr>
1633     <tr>
1634       <td><div align="center">
1635           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1636         </div></td>
1637       <td><em>General</em>
1638         <ul>
1639           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1640             alignments:
1641             <ul>
1642               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1643                 and DNA alignment views</li>
1644               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1645                 cDNA alignment views</li>
1646               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1647                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1648               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1649                 protein sequences</li>
1650             </ul>
1651           </li>
1652           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1653           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1654             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1655           <li>New alignment annotation file statements for
1656             reference sequences and marking hidden columns</li>
1657           <li>Reference sequence based alignment shading to
1658             highlight variation</li>
1659           <li>Select or hide columns according to alignment
1660             annotation</li>
1661           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1662           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1663             acid conservation row</li>
1664           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1665         </ul> <em>Application</em>
1666         <ul>
1667           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1668             <ul>
1669               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1670                 view with cDNA/Protein</li>
1671               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1672                 sequences are placed in the same alignment</li>
1673               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1674                 projects</li>
1675             </ul>
1676           </li>
1677
1678           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1679           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1680             Jalview windows</li>
1681
1682           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1683           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1684           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1685             be shown in VARNA</li>
1686
1687           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1688             as the active selected region</li>
1689
1690           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1691             similarity</li>
1692           <li>New Export options
1693             <ul>
1694               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1695                 region export in flat file generation</li>
1696
1697               <li>Export alignment views for display with the <a
1698                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1699
1700               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1701               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1702                 alignment figures to HTML</li>
1703           </li>
1704           <li>3D structure retrieval and display
1705             <ul>
1706               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1707                 Search API</li>
1708               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1709                 PDB structures for a sequence set</li>
1710             </ul>
1711           </li>
1712
1713           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1714             predictions</li>
1715           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1716             for one or a group of sequences</li>
1717           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1718             from the JPred4 web server</li>
1719           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1720             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1721             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1722           </li>
1723           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1724             VARNA 2D Structure'</li>
1725           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1726             Structure ..."</li>
1727
1728         </ul> <em>Applet</em>
1729         <ul>
1730           <li>New layout for applet example pages</li>
1731           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1732             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1733           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1734             Protein alignments</li>
1735         </ul> <em>Development and deployment</em>
1736         <ul>
1737           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1738           <li>Include installation type and git revision in build
1739             properties and console log output</li>
1740           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1741             storing BioJsMSA Templates</li>
1742           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1743         </ul></td>
1744       <td>
1745         <!-- <em>General</em>
1746         <ul>
1747         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1748         <ul>
1749           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1750           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1751           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1752             predictions are not highlighted in amber</li>
1753           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1754             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1755           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1756             associated structure views</li>
1757           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1758             width checkbox not enabled</li>
1759           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1760             creating user defined colours</li>
1761           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1762             mappings for just that viewer's sequences</li>
1763           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1764             multiple models in Chimera</li>
1765           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1766             over Jmol structure</li>
1767           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1768             output to text box</li>
1769           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1770             have incorrect sequence start/end</li>
1771           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1772             Jalview fails</li>
1773           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1774             work for nucleotide</li>
1775           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1776             to a grey/invisible alignment window</li>
1777           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1778             imports to different position</li>
1779           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1780             on some platforms</li>
1781           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1782             populated</li>
1783           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1784             console if Chimera has been opened</li>
1785           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1786           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1787             retrieved</li>
1788           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1789           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1790             either sequence shows on first structure</li>
1791           <li>'Show annotations' options should not make
1792             non-positional annotations visible</li>
1793           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1794             in right place after 'view flanking regions'</li>
1795           <li>File Save As type unset when current file format is
1796             unknown</li>
1797           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1798             projects</li>
1799           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1800             responsive</li>
1801           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1802             several views on same alignment</li>
1803           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1804           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1805             spaces</li>
1806         </ul> <em>Applet</em>
1807         <ul>
1808           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1809           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1810             descriptions containing angle brackets</li>
1811         </ul> <em>General</em>
1812         <ul>
1813           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1814             via jalview annotation file</li>
1815           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1816             with RNA secondary structure</li>
1817           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1818             translation doesn't work.</li>
1819           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1820           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1821             positions</li>
1822           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1823             choosing 1pt font</li>
1824           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1825             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1826             'h'</li>
1827           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1828             new feature</li>
1829           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1830             order dependent</li>
1831           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1832             sequences</li>
1833           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1834         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1835         <ul>
1836           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1837             www.jalview.org</li>
1838         </ul> <em>Application Known issues</em>
1839         <ul>
1840           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1841           <li>Misleading message appears after trying to delete
1842             solid column.</li>
1843           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1844             version launches</li>
1845           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1846             fails with a sequence mismatch</li>
1847           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1848             scrolling alignment to right</li>
1849           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1850             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1851           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1852             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1853           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1854             ultra-high resolution</li>
1855           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1856             quality and conservation</li>
1857           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1858             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1859         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1860         <ul>
1861           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1862           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1863             window is being resized</li>
1864
1865         </ul>
1866       </td>
1867     </tr>
1868     <tr>
1869       <td><div align="center">
1870           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1871         </div></td>
1872       <td><em>General</em>
1873         <ul>
1874           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1875             Certum.PL.</li>
1876           <li>Features and annotation preserved when performing
1877             pairwise alignment</li>
1878           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1879             imported/exported/displayed</li>
1880           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1881             protein secondary structure</li>
1882           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1883               post-hoc with 2.9 release</em>)
1884           </li>
1885
1886         </ul> <em>Application</em>
1887         <ul>
1888           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1889             with 3D structures</li>
1890           <li>Support for parsing RNAML</li>
1891           <li>Annotations menu for layout
1892             <ul>
1893               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1894               <li>place sequence annotation above/below alignment
1895                 annotation</li>
1896             </ul>
1897           <li>Output in Stockholm format</li>
1898           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1899             translation</li>
1900           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1901           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1902             shared between alignments</li>
1903           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1904             Jalview</li>
1905           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1906             all or current selection</li>
1907           <li>disorder and secondary structure predictions
1908             available as dataset annotation</li>
1909           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1910
1911
1912           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1913             alignments from Rfam</li>
1914           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1915
1916           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1917             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1918           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1919           <li>include installation type in build properties and
1920             console log output</li>
1921           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1922             annotation</li>
1923         </ul></td>
1924       <td>
1925         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1926         <ul>
1927           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1928             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1929           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1930             alignment</li>
1931           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1932           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1933           <li>Double click on sequence associated annotation
1934             selects only first column</li>
1935           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1936             leaves shown in tree</li>
1937           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1938             properly</li>
1939           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1940           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1941             screen and buttons not visible</li>
1942           <li>author list isn't updated if already written to
1943             Jalview properties</li>
1944           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1945             from database</li>
1946           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1947           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1948             browser search window</li>
1949           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1950             in feature settings dialog</li>
1951           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1952             desktop</li>
1953           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1954             pass validation</li>
1955           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1956             fit on screen</li>
1957           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1958             tooltip</li>
1959           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1960             defined user preset</li>
1961           <li>MSA web services warns user if they were launched
1962             with invalid input</li>
1963           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1964             Java 8</li>
1965           <li>
1966             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1967             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1968             created
1969           </li>
1970
1971         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1972         <ul>
1973         </ul> <em>General</em>
1974         <ul>
1975         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1976         <ul>
1977           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1978             memory allocation</li>
1979           <li>launchApp service doesn't automatically open
1980             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1981           <li>
1982             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1983             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1984             1.7_055 is available
1985           </li>
1986         </ul> <em>Application Known issues</em>
1987         <ul>
1988           <li>
1989             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1990             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1991             alignment to right
1992           </li>
1993           <li>
1994             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1995             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1996             with large number of ID
1997           </li>
1998           <li>
1999             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2000             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2001             start/end
2002           </li>
2003           <li>
2004             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2005             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2006             structure tracks are rearranged
2007           </li>
2008           <li>
2009             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2010             invalid rna structure positional highlighting does not
2011             highlight position of invalid base pairs
2012           </li>
2013           <li>
2014             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2015             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2016             project from alignment window file menu
2017           </li>
2018           <li>
2019             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2020             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2021             structures
2022           </li>
2023           <li>
2024             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2025             colour by RNA Helices not enabled when user created
2026             annotation added to alignment
2027           </li>
2028           <li>
2029             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2030             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2031           </li>
2032         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2033         <ul>
2034           <li>
2035             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2036             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2037           </li>
2038           <li>
2039             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2040             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2041           </li>
2042
2043           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2044             when selected</li>
2045         </ul>
2046       </td>
2047     </tr>
2048     <tr>
2049       <td><div align="center">
2050           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2051         </div></td>
2052       <td>
2053         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2054         <em>General</em>
2055         <ul>
2056           <li>Internationalisation of user interface (usually
2057             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2058           <li>Define/Undefine group on current selection with
2059             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2060           <li>Improved group creation/removal options in
2061             alignment/sequence Popup menu</li>
2062           <li>Sensible precision for symbol distribution
2063             percentages shown in logo tooltip.</li>
2064           <li>Annotation panel height set according to amount of
2065             annotation when alignment first opened</li>
2066         </ul> <em>Application</em>
2067         <ul>
2068           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2069             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2070           <li>Select columns containing particular features from
2071             Feature Settings dialog</li>
2072           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2073             sequences</li>
2074           <li>Update Jalview project format:
2075             <ul>
2076               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2077               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2078                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2079               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2080                 colouring</li>
2081             </ul>
2082           </li>
2083           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2084             (PAM250)</li>
2085           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2086             flanking regions for an alignment</li>
2087         </ul>
2088       </td>
2089       <td>
2090         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2091         <ul>
2092           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2093             running after job is cancelled</li>
2094           <li>cannot export features from alignments imported from
2095             Jalview/VAMSAS projects</li>
2096           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2097             float values</li>
2098           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2099             have 'display all symbols' flag set</li>
2100           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2101             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2102           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2103             Jalview</li>
2104           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2105             Lion/Webstart</li>
2106           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2107           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2108           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2109             alignment onto desktop</li>
2110           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2111             'extract scores' function</li>
2112           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2113             alignment window</li>
2114           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2115             performing IUPred disorder prediction</li>
2116           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2117             changing 'normalise logo' display setting</li>
2118           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2119             nothing matches query</li>
2120           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2121             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2122           </li>
2123           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2124             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2125           </li>
2126           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2127             Jalview's menu</li>
2128           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2129             'invalid literal/length code'</li>
2130           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2131             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2132           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2133             colourscheme</li>
2134
2135         </ul> <em>Applet</em>
2136         <ul>
2137           <li>Remove group option is shown even when selection is
2138             not a group</li>
2139           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2140             don't affect groups</li>
2141           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2142             colourscheme name</li>
2143           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2144             Annotation panel is not displayed</li>
2145           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2146             embedded windows</li>
2147         </ul> <em>Other</em>
2148         <ul>
2149           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2150             single sequence were not calculated</li>
2151           <li>annotation files that contain only groups imported as
2152             annotation and junk sequences</li>
2153           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2154             recognised as PFAM or BLC</li>
2155           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2156             doesn't affect background (2.8.0b1)
2157           <li></li>
2158           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2159           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2160             trailing gaps</li>
2161           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2162             registered correctly on import</li>
2163           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2164             certain alignments</li>
2165           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2166             existing annotation based 'use original colours'
2167             colourscheme loses original colours setting</li>
2168         </ul>
2169       </td>
2170     </tr>
2171     <tr>
2172       <td><div align="center">
2173           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2174             <em>30/1/2014</em></strong>
2175         </div></td>
2176       <td>
2177         <ul>
2178           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2179             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2180             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2181             open source project).
2182           </li>
2183           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2184           <li>Output in Stockholm format</li>
2185           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2186           <li>Export/import group and sequence associated line
2187             graph thresholds</li>
2188           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2189             ambiguity codes</li>
2190           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2191             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2192             works</li>
2193           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2194         </ul> <em>Other improvements</em>
2195         <ul>
2196           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2197           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2198             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2199           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2200             files</li>
2201           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2202           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2203             link but no description</li>
2204           <li>Select primary source when selecting authority in
2205             database fetcher GUI</li>
2206           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2207             Jalview</li>
2208           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2209         </ul>
2210       </td>
2211       <td>
2212         <ul>
2213           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2214             displayed</li>
2215           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2216             secondary structure annotation line</li>
2217           <li>Sequence database accessions not imported when
2218             fetching alignments from Rfam</li>
2219           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2220             identical IDs</li>
2221           <li>View all structures does not always superpose
2222             structures</li>
2223           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2224             reflect user or preset settings</li>
2225           <li>Null pointer exceptions for some services without
2226             presets or adjustable parameters</li>
2227           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2228             discover PDB xRefs</li>
2229           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2230             features with DAS</li>
2231           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2232             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2233           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2234             residue follows a gap</li>
2235           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2236             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2237           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2238             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2239           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2240             annotation already exists on alignment</li>
2241           <li>oninit javascript function should be called after
2242             initialisation completes</li>
2243           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2244             alignment window display</li>
2245           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2246           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2247             to annotation file</li>
2248           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2249             groups created</li>
2250           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2251             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2252           <li>Pressing return several times causes Number Format
2253             exceptions in keyboard mode</li>
2254           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2255             correct partitions for input data</li>
2256           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2257           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2258           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2259           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2260             mode</li>
2261           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2262             changes one row&#39;s threshold</li>
2263           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2264             doesn&#39;t open</li>
2265           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2266             quality histograms</li>
2267         </ul>
2268       </td>
2269     </tr>
2270     <tr>
2271       <td><div align="center">
2272           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2273         </div></td>
2274       <td><em>Application</em>
2275         <ul>
2276           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2277             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2278           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2279             preferences</li>
2280           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2281             in Jalview alignment window</li>
2282           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2283             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2284           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2285             RNA and ambiguity codes</li>
2286
2287           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2288           <li>Support fetching and database reference look up
2289             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2290             refs')</li>
2291           <li>Jalview project improvements
2292             <ul>
2293               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2294                 flag for annotation</li>
2295               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2296                 alignment</li>
2297               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2298                 Jalview project</li>
2299
2300             </ul>
2301           </li>
2302           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2303           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2304             running</li>
2305           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2306           <li>visual indication that web service results are still
2307             being retrieved from server</li>
2308           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2309             starts up for first time</li>
2310           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2311             services</li>
2312           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2313             client library</li>
2314           <li>Examples directory and Groovy library included in
2315             InstallAnywhere distribution</li>
2316         </ul> <em>Applet</em>
2317         <ul>
2318           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2319             visualization applet example</li>
2320         </ul> <em>General</em>
2321         <ul>
2322           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2323           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2324             defaults</li>
2325           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2326             calculation</li>
2327           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2328             matrices
2329           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2330             in HTML</li>
2331           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2332             structure contacts</li>
2333           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2334           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2335           <li>Parse sequence associated secondary structure
2336             information in Stockholm files</li>
2337           <li>HTML Export database accessions and annotation
2338             information presented in tooltip for sequences</li>
2339           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2340             style RNA alignment files</li>
2341           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2342             alignment</li>
2343           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2344             shade each sequence according to its associated alignment
2345             annotation</li>
2346           <li>New Jalview Logo</li>
2347         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2348         <ul>
2349           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2350           <li>New Website!</li>
2351         </ul></td>
2352       <td><em>Application</em>
2353         <ul>
2354           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2355             wsdbfetch REST service</li>
2356           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2357           <li>Filetype associations not installed for webstart
2358             launch</li>
2359           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2360             job execution in full once it is complete</li>
2361           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2362             uploaded via ali_file parameter</li>
2363           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2364           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2365           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2366             submitted for prediction</li>
2367           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2368             desktop window</li>
2369           <li>Putting fractional value into integer text box in
2370             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2371           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2372             windows 7</li>
2373           <li>View all structures fails with exception shown in
2374             structure view</li>
2375           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2376             escaped in a platform independent way</li>
2377           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2378             using proxy</li>
2379           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2380             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2381           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2382             failure when java web start temporary file caching is
2383             disabled</li>
2384           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2385             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2386           <li>Errors during processing of command line arguments
2387             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2388           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2389             DAS sources in sequence fetcher</li>
2390           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2391             dialog is shown</li>
2392           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2393           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2394           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2395           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2396             on OSX Mountain Lion</li>
2397           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2398             sequences with alignment annotation are pasted into the
2399             alignment</li>
2400           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2401             when loaded from Jalview project</li>
2402           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2403           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2404             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2405           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2406             associated with all views</li>
2407           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2408             annotation rows to new window</li>
2409         </ul> <em>Applet</em>
2410         <ul>
2411           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2412             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2413           <li>loading features via javascript API automatically
2414             enables feature display</li>
2415           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2416             work</li>
2417         </ul> <em>General</em>
2418         <ul>
2419           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2420           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2421             and then deselected</li>
2422           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2423           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2424             coloured with clustalx</li>
2425           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2426             exceptions and redraw errors</li>
2427           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2428             reconfigured view</li>
2429           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2430             colour</li>
2431           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2432             for lots of labels</li>
2433         </ul>
2434     </tr>
2435     <tr>
2436       <td>
2437         <div align="center">
2438           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2439         </div>
2440       </td>
2441       <td><em>Application</em>
2442         <ul>
2443           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2444           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2445           <li>View/alignment association menu to enable user to
2446             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2447             its colours/correspondences from</li>
2448           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2449           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2450             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2451           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2452           <li>Annotation row column label formatting attributes
2453             stored in project file</li>
2454           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2455             rows preserved in Jalview project file</li>
2456           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2457             saved using Desktop window menu</li>
2458           <li>Visual indication that command line arguments are
2459             still being processed</li>
2460           <li>Groovy script execution from URL</li>
2461           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2462             preferences</li>
2463           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2464             alignment with sequences that have high similarity and
2465             matching IDs</li>
2466           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2467           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2468             structures in same window</li>
2469           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2470           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2471             analysis function in its own submenu</li>
2472         </ul> <em>Applet</em>
2473         <ul>
2474           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2475             groups</li>
2476           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2477           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2478           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2479           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2480           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2481             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2482           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2483           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2484             parameters are treated as such</li>
2485           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2486             <ul>
2487               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2488               <li>Javascript callbacks for
2489                 <ul>
2490                   <li>Applet initialisation</li>
2491                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2492                 </ul>
2493               </li>
2494               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2495                 functions</li>
2496               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2497               <li>javascript structure viewer harness to pass
2498                 messages between Jmol and Jalview when running as
2499                 distinct applets</li>
2500               <li>sortBy method</li>
2501               <li>Set of applet and application examples shipped
2502                 with documentation</li>
2503               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2504                 javascript message exchange</li>
2505             </ul>
2506         </ul> <em>General</em>
2507         <ul>
2508           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2509             multiple alignments</li>
2510           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2511           <li>User configurable link to enable redirects to a
2512             www.Jalview.org mirror</li>
2513           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2514           <li>Configurable newline string when writing alignment
2515             and other flat files</li>
2516           <li>Allow alignment annotation description lines to
2517             contain html tags</li>
2518         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2519         <ul>
2520           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2521             examples</li>
2522           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2523             using a web service before displaying the result in the
2524             Jalview desktop</li>
2525           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2526           <li>Ant target to publish example html files with applet
2527             archive</li>
2528           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2529           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2530         </ul></td>
2531       <td><em>Application</em>
2532         <ul>
2533           <li>User defined colourscheme throws exception when
2534             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2535           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2536             dialog for valid filename/format</li>
2537           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2538           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2539             P37173</li>
2540           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2541             which sequence is to be associated with the file</li>
2542           <li>Find All raises null pointer exception when query
2543             only matches sequence IDs</li>
2544           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2545           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2546             2.4 cannot be loaded</li>
2547           <li>Filetype associations not installed for webstart
2548             launch</li>
2549           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2550             with sequences in different alignments do not get coloured
2551             by their associated sequence</li>
2552           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2553             not preserved when project is loaded</li>
2554           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2555             stored in Jalview project</li>
2556           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2557             Jalview project</li>
2558           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2559           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2560             by conservation</li>
2561           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2562             created on new view</li>
2563           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2564             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2565           <li>Alignment quality not updated after alignment
2566             annotation row is hidden then shown</li>
2567           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2568             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2569           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2570             properly</li>
2571           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2572             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2573           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2574           <li>Structures imported from file and saved in project
2575             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2576           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2577             job execution in full once it is complete</li>
2578         </ul> <em>Applet</em>
2579         <ul>
2580           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2581             annotation rows are displayed</li>
2582           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2583             codebase</li>
2584           <li>View follows highlighting does not work for positions
2585             in sequences</li>
2586           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2587           <li>Export features raises exception when no features
2588             exist</li>
2589           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2590             for javascript api is modified when separator string
2591             provided as parameter</li>
2592           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2593             alignment with no existing selection</li>
2594           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2595             to applet&#39;s codebase</li>
2596           <li>Status bar not updated after finished searching and
2597             search wraps around to first result</li>
2598           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2599             several Jalview applets causes race conditions and memory
2600             leaks</li>
2601           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2602             not sent from Jmol in applet</li>
2603           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2604             applet API fatally hang browser</li>
2605         </ul> <em>General</em>
2606         <ul>
2607           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2608             position with wrapped view and hidden regions</li>
2609           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2610             with/without hidden columns</li>
2611           <li>Sequence length given in alignment properties window
2612             is off by 1</li>
2613           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2614             import PDB like structure files</li>
2615           <li>Positional search results are only highlighted
2616             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2617           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2618           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2619             given sequence position</li>
2620           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2621             output</li>
2622           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2623             from nucleotide chains correctly</li>
2624           <li>Structure colours not updated when tree partition
2625             changed in alignment</li>
2626           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2627             parsed in interleaved stockholm</li>
2628           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2629             state</li>
2630           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2631             properly</li>
2632           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2633             properly associated with their pdb files</li>
2634         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2635         <ul>
2636           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2637             ApplyCopyright tool</li>
2638         </ul></td>
2639     </tr>
2640     <tr>
2641       <td>
2642         <div align="center">
2643           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2644         </div>
2645       </td>
2646       <td><em>Application</em>
2647         <ul>
2648           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2649             contact web services</li>
2650           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2651             service job window</li>
2652           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2653         </ul></td>
2654       <td>
2655         <ul>
2656           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2657             pir file emitted by Jalview</li>
2658           <li>Existing feature settings transferred to new
2659             alignment view created from cut'n'paste</li>
2660           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2661             parsing PDB files</li>
2662           <li>Consensus and conservation annotation rows
2663             occasionally become blank for all new windows</li>
2664           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2665             in wrapped view mode</li>
2666         </ul> <em>Application</em>
2667         <ul>
2668           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2669             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2670           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2671             parameter names</li>
2672           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2673             is down</li>
2674         </ul>
2675       </td>
2676     </tr>
2677     <tr>
2678       <td>
2679         <div align="center">
2680           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2681         </div>
2682       </td>
2683       <td><em>Application</em>
2684         <ul>
2685           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2686             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2687             (JABAWS)
2688           </li>
2689           <li>Web Services preference tab</li>
2690           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2691             preferences</li>
2692           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2693           <li>Superpose structures using associated sequence
2694             alignment</li>
2695           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2696             viewer</li>
2697         </ul> <em>Applet</em>
2698         <ul>
2699           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2700             link out mechanism</li>
2701         </ul> <em>Other</em>
2702         <ul>
2703           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2704             series 12</li>
2705           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2706             require Java 1.5</li>
2707           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2708             sequence annotation files</li>
2709           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2710             type colour specification</li>
2711           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2712             script to check if it being run in an interactive session or
2713             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2714         </ul></td>
2715       <td>
2716         <ul>
2717           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2718             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2719         </ul> <em>Application</em>
2720         <ul>
2721           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2722             selected Regions menu item</li>
2723           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2724             part of a valid accession ID</li>
2725           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2726             runs out of memory</li>
2727           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2728             analysis results</li>
2729           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2730             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2731           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2732         </ul> <em>Applet</em>
2733         <ul>
2734           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2735             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2736             defined.</li>
2737         </ul>
2738       </td>
2739     </tr>
2740     <tr>
2741       <td>
2742         <div align="center">
2743           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2744         </div>
2745       </td>
2746       <td></td>
2747       <td>
2748         <ul>
2749           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2750             sequence IDs</li>
2751           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2752             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2753           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2754             import correctly</li>
2755           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2756             number of columns are hidden</li>
2757           <li>annotation label popup menu not providing correct
2758             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2759             present</li>
2760           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2761             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2762           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2763             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2764
2765         </ul> <em>Applet</em>
2766         <ul>
2767           <li>annotation panel disappears when annotation is
2768             hidden/removed</li>
2769         </ul> <em>Application</em>
2770         <ul>
2771           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2772             alignment opened where annotation panel is visible but no
2773             annotations are present on alignment</li>
2774           <li>pasted region containing hidden columns is
2775             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2776           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2777             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2778           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2779             selected Rregions menu item.</li>
2780           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2781             'Un' or 'Non'conserved</li>
2782           <li>Sequence feature settings are being shared by
2783             multiple distinct alignments</li>
2784           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2785             changed</li>
2786           <li>double click on group annotation to select sequences
2787             does not propagate to associated trees</li>
2788           <li>Mac OSX specific issues:
2789             <ul>
2790               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2791                 window background</li>
2792               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2793                 name set correctly</li>
2794               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2795                 save feature colourscheme button</li>
2796             </ul>
2797           </li>
2798         </ul>
2799       </td>
2800     </tr>
2801     <tr>
2802
2803       <td>
2804         <div align="center">
2805           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2806         </div>
2807       </td>
2808       <td><em>New Capabilities</em>
2809         <ul>
2810           <li>URL links generated from description line for
2811             regular-expression based URL links (applet and application)
2812
2813           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2814             menu</li>
2815           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2816             structures</li>
2817           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2818             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2819           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2820             average score or total feature count for each sequence.</li>
2821           <li>Shading features by score or associated description</li>
2822           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2823             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2824           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2825             hide everything but the currently selected region.</li>
2826           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2827         </ul> <em>Application</em>
2828         <ul>
2829           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2830             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2831           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2832             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2833           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2834             database references and protein_name is parsed as
2835             description line (BioSapiens terms).</li>
2836           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2837             references in sequence ID tooltip from View menu in
2838             application.</li>
2839           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2840       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2841           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2842             conservation plots</li>
2843           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2844             and visualized as sequence logos</li>
2845           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2846             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2847           </li>
2848           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2849             when a new tree is opened.</li>
2850           <li>Jalview Java Console</li>
2851           <li>Better placement of desktop window when moving
2852             between different screens.</li>
2853           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2854             consensus annotation</li>
2855           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2856             Workflows</li>
2857           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2858             <ul>
2859               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2860                 used to preserve views, structures, and tree display
2861                 settings)</li>
2862               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2863                 command line</li>
2864               <li>Sharing of selected regions between views and
2865                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2866               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2867             </ul></li>
2868         </ul> <em>Applet</em>
2869         <ul>
2870           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2871           <li>New Parameters
2872             <ul>
2873               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2874                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2875                 opened.</li>
2876               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2877                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2878               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2879                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2880               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2881                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2882                 view</li>
2883               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2884                 increase the height or width of a cell in the alignment
2885                 grid relative to the current font size.</li>
2886             </ul>
2887           </li>
2888           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2889             tooltip</li>
2890         </ul> <em>Other</em>
2891         <ul>
2892           <li>Features format: graduated colour definitions and
2893             specification of feature scores</li>
2894           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2895             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2896             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2897           <li>XML formats extended to support graduated feature
2898             colourschemes, group associated annotation, and profile
2899             visualization settings.</li></td>
2900       <td>
2901         <ul>
2902           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2903             rather than description</li>
2904           <li>Non-positional features are now included in sequence
2905             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2906             visibility in tooltip).</li>
2907           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2908           <li>Added URL embedding instructions to features file
2909             documentation.</li>
2910           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2911             'X' in peptide product</li>
2912           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2913             sequence ID and sequence string and query strings do not
2914             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2915           <li>AMSA files only contain first column of
2916             multi-character column annotation labels</li>
2917           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2918             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2919             exported and re-imported)</li>
2920           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2921             name</li>
2922           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2923             as subsequence matches, and correctly reports total number
2924             of both.</li>
2925           <li>Application:
2926             <ul>
2927               <li>Better handling of exceptions during sequence
2928                 retrieval</li>
2929               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2930                 link text excludes the start_end suffix</li>
2931               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2932                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2933               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2934               <li>Sequence description lines properly shared via
2935                 VAMSAS</li>
2936               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2937                 data sources</li>
2938               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2939                 completes before alignment figures are generated.</li>
2940               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2941                 first time.</li>
2942               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2943                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2944               <li>User defined group colours properly recovered
2945                 from Jalview projects.</li>
2946             </ul>
2947           </li>
2948         </ul>
2949       </td>
2950
2951     </tr>
2952     <tr>
2953       <td>
2954         <div align="center">
2955           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2956         </div>
2957       </td>
2958       <td>
2959         <ul>
2960           <li>Experimental support for google analytics usage
2961             tracking.</li>
2962           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2963         </ul>
2964       </td>
2965       <td>
2966         <ul>
2967           <li>Race condition in applet preventing startup in
2968             jre1.6.0u12+.</li>
2969           <li>Exception when feature created from selection beyond
2970             length of sequence.</li>
2971           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2972           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2973             all sequences with a given id</li>
2974           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2975             ID string searches</li>
2976           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2977             alignment to fail with exception</li>
2978         </ul> <em>Application Issues</em>
2979         <ul>
2980           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2981           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2982             data sources</li>
2983         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2984         <ul>
2985           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2986             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2987           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2988             version (java class versioning error fixed)</li>
2989         </ul>
2990       </td>
2991     </tr>
2992     <tr>
2993       <td>
2994
2995         <div align="center">
2996           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2997         </div>
2998       </td>
2999       <td><em>User Interface</em>
3000         <ul>
3001           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3002             translation and protein products</li>
3003           <li>Linked highlighting of structure associated with
3004             residue mapping to codon position</li>
3005           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3006             and 'clear' button</li>
3007           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3008             Tools menu</li>
3009           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3010             numeric data in description line</li>
3011           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3012           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3013             of sequence</li>
3014         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3015         <ul>
3016           <li>JPred3 web service</li>
3017           <li>Prototype sequence search client (no public services
3018             available yet)</li>
3019           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3020             PFAM</li>
3021           <li>URL Links created for matching database cross
3022             references as well as sequence ID</li>
3023           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3024         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3025         <ul>
3026           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3027             databases</li>
3028           <li>Generalised database reference retrieval and
3029             validation to all fetchable databases</li>
3030           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3031             sequence command</li>
3032         </ul> <em>Import and Export</em>
3033         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3034         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3035           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3036         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3037           File</li>
3038         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3039           triplet as name of colourscheme</li>
3040         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3041         <ul>
3042           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3043           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3044             alignments (experimental)</li>
3045           <li>Create new or select existing session to join</li>
3046           <li>load and save of vamsas documents</li>
3047         </ul> <em>Application command line</em>
3048         <ul>
3049           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3050             from applet)</li>
3051           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3052             of DAS servers to query for alignment features</li>
3053           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3054             that are also automatically queried for features</li>
3055           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3056             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3057         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3058         <ul>
3059           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3060             application (when using &quot;View in full
3061             application&quot;)</li>
3062         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3063         <ul>
3064           <li>feature group display control parameter</li>
3065           <li>debug parameter</li>
3066           <li>showbutton parameter</li>
3067         </ul> <em>Applet API methods</em>
3068         <ul>
3069           <li>newView public method</li>
3070           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3071           <li>Feature display control methods</li>
3072           <li>get list of currently selected sequences</li>
3073         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3074         <ul>
3075           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3076           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3077             Jalview release.</li>
3078           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3079             property controls execution of obfuscator</li>
3080           <li>Build target for generating source distribution</li>
3081           <li>Debug flag for javacc</li>
3082           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3083             jalview.bin.Cache</li>
3084           <li>Continuous Build Integration for stable and
3085             development version of Application, Applet and source
3086             distribution</li>
3087         </ul></td>
3088       <td>
3089         <ul>
3090           <li>selected region output includes visible annotations
3091             (for certain formats)</li>
3092           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3093             for editing</li>
3094           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3095           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3096           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3097           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3098             comments</li>
3099           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3100             filenames containing a ':'</li>
3101           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3102             global sequence features</li>
3103           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3104             references from alignment sequences goes to zero</li>
3105           <li>Close of tree branch colour box without colour
3106             selection causes cascading exceptions</li>
3107           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3108           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3109             file parsing fails.</li>
3110           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3111           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3112             not a valid output format</li>
3113           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3114             vamsas</li>
3115           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3116           <li>error messages passed up and output when data read
3117             fails</li>
3118           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3119             sequence is edited</li>
3120           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3121             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3122           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3123             filetype</li>
3124           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3125             import fixed for PFAM records</li>
3126           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3127             window list</li>
3128           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3129             can be read and written correctly to annotation file</li>
3130           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3131             correctly</li>
3132           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3133             non-italic font for representatives in Applet</li>
3134           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3135             Macs.</li>
3136           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3137             Applet)</li>
3138           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3139             due to null pointer exceptions</li>
3140           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3141             first column of alignment</li>
3142           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3143             July 2008</li>
3144           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3145             file is case-insensitive</li>
3146           <li>Sequence features read from Features file appended to
3147             all sequences with matching IDs</li>
3148           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3149             containing a sub-sequence</li>
3150           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3151           <li>feature and annotation file applet parameters
3152             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3153           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3154           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3155             splash-screen version check to complete</li>
3156           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3157             when passing them to the launchApp service</li>
3158           <li>display name and local features preserved in results
3159             retrieved from web service</li>
3160           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3161             sequence fetcher initialisation</li>
3162           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3163             dasobert DAS client</li>
3164           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3165             association</li>
3166           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3167             sequences
3168           </li>
3169         </ul>
3170       </td>
3171     </tr>
3172     <tr>
3173       <td>
3174         <div align="center">
3175           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3176         </div>
3177       </td>
3178       <td>
3179         <ul>
3180           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3181           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3182           <li>Slide sequences</li>
3183           <li>Edit sequence in place</li>
3184           <li>EMBL CDS features</li>
3185           <li>DAS Feature mapping</li>
3186           <li>Feature ordering</li>
3187           <li>Alignment Properties</li>
3188           <li>Annotation Scores</li>
3189           <li>Sort by scores</li>
3190           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3191         </ul>
3192       </td>
3193       <td>
3194         <ul>
3195           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3196           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3197           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3198           <li>Feature group display state in XML</li>
3199           <li>Feature ordering in XML</li>
3200           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3201           <li>Stockholm alignment properties</li>
3202           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3203           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3204           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3205           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3206         </ul>
3207       </td>
3208
3209     </tr>
3210     <tr>
3211       <td>
3212         <div align="center">
3213           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3214         </div>
3215       </td>
3216       <td>
3217         <ul>
3218           <li>Non standard characters can be read and displayed
3219           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3220             applet via textbox
3221           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3222             name &amp; description
3223           <li>Preference setting to display sequence name in
3224             italics
3225           <li>Annotation file format extended to allow
3226             Sequence_groups to be defined
3227           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3228             specified in preferences
3229           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3230             sequences
3231         </ul>
3232       </td>
3233       <td>
3234         <ul>
3235           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3236             installed
3237           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3238           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3239         </ul>
3240       </td>
3241     </tr>
3242     <tr>
3243       <td>
3244         <div align="center">
3245           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3246         </div>
3247       </td>
3248       <td>
3249         <ul>
3250           <li>Multiple views on alignment
3251           <li>Sequence feature editing
3252           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3253           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3254           <li>Background dependent text colour
3255           <li>Right align sequence ids
3256           <li>User-defined lower case residue colours
3257           <li>Format Menu
3258           <li>Select Menu
3259           <li>Menu item accelerator keys
3260           <li>Control-V pastes to current alignment
3261           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3262           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3263           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3264
3265           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3266         </ul>
3267       </td>
3268       <td>
3269         <ul>
3270           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3271           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3272             calculations
3273           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3274             edits
3275           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3276             of alignment)
3277           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3278
3279           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3280             display correctly
3281           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3282           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3283             analysis results
3284           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3285             &#8739;
3286           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3287           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3288           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3289
3290         </ul>
3291       </td>
3292     </tr>
3293     <tr>
3294       <td>
3295         <div align="center">
3296           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3297         </div>
3298       </td>
3299       <td>
3300         <ul>
3301           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3302         </ul>
3303       </td>
3304       <td>
3305         <ul>
3306           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3307             sequence id panel has been resized</li>
3308           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3309             rendered</li>
3310           <li>Annotation files with sequence references - all
3311             elements in file are relative to sequence position</li>
3312           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3313         </ul>
3314       </td>
3315     </tr>
3316     <tr>
3317       <td>
3318         <div align="center">
3319           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3320         </div>
3321       </td>
3322       <td>
3323         <ul>
3324           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3325           <li>DAS Feature fetching</li>
3326           <li>Hide sequences and columns</li>
3327           <li>Export Annotations and Features</li>
3328           <li>GFF file reading / writing</li>
3329           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3330             files</li>
3331           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3332           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3333           <li>Applet can launch the full application</li>
3334           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3335             required)</li>
3336           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3337           <li>Applet can load sequences from parameter
3338             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3339           </li>
3340         </ul>
3341       </td>
3342       <td>
3343         <ul>
3344           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3345           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3346           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3347         </ul>
3348       </td>
3349     </tr>
3350     <tr>
3351       <td>
3352         <div align="center">
3353           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3354         </div>
3355       </td>
3356       <td>
3357         <ul>
3358           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3359           <li>Choose to match case when searching</li>
3360           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3361             expand the visible width and height of the alignment</li>
3362         </ul>
3363       </td>
3364       <td>
3365         <ul>
3366           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3367         </ul>
3368       </td>
3369     </tr>
3370     <tr>
3371       <td>
3372         <div align="center">
3373           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3374         </div>
3375       </td>
3376       <td>&nbsp;</td>
3377       <td>
3378         <ul>
3379           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3380           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3381             value</li>
3382         </ul>
3383       </td>
3384     </tr>
3385     <tr>
3386       <td>
3387         <div align="center">
3388           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3389         </div>
3390       </td>
3391       <td>
3392         <ul>
3393           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3394           <li>Keyboard editing</li>
3395           <li>Create sequence features from searches</li>
3396           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3397             alignments</li>
3398           <li>Features file allows grouping of features</li>
3399           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3400           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3401           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3402         </ul>
3403       </td>
3404       <td>
3405         <ul>
3406           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3407           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3408             descriptions saved.</li>
3409         </ul>
3410       </td>
3411     </tr>
3412     <tr>
3413       <td>
3414         <div align="center">
3415           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3416         </div>
3417       </td>
3418       <td>
3419         <ul>
3420           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3421           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3422           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3423             name for file output</li>
3424           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3425           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3426             used for HTML form input</li>
3427         </ul>
3428       </td>
3429       <td>
3430         <ul>
3431           <li>HTML output writes groups and features</li>
3432           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3433           <li>File IO bugs</li>
3434         </ul>
3435       </td>
3436     </tr>
3437     <tr>
3438       <td>
3439         <div align="center">
3440           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3441         </div>
3442       </td>
3443       <td>
3444         <ul>
3445           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3446           <li>More options for PCA viewer</li>
3447         </ul>
3448       </td>
3449       <td>
3450         <ul>
3451           <li>GUI bugs resolved</li>
3452           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3453         </ul>
3454       </td>
3455     </tr>
3456     <tr>
3457       <td height="63">
3458         <div align="center">
3459           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3460         </div>
3461       </td>
3462       <td>
3463         <ul>
3464           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3465           <li>Jar files are executable</li>
3466           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3467         </ul>
3468       </td>
3469       <td>
3470         <ul>
3471           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3472           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3473           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3474         </ul>
3475       </td>
3476     </tr>
3477     <tr>
3478       <td>
3479         <div align="center">
3480           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3481         </div>
3482       </td>
3483       <td>
3484         <ul>
3485           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3486         </ul>
3487       </td>
3488       <td>
3489         <ul>
3490           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3491         </ul>
3492       </td>
3493     </tr>
3494     <tr>
3495       <td>
3496         <div align="center">
3497           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3498         </div>
3499       </td>
3500       <td>
3501         <ul>
3502           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3503             size</li>
3504         </ul>
3505       </td>
3506       <td>
3507         <ul>
3508           <li>Improved JPred client reliability</li>
3509           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3510         </ul>
3511       </td>
3512     </tr>
3513     <tr>
3514       <td>
3515         <div align="center">
3516           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3517         </div>
3518       </td>
3519       <td>
3520         <ul>
3521           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3522           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3523           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3524             to Colour Menu</li>
3525           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3526           <li>Unix users can set default web browser</li>
3527           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3528           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3529         </ul>
3530       </td>
3531       <td>
3532         <ul>
3533           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3534         </ul>
3535       </td>
3536     </tr>
3537     <tr>
3538       <td>
3539         <div align="center">
3540           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3541         </div>
3542       </td>
3543       <td>&nbsp;</td>
3544       <td>
3545         <ul>
3546           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3547             alignment order.</li>
3548         </ul>
3549       </td>
3550     </tr>
3551     <tr>
3552       <td>
3553         <div align="center">
3554           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3555         </div>
3556       </td>
3557       <td>
3558         <ul>
3559           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3560           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3561           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3562             annotations.</li>
3563           <li>Version and build date written to build properties
3564             file.</li>
3565           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3566             at launch of Jalview.</li>
3567         </ul>
3568       </td>
3569       <td>
3570         <ul>
3571           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3572           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3573           <li>Can remove groups one by one.</li>
3574           <li>Filechooser icons installed.</li>
3575           <li>Finder ignores return character when searching.
3576             Return key will initiate a search.<br>
3577           </li>
3578         </ul>
3579       </td>
3580     </tr>
3581     <tr>
3582       <td>
3583         <div align="center">
3584           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3585         </div>
3586       </td>
3587       <td>
3588         <ul>
3589           <li>New codebase</li>
3590         </ul>
3591       </td>
3592       <td>&nbsp;</td>
3593     </tr>
3594   </table>
3595   <p>&nbsp;</p>
3596 </body>
3597 </html>