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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>1/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->Structure Chooser controls to
  81               control superposition of multiple structures and open
  82               structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
  99               of features
 100             </li>
 101           </ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 108               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 112               overlapping alignment panel
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 116               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 120               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 124               columns in annotation row
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
 128               honored in interactive and batch mode
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 132               for structures added to existing Jmol view
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 136               entries after importing project with multiple views
 137             </li>
 138             <li>
 139               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 140               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 141               with negative residue numbers or missing residues fails
 142             </li>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 145               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 146               as generated by CONSURF)
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 150               very slow for alignments with large numbers of sequences
 151             </li>
 152             <li><!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus with 'StringIndexOutOfBounds'</li>
 153             <li><em>New Defects</em>
 154             <ul>
 155                 <li>
 156                   <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 157                   structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 158                   Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 159                   2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 160                 </li>
 161               </ul>
 162           </ul>
 163           <em>Applet</em>
 164           <ul>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 167               should copy the group consensus when popup is opened on it
 168             </li>
 169
 170           </ul>
 171           <em>New Known Defects</em>
 172           <ul>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 175               editing a large alignment and overview is displayed
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 179               repeatedly after a series of edits even when the overview
 180               is no longer reflecting updates
 181             </li>
 182           </ul>
 183         </div>
 184           </td>
 185     </tr>
 186     <tr>
 187       <td width="60" nowrap>
 188         <div align="center">
 189           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 190         </div>
 191       </td>
 192       <td><div align="left">
 193           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 194               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 195       <td><div align="left">
 196           <em>Desktop</em><ul>
 197           <ul>
 198             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 199             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 200             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 201             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 202             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 203             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 204             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 205           </ul>
 206           </div>
 207       </td>
 208     </tr>
 209     <tr>
 210       <td width="60" nowrap>
 211         <div align="center">
 212           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 213         </div>
 214       </td>
 215       <td><div align="left">
 216           <em></em>
 217           <ul>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 220               rendering of sequence features
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 224               429 rate limit request hander
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 228               their colours have changed
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 232               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 236               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 240               view from Ensembl locus cross-references
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 244               Alignment report
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 248               feature can be disabled
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 252               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 256               Uniprot
 257             </li>
 258           </ul>
 259           <em>Scripting</em>
 260           <ul>
 261             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 262             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 263               percent identity scores for current alignment.</li>
 264           </ul>
 265           <em>Testing and Deployment</em>
 266           <ul>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 269             </li>
 270           </ul>
 271         </div></td>
 272       <td><div align="left">
 273           <em>General</em>
 274           <ul>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 277               threshold text field doesn't trigger an update to the
 278               alignment view
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 282               strings in parallel
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 286               alignment window is closed
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 290               group visibility
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 294               takes a long time in Cursor mode
 295             </li>
 296           </ul>
 297           <em>Desktop</em>
 298           <ul>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 301               cannot be viewed in Chimera
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 305               CDS/Protein view
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 309               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 310               Search Dialogs
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 320               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 324               scrolling right in unwapped alignment view
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 328               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 329               database
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 333               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 337               features of same type and group to be selected for
 338               amending
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 342               alignments when hidden columns are present
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 346               displaying several structures
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 350               moving a window
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 354               within the Jalview desktop on OSX
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 358               when in wrapped alignment mode
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 362               hand end of alignment
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 366               each selected sequence do not have correct start/end
 367               positions
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 371               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 375               restoring project until a new view is created
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 379               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 380               configured (since 2.10.2b2)
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 384               position is adjusted
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 388               in a multi-chain structure when viewing alignment
 389               involving more than one chain (since 2.10)
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 393               if new selection moves alignment window
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 397               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 401               that produces correctly annotated transcripts and products
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 405               doesn't update associated structure view
 406             </li>
 407           </ul>
 408           <em>Applet</em><br />
 409           <ul>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 412               closing alignment panel
 413             </li>
 414           </ul>
 415           <em>BioJSON</em><br />
 416           <ul>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 419               non-positional features
 420             </li>
 421           </ul>
 422           <em>New Known Issues</em>
 423           <ul>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 426               sequence features correctly (for many previous versions of
 427               Jalview)
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 431               using cursor in wrapped panel other than top
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 435               graduated colour threshold
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 439               always preserve numbering and sequence features
 440             </li>
 441           </ul>
 442           <em>Known Java 9 Issues</em>
 443           <ul>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 446               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 447               9.01, OSX 10.10)
 448             </li>
 449           </ul>
 450         </div></td>
 451     </tr>
 452     <tr>
 453       <td width="60" nowrap>
 454         <div align="center">
 455           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 456             <em>2/10/2017</em></strong>
 457         </div>
 458       </td>
 459       <td><div align="left">
 460           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 461           <ul>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 464             </li>
 465             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 466             </li>
 467           </ul>
 468         </div></td>
 469       <td><div align="left">
 470         </div></td>
 471     </tr>
 472     <tr>
 473       <td width="60" nowrap>
 474         <div align="center">
 475           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 476             <em>7/9/2017</em></strong>
 477         </div>
 478       </td>
 479       <td><div align="left">
 480           <em></em>
 481           <ul>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 484               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 485               white)
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 489               Preferences
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 493               in size and progress bar shown as higher resolution
 494               overview is recalculated
 495             </li>
 496
 497           </ul>
 498         </div></td>
 499       <td><div align="left">
 500           <em></em>
 501           <ul>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 504               column region row by row
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 508               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 512               format setting is unticked
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 516               if group has show boxes format setting unticked
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 520               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 521               include sequences and columns not currently displayed
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 525               assemblies are imported via CIF file
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 529               displayed when threshold or conservation colouring is also
 530               enabled.
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 534               server version
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 538               dragging a selected region off the visible region of the
 539               alignment
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 543               colourscheme to all groups in a view
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 547               initially after font size change using the Font chooser or
 548               middle-mouse zoom
 549             </li>
 550           </ul>
 551         </div></td>
 552     </tr>
 553     <tr>
 554       <td width="60" nowrap>
 555         <div align="center">
 556           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 557         </div>
 558       </td>
 559       <td><div align="left">
 560           <em>Calculations</em>
 561           <ul>
 562
 563             <li>
 564               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 565               ungapped positions in each column of the alignment.
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 569               a calculation dialog box
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 573               and memory efficiency (~30x faster)
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 577               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 578               and other calculations
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 582               files within the Jalview codebase
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 586               Similarity may have different topology due to increased
 587               precision
 588             </li>
 589           </ul>
 590           <em>Rendering</em>
 591           <ul>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 594               model for alignments and groups
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 598               scripts
 599             </li>
 600           </ul>
 601           <em>Overview</em>
 602           <ul>
 603             <li>
 604               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 605               with alignment and overview windows
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 609               overview
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 613               omitted in Overview
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 617               adjustment of visible position
 618             </li>
 619           </ul>
 620
 621           <em>Data import/export</em>
 622           <ul>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 625               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 629               annotation input/output via stockholm flatfile
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 633               extension when importing structure files without embedded
 634               names or PDB accessions
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 638               format sequence substitution matrices
 639             </li>
 640           </ul>
 641           <em>User Interface</em>
 642           <ul>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 645               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 646               the application.
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 650               via Overview or sequence motif search operations
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 654               opened by double clicking gaps within sequence feature
 655               extent
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 659               aligned positions were available to create a 3D structure
 660               superposition.
 661             </li>
 662           </ul>
 663           <em>3D Structure</em>
 664           <ul>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 667               coloured in linked structure views
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 671               file-based command exchange
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 675               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 676               structures are already available for sequences
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 680               the Jalview project rather than downloaded again when the
 681               project is reopened.
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 685               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 686               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 687                 Feature</strong>)
 688             </li>
 689           </ul>
 690           <em>Web Services</em>
 691           <ul>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 697               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 698               Analysis services
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 702               cross-references provided by identifiers.org and the
 703               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 704             </li>
 705           </ul>
 706
 707           <em>Scripting</em>
 708           <ul>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 711               identifying file formats (instead of String constants)
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 715               efficiency when counting all displayed features (not
 716               backwards compatible with 2.10.1)
 717             </li>
 718           </ul>
 719           <em>Example files</em>
 720           <ul>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 723               included in the example feature file
 724             </li>
 725           </ul>
 726           <em>Documentation</em>
 727           <ul>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 730               with the built-in Java help viewer
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 734               sequence description' option
 735             </li>
 736           </ul>
 737           <em>Test Suite</em>
 738           <ul>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 741               Uniprot REST Free Text Search Client
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 748               during tests
 749             </li>
 750           </ul>
 751         </div></td>
 752       <td><div align="left">
 753           <em>Calculations</em>
 754           <ul>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 757               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 758               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 759             </li>
 760             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 761               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 762               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 763               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 764               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 765               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 766               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 767               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 768               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 769               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 770               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 771               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 772               // for 2.10.1 mode <br />
 773               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 774               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 775                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 776                 calculations (not recommended)</em></li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 779               scaling of branch lengths for trees computed using
 780               Sequence Feature Similarity.
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 784               generating output report when working with highly
 785               redundant alignments
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 789               right of selected region when gaps present on right-hand
 790               boundary
 791             </li>
 792           </ul>
 793           <em>User Interface</em>
 794           <ul>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 797               doesn't reselect a specific sequence's associated
 798               annotation after it was used for colouring a view
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 802               opened on a region of alignment without groups
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 806               of an alignment with overlapping groups
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 810               name and description match
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 814               hidden regions results in incorrect hidden regions
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 818               changing colour does not apply Conservation slider value
 819               to all groups
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 823               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 827               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 831               gaps before start of features
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 835               restored to UI when feature colour is edited
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 839               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 843               as graduate feature colour settings are modified via the
 844               dialog box
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 848               when a group defined on the alignment is resized
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 852               wrapped view result in positional status updates
 853             </li>
 854
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 857               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 861               alignment included gapped columns
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 865               widgets don't permanently disappear
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 869               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 870               T-Coffee column reliability scores)
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 874               sequence feature on gaps only
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 878               button from a Find inherit previously defined feature type
 879               rather than the Find query string
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 883               exporting tree calculated in Jalview
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 887               and then revealing them reorders sequences on the
 888               alignment
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 892               doesn't update to reflect available set of groups after
 893               interactively adding or modifying features
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 897               Linux
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 901               only excluded gaps in current sequence and ignored
 902               selection.
 903             </li>
 904           </ul>
 905           <em>Rendering</em>
 906           <ul>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 909               erratically when hidden rows or columns are present
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 913               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 914               sequence colouring
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 918               colour and group colour menu for protein alignments
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 922               reflect currently selected view or group's shading
 923               thresholds
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 927               when rendered on overview and structures when opacity at
 928               100%
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 932               overview when features overlaid on alignment
 933             </li>
 934           </ul>
 935           <em>Data import/export</em>
 936           <ul>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 939               load
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 943               added after a sequence was imported are not written to
 944               Stockholm File
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 948               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 952               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 956               with lightGray or darkGray via features file (but can
 957               specify lightgray)
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 961               when alignment view imported from project
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 965               structure and sequences extracted from structure files
 966               imported via URL and viewed in Jmol
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 970               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 971               the project is loaded and the structure viewed
 972             </li>
 973           </ul>
 974           <em>Web Services</em>
 975           <ul>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 978               release of Ensembl v.88
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 982               appear enabled in Preferences->Connections
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 986               removed from console output
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 990               Ensembl by Peptide ID
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 994               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 995               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 996               due to 'null' string rather than empty string used for
 997               residues with no corresponding PDB mapping).
 998             </li>
 999           </ul>
1000           <em>Application UI</em>
1001           <ul>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1004               menu
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1008               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1009               new documentation and tooltips added)
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1013               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1017               new features are added to alignment
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1021               changes to feature colours via the Amend features dialog
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1025               edit graduated feature colour via amend features dialog
1026               box
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1030               selection menu changes colours of alignment views
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1034               from alignment calculation workers after alignment has
1035               been closed
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1039               groups now 'Create Group'
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1043               Create/Undefine group doesn't always work
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1047               shown again after pressing 'Cancel'
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1051               adjusts start position in wrap mode
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1055               ambiguous amino acids
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1059               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1060               proteins
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1064               Defined' don't appear in Colours menu
1065             </li>
1066           </ul>
1067           <em>Applet</em>
1068           <ul>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1071               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1075               overview or linked structure view
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1079               work (since 2.8)
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1083               user-defined colourscheme doesn't restore original
1084               colourscheme
1085             </li>
1086           </ul>
1087           <em>Test Suite</em>
1088           <ul>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1091               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1095               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1096               problems with deep array comparison equality asserts in
1097               successive versions of TestNG
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1101               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1102             </li>
1103           </ul>
1104           <em>New Known Issues</em>
1105           <ul>
1106             <li>
1107               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1108               phase after a sequence motif find operation
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1112               containing just upper and lower case letters are
1113               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1117               reliably from eggnog Ortholog database
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1121               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1122               to mark columns containing highlighted regions.
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1126               doesn't always add secondary structure annotation.
1127             </li>
1128           </ul>
1129         </div>
1130     <tr>
1131       <td width="60" nowrap>
1132         <div align="center">
1133           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1134         </div>
1135       </td>
1136       <td><div align="left">
1137           <em>General</em>
1138           <ul>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1141               for all consensus calculations
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1145               3rd Oct 2016)
1146             </li>
1147             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1148               for 2016-2017</li>
1149           </ul>
1150           <em>Application</em>
1151           <ul>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1154               set of database cross-references, sorted alphabetically
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1158               from database cross references. Users with custom links
1159               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1160                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1164               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1165               Chimera session
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1169               the Chimera it is connected to is shut down
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1173               columns menu item to mark columns containing highlighted
1174               regions (e.g. from structure selections or results of a
1175               Find operation)
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1179               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1180               MSAviewer
1181             </li>
1182           </ul>
1183         </div></td>
1184       <td>
1185         <div align="left">
1186           <em>General</em>
1187           <ul>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1190               are not coloured or thresholded according to percent
1191               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1195               hydrophobic
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1199               threshold, amino acid properties)
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1203               reported as mapped to residues in a structure file in the
1204               View Mapping report
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1208               could be added multiple times to a sequence
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1212               bond features shown as two highlighted residues rather
1213               than a range in linked structure views, and treated
1214               correctly when selecting and computing trees from features
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1218               cross-references are matched to database name regardless
1219               of case
1220             </li>
1221
1222           </ul>
1223           <em>Application</em>
1224           <ul>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1227               names without regular expressions also offer links from
1228               Sequence ID
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1232               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1233               update Jalview configuration
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1237               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1241               files with similarly named sequences if dropped onto the
1242               alignment
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1246               entries where more chains exist in the PDB accession than
1247               are reported in the SIFTS file
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1251               the structure view when displayed with Chimera
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1255               panel's View->Show Chains submenu
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1259               work for wrapped alignment views
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1263               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1267               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1268               first annotation row
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1272               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1276               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1277             </li>
1278             <!-- JAL-2319 -->
1279             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1280             coordindate data
1281             </li>
1282           </ul>
1283           <!--           <em>New Known Issues</em>
1284           <ul>
1285             <li></li>
1286           </ul> -->
1287         </div>
1288       </td>
1289     </tr>
1290     <td width="60" nowrap>
1291       <div align="center">
1292         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1293           <em>25/10/2016</em></strong>
1294       </div>
1295     </td>
1296     <td><em>Application</em>
1297       <ul>
1298         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1299           view if structures already loaded</li>
1300         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1301           structure views</li>
1302       </ul></td>
1303     <td>
1304       <div align="left">
1305         <em>General</em>
1306         <ul>
1307           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1308             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1309           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1310             example sequences/projects/trees</li>
1311         </ul>
1312         <em>Application</em>
1313         <ul>
1314           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1315             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1316           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1317             without timeout for structures with multiple models or
1318             multiple sequences in alignment</li>
1319           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1320             PDB ID HEADER line</li>
1321           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1322             is performed</li>
1323           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1324             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1325           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1326           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1327             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1328             option</li>
1329           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1330             is created on the alignment</li>
1331           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1332             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1333             pop-up menu</li>
1334         </ul>
1335         <em>Build and deployment</em>
1336         <ul>
1337           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1338             tags</li>
1339         </ul>
1340         <em>New Known Issues</em>
1341         <ul>
1342           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1343             on Windows</li>
1344         </ul>
1345       </div>
1346     </td>
1347     </tr>
1348     <tr>
1349       <td width="60" nowrap>
1350         <div align="center">
1351           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1352         </div>
1353       </td>
1354       <td><em>General</em>
1355         <ul>
1356           <li>
1357             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1358           </li>
1359           <li>
1360             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1361             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1362             better PDB parsing.
1363           </li>
1364           <li>
1365             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1366             reference sequence
1367           </li>
1368           <li>
1369             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1370             mousing over sequence associated annotation
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1374             for manual entry
1375           </li>
1376           <li>
1377             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1378             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1379             for each column
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1383             showing or hiding columns containing a feature
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1387             group and sequence associated annotation labels
1388           </li>
1389           <li>
1390             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1391             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1392             dialogs
1393           </li>
1394
1395         </ul> <em>Application</em>
1396         <ul>
1397           <li>
1398             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1399             gene/transcript view
1400           </li>
1401           <li>
1402             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1403             dialog
1404           </li>
1405           <li>
1406             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1407             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1408           </li>
1409           <li>
1410             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1411             Pfam sources to xfam.org
1412           </li>
1413           <li>
1414             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1415           </li>
1416           <li>
1417             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1418             over sequences in Jalview
1419           </li>
1420           <li>
1421             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1422             regions in ENA and EMBL
1423           </li>
1424           <li>
1425             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1426             for record retrieval via ENA rest API
1427           </li>
1428           <li>
1429             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1430             complement operator
1431           </li>
1432           <li>
1433             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1434             groovy script execution
1435           </li>
1436           <li>
1437             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1438             alignment window's Calculate menu
1439           </li>
1440           <li>
1441             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1442             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1443           </li>
1444           <li>
1445             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1446             calculation workers from groovy scripts
1447           </li>
1448           <li>
1449             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1450             Jalview projects
1451           </li>
1452           <li>
1453             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1454             associations are now saved/restored from project
1455           </li>
1456           <li>
1457             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1458             before sequence fetcher is opened
1459           </li>
1460           <li>
1461             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1462             database chooser opens a sequence fetcher
1463           </li>
1464           <li>
1465             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1466             the UniProt REST API
1467           </li>
1468           <li>
1469             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1470             the news reader opening
1471           </li>
1472           <li>
1473             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1474             querying stored in preferences
1475           </li>
1476           <li>
1477             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1478             search results
1479           </li>
1480           <li>
1481             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1482           </li>
1483           <li>
1484             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1485             menu for nucleotide sequences
1486           </li>
1487           <li>
1488             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1489             and feature counts preserves alignment ordering (and
1490             debugged for complex feature sets).
1491           </li>
1492           <li>
1493             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1494             viewing structures with Jalview 2.10
1495           </li>
1496           <li>
1497             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1498             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1499             Ensembl Genomes REST API
1500           </li>
1501           <li>
1502             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1503             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1504             (Ensembl)
1505           </li>
1506           <li>
1507             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1508             sequences
1509           </li>
1510           <li>
1511             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1512             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1513             data from external database records.
1514           </li>
1515           <li>
1516             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1517             efficient recovery of sequence coding and alignment
1518             annotation relationships.
1519           </li>
1520         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1521         <ul>
1522           <li>
1523             -- JAL---
1524           </li>
1525         </ul> --></td>
1526       <td>
1527         <div align="left">
1528           <em>General</em>
1529           <ul>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1532               menu on OSX
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1536               includes graduated colourschemes
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1540               working with big alignments and lots of hidden columns
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1544               at right of alignment window
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1548               contents
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1552               for DNA alignments
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1556               based tree calculation
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1560               unconserved enabled for group on alignment
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1564               set as reference
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1568               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1569               annotation
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1573               hidden columns present
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1577               user created annotation added to alignment
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1581               '()' base pair annotation
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1585               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1586               Consensus
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1590               feature not working
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1594               beginning of sequence
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1598               entry 3a6s
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1602               from a tree when t-coffee scores are shown
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1606               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1610               some structures
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1614               to Clustal, PIR and PileUp output
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1618               not visible causes alignment window to repaint
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1622               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1623               scores associated with features and annotation rows
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1627               calculation should be case independent
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1631               columns
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1635               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1636               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1640               problems when reference sequence defined and 'show
1641               non-conserved' enabled
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1645               load even when Consensus calculation is disabled
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1649               alignment does nothing
1650             </li>
1651           </ul>
1652           <em>Application</em>
1653           <ul>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1656               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1657               yet fixed for El Capitan)
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1661               output when running on non-gb/us i18n platforms
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1665               hidden sequences as flat-file alignment
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1669               launching Chimera
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1673               (also hotfix for 2.9.0b2)
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1677               reference sequence defined
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1681               alignments and views when revealing hidden columns
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1685               view in a cDNA/Protein splitframe
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1689               sequence from project when only one sequence is
1690               represented
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1694               in Structure Chooser
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1698               structure consensus didn't refresh annotation panel
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1702               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1706               dialogs format columns correctly, don't display array
1707               data, sort columns according to type
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1711               file chooser is cancelled during an image export
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1715               sequence name containing special characters
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1719               case insensitive
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1723               formatting don't wrap
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1727               truncated so L looks like I in consensus annotation
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1731               currently displayed features for the current selection or
1732               view
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1736               after fetching cross-references, and restoring from
1737               project
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1741               followed in the structure viewer
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1745               splitframe not restored from project
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1749               trailing end of protein alignment in transcript/product
1750               splitview when pad-gaps not enabled by default
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1754               is case dependent
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1758               article has been read (reopened issue due to
1759               internationalisation problems)
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1763               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1764               cross-references
1765             </li>
1766
1767             <li>
1768               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1769               alignment as HTML
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1773               multiple structures are shown for one or more sequences.
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1777               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1778               is enabled.
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1782               specific PDB id for sequence
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1786               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1787               columns' is disabled.
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1791               selects lowest rather than highest resolution structures
1792               for each sequence
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1796               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1800               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1804               after clicking on it to create new annotation for a
1805               column.
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1809               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1810             </li>
1811             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1812             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1813           </ul>
1814           <em>Applet</em>
1815           <ul>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1818               hidden columns present before start of sequence
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1822               (JSON jars)
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1826               sequences are hidden in applet
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1830               deployment on examples pages.
1831             </li>
1832           </ul>
1833         </div>
1834       </td>
1835     </tr>
1836     <tr>
1837       <td width="60" nowrap>
1838         <div align="center">
1839           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1840             <em>16/10/2015</em></strong>
1841         </div>
1842       </td>
1843       <td><em>General</em>
1844         <ul>
1845           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1846             jars</li>
1847         </ul></td>
1848       <td>
1849         <div align="left">
1850           <em>Application</em>
1851           <ul>
1852             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1853               shown when tree is partitioned</li>
1854             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1855               multiple cDNA/Protein split views</li>
1856           </ul>
1857         </div>
1858       </td>
1859     </tr>
1860     <tr>
1861       <td width="60" nowrap>
1862         <div align="center">
1863           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1864             <em>8/10/2015</em></strong>
1865         </div>
1866       </td>
1867       <td><em>General</em>
1868         <ul>
1869           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1870             2.9</li>
1871         </ul> <em>Application</em>
1872         <ul>
1873           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1874           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1875           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1876         </ul> <em>Applet</em>
1877         <ul>
1878           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1879         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1880         <ul>
1881           <li>
1882             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1883             suite
1884           </li>
1885         </ul></td>
1886       <td>
1887         <div align="left">
1888           <em>General</em>
1889           <ul>
1890             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1891               incorrect when sequence start > 1</li>
1892             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1893               documentation</li>
1894             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1895             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1896               loading a features file containing HTML tags in feature
1897               description</li>
1898
1899           </ul>
1900           <em>Application</em>
1901           <ul>
1902             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1903               reimport</li>
1904             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1905               with 'trim retrieved sequences'</li>
1906             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1907               deleting selected columns</li>
1908             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1909               JNLP templates for webstart launch</li>
1910             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1911               unreleased structures for download or viewing</li>
1912             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1913               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1914             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1915               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1916             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1917               recovered from jalview project</li>
1918             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1919               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1920               alignment view</li>
1921             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1922               color schemes from BioJSON</li>
1923           </ul>
1924           <em>Applet</em>
1925           <ul>
1926             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1927               frame</li>
1928             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1929           </ul>
1930         </div>
1931       </td>
1932     </tr>
1933     <tr>
1934       <td><div align="center">
1935           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1936         </div></td>
1937       <td><em>General</em>
1938         <ul>
1939           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1940             alignments:
1941             <ul>
1942               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1943                 and DNA alignment views</li>
1944               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1945                 cDNA alignment views</li>
1946               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1947                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1948               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1949                 protein sequences</li>
1950             </ul>
1951           </li>
1952           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1953           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1954             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1955           <li>New alignment annotation file statements for
1956             reference sequences and marking hidden columns</li>
1957           <li>Reference sequence based alignment shading to
1958             highlight variation</li>
1959           <li>Select or hide columns according to alignment
1960             annotation</li>
1961           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1962           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1963             acid conservation row</li>
1964           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1965         </ul> <em>Application</em>
1966         <ul>
1967           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1968             <ul>
1969               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1970                 view with cDNA/Protein</li>
1971               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1972                 sequences are placed in the same alignment</li>
1973               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1974                 projects</li>
1975             </ul>
1976           </li>
1977
1978           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1979           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1980             Jalview windows</li>
1981
1982           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1983           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1984           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1985             be shown in VARNA</li>
1986
1987           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1988             as the active selected region</li>
1989
1990           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1991             similarity</li>
1992           <li>New Export options
1993             <ul>
1994               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1995                 region export in flat file generation</li>
1996
1997               <li>Export alignment views for display with the <a
1998                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1999
2000               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2001               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2002                 alignment figures to HTML</li>
2003           </li>
2004           <li>3D structure retrieval and display
2005             <ul>
2006               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2007                 Search API</li>
2008               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2009                 PDB structures for a sequence set</li>
2010             </ul>
2011           </li>
2012
2013           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2014             predictions</li>
2015           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2016             for one or a group of sequences</li>
2017           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2018             from the JPred4 web server</li>
2019           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2020             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2021             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2022           </li>
2023           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2024             VARNA 2D Structure'</li>
2025           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2026             Structure ..."</li>
2027
2028         </ul> <em>Applet</em>
2029         <ul>
2030           <li>New layout for applet example pages</li>
2031           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2032             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2033           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2034             Protein alignments</li>
2035         </ul> <em>Development and deployment</em>
2036         <ul>
2037           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2038           <li>Include installation type and git revision in build
2039             properties and console log output</li>
2040           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2041             storing BioJsMSA Templates</li>
2042           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2043         </ul></td>
2044       <td>
2045         <!-- <em>General</em>
2046         <ul>
2047         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2048         <ul>
2049           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2050           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2051           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2052             predictions are not highlighted in amber</li>
2053           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2054             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2055           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2056             associated structure views</li>
2057           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2058             width checkbox not enabled</li>
2059           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2060             creating user defined colours</li>
2061           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2062             mappings for just that viewer's sequences</li>
2063           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2064             multiple models in Chimera</li>
2065           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2066             over Jmol structure</li>
2067           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2068             output to text box</li>
2069           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2070             have incorrect sequence start/end</li>
2071           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2072             Jalview fails</li>
2073           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2074             work for nucleotide</li>
2075           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2076             to a grey/invisible alignment window</li>
2077           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2078             imports to different position</li>
2079           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2080             on some platforms</li>
2081           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2082             populated</li>
2083           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2084             console if Chimera has been opened</li>
2085           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2086           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2087             retrieved</li>
2088           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2089           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2090             either sequence shows on first structure</li>
2091           <li>'Show annotations' options should not make
2092             non-positional annotations visible</li>
2093           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2094             in right place after 'view flanking regions'</li>
2095           <li>File Save As type unset when current file format is
2096             unknown</li>
2097           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2098             projects</li>
2099           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2100             responsive</li>
2101           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2102             several views on same alignment</li>
2103           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2104           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2105             spaces</li>
2106         </ul> <em>Applet</em>
2107         <ul>
2108           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2109           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2110             descriptions containing angle brackets</li>
2111         </ul> <em>General</em>
2112         <ul>
2113           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2114             via jalview annotation file</li>
2115           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2116             with RNA secondary structure</li>
2117           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2118             translation doesn't work.</li>
2119           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2120           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2121             positions</li>
2122           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2123             choosing 1pt font</li>
2124           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2125             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2126             'h'</li>
2127           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2128             new feature</li>
2129           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2130             order dependent</li>
2131           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2132             sequences</li>
2133           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2134         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2135         <ul>
2136           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2137             www.jalview.org</li>
2138         </ul> <em>Application Known issues</em>
2139         <ul>
2140           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2141           <li>Misleading message appears after trying to delete
2142             solid column.</li>
2143           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2144             version launches</li>
2145           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2146             fails with a sequence mismatch</li>
2147           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2148             scrolling alignment to right</li>
2149           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2150             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2151           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2152             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2153           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2154             ultra-high resolution</li>
2155           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2156             quality and conservation</li>
2157           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2158             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2159         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2160         <ul>
2161           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2162           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2163             window is being resized</li>
2164
2165         </ul>
2166       </td>
2167     </tr>
2168     <tr>
2169       <td><div align="center">
2170           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2171         </div></td>
2172       <td><em>General</em>
2173         <ul>
2174           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2175             Certum.PL.</li>
2176           <li>Features and annotation preserved when performing
2177             pairwise alignment</li>
2178           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2179             imported/exported/displayed</li>
2180           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2181             protein secondary structure</li>
2182           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2183               post-hoc with 2.9 release</em>)
2184           </li>
2185
2186         </ul> <em>Application</em>
2187         <ul>
2188           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2189             with 3D structures</li>
2190           <li>Support for parsing RNAML</li>
2191           <li>Annotations menu for layout
2192             <ul>
2193               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2194               <li>place sequence annotation above/below alignment
2195                 annotation</li>
2196             </ul>
2197           <li>Output in Stockholm format</li>
2198           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2199             translation</li>
2200           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2201           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2202             shared between alignments</li>
2203           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2204             Jalview</li>
2205           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2206             all or current selection</li>
2207           <li>disorder and secondary structure predictions
2208             available as dataset annotation</li>
2209           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2210
2211
2212           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2213             alignments from Rfam</li>
2214           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2215
2216           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2217             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2218           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2219           <li>include installation type in build properties and
2220             console log output</li>
2221           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2222             annotation</li>
2223         </ul></td>
2224       <td>
2225         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2226         <ul>
2227           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2228             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2229           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2230             alignment</li>
2231           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2232           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2233           <li>Double click on sequence associated annotation
2234             selects only first column</li>
2235           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2236             leaves shown in tree</li>
2237           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2238             properly</li>
2239           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2240           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2241             screen and buttons not visible</li>
2242           <li>author list isn't updated if already written to
2243             Jalview properties</li>
2244           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2245             from database</li>
2246           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2247           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2248             browser search window</li>
2249           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2250             in feature settings dialog</li>
2251           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2252             desktop</li>
2253           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2254             pass validation</li>
2255           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2256             fit on screen</li>
2257           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2258             tooltip</li>
2259           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2260             defined user preset</li>
2261           <li>MSA web services warns user if they were launched
2262             with invalid input</li>
2263           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2264             Java 8</li>
2265           <li>
2266             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2267             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2268             created
2269           </li>
2270
2271         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2272         <ul>
2273         </ul> <em>General</em>
2274         <ul>
2275         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2276         <ul>
2277           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2278             memory allocation</li>
2279           <li>launchApp service doesn't automatically open
2280             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2281           <li>
2282             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2283             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2284             1.7_055 is available
2285           </li>
2286         </ul> <em>Application Known issues</em>
2287         <ul>
2288           <li>
2289             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2290             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2291             alignment to right
2292           </li>
2293           <li>
2294             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2295             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2296             with large number of ID
2297           </li>
2298           <li>
2299             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2300             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2301             start/end
2302           </li>
2303           <li>
2304             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2305             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2306             structure tracks are rearranged
2307           </li>
2308           <li>
2309             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2310             invalid rna structure positional highlighting does not
2311             highlight position of invalid base pairs
2312           </li>
2313           <li>
2314             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2315             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2316             project from alignment window file menu
2317           </li>
2318           <li>
2319             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2320             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2321             structures
2322           </li>
2323           <li>
2324             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2325             colour by RNA Helices not enabled when user created
2326             annotation added to alignment
2327           </li>
2328           <li>
2329             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2330             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2331           </li>
2332         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2333         <ul>
2334           <li>
2335             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2336             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2337           </li>
2338           <li>
2339             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2340             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2341           </li>
2342
2343           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2344             when selected</li>
2345         </ul>
2346       </td>
2347     </tr>
2348     <tr>
2349       <td><div align="center">
2350           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2351         </div></td>
2352       <td>
2353         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2354         <em>General</em>
2355         <ul>
2356           <li>Internationalisation of user interface (usually
2357             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2358           <li>Define/Undefine group on current selection with
2359             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2360           <li>Improved group creation/removal options in
2361             alignment/sequence Popup menu</li>
2362           <li>Sensible precision for symbol distribution
2363             percentages shown in logo tooltip.</li>
2364           <li>Annotation panel height set according to amount of
2365             annotation when alignment first opened</li>
2366         </ul> <em>Application</em>
2367         <ul>
2368           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2369             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2370           <li>Select columns containing particular features from
2371             Feature Settings dialog</li>
2372           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2373             sequences</li>
2374           <li>Update Jalview project format:
2375             <ul>
2376               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2377               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2378                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2379               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2380                 colouring</li>
2381             </ul>
2382           </li>
2383           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2384             (PAM250)</li>
2385           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2386             flanking regions for an alignment</li>
2387         </ul>
2388       </td>
2389       <td>
2390         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2391         <ul>
2392           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2393             running after job is cancelled</li>
2394           <li>cannot export features from alignments imported from
2395             Jalview/VAMSAS projects</li>
2396           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2397             float values</li>
2398           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2399             have 'display all symbols' flag set</li>
2400           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2401             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2402           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2403             Jalview</li>
2404           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2405             Lion/Webstart</li>
2406           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2407           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2408           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2409             alignment onto desktop</li>
2410           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2411             'extract scores' function</li>
2412           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2413             alignment window</li>
2414           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2415             performing IUPred disorder prediction</li>
2416           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2417             changing 'normalise logo' display setting</li>
2418           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2419             nothing matches query</li>
2420           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2421             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2422           </li>
2423           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2424             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2425           </li>
2426           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2427             Jalview's menu</li>
2428           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2429             'invalid literal/length code'</li>
2430           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2431             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2432           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2433             colourscheme</li>
2434
2435         </ul> <em>Applet</em>
2436         <ul>
2437           <li>Remove group option is shown even when selection is
2438             not a group</li>
2439           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2440             don't affect groups</li>
2441           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2442             colourscheme name</li>
2443           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2444             Annotation panel is not displayed</li>
2445           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2446             embedded windows</li>
2447         </ul> <em>Other</em>
2448         <ul>
2449           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2450             single sequence were not calculated</li>
2451           <li>annotation files that contain only groups imported as
2452             annotation and junk sequences</li>
2453           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2454             recognised as PFAM or BLC</li>
2455           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2456             doesn't affect background (2.8.0b1)
2457           <li></li>
2458           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2459           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2460             trailing gaps</li>
2461           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2462             registered correctly on import</li>
2463           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2464             certain alignments</li>
2465           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2466             existing annotation based 'use original colours'
2467             colourscheme loses original colours setting</li>
2468         </ul>
2469       </td>
2470     </tr>
2471     <tr>
2472       <td><div align="center">
2473           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2474             <em>30/1/2014</em></strong>
2475         </div></td>
2476       <td>
2477         <ul>
2478           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2479             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2480             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2481             open source project).
2482           </li>
2483           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2484           <li>Output in Stockholm format</li>
2485           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2486           <li>Export/import group and sequence associated line
2487             graph thresholds</li>
2488           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2489             ambiguity codes</li>
2490           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2491             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2492             works</li>
2493           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2494         </ul> <em>Other improvements</em>
2495         <ul>
2496           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2497           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2498             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2499           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2500             files</li>
2501           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2502           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2503             link but no description</li>
2504           <li>Select primary source when selecting authority in
2505             database fetcher GUI</li>
2506           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2507             Jalview</li>
2508           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2509         </ul>
2510       </td>
2511       <td>
2512         <ul>
2513           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2514             displayed</li>
2515           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2516             secondary structure annotation line</li>
2517           <li>Sequence database accessions not imported when
2518             fetching alignments from Rfam</li>
2519           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2520             identical IDs</li>
2521           <li>View all structures does not always superpose
2522             structures</li>
2523           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2524             reflect user or preset settings</li>
2525           <li>Null pointer exceptions for some services without
2526             presets or adjustable parameters</li>
2527           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2528             discover PDB xRefs</li>
2529           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2530             features with DAS</li>
2531           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2532             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2533           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2534             residue follows a gap</li>
2535           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2536             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2537           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2538             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2539           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2540             annotation already exists on alignment</li>
2541           <li>oninit javascript function should be called after
2542             initialisation completes</li>
2543           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2544             alignment window display</li>
2545           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2546           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2547             to annotation file</li>
2548           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2549             groups created</li>
2550           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2551             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2552           <li>Pressing return several times causes Number Format
2553             exceptions in keyboard mode</li>
2554           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2555             correct partitions for input data</li>
2556           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2557           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2558           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2559           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2560             mode</li>
2561           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2562             changes one row&#39;s threshold</li>
2563           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2564             doesn&#39;t open</li>
2565           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2566             quality histograms</li>
2567         </ul>
2568       </td>
2569     </tr>
2570     <tr>
2571       <td><div align="center">
2572           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2573         </div></td>
2574       <td><em>Application</em>
2575         <ul>
2576           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2577             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2578           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2579             preferences</li>
2580           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2581             in Jalview alignment window</li>
2582           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2583             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2584           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2585             RNA and ambiguity codes</li>
2586
2587           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2588           <li>Support fetching and database reference look up
2589             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2590             refs')</li>
2591           <li>Jalview project improvements
2592             <ul>
2593               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2594                 flag for annotation</li>
2595               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2596                 alignment</li>
2597               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2598                 Jalview project</li>
2599
2600             </ul>
2601           </li>
2602           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2603           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2604             running</li>
2605           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2606           <li>visual indication that web service results are still
2607             being retrieved from server</li>
2608           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2609             starts up for first time</li>
2610           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2611             services</li>
2612           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2613             client library</li>
2614           <li>Examples directory and Groovy library included in
2615             InstallAnywhere distribution</li>
2616         </ul> <em>Applet</em>
2617         <ul>
2618           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2619             visualization applet example</li>
2620         </ul> <em>General</em>
2621         <ul>
2622           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2623           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2624             defaults</li>
2625           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2626             calculation</li>
2627           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2628             matrices
2629           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2630             in HTML</li>
2631           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2632             structure contacts</li>
2633           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2634           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2635           <li>Parse sequence associated secondary structure
2636             information in Stockholm files</li>
2637           <li>HTML Export database accessions and annotation
2638             information presented in tooltip for sequences</li>
2639           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2640             style RNA alignment files</li>
2641           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2642             alignment</li>
2643           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2644             shade each sequence according to its associated alignment
2645             annotation</li>
2646           <li>New Jalview Logo</li>
2647         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2648         <ul>
2649           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2650           <li>New Website!</li>
2651         </ul></td>
2652       <td><em>Application</em>
2653         <ul>
2654           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2655             wsdbfetch REST service</li>
2656           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2657           <li>Filetype associations not installed for webstart
2658             launch</li>
2659           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2660             job execution in full once it is complete</li>
2661           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2662             uploaded via ali_file parameter</li>
2663           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2664           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2665           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2666             submitted for prediction</li>
2667           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2668             desktop window</li>
2669           <li>Putting fractional value into integer text box in
2670             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2671           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2672             windows 7</li>
2673           <li>View all structures fails with exception shown in
2674             structure view</li>
2675           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2676             escaped in a platform independent way</li>
2677           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2678             using proxy</li>
2679           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2680             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2681           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2682             failure when java web start temporary file caching is
2683             disabled</li>
2684           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2685             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2686           <li>Errors during processing of command line arguments
2687             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2688           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2689             DAS sources in sequence fetcher</li>
2690           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2691             dialog is shown</li>
2692           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2693           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2694           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2695           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2696             on OSX Mountain Lion</li>
2697           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2698             sequences with alignment annotation are pasted into the
2699             alignment</li>
2700           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2701             when loaded from Jalview project</li>
2702           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2703           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2704             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2705           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2706             associated with all views</li>
2707           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2708             annotation rows to new window</li>
2709         </ul> <em>Applet</em>
2710         <ul>
2711           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2712             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2713           <li>loading features via javascript API automatically
2714             enables feature display</li>
2715           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2716             work</li>
2717         </ul> <em>General</em>
2718         <ul>
2719           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2720           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2721             and then deselected</li>
2722           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2723           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2724             coloured with clustalx</li>
2725           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2726             exceptions and redraw errors</li>
2727           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2728             reconfigured view</li>
2729           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2730             colour</li>
2731           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2732             for lots of labels</li>
2733         </ul>
2734     </tr>
2735     <tr>
2736       <td>
2737         <div align="center">
2738           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2739         </div>
2740       </td>
2741       <td><em>Application</em>
2742         <ul>
2743           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2744           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2745           <li>View/alignment association menu to enable user to
2746             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2747             its colours/correspondences from</li>
2748           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2749           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2750             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2751           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2752           <li>Annotation row column label formatting attributes
2753             stored in project file</li>
2754           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2755             rows preserved in Jalview project file</li>
2756           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2757             saved using Desktop window menu</li>
2758           <li>Visual indication that command line arguments are
2759             still being processed</li>
2760           <li>Groovy script execution from URL</li>
2761           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2762             preferences</li>
2763           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2764             alignment with sequences that have high similarity and
2765             matching IDs</li>
2766           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2767           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2768             structures in same window</li>
2769           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2770           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2771             analysis function in its own submenu</li>
2772         </ul> <em>Applet</em>
2773         <ul>
2774           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2775             groups</li>
2776           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2777           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2778           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2779           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2780           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2781             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2782           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2783           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2784             parameters are treated as such</li>
2785           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2786             <ul>
2787               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2788               <li>Javascript callbacks for
2789                 <ul>
2790                   <li>Applet initialisation</li>
2791                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2792                 </ul>
2793               </li>
2794               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2795                 functions</li>
2796               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2797               <li>javascript structure viewer harness to pass
2798                 messages between Jmol and Jalview when running as
2799                 distinct applets</li>
2800               <li>sortBy method</li>
2801               <li>Set of applet and application examples shipped
2802                 with documentation</li>
2803               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2804                 javascript message exchange</li>
2805             </ul>
2806         </ul> <em>General</em>
2807         <ul>
2808           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2809             multiple alignments</li>
2810           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2811           <li>User configurable link to enable redirects to a
2812             www.Jalview.org mirror</li>
2813           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2814           <li>Configurable newline string when writing alignment
2815             and other flat files</li>
2816           <li>Allow alignment annotation description lines to
2817             contain html tags</li>
2818         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2819         <ul>
2820           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2821             examples</li>
2822           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2823             using a web service before displaying the result in the
2824             Jalview desktop</li>
2825           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2826           <li>Ant target to publish example html files with applet
2827             archive</li>
2828           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2829           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2830         </ul></td>
2831       <td><em>Application</em>
2832         <ul>
2833           <li>User defined colourscheme throws exception when
2834             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2835           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2836             dialog for valid filename/format</li>
2837           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2838           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2839             P37173</li>
2840           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2841             which sequence is to be associated with the file</li>
2842           <li>Find All raises null pointer exception when query
2843             only matches sequence IDs</li>
2844           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2845           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2846             2.4 cannot be loaded</li>
2847           <li>Filetype associations not installed for webstart
2848             launch</li>
2849           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2850             with sequences in different alignments do not get coloured
2851             by their associated sequence</li>
2852           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2853             not preserved when project is loaded</li>
2854           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2855             stored in Jalview project</li>
2856           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2857             Jalview project</li>
2858           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2859           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2860             by conservation</li>
2861           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2862             created on new view</li>
2863           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2864             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2865           <li>Alignment quality not updated after alignment
2866             annotation row is hidden then shown</li>
2867           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2868             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2869           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2870             properly</li>
2871           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2872             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2873           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2874           <li>Structures imported from file and saved in project
2875             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2876           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2877             job execution in full once it is complete</li>
2878         </ul> <em>Applet</em>
2879         <ul>
2880           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2881             annotation rows are displayed</li>
2882           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2883             codebase</li>
2884           <li>View follows highlighting does not work for positions
2885             in sequences</li>
2886           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2887           <li>Export features raises exception when no features
2888             exist</li>
2889           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2890             for javascript api is modified when separator string
2891             provided as parameter</li>
2892           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2893             alignment with no existing selection</li>
2894           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2895             to applet&#39;s codebase</li>
2896           <li>Status bar not updated after finished searching and
2897             search wraps around to first result</li>
2898           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2899             several Jalview applets causes race conditions and memory
2900             leaks</li>
2901           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2902             not sent from Jmol in applet</li>
2903           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2904             applet API fatally hang browser</li>
2905         </ul> <em>General</em>
2906         <ul>
2907           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2908             position with wrapped view and hidden regions</li>
2909           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2910             with/without hidden columns</li>
2911           <li>Sequence length given in alignment properties window
2912             is off by 1</li>
2913           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2914             import PDB like structure files</li>
2915           <li>Positional search results are only highlighted
2916             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2917           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2918           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2919             given sequence position</li>
2920           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2921             output</li>
2922           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2923             from nucleotide chains correctly</li>
2924           <li>Structure colours not updated when tree partition
2925             changed in alignment</li>
2926           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2927             parsed in interleaved stockholm</li>
2928           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2929             state</li>
2930           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2931             properly</li>
2932           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2933             properly associated with their pdb files</li>
2934         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2935         <ul>
2936           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2937             ApplyCopyright tool</li>
2938         </ul></td>
2939     </tr>
2940     <tr>
2941       <td>
2942         <div align="center">
2943           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2944         </div>
2945       </td>
2946       <td><em>Application</em>
2947         <ul>
2948           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2949             contact web services</li>
2950           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2951             service job window</li>
2952           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2953         </ul></td>
2954       <td>
2955         <ul>
2956           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2957             pir file emitted by Jalview</li>
2958           <li>Existing feature settings transferred to new
2959             alignment view created from cut'n'paste</li>
2960           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2961             parsing PDB files</li>
2962           <li>Consensus and conservation annotation rows
2963             occasionally become blank for all new windows</li>
2964           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2965             in wrapped view mode</li>
2966         </ul> <em>Application</em>
2967         <ul>
2968           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2969             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2970           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2971             parameter names</li>
2972           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2973             is down</li>
2974         </ul>
2975       </td>
2976     </tr>
2977     <tr>
2978       <td>
2979         <div align="center">
2980           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2981         </div>
2982       </td>
2983       <td><em>Application</em>
2984         <ul>
2985           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2986             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2987             (JABAWS)
2988           </li>
2989           <li>Web Services preference tab</li>
2990           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2991             preferences</li>
2992           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2993           <li>Superpose structures using associated sequence
2994             alignment</li>
2995           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2996             viewer</li>
2997         </ul> <em>Applet</em>
2998         <ul>
2999           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3000             link out mechanism</li>
3001         </ul> <em>Other</em>
3002         <ul>
3003           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3004             series 12</li>
3005           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3006             require Java 1.5</li>
3007           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3008             sequence annotation files</li>
3009           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3010             type colour specification</li>
3011           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3012             script to check if it being run in an interactive session or
3013             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3014         </ul></td>
3015       <td>
3016         <ul>
3017           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3018             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3019         </ul> <em>Application</em>
3020         <ul>
3021           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3022             selected Regions menu item</li>
3023           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3024             part of a valid accession ID</li>
3025           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3026             runs out of memory</li>
3027           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3028             analysis results</li>
3029           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3030             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3031           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3032         </ul> <em>Applet</em>
3033         <ul>
3034           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3035             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3036             defined.</li>
3037         </ul>
3038       </td>
3039     </tr>
3040     <tr>
3041       <td>
3042         <div align="center">
3043           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3044         </div>
3045       </td>
3046       <td></td>
3047       <td>
3048         <ul>
3049           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3050             sequence IDs</li>
3051           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3052             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3053           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3054             import correctly</li>
3055           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3056             number of columns are hidden</li>
3057           <li>annotation label popup menu not providing correct
3058             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3059             present</li>
3060           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3061             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3062           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3063             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3064
3065         </ul> <em>Applet</em>
3066         <ul>
3067           <li>annotation panel disappears when annotation is
3068             hidden/removed</li>
3069         </ul> <em>Application</em>
3070         <ul>
3071           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3072             alignment opened where annotation panel is visible but no
3073             annotations are present on alignment</li>
3074           <li>pasted region containing hidden columns is
3075             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3076           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3077             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3078           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3079             selected Rregions menu item.</li>
3080           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3081             'Un' or 'Non'conserved</li>
3082           <li>Sequence feature settings are being shared by
3083             multiple distinct alignments</li>
3084           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3085             changed</li>
3086           <li>double click on group annotation to select sequences
3087             does not propagate to associated trees</li>
3088           <li>Mac OSX specific issues:
3089             <ul>
3090               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3091                 window background</li>
3092               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3093                 name set correctly</li>
3094               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3095                 save feature colourscheme button</li>
3096             </ul>
3097           </li>
3098         </ul>
3099       </td>
3100     </tr>
3101     <tr>
3102
3103       <td>
3104         <div align="center">
3105           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3106         </div>
3107       </td>
3108       <td><em>New Capabilities</em>
3109         <ul>
3110           <li>URL links generated from description line for
3111             regular-expression based URL links (applet and application)
3112
3113           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3114             menu</li>
3115           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3116             structures</li>
3117           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3118             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3119           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3120             average score or total feature count for each sequence.</li>
3121           <li>Shading features by score or associated description</li>
3122           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3123             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3124           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3125             hide everything but the currently selected region.</li>
3126           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3127         </ul> <em>Application</em>
3128         <ul>
3129           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3130             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3131           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3132             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3133           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3134             database references and protein_name is parsed as
3135             description line (BioSapiens terms).</li>
3136           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3137             references in sequence ID tooltip from View menu in
3138             application.</li>
3139           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3140       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3141           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3142             conservation plots</li>
3143           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3144             and visualized as sequence logos</li>
3145           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3146             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3147           </li>
3148           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3149             when a new tree is opened.</li>
3150           <li>Jalview Java Console</li>
3151           <li>Better placement of desktop window when moving
3152             between different screens.</li>
3153           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3154             consensus annotation</li>
3155           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3156             Workflows</li>
3157           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3158             <ul>
3159               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3160                 used to preserve views, structures, and tree display
3161                 settings)</li>
3162               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3163                 command line</li>
3164               <li>Sharing of selected regions between views and
3165                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3166               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3167             </ul></li>
3168         </ul> <em>Applet</em>
3169         <ul>
3170           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3171           <li>New Parameters
3172             <ul>
3173               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3174                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3175                 opened.</li>
3176               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3177                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3178               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3179                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3180               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3181                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3182                 view</li>
3183               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3184                 increase the height or width of a cell in the alignment
3185                 grid relative to the current font size.</li>
3186             </ul>
3187           </li>
3188           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3189             tooltip</li>
3190         </ul> <em>Other</em>
3191         <ul>
3192           <li>Features format: graduated colour definitions and
3193             specification of feature scores</li>
3194           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3195             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3196             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3197           <li>XML formats extended to support graduated feature
3198             colourschemes, group associated annotation, and profile
3199             visualization settings.</li></td>
3200       <td>
3201         <ul>
3202           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3203             rather than description</li>
3204           <li>Non-positional features are now included in sequence
3205             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3206             visibility in tooltip).</li>
3207           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3208           <li>Added URL embedding instructions to features file
3209             documentation.</li>
3210           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3211             'X' in peptide product</li>
3212           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3213             sequence ID and sequence string and query strings do not
3214             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3215           <li>AMSA files only contain first column of
3216             multi-character column annotation labels</li>
3217           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3218             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3219             exported and re-imported)</li>
3220           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3221             name</li>
3222           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3223             as subsequence matches, and correctly reports total number
3224             of both.</li>
3225           <li>Application:
3226             <ul>
3227               <li>Better handling of exceptions during sequence
3228                 retrieval</li>
3229               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3230                 link text excludes the start_end suffix</li>
3231               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3232                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3233               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3234               <li>Sequence description lines properly shared via
3235                 VAMSAS</li>
3236               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3237                 data sources</li>
3238               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3239                 completes before alignment figures are generated.</li>
3240               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3241                 first time.</li>
3242               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3243                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3244               <li>User defined group colours properly recovered
3245                 from Jalview projects.</li>
3246             </ul>
3247           </li>
3248         </ul>
3249       </td>
3250
3251     </tr>
3252     <tr>
3253       <td>
3254         <div align="center">
3255           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3256         </div>
3257       </td>
3258       <td>
3259         <ul>
3260           <li>Experimental support for google analytics usage
3261             tracking.</li>
3262           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3263         </ul>
3264       </td>
3265       <td>
3266         <ul>
3267           <li>Race condition in applet preventing startup in
3268             jre1.6.0u12+.</li>
3269           <li>Exception when feature created from selection beyond
3270             length of sequence.</li>
3271           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3272           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3273             all sequences with a given id</li>
3274           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3275             ID string searches</li>
3276           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3277             alignment to fail with exception</li>
3278         </ul> <em>Application Issues</em>
3279         <ul>
3280           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3281           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3282             data sources</li>
3283         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3284         <ul>
3285           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3286             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3287           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3288             version (java class versioning error fixed)</li>
3289         </ul>
3290       </td>
3291     </tr>
3292     <tr>
3293       <td>
3294
3295         <div align="center">
3296           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3297         </div>
3298       </td>
3299       <td><em>User Interface</em>
3300         <ul>
3301           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3302             translation and protein products</li>
3303           <li>Linked highlighting of structure associated with
3304             residue mapping to codon position</li>
3305           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3306             and 'clear' button</li>
3307           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3308             Tools menu</li>
3309           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3310             numeric data in description line</li>
3311           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3312           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3313             of sequence</li>
3314         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3315         <ul>
3316           <li>JPred3 web service</li>
3317           <li>Prototype sequence search client (no public services
3318             available yet)</li>
3319           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3320             PFAM</li>
3321           <li>URL Links created for matching database cross
3322             references as well as sequence ID</li>
3323           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3324         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3325         <ul>
3326           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3327             databases</li>
3328           <li>Generalised database reference retrieval and
3329             validation to all fetchable databases</li>
3330           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3331             sequence command</li>
3332         </ul> <em>Import and Export</em>
3333         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3334         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3335           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3336         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3337           File</li>
3338         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3339           triplet as name of colourscheme</li>
3340         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3341         <ul>
3342           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3343           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3344             alignments (experimental)</li>
3345           <li>Create new or select existing session to join</li>
3346           <li>load and save of vamsas documents</li>
3347         </ul> <em>Application command line</em>
3348         <ul>
3349           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3350             from applet)</li>
3351           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3352             of DAS servers to query for alignment features</li>
3353           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3354             that are also automatically queried for features</li>
3355           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3356             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3357         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3358         <ul>
3359           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3360             application (when using &quot;View in full
3361             application&quot;)</li>
3362         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3363         <ul>
3364           <li>feature group display control parameter</li>
3365           <li>debug parameter</li>
3366           <li>showbutton parameter</li>
3367         </ul> <em>Applet API methods</em>
3368         <ul>
3369           <li>newView public method</li>
3370           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3371           <li>Feature display control methods</li>
3372           <li>get list of currently selected sequences</li>
3373         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3374         <ul>
3375           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3376           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3377             Jalview release.</li>
3378           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3379             property controls execution of obfuscator</li>
3380           <li>Build target for generating source distribution</li>
3381           <li>Debug flag for javacc</li>
3382           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3383             jalview.bin.Cache</li>
3384           <li>Continuous Build Integration for stable and
3385             development version of Application, Applet and source
3386             distribution</li>
3387         </ul></td>
3388       <td>
3389         <ul>
3390           <li>selected region output includes visible annotations
3391             (for certain formats)</li>
3392           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3393             for editing</li>
3394           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3395           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3396           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3397           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3398             comments</li>
3399           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3400             filenames containing a ':'</li>
3401           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3402             global sequence features</li>
3403           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3404             references from alignment sequences goes to zero</li>
3405           <li>Close of tree branch colour box without colour
3406             selection causes cascading exceptions</li>
3407           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3408           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3409             file parsing fails.</li>
3410           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3411           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3412             not a valid output format</li>
3413           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3414             vamsas</li>
3415           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3416           <li>error messages passed up and output when data read
3417             fails</li>
3418           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3419             sequence is edited</li>
3420           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3421             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3422           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3423             filetype</li>
3424           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3425             import fixed for PFAM records</li>
3426           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3427             window list</li>
3428           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3429             can be read and written correctly to annotation file</li>
3430           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3431             correctly</li>
3432           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3433             non-italic font for representatives in Applet</li>
3434           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3435             Macs.</li>
3436           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3437             Applet)</li>
3438           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3439             due to null pointer exceptions</li>
3440           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3441             first column of alignment</li>
3442           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3443             July 2008</li>
3444           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3445             file is case-insensitive</li>
3446           <li>Sequence features read from Features file appended to
3447             all sequences with matching IDs</li>
3448           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3449             containing a sub-sequence</li>
3450           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3451           <li>feature and annotation file applet parameters
3452             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3453           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3454           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3455             splash-screen version check to complete</li>
3456           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3457             when passing them to the launchApp service</li>
3458           <li>display name and local features preserved in results
3459             retrieved from web service</li>
3460           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3461             sequence fetcher initialisation</li>
3462           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3463             dasobert DAS client</li>
3464           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3465             association</li>
3466           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3467             sequences
3468           </li>
3469         </ul>
3470       </td>
3471     </tr>
3472     <tr>
3473       <td>
3474         <div align="center">
3475           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3476         </div>
3477       </td>
3478       <td>
3479         <ul>
3480           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3481           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3482           <li>Slide sequences</li>
3483           <li>Edit sequence in place</li>
3484           <li>EMBL CDS features</li>
3485           <li>DAS Feature mapping</li>
3486           <li>Feature ordering</li>
3487           <li>Alignment Properties</li>
3488           <li>Annotation Scores</li>
3489           <li>Sort by scores</li>
3490           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3491         </ul>
3492       </td>
3493       <td>
3494         <ul>
3495           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3496           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3497           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3498           <li>Feature group display state in XML</li>
3499           <li>Feature ordering in XML</li>
3500           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3501           <li>Stockholm alignment properties</li>
3502           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3503           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3504           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3505           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3506         </ul>
3507       </td>
3508
3509     </tr>
3510     <tr>
3511       <td>
3512         <div align="center">
3513           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3514         </div>
3515       </td>
3516       <td>
3517         <ul>
3518           <li>Non standard characters can be read and displayed
3519           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3520             applet via textbox
3521           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3522             name &amp; description
3523           <li>Preference setting to display sequence name in
3524             italics
3525           <li>Annotation file format extended to allow
3526             Sequence_groups to be defined
3527           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3528             specified in preferences
3529           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3530             sequences
3531         </ul>
3532       </td>
3533       <td>
3534         <ul>
3535           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3536             installed
3537           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3538           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3539         </ul>
3540       </td>
3541     </tr>
3542     <tr>
3543       <td>
3544         <div align="center">
3545           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3546         </div>
3547       </td>
3548       <td>
3549         <ul>
3550           <li>Multiple views on alignment
3551           <li>Sequence feature editing
3552           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3553           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3554           <li>Background dependent text colour
3555           <li>Right align sequence ids
3556           <li>User-defined lower case residue colours
3557           <li>Format Menu
3558           <li>Select Menu
3559           <li>Menu item accelerator keys
3560           <li>Control-V pastes to current alignment
3561           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3562           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3563           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3564
3565           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3566         </ul>
3567       </td>
3568       <td>
3569         <ul>
3570           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3571           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3572             calculations
3573           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3574             edits
3575           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3576             of alignment)
3577           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3578
3579           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3580             display correctly
3581           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3582           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3583             analysis results
3584           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3585             &#8739;
3586           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3587           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3588           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3589
3590         </ul>
3591       </td>
3592     </tr>
3593     <tr>
3594       <td>
3595         <div align="center">
3596           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3597         </div>
3598       </td>
3599       <td>
3600         <ul>
3601           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3602         </ul>
3603       </td>
3604       <td>
3605         <ul>
3606           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3607             sequence id panel has been resized</li>
3608           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3609             rendered</li>
3610           <li>Annotation files with sequence references - all
3611             elements in file are relative to sequence position</li>
3612           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3613         </ul>
3614       </td>
3615     </tr>
3616     <tr>
3617       <td>
3618         <div align="center">
3619           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3620         </div>
3621       </td>
3622       <td>
3623         <ul>
3624           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3625           <li>DAS Feature fetching</li>
3626           <li>Hide sequences and columns</li>
3627           <li>Export Annotations and Features</li>
3628           <li>GFF file reading / writing</li>
3629           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3630             files</li>
3631           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3632           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3633           <li>Applet can launch the full application</li>
3634           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3635             required)</li>
3636           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3637           <li>Applet can load sequences from parameter
3638             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3639           </li>
3640         </ul>
3641       </td>
3642       <td>
3643         <ul>
3644           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3645           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3646           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3647         </ul>
3648       </td>
3649     </tr>
3650     <tr>
3651       <td>
3652         <div align="center">
3653           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3654         </div>
3655       </td>
3656       <td>
3657         <ul>
3658           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3659           <li>Choose to match case when searching</li>
3660           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3661             expand the visible width and height of the alignment</li>
3662         </ul>
3663       </td>
3664       <td>
3665         <ul>
3666           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3667         </ul>
3668       </td>
3669     </tr>
3670     <tr>
3671       <td>
3672         <div align="center">
3673           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3674         </div>
3675       </td>
3676       <td>&nbsp;</td>
3677       <td>
3678         <ul>
3679           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3680           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3681             value</li>
3682         </ul>
3683       </td>
3684     </tr>
3685     <tr>
3686       <td>
3687         <div align="center">
3688           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3689         </div>
3690       </td>
3691       <td>
3692         <ul>
3693           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3694           <li>Keyboard editing</li>
3695           <li>Create sequence features from searches</li>
3696           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3697             alignments</li>
3698           <li>Features file allows grouping of features</li>
3699           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3700           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3701           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3702         </ul>
3703       </td>
3704       <td>
3705         <ul>
3706           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3707           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3708             descriptions saved.</li>
3709         </ul>
3710       </td>
3711     </tr>
3712     <tr>
3713       <td>
3714         <div align="center">
3715           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3716         </div>
3717       </td>
3718       <td>
3719         <ul>
3720           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3721           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3722           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3723             name for file output</li>
3724           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3725           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3726             used for HTML form input</li>
3727         </ul>
3728       </td>
3729       <td>
3730         <ul>
3731           <li>HTML output writes groups and features</li>
3732           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3733           <li>File IO bugs</li>
3734         </ul>
3735       </td>
3736     </tr>
3737     <tr>
3738       <td>
3739         <div align="center">
3740           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3741         </div>
3742       </td>
3743       <td>
3744         <ul>
3745           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3746           <li>More options for PCA viewer</li>
3747         </ul>
3748       </td>
3749       <td>
3750         <ul>
3751           <li>GUI bugs resolved</li>
3752           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3753         </ul>
3754       </td>
3755     </tr>
3756     <tr>
3757       <td height="63">
3758         <div align="center">
3759           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3760         </div>
3761       </td>
3762       <td>
3763         <ul>
3764           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3765           <li>Jar files are executable</li>
3766           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3767         </ul>
3768       </td>
3769       <td>
3770         <ul>
3771           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3772           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3773           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3774         </ul>
3775       </td>
3776     </tr>
3777     <tr>
3778       <td>
3779         <div align="center">
3780           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3781         </div>
3782       </td>
3783       <td>
3784         <ul>
3785           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3786         </ul>
3787       </td>
3788       <td>
3789         <ul>
3790           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3791         </ul>
3792       </td>
3793     </tr>
3794     <tr>
3795       <td>
3796         <div align="center">
3797           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3798         </div>
3799       </td>
3800       <td>
3801         <ul>
3802           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3803             size</li>
3804         </ul>
3805       </td>
3806       <td>
3807         <ul>
3808           <li>Improved JPred client reliability</li>
3809           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3810         </ul>
3811       </td>
3812     </tr>
3813     <tr>
3814       <td>
3815         <div align="center">
3816           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3817         </div>
3818       </td>
3819       <td>
3820         <ul>
3821           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3822           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3823           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3824             to Colour Menu</li>
3825           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3826           <li>Unix users can set default web browser</li>
3827           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3828           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3829         </ul>
3830       </td>
3831       <td>
3832         <ul>
3833           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3834         </ul>
3835       </td>
3836     </tr>
3837     <tr>
3838       <td>
3839         <div align="center">
3840           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3841         </div>
3842       </td>
3843       <td>&nbsp;</td>
3844       <td>
3845         <ul>
3846           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3847             alignment order.</li>
3848         </ul>
3849       </td>
3850     </tr>
3851     <tr>
3852       <td>
3853         <div align="center">
3854           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3855         </div>
3856       </td>
3857       <td>
3858         <ul>
3859           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3860           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3861           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3862             annotations.</li>
3863           <li>Version and build date written to build properties
3864             file.</li>
3865           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3866             at launch of Jalview.</li>
3867         </ul>
3868       </td>
3869       <td>
3870         <ul>
3871           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3872           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3873           <li>Can remove groups one by one.</li>
3874           <li>Filechooser icons installed.</li>
3875           <li>Finder ignores return character when searching.
3876             Return key will initiate a search.<br>
3877           </li>
3878         </ul>
3879       </td>
3880     </tr>
3881     <tr>
3882       <td>
3883         <div align="center">
3884           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3885         </div>
3886       </td>
3887       <td>
3888         <ul>
3889           <li>New codebase</li>
3890         </ul>
3891       </td>
3892       <td>&nbsp;</td>
3893     </tr>
3894   </table>
3895   <p>&nbsp;</p>
3896 </body>
3897 </html>