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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84           <li><!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be omitted in Overview</li>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  87               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
  91               extension when importing structure files without embedded
  92               names or PDB accessions
  93             </li>
  94             <li><!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be opened by double clicking gaps within sequence feature extent</li>
  95           </ul>
  96           <em>Application</em>
  97           <ul>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-2447 -->
 100               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
 101               menu to hide or show untested features in the application.
 102             </li>
 103             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
 104           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
 105           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
 106           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 107           </ul>
 108           <em>Experimental features</em>
 109           <ul>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 112               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 113               features, and vice-versa.
 114             </li>
 115           </ul>
 116           <em>Applet</em>
 117           <ul>
 118           <li><!--  --></li>
 119           </ul>
 120           <em>Test Suite</em>
 121           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite</li>
 122           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 123           <li><!--  -->
 124           </ul>
 125           </div></td><td><div align="left">
 126           <em>General</em>
 127           <ul>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 130               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 131               this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 135               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 136               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 137               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 138               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 139               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 140               Jalview's PCAs were different to those produced by
 141               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 142               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 143               behaviour<br />
 144               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 145               2.10.1 mode<br />
 146               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 147               restore 2.10.2 mode
 148             </li>
 149             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 150           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 151           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 152           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 153           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 154           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 155           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 156           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 157           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 158           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 159           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 160           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 161           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 162           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 163           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 164           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 165           <li><!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to load</li>
 166           </ul>
 167           <em>Application</em>
 168           <ul>
 169           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 170           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 171           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 172           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 173           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 174           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 175           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 176           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 177           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 178           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 179           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 180           <li><!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL</li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 183               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 184               the project is loaded and the structure viewed
 185             </li>
 186             <li><!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture adjusts start position in wrap mode</li>
 187             <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 188             <li><!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes gaps in selection, current sequence and only within selected columns</li>
 189           </ul>
 190           <em>Applet</em>
 191           <ul>
 192           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 193           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 194           <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
 195           </ul>
 196           <em>New Known Issues</em>
 197           <ul>
 198           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 199           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 200           </ul>
 201
 202           </div>
 203     <tr>
 204       <td width="60" nowrap>
 205         <div align="center">
 206           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 207             <em>29/11/2016</em></strong>
 208         </div>
 209       </td>
 210       <td><div align="left">
 211           <em>General</em>
 212           <ul>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 215               for all consensus calculations
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 219             </li>
 220             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 221               for 2016-2017</li>
 222           </ul>
 223           <em>Application</em>
 224           <ul>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 227               set of database cross-references, sorted alphabetically
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 231               from database cross references. Users with custom links
 232               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 233                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 237               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 238               Chimera session
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 242               the Chimera it is connected to is shut down
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 246               columns menu item to mark columns containing
 247               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 248               of a Find operation)
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 252               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 253               MSAviewer
 254             </li>
 255           </ul>
 256         </div></td>
 257       <td>
 258         <div align="left">
 259           <em>General</em>
 260           <ul>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 263               are not coloured or thresholded according to percent
 264               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 268               hydrophobic
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 272               threshold, amino acid properties)
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 276               reported as mapped to residues in a structure file in the
 277               View Mapping report
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 281               could be added multiple times to a sequence
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 285               bond features shown as two highlighted residues rather
 286               than a range in linked structure views, and treated
 287               correctly when selecting and computing trees from features
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 291               cross-references are matched to database name regardless
 292               of case
 293             </li>
 294
 295           </ul>
 296           <em>Application</em>
 297           <ul>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 300               names without regular expressions also offer links from
 301               Sequence ID
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 305               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 306               update Jalview configuration
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 310               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 314               files with similarly named sequences if dropped onto the
 315               alignment
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 319               entries where more chains exist in the PDB accession than
 320               are reported in the SIFTS file
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 324               the structure view when displayed with Chimera
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 328               panel's View->Show Chains submenu
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 332               work for wrapped alignment views
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 336               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 340               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 341               first annotation row
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 345               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 346             </li>
 347             <li>
 348             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 349             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 350           </ul>
 351 <!--           <em>New Known Issues</em>
 352           <ul>
 353             <li></li>
 354           </ul> -->
 355         </div>
 356       </td>
 357     </tr>
 358       <td width="60" nowrap>
 359         <div align="center">
 360           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 361             <em>25/10/2016</em></strong>
 362         </div>
 363       </td>
 364       <td><em>Application</em>
 365         <ul>
 366           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 367             view if structures already loaded</li>
 368           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 369             structure views</li>
 370         </ul></td>
 371       <td>
 372         <div align="left">
 373           <em>General</em>
 374           <ul>
 375             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 376               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 377             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 378               example sequences/projects/trees</li>
 379           </ul>
 380           <em>Application</em>
 381           <ul>
 382             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 383               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 384             <li>Multiple structure views can be opened and
 385               superposed without timeout for structures with multiple
 386               models or multiple sequences in alignment</li>
 387             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 388               a PDB ID HEADER line</li>
 389             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 390               superposition is performed</li>
 391             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 392               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 393             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 394             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 395               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 396               Refs UI option</li>
 397             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 398               view is created on the alignment</li>
 399             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 400               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 401               to open group pop-up menu</li>
 402           </ul>
 403           <em>Build and deployment</em>
 404           <ul>
 405             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 406               tags</li>
 407           </ul>
 408           <em>New Known Issues</em>
 409           <ul>
 410             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 411               work on Windows</li>
 412           </ul>
 413         </div>
 414       </td>
 415     </tr>
 416     <tr>
 417       <td width="60" nowrap>
 418         <div align="center">
 419           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 420         </div>
 421       </td>
 422       <td><em>General</em>
 423         <ul>
 424           <li>
 425           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 429             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 430             better PDB parsing.
 431           </li>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 434             reference sequence
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 438             mousing over sequence associated annotation
 439           </li>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 442             for manual entry
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 446             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 447             for each column
 448           </li>
 449           <li>
 450             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 451             showing or hiding columns containing a feature
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 455             group and sequence associated annotation labels
 456           </li>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 459             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 460             dialogs
 461           </li>
 462
 463         </ul> <em>Application</em>
 464         <ul>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 467             gene/transcript view
 468           </li>
 469           <li>
 470             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 471             dialog
 472           </li>
 473           <li>
 474             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 475             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 479             Pfam sources to xfam.org
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 486             over sequences in Jalview
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 490             regions in ENA and EMBL
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 494             for record retrieval via ENA rest API
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 498             complement operator
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 502             groovy script execution
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 506             alignment window's Calculate menu
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 510             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 514             calculation workers from groovy scripts
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 518             Jalview projects
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 522             associations are now saved/restored from project
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 526             before sequence fetcher is opened
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 530             database chooser opens a sequence fetcher
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 534             the UniProt REST API
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 538             the news reader opening
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 542             querying stored in preferences
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 546             search results
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 553             menu for nucleotide sequences
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 557             and feature counts preserves alignment ordering (and
 558             debugged for complex feature sets).
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 562             viewing structures with Jalview 2.10
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 566             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 567             Ensembl Genomes REST API
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 571             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 572             (Ensembl)
 573           </li>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 576             sequences
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 580             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 581             data from external database records.
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 585             efficient recovery of sequence coding and alignment
 586             annotation relationships.
 587           </li>
 588         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 589         <ul>
 590           <li>
 591             -- JAL---
 592           </li>
 593         </ul> --></td>
 594       <td>
 595         <div align="left">
 596           <em>General</em>
 597           <ul>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 600               menu on OSX
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 604               includes graduated colourschemes
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 608               working with big alignments and lots of hidden columns
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 612               at right of alignment window
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 616               contents
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 620               for DNA alignments
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 624               based tree calculation
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 628               unconserved enabled for group on alignment
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 632               set as reference
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 636               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 637               annotation
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 641               hidden columns present
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 645               user created annotation added to alignment
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 649               '()' base pair annotation
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 653               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 654               Consensus
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 658               feature not working
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 662               beginning of sequence
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 666               entry 3a6s
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 670               from a tree when t-coffee scores are shown
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 674               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 678               some structures
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 682               to Clustal, PIR and PileUp output
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 686               not visible causes alignment window to repaint
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 690               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 691               scores associated with features and annotation rows
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 695               calculation should be case independent
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 699               columns
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 703               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 704               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 708               problems when reference sequence defined and 'show
 709               non-conserved' enabled
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 713               load even when Consensus calculation is disabled
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 717               alignment does nothing
 718             </li>
 719           </ul>
 720           <em>Application</em>
 721           <ul>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 724               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 725               yet fixed for El Capitan)
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 729               output when running on non-gb/us i18n platforms
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 733               hidden sequences as flat-file alignment
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 737               launching Chimera
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 741               (also hotfix for 2.9.0b2)
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 745               reference sequence defined
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 749               alignments and views when revealing hidden columns
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 753               view in a cDNA/Protein splitframe
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 757               sequence from project when only one sequence is
 758               represented
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 762               in Structure Chooser
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 766               structure consensus didn't refresh annotation panel
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 770               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 774               dialogs format columns correctly, don't display array
 775               data, sort columns according to type
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 779               file chooser is cancelled during an image export
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 783               sequence name containing special characters
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 787               case insensitive
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 791               formatting don't wrap
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 795               truncated so L looks like I in consensus annotation
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 799               currently displayed features for the current selection or
 800               view
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 804               after fetching cross-references, and restoring from project
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 808               followed in the structure viewer
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 812               splitframe not restored from project
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 816               trailing end of protein alignment in transcript/product
 817               splitview when pad-gaps not enabled by default
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 821               is case dependent
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 825               article has been read (reopened issue due to
 826               internationalisation problems)
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 830               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 831               cross-references
 832             </li>
 833
 834             <li>
 835               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 836               alignment as HTML
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 840               multiple structures are shown for one or more sequences.
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 844               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 845               is enabled.
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 849               specific PDB id for sequence
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 853               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 854               columns' is disabled.
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 858               selects lowest rather than highest resolution structures
 859               for each sequence
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 863               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 867               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 868             </li>
 869             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 870               after clicking on it to create new annotation for a
 871               column.
 872             </li>
 873             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 874             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 875           </ul>
 876           <em>Applet</em>
 877           <ul>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 880               hidden columns present before start of sequence
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 884               (JSON jars)
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 888               sequences are hidden in applet
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 892               deployment on examples pages.
 893             </li>
 894           </ul>
 895         </div>
 896       </td>
 897     </tr>
 898     <tr>
 899       <td width="60" nowrap>
 900         <div align="center">
 901           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 902             <em>16/10/2015</em></strong>
 903         </div>
 904       </td>
 905       <td><em>General</em>
 906         <ul>
 907           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 908             jars</li>
 909         </ul></td>
 910       <td>
 911         <div align="left">
 912           <em>Application</em>
 913           <ul>
 914             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 915               shown when tree is partitioned</li>
 916             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 917               multiple cDNA/Protein split views</li>
 918           </ul>
 919         </div>
 920       </td>
 921     </tr>
 922     <tr>
 923       <td width="60" nowrap>
 924         <div align="center">
 925           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 926             <em>8/10/2015</em></strong>
 927         </div>
 928       </td>
 929       <td><em>General</em>
 930         <ul>
 931           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 932             2.9</li>
 933         </ul> <em>Application</em>
 934         <ul>
 935           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 936           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 937           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 938         </ul> <em>Applet</em>
 939         <ul>
 940           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 941         </ul><em>Build and Deployment</em>
 942         <ul>
 943           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 944         </ul></td>
 945       <td>
 946         <div align="left">
 947           <em>General</em>
 948           <ul>
 949             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 950               incorrect when sequence start > 1</li>
 951             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 952               documentation</li>
 953             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 954             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 955               loading a features file containing HTML tags in feature
 956               description</li>
 957
 958           </ul>
 959           <em>Application</em>
 960           <ul>
 961             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 962               reimport</li>
 963             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 964               with 'trim retrieved sequences'</li>
 965             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 966               deleting selected columns</li>
 967             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 968               JNLP templates for webstart launch</li>
 969             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 970               unreleased structures for download or viewing</li>
 971             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 972               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 973             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 974               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 975             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 976               recovered from jalview project</li>
 977             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 978               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 979               alignment view</li>
 980             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 981               color schemes from BioJSON</li>
 982           </ul>
 983           <em>Applet</em>
 984           <ul>
 985             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 986               frame</li>
 987             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 988           </ul>
 989         </div>
 990       </td>
 991     </tr>
 992     <tr>
 993       <td><div align="center">
 994           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 995         </div></td>
 996       <td><em>General</em>
 997         <ul>
 998           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 999             alignments:
1000             <ul>
1001               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1002                 and DNA alignment views</li>
1003               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1004                 cDNA alignment views</li>
1005               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1006                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1007               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1008                 protein sequences</li>
1009             </ul>
1010           </li>
1011           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1012           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1013             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1014           <li>New alignment annotation file statements for
1015             reference sequences and marking hidden columns</li>
1016           <li>Reference sequence based alignment shading to
1017             highlight variation</li>
1018           <li>Select or hide columns according to alignment
1019             annotation</li>
1020           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1021           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1022             acid conservation row</li>
1023           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1024         </ul> <em>Application</em>
1025         <ul>
1026           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1027             <ul>
1028               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1029                 view with cDNA/Protein</li>
1030               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1031                 sequences are placed in the same alignment</li>
1032               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1033                 projects</li>
1034             </ul>
1035           </li>
1036
1037           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1038           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1039             Jalview windows</li>
1040
1041           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1042           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1043           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1044             be shown in VARNA</li>
1045
1046           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1047             as the active selected region</li>
1048
1049           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1050             similarity</li>
1051           <li>New Export options
1052             <ul>
1053               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1054                 region export in flat file generation</li>
1055
1056               <li>Export alignment views for display with the <a
1057                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1058
1059               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1060               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1061                 alignment figures to HTML</li>
1062           </li>
1063           <li>3D structure retrieval and display
1064             <ul>
1065               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1066                 Search API</li>
1067               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1068                 PDB structures for a sequence set</li>
1069             </ul>
1070           </li>
1071
1072           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1073             predictions</li>
1074           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1075             for one or a group of sequences</li>
1076           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1077             from the JPred4 web server</li>
1078           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1079             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1080             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1081           </li>
1082           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1083             VARNA 2D Structure'</li>
1084           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1085             Structure ..."</li>
1086
1087         </ul> <em>Applet</em>
1088         <ul>
1089           <li>New layout for applet example pages</li>
1090           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1091             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1092           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1093             Protein alignments</li>
1094         </ul> <em>Development and deployment</em>
1095         <ul>
1096           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1097           <li>Include installation type and git revision in build
1098             properties and console log output</li>
1099           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1100             storing BioJsMSA Templates</li>
1101           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1102         </ul></td>
1103       <td>
1104         <!-- <em>General</em>
1105         <ul>
1106         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1107         <ul>
1108           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1109           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1110           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1111             predictions are not highlighted in amber</li>
1112           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1113             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1114           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1115             associated structure views</li>
1116           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1117             width checkbox not enabled</li>
1118           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1119             creating user defined colours</li>
1120           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1121             mappings for just that viewer's sequences</li>
1122           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1123             multiple models in Chimera</li>
1124           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1125             over Jmol structure</li>
1126           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1127             output to text box</li>
1128           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1129             have incorrect sequence start/end</li>
1130           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1131             Jalview fails</li>
1132           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1133             work for nucleotide</li>
1134           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1135             to a grey/invisible alignment window</li>
1136           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1137             imports to different position</li>
1138           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1139             on some platforms</li>
1140           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1141             populated</li>
1142           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1143             console if Chimera has been opened</li>
1144           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1145           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1146             retrieved</li>
1147           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1148           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1149             either sequence shows on first structure</li>
1150           <li>'Show annotations' options should not make
1151             non-positional annotations visible</li>
1152           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1153             in right place after 'view flanking regions'</li>
1154           <li>File Save As type unset when current file format is
1155             unknown</li>
1156           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1157             projects</li>
1158           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1159             responsive</li>
1160           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1161             several views on same alignment</li>
1162           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1163           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1164             spaces</li>
1165         </ul> <em>Applet</em>
1166         <ul>
1167           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1168           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1169             descriptions containing angle brackets</li>
1170         </ul> <em>General</em>
1171         <ul>
1172           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1173             via jalview annotation file</li>
1174           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1175             with RNA secondary structure</li>
1176           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1177             translation doesn't work.</li>
1178           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1179           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1180             positions</li>
1181           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1182             choosing 1pt font</li>
1183           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1184             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1185             'h'</li>
1186           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1187             new feature</li>
1188           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1189             order dependent</li>
1190           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1191             sequences</li>
1192           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1193         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1194         <ul>
1195           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1196             www.jalview.org</li>
1197         </ul> <em>Application Known issues</em>
1198         <ul>
1199           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1200           <li>Misleading message appears after trying to delete
1201             solid column.</li>
1202           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1203             version launches</li>
1204           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1205             fails with a sequence mismatch</li>
1206           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1207             scrolling alignment to right</li>
1208           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1209             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1210           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1211             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1212           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1213             ultra-high resolution</li>
1214           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1215             quality and conservation</li>
1216           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1217             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1218         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1219         <ul>
1220           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1221           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1222             window is being resized</li>
1223
1224         </ul>
1225       </td>
1226     </tr>
1227     <tr>
1228       <td><div align="center">
1229           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1230         </div></td>
1231       <td><em>General</em>
1232         <ul>
1233           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1234             Certum.PL.</li>
1235           <li>Features and annotation preserved when performing
1236             pairwise alignment</li>
1237           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1238             imported/exported/displayed</li>
1239           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1240             protein secondary structure</li>
1241           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1242               post-hoc with 2.9 release</em>)
1243           </li>
1244
1245         </ul> <em>Application</em>
1246         <ul>
1247           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1248             with 3D structures</li>
1249           <li>Support for parsing RNAML</li>
1250           <li>Annotations menu for layout
1251             <ul>
1252               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1253               <li>place sequence annotation above/below alignment
1254                 annotation</li>
1255             </ul>
1256           <li>Output in Stockholm format</li>
1257           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1258             translation</li>
1259           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1260           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1261             shared between alignments</li>
1262           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1263             Jalview</li>
1264           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1265             all or current selection</li>
1266           <li>disorder and secondary structure predictions
1267             available as dataset annotation</li>
1268           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1269
1270
1271           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1272             alignments from Rfam</li>
1273           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1274
1275           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1276             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1277           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1278           <li>include installation type in build properties and
1279             console log output</li>
1280           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1281             annotation</li>
1282         </ul></td>
1283       <td>
1284         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1285         <ul>
1286           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1287             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1288           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1289             alignment</li>
1290           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1291           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1292           <li>Double click on sequence associated annotation
1293             selects only first column</li>
1294           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1295             leaves shown in tree</li>
1296           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1297             properly</li>
1298           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1299           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1300             screen and buttons not visible</li>
1301           <li>author list isn't updated if already written to
1302             Jalview properties</li>
1303           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1304             from database</li>
1305           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1306           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1307             browser search window</li>
1308           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1309             in feature settings dialog</li>
1310           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1311             desktop</li>
1312           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1313             pass validation</li>
1314           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1315             fit on screen</li>
1316           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1317             tooltip</li>
1318           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1319             defined user preset</li>
1320           <li>MSA web services warns user if they were launched
1321             with invalid input</li>
1322           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1323             Java 8</li>
1324           <li>
1325             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1326             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1327             created
1328           </li>
1329
1330         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1331                                 <ul>
1332                                 </ul> <em>General</em>
1333                                 <ul>
1334                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1335         <ul>
1336           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1337             memory allocation</li>
1338           <li>launchApp service doesn't automatically open
1339             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1340           <li>
1341             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1342             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1343             1.7_055 is available
1344           </li>
1345         </ul> <em>Application Known issues</em>
1346         <ul>
1347           <li>
1348             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1349             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1350             alignment to right
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1354             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1355             with large number of ID
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1359             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1360             start/end
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1364             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1365             structure tracks are rearranged
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1369             invalid rna structure positional highlighting does not
1370             highlight position of invalid base pairs
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1374             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1375             project from alignment window file menu
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1379             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1380             structures
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1384             colour by RNA Helices not enabled when user created
1385             annotation added to alignment
1386           </li>
1387           <li>
1388             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1389             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1390           </li>
1391         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1392         <ul>
1393           <li>
1394             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1395             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1396           </li>
1397           <li>
1398             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1399             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1400           </li>
1401
1402           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1403             when selected</li>
1404         </ul>
1405       </td>
1406     </tr>
1407     <tr>
1408       <td><div align="center">
1409           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1410         </div></td>
1411       <td>
1412         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1413         <em>General</em>
1414         <ul>
1415           <li>Internationalisation of user interface (usually
1416             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1417           <li>Define/Undefine group on current selection with
1418             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1419           <li>Improved group creation/removal options in
1420             alignment/sequence Popup menu</li>
1421           <li>Sensible precision for symbol distribution
1422             percentages shown in logo tooltip.</li>
1423           <li>Annotation panel height set according to amount of
1424             annotation when alignment first opened</li>
1425         </ul> <em>Application</em>
1426         <ul>
1427           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1428             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1429           <li>Select columns containing particular features from
1430             Feature Settings dialog</li>
1431           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1432             sequences</li>
1433           <li>Update Jalview project format:
1434             <ul>
1435               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1436               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1437                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1438               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1439                 colouring</li>
1440             </ul>
1441           </li>
1442           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1443             (PAM250)</li>
1444           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1445             flanking regions for an alignment</li>
1446         </ul>
1447       </td>
1448       <td>
1449         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1450         <ul>
1451           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1452             running after job is cancelled</li>
1453           <li>cannot export features from alignments imported from
1454             Jalview/VAMSAS projects</li>
1455           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1456             float values</li>
1457           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1458             have 'display all symbols' flag set</li>
1459           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1460             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1461           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1462             Jalview</li>
1463           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1464             Lion/Webstart</li>
1465           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1466           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1467           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1468             alignment onto desktop</li>
1469           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1470             'extract scores' function</li>
1471           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1472             alignment window</li>
1473           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1474             performing IUPred disorder prediction</li>
1475           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1476             changing 'normalise logo' display setting</li>
1477           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1478             nothing matches query</li>
1479           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1480             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1481           </li>
1482           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1483             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1484           </li>
1485           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1486             Jalview's menu</li>
1487           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1488             'invalid literal/length code'</li>
1489           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1490             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1491           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1492             colourscheme</li>
1493
1494         </ul> <em>Applet</em>
1495         <ul>
1496           <li>Remove group option is shown even when selection is
1497             not a group</li>
1498           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1499             don't affect groups</li>
1500           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1501             colourscheme name</li>
1502           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1503             Annotation panel is not displayed</li>
1504           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1505             embedded windows</li>
1506         </ul> <em>Other</em>
1507         <ul>
1508           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1509             single sequence were not calculated</li>
1510           <li>annotation files that contain only groups imported as
1511             annotation and junk sequences</li>
1512           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1513             recognised as PFAM or BLC</li>
1514           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1515             doesn't affect background (2.8.0b1)
1516           <li></li>
1517           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1518           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1519             trailing gaps</li>
1520           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1521             registered correctly on import</li>
1522           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1523             certain alignments</li>
1524           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1525             existing annotation based 'use original colours'
1526             colourscheme loses original colours setting</li>
1527         </ul>
1528       </td>
1529     </tr>
1530     <tr>
1531       <td><div align="center">
1532           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1533             <em>30/1/2014</em></strong>
1534         </div></td>
1535       <td>
1536         <ul>
1537           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1538             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1539             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1540             open source project).
1541           </li>
1542           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1543           </li>
1544           <li>Output in Stockholm format</li>
1545           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1546           <li>Export/import group and sequence associated line
1547             graph thresholds</li>
1548           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1549             ambiguity codes</li>
1550           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1551             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1552             works</li>
1553           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1554         </ul> <em>Other improvements</em>
1555         <ul>
1556           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1557           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1558             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1559           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1560             files</li>
1561           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1562           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1563             link but no description</li>
1564           <li>Select primary source when selecting authority in
1565             database fetcher GUI</li>
1566           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1567             Jalview</li>
1568           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1569         </ul>
1570       </td>
1571       <td>
1572         <ul>
1573           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1574             displayed</li>
1575           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1576             secondary structure annotation line</li>
1577           <li>Sequence database accessions not imported when
1578             fetching alignments from Rfam</li>
1579           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1580             identical IDs</li>
1581           <li>View all structures does not always superpose
1582             structures</li>
1583           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1584             reflect user or preset settings</li>
1585           <li>Null pointer exceptions for some services without
1586             presets or adjustable parameters</li>
1587           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1588             discover PDB xRefs</li>
1589           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1590             features with DAS</li>
1591           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1592             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1593           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1594             residue follows a gap</li>
1595           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1596             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1597           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1598             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1599           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1600             annotation already exists on alignment</li>
1601           <li>oninit javascript function should be called after
1602             initialisation completes</li>
1603           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1604             alignment window display</li>
1605           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1606           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1607             to annotation file</li>
1608           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1609             groups created</li>
1610           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1611             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1612           <li>Pressing return several times causes Number Format
1613             exceptions in keyboard mode</li>
1614           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1615             correct partitions for input data</li>
1616           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1617           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1618           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1619           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1620             mode</li>
1621           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1622             changes one row&#39;s threshold</li>
1623           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1624             doesn&#39;t open</li>
1625           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1626             quality histograms</li>
1627         </ul>
1628       </td>
1629     </tr>
1630     <tr>
1631       <td><div align="center">
1632           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1633         </div></td>
1634       <td><em>Application</em>
1635         <ul>
1636           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1637             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1638           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1639             preferences</li>
1640           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1641             in Jalview alignment window</li>
1642           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1643             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1644           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1645             RNA and ambiguity codes</li>
1646
1647           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1648           <li>Support fetching and database reference look up
1649             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1650             refs')</li>
1651           <li>Jalview project improvements
1652             <ul>
1653               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1654                 flag for annotation</li>
1655               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1656                 alignment</li>
1657               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1658                 Jalview project</li>
1659
1660             </ul>
1661           </li>
1662           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1663           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1664             running</li>
1665           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1666           <li>visual indication that web service results are still
1667             being retrieved from server</li>
1668           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1669             starts up for first time</li>
1670           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1671             services</li>
1672           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1673             client library</li>
1674           <li>Examples directory and Groovy library included in
1675             InstallAnywhere distribution</li>
1676         </ul> <em>Applet</em>
1677         <ul>
1678           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1679             visualization applet example</li>
1680         </ul> <em>General</em>
1681         <ul>
1682           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1683           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1684             defaults</li>
1685           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1686             calculation</li>
1687           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1688             matrices
1689           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1690             in HTML</li>
1691           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1692             structure contacts</li>
1693           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1694           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1695           <li>Parse sequence associated secondary structure
1696             information in Stockholm files</li>
1697           <li>HTML Export database accessions and annotation
1698             information presented in tooltip for sequences</li>
1699           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1700             style RNA alignment files</li>
1701           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1702             alignment</li>
1703           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1704             shade each sequence according to its associated alignment
1705             annotation</li>
1706           <li>New Jalview Logo</li>
1707         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1708         <ul>
1709           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1710           <li>New Website!</li>
1711         </ul></td>
1712       <td><em>Application</em>
1713         <ul>
1714           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1715             wsdbfetch REST service</li>
1716           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1717           <li>Filetype associations not installed for webstart
1718             launch</li>
1719           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1720             job execution in full once it is complete</li>
1721           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1722             uploaded via ali_file parameter</li>
1723           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1724           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1725           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1726             submitted for prediction</li>
1727           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1728             desktop window</li>
1729           <li>Putting fractional value into integer text box in
1730             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1731           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1732             windows 7</li>
1733           <li>View all structures fails with exception shown in
1734             structure view</li>
1735           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1736             escaped in a platform independent way</li>
1737           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1738             using proxy</li>
1739           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1740             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1741           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1742             failure when java web start temporary file caching is
1743             disabled</li>
1744           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1745             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1746           <li>Errors during processing of command line arguments
1747             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1748           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1749             DAS sources in sequence fetcher</li>
1750           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1751             dialog is shown</li>
1752           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1753           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1754           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1755           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1756             on OSX Mountain Lion</li>
1757           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1758             sequences with alignment annotation are pasted into the
1759             alignment</li>
1760           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1761             when loaded from Jalview project</li>
1762           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1763           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1764             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1765           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1766             associated with all views</li>
1767           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1768             annotation rows to new window</li>
1769         </ul> <em>Applet</em>
1770         <ul>
1771           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1772             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1773           <li>loading features via javascript API automatically
1774             enables feature display</li>
1775           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1776             work</li>
1777         </ul> <em>General</em>
1778         <ul>
1779           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1780           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1781             and then deselected</li>
1782           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1783           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1784             coloured with clustalx</li>
1785           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1786             exceptions and redraw errors</li>
1787           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1788             reconfigured view</li>
1789           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1790             colour</li>
1791           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1792             for lots of labels</li>
1793         </ul>
1794     </tr>
1795     <tr>
1796       <td>
1797         <div align="center">
1798           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1799         </div>
1800       </td>
1801       <td><em>Application</em>
1802         <ul>
1803           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1804           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1805           <li>View/alignment association menu to enable user to
1806             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1807             its colours/correspondences from</li>
1808           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1809           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1810             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1811           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1812           <li>Annotation row column label formatting attributes
1813             stored in project file</li>
1814           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1815             rows preserved in Jalview project file</li>
1816           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1817             saved using Desktop window menu</li>
1818           <li>Visual indication that command line arguments are
1819             still being processed</li>
1820           <li>Groovy script execution from URL</li>
1821           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1822             preferences</li>
1823           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1824             alignment with sequences that have high similarity and
1825             matching IDs</li>
1826           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1827           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1828             structures in same window</li>
1829           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1830           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1831             analysis function in its own submenu</li>
1832         </ul> <em>Applet</em>
1833         <ul>
1834           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1835             groups</li>
1836           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1837           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1838           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1839           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1840           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1841             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1842           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1843           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1844             parameters are treated as such</li>
1845           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1846             <ul>
1847               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1848               <li>Javascript callbacks for
1849                 <ul>
1850                   <li>Applet initialisation</li>
1851                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1852                 </ul>
1853               </li>
1854               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1855                 functions</li>
1856               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1857               <li>javascript structure viewer harness to pass
1858                 messages between Jmol and Jalview when running as
1859                 distinct applets</li>
1860               <li>sortBy method</li>
1861               <li>Set of applet and application examples shipped
1862                 with documentation</li>
1863               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1864                 javascript message exchange</li>
1865             </ul>
1866         </ul> <em>General</em>
1867         <ul>
1868           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1869             multiple alignments</li>
1870           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1871           <li>User configurable link to enable redirects to a
1872             www.Jalview.org mirror</li>
1873           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1874           <li>Configurable newline string when writing alignment
1875             and other flat files</li>
1876           <li>Allow alignment annotation description lines to
1877             contain html tags</li>
1878         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1879         <ul>
1880           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1881             examples</li>
1882           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1883             using a web service before displaying the result in the
1884             Jalview desktop</li>
1885           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1886           <li>Ant target to publish example html files with applet
1887             archive</li>
1888           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1889           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1890         </ul></td>
1891       <td><em>Application</em>
1892         <ul>
1893           <li>User defined colourscheme throws exception when
1894             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1895           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1896             dialog for valid filename/format</li>
1897           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1898           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1899             P37173</li>
1900           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1901             which sequence is to be associated with the file</li>
1902           <li>Find All raises null pointer exception when query
1903             only matches sequence IDs</li>
1904           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1905           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1906             2.4 cannot be loaded</li>
1907           <li>Filetype associations not installed for webstart
1908             launch</li>
1909           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1910             with sequences in different alignments do not get coloured
1911             by their associated sequence</li>
1912           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1913             not preserved when project is loaded</li>
1914           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1915             stored in Jalview project</li>
1916           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1917             Jalview project</li>
1918           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1919           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1920             by conservation</li>
1921           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1922             created on new view</li>
1923           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1924             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1925           <li>Alignment quality not updated after alignment
1926             annotation row is hidden then shown</li>
1927           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1928             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1929           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1930             properly</li>
1931           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1932             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1933           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1934           <li>Structures imported from file and saved in project
1935             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1936           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1937             job execution in full once it is complete</li>
1938         </ul> <em>Applet</em>
1939         <ul>
1940           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1941             annotation rows are displayed</li>
1942           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1943             codebase</li>
1944           <li>View follows highlighting does not work for positions
1945             in sequences</li>
1946           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1947           <li>Export features raises exception when no features
1948             exist</li>
1949           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1950             for javascript api is modified when separator string
1951             provided as parameter</li>
1952           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1953             alignment with no existing selection</li>
1954           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1955             to applet&#39;s codebase</li>
1956           <li>Status bar not updated after finished searching and
1957             search wraps around to first result</li>
1958           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1959             several Jalview applets causes race conditions and memory
1960             leaks</li>
1961           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1962             not sent from Jmol in applet</li>
1963           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1964             applet API fatally hang browser</li>
1965         </ul> <em>General</em>
1966         <ul>
1967           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1968             position with wrapped view and hidden regions</li>
1969           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1970             with/without hidden columns</li>
1971           <li>Sequence length given in alignment properties window
1972             is off by 1</li>
1973           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1974             import PDB like structure files</li>
1975           <li>Positional search results are only highlighted
1976             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1977           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1978           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1979             given sequence position</li>
1980           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1981             output</li>
1982           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1983             from nucleotide chains correctly</li>
1984           <li>Structure colours not updated when tree partition
1985             changed in alignment</li>
1986           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1987             parsed in interleaved stockholm</li>
1988           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1989             state</li>
1990           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1991             properly</li>
1992           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1993             properly associated with their pdb files</li>
1994         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1995         <ul>
1996           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1997             ApplyCopyright tool</li>
1998         </ul></td>
1999     </tr>
2000     <tr>
2001       <td>
2002         <div align="center">
2003           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2004         </div>
2005       </td>
2006       <td><em>Application</em>
2007         <ul>
2008           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2009             contact web services</li>
2010           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2011             service job window</li>
2012           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2013         </ul></td>
2014       <td>
2015         <ul>
2016           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2017             pir file emitted by Jalview</li>
2018           <li>Existing feature settings transferred to new
2019             alignment view created from cut'n'paste</li>
2020           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2021             parsing PDB files</li>
2022           <li>Consensus and conservation annotation rows
2023             occasionally become blank for all new windows</li>
2024           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2025             in wrapped view mode</li>
2026         </ul> <em>Application</em>
2027         <ul>
2028           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2029             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2030           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2031             parameter names</li>
2032           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2033             is down</li>
2034         </ul>
2035       </td>
2036     </tr>
2037     <tr>
2038       <td>
2039         <div align="center">
2040           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2041         </div>
2042       </td>
2043       <td><em>Application</em>
2044         <ul>
2045           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2046             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2047             (JABAWS)
2048           </li>
2049           <li>Web Services preference tab</li>
2050           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2051             preferences</li>
2052           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2053           <li>Superpose structures using associated sequence
2054             alignment</li>
2055           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2056             viewer</li>
2057         </ul> <em>Applet</em>
2058         <ul>
2059           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2060             link out mechanism</li>
2061         </ul> <em>Other</em>
2062         <ul>
2063           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2064             series 12</li>
2065           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2066             require Java 1.5</li>
2067           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2068             sequence annotation files</li>
2069           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2070             type colour specification</li>
2071           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2072             script to check if it being run in an interactive session or
2073             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2074         </ul></td>
2075       <td>
2076         <ul>
2077           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2078             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2079         </ul> <em>Application</em>
2080         <ul>
2081           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2082             selected Regions menu item</li>
2083           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2084             part of a valid accession ID</li>
2085           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2086             runs out of memory</li>
2087           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2088             analysis results</li>
2089           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2090             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2091           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2092         </ul> <em>Applet</em>
2093         <ul>
2094           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2095             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2096             defined.</li>
2097         </ul>
2098       </td>
2099     </tr>
2100     <tr>
2101       <td>
2102         <div align="center">
2103           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2104         </div>
2105       </td>
2106       <td></td>
2107       <td>
2108         <ul>
2109           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2110             sequence IDs</li>
2111           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2112             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2113           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2114             import correctly</li>
2115           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2116             number of columns are hidden</li>
2117           <li>annotation label popup menu not providing correct
2118             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2119             present</li>
2120           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2121             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2122           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2123             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2124
2125         </ul> <em>Applet</em>
2126         <ul>
2127           <li>annotation panel disappears when annotation is
2128             hidden/removed</li>
2129         </ul> <em>Application</em>
2130         <ul>
2131           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2132             alignment opened where annotation panel is visible but no
2133             annotations are present on alignment</li>
2134           <li>pasted region containing hidden columns is
2135             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2136           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2137             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2138           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2139             selected Rregions menu item.</li>
2140           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2141             'Un' or 'Non'conserved</li>
2142           <li>Sequence feature settings are being shared by
2143             multiple distinct alignments</li>
2144           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2145             changed</li>
2146           <li>double click on group annotation to select sequences
2147             does not propagate to associated trees</li>
2148           <li>Mac OSX specific issues:
2149             <ul>
2150               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2151                 window background</li>
2152               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2153                 name set correctly</li>
2154               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2155                 save feature colourscheme button</li>
2156             </ul>
2157           </li>
2158         </ul>
2159       </td>
2160     </tr>
2161     <tr>
2162
2163       <td>
2164         <div align="center">
2165           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2166         </div>
2167       </td>
2168       <td><em>New Capabilities</em>
2169         <ul>
2170           <li>URL links generated from description line for
2171             regular-expression based URL links (applet and application)
2172
2173
2174
2175
2176
2177
2178           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2179             menu</li>
2180           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2181             structures</li>
2182           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2183             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2184           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2185             average score or total feature count for each sequence.</li>
2186           <li>Shading features by score or associated description</li>
2187           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2188             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2189           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2190             hide everything but the currently selected region.</li>
2191           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2192         </ul> <em>Application</em>
2193         <ul>
2194           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2195             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2196           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2197             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2198           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2199             database references and protein_name is parsed as
2200             description line (BioSapiens terms).</li>
2201           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2202             references in sequence ID tooltip from View menu in
2203             application.</li>
2204           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2205                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2206           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2207             conservation plots</li>
2208           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2209             and visualized as sequence logos</li>
2210           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2211             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2212           </li>
2213           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2214             when a new tree is opened.</li>
2215           <li>Jalview Java Console</li>
2216           <li>Better placement of desktop window when moving
2217             between different screens.</li>
2218           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2219             consensus annotation</li>
2220           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2221             Workflows</li>
2222           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2223             <ul>
2224               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2225                 used to preserve views, structures, and tree display
2226                 settings)</li>
2227               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2228                 command line</li>
2229               <li>Sharing of selected regions between views and
2230                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2231               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2232             </ul></li>
2233         </ul> <em>Applet</em>
2234         <ul>
2235           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2236           <li>New Parameters
2237             <ul>
2238               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2239                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2240                 opened.</li>
2241               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2242                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2243               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2244                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2245               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2246                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2247                 view</li>
2248               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2249                 increase the height or width of a cell in the alignment
2250                 grid relative to the current font size.</li>
2251             </ul>
2252           </li>
2253           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2254             tooltip</li>
2255         </ul> <em>Other</em>
2256         <ul>
2257           <li>Features format: graduated colour definitions and
2258             specification of feature scores</li>
2259           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2260             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2261             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2262           <li>XML formats extended to support graduated feature
2263             colourschemes, group associated annotation, and profile
2264             visualization settings.</li></td>
2265       <td>
2266         <ul>
2267           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2268             rather than description</li>
2269           <li>Non-positional features are now included in sequence
2270             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2271             visibility in tooltip).</li>
2272           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2273           <li>Added URL embedding instructions to features file
2274             documentation.</li>
2275           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2276             'X' in peptide product</li>
2277           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2278             sequence ID and sequence string and query strings do not
2279             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2280           <li>AMSA files only contain first column of
2281             multi-character column annotation labels</li>
2282           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2283             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2284             exported and re-imported)</li>
2285           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2286             name</li>
2287           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2288             as subsequence matches, and correctly reports total number
2289             of both.</li>
2290           <li>Application:
2291             <ul>
2292               <li>Better handling of exceptions during sequence
2293                 retrieval</li>
2294               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2295                 link text excludes the start_end suffix</li>
2296               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2297                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2298               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2299               <li>Sequence description lines properly shared via
2300                 VAMSAS</li>
2301               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2302                 data sources</li>
2303               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2304                 completes before alignment figures are generated.</li>
2305               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2306                 first time.</li>
2307               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2308                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2309               <li>User defined group colours properly recovered
2310                 from Jalview projects.</li>
2311             </ul>
2312           </li>
2313         </ul>
2314       </td>
2315
2316     </tr>
2317     <tr>
2318       <td>
2319         <div align="center">
2320           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2321         </div>
2322       </td>
2323       <td>
2324         <ul>
2325           <li>Experimental support for google analytics usage
2326             tracking.</li>
2327           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2328         </ul>
2329       </td>
2330       <td>
2331         <ul>
2332           <li>Race condition in applet preventing startup in
2333             jre1.6.0u12+.</li>
2334           <li>Exception when feature created from selection beyond
2335             length of sequence.</li>
2336           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2337           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2338             all sequences with a given id</li>
2339           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2340             ID string searches</li>
2341           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2342             alignment to fail with exception</li>
2343         </ul> <em>Application Issues</em>
2344         <ul>
2345           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2346           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2347             data sources</li>
2348         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2349         <ul>
2350           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2351             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2352           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2353             version (java class versioning error fixed)</li>
2354         </ul>
2355       </td>
2356     </tr>
2357     <tr>
2358       <td>
2359
2360         <div align="center">
2361           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2362         </div>
2363       </td>
2364       <td><em>User Interface</em>
2365         <ul>
2366           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2367             translation and protein products</li>
2368           <li>Linked highlighting of structure associated with
2369             residue mapping to codon position</li>
2370           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2371             and 'clear' button</li>
2372           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2373             Tools menu</li>
2374           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2375             numeric data in description line</li>
2376           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2377           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2378             of sequence</li>
2379         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2380         <ul>
2381           <li>JPred3 web service</li>
2382           <li>Prototype sequence search client (no public services
2383             available yet)</li>
2384           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2385             PFAM</li>
2386           <li>URL Links created for matching database cross
2387             references as well as sequence ID</li>
2388           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2389         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2390         <ul>
2391           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2392             databases</li>
2393           <li>Generalised database reference retrieval and
2394             validation to all fetchable databases</li>
2395           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2396             sequence command</li>
2397         </ul> <em>Import and Export</em>
2398         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2399         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2400           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2401         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2402           File</li>
2403         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2404           triplet as name of colourscheme</li>
2405         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2406         <ul>
2407           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2408           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2409             alignments (experimental)</li>
2410           <li>Create new or select existing session to join</li>
2411           <li>load and save of vamsas documents</li>
2412         </ul> <em>Application command line</em>
2413         <ul>
2414           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2415             from applet)</li>
2416           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2417             of DAS servers to query for alignment features</li>
2418           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2419             that are also automatically queried for features</li>
2420           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2421             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2422         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2423         <ul>
2424           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2425             application (when using &quot;View in full
2426             application&quot;)</li>
2427         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2428         <ul>
2429           <li>feature group display control parameter</li>
2430           <li>debug parameter</li>
2431           <li>showbutton parameter</li>
2432         </ul> <em>Applet API methods</em>
2433         <ul>
2434           <li>newView public method</li>
2435           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2436           <li>Feature display control methods</li>
2437           <li>get list of currently selected sequences</li>
2438         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2439         <ul>
2440           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2441           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2442             Jalview release.</li>
2443           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2444             property controls execution of obfuscator</li>
2445           <li>Build target for generating source distribution</li>
2446           <li>Debug flag for javacc</li>
2447           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2448             jalview.bin.Cache</li>
2449           <li>Continuous Build Integration for stable and
2450             development version of Application, Applet and source
2451             distribution</li>
2452         </ul></td>
2453       <td>
2454         <ul>
2455           <li>selected region output includes visible annotations
2456             (for certain formats)</li>
2457           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2458             for editing</li>
2459           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2460           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2461           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2462           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2463             comments</li>
2464           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2465             filenames containing a ':'</li>
2466           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2467             global sequence features</li>
2468           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2469             references from alignment sequences goes to zero</li>
2470           <li>Close of tree branch colour box without colour
2471             selection causes cascading exceptions</li>
2472           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2473           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2474             file parsing fails.</li>
2475           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2476           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2477             not a valid output format</li>
2478           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2479             vamsas</li>
2480           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2481           <li>error messages passed up and output when data read
2482             fails</li>
2483           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2484             sequence is edited</li>
2485           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2486             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2487           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2488             filetype</li>
2489           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2490             import fixed for PFAM records</li>
2491           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2492             window list</li>
2493           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2494             can be read and written correctly to annotation file</li>
2495           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2496             correctly</li>
2497           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2498             non-italic font for representatives in Applet</li>
2499           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2500             Macs.</li>
2501           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2502             Applet)</li>
2503           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2504             due to null pointer exceptions</li>
2505           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2506             first column of alignment</li>
2507           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2508             July 2008</li>
2509           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2510             file is case-insensitive</li>
2511           <li>Sequence features read from Features file appended to
2512             all sequences with matching IDs</li>
2513           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2514             containing a sub-sequence</li>
2515           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2516           <li>feature and annotation file applet parameters
2517             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2518           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2519           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2520             splash-screen version check to complete</li>
2521           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2522             when passing them to the launchApp service</li>
2523           <li>display name and local features preserved in results
2524             retrieved from web service</li>
2525           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2526             sequence fetcher initialisation</li>
2527           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2528             dasobert DAS client</li>
2529           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2530             association</li>
2531           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2532             sequences
2533           </li>
2534         </ul>
2535       </td>
2536     </tr>
2537     <tr>
2538       <td>
2539         <div align="center">
2540           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2541         </div>
2542       </td>
2543       <td>
2544         <ul>
2545           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2546           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2547           <li>Slide sequences</li>
2548           <li>Edit sequence in place</li>
2549           <li>EMBL CDS features</li>
2550           <li>DAS Feature mapping</li>
2551           <li>Feature ordering</li>
2552           <li>Alignment Properties</li>
2553           <li>Annotation Scores</li>
2554           <li>Sort by scores</li>
2555           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2556         </ul>
2557       </td>
2558       <td>
2559         <ul>
2560           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2561           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2562           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2563           <li>Feature group display state in XML</li>
2564           <li>Feature ordering in XML</li>
2565           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2566           <li>Stockholm alignment properties</li>
2567           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2568           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2569           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2570           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2571         </ul>
2572       </td>
2573
2574     </tr>
2575     <tr>
2576       <td>
2577         <div align="center">
2578           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2579         </div>
2580       </td>
2581       <td>
2582         <ul>
2583           <li>Non standard characters can be read and displayed
2584           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2585             applet via textbox
2586           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2587             name &amp; description
2588           <li>Preference setting to display sequence name in
2589             italics
2590           <li>Annotation file format extended to allow
2591             Sequence_groups to be defined
2592           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2593             specified in preferences
2594           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2595             sequences
2596         </ul>
2597       </td>
2598       <td>
2599         <ul>
2600           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2601             installed
2602           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2603           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2604         </ul>
2605       </td>
2606     </tr>
2607     <tr>
2608       <td>
2609         <div align="center">
2610           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2611         </div>
2612       </td>
2613       <td>
2614         <ul>
2615           <li>Multiple views on alignment
2616           <li>Sequence feature editing
2617           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2618           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2619           <li>Background dependent text colour
2620           <li>Right align sequence ids
2621           <li>User-defined lower case residue colours
2622           <li>Format Menu
2623           <li>Select Menu
2624           <li>Menu item accelerator keys
2625           <li>Control-V pastes to current alignment
2626           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2627           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2628           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2629
2630
2631
2632
2633
2634
2635           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2636         </ul>
2637       </td>
2638       <td>
2639         <ul>
2640           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2641           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2642             calculations
2643           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2644             edits
2645           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2646             of alignment)
2647           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2648
2649
2650
2651
2652
2653
2654           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2655             display correctly
2656           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2657           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2658             analysis results
2659           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2660             &#8739;
2661           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2662           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2663           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2664
2665
2666
2667
2668
2669
2670         </ul>
2671       </td>
2672     </tr>
2673     <tr>
2674       <td>
2675         <div align="center">
2676           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2677         </div>
2678       </td>
2679       <td>
2680         <ul>
2681           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2682         </ul>
2683       </td>
2684       <td>
2685         <ul>
2686           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2687             sequence id panel has been resized</li>
2688           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2689             rendered</li>
2690           <li>Annotation files with sequence references - all
2691             elements in file are relative to sequence position</li>
2692           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2693         </ul>
2694       </td>
2695     </tr>
2696     <tr>
2697       <td>
2698         <div align="center">
2699           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2700         </div>
2701       </td>
2702       <td>
2703         <ul>
2704           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2705           <li>DAS Feature fetching</li>
2706           <li>Hide sequences and columns</li>
2707           <li>Export Annotations and Features</li>
2708           <li>GFF file reading / writing</li>
2709           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2710             files</li>
2711           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2712           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2713           <li>Applet can launch the full application</li>
2714           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2715             required)</li>
2716           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2717           <li>Applet can load sequences from parameter
2718             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2719           </li>
2720         </ul>
2721       </td>
2722       <td>
2723         <ul>
2724           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2725           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2726           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2727         </ul>
2728       </td>
2729     </tr>
2730     <tr>
2731       <td>
2732         <div align="center">
2733           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2734         </div>
2735       </td>
2736       <td>
2737         <ul>
2738           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2739           <li>Choose to match case when searching</li>
2740           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2741             expand the visible width and height of the alignment</li>
2742         </ul>
2743       </td>
2744       <td>
2745         <ul>
2746           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2747         </ul>
2748       </td>
2749     </tr>
2750     <tr>
2751       <td>
2752         <div align="center">
2753           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2754         </div>
2755       </td>
2756       <td>&nbsp;</td>
2757       <td>
2758         <ul>
2759           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2760           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2761             value</li>
2762         </ul>
2763       </td>
2764     </tr>
2765     <tr>
2766       <td>
2767         <div align="center">
2768           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2769         </div>
2770       </td>
2771       <td>
2772         <ul>
2773           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2774           <li>Keyboard editing</li>
2775           <li>Create sequence features from searches</li>
2776           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2777             alignments</li>
2778           <li>Features file allows grouping of features</li>
2779           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2780           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2781           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2782         </ul>
2783       </td>
2784       <td>
2785         <ul>
2786           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2787           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2788             descriptions saved.</li>
2789         </ul>
2790       </td>
2791     </tr>
2792     <tr>
2793       <td>
2794         <div align="center">
2795           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2796         </div>
2797       </td>
2798       <td>
2799         <ul>
2800           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2801           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2802           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2803             name for file output</li>
2804           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2805           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2806             used for HTML form input</li>
2807         </ul>
2808       </td>
2809       <td>
2810         <ul>
2811           <li>HTML output writes groups and features</li>
2812           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2813           <li>File IO bugs</li>
2814         </ul>
2815       </td>
2816     </tr>
2817     <tr>
2818       <td>
2819         <div align="center">
2820           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2821         </div>
2822       </td>
2823       <td>
2824         <ul>
2825           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2826           <li>More options for PCA viewer</li>
2827         </ul>
2828       </td>
2829       <td>
2830         <ul>
2831           <li>GUI bugs resolved</li>
2832           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2833         </ul>
2834       </td>
2835     </tr>
2836     <tr>
2837       <td height="63">
2838         <div align="center">
2839           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2840         </div>
2841       </td>
2842       <td>
2843         <ul>
2844           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2845           <li>Jar files are executable</li>
2846           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2847         </ul>
2848       </td>
2849       <td>
2850         <ul>
2851           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2852           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2853           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2854         </ul>
2855       </td>
2856     </tr>
2857     <tr>
2858       <td>
2859         <div align="center">
2860           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2861         </div>
2862       </td>
2863       <td>
2864         <ul>
2865           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2866         </ul>
2867       </td>
2868       <td>
2869         <ul>
2870           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2871         </ul>
2872       </td>
2873     </tr>
2874     <tr>
2875       <td>
2876         <div align="center">
2877           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2878         </div>
2879       </td>
2880       <td>
2881         <ul>
2882           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2883             size</li>
2884         </ul>
2885       </td>
2886       <td>
2887         <ul>
2888           <li>Improved JPred client reliability</li>
2889           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2890         </ul>
2891       </td>
2892     </tr>
2893     <tr>
2894       <td>
2895         <div align="center">
2896           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2897         </div>
2898       </td>
2899       <td>
2900         <ul>
2901           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2902           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2903           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2904             to Colour Menu</li>
2905           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2906           <li>Unix users can set default web browser</li>
2907           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2908           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2909         </ul>
2910       </td>
2911       <td>
2912         <ul>
2913           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2914         </ul>
2915       </td>
2916     </tr>
2917     <tr>
2918       <td>
2919         <div align="center">
2920           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2921         </div>
2922       </td>
2923       <td>&nbsp;</td>
2924       <td>
2925         <ul>
2926           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2927             alignment order.</li>
2928         </ul>
2929       </td>
2930     </tr>
2931     <tr>
2932       <td>
2933         <div align="center">
2934           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2935         </div>
2936       </td>
2937       <td>
2938         <ul>
2939           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2940           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2941           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2942             annotations.</li>
2943           <li>Version and build date written to build properties
2944             file.</li>
2945           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2946             at launch of Jalview.</li>
2947         </ul>
2948       </td>
2949       <td>
2950         <ul>
2951           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2952           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2953           <li>Can remove groups one by one.</li>
2954           <li>Filechooser icons installed.</li>
2955           <li>Finder ignores return character when searching.
2956             Return key will initiate a search.<br>
2957           </li>
2958         </ul>
2959       </td>
2960     </tr>
2961     <tr>
2962       <td>
2963         <div align="center">
2964           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2965         </div>
2966       </td>
2967       <td>
2968         <ul>
2969           <li>New codebase</li>
2970         </ul>
2971       </td>
2972       <td>&nbsp;</td>
2973     </tr>
2974   </table>
2975   <p>&nbsp;</p>
2976 </body>
2977 </html>