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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84           <li><!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be omitted in Overview</li>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  87               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
  91               extension when importing structure files without embedded
  92               names or PDB accessions
  93             </li>
  94             <li><!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be opened by double clicking gaps within sequence feature extent</li>
  95           </ul>
  96           <em>Application</em>
  97           <ul>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-2447 -->
 100               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
 101               menu to hide or show untested features in the application.
 102             </li>
 103             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
 104           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
 105           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
 106           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 107           </ul>
 108           <em>Experimental features</em>
 109           <ul>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 112               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 113               features, and vice-versa.
 114             </li>
 115           </ul>
 116           <em>Applet</em>
 117           <ul>
 118           <li><!--  --></li>
 119           </ul>
 120           <em>Test Suite</em>
 121           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite</li>
 122           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 123           <li><!--  -->
 124           </ul>
 125           </div></td><td><div align="left">
 126           <em>General</em>
 127           <ul>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 130               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 131               this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 135               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 136               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 137               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 138               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 139               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 140               Jalview's PCAs were different to those produced by
 141               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 142               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 143               behaviour<br />
 144               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 145               2.10.1 mode<br />
 146               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 147               restore 2.10.2 mode
 148             </li>
 149             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 150           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 151           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 152           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 153           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 154           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 155           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 156           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 157           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 158           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 159           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 160           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 161           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 162           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 163           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 164           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 165           <li><!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to load</li>
 166           <li><!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog ortholog database</li>
 167           </ul>
 168           <em>Application</em>
 169           <ul>
 170           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 171           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 172           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 173           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 174           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 175           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 176           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 177           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 178           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 179           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 180           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 181           <li><!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL</li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 184               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 185               the project is loaded and the structure viewed
 186             </li>
 187             <li><!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture adjusts start position in wrap mode</li>
 188             <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 189             <li><!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes gaps in selection, current sequence and only within selected columns</li>
 190           </ul>
 191           <em>Applet</em>
 192           <ul>
 193           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 194           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 195           <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
 196           </ul>
 197           <em>New Known Issues</em>
 198           <ul>
 199           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 200           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 201           </ul>
 202
 203           </div>
 204     <tr>
 205       <td width="60" nowrap>
 206         <div align="center">
 207           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 208             <em>29/11/2016</em></strong>
 209         </div>
 210       </td>
 211       <td><div align="left">
 212           <em>General</em>
 213           <ul>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 216               for all consensus calculations
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 220             </li>
 221             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 222               for 2016-2017</li>
 223           </ul>
 224           <em>Application</em>
 225           <ul>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 228               set of database cross-references, sorted alphabetically
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 232               from database cross references. Users with custom links
 233               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 234                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 238               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 239               Chimera session
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 243               the Chimera it is connected to is shut down
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 247               columns menu item to mark columns containing
 248               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 249               of a Find operation)
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 253               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 254               MSAviewer
 255             </li>
 256           </ul>
 257         </div></td>
 258       <td>
 259         <div align="left">
 260           <em>General</em>
 261           <ul>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 264               are not coloured or thresholded according to percent
 265               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 269               hydrophobic
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 273               threshold, amino acid properties)
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 277               reported as mapped to residues in a structure file in the
 278               View Mapping report
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 282               could be added multiple times to a sequence
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 286               bond features shown as two highlighted residues rather
 287               than a range in linked structure views, and treated
 288               correctly when selecting and computing trees from features
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 292               cross-references are matched to database name regardless
 293               of case
 294             </li>
 295
 296           </ul>
 297           <em>Application</em>
 298           <ul>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 301               names without regular expressions also offer links from
 302               Sequence ID
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 306               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 307               update Jalview configuration
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 311               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 315               files with similarly named sequences if dropped onto the
 316               alignment
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 320               entries where more chains exist in the PDB accession than
 321               are reported in the SIFTS file
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 325               the structure view when displayed with Chimera
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 329               panel's View->Show Chains submenu
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 333               work for wrapped alignment views
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 337               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 341               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 342               first annotation row
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 346               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 347             </li>
 348             <li>
 349             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 350             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 351           </ul>
 352 <!--           <em>New Known Issues</em>
 353           <ul>
 354             <li></li>
 355           </ul> -->
 356         </div>
 357       </td>
 358     </tr>
 359       <td width="60" nowrap>
 360         <div align="center">
 361           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 362             <em>25/10/2016</em></strong>
 363         </div>
 364       </td>
 365       <td><em>Application</em>
 366         <ul>
 367           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 368             view if structures already loaded</li>
 369           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 370             structure views</li>
 371         </ul></td>
 372       <td>
 373         <div align="left">
 374           <em>General</em>
 375           <ul>
 376             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 377               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 378             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 379               example sequences/projects/trees</li>
 380           </ul>
 381           <em>Application</em>
 382           <ul>
 383             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 384               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 385             <li>Multiple structure views can be opened and
 386               superposed without timeout for structures with multiple
 387               models or multiple sequences in alignment</li>
 388             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 389               a PDB ID HEADER line</li>
 390             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 391               superposition is performed</li>
 392             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 393               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 394             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 395             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 396               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 397               Refs UI option</li>
 398             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 399               view is created on the alignment</li>
 400             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 401               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 402               to open group pop-up menu</li>
 403           </ul>
 404           <em>Build and deployment</em>
 405           <ul>
 406             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 407               tags</li>
 408           </ul>
 409           <em>New Known Issues</em>
 410           <ul>
 411             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 412               work on Windows</li>
 413           </ul>
 414         </div>
 415       </td>
 416     </tr>
 417     <tr>
 418       <td width="60" nowrap>
 419         <div align="center">
 420           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 421         </div>
 422       </td>
 423       <td><em>General</em>
 424         <ul>
 425           <li>
 426           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 427           </li>
 428           <li>
 429             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 430             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 431             better PDB parsing.
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 435             reference sequence
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 439             mousing over sequence associated annotation
 440           </li>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 443             for manual entry
 444           </li>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 447             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 448             for each column
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 452             showing or hiding columns containing a feature
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 456             group and sequence associated annotation labels
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 460             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 461             dialogs
 462           </li>
 463
 464         </ul> <em>Application</em>
 465         <ul>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 468             gene/transcript view
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 472             dialog
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 476             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 480             Pfam sources to xfam.org
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 487             over sequences in Jalview
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 491             regions in ENA and EMBL
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 495             for record retrieval via ENA rest API
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 499             complement operator
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 503             groovy script execution
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 507             alignment window's Calculate menu
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 511             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 515             calculation workers from groovy scripts
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 519             Jalview projects
 520           </li>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 523             associations are now saved/restored from project
 524           </li>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 527             before sequence fetcher is opened
 528           </li>
 529           <li>
 530             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 531             database chooser opens a sequence fetcher
 532           </li>
 533           <li>
 534             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 535             the UniProt REST API
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 539             the news reader opening
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 543             querying stored in preferences
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 547             search results
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 554             menu for nucleotide sequences
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 558             and feature counts preserves alignment ordering (and
 559             debugged for complex feature sets).
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 563             viewing structures with Jalview 2.10
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 567             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 568             Ensembl Genomes REST API
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 572             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 573             (Ensembl)
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 577             sequences
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 581             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 582             data from external database records.
 583           </li>
 584           <li>
 585             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 586             efficient recovery of sequence coding and alignment
 587             annotation relationships.
 588           </li>
 589         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 590         <ul>
 591           <li>
 592             -- JAL---
 593           </li>
 594         </ul> --></td>
 595       <td>
 596         <div align="left">
 597           <em>General</em>
 598           <ul>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 601               menu on OSX
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 605               includes graduated colourschemes
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 609               working with big alignments and lots of hidden columns
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 613               at right of alignment window
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 617               contents
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 621               for DNA alignments
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 625               based tree calculation
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 629               unconserved enabled for group on alignment
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 633               set as reference
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 637               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 638               annotation
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 642               hidden columns present
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 646               user created annotation added to alignment
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 650               '()' base pair annotation
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 654               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 655               Consensus
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 659               feature not working
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 663               beginning of sequence
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 667               entry 3a6s
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 671               from a tree when t-coffee scores are shown
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 675               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 679               some structures
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 683               to Clustal, PIR and PileUp output
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 687               not visible causes alignment window to repaint
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 691               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 692               scores associated with features and annotation rows
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 696               calculation should be case independent
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 700               columns
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 704               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 705               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 709               problems when reference sequence defined and 'show
 710               non-conserved' enabled
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 714               load even when Consensus calculation is disabled
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 718               alignment does nothing
 719             </li>
 720           </ul>
 721           <em>Application</em>
 722           <ul>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 725               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 726               yet fixed for El Capitan)
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 730               output when running on non-gb/us i18n platforms
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 734               hidden sequences as flat-file alignment
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 738               launching Chimera
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 742               (also hotfix for 2.9.0b2)
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 746               reference sequence defined
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 750               alignments and views when revealing hidden columns
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 754               view in a cDNA/Protein splitframe
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 758               sequence from project when only one sequence is
 759               represented
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 763               in Structure Chooser
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 767               structure consensus didn't refresh annotation panel
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 771               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 775               dialogs format columns correctly, don't display array
 776               data, sort columns according to type
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 780               file chooser is cancelled during an image export
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 784               sequence name containing special characters
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 788               case insensitive
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 792               formatting don't wrap
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 796               truncated so L looks like I in consensus annotation
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 800               currently displayed features for the current selection or
 801               view
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 805               after fetching cross-references, and restoring from project
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 809               followed in the structure viewer
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 813               splitframe not restored from project
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 817               trailing end of protein alignment in transcript/product
 818               splitview when pad-gaps not enabled by default
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 822               is case dependent
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 826               article has been read (reopened issue due to
 827               internationalisation problems)
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 831               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 832               cross-references
 833             </li>
 834
 835             <li>
 836               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 837               alignment as HTML
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 841               multiple structures are shown for one or more sequences.
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 845               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 846               is enabled.
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 850               specific PDB id for sequence
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 854               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 855               columns' is disabled.
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 859               selects lowest rather than highest resolution structures
 860               for each sequence
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 864               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 868               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 869             </li>
 870             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 871               after clicking on it to create new annotation for a
 872               column.
 873             </li>
 874             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 875             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 876           </ul>
 877           <em>Applet</em>
 878           <ul>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 881               hidden columns present before start of sequence
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 885               (JSON jars)
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 889               sequences are hidden in applet
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 893               deployment on examples pages.
 894             </li>
 895           </ul>
 896         </div>
 897       </td>
 898     </tr>
 899     <tr>
 900       <td width="60" nowrap>
 901         <div align="center">
 902           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 903             <em>16/10/2015</em></strong>
 904         </div>
 905       </td>
 906       <td><em>General</em>
 907         <ul>
 908           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 909             jars</li>
 910         </ul></td>
 911       <td>
 912         <div align="left">
 913           <em>Application</em>
 914           <ul>
 915             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 916               shown when tree is partitioned</li>
 917             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 918               multiple cDNA/Protein split views</li>
 919           </ul>
 920         </div>
 921       </td>
 922     </tr>
 923     <tr>
 924       <td width="60" nowrap>
 925         <div align="center">
 926           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 927             <em>8/10/2015</em></strong>
 928         </div>
 929       </td>
 930       <td><em>General</em>
 931         <ul>
 932           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 933             2.9</li>
 934         </ul> <em>Application</em>
 935         <ul>
 936           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 937           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 938           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 939         </ul> <em>Applet</em>
 940         <ul>
 941           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 942         </ul><em>Build and Deployment</em>
 943         <ul>
 944           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 945         </ul></td>
 946       <td>
 947         <div align="left">
 948           <em>General</em>
 949           <ul>
 950             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 951               incorrect when sequence start > 1</li>
 952             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 953               documentation</li>
 954             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 955             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 956               loading a features file containing HTML tags in feature
 957               description</li>
 958
 959           </ul>
 960           <em>Application</em>
 961           <ul>
 962             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 963               reimport</li>
 964             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 965               with 'trim retrieved sequences'</li>
 966             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 967               deleting selected columns</li>
 968             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 969               JNLP templates for webstart launch</li>
 970             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 971               unreleased structures for download or viewing</li>
 972             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 973               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 974             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 975               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 976             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 977               recovered from jalview project</li>
 978             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 979               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 980               alignment view</li>
 981             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 982               color schemes from BioJSON</li>
 983           </ul>
 984           <em>Applet</em>
 985           <ul>
 986             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 987               frame</li>
 988             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 989           </ul>
 990         </div>
 991       </td>
 992     </tr>
 993     <tr>
 994       <td><div align="center">
 995           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 996         </div></td>
 997       <td><em>General</em>
 998         <ul>
 999           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1000             alignments:
1001             <ul>
1002               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1003                 and DNA alignment views</li>
1004               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1005                 cDNA alignment views</li>
1006               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1007                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1008               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1009                 protein sequences</li>
1010             </ul>
1011           </li>
1012           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1013           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1014             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1015           <li>New alignment annotation file statements for
1016             reference sequences and marking hidden columns</li>
1017           <li>Reference sequence based alignment shading to
1018             highlight variation</li>
1019           <li>Select or hide columns according to alignment
1020             annotation</li>
1021           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1022           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1023             acid conservation row</li>
1024           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1025         </ul> <em>Application</em>
1026         <ul>
1027           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1028             <ul>
1029               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1030                 view with cDNA/Protein</li>
1031               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1032                 sequences are placed in the same alignment</li>
1033               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1034                 projects</li>
1035             </ul>
1036           </li>
1037
1038           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1039           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1040             Jalview windows</li>
1041
1042           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1043           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1044           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1045             be shown in VARNA</li>
1046
1047           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1048             as the active selected region</li>
1049
1050           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1051             similarity</li>
1052           <li>New Export options
1053             <ul>
1054               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1055                 region export in flat file generation</li>
1056
1057               <li>Export alignment views for display with the <a
1058                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1059
1060               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1061               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1062                 alignment figures to HTML</li>
1063           </li>
1064           <li>3D structure retrieval and display
1065             <ul>
1066               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1067                 Search API</li>
1068               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1069                 PDB structures for a sequence set</li>
1070             </ul>
1071           </li>
1072
1073           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1074             predictions</li>
1075           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1076             for one or a group of sequences</li>
1077           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1078             from the JPred4 web server</li>
1079           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1080             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1081             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1082           </li>
1083           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1084             VARNA 2D Structure'</li>
1085           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1086             Structure ..."</li>
1087
1088         </ul> <em>Applet</em>
1089         <ul>
1090           <li>New layout for applet example pages</li>
1091           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1092             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1093           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1094             Protein alignments</li>
1095         </ul> <em>Development and deployment</em>
1096         <ul>
1097           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1098           <li>Include installation type and git revision in build
1099             properties and console log output</li>
1100           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1101             storing BioJsMSA Templates</li>
1102           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1103         </ul></td>
1104       <td>
1105         <!-- <em>General</em>
1106         <ul>
1107         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1108         <ul>
1109           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1110           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1111           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1112             predictions are not highlighted in amber</li>
1113           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1114             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1115           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1116             associated structure views</li>
1117           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1118             width checkbox not enabled</li>
1119           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1120             creating user defined colours</li>
1121           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1122             mappings for just that viewer's sequences</li>
1123           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1124             multiple models in Chimera</li>
1125           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1126             over Jmol structure</li>
1127           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1128             output to text box</li>
1129           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1130             have incorrect sequence start/end</li>
1131           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1132             Jalview fails</li>
1133           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1134             work for nucleotide</li>
1135           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1136             to a grey/invisible alignment window</li>
1137           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1138             imports to different position</li>
1139           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1140             on some platforms</li>
1141           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1142             populated</li>
1143           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1144             console if Chimera has been opened</li>
1145           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1146           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1147             retrieved</li>
1148           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1149           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1150             either sequence shows on first structure</li>
1151           <li>'Show annotations' options should not make
1152             non-positional annotations visible</li>
1153           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1154             in right place after 'view flanking regions'</li>
1155           <li>File Save As type unset when current file format is
1156             unknown</li>
1157           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1158             projects</li>
1159           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1160             responsive</li>
1161           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1162             several views on same alignment</li>
1163           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1164           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1165             spaces</li>
1166         </ul> <em>Applet</em>
1167         <ul>
1168           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1169           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1170             descriptions containing angle brackets</li>
1171         </ul> <em>General</em>
1172         <ul>
1173           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1174             via jalview annotation file</li>
1175           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1176             with RNA secondary structure</li>
1177           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1178             translation doesn't work.</li>
1179           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1180           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1181             positions</li>
1182           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1183             choosing 1pt font</li>
1184           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1185             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1186             'h'</li>
1187           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1188             new feature</li>
1189           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1190             order dependent</li>
1191           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1192             sequences</li>
1193           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1194         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1195         <ul>
1196           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1197             www.jalview.org</li>
1198         </ul> <em>Application Known issues</em>
1199         <ul>
1200           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1201           <li>Misleading message appears after trying to delete
1202             solid column.</li>
1203           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1204             version launches</li>
1205           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1206             fails with a sequence mismatch</li>
1207           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1208             scrolling alignment to right</li>
1209           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1210             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1211           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1212             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1213           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1214             ultra-high resolution</li>
1215           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1216             quality and conservation</li>
1217           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1218             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1219         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1220         <ul>
1221           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1222           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1223             window is being resized</li>
1224
1225         </ul>
1226       </td>
1227     </tr>
1228     <tr>
1229       <td><div align="center">
1230           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1231         </div></td>
1232       <td><em>General</em>
1233         <ul>
1234           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1235             Certum.PL.</li>
1236           <li>Features and annotation preserved when performing
1237             pairwise alignment</li>
1238           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1239             imported/exported/displayed</li>
1240           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1241             protein secondary structure</li>
1242           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1243               post-hoc with 2.9 release</em>)
1244           </li>
1245
1246         </ul> <em>Application</em>
1247         <ul>
1248           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1249             with 3D structures</li>
1250           <li>Support for parsing RNAML</li>
1251           <li>Annotations menu for layout
1252             <ul>
1253               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1254               <li>place sequence annotation above/below alignment
1255                 annotation</li>
1256             </ul>
1257           <li>Output in Stockholm format</li>
1258           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1259             translation</li>
1260           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1261           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1262             shared between alignments</li>
1263           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1264             Jalview</li>
1265           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1266             all or current selection</li>
1267           <li>disorder and secondary structure predictions
1268             available as dataset annotation</li>
1269           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1270
1271
1272           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1273             alignments from Rfam</li>
1274           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1275
1276           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1277             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1278           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1279           <li>include installation type in build properties and
1280             console log output</li>
1281           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1282             annotation</li>
1283         </ul></td>
1284       <td>
1285         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1286         <ul>
1287           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1288             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1289           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1290             alignment</li>
1291           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1292           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1293           <li>Double click on sequence associated annotation
1294             selects only first column</li>
1295           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1296             leaves shown in tree</li>
1297           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1298             properly</li>
1299           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1300           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1301             screen and buttons not visible</li>
1302           <li>author list isn't updated if already written to
1303             Jalview properties</li>
1304           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1305             from database</li>
1306           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1307           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1308             browser search window</li>
1309           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1310             in feature settings dialog</li>
1311           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1312             desktop</li>
1313           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1314             pass validation</li>
1315           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1316             fit on screen</li>
1317           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1318             tooltip</li>
1319           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1320             defined user preset</li>
1321           <li>MSA web services warns user if they were launched
1322             with invalid input</li>
1323           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1324             Java 8</li>
1325           <li>
1326             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1327             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1328             created
1329           </li>
1330
1331         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1332                                 <ul>
1333                                 </ul> <em>General</em>
1334                                 <ul>
1335                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1336         <ul>
1337           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1338             memory allocation</li>
1339           <li>launchApp service doesn't automatically open
1340             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1341           <li>
1342             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1343             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1344             1.7_055 is available
1345           </li>
1346         </ul> <em>Application Known issues</em>
1347         <ul>
1348           <li>
1349             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1350             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1351             alignment to right
1352           </li>
1353           <li>
1354             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1355             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1356             with large number of ID
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1360             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1361             start/end
1362           </li>
1363           <li>
1364             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1365             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1366             structure tracks are rearranged
1367           </li>
1368           <li>
1369             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1370             invalid rna structure positional highlighting does not
1371             highlight position of invalid base pairs
1372           </li>
1373           <li>
1374             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1375             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1376             project from alignment window file menu
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1380             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1381             structures
1382           </li>
1383           <li>
1384             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1385             colour by RNA Helices not enabled when user created
1386             annotation added to alignment
1387           </li>
1388           <li>
1389             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1390             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1391           </li>
1392         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1393         <ul>
1394           <li>
1395             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1396             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1397           </li>
1398           <li>
1399             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1400             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1401           </li>
1402
1403           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1404             when selected</li>
1405         </ul>
1406       </td>
1407     </tr>
1408     <tr>
1409       <td><div align="center">
1410           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1411         </div></td>
1412       <td>
1413         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1414         <em>General</em>
1415         <ul>
1416           <li>Internationalisation of user interface (usually
1417             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1418           <li>Define/Undefine group on current selection with
1419             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1420           <li>Improved group creation/removal options in
1421             alignment/sequence Popup menu</li>
1422           <li>Sensible precision for symbol distribution
1423             percentages shown in logo tooltip.</li>
1424           <li>Annotation panel height set according to amount of
1425             annotation when alignment first opened</li>
1426         </ul> <em>Application</em>
1427         <ul>
1428           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1429             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1430           <li>Select columns containing particular features from
1431             Feature Settings dialog</li>
1432           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1433             sequences</li>
1434           <li>Update Jalview project format:
1435             <ul>
1436               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1437               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1438                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1439               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1440                 colouring</li>
1441             </ul>
1442           </li>
1443           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1444             (PAM250)</li>
1445           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1446             flanking regions for an alignment</li>
1447         </ul>
1448       </td>
1449       <td>
1450         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1451         <ul>
1452           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1453             running after job is cancelled</li>
1454           <li>cannot export features from alignments imported from
1455             Jalview/VAMSAS projects</li>
1456           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1457             float values</li>
1458           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1459             have 'display all symbols' flag set</li>
1460           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1461             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1462           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1463             Jalview</li>
1464           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1465             Lion/Webstart</li>
1466           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1467           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1468           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1469             alignment onto desktop</li>
1470           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1471             'extract scores' function</li>
1472           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1473             alignment window</li>
1474           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1475             performing IUPred disorder prediction</li>
1476           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1477             changing 'normalise logo' display setting</li>
1478           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1479             nothing matches query</li>
1480           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1481             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1482           </li>
1483           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1484             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1485           </li>
1486           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1487             Jalview's menu</li>
1488           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1489             'invalid literal/length code'</li>
1490           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1491             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1492           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1493             colourscheme</li>
1494
1495         </ul> <em>Applet</em>
1496         <ul>
1497           <li>Remove group option is shown even when selection is
1498             not a group</li>
1499           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1500             don't affect groups</li>
1501           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1502             colourscheme name</li>
1503           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1504             Annotation panel is not displayed</li>
1505           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1506             embedded windows</li>
1507         </ul> <em>Other</em>
1508         <ul>
1509           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1510             single sequence were not calculated</li>
1511           <li>annotation files that contain only groups imported as
1512             annotation and junk sequences</li>
1513           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1514             recognised as PFAM or BLC</li>
1515           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1516             doesn't affect background (2.8.0b1)
1517           <li></li>
1518           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1519           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1520             trailing gaps</li>
1521           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1522             registered correctly on import</li>
1523           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1524             certain alignments</li>
1525           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1526             existing annotation based 'use original colours'
1527             colourscheme loses original colours setting</li>
1528         </ul>
1529       </td>
1530     </tr>
1531     <tr>
1532       <td><div align="center">
1533           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1534             <em>30/1/2014</em></strong>
1535         </div></td>
1536       <td>
1537         <ul>
1538           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1539             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1540             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1541             open source project).
1542           </li>
1543           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1544           </li>
1545           <li>Output in Stockholm format</li>
1546           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1547           <li>Export/import group and sequence associated line
1548             graph thresholds</li>
1549           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1550             ambiguity codes</li>
1551           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1552             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1553             works</li>
1554           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1555         </ul> <em>Other improvements</em>
1556         <ul>
1557           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1558           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1559             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1560           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1561             files</li>
1562           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1563           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1564             link but no description</li>
1565           <li>Select primary source when selecting authority in
1566             database fetcher GUI</li>
1567           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1568             Jalview</li>
1569           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1570         </ul>
1571       </td>
1572       <td>
1573         <ul>
1574           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1575             displayed</li>
1576           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1577             secondary structure annotation line</li>
1578           <li>Sequence database accessions not imported when
1579             fetching alignments from Rfam</li>
1580           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1581             identical IDs</li>
1582           <li>View all structures does not always superpose
1583             structures</li>
1584           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1585             reflect user or preset settings</li>
1586           <li>Null pointer exceptions for some services without
1587             presets or adjustable parameters</li>
1588           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1589             discover PDB xRefs</li>
1590           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1591             features with DAS</li>
1592           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1593             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1594           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1595             residue follows a gap</li>
1596           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1597             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1598           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1599             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1600           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1601             annotation already exists on alignment</li>
1602           <li>oninit javascript function should be called after
1603             initialisation completes</li>
1604           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1605             alignment window display</li>
1606           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1607           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1608             to annotation file</li>
1609           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1610             groups created</li>
1611           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1612             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1613           <li>Pressing return several times causes Number Format
1614             exceptions in keyboard mode</li>
1615           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1616             correct partitions for input data</li>
1617           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1618           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1619           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1620           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1621             mode</li>
1622           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1623             changes one row&#39;s threshold</li>
1624           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1625             doesn&#39;t open</li>
1626           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1627             quality histograms</li>
1628         </ul>
1629       </td>
1630     </tr>
1631     <tr>
1632       <td><div align="center">
1633           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1634         </div></td>
1635       <td><em>Application</em>
1636         <ul>
1637           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1638             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1639           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1640             preferences</li>
1641           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1642             in Jalview alignment window</li>
1643           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1644             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1645           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1646             RNA and ambiguity codes</li>
1647
1648           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1649           <li>Support fetching and database reference look up
1650             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1651             refs')</li>
1652           <li>Jalview project improvements
1653             <ul>
1654               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1655                 flag for annotation</li>
1656               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1657                 alignment</li>
1658               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1659                 Jalview project</li>
1660
1661             </ul>
1662           </li>
1663           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1664           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1665             running</li>
1666           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1667           <li>visual indication that web service results are still
1668             being retrieved from server</li>
1669           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1670             starts up for first time</li>
1671           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1672             services</li>
1673           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1674             client library</li>
1675           <li>Examples directory and Groovy library included in
1676             InstallAnywhere distribution</li>
1677         </ul> <em>Applet</em>
1678         <ul>
1679           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1680             visualization applet example</li>
1681         </ul> <em>General</em>
1682         <ul>
1683           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1684           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1685             defaults</li>
1686           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1687             calculation</li>
1688           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1689             matrices
1690           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1691             in HTML</li>
1692           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1693             structure contacts</li>
1694           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1695           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1696           <li>Parse sequence associated secondary structure
1697             information in Stockholm files</li>
1698           <li>HTML Export database accessions and annotation
1699             information presented in tooltip for sequences</li>
1700           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1701             style RNA alignment files</li>
1702           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1703             alignment</li>
1704           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1705             shade each sequence according to its associated alignment
1706             annotation</li>
1707           <li>New Jalview Logo</li>
1708         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1709         <ul>
1710           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1711           <li>New Website!</li>
1712         </ul></td>
1713       <td><em>Application</em>
1714         <ul>
1715           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1716             wsdbfetch REST service</li>
1717           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1718           <li>Filetype associations not installed for webstart
1719             launch</li>
1720           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1721             job execution in full once it is complete</li>
1722           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1723             uploaded via ali_file parameter</li>
1724           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1725           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1726           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1727             submitted for prediction</li>
1728           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1729             desktop window</li>
1730           <li>Putting fractional value into integer text box in
1731             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1732           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1733             windows 7</li>
1734           <li>View all structures fails with exception shown in
1735             structure view</li>
1736           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1737             escaped in a platform independent way</li>
1738           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1739             using proxy</li>
1740           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1741             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1742           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1743             failure when java web start temporary file caching is
1744             disabled</li>
1745           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1746             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1747           <li>Errors during processing of command line arguments
1748             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1749           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1750             DAS sources in sequence fetcher</li>
1751           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1752             dialog is shown</li>
1753           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1754           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1755           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1756           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1757             on OSX Mountain Lion</li>
1758           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1759             sequences with alignment annotation are pasted into the
1760             alignment</li>
1761           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1762             when loaded from Jalview project</li>
1763           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1764           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1765             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1766           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1767             associated with all views</li>
1768           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1769             annotation rows to new window</li>
1770         </ul> <em>Applet</em>
1771         <ul>
1772           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1773             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1774           <li>loading features via javascript API automatically
1775             enables feature display</li>
1776           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1777             work</li>
1778         </ul> <em>General</em>
1779         <ul>
1780           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1781           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1782             and then deselected</li>
1783           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1784           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1785             coloured with clustalx</li>
1786           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1787             exceptions and redraw errors</li>
1788           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1789             reconfigured view</li>
1790           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1791             colour</li>
1792           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1793             for lots of labels</li>
1794         </ul>
1795     </tr>
1796     <tr>
1797       <td>
1798         <div align="center">
1799           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1800         </div>
1801       </td>
1802       <td><em>Application</em>
1803         <ul>
1804           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1805           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1806           <li>View/alignment association menu to enable user to
1807             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1808             its colours/correspondences from</li>
1809           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1810           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1811             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1812           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1813           <li>Annotation row column label formatting attributes
1814             stored in project file</li>
1815           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1816             rows preserved in Jalview project file</li>
1817           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1818             saved using Desktop window menu</li>
1819           <li>Visual indication that command line arguments are
1820             still being processed</li>
1821           <li>Groovy script execution from URL</li>
1822           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1823             preferences</li>
1824           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1825             alignment with sequences that have high similarity and
1826             matching IDs</li>
1827           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1828           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1829             structures in same window</li>
1830           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1831           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1832             analysis function in its own submenu</li>
1833         </ul> <em>Applet</em>
1834         <ul>
1835           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1836             groups</li>
1837           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1838           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1839           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1840           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1841           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1842             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1843           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1844           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1845             parameters are treated as such</li>
1846           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1847             <ul>
1848               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1849               <li>Javascript callbacks for
1850                 <ul>
1851                   <li>Applet initialisation</li>
1852                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1853                 </ul>
1854               </li>
1855               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1856                 functions</li>
1857               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1858               <li>javascript structure viewer harness to pass
1859                 messages between Jmol and Jalview when running as
1860                 distinct applets</li>
1861               <li>sortBy method</li>
1862               <li>Set of applet and application examples shipped
1863                 with documentation</li>
1864               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1865                 javascript message exchange</li>
1866             </ul>
1867         </ul> <em>General</em>
1868         <ul>
1869           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1870             multiple alignments</li>
1871           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1872           <li>User configurable link to enable redirects to a
1873             www.Jalview.org mirror</li>
1874           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1875           <li>Configurable newline string when writing alignment
1876             and other flat files</li>
1877           <li>Allow alignment annotation description lines to
1878             contain html tags</li>
1879         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1880         <ul>
1881           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1882             examples</li>
1883           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1884             using a web service before displaying the result in the
1885             Jalview desktop</li>
1886           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1887           <li>Ant target to publish example html files with applet
1888             archive</li>
1889           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1890           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1891         </ul></td>
1892       <td><em>Application</em>
1893         <ul>
1894           <li>User defined colourscheme throws exception when
1895             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1896           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1897             dialog for valid filename/format</li>
1898           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1899           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1900             P37173</li>
1901           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1902             which sequence is to be associated with the file</li>
1903           <li>Find All raises null pointer exception when query
1904             only matches sequence IDs</li>
1905           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1906           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1907             2.4 cannot be loaded</li>
1908           <li>Filetype associations not installed for webstart
1909             launch</li>
1910           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1911             with sequences in different alignments do not get coloured
1912             by their associated sequence</li>
1913           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1914             not preserved when project is loaded</li>
1915           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1916             stored in Jalview project</li>
1917           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1918             Jalview project</li>
1919           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1920           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1921             by conservation</li>
1922           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1923             created on new view</li>
1924           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1925             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1926           <li>Alignment quality not updated after alignment
1927             annotation row is hidden then shown</li>
1928           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1929             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1930           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1931             properly</li>
1932           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1933             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1934           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1935           <li>Structures imported from file and saved in project
1936             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1937           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1938             job execution in full once it is complete</li>
1939         </ul> <em>Applet</em>
1940         <ul>
1941           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1942             annotation rows are displayed</li>
1943           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1944             codebase</li>
1945           <li>View follows highlighting does not work for positions
1946             in sequences</li>
1947           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1948           <li>Export features raises exception when no features
1949             exist</li>
1950           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1951             for javascript api is modified when separator string
1952             provided as parameter</li>
1953           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1954             alignment with no existing selection</li>
1955           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1956             to applet&#39;s codebase</li>
1957           <li>Status bar not updated after finished searching and
1958             search wraps around to first result</li>
1959           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1960             several Jalview applets causes race conditions and memory
1961             leaks</li>
1962           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1963             not sent from Jmol in applet</li>
1964           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1965             applet API fatally hang browser</li>
1966         </ul> <em>General</em>
1967         <ul>
1968           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1969             position with wrapped view and hidden regions</li>
1970           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1971             with/without hidden columns</li>
1972           <li>Sequence length given in alignment properties window
1973             is off by 1</li>
1974           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1975             import PDB like structure files</li>
1976           <li>Positional search results are only highlighted
1977             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1978           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1979           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1980             given sequence position</li>
1981           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1982             output</li>
1983           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1984             from nucleotide chains correctly</li>
1985           <li>Structure colours not updated when tree partition
1986             changed in alignment</li>
1987           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1988             parsed in interleaved stockholm</li>
1989           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1990             state</li>
1991           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1992             properly</li>
1993           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1994             properly associated with their pdb files</li>
1995         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1996         <ul>
1997           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1998             ApplyCopyright tool</li>
1999         </ul></td>
2000     </tr>
2001     <tr>
2002       <td>
2003         <div align="center">
2004           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2005         </div>
2006       </td>
2007       <td><em>Application</em>
2008         <ul>
2009           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2010             contact web services</li>
2011           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2012             service job window</li>
2013           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2014         </ul></td>
2015       <td>
2016         <ul>
2017           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2018             pir file emitted by Jalview</li>
2019           <li>Existing feature settings transferred to new
2020             alignment view created from cut'n'paste</li>
2021           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2022             parsing PDB files</li>
2023           <li>Consensus and conservation annotation rows
2024             occasionally become blank for all new windows</li>
2025           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2026             in wrapped view mode</li>
2027         </ul> <em>Application</em>
2028         <ul>
2029           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2030             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2031           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2032             parameter names</li>
2033           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2034             is down</li>
2035         </ul>
2036       </td>
2037     </tr>
2038     <tr>
2039       <td>
2040         <div align="center">
2041           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2042         </div>
2043       </td>
2044       <td><em>Application</em>
2045         <ul>
2046           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2047             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2048             (JABAWS)
2049           </li>
2050           <li>Web Services preference tab</li>
2051           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2052             preferences</li>
2053           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2054           <li>Superpose structures using associated sequence
2055             alignment</li>
2056           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2057             viewer</li>
2058         </ul> <em>Applet</em>
2059         <ul>
2060           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2061             link out mechanism</li>
2062         </ul> <em>Other</em>
2063         <ul>
2064           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2065             series 12</li>
2066           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2067             require Java 1.5</li>
2068           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2069             sequence annotation files</li>
2070           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2071             type colour specification</li>
2072           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2073             script to check if it being run in an interactive session or
2074             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2075         </ul></td>
2076       <td>
2077         <ul>
2078           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2079             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2080         </ul> <em>Application</em>
2081         <ul>
2082           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2083             selected Regions menu item</li>
2084           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2085             part of a valid accession ID</li>
2086           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2087             runs out of memory</li>
2088           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2089             analysis results</li>
2090           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2091             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2092           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2093         </ul> <em>Applet</em>
2094         <ul>
2095           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2096             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2097             defined.</li>
2098         </ul>
2099       </td>
2100     </tr>
2101     <tr>
2102       <td>
2103         <div align="center">
2104           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2105         </div>
2106       </td>
2107       <td></td>
2108       <td>
2109         <ul>
2110           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2111             sequence IDs</li>
2112           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2113             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2114           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2115             import correctly</li>
2116           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2117             number of columns are hidden</li>
2118           <li>annotation label popup menu not providing correct
2119             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2120             present</li>
2121           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2122             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2123           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2124             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2125
2126         </ul> <em>Applet</em>
2127         <ul>
2128           <li>annotation panel disappears when annotation is
2129             hidden/removed</li>
2130         </ul> <em>Application</em>
2131         <ul>
2132           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2133             alignment opened where annotation panel is visible but no
2134             annotations are present on alignment</li>
2135           <li>pasted region containing hidden columns is
2136             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2137           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2138             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2139           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2140             selected Rregions menu item.</li>
2141           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2142             'Un' or 'Non'conserved</li>
2143           <li>Sequence feature settings are being shared by
2144             multiple distinct alignments</li>
2145           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2146             changed</li>
2147           <li>double click on group annotation to select sequences
2148             does not propagate to associated trees</li>
2149           <li>Mac OSX specific issues:
2150             <ul>
2151               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2152                 window background</li>
2153               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2154                 name set correctly</li>
2155               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2156                 save feature colourscheme button</li>
2157             </ul>
2158           </li>
2159         </ul>
2160       </td>
2161     </tr>
2162     <tr>
2163
2164       <td>
2165         <div align="center">
2166           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2167         </div>
2168       </td>
2169       <td><em>New Capabilities</em>
2170         <ul>
2171           <li>URL links generated from description line for
2172             regular-expression based URL links (applet and application)
2173
2174
2175
2176
2177
2178
2179           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2180             menu</li>
2181           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2182             structures</li>
2183           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2184             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2185           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2186             average score or total feature count for each sequence.</li>
2187           <li>Shading features by score or associated description</li>
2188           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2189             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2190           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2191             hide everything but the currently selected region.</li>
2192           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2193         </ul> <em>Application</em>
2194         <ul>
2195           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2196             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2197           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2198             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2199           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2200             database references and protein_name is parsed as
2201             description line (BioSapiens terms).</li>
2202           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2203             references in sequence ID tooltip from View menu in
2204             application.</li>
2205           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2206                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2207           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2208             conservation plots</li>
2209           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2210             and visualized as sequence logos</li>
2211           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2212             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2213           </li>
2214           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2215             when a new tree is opened.</li>
2216           <li>Jalview Java Console</li>
2217           <li>Better placement of desktop window when moving
2218             between different screens.</li>
2219           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2220             consensus annotation</li>
2221           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2222             Workflows</li>
2223           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2224             <ul>
2225               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2226                 used to preserve views, structures, and tree display
2227                 settings)</li>
2228               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2229                 command line</li>
2230               <li>Sharing of selected regions between views and
2231                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2232               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2233             </ul></li>
2234         </ul> <em>Applet</em>
2235         <ul>
2236           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2237           <li>New Parameters
2238             <ul>
2239               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2240                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2241                 opened.</li>
2242               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2243                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2244               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2245                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2246               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2247                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2248                 view</li>
2249               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2250                 increase the height or width of a cell in the alignment
2251                 grid relative to the current font size.</li>
2252             </ul>
2253           </li>
2254           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2255             tooltip</li>
2256         </ul> <em>Other</em>
2257         <ul>
2258           <li>Features format: graduated colour definitions and
2259             specification of feature scores</li>
2260           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2261             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2262             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2263           <li>XML formats extended to support graduated feature
2264             colourschemes, group associated annotation, and profile
2265             visualization settings.</li></td>
2266       <td>
2267         <ul>
2268           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2269             rather than description</li>
2270           <li>Non-positional features are now included in sequence
2271             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2272             visibility in tooltip).</li>
2273           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2274           <li>Added URL embedding instructions to features file
2275             documentation.</li>
2276           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2277             'X' in peptide product</li>
2278           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2279             sequence ID and sequence string and query strings do not
2280             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2281           <li>AMSA files only contain first column of
2282             multi-character column annotation labels</li>
2283           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2284             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2285             exported and re-imported)</li>
2286           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2287             name</li>
2288           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2289             as subsequence matches, and correctly reports total number
2290             of both.</li>
2291           <li>Application:
2292             <ul>
2293               <li>Better handling of exceptions during sequence
2294                 retrieval</li>
2295               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2296                 link text excludes the start_end suffix</li>
2297               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2298                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2299               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2300               <li>Sequence description lines properly shared via
2301                 VAMSAS</li>
2302               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2303                 data sources</li>
2304               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2305                 completes before alignment figures are generated.</li>
2306               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2307                 first time.</li>
2308               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2309                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2310               <li>User defined group colours properly recovered
2311                 from Jalview projects.</li>
2312             </ul>
2313           </li>
2314         </ul>
2315       </td>
2316
2317     </tr>
2318     <tr>
2319       <td>
2320         <div align="center">
2321           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2322         </div>
2323       </td>
2324       <td>
2325         <ul>
2326           <li>Experimental support for google analytics usage
2327             tracking.</li>
2328           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2329         </ul>
2330       </td>
2331       <td>
2332         <ul>
2333           <li>Race condition in applet preventing startup in
2334             jre1.6.0u12+.</li>
2335           <li>Exception when feature created from selection beyond
2336             length of sequence.</li>
2337           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2338           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2339             all sequences with a given id</li>
2340           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2341             ID string searches</li>
2342           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2343             alignment to fail with exception</li>
2344         </ul> <em>Application Issues</em>
2345         <ul>
2346           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2347           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2348             data sources</li>
2349         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2350         <ul>
2351           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2352             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2353           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2354             version (java class versioning error fixed)</li>
2355         </ul>
2356       </td>
2357     </tr>
2358     <tr>
2359       <td>
2360
2361         <div align="center">
2362           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2363         </div>
2364       </td>
2365       <td><em>User Interface</em>
2366         <ul>
2367           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2368             translation and protein products</li>
2369           <li>Linked highlighting of structure associated with
2370             residue mapping to codon position</li>
2371           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2372             and 'clear' button</li>
2373           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2374             Tools menu</li>
2375           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2376             numeric data in description line</li>
2377           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2378           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2379             of sequence</li>
2380         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2381         <ul>
2382           <li>JPred3 web service</li>
2383           <li>Prototype sequence search client (no public services
2384             available yet)</li>
2385           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2386             PFAM</li>
2387           <li>URL Links created for matching database cross
2388             references as well as sequence ID</li>
2389           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2390         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2391         <ul>
2392           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2393             databases</li>
2394           <li>Generalised database reference retrieval and
2395             validation to all fetchable databases</li>
2396           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2397             sequence command</li>
2398         </ul> <em>Import and Export</em>
2399         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2400         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2401           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2402         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2403           File</li>
2404         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2405           triplet as name of colourscheme</li>
2406         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2407         <ul>
2408           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2409           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2410             alignments (experimental)</li>
2411           <li>Create new or select existing session to join</li>
2412           <li>load and save of vamsas documents</li>
2413         </ul> <em>Application command line</em>
2414         <ul>
2415           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2416             from applet)</li>
2417           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2418             of DAS servers to query for alignment features</li>
2419           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2420             that are also automatically queried for features</li>
2421           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2422             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2423         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2424         <ul>
2425           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2426             application (when using &quot;View in full
2427             application&quot;)</li>
2428         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2429         <ul>
2430           <li>feature group display control parameter</li>
2431           <li>debug parameter</li>
2432           <li>showbutton parameter</li>
2433         </ul> <em>Applet API methods</em>
2434         <ul>
2435           <li>newView public method</li>
2436           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2437           <li>Feature display control methods</li>
2438           <li>get list of currently selected sequences</li>
2439         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2440         <ul>
2441           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2442           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2443             Jalview release.</li>
2444           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2445             property controls execution of obfuscator</li>
2446           <li>Build target for generating source distribution</li>
2447           <li>Debug flag for javacc</li>
2448           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2449             jalview.bin.Cache</li>
2450           <li>Continuous Build Integration for stable and
2451             development version of Application, Applet and source
2452             distribution</li>
2453         </ul></td>
2454       <td>
2455         <ul>
2456           <li>selected region output includes visible annotations
2457             (for certain formats)</li>
2458           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2459             for editing</li>
2460           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2461           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2462           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2463           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2464             comments</li>
2465           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2466             filenames containing a ':'</li>
2467           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2468             global sequence features</li>
2469           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2470             references from alignment sequences goes to zero</li>
2471           <li>Close of tree branch colour box without colour
2472             selection causes cascading exceptions</li>
2473           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2474           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2475             file parsing fails.</li>
2476           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2477           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2478             not a valid output format</li>
2479           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2480             vamsas</li>
2481           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2482           <li>error messages passed up and output when data read
2483             fails</li>
2484           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2485             sequence is edited</li>
2486           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2487             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2488           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2489             filetype</li>
2490           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2491             import fixed for PFAM records</li>
2492           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2493             window list</li>
2494           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2495             can be read and written correctly to annotation file</li>
2496           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2497             correctly</li>
2498           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2499             non-italic font for representatives in Applet</li>
2500           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2501             Macs.</li>
2502           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2503             Applet)</li>
2504           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2505             due to null pointer exceptions</li>
2506           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2507             first column of alignment</li>
2508           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2509             July 2008</li>
2510           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2511             file is case-insensitive</li>
2512           <li>Sequence features read from Features file appended to
2513             all sequences with matching IDs</li>
2514           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2515             containing a sub-sequence</li>
2516           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2517           <li>feature and annotation file applet parameters
2518             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2519           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2520           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2521             splash-screen version check to complete</li>
2522           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2523             when passing them to the launchApp service</li>
2524           <li>display name and local features preserved in results
2525             retrieved from web service</li>
2526           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2527             sequence fetcher initialisation</li>
2528           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2529             dasobert DAS client</li>
2530           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2531             association</li>
2532           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2533             sequences
2534           </li>
2535         </ul>
2536       </td>
2537     </tr>
2538     <tr>
2539       <td>
2540         <div align="center">
2541           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2542         </div>
2543       </td>
2544       <td>
2545         <ul>
2546           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2547           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2548           <li>Slide sequences</li>
2549           <li>Edit sequence in place</li>
2550           <li>EMBL CDS features</li>
2551           <li>DAS Feature mapping</li>
2552           <li>Feature ordering</li>
2553           <li>Alignment Properties</li>
2554           <li>Annotation Scores</li>
2555           <li>Sort by scores</li>
2556           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2557         </ul>
2558       </td>
2559       <td>
2560         <ul>
2561           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2562           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2563           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2564           <li>Feature group display state in XML</li>
2565           <li>Feature ordering in XML</li>
2566           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2567           <li>Stockholm alignment properties</li>
2568           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2569           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2570           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2571           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2572         </ul>
2573       </td>
2574
2575     </tr>
2576     <tr>
2577       <td>
2578         <div align="center">
2579           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2580         </div>
2581       </td>
2582       <td>
2583         <ul>
2584           <li>Non standard characters can be read and displayed
2585           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2586             applet via textbox
2587           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2588             name &amp; description
2589           <li>Preference setting to display sequence name in
2590             italics
2591           <li>Annotation file format extended to allow
2592             Sequence_groups to be defined
2593           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2594             specified in preferences
2595           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2596             sequences
2597         </ul>
2598       </td>
2599       <td>
2600         <ul>
2601           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2602             installed
2603           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2604           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2605         </ul>
2606       </td>
2607     </tr>
2608     <tr>
2609       <td>
2610         <div align="center">
2611           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2612         </div>
2613       </td>
2614       <td>
2615         <ul>
2616           <li>Multiple views on alignment
2617           <li>Sequence feature editing
2618           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2619           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2620           <li>Background dependent text colour
2621           <li>Right align sequence ids
2622           <li>User-defined lower case residue colours
2623           <li>Format Menu
2624           <li>Select Menu
2625           <li>Menu item accelerator keys
2626           <li>Control-V pastes to current alignment
2627           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2628           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2629           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2630
2631
2632
2633
2634
2635
2636           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2637         </ul>
2638       </td>
2639       <td>
2640         <ul>
2641           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2642           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2643             calculations
2644           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2645             edits
2646           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2647             of alignment)
2648           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2649
2650
2651
2652
2653
2654
2655           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2656             display correctly
2657           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2658           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2659             analysis results
2660           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2661             &#8739;
2662           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2663           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2664           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2665
2666
2667
2668
2669
2670
2671         </ul>
2672       </td>
2673     </tr>
2674     <tr>
2675       <td>
2676         <div align="center">
2677           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2678         </div>
2679       </td>
2680       <td>
2681         <ul>
2682           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2683         </ul>
2684       </td>
2685       <td>
2686         <ul>
2687           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2688             sequence id panel has been resized</li>
2689           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2690             rendered</li>
2691           <li>Annotation files with sequence references - all
2692             elements in file are relative to sequence position</li>
2693           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2694         </ul>
2695       </td>
2696     </tr>
2697     <tr>
2698       <td>
2699         <div align="center">
2700           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2701         </div>
2702       </td>
2703       <td>
2704         <ul>
2705           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2706           <li>DAS Feature fetching</li>
2707           <li>Hide sequences and columns</li>
2708           <li>Export Annotations and Features</li>
2709           <li>GFF file reading / writing</li>
2710           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2711             files</li>
2712           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2713           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2714           <li>Applet can launch the full application</li>
2715           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2716             required)</li>
2717           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2718           <li>Applet can load sequences from parameter
2719             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2720           </li>
2721         </ul>
2722       </td>
2723       <td>
2724         <ul>
2725           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2726           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2727           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2728         </ul>
2729       </td>
2730     </tr>
2731     <tr>
2732       <td>
2733         <div align="center">
2734           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2735         </div>
2736       </td>
2737       <td>
2738         <ul>
2739           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2740           <li>Choose to match case when searching</li>
2741           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2742             expand the visible width and height of the alignment</li>
2743         </ul>
2744       </td>
2745       <td>
2746         <ul>
2747           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2748         </ul>
2749       </td>
2750     </tr>
2751     <tr>
2752       <td>
2753         <div align="center">
2754           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2755         </div>
2756       </td>
2757       <td>&nbsp;</td>
2758       <td>
2759         <ul>
2760           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2761           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2762             value</li>
2763         </ul>
2764       </td>
2765     </tr>
2766     <tr>
2767       <td>
2768         <div align="center">
2769           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2770         </div>
2771       </td>
2772       <td>
2773         <ul>
2774           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2775           <li>Keyboard editing</li>
2776           <li>Create sequence features from searches</li>
2777           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2778             alignments</li>
2779           <li>Features file allows grouping of features</li>
2780           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2781           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2782           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2783         </ul>
2784       </td>
2785       <td>
2786         <ul>
2787           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2788           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2789             descriptions saved.</li>
2790         </ul>
2791       </td>
2792     </tr>
2793     <tr>
2794       <td>
2795         <div align="center">
2796           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2797         </div>
2798       </td>
2799       <td>
2800         <ul>
2801           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2802           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2803           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2804             name for file output</li>
2805           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2806           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2807             used for HTML form input</li>
2808         </ul>
2809       </td>
2810       <td>
2811         <ul>
2812           <li>HTML output writes groups and features</li>
2813           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2814           <li>File IO bugs</li>
2815         </ul>
2816       </td>
2817     </tr>
2818     <tr>
2819       <td>
2820         <div align="center">
2821           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2822         </div>
2823       </td>
2824       <td>
2825         <ul>
2826           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2827           <li>More options for PCA viewer</li>
2828         </ul>
2829       </td>
2830       <td>
2831         <ul>
2832           <li>GUI bugs resolved</li>
2833           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2834         </ul>
2835       </td>
2836     </tr>
2837     <tr>
2838       <td height="63">
2839         <div align="center">
2840           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2841         </div>
2842       </td>
2843       <td>
2844         <ul>
2845           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2846           <li>Jar files are executable</li>
2847           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2848         </ul>
2849       </td>
2850       <td>
2851         <ul>
2852           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2853           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2854           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2855         </ul>
2856       </td>
2857     </tr>
2858     <tr>
2859       <td>
2860         <div align="center">
2861           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2862         </div>
2863       </td>
2864       <td>
2865         <ul>
2866           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2867         </ul>
2868       </td>
2869       <td>
2870         <ul>
2871           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2872         </ul>
2873       </td>
2874     </tr>
2875     <tr>
2876       <td>
2877         <div align="center">
2878           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2879         </div>
2880       </td>
2881       <td>
2882         <ul>
2883           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2884             size</li>
2885         </ul>
2886       </td>
2887       <td>
2888         <ul>
2889           <li>Improved JPred client reliability</li>
2890           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2891         </ul>
2892       </td>
2893     </tr>
2894     <tr>
2895       <td>
2896         <div align="center">
2897           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2898         </div>
2899       </td>
2900       <td>
2901         <ul>
2902           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2903           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2904           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2905             to Colour Menu</li>
2906           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2907           <li>Unix users can set default web browser</li>
2908           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2909           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2910         </ul>
2911       </td>
2912       <td>
2913         <ul>
2914           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2915         </ul>
2916       </td>
2917     </tr>
2918     <tr>
2919       <td>
2920         <div align="center">
2921           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2922         </div>
2923       </td>
2924       <td>&nbsp;</td>
2925       <td>
2926         <ul>
2927           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2928             alignment order.</li>
2929         </ul>
2930       </td>
2931     </tr>
2932     <tr>
2933       <td>
2934         <div align="center">
2935           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2936         </div>
2937       </td>
2938       <td>
2939         <ul>
2940           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2941           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2942           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2943             annotations.</li>
2944           <li>Version and build date written to build properties
2945             file.</li>
2946           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2947             at launch of Jalview.</li>
2948         </ul>
2949       </td>
2950       <td>
2951         <ul>
2952           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2953           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2954           <li>Can remove groups one by one.</li>
2955           <li>Filechooser icons installed.</li>
2956           <li>Finder ignores return character when searching.
2957             Return key will initiate a search.<br>
2958           </li>
2959         </ul>
2960       </td>
2961     </tr>
2962     <tr>
2963       <td>
2964         <div align="center">
2965           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2966         </div>
2967       </td>
2968       <td>
2969         <ul>
2970           <li>New codebase</li>
2971         </ul>
2972       </td>
2973       <td>&nbsp;</td>
2974     </tr>
2975   </table>
2976   <p>&nbsp;</p>
2977 </body>
2978 </html>