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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td><div align="center">
  49           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
  50         </div></td>
  51       <td><em>General</em>
  52         <ul>
  53           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
  54             alignments:
  55             <ul>
  56               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
  57                 and DNA alignment views</li>
  58               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
  59                 cDNA alignment views</li>
  60               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
  61                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
  62               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
  63                 protein sequences</li>
  64             </ul>
  65           </li>
  66           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
  67           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
  68             href="">BioJSON</a></li>
  69           <li>New alignment annotation file statements for
  70             reference sequences and marking hidden columns</li>
  71           <li>Reference sequence based alignment shading to
  72             highlight variation</li>
  73           <li>Select or hide columns according to alignment
  74             annotation</li>
  75           <li>Find option for locating sequences by description</li>
  76           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
  77             acid conservation row</li>
  78           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
  79         </ul> <em>Application</em>
  80         <ul>
  81           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
  82             <ul>
  83               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
  84                 view with cDNA/Protein</li>
  85               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
  86                 sequences are placed in the same alignment</li>
  87               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
  88                 projects</li>
  89             </ul>
  90           </li>
  91
  92           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
  93           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
  94             Jalview windows</li>
  95
  96           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
  97           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
  98           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
  99             be shown in VARNA</li>
 100
 101           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 102             as the active selected region</li>
 103
 104           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 105             similarity</li>
 106           <li>New Export options
 107             <ul>
 108               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 109                 region export in flat file generation</li>
 110
 111               <li>Export alignment views for display with the <a
 112                 href="http://biojs.io/d/msa">BioJS MSAViewer</a></li>
 113
 114               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 115               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 116                 alignment figures to HTML</li>
 117           </li>
 118           <li>3D structure retrieval and display
 119             <ul>
 120               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 121                 Search API</li>
 122               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 123                 PDB structures for a sequence set</li>
 124             </ul>
 125           </li>
 126
 127           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 128             predictions</li>
 129           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 130             for one or a group of sequences</li>
 131           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 132             from the JPred4 web server</li>
 133           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 134             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 135             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 136           </li>
 137           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 138             VARNA 2D Structure'</li>
 139           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 140             Structure ..."</li>
 141
 142         </ul> <em>Applet</em>
 143         <ul>
 144           <li>New layout for applet example pages</li>
 145           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 146             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 147           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 148             Protein alignments</li>
 149         </ul> <em>Development and deployment</em>
 150         <ul>
 151           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 152           <li>Include installation type and git revision in build
 153             properties and console log output</li>
 154           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 155             storing BioJsMSA Templates</li>
 156           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 157         </ul></td>
 158       <td>
 159         <!-- <em>General</em>
 160         <ul>
 161         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 162         <ul>
 163           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 164           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 165           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 166             predictions are not highlighted in amber</li>
 167           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 168             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 169           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 170             associated structure views</li>
 171           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 172             width checkbox not enabled</li>
 173           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 174             creating user defined colours</li>
 175           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 176             mappings for just that viewer's sequences</li>
 177           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 178             multiple models in Chimera</li>
 179           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 180             over Jmol structure</li>
 181           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 182             output to text box</li>
 183           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 184             have incorrect sequence start/end</li>
 185           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 186             Jalview fails</li>
 187           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 188             work for nucleotide</li>
 189           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 190             to a grey/invisible alignment window</li>
 191           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 192             imports to different position</li>
 193           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 194             on some platforms</li>
 195           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 196             populated</li>
 197           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 198             console if Chimera has been opened</li>
 199           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 200           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 201             retrieved</li>
 202           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 203           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 204             either sequence shows on first structure</li>
 205           <li>'Show annotations' options should not make
 206             non-positional annotations visible</li>
 207           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 208             in right place after 'view flanking regions'</li>
 209           <li>File Save As type unset when current file format is
 210             unknown</li>
 211           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 212             projects</li>
 213           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 214             responsive</li>
 215           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 216             several views on same alignment</li>
 217           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 218           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 219             spaces</li>
 220         </ul> <em>Applet</em>
 221         <ul>
 222           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 223           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 224             descriptions containing angle brackets</li>
 225         </ul> <em>General</em>
 226         <ul>
 227           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 228             via jalview annotation file</li>
 229           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 230             with RNA secondary structure</li>
 231           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 232             translation doesn't work.</li>
 233           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 234           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 235             positions</li>
 236           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 237             choosing 1pt font</li>
 238           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 239             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 240             'h'</li>
 241           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 242             new feature</li>
 243           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 244             order dependent</li>
 245           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 246             sequences</li>
 247           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 248         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 249         <ul>
 250           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 251             www.jalview.org</li>
 252         </ul> <em>Application Known issues</em>
 253         <ul>
 254           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 255           <li>Misleading message appears after trying to delete
 256             solid column.</li>
 257           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 258             version launches</li>
 259           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 260             fails with a sequence mismatch</li>
 261           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 262             scrolling alignment to right</li>
 263           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 264             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 265           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 266             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 267           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 268             ultra-high resolution</li>
 269           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 270             quality and conservation</li>
 271           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 272             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 273         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 274         <ul>
 275           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 276           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 277             window is being resized</li>
 278
 279         </ul>
 280       </td>
 281     </tr>
 282     <tr>
 283       <td width="60" nowrap>
 284         <div align="center">
 285           <strong><a name="Jalview.2.8.2b1">2.8.2b1</a><br />
 286             <em>15/12/2014</em></strong>
 287         </div>
 288       </td>
 289       <td>
 290         <div align="center"></div>
 291       </td>
 292       <td>
 293         <div align="center">
 294           <ul>
 295             <li>Reinstated the display of default example file on
 296               startup</li>
 297             <li>All pairs shown in Jalview window when viewing
 298               result of pairwise alignment</li>
 299           </ul>
 300         </div>
 301       </td>
 302     </tr>
 303     <tr>
 304       <td><div align="center">
 305           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 306         </div></td>
 307       <td><em>General</em>
 308         <ul>
 309           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 310             Certum.PL.</li>
 311           <li>Features and annotation preserved when performing
 312             pairwise alignment</li>
 313           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 314             imported/exported/displayed</li>
 315           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 316             protein secondary structure</li>
 317           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 318               post-hoc with 2.9 release</em>)
 319           </li>
 320
 321         </ul> <em>Application</em>
 322         <ul>
 323           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 324             with 3D structures</li>
 325           <li>Support for parsing RNAML</li>
 326           <li>Annotations menu for layout
 327             <ul>
 328               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 329               <li>place sequence annotation above/below alignment
 330                 annotation</li>
 331             </ul>
 332           <li>Output in Stockholm format</li>
 333           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 334             translation</li>
 335           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 336           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 337             shared between alignments</li>
 338           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 339             Jalview</li>
 340           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 341             all or current selection</li>
 342           <li>disorder and secondary structure predictions
 343             available as dataset annotation</li>
 344           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 345
 346
 347           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 348             alignments from Rfam</li>
 349           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 350
 351           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 352             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 353           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 354           <li>include installation type in build properties and
 355             console log output</li>
 356           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 357             annotation</li>
 358         </ul></td>
 359       <td>
 360         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 361         <ul>
 362           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 363             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 364           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 365             alignment</li>
 366           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 367           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 368           <li>Double click on sequence associated annotation
 369             selects only first column</li>
 370           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 371             leaves shown in tree</li>
 372           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 373             properly</li>
 374           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 375           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 376             screen and buttons not visible</li>
 377           <li>author list isn't updated if already written to
 378             Jalview properties</li>
 379           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 380             from database</li>
 381           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 382           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 383             browser search window</li>
 384           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 385             in feature settings dialog</li>
 386           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 387             desktop</li>
 388           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 389             pass validation</li>
 390           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 391             fit on screen</li>
 392           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 393             tooltip</li>
 394           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 395             defined user preset</li>
 396           <li>MSA web services warns user if they were launched
 397             with invalid input</li>
 398           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 399             Java 8</li>
 400           <li>
 401             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 402             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 403             created
 404           </li>
 405
 406         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 407                                 <ul>
 408                                 </ul> <em>General</em>
 409                                 <ul>
 410                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 411         <ul>
 412           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 413             memory allocation</li>
 414           <li>launchApp service doesn't automatically open
 415             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 416           <li>
 417             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 418             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 419             1.7_055 is available
 420           </li>
 421         </ul> <em>Application Known issues</em>
 422         <ul>
 423           <li>
 424             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 425             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 426             alignment to right
 427           </li>
 428           <li>
 429             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 430             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 431             with large number of ID
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 435             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 436             start/end
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 440             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 441             structure tracks are rearranged
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 445             invalid rna structure positional highlighting does not
 446             highlight position of invalid base pairs
 447           </li>
 448           <li>
 449             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 450             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 451             project from alignment window file menu
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 455             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 456             structures
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 460             colour by RNA Helices not enabled when user created
 461             annotation added to alignment
 462           </li>
 463           <li>
 464             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
 465             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
 466           </li>
 467         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 468         <ul>
 469           <li>
 470             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
 471             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
 472           </li>
 473           <li>
 474             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
 475             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
 476           </li>
 477
 478           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
 479             when selected</li>
 480         </ul>
 481       </td>
 482     </tr>
 483     <tr>
 484       <td><div align="center">
 485           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
 486         </div></td>
 487       <td>
 488         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
 489         <em>General</em>
 490         <ul>
 491           <li>Internationalisation of user interface (usually
 492             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
 493           <li>Define/Undefine group on current selection with
 494             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
 495           <li>Improved group creation/removal options in
 496             alignment/sequence Popup menu</li>
 497           <li>Sensible precision for symbol distribution
 498             percentages shown in logo tooltip.</li>
 499           <li>Annotation panel height set according to amount of
 500             annotation when alignment first opened</li>
 501         </ul> <em>Application</em>
 502         <ul>
 503           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
 504             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
 505           <li>Select columns containing particular features from
 506             Feature Settings dialog</li>
 507           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
 508             sequences</li>
 509           <li>Update Jalview project format:
 510             <ul>
 511               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
 512               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
 513                 store secondary structure annotation,etc)</li>
 514               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
 515                 colouring</li>
 516             </ul>
 517           </li>
 518           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
 519             (PAM250)</li>
 520           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
 521             flanking regions for an alignment</li>
 522         </ul>
 523       </td>
 524       <td>
 525         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 526         <ul>
 527           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
 528             running after job is cancelled</li>
 529           <li>cannot export features from alignments imported from
 530             Jalview/VAMSAS projects</li>
 531           <li>Buggy slider for web service parameters that take
 532             float values</li>
 533           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
 534             have 'display all symbols' flag set</li>
 535           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
 536             annotation shading not saved in Jalview project</li>
 537           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
 538             Jalview</li>
 539           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
 540             Lion/Webstart</li>
 541           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
 542           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
 543           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
 544             alignment onto desktop</li>
 545           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
 546             'extract scores' function</li>
 547           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
 548             alignment window</li>
 549           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
 550             performing IUPred disorder prediction</li>
 551           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
 552             changing 'normalise logo' display setting</li>
 553           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
 554             nothing matches query</li>
 555           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
 556             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
 557           </li>
 558           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
 559             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
 560           </li>
 561           <li>Not all working JABAWS services are shown in
 562             Jalview's menu</li>
 563           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
 564             'invalid literal/length code'</li>
 565           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
 566             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
 567           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
 568             colourscheme</li>
 569
 570         </ul> <em>Applet</em>
 571         <ul>
 572           <li>Remove group option is shown even when selection is
 573             not a group</li>
 574           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
 575             don't affect groups</li>
 576           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
 577             colourscheme name</li>
 578           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
 579             Annotation panel is not displayed</li>
 580           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
 581             embedded windows</li>
 582         </ul> <em>Other</em>
 583         <ul>
 584           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
 585             single sequence were not calculated</li>
 586           <li>annotation files that contain only groups imported as
 587             annotation and junk sequences</li>
 588           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
 589             recognised as PFAM or BLC</li>
 590           <li>conservation/PID slider apply all groups option
 591             doesn't affect background (2.8.0b1)
 592           <li></li>
 593           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
 594           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
 595             trailing gaps</li>
 596           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
 597             registered correctly on import</li>
 598           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
 599             certain alignments</li>
 600           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
 601             existing annotation based 'use original colours'
 602             colourscheme loses original colours setting</li>
 603         </ul>
 604       </td>
 605     </tr>
 606     <tr>
 607       <td><div align="center">
 608           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
 609           <em>30/1/2014</em></strong>
 610         </div></td>
 611       <td>
 612         <ul>
 613           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
 614             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
 615             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
 616             open source project).
 617           </li>
 618           <li>Jalview SRS links replaced by Uniprot and EBI-search
 619           </li>
 620           <li>Output in Stockholm format</li>
 621           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
 622           <li>Export/import group and sequence associated line
 623             graph thresholds</li>
 624           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
 625             ambiguity codes</li>
 626           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
 627             selection (or visible selection) in the same way that JPred
 628             works</li>
 629           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
 630         </ul> <em>Other improvements</em>
 631         <ul>
 632           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
 633           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
 634             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
 635           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
 636             files</li>
 637           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
 638           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
 639             link but no description</li>
 640           <li>Select primary source when selecting authority in
 641             database fetcher GUI</li>
 642           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
 643             Jalview</li>
 644           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
 645         </ul>
 646       </td>
 647       <td>
 648         <ul>
 649           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
 650             displayed</li>
 651           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
 652             secondary structure annotation line</li>
 653           <li>Sequence database accessions not imported when
 654             fetching alignments from Rfam</li>
 655           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
 656             identical IDs</li>
 657           <li>View all structures does not always superpose
 658             structures</li>
 659           <li>Option widgets in service parameters not updated to
 660             reflect user or preset settings</li>
 661           <li>Null pointer exceptions for some services without
 662             presets or adjustable parameters</li>
 663           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
 664             discover PDB xRefs</li>
 665           <li>Exception encountered while trying to retrieve
 666             features with DAS</li>
 667           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
 668             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
 669           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
 670             residue follows a gap</li>
 671           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
 672             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
 673           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
 674             shown in wrap mode when no annotations present</li>
 675           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
 676             annotation already exists on alignment</li>
 677           <li>oninit javascript function should be called after
 678             initialisation completes</li>
 679           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
 680             alignment window display</li>
 681           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
 682           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
 683             to annotation file</li>
 684           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
 685             groups created</li>
 686           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
 687             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
 688           <li>Pressing return several times causes Number Format
 689             exceptions in keyboard mode</li>
 690           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
 691             correct partitions for input data</li>
 692           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
 693           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
 694           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
 695           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
 696             mode</li>
 697           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
 698             changes one row&#39;s threshold</li>
 699           <li>Preferences and Feature settings panel panel
 700             doesn&#39;t open</li>
 701           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
 702             quality histograms</li>
 703         </ul>
 704       </td>
 705     </tr>
 706     <tr>
 707       <td><div align="center">
 708           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
 709         </div></td>
 710       <td><em>Application</em>
 711         <ul>
 712           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
 713             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
 714           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
 715             preferences</li>
 716           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
 717             in Jalview alignment window</li>
 718           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
 719             mountain lion, windows 7, and 8</li>
 720           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
 721             RNA and ambiguity codes</li>
 722
 723           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
 724           <li>Support fetching and database reference look up
 725             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
 726             refs')</li>
 727           <li>Jalview project improvements
 728             <ul>
 729               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
 730                 flag for annotation</li>
 731               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
 732                 alignment</li>
 733               <li>Store AACon calculation settings for a view in
 734                 Jalview project</li>
 735
 736             </ul>
 737           </li>
 738           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
 739           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
 740             running</li>
 741           <li>Simpler JABA web services menus</li>
 742           <li>visual indication that web service results are still
 743             being retrieved from server</li>
 744           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
 745             starts up for first time</li>
 746           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
 747             services</li>
 748           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
 749             client library</li>
 750           <li>Examples directory and Groovy library included in
 751             InstallAnywhere distribution</li>
 752         </ul> <em>Applet</em>
 753         <ul>
 754           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
 755             visualization applet example</li>
 756         </ul> <em>General</em>
 757         <ul>
 758           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
 759           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
 760             defaults</li>
 761           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
 762             calculation</li>
 763           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
 764             matrices
 765           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
 766             in HTML</li>
 767           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
 768             structure contacts</li>
 769           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
 770           <li>RNA base pair logo consensus</li>
 771           <li>Parse sequence associated secondary structure
 772             information in Stockholm files</li>
 773           <li>HTML Export database accessions and annotation
 774             information presented in tooltip for sequences</li>
 775           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
 776             style RNA alignment files</li>
 777           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
 778             alignment</li>
 779           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
 780             shade each sequence according to its associated alignment
 781             annotation</li>
 782           <li>New Jalview Logo</li>
 783         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 784         <ul>
 785           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
 786           <li>New Website!</li>
 787         </ul></td>
 788       <td><em>Application</em>
 789         <ul>
 790           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
 791             wsdbfetch REST service</li>
 792           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
 793           <li>Filetype associations not installed for webstart
 794             launch</li>
 795           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
 796             job execution in full once it is complete</li>
 797           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
 798             uploaded via ali_file parameter</li>
 799           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
 800           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
 801           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
 802             submitted for prediction</li>
 803           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
 804             desktop window</li>
 805           <li>Putting fractional value into integer text box in
 806             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
 807           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
 808             windows 7</li>
 809           <li>View all structures fails with exception shown in
 810             structure view</li>
 811           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
 812             escaped in a platform independent way</li>
 813           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
 814             using proxy</li>
 815           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
 816             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
 817           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
 818             failure when java web start temporary file caching is
 819             disabled</li>
 820           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
 821             results in sequence xref which includes range qualification</li>
 822           <li>Errors during processing of command line arguments
 823             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
 824           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
 825             DAS sources in sequence fetcher</li>
 826           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
 827             dialog is shown</li>
 828           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
 829           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
 830           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
 831           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
 832             on OSX Mountain Lion</li>
 833           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
 834             sequences with alignment annotation are pasted into the
 835             alignment</li>
 836           <li>Sequence associated annotation rows not associated
 837             when loaded from Jalview project</li>
 838           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
 839           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
 840             cancelled or job failed due to invalid input</li>
 841           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
 842             associated with all views</li>
 843           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
 844             annotation rows to new window</li>
 845         </ul> <em>Applet</em>
 846         <ul>
 847           <li>Sequence features are momentarily displayed before
 848             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
 849           <li>loading features via javascript API automatically
 850             enables feature display</li>
 851           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
 852             work</li>
 853         </ul> <em>General</em>
 854         <ul>
 855           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
 856           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
 857             and then deselected</li>
 858           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
 859           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
 860             coloured with clustalx</li>
 861           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
 862             exceptions and redraw errors</li>
 863           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
 864             reconfigured view</li>
 865           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
 866             colour</li>
 867           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
 868             for lots of labels</li>
 869         </ul>
 870     </tr>
 871     <tr>
 872       <td>
 873         <div align="center">
 874           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
 875         </div>
 876       </td>
 877       <td><em>Application</em>
 878         <ul>
 879           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
 880           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
 881           <li>View/alignment association menu to enable user to
 882             easily specify which alignment a multi-structure view takes
 883             its colours/correspondences from</li>
 884           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
 885           <li>Extend Jalview project to preserve associations
 886             between many alignment views and a single Jmol display</li>
 887           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
 888           <li>Annotation row column label formatting attributes
 889             stored in project file</li>
 890           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
 891             rows preserved in Jalview project file</li>
 892           <li>Visual progress indication when Jalview state is
 893             saved using Desktop window menu</li>
 894           <li>Visual indication that command line arguments are
 895             still being processed</li>
 896           <li>Groovy script execution from URL</li>
 897           <li>Colour by annotation default min and max colours in
 898             preferences</li>
 899           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
 900             alignment with sequences that have high similarity and
 901             matching IDs</li>
 902           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
 903           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
 904             structures in same window</li>
 905           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
 906           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
 907             analysis function in its own submenu</li>
 908         </ul> <em>Applet</em>
 909         <ul>
 910           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
 911             groups</li>
 912           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
 913           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
 914           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
 915           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
 916           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
 917             annotated from GFF/Jalview features files</li>
 918           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
 919           <li>Absolute paths relative to host server in applet
 920             parameters are treated as such</li>
 921           <li>New in the JalviewLite javascript API:
 922             <ul>
 923               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
 924               <li>Javascript callbacks for
 925                 <ul>
 926                   <li>Applet initialisation</li>
 927                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
 928                 </ul>
 929               </li>
 930               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
 931                 functions</li>
 932               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
 933               <li>javascript structure viewer harness to pass
 934                 messages between Jmol and Jalview when running as
 935                 distinct applets</li>
 936               <li>sortBy method</li>
 937               <li>Set of applet and application examples shipped
 938                 with documentation</li>
 939               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
 940                 javascript message exchange</li>
 941             </ul>
 942         </ul> <em>General</em>
 943         <ul>
 944           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
 945             multiple alignments</li>
 946           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
 947           <li>User configurable link to enable redirects to a
 948             www.Jalview.org mirror</li>
 949           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
 950           <li>Configurable newline string when writing alignment
 951             and other flat files</li>
 952           <li>Allow alignment annotation description lines to
 953             contain html tags</li>
 954         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 955         <ul>
 956           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
 957             examples</li>
 958           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
 959             using a web service before displaying the result in the
 960             Jalview desktop</li>
 961           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
 962           <li>Ant target to publish example html files with applet
 963             archive</li>
 964           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
 965           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
 966         </ul></td>
 967       <td><em>Application</em>
 968         <ul>
 969           <li>User defined colourscheme throws exception when
 970             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
 971           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
 972             dialog for valid filename/format</li>
 973           <li>Cannot view associated structure for Uniprot sequence</li>
 974           <li>PDB file association breaks for Uniprot sequence
 975             P37173</li>
 976           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
 977             which sequence is to be associated with the file</li>
 978           <li>Find All raises null pointer exception when query
 979             only matches sequence IDs</li>
 980           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
 981           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
 982             2.4 cannot be loaded</li>
 983           <li>Filetype associations not installed for webstart
 984             launch</li>
 985           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
 986             with sequences in different alignments do not get coloured
 987             by their associated sequence</li>
 988           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
 989             not preserved when project is loaded</li>
 990           <li>Annotation row height and visibility attributes not
 991             stored in Jalview project</li>
 992           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
 993             Jalview project</li>
 994           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
 995           <li>Enabling show group conservation also enables colour
 996             by conservation</li>
 997           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
 998             created on new view</li>
 999           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1000             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1001           <li>Alignment quality not updated after alignment
1002             annotation row is hidden then shown</li>
1003           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1004             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1005           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1006             properly</li>
1007           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1008             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1009           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1010           <li>Structures imported from file and saved in project
1011             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1012           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1013             job execution in full once it is complete</li>
1014         </ul> <em>Applet</em>
1015         <ul>
1016           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1017             annotation rows are displayed</li>
1018           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1019             codebase</li>
1020           <li>View follows highlighting does not work for positions
1021             in sequences</li>
1022           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1023           <li>Export features raises exception when no features
1024             exist</li>
1025           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1026             for javascript api is modified when separator string
1027             provided as parameter</li>
1028           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1029             alignment with no existing selection</li>
1030           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1031             to applet&#39;s codebase</li>
1032           <li>Status bar not updated after finished searching and
1033             search wraps around to first result</li>
1034           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1035             several Jalview applets causes race conditions and memory
1036             leaks</li>
1037           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1038             not sent from Jmol in applet</li>
1039           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1040             applet API fatally hang browser</li>
1041         </ul> <em>General</em>
1042         <ul>
1043           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1044             position with wrapped view and hidden regions</li>
1045           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1046             with/without hidden columns</li>
1047           <li>Sequence length given in alignment properties window
1048             is off by 1</li>
1049           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1050             import PDB like structure files</li>
1051           <li>Positional search results are only highlighted
1052             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1053           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1054           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1055             given sequence position</li>
1056           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1057             output</li>
1058           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1059             from nucleotide chains correctly</li>
1060           <li>Structure colours not updated when tree partition
1061             changed in alignment</li>
1062           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1063             parsed in interleaved stockholm</li>
1064           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1065             state</li>
1066           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1067             properly</li>
1068           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1069             properly associated with their pdb files</li>
1070         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1071         <ul>
1072           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1073             ApplyCopyright tool</li>
1074         </ul></td>
1075     </tr>
1076     <tr>
1077       <td>
1078         <div align="center">
1079           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1080         </div>
1081       </td>
1082       <td><em>Application</em>
1083         <ul>
1084           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1085             contact web services</li>
1086           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1087             service job window</li>
1088           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1089         </ul></td>
1090       <td>
1091         <ul>
1092           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1093             pir file emitted by Jalview</li>
1094           <li>Existing feature settings transferred to new
1095             alignment view created from cut'n'paste</li>
1096           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1097             parsing PDB files</li>
1098           <li>Consensus and conservation annotation rows
1099             occasionally become blank for all new windows</li>
1100           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1101             in wrapped view mode</li>
1102         </ul> <em>Application</em>
1103         <ul>
1104           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1105             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1106           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1107             parameter names</li>
1108           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1109             is down</li>
1110         </ul>
1111       </td>
1112     </tr>
1113     <tr>
1114       <td>
1115         <div align="center">
1116           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1117         </div>
1118       </td>
1119       <td><em>Application</em>
1120         <ul>
1121           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1122             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1123             (JABAWS)
1124           </li>
1125           <li>Web Services preference tab</li>
1126           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1127             preferences</li>
1128           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1129           <li>Superpose structures using associated sequence
1130             alignment</li>
1131           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1132             viewer</li>
1133         </ul> <em>Applet</em>
1134         <ul>
1135           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1136             link out mechanism</li>
1137         </ul> <em>Other</em>
1138         <ul>
1139           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1140             series 12</li>
1141           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1142             require Java 1.5</li>
1143           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1144             sequence annotation files</li>
1145           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1146             type colour specification</li>
1147           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1148             script to check if it being run in an interactive session or
1149             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1150         </ul></td>
1151       <td>
1152         <ul>
1153           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1154             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1155         </ul> <em>Application</em>
1156         <ul>
1157           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1158             selected Regions menu item</li>
1159           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1160             part of a valid accession ID</li>
1161           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1162             runs out of memory</li>
1163           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1164             analysis results</li>
1165           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1166             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1167           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1168         </ul> <em>Applet</em>
1169         <ul>
1170           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1171             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1172             defined.</li>
1173         </ul>
1174       </td>
1175     </tr>
1176     <tr>
1177       <td>
1178         <div align="center">
1179           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1180         </div>
1181       </td>
1182       <td></td>
1183       <td>
1184         <ul>
1185           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1186             sequence IDs</li>
1187           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1188             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1189           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1190             import correctly</li>
1191           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1192             number of columns are hidden</li>
1193           <li>annotation label popup menu not providing correct
1194             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1195             present</li>
1196           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1197             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1198           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1199             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1200
1201         </ul> <em>Applet</em>
1202         <ul>
1203           <li>annotation panel disappears when annotation is
1204             hidden/removed</li>
1205         </ul> <em>Application</em>
1206         <ul>
1207           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1208             alignment opened where annotation panel is visible but no
1209             annotations are present on alignment</li>
1210           <li>pasted region containing hidden columns is
1211             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1212           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1213             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1214           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1215             selected Rregions menu item.</li>
1216           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1217             'Un' or 'Non'conserved</li>
1218           <li>Sequence feature settings are being shared by
1219             multiple distinct alignments</li>
1220           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1221             changed</li>
1222           <li>double click on group annotation to select sequences
1223             does not propagate to associated trees</li>
1224           <li>Mac OSX specific issues:
1225             <ul>
1226               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1227                 window background</li>
1228               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1229                 name set correctly</li>
1230               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1231                 save feature colourscheme button</li>
1232             </ul>
1233           </li>
1234         </ul>
1235       </td>
1236     </tr>
1237     <tr>
1238
1239       <td>
1240         <div align="center">
1241           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1242         </div>
1243       </td>
1244       <td><em>New Capabilities</em>
1245         <ul>
1246           <li>URL links generated from description line for
1247             regular-expression based URL links (applet and application)
1248
1249           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1250             menu</li>
1251           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1252             structures</li>
1253           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1254             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1255           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1256             average score or total feature count for each sequence.</li>
1257           <li>Shading features by score or associated description</li>
1258           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1259             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1260           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1261             hide everything but the currently selected region.</li>
1262           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1263         </ul> <em>Application</em>
1264         <ul>
1265           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1266             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1267           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1268             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1269           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1270             database references and protein_name is parsed as
1271             description line (BioSapiens terms).</li>
1272           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1273             references in sequence ID tooltip from View menu in
1274             application.</li>
1275           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1276                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1277           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1278             conservation plots</li>
1279           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1280             and visualized as sequence logos</li>
1281           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1282             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1283           </li>
1284           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1285             when a new tree is opened.</li>
1286           <li>Jalview Java Console</li>
1287           <li>Better placement of desktop window when moving
1288             between different screens.</li>
1289           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1290             consensus annotation</li>
1291           <li>Client to submit sequences and IDs to <a
1292             href="webServices/index.html#envision2">Envision2</a>
1293             Workflows
1294           </li>
1295           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1296             <ul>
1297               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1298                 used to preserve views, structures, and tree display
1299                 settings)</li>
1300               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1301                 command line</li>
1302               <li>Sharing of selected regions between views and
1303                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1304               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1305             </ul></li>
1306         </ul> <em>Applet</em>
1307         <ul>
1308           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1309           <li>New Parameters
1310             <ul>
1311               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1312                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1313                 opened.</li>
1314               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1315                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1316               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1317                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1318               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1319                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1320                 view</li>
1321               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1322                 increase the height or width of a cell in the alignment
1323                 grid relative to the current font size.</li>
1324             </ul>
1325           </li>
1326           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1327             tooltip</li>
1328         </ul> <em>Other</em>
1329         <ul>
1330           <li>Features format: graduated colour definitions and
1331             specification of feature scores</li>
1332           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1333             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1334             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1335           <li>XML formats extended to support graduated feature
1336             colourschemes, group associated annotation, and profile
1337             visualization settings.</li></td>
1338       <td>
1339         <ul>
1340           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1341             rather than description</li>
1342           <li>Non-positional features are now included in sequence
1343             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1344             visibility in tooltip).</li>
1345           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1346           <li>Added URL embedding instructions to features file
1347             documentation.</li>
1348           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1349             'X' in peptide product</li>
1350           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1351             sequence ID and sequence string and query strings do not
1352             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1353           <li>AMSA files only contain first column of
1354             multi-character column annotation labels</li>
1355           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1356             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1357             exported and re-imported)</li>
1358           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1359             name</li>
1360           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1361             as subsequence matches, and correctly reports total number
1362             of both.</li>
1363           <li>Application:
1364             <ul>
1365               <li>Better handling of exceptions during sequence
1366                 retrieval</li>
1367               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1368                 link text excludes the start_end suffix</li>
1369               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1370                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1371               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1372               <li>Sequence description lines properly shared via
1373                 VAMSAS</li>
1374               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1375                 data sources</li>
1376               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1377                 completes before alignment figures are generated.</li>
1378               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1379                 first time.</li>
1380               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1381                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1382               <li>User defined group colours properly recovered
1383                 from Jalview projects.</li>
1384             </ul>
1385           </li>
1386         </ul>
1387       </td>
1388
1389     </tr>
1390     <tr>
1391       <td>
1392         <div align="center">
1393           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1394         </div>
1395       </td>
1396       <td>
1397         <ul>
1398           <li>Experimental support for google analytics usage
1399             tracking.</li>
1400           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1401         </ul>
1402       </td>
1403       <td>
1404         <ul>
1405           <li>Race condition in applet preventing startup in
1406             jre1.6.0u12+.</li>
1407           <li>Exception when feature created from selection beyond
1408             length of sequence.</li>
1409           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1410           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1411             all sequences with a given id</li>
1412           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1413             ID string searches</li>
1414           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1415             alignment to fail with exception</li>
1416         </ul> <em>Application Issues</em>
1417         <ul>
1418           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1419           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1420             data sources</li>
1421         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1422         <ul>
1423           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1424             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1425           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1426             version (java class versioning error fixed)</li>
1427         </ul>
1428       </td>
1429     </tr>
1430     <tr>
1431       <td>
1432
1433         <div align="center">
1434           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1435         </div>
1436       </td>
1437       <td><em>User Interface</em>
1438         <ul>
1439           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1440             translation and protein products</li>
1441           <li>Linked highlighting of structure associated with
1442             residue mapping to codon position</li>
1443           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1444             and 'clear' button</li>
1445           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1446             Tools menu</li>
1447           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1448             numeric data in description line</li>
1449           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1450           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1451             of sequence</li>
1452         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1453         <ul>
1454           <li>JPred3 web service</li>
1455           <li>Prototype sequence search client (no public services
1456             available yet)</li>
1457           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1458             PFAM</li>
1459           <li>URL Links created for matching database cross
1460             references as well as sequence ID</li>
1461           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1462         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1463         <ul>
1464           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1465             databases</li>
1466           <li>Generalised database reference retrieval and
1467             validation to all fetchable databases</li>
1468           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1469             sequence command</li>
1470         </ul> <em>Import and Export</em>
1471         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1472         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1473           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1474         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1475           File</li>
1476         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1477           triplet as name of colourscheme</li>
1478         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1479         <ul>
1480           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1481           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1482             alignments (experimental)</li>
1483           <li>Create new or select existing session to join</li>
1484           <li>load and save of vamsas documents</li>
1485         </ul> <em>Application command line</em>
1486         <ul>
1487           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1488             from applet)</li>
1489           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1490             of DAS servers to query for alignment features</li>
1491           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1492             that are also automatically queried for features</li>
1493           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1494             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1495         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1496         <ul>
1497           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1498             application (when using &quot;View in full
1499             application&quot;)</li>
1500         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1501         <ul>
1502           <li>feature group display control parameter</li>
1503           <li>debug parameter</li>
1504           <li>showbutton parameter</li>
1505         </ul> <em>Applet API methods</em>
1506         <ul>
1507           <li>newView public method</li>
1508           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1509           <li>Feature display control methods</li>
1510           <li>get list of currently selected sequences</li>
1511         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1512         <ul>
1513           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1514           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1515             Jalview release.</li>
1516           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1517             property controls execution of obfuscator</li>
1518           <li>Build target for generating source distribution</li>
1519           <li>Debug flag for javacc</li>
1520           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1521             jalview.bin.Cache</li>
1522           <li>Continuous Build Integration for stable and
1523             development version of Application, Applet and source
1524             distribution</li>
1525         </ul></td>
1526       <td>
1527         <ul>
1528           <li>selected region output includes visible annotations
1529             (for certain formats)</li>
1530           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1531             for editing</li>
1532           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1533           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1534           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1535           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1536             comments</li>
1537           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1538             filenames containing a ':'</li>
1539           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1540             global sequence features</li>
1541           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1542             references from alignment sequences goes to zero</li>
1543           <li>Close of tree branch colour box without colour
1544             selection causes cascading exceptions</li>
1545           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1546           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1547             file parsing fails.</li>
1548           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1549           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1550             not a valid output format</li>
1551           <li>Uniprot canonical names introduced for both das and
1552             vamsas</li>
1553           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1554           <li>error messages passed up and output when data read
1555             fails</li>
1556           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1557             sequence is edited</li>
1558           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1559             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1560           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1561             filetype</li>
1562           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1563             import fixed for PFAM records</li>
1564           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1565             window list</li>
1566           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1567             can be read and written correctly to annotation file</li>
1568           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1569             correctly</li>
1570           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1571             non-italic font for representatives in Applet</li>
1572           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1573             Macs.</li>
1574           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1575             Applet)</li>
1576           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1577             due to null pointer exceptions</li>
1578           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1579             first column of alignment</li>
1580           <li>Uniprot XML import updated for new schema release in
1581             July 2008</li>
1582           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1583             file is case-insensitive</li>
1584           <li>Sequence features read from Features file appended to
1585             all sequences with matching IDs</li>
1586           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1587             containing a sub-sequence</li>
1588           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1589           <li>feature and annotation file applet parameters
1590             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1591           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1592           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1593             splash-screen version check to complete</li>
1594           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1595             when passing them to the launchApp service</li>
1596           <li>display name and local features preserved in results
1597             retrieved from web service</li>
1598           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1599             sequence fetcher initialisation</li>
1600           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1601             dasobert DAS client</li>
1602           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1603             association</li>
1604           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1605             sequences
1606           </li>
1607         </ul>
1608       </td>
1609     </tr>
1610     <tr>
1611       <td>
1612         <div align="center">
1613           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1614         </div>
1615       </td>
1616       <td>
1617         <ul>
1618           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1619           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1620           <li>Slide sequences</li>
1621           <li>Edit sequence in place</li>
1622           <li>EMBL CDS features</li>
1623           <li>DAS Feature mapping</li>
1624           <li>Feature ordering</li>
1625           <li>Alignment Properties</li>
1626           <li>Annotation Scores</li>
1627           <li>Sort by scores</li>
1628           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1629         </ul>
1630       </td>
1631       <td>
1632         <ul>
1633           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1634           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1635           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1636           <li>Feature group display state in XML</li>
1637           <li>Feature ordering in XML</li>
1638           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1639           <li>Stockholm alignment properties</li>
1640           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1641           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1642           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1643           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1644         </ul>
1645       </td>
1646
1647     </tr>
1648     <tr>
1649       <td>
1650         <div align="center">
1651           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1652         </div>
1653       </td>
1654       <td>
1655         <ul>
1656           <li>Non standard characters can be read and displayed
1657           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1658             applet via textbox
1659           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1660             name &amp; description
1661           <li>Preference setting to display sequence name in
1662             italics
1663           <li>Annotation file format extended to allow
1664             Sequence_groups to be defined
1665           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1666             specified in preferences
1667           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1668             sequences
1669         </ul>
1670       </td>
1671       <td>
1672         <ul>
1673           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1674             installed
1675           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1676           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1677         </ul>
1678       </td>
1679     </tr>
1680     <tr>
1681       <td>
1682         <div align="center">
1683           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1684         </div>
1685       </td>
1686       <td>
1687         <ul>
1688           <li>Multiple views on alignment
1689           <li>Sequence feature editing
1690           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1691           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1692           <li>Background dependent text colour
1693           <li>Right align sequence ids
1694           <li>User-defined lower case residue colours
1695           <li>Format Menu
1696           <li>Select Menu
1697           <li>Menu item accelerator keys
1698           <li>Control-V pastes to current alignment
1699           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1700           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1701           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1702
1703           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1704         </ul>
1705       </td>
1706       <td>
1707         <ul>
1708           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1709           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1710             calculations
1711           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1712             edits
1713           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1714             of alignment)
1715           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1716
1717           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1718             display correctly
1719           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1720           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1721             analysis results
1722           <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by
1723             &#8739;
1724           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1725           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1726           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1727
1728         </ul>
1729       </td>
1730     </tr>
1731     <tr>
1732       <td>
1733         <div align="center">
1734           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
1735         </div>
1736       </td>
1737       <td>
1738         <ul>
1739           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
1740         </ul>
1741       </td>
1742       <td>
1743         <ul>
1744           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
1745             sequence id panel has been resized</li>
1746           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
1747             rendered</li>
1748           <li>Annotation files with sequence references - all
1749             elements in file are relative to sequence position</li>
1750           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
1751         </ul>
1752       </td>
1753     </tr>
1754     <tr>
1755       <td>
1756         <div align="center">
1757           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
1758         </div>
1759       </td>
1760       <td>
1761         <ul>
1762           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
1763           <li>DAS Feature fetching</li>
1764           <li>Hide sequences and columns</li>
1765           <li>Export Annotations and Features</li>
1766           <li>GFF file reading / writing</li>
1767           <li>Associate structures with sequences from local PDB
1768             files</li>
1769           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
1770           <li>Recently opened files / URL lists</li>
1771           <li>Applet can launch the full application</li>
1772           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
1773             required)</li>
1774           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
1775           <li>Applet can load sequences from parameter
1776             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
1777           </li>
1778         </ul>
1779       </td>
1780       <td>
1781         <ul>
1782           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
1783           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
1784           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
1785         </ul>
1786       </td>
1787     </tr>
1788     <tr>
1789       <td>
1790         <div align="center">
1791           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
1792         </div>
1793       </td>
1794       <td>
1795         <ul>
1796           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
1797           <li>Choose to match case when searching</li>
1798           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
1799             expand the visible width and height of the alignment</li>
1800         </ul>
1801       </td>
1802       <td>
1803         <ul>
1804           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
1805         </ul>
1806       </td>
1807     </tr>
1808     <tr>
1809       <td>
1810         <div align="center">
1811           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
1812         </div>
1813       </td>
1814       <td>&nbsp;</td>
1815       <td>
1816         <ul>
1817           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
1818           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
1819             value</li>
1820         </ul>
1821       </td>
1822     </tr>
1823     <tr>
1824       <td>
1825         <div align="center">
1826           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
1827         </div>
1828       </td>
1829       <td>
1830         <ul>
1831           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
1832           <li>Keyboard editing</li>
1833           <li>Create sequence features from searches</li>
1834           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
1835             alignments</li>
1836           <li>Features file allows grouping of features</li>
1837           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
1838           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
1839           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
1840         </ul>
1841       </td>
1842       <td>
1843         <ul>
1844           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
1845           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
1846             descriptions saved.</li>
1847         </ul>
1848       </td>
1849     </tr>
1850     <tr>
1851       <td>
1852         <div align="center">
1853           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
1854         </div>
1855       </td>
1856       <td>
1857         <ul>
1858           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
1859           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
1860           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
1861             name for file output</li>
1862           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
1863           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
1864             used for HTML form input</li>
1865         </ul>
1866       </td>
1867       <td>
1868         <ul>
1869           <li>HTML output writes groups and features</li>
1870           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
1871           <li>File IO bugs</li>
1872         </ul>
1873       </td>
1874     </tr>
1875     <tr>
1876       <td>
1877         <div align="center">
1878           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
1879         </div>
1880       </td>
1881       <td>
1882         <ul>
1883           <li>View annotations in wrapped mode</li>
1884           <li>More options for PCA viewer</li>
1885         </ul>
1886       </td>
1887       <td>
1888         <ul>
1889           <li>GUI bugs resolved</li>
1890           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
1891         </ul>
1892       </td>
1893     </tr>
1894     <tr>
1895       <td height="63">
1896         <div align="center">
1897           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
1898         </div>
1899       </td>
1900       <td>
1901         <ul>
1902           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
1903           <li>Jar files are executable</li>
1904           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
1905         </ul>
1906       </td>
1907       <td>
1908         <ul>
1909           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
1910           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
1911           <li>Several GUI bugs resolved</li>
1912         </ul>
1913       </td>
1914     </tr>
1915     <tr>
1916       <td>
1917         <div align="center">
1918           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
1919         </div>
1920       </td>
1921       <td>
1922         <ul>
1923           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
1924         </ul>
1925       </td>
1926       <td>
1927         <ul>
1928           <li>Several GUI bugs resolved</li>
1929         </ul>
1930       </td>
1931     </tr>
1932     <tr>
1933       <td>
1934         <div align="center">
1935           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
1936         </div>
1937       </td>
1938       <td>
1939         <ul>
1940           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
1941             size</li>
1942         </ul>
1943       </td>
1944       <td>
1945         <ul>
1946           <li>Improved JPred client reliability</li>
1947           <li>Improved loading of Jalview files</li>
1948         </ul>
1949       </td>
1950     </tr>
1951     <tr>
1952       <td>
1953         <div align="center">
1954           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
1955         </div>
1956       </td>
1957       <td>
1958         <ul>
1959           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
1960           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
1961           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
1962             to Colour Menu</li>
1963           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
1964           <li>Unix users can set default web browser</li>
1965           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
1966           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
1967         </ul>
1968       </td>
1969       <td>
1970         <ul>
1971           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
1972         </ul>
1973       </td>
1974     </tr>
1975     <tr>
1976       <td>
1977         <div align="center">
1978           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
1979         </div>
1980       </td>
1981       <td>&nbsp;</td>
1982       <td>
1983         <ul>
1984           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
1985             alignment order.</li>
1986         </ul>
1987       </td>
1988     </tr>
1989     <tr>
1990       <td>
1991         <div align="center">
1992           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
1993         </div>
1994       </td>
1995       <td>
1996         <ul>
1997           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
1998           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
1999           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2000             annotations.</li>
2001           <li>Version and build date written to build properties
2002             file.</li>
2003           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2004             at launch of Jalview.</li>
2005         </ul>
2006       </td>
2007       <td>
2008         <ul>
2009           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2010           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2011           <li>Can remove groups one by one.</li>
2012           <li>Filechooser icons installed.</li>
2013           <li>Finder ignores return character when searching.
2014             Return key will initiate a search.<br>
2015           </li>
2016         </ul>
2017       </td>
2018     </tr>
2019     <tr>
2020       <td>
2021         <div align="center">
2022           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2023         </div>
2024       </td>
2025       <td>
2026         <ul>
2027           <li>New codebase</li>
2028         </ul>
2029       </td>
2030       <td>&nbsp;</td>
2031     </tr>
2032   </table>
2033   <p>&nbsp;</p>
2034 </body>
2035 </html>