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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84           <li><!--  --></li>
  85           </ul>
  86           <em>Application</em>
  87           <ul>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2447 -->
  90               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
  91               menu to hide or show untested features in the application.
  92             </li>
  93             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
  94           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
  95           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
  96           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
  97           </ul>
  98           <em>Experimental features</em>
  99           <ul>
 100             <li>
 101               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 102               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 103               features, and vice-versa.
 104             </li>
 105           </ul>
 106           <em>Applet</em>
 107           <ul>
 108           <li><!--  --></li>
 109           </ul>
 110           <em>Test Suite</em>
 111           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivelegedAccessor to test suite</li>
 112           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 113           <li><!--  -->
 114           </ul>
 115           </div></td><td><div align="left">
 116           <em>General</em>
 117           <ul>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 120               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 121               this one-line groovy script:<br />jalview.schemes.ResidueProperties.BLOSUM62[4][1]=3
 122             </li>
 123             <li>
 124               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 125               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 126               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 127               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 128               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 129               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 130               Jalview's PCAs were different to those produced by
 131               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 132               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 133               behaviour<br />
 134               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 135               2.10.1 mode<br />
 136               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 137               restore 2.10.2 mode
 138             </li>
 139             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 140           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 141           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 142           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 143           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 144           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 145           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 146           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 147           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 148           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 149           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 150           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 151           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 152           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 153           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 154           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 155           </ul>
 156           <em>Application</em>
 157           <ul>
 158           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 159           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 160           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 161           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 162           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 163           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 164           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 165           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 166           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 167           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 168           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 169
 170           </ul>
 171           <em>Applet</em>
 172           <ul>
 173           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 174           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 175           </ul>
 176           <em>New Known Issues</em>
 177           <ul>
 178           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 179           <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 180           </ul>
 181
 182           </div>
 183     <tr>
 184       <td width="60" nowrap>
 185         <div align="center">
 186           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 187             <em>29/11/2016</em></strong>
 188         </div>
 189       </td>
 190       <td><div align="left">
 191           <em>General</em>
 192           <ul>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 195               for all consensus calculations
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 199             </li>
 200             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 201               for 2016-2017</li>
 202           </ul>
 203           <em>Application</em>
 204           <ul>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 207               set of database cross-references, sorted alphabetically
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 211               from database cross references. Users with custom links
 212               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 213                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 217               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 218               Chimera session
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 222               the Chimera it is connected to is shut down
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 226               columns menu item to mark columns containing
 227               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 228               of a Find operation)
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 232               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 233               MSAviewer
 234             </li>
 235           </ul>
 236         </div></td>
 237       <td>
 238         <div align="left">
 239           <em>General</em>
 240           <ul>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 243               are not coloured or thresholded according to percent
 244               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 248               hydrophobic
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 252               threshold, amino acid properties)
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 256               reported as mapped to residues in a structure file in the
 257               View Mapping report
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 261               could be added multiple times to a sequence
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 265               bond features shown as two highlighted residues rather
 266               than a range in linked structure views, and treated
 267               correctly when selecting and computing trees from features
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 271               cross-references are matched to database name regardless
 272               of case
 273             </li>
 274
 275           </ul>
 276           <em>Application</em>
 277           <ul>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 280               names without regular expressions also offer links from
 281               Sequence ID
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 285               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 286               update Jalview configuration
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 290               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 294               files with similarly named sequences if dropped onto the
 295               alignment
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 299               entries where more chains exist in the PDB accession than
 300               are reported in the SIFTS file
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 304               the structure view when displayed with Chimera
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 308               panel's View->Show Chains submenu
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 312               work for wrapped alignment views
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 316               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 320               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 321               first annotation row
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 325               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 326             </li>
 327             <li>
 328             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 329             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 330           </ul>
 331 <!--           <em>New Known Issues</em>
 332           <ul>
 333             <li></li>
 334           </ul> -->
 335         </div>
 336       </td>
 337     </tr>
 338       <td width="60" nowrap>
 339         <div align="center">
 340           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 341             <em>25/10/2016</em></strong>
 342         </div>
 343       </td>
 344       <td><em>Application</em>
 345         <ul>
 346           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 347             view if structures already loaded</li>
 348           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 349             structure views</li>
 350         </ul></td>
 351       <td>
 352         <div align="left">
 353           <em>General</em>
 354           <ul>
 355             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 356               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 357             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 358               example sequences/projects/trees</li>
 359           </ul>
 360           <em>Application</em>
 361           <ul>
 362             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 363               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 364             <li>Multiple structure views can be opened and
 365               superposed without timeout for structures with multiple
 366               models or multiple sequences in alignment</li>
 367             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 368               a PDB ID HEADER line</li>
 369             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 370               superposition is performed</li>
 371             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 372               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 373             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 374             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 375               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 376               Refs UI option</li>
 377             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 378               view is created on the alignment</li>
 379             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 380               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 381               to open group pop-up menu</li>
 382           </ul>
 383           <em>Build and deployment</em>
 384           <ul>
 385             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 386               tags</li>
 387           </ul>
 388           <em>New Known Issues</em>
 389           <ul>
 390             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 391               work on Windows</li>
 392           </ul>
 393         </div>
 394       </td>
 395     </tr>
 396     <tr>
 397       <td width="60" nowrap>
 398         <div align="center">
 399           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 400         </div>
 401       </td>
 402       <td><em>General</em>
 403         <ul>
 404           <li>
 405           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 409             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 410             better PDB parsing.
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 414             reference sequence
 415           </li>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 418             mousing over sequence associated annotation
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 422             for manual entry
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 426             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 427             for each column
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 431             showing or hiding columns containing a feature
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 435             group and sequence associated annotation labels
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 439             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 440             dialogs
 441           </li>
 442
 443         </ul> <em>Application</em>
 444         <ul>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 447             gene/transcript view
 448           </li>
 449           <li>
 450             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 451             dialog
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 455             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 456           </li>
 457           <li>
 458             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 459             Pfam sources to xfam.org
 460           </li>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 466             over sequences in Jalview
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 470             regions in ENA and EMBL
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 474             for record retrieval via ENA rest API
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 478             complement operator
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 482             groovy script execution
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 486             alignment window's Calculate menu
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 490             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 494             calculation workers from groovy scripts
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 498             Jalview projects
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 502             associations are now saved/restored from project
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 506             before sequence fetcher is opened
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 510             database chooser opens a sequence fetcher
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 514             the UniProt REST API
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 518             the news reader opening
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 522             querying stored in preferences
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 526             search results
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 533             menu for nucleotide sequences
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 537             and feature counts preserves alignment ordering (and
 538             debugged for complex feature sets).
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 542             viewing structures with Jalview 2.10
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 546             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 547             Ensembl Genomes REST API
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 551             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 552             (Ensembl)
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 556             sequences
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 560             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 561             data from external database records.
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 565             efficient recovery of sequence coding and alignment
 566             annotation relationships.
 567           </li>
 568         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 569         <ul>
 570           <li>
 571             -- JAL---
 572           </li>
 573         </ul> --></td>
 574       <td>
 575         <div align="left">
 576           <em>General</em>
 577           <ul>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 580               menu on OSX
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 584               includes graduated colourschemes
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 588               working with big alignments and lots of hidden columns
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 592               at right of alignment window
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 596               contents
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 600               for DNA alignments
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 604               based tree calculation
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 608               unconserved enabled for group on alignment
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 612               set as reference
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 616               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 617               annotation
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 621               hidden columns present
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 625               user created annotation added to alignment
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 629               '()' base pair annotation
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 633               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 634               Consensus
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 638               feature not working
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 642               beginning of sequence
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 646               entry 3a6s
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 650               from a tree when t-coffee scores are shown
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 654               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 658               some structures
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 662               to Clustal, PIR and PileUp output
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 666               not visible causes alignment window to repaint
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 670               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 671               scores associated with features and annotation rows
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 675               calculation should be case independent
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 679               columns
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 683               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 684               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 688               problems when reference sequence defined and 'show
 689               non-conserved' enabled
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 693               load even when Consensus calculation is disabled
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 697               alignment does nothing
 698             </li>
 699           </ul>
 700           <em>Application</em>
 701           <ul>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 704               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 705               yet fixed for El Capitan)
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 709               output when running on non-gb/us i18n platforms
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 713               hidden sequences as flat-file alignment
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 717               launching Chimera
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 721               (also hotfix for 2.9.0b2)
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 725               reference sequence defined
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 729               alignments and views when revealing hidden columns
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 733               view in a cDNA/Protein splitframe
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 737               sequence from project when only one sequence is
 738               represented
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 742               in Structure Chooser
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 746               structure consensus didn't refresh annotation panel
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 750               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 754               dialogs format columns correctly, don't display array
 755               data, sort columns according to type
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 759               file chooser is cancelled during an image export
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 763               sequence name containing special characters
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 767               case insensitive
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 771               formatting don't wrap
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 775               truncated so L looks like I in consensus annotation
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 779               currently displayed features for the current selection or
 780               view
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 784               after fetching cross-references, and restoring from project
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 788               followed in the structure viewer
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 792               splitframe not restored from project
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 796               trailing end of protein alignment in transcript/product
 797               splitview when pad-gaps not enabled by default
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 801               is case dependent
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 805               article has been read (reopened issue due to
 806               internationalisation problems)
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 810               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 811               cross-references
 812             </li>
 813
 814             <li>
 815               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 816               alignment as HTML
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 820               multiple structures are shown for one or more sequences.
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 824               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 825               is enabled.
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 829               specific PDB id for sequence
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 833               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 834               columns' is disabled.
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 838               selects lowest rather than highest resolution structures
 839               for each sequence
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 843               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 847               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 848             </li>
 849             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 850               after clicking on it to create new annotation for a
 851               column.
 852             </li>
 853             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 854             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 855           </ul>
 856           <em>Applet</em>
 857           <ul>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 860               hidden columns present before start of sequence
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 864               (JSON jars)
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 868               sequences are hidden in applet
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 872               deployment on examples pages.
 873             </li>
 874           </ul>
 875         </div>
 876       </td>
 877     </tr>
 878     <tr>
 879       <td width="60" nowrap>
 880         <div align="center">
 881           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 882             <em>16/10/2015</em></strong>
 883         </div>
 884       </td>
 885       <td><em>General</em>
 886         <ul>
 887           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 888             jars</li>
 889         </ul></td>
 890       <td>
 891         <div align="left">
 892           <em>Application</em>
 893           <ul>
 894             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 895               shown when tree is partitioned</li>
 896             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 897               multiple cDNA/Protein split views</li>
 898           </ul>
 899         </div>
 900       </td>
 901     </tr>
 902     <tr>
 903       <td width="60" nowrap>
 904         <div align="center">
 905           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 906             <em>8/10/2015</em></strong>
 907         </div>
 908       </td>
 909       <td><em>General</em>
 910         <ul>
 911           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 912             2.9</li>
 913         </ul> <em>Application</em>
 914         <ul>
 915           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 916           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 917           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 918         </ul> <em>Applet</em>
 919         <ul>
 920           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 921         </ul><em>Build and Deployment</em>
 922         <ul>
 923           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 924         </ul></td>
 925       <td>
 926         <div align="left">
 927           <em>General</em>
 928           <ul>
 929             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 930               incorrect when sequence start > 1</li>
 931             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 932               documentation</li>
 933             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 934             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 935               loading a features file containing HTML tags in feature
 936               description</li>
 937
 938           </ul>
 939           <em>Application</em>
 940           <ul>
 941             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 942               reimport</li>
 943             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 944               with 'trim retrieved sequences'</li>
 945             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 946               deleting selected columns</li>
 947             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 948               JNLP templates for webstart launch</li>
 949             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 950               unreleased structures for download or viewing</li>
 951             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 952               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 953             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 954               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 955             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 956               recovered from jalview project</li>
 957             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 958               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 959               alignment view</li>
 960             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 961               color schemes from BioJSON</li>
 962           </ul>
 963           <em>Applet</em>
 964           <ul>
 965             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 966               frame</li>
 967             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 968           </ul>
 969         </div>
 970       </td>
 971     </tr>
 972     <tr>
 973       <td><div align="center">
 974           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 975         </div></td>
 976       <td><em>General</em>
 977         <ul>
 978           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 979             alignments:
 980             <ul>
 981               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 982                 and DNA alignment views</li>
 983               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 984                 cDNA alignment views</li>
 985               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 986                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 987               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 988                 protein sequences</li>
 989             </ul>
 990           </li>
 991           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 992           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 993             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 994           <li>New alignment annotation file statements for
 995             reference sequences and marking hidden columns</li>
 996           <li>Reference sequence based alignment shading to
 997             highlight variation</li>
 998           <li>Select or hide columns according to alignment
 999             annotation</li>
1000           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1001           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1002             acid conservation row</li>
1003           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1004         </ul> <em>Application</em>
1005         <ul>
1006           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1007             <ul>
1008               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1009                 view with cDNA/Protein</li>
1010               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1011                 sequences are placed in the same alignment</li>
1012               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1013                 projects</li>
1014             </ul>
1015           </li>
1016
1017           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1018           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1019             Jalview windows</li>
1020
1021           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1022           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1023           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1024             be shown in VARNA</li>
1025
1026           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1027             as the active selected region</li>
1028
1029           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1030             similarity</li>
1031           <li>New Export options
1032             <ul>
1033               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1034                 region export in flat file generation</li>
1035
1036               <li>Export alignment views for display with the <a
1037                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1038
1039               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1040               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1041                 alignment figures to HTML</li>
1042           </li>
1043           <li>3D structure retrieval and display
1044             <ul>
1045               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1046                 Search API</li>
1047               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1048                 PDB structures for a sequence set</li>
1049             </ul>
1050           </li>
1051
1052           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1053             predictions</li>
1054           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1055             for one or a group of sequences</li>
1056           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1057             from the JPred4 web server</li>
1058           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1059             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1060             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1061           </li>
1062           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1063             VARNA 2D Structure'</li>
1064           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1065             Structure ..."</li>
1066
1067         </ul> <em>Applet</em>
1068         <ul>
1069           <li>New layout for applet example pages</li>
1070           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1071             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1072           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1073             Protein alignments</li>
1074         </ul> <em>Development and deployment</em>
1075         <ul>
1076           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1077           <li>Include installation type and git revision in build
1078             properties and console log output</li>
1079           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1080             storing BioJsMSA Templates</li>
1081           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1082         </ul></td>
1083       <td>
1084         <!-- <em>General</em>
1085         <ul>
1086         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1087         <ul>
1088           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1089           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1090           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1091             predictions are not highlighted in amber</li>
1092           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1093             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1094           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1095             associated structure views</li>
1096           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1097             width checkbox not enabled</li>
1098           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1099             creating user defined colours</li>
1100           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1101             mappings for just that viewer's sequences</li>
1102           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1103             multiple models in Chimera</li>
1104           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1105             over Jmol structure</li>
1106           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1107             output to text box</li>
1108           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1109             have incorrect sequence start/end</li>
1110           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1111             Jalview fails</li>
1112           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1113             work for nucleotide</li>
1114           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1115             to a grey/invisible alignment window</li>
1116           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1117             imports to different position</li>
1118           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1119             on some platforms</li>
1120           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1121             populated</li>
1122           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1123             console if Chimera has been opened</li>
1124           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1125           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1126             retrieved</li>
1127           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1128           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1129             either sequence shows on first structure</li>
1130           <li>'Show annotations' options should not make
1131             non-positional annotations visible</li>
1132           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1133             in right place after 'view flanking regions'</li>
1134           <li>File Save As type unset when current file format is
1135             unknown</li>
1136           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1137             projects</li>
1138           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1139             responsive</li>
1140           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1141             several views on same alignment</li>
1142           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1143           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1144             spaces</li>
1145         </ul> <em>Applet</em>
1146         <ul>
1147           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1148           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1149             descriptions containing angle brackets</li>
1150         </ul> <em>General</em>
1151         <ul>
1152           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1153             via jalview annotation file</li>
1154           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1155             with RNA secondary structure</li>
1156           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1157             translation doesn't work.</li>
1158           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1159           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1160             positions</li>
1161           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1162             choosing 1pt font</li>
1163           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1164             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1165             'h'</li>
1166           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1167             new feature</li>
1168           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1169             order dependent</li>
1170           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1171             sequences</li>
1172           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1173         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1174         <ul>
1175           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1176             www.jalview.org</li>
1177         </ul> <em>Application Known issues</em>
1178         <ul>
1179           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1180           <li>Misleading message appears after trying to delete
1181             solid column.</li>
1182           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1183             version launches</li>
1184           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1185             fails with a sequence mismatch</li>
1186           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1187             scrolling alignment to right</li>
1188           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1189             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1190           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1191             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1192           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1193             ultra-high resolution</li>
1194           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1195             quality and conservation</li>
1196           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1197             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1198         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1199         <ul>
1200           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1201           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1202             window is being resized</li>
1203
1204         </ul>
1205       </td>
1206     </tr>
1207     <tr>
1208       <td><div align="center">
1209           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1210         </div></td>
1211       <td><em>General</em>
1212         <ul>
1213           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1214             Certum.PL.</li>
1215           <li>Features and annotation preserved when performing
1216             pairwise alignment</li>
1217           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1218             imported/exported/displayed</li>
1219           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1220             protein secondary structure</li>
1221           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1222               post-hoc with 2.9 release</em>)
1223           </li>
1224
1225         </ul> <em>Application</em>
1226         <ul>
1227           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1228             with 3D structures</li>
1229           <li>Support for parsing RNAML</li>
1230           <li>Annotations menu for layout
1231             <ul>
1232               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1233               <li>place sequence annotation above/below alignment
1234                 annotation</li>
1235             </ul>
1236           <li>Output in Stockholm format</li>
1237           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1238             translation</li>
1239           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1240           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1241             shared between alignments</li>
1242           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1243             Jalview</li>
1244           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1245             all or current selection</li>
1246           <li>disorder and secondary structure predictions
1247             available as dataset annotation</li>
1248           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1249
1250
1251           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1252             alignments from Rfam</li>
1253           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1254
1255           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1256             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1257           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1258           <li>include installation type in build properties and
1259             console log output</li>
1260           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1261             annotation</li>
1262         </ul></td>
1263       <td>
1264         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1265         <ul>
1266           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1267             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1268           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1269             alignment</li>
1270           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1271           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1272           <li>Double click on sequence associated annotation
1273             selects only first column</li>
1274           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1275             leaves shown in tree</li>
1276           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1277             properly</li>
1278           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1279           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1280             screen and buttons not visible</li>
1281           <li>author list isn't updated if already written to
1282             Jalview properties</li>
1283           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1284             from database</li>
1285           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1286           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1287             browser search window</li>
1288           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1289             in feature settings dialog</li>
1290           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1291             desktop</li>
1292           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1293             pass validation</li>
1294           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1295             fit on screen</li>
1296           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1297             tooltip</li>
1298           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1299             defined user preset</li>
1300           <li>MSA web services warns user if they were launched
1301             with invalid input</li>
1302           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1303             Java 8</li>
1304           <li>
1305             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1306             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1307             created
1308           </li>
1309
1310         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1311                                 <ul>
1312                                 </ul> <em>General</em>
1313                                 <ul>
1314                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1315         <ul>
1316           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1317             memory allocation</li>
1318           <li>launchApp service doesn't automatically open
1319             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1320           <li>
1321             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1322             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1323             1.7_055 is available
1324           </li>
1325         </ul> <em>Application Known issues</em>
1326         <ul>
1327           <li>
1328             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1329             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1330             alignment to right
1331           </li>
1332           <li>
1333             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1334             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1335             with large number of ID
1336           </li>
1337           <li>
1338             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1339             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1340             start/end
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1344             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1345             structure tracks are rearranged
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1349             invalid rna structure positional highlighting does not
1350             highlight position of invalid base pairs
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1354             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1355             project from alignment window file menu
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1359             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1360             structures
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1364             colour by RNA Helices not enabled when user created
1365             annotation added to alignment
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1369             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1370           </li>
1371         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1372         <ul>
1373           <li>
1374             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1375             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1379             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1380           </li>
1381
1382           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1383             when selected</li>
1384         </ul>
1385       </td>
1386     </tr>
1387     <tr>
1388       <td><div align="center">
1389           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1390         </div></td>
1391       <td>
1392         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1393         <em>General</em>
1394         <ul>
1395           <li>Internationalisation of user interface (usually
1396             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1397           <li>Define/Undefine group on current selection with
1398             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1399           <li>Improved group creation/removal options in
1400             alignment/sequence Popup menu</li>
1401           <li>Sensible precision for symbol distribution
1402             percentages shown in logo tooltip.</li>
1403           <li>Annotation panel height set according to amount of
1404             annotation when alignment first opened</li>
1405         </ul> <em>Application</em>
1406         <ul>
1407           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1408             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1409           <li>Select columns containing particular features from
1410             Feature Settings dialog</li>
1411           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1412             sequences</li>
1413           <li>Update Jalview project format:
1414             <ul>
1415               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1416               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1417                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1418               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1419                 colouring</li>
1420             </ul>
1421           </li>
1422           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1423             (PAM250)</li>
1424           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1425             flanking regions for an alignment</li>
1426         </ul>
1427       </td>
1428       <td>
1429         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1430         <ul>
1431           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1432             running after job is cancelled</li>
1433           <li>cannot export features from alignments imported from
1434             Jalview/VAMSAS projects</li>
1435           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1436             float values</li>
1437           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1438             have 'display all symbols' flag set</li>
1439           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1440             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1441           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1442             Jalview</li>
1443           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1444             Lion/Webstart</li>
1445           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1446           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1447           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1448             alignment onto desktop</li>
1449           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1450             'extract scores' function</li>
1451           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1452             alignment window</li>
1453           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1454             performing IUPred disorder prediction</li>
1455           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1456             changing 'normalise logo' display setting</li>
1457           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1458             nothing matches query</li>
1459           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1460             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1461           </li>
1462           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1463             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1464           </li>
1465           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1466             Jalview's menu</li>
1467           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1468             'invalid literal/length code'</li>
1469           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1470             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1471           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1472             colourscheme</li>
1473
1474         </ul> <em>Applet</em>
1475         <ul>
1476           <li>Remove group option is shown even when selection is
1477             not a group</li>
1478           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1479             don't affect groups</li>
1480           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1481             colourscheme name</li>
1482           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1483             Annotation panel is not displayed</li>
1484           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1485             embedded windows</li>
1486         </ul> <em>Other</em>
1487         <ul>
1488           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1489             single sequence were not calculated</li>
1490           <li>annotation files that contain only groups imported as
1491             annotation and junk sequences</li>
1492           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1493             recognised as PFAM or BLC</li>
1494           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1495             doesn't affect background (2.8.0b1)
1496           <li></li>
1497           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1498           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1499             trailing gaps</li>
1500           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1501             registered correctly on import</li>
1502           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1503             certain alignments</li>
1504           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1505             existing annotation based 'use original colours'
1506             colourscheme loses original colours setting</li>
1507         </ul>
1508       </td>
1509     </tr>
1510     <tr>
1511       <td><div align="center">
1512           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1513             <em>30/1/2014</em></strong>
1514         </div></td>
1515       <td>
1516         <ul>
1517           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1518             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1519             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1520             open source project).
1521           </li>
1522           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1523           </li>
1524           <li>Output in Stockholm format</li>
1525           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1526           <li>Export/import group and sequence associated line
1527             graph thresholds</li>
1528           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1529             ambiguity codes</li>
1530           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1531             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1532             works</li>
1533           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1534         </ul> <em>Other improvements</em>
1535         <ul>
1536           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1537           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1538             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1539           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1540             files</li>
1541           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1542           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1543             link but no description</li>
1544           <li>Select primary source when selecting authority in
1545             database fetcher GUI</li>
1546           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1547             Jalview</li>
1548           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1549         </ul>
1550       </td>
1551       <td>
1552         <ul>
1553           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1554             displayed</li>
1555           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1556             secondary structure annotation line</li>
1557           <li>Sequence database accessions not imported when
1558             fetching alignments from Rfam</li>
1559           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1560             identical IDs</li>
1561           <li>View all structures does not always superpose
1562             structures</li>
1563           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1564             reflect user or preset settings</li>
1565           <li>Null pointer exceptions for some services without
1566             presets or adjustable parameters</li>
1567           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1568             discover PDB xRefs</li>
1569           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1570             features with DAS</li>
1571           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1572             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1573           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1574             residue follows a gap</li>
1575           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1576             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1577           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1578             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1579           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1580             annotation already exists on alignment</li>
1581           <li>oninit javascript function should be called after
1582             initialisation completes</li>
1583           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1584             alignment window display</li>
1585           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1586           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1587             to annotation file</li>
1588           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1589             groups created</li>
1590           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1591             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1592           <li>Pressing return several times causes Number Format
1593             exceptions in keyboard mode</li>
1594           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1595             correct partitions for input data</li>
1596           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1597           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1598           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1599           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1600             mode</li>
1601           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1602             changes one row&#39;s threshold</li>
1603           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1604             doesn&#39;t open</li>
1605           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1606             quality histograms</li>
1607         </ul>
1608       </td>
1609     </tr>
1610     <tr>
1611       <td><div align="center">
1612           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1613         </div></td>
1614       <td><em>Application</em>
1615         <ul>
1616           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1617             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1618           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1619             preferences</li>
1620           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1621             in Jalview alignment window</li>
1622           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1623             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1624           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1625             RNA and ambiguity codes</li>
1626
1627           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1628           <li>Support fetching and database reference look up
1629             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1630             refs')</li>
1631           <li>Jalview project improvements
1632             <ul>
1633               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1634                 flag for annotation</li>
1635               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1636                 alignment</li>
1637               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1638                 Jalview project</li>
1639
1640             </ul>
1641           </li>
1642           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1643           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1644             running</li>
1645           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1646           <li>visual indication that web service results are still
1647             being retrieved from server</li>
1648           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1649             starts up for first time</li>
1650           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1651             services</li>
1652           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1653             client library</li>
1654           <li>Examples directory and Groovy library included in
1655             InstallAnywhere distribution</li>
1656         </ul> <em>Applet</em>
1657         <ul>
1658           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1659             visualization applet example</li>
1660         </ul> <em>General</em>
1661         <ul>
1662           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1663           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1664             defaults</li>
1665           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1666             calculation</li>
1667           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1668             matrices
1669           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1670             in HTML</li>
1671           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1672             structure contacts</li>
1673           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1674           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1675           <li>Parse sequence associated secondary structure
1676             information in Stockholm files</li>
1677           <li>HTML Export database accessions and annotation
1678             information presented in tooltip for sequences</li>
1679           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1680             style RNA alignment files</li>
1681           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1682             alignment</li>
1683           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1684             shade each sequence according to its associated alignment
1685             annotation</li>
1686           <li>New Jalview Logo</li>
1687         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1688         <ul>
1689           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1690           <li>New Website!</li>
1691         </ul></td>
1692       <td><em>Application</em>
1693         <ul>
1694           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1695             wsdbfetch REST service</li>
1696           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1697           <li>Filetype associations not installed for webstart
1698             launch</li>
1699           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1700             job execution in full once it is complete</li>
1701           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1702             uploaded via ali_file parameter</li>
1703           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1704           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1705           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1706             submitted for prediction</li>
1707           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1708             desktop window</li>
1709           <li>Putting fractional value into integer text box in
1710             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1711           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1712             windows 7</li>
1713           <li>View all structures fails with exception shown in
1714             structure view</li>
1715           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1716             escaped in a platform independent way</li>
1717           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1718             using proxy</li>
1719           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1720             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1721           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1722             failure when java web start temporary file caching is
1723             disabled</li>
1724           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1725             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1726           <li>Errors during processing of command line arguments
1727             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1728           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1729             DAS sources in sequence fetcher</li>
1730           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1731             dialog is shown</li>
1732           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1733           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1734           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1735           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1736             on OSX Mountain Lion</li>
1737           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1738             sequences with alignment annotation are pasted into the
1739             alignment</li>
1740           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1741             when loaded from Jalview project</li>
1742           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1743           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1744             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1745           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1746             associated with all views</li>
1747           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1748             annotation rows to new window</li>
1749         </ul> <em>Applet</em>
1750         <ul>
1751           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1752             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1753           <li>loading features via javascript API automatically
1754             enables feature display</li>
1755           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1756             work</li>
1757         </ul> <em>General</em>
1758         <ul>
1759           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1760           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1761             and then deselected</li>
1762           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1763           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1764             coloured with clustalx</li>
1765           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1766             exceptions and redraw errors</li>
1767           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1768             reconfigured view</li>
1769           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1770             colour</li>
1771           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1772             for lots of labels</li>
1773         </ul>
1774     </tr>
1775     <tr>
1776       <td>
1777         <div align="center">
1778           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1779         </div>
1780       </td>
1781       <td><em>Application</em>
1782         <ul>
1783           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1784           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1785           <li>View/alignment association menu to enable user to
1786             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1787             its colours/correspondences from</li>
1788           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1789           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1790             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1791           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1792           <li>Annotation row column label formatting attributes
1793             stored in project file</li>
1794           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1795             rows preserved in Jalview project file</li>
1796           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1797             saved using Desktop window menu</li>
1798           <li>Visual indication that command line arguments are
1799             still being processed</li>
1800           <li>Groovy script execution from URL</li>
1801           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1802             preferences</li>
1803           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1804             alignment with sequences that have high similarity and
1805             matching IDs</li>
1806           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1807           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1808             structures in same window</li>
1809           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1810           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1811             analysis function in its own submenu</li>
1812         </ul> <em>Applet</em>
1813         <ul>
1814           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1815             groups</li>
1816           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1817           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1818           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1819           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1820           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1821             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1822           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1823           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1824             parameters are treated as such</li>
1825           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1826             <ul>
1827               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1828               <li>Javascript callbacks for
1829                 <ul>
1830                   <li>Applet initialisation</li>
1831                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1832                 </ul>
1833               </li>
1834               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1835                 functions</li>
1836               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1837               <li>javascript structure viewer harness to pass
1838                 messages between Jmol and Jalview when running as
1839                 distinct applets</li>
1840               <li>sortBy method</li>
1841               <li>Set of applet and application examples shipped
1842                 with documentation</li>
1843               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1844                 javascript message exchange</li>
1845             </ul>
1846         </ul> <em>General</em>
1847         <ul>
1848           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1849             multiple alignments</li>
1850           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1851           <li>User configurable link to enable redirects to a
1852             www.Jalview.org mirror</li>
1853           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1854           <li>Configurable newline string when writing alignment
1855             and other flat files</li>
1856           <li>Allow alignment annotation description lines to
1857             contain html tags</li>
1858         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1859         <ul>
1860           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1861             examples</li>
1862           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1863             using a web service before displaying the result in the
1864             Jalview desktop</li>
1865           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1866           <li>Ant target to publish example html files with applet
1867             archive</li>
1868           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1869           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1870         </ul></td>
1871       <td><em>Application</em>
1872         <ul>
1873           <li>User defined colourscheme throws exception when
1874             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1875           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1876             dialog for valid filename/format</li>
1877           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1878           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1879             P37173</li>
1880           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1881             which sequence is to be associated with the file</li>
1882           <li>Find All raises null pointer exception when query
1883             only matches sequence IDs</li>
1884           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1885           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1886             2.4 cannot be loaded</li>
1887           <li>Filetype associations not installed for webstart
1888             launch</li>
1889           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1890             with sequences in different alignments do not get coloured
1891             by their associated sequence</li>
1892           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1893             not preserved when project is loaded</li>
1894           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1895             stored in Jalview project</li>
1896           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1897             Jalview project</li>
1898           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1899           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1900             by conservation</li>
1901           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1902             created on new view</li>
1903           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1904             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1905           <li>Alignment quality not updated after alignment
1906             annotation row is hidden then shown</li>
1907           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1908             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1909           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1910             properly</li>
1911           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1912             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1913           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1914           <li>Structures imported from file and saved in project
1915             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1916           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1917             job execution in full once it is complete</li>
1918         </ul> <em>Applet</em>
1919         <ul>
1920           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1921             annotation rows are displayed</li>
1922           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1923             codebase</li>
1924           <li>View follows highlighting does not work for positions
1925             in sequences</li>
1926           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1927           <li>Export features raises exception when no features
1928             exist</li>
1929           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1930             for javascript api is modified when separator string
1931             provided as parameter</li>
1932           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1933             alignment with no existing selection</li>
1934           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1935             to applet&#39;s codebase</li>
1936           <li>Status bar not updated after finished searching and
1937             search wraps around to first result</li>
1938           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1939             several Jalview applets causes race conditions and memory
1940             leaks</li>
1941           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1942             not sent from Jmol in applet</li>
1943           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1944             applet API fatally hang browser</li>
1945         </ul> <em>General</em>
1946         <ul>
1947           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1948             position with wrapped view and hidden regions</li>
1949           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1950             with/without hidden columns</li>
1951           <li>Sequence length given in alignment properties window
1952             is off by 1</li>
1953           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1954             import PDB like structure files</li>
1955           <li>Positional search results are only highlighted
1956             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1957           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1958           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1959             given sequence position</li>
1960           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1961             output</li>
1962           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1963             from nucleotide chains correctly</li>
1964           <li>Structure colours not updated when tree partition
1965             changed in alignment</li>
1966           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1967             parsed in interleaved stockholm</li>
1968           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1969             state</li>
1970           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1971             properly</li>
1972           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1973             properly associated with their pdb files</li>
1974         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1975         <ul>
1976           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1977             ApplyCopyright tool</li>
1978         </ul></td>
1979     </tr>
1980     <tr>
1981       <td>
1982         <div align="center">
1983           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1984         </div>
1985       </td>
1986       <td><em>Application</em>
1987         <ul>
1988           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1989             contact web services</li>
1990           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1991             service job window</li>
1992           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1993         </ul></td>
1994       <td>
1995         <ul>
1996           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1997             pir file emitted by Jalview</li>
1998           <li>Existing feature settings transferred to new
1999             alignment view created from cut'n'paste</li>
2000           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2001             parsing PDB files</li>
2002           <li>Consensus and conservation annotation rows
2003             occasionally become blank for all new windows</li>
2004           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2005             in wrapped view mode</li>
2006         </ul> <em>Application</em>
2007         <ul>
2008           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2009             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2010           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2011             parameter names</li>
2012           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2013             is down</li>
2014         </ul>
2015       </td>
2016     </tr>
2017     <tr>
2018       <td>
2019         <div align="center">
2020           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2021         </div>
2022       </td>
2023       <td><em>Application</em>
2024         <ul>
2025           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2026             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2027             (JABAWS)
2028           </li>
2029           <li>Web Services preference tab</li>
2030           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2031             preferences</li>
2032           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2033           <li>Superpose structures using associated sequence
2034             alignment</li>
2035           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2036             viewer</li>
2037         </ul> <em>Applet</em>
2038         <ul>
2039           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2040             link out mechanism</li>
2041         </ul> <em>Other</em>
2042         <ul>
2043           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2044             series 12</li>
2045           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2046             require Java 1.5</li>
2047           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2048             sequence annotation files</li>
2049           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2050             type colour specification</li>
2051           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2052             script to check if it being run in an interactive session or
2053             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2054         </ul></td>
2055       <td>
2056         <ul>
2057           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2058             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2059         </ul> <em>Application</em>
2060         <ul>
2061           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2062             selected Regions menu item</li>
2063           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2064             part of a valid accession ID</li>
2065           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2066             runs out of memory</li>
2067           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2068             analysis results</li>
2069           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2070             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2071           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2072         </ul> <em>Applet</em>
2073         <ul>
2074           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2075             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2076             defined.</li>
2077         </ul>
2078       </td>
2079     </tr>
2080     <tr>
2081       <td>
2082         <div align="center">
2083           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2084         </div>
2085       </td>
2086       <td></td>
2087       <td>
2088         <ul>
2089           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2090             sequence IDs</li>
2091           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2092             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2093           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2094             import correctly</li>
2095           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2096             number of columns are hidden</li>
2097           <li>annotation label popup menu not providing correct
2098             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2099             present</li>
2100           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2101             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2102           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2103             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2104
2105         </ul> <em>Applet</em>
2106         <ul>
2107           <li>annotation panel disappears when annotation is
2108             hidden/removed</li>
2109         </ul> <em>Application</em>
2110         <ul>
2111           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2112             alignment opened where annotation panel is visible but no
2113             annotations are present on alignment</li>
2114           <li>pasted region containing hidden columns is
2115             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2116           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2117             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2118           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2119             selected Rregions menu item.</li>
2120           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2121             'Un' or 'Non'conserved</li>
2122           <li>Sequence feature settings are being shared by
2123             multiple distinct alignments</li>
2124           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2125             changed</li>
2126           <li>double click on group annotation to select sequences
2127             does not propagate to associated trees</li>
2128           <li>Mac OSX specific issues:
2129             <ul>
2130               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2131                 window background</li>
2132               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2133                 name set correctly</li>
2134               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2135                 save feature colourscheme button</li>
2136             </ul>
2137           </li>
2138         </ul>
2139       </td>
2140     </tr>
2141     <tr>
2142
2143       <td>
2144         <div align="center">
2145           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2146         </div>
2147       </td>
2148       <td><em>New Capabilities</em>
2149         <ul>
2150           <li>URL links generated from description line for
2151             regular-expression based URL links (applet and application)
2152
2153
2154
2155
2156
2157
2158           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2159             menu</li>
2160           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2161             structures</li>
2162           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2163             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2164           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2165             average score or total feature count for each sequence.</li>
2166           <li>Shading features by score or associated description</li>
2167           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2168             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2169           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2170             hide everything but the currently selected region.</li>
2171           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2172         </ul> <em>Application</em>
2173         <ul>
2174           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2175             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2176           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2177             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2178           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2179             database references and protein_name is parsed as
2180             description line (BioSapiens terms).</li>
2181           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2182             references in sequence ID tooltip from View menu in
2183             application.</li>
2184           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2185                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2186           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2187             conservation plots</li>
2188           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2189             and visualized as sequence logos</li>
2190           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2191             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2192           </li>
2193           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2194             when a new tree is opened.</li>
2195           <li>Jalview Java Console</li>
2196           <li>Better placement of desktop window when moving
2197             between different screens.</li>
2198           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2199             consensus annotation</li>
2200           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2201             Workflows</li>
2202           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2203             <ul>
2204               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2205                 used to preserve views, structures, and tree display
2206                 settings)</li>
2207               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2208                 command line</li>
2209               <li>Sharing of selected regions between views and
2210                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2211               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2212             </ul></li>
2213         </ul> <em>Applet</em>
2214         <ul>
2215           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2216           <li>New Parameters
2217             <ul>
2218               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2219                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2220                 opened.</li>
2221               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2222                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2223               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2224                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2225               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2226                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2227                 view</li>
2228               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2229                 increase the height or width of a cell in the alignment
2230                 grid relative to the current font size.</li>
2231             </ul>
2232           </li>
2233           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2234             tooltip</li>
2235         </ul> <em>Other</em>
2236         <ul>
2237           <li>Features format: graduated colour definitions and
2238             specification of feature scores</li>
2239           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2240             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2241             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2242           <li>XML formats extended to support graduated feature
2243             colourschemes, group associated annotation, and profile
2244             visualization settings.</li></td>
2245       <td>
2246         <ul>
2247           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2248             rather than description</li>
2249           <li>Non-positional features are now included in sequence
2250             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2251             visibility in tooltip).</li>
2252           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2253           <li>Added URL embedding instructions to features file
2254             documentation.</li>
2255           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2256             'X' in peptide product</li>
2257           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2258             sequence ID and sequence string and query strings do not
2259             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2260           <li>AMSA files only contain first column of
2261             multi-character column annotation labels</li>
2262           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2263             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2264             exported and re-imported)</li>
2265           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2266             name</li>
2267           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2268             as subsequence matches, and correctly reports total number
2269             of both.</li>
2270           <li>Application:
2271             <ul>
2272               <li>Better handling of exceptions during sequence
2273                 retrieval</li>
2274               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2275                 link text excludes the start_end suffix</li>
2276               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2277                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2278               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2279               <li>Sequence description lines properly shared via
2280                 VAMSAS</li>
2281               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2282                 data sources</li>
2283               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2284                 completes before alignment figures are generated.</li>
2285               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2286                 first time.</li>
2287               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2288                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2289               <li>User defined group colours properly recovered
2290                 from Jalview projects.</li>
2291             </ul>
2292           </li>
2293         </ul>
2294       </td>
2295
2296     </tr>
2297     <tr>
2298       <td>
2299         <div align="center">
2300           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2301         </div>
2302       </td>
2303       <td>
2304         <ul>
2305           <li>Experimental support for google analytics usage
2306             tracking.</li>
2307           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2308         </ul>
2309       </td>
2310       <td>
2311         <ul>
2312           <li>Race condition in applet preventing startup in
2313             jre1.6.0u12+.</li>
2314           <li>Exception when feature created from selection beyond
2315             length of sequence.</li>
2316           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2317           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2318             all sequences with a given id</li>
2319           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2320             ID string searches</li>
2321           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2322             alignment to fail with exception</li>
2323         </ul> <em>Application Issues</em>
2324         <ul>
2325           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2326           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2327             data sources</li>
2328         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2329         <ul>
2330           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2331             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2332           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2333             version (java class versioning error fixed)</li>
2334         </ul>
2335       </td>
2336     </tr>
2337     <tr>
2338       <td>
2339
2340         <div align="center">
2341           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2342         </div>
2343       </td>
2344       <td><em>User Interface</em>
2345         <ul>
2346           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2347             translation and protein products</li>
2348           <li>Linked highlighting of structure associated with
2349             residue mapping to codon position</li>
2350           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2351             and 'clear' button</li>
2352           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2353             Tools menu</li>
2354           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2355             numeric data in description line</li>
2356           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2357           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2358             of sequence</li>
2359         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2360         <ul>
2361           <li>JPred3 web service</li>
2362           <li>Prototype sequence search client (no public services
2363             available yet)</li>
2364           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2365             PFAM</li>
2366           <li>URL Links created for matching database cross
2367             references as well as sequence ID</li>
2368           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2369         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2370         <ul>
2371           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2372             databases</li>
2373           <li>Generalised database reference retrieval and
2374             validation to all fetchable databases</li>
2375           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2376             sequence command</li>
2377         </ul> <em>Import and Export</em>
2378         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2379         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2380           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2381         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2382           File</li>
2383         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2384           triplet as name of colourscheme</li>
2385         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2386         <ul>
2387           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2388           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2389             alignments (experimental)</li>
2390           <li>Create new or select existing session to join</li>
2391           <li>load and save of vamsas documents</li>
2392         </ul> <em>Application command line</em>
2393         <ul>
2394           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2395             from applet)</li>
2396           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2397             of DAS servers to query for alignment features</li>
2398           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2399             that are also automatically queried for features</li>
2400           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2401             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2402         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2403         <ul>
2404           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2405             application (when using &quot;View in full
2406             application&quot;)</li>
2407         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2408         <ul>
2409           <li>feature group display control parameter</li>
2410           <li>debug parameter</li>
2411           <li>showbutton parameter</li>
2412         </ul> <em>Applet API methods</em>
2413         <ul>
2414           <li>newView public method</li>
2415           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2416           <li>Feature display control methods</li>
2417           <li>get list of currently selected sequences</li>
2418         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2419         <ul>
2420           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2421           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2422             Jalview release.</li>
2423           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2424             property controls execution of obfuscator</li>
2425           <li>Build target for generating source distribution</li>
2426           <li>Debug flag for javacc</li>
2427           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2428             jalview.bin.Cache</li>
2429           <li>Continuous Build Integration for stable and
2430             development version of Application, Applet and source
2431             distribution</li>
2432         </ul></td>
2433       <td>
2434         <ul>
2435           <li>selected region output includes visible annotations
2436             (for certain formats)</li>
2437           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2438             for editing</li>
2439           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2440           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2441           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2442           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2443             comments</li>
2444           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2445             filenames containing a ':'</li>
2446           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2447             global sequence features</li>
2448           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2449             references from alignment sequences goes to zero</li>
2450           <li>Close of tree branch colour box without colour
2451             selection causes cascading exceptions</li>
2452           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2453           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2454             file parsing fails.</li>
2455           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2456           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2457             not a valid output format</li>
2458           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2459             vamsas</li>
2460           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2461           <li>error messages passed up and output when data read
2462             fails</li>
2463           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2464             sequence is edited</li>
2465           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2466             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2467           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2468             filetype</li>
2469           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2470             import fixed for PFAM records</li>
2471           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2472             window list</li>
2473           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2474             can be read and written correctly to annotation file</li>
2475           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2476             correctly</li>
2477           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2478             non-italic font for representatives in Applet</li>
2479           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2480             Macs.</li>
2481           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2482             Applet)</li>
2483           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2484             due to null pointer exceptions</li>
2485           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2486             first column of alignment</li>
2487           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2488             July 2008</li>
2489           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2490             file is case-insensitive</li>
2491           <li>Sequence features read from Features file appended to
2492             all sequences with matching IDs</li>
2493           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2494             containing a sub-sequence</li>
2495           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2496           <li>feature and annotation file applet parameters
2497             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2498           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2499           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2500             splash-screen version check to complete</li>
2501           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2502             when passing them to the launchApp service</li>
2503           <li>display name and local features preserved in results
2504             retrieved from web service</li>
2505           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2506             sequence fetcher initialisation</li>
2507           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2508             dasobert DAS client</li>
2509           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2510             association</li>
2511           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2512             sequences
2513           </li>
2514         </ul>
2515       </td>
2516     </tr>
2517     <tr>
2518       <td>
2519         <div align="center">
2520           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2521         </div>
2522       </td>
2523       <td>
2524         <ul>
2525           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2526           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2527           <li>Slide sequences</li>
2528           <li>Edit sequence in place</li>
2529           <li>EMBL CDS features</li>
2530           <li>DAS Feature mapping</li>
2531           <li>Feature ordering</li>
2532           <li>Alignment Properties</li>
2533           <li>Annotation Scores</li>
2534           <li>Sort by scores</li>
2535           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2536         </ul>
2537       </td>
2538       <td>
2539         <ul>
2540           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2541           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2542           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2543           <li>Feature group display state in XML</li>
2544           <li>Feature ordering in XML</li>
2545           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2546           <li>Stockholm alignment properties</li>
2547           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2548           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2549           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2550           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2551         </ul>
2552       </td>
2553
2554     </tr>
2555     <tr>
2556       <td>
2557         <div align="center">
2558           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2559         </div>
2560       </td>
2561       <td>
2562         <ul>
2563           <li>Non standard characters can be read and displayed
2564           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2565             applet via textbox
2566           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2567             name &amp; description
2568           <li>Preference setting to display sequence name in
2569             italics
2570           <li>Annotation file format extended to allow
2571             Sequence_groups to be defined
2572           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2573             specified in preferences
2574           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2575             sequences
2576         </ul>
2577       </td>
2578       <td>
2579         <ul>
2580           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2581             installed
2582           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2583           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2584         </ul>
2585       </td>
2586     </tr>
2587     <tr>
2588       <td>
2589         <div align="center">
2590           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2591         </div>
2592       </td>
2593       <td>
2594         <ul>
2595           <li>Multiple views on alignment
2596           <li>Sequence feature editing
2597           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2598           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2599           <li>Background dependent text colour
2600           <li>Right align sequence ids
2601           <li>User-defined lower case residue colours
2602           <li>Format Menu
2603           <li>Select Menu
2604           <li>Menu item accelerator keys
2605           <li>Control-V pastes to current alignment
2606           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2607           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2608           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2609
2610
2611
2612
2613
2614
2615           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2616         </ul>
2617       </td>
2618       <td>
2619         <ul>
2620           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2621           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2622             calculations
2623           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2624             edits
2625           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2626             of alignment)
2627           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2628
2629
2630
2631
2632
2633
2634           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2635             display correctly
2636           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2637           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2638             analysis results
2639           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2640             &#8739;
2641           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2642           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2643           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2644
2645
2646
2647
2648
2649
2650         </ul>
2651       </td>
2652     </tr>
2653     <tr>
2654       <td>
2655         <div align="center">
2656           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2657         </div>
2658       </td>
2659       <td>
2660         <ul>
2661           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2662         </ul>
2663       </td>
2664       <td>
2665         <ul>
2666           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2667             sequence id panel has been resized</li>
2668           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2669             rendered</li>
2670           <li>Annotation files with sequence references - all
2671             elements in file are relative to sequence position</li>
2672           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2673         </ul>
2674       </td>
2675     </tr>
2676     <tr>
2677       <td>
2678         <div align="center">
2679           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2680         </div>
2681       </td>
2682       <td>
2683         <ul>
2684           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2685           <li>DAS Feature fetching</li>
2686           <li>Hide sequences and columns</li>
2687           <li>Export Annotations and Features</li>
2688           <li>GFF file reading / writing</li>
2689           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2690             files</li>
2691           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2692           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2693           <li>Applet can launch the full application</li>
2694           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2695             required)</li>
2696           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2697           <li>Applet can load sequences from parameter
2698             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2699           </li>
2700         </ul>
2701       </td>
2702       <td>
2703         <ul>
2704           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2705           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2706           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2707         </ul>
2708       </td>
2709     </tr>
2710     <tr>
2711       <td>
2712         <div align="center">
2713           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2714         </div>
2715       </td>
2716       <td>
2717         <ul>
2718           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2719           <li>Choose to match case when searching</li>
2720           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2721             expand the visible width and height of the alignment</li>
2722         </ul>
2723       </td>
2724       <td>
2725         <ul>
2726           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2727         </ul>
2728       </td>
2729     </tr>
2730     <tr>
2731       <td>
2732         <div align="center">
2733           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2734         </div>
2735       </td>
2736       <td>&nbsp;</td>
2737       <td>
2738         <ul>
2739           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2740           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2741             value</li>
2742         </ul>
2743       </td>
2744     </tr>
2745     <tr>
2746       <td>
2747         <div align="center">
2748           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2749         </div>
2750       </td>
2751       <td>
2752         <ul>
2753           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2754           <li>Keyboard editing</li>
2755           <li>Create sequence features from searches</li>
2756           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2757             alignments</li>
2758           <li>Features file allows grouping of features</li>
2759           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2760           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2761           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2762         </ul>
2763       </td>
2764       <td>
2765         <ul>
2766           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2767           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2768             descriptions saved.</li>
2769         </ul>
2770       </td>
2771     </tr>
2772     <tr>
2773       <td>
2774         <div align="center">
2775           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2776         </div>
2777       </td>
2778       <td>
2779         <ul>
2780           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2781           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2782           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2783             name for file output</li>
2784           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2785           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2786             used for HTML form input</li>
2787         </ul>
2788       </td>
2789       <td>
2790         <ul>
2791           <li>HTML output writes groups and features</li>
2792           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2793           <li>File IO bugs</li>
2794         </ul>
2795       </td>
2796     </tr>
2797     <tr>
2798       <td>
2799         <div align="center">
2800           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2801         </div>
2802       </td>
2803       <td>
2804         <ul>
2805           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2806           <li>More options for PCA viewer</li>
2807         </ul>
2808       </td>
2809       <td>
2810         <ul>
2811           <li>GUI bugs resolved</li>
2812           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2813         </ul>
2814       </td>
2815     </tr>
2816     <tr>
2817       <td height="63">
2818         <div align="center">
2819           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2820         </div>
2821       </td>
2822       <td>
2823         <ul>
2824           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2825           <li>Jar files are executable</li>
2826           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2827         </ul>
2828       </td>
2829       <td>
2830         <ul>
2831           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2832           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2833           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2834         </ul>
2835       </td>
2836     </tr>
2837     <tr>
2838       <td>
2839         <div align="center">
2840           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2841         </div>
2842       </td>
2843       <td>
2844         <ul>
2845           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2846         </ul>
2847       </td>
2848       <td>
2849         <ul>
2850           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2851         </ul>
2852       </td>
2853     </tr>
2854     <tr>
2855       <td>
2856         <div align="center">
2857           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2858         </div>
2859       </td>
2860       <td>
2861         <ul>
2862           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2863             size</li>
2864         </ul>
2865       </td>
2866       <td>
2867         <ul>
2868           <li>Improved JPred client reliability</li>
2869           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2870         </ul>
2871       </td>
2872     </tr>
2873     <tr>
2874       <td>
2875         <div align="center">
2876           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2877         </div>
2878       </td>
2879       <td>
2880         <ul>
2881           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2882           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2883           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2884             to Colour Menu</li>
2885           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2886           <li>Unix users can set default web browser</li>
2887           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2888           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2889         </ul>
2890       </td>
2891       <td>
2892         <ul>
2893           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2894         </ul>
2895       </td>
2896     </tr>
2897     <tr>
2898       <td>
2899         <div align="center">
2900           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2901         </div>
2902       </td>
2903       <td>&nbsp;</td>
2904       <td>
2905         <ul>
2906           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2907             alignment order.</li>
2908         </ul>
2909       </td>
2910     </tr>
2911     <tr>
2912       <td>
2913         <div align="center">
2914           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2915         </div>
2916       </td>
2917       <td>
2918         <ul>
2919           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2920           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2921           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2922             annotations.</li>
2923           <li>Version and build date written to build properties
2924             file.</li>
2925           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2926             at launch of Jalview.</li>
2927         </ul>
2928       </td>
2929       <td>
2930         <ul>
2931           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2932           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2933           <li>Can remove groups one by one.</li>
2934           <li>Filechooser icons installed.</li>
2935           <li>Finder ignores return character when searching.
2936             Return key will initiate a search.<br>
2937           </li>
2938         </ul>
2939       </td>
2940     </tr>
2941     <tr>
2942       <td>
2943         <div align="center">
2944           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2945         </div>
2946       </td>
2947       <td>
2948         <ul>
2949           <li>New codebase</li>
2950         </ul>
2951       </td>
2952       <td>&nbsp;</td>
2953     </tr>
2954   </table>
2955   <p>&nbsp;</p>
2956 </body>
2957 </html>