JAL-2189 release notes/whats new
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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Release History</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Release History</strong>
28   </p>
29   <table border="1">
30     <tr>
31       <td width="60" nowrap>
32         <div align="center">
33           <em><strong>Release</strong></em>
34         </div>
35       </td>
36       <td>
37         <div align="center">
38           <em><strong>New Features</strong></em>
39         </div>
40       </td>
41       <td>
42         <div align="center">
43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
44         </div>
45       </td>
46     </tr>
47     <tr>
48       <td width="60" nowrap>
49         <div align="center">
50           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>04/10/2016</em></strong>
51         </div>
52       </td>
53       <td><em>General</em>
54         <ul>
55             <li><!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and better PDB parsing.</li>
56             <li><!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to reference sequence</li>
57             <li><!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when mousing over sequence associated annotation</li>
58             <li><!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket' for manual entry</li>
59             <li><!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations for each column</li>
60             <li><!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for showing or hiding columns containing a feature</li>
61             <li><!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on group and sequence associated annotation labels</li>
62             <li><!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in select/hide columns by annotation and colour by annotation dialogs</li>
63             
64         </ul> <em>Application</em>
65         <ul>
66             <li><!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a gene/transcript view</li>
67             <li><!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search dialog</li>
68             <li><!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database</li>          
69             <li><!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and Pfam sources to xfam.org</li>
70             <li><!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher</li>
71             <li><!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing over sequences in Jalview</li>
72             <li><!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding regions in ENA and EMBL</li>
73             <li><!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2 for record retrieval via ENA rest API</li>
74             <li><!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse complement operator</li>
75             <li><!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster groovy script execution</li>
76             <li><!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an alignment window's Calculate menu</li>
77             <li><!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode</li>
78             <li><!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment calculation workers from groovy scripts</li>
79             <li><!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in Jalview projects</li>
80             <li><!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB associations are now saved/restored from project</li>
81             <li><!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown before sequence fetcher is opened</li>
82             <li><!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's database chooser opens a sequence fetcher</li>
83             <li><!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using the UniProt REST API</li>
84             <li><!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent the news reader opening</li>
85             <li><!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot querying stored in preferences</li>
86             <li><!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot search results</li>
87             <li><!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser</li>
88             <li><!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate menu for nucleotide sequences</li>
89             <li>
90               <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores and feature counts preserves alignment ordering (and debugged for complex feature sets).  
91             </li>
92             <li>
93               <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for viewing structures with Jalview 2.10   
94             </li>
95             <li>
96               <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and Ensembl Genomes REST API   
97             </li>
98             <li>
99               <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions (Ensembl)   
100             </li>
101             <li><!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot sequences</li>
102             <li>
103               <!-- JAL- -->  
104             </li>
105             <li>
106               <!-- JAL- -->  
107             </li>
108                     
109              
110         </ul> <em>Applet</em>
111         <ul>
112             <li><!-- JAL---></li>
113         </ul></td>
114       <td>
115         <div align="left">
116           <em>General</em>
117           <ul>
118             <li><!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up menu on OSX</li>
119             <li><!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again) includes graduated colourschemes</li>
120             <li><!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when working with big alignments and lots of hidden columns</li>
121             <li><!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered at right of alignment window</li>
122             <li><!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of contents</li>
123             <li><!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown for DNA alignments</li>
124             <li><!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature based tree calculation</li>
125             <li><!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show unconserved enabled for group on alignment</li>
126             <li><!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when set as reference</li>
127             <li><!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over annotation</li>
128             <li><!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when hidden columns present</li>
129             <li><!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when user created annotation added to alignment</li>
130             <li><!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for '()' base pair annotation</li>
131             <li><!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results in zero scores for all base pairs in RNA Structure Consensus</li>
132             <li><!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing feature not working</li>
133             <li><!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at beginning of sequence</li>            
134             <li><!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb entry 3a6s </li>
135             <li><!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from from a tree when t-coffee scores are shown</li>
136             <li><!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB structures with chains containing negative resnums (4q4h)</li>
137             <li><!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing some structures</li>
138             <li><!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added to Clustal, PIR and PileUp output</li>
139             <li><!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are not visible causes alignment window to repaint</li>
140             <li>
141               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
142               graduated colour and colour by annotation row for e-value
143               scores associated with features and annotation rows
144             </li>
145             <li>
146               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
147               calculation should be case independent
148             </li>
149             <li>
150               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
151               columns
152             </li>
153             <li>
154               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa, exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
155             </li>
156             <li>
157               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw problems when reference sequence defined and 'show non-conserved' enabled
158             </li>
159             <li><!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on load even when Consensus calculation is disabled</li>
160             <li>
161               <!--  -->
162             </li>
163             <li>
164               <!-- JAL- -->
165             </li>
166             <li>
167               <!-- JAL- -->
168             </li>
169           </ul>
170           <em>Application</em>
171           <ul>
172             <li><!-- JAL-1944 not yet fixed Error thrown when exporting a view with hidden sequences as flat-file alignment--></li>
173             <li><!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML output when running on non-gb/us i18n platforms</li>
174             <li><!-- JAL-1552-->URLs and links can imported by drag'n'drop on OSX webstart</li>
175             <li><!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when launching Chimera</li>
176             <li><!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart (also hotfix for 2.9.0b2)</li>
177             <li><!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a reference sequence defined</li>
178             <li><!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other alignments and views when revealing hidden columns</li>
179             <li><!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement view in a cDNA/Protein splitframe</li>
180             <li><!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative sequence from project when only one sequence is represented</li>
181             <li><!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option in Structure Chooser</li>
182             <li><!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or structure consensus didn't refresh annotation panel</li>
183             <li><!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows mappings between sequence and all chains in a PDB file</li>   
184             <li><!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS dialogs format columns correctly, don't display array data, sort columns according to type</li>
185             <li><!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination file chooser is cancelled during an image export </li>
186             <li><!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with sequence name containing special characters</li>
187             <li><!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be case insensitive</li>
188             <li><!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML formatting don't wrap</li>
189             <li><!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are truncated so L looks like I in consensus annotation</li>
190             <li><!-- JAL-2003 -->Export features should only export the currently displayed features for the current selection or view</li>
191             <li><!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu after fetching cross-references</li>
192             <li><!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not followed in the structure viewer</li>
193             <li><!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in splitframe not restored from project</li>            
194             <li>
195               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at trailing end of protein alignment in transcript/product splitview when pad-gaps not enabled by default
196             </li>
197             <li>
198               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation is case dependent
199             </li>
200             <li>
201               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last article has been read (reopened issue due to internationalisation problems)
202             </li>
203             <li><!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure viewer based on sequence name, PDB and Uniprot cross-references</li>
204             
205             <li>
206               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of alignment as HTML
207             </li>
208             <li>
209               <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence data from external database records.
210             </li>
211             <li>
212               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after multiple structures are shown for one or more sequences.
213             </li>
214             <li>
215               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option is enabled.
216             </li>
217             <li>
218               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering specific PDB id for sequence
219             </li>
220             <li>
221               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when 'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden columns' is disabled. 
222             </li>
223             <li><!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser selects lowest rather than highest resolution structures for each sequence</li>
224             <li>
225               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB to sequence mapping in 'View Mappings' report
226             </li>
227             <li>
228               <!-- JAL- -->
229             </li>
230             <li>
231               <!-- JAL- -->
232             </li>
233
234             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941 /> RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
235           </ul>
236           <em>Applet</em>
237           <ul>
238             <li><!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when hidden columns present before start of sequence</li>
239             <li><!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages (JSON jars)</li>
240             <li>
241               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when sequences are hidden in applet
242             </li>
243             <li><!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet deployment on examples pages.
244             </li>
245           </ul>
246         </div>
247       </td>
248     </tr>
249     <tr>
250       <td width="60" nowrap>
251         <div align="center">
252           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
253             <em>16/10/2015</em></strong>
254         </div>
255       </td>
256       <td><em>General</em>
257         <ul>
258           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
259             jars</li>
260         </ul></td>
261       <td>
262         <div align="left">
263           <em>Application</em>
264           <ul>
265             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
266               shown when tree is partitioned</li>
267             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
268               multiple cDNA/Protein split views</li>
269           </ul>
270         </div>
271       </td>
272     </tr>
273     <tr>
274       <td width="60" nowrap>
275         <div align="center">
276           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
277             <em>8/10/2015</em></strong>
278         </div>
279       </td>
280       <td><em>General</em>
281         <ul>
282           <li>Updated Spanish translations of localized text for
283             2.9</li>
284         </ul> <em>Application</em>
285       <ul>
286           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
287           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
288           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
289         </ul> <em>Applet</em>
290         <ul>
291           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
292         </ul></td>
293       <td>
294         <div align="left">
295           <em>General</em>
296           <ul>
297             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
298               incorrect when sequence start > 1</li>
299             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
300               documentation</li>
301             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
302             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
303               loading a features file containing HTML tags in feature
304               description</li>
305
306           </ul>
307           <em>Application</em>
308           <ul>
309             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
310               reimport</li>
311             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
312               with 'trim retrieved sequences'</li>
313             <li>Incorrect warning about deleting all data when
314               deleting selected columns</li>
315             <li>Patch to build system for shipping properly signed
316               JNLP templates for webstart launch</li>
317             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
318               unreleased structures for download or viewing</li>
319             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
320               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
321             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
322               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
323             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
324               recovered from jalview project</li>
325             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
326               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
327               alignment view</li>
328             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
329               color schemes from BioJSON</li>
330           </ul>
331           <em>Applet</em>
332           <ul>
333             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
334               frame</li>
335             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
336           </ul>
337         </div>
338       </td>
339     </tr>
340     <tr>
341       <td><div align="center">
342           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
343         </div></td>
344       <td><em>General</em>
345         <ul>
346           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
347             alignments:
348             <ul>
349               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
350                 and DNA alignment views</li>
351               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
352                 cDNA alignment views</li>
353               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
354                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
355               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
356                 protein sequences</li>
357             </ul>
358           </li>
359           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
360           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
361             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
362           <li>New alignment annotation file statements for
363             reference sequences and marking hidden columns</li>
364           <li>Reference sequence based alignment shading to
365             highlight variation</li>
366           <li>Select or hide columns according to alignment
367             annotation</li>
368           <li>Find option for locating sequences by description</li>
369           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
370             acid conservation row</li>
371           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
372         </ul> <em>Application</em>
373         <ul>
374           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
375             <ul>
376               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
377                 view with cDNA/Protein</li>
378               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
379                 sequences are placed in the same alignment</li>
380               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
381                 projects</li>
382             </ul>
383           </li>
384
385           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
386           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
387             Jalview windows</li>
388
389           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
390           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
391           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
392             be shown in VARNA</li>
393
394           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
395             as the active selected region</li>
396
397           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
398             similarity</li>
399           <li>New Export options
400             <ul>
401               <li>New Export Settings dialog to control hidden
402                 region export in flat file generation</li>
403
404               <li>Export alignment views for display with the <a
405                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
406
407               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
408               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
409                 alignment figures to HTML</li>
410           </li>
411           <li>3D structure retrieval and display
412             <ul>
413               <li>Free text and structured queries with the PDBe
414                 Search API</li>
415               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
416                 PDB structures for a sequence set</li>
417             </ul>
418           </li>
419
420           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
421             predictions</li>
422           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
423             for one or a group of sequences</li>
424           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
425             from the JPred4 web server</li>
426           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
427             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
428             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
429           </li>
430           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
431             VARNA 2D Structure'</li>
432           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
433             Structure ..."</li>
434
435         </ul> <em>Applet</em>
436         <ul>
437           <li>New layout for applet example pages</li>
438           <li>New parameters to enable SplitFrame view
439             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
440           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
441             Protein alignments</li>
442         </ul> <em>Development and deployment</em>
443         <ul>
444           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
445           <li>Include installation type and git revision in build
446             properties and console log output</li>
447           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
448             storing BioJsMSA Templates</li>
449           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
450         </ul></td>
451       <td>
452         <!-- <em>General</em>
453         <ul>
454         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
455         <ul>
456           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
457           <li>Typo in select-by-features status report</li>
458           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
459             predictions are not highlighted in amber</li>
460           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
461             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
462           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
463             associated structure views</li>
464           <li>ID width preference option is greyed out when auto
465             width checkbox not enabled</li>
466           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
467             creating user defined colours</li>
468           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
469             mappings for just that viewer's sequences</li>
470           <li>Workaround for superposing PDB files containing
471             multiple models in Chimera</li>
472           <li>Report sequence position in status bar when hovering
473             over Jmol structure</li>
474           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
475             output to text box</li>
476           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
477             have incorrect sequence start/end</li>
478           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
479             Jalview fails</li>
480           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
481             work for nucleotide</li>
482           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
483             to a grey/invisible alignment window</li>
484           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
485             imports to different position</li>
486           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
487             on some platforms</li>
488           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
489             populated</li>
490           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
491             console if Chimera has been opened</li>
492           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
493           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
494             retrieved</li>
495           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
496           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
497             either sequence shows on first structure</li>
498           <li>'Show annotations' options should not make
499             non-positional annotations visible</li>
500           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
501             in right place after 'view flanking regions'</li>
502           <li>File Save As type unset when current file format is
503             unknown</li>
504           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
505             projects</li>
506           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
507             responsive</li>
508           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
509             several views on same alignment</li>
510           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
511           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
512             spaces</li>
513         </ul> <em>Applet</em>
514         <ul>
515           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
516           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
517             descriptions containing angle brackets</li>
518         </ul> <em>General</em>
519         <ul>
520           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
521             via jalview annotation file</li>
522           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
523             with RNA secondary structure</li>
524           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
525             translation doesn't work.</li>
526           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
527           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
528             positions</li>
529           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
530             choosing 1pt font</li>
531           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
532             annotation file when annotation display text includes 'e' or
533             'h'</li>
534           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
535             new feature</li>
536           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
537             order dependent</li>
538           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
539             sequences</li>
540           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
541         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
542         <ul>
543           <li>Applet example pages appear different to the rest of
544             www.jalview.org</li>
545         </ul> <em>Application Known issues</em>
546         <ul>
547           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
548           <li>Misleading message appears after trying to delete
549             solid column.</li>
550           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
551             version launches</li>
552           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
553             fails with a sequence mismatch</li>
554           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
555             scrolling alignment to right</li>
556           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
557             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
558           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
559             placed above or below non-autocalculated rows</li>
560           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
561             ultra-high resolution</li>
562           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
563             quality and conservation</li>
564           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
565             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
566         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
567         <ul>
568           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
569           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
570             window is being resized</li>
571
572         </ul>
573       </td>
574     </tr>
575     <tr>
576       <td><div align="center">
577           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
578         </div></td>
579       <td><em>General</em>
580         <ul>
581           <li>Updated Java code signing certificate donated by
582             Certum.PL.</li>
583           <li>Features and annotation preserved when performing
584             pairwise alignment</li>
585           <li>RNA pseudoknot annotation can be
586             imported/exported/displayed</li>
587           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
588             protein secondary structure</li>
589           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
590               post-hoc with 2.9 release</em>)
591           </li>
592
593         </ul> <em>Application</em>
594         <ul>
595           <li>Extract and display secondary structure for sequences
596             with 3D structures</li>
597           <li>Support for parsing RNAML</li>
598           <li>Annotations menu for layout
599             <ul>
600               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
601               <li>place sequence annotation above/below alignment
602                 annotation</li>
603             </ul>
604           <li>Output in Stockholm format</li>
605           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
606             translation</li>
607           <li>Structure viewer preferences tab</li>
608           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
609             shared between alignments</li>
610           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
611             Jalview</li>
612           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
613             all or current selection</li>
614           <li>disorder and secondary structure predictions
615             available as dataset annotation</li>
616           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
617
618
619           <li>Sequence database accessions imported when fetching
620             alignments from Rfam</li>
621           <li>update VARNA version to 3.91</li>
622
623           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
624             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
625           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
626           <li>include installation type in build properties and
627             console log output</li>
628           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
629             annotation</li>
630         </ul></td>
631       <td>
632         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
633         <ul>
634           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
635             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
636           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
637             alignment</li>
638           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
639           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
640           <li>Double click on sequence associated annotation
641             selects only first column</li>
642           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
643             leaves shown in tree</li>
644           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
645             properly</li>
646           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
647           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
648             screen and buttons not visible</li>
649           <li>author list isn't updated if already written to
650             Jalview properties</li>
651           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
652             from database</li>
653           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
654           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
655             browser search window</li>
656           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
657             in feature settings dialog</li>
658           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
659             desktop</li>
660           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
661             pass validation</li>
662           <li>Web services parameters dialog box is too large to
663             fit on screen</li>
664           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
665             tooltip</li>
666           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
667             defined user preset</li>
668           <li>MSA web services warns user if they were launched
669             with invalid input</li>
670           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
671             Java 8</li>
672           <li>
673             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
674             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
675             created
676           </li>
677
678         </ul> <!--  <em>Applet</em>
679                                 <ul>
680                                 </ul> <em>General</em>
681                                 <ul> 
682                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
683         <ul>
684           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
685             memory allocation</li>
686           <li>launchApp service doesn't automatically open
687             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
688           <li>
689             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
690             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
691             1.7_055 is available
692           </li>
693         </ul> <em>Application Known issues</em>
694         <ul>
695           <li>
696             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
697             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
698             alignment to right
699           </li>
700           <li>
701             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
702             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
703             with large number of ID
704           </li>
705           <li>
706             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
707             flatfile output of visible region has incorrect sequence
708             start/end
709           </li>
710           <li>
711             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
712             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
713             structure tracks are rearranged
714           </li>
715           <li>
716             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
717             invalid rna structure positional highlighting does not
718             highlight position of invalid base pairs
719           </li>
720           <li>
721             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
722             out of memory errors are not raised when saving Jalview
723             project from alignment window file menu
724           </li>
725           <li>
726             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
727             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
728             structures
729           </li>
730           <li>
731             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
732             colour by RNA Helices not enabled when user created
733             annotation added to alignment
734           </li>
735           <li>
736             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
737             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
738           </li>
739         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
740         <ul>
741           <li>
742             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
743             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
744           </li>
745           <li>
746             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
747             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
748           </li>
749
750           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
751             when selected</li>
752         </ul>
753       </td>
754     </tr>
755     <tr>
756       <td><div align="center">
757           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
758         </div></td>
759       <td>
760         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
761         <em>General</em>
762         <ul>
763           <li>Internationalisation of user interface (usually
764             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
765           <li>Define/Undefine group on current selection with
766             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
767           <li>Improved group creation/removal options in
768             alignment/sequence Popup menu</li>
769           <li>Sensible precision for symbol distribution
770             percentages shown in logo tooltip.</li>
771           <li>Annotation panel height set according to amount of
772             annotation when alignment first opened</li>
773         </ul> <em>Application</em>
774         <ul>
775           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
776             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
777           <li>Select columns containing particular features from
778             Feature Settings dialog</li>
779           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
780             sequences</li>
781           <li>Update Jalview project format:
782             <ul>
783               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
784               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
785                 store secondary structure annotation,etc)</li>
786               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
787                 colouring</li>
788             </ul>
789           </li>
790           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
791             (PAM250)</li>
792           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
793             flanking regions for an alignment</li>
794         </ul>
795       </td>
796       <td>
797         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
798         <ul>
799           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
800             running after job is cancelled</li>
801           <li>cannot export features from alignments imported from
802             Jalview/VAMSAS projects</li>
803           <li>Buggy slider for web service parameters that take
804             float values</li>
805           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
806             have 'display all symbols' flag set</li>
807           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
808             annotation shading not saved in Jalview project</li>
809           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
810             Jalview</li>
811           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
812             Lion/Webstart</li>
813           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
814           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
815           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
816             alignment onto desktop</li>
817           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
818             'extract scores' function</li>
819           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
820             alignment window</li>
821           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
822             performing IUPred disorder prediction</li>
823           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
824             changing 'normalise logo' display setting</li>
825           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
826             nothing matches query</li>
827           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
828             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
829           </li>
830           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
831             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
832           </li>
833           <li>Not all working JABAWS services are shown in
834             Jalview's menu</li>
835           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
836             'invalid literal/length code'</li>
837           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
838             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
839           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
840             colourscheme</li>
841
842         </ul> <em>Applet</em>
843         <ul>
844           <li>Remove group option is shown even when selection is
845             not a group</li>
846           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
847             don't affect groups</li>
848           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
849             colourscheme name</li>
850           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
851             Annotation panel is not displayed</li>
852           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
853             embedded windows</li>
854         </ul> <em>Other</em>
855         <ul>
856           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
857             single sequence were not calculated</li>
858           <li>annotation files that contain only groups imported as
859             annotation and junk sequences</li>
860           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
861             recognised as PFAM or BLC</li>
862           <li>conservation/PID slider apply all groups option
863             doesn't affect background (2.8.0b1)
864           <li></li>
865           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
866           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
867             trailing gaps</li>
868           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
869             registered correctly on import</li>
870           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
871             certain alignments</li>
872           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
873             existing annotation based 'use original colours'
874             colourscheme loses original colours setting</li>
875         </ul>
876       </td>
877     </tr>
878     <tr>
879       <td><div align="center">
880           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
881             <em>30/1/2014</em></strong>
882         </div></td>
883       <td>
884         <ul>
885           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
886             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
887             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
888             open source project).
889           </li>
890           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
891           </li>
892           <li>Output in Stockholm format</li>
893           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
894           <li>Export/import group and sequence associated line
895             graph thresholds</li>
896           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
897             ambiguity codes</li>
898           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
899             selection (or visible selection) in the same way that JPred
900             works</li>
901           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
902         </ul> <em>Other improvements</em>
903         <ul>
904           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
905           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
906             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
907           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
908             files</li>
909           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
910           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
911             link but no description</li>
912           <li>Select primary source when selecting authority in
913             database fetcher GUI</li>
914           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
915             Jalview</li>
916           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
917         </ul>
918       </td>
919       <td>
920         <ul>
921           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
922             displayed</li>
923           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
924             secondary structure annotation line</li>
925           <li>Sequence database accessions not imported when
926             fetching alignments from Rfam</li>
927           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
928             identical IDs</li>
929           <li>View all structures does not always superpose
930             structures</li>
931           <li>Option widgets in service parameters not updated to
932             reflect user or preset settings</li>
933           <li>Null pointer exceptions for some services without
934             presets or adjustable parameters</li>
935           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
936             discover PDB xRefs</li>
937           <li>Exception encountered while trying to retrieve
938             features with DAS</li>
939           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
940             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
941           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
942             residue follows a gap</li>
943           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
944             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
945           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
946             shown in wrap mode when no annotations present</li>
947           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
948             annotation already exists on alignment</li>
949           <li>oninit javascript function should be called after
950             initialisation completes</li>
951           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
952             alignment window display</li>
953           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
954           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
955             to annotation file</li>
956           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
957             groups created</li>
958           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
959             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
960           <li>Pressing return several times causes Number Format
961             exceptions in keyboard mode</li>
962           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
963             correct partitions for input data</li>
964           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
965           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
966           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
967           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
968             mode</li>
969           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
970             changes one row&#39;s threshold</li>
971           <li>Preferences and Feature settings panel panel
972             doesn&#39;t open</li>
973           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
974             quality histograms</li>
975         </ul>
976       </td>
977     </tr>
978     <tr>
979       <td><div align="center">
980           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
981         </div></td>
982       <td><em>Application</em>
983         <ul>
984           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
985             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
986           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
987             preferences</li>
988           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
989             in Jalview alignment window</li>
990           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
991             mountain lion, windows 7, and 8</li>
992           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
993             RNA and ambiguity codes</li>
994
995           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
996           <li>Support fetching and database reference look up
997             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
998             refs')</li>
999           <li>Jalview project improvements
1000             <ul>
1001               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1002                 flag for annotation</li>
1003               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1004                 alignment</li>
1005               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1006                 Jalview project</li>
1007
1008             </ul>
1009           </li>
1010           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1011           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1012             running</li>
1013           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1014           <li>visual indication that web service results are still
1015             being retrieved from server</li>
1016           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1017             starts up for first time</li>
1018           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1019             services</li>
1020           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1021             client library</li>
1022           <li>Examples directory and Groovy library included in
1023             InstallAnywhere distribution</li>
1024         </ul> <em>Applet</em>
1025         <ul>
1026           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1027             visualization applet example</li>
1028         </ul> <em>General</em>
1029         <ul>
1030           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1031           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1032             defaults</li>
1033           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1034             calculation</li>
1035           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1036             matrices
1037           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1038             in HTML</li>
1039           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1040             structure contacts</li>
1041           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1042           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1043           <li>Parse sequence associated secondary structure
1044             information in Stockholm files</li>
1045           <li>HTML Export database accessions and annotation
1046             information presented in tooltip for sequences</li>
1047           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1048             style RNA alignment files</li>
1049           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1050             alignment</li>
1051           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1052             shade each sequence according to its associated alignment
1053             annotation</li>
1054           <li>New Jalview Logo</li>
1055         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1056         <ul>
1057           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1058           <li>New Website!</li>
1059         </ul></td>
1060       <td><em>Application</em>
1061         <ul>
1062           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1063             wsdbfetch REST service</li>
1064           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1065           <li>Filetype associations not installed for webstart
1066             launch</li>
1067           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1068             job execution in full once it is complete</li>
1069           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1070             uploaded via ali_file parameter</li>
1071           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1072           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1073           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1074             submitted for prediction</li>
1075           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1076             desktop window</li>
1077           <li>Putting fractional value into integer text box in
1078             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1079           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1080             windows 7</li>
1081           <li>View all structures fails with exception shown in
1082             structure view</li>
1083           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1084             escaped in a platform independent way</li>
1085           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1086             using proxy</li>
1087           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1088             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1089           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1090             failure when java web start temporary file caching is
1091             disabled</li>
1092           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1093             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1094           <li>Errors during processing of command line arguments
1095             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1096           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1097             DAS sources in sequence fetcher</li>
1098           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1099             dialog is shown</li>
1100           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1101           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1102           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1103           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1104             on OSX Mountain Lion</li>
1105           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1106             sequences with alignment annotation are pasted into the
1107             alignment</li>
1108           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1109             when loaded from Jalview project</li>
1110           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1111           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1112             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1113           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1114             associated with all views</li>
1115           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1116             annotation rows to new window</li>
1117         </ul> <em>Applet</em>
1118         <ul>
1119           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1120             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1121           <li>loading features via javascript API automatically
1122             enables feature display</li>
1123           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1124             work</li>
1125         </ul> <em>General</em>
1126         <ul>
1127           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1128           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1129             and then deselected</li>
1130           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1131           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1132             coloured with clustalx</li>
1133           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1134             exceptions and redraw errors</li>
1135           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1136             reconfigured view</li>
1137           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1138             colour</li>
1139           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1140             for lots of labels</li>
1141         </ul>
1142     </tr>
1143     <tr>
1144       <td>
1145         <div align="center">
1146           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1147         </div>
1148       </td>
1149       <td><em>Application</em>
1150         <ul>
1151           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1152           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1153           <li>View/alignment association menu to enable user to
1154             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1155             its colours/correspondences from</li>
1156           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1157           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1158             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1159           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1160           <li>Annotation row column label formatting attributes
1161             stored in project file</li>
1162           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1163             rows preserved in Jalview project file</li>
1164           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1165             saved using Desktop window menu</li>
1166           <li>Visual indication that command line arguments are
1167             still being processed</li>
1168           <li>Groovy script execution from URL</li>
1169           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1170             preferences</li>
1171           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1172             alignment with sequences that have high similarity and
1173             matching IDs</li>
1174           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1175           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1176             structures in same window</li>
1177           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1178           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1179             analysis function in its own submenu</li>
1180         </ul> <em>Applet</em>
1181         <ul>
1182           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1183             groups</li>
1184           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1185           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1186           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1187           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1188           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1189             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1190           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1191           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1192             parameters are treated as such</li>
1193           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1194             <ul>
1195               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1196               <li>Javascript callbacks for
1197                 <ul>
1198                   <li>Applet initialisation</li>
1199                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1200                 </ul>
1201               </li>
1202               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1203                 functions</li>
1204               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1205               <li>javascript structure viewer harness to pass
1206                 messages between Jmol and Jalview when running as
1207                 distinct applets</li>
1208               <li>sortBy method</li>
1209               <li>Set of applet and application examples shipped
1210                 with documentation</li>
1211               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1212                 javascript message exchange</li>
1213             </ul>
1214         </ul> <em>General</em>
1215         <ul>
1216           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1217             multiple alignments</li>
1218           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1219           <li>User configurable link to enable redirects to a
1220             www.Jalview.org mirror</li>
1221           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1222           <li>Configurable newline string when writing alignment
1223             and other flat files</li>
1224           <li>Allow alignment annotation description lines to
1225             contain html tags</li>
1226         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1227         <ul>
1228           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1229             examples</li>
1230           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1231             using a web service before displaying the result in the
1232             Jalview desktop</li>
1233           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1234           <li>Ant target to publish example html files with applet
1235             archive</li>
1236           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1237           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1238         </ul></td>
1239       <td><em>Application</em>
1240         <ul>
1241           <li>User defined colourscheme throws exception when
1242             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1243           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1244             dialog for valid filename/format</li>
1245           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1246           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1247             P37173</li>
1248           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1249             which sequence is to be associated with the file</li>
1250           <li>Find All raises null pointer exception when query
1251             only matches sequence IDs</li>
1252           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1253           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1254             2.4 cannot be loaded</li>
1255           <li>Filetype associations not installed for webstart
1256             launch</li>
1257           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1258             with sequences in different alignments do not get coloured
1259             by their associated sequence</li>
1260           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1261             not preserved when project is loaded</li>
1262           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1263             stored in Jalview project</li>
1264           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1265             Jalview project</li>
1266           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1267           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1268             by conservation</li>
1269           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1270             created on new view</li>
1271           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1272             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1273           <li>Alignment quality not updated after alignment
1274             annotation row is hidden then shown</li>
1275           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1276             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1277           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1278             properly</li>
1279           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1280             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1281           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1282           <li>Structures imported from file and saved in project
1283             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1284           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1285             job execution in full once it is complete</li>
1286         </ul> <em>Applet</em>
1287         <ul>
1288           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1289             annotation rows are displayed</li>
1290           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1291             codebase</li>
1292           <li>View follows highlighting does not work for positions
1293             in sequences</li>
1294           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1295           <li>Export features raises exception when no features
1296             exist</li>
1297           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1298             for javascript api is modified when separator string
1299             provided as parameter</li>
1300           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1301             alignment with no existing selection</li>
1302           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1303             to applet&#39;s codebase</li>
1304           <li>Status bar not updated after finished searching and
1305             search wraps around to first result</li>
1306           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1307             several Jalview applets causes race conditions and memory
1308             leaks</li>
1309           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1310             not sent from Jmol in applet</li>
1311           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1312             applet API fatally hang browser</li>
1313         </ul> <em>General</em>
1314         <ul>
1315           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1316             position with wrapped view and hidden regions</li>
1317           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1318             with/without hidden columns</li>
1319           <li>Sequence length given in alignment properties window
1320             is off by 1</li>
1321           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1322             import PDB like structure files</li>
1323           <li>Positional search results are only highlighted
1324             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1325           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1326           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1327             given sequence position</li>
1328           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1329             output</li>
1330           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1331             from nucleotide chains correctly</li>
1332           <li>Structure colours not updated when tree partition
1333             changed in alignment</li>
1334           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1335             parsed in interleaved stockholm</li>
1336           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1337             state</li>
1338           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1339             properly</li>
1340           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1341             properly associated with their pdb files</li>
1342         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1343         <ul>
1344           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1345             ApplyCopyright tool</li>
1346         </ul></td>
1347     </tr>
1348     <tr>
1349       <td>
1350         <div align="center">
1351           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1352         </div>
1353       </td>
1354       <td><em>Application</em>
1355         <ul>
1356           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1357             contact web services</li>
1358           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1359             service job window</li>
1360           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1361         </ul></td>
1362       <td>
1363         <ul>
1364           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1365             pir file emitted by Jalview</li>
1366           <li>Existing feature settings transferred to new
1367             alignment view created from cut'n'paste</li>
1368           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1369             parsing PDB files</li>
1370           <li>Consensus and conservation annotation rows
1371             occasionally become blank for all new windows</li>
1372           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1373             in wrapped view mode</li>
1374         </ul> <em>Application</em>
1375         <ul>
1376           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1377             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1378           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1379             parameter names</li>
1380           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1381             is down</li>
1382         </ul>
1383       </td>
1384     </tr>
1385     <tr>
1386       <td>
1387         <div align="center">
1388           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1389         </div>
1390       </td>
1391       <td><em>Application</em>
1392         <ul>
1393           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1394             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1395             (JABAWS)
1396           </li>
1397           <li>Web Services preference tab</li>
1398           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1399             preferences</li>
1400           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1401           <li>Superpose structures using associated sequence
1402             alignment</li>
1403           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1404             viewer</li>
1405         </ul> <em>Applet</em>
1406         <ul>
1407           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1408             link out mechanism</li>
1409         </ul> <em>Other</em>
1410         <ul>
1411           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1412             series 12</li>
1413           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1414             require Java 1.5</li>
1415           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1416             sequence annotation files</li>
1417           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1418             type colour specification</li>
1419           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1420             script to check if it being run in an interactive session or
1421             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1422         </ul></td>
1423       <td>
1424         <ul>
1425           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1426             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1427         </ul> <em>Application</em>
1428         <ul>
1429           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1430             selected Regions menu item</li>
1431           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1432             part of a valid accession ID</li>
1433           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1434             runs out of memory</li>
1435           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1436             analysis results</li>
1437           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1438             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1439           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1440         </ul> <em>Applet</em>
1441         <ul>
1442           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1443             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1444             defined.</li>
1445         </ul>
1446       </td>
1447     </tr>
1448     <tr>
1449       <td>
1450         <div align="center">
1451           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1452         </div>
1453       </td>
1454       <td></td>
1455       <td>
1456         <ul>
1457           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1458             sequence IDs</li>
1459           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1460             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1461           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1462             import correctly</li>
1463           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1464             number of columns are hidden</li>
1465           <li>annotation label popup menu not providing correct
1466             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1467             present</li>
1468           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1469             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1470           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1471             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1472
1473         </ul> <em>Applet</em>
1474         <ul>
1475           <li>annotation panel disappears when annotation is
1476             hidden/removed</li>
1477         </ul> <em>Application</em>
1478         <ul>
1479           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1480             alignment opened where annotation panel is visible but no
1481             annotations are present on alignment</li>
1482           <li>pasted region containing hidden columns is
1483             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1484           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1485             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1486           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1487             selected Rregions menu item.</li>
1488           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1489             'Un' or 'Non'conserved</li>
1490           <li>Sequence feature settings are being shared by
1491             multiple distinct alignments</li>
1492           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1493             changed</li>
1494           <li>double click on group annotation to select sequences
1495             does not propagate to associated trees</li>
1496           <li>Mac OSX specific issues:
1497             <ul>
1498               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1499                 window background</li>
1500               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1501                 name set correctly</li>
1502               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1503                 save feature colourscheme button</li>
1504             </ul>
1505           </li>
1506         </ul>
1507       </td>
1508     </tr>
1509     <tr>
1510
1511       <td>
1512         <div align="center">
1513           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1514         </div>
1515       </td>
1516       <td><em>New Capabilities</em>
1517         <ul>
1518           <li>URL links generated from description line for
1519             regular-expression based URL links (applet and application)
1520
1521           
1522           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1523             menu</li>
1524           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1525             structures</li>
1526           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1527             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1528           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1529             average score or total feature count for each sequence.</li>
1530           <li>Shading features by score or associated description</li>
1531           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1532             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1533           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1534             hide everything but the currently selected region.</li>
1535           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1536         </ul> <em>Application</em>
1537         <ul>
1538           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1539             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1540           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1541             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1542           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1543             database references and protein_name is parsed as
1544             description line (BioSapiens terms).</li>
1545           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1546             references in sequence ID tooltip from View menu in
1547             application.</li>
1548           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1549                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1550           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1551             conservation plots</li>
1552           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1553             and visualized as sequence logos</li>
1554           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1555             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1556           </li>
1557           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1558             when a new tree is opened.</li>
1559           <li>Jalview Java Console</li>
1560           <li>Better placement of desktop window when moving
1561             between different screens.</li>
1562           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1563             consensus annotation</li>
1564           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2 Workflows</li>
1565           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1566             <ul>
1567               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1568                 used to preserve views, structures, and tree display
1569                 settings)</li>
1570               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1571                 command line</li>
1572               <li>Sharing of selected regions between views and
1573                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1574               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1575             </ul></li>
1576         </ul> <em>Applet</em>
1577         <ul>
1578           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1579           <li>New Parameters
1580             <ul>
1581               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1582                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1583                 opened.</li>
1584               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1585                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1586               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1587                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1588               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1589                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1590                 view</li>
1591               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1592                 increase the height or width of a cell in the alignment
1593                 grid relative to the current font size.</li>
1594             </ul>
1595           </li>
1596           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1597             tooltip</li>
1598         </ul> <em>Other</em>
1599         <ul>
1600           <li>Features format: graduated colour definitions and
1601             specification of feature scores</li>
1602           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1603             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1604             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1605           <li>XML formats extended to support graduated feature
1606             colourschemes, group associated annotation, and profile
1607             visualization settings.</li></td>
1608       <td>
1609         <ul>
1610           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1611             rather than description</li>
1612           <li>Non-positional features are now included in sequence
1613             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1614             visibility in tooltip).</li>
1615           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1616           <li>Added URL embedding instructions to features file
1617             documentation.</li>
1618           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1619             'X' in peptide product</li>
1620           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1621             sequence ID and sequence string and query strings do not
1622             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1623           <li>AMSA files only contain first column of
1624             multi-character column annotation labels</li>
1625           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1626             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1627             exported and re-imported)</li>
1628           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1629             name</li>
1630           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1631             as subsequence matches, and correctly reports total number
1632             of both.</li>
1633           <li>Application:
1634             <ul>
1635               <li>Better handling of exceptions during sequence
1636                 retrieval</li>
1637               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1638                 link text excludes the start_end suffix</li>
1639               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1640                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1641               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1642               <li>Sequence description lines properly shared via
1643                 VAMSAS</li>
1644               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1645                 data sources</li>
1646               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1647                 completes before alignment figures are generated.</li>
1648               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1649                 first time.</li>
1650               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1651                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1652               <li>User defined group colours properly recovered
1653                 from Jalview projects.</li>
1654             </ul>
1655           </li>
1656         </ul>
1657       </td>
1658
1659     </tr>
1660     <tr>
1661       <td>
1662         <div align="center">
1663           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1664         </div>
1665       </td>
1666       <td>
1667         <ul>
1668           <li>Experimental support for google analytics usage
1669             tracking.</li>
1670           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1671         </ul>
1672       </td>
1673       <td>
1674         <ul>
1675           <li>Race condition in applet preventing startup in
1676             jre1.6.0u12+.</li>
1677           <li>Exception when feature created from selection beyond
1678             length of sequence.</li>
1679           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1680           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1681             all sequences with a given id</li>
1682           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1683             ID string searches</li>
1684           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1685             alignment to fail with exception</li>
1686         </ul> <em>Application Issues</em>
1687         <ul>
1688           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1689           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1690             data sources</li>
1691         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1692         <ul>
1693           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1694             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1695           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1696             version (java class versioning error fixed)</li>
1697         </ul>
1698       </td>
1699     </tr>
1700     <tr>
1701       <td>
1702
1703         <div align="center">
1704           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1705         </div>
1706       </td>
1707       <td><em>User Interface</em>
1708         <ul>
1709           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1710             translation and protein products</li>
1711           <li>Linked highlighting of structure associated with
1712             residue mapping to codon position</li>
1713           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1714             and 'clear' button</li>
1715           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1716             Tools menu</li>
1717           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1718             numeric data in description line</li>
1719           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1720           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1721             of sequence</li>
1722         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1723         <ul>
1724           <li>JPred3 web service</li>
1725           <li>Prototype sequence search client (no public services
1726             available yet)</li>
1727           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1728             PFAM</li>
1729           <li>URL Links created for matching database cross
1730             references as well as sequence ID</li>
1731           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1732         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1733         <ul>
1734           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1735             databases</li>
1736           <li>Generalised database reference retrieval and
1737             validation to all fetchable databases</li>
1738           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1739             sequence command</li>
1740         </ul> <em>Import and Export</em>
1741         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1742         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1743           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1744         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1745           File</li>
1746         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1747           triplet as name of colourscheme</li>
1748         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1749         <ul>
1750           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1751           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1752             alignments (experimental)</li>
1753           <li>Create new or select existing session to join</li>
1754           <li>load and save of vamsas documents</li>
1755         </ul> <em>Application command line</em>
1756         <ul>
1757           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1758             from applet)</li>
1759           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1760             of DAS servers to query for alignment features</li>
1761           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1762             that are also automatically queried for features</li>
1763           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1764             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1765         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1766         <ul>
1767           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1768             application (when using &quot;View in full
1769             application&quot;)</li>
1770         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1771         <ul>
1772           <li>feature group display control parameter</li>
1773           <li>debug parameter</li>
1774           <li>showbutton parameter</li>
1775         </ul> <em>Applet API methods</em>
1776         <ul>
1777           <li>newView public method</li>
1778           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1779           <li>Feature display control methods</li>
1780           <li>get list of currently selected sequences</li>
1781         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1782         <ul>
1783           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1784           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1785             Jalview release.</li>
1786           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1787             property controls execution of obfuscator</li>
1788           <li>Build target for generating source distribution</li>
1789           <li>Debug flag for javacc</li>
1790           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1791             jalview.bin.Cache</li>
1792           <li>Continuous Build Integration for stable and
1793             development version of Application, Applet and source
1794             distribution</li>
1795         </ul></td>
1796       <td>
1797         <ul>
1798           <li>selected region output includes visible annotations
1799             (for certain formats)</li>
1800           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1801             for editing</li>
1802           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1803           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1804           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1805           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1806             comments</li>
1807           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1808             filenames containing a ':'</li>
1809           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1810             global sequence features</li>
1811           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1812             references from alignment sequences goes to zero</li>
1813           <li>Close of tree branch colour box without colour
1814             selection causes cascading exceptions</li>
1815           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1816           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1817             file parsing fails.</li>
1818           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1819           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1820             not a valid output format</li>
1821           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
1822             vamsas</li>
1823           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1824           <li>error messages passed up and output when data read
1825             fails</li>
1826           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1827             sequence is edited</li>
1828           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1829             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1830           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1831             filetype</li>
1832           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1833             import fixed for PFAM records</li>
1834           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1835             window list</li>
1836           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1837             can be read and written correctly to annotation file</li>
1838           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1839             correctly</li>
1840           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1841             non-italic font for representatives in Applet</li>
1842           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1843             Macs.</li>
1844           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1845             Applet)</li>
1846           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1847             due to null pointer exceptions</li>
1848           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1849             first column of alignment</li>
1850           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
1851             July 2008</li>
1852           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1853             file is case-insensitive</li>
1854           <li>Sequence features read from Features file appended to
1855             all sequences with matching IDs</li>
1856           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1857             containing a sub-sequence</li>
1858           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1859           <li>feature and annotation file applet parameters
1860             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1861           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1862           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1863             splash-screen version check to complete</li>
1864           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1865             when passing them to the launchApp service</li>
1866           <li>display name and local features preserved in results
1867             retrieved from web service</li>
1868           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1869             sequence fetcher initialisation</li>
1870           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1871             dasobert DAS client</li>
1872           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1873             association</li>
1874           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1875             sequences
1876           </li>
1877         </ul>
1878       </td>
1879     </tr>
1880     <tr>
1881       <td>
1882         <div align="center">
1883           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1884         </div>
1885       </td>
1886       <td>
1887         <ul>
1888           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1889           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1890           <li>Slide sequences</li>
1891           <li>Edit sequence in place</li>
1892           <li>EMBL CDS features</li>
1893           <li>DAS Feature mapping</li>
1894           <li>Feature ordering</li>
1895           <li>Alignment Properties</li>
1896           <li>Annotation Scores</li>
1897           <li>Sort by scores</li>
1898           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1899         </ul>
1900       </td>
1901       <td>
1902         <ul>
1903           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1904           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1905           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1906           <li>Feature group display state in XML</li>
1907           <li>Feature ordering in XML</li>
1908           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1909           <li>Stockholm alignment properties</li>
1910           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1911           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1912           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1913           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1914         </ul>
1915       </td>
1916
1917     </tr>
1918     <tr>
1919       <td>
1920         <div align="center">
1921           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1922         </div>
1923       </td>
1924       <td>
1925         <ul>
1926           <li>Non standard characters can be read and displayed
1927           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1928             applet via textbox
1929           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1930             name &amp; description
1931           <li>Preference setting to display sequence name in
1932             italics
1933           <li>Annotation file format extended to allow
1934             Sequence_groups to be defined
1935           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1936             specified in preferences
1937           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1938             sequences
1939         </ul>
1940       </td>
1941       <td>
1942         <ul>
1943           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1944             installed
1945           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1946           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1947         </ul>
1948       </td>
1949     </tr>
1950     <tr>
1951       <td>
1952         <div align="center">
1953           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1954         </div>
1955       </td>
1956       <td>
1957         <ul>
1958           <li>Multiple views on alignment
1959           <li>Sequence feature editing
1960           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1961           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1962           <li>Background dependent text colour
1963           <li>Right align sequence ids
1964           <li>User-defined lower case residue colours
1965           <li>Format Menu
1966           <li>Select Menu
1967           <li>Menu item accelerator keys
1968           <li>Control-V pastes to current alignment
1969           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1970           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1971           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1972
1973           
1974           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1975         </ul>
1976       </td>
1977       <td>
1978         <ul>
1979           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1980           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1981             calculations
1982           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1983             edits
1984           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1985             of alignment)
1986           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1987
1988           
1989           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1990             display correctly
1991           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1992           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1993             analysis results
1994           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
1995             &#8739;
1996           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1997           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1998           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1999
2000           
2001         </ul>
2002       </td>
2003     </tr>
2004     <tr>
2005       <td>
2006         <div align="center">
2007           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2008         </div>
2009       </td>
2010       <td>
2011         <ul>
2012           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2013         </ul>
2014       </td>
2015       <td>
2016         <ul>
2017           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2018             sequence id panel has been resized</li>
2019           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2020             rendered</li>
2021           <li>Annotation files with sequence references - all
2022             elements in file are relative to sequence position</li>
2023           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2024         </ul>
2025       </td>
2026     </tr>
2027     <tr>
2028       <td>
2029         <div align="center">
2030           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2031         </div>
2032       </td>
2033       <td>
2034         <ul>
2035           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2036           <li>DAS Feature fetching</li>
2037           <li>Hide sequences and columns</li>
2038           <li>Export Annotations and Features</li>
2039           <li>GFF file reading / writing</li>
2040           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2041             files</li>
2042           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2043           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2044           <li>Applet can launch the full application</li>
2045           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2046             required)</li>
2047           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2048           <li>Applet can load sequences from parameter
2049             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2050           </li>
2051         </ul>
2052       </td>
2053       <td>
2054         <ul>
2055           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2056           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2057           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2058         </ul>
2059       </td>
2060     </tr>
2061     <tr>
2062       <td>
2063         <div align="center">
2064           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2065         </div>
2066       </td>
2067       <td>
2068         <ul>
2069           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2070           <li>Choose to match case when searching</li>
2071           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2072             expand the visible width and height of the alignment</li>
2073         </ul>
2074       </td>
2075       <td>
2076         <ul>
2077           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2078         </ul>
2079       </td>
2080     </tr>
2081     <tr>
2082       <td>
2083         <div align="center">
2084           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2085         </div>
2086       </td>
2087       <td>&nbsp;</td>
2088       <td>
2089         <ul>
2090           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2091           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2092             value</li>
2093         </ul>
2094       </td>
2095     </tr>
2096     <tr>
2097       <td>
2098         <div align="center">
2099           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2100         </div>
2101       </td>
2102       <td>
2103         <ul>
2104           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2105           <li>Keyboard editing</li>
2106           <li>Create sequence features from searches</li>
2107           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2108             alignments</li>
2109           <li>Features file allows grouping of features</li>
2110           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2111           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2112           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2113         </ul>
2114       </td>
2115       <td>
2116         <ul>
2117           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2118           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2119             descriptions saved.</li>
2120         </ul>
2121       </td>
2122     </tr>
2123     <tr>
2124       <td>
2125         <div align="center">
2126           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2127         </div>
2128       </td>
2129       <td>
2130         <ul>
2131           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2132           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2133           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2134             name for file output</li>
2135           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2136           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2137             used for HTML form input</li>
2138         </ul>
2139       </td>
2140       <td>
2141         <ul>
2142           <li>HTML output writes groups and features</li>
2143           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2144           <li>File IO bugs</li>
2145         </ul>
2146       </td>
2147     </tr>
2148     <tr>
2149       <td>
2150         <div align="center">
2151           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2152         </div>
2153       </td>
2154       <td>
2155         <ul>
2156           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2157           <li>More options for PCA viewer</li>
2158         </ul>
2159       </td>
2160       <td>
2161         <ul>
2162           <li>GUI bugs resolved</li>
2163           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2164         </ul>
2165       </td>
2166     </tr>
2167     <tr>
2168       <td height="63">
2169         <div align="center">
2170           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2171         </div>
2172       </td>
2173       <td>
2174         <ul>
2175           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2176           <li>Jar files are executable</li>
2177           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2178         </ul>
2179       </td>
2180       <td>
2181         <ul>
2182           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2183           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2184           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2185         </ul>
2186       </td>
2187     </tr>
2188     <tr>
2189       <td>
2190         <div align="center">
2191           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2192         </div>
2193       </td>
2194       <td>
2195         <ul>
2196           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2197         </ul>
2198       </td>
2199       <td>
2200         <ul>
2201           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2202         </ul>
2203       </td>
2204     </tr>
2205     <tr>
2206       <td>
2207         <div align="center">
2208           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2209         </div>
2210       </td>
2211       <td>
2212         <ul>
2213           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2214             size</li>
2215         </ul>
2216       </td>
2217       <td>
2218         <ul>
2219           <li>Improved JPred client reliability</li>
2220           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2221         </ul>
2222       </td>
2223     </tr>
2224     <tr>
2225       <td>
2226         <div align="center">
2227           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2228         </div>
2229       </td>
2230       <td>
2231         <ul>
2232           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2233           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2234           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2235             to Colour Menu</li>
2236           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2237           <li>Unix users can set default web browser</li>
2238           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2239           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2240         </ul>
2241       </td>
2242       <td>
2243         <ul>
2244           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2245         </ul>
2246       </td>
2247     </tr>
2248     <tr>
2249       <td>
2250         <div align="center">
2251           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2252         </div>
2253       </td>
2254       <td>&nbsp;</td>
2255       <td>
2256         <ul>
2257           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2258             alignment order.</li>
2259         </ul>
2260       </td>
2261     </tr>
2262     <tr>
2263       <td>
2264         <div align="center">
2265           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2266         </div>
2267       </td>
2268       <td>
2269         <ul>
2270           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2271           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2272           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2273             annotations.</li>
2274           <li>Version and build date written to build properties
2275             file.</li>
2276           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2277             at launch of Jalview.</li>
2278         </ul>
2279       </td>
2280       <td>
2281         <ul>
2282           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2283           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2284           <li>Can remove groups one by one.</li>
2285           <li>Filechooser icons installed.</li>
2286           <li>Finder ignores return character when searching.
2287             Return key will initiate a search.<br>
2288           </li>
2289         </ul>
2290       </td>
2291     </tr>
2292     <tr>
2293       <td>
2294         <div align="center">
2295           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2296         </div>
2297       </td>
2298       <td>
2299         <ul>
2300           <li>New codebase</li>
2301         </ul>
2302       </td>
2303       <td>&nbsp;</td>
2304     </tr>
2305   </table>
2306   <p>&nbsp;</p>
2307 </body>
2308 </html>