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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  74             <em>TBA</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
  82               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
  83               white)
  84             </li>
  85             <li><!-- JAL-2588 -->Overview tab in Jalview Desktop Preferences</li>
  86           </ul>
  87         </div></td>
  88       <td><div align="left">
  89           <em></em>
  90           <ul>
  91             <li>
  92               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
  93               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
  94             </li>
  95             <li>  <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
  96               format setting is unticked
  97             </li>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 100               if group has show boxes format setting unticked
 101             </li>
 102           </ul>
 103         </div></td>
 104
 105     <tr>
 106       <td width="60" nowrap>
 107         <div align="center">
 108           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 109         </div>
 110       </td>
 111       <td><div align="left">
 112           <em>Calculations</em>
 113           <ul>
 114
 115             <li>
 116               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 117               ungapped positions in each column of the alignment.
 118             </li>
 119             <li>
 120               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 121               a calculation dialog box
 122             </li>
 123             <li>
 124               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 125               and memory efficiency (~30x faster)
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 129               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 130               and other calculations
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 134               files within the Jalview codebase
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 138               Similarity may have different topology due to increased
 139               precision
 140             </li>
 141           </ul>
 142           <em>Rendering</em>
 143           <ul>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 146               model for alignments and groups
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 150               scripts
 151             </li>
 152           </ul>
 153           <em>Overview</em>
 154           <ul>
 155             <li>
 156               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 157               with alignment and overview windows
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 161               overview
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 165               omitted in Overview
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 169               adjustment of visible position
 170             </li>
 171           </ul>
 172
 173           <em>Data import/export</em>
 174           <ul>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 177               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 181               annotation input/output via stockholm flatfile
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 185               extension when importing structure files without embedded
 186               names or PDB accessions
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 190               format sequence substitution matrices
 191             </li>
 192           </ul>
 193           <em>User Interface</em>
 194           <ul>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 197               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 198               the application.
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 202               via Overview or sequence motif search operations
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 206               opened by double clicking gaps within sequence feature
 207               extent
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 211               aligned positions were available to create a 3D structure
 212               superposition.
 213             </li>
 214           </ul>
 215           <em>3D Structure</em>
 216           <ul>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 219               coloured in linked structure views
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 223               file-based command exchange
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 227               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 228               structures are already available for sequences
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 232               the Jalview project rather than downloaded again when the
 233               project is reopened.
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 237               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 238               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 239                 Feature</strong>)
 240             </li>
 241           </ul>
 242           <em>Web Services</em>
 243           <ul>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 249               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 250               Analysis services
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 254               cross-references provided by identifiers.org and the
 255               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 256             </li>
 257           </ul>
 258
 259           <em>Scripting</em>
 260           <ul>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 263               identifying file formats (instead of String constants)
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 267               efficiency when counting all displayed features (not
 268               backwards compatible with 2.10.1)
 269             </li>
 270           </ul>
 271           <em>Example files</em>
 272           <ul>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 275               included in the example feature file
 276             </li>
 277           </ul>
 278           <em>Documentation</em>
 279           <ul>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 282               with the built-in Java help viewer
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 286               sequence description' option
 287             </li>
 288           </ul>
 289           <em>Test Suite</em>
 290           <ul>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 293               Uniprot REST Free Text Search Client
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 300               during tests
 301             </li>
 302           </ul>
 303         </div></td>
 304       <td><div align="left">
 305           <em>Calculations</em>
 306           <ul>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 309               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 310               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 311             </li>
 312             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 313               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 314               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 315               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 316               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 317               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 318               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 319               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 320               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 321               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 322               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 323               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 324               // for 2.10.1 mode <br />
 325               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 326               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 327                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 328                 calculations (not recommended)</em></li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 331               scaling of branch lengths for trees computed using
 332               Sequence Feature Similarity.
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 336               generating output report when working with highly
 337               redundant alignments
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 341               right of selected region when gaps present on right-hand
 342               boundary
 343             </li>
 344           </ul>
 345           <em>User Interface</em>
 346           <ul>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 349               doesn't reselect a specific sequence's associated
 350               annotation after it was used for colouring a view
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 354               opened on a region of alignment without groups
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 358               of an alignment with overlapping groups
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 362               name and description match
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 366               hidden regions results in incorrect hidden regions
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 370               changing colour does not apply Conservation slider value
 371               to all groups
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 375               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 379               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 383               gaps before start of features
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 387               restored to UI when feature colour is edited
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 391               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 395               as graduate feature colour settings are modified via the
 396               dialog box
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 400               when a group defined on the alignment is resized
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 404               wrapped view result in positional status updates
 405             </li>
 406
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 409               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 413               alignment included gapped columns
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 417               widgets don't permanently disappear
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 421               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 422               T-Coffee column reliability scores)
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 426               sequence feature on gaps only
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 430               button from a Find inherit previously defined feature type
 431               rather than the Find query string
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 435               exporting tree calculated in Jalview
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 439               and then revealing them reorders sequences on the
 440               alignment
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 444               doesn't update to reflect available set of groups after
 445               interactively adding or modifying features
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 449               Linux
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 453               only excluded gaps in current sequence and ignored
 454               selection.
 455             </li>
 456           </ul>
 457           <em>Rendering</em>
 458           <ul>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 461               erratically when hidden rows or columns are present
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 465               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 466               sequence colouring
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 470               colour and group colour menu for protein alignments
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 474               reflect currently selected view or group's shading
 475               thresholds
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 479               when rendered on overview and structures when opacity at
 480               100%
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 484               overview when features overlaid on alignment
 485             </li>
 486           </ul>
 487           <em>Data import/export</em>
 488           <ul>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 491               load
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 495               added after a sequence was imported are not written to
 496               Stockholm File
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 500               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 504               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 508               with lightGray or darkGray via features file (but can
 509               specify lightgray)
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 513               when alignment view imported from project
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 517               structure and sequences extracted from structure files
 518               imported via URL and viewed in Jmol
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 522               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 523               the project is loaded and the structure viewed
 524             </li>
 525           </ul>
 526           <em>Web Services</em>
 527           <ul>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 530               release of Ensembl v.88
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 534               appear enabled in Preferences->Connections
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 538               removed from console output
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 542               Ensembl by Peptide ID
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 546               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 547               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 548               due to 'null' string rather than empty string used for
 549               residues with no corresponding PDB mapping).
 550             </li>
 551           </ul>
 552           <em>Application UI</em>
 553           <ul>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 556               menu
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 560               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 561               new documentation and tooltips added)
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 565               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 569               new features are added to alignment
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 573               changes to feature colours via the Amend features dialog
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 577               edit graduated feature colour via amend features dialog
 578               box
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 582               selection menu changes colours of alignment views
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 586               from alignment calculation workers after alignment has
 587               been closed
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 591               groups now 'Create Group'
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 595               Create/Undefine group doesn't always work
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 599               shown again after pressing 'Cancel'
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 603               adjusts start position in wrap mode
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 607               ambiguous amino acids
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 611               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 612               proteins
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 616               Defined' don't appear in Colours menu
 617             </li>
 618           </ul>
 619           <em>Applet</em>
 620           <ul>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 623               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 627               overview or linked structure view
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 631               work (since 2.8)
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 635               user-defined colourscheme doesn't restore original
 636               colourscheme
 637             </li>
 638           </ul>
 639           <em>Test Suite</em>
 640           <ul>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 643               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 647               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 648               problems with deep array comparison equality asserts in
 649               successive versions of TestNG
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 653               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 654             </li>
 655           </ul>
 656           <em>New Known Issues</em>
 657           <ul>
 658             <li>
 659               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 660               phase after a sequence motif find operation
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 664               containing just upper and lower case letters are
 665               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 669               reliably from eggnog Ortholog database
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 673               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 674               to mark columns containing highlighted regions.
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 678               doesn't always add secondary structure annotation.
 679             </li>
 680           </ul>
 681         </div>
 682     <tr>
 683       <td width="60" nowrap>
 684         <div align="center">
 685           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 686         </div>
 687       </td>
 688       <td><div align="left">
 689           <em>General</em>
 690           <ul>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 693               for all consensus calculations
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 697               3rd Oct 2016)
 698             </li>
 699             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 700               for 2016-2017</li>
 701           </ul>
 702           <em>Application</em>
 703           <ul>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 706               set of database cross-references, sorted alphabetically
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 710               from database cross references. Users with custom links
 711               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 712                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 716               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 717               Chimera session
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 721               the Chimera it is connected to is shut down
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 725               columns menu item to mark columns containing highlighted
 726               regions (e.g. from structure selections or results of a
 727               Find operation)
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 731               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 732               MSAviewer
 733             </li>
 734           </ul>
 735         </div></td>
 736       <td>
 737         <div align="left">
 738           <em>General</em>
 739           <ul>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 742               are not coloured or thresholded according to percent
 743               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 747               hydrophobic
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 751               threshold, amino acid properties)
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 755               reported as mapped to residues in a structure file in the
 756               View Mapping report
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 760               could be added multiple times to a sequence
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 764               bond features shown as two highlighted residues rather
 765               than a range in linked structure views, and treated
 766               correctly when selecting and computing trees from features
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 770               cross-references are matched to database name regardless
 771               of case
 772             </li>
 773
 774           </ul>
 775           <em>Application</em>
 776           <ul>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 779               names without regular expressions also offer links from
 780               Sequence ID
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 784               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 785               update Jalview configuration
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 789               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 793               files with similarly named sequences if dropped onto the
 794               alignment
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 798               entries where more chains exist in the PDB accession than
 799               are reported in the SIFTS file
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 803               the structure view when displayed with Chimera
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 807               panel's View->Show Chains submenu
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 811               work for wrapped alignment views
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 815               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 819               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 820               first annotation row
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 824               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 828               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 829             </li>
 830             <!-- JAL-2319 -->
 831             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 832             coordindate data
 833             </li>
 834           </ul>
 835           <!--           <em>New Known Issues</em>
 836           <ul>
 837             <li></li>
 838           </ul> -->
 839         </div>
 840       </td>
 841     </tr>
 842     <td width="60" nowrap>
 843       <div align="center">
 844         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 845           <em>25/10/2016</em></strong>
 846       </div>
 847     </td>
 848     <td><em>Application</em>
 849       <ul>
 850         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 851           view if structures already loaded</li>
 852         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 853           structure views</li>
 854       </ul></td>
 855     <td>
 856       <div align="left">
 857         <em>General</em>
 858         <ul>
 859           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 860             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 861           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 862             example sequences/projects/trees</li>
 863         </ul>
 864         <em>Application</em>
 865         <ul>
 866           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 867             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 868           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 869             without timeout for structures with multiple models or
 870             multiple sequences in alignment</li>
 871           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 872             PDB ID HEADER line</li>
 873           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 874             is performed</li>
 875           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 876             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 877           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 878           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 879             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 880             option</li>
 881           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 882             is created on the alignment</li>
 883           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 884             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 885             pop-up menu</li>
 886         </ul>
 887         <em>Build and deployment</em>
 888         <ul>
 889           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 890             tags</li>
 891         </ul>
 892         <em>New Known Issues</em>
 893         <ul>
 894           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 895             on Windows</li>
 896         </ul>
 897       </div>
 898     </td>
 899     </tr>
 900     <tr>
 901       <td width="60" nowrap>
 902         <div align="center">
 903           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 904         </div>
 905       </td>
 906       <td><em>General</em>
 907         <ul>
 908           <li>
 909             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 910           </li>
 911           <li>
 912             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 913             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 914             better PDB parsing.
 915           </li>
 916           <li>
 917             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 918             reference sequence
 919           </li>
 920           <li>
 921             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 922             mousing over sequence associated annotation
 923           </li>
 924           <li>
 925             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 926             for manual entry
 927           </li>
 928           <li>
 929             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 930             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 931             for each column
 932           </li>
 933           <li>
 934             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 935             showing or hiding columns containing a feature
 936           </li>
 937           <li>
 938             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 939             group and sequence associated annotation labels
 940           </li>
 941           <li>
 942             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 943             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 944             dialogs
 945           </li>
 946
 947         </ul> <em>Application</em>
 948         <ul>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 951             gene/transcript view
 952           </li>
 953           <li>
 954             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 955             dialog
 956           </li>
 957           <li>
 958             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 959             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 960           </li>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 963             Pfam sources to xfam.org
 964           </li>
 965           <li>
 966             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 970             over sequences in Jalview
 971           </li>
 972           <li>
 973             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 974             regions in ENA and EMBL
 975           </li>
 976           <li>
 977             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 978             for record retrieval via ENA rest API
 979           </li>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 982             complement operator
 983           </li>
 984           <li>
 985             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 986             groovy script execution
 987           </li>
 988           <li>
 989             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 990             alignment window's Calculate menu
 991           </li>
 992           <li>
 993             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 994             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 998             calculation workers from groovy scripts
 999           </li>
1000           <li>
1001             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1002             Jalview projects
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1006             associations are now saved/restored from project
1007           </li>
1008           <li>
1009             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1010             before sequence fetcher is opened
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1014             database chooser opens a sequence fetcher
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1018             the UniProt REST API
1019           </li>
1020           <li>
1021             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1022             the news reader opening
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1026             querying stored in preferences
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1030             search results
1031           </li>
1032           <li>
1033             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1037             menu for nucleotide sequences
1038           </li>
1039           <li>
1040             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1041             and feature counts preserves alignment ordering (and
1042             debugged for complex feature sets).
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1046             viewing structures with Jalview 2.10
1047           </li>
1048           <li>
1049             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1050             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1051             Ensembl Genomes REST API
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1055             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1056             (Ensembl)
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1060             sequences
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1064             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1065             data from external database records.
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1069             efficient recovery of sequence coding and alignment
1070             annotation relationships.
1071           </li>
1072         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1073         <ul>
1074           <li>
1075             -- JAL---
1076           </li>
1077         </ul> --></td>
1078       <td>
1079         <div align="left">
1080           <em>General</em>
1081           <ul>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1084               menu on OSX
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1088               includes graduated colourschemes
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1092               working with big alignments and lots of hidden columns
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1096               at right of alignment window
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1100               contents
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1104               for DNA alignments
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1108               based tree calculation
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1112               unconserved enabled for group on alignment
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1116               set as reference
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1120               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1121               annotation
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1125               hidden columns present
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1129               user created annotation added to alignment
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1133               '()' base pair annotation
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1137               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1138               Consensus
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1142               feature not working
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1146               beginning of sequence
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1150               entry 3a6s
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1154               from a tree when t-coffee scores are shown
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1158               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1162               some structures
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1166               to Clustal, PIR and PileUp output
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1170               not visible causes alignment window to repaint
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1174               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1175               scores associated with features and annotation rows
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1179               calculation should be case independent
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1183               columns
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1187               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1188               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1192               problems when reference sequence defined and 'show
1193               non-conserved' enabled
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1197               load even when Consensus calculation is disabled
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1201               alignment does nothing
1202             </li>
1203           </ul>
1204           <em>Application</em>
1205           <ul>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1208               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1209               yet fixed for El Capitan)
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1213               output when running on non-gb/us i18n platforms
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1217               hidden sequences as flat-file alignment
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1221               launching Chimera
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1225               (also hotfix for 2.9.0b2)
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1229               reference sequence defined
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1233               alignments and views when revealing hidden columns
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1237               view in a cDNA/Protein splitframe
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1241               sequence from project when only one sequence is
1242               represented
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1246               in Structure Chooser
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1250               structure consensus didn't refresh annotation panel
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1254               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1258               dialogs format columns correctly, don't display array
1259               data, sort columns according to type
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1263               file chooser is cancelled during an image export
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1267               sequence name containing special characters
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1271               case insensitive
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1275               formatting don't wrap
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1279               truncated so L looks like I in consensus annotation
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1283               currently displayed features for the current selection or
1284               view
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1288               after fetching cross-references, and restoring from
1289               project
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1293               followed in the structure viewer
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1297               splitframe not restored from project
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1301               trailing end of protein alignment in transcript/product
1302               splitview when pad-gaps not enabled by default
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1306               is case dependent
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1310               article has been read (reopened issue due to
1311               internationalisation problems)
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1315               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1316               cross-references
1317             </li>
1318
1319             <li>
1320               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1321               alignment as HTML
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1325               multiple structures are shown for one or more sequences.
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1329               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1330               is enabled.
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1334               specific PDB id for sequence
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1338               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1339               columns' is disabled.
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1343               selects lowest rather than highest resolution structures
1344               for each sequence
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1348               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1352               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1356               after clicking on it to create new annotation for a
1357               column.
1358             </li>
1359             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1360             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1361           </ul>
1362           <em>Applet</em>
1363           <ul>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1366               hidden columns present before start of sequence
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1370               (JSON jars)
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1374               sequences are hidden in applet
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1378               deployment on examples pages.
1379             </li>
1380           </ul>
1381         </div>
1382       </td>
1383     </tr>
1384     <tr>
1385       <td width="60" nowrap>
1386         <div align="center">
1387           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1388             <em>16/10/2015</em></strong>
1389         </div>
1390       </td>
1391       <td><em>General</em>
1392         <ul>
1393           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1394             jars</li>
1395         </ul></td>
1396       <td>
1397         <div align="left">
1398           <em>Application</em>
1399           <ul>
1400             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1401               shown when tree is partitioned</li>
1402             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1403               multiple cDNA/Protein split views</li>
1404           </ul>
1405         </div>
1406       </td>
1407     </tr>
1408     <tr>
1409       <td width="60" nowrap>
1410         <div align="center">
1411           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1412             <em>8/10/2015</em></strong>
1413         </div>
1414       </td>
1415       <td><em>General</em>
1416         <ul>
1417           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1418             2.9</li>
1419         </ul> <em>Application</em>
1420         <ul>
1421           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1422           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1423           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1424         </ul> <em>Applet</em>
1425         <ul>
1426           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1427         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1428         <ul>
1429           <li>
1430             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1431             suite
1432           </li>
1433         </ul></td>
1434       <td>
1435         <div align="left">
1436           <em>General</em>
1437           <ul>
1438             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1439               incorrect when sequence start > 1</li>
1440             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1441               documentation</li>
1442             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1443             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1444               loading a features file containing HTML tags in feature
1445               description</li>
1446
1447           </ul>
1448           <em>Application</em>
1449           <ul>
1450             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1451               reimport</li>
1452             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1453               with 'trim retrieved sequences'</li>
1454             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1455               deleting selected columns</li>
1456             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1457               JNLP templates for webstart launch</li>
1458             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1459               unreleased structures for download or viewing</li>
1460             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1461               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1462             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1463               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1464             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1465               recovered from jalview project</li>
1466             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1467               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1468               alignment view</li>
1469             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1470               color schemes from BioJSON</li>
1471           </ul>
1472           <em>Applet</em>
1473           <ul>
1474             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1475               frame</li>
1476             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1477           </ul>
1478         </div>
1479       </td>
1480     </tr>
1481     <tr>
1482       <td><div align="center">
1483           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1484         </div></td>
1485       <td><em>General</em>
1486         <ul>
1487           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1488             alignments:
1489             <ul>
1490               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1491                 and DNA alignment views</li>
1492               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1493                 cDNA alignment views</li>
1494               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1495                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1496               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1497                 protein sequences</li>
1498             </ul>
1499           </li>
1500           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1501           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1502             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1503           <li>New alignment annotation file statements for
1504             reference sequences and marking hidden columns</li>
1505           <li>Reference sequence based alignment shading to
1506             highlight variation</li>
1507           <li>Select or hide columns according to alignment
1508             annotation</li>
1509           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1510           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1511             acid conservation row</li>
1512           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1513         </ul> <em>Application</em>
1514         <ul>
1515           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1516             <ul>
1517               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1518                 view with cDNA/Protein</li>
1519               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1520                 sequences are placed in the same alignment</li>
1521               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1522                 projects</li>
1523             </ul>
1524           </li>
1525
1526           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1527           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1528             Jalview windows</li>
1529
1530           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1531           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1532           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1533             be shown in VARNA</li>
1534
1535           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1536             as the active selected region</li>
1537
1538           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1539             similarity</li>
1540           <li>New Export options
1541             <ul>
1542               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1543                 region export in flat file generation</li>
1544
1545               <li>Export alignment views for display with the <a
1546                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1547
1548               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1549               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1550                 alignment figures to HTML</li>
1551           </li>
1552           <li>3D structure retrieval and display
1553             <ul>
1554               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1555                 Search API</li>
1556               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1557                 PDB structures for a sequence set</li>
1558             </ul>
1559           </li>
1560
1561           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1562             predictions</li>
1563           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1564             for one or a group of sequences</li>
1565           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1566             from the JPred4 web server</li>
1567           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1568             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1569             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1570           </li>
1571           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1572             VARNA 2D Structure'</li>
1573           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1574             Structure ..."</li>
1575
1576         </ul> <em>Applet</em>
1577         <ul>
1578           <li>New layout for applet example pages</li>
1579           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1580             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1581           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1582             Protein alignments</li>
1583         </ul> <em>Development and deployment</em>
1584         <ul>
1585           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1586           <li>Include installation type and git revision in build
1587             properties and console log output</li>
1588           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1589             storing BioJsMSA Templates</li>
1590           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1591         </ul></td>
1592       <td>
1593         <!-- <em>General</em>
1594         <ul>
1595         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1596         <ul>
1597           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1598           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1599           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1600             predictions are not highlighted in amber</li>
1601           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1602             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1603           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1604             associated structure views</li>
1605           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1606             width checkbox not enabled</li>
1607           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1608             creating user defined colours</li>
1609           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1610             mappings for just that viewer's sequences</li>
1611           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1612             multiple models in Chimera</li>
1613           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1614             over Jmol structure</li>
1615           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1616             output to text box</li>
1617           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1618             have incorrect sequence start/end</li>
1619           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1620             Jalview fails</li>
1621           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1622             work for nucleotide</li>
1623           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1624             to a grey/invisible alignment window</li>
1625           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1626             imports to different position</li>
1627           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1628             on some platforms</li>
1629           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1630             populated</li>
1631           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1632             console if Chimera has been opened</li>
1633           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1634           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1635             retrieved</li>
1636           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1637           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1638             either sequence shows on first structure</li>
1639           <li>'Show annotations' options should not make
1640             non-positional annotations visible</li>
1641           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1642             in right place after 'view flanking regions'</li>
1643           <li>File Save As type unset when current file format is
1644             unknown</li>
1645           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1646             projects</li>
1647           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1648             responsive</li>
1649           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1650             several views on same alignment</li>
1651           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1652           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1653             spaces</li>
1654         </ul> <em>Applet</em>
1655         <ul>
1656           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1657           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1658             descriptions containing angle brackets</li>
1659         </ul> <em>General</em>
1660         <ul>
1661           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1662             via jalview annotation file</li>
1663           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1664             with RNA secondary structure</li>
1665           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1666             translation doesn't work.</li>
1667           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1668           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1669             positions</li>
1670           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1671             choosing 1pt font</li>
1672           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1673             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1674             'h'</li>
1675           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1676             new feature</li>
1677           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1678             order dependent</li>
1679           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1680             sequences</li>
1681           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1682         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1683         <ul>
1684           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1685             www.jalview.org</li>
1686         </ul> <em>Application Known issues</em>
1687         <ul>
1688           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1689           <li>Misleading message appears after trying to delete
1690             solid column.</li>
1691           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1692             version launches</li>
1693           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1694             fails with a sequence mismatch</li>
1695           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1696             scrolling alignment to right</li>
1697           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1698             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1699           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1700             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1701           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1702             ultra-high resolution</li>
1703           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1704             quality and conservation</li>
1705           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1706             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1707         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1708         <ul>
1709           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1710           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1711             window is being resized</li>
1712
1713         </ul>
1714       </td>
1715     </tr>
1716     <tr>
1717       <td><div align="center">
1718           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1719         </div></td>
1720       <td><em>General</em>
1721         <ul>
1722           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1723             Certum.PL.</li>
1724           <li>Features and annotation preserved when performing
1725             pairwise alignment</li>
1726           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1727             imported/exported/displayed</li>
1728           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1729             protein secondary structure</li>
1730           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1731               post-hoc with 2.9 release</em>)
1732           </li>
1733
1734         </ul> <em>Application</em>
1735         <ul>
1736           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1737             with 3D structures</li>
1738           <li>Support for parsing RNAML</li>
1739           <li>Annotations menu for layout
1740             <ul>
1741               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1742               <li>place sequence annotation above/below alignment
1743                 annotation</li>
1744             </ul>
1745           <li>Output in Stockholm format</li>
1746           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1747             translation</li>
1748           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1749           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1750             shared between alignments</li>
1751           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1752             Jalview</li>
1753           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1754             all or current selection</li>
1755           <li>disorder and secondary structure predictions
1756             available as dataset annotation</li>
1757           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1758
1759
1760           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1761             alignments from Rfam</li>
1762           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1763
1764           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1765             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1766           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1767           <li>include installation type in build properties and
1768             console log output</li>
1769           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1770             annotation</li>
1771         </ul></td>
1772       <td>
1773         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1774         <ul>
1775           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1776             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1777           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1778             alignment</li>
1779           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1780           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1781           <li>Double click on sequence associated annotation
1782             selects only first column</li>
1783           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1784             leaves shown in tree</li>
1785           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1786             properly</li>
1787           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1788           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1789             screen and buttons not visible</li>
1790           <li>author list isn't updated if already written to
1791             Jalview properties</li>
1792           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1793             from database</li>
1794           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1795           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1796             browser search window</li>
1797           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1798             in feature settings dialog</li>
1799           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1800             desktop</li>
1801           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1802             pass validation</li>
1803           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1804             fit on screen</li>
1805           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1806             tooltip</li>
1807           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1808             defined user preset</li>
1809           <li>MSA web services warns user if they were launched
1810             with invalid input</li>
1811           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1812             Java 8</li>
1813           <li>
1814             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1815             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1816             created
1817           </li>
1818
1819         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1820         <ul>
1821         </ul> <em>General</em>
1822         <ul>
1823         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1824         <ul>
1825           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1826             memory allocation</li>
1827           <li>launchApp service doesn't automatically open
1828             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1829           <li>
1830             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1831             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1832             1.7_055 is available
1833           </li>
1834         </ul> <em>Application Known issues</em>
1835         <ul>
1836           <li>
1837             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1838             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1839             alignment to right
1840           </li>
1841           <li>
1842             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1843             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1844             with large number of ID
1845           </li>
1846           <li>
1847             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1848             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1849             start/end
1850           </li>
1851           <li>
1852             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1853             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1854             structure tracks are rearranged
1855           </li>
1856           <li>
1857             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1858             invalid rna structure positional highlighting does not
1859             highlight position of invalid base pairs
1860           </li>
1861           <li>
1862             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1863             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1864             project from alignment window file menu
1865           </li>
1866           <li>
1867             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1868             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1869             structures
1870           </li>
1871           <li>
1872             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1873             colour by RNA Helices not enabled when user created
1874             annotation added to alignment
1875           </li>
1876           <li>
1877             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1878             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1879           </li>
1880         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1881         <ul>
1882           <li>
1883             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1884             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1885           </li>
1886           <li>
1887             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1888             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1889           </li>
1890
1891           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1892             when selected</li>
1893         </ul>
1894       </td>
1895     </tr>
1896     <tr>
1897       <td><div align="center">
1898           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1899         </div></td>
1900       <td>
1901         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1902         <em>General</em>
1903         <ul>
1904           <li>Internationalisation of user interface (usually
1905             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1906           <li>Define/Undefine group on current selection with
1907             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1908           <li>Improved group creation/removal options in
1909             alignment/sequence Popup menu</li>
1910           <li>Sensible precision for symbol distribution
1911             percentages shown in logo tooltip.</li>
1912           <li>Annotation panel height set according to amount of
1913             annotation when alignment first opened</li>
1914         </ul> <em>Application</em>
1915         <ul>
1916           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1917             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1918           <li>Select columns containing particular features from
1919             Feature Settings dialog</li>
1920           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1921             sequences</li>
1922           <li>Update Jalview project format:
1923             <ul>
1924               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1925               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1926                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1927               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1928                 colouring</li>
1929             </ul>
1930           </li>
1931           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1932             (PAM250)</li>
1933           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1934             flanking regions for an alignment</li>
1935         </ul>
1936       </td>
1937       <td>
1938         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1939         <ul>
1940           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1941             running after job is cancelled</li>
1942           <li>cannot export features from alignments imported from
1943             Jalview/VAMSAS projects</li>
1944           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1945             float values</li>
1946           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1947             have 'display all symbols' flag set</li>
1948           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1949             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1950           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1951             Jalview</li>
1952           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1953             Lion/Webstart</li>
1954           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1955           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1956           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1957             alignment onto desktop</li>
1958           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1959             'extract scores' function</li>
1960           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1961             alignment window</li>
1962           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1963             performing IUPred disorder prediction</li>
1964           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1965             changing 'normalise logo' display setting</li>
1966           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1967             nothing matches query</li>
1968           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1969             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1970           </li>
1971           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1972             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1973           </li>
1974           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1975             Jalview's menu</li>
1976           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1977             'invalid literal/length code'</li>
1978           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1979             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1980           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1981             colourscheme</li>
1982
1983         </ul> <em>Applet</em>
1984         <ul>
1985           <li>Remove group option is shown even when selection is
1986             not a group</li>
1987           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1988             don't affect groups</li>
1989           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1990             colourscheme name</li>
1991           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1992             Annotation panel is not displayed</li>
1993           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1994             embedded windows</li>
1995         </ul> <em>Other</em>
1996         <ul>
1997           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1998             single sequence were not calculated</li>
1999           <li>annotation files that contain only groups imported as
2000             annotation and junk sequences</li>
2001           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2002             recognised as PFAM or BLC</li>
2003           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2004             doesn't affect background (2.8.0b1)
2005           <li></li>
2006           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2007           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2008             trailing gaps</li>
2009           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2010             registered correctly on import</li>
2011           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2012             certain alignments</li>
2013           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2014             existing annotation based 'use original colours'
2015             colourscheme loses original colours setting</li>
2016         </ul>
2017       </td>
2018     </tr>
2019     <tr>
2020       <td><div align="center">
2021           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2022             <em>30/1/2014</em></strong>
2023         </div></td>
2024       <td>
2025         <ul>
2026           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2027             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2028             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2029             open source project).
2030           </li>
2031           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2032           <li>Output in Stockholm format</li>
2033           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2034           <li>Export/import group and sequence associated line
2035             graph thresholds</li>
2036           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2037             ambiguity codes</li>
2038           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2039             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2040             works</li>
2041           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2042         </ul> <em>Other improvements</em>
2043         <ul>
2044           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2045           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2046             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2047           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2048             files</li>
2049           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2050           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2051             link but no description</li>
2052           <li>Select primary source when selecting authority in
2053             database fetcher GUI</li>
2054           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2055             Jalview</li>
2056           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2057         </ul>
2058       </td>
2059       <td>
2060         <ul>
2061           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2062             displayed</li>
2063           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2064             secondary structure annotation line</li>
2065           <li>Sequence database accessions not imported when
2066             fetching alignments from Rfam</li>
2067           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2068             identical IDs</li>
2069           <li>View all structures does not always superpose
2070             structures</li>
2071           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2072             reflect user or preset settings</li>
2073           <li>Null pointer exceptions for some services without
2074             presets or adjustable parameters</li>
2075           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2076             discover PDB xRefs</li>
2077           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2078             features with DAS</li>
2079           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2080             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2081           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2082             residue follows a gap</li>
2083           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2084             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2085           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2086             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2087           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2088             annotation already exists on alignment</li>
2089           <li>oninit javascript function should be called after
2090             initialisation completes</li>
2091           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2092             alignment window display</li>
2093           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2094           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2095             to annotation file</li>
2096           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2097             groups created</li>
2098           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2099             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2100           <li>Pressing return several times causes Number Format
2101             exceptions in keyboard mode</li>
2102           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2103             correct partitions for input data</li>
2104           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2105           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2106           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2107           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2108             mode</li>
2109           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2110             changes one row&#39;s threshold</li>
2111           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2112             doesn&#39;t open</li>
2113           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2114             quality histograms</li>
2115         </ul>
2116       </td>
2117     </tr>
2118     <tr>
2119       <td><div align="center">
2120           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2121         </div></td>
2122       <td><em>Application</em>
2123         <ul>
2124           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2125             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2126           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2127             preferences</li>
2128           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2129             in Jalview alignment window</li>
2130           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2131             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2132           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2133             RNA and ambiguity codes</li>
2134
2135           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2136           <li>Support fetching and database reference look up
2137             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2138             refs')</li>
2139           <li>Jalview project improvements
2140             <ul>
2141               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2142                 flag for annotation</li>
2143               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2144                 alignment</li>
2145               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2146                 Jalview project</li>
2147
2148             </ul>
2149           </li>
2150           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2151           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2152             running</li>
2153           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2154           <li>visual indication that web service results are still
2155             being retrieved from server</li>
2156           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2157             starts up for first time</li>
2158           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2159             services</li>
2160           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2161             client library</li>
2162           <li>Examples directory and Groovy library included in
2163             InstallAnywhere distribution</li>
2164         </ul> <em>Applet</em>
2165         <ul>
2166           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2167             visualization applet example</li>
2168         </ul> <em>General</em>
2169         <ul>
2170           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2171           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2172             defaults</li>
2173           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2174             calculation</li>
2175           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2176             matrices
2177           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2178             in HTML</li>
2179           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2180             structure contacts</li>
2181           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2182           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2183           <li>Parse sequence associated secondary structure
2184             information in Stockholm files</li>
2185           <li>HTML Export database accessions and annotation
2186             information presented in tooltip for sequences</li>
2187           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2188             style RNA alignment files</li>
2189           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2190             alignment</li>
2191           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2192             shade each sequence according to its associated alignment
2193             annotation</li>
2194           <li>New Jalview Logo</li>
2195         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2196         <ul>
2197           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2198           <li>New Website!</li>
2199         </ul></td>
2200       <td><em>Application</em>
2201         <ul>
2202           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2203             wsdbfetch REST service</li>
2204           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2205           <li>Filetype associations not installed for webstart
2206             launch</li>
2207           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2208             job execution in full once it is complete</li>
2209           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2210             uploaded via ali_file parameter</li>
2211           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2212           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2213           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2214             submitted for prediction</li>
2215           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2216             desktop window</li>
2217           <li>Putting fractional value into integer text box in
2218             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2219           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2220             windows 7</li>
2221           <li>View all structures fails with exception shown in
2222             structure view</li>
2223           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2224             escaped in a platform independent way</li>
2225           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2226             using proxy</li>
2227           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2228             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2229           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2230             failure when java web start temporary file caching is
2231             disabled</li>
2232           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2233             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2234           <li>Errors during processing of command line arguments
2235             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2236           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2237             DAS sources in sequence fetcher</li>
2238           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2239             dialog is shown</li>
2240           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2241           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2242           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2243           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2244             on OSX Mountain Lion</li>
2245           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2246             sequences with alignment annotation are pasted into the
2247             alignment</li>
2248           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2249             when loaded from Jalview project</li>
2250           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2251           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2252             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2253           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2254             associated with all views</li>
2255           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2256             annotation rows to new window</li>
2257         </ul> <em>Applet</em>
2258         <ul>
2259           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2260             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2261           <li>loading features via javascript API automatically
2262             enables feature display</li>
2263           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2264             work</li>
2265         </ul> <em>General</em>
2266         <ul>
2267           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2268           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2269             and then deselected</li>
2270           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2271           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2272             coloured with clustalx</li>
2273           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2274             exceptions and redraw errors</li>
2275           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2276             reconfigured view</li>
2277           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2278             colour</li>
2279           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2280             for lots of labels</li>
2281         </ul>
2282     </tr>
2283     <tr>
2284       <td>
2285         <div align="center">
2286           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2287         </div>
2288       </td>
2289       <td><em>Application</em>
2290         <ul>
2291           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2292           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2293           <li>View/alignment association menu to enable user to
2294             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2295             its colours/correspondences from</li>
2296           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2297           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2298             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2299           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2300           <li>Annotation row column label formatting attributes
2301             stored in project file</li>
2302           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2303             rows preserved in Jalview project file</li>
2304           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2305             saved using Desktop window menu</li>
2306           <li>Visual indication that command line arguments are
2307             still being processed</li>
2308           <li>Groovy script execution from URL</li>
2309           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2310             preferences</li>
2311           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2312             alignment with sequences that have high similarity and
2313             matching IDs</li>
2314           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2315           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2316             structures in same window</li>
2317           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2318           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2319             analysis function in its own submenu</li>
2320         </ul> <em>Applet</em>
2321         <ul>
2322           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2323             groups</li>
2324           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2325           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2326           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2327           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2328           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2329             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2330           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2331           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2332             parameters are treated as such</li>
2333           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2334             <ul>
2335               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2336               <li>Javascript callbacks for
2337                 <ul>
2338                   <li>Applet initialisation</li>
2339                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2340                 </ul>
2341               </li>
2342               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2343                 functions</li>
2344               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2345               <li>javascript structure viewer harness to pass
2346                 messages between Jmol and Jalview when running as
2347                 distinct applets</li>
2348               <li>sortBy method</li>
2349               <li>Set of applet and application examples shipped
2350                 with documentation</li>
2351               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2352                 javascript message exchange</li>
2353             </ul>
2354         </ul> <em>General</em>
2355         <ul>
2356           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2357             multiple alignments</li>
2358           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2359           <li>User configurable link to enable redirects to a
2360             www.Jalview.org mirror</li>
2361           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2362           <li>Configurable newline string when writing alignment
2363             and other flat files</li>
2364           <li>Allow alignment annotation description lines to
2365             contain html tags</li>
2366         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2367         <ul>
2368           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2369             examples</li>
2370           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2371             using a web service before displaying the result in the
2372             Jalview desktop</li>
2373           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2374           <li>Ant target to publish example html files with applet
2375             archive</li>
2376           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2377           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2378         </ul></td>
2379       <td><em>Application</em>
2380         <ul>
2381           <li>User defined colourscheme throws exception when
2382             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2383           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2384             dialog for valid filename/format</li>
2385           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2386           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2387             P37173</li>
2388           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2389             which sequence is to be associated with the file</li>
2390           <li>Find All raises null pointer exception when query
2391             only matches sequence IDs</li>
2392           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2393           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2394             2.4 cannot be loaded</li>
2395           <li>Filetype associations not installed for webstart
2396             launch</li>
2397           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2398             with sequences in different alignments do not get coloured
2399             by their associated sequence</li>
2400           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2401             not preserved when project is loaded</li>
2402           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2403             stored in Jalview project</li>
2404           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2405             Jalview project</li>
2406           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2407           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2408             by conservation</li>
2409           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2410             created on new view</li>
2411           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2412             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2413           <li>Alignment quality not updated after alignment
2414             annotation row is hidden then shown</li>
2415           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2416             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2417           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2418             properly</li>
2419           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2420             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2421           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2422           <li>Structures imported from file and saved in project
2423             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2424           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2425             job execution in full once it is complete</li>
2426         </ul> <em>Applet</em>
2427         <ul>
2428           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2429             annotation rows are displayed</li>
2430           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2431             codebase</li>
2432           <li>View follows highlighting does not work for positions
2433             in sequences</li>
2434           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2435           <li>Export features raises exception when no features
2436             exist</li>
2437           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2438             for javascript api is modified when separator string
2439             provided as parameter</li>
2440           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2441             alignment with no existing selection</li>
2442           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2443             to applet&#39;s codebase</li>
2444           <li>Status bar not updated after finished searching and
2445             search wraps around to first result</li>
2446           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2447             several Jalview applets causes race conditions and memory
2448             leaks</li>
2449           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2450             not sent from Jmol in applet</li>
2451           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2452             applet API fatally hang browser</li>
2453         </ul> <em>General</em>
2454         <ul>
2455           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2456             position with wrapped view and hidden regions</li>
2457           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2458             with/without hidden columns</li>
2459           <li>Sequence length given in alignment properties window
2460             is off by 1</li>
2461           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2462             import PDB like structure files</li>
2463           <li>Positional search results are only highlighted
2464             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2465           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2466           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2467             given sequence position</li>
2468           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2469             output</li>
2470           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2471             from nucleotide chains correctly</li>
2472           <li>Structure colours not updated when tree partition
2473             changed in alignment</li>
2474           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2475             parsed in interleaved stockholm</li>
2476           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2477             state</li>
2478           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2479             properly</li>
2480           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2481             properly associated with their pdb files</li>
2482         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2483         <ul>
2484           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2485             ApplyCopyright tool</li>
2486         </ul></td>
2487     </tr>
2488     <tr>
2489       <td>
2490         <div align="center">
2491           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2492         </div>
2493       </td>
2494       <td><em>Application</em>
2495         <ul>
2496           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2497             contact web services</li>
2498           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2499             service job window</li>
2500           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2501         </ul></td>
2502       <td>
2503         <ul>
2504           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2505             pir file emitted by Jalview</li>
2506           <li>Existing feature settings transferred to new
2507             alignment view created from cut'n'paste</li>
2508           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2509             parsing PDB files</li>
2510           <li>Consensus and conservation annotation rows
2511             occasionally become blank for all new windows</li>
2512           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2513             in wrapped view mode</li>
2514         </ul> <em>Application</em>
2515         <ul>
2516           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2517             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2518           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2519             parameter names</li>
2520           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2521             is down</li>
2522         </ul>
2523       </td>
2524     </tr>
2525     <tr>
2526       <td>
2527         <div align="center">
2528           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2529         </div>
2530       </td>
2531       <td><em>Application</em>
2532         <ul>
2533           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2534             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2535             (JABAWS)
2536           </li>
2537           <li>Web Services preference tab</li>
2538           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2539             preferences</li>
2540           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2541           <li>Superpose structures using associated sequence
2542             alignment</li>
2543           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2544             viewer</li>
2545         </ul> <em>Applet</em>
2546         <ul>
2547           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2548             link out mechanism</li>
2549         </ul> <em>Other</em>
2550         <ul>
2551           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2552             series 12</li>
2553           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2554             require Java 1.5</li>
2555           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2556             sequence annotation files</li>
2557           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2558             type colour specification</li>
2559           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2560             script to check if it being run in an interactive session or
2561             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2562         </ul></td>
2563       <td>
2564         <ul>
2565           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2566             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2567         </ul> <em>Application</em>
2568         <ul>
2569           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2570             selected Regions menu item</li>
2571           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2572             part of a valid accession ID</li>
2573           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2574             runs out of memory</li>
2575           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2576             analysis results</li>
2577           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2578             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2579           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2580         </ul> <em>Applet</em>
2581         <ul>
2582           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2583             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2584             defined.</li>
2585         </ul>
2586       </td>
2587     </tr>
2588     <tr>
2589       <td>
2590         <div align="center">
2591           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2592         </div>
2593       </td>
2594       <td></td>
2595       <td>
2596         <ul>
2597           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2598             sequence IDs</li>
2599           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2600             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2601           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2602             import correctly</li>
2603           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2604             number of columns are hidden</li>
2605           <li>annotation label popup menu not providing correct
2606             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2607             present</li>
2608           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2609             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2610           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2611             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2612
2613         </ul> <em>Applet</em>
2614         <ul>
2615           <li>annotation panel disappears when annotation is
2616             hidden/removed</li>
2617         </ul> <em>Application</em>
2618         <ul>
2619           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2620             alignment opened where annotation panel is visible but no
2621             annotations are present on alignment</li>
2622           <li>pasted region containing hidden columns is
2623             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2624           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2625             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2626           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2627             selected Rregions menu item.</li>
2628           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2629             'Un' or 'Non'conserved</li>
2630           <li>Sequence feature settings are being shared by
2631             multiple distinct alignments</li>
2632           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2633             changed</li>
2634           <li>double click on group annotation to select sequences
2635             does not propagate to associated trees</li>
2636           <li>Mac OSX specific issues:
2637             <ul>
2638               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2639                 window background</li>
2640               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2641                 name set correctly</li>
2642               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2643                 save feature colourscheme button</li>
2644             </ul>
2645           </li>
2646         </ul>
2647       </td>
2648     </tr>
2649     <tr>
2650
2651       <td>
2652         <div align="center">
2653           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2654         </div>
2655       </td>
2656       <td><em>New Capabilities</em>
2657         <ul>
2658           <li>URL links generated from description line for
2659             regular-expression based URL links (applet and application)
2660
2661           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2662             menu</li>
2663           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2664             structures</li>
2665           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2666             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2667           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2668             average score or total feature count for each sequence.</li>
2669           <li>Shading features by score or associated description</li>
2670           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2671             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2672           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2673             hide everything but the currently selected region.</li>
2674           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2675         </ul> <em>Application</em>
2676         <ul>
2677           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2678             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2679           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2680             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2681           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2682             database references and protein_name is parsed as
2683             description line (BioSapiens terms).</li>
2684           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2685             references in sequence ID tooltip from View menu in
2686             application.</li>
2687           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2688       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2689           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2690             conservation plots</li>
2691           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2692             and visualized as sequence logos</li>
2693           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2694             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2695           </li>
2696           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2697             when a new tree is opened.</li>
2698           <li>Jalview Java Console</li>
2699           <li>Better placement of desktop window when moving
2700             between different screens.</li>
2701           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2702             consensus annotation</li>
2703           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2704             Workflows</li>
2705           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2706             <ul>
2707               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2708                 used to preserve views, structures, and tree display
2709                 settings)</li>
2710               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2711                 command line</li>
2712               <li>Sharing of selected regions between views and
2713                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2714               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2715             </ul></li>
2716         </ul> <em>Applet</em>
2717         <ul>
2718           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2719           <li>New Parameters
2720             <ul>
2721               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2722                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2723                 opened.</li>
2724               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2725                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2726               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2727                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2728               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2729                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2730                 view</li>
2731               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2732                 increase the height or width of a cell in the alignment
2733                 grid relative to the current font size.</li>
2734             </ul>
2735           </li>
2736           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2737             tooltip</li>
2738         </ul> <em>Other</em>
2739         <ul>
2740           <li>Features format: graduated colour definitions and
2741             specification of feature scores</li>
2742           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2743             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2744             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2745           <li>XML formats extended to support graduated feature
2746             colourschemes, group associated annotation, and profile
2747             visualization settings.</li></td>
2748       <td>
2749         <ul>
2750           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2751             rather than description</li>
2752           <li>Non-positional features are now included in sequence
2753             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2754             visibility in tooltip).</li>
2755           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2756           <li>Added URL embedding instructions to features file
2757             documentation.</li>
2758           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2759             'X' in peptide product</li>
2760           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2761             sequence ID and sequence string and query strings do not
2762             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2763           <li>AMSA files only contain first column of
2764             multi-character column annotation labels</li>
2765           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2766             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2767             exported and re-imported)</li>
2768           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2769             name</li>
2770           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2771             as subsequence matches, and correctly reports total number
2772             of both.</li>
2773           <li>Application:
2774             <ul>
2775               <li>Better handling of exceptions during sequence
2776                 retrieval</li>
2777               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2778                 link text excludes the start_end suffix</li>
2779               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2780                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2781               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2782               <li>Sequence description lines properly shared via
2783                 VAMSAS</li>
2784               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2785                 data sources</li>
2786               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2787                 completes before alignment figures are generated.</li>
2788               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2789                 first time.</li>
2790               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2791                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2792               <li>User defined group colours properly recovered
2793                 from Jalview projects.</li>
2794             </ul>
2795           </li>
2796         </ul>
2797       </td>
2798
2799     </tr>
2800     <tr>
2801       <td>
2802         <div align="center">
2803           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2804         </div>
2805       </td>
2806       <td>
2807         <ul>
2808           <li>Experimental support for google analytics usage
2809             tracking.</li>
2810           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2811         </ul>
2812       </td>
2813       <td>
2814         <ul>
2815           <li>Race condition in applet preventing startup in
2816             jre1.6.0u12+.</li>
2817           <li>Exception when feature created from selection beyond
2818             length of sequence.</li>
2819           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2820           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2821             all sequences with a given id</li>
2822           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2823             ID string searches</li>
2824           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2825             alignment to fail with exception</li>
2826         </ul> <em>Application Issues</em>
2827         <ul>
2828           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2829           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2830             data sources</li>
2831         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2832         <ul>
2833           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2834             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2835           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2836             version (java class versioning error fixed)</li>
2837         </ul>
2838       </td>
2839     </tr>
2840     <tr>
2841       <td>
2842
2843         <div align="center">
2844           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2845         </div>
2846       </td>
2847       <td><em>User Interface</em>
2848         <ul>
2849           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2850             translation and protein products</li>
2851           <li>Linked highlighting of structure associated with
2852             residue mapping to codon position</li>
2853           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2854             and 'clear' button</li>
2855           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2856             Tools menu</li>
2857           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2858             numeric data in description line</li>
2859           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2860           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2861             of sequence</li>
2862         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2863         <ul>
2864           <li>JPred3 web service</li>
2865           <li>Prototype sequence search client (no public services
2866             available yet)</li>
2867           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2868             PFAM</li>
2869           <li>URL Links created for matching database cross
2870             references as well as sequence ID</li>
2871           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2872         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2873         <ul>
2874           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2875             databases</li>
2876           <li>Generalised database reference retrieval and
2877             validation to all fetchable databases</li>
2878           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2879             sequence command</li>
2880         </ul> <em>Import and Export</em>
2881         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2882         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2883           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2884         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2885           File</li>
2886         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2887           triplet as name of colourscheme</li>
2888         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2889         <ul>
2890           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2891           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2892             alignments (experimental)</li>
2893           <li>Create new or select existing session to join</li>
2894           <li>load and save of vamsas documents</li>
2895         </ul> <em>Application command line</em>
2896         <ul>
2897           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2898             from applet)</li>
2899           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2900             of DAS servers to query for alignment features</li>
2901           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2902             that are also automatically queried for features</li>
2903           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2904             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2905         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2906         <ul>
2907           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2908             application (when using &quot;View in full
2909             application&quot;)</li>
2910         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2911         <ul>
2912           <li>feature group display control parameter</li>
2913           <li>debug parameter</li>
2914           <li>showbutton parameter</li>
2915         </ul> <em>Applet API methods</em>
2916         <ul>
2917           <li>newView public method</li>
2918           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2919           <li>Feature display control methods</li>
2920           <li>get list of currently selected sequences</li>
2921         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2922         <ul>
2923           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2924           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2925             Jalview release.</li>
2926           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2927             property controls execution of obfuscator</li>
2928           <li>Build target for generating source distribution</li>
2929           <li>Debug flag for javacc</li>
2930           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2931             jalview.bin.Cache</li>
2932           <li>Continuous Build Integration for stable and
2933             development version of Application, Applet and source
2934             distribution</li>
2935         </ul></td>
2936       <td>
2937         <ul>
2938           <li>selected region output includes visible annotations
2939             (for certain formats)</li>
2940           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2941             for editing</li>
2942           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2943           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2944           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2945           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2946             comments</li>
2947           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2948             filenames containing a ':'</li>
2949           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2950             global sequence features</li>
2951           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2952             references from alignment sequences goes to zero</li>
2953           <li>Close of tree branch colour box without colour
2954             selection causes cascading exceptions</li>
2955           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2956           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2957             file parsing fails.</li>
2958           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2959           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2960             not a valid output format</li>
2961           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2962             vamsas</li>
2963           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2964           <li>error messages passed up and output when data read
2965             fails</li>
2966           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2967             sequence is edited</li>
2968           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2969             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2970           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2971             filetype</li>
2972           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2973             import fixed for PFAM records</li>
2974           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2975             window list</li>
2976           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2977             can be read and written correctly to annotation file</li>
2978           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2979             correctly</li>
2980           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2981             non-italic font for representatives in Applet</li>
2982           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2983             Macs.</li>
2984           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2985             Applet)</li>
2986           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2987             due to null pointer exceptions</li>
2988           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2989             first column of alignment</li>
2990           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2991             July 2008</li>
2992           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2993             file is case-insensitive</li>
2994           <li>Sequence features read from Features file appended to
2995             all sequences with matching IDs</li>
2996           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2997             containing a sub-sequence</li>
2998           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2999           <li>feature and annotation file applet parameters
3000             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3001           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3002           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3003             splash-screen version check to complete</li>
3004           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3005             when passing them to the launchApp service</li>
3006           <li>display name and local features preserved in results
3007             retrieved from web service</li>
3008           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3009             sequence fetcher initialisation</li>
3010           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3011             dasobert DAS client</li>
3012           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3013             association</li>
3014           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3015             sequences
3016           </li>
3017         </ul>
3018       </td>
3019     </tr>
3020     <tr>
3021       <td>
3022         <div align="center">
3023           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3024         </div>
3025       </td>
3026       <td>
3027         <ul>
3028           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3029           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3030           <li>Slide sequences</li>
3031           <li>Edit sequence in place</li>
3032           <li>EMBL CDS features</li>
3033           <li>DAS Feature mapping</li>
3034           <li>Feature ordering</li>
3035           <li>Alignment Properties</li>
3036           <li>Annotation Scores</li>
3037           <li>Sort by scores</li>
3038           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3039         </ul>
3040       </td>
3041       <td>
3042         <ul>
3043           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3044           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3045           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3046           <li>Feature group display state in XML</li>
3047           <li>Feature ordering in XML</li>
3048           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3049           <li>Stockholm alignment properties</li>
3050           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3051           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3052           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3053           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3054         </ul>
3055       </td>
3056
3057     </tr>
3058     <tr>
3059       <td>
3060         <div align="center">
3061           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3062         </div>
3063       </td>
3064       <td>
3065         <ul>
3066           <li>Non standard characters can be read and displayed
3067           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3068             applet via textbox
3069           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3070             name &amp; description
3071           <li>Preference setting to display sequence name in
3072             italics
3073           <li>Annotation file format extended to allow
3074             Sequence_groups to be defined
3075           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3076             specified in preferences
3077           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3078             sequences
3079         </ul>
3080       </td>
3081       <td>
3082         <ul>
3083           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3084             installed
3085           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3086           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3087         </ul>
3088       </td>
3089     </tr>
3090     <tr>
3091       <td>
3092         <div align="center">
3093           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3094         </div>
3095       </td>
3096       <td>
3097         <ul>
3098           <li>Multiple views on alignment
3099           <li>Sequence feature editing
3100           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3101           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3102           <li>Background dependent text colour
3103           <li>Right align sequence ids
3104           <li>User-defined lower case residue colours
3105           <li>Format Menu
3106           <li>Select Menu
3107           <li>Menu item accelerator keys
3108           <li>Control-V pastes to current alignment
3109           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3110           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3111           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3112
3113           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3114         </ul>
3115       </td>
3116       <td>
3117         <ul>
3118           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3119           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3120             calculations
3121           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3122             edits
3123           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3124             of alignment)
3125           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3126
3127           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3128             display correctly
3129           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3130           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3131             analysis results
3132           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3133             &#8739;
3134           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3135           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3136           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3137
3138         </ul>
3139       </td>
3140     </tr>
3141     <tr>
3142       <td>
3143         <div align="center">
3144           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3145         </div>
3146       </td>
3147       <td>
3148         <ul>
3149           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3150         </ul>
3151       </td>
3152       <td>
3153         <ul>
3154           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3155             sequence id panel has been resized</li>
3156           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3157             rendered</li>
3158           <li>Annotation files with sequence references - all
3159             elements in file are relative to sequence position</li>
3160           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3161         </ul>
3162       </td>
3163     </tr>
3164     <tr>
3165       <td>
3166         <div align="center">
3167           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3168         </div>
3169       </td>
3170       <td>
3171         <ul>
3172           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3173           <li>DAS Feature fetching</li>
3174           <li>Hide sequences and columns</li>
3175           <li>Export Annotations and Features</li>
3176           <li>GFF file reading / writing</li>
3177           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3178             files</li>
3179           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3180           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3181           <li>Applet can launch the full application</li>
3182           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3183             required)</li>
3184           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3185           <li>Applet can load sequences from parameter
3186             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3187           </li>
3188         </ul>
3189       </td>
3190       <td>
3191         <ul>
3192           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3193           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3194           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3195         </ul>
3196       </td>
3197     </tr>
3198     <tr>
3199       <td>
3200         <div align="center">
3201           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3202         </div>
3203       </td>
3204       <td>
3205         <ul>
3206           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3207           <li>Choose to match case when searching</li>
3208           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3209             expand the visible width and height of the alignment</li>
3210         </ul>
3211       </td>
3212       <td>
3213         <ul>
3214           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3215         </ul>
3216       </td>
3217     </tr>
3218     <tr>
3219       <td>
3220         <div align="center">
3221           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3222         </div>
3223       </td>
3224       <td>&nbsp;</td>
3225       <td>
3226         <ul>
3227           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3228           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3229             value</li>
3230         </ul>
3231       </td>
3232     </tr>
3233     <tr>
3234       <td>
3235         <div align="center">
3236           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3237         </div>
3238       </td>
3239       <td>
3240         <ul>
3241           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3242           <li>Keyboard editing</li>
3243           <li>Create sequence features from searches</li>
3244           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3245             alignments</li>
3246           <li>Features file allows grouping of features</li>
3247           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3248           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3249           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3250         </ul>
3251       </td>
3252       <td>
3253         <ul>
3254           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3255           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3256             descriptions saved.</li>
3257         </ul>
3258       </td>
3259     </tr>
3260     <tr>
3261       <td>
3262         <div align="center">
3263           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3264         </div>
3265       </td>
3266       <td>
3267         <ul>
3268           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3269           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3270           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3271             name for file output</li>
3272           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3273           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3274             used for HTML form input</li>
3275         </ul>
3276       </td>
3277       <td>
3278         <ul>
3279           <li>HTML output writes groups and features</li>
3280           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3281           <li>File IO bugs</li>
3282         </ul>
3283       </td>
3284     </tr>
3285     <tr>
3286       <td>
3287         <div align="center">
3288           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3289         </div>
3290       </td>
3291       <td>
3292         <ul>
3293           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3294           <li>More options for PCA viewer</li>
3295         </ul>
3296       </td>
3297       <td>
3298         <ul>
3299           <li>GUI bugs resolved</li>
3300           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3301         </ul>
3302       </td>
3303     </tr>
3304     <tr>
3305       <td height="63">
3306         <div align="center">
3307           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3308         </div>
3309       </td>
3310       <td>
3311         <ul>
3312           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3313           <li>Jar files are executable</li>
3314           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3315         </ul>
3316       </td>
3317       <td>
3318         <ul>
3319           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3320           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3321           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3322         </ul>
3323       </td>
3324     </tr>
3325     <tr>
3326       <td>
3327         <div align="center">
3328           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3329         </div>
3330       </td>
3331       <td>
3332         <ul>
3333           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3334         </ul>
3335       </td>
3336       <td>
3337         <ul>
3338           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3339         </ul>
3340       </td>
3341     </tr>
3342     <tr>
3343       <td>
3344         <div align="center">
3345           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3346         </div>
3347       </td>
3348       <td>
3349         <ul>
3350           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3351             size</li>
3352         </ul>
3353       </td>
3354       <td>
3355         <ul>
3356           <li>Improved JPred client reliability</li>
3357           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3358         </ul>
3359       </td>
3360     </tr>
3361     <tr>
3362       <td>
3363         <div align="center">
3364           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3365         </div>
3366       </td>
3367       <td>
3368         <ul>
3369           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3370           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3371           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3372             to Colour Menu</li>
3373           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3374           <li>Unix users can set default web browser</li>
3375           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3376           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3377         </ul>
3378       </td>
3379       <td>
3380         <ul>
3381           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3382         </ul>
3383       </td>
3384     </tr>
3385     <tr>
3386       <td>
3387         <div align="center">
3388           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3389         </div>
3390       </td>
3391       <td>&nbsp;</td>
3392       <td>
3393         <ul>
3394           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3395             alignment order.</li>
3396         </ul>
3397       </td>
3398     </tr>
3399     <tr>
3400       <td>
3401         <div align="center">
3402           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3403         </div>
3404       </td>
3405       <td>
3406         <ul>
3407           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3408           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3409           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3410             annotations.</li>
3411           <li>Version and build date written to build properties
3412             file.</li>
3413           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3414             at launch of Jalview.</li>
3415         </ul>
3416       </td>
3417       <td>
3418         <ul>
3419           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3420           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3421           <li>Can remove groups one by one.</li>
3422           <li>Filechooser icons installed.</li>
3423           <li>Finder ignores return character when searching.
3424             Return key will initiate a search.<br>
3425           </li>
3426         </ul>
3427       </td>
3428     </tr>
3429     <tr>
3430       <td>
3431         <div align="center">
3432           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3433         </div>
3434       </td>
3435       <td>
3436         <ul>
3437           <li>New codebase</li>
3438         </ul>
3439       </td>
3440       <td>&nbsp;</td>
3441     </tr>
3442   </table>
3443   <p>&nbsp;</p>
3444 </body>
3445 </html>