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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  74             <em>7/9/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
  82               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
  83               white)
  84             </li>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
  87               Preferences
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
  91               in size and progress bar shown as higher resolution
  92               overview is recalculated
  93             </li>
  94
  95           </ul>
  96         </div></td>
  97       <td><div align="left">
  98           <em></em>
  99           <ul>
 100             <li>
 101               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 102               column region row by row
 103             </li>
 104             <li>
 105               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 106               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 107             </li>
 108             <li>
 109               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 110               format setting is unticked
 111             </li>
 112             <li>
 113               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 114               if group has show boxes format setting unticked
 115             </li>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 118               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 119               include sequences and columns not currently displayed
 120             </li>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 123               assemblies are imported via CIF file
 124             </li>
 125             <li>
 126               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 127               displayed when threshold or conservation colouring is also
 128               enabled.
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 132               server version
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 136               dragging a selected region off the visible region of the
 137               alignment
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 141               colourscheme to all groups in a view
 142             </li>
 143           </ul>
 144         </div></td>
 145
 146     <tr>
 147       <td width="60" nowrap>
 148         <div align="center">
 149           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 150         </div>
 151       </td>
 152       <td><div align="left">
 153           <em>Calculations</em>
 154           <ul>
 155
 156             <li>
 157               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 158               ungapped positions in each column of the alignment.
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 162               a calculation dialog box
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 166               and memory efficiency (~30x faster)
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 170               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 171               and other calculations
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 175               files within the Jalview codebase
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 179               Similarity may have different topology due to increased
 180               precision
 181             </li>
 182           </ul>
 183           <em>Rendering</em>
 184           <ul>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 187               model for alignments and groups
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 191               scripts
 192             </li>
 193           </ul>
 194           <em>Overview</em>
 195           <ul>
 196             <li>
 197               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 198               with alignment and overview windows
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 202               overview
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 206               omitted in Overview
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 210               adjustment of visible position
 211             </li>
 212           </ul>
 213
 214           <em>Data import/export</em>
 215           <ul>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 218               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 222               annotation input/output via stockholm flatfile
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 226               extension when importing structure files without embedded
 227               names or PDB accessions
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 231               format sequence substitution matrices
 232             </li>
 233           </ul>
 234           <em>User Interface</em>
 235           <ul>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 238               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 239               the application.
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 243               via Overview or sequence motif search operations
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 247               opened by double clicking gaps within sequence feature
 248               extent
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 252               aligned positions were available to create a 3D structure
 253               superposition.
 254             </li>
 255           </ul>
 256           <em>3D Structure</em>
 257           <ul>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 260               coloured in linked structure views
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 264               file-based command exchange
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 268               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 269               structures are already available for sequences
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 273               the Jalview project rather than downloaded again when the
 274               project is reopened.
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 278               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 279               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 280                 Feature</strong>)
 281             </li>
 282           </ul>
 283           <em>Web Services</em>
 284           <ul>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 290               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 291               Analysis services
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 295               cross-references provided by identifiers.org and the
 296               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 297             </li>
 298           </ul>
 299
 300           <em>Scripting</em>
 301           <ul>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 304               identifying file formats (instead of String constants)
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 308               efficiency when counting all displayed features (not
 309               backwards compatible with 2.10.1)
 310             </li>
 311           </ul>
 312           <em>Example files</em>
 313           <ul>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 316               included in the example feature file
 317             </li>
 318           </ul>
 319           <em>Documentation</em>
 320           <ul>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 323               with the built-in Java help viewer
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 327               sequence description' option
 328             </li>
 329           </ul>
 330           <em>Test Suite</em>
 331           <ul>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 334               Uniprot REST Free Text Search Client
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 341               during tests
 342             </li>
 343           </ul>
 344         </div></td>
 345       <td><div align="left">
 346           <em>Calculations</em>
 347           <ul>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 350               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 351               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 352             </li>
 353             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 354               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 355               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 356               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 357               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 358               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 359               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 360               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 361               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 362               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 363               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 364               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 365               // for 2.10.1 mode <br />
 366               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 367               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 368                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 369                 calculations (not recommended)</em></li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 372               scaling of branch lengths for trees computed using
 373               Sequence Feature Similarity.
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 377               generating output report when working with highly
 378               redundant alignments
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 382               right of selected region when gaps present on right-hand
 383               boundary
 384             </li>
 385           </ul>
 386           <em>User Interface</em>
 387           <ul>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 390               doesn't reselect a specific sequence's associated
 391               annotation after it was used for colouring a view
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 395               opened on a region of alignment without groups
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 399               of an alignment with overlapping groups
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 403               name and description match
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 407               hidden regions results in incorrect hidden regions
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 411               changing colour does not apply Conservation slider value
 412               to all groups
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 416               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 420               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 424               gaps before start of features
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 428               restored to UI when feature colour is edited
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 432               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 436               as graduate feature colour settings are modified via the
 437               dialog box
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 441               when a group defined on the alignment is resized
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 445               wrapped view result in positional status updates
 446             </li>
 447
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 450               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 454               alignment included gapped columns
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 458               widgets don't permanently disappear
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 462               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 463               T-Coffee column reliability scores)
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 467               sequence feature on gaps only
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 471               button from a Find inherit previously defined feature type
 472               rather than the Find query string
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 476               exporting tree calculated in Jalview
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 480               and then revealing them reorders sequences on the
 481               alignment
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 485               doesn't update to reflect available set of groups after
 486               interactively adding or modifying features
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 490               Linux
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 494               only excluded gaps in current sequence and ignored
 495               selection.
 496             </li>
 497           </ul>
 498           <em>Rendering</em>
 499           <ul>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 502               erratically when hidden rows or columns are present
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 506               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 507               sequence colouring
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 511               colour and group colour menu for protein alignments
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 515               reflect currently selected view or group's shading
 516               thresholds
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 520               when rendered on overview and structures when opacity at
 521               100%
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 525               overview when features overlaid on alignment
 526             </li>
 527           </ul>
 528           <em>Data import/export</em>
 529           <ul>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 532               load
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 536               added after a sequence was imported are not written to
 537               Stockholm File
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 541               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 545               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 549               with lightGray or darkGray via features file (but can
 550               specify lightgray)
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 554               when alignment view imported from project
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 558               structure and sequences extracted from structure files
 559               imported via URL and viewed in Jmol
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 563               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 564               the project is loaded and the structure viewed
 565             </li>
 566           </ul>
 567           <em>Web Services</em>
 568           <ul>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 571               release of Ensembl v.88
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 575               appear enabled in Preferences->Connections
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 579               removed from console output
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 583               Ensembl by Peptide ID
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 587               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 588               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 589               due to 'null' string rather than empty string used for
 590               residues with no corresponding PDB mapping).
 591             </li>
 592           </ul>
 593           <em>Application UI</em>
 594           <ul>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 597               menu
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 601               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 602               new documentation and tooltips added)
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 606               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 610               new features are added to alignment
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 614               changes to feature colours via the Amend features dialog
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 618               edit graduated feature colour via amend features dialog
 619               box
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 623               selection menu changes colours of alignment views
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 627               from alignment calculation workers after alignment has
 628               been closed
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 632               groups now 'Create Group'
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 636               Create/Undefine group doesn't always work
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 640               shown again after pressing 'Cancel'
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 644               adjusts start position in wrap mode
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 648               ambiguous amino acids
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 652               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 653               proteins
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 657               Defined' don't appear in Colours menu
 658             </li>
 659           </ul>
 660           <em>Applet</em>
 661           <ul>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 664               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 668               overview or linked structure view
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 672               work (since 2.8)
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 676               user-defined colourscheme doesn't restore original
 677               colourscheme
 678             </li>
 679           </ul>
 680           <em>Test Suite</em>
 681           <ul>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 684               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 688               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 689               problems with deep array comparison equality asserts in
 690               successive versions of TestNG
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 694               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 695             </li>
 696           </ul>
 697           <em>New Known Issues</em>
 698           <ul>
 699             <li>
 700               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 701               phase after a sequence motif find operation
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 705               containing just upper and lower case letters are
 706               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 710               reliably from eggnog Ortholog database
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 714               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 715               to mark columns containing highlighted regions.
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 719               doesn't always add secondary structure annotation.
 720             </li>
 721           </ul>
 722         </div>
 723     <tr>
 724       <td width="60" nowrap>
 725         <div align="center">
 726           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 727         </div>
 728       </td>
 729       <td><div align="left">
 730           <em>General</em>
 731           <ul>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 734               for all consensus calculations
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 738               3rd Oct 2016)
 739             </li>
 740             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 741               for 2016-2017</li>
 742           </ul>
 743           <em>Application</em>
 744           <ul>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 747               set of database cross-references, sorted alphabetically
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 751               from database cross references. Users with custom links
 752               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 753                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 757               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 758               Chimera session
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 762               the Chimera it is connected to is shut down
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 766               columns menu item to mark columns containing highlighted
 767               regions (e.g. from structure selections or results of a
 768               Find operation)
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 772               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 773               MSAviewer
 774             </li>
 775           </ul>
 776         </div></td>
 777       <td>
 778         <div align="left">
 779           <em>General</em>
 780           <ul>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 783               are not coloured or thresholded according to percent
 784               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 788               hydrophobic
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 792               threshold, amino acid properties)
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 796               reported as mapped to residues in a structure file in the
 797               View Mapping report
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 801               could be added multiple times to a sequence
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 805               bond features shown as two highlighted residues rather
 806               than a range in linked structure views, and treated
 807               correctly when selecting and computing trees from features
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 811               cross-references are matched to database name regardless
 812               of case
 813             </li>
 814
 815           </ul>
 816           <em>Application</em>
 817           <ul>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 820               names without regular expressions also offer links from
 821               Sequence ID
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 825               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 826               update Jalview configuration
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 830               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 834               files with similarly named sequences if dropped onto the
 835               alignment
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 839               entries where more chains exist in the PDB accession than
 840               are reported in the SIFTS file
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 844               the structure view when displayed with Chimera
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 848               panel's View->Show Chains submenu
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 852               work for wrapped alignment views
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 856               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 860               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 861               first annotation row
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 865               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 869               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 870             </li>
 871             <!-- JAL-2319 -->
 872             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 873             coordindate data
 874             </li>
 875           </ul>
 876           <!--           <em>New Known Issues</em>
 877           <ul>
 878             <li></li>
 879           </ul> -->
 880         </div>
 881       </td>
 882     </tr>
 883     <td width="60" nowrap>
 884       <div align="center">
 885         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 886           <em>25/10/2016</em></strong>
 887       </div>
 888     </td>
 889     <td><em>Application</em>
 890       <ul>
 891         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 892           view if structures already loaded</li>
 893         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 894           structure views</li>
 895       </ul></td>
 896     <td>
 897       <div align="left">
 898         <em>General</em>
 899         <ul>
 900           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 901             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 902           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 903             example sequences/projects/trees</li>
 904         </ul>
 905         <em>Application</em>
 906         <ul>
 907           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 908             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 909           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 910             without timeout for structures with multiple models or
 911             multiple sequences in alignment</li>
 912           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 913             PDB ID HEADER line</li>
 914           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 915             is performed</li>
 916           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 917             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 918           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 919           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 920             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 921             option</li>
 922           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 923             is created on the alignment</li>
 924           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 925             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 926             pop-up menu</li>
 927         </ul>
 928         <em>Build and deployment</em>
 929         <ul>
 930           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 931             tags</li>
 932         </ul>
 933         <em>New Known Issues</em>
 934         <ul>
 935           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 936             on Windows</li>
 937         </ul>
 938       </div>
 939     </td>
 940     </tr>
 941     <tr>
 942       <td width="60" nowrap>
 943         <div align="center">
 944           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 945         </div>
 946       </td>
 947       <td><em>General</em>
 948         <ul>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 954             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 955             better PDB parsing.
 956           </li>
 957           <li>
 958             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 959             reference sequence
 960           </li>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 963             mousing over sequence associated annotation
 964           </li>
 965           <li>
 966             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 967             for manual entry
 968           </li>
 969           <li>
 970             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 971             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 972             for each column
 973           </li>
 974           <li>
 975             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 976             showing or hiding columns containing a feature
 977           </li>
 978           <li>
 979             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 980             group and sequence associated annotation labels
 981           </li>
 982           <li>
 983             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 984             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 985             dialogs
 986           </li>
 987
 988         </ul> <em>Application</em>
 989         <ul>
 990           <li>
 991             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 992             gene/transcript view
 993           </li>
 994           <li>
 995             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 996             dialog
 997           </li>
 998           <li>
 999             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1000             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1001           </li>
1002           <li>
1003             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1004             Pfam sources to xfam.org
1005           </li>
1006           <li>
1007             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1008           </li>
1009           <li>
1010             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1011             over sequences in Jalview
1012           </li>
1013           <li>
1014             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1015             regions in ENA and EMBL
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1019             for record retrieval via ENA rest API
1020           </li>
1021           <li>
1022             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1023             complement operator
1024           </li>
1025           <li>
1026             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1027             groovy script execution
1028           </li>
1029           <li>
1030             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1031             alignment window's Calculate menu
1032           </li>
1033           <li>
1034             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1035             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1036           </li>
1037           <li>
1038             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1039             calculation workers from groovy scripts
1040           </li>
1041           <li>
1042             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1043             Jalview projects
1044           </li>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1047             associations are now saved/restored from project
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1051             before sequence fetcher is opened
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1055             database chooser opens a sequence fetcher
1056           </li>
1057           <li>
1058             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1059             the UniProt REST API
1060           </li>
1061           <li>
1062             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1063             the news reader opening
1064           </li>
1065           <li>
1066             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1067             querying stored in preferences
1068           </li>
1069           <li>
1070             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1071             search results
1072           </li>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1078             menu for nucleotide sequences
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1082             and feature counts preserves alignment ordering (and
1083             debugged for complex feature sets).
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1087             viewing structures with Jalview 2.10
1088           </li>
1089           <li>
1090             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1091             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1092             Ensembl Genomes REST API
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1096             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1097             (Ensembl)
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1101             sequences
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1105             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1106             data from external database records.
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1110             efficient recovery of sequence coding and alignment
1111             annotation relationships.
1112           </li>
1113         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1114         <ul>
1115           <li>
1116             -- JAL---
1117           </li>
1118         </ul> --></td>
1119       <td>
1120         <div align="left">
1121           <em>General</em>
1122           <ul>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1125               menu on OSX
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1129               includes graduated colourschemes
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1133               working with big alignments and lots of hidden columns
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1137               at right of alignment window
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1141               contents
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1145               for DNA alignments
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1149               based tree calculation
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1153               unconserved enabled for group on alignment
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1157               set as reference
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1161               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1162               annotation
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1166               hidden columns present
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1170               user created annotation added to alignment
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1174               '()' base pair annotation
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1178               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1179               Consensus
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1183               feature not working
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1187               beginning of sequence
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1191               entry 3a6s
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1195               from a tree when t-coffee scores are shown
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1199               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1203               some structures
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1207               to Clustal, PIR and PileUp output
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1211               not visible causes alignment window to repaint
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1215               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1216               scores associated with features and annotation rows
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1220               calculation should be case independent
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1224               columns
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1228               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1229               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1233               problems when reference sequence defined and 'show
1234               non-conserved' enabled
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1238               load even when Consensus calculation is disabled
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1242               alignment does nothing
1243             </li>
1244           </ul>
1245           <em>Application</em>
1246           <ul>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1249               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1250               yet fixed for El Capitan)
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1254               output when running on non-gb/us i18n platforms
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1258               hidden sequences as flat-file alignment
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1262               launching Chimera
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1266               (also hotfix for 2.9.0b2)
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1270               reference sequence defined
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1274               alignments and views when revealing hidden columns
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1278               view in a cDNA/Protein splitframe
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1282               sequence from project when only one sequence is
1283               represented
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1287               in Structure Chooser
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1291               structure consensus didn't refresh annotation panel
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1295               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1299               dialogs format columns correctly, don't display array
1300               data, sort columns according to type
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1304               file chooser is cancelled during an image export
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1308               sequence name containing special characters
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1312               case insensitive
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1316               formatting don't wrap
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1320               truncated so L looks like I in consensus annotation
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1324               currently displayed features for the current selection or
1325               view
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1329               after fetching cross-references, and restoring from
1330               project
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1334               followed in the structure viewer
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1338               splitframe not restored from project
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1342               trailing end of protein alignment in transcript/product
1343               splitview when pad-gaps not enabled by default
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1347               is case dependent
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1351               article has been read (reopened issue due to
1352               internationalisation problems)
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1356               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1357               cross-references
1358             </li>
1359
1360             <li>
1361               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1362               alignment as HTML
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1366               multiple structures are shown for one or more sequences.
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1370               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1371               is enabled.
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1375               specific PDB id for sequence
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1379               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1380               columns' is disabled.
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1384               selects lowest rather than highest resolution structures
1385               for each sequence
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1389               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1393               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1397               after clicking on it to create new annotation for a
1398               column.
1399             </li>
1400             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1401             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1402           </ul>
1403           <em>Applet</em>
1404           <ul>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1407               hidden columns present before start of sequence
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1411               (JSON jars)
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1415               sequences are hidden in applet
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1419               deployment on examples pages.
1420             </li>
1421           </ul>
1422         </div>
1423       </td>
1424     </tr>
1425     <tr>
1426       <td width="60" nowrap>
1427         <div align="center">
1428           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1429             <em>16/10/2015</em></strong>
1430         </div>
1431       </td>
1432       <td><em>General</em>
1433         <ul>
1434           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1435             jars</li>
1436         </ul></td>
1437       <td>
1438         <div align="left">
1439           <em>Application</em>
1440           <ul>
1441             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1442               shown when tree is partitioned</li>
1443             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1444               multiple cDNA/Protein split views</li>
1445           </ul>
1446         </div>
1447       </td>
1448     </tr>
1449     <tr>
1450       <td width="60" nowrap>
1451         <div align="center">
1452           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1453             <em>8/10/2015</em></strong>
1454         </div>
1455       </td>
1456       <td><em>General</em>
1457         <ul>
1458           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1459             2.9</li>
1460         </ul> <em>Application</em>
1461         <ul>
1462           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1463           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1464           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1465         </ul> <em>Applet</em>
1466         <ul>
1467           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1468         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1469         <ul>
1470           <li>
1471             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1472             suite
1473           </li>
1474         </ul></td>
1475       <td>
1476         <div align="left">
1477           <em>General</em>
1478           <ul>
1479             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1480               incorrect when sequence start > 1</li>
1481             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1482               documentation</li>
1483             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1484             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1485               loading a features file containing HTML tags in feature
1486               description</li>
1487
1488           </ul>
1489           <em>Application</em>
1490           <ul>
1491             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1492               reimport</li>
1493             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1494               with 'trim retrieved sequences'</li>
1495             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1496               deleting selected columns</li>
1497             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1498               JNLP templates for webstart launch</li>
1499             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1500               unreleased structures for download or viewing</li>
1501             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1502               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1503             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1504               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1505             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1506               recovered from jalview project</li>
1507             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1508               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1509               alignment view</li>
1510             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1511               color schemes from BioJSON</li>
1512           </ul>
1513           <em>Applet</em>
1514           <ul>
1515             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1516               frame</li>
1517             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1518           </ul>
1519         </div>
1520       </td>
1521     </tr>
1522     <tr>
1523       <td><div align="center">
1524           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1525         </div></td>
1526       <td><em>General</em>
1527         <ul>
1528           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1529             alignments:
1530             <ul>
1531               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1532                 and DNA alignment views</li>
1533               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1534                 cDNA alignment views</li>
1535               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1536                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1537               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1538                 protein sequences</li>
1539             </ul>
1540           </li>
1541           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1542           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1543             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1544           <li>New alignment annotation file statements for
1545             reference sequences and marking hidden columns</li>
1546           <li>Reference sequence based alignment shading to
1547             highlight variation</li>
1548           <li>Select or hide columns according to alignment
1549             annotation</li>
1550           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1551           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1552             acid conservation row</li>
1553           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1554         </ul> <em>Application</em>
1555         <ul>
1556           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1557             <ul>
1558               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1559                 view with cDNA/Protein</li>
1560               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1561                 sequences are placed in the same alignment</li>
1562               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1563                 projects</li>
1564             </ul>
1565           </li>
1566
1567           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1568           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1569             Jalview windows</li>
1570
1571           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1572           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1573           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1574             be shown in VARNA</li>
1575
1576           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1577             as the active selected region</li>
1578
1579           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1580             similarity</li>
1581           <li>New Export options
1582             <ul>
1583               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1584                 region export in flat file generation</li>
1585
1586               <li>Export alignment views for display with the <a
1587                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1588
1589               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1590               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1591                 alignment figures to HTML</li>
1592           </li>
1593           <li>3D structure retrieval and display
1594             <ul>
1595               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1596                 Search API</li>
1597               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1598                 PDB structures for a sequence set</li>
1599             </ul>
1600           </li>
1601
1602           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1603             predictions</li>
1604           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1605             for one or a group of sequences</li>
1606           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1607             from the JPred4 web server</li>
1608           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1609             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1610             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1611           </li>
1612           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1613             VARNA 2D Structure'</li>
1614           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1615             Structure ..."</li>
1616
1617         </ul> <em>Applet</em>
1618         <ul>
1619           <li>New layout for applet example pages</li>
1620           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1621             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1622           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1623             Protein alignments</li>
1624         </ul> <em>Development and deployment</em>
1625         <ul>
1626           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1627           <li>Include installation type and git revision in build
1628             properties and console log output</li>
1629           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1630             storing BioJsMSA Templates</li>
1631           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1632         </ul></td>
1633       <td>
1634         <!-- <em>General</em>
1635         <ul>
1636         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1637         <ul>
1638           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1639           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1640           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1641             predictions are not highlighted in amber</li>
1642           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1643             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1644           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1645             associated structure views</li>
1646           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1647             width checkbox not enabled</li>
1648           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1649             creating user defined colours</li>
1650           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1651             mappings for just that viewer's sequences</li>
1652           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1653             multiple models in Chimera</li>
1654           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1655             over Jmol structure</li>
1656           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1657             output to text box</li>
1658           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1659             have incorrect sequence start/end</li>
1660           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1661             Jalview fails</li>
1662           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1663             work for nucleotide</li>
1664           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1665             to a grey/invisible alignment window</li>
1666           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1667             imports to different position</li>
1668           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1669             on some platforms</li>
1670           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1671             populated</li>
1672           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1673             console if Chimera has been opened</li>
1674           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1675           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1676             retrieved</li>
1677           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1678           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1679             either sequence shows on first structure</li>
1680           <li>'Show annotations' options should not make
1681             non-positional annotations visible</li>
1682           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1683             in right place after 'view flanking regions'</li>
1684           <li>File Save As type unset when current file format is
1685             unknown</li>
1686           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1687             projects</li>
1688           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1689             responsive</li>
1690           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1691             several views on same alignment</li>
1692           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1693           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1694             spaces</li>
1695         </ul> <em>Applet</em>
1696         <ul>
1697           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1698           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1699             descriptions containing angle brackets</li>
1700         </ul> <em>General</em>
1701         <ul>
1702           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1703             via jalview annotation file</li>
1704           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1705             with RNA secondary structure</li>
1706           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1707             translation doesn't work.</li>
1708           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1709           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1710             positions</li>
1711           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1712             choosing 1pt font</li>
1713           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1714             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1715             'h'</li>
1716           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1717             new feature</li>
1718           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1719             order dependent</li>
1720           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1721             sequences</li>
1722           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1723         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1724         <ul>
1725           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1726             www.jalview.org</li>
1727         </ul> <em>Application Known issues</em>
1728         <ul>
1729           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1730           <li>Misleading message appears after trying to delete
1731             solid column.</li>
1732           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1733             version launches</li>
1734           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1735             fails with a sequence mismatch</li>
1736           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1737             scrolling alignment to right</li>
1738           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1739             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1740           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1741             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1742           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1743             ultra-high resolution</li>
1744           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1745             quality and conservation</li>
1746           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1747             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1748         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1749         <ul>
1750           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1751           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1752             window is being resized</li>
1753
1754         </ul>
1755       </td>
1756     </tr>
1757     <tr>
1758       <td><div align="center">
1759           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1760         </div></td>
1761       <td><em>General</em>
1762         <ul>
1763           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1764             Certum.PL.</li>
1765           <li>Features and annotation preserved when performing
1766             pairwise alignment</li>
1767           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1768             imported/exported/displayed</li>
1769           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1770             protein secondary structure</li>
1771           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1772               post-hoc with 2.9 release</em>)
1773           </li>
1774
1775         </ul> <em>Application</em>
1776         <ul>
1777           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1778             with 3D structures</li>
1779           <li>Support for parsing RNAML</li>
1780           <li>Annotations menu for layout
1781             <ul>
1782               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1783               <li>place sequence annotation above/below alignment
1784                 annotation</li>
1785             </ul>
1786           <li>Output in Stockholm format</li>
1787           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1788             translation</li>
1789           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1790           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1791             shared between alignments</li>
1792           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1793             Jalview</li>
1794           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1795             all or current selection</li>
1796           <li>disorder and secondary structure predictions
1797             available as dataset annotation</li>
1798           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1799
1800
1801           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1802             alignments from Rfam</li>
1803           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1804
1805           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1806             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1807           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1808           <li>include installation type in build properties and
1809             console log output</li>
1810           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1811             annotation</li>
1812         </ul></td>
1813       <td>
1814         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1815         <ul>
1816           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1817             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1818           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1819             alignment</li>
1820           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1821           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1822           <li>Double click on sequence associated annotation
1823             selects only first column</li>
1824           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1825             leaves shown in tree</li>
1826           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1827             properly</li>
1828           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1829           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1830             screen and buttons not visible</li>
1831           <li>author list isn't updated if already written to
1832             Jalview properties</li>
1833           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1834             from database</li>
1835           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1836           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1837             browser search window</li>
1838           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1839             in feature settings dialog</li>
1840           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1841             desktop</li>
1842           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1843             pass validation</li>
1844           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1845             fit on screen</li>
1846           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1847             tooltip</li>
1848           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1849             defined user preset</li>
1850           <li>MSA web services warns user if they were launched
1851             with invalid input</li>
1852           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1853             Java 8</li>
1854           <li>
1855             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1856             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1857             created
1858           </li>
1859
1860         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1861         <ul>
1862         </ul> <em>General</em>
1863         <ul>
1864         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1865         <ul>
1866           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1867             memory allocation</li>
1868           <li>launchApp service doesn't automatically open
1869             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1870           <li>
1871             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1872             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1873             1.7_055 is available
1874           </li>
1875         </ul> <em>Application Known issues</em>
1876         <ul>
1877           <li>
1878             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1879             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1880             alignment to right
1881           </li>
1882           <li>
1883             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1884             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1885             with large number of ID
1886           </li>
1887           <li>
1888             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1889             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1890             start/end
1891           </li>
1892           <li>
1893             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1894             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1895             structure tracks are rearranged
1896           </li>
1897           <li>
1898             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1899             invalid rna structure positional highlighting does not
1900             highlight position of invalid base pairs
1901           </li>
1902           <li>
1903             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1904             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1905             project from alignment window file menu
1906           </li>
1907           <li>
1908             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1909             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1910             structures
1911           </li>
1912           <li>
1913             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1914             colour by RNA Helices not enabled when user created
1915             annotation added to alignment
1916           </li>
1917           <li>
1918             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1919             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1920           </li>
1921         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1922         <ul>
1923           <li>
1924             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1925             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1926           </li>
1927           <li>
1928             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1929             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1930           </li>
1931
1932           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1933             when selected</li>
1934         </ul>
1935       </td>
1936     </tr>
1937     <tr>
1938       <td><div align="center">
1939           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1940         </div></td>
1941       <td>
1942         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1943         <em>General</em>
1944         <ul>
1945           <li>Internationalisation of user interface (usually
1946             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1947           <li>Define/Undefine group on current selection with
1948             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1949           <li>Improved group creation/removal options in
1950             alignment/sequence Popup menu</li>
1951           <li>Sensible precision for symbol distribution
1952             percentages shown in logo tooltip.</li>
1953           <li>Annotation panel height set according to amount of
1954             annotation when alignment first opened</li>
1955         </ul> <em>Application</em>
1956         <ul>
1957           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1958             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1959           <li>Select columns containing particular features from
1960             Feature Settings dialog</li>
1961           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1962             sequences</li>
1963           <li>Update Jalview project format:
1964             <ul>
1965               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1966               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1967                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1968               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1969                 colouring</li>
1970             </ul>
1971           </li>
1972           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1973             (PAM250)</li>
1974           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1975             flanking regions for an alignment</li>
1976         </ul>
1977       </td>
1978       <td>
1979         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1980         <ul>
1981           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1982             running after job is cancelled</li>
1983           <li>cannot export features from alignments imported from
1984             Jalview/VAMSAS projects</li>
1985           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1986             float values</li>
1987           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1988             have 'display all symbols' flag set</li>
1989           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1990             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1991           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1992             Jalview</li>
1993           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1994             Lion/Webstart</li>
1995           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1996           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1997           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1998             alignment onto desktop</li>
1999           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2000             'extract scores' function</li>
2001           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2002             alignment window</li>
2003           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2004             performing IUPred disorder prediction</li>
2005           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2006             changing 'normalise logo' display setting</li>
2007           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2008             nothing matches query</li>
2009           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2010             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2011           </li>
2012           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2013             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2014           </li>
2015           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2016             Jalview's menu</li>
2017           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2018             'invalid literal/length code'</li>
2019           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2020             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2021           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2022             colourscheme</li>
2023
2024         </ul> <em>Applet</em>
2025         <ul>
2026           <li>Remove group option is shown even when selection is
2027             not a group</li>
2028           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2029             don't affect groups</li>
2030           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2031             colourscheme name</li>
2032           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2033             Annotation panel is not displayed</li>
2034           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2035             embedded windows</li>
2036         </ul> <em>Other</em>
2037         <ul>
2038           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2039             single sequence were not calculated</li>
2040           <li>annotation files that contain only groups imported as
2041             annotation and junk sequences</li>
2042           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2043             recognised as PFAM or BLC</li>
2044           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2045             doesn't affect background (2.8.0b1)
2046           <li></li>
2047           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2048           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2049             trailing gaps</li>
2050           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2051             registered correctly on import</li>
2052           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2053             certain alignments</li>
2054           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2055             existing annotation based 'use original colours'
2056             colourscheme loses original colours setting</li>
2057         </ul>
2058       </td>
2059     </tr>
2060     <tr>
2061       <td><div align="center">
2062           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2063             <em>30/1/2014</em></strong>
2064         </div></td>
2065       <td>
2066         <ul>
2067           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2068             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2069             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2070             open source project).
2071           </li>
2072           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2073           <li>Output in Stockholm format</li>
2074           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2075           <li>Export/import group and sequence associated line
2076             graph thresholds</li>
2077           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2078             ambiguity codes</li>
2079           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2080             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2081             works</li>
2082           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2083         </ul> <em>Other improvements</em>
2084         <ul>
2085           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2086           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2087             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2088           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2089             files</li>
2090           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2091           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2092             link but no description</li>
2093           <li>Select primary source when selecting authority in
2094             database fetcher GUI</li>
2095           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2096             Jalview</li>
2097           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2098         </ul>
2099       </td>
2100       <td>
2101         <ul>
2102           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2103             displayed</li>
2104           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2105             secondary structure annotation line</li>
2106           <li>Sequence database accessions not imported when
2107             fetching alignments from Rfam</li>
2108           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2109             identical IDs</li>
2110           <li>View all structures does not always superpose
2111             structures</li>
2112           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2113             reflect user or preset settings</li>
2114           <li>Null pointer exceptions for some services without
2115             presets or adjustable parameters</li>
2116           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2117             discover PDB xRefs</li>
2118           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2119             features with DAS</li>
2120           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2121             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2122           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2123             residue follows a gap</li>
2124           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2125             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2126           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2127             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2128           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2129             annotation already exists on alignment</li>
2130           <li>oninit javascript function should be called after
2131             initialisation completes</li>
2132           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2133             alignment window display</li>
2134           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2135           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2136             to annotation file</li>
2137           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2138             groups created</li>
2139           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2140             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2141           <li>Pressing return several times causes Number Format
2142             exceptions in keyboard mode</li>
2143           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2144             correct partitions for input data</li>
2145           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2146           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2147           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2148           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2149             mode</li>
2150           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2151             changes one row&#39;s threshold</li>
2152           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2153             doesn&#39;t open</li>
2154           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2155             quality histograms</li>
2156         </ul>
2157       </td>
2158     </tr>
2159     <tr>
2160       <td><div align="center">
2161           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2162         </div></td>
2163       <td><em>Application</em>
2164         <ul>
2165           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2166             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2167           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2168             preferences</li>
2169           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2170             in Jalview alignment window</li>
2171           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2172             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2173           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2174             RNA and ambiguity codes</li>
2175
2176           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2177           <li>Support fetching and database reference look up
2178             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2179             refs')</li>
2180           <li>Jalview project improvements
2181             <ul>
2182               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2183                 flag for annotation</li>
2184               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2185                 alignment</li>
2186               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2187                 Jalview project</li>
2188
2189             </ul>
2190           </li>
2191           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2192           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2193             running</li>
2194           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2195           <li>visual indication that web service results are still
2196             being retrieved from server</li>
2197           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2198             starts up for first time</li>
2199           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2200             services</li>
2201           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2202             client library</li>
2203           <li>Examples directory and Groovy library included in
2204             InstallAnywhere distribution</li>
2205         </ul> <em>Applet</em>
2206         <ul>
2207           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2208             visualization applet example</li>
2209         </ul> <em>General</em>
2210         <ul>
2211           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2212           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2213             defaults</li>
2214           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2215             calculation</li>
2216           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2217             matrices
2218           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2219             in HTML</li>
2220           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2221             structure contacts</li>
2222           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2223           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2224           <li>Parse sequence associated secondary structure
2225             information in Stockholm files</li>
2226           <li>HTML Export database accessions and annotation
2227             information presented in tooltip for sequences</li>
2228           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2229             style RNA alignment files</li>
2230           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2231             alignment</li>
2232           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2233             shade each sequence according to its associated alignment
2234             annotation</li>
2235           <li>New Jalview Logo</li>
2236         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2237         <ul>
2238           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2239           <li>New Website!</li>
2240         </ul></td>
2241       <td><em>Application</em>
2242         <ul>
2243           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2244             wsdbfetch REST service</li>
2245           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2246           <li>Filetype associations not installed for webstart
2247             launch</li>
2248           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2249             job execution in full once it is complete</li>
2250           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2251             uploaded via ali_file parameter</li>
2252           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2253           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2254           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2255             submitted for prediction</li>
2256           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2257             desktop window</li>
2258           <li>Putting fractional value into integer text box in
2259             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2260           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2261             windows 7</li>
2262           <li>View all structures fails with exception shown in
2263             structure view</li>
2264           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2265             escaped in a platform independent way</li>
2266           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2267             using proxy</li>
2268           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2269             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2270           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2271             failure when java web start temporary file caching is
2272             disabled</li>
2273           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2274             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2275           <li>Errors during processing of command line arguments
2276             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2277           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2278             DAS sources in sequence fetcher</li>
2279           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2280             dialog is shown</li>
2281           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2282           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2283           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2284           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2285             on OSX Mountain Lion</li>
2286           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2287             sequences with alignment annotation are pasted into the
2288             alignment</li>
2289           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2290             when loaded from Jalview project</li>
2291           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2292           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2293             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2294           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2295             associated with all views</li>
2296           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2297             annotation rows to new window</li>
2298         </ul> <em>Applet</em>
2299         <ul>
2300           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2301             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2302           <li>loading features via javascript API automatically
2303             enables feature display</li>
2304           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2305             work</li>
2306         </ul> <em>General</em>
2307         <ul>
2308           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2309           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2310             and then deselected</li>
2311           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2312           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2313             coloured with clustalx</li>
2314           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2315             exceptions and redraw errors</li>
2316           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2317             reconfigured view</li>
2318           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2319             colour</li>
2320           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2321             for lots of labels</li>
2322         </ul>
2323     </tr>
2324     <tr>
2325       <td>
2326         <div align="center">
2327           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2328         </div>
2329       </td>
2330       <td><em>Application</em>
2331         <ul>
2332           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2333           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2334           <li>View/alignment association menu to enable user to
2335             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2336             its colours/correspondences from</li>
2337           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2338           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2339             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2340           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2341           <li>Annotation row column label formatting attributes
2342             stored in project file</li>
2343           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2344             rows preserved in Jalview project file</li>
2345           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2346             saved using Desktop window menu</li>
2347           <li>Visual indication that command line arguments are
2348             still being processed</li>
2349           <li>Groovy script execution from URL</li>
2350           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2351             preferences</li>
2352           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2353             alignment with sequences that have high similarity and
2354             matching IDs</li>
2355           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2356           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2357             structures in same window</li>
2358           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2359           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2360             analysis function in its own submenu</li>
2361         </ul> <em>Applet</em>
2362         <ul>
2363           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2364             groups</li>
2365           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2366           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2367           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2368           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2369           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2370             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2371           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2372           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2373             parameters are treated as such</li>
2374           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2375             <ul>
2376               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2377               <li>Javascript callbacks for
2378                 <ul>
2379                   <li>Applet initialisation</li>
2380                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2381                 </ul>
2382               </li>
2383               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2384                 functions</li>
2385               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2386               <li>javascript structure viewer harness to pass
2387                 messages between Jmol and Jalview when running as
2388                 distinct applets</li>
2389               <li>sortBy method</li>
2390               <li>Set of applet and application examples shipped
2391                 with documentation</li>
2392               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2393                 javascript message exchange</li>
2394             </ul>
2395         </ul> <em>General</em>
2396         <ul>
2397           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2398             multiple alignments</li>
2399           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2400           <li>User configurable link to enable redirects to a
2401             www.Jalview.org mirror</li>
2402           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2403           <li>Configurable newline string when writing alignment
2404             and other flat files</li>
2405           <li>Allow alignment annotation description lines to
2406             contain html tags</li>
2407         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2408         <ul>
2409           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2410             examples</li>
2411           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2412             using a web service before displaying the result in the
2413             Jalview desktop</li>
2414           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2415           <li>Ant target to publish example html files with applet
2416             archive</li>
2417           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2418           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2419         </ul></td>
2420       <td><em>Application</em>
2421         <ul>
2422           <li>User defined colourscheme throws exception when
2423             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2424           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2425             dialog for valid filename/format</li>
2426           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2427           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2428             P37173</li>
2429           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2430             which sequence is to be associated with the file</li>
2431           <li>Find All raises null pointer exception when query
2432             only matches sequence IDs</li>
2433           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2434           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2435             2.4 cannot be loaded</li>
2436           <li>Filetype associations not installed for webstart
2437             launch</li>
2438           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2439             with sequences in different alignments do not get coloured
2440             by their associated sequence</li>
2441           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2442             not preserved when project is loaded</li>
2443           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2444             stored in Jalview project</li>
2445           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2446             Jalview project</li>
2447           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2448           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2449             by conservation</li>
2450           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2451             created on new view</li>
2452           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2453             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2454           <li>Alignment quality not updated after alignment
2455             annotation row is hidden then shown</li>
2456           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2457             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2458           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2459             properly</li>
2460           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2461             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2462           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2463           <li>Structures imported from file and saved in project
2464             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2465           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2466             job execution in full once it is complete</li>
2467         </ul> <em>Applet</em>
2468         <ul>
2469           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2470             annotation rows are displayed</li>
2471           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2472             codebase</li>
2473           <li>View follows highlighting does not work for positions
2474             in sequences</li>
2475           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2476           <li>Export features raises exception when no features
2477             exist</li>
2478           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2479             for javascript api is modified when separator string
2480             provided as parameter</li>
2481           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2482             alignment with no existing selection</li>
2483           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2484             to applet&#39;s codebase</li>
2485           <li>Status bar not updated after finished searching and
2486             search wraps around to first result</li>
2487           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2488             several Jalview applets causes race conditions and memory
2489             leaks</li>
2490           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2491             not sent from Jmol in applet</li>
2492           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2493             applet API fatally hang browser</li>
2494         </ul> <em>General</em>
2495         <ul>
2496           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2497             position with wrapped view and hidden regions</li>
2498           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2499             with/without hidden columns</li>
2500           <li>Sequence length given in alignment properties window
2501             is off by 1</li>
2502           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2503             import PDB like structure files</li>
2504           <li>Positional search results are only highlighted
2505             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2506           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2507           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2508             given sequence position</li>
2509           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2510             output</li>
2511           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2512             from nucleotide chains correctly</li>
2513           <li>Structure colours not updated when tree partition
2514             changed in alignment</li>
2515           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2516             parsed in interleaved stockholm</li>
2517           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2518             state</li>
2519           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2520             properly</li>
2521           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2522             properly associated with their pdb files</li>
2523         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2524         <ul>
2525           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2526             ApplyCopyright tool</li>
2527         </ul></td>
2528     </tr>
2529     <tr>
2530       <td>
2531         <div align="center">
2532           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2533         </div>
2534       </td>
2535       <td><em>Application</em>
2536         <ul>
2537           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2538             contact web services</li>
2539           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2540             service job window</li>
2541           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2542         </ul></td>
2543       <td>
2544         <ul>
2545           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2546             pir file emitted by Jalview</li>
2547           <li>Existing feature settings transferred to new
2548             alignment view created from cut'n'paste</li>
2549           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2550             parsing PDB files</li>
2551           <li>Consensus and conservation annotation rows
2552             occasionally become blank for all new windows</li>
2553           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2554             in wrapped view mode</li>
2555         </ul> <em>Application</em>
2556         <ul>
2557           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2558             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2559           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2560             parameter names</li>
2561           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2562             is down</li>
2563         </ul>
2564       </td>
2565     </tr>
2566     <tr>
2567       <td>
2568         <div align="center">
2569           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2570         </div>
2571       </td>
2572       <td><em>Application</em>
2573         <ul>
2574           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2575             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2576             (JABAWS)
2577           </li>
2578           <li>Web Services preference tab</li>
2579           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2580             preferences</li>
2581           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2582           <li>Superpose structures using associated sequence
2583             alignment</li>
2584           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2585             viewer</li>
2586         </ul> <em>Applet</em>
2587         <ul>
2588           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2589             link out mechanism</li>
2590         </ul> <em>Other</em>
2591         <ul>
2592           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2593             series 12</li>
2594           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2595             require Java 1.5</li>
2596           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2597             sequence annotation files</li>
2598           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2599             type colour specification</li>
2600           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2601             script to check if it being run in an interactive session or
2602             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2603         </ul></td>
2604       <td>
2605         <ul>
2606           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2607             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2608         </ul> <em>Application</em>
2609         <ul>
2610           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2611             selected Regions menu item</li>
2612           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2613             part of a valid accession ID</li>
2614           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2615             runs out of memory</li>
2616           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2617             analysis results</li>
2618           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2619             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2620           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2621         </ul> <em>Applet</em>
2622         <ul>
2623           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2624             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2625             defined.</li>
2626         </ul>
2627       </td>
2628     </tr>
2629     <tr>
2630       <td>
2631         <div align="center">
2632           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2633         </div>
2634       </td>
2635       <td></td>
2636       <td>
2637         <ul>
2638           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2639             sequence IDs</li>
2640           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2641             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2642           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2643             import correctly</li>
2644           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2645             number of columns are hidden</li>
2646           <li>annotation label popup menu not providing correct
2647             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2648             present</li>
2649           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2650             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2651           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2652             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2653
2654         </ul> <em>Applet</em>
2655         <ul>
2656           <li>annotation panel disappears when annotation is
2657             hidden/removed</li>
2658         </ul> <em>Application</em>
2659         <ul>
2660           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2661             alignment opened where annotation panel is visible but no
2662             annotations are present on alignment</li>
2663           <li>pasted region containing hidden columns is
2664             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2665           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2666             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2667           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2668             selected Rregions menu item.</li>
2669           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2670             'Un' or 'Non'conserved</li>
2671           <li>Sequence feature settings are being shared by
2672             multiple distinct alignments</li>
2673           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2674             changed</li>
2675           <li>double click on group annotation to select sequences
2676             does not propagate to associated trees</li>
2677           <li>Mac OSX specific issues:
2678             <ul>
2679               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2680                 window background</li>
2681               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2682                 name set correctly</li>
2683               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2684                 save feature colourscheme button</li>
2685             </ul>
2686           </li>
2687         </ul>
2688       </td>
2689     </tr>
2690     <tr>
2691
2692       <td>
2693         <div align="center">
2694           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2695         </div>
2696       </td>
2697       <td><em>New Capabilities</em>
2698         <ul>
2699           <li>URL links generated from description line for
2700             regular-expression based URL links (applet and application)
2701
2702           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2703             menu</li>
2704           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2705             structures</li>
2706           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2707             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2708           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2709             average score or total feature count for each sequence.</li>
2710           <li>Shading features by score or associated description</li>
2711           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2712             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2713           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2714             hide everything but the currently selected region.</li>
2715           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2716         </ul> <em>Application</em>
2717         <ul>
2718           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2719             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2720           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2721             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2722           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2723             database references and protein_name is parsed as
2724             description line (BioSapiens terms).</li>
2725           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2726             references in sequence ID tooltip from View menu in
2727             application.</li>
2728           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2729       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2730           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2731             conservation plots</li>
2732           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2733             and visualized as sequence logos</li>
2734           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2735             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2736           </li>
2737           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2738             when a new tree is opened.</li>
2739           <li>Jalview Java Console</li>
2740           <li>Better placement of desktop window when moving
2741             between different screens.</li>
2742           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2743             consensus annotation</li>
2744           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2745             Workflows</li>
2746           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2747             <ul>
2748               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2749                 used to preserve views, structures, and tree display
2750                 settings)</li>
2751               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2752                 command line</li>
2753               <li>Sharing of selected regions between views and
2754                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2755               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2756             </ul></li>
2757         </ul> <em>Applet</em>
2758         <ul>
2759           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2760           <li>New Parameters
2761             <ul>
2762               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2763                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2764                 opened.</li>
2765               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2766                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2767               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2768                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2769               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2770                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2771                 view</li>
2772               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2773                 increase the height or width of a cell in the alignment
2774                 grid relative to the current font size.</li>
2775             </ul>
2776           </li>
2777           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2778             tooltip</li>
2779         </ul> <em>Other</em>
2780         <ul>
2781           <li>Features format: graduated colour definitions and
2782             specification of feature scores</li>
2783           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2784             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2785             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2786           <li>XML formats extended to support graduated feature
2787             colourschemes, group associated annotation, and profile
2788             visualization settings.</li></td>
2789       <td>
2790         <ul>
2791           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2792             rather than description</li>
2793           <li>Non-positional features are now included in sequence
2794             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2795             visibility in tooltip).</li>
2796           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2797           <li>Added URL embedding instructions to features file
2798             documentation.</li>
2799           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2800             'X' in peptide product</li>
2801           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2802             sequence ID and sequence string and query strings do not
2803             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2804           <li>AMSA files only contain first column of
2805             multi-character column annotation labels</li>
2806           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2807             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2808             exported and re-imported)</li>
2809           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2810             name</li>
2811           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2812             as subsequence matches, and correctly reports total number
2813             of both.</li>
2814           <li>Application:
2815             <ul>
2816               <li>Better handling of exceptions during sequence
2817                 retrieval</li>
2818               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2819                 link text excludes the start_end suffix</li>
2820               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2821                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2822               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2823               <li>Sequence description lines properly shared via
2824                 VAMSAS</li>
2825               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2826                 data sources</li>
2827               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2828                 completes before alignment figures are generated.</li>
2829               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2830                 first time.</li>
2831               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2832                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2833               <li>User defined group colours properly recovered
2834                 from Jalview projects.</li>
2835             </ul>
2836           </li>
2837         </ul>
2838       </td>
2839
2840     </tr>
2841     <tr>
2842       <td>
2843         <div align="center">
2844           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2845         </div>
2846       </td>
2847       <td>
2848         <ul>
2849           <li>Experimental support for google analytics usage
2850             tracking.</li>
2851           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2852         </ul>
2853       </td>
2854       <td>
2855         <ul>
2856           <li>Race condition in applet preventing startup in
2857             jre1.6.0u12+.</li>
2858           <li>Exception when feature created from selection beyond
2859             length of sequence.</li>
2860           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2861           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2862             all sequences with a given id</li>
2863           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2864             ID string searches</li>
2865           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2866             alignment to fail with exception</li>
2867         </ul> <em>Application Issues</em>
2868         <ul>
2869           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2870           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2871             data sources</li>
2872         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2873         <ul>
2874           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2875             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2876           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2877             version (java class versioning error fixed)</li>
2878         </ul>
2879       </td>
2880     </tr>
2881     <tr>
2882       <td>
2883
2884         <div align="center">
2885           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2886         </div>
2887       </td>
2888       <td><em>User Interface</em>
2889         <ul>
2890           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2891             translation and protein products</li>
2892           <li>Linked highlighting of structure associated with
2893             residue mapping to codon position</li>
2894           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2895             and 'clear' button</li>
2896           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2897             Tools menu</li>
2898           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2899             numeric data in description line</li>
2900           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2901           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2902             of sequence</li>
2903         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2904         <ul>
2905           <li>JPred3 web service</li>
2906           <li>Prototype sequence search client (no public services
2907             available yet)</li>
2908           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2909             PFAM</li>
2910           <li>URL Links created for matching database cross
2911             references as well as sequence ID</li>
2912           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2913         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2914         <ul>
2915           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2916             databases</li>
2917           <li>Generalised database reference retrieval and
2918             validation to all fetchable databases</li>
2919           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2920             sequence command</li>
2921         </ul> <em>Import and Export</em>
2922         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2923         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2924           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2925         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2926           File</li>
2927         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2928           triplet as name of colourscheme</li>
2929         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2930         <ul>
2931           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2932           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2933             alignments (experimental)</li>
2934           <li>Create new or select existing session to join</li>
2935           <li>load and save of vamsas documents</li>
2936         </ul> <em>Application command line</em>
2937         <ul>
2938           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2939             from applet)</li>
2940           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2941             of DAS servers to query for alignment features</li>
2942           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2943             that are also automatically queried for features</li>
2944           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2945             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2946         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2947         <ul>
2948           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2949             application (when using &quot;View in full
2950             application&quot;)</li>
2951         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2952         <ul>
2953           <li>feature group display control parameter</li>
2954           <li>debug parameter</li>
2955           <li>showbutton parameter</li>
2956         </ul> <em>Applet API methods</em>
2957         <ul>
2958           <li>newView public method</li>
2959           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2960           <li>Feature display control methods</li>
2961           <li>get list of currently selected sequences</li>
2962         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2963         <ul>
2964           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2965           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2966             Jalview release.</li>
2967           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2968             property controls execution of obfuscator</li>
2969           <li>Build target for generating source distribution</li>
2970           <li>Debug flag for javacc</li>
2971           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2972             jalview.bin.Cache</li>
2973           <li>Continuous Build Integration for stable and
2974             development version of Application, Applet and source
2975             distribution</li>
2976         </ul></td>
2977       <td>
2978         <ul>
2979           <li>selected region output includes visible annotations
2980             (for certain formats)</li>
2981           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2982             for editing</li>
2983           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2984           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2985           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2986           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2987             comments</li>
2988           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2989             filenames containing a ':'</li>
2990           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2991             global sequence features</li>
2992           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2993             references from alignment sequences goes to zero</li>
2994           <li>Close of tree branch colour box without colour
2995             selection causes cascading exceptions</li>
2996           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2997           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2998             file parsing fails.</li>
2999           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3000           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3001             not a valid output format</li>
3002           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3003             vamsas</li>
3004           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3005           <li>error messages passed up and output when data read
3006             fails</li>
3007           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3008             sequence is edited</li>
3009           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3010             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3011           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3012             filetype</li>
3013           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3014             import fixed for PFAM records</li>
3015           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3016             window list</li>
3017           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3018             can be read and written correctly to annotation file</li>
3019           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3020             correctly</li>
3021           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3022             non-italic font for representatives in Applet</li>
3023           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3024             Macs.</li>
3025           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3026             Applet)</li>
3027           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3028             due to null pointer exceptions</li>
3029           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3030             first column of alignment</li>
3031           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3032             July 2008</li>
3033           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3034             file is case-insensitive</li>
3035           <li>Sequence features read from Features file appended to
3036             all sequences with matching IDs</li>
3037           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3038             containing a sub-sequence</li>
3039           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3040           <li>feature and annotation file applet parameters
3041             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3042           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3043           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3044             splash-screen version check to complete</li>
3045           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3046             when passing them to the launchApp service</li>
3047           <li>display name and local features preserved in results
3048             retrieved from web service</li>
3049           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3050             sequence fetcher initialisation</li>
3051           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3052             dasobert DAS client</li>
3053           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3054             association</li>
3055           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3056             sequences
3057           </li>
3058         </ul>
3059       </td>
3060     </tr>
3061     <tr>
3062       <td>
3063         <div align="center">
3064           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3065         </div>
3066       </td>
3067       <td>
3068         <ul>
3069           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3070           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3071           <li>Slide sequences</li>
3072           <li>Edit sequence in place</li>
3073           <li>EMBL CDS features</li>
3074           <li>DAS Feature mapping</li>
3075           <li>Feature ordering</li>
3076           <li>Alignment Properties</li>
3077           <li>Annotation Scores</li>
3078           <li>Sort by scores</li>
3079           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3080         </ul>
3081       </td>
3082       <td>
3083         <ul>
3084           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3085           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3086           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3087           <li>Feature group display state in XML</li>
3088           <li>Feature ordering in XML</li>
3089           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3090           <li>Stockholm alignment properties</li>
3091           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3092           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3093           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3094           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3095         </ul>
3096       </td>
3097
3098     </tr>
3099     <tr>
3100       <td>
3101         <div align="center">
3102           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3103         </div>
3104       </td>
3105       <td>
3106         <ul>
3107           <li>Non standard characters can be read and displayed
3108           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3109             applet via textbox
3110           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3111             name &amp; description
3112           <li>Preference setting to display sequence name in
3113             italics
3114           <li>Annotation file format extended to allow
3115             Sequence_groups to be defined
3116           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3117             specified in preferences
3118           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3119             sequences
3120         </ul>
3121       </td>
3122       <td>
3123         <ul>
3124           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3125             installed
3126           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3127           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3128         </ul>
3129       </td>
3130     </tr>
3131     <tr>
3132       <td>
3133         <div align="center">
3134           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3135         </div>
3136       </td>
3137       <td>
3138         <ul>
3139           <li>Multiple views on alignment
3140           <li>Sequence feature editing
3141           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3142           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3143           <li>Background dependent text colour
3144           <li>Right align sequence ids
3145           <li>User-defined lower case residue colours
3146           <li>Format Menu
3147           <li>Select Menu
3148           <li>Menu item accelerator keys
3149           <li>Control-V pastes to current alignment
3150           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3151           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3152           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3153
3154           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3155         </ul>
3156       </td>
3157       <td>
3158         <ul>
3159           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3160           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3161             calculations
3162           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3163             edits
3164           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3165             of alignment)
3166           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3167
3168           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3169             display correctly
3170           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3171           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3172             analysis results
3173           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3174             &#8739;
3175           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3176           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3177           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3178
3179         </ul>
3180       </td>
3181     </tr>
3182     <tr>
3183       <td>
3184         <div align="center">
3185           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3186         </div>
3187       </td>
3188       <td>
3189         <ul>
3190           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3191         </ul>
3192       </td>
3193       <td>
3194         <ul>
3195           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3196             sequence id panel has been resized</li>
3197           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3198             rendered</li>
3199           <li>Annotation files with sequence references - all
3200             elements in file are relative to sequence position</li>
3201           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3202         </ul>
3203       </td>
3204     </tr>
3205     <tr>
3206       <td>
3207         <div align="center">
3208           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3209         </div>
3210       </td>
3211       <td>
3212         <ul>
3213           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3214           <li>DAS Feature fetching</li>
3215           <li>Hide sequences and columns</li>
3216           <li>Export Annotations and Features</li>
3217           <li>GFF file reading / writing</li>
3218           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3219             files</li>
3220           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3221           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3222           <li>Applet can launch the full application</li>
3223           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3224             required)</li>
3225           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3226           <li>Applet can load sequences from parameter
3227             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3228           </li>
3229         </ul>
3230       </td>
3231       <td>
3232         <ul>
3233           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3234           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3235           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3236         </ul>
3237       </td>
3238     </tr>
3239     <tr>
3240       <td>
3241         <div align="center">
3242           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3243         </div>
3244       </td>
3245       <td>
3246         <ul>
3247           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3248           <li>Choose to match case when searching</li>
3249           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3250             expand the visible width and height of the alignment</li>
3251         </ul>
3252       </td>
3253       <td>
3254         <ul>
3255           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3256         </ul>
3257       </td>
3258     </tr>
3259     <tr>
3260       <td>
3261         <div align="center">
3262           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3263         </div>
3264       </td>
3265       <td>&nbsp;</td>
3266       <td>
3267         <ul>
3268           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3269           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3270             value</li>
3271         </ul>
3272       </td>
3273     </tr>
3274     <tr>
3275       <td>
3276         <div align="center">
3277           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3278         </div>
3279       </td>
3280       <td>
3281         <ul>
3282           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3283           <li>Keyboard editing</li>
3284           <li>Create sequence features from searches</li>
3285           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3286             alignments</li>
3287           <li>Features file allows grouping of features</li>
3288           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3289           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3290           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3291         </ul>
3292       </td>
3293       <td>
3294         <ul>
3295           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3296           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3297             descriptions saved.</li>
3298         </ul>
3299       </td>
3300     </tr>
3301     <tr>
3302       <td>
3303         <div align="center">
3304           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3305         </div>
3306       </td>
3307       <td>
3308         <ul>
3309           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3310           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3311           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3312             name for file output</li>
3313           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3314           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3315             used for HTML form input</li>
3316         </ul>
3317       </td>
3318       <td>
3319         <ul>
3320           <li>HTML output writes groups and features</li>
3321           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3322           <li>File IO bugs</li>
3323         </ul>
3324       </td>
3325     </tr>
3326     <tr>
3327       <td>
3328         <div align="center">
3329           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3330         </div>
3331       </td>
3332       <td>
3333         <ul>
3334           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3335           <li>More options for PCA viewer</li>
3336         </ul>
3337       </td>
3338       <td>
3339         <ul>
3340           <li>GUI bugs resolved</li>
3341           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3342         </ul>
3343       </td>
3344     </tr>
3345     <tr>
3346       <td height="63">
3347         <div align="center">
3348           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3349         </div>
3350       </td>
3351       <td>
3352         <ul>
3353           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3354           <li>Jar files are executable</li>
3355           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3356         </ul>
3357       </td>
3358       <td>
3359         <ul>
3360           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3361           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3362           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3363         </ul>
3364       </td>
3365     </tr>
3366     <tr>
3367       <td>
3368         <div align="center">
3369           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3370         </div>
3371       </td>
3372       <td>
3373         <ul>
3374           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3375         </ul>
3376       </td>
3377       <td>
3378         <ul>
3379           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382     </tr>
3383     <tr>
3384       <td>
3385         <div align="center">
3386           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3387         </div>
3388       </td>
3389       <td>
3390         <ul>
3391           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3392             size</li>
3393         </ul>
3394       </td>
3395       <td>
3396         <ul>
3397           <li>Improved JPred client reliability</li>
3398           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3399         </ul>
3400       </td>
3401     </tr>
3402     <tr>
3403       <td>
3404         <div align="center">
3405           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3406         </div>
3407       </td>
3408       <td>
3409         <ul>
3410           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3411           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3412           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3413             to Colour Menu</li>
3414           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3415           <li>Unix users can set default web browser</li>
3416           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3417           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3418         </ul>
3419       </td>
3420       <td>
3421         <ul>
3422           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3423         </ul>
3424       </td>
3425     </tr>
3426     <tr>
3427       <td>
3428         <div align="center">
3429           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3430         </div>
3431       </td>
3432       <td>&nbsp;</td>
3433       <td>
3434         <ul>
3435           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3436             alignment order.</li>
3437         </ul>
3438       </td>
3439     </tr>
3440     <tr>
3441       <td>
3442         <div align="center">
3443           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3444         </div>
3445       </td>
3446       <td>
3447         <ul>
3448           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3449           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3450           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3451             annotations.</li>
3452           <li>Version and build date written to build properties
3453             file.</li>
3454           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3455             at launch of Jalview.</li>
3456         </ul>
3457       </td>
3458       <td>
3459         <ul>
3460           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3461           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3462           <li>Can remove groups one by one.</li>
3463           <li>Filechooser icons installed.</li>
3464           <li>Finder ignores return character when searching.
3465             Return key will initiate a search.<br>
3466           </li>
3467         </ul>
3468       </td>
3469     </tr>
3470     <tr>
3471       <td>
3472         <div align="center">
3473           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3474         </div>
3475       </td>
3476       <td>
3477         <ul>
3478           <li>New codebase</li>
3479         </ul>
3480       </td>
3481       <td>&nbsp;</td>
3482     </tr>
3483   </table>
3484   <p>&nbsp;</p>
3485 </body>
3486 </html>