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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>Calculations</em>
  78           <ul>
  79
  80             <li>
  81               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
  82               ungapped positions in each column of the alignment.
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
  86               a calculation dialog box
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
  90               and memory efficiency (~30x faster)
  91             </li>
  92             <li>
  93               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
  94               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
  95               and other calculations
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
  99               files within the Jalview codebase
 100             </li>
 101             <li>
 102               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 103               Similarity may have different topology due to increased
 104               precision
 105             </li>
 106           </ul>
 107           <em>Rendering</em>
 108           <ul>
 109             <li>
 110               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 111               model for alignments and groups
 112             </li>
 113             <li>
 114               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 115               scripts
 116             </li>
 117           </ul>
 118           <em>Overview</em>
 119           <ul>
 120             <li>
 121               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 122               with alignment and overview windows
 123             </li>
 124             <li>
 125               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 126               via Overview or sequence motif search operations
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 130               overview
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 134               omitted in Overview
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 138               adjustment of visible position
 139             </li>
 140           </ul>
 141
 142           <em>Data import/export</em>
 143           <ul>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 146               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 150               annotation input/output via stockholm flatfile
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 154               extension when importing structure files without embedded
 155               names or PDB accessions
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 159               format sequence substitution matrices
 160             </li>
 161           </ul>
 162           <em>User Interface</em>
 163           <ul>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 166               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 167               the application.
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 171               opened by double clicking gaps within sequence feature
 172               extent
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 176               aligned positions were available to create a 3D structure
 177               superposition.
 178             </li>
 179           </ul>
 180           <em>3D Structure</em>
 181           <ul>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 184               file-based command exchange
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 188               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 189               structures are already available for sequences
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 193               the Jalview project rather than downloaded again when the
 194               project is reopened.
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 198               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 199               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 200                 Feauture</strong>)
 201             </li>
 202           </ul>
 203           <em>Web Services</em>
 204           <ul>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and nucleotides when submitting to AACon and other MSA Analysis services
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 213               cross-references provided by identifiers.org and the
 214               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 215             </li>
 216           </ul>
 217
 218           <em>Scripting</em>
 219           <ul>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 222               identifying file formats (instead of String constants)
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 226               efficiency when counting all displayed features (not
 227               backwards compatible with 2.10.1)
 228             </li>
 229           </ul>
 230           <em>Example files</em>
 231           <ul>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 234               included in the example feature file
 235             </li>
 236           </ul>
 237           <em>Documentation</em>
 238           <ul>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 241               with the built-in Java help viewer
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 245               sequence description' option
 246             </li>
 247           </ul>
 248           <em>Test Suite</em>
 249           <ul>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 252               Uniprot REST Free Text Search Client
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 259               during tests
 260             </li>
 261           </ul>
 262         </div></td>
 263       <td><div align="left">
 264           <em>Calculations</em>
 265           <ul>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 268               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 269               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 273               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 274               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 275               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 276               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 277               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 278               Jalview's PCAs were different to those produced by
 279               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 280               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 281               behaviour<br />
 282               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 283               2.10.1 mode<br />
 284               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 285               restore 2.10.2 mode
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 289               scaling of branch lengths for trees computed using
 290               Sequence Feature Similarity.
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 294               generating output report when working with highly
 295               redundant alignments
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 299               right of selected region when gaps present on right-hand
 300               boundary
 301             </li>
 302           </ul>
 303           <em>User Interface</em>
 304           <ul>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 307               doesn't reselect a specific sequence's associated
 308               annotation after it was used for colouring a view
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 312               opened on a region of alignment without groups
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 316               of an alignment with overlapping groups
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 320               name and description match
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 324               hidden regions results in incorrect hidden regions
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 328               changing colour does not apply Conservation slider value
 329               to all groups
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 333               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 337               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 341               gaps before start of features
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 345               restored to UI when feature colour is edited
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 349               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 353               as graduate feature colour settings are modified via the
 354               dialog box
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 358               when a group defined on the alignment is resized
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 362               wrapped view result in positional status updates
 363             </li>
 364
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 367               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 371               alignment included gapped columns
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 375               widgets don't permanently disappear
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 379               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 380               T-Coffee column reliability scores)
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 384               sequence feature on gaps only
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 388               button from a Find inherit previously defined feature type
 389               rather than the Find query string
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 393               exporting tree calculated in Jalview
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 397               and then revealing them reorders sequences on the
 398               alignment
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 402               doesn't update to reflect available set of groups after
 403               interactively adding or modifying features
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 407               Linux
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 411               only excluded gaps in current sequence and ignored
 412               selection.
 413             </li>
 414           </ul>
 415           <em>Rendering</em>
 416           <ul>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 419               coloured in linked structure views
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 423               erratically when hidden rows or columns are present
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 427               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 428               sequence colouring
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 432               colour and group colour menu for protein alignments
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 436               reflect currently selected view or group's shading
 437               thresholds
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 441               when rendered on overview and structures when opacity at
 442               100%
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 446               overview when features overlaid on alignment
 447             </li>
 448           </ul>
 449           <em>Data import/export</em>
 450           <ul>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 453               load
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 457               added after a sequence was imported are not written to
 458               Stockholm File
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 462               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 466               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 470               with lightGray or darkGray via features file (but can
 471               specify lightgray)
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 475               when alignment view imported from project
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 479               structure and sequences extracted from structure files
 480               imported via URL and viewed in Jmol
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 484               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 485               the project is loaded and the structure viewed
 486             </li>
 487           </ul>
 488           <em>Web Services</em>
 489           <ul>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 492               release of Ensembl v.88
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 496               appear enabled in Preferences->Connections
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 500               removed from console output
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 504               Ensembl by Peptide ID
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 508               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 509               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 510               due to 'null' string rather than empty string used for
 511               residues with no corresponding PDB mapping).
 512             </li>
 513           </ul>
 514           <em>Application UI</em>
 515           <ul>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 518               menu
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 522               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 523               new documentation and tooltips added)
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 527               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 531               new features are added to alignment
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 535               changes to feature colours via the Amend features dialog
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 539               edit graduated feature colour via amend features dialog
 540               box
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 544               selection menu changes colours of alignment views
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 548               from alignment calculation workers after alignment has
 549               been closed
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 553               groups now 'Create Group'
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 557               Create/Undefine group doesn't always work
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 561               shown again after pressing 'Cancel'
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 565               adjusts start position in wrap mode
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 569               ambiguous amino acids
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 573               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 574               proteins
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 578               Defined' don't appear in Colours menu
 579             </li>
 580           </ul>
 581           <em>Applet</em>
 582           <ul>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 585               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 589               overview or linked structure view
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 593               work (since 2.8)
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 597               user-defined colourscheme doesn't restore original
 598               colourscheme
 599             </li>
 600           </ul>
 601           <em>Test Suite</em>
 602           <ul>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 605               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 609               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 610               problems with deep array comparison equality asserts in
 611               successive versions of TestNG
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 615               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 616             </li>
 617           </ul>
 618           <em>New Known Issues</em>
 619           <ul>
 620             <li>
 621               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 622               phase after a sequence motif find operation
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 626               containing just upper and lower case letters are
 627               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 631               ortholog database
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 635               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 636               to mark columns containing highlighted regions.
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 640               doesn't always add secondary structure annotation.
 641             </li>
 642           </ul>
 643         </div><tr>
 644       <td width="60" nowrap>
 645         <div align="center">
 646           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 647         </div>
 648       </td>
 649       <td><div align="left">
 650           <em>General</em>
 651           <ul>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 654               for all consensus calculations
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 658               3rd Oct 2016)
 659             </li>
 660             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 661               for 2016-2017</li>
 662           </ul>
 663           <em>Application</em>
 664           <ul>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 667               set of database cross-references, sorted alphabetically
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 671               from database cross references. Users with custom links
 672               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 673                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 677               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 678               Chimera session
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 682               the Chimera it is connected to is shut down
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 686               columns menu item to mark columns containing highlighted
 687               regions (e.g. from structure selections or results of a
 688               Find operation)
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 692               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 693               MSAviewer
 694             </li>
 695           </ul>
 696         </div></td>
 697       <td>
 698         <div align="left">
 699           <em>General</em>
 700           <ul>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 703               are not coloured or thresholded according to percent
 704               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 708               hydrophobic
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 712               threshold, amino acid properties)
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 716               reported as mapped to residues in a structure file in the
 717               View Mapping report
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 721               could be added multiple times to a sequence
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 725               bond features shown as two highlighted residues rather
 726               than a range in linked structure views, and treated
 727               correctly when selecting and computing trees from features
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 731               cross-references are matched to database name regardless
 732               of case
 733             </li>
 734
 735           </ul>
 736           <em>Application</em>
 737           <ul>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 740               names without regular expressions also offer links from
 741               Sequence ID
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 745               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 746               update Jalview configuration
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 750               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 754               files with similarly named sequences if dropped onto the
 755               alignment
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 759               entries where more chains exist in the PDB accession than
 760               are reported in the SIFTS file
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 764               the structure view when displayed with Chimera
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 768               panel's View->Show Chains submenu
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 772               work for wrapped alignment views
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 776               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 780               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 781               first annotation row
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 785               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 789               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 790             </li>
 791             <!-- JAL-2319 -->
 792             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 793             coordindate data
 794             </li>
 795           </ul>
 796           <!--           <em>New Known Issues</em>
 797           <ul>
 798             <li></li>
 799           </ul> -->
 800         </div>
 801       </td>
 802     </tr>
 803     <td width="60" nowrap>
 804       <div align="center">
 805         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 806           <em>25/10/2016</em></strong>
 807       </div>
 808     </td>
 809     <td><em>Application</em>
 810       <ul>
 811         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 812           view if structures already loaded</li>
 813         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 814           structure views</li>
 815       </ul></td>
 816     <td>
 817       <div align="left">
 818         <em>General</em>
 819         <ul>
 820           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 821             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 822           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 823             example sequences/projects/trees</li>
 824         </ul>
 825         <em>Application</em>
 826         <ul>
 827           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 828             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 829           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 830             without timeout for structures with multiple models or
 831             multiple sequences in alignment</li>
 832           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 833             PDB ID HEADER line</li>
 834           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 835             is performed</li>
 836           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 837             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 838           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 839           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 840             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 841             option</li>
 842           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 843             is created on the alignment</li>
 844           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 845             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 846             pop-up menu</li>
 847         </ul>
 848         <em>Build and deployment</em>
 849         <ul>
 850           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 851             tags</li>
 852         </ul>
 853         <em>New Known Issues</em>
 854         <ul>
 855           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 856             on Windows</li>
 857         </ul>
 858       </div>
 859     </td>
 860     </tr>
 861     <tr>
 862       <td width="60" nowrap>
 863         <div align="center">
 864           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 865         </div>
 866       </td>
 867       <td><em>General</em>
 868         <ul>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 871           </li>
 872           <li>
 873             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 874             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 875             better PDB parsing.
 876           </li>
 877           <li>
 878             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 879             reference sequence
 880           </li>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 883             mousing over sequence associated annotation
 884           </li>
 885           <li>
 886             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 887             for manual entry
 888           </li>
 889           <li>
 890             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 891             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 892             for each column
 893           </li>
 894           <li>
 895             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 896             showing or hiding columns containing a feature
 897           </li>
 898           <li>
 899             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 900             group and sequence associated annotation labels
 901           </li>
 902           <li>
 903             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 904             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 905             dialogs
 906           </li>
 907
 908         </ul> <em>Application</em>
 909         <ul>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 912             gene/transcript view
 913           </li>
 914           <li>
 915             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 916             dialog
 917           </li>
 918           <li>
 919             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 920             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 921           </li>
 922           <li>
 923             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 924             Pfam sources to xfam.org
 925           </li>
 926           <li>
 927             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 931             over sequences in Jalview
 932           </li>
 933           <li>
 934             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 935             regions in ENA and EMBL
 936           </li>
 937           <li>
 938             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 939             for record retrieval via ENA rest API
 940           </li>
 941           <li>
 942             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 943             complement operator
 944           </li>
 945           <li>
 946             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 947             groovy script execution
 948           </li>
 949           <li>
 950             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 951             alignment window's Calculate menu
 952           </li>
 953           <li>
 954             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 955             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 956           </li>
 957           <li>
 958             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 959             calculation workers from groovy scripts
 960           </li>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 963             Jalview projects
 964           </li>
 965           <li>
 966             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 967             associations are now saved/restored from project
 968           </li>
 969           <li>
 970             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 971             before sequence fetcher is opened
 972           </li>
 973           <li>
 974             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 975             database chooser opens a sequence fetcher
 976           </li>
 977           <li>
 978             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 979             the UniProt REST API
 980           </li>
 981           <li>
 982             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 983             the news reader opening
 984           </li>
 985           <li>
 986             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 987             querying stored in preferences
 988           </li>
 989           <li>
 990             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 991             search results
 992           </li>
 993           <li>
 994             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 998             menu for nucleotide sequences
 999           </li>
1000           <li>
1001             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1002             and feature counts preserves alignment ordering (and
1003             debugged for complex feature sets).
1004           </li>
1005           <li>
1006             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1007             viewing structures with Jalview 2.10
1008           </li>
1009           <li>
1010             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1011             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1012             Ensembl Genomes REST API
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1016             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1017             (Ensembl)
1018           </li>
1019           <li>
1020             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1021             sequences
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1025             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1026             data from external database records.
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1030             efficient recovery of sequence coding and alignment
1031             annotation relationships.
1032           </li>
1033         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1034         <ul>
1035           <li>
1036             -- JAL---
1037           </li>
1038         </ul> --></td>
1039       <td>
1040         <div align="left">
1041           <em>General</em>
1042           <ul>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1045               menu on OSX
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1049               includes graduated colourschemes
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1053               working with big alignments and lots of hidden columns
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1057               at right of alignment window
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1061               contents
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1065               for DNA alignments
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1069               based tree calculation
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1073               unconserved enabled for group on alignment
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1077               set as reference
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1081               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1082               annotation
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1086               hidden columns present
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1090               user created annotation added to alignment
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1094               '()' base pair annotation
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1098               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1099               Consensus
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1103               feature not working
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1107               beginning of sequence
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1111               entry 3a6s
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1115               from a tree when t-coffee scores are shown
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1119               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1123               some structures
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1127               to Clustal, PIR and PileUp output
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1131               not visible causes alignment window to repaint
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1135               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1136               scores associated with features and annotation rows
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1140               calculation should be case independent
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1144               columns
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1148               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1149               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1153               problems when reference sequence defined and 'show
1154               non-conserved' enabled
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1158               load even when Consensus calculation is disabled
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1162               alignment does nothing
1163             </li>
1164           </ul>
1165           <em>Application</em>
1166           <ul>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1169               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1170               yet fixed for El Capitan)
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1174               output when running on non-gb/us i18n platforms
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1178               hidden sequences as flat-file alignment
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1182               launching Chimera
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1186               (also hotfix for 2.9.0b2)
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1190               reference sequence defined
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1194               alignments and views when revealing hidden columns
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1198               view in a cDNA/Protein splitframe
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1202               sequence from project when only one sequence is
1203               represented
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1207               in Structure Chooser
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1211               structure consensus didn't refresh annotation panel
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1215               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1219               dialogs format columns correctly, don't display array
1220               data, sort columns according to type
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1224               file chooser is cancelled during an image export
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1228               sequence name containing special characters
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1232               case insensitive
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1236               formatting don't wrap
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1240               truncated so L looks like I in consensus annotation
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1244               currently displayed features for the current selection or
1245               view
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1249               after fetching cross-references, and restoring from
1250               project
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1254               followed in the structure viewer
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1258               splitframe not restored from project
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1262               trailing end of protein alignment in transcript/product
1263               splitview when pad-gaps not enabled by default
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1267               is case dependent
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1271               article has been read (reopened issue due to
1272               internationalisation problems)
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1276               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1277               cross-references
1278             </li>
1279
1280             <li>
1281               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1282               alignment as HTML
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1286               multiple structures are shown for one or more sequences.
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1290               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1291               is enabled.
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1295               specific PDB id for sequence
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1299               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1300               columns' is disabled.
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1304               selects lowest rather than highest resolution structures
1305               for each sequence
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1309               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1313               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1317               after clicking on it to create new annotation for a
1318               column.
1319             </li>
1320             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1321             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1322           </ul>
1323           <em>Applet</em>
1324           <ul>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1327               hidden columns present before start of sequence
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1331               (JSON jars)
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1335               sequences are hidden in applet
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1339               deployment on examples pages.
1340             </li>
1341           </ul>
1342         </div>
1343       </td>
1344     </tr>
1345     <tr>
1346       <td width="60" nowrap>
1347         <div align="center">
1348           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1349             <em>16/10/2015</em></strong>
1350         </div>
1351       </td>
1352       <td><em>General</em>
1353         <ul>
1354           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1355             jars</li>
1356         </ul></td>
1357       <td>
1358         <div align="left">
1359           <em>Application</em>
1360           <ul>
1361             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1362               shown when tree is partitioned</li>
1363             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1364               multiple cDNA/Protein split views</li>
1365           </ul>
1366         </div>
1367       </td>
1368     </tr>
1369     <tr>
1370       <td width="60" nowrap>
1371         <div align="center">
1372           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1373             <em>8/10/2015</em></strong>
1374         </div>
1375       </td>
1376       <td><em>General</em>
1377         <ul>
1378           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1379             2.9</li>
1380         </ul> <em>Application</em>
1381         <ul>
1382           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1383           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1384           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1385         </ul> <em>Applet</em>
1386         <ul>
1387           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1388         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1389         <ul>
1390           <li>
1391             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1392             suite
1393           </li>
1394         </ul></td>
1395       <td>
1396         <div align="left">
1397           <em>General</em>
1398           <ul>
1399             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1400               incorrect when sequence start > 1</li>
1401             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1402               documentation</li>
1403             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1404             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1405               loading a features file containing HTML tags in feature
1406               description</li>
1407
1408           </ul>
1409           <em>Application</em>
1410           <ul>
1411             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1412               reimport</li>
1413             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1414               with 'trim retrieved sequences'</li>
1415             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1416               deleting selected columns</li>
1417             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1418               JNLP templates for webstart launch</li>
1419             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1420               unreleased structures for download or viewing</li>
1421             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1422               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1423             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1424               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1425             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1426               recovered from jalview project</li>
1427             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1428               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1429               alignment view</li>
1430             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1431               color schemes from BioJSON</li>
1432           </ul>
1433           <em>Applet</em>
1434           <ul>
1435             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1436               frame</li>
1437             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1438           </ul>
1439         </div>
1440       </td>
1441     </tr>
1442     <tr>
1443       <td><div align="center">
1444           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1445         </div></td>
1446       <td><em>General</em>
1447         <ul>
1448           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1449             alignments:
1450             <ul>
1451               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1452                 and DNA alignment views</li>
1453               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1454                 cDNA alignment views</li>
1455               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1456                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1457               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1458                 protein sequences</li>
1459             </ul>
1460           </li>
1461           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1462           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1463             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1464           <li>New alignment annotation file statements for
1465             reference sequences and marking hidden columns</li>
1466           <li>Reference sequence based alignment shading to
1467             highlight variation</li>
1468           <li>Select or hide columns according to alignment
1469             annotation</li>
1470           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1471           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1472             acid conservation row</li>
1473           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1474         </ul> <em>Application</em>
1475         <ul>
1476           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1477             <ul>
1478               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1479                 view with cDNA/Protein</li>
1480               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1481                 sequences are placed in the same alignment</li>
1482               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1483                 projects</li>
1484             </ul>
1485           </li>
1486
1487           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1488           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1489             Jalview windows</li>
1490
1491           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1492           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1493           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1494             be shown in VARNA</li>
1495
1496           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1497             as the active selected region</li>
1498
1499           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1500             similarity</li>
1501           <li>New Export options
1502             <ul>
1503               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1504                 region export in flat file generation</li>
1505
1506               <li>Export alignment views for display with the <a
1507                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1508
1509               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1510               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1511                 alignment figures to HTML</li>
1512           </li>
1513           <li>3D structure retrieval and display
1514             <ul>
1515               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1516                 Search API</li>
1517               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1518                 PDB structures for a sequence set</li>
1519             </ul>
1520           </li>
1521
1522           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1523             predictions</li>
1524           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1525             for one or a group of sequences</li>
1526           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1527             from the JPred4 web server</li>
1528           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1529             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1530             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1531           </li>
1532           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1533             VARNA 2D Structure'</li>
1534           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1535             Structure ..."</li>
1536
1537         </ul> <em>Applet</em>
1538         <ul>
1539           <li>New layout for applet example pages</li>
1540           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1541             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1542           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1543             Protein alignments</li>
1544         </ul> <em>Development and deployment</em>
1545         <ul>
1546           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1547           <li>Include installation type and git revision in build
1548             properties and console log output</li>
1549           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1550             storing BioJsMSA Templates</li>
1551           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1552         </ul></td>
1553       <td>
1554         <!-- <em>General</em>
1555         <ul>
1556         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1557         <ul>
1558           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1559           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1560           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1561             predictions are not highlighted in amber</li>
1562           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1563             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1564           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1565             associated structure views</li>
1566           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1567             width checkbox not enabled</li>
1568           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1569             creating user defined colours</li>
1570           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1571             mappings for just that viewer's sequences</li>
1572           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1573             multiple models in Chimera</li>
1574           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1575             over Jmol structure</li>
1576           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1577             output to text box</li>
1578           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1579             have incorrect sequence start/end</li>
1580           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1581             Jalview fails</li>
1582           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1583             work for nucleotide</li>
1584           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1585             to a grey/invisible alignment window</li>
1586           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1587             imports to different position</li>
1588           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1589             on some platforms</li>
1590           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1591             populated</li>
1592           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1593             console if Chimera has been opened</li>
1594           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1595           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1596             retrieved</li>
1597           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1598           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1599             either sequence shows on first structure</li>
1600           <li>'Show annotations' options should not make
1601             non-positional annotations visible</li>
1602           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1603             in right place after 'view flanking regions'</li>
1604           <li>File Save As type unset when current file format is
1605             unknown</li>
1606           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1607             projects</li>
1608           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1609             responsive</li>
1610           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1611             several views on same alignment</li>
1612           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1613           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1614             spaces</li>
1615         </ul> <em>Applet</em>
1616         <ul>
1617           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1618           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1619             descriptions containing angle brackets</li>
1620         </ul> <em>General</em>
1621         <ul>
1622           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1623             via jalview annotation file</li>
1624           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1625             with RNA secondary structure</li>
1626           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1627             translation doesn't work.</li>
1628           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1629           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1630             positions</li>
1631           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1632             choosing 1pt font</li>
1633           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1634             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1635             'h'</li>
1636           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1637             new feature</li>
1638           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1639             order dependent</li>
1640           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1641             sequences</li>
1642           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1643         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1644         <ul>
1645           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1646             www.jalview.org</li>
1647         </ul> <em>Application Known issues</em>
1648         <ul>
1649           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1650           <li>Misleading message appears after trying to delete
1651             solid column.</li>
1652           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1653             version launches</li>
1654           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1655             fails with a sequence mismatch</li>
1656           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1657             scrolling alignment to right</li>
1658           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1659             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1660           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1661             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1662           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1663             ultra-high resolution</li>
1664           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1665             quality and conservation</li>
1666           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1667             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1668         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1669         <ul>
1670           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1671           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1672             window is being resized</li>
1673
1674         </ul>
1675       </td>
1676     </tr>
1677     <tr>
1678       <td><div align="center">
1679           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1680         </div></td>
1681       <td><em>General</em>
1682         <ul>
1683           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1684             Certum.PL.</li>
1685           <li>Features and annotation preserved when performing
1686             pairwise alignment</li>
1687           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1688             imported/exported/displayed</li>
1689           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1690             protein secondary structure</li>
1691           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1692               post-hoc with 2.9 release</em>)
1693           </li>
1694
1695         </ul> <em>Application</em>
1696         <ul>
1697           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1698             with 3D structures</li>
1699           <li>Support for parsing RNAML</li>
1700           <li>Annotations menu for layout
1701             <ul>
1702               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1703               <li>place sequence annotation above/below alignment
1704                 annotation</li>
1705             </ul>
1706           <li>Output in Stockholm format</li>
1707           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1708             translation</li>
1709           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1710           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1711             shared between alignments</li>
1712           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1713             Jalview</li>
1714           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1715             all or current selection</li>
1716           <li>disorder and secondary structure predictions
1717             available as dataset annotation</li>
1718           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1719
1720
1721           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1722             alignments from Rfam</li>
1723           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1724
1725           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1726             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1727           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1728           <li>include installation type in build properties and
1729             console log output</li>
1730           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1731             annotation</li>
1732         </ul></td>
1733       <td>
1734         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1735         <ul>
1736           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1737             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1738           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1739             alignment</li>
1740           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1741           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1742           <li>Double click on sequence associated annotation
1743             selects only first column</li>
1744           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1745             leaves shown in tree</li>
1746           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1747             properly</li>
1748           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1749           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1750             screen and buttons not visible</li>
1751           <li>author list isn't updated if already written to
1752             Jalview properties</li>
1753           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1754             from database</li>
1755           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1756           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1757             browser search window</li>
1758           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1759             in feature settings dialog</li>
1760           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1761             desktop</li>
1762           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1763             pass validation</li>
1764           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1765             fit on screen</li>
1766           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1767             tooltip</li>
1768           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1769             defined user preset</li>
1770           <li>MSA web services warns user if they were launched
1771             with invalid input</li>
1772           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1773             Java 8</li>
1774           <li>
1775             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1776             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1777             created
1778           </li>
1779
1780         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1781         <ul>
1782         </ul> <em>General</em>
1783         <ul>
1784         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1785         <ul>
1786           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1787             memory allocation</li>
1788           <li>launchApp service doesn't automatically open
1789             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1790           <li>
1791             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1792             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1793             1.7_055 is available
1794           </li>
1795         </ul> <em>Application Known issues</em>
1796         <ul>
1797           <li>
1798             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1799             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1800             alignment to right
1801           </li>
1802           <li>
1803             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1804             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1805             with large number of ID
1806           </li>
1807           <li>
1808             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1809             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1810             start/end
1811           </li>
1812           <li>
1813             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1814             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1815             structure tracks are rearranged
1816           </li>
1817           <li>
1818             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1819             invalid rna structure positional highlighting does not
1820             highlight position of invalid base pairs
1821           </li>
1822           <li>
1823             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1824             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1825             project from alignment window file menu
1826           </li>
1827           <li>
1828             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1829             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1830             structures
1831           </li>
1832           <li>
1833             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1834             colour by RNA Helices not enabled when user created
1835             annotation added to alignment
1836           </li>
1837           <li>
1838             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1839             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1840           </li>
1841         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1842         <ul>
1843           <li>
1844             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1845             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1846           </li>
1847           <li>
1848             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1849             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1850           </li>
1851
1852           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1853             when selected</li>
1854         </ul>
1855       </td>
1856     </tr>
1857     <tr>
1858       <td><div align="center">
1859           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1860         </div></td>
1861       <td>
1862         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1863         <em>General</em>
1864         <ul>
1865           <li>Internationalisation of user interface (usually
1866             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1867           <li>Define/Undefine group on current selection with
1868             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1869           <li>Improved group creation/removal options in
1870             alignment/sequence Popup menu</li>
1871           <li>Sensible precision for symbol distribution
1872             percentages shown in logo tooltip.</li>
1873           <li>Annotation panel height set according to amount of
1874             annotation when alignment first opened</li>
1875         </ul> <em>Application</em>
1876         <ul>
1877           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1878             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1879           <li>Select columns containing particular features from
1880             Feature Settings dialog</li>
1881           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1882             sequences</li>
1883           <li>Update Jalview project format:
1884             <ul>
1885               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1886               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1887                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1888               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1889                 colouring</li>
1890             </ul>
1891           </li>
1892           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1893             (PAM250)</li>
1894           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1895             flanking regions for an alignment</li>
1896         </ul>
1897       </td>
1898       <td>
1899         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1900         <ul>
1901           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1902             running after job is cancelled</li>
1903           <li>cannot export features from alignments imported from
1904             Jalview/VAMSAS projects</li>
1905           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1906             float values</li>
1907           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1908             have 'display all symbols' flag set</li>
1909           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1910             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1911           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1912             Jalview</li>
1913           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1914             Lion/Webstart</li>
1915           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1916           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1917           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1918             alignment onto desktop</li>
1919           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1920             'extract scores' function</li>
1921           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1922             alignment window</li>
1923           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1924             performing IUPred disorder prediction</li>
1925           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1926             changing 'normalise logo' display setting</li>
1927           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1928             nothing matches query</li>
1929           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1930             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1931           </li>
1932           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1933             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1934           </li>
1935           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1936             Jalview's menu</li>
1937           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1938             'invalid literal/length code'</li>
1939           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1940             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1941           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1942             colourscheme</li>
1943
1944         </ul> <em>Applet</em>
1945         <ul>
1946           <li>Remove group option is shown even when selection is
1947             not a group</li>
1948           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1949             don't affect groups</li>
1950           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1951             colourscheme name</li>
1952           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1953             Annotation panel is not displayed</li>
1954           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1955             embedded windows</li>
1956         </ul> <em>Other</em>
1957         <ul>
1958           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1959             single sequence were not calculated</li>
1960           <li>annotation files that contain only groups imported as
1961             annotation and junk sequences</li>
1962           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1963             recognised as PFAM or BLC</li>
1964           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1965             doesn't affect background (2.8.0b1)
1966           <li></li>
1967           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1968           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1969             trailing gaps</li>
1970           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1971             registered correctly on import</li>
1972           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1973             certain alignments</li>
1974           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1975             existing annotation based 'use original colours'
1976             colourscheme loses original colours setting</li>
1977         </ul>
1978       </td>
1979     </tr>
1980     <tr>
1981       <td><div align="center">
1982           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1983             <em>30/1/2014</em></strong>
1984         </div></td>
1985       <td>
1986         <ul>
1987           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1988             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1989             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1990             open source project).
1991           </li>
1992           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
1993           <li>Output in Stockholm format</li>
1994           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1995           <li>Export/import group and sequence associated line
1996             graph thresholds</li>
1997           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1998             ambiguity codes</li>
1999           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2000             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2001             works</li>
2002           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2003         </ul> <em>Other improvements</em>
2004         <ul>
2005           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2006           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2007             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2008           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2009             files</li>
2010           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2011           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2012             link but no description</li>
2013           <li>Select primary source when selecting authority in
2014             database fetcher GUI</li>
2015           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2016             Jalview</li>
2017           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2018         </ul>
2019       </td>
2020       <td>
2021         <ul>
2022           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2023             displayed</li>
2024           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2025             secondary structure annotation line</li>
2026           <li>Sequence database accessions not imported when
2027             fetching alignments from Rfam</li>
2028           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2029             identical IDs</li>
2030           <li>View all structures does not always superpose
2031             structures</li>
2032           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2033             reflect user or preset settings</li>
2034           <li>Null pointer exceptions for some services without
2035             presets or adjustable parameters</li>
2036           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2037             discover PDB xRefs</li>
2038           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2039             features with DAS</li>
2040           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2041             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2042           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2043             residue follows a gap</li>
2044           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2045             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2046           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2047             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2048           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2049             annotation already exists on alignment</li>
2050           <li>oninit javascript function should be called after
2051             initialisation completes</li>
2052           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2053             alignment window display</li>
2054           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2055           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2056             to annotation file</li>
2057           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2058             groups created</li>
2059           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2060             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2061           <li>Pressing return several times causes Number Format
2062             exceptions in keyboard mode</li>
2063           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2064             correct partitions for input data</li>
2065           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2066           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2067           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2068           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2069             mode</li>
2070           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2071             changes one row&#39;s threshold</li>
2072           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2073             doesn&#39;t open</li>
2074           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2075             quality histograms</li>
2076         </ul>
2077       </td>
2078     </tr>
2079     <tr>
2080       <td><div align="center">
2081           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2082         </div></td>
2083       <td><em>Application</em>
2084         <ul>
2085           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2086             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2087           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2088             preferences</li>
2089           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2090             in Jalview alignment window</li>
2091           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2092             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2093           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2094             RNA and ambiguity codes</li>
2095
2096           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2097           <li>Support fetching and database reference look up
2098             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2099             refs')</li>
2100           <li>Jalview project improvements
2101             <ul>
2102               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2103                 flag for annotation</li>
2104               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2105                 alignment</li>
2106               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2107                 Jalview project</li>
2108
2109             </ul>
2110           </li>
2111           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2112           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2113             running</li>
2114           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2115           <li>visual indication that web service results are still
2116             being retrieved from server</li>
2117           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2118             starts up for first time</li>
2119           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2120             services</li>
2121           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2122             client library</li>
2123           <li>Examples directory and Groovy library included in
2124             InstallAnywhere distribution</li>
2125         </ul> <em>Applet</em>
2126         <ul>
2127           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2128             visualization applet example</li>
2129         </ul> <em>General</em>
2130         <ul>
2131           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2132           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2133             defaults</li>
2134           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2135             calculation</li>
2136           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2137             matrices
2138           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2139             in HTML</li>
2140           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2141             structure contacts</li>
2142           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2143           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2144           <li>Parse sequence associated secondary structure
2145             information in Stockholm files</li>
2146           <li>HTML Export database accessions and annotation
2147             information presented in tooltip for sequences</li>
2148           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2149             style RNA alignment files</li>
2150           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2151             alignment</li>
2152           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2153             shade each sequence according to its associated alignment
2154             annotation</li>
2155           <li>New Jalview Logo</li>
2156         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2157         <ul>
2158           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2159           <li>New Website!</li>
2160         </ul></td>
2161       <td><em>Application</em>
2162         <ul>
2163           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2164             wsdbfetch REST service</li>
2165           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2166           <li>Filetype associations not installed for webstart
2167             launch</li>
2168           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2169             job execution in full once it is complete</li>
2170           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2171             uploaded via ali_file parameter</li>
2172           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2173           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2174           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2175             submitted for prediction</li>
2176           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2177             desktop window</li>
2178           <li>Putting fractional value into integer text box in
2179             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2180           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2181             windows 7</li>
2182           <li>View all structures fails with exception shown in
2183             structure view</li>
2184           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2185             escaped in a platform independent way</li>
2186           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2187             using proxy</li>
2188           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2189             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2190           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2191             failure when java web start temporary file caching is
2192             disabled</li>
2193           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2194             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2195           <li>Errors during processing of command line arguments
2196             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2197           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2198             DAS sources in sequence fetcher</li>
2199           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2200             dialog is shown</li>
2201           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2202           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2203           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2204           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2205             on OSX Mountain Lion</li>
2206           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2207             sequences with alignment annotation are pasted into the
2208             alignment</li>
2209           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2210             when loaded from Jalview project</li>
2211           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2212           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2213             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2214           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2215             associated with all views</li>
2216           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2217             annotation rows to new window</li>
2218         </ul> <em>Applet</em>
2219         <ul>
2220           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2221             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2222           <li>loading features via javascript API automatically
2223             enables feature display</li>
2224           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2225             work</li>
2226         </ul> <em>General</em>
2227         <ul>
2228           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2229           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2230             and then deselected</li>
2231           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2232           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2233             coloured with clustalx</li>
2234           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2235             exceptions and redraw errors</li>
2236           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2237             reconfigured view</li>
2238           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2239             colour</li>
2240           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2241             for lots of labels</li>
2242         </ul>
2243     </tr>
2244     <tr>
2245       <td>
2246         <div align="center">
2247           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2248         </div>
2249       </td>
2250       <td><em>Application</em>
2251         <ul>
2252           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2253           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2254           <li>View/alignment association menu to enable user to
2255             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2256             its colours/correspondences from</li>
2257           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2258           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2259             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2260           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2261           <li>Annotation row column label formatting attributes
2262             stored in project file</li>
2263           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2264             rows preserved in Jalview project file</li>
2265           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2266             saved using Desktop window menu</li>
2267           <li>Visual indication that command line arguments are
2268             still being processed</li>
2269           <li>Groovy script execution from URL</li>
2270           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2271             preferences</li>
2272           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2273             alignment with sequences that have high similarity and
2274             matching IDs</li>
2275           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2276           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2277             structures in same window</li>
2278           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2279           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2280             analysis function in its own submenu</li>
2281         </ul> <em>Applet</em>
2282         <ul>
2283           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2284             groups</li>
2285           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2286           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2287           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2288           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2289           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2290             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2291           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2292           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2293             parameters are treated as such</li>
2294           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2295             <ul>
2296               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2297               <li>Javascript callbacks for
2298                 <ul>
2299                   <li>Applet initialisation</li>
2300                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2301                 </ul>
2302               </li>
2303               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2304                 functions</li>
2305               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2306               <li>javascript structure viewer harness to pass
2307                 messages between Jmol and Jalview when running as
2308                 distinct applets</li>
2309               <li>sortBy method</li>
2310               <li>Set of applet and application examples shipped
2311                 with documentation</li>
2312               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2313                 javascript message exchange</li>
2314             </ul>
2315         </ul> <em>General</em>
2316         <ul>
2317           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2318             multiple alignments</li>
2319           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2320           <li>User configurable link to enable redirects to a
2321             www.Jalview.org mirror</li>
2322           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2323           <li>Configurable newline string when writing alignment
2324             and other flat files</li>
2325           <li>Allow alignment annotation description lines to
2326             contain html tags</li>
2327         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2328         <ul>
2329           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2330             examples</li>
2331           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2332             using a web service before displaying the result in the
2333             Jalview desktop</li>
2334           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2335           <li>Ant target to publish example html files with applet
2336             archive</li>
2337           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2338           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2339         </ul></td>
2340       <td><em>Application</em>
2341         <ul>
2342           <li>User defined colourscheme throws exception when
2343             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2344           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2345             dialog for valid filename/format</li>
2346           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2347           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2348             P37173</li>
2349           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2350             which sequence is to be associated with the file</li>
2351           <li>Find All raises null pointer exception when query
2352             only matches sequence IDs</li>
2353           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2354           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2355             2.4 cannot be loaded</li>
2356           <li>Filetype associations not installed for webstart
2357             launch</li>
2358           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2359             with sequences in different alignments do not get coloured
2360             by their associated sequence</li>
2361           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2362             not preserved when project is loaded</li>
2363           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2364             stored in Jalview project</li>
2365           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2366             Jalview project</li>
2367           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2368           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2369             by conservation</li>
2370           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2371             created on new view</li>
2372           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2373             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2374           <li>Alignment quality not updated after alignment
2375             annotation row is hidden then shown</li>
2376           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2377             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2378           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2379             properly</li>
2380           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2381             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2382           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2383           <li>Structures imported from file and saved in project
2384             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2385           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2386             job execution in full once it is complete</li>
2387         </ul> <em>Applet</em>
2388         <ul>
2389           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2390             annotation rows are displayed</li>
2391           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2392             codebase</li>
2393           <li>View follows highlighting does not work for positions
2394             in sequences</li>
2395           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2396           <li>Export features raises exception when no features
2397             exist</li>
2398           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2399             for javascript api is modified when separator string
2400             provided as parameter</li>
2401           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2402             alignment with no existing selection</li>
2403           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2404             to applet&#39;s codebase</li>
2405           <li>Status bar not updated after finished searching and
2406             search wraps around to first result</li>
2407           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2408             several Jalview applets causes race conditions and memory
2409             leaks</li>
2410           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2411             not sent from Jmol in applet</li>
2412           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2413             applet API fatally hang browser</li>
2414         </ul> <em>General</em>
2415         <ul>
2416           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2417             position with wrapped view and hidden regions</li>
2418           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2419             with/without hidden columns</li>
2420           <li>Sequence length given in alignment properties window
2421             is off by 1</li>
2422           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2423             import PDB like structure files</li>
2424           <li>Positional search results are only highlighted
2425             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2426           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2427           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2428             given sequence position</li>
2429           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2430             output</li>
2431           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2432             from nucleotide chains correctly</li>
2433           <li>Structure colours not updated when tree partition
2434             changed in alignment</li>
2435           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2436             parsed in interleaved stockholm</li>
2437           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2438             state</li>
2439           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2440             properly</li>
2441           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2442             properly associated with their pdb files</li>
2443         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2444         <ul>
2445           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2446             ApplyCopyright tool</li>
2447         </ul></td>
2448     </tr>
2449     <tr>
2450       <td>
2451         <div align="center">
2452           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2453         </div>
2454       </td>
2455       <td><em>Application</em>
2456         <ul>
2457           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2458             contact web services</li>
2459           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2460             service job window</li>
2461           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2462         </ul></td>
2463       <td>
2464         <ul>
2465           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2466             pir file emitted by Jalview</li>
2467           <li>Existing feature settings transferred to new
2468             alignment view created from cut'n'paste</li>
2469           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2470             parsing PDB files</li>
2471           <li>Consensus and conservation annotation rows
2472             occasionally become blank for all new windows</li>
2473           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2474             in wrapped view mode</li>
2475         </ul> <em>Application</em>
2476         <ul>
2477           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2478             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2479           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2480             parameter names</li>
2481           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2482             is down</li>
2483         </ul>
2484       </td>
2485     </tr>
2486     <tr>
2487       <td>
2488         <div align="center">
2489           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2490         </div>
2491       </td>
2492       <td><em>Application</em>
2493         <ul>
2494           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2495             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2496             (JABAWS)
2497           </li>
2498           <li>Web Services preference tab</li>
2499           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2500             preferences</li>
2501           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2502           <li>Superpose structures using associated sequence
2503             alignment</li>
2504           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2505             viewer</li>
2506         </ul> <em>Applet</em>
2507         <ul>
2508           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2509             link out mechanism</li>
2510         </ul> <em>Other</em>
2511         <ul>
2512           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2513             series 12</li>
2514           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2515             require Java 1.5</li>
2516           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2517             sequence annotation files</li>
2518           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2519             type colour specification</li>
2520           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2521             script to check if it being run in an interactive session or
2522             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2523         </ul></td>
2524       <td>
2525         <ul>
2526           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2527             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2528         </ul> <em>Application</em>
2529         <ul>
2530           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2531             selected Regions menu item</li>
2532           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2533             part of a valid accession ID</li>
2534           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2535             runs out of memory</li>
2536           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2537             analysis results</li>
2538           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2539             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2540           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2541         </ul> <em>Applet</em>
2542         <ul>
2543           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2544             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2545             defined.</li>
2546         </ul>
2547       </td>
2548     </tr>
2549     <tr>
2550       <td>
2551         <div align="center">
2552           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2553         </div>
2554       </td>
2555       <td></td>
2556       <td>
2557         <ul>
2558           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2559             sequence IDs</li>
2560           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2561             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2562           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2563             import correctly</li>
2564           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2565             number of columns are hidden</li>
2566           <li>annotation label popup menu not providing correct
2567             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2568             present</li>
2569           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2570             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2571           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2572             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2573
2574         </ul> <em>Applet</em>
2575         <ul>
2576           <li>annotation panel disappears when annotation is
2577             hidden/removed</li>
2578         </ul> <em>Application</em>
2579         <ul>
2580           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2581             alignment opened where annotation panel is visible but no
2582             annotations are present on alignment</li>
2583           <li>pasted region containing hidden columns is
2584             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2585           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2586             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2587           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2588             selected Rregions menu item.</li>
2589           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2590             'Un' or 'Non'conserved</li>
2591           <li>Sequence feature settings are being shared by
2592             multiple distinct alignments</li>
2593           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2594             changed</li>
2595           <li>double click on group annotation to select sequences
2596             does not propagate to associated trees</li>
2597           <li>Mac OSX specific issues:
2598             <ul>
2599               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2600                 window background</li>
2601               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2602                 name set correctly</li>
2603               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2604                 save feature colourscheme button</li>
2605             </ul>
2606           </li>
2607         </ul>
2608       </td>
2609     </tr>
2610     <tr>
2611
2612       <td>
2613         <div align="center">
2614           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2615         </div>
2616       </td>
2617       <td><em>New Capabilities</em>
2618         <ul>
2619           <li>URL links generated from description line for
2620             regular-expression based URL links (applet and application)
2621
2622           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2623             menu</li>
2624           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2625             structures</li>
2626           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2627             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2628           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2629             average score or total feature count for each sequence.</li>
2630           <li>Shading features by score or associated description</li>
2631           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2632             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2633           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2634             hide everything but the currently selected region.</li>
2635           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2636         </ul> <em>Application</em>
2637         <ul>
2638           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2639             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2640           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2641             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2642           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2643             database references and protein_name is parsed as
2644             description line (BioSapiens terms).</li>
2645           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2646             references in sequence ID tooltip from View menu in
2647             application.</li>
2648           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2649       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2650           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2651             conservation plots</li>
2652           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2653             and visualized as sequence logos</li>
2654           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2655             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2656           </li>
2657           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2658             when a new tree is opened.</li>
2659           <li>Jalview Java Console</li>
2660           <li>Better placement of desktop window when moving
2661             between different screens.</li>
2662           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2663             consensus annotation</li>
2664           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2665             Workflows</li>
2666           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2667             <ul>
2668               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2669                 used to preserve views, structures, and tree display
2670                 settings)</li>
2671               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2672                 command line</li>
2673               <li>Sharing of selected regions between views and
2674                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2675               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2676             </ul></li>
2677         </ul> <em>Applet</em>
2678         <ul>
2679           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2680           <li>New Parameters
2681             <ul>
2682               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2683                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2684                 opened.</li>
2685               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2686                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2687               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2688                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2689               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2690                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2691                 view</li>
2692               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2693                 increase the height or width of a cell in the alignment
2694                 grid relative to the current font size.</li>
2695             </ul>
2696           </li>
2697           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2698             tooltip</li>
2699         </ul> <em>Other</em>
2700         <ul>
2701           <li>Features format: graduated colour definitions and
2702             specification of feature scores</li>
2703           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2704             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2705             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2706           <li>XML formats extended to support graduated feature
2707             colourschemes, group associated annotation, and profile
2708             visualization settings.</li></td>
2709       <td>
2710         <ul>
2711           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2712             rather than description</li>
2713           <li>Non-positional features are now included in sequence
2714             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2715             visibility in tooltip).</li>
2716           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2717           <li>Added URL embedding instructions to features file
2718             documentation.</li>
2719           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2720             'X' in peptide product</li>
2721           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2722             sequence ID and sequence string and query strings do not
2723             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2724           <li>AMSA files only contain first column of
2725             multi-character column annotation labels</li>
2726           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2727             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2728             exported and re-imported)</li>
2729           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2730             name</li>
2731           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2732             as subsequence matches, and correctly reports total number
2733             of both.</li>
2734           <li>Application:
2735             <ul>
2736               <li>Better handling of exceptions during sequence
2737                 retrieval</li>
2738               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2739                 link text excludes the start_end suffix</li>
2740               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2741                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2742               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2743               <li>Sequence description lines properly shared via
2744                 VAMSAS</li>
2745               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2746                 data sources</li>
2747               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2748                 completes before alignment figures are generated.</li>
2749               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2750                 first time.</li>
2751               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2752                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2753               <li>User defined group colours properly recovered
2754                 from Jalview projects.</li>
2755             </ul>
2756           </li>
2757         </ul>
2758       </td>
2759
2760     </tr>
2761     <tr>
2762       <td>
2763         <div align="center">
2764           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2765         </div>
2766       </td>
2767       <td>
2768         <ul>
2769           <li>Experimental support for google analytics usage
2770             tracking.</li>
2771           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2772         </ul>
2773       </td>
2774       <td>
2775         <ul>
2776           <li>Race condition in applet preventing startup in
2777             jre1.6.0u12+.</li>
2778           <li>Exception when feature created from selection beyond
2779             length of sequence.</li>
2780           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2781           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2782             all sequences with a given id</li>
2783           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2784             ID string searches</li>
2785           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2786             alignment to fail with exception</li>
2787         </ul> <em>Application Issues</em>
2788         <ul>
2789           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2790           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2791             data sources</li>
2792         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2793         <ul>
2794           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2795             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2796           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2797             version (java class versioning error fixed)</li>
2798         </ul>
2799       </td>
2800     </tr>
2801     <tr>
2802       <td>
2803
2804         <div align="center">
2805           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2806         </div>
2807       </td>
2808       <td><em>User Interface</em>
2809         <ul>
2810           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2811             translation and protein products</li>
2812           <li>Linked highlighting of structure associated with
2813             residue mapping to codon position</li>
2814           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2815             and 'clear' button</li>
2816           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2817             Tools menu</li>
2818           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2819             numeric data in description line</li>
2820           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2821           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2822             of sequence</li>
2823         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2824         <ul>
2825           <li>JPred3 web service</li>
2826           <li>Prototype sequence search client (no public services
2827             available yet)</li>
2828           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2829             PFAM</li>
2830           <li>URL Links created for matching database cross
2831             references as well as sequence ID</li>
2832           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2833         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2834         <ul>
2835           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2836             databases</li>
2837           <li>Generalised database reference retrieval and
2838             validation to all fetchable databases</li>
2839           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2840             sequence command</li>
2841         </ul> <em>Import and Export</em>
2842         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2843         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2844           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2845         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2846           File</li>
2847         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2848           triplet as name of colourscheme</li>
2849         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2850         <ul>
2851           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2852           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2853             alignments (experimental)</li>
2854           <li>Create new or select existing session to join</li>
2855           <li>load and save of vamsas documents</li>
2856         </ul> <em>Application command line</em>
2857         <ul>
2858           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2859             from applet)</li>
2860           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2861             of DAS servers to query for alignment features</li>
2862           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2863             that are also automatically queried for features</li>
2864           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2865             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2866         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2867         <ul>
2868           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2869             application (when using &quot;View in full
2870             application&quot;)</li>
2871         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2872         <ul>
2873           <li>feature group display control parameter</li>
2874           <li>debug parameter</li>
2875           <li>showbutton parameter</li>
2876         </ul> <em>Applet API methods</em>
2877         <ul>
2878           <li>newView public method</li>
2879           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2880           <li>Feature display control methods</li>
2881           <li>get list of currently selected sequences</li>
2882         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2883         <ul>
2884           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2885           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2886             Jalview release.</li>
2887           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2888             property controls execution of obfuscator</li>
2889           <li>Build target for generating source distribution</li>
2890           <li>Debug flag for javacc</li>
2891           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2892             jalview.bin.Cache</li>
2893           <li>Continuous Build Integration for stable and
2894             development version of Application, Applet and source
2895             distribution</li>
2896         </ul></td>
2897       <td>
2898         <ul>
2899           <li>selected region output includes visible annotations
2900             (for certain formats)</li>
2901           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2902             for editing</li>
2903           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2904           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2905           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2906           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2907             comments</li>
2908           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2909             filenames containing a ':'</li>
2910           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2911             global sequence features</li>
2912           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2913             references from alignment sequences goes to zero</li>
2914           <li>Close of tree branch colour box without colour
2915             selection causes cascading exceptions</li>
2916           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2917           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2918             file parsing fails.</li>
2919           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2920           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2921             not a valid output format</li>
2922           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2923             vamsas</li>
2924           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2925           <li>error messages passed up and output when data read
2926             fails</li>
2927           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2928             sequence is edited</li>
2929           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2930             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2931           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2932             filetype</li>
2933           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2934             import fixed for PFAM records</li>
2935           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2936             window list</li>
2937           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2938             can be read and written correctly to annotation file</li>
2939           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2940             correctly</li>
2941           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2942             non-italic font for representatives in Applet</li>
2943           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2944             Macs.</li>
2945           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2946             Applet)</li>
2947           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2948             due to null pointer exceptions</li>
2949           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2950             first column of alignment</li>
2951           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2952             July 2008</li>
2953           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2954             file is case-insensitive</li>
2955           <li>Sequence features read from Features file appended to
2956             all sequences with matching IDs</li>
2957           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2958             containing a sub-sequence</li>
2959           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2960           <li>feature and annotation file applet parameters
2961             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2962           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2963           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2964             splash-screen version check to complete</li>
2965           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2966             when passing them to the launchApp service</li>
2967           <li>display name and local features preserved in results
2968             retrieved from web service</li>
2969           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2970             sequence fetcher initialisation</li>
2971           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2972             dasobert DAS client</li>
2973           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2974             association</li>
2975           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2976             sequences
2977           </li>
2978         </ul>
2979       </td>
2980     </tr>
2981     <tr>
2982       <td>
2983         <div align="center">
2984           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2985         </div>
2986       </td>
2987       <td>
2988         <ul>
2989           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2990           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2991           <li>Slide sequences</li>
2992           <li>Edit sequence in place</li>
2993           <li>EMBL CDS features</li>
2994           <li>DAS Feature mapping</li>
2995           <li>Feature ordering</li>
2996           <li>Alignment Properties</li>
2997           <li>Annotation Scores</li>
2998           <li>Sort by scores</li>
2999           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3000         </ul>
3001       </td>
3002       <td>
3003         <ul>
3004           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3005           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3006           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3007           <li>Feature group display state in XML</li>
3008           <li>Feature ordering in XML</li>
3009           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3010           <li>Stockholm alignment properties</li>
3011           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3012           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3013           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3014           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3015         </ul>
3016       </td>
3017
3018     </tr>
3019     <tr>
3020       <td>
3021         <div align="center">
3022           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3023         </div>
3024       </td>
3025       <td>
3026         <ul>
3027           <li>Non standard characters can be read and displayed
3028           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3029             applet via textbox
3030           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3031             name &amp; description
3032           <li>Preference setting to display sequence name in
3033             italics
3034           <li>Annotation file format extended to allow
3035             Sequence_groups to be defined
3036           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3037             specified in preferences
3038           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3039             sequences
3040         </ul>
3041       </td>
3042       <td>
3043         <ul>
3044           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3045             installed
3046           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3047           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3048         </ul>
3049       </td>
3050     </tr>
3051     <tr>
3052       <td>
3053         <div align="center">
3054           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3055         </div>
3056       </td>
3057       <td>
3058         <ul>
3059           <li>Multiple views on alignment
3060           <li>Sequence feature editing
3061           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3062           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3063           <li>Background dependent text colour
3064           <li>Right align sequence ids
3065           <li>User-defined lower case residue colours
3066           <li>Format Menu
3067           <li>Select Menu
3068           <li>Menu item accelerator keys
3069           <li>Control-V pastes to current alignment
3070           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3071           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3072           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3073
3074           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3075         </ul>
3076       </td>
3077       <td>
3078         <ul>
3079           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3080           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3081             calculations
3082           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3083             edits
3084           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3085             of alignment)
3086           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3087
3088           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3089             display correctly
3090           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3091           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3092             analysis results
3093           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3094             &#8739;
3095           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3096           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3097           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3098
3099         </ul>
3100       </td>
3101     </tr>
3102     <tr>
3103       <td>
3104         <div align="center">
3105           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3106         </div>
3107       </td>
3108       <td>
3109         <ul>
3110           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3111         </ul>
3112       </td>
3113       <td>
3114         <ul>
3115           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3116             sequence id panel has been resized</li>
3117           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3118             rendered</li>
3119           <li>Annotation files with sequence references - all
3120             elements in file are relative to sequence position</li>
3121           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3122         </ul>
3123       </td>
3124     </tr>
3125     <tr>
3126       <td>
3127         <div align="center">
3128           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3129         </div>
3130       </td>
3131       <td>
3132         <ul>
3133           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3134           <li>DAS Feature fetching</li>
3135           <li>Hide sequences and columns</li>
3136           <li>Export Annotations and Features</li>
3137           <li>GFF file reading / writing</li>
3138           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3139             files</li>
3140           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3141           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3142           <li>Applet can launch the full application</li>
3143           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3144             required)</li>
3145           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3146           <li>Applet can load sequences from parameter
3147             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3148           </li>
3149         </ul>
3150       </td>
3151       <td>
3152         <ul>
3153           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3154           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3155           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3156         </ul>
3157       </td>
3158     </tr>
3159     <tr>
3160       <td>
3161         <div align="center">
3162           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3163         </div>
3164       </td>
3165       <td>
3166         <ul>
3167           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3168           <li>Choose to match case when searching</li>
3169           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3170             expand the visible width and height of the alignment</li>
3171         </ul>
3172       </td>
3173       <td>
3174         <ul>
3175           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3176         </ul>
3177       </td>
3178     </tr>
3179     <tr>
3180       <td>
3181         <div align="center">
3182           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3183         </div>
3184       </td>
3185       <td>&nbsp;</td>
3186       <td>
3187         <ul>
3188           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3189           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3190             value</li>
3191         </ul>
3192       </td>
3193     </tr>
3194     <tr>
3195       <td>
3196         <div align="center">
3197           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3198         </div>
3199       </td>
3200       <td>
3201         <ul>
3202           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3203           <li>Keyboard editing</li>
3204           <li>Create sequence features from searches</li>
3205           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3206             alignments</li>
3207           <li>Features file allows grouping of features</li>
3208           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3209           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3210           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3211         </ul>
3212       </td>
3213       <td>
3214         <ul>
3215           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3216           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3217             descriptions saved.</li>
3218         </ul>
3219       </td>
3220     </tr>
3221     <tr>
3222       <td>
3223         <div align="center">
3224           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3225         </div>
3226       </td>
3227       <td>
3228         <ul>
3229           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3230           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3231           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3232             name for file output</li>
3233           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3234           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3235             used for HTML form input</li>
3236         </ul>
3237       </td>
3238       <td>
3239         <ul>
3240           <li>HTML output writes groups and features</li>
3241           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3242           <li>File IO bugs</li>
3243         </ul>
3244       </td>
3245     </tr>
3246     <tr>
3247       <td>
3248         <div align="center">
3249           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3250         </div>
3251       </td>
3252       <td>
3253         <ul>
3254           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3255           <li>More options for PCA viewer</li>
3256         </ul>
3257       </td>
3258       <td>
3259         <ul>
3260           <li>GUI bugs resolved</li>
3261           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3262         </ul>
3263       </td>
3264     </tr>
3265     <tr>
3266       <td height="63">
3267         <div align="center">
3268           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3269         </div>
3270       </td>
3271       <td>
3272         <ul>
3273           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3274           <li>Jar files are executable</li>
3275           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3276         </ul>
3277       </td>
3278       <td>
3279         <ul>
3280           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3281           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3282           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3283         </ul>
3284       </td>
3285     </tr>
3286     <tr>
3287       <td>
3288         <div align="center">
3289           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3290         </div>
3291       </td>
3292       <td>
3293         <ul>
3294           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3295         </ul>
3296       </td>
3297       <td>
3298         <ul>
3299           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3300         </ul>
3301       </td>
3302     </tr>
3303     <tr>
3304       <td>
3305         <div align="center">
3306           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3307         </div>
3308       </td>
3309       <td>
3310         <ul>
3311           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3312             size</li>
3313         </ul>
3314       </td>
3315       <td>
3316         <ul>
3317           <li>Improved JPred client reliability</li>
3318           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3319         </ul>
3320       </td>
3321     </tr>
3322     <tr>
3323       <td>
3324         <div align="center">
3325           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3326         </div>
3327       </td>
3328       <td>
3329         <ul>
3330           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3331           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3332           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3333             to Colour Menu</li>
3334           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3335           <li>Unix users can set default web browser</li>
3336           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3337           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3338         </ul>
3339       </td>
3340       <td>
3341         <ul>
3342           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3343         </ul>
3344       </td>
3345     </tr>
3346     <tr>
3347       <td>
3348         <div align="center">
3349           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3350         </div>
3351       </td>
3352       <td>&nbsp;</td>
3353       <td>
3354         <ul>
3355           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3356             alignment order.</li>
3357         </ul>
3358       </td>
3359     </tr>
3360     <tr>
3361       <td>
3362         <div align="center">
3363           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3364         </div>
3365       </td>
3366       <td>
3367         <ul>
3368           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3369           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3370           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3371             annotations.</li>
3372           <li>Version and build date written to build properties
3373             file.</li>
3374           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3375             at launch of Jalview.</li>
3376         </ul>
3377       </td>
3378       <td>
3379         <ul>
3380           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3381           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3382           <li>Can remove groups one by one.</li>
3383           <li>Filechooser icons installed.</li>
3384           <li>Finder ignores return character when searching.
3385             Return key will initiate a search.<br>
3386           </li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389     </tr>
3390     <tr>
3391       <td>
3392         <div align="center">
3393           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3394         </div>
3395       </td>
3396       <td>
3397         <ul>
3398           <li>New codebase</li>
3399         </ul>
3400       </td>
3401       <td>&nbsp;</td>
3402     </tr>
3403   </table>
3404   <p>&nbsp;</p>
3405 </body>
3406 </html>