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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>1/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->Structure Chooser controls to
  81               control superposition of multiple structures and open
  82               structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
  99               of features
 100             </li>
 101           </ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 108               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 112               overlapping alignment panel
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!--  JAL-2929 -->overview doesn't show end of unpadded
 116               sequence as gaps
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 120               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 124               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 128               columns in annotation row
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
 132               honored in interactive and batch mode
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 136               for structures added to existing Jmol view
 137             </li>
 138             <li>
 139               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 140               entries after importing project with multiple views
 141             </li>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 144               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 145               with negative residue numbers or missing residues fails
 146             </li>
 147             <li>
 148               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 149               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 150               as generated by CONSURF)
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 154               structure and/or overview windows are also shown
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 158               very slow for alignments with large numbers of sequences
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 162               with 'StringIndexOutOfBounds'
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) (<a
 166               href="http://violetlib.org/vaqua/overview.html">download
 167                 here</a>) provided as fallback Look and Feel for OSX
 168               platforms running Java 10
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 172               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 173             </li>
 174           </ul>
 175           <em>Applet</em>
 176           <ul>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 179               should copy the group consensus when popup is opened on it
 180             </li>
 181
 182           </ul>
 183           <em>New Known Defects</em>
 184           <ul>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 187               editing a large alignment and overview is displayed
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 191               repeatedly after a series of edits even when the overview
 192               is no longer reflecting updates
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 196               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 197               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 198               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 199             </li>
 200           </ul>
 201         </div>
 202           </td>
 203     </tr>
 204     <tr>
 205       <td width="60" nowrap>
 206         <div align="center">
 207           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 208         </div>
 209       </td>
 210       <td><div align="left">
 211           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 212               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 213       <td><div align="left">
 214           <em>Desktop</em><ul>
 215           <ul>
 216             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 217             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 218             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 219             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 220             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 221             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 222             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 223           </ul>
 224           </div>
 225       </td>
 226     </tr>
 227     <tr>
 228       <td width="60" nowrap>
 229         <div align="center">
 230           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 231         </div>
 232       </td>
 233       <td><div align="left">
 234           <em></em>
 235           <ul>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 238               rendering of sequence features
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 242               429 rate limit request hander
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 246               their colours have changed
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 250               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 254               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 258               view from Ensembl locus cross-references
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 262               Alignment report
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 266               feature can be disabled
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 270               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 274               Uniprot
 275             </li>
 276           </ul>
 277           <em>Scripting</em>
 278           <ul>
 279             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 280             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 281               percent identity scores for current alignment.</li>
 282           </ul>
 283           <em>Testing and Deployment</em>
 284           <ul>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 287             </li>
 288           </ul>
 289         </div></td>
 290       <td><div align="left">
 291           <em>General</em>
 292           <ul>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 295               threshold text field doesn't trigger an update to the
 296               alignment view
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 300               strings in parallel
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 304               alignment window is closed
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 308               group visibility
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 312               takes a long time in Cursor mode
 313             </li>
 314           </ul>
 315           <em>Desktop</em>
 316           <ul>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 319               cannot be viewed in Chimera
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 323               CDS/Protein view
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 327               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 328               Search Dialogs
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 338               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 342               scrolling right in unwapped alignment view
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 346               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 347               database
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 351               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 355               features of same type and group to be selected for
 356               amending
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 360               alignments when hidden columns are present
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 364               displaying several structures
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 368               moving a window
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 372               within the Jalview desktop on OSX
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 376               when in wrapped alignment mode
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 380               hand end of alignment
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 384               each selected sequence do not have correct start/end
 385               positions
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 389               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 393               restoring project until a new view is created
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 397               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 398               configured (since 2.10.2b2)
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 402               position is adjusted
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 406               in a multi-chain structure when viewing alignment
 407               involving more than one chain (since 2.10)
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 411               if new selection moves alignment window
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 415               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 419               that produces correctly annotated transcripts and products
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 423               doesn't update associated structure view
 424             </li>
 425           </ul>
 426           <em>Applet</em><br />
 427           <ul>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 430               closing alignment panel
 431             </li>
 432           </ul>
 433           <em>BioJSON</em><br />
 434           <ul>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 437               non-positional features
 438             </li>
 439           </ul>
 440           <em>New Known Issues</em>
 441           <ul>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 444               sequence features correctly (for many previous versions of
 445               Jalview)
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 449               using cursor in wrapped panel other than top
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 453               graduated colour threshold
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 457               always preserve numbering and sequence features
 458             </li>
 459           </ul>
 460           <em>Known Java 9 Issues</em>
 461           <ul>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 464               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 465               9.01, OSX 10.10)
 466             </li>
 467           </ul>
 468         </div></td>
 469     </tr>
 470     <tr>
 471       <td width="60" nowrap>
 472         <div align="center">
 473           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 474             <em>2/10/2017</em></strong>
 475         </div>
 476       </td>
 477       <td><div align="left">
 478           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 479           <ul>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 482             </li>
 483             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 484             </li>
 485           </ul>
 486         </div></td>
 487       <td><div align="left">
 488         </div></td>
 489     </tr>
 490     <tr>
 491       <td width="60" nowrap>
 492         <div align="center">
 493           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 494             <em>7/9/2017</em></strong>
 495         </div>
 496       </td>
 497       <td><div align="left">
 498           <em></em>
 499           <ul>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 502               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 503               white)
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 507               Preferences
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 511               in size and progress bar shown as higher resolution
 512               overview is recalculated
 513             </li>
 514
 515           </ul>
 516         </div></td>
 517       <td><div align="left">
 518           <em></em>
 519           <ul>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 522               column region row by row
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 526               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 530               format setting is unticked
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 534               if group has show boxes format setting unticked
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 538               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 539               include sequences and columns not currently displayed
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 543               assemblies are imported via CIF file
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 547               displayed when threshold or conservation colouring is also
 548               enabled.
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 552               server version
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 556               dragging a selected region off the visible region of the
 557               alignment
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 561               colourscheme to all groups in a view
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 565               initially after font size change using the Font chooser or
 566               middle-mouse zoom
 567             </li>
 568           </ul>
 569         </div></td>
 570     </tr>
 571     <tr>
 572       <td width="60" nowrap>
 573         <div align="center">
 574           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 575         </div>
 576       </td>
 577       <td><div align="left">
 578           <em>Calculations</em>
 579           <ul>
 580
 581             <li>
 582               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 583               ungapped positions in each column of the alignment.
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 587               a calculation dialog box
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 591               and memory efficiency (~30x faster)
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 595               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 596               and other calculations
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 600               files within the Jalview codebase
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 604               Similarity may have different topology due to increased
 605               precision
 606             </li>
 607           </ul>
 608           <em>Rendering</em>
 609           <ul>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 612               model for alignments and groups
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 616               scripts
 617             </li>
 618           </ul>
 619           <em>Overview</em>
 620           <ul>
 621             <li>
 622               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 623               with alignment and overview windows
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 627               overview
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 631               omitted in Overview
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 635               adjustment of visible position
 636             </li>
 637           </ul>
 638
 639           <em>Data import/export</em>
 640           <ul>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 643               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 647               annotation input/output via stockholm flatfile
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 651               extension when importing structure files without embedded
 652               names or PDB accessions
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 656               format sequence substitution matrices
 657             </li>
 658           </ul>
 659           <em>User Interface</em>
 660           <ul>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 663               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 664               the application.
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 668               via Overview or sequence motif search operations
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 672               opened by double clicking gaps within sequence feature
 673               extent
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 677               aligned positions were available to create a 3D structure
 678               superposition.
 679             </li>
 680           </ul>
 681           <em>3D Structure</em>
 682           <ul>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 685               coloured in linked structure views
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 689               file-based command exchange
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 693               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 694               structures are already available for sequences
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 698               the Jalview project rather than downloaded again when the
 699               project is reopened.
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 703               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 704               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 705                 Feature</strong>)
 706             </li>
 707           </ul>
 708           <em>Web Services</em>
 709           <ul>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 715               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 716               Analysis services
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 720               cross-references provided by identifiers.org and the
 721               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 722             </li>
 723           </ul>
 724
 725           <em>Scripting</em>
 726           <ul>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 729               identifying file formats (instead of String constants)
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 733               efficiency when counting all displayed features (not
 734               backwards compatible with 2.10.1)
 735             </li>
 736           </ul>
 737           <em>Example files</em>
 738           <ul>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 741               included in the example feature file
 742             </li>
 743           </ul>
 744           <em>Documentation</em>
 745           <ul>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 748               with the built-in Java help viewer
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 752               sequence description' option
 753             </li>
 754           </ul>
 755           <em>Test Suite</em>
 756           <ul>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 759               Uniprot REST Free Text Search Client
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 766               during tests
 767             </li>
 768           </ul>
 769         </div></td>
 770       <td><div align="left">
 771           <em>Calculations</em>
 772           <ul>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 775               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 776               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 777             </li>
 778             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 779               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 780               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 781               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 782               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 783               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 784               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 785               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 786               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 787               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 788               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 789               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 790               // for 2.10.1 mode <br />
 791               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 792               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 793                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 794                 calculations (not recommended)</em></li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 797               scaling of branch lengths for trees computed using
 798               Sequence Feature Similarity.
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 802               generating output report when working with highly
 803               redundant alignments
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 807               right of selected region when gaps present on right-hand
 808               boundary
 809             </li>
 810           </ul>
 811           <em>User Interface</em>
 812           <ul>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 815               doesn't reselect a specific sequence's associated
 816               annotation after it was used for colouring a view
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 820               opened on a region of alignment without groups
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 824               of an alignment with overlapping groups
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 828               name and description match
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 832               hidden regions results in incorrect hidden regions
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 836               changing colour does not apply Conservation slider value
 837               to all groups
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 841               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 845               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 849               gaps before start of features
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 853               restored to UI when feature colour is edited
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 857               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 861               as graduate feature colour settings are modified via the
 862               dialog box
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 866               when a group defined on the alignment is resized
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 870               wrapped view result in positional status updates
 871             </li>
 872
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 875               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 879               alignment included gapped columns
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 883               widgets don't permanently disappear
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 887               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 888               T-Coffee column reliability scores)
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 892               sequence feature on gaps only
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 896               button from a Find inherit previously defined feature type
 897               rather than the Find query string
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 901               exporting tree calculated in Jalview
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 905               and then revealing them reorders sequences on the
 906               alignment
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 910               doesn't update to reflect available set of groups after
 911               interactively adding or modifying features
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 915               Linux
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 919               only excluded gaps in current sequence and ignored
 920               selection.
 921             </li>
 922           </ul>
 923           <em>Rendering</em>
 924           <ul>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 927               erratically when hidden rows or columns are present
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 931               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 932               sequence colouring
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 936               colour and group colour menu for protein alignments
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 940               reflect currently selected view or group's shading
 941               thresholds
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 945               when rendered on overview and structures when opacity at
 946               100%
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 950               overview when features overlaid on alignment
 951             </li>
 952           </ul>
 953           <em>Data import/export</em>
 954           <ul>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 957               load
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 961               added after a sequence was imported are not written to
 962               Stockholm File
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 966               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 970               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 974               with lightGray or darkGray via features file (but can
 975               specify lightgray)
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 979               when alignment view imported from project
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 983               structure and sequences extracted from structure files
 984               imported via URL and viewed in Jmol
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 988               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 989               the project is loaded and the structure viewed
 990             </li>
 991           </ul>
 992           <em>Web Services</em>
 993           <ul>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 996               release of Ensembl v.88
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1000               appear enabled in Preferences->Connections
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1004               removed from console output
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1008               Ensembl by Peptide ID
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1012               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1013               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1014               due to 'null' string rather than empty string used for
1015               residues with no corresponding PDB mapping).
1016             </li>
1017           </ul>
1018           <em>Application UI</em>
1019           <ul>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1022               menu
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1026               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1027               new documentation and tooltips added)
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1031               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1035               new features are added to alignment
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1039               changes to feature colours via the Amend features dialog
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1043               edit graduated feature colour via amend features dialog
1044               box
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1048               selection menu changes colours of alignment views
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1052               from alignment calculation workers after alignment has
1053               been closed
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1057               groups now 'Create Group'
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1061               Create/Undefine group doesn't always work
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1065               shown again after pressing 'Cancel'
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1069               adjusts start position in wrap mode
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1073               ambiguous amino acids
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1077               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1078               proteins
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1082               Defined' don't appear in Colours menu
1083             </li>
1084           </ul>
1085           <em>Applet</em>
1086           <ul>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1089               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1093               overview or linked structure view
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1097               work (since 2.8)
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1101               user-defined colourscheme doesn't restore original
1102               colourscheme
1103             </li>
1104           </ul>
1105           <em>Test Suite</em>
1106           <ul>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1109               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1113               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1114               problems with deep array comparison equality asserts in
1115               successive versions of TestNG
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1119               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1120             </li>
1121           </ul>
1122           <em>New Known Issues</em>
1123           <ul>
1124             <li>
1125               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1126               phase after a sequence motif find operation
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1130               containing just upper and lower case letters are
1131               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1135               reliably from eggnog Ortholog database
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1139               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1140               to mark columns containing highlighted regions.
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1144               doesn't always add secondary structure annotation.
1145             </li>
1146           </ul>
1147         </div>
1148     <tr>
1149       <td width="60" nowrap>
1150         <div align="center">
1151           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1152         </div>
1153       </td>
1154       <td><div align="left">
1155           <em>General</em>
1156           <ul>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1159               for all consensus calculations
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1163               3rd Oct 2016)
1164             </li>
1165             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1166               for 2016-2017</li>
1167           </ul>
1168           <em>Application</em>
1169           <ul>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1172               set of database cross-references, sorted alphabetically
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1176               from database cross references. Users with custom links
1177               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1178                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1182               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1183               Chimera session
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1187               the Chimera it is connected to is shut down
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1191               columns menu item to mark columns containing highlighted
1192               regions (e.g. from structure selections or results of a
1193               Find operation)
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1197               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1198               MSAviewer
1199             </li>
1200           </ul>
1201         </div></td>
1202       <td>
1203         <div align="left">
1204           <em>General</em>
1205           <ul>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1208               are not coloured or thresholded according to percent
1209               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1213               hydrophobic
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1217               threshold, amino acid properties)
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1221               reported as mapped to residues in a structure file in the
1222               View Mapping report
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1226               could be added multiple times to a sequence
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1230               bond features shown as two highlighted residues rather
1231               than a range in linked structure views, and treated
1232               correctly when selecting and computing trees from features
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1236               cross-references are matched to database name regardless
1237               of case
1238             </li>
1239
1240           </ul>
1241           <em>Application</em>
1242           <ul>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1245               names without regular expressions also offer links from
1246               Sequence ID
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1250               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1251               update Jalview configuration
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1255               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1259               files with similarly named sequences if dropped onto the
1260               alignment
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1264               entries where more chains exist in the PDB accession than
1265               are reported in the SIFTS file
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1269               the structure view when displayed with Chimera
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1273               panel's View->Show Chains submenu
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1277               work for wrapped alignment views
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1281               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1285               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1286               first annotation row
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1290               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1294               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1295             </li>
1296             <!-- JAL-2319 -->
1297             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1298             coordindate data
1299             </li>
1300           </ul>
1301           <!--           <em>New Known Issues</em>
1302           <ul>
1303             <li></li>
1304           </ul> -->
1305         </div>
1306       </td>
1307     </tr>
1308     <td width="60" nowrap>
1309       <div align="center">
1310         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1311           <em>25/10/2016</em></strong>
1312       </div>
1313     </td>
1314     <td><em>Application</em>
1315       <ul>
1316         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1317           view if structures already loaded</li>
1318         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1319           structure views</li>
1320       </ul></td>
1321     <td>
1322       <div align="left">
1323         <em>General</em>
1324         <ul>
1325           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1326             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1327           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1328             example sequences/projects/trees</li>
1329         </ul>
1330         <em>Application</em>
1331         <ul>
1332           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1333             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1334           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1335             without timeout for structures with multiple models or
1336             multiple sequences in alignment</li>
1337           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1338             PDB ID HEADER line</li>
1339           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1340             is performed</li>
1341           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1342             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1343           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1344           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1345             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1346             option</li>
1347           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1348             is created on the alignment</li>
1349           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1350             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1351             pop-up menu</li>
1352         </ul>
1353         <em>Build and deployment</em>
1354         <ul>
1355           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1356             tags</li>
1357         </ul>
1358         <em>New Known Issues</em>
1359         <ul>
1360           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1361             on Windows</li>
1362         </ul>
1363       </div>
1364     </td>
1365     </tr>
1366     <tr>
1367       <td width="60" nowrap>
1368         <div align="center">
1369           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1370         </div>
1371       </td>
1372       <td><em>General</em>
1373         <ul>
1374           <li>
1375             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1379             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1380             better PDB parsing.
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1384             reference sequence
1385           </li>
1386           <li>
1387             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1388             mousing over sequence associated annotation
1389           </li>
1390           <li>
1391             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1392             for manual entry
1393           </li>
1394           <li>
1395             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1396             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1397             for each column
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1401             showing or hiding columns containing a feature
1402           </li>
1403           <li>
1404             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1405             group and sequence associated annotation labels
1406           </li>
1407           <li>
1408             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1409             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1410             dialogs
1411           </li>
1412
1413         </ul> <em>Application</em>
1414         <ul>
1415           <li>
1416             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1417             gene/transcript view
1418           </li>
1419           <li>
1420             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1421             dialog
1422           </li>
1423           <li>
1424             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1425             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1426           </li>
1427           <li>
1428             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1429             Pfam sources to xfam.org
1430           </li>
1431           <li>
1432             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1436             over sequences in Jalview
1437           </li>
1438           <li>
1439             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1440             regions in ENA and EMBL
1441           </li>
1442           <li>
1443             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1444             for record retrieval via ENA rest API
1445           </li>
1446           <li>
1447             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1448             complement operator
1449           </li>
1450           <li>
1451             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1452             groovy script execution
1453           </li>
1454           <li>
1455             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1456             alignment window's Calculate menu
1457           </li>
1458           <li>
1459             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1460             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1461           </li>
1462           <li>
1463             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1464             calculation workers from groovy scripts
1465           </li>
1466           <li>
1467             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1468             Jalview projects
1469           </li>
1470           <li>
1471             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1472             associations are now saved/restored from project
1473           </li>
1474           <li>
1475             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1476             before sequence fetcher is opened
1477           </li>
1478           <li>
1479             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1480             database chooser opens a sequence fetcher
1481           </li>
1482           <li>
1483             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1484             the UniProt REST API
1485           </li>
1486           <li>
1487             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1488             the news reader opening
1489           </li>
1490           <li>
1491             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1492             querying stored in preferences
1493           </li>
1494           <li>
1495             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1496             search results
1497           </li>
1498           <li>
1499             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1500           </li>
1501           <li>
1502             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1503             menu for nucleotide sequences
1504           </li>
1505           <li>
1506             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1507             and feature counts preserves alignment ordering (and
1508             debugged for complex feature sets).
1509           </li>
1510           <li>
1511             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1512             viewing structures with Jalview 2.10
1513           </li>
1514           <li>
1515             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1516             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1517             Ensembl Genomes REST API
1518           </li>
1519           <li>
1520             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1521             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1522             (Ensembl)
1523           </li>
1524           <li>
1525             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1526             sequences
1527           </li>
1528           <li>
1529             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1530             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1531             data from external database records.
1532           </li>
1533           <li>
1534             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1535             efficient recovery of sequence coding and alignment
1536             annotation relationships.
1537           </li>
1538         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1539         <ul>
1540           <li>
1541             -- JAL---
1542           </li>
1543         </ul> --></td>
1544       <td>
1545         <div align="left">
1546           <em>General</em>
1547           <ul>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1550               menu on OSX
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1554               includes graduated colourschemes
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1558               working with big alignments and lots of hidden columns
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1562               at right of alignment window
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1566               contents
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1570               for DNA alignments
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1574               based tree calculation
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1578               unconserved enabled for group on alignment
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1582               set as reference
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1586               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1587               annotation
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1591               hidden columns present
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1595               user created annotation added to alignment
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1599               '()' base pair annotation
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1603               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1604               Consensus
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1608               feature not working
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1612               beginning of sequence
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1616               entry 3a6s
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1620               from a tree when t-coffee scores are shown
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1624               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1628               some structures
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1632               to Clustal, PIR and PileUp output
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1636               not visible causes alignment window to repaint
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1640               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1641               scores associated with features and annotation rows
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1645               calculation should be case independent
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1649               columns
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1653               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1654               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1658               problems when reference sequence defined and 'show
1659               non-conserved' enabled
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1663               load even when Consensus calculation is disabled
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1667               alignment does nothing
1668             </li>
1669           </ul>
1670           <em>Application</em>
1671           <ul>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1674               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1675               yet fixed for El Capitan)
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1679               output when running on non-gb/us i18n platforms
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1683               hidden sequences as flat-file alignment
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1687               launching Chimera
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1691               (also hotfix for 2.9.0b2)
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1695               reference sequence defined
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1699               alignments and views when revealing hidden columns
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1703               view in a cDNA/Protein splitframe
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1707               sequence from project when only one sequence is
1708               represented
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1712               in Structure Chooser
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1716               structure consensus didn't refresh annotation panel
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1720               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1724               dialogs format columns correctly, don't display array
1725               data, sort columns according to type
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1729               file chooser is cancelled during an image export
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1733               sequence name containing special characters
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1737               case insensitive
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1741               formatting don't wrap
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1745               truncated so L looks like I in consensus annotation
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1749               currently displayed features for the current selection or
1750               view
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1754               after fetching cross-references, and restoring from
1755               project
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1759               followed in the structure viewer
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1763               splitframe not restored from project
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1767               trailing end of protein alignment in transcript/product
1768               splitview when pad-gaps not enabled by default
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1772               is case dependent
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1776               article has been read (reopened issue due to
1777               internationalisation problems)
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1781               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1782               cross-references
1783             </li>
1784
1785             <li>
1786               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1787               alignment as HTML
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1791               multiple structures are shown for one or more sequences.
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1795               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1796               is enabled.
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1800               specific PDB id for sequence
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1804               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1805               columns' is disabled.
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1809               selects lowest rather than highest resolution structures
1810               for each sequence
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1814               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1818               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1822               after clicking on it to create new annotation for a
1823               column.
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1827               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1828             </li>
1829             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1830             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1831           </ul>
1832           <em>Applet</em>
1833           <ul>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1836               hidden columns present before start of sequence
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1840               (JSON jars)
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1844               sequences are hidden in applet
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1848               deployment on examples pages.
1849             </li>
1850           </ul>
1851         </div>
1852       </td>
1853     </tr>
1854     <tr>
1855       <td width="60" nowrap>
1856         <div align="center">
1857           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1858             <em>16/10/2015</em></strong>
1859         </div>
1860       </td>
1861       <td><em>General</em>
1862         <ul>
1863           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1864             jars</li>
1865         </ul></td>
1866       <td>
1867         <div align="left">
1868           <em>Application</em>
1869           <ul>
1870             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1871               shown when tree is partitioned</li>
1872             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1873               multiple cDNA/Protein split views</li>
1874           </ul>
1875         </div>
1876       </td>
1877     </tr>
1878     <tr>
1879       <td width="60" nowrap>
1880         <div align="center">
1881           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1882             <em>8/10/2015</em></strong>
1883         </div>
1884       </td>
1885       <td><em>General</em>
1886         <ul>
1887           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1888             2.9</li>
1889         </ul> <em>Application</em>
1890         <ul>
1891           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1892           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1893           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1894         </ul> <em>Applet</em>
1895         <ul>
1896           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1897         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1898         <ul>
1899           <li>
1900             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1901             suite
1902           </li>
1903         </ul></td>
1904       <td>
1905         <div align="left">
1906           <em>General</em>
1907           <ul>
1908             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1909               incorrect when sequence start > 1</li>
1910             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1911               documentation</li>
1912             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1913             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1914               loading a features file containing HTML tags in feature
1915               description</li>
1916
1917           </ul>
1918           <em>Application</em>
1919           <ul>
1920             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1921               reimport</li>
1922             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1923               with 'trim retrieved sequences'</li>
1924             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1925               deleting selected columns</li>
1926             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1927               JNLP templates for webstart launch</li>
1928             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1929               unreleased structures for download or viewing</li>
1930             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1931               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1932             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1933               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1934             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1935               recovered from jalview project</li>
1936             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1937               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1938               alignment view</li>
1939             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1940               color schemes from BioJSON</li>
1941           </ul>
1942           <em>Applet</em>
1943           <ul>
1944             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1945               frame</li>
1946             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1947           </ul>
1948         </div>
1949       </td>
1950     </tr>
1951     <tr>
1952       <td><div align="center">
1953           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1954         </div></td>
1955       <td><em>General</em>
1956         <ul>
1957           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1958             alignments:
1959             <ul>
1960               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1961                 and DNA alignment views</li>
1962               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1963                 cDNA alignment views</li>
1964               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1965                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1966               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1967                 protein sequences</li>
1968             </ul>
1969           </li>
1970           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1971           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1972             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1973           <li>New alignment annotation file statements for
1974             reference sequences and marking hidden columns</li>
1975           <li>Reference sequence based alignment shading to
1976             highlight variation</li>
1977           <li>Select or hide columns according to alignment
1978             annotation</li>
1979           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1980           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1981             acid conservation row</li>
1982           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1983         </ul> <em>Application</em>
1984         <ul>
1985           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1986             <ul>
1987               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1988                 view with cDNA/Protein</li>
1989               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1990                 sequences are placed in the same alignment</li>
1991               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1992                 projects</li>
1993             </ul>
1994           </li>
1995
1996           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1997           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1998             Jalview windows</li>
1999
2000           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2001           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2002           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2003             be shown in VARNA</li>
2004
2005           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2006             as the active selected region</li>
2007
2008           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2009             similarity</li>
2010           <li>New Export options
2011             <ul>
2012               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2013                 region export in flat file generation</li>
2014
2015               <li>Export alignment views for display with the <a
2016                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2017
2018               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2019               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2020                 alignment figures to HTML</li>
2021           </li>
2022           <li>3D structure retrieval and display
2023             <ul>
2024               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2025                 Search API</li>
2026               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2027                 PDB structures for a sequence set</li>
2028             </ul>
2029           </li>
2030
2031           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2032             predictions</li>
2033           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2034             for one or a group of sequences</li>
2035           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2036             from the JPred4 web server</li>
2037           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2038             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2039             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2040           </li>
2041           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2042             VARNA 2D Structure'</li>
2043           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2044             Structure ..."</li>
2045
2046         </ul> <em>Applet</em>
2047         <ul>
2048           <li>New layout for applet example pages</li>
2049           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2050             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2051           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2052             Protein alignments</li>
2053         </ul> <em>Development and deployment</em>
2054         <ul>
2055           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2056           <li>Include installation type and git revision in build
2057             properties and console log output</li>
2058           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2059             storing BioJsMSA Templates</li>
2060           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2061         </ul></td>
2062       <td>
2063         <!-- <em>General</em>
2064         <ul>
2065         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2066         <ul>
2067           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2068           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2069           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2070             predictions are not highlighted in amber</li>
2071           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2072             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2073           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2074             associated structure views</li>
2075           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2076             width checkbox not enabled</li>
2077           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2078             creating user defined colours</li>
2079           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2080             mappings for just that viewer's sequences</li>
2081           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2082             multiple models in Chimera</li>
2083           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2084             over Jmol structure</li>
2085           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2086             output to text box</li>
2087           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2088             have incorrect sequence start/end</li>
2089           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2090             Jalview fails</li>
2091           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2092             work for nucleotide</li>
2093           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2094             to a grey/invisible alignment window</li>
2095           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2096             imports to different position</li>
2097           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2098             on some platforms</li>
2099           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2100             populated</li>
2101           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2102             console if Chimera has been opened</li>
2103           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2104           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2105             retrieved</li>
2106           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2107           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2108             either sequence shows on first structure</li>
2109           <li>'Show annotations' options should not make
2110             non-positional annotations visible</li>
2111           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2112             in right place after 'view flanking regions'</li>
2113           <li>File Save As type unset when current file format is
2114             unknown</li>
2115           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2116             projects</li>
2117           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2118             responsive</li>
2119           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2120             several views on same alignment</li>
2121           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2122           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2123             spaces</li>
2124         </ul> <em>Applet</em>
2125         <ul>
2126           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2127           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2128             descriptions containing angle brackets</li>
2129         </ul> <em>General</em>
2130         <ul>
2131           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2132             via jalview annotation file</li>
2133           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2134             with RNA secondary structure</li>
2135           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2136             translation doesn't work.</li>
2137           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2138           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2139             positions</li>
2140           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2141             choosing 1pt font</li>
2142           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2143             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2144             'h'</li>
2145           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2146             new feature</li>
2147           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2148             order dependent</li>
2149           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2150             sequences</li>
2151           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2152         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2153         <ul>
2154           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2155             www.jalview.org</li>
2156         </ul> <em>Application Known issues</em>
2157         <ul>
2158           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2159           <li>Misleading message appears after trying to delete
2160             solid column.</li>
2161           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2162             version launches</li>
2163           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2164             fails with a sequence mismatch</li>
2165           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2166             scrolling alignment to right</li>
2167           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2168             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2169           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2170             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2171           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2172             ultra-high resolution</li>
2173           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2174             quality and conservation</li>
2175           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2176             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2177         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2178         <ul>
2179           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2180           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2181             window is being resized</li>
2182
2183         </ul>
2184       </td>
2185     </tr>
2186     <tr>
2187       <td><div align="center">
2188           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2189         </div></td>
2190       <td><em>General</em>
2191         <ul>
2192           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2193             Certum.PL.</li>
2194           <li>Features and annotation preserved when performing
2195             pairwise alignment</li>
2196           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2197             imported/exported/displayed</li>
2198           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2199             protein secondary structure</li>
2200           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2201               post-hoc with 2.9 release</em>)
2202           </li>
2203
2204         </ul> <em>Application</em>
2205         <ul>
2206           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2207             with 3D structures</li>
2208           <li>Support for parsing RNAML</li>
2209           <li>Annotations menu for layout
2210             <ul>
2211               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2212               <li>place sequence annotation above/below alignment
2213                 annotation</li>
2214             </ul>
2215           <li>Output in Stockholm format</li>
2216           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2217             translation</li>
2218           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2219           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2220             shared between alignments</li>
2221           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2222             Jalview</li>
2223           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2224             all or current selection</li>
2225           <li>disorder and secondary structure predictions
2226             available as dataset annotation</li>
2227           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2228
2229
2230           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2231             alignments from Rfam</li>
2232           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2233
2234           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2235             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2236           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2237           <li>include installation type in build properties and
2238             console log output</li>
2239           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2240             annotation</li>
2241         </ul></td>
2242       <td>
2243         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2244         <ul>
2245           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2246             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2247           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2248             alignment</li>
2249           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2250           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2251           <li>Double click on sequence associated annotation
2252             selects only first column</li>
2253           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2254             leaves shown in tree</li>
2255           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2256             properly</li>
2257           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2258           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2259             screen and buttons not visible</li>
2260           <li>author list isn't updated if already written to
2261             Jalview properties</li>
2262           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2263             from database</li>
2264           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2265           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2266             browser search window</li>
2267           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2268             in feature settings dialog</li>
2269           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2270             desktop</li>
2271           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2272             pass validation</li>
2273           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2274             fit on screen</li>
2275           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2276             tooltip</li>
2277           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2278             defined user preset</li>
2279           <li>MSA web services warns user if they were launched
2280             with invalid input</li>
2281           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2282             Java 8</li>
2283           <li>
2284             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2285             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2286             created
2287           </li>
2288
2289         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2290         <ul>
2291         </ul> <em>General</em>
2292         <ul>
2293         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2294         <ul>
2295           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2296             memory allocation</li>
2297           <li>launchApp service doesn't automatically open
2298             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2299           <li>
2300             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2301             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2302             1.7_055 is available
2303           </li>
2304         </ul> <em>Application Known issues</em>
2305         <ul>
2306           <li>
2307             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2308             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2309             alignment to right
2310           </li>
2311           <li>
2312             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2313             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2314             with large number of ID
2315           </li>
2316           <li>
2317             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2318             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2319             start/end
2320           </li>
2321           <li>
2322             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2323             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2324             structure tracks are rearranged
2325           </li>
2326           <li>
2327             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2328             invalid rna structure positional highlighting does not
2329             highlight position of invalid base pairs
2330           </li>
2331           <li>
2332             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2333             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2334             project from alignment window file menu
2335           </li>
2336           <li>
2337             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2338             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2339             structures
2340           </li>
2341           <li>
2342             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2343             colour by RNA Helices not enabled when user created
2344             annotation added to alignment
2345           </li>
2346           <li>
2347             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2348             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2349           </li>
2350         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2351         <ul>
2352           <li>
2353             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2354             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2355           </li>
2356           <li>
2357             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2358             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2359           </li>
2360
2361           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2362             when selected</li>
2363         </ul>
2364       </td>
2365     </tr>
2366     <tr>
2367       <td><div align="center">
2368           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2369         </div></td>
2370       <td>
2371         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2372         <em>General</em>
2373         <ul>
2374           <li>Internationalisation of user interface (usually
2375             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2376           <li>Define/Undefine group on current selection with
2377             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2378           <li>Improved group creation/removal options in
2379             alignment/sequence Popup menu</li>
2380           <li>Sensible precision for symbol distribution
2381             percentages shown in logo tooltip.</li>
2382           <li>Annotation panel height set according to amount of
2383             annotation when alignment first opened</li>
2384         </ul> <em>Application</em>
2385         <ul>
2386           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2387             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2388           <li>Select columns containing particular features from
2389             Feature Settings dialog</li>
2390           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2391             sequences</li>
2392           <li>Update Jalview project format:
2393             <ul>
2394               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2395               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2396                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2397               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2398                 colouring</li>
2399             </ul>
2400           </li>
2401           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2402             (PAM250)</li>
2403           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2404             flanking regions for an alignment</li>
2405         </ul>
2406       </td>
2407       <td>
2408         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2409         <ul>
2410           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2411             running after job is cancelled</li>
2412           <li>cannot export features from alignments imported from
2413             Jalview/VAMSAS projects</li>
2414           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2415             float values</li>
2416           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2417             have 'display all symbols' flag set</li>
2418           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2419             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2420           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2421             Jalview</li>
2422           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2423             Lion/Webstart</li>
2424           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2425           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2426           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2427             alignment onto desktop</li>
2428           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2429             'extract scores' function</li>
2430           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2431             alignment window</li>
2432           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2433             performing IUPred disorder prediction</li>
2434           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2435             changing 'normalise logo' display setting</li>
2436           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2437             nothing matches query</li>
2438           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2439             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2440           </li>
2441           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2442             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2443           </li>
2444           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2445             Jalview's menu</li>
2446           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2447             'invalid literal/length code'</li>
2448           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2449             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2450           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2451             colourscheme</li>
2452
2453         </ul> <em>Applet</em>
2454         <ul>
2455           <li>Remove group option is shown even when selection is
2456             not a group</li>
2457           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2458             don't affect groups</li>
2459           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2460             colourscheme name</li>
2461           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2462             Annotation panel is not displayed</li>
2463           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2464             embedded windows</li>
2465         </ul> <em>Other</em>
2466         <ul>
2467           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2468             single sequence were not calculated</li>
2469           <li>annotation files that contain only groups imported as
2470             annotation and junk sequences</li>
2471           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2472             recognised as PFAM or BLC</li>
2473           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2474             doesn't affect background (2.8.0b1)
2475           <li></li>
2476           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2477           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2478             trailing gaps</li>
2479           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2480             registered correctly on import</li>
2481           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2482             certain alignments</li>
2483           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2484             existing annotation based 'use original colours'
2485             colourscheme loses original colours setting</li>
2486         </ul>
2487       </td>
2488     </tr>
2489     <tr>
2490       <td><div align="center">
2491           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2492             <em>30/1/2014</em></strong>
2493         </div></td>
2494       <td>
2495         <ul>
2496           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2497             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2498             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2499             open source project).
2500           </li>
2501           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2502           <li>Output in Stockholm format</li>
2503           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2504           <li>Export/import group and sequence associated line
2505             graph thresholds</li>
2506           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2507             ambiguity codes</li>
2508           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2509             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2510             works</li>
2511           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2512         </ul> <em>Other improvements</em>
2513         <ul>
2514           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2515           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2516             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2517           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2518             files</li>
2519           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2520           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2521             link but no description</li>
2522           <li>Select primary source when selecting authority in
2523             database fetcher GUI</li>
2524           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2525             Jalview</li>
2526           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2527         </ul>
2528       </td>
2529       <td>
2530         <ul>
2531           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2532             displayed</li>
2533           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2534             secondary structure annotation line</li>
2535           <li>Sequence database accessions not imported when
2536             fetching alignments from Rfam</li>
2537           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2538             identical IDs</li>
2539           <li>View all structures does not always superpose
2540             structures</li>
2541           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2542             reflect user or preset settings</li>
2543           <li>Null pointer exceptions for some services without
2544             presets or adjustable parameters</li>
2545           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2546             discover PDB xRefs</li>
2547           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2548             features with DAS</li>
2549           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2550             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2551           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2552             residue follows a gap</li>
2553           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2554             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2555           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2556             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2557           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2558             annotation already exists on alignment</li>
2559           <li>oninit javascript function should be called after
2560             initialisation completes</li>
2561           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2562             alignment window display</li>
2563           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2564           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2565             to annotation file</li>
2566           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2567             groups created</li>
2568           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2569             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2570           <li>Pressing return several times causes Number Format
2571             exceptions in keyboard mode</li>
2572           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2573             correct partitions for input data</li>
2574           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2575           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2576           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2577           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2578             mode</li>
2579           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2580             changes one row&#39;s threshold</li>
2581           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2582             doesn&#39;t open</li>
2583           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2584             quality histograms</li>
2585         </ul>
2586       </td>
2587     </tr>
2588     <tr>
2589       <td><div align="center">
2590           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2591         </div></td>
2592       <td><em>Application</em>
2593         <ul>
2594           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2595             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2596           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2597             preferences</li>
2598           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2599             in Jalview alignment window</li>
2600           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2601             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2602           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2603             RNA and ambiguity codes</li>
2604
2605           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2606           <li>Support fetching and database reference look up
2607             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2608             refs')</li>
2609           <li>Jalview project improvements
2610             <ul>
2611               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2612                 flag for annotation</li>
2613               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2614                 alignment</li>
2615               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2616                 Jalview project</li>
2617
2618             </ul>
2619           </li>
2620           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2621           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2622             running</li>
2623           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2624           <li>visual indication that web service results are still
2625             being retrieved from server</li>
2626           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2627             starts up for first time</li>
2628           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2629             services</li>
2630           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2631             client library</li>
2632           <li>Examples directory and Groovy library included in
2633             InstallAnywhere distribution</li>
2634         </ul> <em>Applet</em>
2635         <ul>
2636           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2637             visualization applet example</li>
2638         </ul> <em>General</em>
2639         <ul>
2640           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2641           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2642             defaults</li>
2643           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2644             calculation</li>
2645           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2646             matrices
2647           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2648             in HTML</li>
2649           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2650             structure contacts</li>
2651           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2652           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2653           <li>Parse sequence associated secondary structure
2654             information in Stockholm files</li>
2655           <li>HTML Export database accessions and annotation
2656             information presented in tooltip for sequences</li>
2657           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2658             style RNA alignment files</li>
2659           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2660             alignment</li>
2661           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2662             shade each sequence according to its associated alignment
2663             annotation</li>
2664           <li>New Jalview Logo</li>
2665         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2666         <ul>
2667           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2668           <li>New Website!</li>
2669         </ul></td>
2670       <td><em>Application</em>
2671         <ul>
2672           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2673             wsdbfetch REST service</li>
2674           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2675           <li>Filetype associations not installed for webstart
2676             launch</li>
2677           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2678             job execution in full once it is complete</li>
2679           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2680             uploaded via ali_file parameter</li>
2681           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2682           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2683           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2684             submitted for prediction</li>
2685           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2686             desktop window</li>
2687           <li>Putting fractional value into integer text box in
2688             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2689           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2690             windows 7</li>
2691           <li>View all structures fails with exception shown in
2692             structure view</li>
2693           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2694             escaped in a platform independent way</li>
2695           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2696             using proxy</li>
2697           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2698             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2699           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2700             failure when java web start temporary file caching is
2701             disabled</li>
2702           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2703             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2704           <li>Errors during processing of command line arguments
2705             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2706           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2707             DAS sources in sequence fetcher</li>
2708           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2709             dialog is shown</li>
2710           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2711           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2712           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2713           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2714             on OSX Mountain Lion</li>
2715           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2716             sequences with alignment annotation are pasted into the
2717             alignment</li>
2718           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2719             when loaded from Jalview project</li>
2720           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2721           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2722             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2723           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2724             associated with all views</li>
2725           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2726             annotation rows to new window</li>
2727         </ul> <em>Applet</em>
2728         <ul>
2729           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2730             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2731           <li>loading features via javascript API automatically
2732             enables feature display</li>
2733           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2734             work</li>
2735         </ul> <em>General</em>
2736         <ul>
2737           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2738           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2739             and then deselected</li>
2740           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2741           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2742             coloured with clustalx</li>
2743           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2744             exceptions and redraw errors</li>
2745           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2746             reconfigured view</li>
2747           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2748             colour</li>
2749           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2750             for lots of labels</li>
2751         </ul>
2752     </tr>
2753     <tr>
2754       <td>
2755         <div align="center">
2756           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2757         </div>
2758       </td>
2759       <td><em>Application</em>
2760         <ul>
2761           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2762           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2763           <li>View/alignment association menu to enable user to
2764             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2765             its colours/correspondences from</li>
2766           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2767           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2768             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2769           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2770           <li>Annotation row column label formatting attributes
2771             stored in project file</li>
2772           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2773             rows preserved in Jalview project file</li>
2774           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2775             saved using Desktop window menu</li>
2776           <li>Visual indication that command line arguments are
2777             still being processed</li>
2778           <li>Groovy script execution from URL</li>
2779           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2780             preferences</li>
2781           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2782             alignment with sequences that have high similarity and
2783             matching IDs</li>
2784           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2785           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2786             structures in same window</li>
2787           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2788           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2789             analysis function in its own submenu</li>
2790         </ul> <em>Applet</em>
2791         <ul>
2792           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2793             groups</li>
2794           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2795           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2796           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2797           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2798           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2799             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2800           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2801           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2802             parameters are treated as such</li>
2803           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2804             <ul>
2805               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2806               <li>Javascript callbacks for
2807                 <ul>
2808                   <li>Applet initialisation</li>
2809                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2810                 </ul>
2811               </li>
2812               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2813                 functions</li>
2814               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2815               <li>javascript structure viewer harness to pass
2816                 messages between Jmol and Jalview when running as
2817                 distinct applets</li>
2818               <li>sortBy method</li>
2819               <li>Set of applet and application examples shipped
2820                 with documentation</li>
2821               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2822                 javascript message exchange</li>
2823             </ul>
2824         </ul> <em>General</em>
2825         <ul>
2826           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2827             multiple alignments</li>
2828           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2829           <li>User configurable link to enable redirects to a
2830             www.Jalview.org mirror</li>
2831           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2832           <li>Configurable newline string when writing alignment
2833             and other flat files</li>
2834           <li>Allow alignment annotation description lines to
2835             contain html tags</li>
2836         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2837         <ul>
2838           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2839             examples</li>
2840           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2841             using a web service before displaying the result in the
2842             Jalview desktop</li>
2843           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2844           <li>Ant target to publish example html files with applet
2845             archive</li>
2846           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2847           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2848         </ul></td>
2849       <td><em>Application</em>
2850         <ul>
2851           <li>User defined colourscheme throws exception when
2852             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2853           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2854             dialog for valid filename/format</li>
2855           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2856           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2857             P37173</li>
2858           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2859             which sequence is to be associated with the file</li>
2860           <li>Find All raises null pointer exception when query
2861             only matches sequence IDs</li>
2862           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2863           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2864             2.4 cannot be loaded</li>
2865           <li>Filetype associations not installed for webstart
2866             launch</li>
2867           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2868             with sequences in different alignments do not get coloured
2869             by their associated sequence</li>
2870           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2871             not preserved when project is loaded</li>
2872           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2873             stored in Jalview project</li>
2874           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2875             Jalview project</li>
2876           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2877           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2878             by conservation</li>
2879           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2880             created on new view</li>
2881           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2882             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2883           <li>Alignment quality not updated after alignment
2884             annotation row is hidden then shown</li>
2885           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2886             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2887           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2888             properly</li>
2889           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2890             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2891           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2892           <li>Structures imported from file and saved in project
2893             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2894           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2895             job execution in full once it is complete</li>
2896         </ul> <em>Applet</em>
2897         <ul>
2898           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2899             annotation rows are displayed</li>
2900           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2901             codebase</li>
2902           <li>View follows highlighting does not work for positions
2903             in sequences</li>
2904           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2905           <li>Export features raises exception when no features
2906             exist</li>
2907           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2908             for javascript api is modified when separator string
2909             provided as parameter</li>
2910           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2911             alignment with no existing selection</li>
2912           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2913             to applet&#39;s codebase</li>
2914           <li>Status bar not updated after finished searching and
2915             search wraps around to first result</li>
2916           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2917             several Jalview applets causes race conditions and memory
2918             leaks</li>
2919           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2920             not sent from Jmol in applet</li>
2921           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2922             applet API fatally hang browser</li>
2923         </ul> <em>General</em>
2924         <ul>
2925           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2926             position with wrapped view and hidden regions</li>
2927           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2928             with/without hidden columns</li>
2929           <li>Sequence length given in alignment properties window
2930             is off by 1</li>
2931           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2932             import PDB like structure files</li>
2933           <li>Positional search results are only highlighted
2934             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2935           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2936           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2937             given sequence position</li>
2938           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2939             output</li>
2940           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2941             from nucleotide chains correctly</li>
2942           <li>Structure colours not updated when tree partition
2943             changed in alignment</li>
2944           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2945             parsed in interleaved stockholm</li>
2946           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2947             state</li>
2948           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2949             properly</li>
2950           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2951             properly associated with their pdb files</li>
2952         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2953         <ul>
2954           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2955             ApplyCopyright tool</li>
2956         </ul></td>
2957     </tr>
2958     <tr>
2959       <td>
2960         <div align="center">
2961           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2962         </div>
2963       </td>
2964       <td><em>Application</em>
2965         <ul>
2966           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2967             contact web services</li>
2968           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2969             service job window</li>
2970           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2971         </ul></td>
2972       <td>
2973         <ul>
2974           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2975             pir file emitted by Jalview</li>
2976           <li>Existing feature settings transferred to new
2977             alignment view created from cut'n'paste</li>
2978           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2979             parsing PDB files</li>
2980           <li>Consensus and conservation annotation rows
2981             occasionally become blank for all new windows</li>
2982           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2983             in wrapped view mode</li>
2984         </ul> <em>Application</em>
2985         <ul>
2986           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2987             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2988           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2989             parameter names</li>
2990           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2991             is down</li>
2992         </ul>
2993       </td>
2994     </tr>
2995     <tr>
2996       <td>
2997         <div align="center">
2998           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2999         </div>
3000       </td>
3001       <td><em>Application</em>
3002         <ul>
3003           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3004             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3005             (JABAWS)
3006           </li>
3007           <li>Web Services preference tab</li>
3008           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3009             preferences</li>
3010           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3011           <li>Superpose structures using associated sequence
3012             alignment</li>
3013           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3014             viewer</li>
3015         </ul> <em>Applet</em>
3016         <ul>
3017           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3018             link out mechanism</li>
3019         </ul> <em>Other</em>
3020         <ul>
3021           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3022             series 12</li>
3023           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3024             require Java 1.5</li>
3025           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3026             sequence annotation files</li>
3027           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3028             type colour specification</li>
3029           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3030             script to check if it being run in an interactive session or
3031             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3032         </ul></td>
3033       <td>
3034         <ul>
3035           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3036             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3037         </ul> <em>Application</em>
3038         <ul>
3039           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3040             selected Regions menu item</li>
3041           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3042             part of a valid accession ID</li>
3043           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3044             runs out of memory</li>
3045           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3046             analysis results</li>
3047           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3048             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3049           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3050         </ul> <em>Applet</em>
3051         <ul>
3052           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3053             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3054             defined.</li>
3055         </ul>
3056       </td>
3057     </tr>
3058     <tr>
3059       <td>
3060         <div align="center">
3061           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3062         </div>
3063       </td>
3064       <td></td>
3065       <td>
3066         <ul>
3067           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3068             sequence IDs</li>
3069           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3070             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3071           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3072             import correctly</li>
3073           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3074             number of columns are hidden</li>
3075           <li>annotation label popup menu not providing correct
3076             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3077             present</li>
3078           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3079             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3080           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3081             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3082
3083         </ul> <em>Applet</em>
3084         <ul>
3085           <li>annotation panel disappears when annotation is
3086             hidden/removed</li>
3087         </ul> <em>Application</em>
3088         <ul>
3089           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3090             alignment opened where annotation panel is visible but no
3091             annotations are present on alignment</li>
3092           <li>pasted region containing hidden columns is
3093             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3094           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3095             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3096           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3097             selected Rregions menu item.</li>
3098           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3099             'Un' or 'Non'conserved</li>
3100           <li>Sequence feature settings are being shared by
3101             multiple distinct alignments</li>
3102           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3103             changed</li>
3104           <li>double click on group annotation to select sequences
3105             does not propagate to associated trees</li>
3106           <li>Mac OSX specific issues:
3107             <ul>
3108               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3109                 window background</li>
3110               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3111                 name set correctly</li>
3112               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3113                 save feature colourscheme button</li>
3114             </ul>
3115           </li>
3116         </ul>
3117       </td>
3118     </tr>
3119     <tr>
3120
3121       <td>
3122         <div align="center">
3123           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3124         </div>
3125       </td>
3126       <td><em>New Capabilities</em>
3127         <ul>
3128           <li>URL links generated from description line for
3129             regular-expression based URL links (applet and application)
3130
3131           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3132             menu</li>
3133           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3134             structures</li>
3135           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3136             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3137           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3138             average score or total feature count for each sequence.</li>
3139           <li>Shading features by score or associated description</li>
3140           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3141             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3142           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3143             hide everything but the currently selected region.</li>
3144           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3145         </ul> <em>Application</em>
3146         <ul>
3147           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3148             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3149           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3150             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3151           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3152             database references and protein_name is parsed as
3153             description line (BioSapiens terms).</li>
3154           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3155             references in sequence ID tooltip from View menu in
3156             application.</li>
3157           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3158       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3159           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3160             conservation plots</li>
3161           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3162             and visualized as sequence logos</li>
3163           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3164             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3165           </li>
3166           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3167             when a new tree is opened.</li>
3168           <li>Jalview Java Console</li>
3169           <li>Better placement of desktop window when moving
3170             between different screens.</li>
3171           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3172             consensus annotation</li>
3173           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3174             Workflows</li>
3175           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3176             <ul>
3177               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3178                 used to preserve views, structures, and tree display
3179                 settings)</li>
3180               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3181                 command line</li>
3182               <li>Sharing of selected regions between views and
3183                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3184               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3185             </ul></li>
3186         </ul> <em>Applet</em>
3187         <ul>
3188           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3189           <li>New Parameters
3190             <ul>
3191               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3192                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3193                 opened.</li>
3194               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3195                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3196               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3197                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3198               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3199                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3200                 view</li>
3201               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3202                 increase the height or width of a cell in the alignment
3203                 grid relative to the current font size.</li>
3204             </ul>
3205           </li>
3206           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3207             tooltip</li>
3208         </ul> <em>Other</em>
3209         <ul>
3210           <li>Features format: graduated colour definitions and
3211             specification of feature scores</li>
3212           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3213             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3214             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3215           <li>XML formats extended to support graduated feature
3216             colourschemes, group associated annotation, and profile
3217             visualization settings.</li></td>
3218       <td>
3219         <ul>
3220           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3221             rather than description</li>
3222           <li>Non-positional features are now included in sequence
3223             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3224             visibility in tooltip).</li>
3225           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3226           <li>Added URL embedding instructions to features file
3227             documentation.</li>
3228           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3229             'X' in peptide product</li>
3230           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3231             sequence ID and sequence string and query strings do not
3232             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3233           <li>AMSA files only contain first column of
3234             multi-character column annotation labels</li>
3235           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3236             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3237             exported and re-imported)</li>
3238           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3239             name</li>
3240           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3241             as subsequence matches, and correctly reports total number
3242             of both.</li>
3243           <li>Application:
3244             <ul>
3245               <li>Better handling of exceptions during sequence
3246                 retrieval</li>
3247               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3248                 link text excludes the start_end suffix</li>
3249               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3250                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3251               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3252               <li>Sequence description lines properly shared via
3253                 VAMSAS</li>
3254               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3255                 data sources</li>
3256               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3257                 completes before alignment figures are generated.</li>
3258               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3259                 first time.</li>
3260               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3261                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3262               <li>User defined group colours properly recovered
3263                 from Jalview projects.</li>
3264             </ul>
3265           </li>
3266         </ul>
3267       </td>
3268
3269     </tr>
3270     <tr>
3271       <td>
3272         <div align="center">
3273           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3274         </div>
3275       </td>
3276       <td>
3277         <ul>
3278           <li>Experimental support for google analytics usage
3279             tracking.</li>
3280           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3281         </ul>
3282       </td>
3283       <td>
3284         <ul>
3285           <li>Race condition in applet preventing startup in
3286             jre1.6.0u12+.</li>
3287           <li>Exception when feature created from selection beyond
3288             length of sequence.</li>
3289           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3290           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3291             all sequences with a given id</li>
3292           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3293             ID string searches</li>
3294           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3295             alignment to fail with exception</li>
3296         </ul> <em>Application Issues</em>
3297         <ul>
3298           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3299           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3300             data sources</li>
3301         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3302         <ul>
3303           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3304             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3305           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3306             version (java class versioning error fixed)</li>
3307         </ul>
3308       </td>
3309     </tr>
3310     <tr>
3311       <td>
3312
3313         <div align="center">
3314           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3315         </div>
3316       </td>
3317       <td><em>User Interface</em>
3318         <ul>
3319           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3320             translation and protein products</li>
3321           <li>Linked highlighting of structure associated with
3322             residue mapping to codon position</li>
3323           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3324             and 'clear' button</li>
3325           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3326             Tools menu</li>
3327           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3328             numeric data in description line</li>
3329           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3330           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3331             of sequence</li>
3332         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3333         <ul>
3334           <li>JPred3 web service</li>
3335           <li>Prototype sequence search client (no public services
3336             available yet)</li>
3337           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3338             PFAM</li>
3339           <li>URL Links created for matching database cross
3340             references as well as sequence ID</li>
3341           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3342         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3343         <ul>
3344           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3345             databases</li>
3346           <li>Generalised database reference retrieval and
3347             validation to all fetchable databases</li>
3348           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3349             sequence command</li>
3350         </ul> <em>Import and Export</em>
3351         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3352         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3353           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3354         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3355           File</li>
3356         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3357           triplet as name of colourscheme</li>
3358         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3359         <ul>
3360           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3361           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3362             alignments (experimental)</li>
3363           <li>Create new or select existing session to join</li>
3364           <li>load and save of vamsas documents</li>
3365         </ul> <em>Application command line</em>
3366         <ul>
3367           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3368             from applet)</li>
3369           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3370             of DAS servers to query for alignment features</li>
3371           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3372             that are also automatically queried for features</li>
3373           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3374             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3375         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3376         <ul>
3377           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3378             application (when using &quot;View in full
3379             application&quot;)</li>
3380         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3381         <ul>
3382           <li>feature group display control parameter</li>
3383           <li>debug parameter</li>
3384           <li>showbutton parameter</li>
3385         </ul> <em>Applet API methods</em>
3386         <ul>
3387           <li>newView public method</li>
3388           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3389           <li>Feature display control methods</li>
3390           <li>get list of currently selected sequences</li>
3391         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3392         <ul>
3393           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3394           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3395             Jalview release.</li>
3396           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3397             property controls execution of obfuscator</li>
3398           <li>Build target for generating source distribution</li>
3399           <li>Debug flag for javacc</li>
3400           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3401             jalview.bin.Cache</li>
3402           <li>Continuous Build Integration for stable and
3403             development version of Application, Applet and source
3404             distribution</li>
3405         </ul></td>
3406       <td>
3407         <ul>
3408           <li>selected region output includes visible annotations
3409             (for certain formats)</li>
3410           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3411             for editing</li>
3412           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3413           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3414           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3415           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3416             comments</li>
3417           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3418             filenames containing a ':'</li>
3419           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3420             global sequence features</li>
3421           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3422             references from alignment sequences goes to zero</li>
3423           <li>Close of tree branch colour box without colour
3424             selection causes cascading exceptions</li>
3425           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3426           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3427             file parsing fails.</li>
3428           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3429           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3430             not a valid output format</li>
3431           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3432             vamsas</li>
3433           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3434           <li>error messages passed up and output when data read
3435             fails</li>
3436           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3437             sequence is edited</li>
3438           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3439             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3440           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3441             filetype</li>
3442           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3443             import fixed for PFAM records</li>
3444           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3445             window list</li>
3446           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3447             can be read and written correctly to annotation file</li>
3448           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3449             correctly</li>
3450           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3451             non-italic font for representatives in Applet</li>
3452           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3453             Macs.</li>
3454           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3455             Applet)</li>
3456           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3457             due to null pointer exceptions</li>
3458           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3459             first column of alignment</li>
3460           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3461             July 2008</li>
3462           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3463             file is case-insensitive</li>
3464           <li>Sequence features read from Features file appended to
3465             all sequences with matching IDs</li>
3466           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3467             containing a sub-sequence</li>
3468           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3469           <li>feature and annotation file applet parameters
3470             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3471           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3472           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3473             splash-screen version check to complete</li>
3474           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3475             when passing them to the launchApp service</li>
3476           <li>display name and local features preserved in results
3477             retrieved from web service</li>
3478           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3479             sequence fetcher initialisation</li>
3480           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3481             dasobert DAS client</li>
3482           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3483             association</li>
3484           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3485             sequences
3486           </li>
3487         </ul>
3488       </td>
3489     </tr>
3490     <tr>
3491       <td>
3492         <div align="center">
3493           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3494         </div>
3495       </td>
3496       <td>
3497         <ul>
3498           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3499           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3500           <li>Slide sequences</li>
3501           <li>Edit sequence in place</li>
3502           <li>EMBL CDS features</li>
3503           <li>DAS Feature mapping</li>
3504           <li>Feature ordering</li>
3505           <li>Alignment Properties</li>
3506           <li>Annotation Scores</li>
3507           <li>Sort by scores</li>
3508           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3509         </ul>
3510       </td>
3511       <td>
3512         <ul>
3513           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3514           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3515           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3516           <li>Feature group display state in XML</li>
3517           <li>Feature ordering in XML</li>
3518           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3519           <li>Stockholm alignment properties</li>
3520           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3521           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3522           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3523           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3524         </ul>
3525       </td>
3526
3527     </tr>
3528     <tr>
3529       <td>
3530         <div align="center">
3531           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3532         </div>
3533       </td>
3534       <td>
3535         <ul>
3536           <li>Non standard characters can be read and displayed
3537           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3538             applet via textbox
3539           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3540             name &amp; description
3541           <li>Preference setting to display sequence name in
3542             italics
3543           <li>Annotation file format extended to allow
3544             Sequence_groups to be defined
3545           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3546             specified in preferences
3547           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3548             sequences
3549         </ul>
3550       </td>
3551       <td>
3552         <ul>
3553           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3554             installed
3555           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3556           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3557         </ul>
3558       </td>
3559     </tr>
3560     <tr>
3561       <td>
3562         <div align="center">
3563           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3564         </div>
3565       </td>
3566       <td>
3567         <ul>
3568           <li>Multiple views on alignment
3569           <li>Sequence feature editing
3570           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3571           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3572           <li>Background dependent text colour
3573           <li>Right align sequence ids
3574           <li>User-defined lower case residue colours
3575           <li>Format Menu
3576           <li>Select Menu
3577           <li>Menu item accelerator keys
3578           <li>Control-V pastes to current alignment
3579           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3580           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3581           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3582
3583           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3584         </ul>
3585       </td>
3586       <td>
3587         <ul>
3588           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3589           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3590             calculations
3591           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3592             edits
3593           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3594             of alignment)
3595           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3596
3597           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3598             display correctly
3599           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3600           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3601             analysis results
3602           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3603             &#8739;
3604           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3605           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3606           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3607
3608         </ul>
3609       </td>
3610     </tr>
3611     <tr>
3612       <td>
3613         <div align="center">
3614           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3615         </div>
3616       </td>
3617       <td>
3618         <ul>
3619           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3620         </ul>
3621       </td>
3622       <td>
3623         <ul>
3624           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3625             sequence id panel has been resized</li>
3626           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3627             rendered</li>
3628           <li>Annotation files with sequence references - all
3629             elements in file are relative to sequence position</li>
3630           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3631         </ul>
3632       </td>
3633     </tr>
3634     <tr>
3635       <td>
3636         <div align="center">
3637           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3638         </div>
3639       </td>
3640       <td>
3641         <ul>
3642           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3643           <li>DAS Feature fetching</li>
3644           <li>Hide sequences and columns</li>
3645           <li>Export Annotations and Features</li>
3646           <li>GFF file reading / writing</li>
3647           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3648             files</li>
3649           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3650           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3651           <li>Applet can launch the full application</li>
3652           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3653             required)</li>
3654           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3655           <li>Applet can load sequences from parameter
3656             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3657           </li>
3658         </ul>
3659       </td>
3660       <td>
3661         <ul>
3662           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3663           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3664           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3665         </ul>
3666       </td>
3667     </tr>
3668     <tr>
3669       <td>
3670         <div align="center">
3671           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3672         </div>
3673       </td>
3674       <td>
3675         <ul>
3676           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3677           <li>Choose to match case when searching</li>
3678           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3679             expand the visible width and height of the alignment</li>
3680         </ul>
3681       </td>
3682       <td>
3683         <ul>
3684           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3685         </ul>
3686       </td>
3687     </tr>
3688     <tr>
3689       <td>
3690         <div align="center">
3691           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3692         </div>
3693       </td>
3694       <td>&nbsp;</td>
3695       <td>
3696         <ul>
3697           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3698           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3699             value</li>
3700         </ul>
3701       </td>
3702     </tr>
3703     <tr>
3704       <td>
3705         <div align="center">
3706           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3707         </div>
3708       </td>
3709       <td>
3710         <ul>
3711           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3712           <li>Keyboard editing</li>
3713           <li>Create sequence features from searches</li>
3714           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3715             alignments</li>
3716           <li>Features file allows grouping of features</li>
3717           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3718           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3719           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3720         </ul>
3721       </td>
3722       <td>
3723         <ul>
3724           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3725           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3726             descriptions saved.</li>
3727         </ul>
3728       </td>
3729     </tr>
3730     <tr>
3731       <td>
3732         <div align="center">
3733           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3734         </div>
3735       </td>
3736       <td>
3737         <ul>
3738           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3739           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3740           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3741             name for file output</li>
3742           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3743           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3744             used for HTML form input</li>
3745         </ul>
3746       </td>
3747       <td>
3748         <ul>
3749           <li>HTML output writes groups and features</li>
3750           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3751           <li>File IO bugs</li>
3752         </ul>
3753       </td>
3754     </tr>
3755     <tr>
3756       <td>
3757         <div align="center">
3758           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3759         </div>
3760       </td>
3761       <td>
3762         <ul>
3763           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3764           <li>More options for PCA viewer</li>
3765         </ul>
3766       </td>
3767       <td>
3768         <ul>
3769           <li>GUI bugs resolved</li>
3770           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3771         </ul>
3772       </td>
3773     </tr>
3774     <tr>
3775       <td height="63">
3776         <div align="center">
3777           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3778         </div>
3779       </td>
3780       <td>
3781         <ul>
3782           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3783           <li>Jar files are executable</li>
3784           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3785         </ul>
3786       </td>
3787       <td>
3788         <ul>
3789           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3790           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3791           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3792         </ul>
3793       </td>
3794     </tr>
3795     <tr>
3796       <td>
3797         <div align="center">
3798           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3799         </div>
3800       </td>
3801       <td>
3802         <ul>
3803           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3804         </ul>
3805       </td>
3806       <td>
3807         <ul>
3808           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3809         </ul>
3810       </td>
3811     </tr>
3812     <tr>
3813       <td>
3814         <div align="center">
3815           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3816         </div>
3817       </td>
3818       <td>
3819         <ul>
3820           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3821             size</li>
3822         </ul>
3823       </td>
3824       <td>
3825         <ul>
3826           <li>Improved JPred client reliability</li>
3827           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3828         </ul>
3829       </td>
3830     </tr>
3831     <tr>
3832       <td>
3833         <div align="center">
3834           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3835         </div>
3836       </td>
3837       <td>
3838         <ul>
3839           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3840           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3841           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3842             to Colour Menu</li>
3843           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3844           <li>Unix users can set default web browser</li>
3845           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3846           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3847         </ul>
3848       </td>
3849       <td>
3850         <ul>
3851           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3852         </ul>
3853       </td>
3854     </tr>
3855     <tr>
3856       <td>
3857         <div align="center">
3858           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3859         </div>
3860       </td>
3861       <td>&nbsp;</td>
3862       <td>
3863         <ul>
3864           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3865             alignment order.</li>
3866         </ul>
3867       </td>
3868     </tr>
3869     <tr>
3870       <td>
3871         <div align="center">
3872           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3873         </div>
3874       </td>
3875       <td>
3876         <ul>
3877           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3878           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3879           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3880             annotations.</li>
3881           <li>Version and build date written to build properties
3882             file.</li>
3883           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3884             at launch of Jalview.</li>
3885         </ul>
3886       </td>
3887       <td>
3888         <ul>
3889           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3890           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3891           <li>Can remove groups one by one.</li>
3892           <li>Filechooser icons installed.</li>
3893           <li>Finder ignores return character when searching.
3894             Return key will initiate a search.<br>
3895           </li>
3896         </ul>
3897       </td>
3898     </tr>
3899     <tr>
3900       <td>
3901         <div align="center">
3902           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3903         </div>
3904       </td>
3905       <td>
3906         <ul>
3907           <li>New codebase</li>
3908         </ul>
3909       </td>
3910       <td>&nbsp;</td>
3911     </tr>
3912   </table>
3913   <p>&nbsp;</p>
3914 </body>
3915 </html>