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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92           </ul>
  93           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  94       </td>
  95       <td><div align="left">
  96           <em></em>
  97           <ul>
  98             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
  99             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 100             </li>
 101             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 102             </li>
 103           </ul>
 104       </td>
 105     </tr>
 106     <tr>
 107       <td width="60" nowrap>
 108         <div align="center">
 109           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 110             <em>2/10/2017</em></strong>
 111         </div>
 112       </td>
 113       <td><div align="left">
 114           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 115           <ul>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 118             </li>
 119             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 120             </li>
 121           </ul>
 122         </div></td>
 123       <td><div align="left">
 124         </div></td>
 125     </tr>
 126     <tr>
 127       <td width="60" nowrap>
 128         <div align="center">
 129           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 130             <em>7/9/2017</em></strong>
 131         </div>
 132       </td>
 133       <td><div align="left">
 134           <em></em>
 135           <ul>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 138               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 139               white)
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 143               Preferences
 144             </li>
 145             <li>
 146               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 147               in size and progress bar shown as higher resolution
 148               overview is recalculated
 149             </li>
 150
 151           </ul>
 152         </div></td>
 153       <td><div align="left">
 154           <em></em>
 155           <ul>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 158               column region row by row
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 162               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 166               format setting is unticked
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 170               if group has show boxes format setting unticked
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 174               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 175               include sequences and columns not currently displayed
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 179               assemblies are imported via CIF file
 180             </li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 183               displayed when threshold or conservation colouring is also
 184               enabled.
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 188               server version
 189             </li>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 192               dragging a selected region off the visible region of the
 193               alignment
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 197               colourscheme to all groups in a view
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 201               initially after font size change using the Font chooser or
 202               middle-mouse zoom
 203             </li>
 204           </ul>
 205         </div></td>
 206     </tr>
 207     <tr>
 208       <td width="60" nowrap>
 209         <div align="center">
 210           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 211         </div>
 212       </td>
 213       <td><div align="left">
 214           <em>Calculations</em>
 215           <ul>
 216
 217             <li>
 218               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 219               ungapped positions in each column of the alignment.
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 223               a calculation dialog box
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 227               and memory efficiency (~30x faster)
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 231               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 232               and other calculations
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 236               files within the Jalview codebase
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 240               Similarity may have different topology due to increased
 241               precision
 242             </li>
 243           </ul>
 244           <em>Rendering</em>
 245           <ul>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 248               model for alignments and groups
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 252               scripts
 253             </li>
 254           </ul>
 255           <em>Overview</em>
 256           <ul>
 257             <li>
 258               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 259               with alignment and overview windows
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 263               overview
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 267               omitted in Overview
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 271               adjustment of visible position
 272             </li>
 273           </ul>
 274
 275           <em>Data import/export</em>
 276           <ul>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 279               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 283               annotation input/output via stockholm flatfile
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 287               extension when importing structure files without embedded
 288               names or PDB accessions
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 292               format sequence substitution matrices
 293             </li>
 294           </ul>
 295           <em>User Interface</em>
 296           <ul>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 299               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 300               the application.
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 304               via Overview or sequence motif search operations
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 308               opened by double clicking gaps within sequence feature
 309               extent
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 313               aligned positions were available to create a 3D structure
 314               superposition.
 315             </li>
 316           </ul>
 317           <em>3D Structure</em>
 318           <ul>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 321               coloured in linked structure views
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 325               file-based command exchange
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 329               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 330               structures are already available for sequences
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 334               the Jalview project rather than downloaded again when the
 335               project is reopened.
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 339               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 340               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 341                 Feature</strong>)
 342             </li>
 343           </ul>
 344           <em>Web Services</em>
 345           <ul>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 351               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 352               Analysis services
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 356               cross-references provided by identifiers.org and the
 357               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 358             </li>
 359           </ul>
 360
 361           <em>Scripting</em>
 362           <ul>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 365               identifying file formats (instead of String constants)
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 369               efficiency when counting all displayed features (not
 370               backwards compatible with 2.10.1)
 371             </li>
 372           </ul>
 373           <em>Example files</em>
 374           <ul>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 377               included in the example feature file
 378             </li>
 379           </ul>
 380           <em>Documentation</em>
 381           <ul>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 384               with the built-in Java help viewer
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 388               sequence description' option
 389             </li>
 390           </ul>
 391           <em>Test Suite</em>
 392           <ul>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 395               Uniprot REST Free Text Search Client
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 402               during tests
 403             </li>
 404           </ul>
 405         </div></td>
 406       <td><div align="left">
 407           <em>Calculations</em>
 408           <ul>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 411               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 412               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 413             </li>
 414             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 415               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 416               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 417               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 418               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 419               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 420               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 421               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 422               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 423               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 424               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 425               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 426               // for 2.10.1 mode <br />
 427               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 428               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 429                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 430                 calculations (not recommended)</em></li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 433               scaling of branch lengths for trees computed using
 434               Sequence Feature Similarity.
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 438               generating output report when working with highly
 439               redundant alignments
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 443               right of selected region when gaps present on right-hand
 444               boundary
 445             </li>
 446           </ul>
 447           <em>User Interface</em>
 448           <ul>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 451               doesn't reselect a specific sequence's associated
 452               annotation after it was used for colouring a view
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 456               opened on a region of alignment without groups
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 460               of an alignment with overlapping groups
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 464               name and description match
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 468               hidden regions results in incorrect hidden regions
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 472               changing colour does not apply Conservation slider value
 473               to all groups
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 477               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 481               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 485               gaps before start of features
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 489               restored to UI when feature colour is edited
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 493               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 497               as graduate feature colour settings are modified via the
 498               dialog box
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 502               when a group defined on the alignment is resized
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 506               wrapped view result in positional status updates
 507             </li>
 508
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 511               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 515               alignment included gapped columns
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 519               widgets don't permanently disappear
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 523               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 524               T-Coffee column reliability scores)
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 528               sequence feature on gaps only
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 532               button from a Find inherit previously defined feature type
 533               rather than the Find query string
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 537               exporting tree calculated in Jalview
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 541               and then revealing them reorders sequences on the
 542               alignment
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 546               doesn't update to reflect available set of groups after
 547               interactively adding or modifying features
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 551               Linux
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 555               only excluded gaps in current sequence and ignored
 556               selection.
 557             </li>
 558           </ul>
 559           <em>Rendering</em>
 560           <ul>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 563               erratically when hidden rows or columns are present
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 567               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 568               sequence colouring
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 572               colour and group colour menu for protein alignments
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 576               reflect currently selected view or group's shading
 577               thresholds
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 581               when rendered on overview and structures when opacity at
 582               100%
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 586               overview when features overlaid on alignment
 587             </li>
 588           </ul>
 589           <em>Data import/export</em>
 590           <ul>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 593               load
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 597               added after a sequence was imported are not written to
 598               Stockholm File
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 602               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 606               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 610               with lightGray or darkGray via features file (but can
 611               specify lightgray)
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 615               when alignment view imported from project
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 619               structure and sequences extracted from structure files
 620               imported via URL and viewed in Jmol
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 624               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 625               the project is loaded and the structure viewed
 626             </li>
 627           </ul>
 628           <em>Web Services</em>
 629           <ul>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 632               release of Ensembl v.88
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 636               appear enabled in Preferences->Connections
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 640               removed from console output
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 644               Ensembl by Peptide ID
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 648               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 649               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 650               due to 'null' string rather than empty string used for
 651               residues with no corresponding PDB mapping).
 652             </li>
 653           </ul>
 654           <em>Application UI</em>
 655           <ul>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 658               menu
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 662               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 663               new documentation and tooltips added)
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 667               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 671               new features are added to alignment
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 675               changes to feature colours via the Amend features dialog
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 679               edit graduated feature colour via amend features dialog
 680               box
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 684               selection menu changes colours of alignment views
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 688               from alignment calculation workers after alignment has
 689               been closed
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 693               groups now 'Create Group'
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 697               Create/Undefine group doesn't always work
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 701               shown again after pressing 'Cancel'
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 705               adjusts start position in wrap mode
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 709               ambiguous amino acids
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 713               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 714               proteins
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 718               Defined' don't appear in Colours menu
 719             </li>
 720           </ul>
 721           <em>Applet</em>
 722           <ul>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 725               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 729               overview or linked structure view
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 733               work (since 2.8)
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 737               user-defined colourscheme doesn't restore original
 738               colourscheme
 739             </li>
 740           </ul>
 741           <em>Test Suite</em>
 742           <ul>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 745               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 749               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 750               problems with deep array comparison equality asserts in
 751               successive versions of TestNG
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 755               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 756             </li>
 757           </ul>
 758           <em>New Known Issues</em>
 759           <ul>
 760             <li>
 761               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 762               phase after a sequence motif find operation
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 766               containing just upper and lower case letters are
 767               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 771               reliably from eggnog Ortholog database
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 775               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 776               to mark columns containing highlighted regions.
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 780               doesn't always add secondary structure annotation.
 781             </li>
 782           </ul>
 783         </div>
 784     <tr>
 785       <td width="60" nowrap>
 786         <div align="center">
 787           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 788         </div>
 789       </td>
 790       <td><div align="left">
 791           <em>General</em>
 792           <ul>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 795               for all consensus calculations
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 799               3rd Oct 2016)
 800             </li>
 801             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 802               for 2016-2017</li>
 803           </ul>
 804           <em>Application</em>
 805           <ul>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 808               set of database cross-references, sorted alphabetically
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 812               from database cross references. Users with custom links
 813               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 814                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 818               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 819               Chimera session
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 823               the Chimera it is connected to is shut down
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 827               columns menu item to mark columns containing highlighted
 828               regions (e.g. from structure selections or results of a
 829               Find operation)
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 833               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 834               MSAviewer
 835             </li>
 836           </ul>
 837         </div></td>
 838       <td>
 839         <div align="left">
 840           <em>General</em>
 841           <ul>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 844               are not coloured or thresholded according to percent
 845               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 849               hydrophobic
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 853               threshold, amino acid properties)
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 857               reported as mapped to residues in a structure file in the
 858               View Mapping report
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 862               could be added multiple times to a sequence
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 866               bond features shown as two highlighted residues rather
 867               than a range in linked structure views, and treated
 868               correctly when selecting and computing trees from features
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 872               cross-references are matched to database name regardless
 873               of case
 874             </li>
 875
 876           </ul>
 877           <em>Application</em>
 878           <ul>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 881               names without regular expressions also offer links from
 882               Sequence ID
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 886               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 887               update Jalview configuration
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 891               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 895               files with similarly named sequences if dropped onto the
 896               alignment
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 900               entries where more chains exist in the PDB accession than
 901               are reported in the SIFTS file
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 905               the structure view when displayed with Chimera
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 909               panel's View->Show Chains submenu
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 913               work for wrapped alignment views
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 917               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 921               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 922               first annotation row
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 926               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 930               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 931             </li>
 932             <!-- JAL-2319 -->
 933             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 934             coordindate data
 935             </li>
 936           </ul>
 937           <!--           <em>New Known Issues</em>
 938           <ul>
 939             <li></li>
 940           </ul> -->
 941         </div>
 942       </td>
 943     </tr>
 944     <td width="60" nowrap>
 945       <div align="center">
 946         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 947           <em>25/10/2016</em></strong>
 948       </div>
 949     </td>
 950     <td><em>Application</em>
 951       <ul>
 952         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 953           view if structures already loaded</li>
 954         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 955           structure views</li>
 956       </ul></td>
 957     <td>
 958       <div align="left">
 959         <em>General</em>
 960         <ul>
 961           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 962             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 963           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 964             example sequences/projects/trees</li>
 965         </ul>
 966         <em>Application</em>
 967         <ul>
 968           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 969             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 970           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 971             without timeout for structures with multiple models or
 972             multiple sequences in alignment</li>
 973           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 974             PDB ID HEADER line</li>
 975           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 976             is performed</li>
 977           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 978             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 979           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 980           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 981             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 982             option</li>
 983           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 984             is created on the alignment</li>
 985           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 986             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 987             pop-up menu</li>
 988         </ul>
 989         <em>Build and deployment</em>
 990         <ul>
 991           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 992             tags</li>
 993         </ul>
 994         <em>New Known Issues</em>
 995         <ul>
 996           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 997             on Windows</li>
 998         </ul>
 999       </div>
1000     </td>
1001     </tr>
1002     <tr>
1003       <td width="60" nowrap>
1004         <div align="center">
1005           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1006         </div>
1007       </td>
1008       <td><em>General</em>
1009         <ul>
1010           <li>
1011             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1012           </li>
1013           <li>
1014             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1015             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1016             better PDB parsing.
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1020             reference sequence
1021           </li>
1022           <li>
1023             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1024             mousing over sequence associated annotation
1025           </li>
1026           <li>
1027             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1028             for manual entry
1029           </li>
1030           <li>
1031             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1032             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1033             for each column
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1037             showing or hiding columns containing a feature
1038           </li>
1039           <li>
1040             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1041             group and sequence associated annotation labels
1042           </li>
1043           <li>
1044             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1045             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1046             dialogs
1047           </li>
1048
1049         </ul> <em>Application</em>
1050         <ul>
1051           <li>
1052             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1053             gene/transcript view
1054           </li>
1055           <li>
1056             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1057             dialog
1058           </li>
1059           <li>
1060             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1061             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1065             Pfam sources to xfam.org
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1069           </li>
1070           <li>
1071             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1072             over sequences in Jalview
1073           </li>
1074           <li>
1075             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1076             regions in ENA and EMBL
1077           </li>
1078           <li>
1079             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1080             for record retrieval via ENA rest API
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1084             complement operator
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1088             groovy script execution
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1092             alignment window's Calculate menu
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1096             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1097           </li>
1098           <li>
1099             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1100             calculation workers from groovy scripts
1101           </li>
1102           <li>
1103             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1104             Jalview projects
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1108             associations are now saved/restored from project
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1112             before sequence fetcher is opened
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1116             database chooser opens a sequence fetcher
1117           </li>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1120             the UniProt REST API
1121           </li>
1122           <li>
1123             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1124             the news reader opening
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1128             querying stored in preferences
1129           </li>
1130           <li>
1131             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1132             search results
1133           </li>
1134           <li>
1135             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1136           </li>
1137           <li>
1138             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1139             menu for nucleotide sequences
1140           </li>
1141           <li>
1142             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1143             and feature counts preserves alignment ordering (and
1144             debugged for complex feature sets).
1145           </li>
1146           <li>
1147             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1148             viewing structures with Jalview 2.10
1149           </li>
1150           <li>
1151             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1152             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1153             Ensembl Genomes REST API
1154           </li>
1155           <li>
1156             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1157             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1158             (Ensembl)
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1162             sequences
1163           </li>
1164           <li>
1165             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1166             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1167             data from external database records.
1168           </li>
1169           <li>
1170             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1171             efficient recovery of sequence coding and alignment
1172             annotation relationships.
1173           </li>
1174         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1175         <ul>
1176           <li>
1177             -- JAL---
1178           </li>
1179         </ul> --></td>
1180       <td>
1181         <div align="left">
1182           <em>General</em>
1183           <ul>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1186               menu on OSX
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1190               includes graduated colourschemes
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1194               working with big alignments and lots of hidden columns
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1198               at right of alignment window
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1202               contents
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1206               for DNA alignments
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1210               based tree calculation
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1214               unconserved enabled for group on alignment
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1218               set as reference
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1222               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1223               annotation
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1227               hidden columns present
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1231               user created annotation added to alignment
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1235               '()' base pair annotation
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1239               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1240               Consensus
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1244               feature not working
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1248               beginning of sequence
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1252               entry 3a6s
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1256               from a tree when t-coffee scores are shown
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1260               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1264               some structures
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1268               to Clustal, PIR and PileUp output
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1272               not visible causes alignment window to repaint
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1276               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1277               scores associated with features and annotation rows
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1281               calculation should be case independent
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1285               columns
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1289               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1290               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1294               problems when reference sequence defined and 'show
1295               non-conserved' enabled
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1299               load even when Consensus calculation is disabled
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1303               alignment does nothing
1304             </li>
1305           </ul>
1306           <em>Application</em>
1307           <ul>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1310               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1311               yet fixed for El Capitan)
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1315               output when running on non-gb/us i18n platforms
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1319               hidden sequences as flat-file alignment
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1323               launching Chimera
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1327               (also hotfix for 2.9.0b2)
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1331               reference sequence defined
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1335               alignments and views when revealing hidden columns
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1339               view in a cDNA/Protein splitframe
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1343               sequence from project when only one sequence is
1344               represented
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1348               in Structure Chooser
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1352               structure consensus didn't refresh annotation panel
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1356               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1360               dialogs format columns correctly, don't display array
1361               data, sort columns according to type
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1365               file chooser is cancelled during an image export
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1369               sequence name containing special characters
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1373               case insensitive
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1377               formatting don't wrap
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1381               truncated so L looks like I in consensus annotation
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1385               currently displayed features for the current selection or
1386               view
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1390               after fetching cross-references, and restoring from
1391               project
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1395               followed in the structure viewer
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1399               splitframe not restored from project
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1403               trailing end of protein alignment in transcript/product
1404               splitview when pad-gaps not enabled by default
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1408               is case dependent
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1412               article has been read (reopened issue due to
1413               internationalisation problems)
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1417               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1418               cross-references
1419             </li>
1420
1421             <li>
1422               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1423               alignment as HTML
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1427               multiple structures are shown for one or more sequences.
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1431               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1432               is enabled.
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1436               specific PDB id for sequence
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1440               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1441               columns' is disabled.
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1445               selects lowest rather than highest resolution structures
1446               for each sequence
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1450               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1454               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1458               after clicking on it to create new annotation for a
1459               column.
1460             </li>
1461             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1462             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1463           </ul>
1464           <em>Applet</em>
1465           <ul>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1468               hidden columns present before start of sequence
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1472               (JSON jars)
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1476               sequences are hidden in applet
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1480               deployment on examples pages.
1481             </li>
1482           </ul>
1483         </div>
1484       </td>
1485     </tr>
1486     <tr>
1487       <td width="60" nowrap>
1488         <div align="center">
1489           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1490             <em>16/10/2015</em></strong>
1491         </div>
1492       </td>
1493       <td><em>General</em>
1494         <ul>
1495           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1496             jars</li>
1497         </ul></td>
1498       <td>
1499         <div align="left">
1500           <em>Application</em>
1501           <ul>
1502             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1503               shown when tree is partitioned</li>
1504             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1505               multiple cDNA/Protein split views</li>
1506           </ul>
1507         </div>
1508       </td>
1509     </tr>
1510     <tr>
1511       <td width="60" nowrap>
1512         <div align="center">
1513           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1514             <em>8/10/2015</em></strong>
1515         </div>
1516       </td>
1517       <td><em>General</em>
1518         <ul>
1519           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1520             2.9</li>
1521         </ul> <em>Application</em>
1522         <ul>
1523           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1524           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1525           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1526         </ul> <em>Applet</em>
1527         <ul>
1528           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1529         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1530         <ul>
1531           <li>
1532             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1533             suite
1534           </li>
1535         </ul></td>
1536       <td>
1537         <div align="left">
1538           <em>General</em>
1539           <ul>
1540             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1541               incorrect when sequence start > 1</li>
1542             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1543               documentation</li>
1544             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1545             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1546               loading a features file containing HTML tags in feature
1547               description</li>
1548
1549           </ul>
1550           <em>Application</em>
1551           <ul>
1552             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1553               reimport</li>
1554             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1555               with 'trim retrieved sequences'</li>
1556             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1557               deleting selected columns</li>
1558             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1559               JNLP templates for webstart launch</li>
1560             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1561               unreleased structures for download or viewing</li>
1562             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1563               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1564             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1565               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1566             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1567               recovered from jalview project</li>
1568             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1569               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1570               alignment view</li>
1571             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1572               color schemes from BioJSON</li>
1573           </ul>
1574           <em>Applet</em>
1575           <ul>
1576             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1577               frame</li>
1578             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1579           </ul>
1580         </div>
1581       </td>
1582     </tr>
1583     <tr>
1584       <td><div align="center">
1585           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1586         </div></td>
1587       <td><em>General</em>
1588         <ul>
1589           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1590             alignments:
1591             <ul>
1592               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1593                 and DNA alignment views</li>
1594               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1595                 cDNA alignment views</li>
1596               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1597                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1598               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1599                 protein sequences</li>
1600             </ul>
1601           </li>
1602           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1603           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1604             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1605           <li>New alignment annotation file statements for
1606             reference sequences and marking hidden columns</li>
1607           <li>Reference sequence based alignment shading to
1608             highlight variation</li>
1609           <li>Select or hide columns according to alignment
1610             annotation</li>
1611           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1612           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1613             acid conservation row</li>
1614           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1615         </ul> <em>Application</em>
1616         <ul>
1617           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1618             <ul>
1619               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1620                 view with cDNA/Protein</li>
1621               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1622                 sequences are placed in the same alignment</li>
1623               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1624                 projects</li>
1625             </ul>
1626           </li>
1627
1628           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1629           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1630             Jalview windows</li>
1631
1632           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1633           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1634           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1635             be shown in VARNA</li>
1636
1637           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1638             as the active selected region</li>
1639
1640           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1641             similarity</li>
1642           <li>New Export options
1643             <ul>
1644               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1645                 region export in flat file generation</li>
1646
1647               <li>Export alignment views for display with the <a
1648                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1649
1650               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1651               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1652                 alignment figures to HTML</li>
1653           </li>
1654           <li>3D structure retrieval and display
1655             <ul>
1656               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1657                 Search API</li>
1658               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1659                 PDB structures for a sequence set</li>
1660             </ul>
1661           </li>
1662
1663           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1664             predictions</li>
1665           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1666             for one or a group of sequences</li>
1667           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1668             from the JPred4 web server</li>
1669           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1670             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1671             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1672           </li>
1673           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1674             VARNA 2D Structure'</li>
1675           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1676             Structure ..."</li>
1677
1678         </ul> <em>Applet</em>
1679         <ul>
1680           <li>New layout for applet example pages</li>
1681           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1682             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1683           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1684             Protein alignments</li>
1685         </ul> <em>Development and deployment</em>
1686         <ul>
1687           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1688           <li>Include installation type and git revision in build
1689             properties and console log output</li>
1690           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1691             storing BioJsMSA Templates</li>
1692           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1693         </ul></td>
1694       <td>
1695         <!-- <em>General</em>
1696         <ul>
1697         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1698         <ul>
1699           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1700           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1701           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1702             predictions are not highlighted in amber</li>
1703           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1704             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1705           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1706             associated structure views</li>
1707           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1708             width checkbox not enabled</li>
1709           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1710             creating user defined colours</li>
1711           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1712             mappings for just that viewer's sequences</li>
1713           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1714             multiple models in Chimera</li>
1715           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1716             over Jmol structure</li>
1717           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1718             output to text box</li>
1719           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1720             have incorrect sequence start/end</li>
1721           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1722             Jalview fails</li>
1723           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1724             work for nucleotide</li>
1725           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1726             to a grey/invisible alignment window</li>
1727           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1728             imports to different position</li>
1729           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1730             on some platforms</li>
1731           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1732             populated</li>
1733           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1734             console if Chimera has been opened</li>
1735           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1736           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1737             retrieved</li>
1738           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1739           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1740             either sequence shows on first structure</li>
1741           <li>'Show annotations' options should not make
1742             non-positional annotations visible</li>
1743           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1744             in right place after 'view flanking regions'</li>
1745           <li>File Save As type unset when current file format is
1746             unknown</li>
1747           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1748             projects</li>
1749           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1750             responsive</li>
1751           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1752             several views on same alignment</li>
1753           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1754           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1755             spaces</li>
1756         </ul> <em>Applet</em>
1757         <ul>
1758           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1759           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1760             descriptions containing angle brackets</li>
1761         </ul> <em>General</em>
1762         <ul>
1763           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1764             via jalview annotation file</li>
1765           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1766             with RNA secondary structure</li>
1767           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1768             translation doesn't work.</li>
1769           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1770           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1771             positions</li>
1772           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1773             choosing 1pt font</li>
1774           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1775             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1776             'h'</li>
1777           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1778             new feature</li>
1779           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1780             order dependent</li>
1781           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1782             sequences</li>
1783           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1784         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1785         <ul>
1786           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1787             www.jalview.org</li>
1788         </ul> <em>Application Known issues</em>
1789         <ul>
1790           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1791           <li>Misleading message appears after trying to delete
1792             solid column.</li>
1793           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1794             version launches</li>
1795           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1796             fails with a sequence mismatch</li>
1797           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1798             scrolling alignment to right</li>
1799           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1800             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1801           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1802             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1803           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1804             ultra-high resolution</li>
1805           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1806             quality and conservation</li>
1807           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1808             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1809         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1810         <ul>
1811           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1812           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1813             window is being resized</li>
1814
1815         </ul>
1816       </td>
1817     </tr>
1818     <tr>
1819       <td><div align="center">
1820           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1821         </div></td>
1822       <td><em>General</em>
1823         <ul>
1824           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1825             Certum.PL.</li>
1826           <li>Features and annotation preserved when performing
1827             pairwise alignment</li>
1828           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1829             imported/exported/displayed</li>
1830           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1831             protein secondary structure</li>
1832           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1833               post-hoc with 2.9 release</em>)
1834           </li>
1835
1836         </ul> <em>Application</em>
1837         <ul>
1838           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1839             with 3D structures</li>
1840           <li>Support for parsing RNAML</li>
1841           <li>Annotations menu for layout
1842             <ul>
1843               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1844               <li>place sequence annotation above/below alignment
1845                 annotation</li>
1846             </ul>
1847           <li>Output in Stockholm format</li>
1848           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1849             translation</li>
1850           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1851           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1852             shared between alignments</li>
1853           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1854             Jalview</li>
1855           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1856             all or current selection</li>
1857           <li>disorder and secondary structure predictions
1858             available as dataset annotation</li>
1859           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1860
1861
1862           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1863             alignments from Rfam</li>
1864           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1865
1866           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1867             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1868           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1869           <li>include installation type in build properties and
1870             console log output</li>
1871           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1872             annotation</li>
1873         </ul></td>
1874       <td>
1875         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1876         <ul>
1877           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1878             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1879           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1880             alignment</li>
1881           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1882           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1883           <li>Double click on sequence associated annotation
1884             selects only first column</li>
1885           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1886             leaves shown in tree</li>
1887           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1888             properly</li>
1889           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1890           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1891             screen and buttons not visible</li>
1892           <li>author list isn't updated if already written to
1893             Jalview properties</li>
1894           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1895             from database</li>
1896           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1897           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1898             browser search window</li>
1899           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1900             in feature settings dialog</li>
1901           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1902             desktop</li>
1903           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1904             pass validation</li>
1905           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1906             fit on screen</li>
1907           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1908             tooltip</li>
1909           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1910             defined user preset</li>
1911           <li>MSA web services warns user if they were launched
1912             with invalid input</li>
1913           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1914             Java 8</li>
1915           <li>
1916             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1917             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1918             created
1919           </li>
1920
1921         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1922         <ul>
1923         </ul> <em>General</em>
1924         <ul>
1925         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1926         <ul>
1927           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1928             memory allocation</li>
1929           <li>launchApp service doesn't automatically open
1930             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1931           <li>
1932             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1933             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1934             1.7_055 is available
1935           </li>
1936         </ul> <em>Application Known issues</em>
1937         <ul>
1938           <li>
1939             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1940             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1941             alignment to right
1942           </li>
1943           <li>
1944             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1945             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1946             with large number of ID
1947           </li>
1948           <li>
1949             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1950             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1951             start/end
1952           </li>
1953           <li>
1954             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1955             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1956             structure tracks are rearranged
1957           </li>
1958           <li>
1959             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1960             invalid rna structure positional highlighting does not
1961             highlight position of invalid base pairs
1962           </li>
1963           <li>
1964             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1965             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1966             project from alignment window file menu
1967           </li>
1968           <li>
1969             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1970             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1971             structures
1972           </li>
1973           <li>
1974             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1975             colour by RNA Helices not enabled when user created
1976             annotation added to alignment
1977           </li>
1978           <li>
1979             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1980             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1981           </li>
1982         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1983         <ul>
1984           <li>
1985             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1986             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1987           </li>
1988           <li>
1989             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1990             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1991           </li>
1992
1993           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1994             when selected</li>
1995         </ul>
1996       </td>
1997     </tr>
1998     <tr>
1999       <td><div align="center">
2000           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2001         </div></td>
2002       <td>
2003         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2004         <em>General</em>
2005         <ul>
2006           <li>Internationalisation of user interface (usually
2007             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2008           <li>Define/Undefine group on current selection with
2009             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2010           <li>Improved group creation/removal options in
2011             alignment/sequence Popup menu</li>
2012           <li>Sensible precision for symbol distribution
2013             percentages shown in logo tooltip.</li>
2014           <li>Annotation panel height set according to amount of
2015             annotation when alignment first opened</li>
2016         </ul> <em>Application</em>
2017         <ul>
2018           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2019             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2020           <li>Select columns containing particular features from
2021             Feature Settings dialog</li>
2022           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2023             sequences</li>
2024           <li>Update Jalview project format:
2025             <ul>
2026               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2027               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2028                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2029               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2030                 colouring</li>
2031             </ul>
2032           </li>
2033           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2034             (PAM250)</li>
2035           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2036             flanking regions for an alignment</li>
2037         </ul>
2038       </td>
2039       <td>
2040         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2041         <ul>
2042           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2043             running after job is cancelled</li>
2044           <li>cannot export features from alignments imported from
2045             Jalview/VAMSAS projects</li>
2046           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2047             float values</li>
2048           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2049             have 'display all symbols' flag set</li>
2050           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2051             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2052           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2053             Jalview</li>
2054           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2055             Lion/Webstart</li>
2056           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2057           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2058           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2059             alignment onto desktop</li>
2060           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2061             'extract scores' function</li>
2062           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2063             alignment window</li>
2064           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2065             performing IUPred disorder prediction</li>
2066           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2067             changing 'normalise logo' display setting</li>
2068           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2069             nothing matches query</li>
2070           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2071             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2072           </li>
2073           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2074             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2075           </li>
2076           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2077             Jalview's menu</li>
2078           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2079             'invalid literal/length code'</li>
2080           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2081             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2082           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2083             colourscheme</li>
2084
2085         </ul> <em>Applet</em>
2086         <ul>
2087           <li>Remove group option is shown even when selection is
2088             not a group</li>
2089           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2090             don't affect groups</li>
2091           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2092             colourscheme name</li>
2093           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2094             Annotation panel is not displayed</li>
2095           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2096             embedded windows</li>
2097         </ul> <em>Other</em>
2098         <ul>
2099           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2100             single sequence were not calculated</li>
2101           <li>annotation files that contain only groups imported as
2102             annotation and junk sequences</li>
2103           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2104             recognised as PFAM or BLC</li>
2105           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2106             doesn't affect background (2.8.0b1)
2107           <li></li>
2108           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2109           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2110             trailing gaps</li>
2111           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2112             registered correctly on import</li>
2113           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2114             certain alignments</li>
2115           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2116             existing annotation based 'use original colours'
2117             colourscheme loses original colours setting</li>
2118         </ul>
2119       </td>
2120     </tr>
2121     <tr>
2122       <td><div align="center">
2123           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2124             <em>30/1/2014</em></strong>
2125         </div></td>
2126       <td>
2127         <ul>
2128           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2129             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2130             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2131             open source project).
2132           </li>
2133           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2134           <li>Output in Stockholm format</li>
2135           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2136           <li>Export/import group and sequence associated line
2137             graph thresholds</li>
2138           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2139             ambiguity codes</li>
2140           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2141             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2142             works</li>
2143           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2144         </ul> <em>Other improvements</em>
2145         <ul>
2146           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2147           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2148             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2149           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2150             files</li>
2151           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2152           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2153             link but no description</li>
2154           <li>Select primary source when selecting authority in
2155             database fetcher GUI</li>
2156           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2157             Jalview</li>
2158           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2159         </ul>
2160       </td>
2161       <td>
2162         <ul>
2163           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2164             displayed</li>
2165           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2166             secondary structure annotation line</li>
2167           <li>Sequence database accessions not imported when
2168             fetching alignments from Rfam</li>
2169           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2170             identical IDs</li>
2171           <li>View all structures does not always superpose
2172             structures</li>
2173           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2174             reflect user or preset settings</li>
2175           <li>Null pointer exceptions for some services without
2176             presets or adjustable parameters</li>
2177           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2178             discover PDB xRefs</li>
2179           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2180             features with DAS</li>
2181           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2182             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2183           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2184             residue follows a gap</li>
2185           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2186             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2187           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2188             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2189           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2190             annotation already exists on alignment</li>
2191           <li>oninit javascript function should be called after
2192             initialisation completes</li>
2193           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2194             alignment window display</li>
2195           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2196           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2197             to annotation file</li>
2198           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2199             groups created</li>
2200           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2201             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2202           <li>Pressing return several times causes Number Format
2203             exceptions in keyboard mode</li>
2204           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2205             correct partitions for input data</li>
2206           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2207           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2208           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2209           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2210             mode</li>
2211           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2212             changes one row&#39;s threshold</li>
2213           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2214             doesn&#39;t open</li>
2215           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2216             quality histograms</li>
2217         </ul>
2218       </td>
2219     </tr>
2220     <tr>
2221       <td><div align="center">
2222           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2223         </div></td>
2224       <td><em>Application</em>
2225         <ul>
2226           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2227             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2228           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2229             preferences</li>
2230           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2231             in Jalview alignment window</li>
2232           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2233             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2234           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2235             RNA and ambiguity codes</li>
2236
2237           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2238           <li>Support fetching and database reference look up
2239             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2240             refs')</li>
2241           <li>Jalview project improvements
2242             <ul>
2243               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2244                 flag for annotation</li>
2245               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2246                 alignment</li>
2247               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2248                 Jalview project</li>
2249
2250             </ul>
2251           </li>
2252           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2253           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2254             running</li>
2255           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2256           <li>visual indication that web service results are still
2257             being retrieved from server</li>
2258           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2259             starts up for first time</li>
2260           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2261             services</li>
2262           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2263             client library</li>
2264           <li>Examples directory and Groovy library included in
2265             InstallAnywhere distribution</li>
2266         </ul> <em>Applet</em>
2267         <ul>
2268           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2269             visualization applet example</li>
2270         </ul> <em>General</em>
2271         <ul>
2272           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2273           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2274             defaults</li>
2275           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2276             calculation</li>
2277           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2278             matrices
2279           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2280             in HTML</li>
2281           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2282             structure contacts</li>
2283           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2284           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2285           <li>Parse sequence associated secondary structure
2286             information in Stockholm files</li>
2287           <li>HTML Export database accessions and annotation
2288             information presented in tooltip for sequences</li>
2289           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2290             style RNA alignment files</li>
2291           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2292             alignment</li>
2293           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2294             shade each sequence according to its associated alignment
2295             annotation</li>
2296           <li>New Jalview Logo</li>
2297         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2298         <ul>
2299           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2300           <li>New Website!</li>
2301         </ul></td>
2302       <td><em>Application</em>
2303         <ul>
2304           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2305             wsdbfetch REST service</li>
2306           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2307           <li>Filetype associations not installed for webstart
2308             launch</li>
2309           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2310             job execution in full once it is complete</li>
2311           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2312             uploaded via ali_file parameter</li>
2313           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2314           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2315           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2316             submitted for prediction</li>
2317           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2318             desktop window</li>
2319           <li>Putting fractional value into integer text box in
2320             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2321           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2322             windows 7</li>
2323           <li>View all structures fails with exception shown in
2324             structure view</li>
2325           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2326             escaped in a platform independent way</li>
2327           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2328             using proxy</li>
2329           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2330             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2331           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2332             failure when java web start temporary file caching is
2333             disabled</li>
2334           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2335             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2336           <li>Errors during processing of command line arguments
2337             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2338           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2339             DAS sources in sequence fetcher</li>
2340           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2341             dialog is shown</li>
2342           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2343           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2344           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2345           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2346             on OSX Mountain Lion</li>
2347           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2348             sequences with alignment annotation are pasted into the
2349             alignment</li>
2350           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2351             when loaded from Jalview project</li>
2352           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2353           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2354             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2355           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2356             associated with all views</li>
2357           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2358             annotation rows to new window</li>
2359         </ul> <em>Applet</em>
2360         <ul>
2361           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2362             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2363           <li>loading features via javascript API automatically
2364             enables feature display</li>
2365           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2366             work</li>
2367         </ul> <em>General</em>
2368         <ul>
2369           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2370           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2371             and then deselected</li>
2372           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2373           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2374             coloured with clustalx</li>
2375           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2376             exceptions and redraw errors</li>
2377           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2378             reconfigured view</li>
2379           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2380             colour</li>
2381           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2382             for lots of labels</li>
2383         </ul>
2384     </tr>
2385     <tr>
2386       <td>
2387         <div align="center">
2388           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2389         </div>
2390       </td>
2391       <td><em>Application</em>
2392         <ul>
2393           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2394           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2395           <li>View/alignment association menu to enable user to
2396             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2397             its colours/correspondences from</li>
2398           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2399           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2400             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2401           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2402           <li>Annotation row column label formatting attributes
2403             stored in project file</li>
2404           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2405             rows preserved in Jalview project file</li>
2406           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2407             saved using Desktop window menu</li>
2408           <li>Visual indication that command line arguments are
2409             still being processed</li>
2410           <li>Groovy script execution from URL</li>
2411           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2412             preferences</li>
2413           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2414             alignment with sequences that have high similarity and
2415             matching IDs</li>
2416           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2417           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2418             structures in same window</li>
2419           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2420           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2421             analysis function in its own submenu</li>
2422         </ul> <em>Applet</em>
2423         <ul>
2424           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2425             groups</li>
2426           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2427           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2428           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2429           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2430           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2431             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2432           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2433           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2434             parameters are treated as such</li>
2435           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2436             <ul>
2437               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2438               <li>Javascript callbacks for
2439                 <ul>
2440                   <li>Applet initialisation</li>
2441                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2442                 </ul>
2443               </li>
2444               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2445                 functions</li>
2446               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2447               <li>javascript structure viewer harness to pass
2448                 messages between Jmol and Jalview when running as
2449                 distinct applets</li>
2450               <li>sortBy method</li>
2451               <li>Set of applet and application examples shipped
2452                 with documentation</li>
2453               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2454                 javascript message exchange</li>
2455             </ul>
2456         </ul> <em>General</em>
2457         <ul>
2458           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2459             multiple alignments</li>
2460           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2461           <li>User configurable link to enable redirects to a
2462             www.Jalview.org mirror</li>
2463           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2464           <li>Configurable newline string when writing alignment
2465             and other flat files</li>
2466           <li>Allow alignment annotation description lines to
2467             contain html tags</li>
2468         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2469         <ul>
2470           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2471             examples</li>
2472           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2473             using a web service before displaying the result in the
2474             Jalview desktop</li>
2475           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2476           <li>Ant target to publish example html files with applet
2477             archive</li>
2478           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2479           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2480         </ul></td>
2481       <td><em>Application</em>
2482         <ul>
2483           <li>User defined colourscheme throws exception when
2484             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2485           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2486             dialog for valid filename/format</li>
2487           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2488           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2489             P37173</li>
2490           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2491             which sequence is to be associated with the file</li>
2492           <li>Find All raises null pointer exception when query
2493             only matches sequence IDs</li>
2494           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2495           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2496             2.4 cannot be loaded</li>
2497           <li>Filetype associations not installed for webstart
2498             launch</li>
2499           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2500             with sequences in different alignments do not get coloured
2501             by their associated sequence</li>
2502           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2503             not preserved when project is loaded</li>
2504           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2505             stored in Jalview project</li>
2506           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2507             Jalview project</li>
2508           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2509           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2510             by conservation</li>
2511           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2512             created on new view</li>
2513           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2514             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2515           <li>Alignment quality not updated after alignment
2516             annotation row is hidden then shown</li>
2517           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2518             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2519           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2520             properly</li>
2521           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2522             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2523           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2524           <li>Structures imported from file and saved in project
2525             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2526           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2527             job execution in full once it is complete</li>
2528         </ul> <em>Applet</em>
2529         <ul>
2530           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2531             annotation rows are displayed</li>
2532           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2533             codebase</li>
2534           <li>View follows highlighting does not work for positions
2535             in sequences</li>
2536           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2537           <li>Export features raises exception when no features
2538             exist</li>
2539           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2540             for javascript api is modified when separator string
2541             provided as parameter</li>
2542           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2543             alignment with no existing selection</li>
2544           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2545             to applet&#39;s codebase</li>
2546           <li>Status bar not updated after finished searching and
2547             search wraps around to first result</li>
2548           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2549             several Jalview applets causes race conditions and memory
2550             leaks</li>
2551           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2552             not sent from Jmol in applet</li>
2553           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2554             applet API fatally hang browser</li>
2555         </ul> <em>General</em>
2556         <ul>
2557           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2558             position with wrapped view and hidden regions</li>
2559           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2560             with/without hidden columns</li>
2561           <li>Sequence length given in alignment properties window
2562             is off by 1</li>
2563           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2564             import PDB like structure files</li>
2565           <li>Positional search results are only highlighted
2566             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2567           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2568           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2569             given sequence position</li>
2570           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2571             output</li>
2572           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2573             from nucleotide chains correctly</li>
2574           <li>Structure colours not updated when tree partition
2575             changed in alignment</li>
2576           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2577             parsed in interleaved stockholm</li>
2578           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2579             state</li>
2580           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2581             properly</li>
2582           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2583             properly associated with their pdb files</li>
2584         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2585         <ul>
2586           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2587             ApplyCopyright tool</li>
2588         </ul></td>
2589     </tr>
2590     <tr>
2591       <td>
2592         <div align="center">
2593           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2594         </div>
2595       </td>
2596       <td><em>Application</em>
2597         <ul>
2598           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2599             contact web services</li>
2600           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2601             service job window</li>
2602           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2603         </ul></td>
2604       <td>
2605         <ul>
2606           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2607             pir file emitted by Jalview</li>
2608           <li>Existing feature settings transferred to new
2609             alignment view created from cut'n'paste</li>
2610           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2611             parsing PDB files</li>
2612           <li>Consensus and conservation annotation rows
2613             occasionally become blank for all new windows</li>
2614           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2615             in wrapped view mode</li>
2616         </ul> <em>Application</em>
2617         <ul>
2618           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2619             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2620           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2621             parameter names</li>
2622           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2623             is down</li>
2624         </ul>
2625       </td>
2626     </tr>
2627     <tr>
2628       <td>
2629         <div align="center">
2630           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2631         </div>
2632       </td>
2633       <td><em>Application</em>
2634         <ul>
2635           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2636             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2637             (JABAWS)
2638           </li>
2639           <li>Web Services preference tab</li>
2640           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2641             preferences</li>
2642           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2643           <li>Superpose structures using associated sequence
2644             alignment</li>
2645           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2646             viewer</li>
2647         </ul> <em>Applet</em>
2648         <ul>
2649           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2650             link out mechanism</li>
2651         </ul> <em>Other</em>
2652         <ul>
2653           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2654             series 12</li>
2655           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2656             require Java 1.5</li>
2657           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2658             sequence annotation files</li>
2659           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2660             type colour specification</li>
2661           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2662             script to check if it being run in an interactive session or
2663             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2664         </ul></td>
2665       <td>
2666         <ul>
2667           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2668             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2669         </ul> <em>Application</em>
2670         <ul>
2671           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2672             selected Regions menu item</li>
2673           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2674             part of a valid accession ID</li>
2675           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2676             runs out of memory</li>
2677           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2678             analysis results</li>
2679           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2680             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2681           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2682         </ul> <em>Applet</em>
2683         <ul>
2684           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2685             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2686             defined.</li>
2687         </ul>
2688       </td>
2689     </tr>
2690     <tr>
2691       <td>
2692         <div align="center">
2693           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2694         </div>
2695       </td>
2696       <td></td>
2697       <td>
2698         <ul>
2699           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2700             sequence IDs</li>
2701           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2702             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2703           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2704             import correctly</li>
2705           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2706             number of columns are hidden</li>
2707           <li>annotation label popup menu not providing correct
2708             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2709             present</li>
2710           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2711             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2712           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2713             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2714
2715         </ul> <em>Applet</em>
2716         <ul>
2717           <li>annotation panel disappears when annotation is
2718             hidden/removed</li>
2719         </ul> <em>Application</em>
2720         <ul>
2721           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2722             alignment opened where annotation panel is visible but no
2723             annotations are present on alignment</li>
2724           <li>pasted region containing hidden columns is
2725             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2726           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2727             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2728           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2729             selected Rregions menu item.</li>
2730           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2731             'Un' or 'Non'conserved</li>
2732           <li>Sequence feature settings are being shared by
2733             multiple distinct alignments</li>
2734           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2735             changed</li>
2736           <li>double click on group annotation to select sequences
2737             does not propagate to associated trees</li>
2738           <li>Mac OSX specific issues:
2739             <ul>
2740               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2741                 window background</li>
2742               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2743                 name set correctly</li>
2744               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2745                 save feature colourscheme button</li>
2746             </ul>
2747           </li>
2748         </ul>
2749       </td>
2750     </tr>
2751     <tr>
2752
2753       <td>
2754         <div align="center">
2755           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2756         </div>
2757       </td>
2758       <td><em>New Capabilities</em>
2759         <ul>
2760           <li>URL links generated from description line for
2761             regular-expression based URL links (applet and application)
2762
2763           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2764             menu</li>
2765           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2766             structures</li>
2767           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2768             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2769           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2770             average score or total feature count for each sequence.</li>
2771           <li>Shading features by score or associated description</li>
2772           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2773             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2774           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2775             hide everything but the currently selected region.</li>
2776           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2777         </ul> <em>Application</em>
2778         <ul>
2779           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2780             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2781           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2782             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2783           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2784             database references and protein_name is parsed as
2785             description line (BioSapiens terms).</li>
2786           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2787             references in sequence ID tooltip from View menu in
2788             application.</li>
2789           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2790       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2791           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2792             conservation plots</li>
2793           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2794             and visualized as sequence logos</li>
2795           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2796             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2797           </li>
2798           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2799             when a new tree is opened.</li>
2800           <li>Jalview Java Console</li>
2801           <li>Better placement of desktop window when moving
2802             between different screens.</li>
2803           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2804             consensus annotation</li>
2805           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2806             Workflows</li>
2807           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2808             <ul>
2809               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2810                 used to preserve views, structures, and tree display
2811                 settings)</li>
2812               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2813                 command line</li>
2814               <li>Sharing of selected regions between views and
2815                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2816               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2817             </ul></li>
2818         </ul> <em>Applet</em>
2819         <ul>
2820           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2821           <li>New Parameters
2822             <ul>
2823               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2824                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2825                 opened.</li>
2826               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2827                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2828               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2829                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2830               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2831                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2832                 view</li>
2833               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2834                 increase the height or width of a cell in the alignment
2835                 grid relative to the current font size.</li>
2836             </ul>
2837           </li>
2838           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2839             tooltip</li>
2840         </ul> <em>Other</em>
2841         <ul>
2842           <li>Features format: graduated colour definitions and
2843             specification of feature scores</li>
2844           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2845             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2846             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2847           <li>XML formats extended to support graduated feature
2848             colourschemes, group associated annotation, and profile
2849             visualization settings.</li></td>
2850       <td>
2851         <ul>
2852           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2853             rather than description</li>
2854           <li>Non-positional features are now included in sequence
2855             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2856             visibility in tooltip).</li>
2857           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2858           <li>Added URL embedding instructions to features file
2859             documentation.</li>
2860           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2861             'X' in peptide product</li>
2862           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2863             sequence ID and sequence string and query strings do not
2864             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2865           <li>AMSA files only contain first column of
2866             multi-character column annotation labels</li>
2867           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2868             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2869             exported and re-imported)</li>
2870           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2871             name</li>
2872           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2873             as subsequence matches, and correctly reports total number
2874             of both.</li>
2875           <li>Application:
2876             <ul>
2877               <li>Better handling of exceptions during sequence
2878                 retrieval</li>
2879               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2880                 link text excludes the start_end suffix</li>
2881               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2882                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2883               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2884               <li>Sequence description lines properly shared via
2885                 VAMSAS</li>
2886               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2887                 data sources</li>
2888               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2889                 completes before alignment figures are generated.</li>
2890               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2891                 first time.</li>
2892               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2893                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2894               <li>User defined group colours properly recovered
2895                 from Jalview projects.</li>
2896             </ul>
2897           </li>
2898         </ul>
2899       </td>
2900
2901     </tr>
2902     <tr>
2903       <td>
2904         <div align="center">
2905           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2906         </div>
2907       </td>
2908       <td>
2909         <ul>
2910           <li>Experimental support for google analytics usage
2911             tracking.</li>
2912           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2913         </ul>
2914       </td>
2915       <td>
2916         <ul>
2917           <li>Race condition in applet preventing startup in
2918             jre1.6.0u12+.</li>
2919           <li>Exception when feature created from selection beyond
2920             length of sequence.</li>
2921           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2922           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2923             all sequences with a given id</li>
2924           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2925             ID string searches</li>
2926           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2927             alignment to fail with exception</li>
2928         </ul> <em>Application Issues</em>
2929         <ul>
2930           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2931           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2932             data sources</li>
2933         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2934         <ul>
2935           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2936             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2937           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2938             version (java class versioning error fixed)</li>
2939         </ul>
2940       </td>
2941     </tr>
2942     <tr>
2943       <td>
2944
2945         <div align="center">
2946           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2947         </div>
2948       </td>
2949       <td><em>User Interface</em>
2950         <ul>
2951           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2952             translation and protein products</li>
2953           <li>Linked highlighting of structure associated with
2954             residue mapping to codon position</li>
2955           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2956             and 'clear' button</li>
2957           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2958             Tools menu</li>
2959           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2960             numeric data in description line</li>
2961           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2962           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2963             of sequence</li>
2964         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2965         <ul>
2966           <li>JPred3 web service</li>
2967           <li>Prototype sequence search client (no public services
2968             available yet)</li>
2969           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2970             PFAM</li>
2971           <li>URL Links created for matching database cross
2972             references as well as sequence ID</li>
2973           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2974         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2975         <ul>
2976           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2977             databases</li>
2978           <li>Generalised database reference retrieval and
2979             validation to all fetchable databases</li>
2980           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2981             sequence command</li>
2982         </ul> <em>Import and Export</em>
2983         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2984         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2985           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2986         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2987           File</li>
2988         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2989           triplet as name of colourscheme</li>
2990         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2991         <ul>
2992           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2993           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2994             alignments (experimental)</li>
2995           <li>Create new or select existing session to join</li>
2996           <li>load and save of vamsas documents</li>
2997         </ul> <em>Application command line</em>
2998         <ul>
2999           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3000             from applet)</li>
3001           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3002             of DAS servers to query for alignment features</li>
3003           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3004             that are also automatically queried for features</li>
3005           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3006             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3007         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3008         <ul>
3009           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3010             application (when using &quot;View in full
3011             application&quot;)</li>
3012         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3013         <ul>
3014           <li>feature group display control parameter</li>
3015           <li>debug parameter</li>
3016           <li>showbutton parameter</li>
3017         </ul> <em>Applet API methods</em>
3018         <ul>
3019           <li>newView public method</li>
3020           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3021           <li>Feature display control methods</li>
3022           <li>get list of currently selected sequences</li>
3023         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3024         <ul>
3025           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3026           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3027             Jalview release.</li>
3028           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3029             property controls execution of obfuscator</li>
3030           <li>Build target for generating source distribution</li>
3031           <li>Debug flag for javacc</li>
3032           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3033             jalview.bin.Cache</li>
3034           <li>Continuous Build Integration for stable and
3035             development version of Application, Applet and source
3036             distribution</li>
3037         </ul></td>
3038       <td>
3039         <ul>
3040           <li>selected region output includes visible annotations
3041             (for certain formats)</li>
3042           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3043             for editing</li>
3044           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3045           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3046           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3047           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3048             comments</li>
3049           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3050             filenames containing a ':'</li>
3051           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3052             global sequence features</li>
3053           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3054             references from alignment sequences goes to zero</li>
3055           <li>Close of tree branch colour box without colour
3056             selection causes cascading exceptions</li>
3057           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3058           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3059             file parsing fails.</li>
3060           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3061           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3062             not a valid output format</li>
3063           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3064             vamsas</li>
3065           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3066           <li>error messages passed up and output when data read
3067             fails</li>
3068           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3069             sequence is edited</li>
3070           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3071             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3072           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3073             filetype</li>
3074           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3075             import fixed for PFAM records</li>
3076           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3077             window list</li>
3078           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3079             can be read and written correctly to annotation file</li>
3080           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3081             correctly</li>
3082           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3083             non-italic font for representatives in Applet</li>
3084           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3085             Macs.</li>
3086           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3087             Applet)</li>
3088           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3089             due to null pointer exceptions</li>
3090           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3091             first column of alignment</li>
3092           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3093             July 2008</li>
3094           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3095             file is case-insensitive</li>
3096           <li>Sequence features read from Features file appended to
3097             all sequences with matching IDs</li>
3098           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3099             containing a sub-sequence</li>
3100           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3101           <li>feature and annotation file applet parameters
3102             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3103           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3104           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3105             splash-screen version check to complete</li>
3106           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3107             when passing them to the launchApp service</li>
3108           <li>display name and local features preserved in results
3109             retrieved from web service</li>
3110           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3111             sequence fetcher initialisation</li>
3112           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3113             dasobert DAS client</li>
3114           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3115             association</li>
3116           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3117             sequences
3118           </li>
3119         </ul>
3120       </td>
3121     </tr>
3122     <tr>
3123       <td>
3124         <div align="center">
3125           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3126         </div>
3127       </td>
3128       <td>
3129         <ul>
3130           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3131           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3132           <li>Slide sequences</li>
3133           <li>Edit sequence in place</li>
3134           <li>EMBL CDS features</li>
3135           <li>DAS Feature mapping</li>
3136           <li>Feature ordering</li>
3137           <li>Alignment Properties</li>
3138           <li>Annotation Scores</li>
3139           <li>Sort by scores</li>
3140           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3141         </ul>
3142       </td>
3143       <td>
3144         <ul>
3145           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3146           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3147           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3148           <li>Feature group display state in XML</li>
3149           <li>Feature ordering in XML</li>
3150           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3151           <li>Stockholm alignment properties</li>
3152           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3153           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3154           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3155           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3156         </ul>
3157       </td>
3158
3159     </tr>
3160     <tr>
3161       <td>
3162         <div align="center">
3163           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3164         </div>
3165       </td>
3166       <td>
3167         <ul>
3168           <li>Non standard characters can be read and displayed
3169           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3170             applet via textbox
3171           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3172             name &amp; description
3173           <li>Preference setting to display sequence name in
3174             italics
3175           <li>Annotation file format extended to allow
3176             Sequence_groups to be defined
3177           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3178             specified in preferences
3179           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3180             sequences
3181         </ul>
3182       </td>
3183       <td>
3184         <ul>
3185           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3186             installed
3187           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3188           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3189         </ul>
3190       </td>
3191     </tr>
3192     <tr>
3193       <td>
3194         <div align="center">
3195           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3196         </div>
3197       </td>
3198       <td>
3199         <ul>
3200           <li>Multiple views on alignment
3201           <li>Sequence feature editing
3202           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3203           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3204           <li>Background dependent text colour
3205           <li>Right align sequence ids
3206           <li>User-defined lower case residue colours
3207           <li>Format Menu
3208           <li>Select Menu
3209           <li>Menu item accelerator keys
3210           <li>Control-V pastes to current alignment
3211           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3212           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3213           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3214
3215           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3216         </ul>
3217       </td>
3218       <td>
3219         <ul>
3220           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3221           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3222             calculations
3223           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3224             edits
3225           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3226             of alignment)
3227           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3228
3229           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3230             display correctly
3231           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3232           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3233             analysis results
3234           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3235             &#8739;
3236           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3237           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3238           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3239
3240         </ul>
3241       </td>
3242     </tr>
3243     <tr>
3244       <td>
3245         <div align="center">
3246           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3247         </div>
3248       </td>
3249       <td>
3250         <ul>
3251           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3252         </ul>
3253       </td>
3254       <td>
3255         <ul>
3256           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3257             sequence id panel has been resized</li>
3258           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3259             rendered</li>
3260           <li>Annotation files with sequence references - all
3261             elements in file are relative to sequence position</li>
3262           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3263         </ul>
3264       </td>
3265     </tr>
3266     <tr>
3267       <td>
3268         <div align="center">
3269           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3270         </div>
3271       </td>
3272       <td>
3273         <ul>
3274           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3275           <li>DAS Feature fetching</li>
3276           <li>Hide sequences and columns</li>
3277           <li>Export Annotations and Features</li>
3278           <li>GFF file reading / writing</li>
3279           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3280             files</li>
3281           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3282           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3283           <li>Applet can launch the full application</li>
3284           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3285             required)</li>
3286           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3287           <li>Applet can load sequences from parameter
3288             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3289           </li>
3290         </ul>
3291       </td>
3292       <td>
3293         <ul>
3294           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3295           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3296           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3297         </ul>
3298       </td>
3299     </tr>
3300     <tr>
3301       <td>
3302         <div align="center">
3303           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3304         </div>
3305       </td>
3306       <td>
3307         <ul>
3308           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3309           <li>Choose to match case when searching</li>
3310           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3311             expand the visible width and height of the alignment</li>
3312         </ul>
3313       </td>
3314       <td>
3315         <ul>
3316           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3317         </ul>
3318       </td>
3319     </tr>
3320     <tr>
3321       <td>
3322         <div align="center">
3323           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3324         </div>
3325       </td>
3326       <td>&nbsp;</td>
3327       <td>
3328         <ul>
3329           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3330           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3331             value</li>
3332         </ul>
3333       </td>
3334     </tr>
3335     <tr>
3336       <td>
3337         <div align="center">
3338           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3339         </div>
3340       </td>
3341       <td>
3342         <ul>
3343           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3344           <li>Keyboard editing</li>
3345           <li>Create sequence features from searches</li>
3346           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3347             alignments</li>
3348           <li>Features file allows grouping of features</li>
3349           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3350           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3351           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3352         </ul>
3353       </td>
3354       <td>
3355         <ul>
3356           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3357           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3358             descriptions saved.</li>
3359         </ul>
3360       </td>
3361     </tr>
3362     <tr>
3363       <td>
3364         <div align="center">
3365           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3366         </div>
3367       </td>
3368       <td>
3369         <ul>
3370           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3371           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3372           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3373             name for file output</li>
3374           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3375           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3376             used for HTML form input</li>
3377         </ul>
3378       </td>
3379       <td>
3380         <ul>
3381           <li>HTML output writes groups and features</li>
3382           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3383           <li>File IO bugs</li>
3384         </ul>
3385       </td>
3386     </tr>
3387     <tr>
3388       <td>
3389         <div align="center">
3390           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3391         </div>
3392       </td>
3393       <td>
3394         <ul>
3395           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3396           <li>More options for PCA viewer</li>
3397         </ul>
3398       </td>
3399       <td>
3400         <ul>
3401           <li>GUI bugs resolved</li>
3402           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3403         </ul>
3404       </td>
3405     </tr>
3406     <tr>
3407       <td height="63">
3408         <div align="center">
3409           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3410         </div>
3411       </td>
3412       <td>
3413         <ul>
3414           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3415           <li>Jar files are executable</li>
3416           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3417         </ul>
3418       </td>
3419       <td>
3420         <ul>
3421           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3422           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3423           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3424         </ul>
3425       </td>
3426     </tr>
3427     <tr>
3428       <td>
3429         <div align="center">
3430           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3431         </div>
3432       </td>
3433       <td>
3434         <ul>
3435           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3436         </ul>
3437       </td>
3438       <td>
3439         <ul>
3440           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3441         </ul>
3442       </td>
3443     </tr>
3444     <tr>
3445       <td>
3446         <div align="center">
3447           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3448         </div>
3449       </td>
3450       <td>
3451         <ul>
3452           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3453             size</li>
3454         </ul>
3455       </td>
3456       <td>
3457         <ul>
3458           <li>Improved JPred client reliability</li>
3459           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3460         </ul>
3461       </td>
3462     </tr>
3463     <tr>
3464       <td>
3465         <div align="center">
3466           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3467         </div>
3468       </td>
3469       <td>
3470         <ul>
3471           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3472           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3473           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3474             to Colour Menu</li>
3475           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3476           <li>Unix users can set default web browser</li>
3477           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3478           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3479         </ul>
3480       </td>
3481       <td>
3482         <ul>
3483           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3484         </ul>
3485       </td>
3486     </tr>
3487     <tr>
3488       <td>
3489         <div align="center">
3490           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3491         </div>
3492       </td>
3493       <td>&nbsp;</td>
3494       <td>
3495         <ul>
3496           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3497             alignment order.</li>
3498         </ul>
3499       </td>
3500     </tr>
3501     <tr>
3502       <td>
3503         <div align="center">
3504           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3505         </div>
3506       </td>
3507       <td>
3508         <ul>
3509           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3510           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3511           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3512             annotations.</li>
3513           <li>Version and build date written to build properties
3514             file.</li>
3515           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3516             at launch of Jalview.</li>
3517         </ul>
3518       </td>
3519       <td>
3520         <ul>
3521           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3522           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3523           <li>Can remove groups one by one.</li>
3524           <li>Filechooser icons installed.</li>
3525           <li>Finder ignores return character when searching.
3526             Return key will initiate a search.<br>
3527           </li>
3528         </ul>
3529       </td>
3530     </tr>
3531     <tr>
3532       <td>
3533         <div align="center">
3534           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3535         </div>
3536       </td>
3537       <td>
3538         <ul>
3539           <li>New codebase</li>
3540         </ul>
3541       </td>
3542       <td>&nbsp;</td>
3543     </tr>
3544   </table>
3545   <p>&nbsp;</p>
3546 </body>
3547 </html>