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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92           </ul>
  93           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  94       </td>
  95       <td><div align="left">
  96           <em>General</em>
  97           <ul>
  98             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
  99             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 100             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 101           </ul>
 102           <em>Desktop</em>
 103           <ul>
 104             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 105             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 106             </li>
 107             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 108             </li>
 109             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 110             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 111             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 112             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 113             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 114             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 115             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 116            </ul>
 117           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 118            <ul>
 119             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 120           </ul>
 121       </td>
 122     </tr>
 123     <tr>
 124       <td width="60" nowrap>
 125         <div align="center">
 126           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 127             <em>2/10/2017</em></strong>
 128         </div>
 129       </td>
 130       <td><div align="left">
 131           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 132           <ul>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 135             </li>
 136             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 137             </li>
 138           </ul>
 139         </div></td>
 140       <td><div align="left">
 141         </div></td>
 142     </tr>
 143     <tr>
 144       <td width="60" nowrap>
 145         <div align="center">
 146           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 147             <em>7/9/2017</em></strong>
 148         </div>
 149       </td>
 150       <td><div align="left">
 151           <em></em>
 152           <ul>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 155               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 156               white)
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 160               Preferences
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 164               in size and progress bar shown as higher resolution
 165               overview is recalculated
 166             </li>
 167
 168           </ul>
 169         </div></td>
 170       <td><div align="left">
 171           <em></em>
 172           <ul>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 175               column region row by row
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 179               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 180             </li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 183               format setting is unticked
 184             </li>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 187               if group has show boxes format setting unticked
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 191               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 192               include sequences and columns not currently displayed
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 196               assemblies are imported via CIF file
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 200               displayed when threshold or conservation colouring is also
 201               enabled.
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 205               server version
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 209               dragging a selected region off the visible region of the
 210               alignment
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 214               colourscheme to all groups in a view
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 218               initially after font size change using the Font chooser or
 219               middle-mouse zoom
 220             </li>
 221           </ul>
 222         </div></td>
 223     </tr>
 224     <tr>
 225       <td width="60" nowrap>
 226         <div align="center">
 227           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 228         </div>
 229       </td>
 230       <td><div align="left">
 231           <em>Calculations</em>
 232           <ul>
 233
 234             <li>
 235               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 236               ungapped positions in each column of the alignment.
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 240               a calculation dialog box
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 244               and memory efficiency (~30x faster)
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 248               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 249               and other calculations
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 253               files within the Jalview codebase
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 257               Similarity may have different topology due to increased
 258               precision
 259             </li>
 260           </ul>
 261           <em>Rendering</em>
 262           <ul>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 265               model for alignments and groups
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 269               scripts
 270             </li>
 271           </ul>
 272           <em>Overview</em>
 273           <ul>
 274             <li>
 275               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 276               with alignment and overview windows
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 280               overview
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 284               omitted in Overview
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 288               adjustment of visible position
 289             </li>
 290           </ul>
 291
 292           <em>Data import/export</em>
 293           <ul>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 296               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 300               annotation input/output via stockholm flatfile
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 304               extension when importing structure files without embedded
 305               names or PDB accessions
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 309               format sequence substitution matrices
 310             </li>
 311           </ul>
 312           <em>User Interface</em>
 313           <ul>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 316               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 317               the application.
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 321               via Overview or sequence motif search operations
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 325               opened by double clicking gaps within sequence feature
 326               extent
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 330               aligned positions were available to create a 3D structure
 331               superposition.
 332             </li>
 333           </ul>
 334           <em>3D Structure</em>
 335           <ul>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 338               coloured in linked structure views
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 342               file-based command exchange
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 346               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 347               structures are already available for sequences
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 351               the Jalview project rather than downloaded again when the
 352               project is reopened.
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 356               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 357               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 358                 Feature</strong>)
 359             </li>
 360           </ul>
 361           <em>Web Services</em>
 362           <ul>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 368               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 369               Analysis services
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 373               cross-references provided by identifiers.org and the
 374               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 375             </li>
 376           </ul>
 377
 378           <em>Scripting</em>
 379           <ul>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 382               identifying file formats (instead of String constants)
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 386               efficiency when counting all displayed features (not
 387               backwards compatible with 2.10.1)
 388             </li>
 389           </ul>
 390           <em>Example files</em>
 391           <ul>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 394               included in the example feature file
 395             </li>
 396           </ul>
 397           <em>Documentation</em>
 398           <ul>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 401               with the built-in Java help viewer
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 405               sequence description' option
 406             </li>
 407           </ul>
 408           <em>Test Suite</em>
 409           <ul>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 412               Uniprot REST Free Text Search Client
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 419               during tests
 420             </li>
 421           </ul>
 422         </div></td>
 423       <td><div align="left">
 424           <em>Calculations</em>
 425           <ul>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 428               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 429               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 430             </li>
 431             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 432               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 433               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 434               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 435               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 436               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 437               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 438               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 439               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 440               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 441               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 442               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 443               // for 2.10.1 mode <br />
 444               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 445               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 446                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 447                 calculations (not recommended)</em></li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 450               scaling of branch lengths for trees computed using
 451               Sequence Feature Similarity.
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 455               generating output report when working with highly
 456               redundant alignments
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 460               right of selected region when gaps present on right-hand
 461               boundary
 462             </li>
 463           </ul>
 464           <em>User Interface</em>
 465           <ul>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 468               doesn't reselect a specific sequence's associated
 469               annotation after it was used for colouring a view
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 473               opened on a region of alignment without groups
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 477               of an alignment with overlapping groups
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 481               name and description match
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 485               hidden regions results in incorrect hidden regions
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 489               changing colour does not apply Conservation slider value
 490               to all groups
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 494               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 498               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 502               gaps before start of features
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 506               restored to UI when feature colour is edited
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 510               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 514               as graduate feature colour settings are modified via the
 515               dialog box
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 519               when a group defined on the alignment is resized
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 523               wrapped view result in positional status updates
 524             </li>
 525
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 528               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 532               alignment included gapped columns
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 536               widgets don't permanently disappear
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 540               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 541               T-Coffee column reliability scores)
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 545               sequence feature on gaps only
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 549               button from a Find inherit previously defined feature type
 550               rather than the Find query string
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 554               exporting tree calculated in Jalview
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 558               and then revealing them reorders sequences on the
 559               alignment
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 563               doesn't update to reflect available set of groups after
 564               interactively adding or modifying features
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 568               Linux
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 572               only excluded gaps in current sequence and ignored
 573               selection.
 574             </li>
 575           </ul>
 576           <em>Rendering</em>
 577           <ul>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 580               erratically when hidden rows or columns are present
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 584               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 585               sequence colouring
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 589               colour and group colour menu for protein alignments
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 593               reflect currently selected view or group's shading
 594               thresholds
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 598               when rendered on overview and structures when opacity at
 599               100%
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 603               overview when features overlaid on alignment
 604             </li>
 605           </ul>
 606           <em>Data import/export</em>
 607           <ul>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 610               load
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 614               added after a sequence was imported are not written to
 615               Stockholm File
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 619               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 623               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 627               with lightGray or darkGray via features file (but can
 628               specify lightgray)
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 632               when alignment view imported from project
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 636               structure and sequences extracted from structure files
 637               imported via URL and viewed in Jmol
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 641               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 642               the project is loaded and the structure viewed
 643             </li>
 644           </ul>
 645           <em>Web Services</em>
 646           <ul>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 649               release of Ensembl v.88
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 653               appear enabled in Preferences->Connections
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 657               removed from console output
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 661               Ensembl by Peptide ID
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 665               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 666               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 667               due to 'null' string rather than empty string used for
 668               residues with no corresponding PDB mapping).
 669             </li>
 670           </ul>
 671           <em>Application UI</em>
 672           <ul>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 675               menu
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 679               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 680               new documentation and tooltips added)
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 684               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 688               new features are added to alignment
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 692               changes to feature colours via the Amend features dialog
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 696               edit graduated feature colour via amend features dialog
 697               box
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 701               selection menu changes colours of alignment views
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 705               from alignment calculation workers after alignment has
 706               been closed
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 710               groups now 'Create Group'
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 714               Create/Undefine group doesn't always work
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 718               shown again after pressing 'Cancel'
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 722               adjusts start position in wrap mode
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 726               ambiguous amino acids
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 730               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 731               proteins
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 735               Defined' don't appear in Colours menu
 736             </li>
 737           </ul>
 738           <em>Applet</em>
 739           <ul>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 742               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 746               overview or linked structure view
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 750               work (since 2.8)
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 754               user-defined colourscheme doesn't restore original
 755               colourscheme
 756             </li>
 757           </ul>
 758           <em>Test Suite</em>
 759           <ul>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 762               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 766               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 767               problems with deep array comparison equality asserts in
 768               successive versions of TestNG
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 772               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 773             </li>
 774           </ul>
 775           <em>New Known Issues</em>
 776           <ul>
 777             <li>
 778               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 779               phase after a sequence motif find operation
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 783               containing just upper and lower case letters are
 784               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 788               reliably from eggnog Ortholog database
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 792               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 793               to mark columns containing highlighted regions.
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 797               doesn't always add secondary structure annotation.
 798             </li>
 799           </ul>
 800         </div>
 801     <tr>
 802       <td width="60" nowrap>
 803         <div align="center">
 804           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 805         </div>
 806       </td>
 807       <td><div align="left">
 808           <em>General</em>
 809           <ul>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 812               for all consensus calculations
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 816               3rd Oct 2016)
 817             </li>
 818             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 819               for 2016-2017</li>
 820           </ul>
 821           <em>Application</em>
 822           <ul>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 825               set of database cross-references, sorted alphabetically
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 829               from database cross references. Users with custom links
 830               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 831                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 835               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 836               Chimera session
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 840               the Chimera it is connected to is shut down
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 844               columns menu item to mark columns containing highlighted
 845               regions (e.g. from structure selections or results of a
 846               Find operation)
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 850               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 851               MSAviewer
 852             </li>
 853           </ul>
 854         </div></td>
 855       <td>
 856         <div align="left">
 857           <em>General</em>
 858           <ul>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 861               are not coloured or thresholded according to percent
 862               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 866               hydrophobic
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 870               threshold, amino acid properties)
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 874               reported as mapped to residues in a structure file in the
 875               View Mapping report
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 879               could be added multiple times to a sequence
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 883               bond features shown as two highlighted residues rather
 884               than a range in linked structure views, and treated
 885               correctly when selecting and computing trees from features
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 889               cross-references are matched to database name regardless
 890               of case
 891             </li>
 892
 893           </ul>
 894           <em>Application</em>
 895           <ul>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 898               names without regular expressions also offer links from
 899               Sequence ID
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 903               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 904               update Jalview configuration
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 908               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 912               files with similarly named sequences if dropped onto the
 913               alignment
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 917               entries where more chains exist in the PDB accession than
 918               are reported in the SIFTS file
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 922               the structure view when displayed with Chimera
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 926               panel's View->Show Chains submenu
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 930               work for wrapped alignment views
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 934               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 938               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 939               first annotation row
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 943               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 947               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 948             </li>
 949             <!-- JAL-2319 -->
 950             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 951             coordindate data
 952             </li>
 953           </ul>
 954           <!--           <em>New Known Issues</em>
 955           <ul>
 956             <li></li>
 957           </ul> -->
 958         </div>
 959       </td>
 960     </tr>
 961     <td width="60" nowrap>
 962       <div align="center">
 963         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 964           <em>25/10/2016</em></strong>
 965       </div>
 966     </td>
 967     <td><em>Application</em>
 968       <ul>
 969         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 970           view if structures already loaded</li>
 971         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 972           structure views</li>
 973       </ul></td>
 974     <td>
 975       <div align="left">
 976         <em>General</em>
 977         <ul>
 978           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 979             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 980           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 981             example sequences/projects/trees</li>
 982         </ul>
 983         <em>Application</em>
 984         <ul>
 985           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 986             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 987           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 988             without timeout for structures with multiple models or
 989             multiple sequences in alignment</li>
 990           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 991             PDB ID HEADER line</li>
 992           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 993             is performed</li>
 994           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 995             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 996           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 997           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 998             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 999             option</li>
1000           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1001             is created on the alignment</li>
1002           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1003             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1004             pop-up menu</li>
1005         </ul>
1006         <em>Build and deployment</em>
1007         <ul>
1008           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1009             tags</li>
1010         </ul>
1011         <em>New Known Issues</em>
1012         <ul>
1013           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1014             on Windows</li>
1015         </ul>
1016       </div>
1017     </td>
1018     </tr>
1019     <tr>
1020       <td width="60" nowrap>
1021         <div align="center">
1022           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1023         </div>
1024       </td>
1025       <td><em>General</em>
1026         <ul>
1027           <li>
1028             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1029           </li>
1030           <li>
1031             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1032             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1033             better PDB parsing.
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1037             reference sequence
1038           </li>
1039           <li>
1040             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1041             mousing over sequence associated annotation
1042           </li>
1043           <li>
1044             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1045             for manual entry
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1049             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1050             for each column
1051           </li>
1052           <li>
1053             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1054             showing or hiding columns containing a feature
1055           </li>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1058             group and sequence associated annotation labels
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1062             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1063             dialogs
1064           </li>
1065
1066         </ul> <em>Application</em>
1067         <ul>
1068           <li>
1069             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1070             gene/transcript view
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1074             dialog
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1078             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1082             Pfam sources to xfam.org
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1086           </li>
1087           <li>
1088             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1089             over sequences in Jalview
1090           </li>
1091           <li>
1092             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1093             regions in ENA and EMBL
1094           </li>
1095           <li>
1096             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1097             for record retrieval via ENA rest API
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1101             complement operator
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1105             groovy script execution
1106           </li>
1107           <li>
1108             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1109             alignment window's Calculate menu
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1113             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1114           </li>
1115           <li>
1116             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1117             calculation workers from groovy scripts
1118           </li>
1119           <li>
1120             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1121             Jalview projects
1122           </li>
1123           <li>
1124             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1125             associations are now saved/restored from project
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1129             before sequence fetcher is opened
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1133             database chooser opens a sequence fetcher
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1137             the UniProt REST API
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1141             the news reader opening
1142           </li>
1143           <li>
1144             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1145             querying stored in preferences
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1149             search results
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1156             menu for nucleotide sequences
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1160             and feature counts preserves alignment ordering (and
1161             debugged for complex feature sets).
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1165             viewing structures with Jalview 2.10
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1169             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1170             Ensembl Genomes REST API
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1174             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1175             (Ensembl)
1176           </li>
1177           <li>
1178             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1179             sequences
1180           </li>
1181           <li>
1182             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1183             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1184             data from external database records.
1185           </li>
1186           <li>
1187             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1188             efficient recovery of sequence coding and alignment
1189             annotation relationships.
1190           </li>
1191         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1192         <ul>
1193           <li>
1194             -- JAL---
1195           </li>
1196         </ul> --></td>
1197       <td>
1198         <div align="left">
1199           <em>General</em>
1200           <ul>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1203               menu on OSX
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1207               includes graduated colourschemes
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1211               working with big alignments and lots of hidden columns
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1215               at right of alignment window
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1219               contents
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1223               for DNA alignments
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1227               based tree calculation
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1231               unconserved enabled for group on alignment
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1235               set as reference
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1239               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1240               annotation
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1244               hidden columns present
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1248               user created annotation added to alignment
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1252               '()' base pair annotation
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1256               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1257               Consensus
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1261               feature not working
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1265               beginning of sequence
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1269               entry 3a6s
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1273               from a tree when t-coffee scores are shown
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1277               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1281               some structures
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1285               to Clustal, PIR and PileUp output
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1289               not visible causes alignment window to repaint
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1293               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1294               scores associated with features and annotation rows
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1298               calculation should be case independent
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1302               columns
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1306               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1307               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1311               problems when reference sequence defined and 'show
1312               non-conserved' enabled
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1316               load even when Consensus calculation is disabled
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1320               alignment does nothing
1321             </li>
1322           </ul>
1323           <em>Application</em>
1324           <ul>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1327               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1328               yet fixed for El Capitan)
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1332               output when running on non-gb/us i18n platforms
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1336               hidden sequences as flat-file alignment
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1340               launching Chimera
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1344               (also hotfix for 2.9.0b2)
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1348               reference sequence defined
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1352               alignments and views when revealing hidden columns
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1356               view in a cDNA/Protein splitframe
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1360               sequence from project when only one sequence is
1361               represented
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1365               in Structure Chooser
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1369               structure consensus didn't refresh annotation panel
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1373               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1377               dialogs format columns correctly, don't display array
1378               data, sort columns according to type
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1382               file chooser is cancelled during an image export
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1386               sequence name containing special characters
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1390               case insensitive
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1394               formatting don't wrap
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1398               truncated so L looks like I in consensus annotation
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1402               currently displayed features for the current selection or
1403               view
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1407               after fetching cross-references, and restoring from
1408               project
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1412               followed in the structure viewer
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1416               splitframe not restored from project
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1420               trailing end of protein alignment in transcript/product
1421               splitview when pad-gaps not enabled by default
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1425               is case dependent
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1429               article has been read (reopened issue due to
1430               internationalisation problems)
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1434               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1435               cross-references
1436             </li>
1437
1438             <li>
1439               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1440               alignment as HTML
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1444               multiple structures are shown for one or more sequences.
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1448               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1449               is enabled.
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1453               specific PDB id for sequence
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1457               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1458               columns' is disabled.
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1462               selects lowest rather than highest resolution structures
1463               for each sequence
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1467               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1471               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1475               after clicking on it to create new annotation for a
1476               column.
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1480               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1481             </li>
1482             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1483             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1484           </ul>
1485           <em>Applet</em>
1486           <ul>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1489               hidden columns present before start of sequence
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1493               (JSON jars)
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1497               sequences are hidden in applet
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1501               deployment on examples pages.
1502             </li>
1503           </ul>
1504         </div>
1505       </td>
1506     </tr>
1507     <tr>
1508       <td width="60" nowrap>
1509         <div align="center">
1510           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1511             <em>16/10/2015</em></strong>
1512         </div>
1513       </td>
1514       <td><em>General</em>
1515         <ul>
1516           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1517             jars</li>
1518         </ul></td>
1519       <td>
1520         <div align="left">
1521           <em>Application</em>
1522           <ul>
1523             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1524               shown when tree is partitioned</li>
1525             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1526               multiple cDNA/Protein split views</li>
1527           </ul>
1528         </div>
1529       </td>
1530     </tr>
1531     <tr>
1532       <td width="60" nowrap>
1533         <div align="center">
1534           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1535             <em>8/10/2015</em></strong>
1536         </div>
1537       </td>
1538       <td><em>General</em>
1539         <ul>
1540           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1541             2.9</li>
1542         </ul> <em>Application</em>
1543         <ul>
1544           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1545           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1546           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1547         </ul> <em>Applet</em>
1548         <ul>
1549           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1550         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1551         <ul>
1552           <li>
1553             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1554             suite
1555           </li>
1556         </ul></td>
1557       <td>
1558         <div align="left">
1559           <em>General</em>
1560           <ul>
1561             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1562               incorrect when sequence start > 1</li>
1563             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1564               documentation</li>
1565             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1566             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1567               loading a features file containing HTML tags in feature
1568               description</li>
1569
1570           </ul>
1571           <em>Application</em>
1572           <ul>
1573             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1574               reimport</li>
1575             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1576               with 'trim retrieved sequences'</li>
1577             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1578               deleting selected columns</li>
1579             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1580               JNLP templates for webstart launch</li>
1581             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1582               unreleased structures for download or viewing</li>
1583             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1584               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1585             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1586               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1587             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1588               recovered from jalview project</li>
1589             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1590               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1591               alignment view</li>
1592             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1593               color schemes from BioJSON</li>
1594           </ul>
1595           <em>Applet</em>
1596           <ul>
1597             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1598               frame</li>
1599             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1600           </ul>
1601         </div>
1602       </td>
1603     </tr>
1604     <tr>
1605       <td><div align="center">
1606           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1607         </div></td>
1608       <td><em>General</em>
1609         <ul>
1610           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1611             alignments:
1612             <ul>
1613               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1614                 and DNA alignment views</li>
1615               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1616                 cDNA alignment views</li>
1617               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1618                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1619               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1620                 protein sequences</li>
1621             </ul>
1622           </li>
1623           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1624           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1625             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1626           <li>New alignment annotation file statements for
1627             reference sequences and marking hidden columns</li>
1628           <li>Reference sequence based alignment shading to
1629             highlight variation</li>
1630           <li>Select or hide columns according to alignment
1631             annotation</li>
1632           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1633           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1634             acid conservation row</li>
1635           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1636         </ul> <em>Application</em>
1637         <ul>
1638           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1639             <ul>
1640               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1641                 view with cDNA/Protein</li>
1642               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1643                 sequences are placed in the same alignment</li>
1644               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1645                 projects</li>
1646             </ul>
1647           </li>
1648
1649           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1650           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1651             Jalview windows</li>
1652
1653           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1654           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1655           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1656             be shown in VARNA</li>
1657
1658           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1659             as the active selected region</li>
1660
1661           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1662             similarity</li>
1663           <li>New Export options
1664             <ul>
1665               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1666                 region export in flat file generation</li>
1667
1668               <li>Export alignment views for display with the <a
1669                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1670
1671               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1672               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1673                 alignment figures to HTML</li>
1674           </li>
1675           <li>3D structure retrieval and display
1676             <ul>
1677               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1678                 Search API</li>
1679               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1680                 PDB structures for a sequence set</li>
1681             </ul>
1682           </li>
1683
1684           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1685             predictions</li>
1686           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1687             for one or a group of sequences</li>
1688           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1689             from the JPred4 web server</li>
1690           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1691             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1692             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1693           </li>
1694           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1695             VARNA 2D Structure'</li>
1696           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1697             Structure ..."</li>
1698
1699         </ul> <em>Applet</em>
1700         <ul>
1701           <li>New layout for applet example pages</li>
1702           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1703             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1704           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1705             Protein alignments</li>
1706         </ul> <em>Development and deployment</em>
1707         <ul>
1708           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1709           <li>Include installation type and git revision in build
1710             properties and console log output</li>
1711           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1712             storing BioJsMSA Templates</li>
1713           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1714         </ul></td>
1715       <td>
1716         <!-- <em>General</em>
1717         <ul>
1718         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1719         <ul>
1720           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1721           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1722           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1723             predictions are not highlighted in amber</li>
1724           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1725             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1726           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1727             associated structure views</li>
1728           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1729             width checkbox not enabled</li>
1730           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1731             creating user defined colours</li>
1732           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1733             mappings for just that viewer's sequences</li>
1734           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1735             multiple models in Chimera</li>
1736           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1737             over Jmol structure</li>
1738           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1739             output to text box</li>
1740           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1741             have incorrect sequence start/end</li>
1742           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1743             Jalview fails</li>
1744           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1745             work for nucleotide</li>
1746           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1747             to a grey/invisible alignment window</li>
1748           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1749             imports to different position</li>
1750           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1751             on some platforms</li>
1752           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1753             populated</li>
1754           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1755             console if Chimera has been opened</li>
1756           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1757           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1758             retrieved</li>
1759           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1760           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1761             either sequence shows on first structure</li>
1762           <li>'Show annotations' options should not make
1763             non-positional annotations visible</li>
1764           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1765             in right place after 'view flanking regions'</li>
1766           <li>File Save As type unset when current file format is
1767             unknown</li>
1768           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1769             projects</li>
1770           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1771             responsive</li>
1772           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1773             several views on same alignment</li>
1774           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1775           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1776             spaces</li>
1777         </ul> <em>Applet</em>
1778         <ul>
1779           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1780           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1781             descriptions containing angle brackets</li>
1782         </ul> <em>General</em>
1783         <ul>
1784           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1785             via jalview annotation file</li>
1786           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1787             with RNA secondary structure</li>
1788           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1789             translation doesn't work.</li>
1790           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1791           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1792             positions</li>
1793           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1794             choosing 1pt font</li>
1795           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1796             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1797             'h'</li>
1798           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1799             new feature</li>
1800           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1801             order dependent</li>
1802           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1803             sequences</li>
1804           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1805         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1806         <ul>
1807           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1808             www.jalview.org</li>
1809         </ul> <em>Application Known issues</em>
1810         <ul>
1811           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1812           <li>Misleading message appears after trying to delete
1813             solid column.</li>
1814           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1815             version launches</li>
1816           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1817             fails with a sequence mismatch</li>
1818           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1819             scrolling alignment to right</li>
1820           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1821             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1822           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1823             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1824           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1825             ultra-high resolution</li>
1826           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1827             quality and conservation</li>
1828           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1829             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1830         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1831         <ul>
1832           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1833           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1834             window is being resized</li>
1835
1836         </ul>
1837       </td>
1838     </tr>
1839     <tr>
1840       <td><div align="center">
1841           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1842         </div></td>
1843       <td><em>General</em>
1844         <ul>
1845           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1846             Certum.PL.</li>
1847           <li>Features and annotation preserved when performing
1848             pairwise alignment</li>
1849           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1850             imported/exported/displayed</li>
1851           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1852             protein secondary structure</li>
1853           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1854               post-hoc with 2.9 release</em>)
1855           </li>
1856
1857         </ul> <em>Application</em>
1858         <ul>
1859           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1860             with 3D structures</li>
1861           <li>Support for parsing RNAML</li>
1862           <li>Annotations menu for layout
1863             <ul>
1864               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1865               <li>place sequence annotation above/below alignment
1866                 annotation</li>
1867             </ul>
1868           <li>Output in Stockholm format</li>
1869           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1870             translation</li>
1871           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1872           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1873             shared between alignments</li>
1874           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1875             Jalview</li>
1876           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1877             all or current selection</li>
1878           <li>disorder and secondary structure predictions
1879             available as dataset annotation</li>
1880           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1881
1882
1883           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1884             alignments from Rfam</li>
1885           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1886
1887           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1888             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1889           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1890           <li>include installation type in build properties and
1891             console log output</li>
1892           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1893             annotation</li>
1894         </ul></td>
1895       <td>
1896         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1897         <ul>
1898           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1899             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1900           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1901             alignment</li>
1902           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1903           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1904           <li>Double click on sequence associated annotation
1905             selects only first column</li>
1906           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1907             leaves shown in tree</li>
1908           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1909             properly</li>
1910           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1911           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1912             screen and buttons not visible</li>
1913           <li>author list isn't updated if already written to
1914             Jalview properties</li>
1915           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1916             from database</li>
1917           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1918           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1919             browser search window</li>
1920           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1921             in feature settings dialog</li>
1922           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1923             desktop</li>
1924           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1925             pass validation</li>
1926           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1927             fit on screen</li>
1928           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1929             tooltip</li>
1930           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1931             defined user preset</li>
1932           <li>MSA web services warns user if they were launched
1933             with invalid input</li>
1934           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1935             Java 8</li>
1936           <li>
1937             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1938             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1939             created
1940           </li>
1941
1942         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1943         <ul>
1944         </ul> <em>General</em>
1945         <ul>
1946         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1947         <ul>
1948           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1949             memory allocation</li>
1950           <li>launchApp service doesn't automatically open
1951             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1952           <li>
1953             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1954             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1955             1.7_055 is available
1956           </li>
1957         </ul> <em>Application Known issues</em>
1958         <ul>
1959           <li>
1960             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1961             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1962             alignment to right
1963           </li>
1964           <li>
1965             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1966             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1967             with large number of ID
1968           </li>
1969           <li>
1970             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1971             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1972             start/end
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1976             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1977             structure tracks are rearranged
1978           </li>
1979           <li>
1980             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1981             invalid rna structure positional highlighting does not
1982             highlight position of invalid base pairs
1983           </li>
1984           <li>
1985             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1986             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1987             project from alignment window file menu
1988           </li>
1989           <li>
1990             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1991             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1992             structures
1993           </li>
1994           <li>
1995             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1996             colour by RNA Helices not enabled when user created
1997             annotation added to alignment
1998           </li>
1999           <li>
2000             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2001             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2002           </li>
2003         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2004         <ul>
2005           <li>
2006             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2007             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2008           </li>
2009           <li>
2010             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2011             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2012           </li>
2013
2014           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2015             when selected</li>
2016         </ul>
2017       </td>
2018     </tr>
2019     <tr>
2020       <td><div align="center">
2021           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2022         </div></td>
2023       <td>
2024         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2025         <em>General</em>
2026         <ul>
2027           <li>Internationalisation of user interface (usually
2028             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2029           <li>Define/Undefine group on current selection with
2030             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2031           <li>Improved group creation/removal options in
2032             alignment/sequence Popup menu</li>
2033           <li>Sensible precision for symbol distribution
2034             percentages shown in logo tooltip.</li>
2035           <li>Annotation panel height set according to amount of
2036             annotation when alignment first opened</li>
2037         </ul> <em>Application</em>
2038         <ul>
2039           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2040             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2041           <li>Select columns containing particular features from
2042             Feature Settings dialog</li>
2043           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2044             sequences</li>
2045           <li>Update Jalview project format:
2046             <ul>
2047               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2048               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2049                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2050               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2051                 colouring</li>
2052             </ul>
2053           </li>
2054           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2055             (PAM250)</li>
2056           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2057             flanking regions for an alignment</li>
2058         </ul>
2059       </td>
2060       <td>
2061         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2062         <ul>
2063           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2064             running after job is cancelled</li>
2065           <li>cannot export features from alignments imported from
2066             Jalview/VAMSAS projects</li>
2067           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2068             float values</li>
2069           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2070             have 'display all symbols' flag set</li>
2071           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2072             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2073           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2074             Jalview</li>
2075           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2076             Lion/Webstart</li>
2077           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2078           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2079           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2080             alignment onto desktop</li>
2081           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2082             'extract scores' function</li>
2083           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2084             alignment window</li>
2085           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2086             performing IUPred disorder prediction</li>
2087           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2088             changing 'normalise logo' display setting</li>
2089           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2090             nothing matches query</li>
2091           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2092             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2093           </li>
2094           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2095             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2096           </li>
2097           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2098             Jalview's menu</li>
2099           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2100             'invalid literal/length code'</li>
2101           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2102             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2103           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2104             colourscheme</li>
2105
2106         </ul> <em>Applet</em>
2107         <ul>
2108           <li>Remove group option is shown even when selection is
2109             not a group</li>
2110           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2111             don't affect groups</li>
2112           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2113             colourscheme name</li>
2114           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2115             Annotation panel is not displayed</li>
2116           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2117             embedded windows</li>
2118         </ul> <em>Other</em>
2119         <ul>
2120           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2121             single sequence were not calculated</li>
2122           <li>annotation files that contain only groups imported as
2123             annotation and junk sequences</li>
2124           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2125             recognised as PFAM or BLC</li>
2126           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2127             doesn't affect background (2.8.0b1)
2128           <li></li>
2129           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2130           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2131             trailing gaps</li>
2132           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2133             registered correctly on import</li>
2134           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2135             certain alignments</li>
2136           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2137             existing annotation based 'use original colours'
2138             colourscheme loses original colours setting</li>
2139         </ul>
2140       </td>
2141     </tr>
2142     <tr>
2143       <td><div align="center">
2144           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2145             <em>30/1/2014</em></strong>
2146         </div></td>
2147       <td>
2148         <ul>
2149           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2150             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2151             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2152             open source project).
2153           </li>
2154           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2155           <li>Output in Stockholm format</li>
2156           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2157           <li>Export/import group and sequence associated line
2158             graph thresholds</li>
2159           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2160             ambiguity codes</li>
2161           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2162             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2163             works</li>
2164           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2165         </ul> <em>Other improvements</em>
2166         <ul>
2167           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2168           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2169             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2170           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2171             files</li>
2172           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2173           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2174             link but no description</li>
2175           <li>Select primary source when selecting authority in
2176             database fetcher GUI</li>
2177           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2178             Jalview</li>
2179           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2180         </ul>
2181       </td>
2182       <td>
2183         <ul>
2184           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2185             displayed</li>
2186           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2187             secondary structure annotation line</li>
2188           <li>Sequence database accessions not imported when
2189             fetching alignments from Rfam</li>
2190           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2191             identical IDs</li>
2192           <li>View all structures does not always superpose
2193             structures</li>
2194           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2195             reflect user or preset settings</li>
2196           <li>Null pointer exceptions for some services without
2197             presets or adjustable parameters</li>
2198           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2199             discover PDB xRefs</li>
2200           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2201             features with DAS</li>
2202           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2203             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2204           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2205             residue follows a gap</li>
2206           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2207             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2208           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2209             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2210           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2211             annotation already exists on alignment</li>
2212           <li>oninit javascript function should be called after
2213             initialisation completes</li>
2214           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2215             alignment window display</li>
2216           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2217           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2218             to annotation file</li>
2219           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2220             groups created</li>
2221           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2222             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2223           <li>Pressing return several times causes Number Format
2224             exceptions in keyboard mode</li>
2225           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2226             correct partitions for input data</li>
2227           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2228           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2229           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2230           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2231             mode</li>
2232           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2233             changes one row&#39;s threshold</li>
2234           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2235             doesn&#39;t open</li>
2236           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2237             quality histograms</li>
2238         </ul>
2239       </td>
2240     </tr>
2241     <tr>
2242       <td><div align="center">
2243           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2244         </div></td>
2245       <td><em>Application</em>
2246         <ul>
2247           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2248             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2249           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2250             preferences</li>
2251           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2252             in Jalview alignment window</li>
2253           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2254             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2255           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2256             RNA and ambiguity codes</li>
2257
2258           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2259           <li>Support fetching and database reference look up
2260             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2261             refs')</li>
2262           <li>Jalview project improvements
2263             <ul>
2264               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2265                 flag for annotation</li>
2266               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2267                 alignment</li>
2268               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2269                 Jalview project</li>
2270
2271             </ul>
2272           </li>
2273           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2274           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2275             running</li>
2276           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2277           <li>visual indication that web service results are still
2278             being retrieved from server</li>
2279           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2280             starts up for first time</li>
2281           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2282             services</li>
2283           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2284             client library</li>
2285           <li>Examples directory and Groovy library included in
2286             InstallAnywhere distribution</li>
2287         </ul> <em>Applet</em>
2288         <ul>
2289           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2290             visualization applet example</li>
2291         </ul> <em>General</em>
2292         <ul>
2293           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2294           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2295             defaults</li>
2296           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2297             calculation</li>
2298           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2299             matrices
2300           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2301             in HTML</li>
2302           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2303             structure contacts</li>
2304           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2305           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2306           <li>Parse sequence associated secondary structure
2307             information in Stockholm files</li>
2308           <li>HTML Export database accessions and annotation
2309             information presented in tooltip for sequences</li>
2310           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2311             style RNA alignment files</li>
2312           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2313             alignment</li>
2314           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2315             shade each sequence according to its associated alignment
2316             annotation</li>
2317           <li>New Jalview Logo</li>
2318         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2319         <ul>
2320           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2321           <li>New Website!</li>
2322         </ul></td>
2323       <td><em>Application</em>
2324         <ul>
2325           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2326             wsdbfetch REST service</li>
2327           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2328           <li>Filetype associations not installed for webstart
2329             launch</li>
2330           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2331             job execution in full once it is complete</li>
2332           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2333             uploaded via ali_file parameter</li>
2334           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2335           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2336           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2337             submitted for prediction</li>
2338           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2339             desktop window</li>
2340           <li>Putting fractional value into integer text box in
2341             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2342           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2343             windows 7</li>
2344           <li>View all structures fails with exception shown in
2345             structure view</li>
2346           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2347             escaped in a platform independent way</li>
2348           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2349             using proxy</li>
2350           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2351             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2352           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2353             failure when java web start temporary file caching is
2354             disabled</li>
2355           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2356             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2357           <li>Errors during processing of command line arguments
2358             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2359           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2360             DAS sources in sequence fetcher</li>
2361           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2362             dialog is shown</li>
2363           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2364           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2365           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2366           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2367             on OSX Mountain Lion</li>
2368           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2369             sequences with alignment annotation are pasted into the
2370             alignment</li>
2371           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2372             when loaded from Jalview project</li>
2373           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2374           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2375             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2376           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2377             associated with all views</li>
2378           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2379             annotation rows to new window</li>
2380         </ul> <em>Applet</em>
2381         <ul>
2382           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2383             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2384           <li>loading features via javascript API automatically
2385             enables feature display</li>
2386           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2387             work</li>
2388         </ul> <em>General</em>
2389         <ul>
2390           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2391           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2392             and then deselected</li>
2393           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2394           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2395             coloured with clustalx</li>
2396           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2397             exceptions and redraw errors</li>
2398           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2399             reconfigured view</li>
2400           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2401             colour</li>
2402           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2403             for lots of labels</li>
2404         </ul>
2405     </tr>
2406     <tr>
2407       <td>
2408         <div align="center">
2409           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2410         </div>
2411       </td>
2412       <td><em>Application</em>
2413         <ul>
2414           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2415           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2416           <li>View/alignment association menu to enable user to
2417             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2418             its colours/correspondences from</li>
2419           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2420           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2421             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2422           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2423           <li>Annotation row column label formatting attributes
2424             stored in project file</li>
2425           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2426             rows preserved in Jalview project file</li>
2427           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2428             saved using Desktop window menu</li>
2429           <li>Visual indication that command line arguments are
2430             still being processed</li>
2431           <li>Groovy script execution from URL</li>
2432           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2433             preferences</li>
2434           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2435             alignment with sequences that have high similarity and
2436             matching IDs</li>
2437           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2438           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2439             structures in same window</li>
2440           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2441           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2442             analysis function in its own submenu</li>
2443         </ul> <em>Applet</em>
2444         <ul>
2445           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2446             groups</li>
2447           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2448           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2449           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2450           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2451           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2452             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2453           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2454           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2455             parameters are treated as such</li>
2456           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2457             <ul>
2458               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2459               <li>Javascript callbacks for
2460                 <ul>
2461                   <li>Applet initialisation</li>
2462                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2463                 </ul>
2464               </li>
2465               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2466                 functions</li>
2467               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2468               <li>javascript structure viewer harness to pass
2469                 messages between Jmol and Jalview when running as
2470                 distinct applets</li>
2471               <li>sortBy method</li>
2472               <li>Set of applet and application examples shipped
2473                 with documentation</li>
2474               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2475                 javascript message exchange</li>
2476             </ul>
2477         </ul> <em>General</em>
2478         <ul>
2479           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2480             multiple alignments</li>
2481           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2482           <li>User configurable link to enable redirects to a
2483             www.Jalview.org mirror</li>
2484           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2485           <li>Configurable newline string when writing alignment
2486             and other flat files</li>
2487           <li>Allow alignment annotation description lines to
2488             contain html tags</li>
2489         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2490         <ul>
2491           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2492             examples</li>
2493           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2494             using a web service before displaying the result in the
2495             Jalview desktop</li>
2496           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2497           <li>Ant target to publish example html files with applet
2498             archive</li>
2499           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2500           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2501         </ul></td>
2502       <td><em>Application</em>
2503         <ul>
2504           <li>User defined colourscheme throws exception when
2505             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2506           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2507             dialog for valid filename/format</li>
2508           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2509           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2510             P37173</li>
2511           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2512             which sequence is to be associated with the file</li>
2513           <li>Find All raises null pointer exception when query
2514             only matches sequence IDs</li>
2515           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2516           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2517             2.4 cannot be loaded</li>
2518           <li>Filetype associations not installed for webstart
2519             launch</li>
2520           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2521             with sequences in different alignments do not get coloured
2522             by their associated sequence</li>
2523           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2524             not preserved when project is loaded</li>
2525           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2526             stored in Jalview project</li>
2527           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2528             Jalview project</li>
2529           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2530           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2531             by conservation</li>
2532           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2533             created on new view</li>
2534           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2535             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2536           <li>Alignment quality not updated after alignment
2537             annotation row is hidden then shown</li>
2538           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2539             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2540           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2541             properly</li>
2542           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2543             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2544           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2545           <li>Structures imported from file and saved in project
2546             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2547           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2548             job execution in full once it is complete</li>
2549         </ul> <em>Applet</em>
2550         <ul>
2551           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2552             annotation rows are displayed</li>
2553           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2554             codebase</li>
2555           <li>View follows highlighting does not work for positions
2556             in sequences</li>
2557           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2558           <li>Export features raises exception when no features
2559             exist</li>
2560           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2561             for javascript api is modified when separator string
2562             provided as parameter</li>
2563           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2564             alignment with no existing selection</li>
2565           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2566             to applet&#39;s codebase</li>
2567           <li>Status bar not updated after finished searching and
2568             search wraps around to first result</li>
2569           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2570             several Jalview applets causes race conditions and memory
2571             leaks</li>
2572           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2573             not sent from Jmol in applet</li>
2574           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2575             applet API fatally hang browser</li>
2576         </ul> <em>General</em>
2577         <ul>
2578           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2579             position with wrapped view and hidden regions</li>
2580           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2581             with/without hidden columns</li>
2582           <li>Sequence length given in alignment properties window
2583             is off by 1</li>
2584           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2585             import PDB like structure files</li>
2586           <li>Positional search results are only highlighted
2587             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2588           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2589           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2590             given sequence position</li>
2591           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2592             output</li>
2593           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2594             from nucleotide chains correctly</li>
2595           <li>Structure colours not updated when tree partition
2596             changed in alignment</li>
2597           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2598             parsed in interleaved stockholm</li>
2599           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2600             state</li>
2601           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2602             properly</li>
2603           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2604             properly associated with their pdb files</li>
2605         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2606         <ul>
2607           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2608             ApplyCopyright tool</li>
2609         </ul></td>
2610     </tr>
2611     <tr>
2612       <td>
2613         <div align="center">
2614           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2615         </div>
2616       </td>
2617       <td><em>Application</em>
2618         <ul>
2619           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2620             contact web services</li>
2621           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2622             service job window</li>
2623           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2624         </ul></td>
2625       <td>
2626         <ul>
2627           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2628             pir file emitted by Jalview</li>
2629           <li>Existing feature settings transferred to new
2630             alignment view created from cut'n'paste</li>
2631           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2632             parsing PDB files</li>
2633           <li>Consensus and conservation annotation rows
2634             occasionally become blank for all new windows</li>
2635           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2636             in wrapped view mode</li>
2637         </ul> <em>Application</em>
2638         <ul>
2639           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2640             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2641           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2642             parameter names</li>
2643           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2644             is down</li>
2645         </ul>
2646       </td>
2647     </tr>
2648     <tr>
2649       <td>
2650         <div align="center">
2651           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2652         </div>
2653       </td>
2654       <td><em>Application</em>
2655         <ul>
2656           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2657             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2658             (JABAWS)
2659           </li>
2660           <li>Web Services preference tab</li>
2661           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2662             preferences</li>
2663           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2664           <li>Superpose structures using associated sequence
2665             alignment</li>
2666           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2667             viewer</li>
2668         </ul> <em>Applet</em>
2669         <ul>
2670           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2671             link out mechanism</li>
2672         </ul> <em>Other</em>
2673         <ul>
2674           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2675             series 12</li>
2676           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2677             require Java 1.5</li>
2678           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2679             sequence annotation files</li>
2680           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2681             type colour specification</li>
2682           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2683             script to check if it being run in an interactive session or
2684             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2685         </ul></td>
2686       <td>
2687         <ul>
2688           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2689             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2690         </ul> <em>Application</em>
2691         <ul>
2692           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2693             selected Regions menu item</li>
2694           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2695             part of a valid accession ID</li>
2696           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2697             runs out of memory</li>
2698           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2699             analysis results</li>
2700           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2701             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2702           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2703         </ul> <em>Applet</em>
2704         <ul>
2705           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2706             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2707             defined.</li>
2708         </ul>
2709       </td>
2710     </tr>
2711     <tr>
2712       <td>
2713         <div align="center">
2714           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2715         </div>
2716       </td>
2717       <td></td>
2718       <td>
2719         <ul>
2720           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2721             sequence IDs</li>
2722           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2723             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2724           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2725             import correctly</li>
2726           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2727             number of columns are hidden</li>
2728           <li>annotation label popup menu not providing correct
2729             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2730             present</li>
2731           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2732             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2733           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2734             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2735
2736         </ul> <em>Applet</em>
2737         <ul>
2738           <li>annotation panel disappears when annotation is
2739             hidden/removed</li>
2740         </ul> <em>Application</em>
2741         <ul>
2742           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2743             alignment opened where annotation panel is visible but no
2744             annotations are present on alignment</li>
2745           <li>pasted region containing hidden columns is
2746             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2747           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2748             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2749           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2750             selected Rregions menu item.</li>
2751           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2752             'Un' or 'Non'conserved</li>
2753           <li>Sequence feature settings are being shared by
2754             multiple distinct alignments</li>
2755           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2756             changed</li>
2757           <li>double click on group annotation to select sequences
2758             does not propagate to associated trees</li>
2759           <li>Mac OSX specific issues:
2760             <ul>
2761               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2762                 window background</li>
2763               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2764                 name set correctly</li>
2765               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2766                 save feature colourscheme button</li>
2767             </ul>
2768           </li>
2769         </ul>
2770       </td>
2771     </tr>
2772     <tr>
2773
2774       <td>
2775         <div align="center">
2776           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2777         </div>
2778       </td>
2779       <td><em>New Capabilities</em>
2780         <ul>
2781           <li>URL links generated from description line for
2782             regular-expression based URL links (applet and application)
2783
2784           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2785             menu</li>
2786           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2787             structures</li>
2788           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2789             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2790           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2791             average score or total feature count for each sequence.</li>
2792           <li>Shading features by score or associated description</li>
2793           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2794             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2795           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2796             hide everything but the currently selected region.</li>
2797           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2798         </ul> <em>Application</em>
2799         <ul>
2800           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2801             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2802           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2803             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2804           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2805             database references and protein_name is parsed as
2806             description line (BioSapiens terms).</li>
2807           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2808             references in sequence ID tooltip from View menu in
2809             application.</li>
2810           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2811       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2812           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2813             conservation plots</li>
2814           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2815             and visualized as sequence logos</li>
2816           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2817             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2818           </li>
2819           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2820             when a new tree is opened.</li>
2821           <li>Jalview Java Console</li>
2822           <li>Better placement of desktop window when moving
2823             between different screens.</li>
2824           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2825             consensus annotation</li>
2826           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2827             Workflows</li>
2828           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2829             <ul>
2830               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2831                 used to preserve views, structures, and tree display
2832                 settings)</li>
2833               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2834                 command line</li>
2835               <li>Sharing of selected regions between views and
2836                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2837               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2838             </ul></li>
2839         </ul> <em>Applet</em>
2840         <ul>
2841           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2842           <li>New Parameters
2843             <ul>
2844               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2845                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2846                 opened.</li>
2847               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2848                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2849               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2850                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2851               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2852                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2853                 view</li>
2854               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2855                 increase the height or width of a cell in the alignment
2856                 grid relative to the current font size.</li>
2857             </ul>
2858           </li>
2859           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2860             tooltip</li>
2861         </ul> <em>Other</em>
2862         <ul>
2863           <li>Features format: graduated colour definitions and
2864             specification of feature scores</li>
2865           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2866             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2867             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2868           <li>XML formats extended to support graduated feature
2869             colourschemes, group associated annotation, and profile
2870             visualization settings.</li></td>
2871       <td>
2872         <ul>
2873           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2874             rather than description</li>
2875           <li>Non-positional features are now included in sequence
2876             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2877             visibility in tooltip).</li>
2878           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2879           <li>Added URL embedding instructions to features file
2880             documentation.</li>
2881           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2882             'X' in peptide product</li>
2883           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2884             sequence ID and sequence string and query strings do not
2885             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2886           <li>AMSA files only contain first column of
2887             multi-character column annotation labels</li>
2888           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2889             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2890             exported and re-imported)</li>
2891           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2892             name</li>
2893           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2894             as subsequence matches, and correctly reports total number
2895             of both.</li>
2896           <li>Application:
2897             <ul>
2898               <li>Better handling of exceptions during sequence
2899                 retrieval</li>
2900               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2901                 link text excludes the start_end suffix</li>
2902               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2903                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2904               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2905               <li>Sequence description lines properly shared via
2906                 VAMSAS</li>
2907               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2908                 data sources</li>
2909               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2910                 completes before alignment figures are generated.</li>
2911               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2912                 first time.</li>
2913               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2914                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2915               <li>User defined group colours properly recovered
2916                 from Jalview projects.</li>
2917             </ul>
2918           </li>
2919         </ul>
2920       </td>
2921
2922     </tr>
2923     <tr>
2924       <td>
2925         <div align="center">
2926           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2927         </div>
2928       </td>
2929       <td>
2930         <ul>
2931           <li>Experimental support for google analytics usage
2932             tracking.</li>
2933           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2934         </ul>
2935       </td>
2936       <td>
2937         <ul>
2938           <li>Race condition in applet preventing startup in
2939             jre1.6.0u12+.</li>
2940           <li>Exception when feature created from selection beyond
2941             length of sequence.</li>
2942           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2943           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2944             all sequences with a given id</li>
2945           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2946             ID string searches</li>
2947           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2948             alignment to fail with exception</li>
2949         </ul> <em>Application Issues</em>
2950         <ul>
2951           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2952           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2953             data sources</li>
2954         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2955         <ul>
2956           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2957             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2958           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2959             version (java class versioning error fixed)</li>
2960         </ul>
2961       </td>
2962     </tr>
2963     <tr>
2964       <td>
2965
2966         <div align="center">
2967           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2968         </div>
2969       </td>
2970       <td><em>User Interface</em>
2971         <ul>
2972           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2973             translation and protein products</li>
2974           <li>Linked highlighting of structure associated with
2975             residue mapping to codon position</li>
2976           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2977             and 'clear' button</li>
2978           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2979             Tools menu</li>
2980           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2981             numeric data in description line</li>
2982           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2983           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2984             of sequence</li>
2985         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2986         <ul>
2987           <li>JPred3 web service</li>
2988           <li>Prototype sequence search client (no public services
2989             available yet)</li>
2990           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2991             PFAM</li>
2992           <li>URL Links created for matching database cross
2993             references as well as sequence ID</li>
2994           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2995         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2996         <ul>
2997           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2998             databases</li>
2999           <li>Generalised database reference retrieval and
3000             validation to all fetchable databases</li>
3001           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3002             sequence command</li>
3003         </ul> <em>Import and Export</em>
3004         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3005         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3006           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3007         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3008           File</li>
3009         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3010           triplet as name of colourscheme</li>
3011         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3012         <ul>
3013           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3014           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3015             alignments (experimental)</li>
3016           <li>Create new or select existing session to join</li>
3017           <li>load and save of vamsas documents</li>
3018         </ul> <em>Application command line</em>
3019         <ul>
3020           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3021             from applet)</li>
3022           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3023             of DAS servers to query for alignment features</li>
3024           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3025             that are also automatically queried for features</li>
3026           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3027             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3028         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3029         <ul>
3030           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3031             application (when using &quot;View in full
3032             application&quot;)</li>
3033         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3034         <ul>
3035           <li>feature group display control parameter</li>
3036           <li>debug parameter</li>
3037           <li>showbutton parameter</li>
3038         </ul> <em>Applet API methods</em>
3039         <ul>
3040           <li>newView public method</li>
3041           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3042           <li>Feature display control methods</li>
3043           <li>get list of currently selected sequences</li>
3044         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3045         <ul>
3046           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3047           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3048             Jalview release.</li>
3049           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3050             property controls execution of obfuscator</li>
3051           <li>Build target for generating source distribution</li>
3052           <li>Debug flag for javacc</li>
3053           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3054             jalview.bin.Cache</li>
3055           <li>Continuous Build Integration for stable and
3056             development version of Application, Applet and source
3057             distribution</li>
3058         </ul></td>
3059       <td>
3060         <ul>
3061           <li>selected region output includes visible annotations
3062             (for certain formats)</li>
3063           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3064             for editing</li>
3065           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3066           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3067           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3068           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3069             comments</li>
3070           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3071             filenames containing a ':'</li>
3072           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3073             global sequence features</li>
3074           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3075             references from alignment sequences goes to zero</li>
3076           <li>Close of tree branch colour box without colour
3077             selection causes cascading exceptions</li>
3078           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3079           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3080             file parsing fails.</li>
3081           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3082           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3083             not a valid output format</li>
3084           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3085             vamsas</li>
3086           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3087           <li>error messages passed up and output when data read
3088             fails</li>
3089           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3090             sequence is edited</li>
3091           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3092             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3093           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3094             filetype</li>
3095           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3096             import fixed for PFAM records</li>
3097           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3098             window list</li>
3099           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3100             can be read and written correctly to annotation file</li>
3101           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3102             correctly</li>
3103           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3104             non-italic font for representatives in Applet</li>
3105           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3106             Macs.</li>
3107           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3108             Applet)</li>
3109           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3110             due to null pointer exceptions</li>
3111           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3112             first column of alignment</li>
3113           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3114             July 2008</li>
3115           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3116             file is case-insensitive</li>
3117           <li>Sequence features read from Features file appended to
3118             all sequences with matching IDs</li>
3119           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3120             containing a sub-sequence</li>
3121           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3122           <li>feature and annotation file applet parameters
3123             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3124           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3125           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3126             splash-screen version check to complete</li>
3127           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3128             when passing them to the launchApp service</li>
3129           <li>display name and local features preserved in results
3130             retrieved from web service</li>
3131           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3132             sequence fetcher initialisation</li>
3133           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3134             dasobert DAS client</li>
3135           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3136             association</li>
3137           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3138             sequences
3139           </li>
3140         </ul>
3141       </td>
3142     </tr>
3143     <tr>
3144       <td>
3145         <div align="center">
3146           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3147         </div>
3148       </td>
3149       <td>
3150         <ul>
3151           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3152           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3153           <li>Slide sequences</li>
3154           <li>Edit sequence in place</li>
3155           <li>EMBL CDS features</li>
3156           <li>DAS Feature mapping</li>
3157           <li>Feature ordering</li>
3158           <li>Alignment Properties</li>
3159           <li>Annotation Scores</li>
3160           <li>Sort by scores</li>
3161           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3162         </ul>
3163       </td>
3164       <td>
3165         <ul>
3166           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3167           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3168           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3169           <li>Feature group display state in XML</li>
3170           <li>Feature ordering in XML</li>
3171           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3172           <li>Stockholm alignment properties</li>
3173           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3174           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3175           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3176           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3177         </ul>
3178       </td>
3179
3180     </tr>
3181     <tr>
3182       <td>
3183         <div align="center">
3184           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3185         </div>
3186       </td>
3187       <td>
3188         <ul>
3189           <li>Non standard characters can be read and displayed
3190           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3191             applet via textbox
3192           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3193             name &amp; description
3194           <li>Preference setting to display sequence name in
3195             italics
3196           <li>Annotation file format extended to allow
3197             Sequence_groups to be defined
3198           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3199             specified in preferences
3200           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3201             sequences
3202         </ul>
3203       </td>
3204       <td>
3205         <ul>
3206           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3207             installed
3208           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3209           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3210         </ul>
3211       </td>
3212     </tr>
3213     <tr>
3214       <td>
3215         <div align="center">
3216           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3217         </div>
3218       </td>
3219       <td>
3220         <ul>
3221           <li>Multiple views on alignment
3222           <li>Sequence feature editing
3223           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3224           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3225           <li>Background dependent text colour
3226           <li>Right align sequence ids
3227           <li>User-defined lower case residue colours
3228           <li>Format Menu
3229           <li>Select Menu
3230           <li>Menu item accelerator keys
3231           <li>Control-V pastes to current alignment
3232           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3233           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3234           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3235
3236           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3237         </ul>
3238       </td>
3239       <td>
3240         <ul>
3241           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3242           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3243             calculations
3244           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3245             edits
3246           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3247             of alignment)
3248           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3249
3250           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3251             display correctly
3252           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3253           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3254             analysis results
3255           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3256             &#8739;
3257           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3258           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3259           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3260
3261         </ul>
3262       </td>
3263     </tr>
3264     <tr>
3265       <td>
3266         <div align="center">
3267           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3268         </div>
3269       </td>
3270       <td>
3271         <ul>
3272           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3273         </ul>
3274       </td>
3275       <td>
3276         <ul>
3277           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3278             sequence id panel has been resized</li>
3279           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3280             rendered</li>
3281           <li>Annotation files with sequence references - all
3282             elements in file are relative to sequence position</li>
3283           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3284         </ul>
3285       </td>
3286     </tr>
3287     <tr>
3288       <td>
3289         <div align="center">
3290           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3291         </div>
3292       </td>
3293       <td>
3294         <ul>
3295           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3296           <li>DAS Feature fetching</li>
3297           <li>Hide sequences and columns</li>
3298           <li>Export Annotations and Features</li>
3299           <li>GFF file reading / writing</li>
3300           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3301             files</li>
3302           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3303           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3304           <li>Applet can launch the full application</li>
3305           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3306             required)</li>
3307           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3308           <li>Applet can load sequences from parameter
3309             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3310           </li>
3311         </ul>
3312       </td>
3313       <td>
3314         <ul>
3315           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3316           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3317           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3318         </ul>
3319       </td>
3320     </tr>
3321     <tr>
3322       <td>
3323         <div align="center">
3324           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3325         </div>
3326       </td>
3327       <td>
3328         <ul>
3329           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3330           <li>Choose to match case when searching</li>
3331           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3332             expand the visible width and height of the alignment</li>
3333         </ul>
3334       </td>
3335       <td>
3336         <ul>
3337           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3338         </ul>
3339       </td>
3340     </tr>
3341     <tr>
3342       <td>
3343         <div align="center">
3344           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3345         </div>
3346       </td>
3347       <td>&nbsp;</td>
3348       <td>
3349         <ul>
3350           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3351           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3352             value</li>
3353         </ul>
3354       </td>
3355     </tr>
3356     <tr>
3357       <td>
3358         <div align="center">
3359           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3360         </div>
3361       </td>
3362       <td>
3363         <ul>
3364           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3365           <li>Keyboard editing</li>
3366           <li>Create sequence features from searches</li>
3367           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3368             alignments</li>
3369           <li>Features file allows grouping of features</li>
3370           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3371           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3372           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3373         </ul>
3374       </td>
3375       <td>
3376         <ul>
3377           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3378           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3379             descriptions saved.</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382     </tr>
3383     <tr>
3384       <td>
3385         <div align="center">
3386           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3387         </div>
3388       </td>
3389       <td>
3390         <ul>
3391           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3392           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3393           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3394             name for file output</li>
3395           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3396           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3397             used for HTML form input</li>
3398         </ul>
3399       </td>
3400       <td>
3401         <ul>
3402           <li>HTML output writes groups and features</li>
3403           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3404           <li>File IO bugs</li>
3405         </ul>
3406       </td>
3407     </tr>
3408     <tr>
3409       <td>
3410         <div align="center">
3411           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3412         </div>
3413       </td>
3414       <td>
3415         <ul>
3416           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3417           <li>More options for PCA viewer</li>
3418         </ul>
3419       </td>
3420       <td>
3421         <ul>
3422           <li>GUI bugs resolved</li>
3423           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3424         </ul>
3425       </td>
3426     </tr>
3427     <tr>
3428       <td height="63">
3429         <div align="center">
3430           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3431         </div>
3432       </td>
3433       <td>
3434         <ul>
3435           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3436           <li>Jar files are executable</li>
3437           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3438         </ul>
3439       </td>
3440       <td>
3441         <ul>
3442           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3443           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3444           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3445         </ul>
3446       </td>
3447     </tr>
3448     <tr>
3449       <td>
3450         <div align="center">
3451           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3452         </div>
3453       </td>
3454       <td>
3455         <ul>
3456           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3457         </ul>
3458       </td>
3459       <td>
3460         <ul>
3461           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3462         </ul>
3463       </td>
3464     </tr>
3465     <tr>
3466       <td>
3467         <div align="center">
3468           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3469         </div>
3470       </td>
3471       <td>
3472         <ul>
3473           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3474             size</li>
3475         </ul>
3476       </td>
3477       <td>
3478         <ul>
3479           <li>Improved JPred client reliability</li>
3480           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3481         </ul>
3482       </td>
3483     </tr>
3484     <tr>
3485       <td>
3486         <div align="center">
3487           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3488         </div>
3489       </td>
3490       <td>
3491         <ul>
3492           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3493           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3494           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3495             to Colour Menu</li>
3496           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3497           <li>Unix users can set default web browser</li>
3498           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3499           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3500         </ul>
3501       </td>
3502       <td>
3503         <ul>
3504           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3505         </ul>
3506       </td>
3507     </tr>
3508     <tr>
3509       <td>
3510         <div align="center">
3511           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3512         </div>
3513       </td>
3514       <td>&nbsp;</td>
3515       <td>
3516         <ul>
3517           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3518             alignment order.</li>
3519         </ul>
3520       </td>
3521     </tr>
3522     <tr>
3523       <td>
3524         <div align="center">
3525           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3526         </div>
3527       </td>
3528       <td>
3529         <ul>
3530           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3531           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3532           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3533             annotations.</li>
3534           <li>Version and build date written to build properties
3535             file.</li>
3536           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3537             at launch of Jalview.</li>
3538         </ul>
3539       </td>
3540       <td>
3541         <ul>
3542           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3543           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3544           <li>Can remove groups one by one.</li>
3545           <li>Filechooser icons installed.</li>
3546           <li>Finder ignores return character when searching.
3547             Return key will initiate a search.<br>
3548           </li>
3549         </ul>
3550       </td>
3551     </tr>
3552     <tr>
3553       <td>
3554         <div align="center">
3555           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3556         </div>
3557       </td>
3558       <td>
3559         <ul>
3560           <li>New codebase</li>
3561         </ul>
3562       </td>
3563       <td>&nbsp;</td>
3564     </tr>
3565   </table>
3566   <p>&nbsp;</p>
3567 </body>
3568 </html>