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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
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  32
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  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
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  39
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  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
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  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>14/11/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98           </ul>
  99           <em>Scripting</em>
 100           <ul>
 101           <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 102           <li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li>
 103           </ul>
 104           <em>Testing and Deployment</em>
 105           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 106           </div>
 107       </td>
 108       <td><div align="left">
 109           <em>General</em>
 110           <ul>
 111             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 112             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 113             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 114             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 115           </ul>
 116           <em>Desktop</em>
 117           <ul>
 118             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 119             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 120             </li>
 121             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 122             </li>
 123             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 124             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 125             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 126             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 127             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 128             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 129             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 130             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 131             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 132             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 133             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 134             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 135             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 136             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment only aligns selected regions of each selected sequence</li>
 137             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 138             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 139             <li><!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in URL links appears when only default EMBL-EBI link is configured (since 2.10.2b2)</li>
 140             <li><!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box position is adjusted</li>
 141             <li><!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains in a multi-chain structure when viewing alignment involving more than one chain (since 2.10)</li>
 142            </ul>
 143           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 144            <ul>
 145             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 146           </ul>
 147           <strong><em>BioJSON</em></strong><br/>
 148           <ul>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 151           </li>
 152           </ul>
 153           <strong>Known Java 9 Issues</strong>
 154           <ul>
 155             <li><!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 156             not responsive when entering characters (Webstart, Java 9.01,
 157             OSX 10.10)
 158             </li>
 159           </ul>
 160           <strong>New Known Issues</strong>
 161           <ul>
 162           <li><!-- JAL- --></li>
 163           </ul>
 164           </div>
 165       </td>
 166     </tr>
 167     <tr>
 168       <td width="60" nowrap>
 169         <div align="center">
 170           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 171             <em>2/10/2017</em></strong>
 172         </div>
 173       </td>
 174       <td><div align="left">
 175           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 176           <ul>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 179             </li>
 180             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 181             </li>
 182           </ul>
 183         </div></td>
 184       <td><div align="left">
 185         </div></td>
 186     </tr>
 187     <tr>
 188       <td width="60" nowrap>
 189         <div align="center">
 190           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 191             <em>7/9/2017</em></strong>
 192         </div>
 193       </td>
 194       <td><div align="left">
 195           <em></em>
 196           <ul>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 199               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 200               white)
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 204               Preferences
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 208               in size and progress bar shown as higher resolution
 209               overview is recalculated
 210             </li>
 211
 212           </ul>
 213         </div></td>
 214       <td><div align="left">
 215           <em></em>
 216           <ul>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 219               column region row by row
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 223               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 227               format setting is unticked
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 231               if group has show boxes format setting unticked
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 235               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 236               include sequences and columns not currently displayed
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 240               assemblies are imported via CIF file
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 244               displayed when threshold or conservation colouring is also
 245               enabled.
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 249               server version
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 253               dragging a selected region off the visible region of the
 254               alignment
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 258               colourscheme to all groups in a view
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 262               initially after font size change using the Font chooser or
 263               middle-mouse zoom
 264             </li>
 265           </ul>
 266         </div></td>
 267     </tr>
 268     <tr>
 269       <td width="60" nowrap>
 270         <div align="center">
 271           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 272         </div>
 273       </td>
 274       <td><div align="left">
 275           <em>Calculations</em>
 276           <ul>
 277
 278             <li>
 279               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 280               ungapped positions in each column of the alignment.
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 284               a calculation dialog box
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 288               and memory efficiency (~30x faster)
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 292               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 293               and other calculations
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 297               files within the Jalview codebase
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 301               Similarity may have different topology due to increased
 302               precision
 303             </li>
 304           </ul>
 305           <em>Rendering</em>
 306           <ul>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 309               model for alignments and groups
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 313               scripts
 314             </li>
 315           </ul>
 316           <em>Overview</em>
 317           <ul>
 318             <li>
 319               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 320               with alignment and overview windows
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 324               overview
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 328               omitted in Overview
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 332               adjustment of visible position
 333             </li>
 334           </ul>
 335
 336           <em>Data import/export</em>
 337           <ul>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 340               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 344               annotation input/output via stockholm flatfile
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 348               extension when importing structure files without embedded
 349               names or PDB accessions
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 353               format sequence substitution matrices
 354             </li>
 355           </ul>
 356           <em>User Interface</em>
 357           <ul>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 360               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 361               the application.
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 365               via Overview or sequence motif search operations
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 369               opened by double clicking gaps within sequence feature
 370               extent
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 374               aligned positions were available to create a 3D structure
 375               superposition.
 376             </li>
 377           </ul>
 378           <em>3D Structure</em>
 379           <ul>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 382               coloured in linked structure views
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 386               file-based command exchange
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 390               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 391               structures are already available for sequences
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 395               the Jalview project rather than downloaded again when the
 396               project is reopened.
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 400               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 401               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 402                 Feature</strong>)
 403             </li>
 404           </ul>
 405           <em>Web Services</em>
 406           <ul>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 412               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 413               Analysis services
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 417               cross-references provided by identifiers.org and the
 418               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 419             </li>
 420           </ul>
 421
 422           <em>Scripting</em>
 423           <ul>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 426               identifying file formats (instead of String constants)
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 430               efficiency when counting all displayed features (not
 431               backwards compatible with 2.10.1)
 432             </li>
 433           </ul>
 434           <em>Example files</em>
 435           <ul>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 438               included in the example feature file
 439             </li>
 440           </ul>
 441           <em>Documentation</em>
 442           <ul>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 445               with the built-in Java help viewer
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 449               sequence description' option
 450             </li>
 451           </ul>
 452           <em>Test Suite</em>
 453           <ul>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 456               Uniprot REST Free Text Search Client
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 463               during tests
 464             </li>
 465           </ul>
 466         </div></td>
 467       <td><div align="left">
 468           <em>Calculations</em>
 469           <ul>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 472               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 473               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 474             </li>
 475             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 476               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 477               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 478               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 479               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 480               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 481               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 482               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 483               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 484               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 485               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 486               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 487               // for 2.10.1 mode <br />
 488               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 489               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 490                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 491                 calculations (not recommended)</em></li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 494               scaling of branch lengths for trees computed using
 495               Sequence Feature Similarity.
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 499               generating output report when working with highly
 500               redundant alignments
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 504               right of selected region when gaps present on right-hand
 505               boundary
 506             </li>
 507           </ul>
 508           <em>User Interface</em>
 509           <ul>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 512               doesn't reselect a specific sequence's associated
 513               annotation after it was used for colouring a view
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 517               opened on a region of alignment without groups
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 521               of an alignment with overlapping groups
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 525               name and description match
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 529               hidden regions results in incorrect hidden regions
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 533               changing colour does not apply Conservation slider value
 534               to all groups
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 538               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 542               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 546               gaps before start of features
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 550               restored to UI when feature colour is edited
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 554               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 558               as graduate feature colour settings are modified via the
 559               dialog box
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 563               when a group defined on the alignment is resized
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 567               wrapped view result in positional status updates
 568             </li>
 569
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 572               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 576               alignment included gapped columns
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 580               widgets don't permanently disappear
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 584               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 585               T-Coffee column reliability scores)
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 589               sequence feature on gaps only
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 593               button from a Find inherit previously defined feature type
 594               rather than the Find query string
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 598               exporting tree calculated in Jalview
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 602               and then revealing them reorders sequences on the
 603               alignment
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 607               doesn't update to reflect available set of groups after
 608               interactively adding or modifying features
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 612               Linux
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 616               only excluded gaps in current sequence and ignored
 617               selection.
 618             </li>
 619           </ul>
 620           <em>Rendering</em>
 621           <ul>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 624               erratically when hidden rows or columns are present
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 628               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 629               sequence colouring
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 633               colour and group colour menu for protein alignments
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 637               reflect currently selected view or group's shading
 638               thresholds
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 642               when rendered on overview and structures when opacity at
 643               100%
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 647               overview when features overlaid on alignment
 648             </li>
 649           </ul>
 650           <em>Data import/export</em>
 651           <ul>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 654               load
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 658               added after a sequence was imported are not written to
 659               Stockholm File
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 663               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 667               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 671               with lightGray or darkGray via features file (but can
 672               specify lightgray)
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 676               when alignment view imported from project
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 680               structure and sequences extracted from structure files
 681               imported via URL and viewed in Jmol
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 685               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 686               the project is loaded and the structure viewed
 687             </li>
 688           </ul>
 689           <em>Web Services</em>
 690           <ul>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 693               release of Ensembl v.88
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 697               appear enabled in Preferences->Connections
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 701               removed from console output
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 705               Ensembl by Peptide ID
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 709               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 710               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 711               due to 'null' string rather than empty string used for
 712               residues with no corresponding PDB mapping).
 713             </li>
 714           </ul>
 715           <em>Application UI</em>
 716           <ul>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 719               menu
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 723               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 724               new documentation and tooltips added)
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 728               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 732               new features are added to alignment
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 736               changes to feature colours via the Amend features dialog
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 740               edit graduated feature colour via amend features dialog
 741               box
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 745               selection menu changes colours of alignment views
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 749               from alignment calculation workers after alignment has
 750               been closed
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 754               groups now 'Create Group'
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 758               Create/Undefine group doesn't always work
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 762               shown again after pressing 'Cancel'
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 766               adjusts start position in wrap mode
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 770               ambiguous amino acids
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 774               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 775               proteins
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 779               Defined' don't appear in Colours menu
 780             </li>
 781           </ul>
 782           <em>Applet</em>
 783           <ul>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 786               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 790               overview or linked structure view
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 794               work (since 2.8)
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 798               user-defined colourscheme doesn't restore original
 799               colourscheme
 800             </li>
 801           </ul>
 802           <em>Test Suite</em>
 803           <ul>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 806               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 810               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 811               problems with deep array comparison equality asserts in
 812               successive versions of TestNG
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 816               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 817             </li>
 818           </ul>
 819           <em>New Known Issues</em>
 820           <ul>
 821             <li>
 822               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 823               phase after a sequence motif find operation
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 827               containing just upper and lower case letters are
 828               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 832               reliably from eggnog Ortholog database
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 836               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 837               to mark columns containing highlighted regions.
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 841               doesn't always add secondary structure annotation.
 842             </li>
 843           </ul>
 844         </div>
 845     <tr>
 846       <td width="60" nowrap>
 847         <div align="center">
 848           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 849         </div>
 850       </td>
 851       <td><div align="left">
 852           <em>General</em>
 853           <ul>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 856               for all consensus calculations
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 860               3rd Oct 2016)
 861             </li>
 862             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 863               for 2016-2017</li>
 864           </ul>
 865           <em>Application</em>
 866           <ul>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 869               set of database cross-references, sorted alphabetically
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 873               from database cross references. Users with custom links
 874               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 875                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 879               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 880               Chimera session
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 884               the Chimera it is connected to is shut down
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 888               columns menu item to mark columns containing highlighted
 889               regions (e.g. from structure selections or results of a
 890               Find operation)
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 894               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 895               MSAviewer
 896             </li>
 897           </ul>
 898         </div></td>
 899       <td>
 900         <div align="left">
 901           <em>General</em>
 902           <ul>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 905               are not coloured or thresholded according to percent
 906               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 910               hydrophobic
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 914               threshold, amino acid properties)
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 918               reported as mapped to residues in a structure file in the
 919               View Mapping report
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 923               could be added multiple times to a sequence
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 927               bond features shown as two highlighted residues rather
 928               than a range in linked structure views, and treated
 929               correctly when selecting and computing trees from features
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 933               cross-references are matched to database name regardless
 934               of case
 935             </li>
 936
 937           </ul>
 938           <em>Application</em>
 939           <ul>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 942               names without regular expressions also offer links from
 943               Sequence ID
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 947               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 948               update Jalview configuration
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 952               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 956               files with similarly named sequences if dropped onto the
 957               alignment
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 961               entries where more chains exist in the PDB accession than
 962               are reported in the SIFTS file
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 966               the structure view when displayed with Chimera
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 970               panel's View->Show Chains submenu
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 974               work for wrapped alignment views
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 978               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 982               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 983               first annotation row
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 987               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 991               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 992             </li>
 993             <!-- JAL-2319 -->
 994             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 995             coordindate data
 996             </li>
 997           </ul>
 998           <!--           <em>New Known Issues</em>
 999           <ul>
1000             <li></li>
1001           </ul> -->
1002         </div>
1003       </td>
1004     </tr>
1005     <td width="60" nowrap>
1006       <div align="center">
1007         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1008           <em>25/10/2016</em></strong>
1009       </div>
1010     </td>
1011     <td><em>Application</em>
1012       <ul>
1013         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1014           view if structures already loaded</li>
1015         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1016           structure views</li>
1017       </ul></td>
1018     <td>
1019       <div align="left">
1020         <em>General</em>
1021         <ul>
1022           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1023             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1024           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1025             example sequences/projects/trees</li>
1026         </ul>
1027         <em>Application</em>
1028         <ul>
1029           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1030             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1031           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1032             without timeout for structures with multiple models or
1033             multiple sequences in alignment</li>
1034           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1035             PDB ID HEADER line</li>
1036           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1037             is performed</li>
1038           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1039             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1040           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1041           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1042             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1043             option</li>
1044           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1045             is created on the alignment</li>
1046           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1047             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1048             pop-up menu</li>
1049         </ul>
1050         <em>Build and deployment</em>
1051         <ul>
1052           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1053             tags</li>
1054         </ul>
1055         <em>New Known Issues</em>
1056         <ul>
1057           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1058             on Windows</li>
1059         </ul>
1060       </div>
1061     </td>
1062     </tr>
1063     <tr>
1064       <td width="60" nowrap>
1065         <div align="center">
1066           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1067         </div>
1068       </td>
1069       <td><em>General</em>
1070         <ul>
1071           <li>
1072             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1073           </li>
1074           <li>
1075             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1076             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1077             better PDB parsing.
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1081             reference sequence
1082           </li>
1083           <li>
1084             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1085             mousing over sequence associated annotation
1086           </li>
1087           <li>
1088             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1089             for manual entry
1090           </li>
1091           <li>
1092             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1093             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1094             for each column
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1098             showing or hiding columns containing a feature
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1102             group and sequence associated annotation labels
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1106             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1107             dialogs
1108           </li>
1109
1110         </ul> <em>Application</em>
1111         <ul>
1112           <li>
1113             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1114             gene/transcript view
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1118             dialog
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1122             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1126             Pfam sources to xfam.org
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1133             over sequences in Jalview
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1137             regions in ENA and EMBL
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1141             for record retrieval via ENA rest API
1142           </li>
1143           <li>
1144             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1145             complement operator
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1149             groovy script execution
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1153             alignment window's Calculate menu
1154           </li>
1155           <li>
1156             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1157             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1158           </li>
1159           <li>
1160             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1161             calculation workers from groovy scripts
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1165             Jalview projects
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1169             associations are now saved/restored from project
1170           </li>
1171           <li>
1172             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1173             before sequence fetcher is opened
1174           </li>
1175           <li>
1176             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1177             database chooser opens a sequence fetcher
1178           </li>
1179           <li>
1180             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1181             the UniProt REST API
1182           </li>
1183           <li>
1184             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1185             the news reader opening
1186           </li>
1187           <li>
1188             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1189             querying stored in preferences
1190           </li>
1191           <li>
1192             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1193             search results
1194           </li>
1195           <li>
1196             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1197           </li>
1198           <li>
1199             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1200             menu for nucleotide sequences
1201           </li>
1202           <li>
1203             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1204             and feature counts preserves alignment ordering (and
1205             debugged for complex feature sets).
1206           </li>
1207           <li>
1208             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1209             viewing structures with Jalview 2.10
1210           </li>
1211           <li>
1212             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1213             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1214             Ensembl Genomes REST API
1215           </li>
1216           <li>
1217             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1218             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1219             (Ensembl)
1220           </li>
1221           <li>
1222             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1223             sequences
1224           </li>
1225           <li>
1226             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1227             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1228             data from external database records.
1229           </li>
1230           <li>
1231             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1232             efficient recovery of sequence coding and alignment
1233             annotation relationships.
1234           </li>
1235         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1236         <ul>
1237           <li>
1238             -- JAL---
1239           </li>
1240         </ul> --></td>
1241       <td>
1242         <div align="left">
1243           <em>General</em>
1244           <ul>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1247               menu on OSX
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1251               includes graduated colourschemes
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1255               working with big alignments and lots of hidden columns
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1259               at right of alignment window
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1263               contents
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1267               for DNA alignments
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1271               based tree calculation
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1275               unconserved enabled for group on alignment
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1279               set as reference
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1283               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1284               annotation
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1288               hidden columns present
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1292               user created annotation added to alignment
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1296               '()' base pair annotation
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1300               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1301               Consensus
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1305               feature not working
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1309               beginning of sequence
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1313               entry 3a6s
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1317               from a tree when t-coffee scores are shown
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1321               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1325               some structures
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1329               to Clustal, PIR and PileUp output
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1333               not visible causes alignment window to repaint
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1337               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1338               scores associated with features and annotation rows
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1342               calculation should be case independent
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1346               columns
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1350               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1351               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1355               problems when reference sequence defined and 'show
1356               non-conserved' enabled
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1360               load even when Consensus calculation is disabled
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1364               alignment does nothing
1365             </li>
1366           </ul>
1367           <em>Application</em>
1368           <ul>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1371               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1372               yet fixed for El Capitan)
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1376               output when running on non-gb/us i18n platforms
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1380               hidden sequences as flat-file alignment
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1384               launching Chimera
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1388               (also hotfix for 2.9.0b2)
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1392               reference sequence defined
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1396               alignments and views when revealing hidden columns
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1400               view in a cDNA/Protein splitframe
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1404               sequence from project when only one sequence is
1405               represented
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1409               in Structure Chooser
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1413               structure consensus didn't refresh annotation panel
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1417               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1421               dialogs format columns correctly, don't display array
1422               data, sort columns according to type
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1426               file chooser is cancelled during an image export
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1430               sequence name containing special characters
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1434               case insensitive
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1438               formatting don't wrap
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1442               truncated so L looks like I in consensus annotation
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1446               currently displayed features for the current selection or
1447               view
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1451               after fetching cross-references, and restoring from
1452               project
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1456               followed in the structure viewer
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1460               splitframe not restored from project
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1464               trailing end of protein alignment in transcript/product
1465               splitview when pad-gaps not enabled by default
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1469               is case dependent
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1473               article has been read (reopened issue due to
1474               internationalisation problems)
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1478               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1479               cross-references
1480             </li>
1481
1482             <li>
1483               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1484               alignment as HTML
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1488               multiple structures are shown for one or more sequences.
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1492               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1493               is enabled.
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1497               specific PDB id for sequence
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1501               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1502               columns' is disabled.
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1506               selects lowest rather than highest resolution structures
1507               for each sequence
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1511               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1515               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1519               after clicking on it to create new annotation for a
1520               column.
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1524               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1525             </li>
1526             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1527             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1528           </ul>
1529           <em>Applet</em>
1530           <ul>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1533               hidden columns present before start of sequence
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1537               (JSON jars)
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1541               sequences are hidden in applet
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1545               deployment on examples pages.
1546             </li>
1547           </ul>
1548         </div>
1549       </td>
1550     </tr>
1551     <tr>
1552       <td width="60" nowrap>
1553         <div align="center">
1554           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1555             <em>16/10/2015</em></strong>
1556         </div>
1557       </td>
1558       <td><em>General</em>
1559         <ul>
1560           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1561             jars</li>
1562         </ul></td>
1563       <td>
1564         <div align="left">
1565           <em>Application</em>
1566           <ul>
1567             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1568               shown when tree is partitioned</li>
1569             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1570               multiple cDNA/Protein split views</li>
1571           </ul>
1572         </div>
1573       </td>
1574     </tr>
1575     <tr>
1576       <td width="60" nowrap>
1577         <div align="center">
1578           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1579             <em>8/10/2015</em></strong>
1580         </div>
1581       </td>
1582       <td><em>General</em>
1583         <ul>
1584           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1585             2.9</li>
1586         </ul> <em>Application</em>
1587         <ul>
1588           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1589           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1590           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1591         </ul> <em>Applet</em>
1592         <ul>
1593           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1594         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1595         <ul>
1596           <li>
1597             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1598             suite
1599           </li>
1600         </ul></td>
1601       <td>
1602         <div align="left">
1603           <em>General</em>
1604           <ul>
1605             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1606               incorrect when sequence start > 1</li>
1607             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1608               documentation</li>
1609             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1610             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1611               loading a features file containing HTML tags in feature
1612               description</li>
1613
1614           </ul>
1615           <em>Application</em>
1616           <ul>
1617             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1618               reimport</li>
1619             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1620               with 'trim retrieved sequences'</li>
1621             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1622               deleting selected columns</li>
1623             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1624               JNLP templates for webstart launch</li>
1625             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1626               unreleased structures for download or viewing</li>
1627             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1628               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1629             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1630               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1631             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1632               recovered from jalview project</li>
1633             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1634               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1635               alignment view</li>
1636             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1637               color schemes from BioJSON</li>
1638           </ul>
1639           <em>Applet</em>
1640           <ul>
1641             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1642               frame</li>
1643             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1644           </ul>
1645         </div>
1646       </td>
1647     </tr>
1648     <tr>
1649       <td><div align="center">
1650           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1651         </div></td>
1652       <td><em>General</em>
1653         <ul>
1654           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1655             alignments:
1656             <ul>
1657               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1658                 and DNA alignment views</li>
1659               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1660                 cDNA alignment views</li>
1661               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1662                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1663               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1664                 protein sequences</li>
1665             </ul>
1666           </li>
1667           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1668           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1669             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1670           <li>New alignment annotation file statements for
1671             reference sequences and marking hidden columns</li>
1672           <li>Reference sequence based alignment shading to
1673             highlight variation</li>
1674           <li>Select or hide columns according to alignment
1675             annotation</li>
1676           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1677           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1678             acid conservation row</li>
1679           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1680         </ul> <em>Application</em>
1681         <ul>
1682           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1683             <ul>
1684               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1685                 view with cDNA/Protein</li>
1686               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1687                 sequences are placed in the same alignment</li>
1688               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1689                 projects</li>
1690             </ul>
1691           </li>
1692
1693           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1694           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1695             Jalview windows</li>
1696
1697           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1698           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1699           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1700             be shown in VARNA</li>
1701
1702           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1703             as the active selected region</li>
1704
1705           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1706             similarity</li>
1707           <li>New Export options
1708             <ul>
1709               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1710                 region export in flat file generation</li>
1711
1712               <li>Export alignment views for display with the <a
1713                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1714
1715               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1716               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1717                 alignment figures to HTML</li>
1718           </li>
1719           <li>3D structure retrieval and display
1720             <ul>
1721               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1722                 Search API</li>
1723               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1724                 PDB structures for a sequence set</li>
1725             </ul>
1726           </li>
1727
1728           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1729             predictions</li>
1730           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1731             for one or a group of sequences</li>
1732           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1733             from the JPred4 web server</li>
1734           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1735             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1736             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1737           </li>
1738           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1739             VARNA 2D Structure'</li>
1740           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1741             Structure ..."</li>
1742
1743         </ul> <em>Applet</em>
1744         <ul>
1745           <li>New layout for applet example pages</li>
1746           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1747             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1748           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1749             Protein alignments</li>
1750         </ul> <em>Development and deployment</em>
1751         <ul>
1752           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1753           <li>Include installation type and git revision in build
1754             properties and console log output</li>
1755           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1756             storing BioJsMSA Templates</li>
1757           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1758         </ul></td>
1759       <td>
1760         <!-- <em>General</em>
1761         <ul>
1762         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1763         <ul>
1764           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1765           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1766           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1767             predictions are not highlighted in amber</li>
1768           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1769             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1770           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1771             associated structure views</li>
1772           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1773             width checkbox not enabled</li>
1774           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1775             creating user defined colours</li>
1776           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1777             mappings for just that viewer's sequences</li>
1778           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1779             multiple models in Chimera</li>
1780           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1781             over Jmol structure</li>
1782           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1783             output to text box</li>
1784           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1785             have incorrect sequence start/end</li>
1786           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1787             Jalview fails</li>
1788           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1789             work for nucleotide</li>
1790           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1791             to a grey/invisible alignment window</li>
1792           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1793             imports to different position</li>
1794           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1795             on some platforms</li>
1796           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1797             populated</li>
1798           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1799             console if Chimera has been opened</li>
1800           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1801           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1802             retrieved</li>
1803           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1804           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1805             either sequence shows on first structure</li>
1806           <li>'Show annotations' options should not make
1807             non-positional annotations visible</li>
1808           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1809             in right place after 'view flanking regions'</li>
1810           <li>File Save As type unset when current file format is
1811             unknown</li>
1812           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1813             projects</li>
1814           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1815             responsive</li>
1816           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1817             several views on same alignment</li>
1818           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1819           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1820             spaces</li>
1821         </ul> <em>Applet</em>
1822         <ul>
1823           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1824           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1825             descriptions containing angle brackets</li>
1826         </ul> <em>General</em>
1827         <ul>
1828           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1829             via jalview annotation file</li>
1830           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1831             with RNA secondary structure</li>
1832           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1833             translation doesn't work.</li>
1834           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1835           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1836             positions</li>
1837           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1838             choosing 1pt font</li>
1839           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1840             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1841             'h'</li>
1842           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1843             new feature</li>
1844           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1845             order dependent</li>
1846           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1847             sequences</li>
1848           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1849         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1850         <ul>
1851           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1852             www.jalview.org</li>
1853         </ul> <em>Application Known issues</em>
1854         <ul>
1855           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1856           <li>Misleading message appears after trying to delete
1857             solid column.</li>
1858           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1859             version launches</li>
1860           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1861             fails with a sequence mismatch</li>
1862           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1863             scrolling alignment to right</li>
1864           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1865             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1866           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1867             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1868           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1869             ultra-high resolution</li>
1870           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1871             quality and conservation</li>
1872           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1873             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1874         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1875         <ul>
1876           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1877           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1878             window is being resized</li>
1879
1880         </ul>
1881       </td>
1882     </tr>
1883     <tr>
1884       <td><div align="center">
1885           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1886         </div></td>
1887       <td><em>General</em>
1888         <ul>
1889           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1890             Certum.PL.</li>
1891           <li>Features and annotation preserved when performing
1892             pairwise alignment</li>
1893           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1894             imported/exported/displayed</li>
1895           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1896             protein secondary structure</li>
1897           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1898               post-hoc with 2.9 release</em>)
1899           </li>
1900
1901         </ul> <em>Application</em>
1902         <ul>
1903           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1904             with 3D structures</li>
1905           <li>Support for parsing RNAML</li>
1906           <li>Annotations menu for layout
1907             <ul>
1908               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1909               <li>place sequence annotation above/below alignment
1910                 annotation</li>
1911             </ul>
1912           <li>Output in Stockholm format</li>
1913           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1914             translation</li>
1915           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1916           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1917             shared between alignments</li>
1918           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1919             Jalview</li>
1920           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1921             all or current selection</li>
1922           <li>disorder and secondary structure predictions
1923             available as dataset annotation</li>
1924           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1925
1926
1927           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1928             alignments from Rfam</li>
1929           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1930
1931           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1932             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1933           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1934           <li>include installation type in build properties and
1935             console log output</li>
1936           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1937             annotation</li>
1938         </ul></td>
1939       <td>
1940         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1941         <ul>
1942           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1943             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1944           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1945             alignment</li>
1946           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1947           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1948           <li>Double click on sequence associated annotation
1949             selects only first column</li>
1950           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1951             leaves shown in tree</li>
1952           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1953             properly</li>
1954           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1955           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1956             screen and buttons not visible</li>
1957           <li>author list isn't updated if already written to
1958             Jalview properties</li>
1959           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1960             from database</li>
1961           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1962           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1963             browser search window</li>
1964           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1965             in feature settings dialog</li>
1966           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1967             desktop</li>
1968           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1969             pass validation</li>
1970           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1971             fit on screen</li>
1972           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1973             tooltip</li>
1974           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1975             defined user preset</li>
1976           <li>MSA web services warns user if they were launched
1977             with invalid input</li>
1978           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1979             Java 8</li>
1980           <li>
1981             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1982             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1983             created
1984           </li>
1985
1986         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1987         <ul>
1988         </ul> <em>General</em>
1989         <ul>
1990         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1991         <ul>
1992           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1993             memory allocation</li>
1994           <li>launchApp service doesn't automatically open
1995             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1996           <li>
1997             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1998             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1999             1.7_055 is available
2000           </li>
2001         </ul> <em>Application Known issues</em>
2002         <ul>
2003           <li>
2004             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2005             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2006             alignment to right
2007           </li>
2008           <li>
2009             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2010             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2011             with large number of ID
2012           </li>
2013           <li>
2014             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2015             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2016             start/end
2017           </li>
2018           <li>
2019             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2020             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2021             structure tracks are rearranged
2022           </li>
2023           <li>
2024             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2025             invalid rna structure positional highlighting does not
2026             highlight position of invalid base pairs
2027           </li>
2028           <li>
2029             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2030             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2031             project from alignment window file menu
2032           </li>
2033           <li>
2034             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2035             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2036             structures
2037           </li>
2038           <li>
2039             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2040             colour by RNA Helices not enabled when user created
2041             annotation added to alignment
2042           </li>
2043           <li>
2044             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2045             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2046           </li>
2047         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2048         <ul>
2049           <li>
2050             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2051             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2052           </li>
2053           <li>
2054             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2055             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2056           </li>
2057
2058           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2059             when selected</li>
2060         </ul>
2061       </td>
2062     </tr>
2063     <tr>
2064       <td><div align="center">
2065           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2066         </div></td>
2067       <td>
2068         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2069         <em>General</em>
2070         <ul>
2071           <li>Internationalisation of user interface (usually
2072             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2073           <li>Define/Undefine group on current selection with
2074             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2075           <li>Improved group creation/removal options in
2076             alignment/sequence Popup menu</li>
2077           <li>Sensible precision for symbol distribution
2078             percentages shown in logo tooltip.</li>
2079           <li>Annotation panel height set according to amount of
2080             annotation when alignment first opened</li>
2081         </ul> <em>Application</em>
2082         <ul>
2083           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2084             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2085           <li>Select columns containing particular features from
2086             Feature Settings dialog</li>
2087           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2088             sequences</li>
2089           <li>Update Jalview project format:
2090             <ul>
2091               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2092               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2093                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2094               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2095                 colouring</li>
2096             </ul>
2097           </li>
2098           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2099             (PAM250)</li>
2100           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2101             flanking regions for an alignment</li>
2102         </ul>
2103       </td>
2104       <td>
2105         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2106         <ul>
2107           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2108             running after job is cancelled</li>
2109           <li>cannot export features from alignments imported from
2110             Jalview/VAMSAS projects</li>
2111           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2112             float values</li>
2113           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2114             have 'display all symbols' flag set</li>
2115           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2116             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2117           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2118             Jalview</li>
2119           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2120             Lion/Webstart</li>
2121           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2122           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2123           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2124             alignment onto desktop</li>
2125           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2126             'extract scores' function</li>
2127           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2128             alignment window</li>
2129           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2130             performing IUPred disorder prediction</li>
2131           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2132             changing 'normalise logo' display setting</li>
2133           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2134             nothing matches query</li>
2135           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2136             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2137           </li>
2138           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2139             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2140           </li>
2141           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2142             Jalview's menu</li>
2143           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2144             'invalid literal/length code'</li>
2145           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2146             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2147           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2148             colourscheme</li>
2149
2150         </ul> <em>Applet</em>
2151         <ul>
2152           <li>Remove group option is shown even when selection is
2153             not a group</li>
2154           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2155             don't affect groups</li>
2156           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2157             colourscheme name</li>
2158           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2159             Annotation panel is not displayed</li>
2160           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2161             embedded windows</li>
2162         </ul> <em>Other</em>
2163         <ul>
2164           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2165             single sequence were not calculated</li>
2166           <li>annotation files that contain only groups imported as
2167             annotation and junk sequences</li>
2168           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2169             recognised as PFAM or BLC</li>
2170           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2171             doesn't affect background (2.8.0b1)
2172           <li></li>
2173           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2174           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2175             trailing gaps</li>
2176           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2177             registered correctly on import</li>
2178           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2179             certain alignments</li>
2180           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2181             existing annotation based 'use original colours'
2182             colourscheme loses original colours setting</li>
2183         </ul>
2184       </td>
2185     </tr>
2186     <tr>
2187       <td><div align="center">
2188           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2189             <em>30/1/2014</em></strong>
2190         </div></td>
2191       <td>
2192         <ul>
2193           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2194             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2195             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2196             open source project).
2197           </li>
2198           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2199           <li>Output in Stockholm format</li>
2200           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2201           <li>Export/import group and sequence associated line
2202             graph thresholds</li>
2203           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2204             ambiguity codes</li>
2205           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2206             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2207             works</li>
2208           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2209         </ul> <em>Other improvements</em>
2210         <ul>
2211           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2212           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2213             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2214           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2215             files</li>
2216           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2217           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2218             link but no description</li>
2219           <li>Select primary source when selecting authority in
2220             database fetcher GUI</li>
2221           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2222             Jalview</li>
2223           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2224         </ul>
2225       </td>
2226       <td>
2227         <ul>
2228           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2229             displayed</li>
2230           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2231             secondary structure annotation line</li>
2232           <li>Sequence database accessions not imported when
2233             fetching alignments from Rfam</li>
2234           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2235             identical IDs</li>
2236           <li>View all structures does not always superpose
2237             structures</li>
2238           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2239             reflect user or preset settings</li>
2240           <li>Null pointer exceptions for some services without
2241             presets or adjustable parameters</li>
2242           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2243             discover PDB xRefs</li>
2244           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2245             features with DAS</li>
2246           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2247             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2248           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2249             residue follows a gap</li>
2250           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2251             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2252           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2253             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2254           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2255             annotation already exists on alignment</li>
2256           <li>oninit javascript function should be called after
2257             initialisation completes</li>
2258           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2259             alignment window display</li>
2260           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2261           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2262             to annotation file</li>
2263           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2264             groups created</li>
2265           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2266             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2267           <li>Pressing return several times causes Number Format
2268             exceptions in keyboard mode</li>
2269           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2270             correct partitions for input data</li>
2271           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2272           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2273           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2274           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2275             mode</li>
2276           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2277             changes one row&#39;s threshold</li>
2278           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2279             doesn&#39;t open</li>
2280           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2281             quality histograms</li>
2282         </ul>
2283       </td>
2284     </tr>
2285     <tr>
2286       <td><div align="center">
2287           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2288         </div></td>
2289       <td><em>Application</em>
2290         <ul>
2291           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2292             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2293           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2294             preferences</li>
2295           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2296             in Jalview alignment window</li>
2297           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2298             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2299           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2300             RNA and ambiguity codes</li>
2301
2302           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2303           <li>Support fetching and database reference look up
2304             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2305             refs')</li>
2306           <li>Jalview project improvements
2307             <ul>
2308               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2309                 flag for annotation</li>
2310               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2311                 alignment</li>
2312               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2313                 Jalview project</li>
2314
2315             </ul>
2316           </li>
2317           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2318           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2319             running</li>
2320           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2321           <li>visual indication that web service results are still
2322             being retrieved from server</li>
2323           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2324             starts up for first time</li>
2325           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2326             services</li>
2327           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2328             client library</li>
2329           <li>Examples directory and Groovy library included in
2330             InstallAnywhere distribution</li>
2331         </ul> <em>Applet</em>
2332         <ul>
2333           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2334             visualization applet example</li>
2335         </ul> <em>General</em>
2336         <ul>
2337           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2338           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2339             defaults</li>
2340           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2341             calculation</li>
2342           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2343             matrices
2344           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2345             in HTML</li>
2346           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2347             structure contacts</li>
2348           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2349           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2350           <li>Parse sequence associated secondary structure
2351             information in Stockholm files</li>
2352           <li>HTML Export database accessions and annotation
2353             information presented in tooltip for sequences</li>
2354           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2355             style RNA alignment files</li>
2356           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2357             alignment</li>
2358           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2359             shade each sequence according to its associated alignment
2360             annotation</li>
2361           <li>New Jalview Logo</li>
2362         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2363         <ul>
2364           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2365           <li>New Website!</li>
2366         </ul></td>
2367       <td><em>Application</em>
2368         <ul>
2369           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2370             wsdbfetch REST service</li>
2371           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2372           <li>Filetype associations not installed for webstart
2373             launch</li>
2374           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2375             job execution in full once it is complete</li>
2376           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2377             uploaded via ali_file parameter</li>
2378           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2379           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2380           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2381             submitted for prediction</li>
2382           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2383             desktop window</li>
2384           <li>Putting fractional value into integer text box in
2385             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2386           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2387             windows 7</li>
2388           <li>View all structures fails with exception shown in
2389             structure view</li>
2390           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2391             escaped in a platform independent way</li>
2392           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2393             using proxy</li>
2394           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2395             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2396           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2397             failure when java web start temporary file caching is
2398             disabled</li>
2399           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2400             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2401           <li>Errors during processing of command line arguments
2402             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2403           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2404             DAS sources in sequence fetcher</li>
2405           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2406             dialog is shown</li>
2407           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2408           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2409           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2410           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2411             on OSX Mountain Lion</li>
2412           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2413             sequences with alignment annotation are pasted into the
2414             alignment</li>
2415           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2416             when loaded from Jalview project</li>
2417           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2418           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2419             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2420           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2421             associated with all views</li>
2422           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2423             annotation rows to new window</li>
2424         </ul> <em>Applet</em>
2425         <ul>
2426           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2427             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2428           <li>loading features via javascript API automatically
2429             enables feature display</li>
2430           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2431             work</li>
2432         </ul> <em>General</em>
2433         <ul>
2434           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2435           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2436             and then deselected</li>
2437           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2438           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2439             coloured with clustalx</li>
2440           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2441             exceptions and redraw errors</li>
2442           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2443             reconfigured view</li>
2444           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2445             colour</li>
2446           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2447             for lots of labels</li>
2448         </ul>
2449     </tr>
2450     <tr>
2451       <td>
2452         <div align="center">
2453           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2454         </div>
2455       </td>
2456       <td><em>Application</em>
2457         <ul>
2458           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2459           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2460           <li>View/alignment association menu to enable user to
2461             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2462             its colours/correspondences from</li>
2463           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2464           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2465             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2466           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2467           <li>Annotation row column label formatting attributes
2468             stored in project file</li>
2469           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2470             rows preserved in Jalview project file</li>
2471           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2472             saved using Desktop window menu</li>
2473           <li>Visual indication that command line arguments are
2474             still being processed</li>
2475           <li>Groovy script execution from URL</li>
2476           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2477             preferences</li>
2478           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2479             alignment with sequences that have high similarity and
2480             matching IDs</li>
2481           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2482           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2483             structures in same window</li>
2484           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2485           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2486             analysis function in its own submenu</li>
2487         </ul> <em>Applet</em>
2488         <ul>
2489           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2490             groups</li>
2491           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2492           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2493           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2494           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2495           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2496             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2497           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2498           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2499             parameters are treated as such</li>
2500           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2501             <ul>
2502               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2503               <li>Javascript callbacks for
2504                 <ul>
2505                   <li>Applet initialisation</li>
2506                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2507                 </ul>
2508               </li>
2509               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2510                 functions</li>
2511               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2512               <li>javascript structure viewer harness to pass
2513                 messages between Jmol and Jalview when running as
2514                 distinct applets</li>
2515               <li>sortBy method</li>
2516               <li>Set of applet and application examples shipped
2517                 with documentation</li>
2518               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2519                 javascript message exchange</li>
2520             </ul>
2521         </ul> <em>General</em>
2522         <ul>
2523           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2524             multiple alignments</li>
2525           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2526           <li>User configurable link to enable redirects to a
2527             www.Jalview.org mirror</li>
2528           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2529           <li>Configurable newline string when writing alignment
2530             and other flat files</li>
2531           <li>Allow alignment annotation description lines to
2532             contain html tags</li>
2533         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2534         <ul>
2535           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2536             examples</li>
2537           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2538             using a web service before displaying the result in the
2539             Jalview desktop</li>
2540           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2541           <li>Ant target to publish example html files with applet
2542             archive</li>
2543           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2544           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2545         </ul></td>
2546       <td><em>Application</em>
2547         <ul>
2548           <li>User defined colourscheme throws exception when
2549             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2550           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2551             dialog for valid filename/format</li>
2552           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2553           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2554             P37173</li>
2555           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2556             which sequence is to be associated with the file</li>
2557           <li>Find All raises null pointer exception when query
2558             only matches sequence IDs</li>
2559           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2560           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2561             2.4 cannot be loaded</li>
2562           <li>Filetype associations not installed for webstart
2563             launch</li>
2564           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2565             with sequences in different alignments do not get coloured
2566             by their associated sequence</li>
2567           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2568             not preserved when project is loaded</li>
2569           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2570             stored in Jalview project</li>
2571           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2572             Jalview project</li>
2573           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2574           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2575             by conservation</li>
2576           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2577             created on new view</li>
2578           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2579             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2580           <li>Alignment quality not updated after alignment
2581             annotation row is hidden then shown</li>
2582           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2583             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2584           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2585             properly</li>
2586           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2587             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2588           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2589           <li>Structures imported from file and saved in project
2590             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2591           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2592             job execution in full once it is complete</li>
2593         </ul> <em>Applet</em>
2594         <ul>
2595           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2596             annotation rows are displayed</li>
2597           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2598             codebase</li>
2599           <li>View follows highlighting does not work for positions
2600             in sequences</li>
2601           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2602           <li>Export features raises exception when no features
2603             exist</li>
2604           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2605             for javascript api is modified when separator string
2606             provided as parameter</li>
2607           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2608             alignment with no existing selection</li>
2609           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2610             to applet&#39;s codebase</li>
2611           <li>Status bar not updated after finished searching and
2612             search wraps around to first result</li>
2613           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2614             several Jalview applets causes race conditions and memory
2615             leaks</li>
2616           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2617             not sent from Jmol in applet</li>
2618           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2619             applet API fatally hang browser</li>
2620         </ul> <em>General</em>
2621         <ul>
2622           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2623             position with wrapped view and hidden regions</li>
2624           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2625             with/without hidden columns</li>
2626           <li>Sequence length given in alignment properties window
2627             is off by 1</li>
2628           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2629             import PDB like structure files</li>
2630           <li>Positional search results are only highlighted
2631             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2632           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2633           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2634             given sequence position</li>
2635           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2636             output</li>
2637           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2638             from nucleotide chains correctly</li>
2639           <li>Structure colours not updated when tree partition
2640             changed in alignment</li>
2641           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2642             parsed in interleaved stockholm</li>
2643           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2644             state</li>
2645           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2646             properly</li>
2647           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2648             properly associated with their pdb files</li>
2649         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2650         <ul>
2651           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2652             ApplyCopyright tool</li>
2653         </ul></td>
2654     </tr>
2655     <tr>
2656       <td>
2657         <div align="center">
2658           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2659         </div>
2660       </td>
2661       <td><em>Application</em>
2662         <ul>
2663           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2664             contact web services</li>
2665           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2666             service job window</li>
2667           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2668         </ul></td>
2669       <td>
2670         <ul>
2671           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2672             pir file emitted by Jalview</li>
2673           <li>Existing feature settings transferred to new
2674             alignment view created from cut'n'paste</li>
2675           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2676             parsing PDB files</li>
2677           <li>Consensus and conservation annotation rows
2678             occasionally become blank for all new windows</li>
2679           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2680             in wrapped view mode</li>
2681         </ul> <em>Application</em>
2682         <ul>
2683           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2684             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2685           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2686             parameter names</li>
2687           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2688             is down</li>
2689         </ul>
2690       </td>
2691     </tr>
2692     <tr>
2693       <td>
2694         <div align="center">
2695           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2696         </div>
2697       </td>
2698       <td><em>Application</em>
2699         <ul>
2700           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2701             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2702             (JABAWS)
2703           </li>
2704           <li>Web Services preference tab</li>
2705           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2706             preferences</li>
2707           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2708           <li>Superpose structures using associated sequence
2709             alignment</li>
2710           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2711             viewer</li>
2712         </ul> <em>Applet</em>
2713         <ul>
2714           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2715             link out mechanism</li>
2716         </ul> <em>Other</em>
2717         <ul>
2718           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2719             series 12</li>
2720           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2721             require Java 1.5</li>
2722           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2723             sequence annotation files</li>
2724           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2725             type colour specification</li>
2726           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2727             script to check if it being run in an interactive session or
2728             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2729         </ul></td>
2730       <td>
2731         <ul>
2732           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2733             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2734         </ul> <em>Application</em>
2735         <ul>
2736           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2737             selected Regions menu item</li>
2738           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2739             part of a valid accession ID</li>
2740           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2741             runs out of memory</li>
2742           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2743             analysis results</li>
2744           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2745             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2746           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2747         </ul> <em>Applet</em>
2748         <ul>
2749           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2750             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2751             defined.</li>
2752         </ul>
2753       </td>
2754     </tr>
2755     <tr>
2756       <td>
2757         <div align="center">
2758           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2759         </div>
2760       </td>
2761       <td></td>
2762       <td>
2763         <ul>
2764           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2765             sequence IDs</li>
2766           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2767             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2768           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2769             import correctly</li>
2770           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2771             number of columns are hidden</li>
2772           <li>annotation label popup menu not providing correct
2773             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2774             present</li>
2775           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2776             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2777           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2778             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2779
2780         </ul> <em>Applet</em>
2781         <ul>
2782           <li>annotation panel disappears when annotation is
2783             hidden/removed</li>
2784         </ul> <em>Application</em>
2785         <ul>
2786           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2787             alignment opened where annotation panel is visible but no
2788             annotations are present on alignment</li>
2789           <li>pasted region containing hidden columns is
2790             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2791           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2792             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2793           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2794             selected Rregions menu item.</li>
2795           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2796             'Un' or 'Non'conserved</li>
2797           <li>Sequence feature settings are being shared by
2798             multiple distinct alignments</li>
2799           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2800             changed</li>
2801           <li>double click on group annotation to select sequences
2802             does not propagate to associated trees</li>
2803           <li>Mac OSX specific issues:
2804             <ul>
2805               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2806                 window background</li>
2807               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2808                 name set correctly</li>
2809               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2810                 save feature colourscheme button</li>
2811             </ul>
2812           </li>
2813         </ul>
2814       </td>
2815     </tr>
2816     <tr>
2817
2818       <td>
2819         <div align="center">
2820           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2821         </div>
2822       </td>
2823       <td><em>New Capabilities</em>
2824         <ul>
2825           <li>URL links generated from description line for
2826             regular-expression based URL links (applet and application)
2827
2828           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2829             menu</li>
2830           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2831             structures</li>
2832           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2833             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2834           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2835             average score or total feature count for each sequence.</li>
2836           <li>Shading features by score or associated description</li>
2837           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2838             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2839           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2840             hide everything but the currently selected region.</li>
2841           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2842         </ul> <em>Application</em>
2843         <ul>
2844           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2845             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2846           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2847             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2848           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2849             database references and protein_name is parsed as
2850             description line (BioSapiens terms).</li>
2851           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2852             references in sequence ID tooltip from View menu in
2853             application.</li>
2854           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2855       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2856           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2857             conservation plots</li>
2858           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2859             and visualized as sequence logos</li>
2860           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2861             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2862           </li>
2863           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2864             when a new tree is opened.</li>
2865           <li>Jalview Java Console</li>
2866           <li>Better placement of desktop window when moving
2867             between different screens.</li>
2868           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2869             consensus annotation</li>
2870           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2871             Workflows</li>
2872           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2873             <ul>
2874               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2875                 used to preserve views, structures, and tree display
2876                 settings)</li>
2877               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2878                 command line</li>
2879               <li>Sharing of selected regions between views and
2880                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2881               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2882             </ul></li>
2883         </ul> <em>Applet</em>
2884         <ul>
2885           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2886           <li>New Parameters
2887             <ul>
2888               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2889                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2890                 opened.</li>
2891               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2892                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2893               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2894                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2895               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2896                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2897                 view</li>
2898               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2899                 increase the height or width of a cell in the alignment
2900                 grid relative to the current font size.</li>
2901             </ul>
2902           </li>
2903           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2904             tooltip</li>
2905         </ul> <em>Other</em>
2906         <ul>
2907           <li>Features format: graduated colour definitions and
2908             specification of feature scores</li>
2909           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2910             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2911             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2912           <li>XML formats extended to support graduated feature
2913             colourschemes, group associated annotation, and profile
2914             visualization settings.</li></td>
2915       <td>
2916         <ul>
2917           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2918             rather than description</li>
2919           <li>Non-positional features are now included in sequence
2920             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2921             visibility in tooltip).</li>
2922           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2923           <li>Added URL embedding instructions to features file
2924             documentation.</li>
2925           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2926             'X' in peptide product</li>
2927           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2928             sequence ID and sequence string and query strings do not
2929             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2930           <li>AMSA files only contain first column of
2931             multi-character column annotation labels</li>
2932           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2933             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2934             exported and re-imported)</li>
2935           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2936             name</li>
2937           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2938             as subsequence matches, and correctly reports total number
2939             of both.</li>
2940           <li>Application:
2941             <ul>
2942               <li>Better handling of exceptions during sequence
2943                 retrieval</li>
2944               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2945                 link text excludes the start_end suffix</li>
2946               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2947                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2948               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2949               <li>Sequence description lines properly shared via
2950                 VAMSAS</li>
2951               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2952                 data sources</li>
2953               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2954                 completes before alignment figures are generated.</li>
2955               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2956                 first time.</li>
2957               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2958                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2959               <li>User defined group colours properly recovered
2960                 from Jalview projects.</li>
2961             </ul>
2962           </li>
2963         </ul>
2964       </td>
2965
2966     </tr>
2967     <tr>
2968       <td>
2969         <div align="center">
2970           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2971         </div>
2972       </td>
2973       <td>
2974         <ul>
2975           <li>Experimental support for google analytics usage
2976             tracking.</li>
2977           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2978         </ul>
2979       </td>
2980       <td>
2981         <ul>
2982           <li>Race condition in applet preventing startup in
2983             jre1.6.0u12+.</li>
2984           <li>Exception when feature created from selection beyond
2985             length of sequence.</li>
2986           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2987           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2988             all sequences with a given id</li>
2989           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2990             ID string searches</li>
2991           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2992             alignment to fail with exception</li>
2993         </ul> <em>Application Issues</em>
2994         <ul>
2995           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2996           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2997             data sources</li>
2998         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2999         <ul>
3000           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3001             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3002           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3003             version (java class versioning error fixed)</li>
3004         </ul>
3005       </td>
3006     </tr>
3007     <tr>
3008       <td>
3009
3010         <div align="center">
3011           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3012         </div>
3013       </td>
3014       <td><em>User Interface</em>
3015         <ul>
3016           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3017             translation and protein products</li>
3018           <li>Linked highlighting of structure associated with
3019             residue mapping to codon position</li>
3020           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3021             and 'clear' button</li>
3022           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3023             Tools menu</li>
3024           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3025             numeric data in description line</li>
3026           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3027           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3028             of sequence</li>
3029         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3030         <ul>
3031           <li>JPred3 web service</li>
3032           <li>Prototype sequence search client (no public services
3033             available yet)</li>
3034           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3035             PFAM</li>
3036           <li>URL Links created for matching database cross
3037             references as well as sequence ID</li>
3038           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3039         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3040         <ul>
3041           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3042             databases</li>
3043           <li>Generalised database reference retrieval and
3044             validation to all fetchable databases</li>
3045           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3046             sequence command</li>
3047         </ul> <em>Import and Export</em>
3048         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3049         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3050           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3051         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3052           File</li>
3053         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3054           triplet as name of colourscheme</li>
3055         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3056         <ul>
3057           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3058           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3059             alignments (experimental)</li>
3060           <li>Create new or select existing session to join</li>
3061           <li>load and save of vamsas documents</li>
3062         </ul> <em>Application command line</em>
3063         <ul>
3064           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3065             from applet)</li>
3066           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3067             of DAS servers to query for alignment features</li>
3068           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3069             that are also automatically queried for features</li>
3070           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3071             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3072         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3073         <ul>
3074           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3075             application (when using &quot;View in full
3076             application&quot;)</li>
3077         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3078         <ul>
3079           <li>feature group display control parameter</li>
3080           <li>debug parameter</li>
3081           <li>showbutton parameter</li>
3082         </ul> <em>Applet API methods</em>
3083         <ul>
3084           <li>newView public method</li>
3085           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3086           <li>Feature display control methods</li>
3087           <li>get list of currently selected sequences</li>
3088         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3089         <ul>
3090           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3091           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3092             Jalview release.</li>
3093           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3094             property controls execution of obfuscator</li>
3095           <li>Build target for generating source distribution</li>
3096           <li>Debug flag for javacc</li>
3097           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3098             jalview.bin.Cache</li>
3099           <li>Continuous Build Integration for stable and
3100             development version of Application, Applet and source
3101             distribution</li>
3102         </ul></td>
3103       <td>
3104         <ul>
3105           <li>selected region output includes visible annotations
3106             (for certain formats)</li>
3107           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3108             for editing</li>
3109           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3110           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3111           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3112           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3113             comments</li>
3114           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3115             filenames containing a ':'</li>
3116           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3117             global sequence features</li>
3118           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3119             references from alignment sequences goes to zero</li>
3120           <li>Close of tree branch colour box without colour
3121             selection causes cascading exceptions</li>
3122           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3123           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3124             file parsing fails.</li>
3125           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3126           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3127             not a valid output format</li>
3128           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3129             vamsas</li>
3130           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3131           <li>error messages passed up and output when data read
3132             fails</li>
3133           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3134             sequence is edited</li>
3135           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3136             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3137           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3138             filetype</li>
3139           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3140             import fixed for PFAM records</li>
3141           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3142             window list</li>
3143           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3144             can be read and written correctly to annotation file</li>
3145           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3146             correctly</li>
3147           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3148             non-italic font for representatives in Applet</li>
3149           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3150             Macs.</li>
3151           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3152             Applet)</li>
3153           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3154             due to null pointer exceptions</li>
3155           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3156             first column of alignment</li>
3157           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3158             July 2008</li>
3159           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3160             file is case-insensitive</li>
3161           <li>Sequence features read from Features file appended to
3162             all sequences with matching IDs</li>
3163           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3164             containing a sub-sequence</li>
3165           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3166           <li>feature and annotation file applet parameters
3167             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3168           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3169           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3170             splash-screen version check to complete</li>
3171           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3172             when passing them to the launchApp service</li>
3173           <li>display name and local features preserved in results
3174             retrieved from web service</li>
3175           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3176             sequence fetcher initialisation</li>
3177           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3178             dasobert DAS client</li>
3179           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3180             association</li>
3181           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3182             sequences
3183           </li>
3184         </ul>
3185       </td>
3186     </tr>
3187     <tr>
3188       <td>
3189         <div align="center">
3190           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3191         </div>
3192       </td>
3193       <td>
3194         <ul>
3195           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3196           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3197           <li>Slide sequences</li>
3198           <li>Edit sequence in place</li>
3199           <li>EMBL CDS features</li>
3200           <li>DAS Feature mapping</li>
3201           <li>Feature ordering</li>
3202           <li>Alignment Properties</li>
3203           <li>Annotation Scores</li>
3204           <li>Sort by scores</li>
3205           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3206         </ul>
3207       </td>
3208       <td>
3209         <ul>
3210           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3211           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3212           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3213           <li>Feature group display state in XML</li>
3214           <li>Feature ordering in XML</li>
3215           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3216           <li>Stockholm alignment properties</li>
3217           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3218           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3219           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3220           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3221         </ul>
3222       </td>
3223
3224     </tr>
3225     <tr>
3226       <td>
3227         <div align="center">
3228           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3229         </div>
3230       </td>
3231       <td>
3232         <ul>
3233           <li>Non standard characters can be read and displayed
3234           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3235             applet via textbox
3236           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3237             name &amp; description
3238           <li>Preference setting to display sequence name in
3239             italics
3240           <li>Annotation file format extended to allow
3241             Sequence_groups to be defined
3242           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3243             specified in preferences
3244           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3245             sequences
3246         </ul>
3247       </td>
3248       <td>
3249         <ul>
3250           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3251             installed
3252           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3253           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3254         </ul>
3255       </td>
3256     </tr>
3257     <tr>
3258       <td>
3259         <div align="center">
3260           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3261         </div>
3262       </td>
3263       <td>
3264         <ul>
3265           <li>Multiple views on alignment
3266           <li>Sequence feature editing
3267           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3268           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3269           <li>Background dependent text colour
3270           <li>Right align sequence ids
3271           <li>User-defined lower case residue colours
3272           <li>Format Menu
3273           <li>Select Menu
3274           <li>Menu item accelerator keys
3275           <li>Control-V pastes to current alignment
3276           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3277           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3278           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3279
3280           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3281         </ul>
3282       </td>
3283       <td>
3284         <ul>
3285           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3286           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3287             calculations
3288           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3289             edits
3290           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3291             of alignment)
3292           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3293
3294           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3295             display correctly
3296           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3297           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3298             analysis results
3299           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3300             &#8739;
3301           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3302           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3303           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3304
3305         </ul>
3306       </td>
3307     </tr>
3308     <tr>
3309       <td>
3310         <div align="center">
3311           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3312         </div>
3313       </td>
3314       <td>
3315         <ul>
3316           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3317         </ul>
3318       </td>
3319       <td>
3320         <ul>
3321           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3322             sequence id panel has been resized</li>
3323           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3324             rendered</li>
3325           <li>Annotation files with sequence references - all
3326             elements in file are relative to sequence position</li>
3327           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3328         </ul>
3329       </td>
3330     </tr>
3331     <tr>
3332       <td>
3333         <div align="center">
3334           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3335         </div>
3336       </td>
3337       <td>
3338         <ul>
3339           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3340           <li>DAS Feature fetching</li>
3341           <li>Hide sequences and columns</li>
3342           <li>Export Annotations and Features</li>
3343           <li>GFF file reading / writing</li>
3344           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3345             files</li>
3346           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3347           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3348           <li>Applet can launch the full application</li>
3349           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3350             required)</li>
3351           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3352           <li>Applet can load sequences from parameter
3353             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3354           </li>
3355         </ul>
3356       </td>
3357       <td>
3358         <ul>
3359           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3360           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3361           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3362         </ul>
3363       </td>
3364     </tr>
3365     <tr>
3366       <td>
3367         <div align="center">
3368           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3369         </div>
3370       </td>
3371       <td>
3372         <ul>
3373           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3374           <li>Choose to match case when searching</li>
3375           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3376             expand the visible width and height of the alignment</li>
3377         </ul>
3378       </td>
3379       <td>
3380         <ul>
3381           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3382         </ul>
3383       </td>
3384     </tr>
3385     <tr>
3386       <td>
3387         <div align="center">
3388           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3389         </div>
3390       </td>
3391       <td>&nbsp;</td>
3392       <td>
3393         <ul>
3394           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3395           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3396             value</li>
3397         </ul>
3398       </td>
3399     </tr>
3400     <tr>
3401       <td>
3402         <div align="center">
3403           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3404         </div>
3405       </td>
3406       <td>
3407         <ul>
3408           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3409           <li>Keyboard editing</li>
3410           <li>Create sequence features from searches</li>
3411           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3412             alignments</li>
3413           <li>Features file allows grouping of features</li>
3414           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3415           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3416           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3417         </ul>
3418       </td>
3419       <td>
3420         <ul>
3421           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3422           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3423             descriptions saved.</li>
3424         </ul>
3425       </td>
3426     </tr>
3427     <tr>
3428       <td>
3429         <div align="center">
3430           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3431         </div>
3432       </td>
3433       <td>
3434         <ul>
3435           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3436           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3437           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3438             name for file output</li>
3439           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3440           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3441             used for HTML form input</li>
3442         </ul>
3443       </td>
3444       <td>
3445         <ul>
3446           <li>HTML output writes groups and features</li>
3447           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3448           <li>File IO bugs</li>
3449         </ul>
3450       </td>
3451     </tr>
3452     <tr>
3453       <td>
3454         <div align="center">
3455           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3456         </div>
3457       </td>
3458       <td>
3459         <ul>
3460           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3461           <li>More options for PCA viewer</li>
3462         </ul>
3463       </td>
3464       <td>
3465         <ul>
3466           <li>GUI bugs resolved</li>
3467           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3468         </ul>
3469       </td>
3470     </tr>
3471     <tr>
3472       <td height="63">
3473         <div align="center">
3474           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3475         </div>
3476       </td>
3477       <td>
3478         <ul>
3479           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3480           <li>Jar files are executable</li>
3481           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3482         </ul>
3483       </td>
3484       <td>
3485         <ul>
3486           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3487           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3488           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3489         </ul>
3490       </td>
3491     </tr>
3492     <tr>
3493       <td>
3494         <div align="center">
3495           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3496         </div>
3497       </td>
3498       <td>
3499         <ul>
3500           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3501         </ul>
3502       </td>
3503       <td>
3504         <ul>
3505           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3506         </ul>
3507       </td>
3508     </tr>
3509     <tr>
3510       <td>
3511         <div align="center">
3512           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3513         </div>
3514       </td>
3515       <td>
3516         <ul>
3517           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3518             size</li>
3519         </ul>
3520       </td>
3521       <td>
3522         <ul>
3523           <li>Improved JPred client reliability</li>
3524           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3525         </ul>
3526       </td>
3527     </tr>
3528     <tr>
3529       <td>
3530         <div align="center">
3531           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3532         </div>
3533       </td>
3534       <td>
3535         <ul>
3536           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3537           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3538           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3539             to Colour Menu</li>
3540           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3541           <li>Unix users can set default web browser</li>
3542           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3543           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3544         </ul>
3545       </td>
3546       <td>
3547         <ul>
3548           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3549         </ul>
3550       </td>
3551     </tr>
3552     <tr>
3553       <td>
3554         <div align="center">
3555           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3556         </div>
3557       </td>
3558       <td>&nbsp;</td>
3559       <td>
3560         <ul>
3561           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3562             alignment order.</li>
3563         </ul>
3564       </td>
3565     </tr>
3566     <tr>
3567       <td>
3568         <div align="center">
3569           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3570         </div>
3571       </td>
3572       <td>
3573         <ul>
3574           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3575           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3576           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3577             annotations.</li>
3578           <li>Version and build date written to build properties
3579             file.</li>
3580           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3581             at launch of Jalview.</li>
3582         </ul>
3583       </td>
3584       <td>
3585         <ul>
3586           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3587           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3588           <li>Can remove groups one by one.</li>
3589           <li>Filechooser icons installed.</li>
3590           <li>Finder ignores return character when searching.
3591             Return key will initiate a search.<br>
3592           </li>
3593         </ul>
3594       </td>
3595     </tr>
3596     <tr>
3597       <td>
3598         <div align="center">
3599           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3600         </div>
3601       </td>
3602       <td>
3603         <ul>
3604           <li>New codebase</li>
3605         </ul>
3606       </td>
3607       <td>&nbsp;</td>
3608     </tr>
3609   </table>
3610   <p>&nbsp;</p>
3611 </body>
3612 </html>