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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
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  32
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  34   /* separate the items from eachother */
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  37   padding-left: 6px;
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  39
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  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>14/11/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98           </ul>
  99           <em>Scripting</em>
 100           <ul>
 101           <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 102           <li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li>
 103           </ul>
 104           <em>Testing and Deployment</em>
 105           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 106           </div>
 107       </td>
 108       <td><div align="left">
 109           <em>General</em>
 110           <ul>
 111             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 112             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 113             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 114             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 115           </ul>
 116           <em>Desktop</em>
 117           <ul>
 118             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 119             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 120             </li>
 121             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 122             </li>
 123             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 124             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 125             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 126             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 127             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 128             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 129             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 130             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 131             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 132             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 133             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 134             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 135             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 136             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment only aligns selected regions of each selected sequence</li>
 137             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 138             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 139             <li><!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in URL links appears when only default EMBL-EBI link is configured (since 2.10.2b2)</li>
 140             <li><!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box position is adjusted</li>
 141             <li><!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains in a multi-chain structure when viewing alignment involving more than one chain (since 2.10)</li>
 142            </ul>
 143           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 144            <ul>
 145             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 146           </ul>
 147           <strong><em>BioJSON</em></strong><br/>
 148           <ul>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 151           </li>
 152           </ul>
 153           <strong>Known Java 9 Issues</strong>
 154           <ul>
 155             <li><!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 156             not responsive when entering characters (Webstart, Java 9.01,
 157             OSX 10.10)
 158             </li>
 159           </ul>
 160           </div>
 161       </td>
 162     </tr>
 163     <tr>
 164       <td width="60" nowrap>
 165         <div align="center">
 166           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 167             <em>2/10/2017</em></strong>
 168         </div>
 169       </td>
 170       <td><div align="left">
 171           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 172           <ul>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 175             </li>
 176             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 177             </li>
 178           </ul>
 179         </div></td>
 180       <td><div align="left">
 181         </div></td>
 182     </tr>
 183     <tr>
 184       <td width="60" nowrap>
 185         <div align="center">
 186           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 187             <em>7/9/2017</em></strong>
 188         </div>
 189       </td>
 190       <td><div align="left">
 191           <em></em>
 192           <ul>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 195               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 196               white)
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 200               Preferences
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 204               in size and progress bar shown as higher resolution
 205               overview is recalculated
 206             </li>
 207
 208           </ul>
 209         </div></td>
 210       <td><div align="left">
 211           <em></em>
 212           <ul>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 215               column region row by row
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 219               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 223               format setting is unticked
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 227               if group has show boxes format setting unticked
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 231               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 232               include sequences and columns not currently displayed
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 236               assemblies are imported via CIF file
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 240               displayed when threshold or conservation colouring is also
 241               enabled.
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 245               server version
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 249               dragging a selected region off the visible region of the
 250               alignment
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 254               colourscheme to all groups in a view
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 258               initially after font size change using the Font chooser or
 259               middle-mouse zoom
 260             </li>
 261           </ul>
 262         </div></td>
 263     </tr>
 264     <tr>
 265       <td width="60" nowrap>
 266         <div align="center">
 267           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 268         </div>
 269       </td>
 270       <td><div align="left">
 271           <em>Calculations</em>
 272           <ul>
 273
 274             <li>
 275               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 276               ungapped positions in each column of the alignment.
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 280               a calculation dialog box
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 284               and memory efficiency (~30x faster)
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 288               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 289               and other calculations
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 293               files within the Jalview codebase
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 297               Similarity may have different topology due to increased
 298               precision
 299             </li>
 300           </ul>
 301           <em>Rendering</em>
 302           <ul>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 305               model for alignments and groups
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 309               scripts
 310             </li>
 311           </ul>
 312           <em>Overview</em>
 313           <ul>
 314             <li>
 315               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 316               with alignment and overview windows
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 320               overview
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 324               omitted in Overview
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 328               adjustment of visible position
 329             </li>
 330           </ul>
 331
 332           <em>Data import/export</em>
 333           <ul>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 336               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 340               annotation input/output via stockholm flatfile
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 344               extension when importing structure files without embedded
 345               names or PDB accessions
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 349               format sequence substitution matrices
 350             </li>
 351           </ul>
 352           <em>User Interface</em>
 353           <ul>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 356               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 357               the application.
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 361               via Overview or sequence motif search operations
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 365               opened by double clicking gaps within sequence feature
 366               extent
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 370               aligned positions were available to create a 3D structure
 371               superposition.
 372             </li>
 373           </ul>
 374           <em>3D Structure</em>
 375           <ul>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 378               coloured in linked structure views
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 382               file-based command exchange
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 386               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 387               structures are already available for sequences
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 391               the Jalview project rather than downloaded again when the
 392               project is reopened.
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 396               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 397               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 398                 Feature</strong>)
 399             </li>
 400           </ul>
 401           <em>Web Services</em>
 402           <ul>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 408               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 409               Analysis services
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 413               cross-references provided by identifiers.org and the
 414               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 415             </li>
 416           </ul>
 417
 418           <em>Scripting</em>
 419           <ul>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 422               identifying file formats (instead of String constants)
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 426               efficiency when counting all displayed features (not
 427               backwards compatible with 2.10.1)
 428             </li>
 429           </ul>
 430           <em>Example files</em>
 431           <ul>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 434               included in the example feature file
 435             </li>
 436           </ul>
 437           <em>Documentation</em>
 438           <ul>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 441               with the built-in Java help viewer
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 445               sequence description' option
 446             </li>
 447           </ul>
 448           <em>Test Suite</em>
 449           <ul>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 452               Uniprot REST Free Text Search Client
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 459               during tests
 460             </li>
 461           </ul>
 462         </div></td>
 463       <td><div align="left">
 464           <em>Calculations</em>
 465           <ul>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 468               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 469               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 470             </li>
 471             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 472               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 473               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 474               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 475               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 476               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 477               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 478               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 479               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 480               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 481               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 482               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 483               // for 2.10.1 mode <br />
 484               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 485               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 486                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 487                 calculations (not recommended)</em></li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 490               scaling of branch lengths for trees computed using
 491               Sequence Feature Similarity.
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 495               generating output report when working with highly
 496               redundant alignments
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 500               right of selected region when gaps present on right-hand
 501               boundary
 502             </li>
 503           </ul>
 504           <em>User Interface</em>
 505           <ul>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 508               doesn't reselect a specific sequence's associated
 509               annotation after it was used for colouring a view
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 513               opened on a region of alignment without groups
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 517               of an alignment with overlapping groups
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 521               name and description match
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 525               hidden regions results in incorrect hidden regions
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 529               changing colour does not apply Conservation slider value
 530               to all groups
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 534               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 538               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 542               gaps before start of features
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 546               restored to UI when feature colour is edited
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 550               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 554               as graduate feature colour settings are modified via the
 555               dialog box
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 559               when a group defined on the alignment is resized
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 563               wrapped view result in positional status updates
 564             </li>
 565
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 568               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 572               alignment included gapped columns
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 576               widgets don't permanently disappear
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 580               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 581               T-Coffee column reliability scores)
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 585               sequence feature on gaps only
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 589               button from a Find inherit previously defined feature type
 590               rather than the Find query string
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 594               exporting tree calculated in Jalview
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 598               and then revealing them reorders sequences on the
 599               alignment
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 603               doesn't update to reflect available set of groups after
 604               interactively adding or modifying features
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 608               Linux
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 612               only excluded gaps in current sequence and ignored
 613               selection.
 614             </li>
 615           </ul>
 616           <em>Rendering</em>
 617           <ul>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 620               erratically when hidden rows or columns are present
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 624               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 625               sequence colouring
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 629               colour and group colour menu for protein alignments
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 633               reflect currently selected view or group's shading
 634               thresholds
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 638               when rendered on overview and structures when opacity at
 639               100%
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 643               overview when features overlaid on alignment
 644             </li>
 645           </ul>
 646           <em>Data import/export</em>
 647           <ul>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 650               load
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 654               added after a sequence was imported are not written to
 655               Stockholm File
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 659               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 663               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 667               with lightGray or darkGray via features file (but can
 668               specify lightgray)
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 672               when alignment view imported from project
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 676               structure and sequences extracted from structure files
 677               imported via URL and viewed in Jmol
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 681               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 682               the project is loaded and the structure viewed
 683             </li>
 684           </ul>
 685           <em>Web Services</em>
 686           <ul>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 689               release of Ensembl v.88
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 693               appear enabled in Preferences->Connections
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 697               removed from console output
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 701               Ensembl by Peptide ID
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 705               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 706               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 707               due to 'null' string rather than empty string used for
 708               residues with no corresponding PDB mapping).
 709             </li>
 710           </ul>
 711           <em>Application UI</em>
 712           <ul>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 715               menu
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 719               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 720               new documentation and tooltips added)
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 724               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 728               new features are added to alignment
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 732               changes to feature colours via the Amend features dialog
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 736               edit graduated feature colour via amend features dialog
 737               box
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 741               selection menu changes colours of alignment views
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 745               from alignment calculation workers after alignment has
 746               been closed
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 750               groups now 'Create Group'
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 754               Create/Undefine group doesn't always work
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 758               shown again after pressing 'Cancel'
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 762               adjusts start position in wrap mode
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 766               ambiguous amino acids
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 770               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 771               proteins
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 775               Defined' don't appear in Colours menu
 776             </li>
 777           </ul>
 778           <em>Applet</em>
 779           <ul>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 782               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 786               overview or linked structure view
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 790               work (since 2.8)
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 794               user-defined colourscheme doesn't restore original
 795               colourscheme
 796             </li>
 797           </ul>
 798           <em>Test Suite</em>
 799           <ul>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 802               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 806               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 807               problems with deep array comparison equality asserts in
 808               successive versions of TestNG
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 812               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 813             </li>
 814           </ul>
 815           <em>New Known Issues</em>
 816           <ul>
 817             <li>
 818               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 819               phase after a sequence motif find operation
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 823               containing just upper and lower case letters are
 824               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 828               reliably from eggnog Ortholog database
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 832               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 833               to mark columns containing highlighted regions.
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 837               doesn't always add secondary structure annotation.
 838             </li>
 839           </ul>
 840         </div>
 841     <tr>
 842       <td width="60" nowrap>
 843         <div align="center">
 844           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 845         </div>
 846       </td>
 847       <td><div align="left">
 848           <em>General</em>
 849           <ul>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 852               for all consensus calculations
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 856               3rd Oct 2016)
 857             </li>
 858             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 859               for 2016-2017</li>
 860           </ul>
 861           <em>Application</em>
 862           <ul>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 865               set of database cross-references, sorted alphabetically
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 869               from database cross references. Users with custom links
 870               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 871                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 875               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 876               Chimera session
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 880               the Chimera it is connected to is shut down
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 884               columns menu item to mark columns containing highlighted
 885               regions (e.g. from structure selections or results of a
 886               Find operation)
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 890               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 891               MSAviewer
 892             </li>
 893           </ul>
 894         </div></td>
 895       <td>
 896         <div align="left">
 897           <em>General</em>
 898           <ul>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 901               are not coloured or thresholded according to percent
 902               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 906               hydrophobic
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 910               threshold, amino acid properties)
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 914               reported as mapped to residues in a structure file in the
 915               View Mapping report
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 919               could be added multiple times to a sequence
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 923               bond features shown as two highlighted residues rather
 924               than a range in linked structure views, and treated
 925               correctly when selecting and computing trees from features
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 929               cross-references are matched to database name regardless
 930               of case
 931             </li>
 932
 933           </ul>
 934           <em>Application</em>
 935           <ul>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 938               names without regular expressions also offer links from
 939               Sequence ID
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 943               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 944               update Jalview configuration
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 948               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 952               files with similarly named sequences if dropped onto the
 953               alignment
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 957               entries where more chains exist in the PDB accession than
 958               are reported in the SIFTS file
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 962               the structure view when displayed with Chimera
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 966               panel's View->Show Chains submenu
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 970               work for wrapped alignment views
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 974               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 978               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 979               first annotation row
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 983               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 987               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 988             </li>
 989             <!-- JAL-2319 -->
 990             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 991             coordindate data
 992             </li>
 993           </ul>
 994           <!--           <em>New Known Issues</em>
 995           <ul>
 996             <li></li>
 997           </ul> -->
 998         </div>
 999       </td>
1000     </tr>
1001     <td width="60" nowrap>
1002       <div align="center">
1003         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1004           <em>25/10/2016</em></strong>
1005       </div>
1006     </td>
1007     <td><em>Application</em>
1008       <ul>
1009         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1010           view if structures already loaded</li>
1011         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1012           structure views</li>
1013       </ul></td>
1014     <td>
1015       <div align="left">
1016         <em>General</em>
1017         <ul>
1018           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1019             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1020           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1021             example sequences/projects/trees</li>
1022         </ul>
1023         <em>Application</em>
1024         <ul>
1025           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1026             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1027           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1028             without timeout for structures with multiple models or
1029             multiple sequences in alignment</li>
1030           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1031             PDB ID HEADER line</li>
1032           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1033             is performed</li>
1034           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1035             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1036           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1037           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1038             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1039             option</li>
1040           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1041             is created on the alignment</li>
1042           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1043             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1044             pop-up menu</li>
1045         </ul>
1046         <em>Build and deployment</em>
1047         <ul>
1048           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1049             tags</li>
1050         </ul>
1051         <em>New Known Issues</em>
1052         <ul>
1053           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1054             on Windows</li>
1055         </ul>
1056       </div>
1057     </td>
1058     </tr>
1059     <tr>
1060       <td width="60" nowrap>
1061         <div align="center">
1062           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1063         </div>
1064       </td>
1065       <td><em>General</em>
1066         <ul>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1069           </li>
1070           <li>
1071             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1072             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1073             better PDB parsing.
1074           </li>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1077             reference sequence
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1081             mousing over sequence associated annotation
1082           </li>
1083           <li>
1084             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1085             for manual entry
1086           </li>
1087           <li>
1088             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1089             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1090             for each column
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1094             showing or hiding columns containing a feature
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1098             group and sequence associated annotation labels
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1102             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1103             dialogs
1104           </li>
1105
1106         </ul> <em>Application</em>
1107         <ul>
1108           <li>
1109             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1110             gene/transcript view
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1114             dialog
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1118             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1122             Pfam sources to xfam.org
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1129             over sequences in Jalview
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1133             regions in ENA and EMBL
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1137             for record retrieval via ENA rest API
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1141             complement operator
1142           </li>
1143           <li>
1144             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1145             groovy script execution
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1149             alignment window's Calculate menu
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1153             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1154           </li>
1155           <li>
1156             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1157             calculation workers from groovy scripts
1158           </li>
1159           <li>
1160             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1161             Jalview projects
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1165             associations are now saved/restored from project
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1169             before sequence fetcher is opened
1170           </li>
1171           <li>
1172             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1173             database chooser opens a sequence fetcher
1174           </li>
1175           <li>
1176             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1177             the UniProt REST API
1178           </li>
1179           <li>
1180             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1181             the news reader opening
1182           </li>
1183           <li>
1184             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1185             querying stored in preferences
1186           </li>
1187           <li>
1188             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1189             search results
1190           </li>
1191           <li>
1192             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1193           </li>
1194           <li>
1195             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1196             menu for nucleotide sequences
1197           </li>
1198           <li>
1199             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1200             and feature counts preserves alignment ordering (and
1201             debugged for complex feature sets).
1202           </li>
1203           <li>
1204             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1205             viewing structures with Jalview 2.10
1206           </li>
1207           <li>
1208             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1209             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1210             Ensembl Genomes REST API
1211           </li>
1212           <li>
1213             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1214             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1215             (Ensembl)
1216           </li>
1217           <li>
1218             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1219             sequences
1220           </li>
1221           <li>
1222             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1223             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1224             data from external database records.
1225           </li>
1226           <li>
1227             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1228             efficient recovery of sequence coding and alignment
1229             annotation relationships.
1230           </li>
1231         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1232         <ul>
1233           <li>
1234             -- JAL---
1235           </li>
1236         </ul> --></td>
1237       <td>
1238         <div align="left">
1239           <em>General</em>
1240           <ul>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1243               menu on OSX
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1247               includes graduated colourschemes
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1251               working with big alignments and lots of hidden columns
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1255               at right of alignment window
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1259               contents
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1263               for DNA alignments
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1267               based tree calculation
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1271               unconserved enabled for group on alignment
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1275               set as reference
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1279               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1280               annotation
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1284               hidden columns present
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1288               user created annotation added to alignment
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1292               '()' base pair annotation
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1296               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1297               Consensus
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1301               feature not working
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1305               beginning of sequence
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1309               entry 3a6s
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1313               from a tree when t-coffee scores are shown
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1317               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1321               some structures
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1325               to Clustal, PIR and PileUp output
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1329               not visible causes alignment window to repaint
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1333               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1334               scores associated with features and annotation rows
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1338               calculation should be case independent
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1342               columns
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1346               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1347               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1351               problems when reference sequence defined and 'show
1352               non-conserved' enabled
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1356               load even when Consensus calculation is disabled
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1360               alignment does nothing
1361             </li>
1362           </ul>
1363           <em>Application</em>
1364           <ul>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1367               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1368               yet fixed for El Capitan)
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1372               output when running on non-gb/us i18n platforms
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1376               hidden sequences as flat-file alignment
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1380               launching Chimera
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1384               (also hotfix for 2.9.0b2)
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1388               reference sequence defined
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1392               alignments and views when revealing hidden columns
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1396               view in a cDNA/Protein splitframe
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1400               sequence from project when only one sequence is
1401               represented
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1405               in Structure Chooser
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1409               structure consensus didn't refresh annotation panel
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1413               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1417               dialogs format columns correctly, don't display array
1418               data, sort columns according to type
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1422               file chooser is cancelled during an image export
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1426               sequence name containing special characters
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1430               case insensitive
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1434               formatting don't wrap
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1438               truncated so L looks like I in consensus annotation
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1442               currently displayed features for the current selection or
1443               view
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1447               after fetching cross-references, and restoring from
1448               project
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1452               followed in the structure viewer
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1456               splitframe not restored from project
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1460               trailing end of protein alignment in transcript/product
1461               splitview when pad-gaps not enabled by default
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1465               is case dependent
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1469               article has been read (reopened issue due to
1470               internationalisation problems)
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1474               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1475               cross-references
1476             </li>
1477
1478             <li>
1479               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1480               alignment as HTML
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1484               multiple structures are shown for one or more sequences.
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1488               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1489               is enabled.
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1493               specific PDB id for sequence
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1497               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1498               columns' is disabled.
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1502               selects lowest rather than highest resolution structures
1503               for each sequence
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1507               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1511               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1515               after clicking on it to create new annotation for a
1516               column.
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1520               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1521             </li>
1522             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1523             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1524           </ul>
1525           <em>Applet</em>
1526           <ul>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1529               hidden columns present before start of sequence
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1533               (JSON jars)
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1537               sequences are hidden in applet
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1541               deployment on examples pages.
1542             </li>
1543           </ul>
1544         </div>
1545       </td>
1546     </tr>
1547     <tr>
1548       <td width="60" nowrap>
1549         <div align="center">
1550           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1551             <em>16/10/2015</em></strong>
1552         </div>
1553       </td>
1554       <td><em>General</em>
1555         <ul>
1556           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1557             jars</li>
1558         </ul></td>
1559       <td>
1560         <div align="left">
1561           <em>Application</em>
1562           <ul>
1563             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1564               shown when tree is partitioned</li>
1565             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1566               multiple cDNA/Protein split views</li>
1567           </ul>
1568         </div>
1569       </td>
1570     </tr>
1571     <tr>
1572       <td width="60" nowrap>
1573         <div align="center">
1574           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1575             <em>8/10/2015</em></strong>
1576         </div>
1577       </td>
1578       <td><em>General</em>
1579         <ul>
1580           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1581             2.9</li>
1582         </ul> <em>Application</em>
1583         <ul>
1584           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1585           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1586           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1587         </ul> <em>Applet</em>
1588         <ul>
1589           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1590         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1591         <ul>
1592           <li>
1593             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1594             suite
1595           </li>
1596         </ul></td>
1597       <td>
1598         <div align="left">
1599           <em>General</em>
1600           <ul>
1601             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1602               incorrect when sequence start > 1</li>
1603             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1604               documentation</li>
1605             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1606             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1607               loading a features file containing HTML tags in feature
1608               description</li>
1609
1610           </ul>
1611           <em>Application</em>
1612           <ul>
1613             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1614               reimport</li>
1615             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1616               with 'trim retrieved sequences'</li>
1617             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1618               deleting selected columns</li>
1619             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1620               JNLP templates for webstart launch</li>
1621             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1622               unreleased structures for download or viewing</li>
1623             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1624               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1625             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1626               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1627             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1628               recovered from jalview project</li>
1629             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1630               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1631               alignment view</li>
1632             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1633               color schemes from BioJSON</li>
1634           </ul>
1635           <em>Applet</em>
1636           <ul>
1637             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1638               frame</li>
1639             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1640           </ul>
1641         </div>
1642       </td>
1643     </tr>
1644     <tr>
1645       <td><div align="center">
1646           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1647         </div></td>
1648       <td><em>General</em>
1649         <ul>
1650           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1651             alignments:
1652             <ul>
1653               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1654                 and DNA alignment views</li>
1655               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1656                 cDNA alignment views</li>
1657               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1658                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1659               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1660                 protein sequences</li>
1661             </ul>
1662           </li>
1663           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1664           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1665             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1666           <li>New alignment annotation file statements for
1667             reference sequences and marking hidden columns</li>
1668           <li>Reference sequence based alignment shading to
1669             highlight variation</li>
1670           <li>Select or hide columns according to alignment
1671             annotation</li>
1672           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1673           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1674             acid conservation row</li>
1675           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1676         </ul> <em>Application</em>
1677         <ul>
1678           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1679             <ul>
1680               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1681                 view with cDNA/Protein</li>
1682               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1683                 sequences are placed in the same alignment</li>
1684               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1685                 projects</li>
1686             </ul>
1687           </li>
1688
1689           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1690           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1691             Jalview windows</li>
1692
1693           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1694           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1695           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1696             be shown in VARNA</li>
1697
1698           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1699             as the active selected region</li>
1700
1701           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1702             similarity</li>
1703           <li>New Export options
1704             <ul>
1705               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1706                 region export in flat file generation</li>
1707
1708               <li>Export alignment views for display with the <a
1709                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1710
1711               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1712               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1713                 alignment figures to HTML</li>
1714           </li>
1715           <li>3D structure retrieval and display
1716             <ul>
1717               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1718                 Search API</li>
1719               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1720                 PDB structures for a sequence set</li>
1721             </ul>
1722           </li>
1723
1724           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1725             predictions</li>
1726           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1727             for one or a group of sequences</li>
1728           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1729             from the JPred4 web server</li>
1730           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1731             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1732             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1733           </li>
1734           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1735             VARNA 2D Structure'</li>
1736           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1737             Structure ..."</li>
1738
1739         </ul> <em>Applet</em>
1740         <ul>
1741           <li>New layout for applet example pages</li>
1742           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1743             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1744           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1745             Protein alignments</li>
1746         </ul> <em>Development and deployment</em>
1747         <ul>
1748           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1749           <li>Include installation type and git revision in build
1750             properties and console log output</li>
1751           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1752             storing BioJsMSA Templates</li>
1753           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1754         </ul></td>
1755       <td>
1756         <!-- <em>General</em>
1757         <ul>
1758         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1759         <ul>
1760           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1761           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1762           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1763             predictions are not highlighted in amber</li>
1764           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1765             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1766           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1767             associated structure views</li>
1768           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1769             width checkbox not enabled</li>
1770           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1771             creating user defined colours</li>
1772           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1773             mappings for just that viewer's sequences</li>
1774           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1775             multiple models in Chimera</li>
1776           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1777             over Jmol structure</li>
1778           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1779             output to text box</li>
1780           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1781             have incorrect sequence start/end</li>
1782           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1783             Jalview fails</li>
1784           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1785             work for nucleotide</li>
1786           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1787             to a grey/invisible alignment window</li>
1788           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1789             imports to different position</li>
1790           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1791             on some platforms</li>
1792           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1793             populated</li>
1794           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1795             console if Chimera has been opened</li>
1796           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1797           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1798             retrieved</li>
1799           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1800           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1801             either sequence shows on first structure</li>
1802           <li>'Show annotations' options should not make
1803             non-positional annotations visible</li>
1804           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1805             in right place after 'view flanking regions'</li>
1806           <li>File Save As type unset when current file format is
1807             unknown</li>
1808           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1809             projects</li>
1810           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1811             responsive</li>
1812           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1813             several views on same alignment</li>
1814           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1815           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1816             spaces</li>
1817         </ul> <em>Applet</em>
1818         <ul>
1819           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1820           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1821             descriptions containing angle brackets</li>
1822         </ul> <em>General</em>
1823         <ul>
1824           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1825             via jalview annotation file</li>
1826           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1827             with RNA secondary structure</li>
1828           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1829             translation doesn't work.</li>
1830           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1831           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1832             positions</li>
1833           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1834             choosing 1pt font</li>
1835           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1836             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1837             'h'</li>
1838           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1839             new feature</li>
1840           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1841             order dependent</li>
1842           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1843             sequences</li>
1844           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1845         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1846         <ul>
1847           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1848             www.jalview.org</li>
1849         </ul> <em>Application Known issues</em>
1850         <ul>
1851           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1852           <li>Misleading message appears after trying to delete
1853             solid column.</li>
1854           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1855             version launches</li>
1856           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1857             fails with a sequence mismatch</li>
1858           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1859             scrolling alignment to right</li>
1860           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1861             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1862           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1863             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1864           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1865             ultra-high resolution</li>
1866           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1867             quality and conservation</li>
1868           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1869             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1870         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1871         <ul>
1872           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1873           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1874             window is being resized</li>
1875
1876         </ul>
1877       </td>
1878     </tr>
1879     <tr>
1880       <td><div align="center">
1881           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1882         </div></td>
1883       <td><em>General</em>
1884         <ul>
1885           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1886             Certum.PL.</li>
1887           <li>Features and annotation preserved when performing
1888             pairwise alignment</li>
1889           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1890             imported/exported/displayed</li>
1891           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1892             protein secondary structure</li>
1893           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1894               post-hoc with 2.9 release</em>)
1895           </li>
1896
1897         </ul> <em>Application</em>
1898         <ul>
1899           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1900             with 3D structures</li>
1901           <li>Support for parsing RNAML</li>
1902           <li>Annotations menu for layout
1903             <ul>
1904               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1905               <li>place sequence annotation above/below alignment
1906                 annotation</li>
1907             </ul>
1908           <li>Output in Stockholm format</li>
1909           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1910             translation</li>
1911           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1912           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1913             shared between alignments</li>
1914           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1915             Jalview</li>
1916           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1917             all or current selection</li>
1918           <li>disorder and secondary structure predictions
1919             available as dataset annotation</li>
1920           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1921
1922
1923           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1924             alignments from Rfam</li>
1925           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1926
1927           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1928             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1929           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1930           <li>include installation type in build properties and
1931             console log output</li>
1932           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1933             annotation</li>
1934         </ul></td>
1935       <td>
1936         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1937         <ul>
1938           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1939             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1940           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1941             alignment</li>
1942           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1943           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1944           <li>Double click on sequence associated annotation
1945             selects only first column</li>
1946           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1947             leaves shown in tree</li>
1948           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1949             properly</li>
1950           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1951           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1952             screen and buttons not visible</li>
1953           <li>author list isn't updated if already written to
1954             Jalview properties</li>
1955           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1956             from database</li>
1957           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1958           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1959             browser search window</li>
1960           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1961             in feature settings dialog</li>
1962           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1963             desktop</li>
1964           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1965             pass validation</li>
1966           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1967             fit on screen</li>
1968           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1969             tooltip</li>
1970           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1971             defined user preset</li>
1972           <li>MSA web services warns user if they were launched
1973             with invalid input</li>
1974           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1975             Java 8</li>
1976           <li>
1977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1978             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1979             created
1980           </li>
1981
1982         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1983         <ul>
1984         </ul> <em>General</em>
1985         <ul>
1986         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1987         <ul>
1988           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1989             memory allocation</li>
1990           <li>launchApp service doesn't automatically open
1991             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1992           <li>
1993             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1994             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1995             1.7_055 is available
1996           </li>
1997         </ul> <em>Application Known issues</em>
1998         <ul>
1999           <li>
2000             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2001             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2002             alignment to right
2003           </li>
2004           <li>
2005             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2006             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2007             with large number of ID
2008           </li>
2009           <li>
2010             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2011             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2012             start/end
2013           </li>
2014           <li>
2015             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2016             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2017             structure tracks are rearranged
2018           </li>
2019           <li>
2020             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2021             invalid rna structure positional highlighting does not
2022             highlight position of invalid base pairs
2023           </li>
2024           <li>
2025             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2026             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2027             project from alignment window file menu
2028           </li>
2029           <li>
2030             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2031             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2032             structures
2033           </li>
2034           <li>
2035             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2036             colour by RNA Helices not enabled when user created
2037             annotation added to alignment
2038           </li>
2039           <li>
2040             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2041             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2042           </li>
2043         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2044         <ul>
2045           <li>
2046             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2047             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2048           </li>
2049           <li>
2050             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2051             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2052           </li>
2053
2054           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2055             when selected</li>
2056         </ul>
2057       </td>
2058     </tr>
2059     <tr>
2060       <td><div align="center">
2061           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2062         </div></td>
2063       <td>
2064         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2065         <em>General</em>
2066         <ul>
2067           <li>Internationalisation of user interface (usually
2068             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2069           <li>Define/Undefine group on current selection with
2070             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2071           <li>Improved group creation/removal options in
2072             alignment/sequence Popup menu</li>
2073           <li>Sensible precision for symbol distribution
2074             percentages shown in logo tooltip.</li>
2075           <li>Annotation panel height set according to amount of
2076             annotation when alignment first opened</li>
2077         </ul> <em>Application</em>
2078         <ul>
2079           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2080             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2081           <li>Select columns containing particular features from
2082             Feature Settings dialog</li>
2083           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2084             sequences</li>
2085           <li>Update Jalview project format:
2086             <ul>
2087               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2088               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2089                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2090               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2091                 colouring</li>
2092             </ul>
2093           </li>
2094           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2095             (PAM250)</li>
2096           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2097             flanking regions for an alignment</li>
2098         </ul>
2099       </td>
2100       <td>
2101         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2102         <ul>
2103           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2104             running after job is cancelled</li>
2105           <li>cannot export features from alignments imported from
2106             Jalview/VAMSAS projects</li>
2107           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2108             float values</li>
2109           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2110             have 'display all symbols' flag set</li>
2111           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2112             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2113           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2114             Jalview</li>
2115           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2116             Lion/Webstart</li>
2117           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2118           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2119           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2120             alignment onto desktop</li>
2121           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2122             'extract scores' function</li>
2123           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2124             alignment window</li>
2125           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2126             performing IUPred disorder prediction</li>
2127           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2128             changing 'normalise logo' display setting</li>
2129           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2130             nothing matches query</li>
2131           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2132             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2133           </li>
2134           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2135             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2136           </li>
2137           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2138             Jalview's menu</li>
2139           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2140             'invalid literal/length code'</li>
2141           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2142             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2143           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2144             colourscheme</li>
2145
2146         </ul> <em>Applet</em>
2147         <ul>
2148           <li>Remove group option is shown even when selection is
2149             not a group</li>
2150           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2151             don't affect groups</li>
2152           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2153             colourscheme name</li>
2154           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2155             Annotation panel is not displayed</li>
2156           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2157             embedded windows</li>
2158         </ul> <em>Other</em>
2159         <ul>
2160           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2161             single sequence were not calculated</li>
2162           <li>annotation files that contain only groups imported as
2163             annotation and junk sequences</li>
2164           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2165             recognised as PFAM or BLC</li>
2166           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2167             doesn't affect background (2.8.0b1)
2168           <li></li>
2169           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2170           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2171             trailing gaps</li>
2172           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2173             registered correctly on import</li>
2174           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2175             certain alignments</li>
2176           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2177             existing annotation based 'use original colours'
2178             colourscheme loses original colours setting</li>
2179         </ul>
2180       </td>
2181     </tr>
2182     <tr>
2183       <td><div align="center">
2184           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2185             <em>30/1/2014</em></strong>
2186         </div></td>
2187       <td>
2188         <ul>
2189           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2190             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2191             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2192             open source project).
2193           </li>
2194           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2195           <li>Output in Stockholm format</li>
2196           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2197           <li>Export/import group and sequence associated line
2198             graph thresholds</li>
2199           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2200             ambiguity codes</li>
2201           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2202             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2203             works</li>
2204           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2205         </ul> <em>Other improvements</em>
2206         <ul>
2207           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2208           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2209             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2210           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2211             files</li>
2212           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2213           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2214             link but no description</li>
2215           <li>Select primary source when selecting authority in
2216             database fetcher GUI</li>
2217           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2218             Jalview</li>
2219           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2220         </ul>
2221       </td>
2222       <td>
2223         <ul>
2224           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2225             displayed</li>
2226           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2227             secondary structure annotation line</li>
2228           <li>Sequence database accessions not imported when
2229             fetching alignments from Rfam</li>
2230           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2231             identical IDs</li>
2232           <li>View all structures does not always superpose
2233             structures</li>
2234           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2235             reflect user or preset settings</li>
2236           <li>Null pointer exceptions for some services without
2237             presets or adjustable parameters</li>
2238           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2239             discover PDB xRefs</li>
2240           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2241             features with DAS</li>
2242           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2243             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2244           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2245             residue follows a gap</li>
2246           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2247             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2248           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2249             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2250           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2251             annotation already exists on alignment</li>
2252           <li>oninit javascript function should be called after
2253             initialisation completes</li>
2254           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2255             alignment window display</li>
2256           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2257           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2258             to annotation file</li>
2259           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2260             groups created</li>
2261           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2262             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2263           <li>Pressing return several times causes Number Format
2264             exceptions in keyboard mode</li>
2265           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2266             correct partitions for input data</li>
2267           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2268           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2269           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2270           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2271             mode</li>
2272           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2273             changes one row&#39;s threshold</li>
2274           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2275             doesn&#39;t open</li>
2276           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2277             quality histograms</li>
2278         </ul>
2279       </td>
2280     </tr>
2281     <tr>
2282       <td><div align="center">
2283           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2284         </div></td>
2285       <td><em>Application</em>
2286         <ul>
2287           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2288             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2289           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2290             preferences</li>
2291           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2292             in Jalview alignment window</li>
2293           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2294             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2295           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2296             RNA and ambiguity codes</li>
2297
2298           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2299           <li>Support fetching and database reference look up
2300             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2301             refs')</li>
2302           <li>Jalview project improvements
2303             <ul>
2304               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2305                 flag for annotation</li>
2306               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2307                 alignment</li>
2308               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2309                 Jalview project</li>
2310
2311             </ul>
2312           </li>
2313           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2314           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2315             running</li>
2316           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2317           <li>visual indication that web service results are still
2318             being retrieved from server</li>
2319           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2320             starts up for first time</li>
2321           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2322             services</li>
2323           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2324             client library</li>
2325           <li>Examples directory and Groovy library included in
2326             InstallAnywhere distribution</li>
2327         </ul> <em>Applet</em>
2328         <ul>
2329           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2330             visualization applet example</li>
2331         </ul> <em>General</em>
2332         <ul>
2333           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2334           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2335             defaults</li>
2336           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2337             calculation</li>
2338           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2339             matrices
2340           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2341             in HTML</li>
2342           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2343             structure contacts</li>
2344           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2345           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2346           <li>Parse sequence associated secondary structure
2347             information in Stockholm files</li>
2348           <li>HTML Export database accessions and annotation
2349             information presented in tooltip for sequences</li>
2350           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2351             style RNA alignment files</li>
2352           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2353             alignment</li>
2354           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2355             shade each sequence according to its associated alignment
2356             annotation</li>
2357           <li>New Jalview Logo</li>
2358         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2359         <ul>
2360           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2361           <li>New Website!</li>
2362         </ul></td>
2363       <td><em>Application</em>
2364         <ul>
2365           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2366             wsdbfetch REST service</li>
2367           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2368           <li>Filetype associations not installed for webstart
2369             launch</li>
2370           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2371             job execution in full once it is complete</li>
2372           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2373             uploaded via ali_file parameter</li>
2374           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2375           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2376           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2377             submitted for prediction</li>
2378           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2379             desktop window</li>
2380           <li>Putting fractional value into integer text box in
2381             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2382           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2383             windows 7</li>
2384           <li>View all structures fails with exception shown in
2385             structure view</li>
2386           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2387             escaped in a platform independent way</li>
2388           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2389             using proxy</li>
2390           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2391             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2392           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2393             failure when java web start temporary file caching is
2394             disabled</li>
2395           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2396             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2397           <li>Errors during processing of command line arguments
2398             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2399           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2400             DAS sources in sequence fetcher</li>
2401           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2402             dialog is shown</li>
2403           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2404           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2405           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2406           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2407             on OSX Mountain Lion</li>
2408           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2409             sequences with alignment annotation are pasted into the
2410             alignment</li>
2411           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2412             when loaded from Jalview project</li>
2413           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2414           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2415             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2416           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2417             associated with all views</li>
2418           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2419             annotation rows to new window</li>
2420         </ul> <em>Applet</em>
2421         <ul>
2422           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2423             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2424           <li>loading features via javascript API automatically
2425             enables feature display</li>
2426           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2427             work</li>
2428         </ul> <em>General</em>
2429         <ul>
2430           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2431           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2432             and then deselected</li>
2433           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2434           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2435             coloured with clustalx</li>
2436           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2437             exceptions and redraw errors</li>
2438           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2439             reconfigured view</li>
2440           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2441             colour</li>
2442           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2443             for lots of labels</li>
2444         </ul>
2445     </tr>
2446     <tr>
2447       <td>
2448         <div align="center">
2449           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2450         </div>
2451       </td>
2452       <td><em>Application</em>
2453         <ul>
2454           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2455           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2456           <li>View/alignment association menu to enable user to
2457             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2458             its colours/correspondences from</li>
2459           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2460           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2461             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2462           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2463           <li>Annotation row column label formatting attributes
2464             stored in project file</li>
2465           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2466             rows preserved in Jalview project file</li>
2467           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2468             saved using Desktop window menu</li>
2469           <li>Visual indication that command line arguments are
2470             still being processed</li>
2471           <li>Groovy script execution from URL</li>
2472           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2473             preferences</li>
2474           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2475             alignment with sequences that have high similarity and
2476             matching IDs</li>
2477           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2478           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2479             structures in same window</li>
2480           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2481           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2482             analysis function in its own submenu</li>
2483         </ul> <em>Applet</em>
2484         <ul>
2485           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2486             groups</li>
2487           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2488           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2489           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2490           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2491           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2492             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2493           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2494           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2495             parameters are treated as such</li>
2496           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2497             <ul>
2498               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2499               <li>Javascript callbacks for
2500                 <ul>
2501                   <li>Applet initialisation</li>
2502                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2503                 </ul>
2504               </li>
2505               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2506                 functions</li>
2507               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2508               <li>javascript structure viewer harness to pass
2509                 messages between Jmol and Jalview when running as
2510                 distinct applets</li>
2511               <li>sortBy method</li>
2512               <li>Set of applet and application examples shipped
2513                 with documentation</li>
2514               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2515                 javascript message exchange</li>
2516             </ul>
2517         </ul> <em>General</em>
2518         <ul>
2519           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2520             multiple alignments</li>
2521           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2522           <li>User configurable link to enable redirects to a
2523             www.Jalview.org mirror</li>
2524           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2525           <li>Configurable newline string when writing alignment
2526             and other flat files</li>
2527           <li>Allow alignment annotation description lines to
2528             contain html tags</li>
2529         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2530         <ul>
2531           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2532             examples</li>
2533           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2534             using a web service before displaying the result in the
2535             Jalview desktop</li>
2536           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2537           <li>Ant target to publish example html files with applet
2538             archive</li>
2539           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2540           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2541         </ul></td>
2542       <td><em>Application</em>
2543         <ul>
2544           <li>User defined colourscheme throws exception when
2545             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2546           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2547             dialog for valid filename/format</li>
2548           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2549           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2550             P37173</li>
2551           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2552             which sequence is to be associated with the file</li>
2553           <li>Find All raises null pointer exception when query
2554             only matches sequence IDs</li>
2555           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2556           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2557             2.4 cannot be loaded</li>
2558           <li>Filetype associations not installed for webstart
2559             launch</li>
2560           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2561             with sequences in different alignments do not get coloured
2562             by their associated sequence</li>
2563           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2564             not preserved when project is loaded</li>
2565           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2566             stored in Jalview project</li>
2567           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2568             Jalview project</li>
2569           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2570           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2571             by conservation</li>
2572           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2573             created on new view</li>
2574           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2575             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2576           <li>Alignment quality not updated after alignment
2577             annotation row is hidden then shown</li>
2578           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2579             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2580           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2581             properly</li>
2582           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2583             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2584           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2585           <li>Structures imported from file and saved in project
2586             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2587           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2588             job execution in full once it is complete</li>
2589         </ul> <em>Applet</em>
2590         <ul>
2591           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2592             annotation rows are displayed</li>
2593           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2594             codebase</li>
2595           <li>View follows highlighting does not work for positions
2596             in sequences</li>
2597           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2598           <li>Export features raises exception when no features
2599             exist</li>
2600           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2601             for javascript api is modified when separator string
2602             provided as parameter</li>
2603           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2604             alignment with no existing selection</li>
2605           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2606             to applet&#39;s codebase</li>
2607           <li>Status bar not updated after finished searching and
2608             search wraps around to first result</li>
2609           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2610             several Jalview applets causes race conditions and memory
2611             leaks</li>
2612           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2613             not sent from Jmol in applet</li>
2614           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2615             applet API fatally hang browser</li>
2616         </ul> <em>General</em>
2617         <ul>
2618           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2619             position with wrapped view and hidden regions</li>
2620           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2621             with/without hidden columns</li>
2622           <li>Sequence length given in alignment properties window
2623             is off by 1</li>
2624           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2625             import PDB like structure files</li>
2626           <li>Positional search results are only highlighted
2627             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2628           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2629           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2630             given sequence position</li>
2631           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2632             output</li>
2633           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2634             from nucleotide chains correctly</li>
2635           <li>Structure colours not updated when tree partition
2636             changed in alignment</li>
2637           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2638             parsed in interleaved stockholm</li>
2639           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2640             state</li>
2641           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2642             properly</li>
2643           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2644             properly associated with their pdb files</li>
2645         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2646         <ul>
2647           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2648             ApplyCopyright tool</li>
2649         </ul></td>
2650     </tr>
2651     <tr>
2652       <td>
2653         <div align="center">
2654           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2655         </div>
2656       </td>
2657       <td><em>Application</em>
2658         <ul>
2659           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2660             contact web services</li>
2661           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2662             service job window</li>
2663           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2664         </ul></td>
2665       <td>
2666         <ul>
2667           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2668             pir file emitted by Jalview</li>
2669           <li>Existing feature settings transferred to new
2670             alignment view created from cut'n'paste</li>
2671           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2672             parsing PDB files</li>
2673           <li>Consensus and conservation annotation rows
2674             occasionally become blank for all new windows</li>
2675           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2676             in wrapped view mode</li>
2677         </ul> <em>Application</em>
2678         <ul>
2679           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2680             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2681           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2682             parameter names</li>
2683           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2684             is down</li>
2685         </ul>
2686       </td>
2687     </tr>
2688     <tr>
2689       <td>
2690         <div align="center">
2691           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2692         </div>
2693       </td>
2694       <td><em>Application</em>
2695         <ul>
2696           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2697             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2698             (JABAWS)
2699           </li>
2700           <li>Web Services preference tab</li>
2701           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2702             preferences</li>
2703           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2704           <li>Superpose structures using associated sequence
2705             alignment</li>
2706           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2707             viewer</li>
2708         </ul> <em>Applet</em>
2709         <ul>
2710           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2711             link out mechanism</li>
2712         </ul> <em>Other</em>
2713         <ul>
2714           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2715             series 12</li>
2716           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2717             require Java 1.5</li>
2718           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2719             sequence annotation files</li>
2720           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2721             type colour specification</li>
2722           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2723             script to check if it being run in an interactive session or
2724             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2725         </ul></td>
2726       <td>
2727         <ul>
2728           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2729             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2730         </ul> <em>Application</em>
2731         <ul>
2732           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2733             selected Regions menu item</li>
2734           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2735             part of a valid accession ID</li>
2736           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2737             runs out of memory</li>
2738           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2739             analysis results</li>
2740           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2741             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2742           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2743         </ul> <em>Applet</em>
2744         <ul>
2745           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2746             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2747             defined.</li>
2748         </ul>
2749       </td>
2750     </tr>
2751     <tr>
2752       <td>
2753         <div align="center">
2754           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2755         </div>
2756       </td>
2757       <td></td>
2758       <td>
2759         <ul>
2760           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2761             sequence IDs</li>
2762           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2763             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2764           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2765             import correctly</li>
2766           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2767             number of columns are hidden</li>
2768           <li>annotation label popup menu not providing correct
2769             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2770             present</li>
2771           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2772             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2773           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2774             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2775
2776         </ul> <em>Applet</em>
2777         <ul>
2778           <li>annotation panel disappears when annotation is
2779             hidden/removed</li>
2780         </ul> <em>Application</em>
2781         <ul>
2782           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2783             alignment opened where annotation panel is visible but no
2784             annotations are present on alignment</li>
2785           <li>pasted region containing hidden columns is
2786             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2787           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2788             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2789           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2790             selected Rregions menu item.</li>
2791           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2792             'Un' or 'Non'conserved</li>
2793           <li>Sequence feature settings are being shared by
2794             multiple distinct alignments</li>
2795           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2796             changed</li>
2797           <li>double click on group annotation to select sequences
2798             does not propagate to associated trees</li>
2799           <li>Mac OSX specific issues:
2800             <ul>
2801               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2802                 window background</li>
2803               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2804                 name set correctly</li>
2805               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2806                 save feature colourscheme button</li>
2807             </ul>
2808           </li>
2809         </ul>
2810       </td>
2811     </tr>
2812     <tr>
2813
2814       <td>
2815         <div align="center">
2816           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2817         </div>
2818       </td>
2819       <td><em>New Capabilities</em>
2820         <ul>
2821           <li>URL links generated from description line for
2822             regular-expression based URL links (applet and application)
2823
2824           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2825             menu</li>
2826           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2827             structures</li>
2828           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2829             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2830           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2831             average score or total feature count for each sequence.</li>
2832           <li>Shading features by score or associated description</li>
2833           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2834             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2835           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2836             hide everything but the currently selected region.</li>
2837           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2838         </ul> <em>Application</em>
2839         <ul>
2840           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2841             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2842           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2843             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2844           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2845             database references and protein_name is parsed as
2846             description line (BioSapiens terms).</li>
2847           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2848             references in sequence ID tooltip from View menu in
2849             application.</li>
2850           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2851       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2852           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2853             conservation plots</li>
2854           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2855             and visualized as sequence logos</li>
2856           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2857             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2858           </li>
2859           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2860             when a new tree is opened.</li>
2861           <li>Jalview Java Console</li>
2862           <li>Better placement of desktop window when moving
2863             between different screens.</li>
2864           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2865             consensus annotation</li>
2866           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2867             Workflows</li>
2868           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2869             <ul>
2870               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2871                 used to preserve views, structures, and tree display
2872                 settings)</li>
2873               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2874                 command line</li>
2875               <li>Sharing of selected regions between views and
2876                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2877               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2878             </ul></li>
2879         </ul> <em>Applet</em>
2880         <ul>
2881           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2882           <li>New Parameters
2883             <ul>
2884               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2885                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2886                 opened.</li>
2887               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2888                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2889               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2890                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2891               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2892                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2893                 view</li>
2894               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2895                 increase the height or width of a cell in the alignment
2896                 grid relative to the current font size.</li>
2897             </ul>
2898           </li>
2899           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2900             tooltip</li>
2901         </ul> <em>Other</em>
2902         <ul>
2903           <li>Features format: graduated colour definitions and
2904             specification of feature scores</li>
2905           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2906             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2907             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2908           <li>XML formats extended to support graduated feature
2909             colourschemes, group associated annotation, and profile
2910             visualization settings.</li></td>
2911       <td>
2912         <ul>
2913           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2914             rather than description</li>
2915           <li>Non-positional features are now included in sequence
2916             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2917             visibility in tooltip).</li>
2918           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2919           <li>Added URL embedding instructions to features file
2920             documentation.</li>
2921           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2922             'X' in peptide product</li>
2923           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2924             sequence ID and sequence string and query strings do not
2925             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2926           <li>AMSA files only contain first column of
2927             multi-character column annotation labels</li>
2928           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2929             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2930             exported and re-imported)</li>
2931           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2932             name</li>
2933           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2934             as subsequence matches, and correctly reports total number
2935             of both.</li>
2936           <li>Application:
2937             <ul>
2938               <li>Better handling of exceptions during sequence
2939                 retrieval</li>
2940               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2941                 link text excludes the start_end suffix</li>
2942               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2943                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2944               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2945               <li>Sequence description lines properly shared via
2946                 VAMSAS</li>
2947               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2948                 data sources</li>
2949               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2950                 completes before alignment figures are generated.</li>
2951               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2952                 first time.</li>
2953               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2954                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2955               <li>User defined group colours properly recovered
2956                 from Jalview projects.</li>
2957             </ul>
2958           </li>
2959         </ul>
2960       </td>
2961
2962     </tr>
2963     <tr>
2964       <td>
2965         <div align="center">
2966           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2967         </div>
2968       </td>
2969       <td>
2970         <ul>
2971           <li>Experimental support for google analytics usage
2972             tracking.</li>
2973           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2974         </ul>
2975       </td>
2976       <td>
2977         <ul>
2978           <li>Race condition in applet preventing startup in
2979             jre1.6.0u12+.</li>
2980           <li>Exception when feature created from selection beyond
2981             length of sequence.</li>
2982           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2983           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2984             all sequences with a given id</li>
2985           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2986             ID string searches</li>
2987           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2988             alignment to fail with exception</li>
2989         </ul> <em>Application Issues</em>
2990         <ul>
2991           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2992           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2993             data sources</li>
2994         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2995         <ul>
2996           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2997             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2998           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2999             version (java class versioning error fixed)</li>
3000         </ul>
3001       </td>
3002     </tr>
3003     <tr>
3004       <td>
3005
3006         <div align="center">
3007           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3008         </div>
3009       </td>
3010       <td><em>User Interface</em>
3011         <ul>
3012           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3013             translation and protein products</li>
3014           <li>Linked highlighting of structure associated with
3015             residue mapping to codon position</li>
3016           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3017             and 'clear' button</li>
3018           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3019             Tools menu</li>
3020           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3021             numeric data in description line</li>
3022           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3023           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3024             of sequence</li>
3025         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3026         <ul>
3027           <li>JPred3 web service</li>
3028           <li>Prototype sequence search client (no public services
3029             available yet)</li>
3030           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3031             PFAM</li>
3032           <li>URL Links created for matching database cross
3033             references as well as sequence ID</li>
3034           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3035         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3036         <ul>
3037           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3038             databases</li>
3039           <li>Generalised database reference retrieval and
3040             validation to all fetchable databases</li>
3041           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3042             sequence command</li>
3043         </ul> <em>Import and Export</em>
3044         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3045         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3046           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3047         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3048           File</li>
3049         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3050           triplet as name of colourscheme</li>
3051         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3052         <ul>
3053           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3054           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3055             alignments (experimental)</li>
3056           <li>Create new or select existing session to join</li>
3057           <li>load and save of vamsas documents</li>
3058         </ul> <em>Application command line</em>
3059         <ul>
3060           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3061             from applet)</li>
3062           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3063             of DAS servers to query for alignment features</li>
3064           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3065             that are also automatically queried for features</li>
3066           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3067             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3068         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3069         <ul>
3070           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3071             application (when using &quot;View in full
3072             application&quot;)</li>
3073         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3074         <ul>
3075           <li>feature group display control parameter</li>
3076           <li>debug parameter</li>
3077           <li>showbutton parameter</li>
3078         </ul> <em>Applet API methods</em>
3079         <ul>
3080           <li>newView public method</li>
3081           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3082           <li>Feature display control methods</li>
3083           <li>get list of currently selected sequences</li>
3084         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3085         <ul>
3086           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3087           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3088             Jalview release.</li>
3089           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3090             property controls execution of obfuscator</li>
3091           <li>Build target for generating source distribution</li>
3092           <li>Debug flag for javacc</li>
3093           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3094             jalview.bin.Cache</li>
3095           <li>Continuous Build Integration for stable and
3096             development version of Application, Applet and source
3097             distribution</li>
3098         </ul></td>
3099       <td>
3100         <ul>
3101           <li>selected region output includes visible annotations
3102             (for certain formats)</li>
3103           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3104             for editing</li>
3105           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3106           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3107           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3108           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3109             comments</li>
3110           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3111             filenames containing a ':'</li>
3112           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3113             global sequence features</li>
3114           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3115             references from alignment sequences goes to zero</li>
3116           <li>Close of tree branch colour box without colour
3117             selection causes cascading exceptions</li>
3118           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3119           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3120             file parsing fails.</li>
3121           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3122           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3123             not a valid output format</li>
3124           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3125             vamsas</li>
3126           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3127           <li>error messages passed up and output when data read
3128             fails</li>
3129           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3130             sequence is edited</li>
3131           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3132             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3133           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3134             filetype</li>
3135           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3136             import fixed for PFAM records</li>
3137           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3138             window list</li>
3139           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3140             can be read and written correctly to annotation file</li>
3141           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3142             correctly</li>
3143           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3144             non-italic font for representatives in Applet</li>
3145           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3146             Macs.</li>
3147           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3148             Applet)</li>
3149           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3150             due to null pointer exceptions</li>
3151           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3152             first column of alignment</li>
3153           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3154             July 2008</li>
3155           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3156             file is case-insensitive</li>
3157           <li>Sequence features read from Features file appended to
3158             all sequences with matching IDs</li>
3159           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3160             containing a sub-sequence</li>
3161           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3162           <li>feature and annotation file applet parameters
3163             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3164           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3165           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3166             splash-screen version check to complete</li>
3167           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3168             when passing them to the launchApp service</li>
3169           <li>display name and local features preserved in results
3170             retrieved from web service</li>
3171           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3172             sequence fetcher initialisation</li>
3173           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3174             dasobert DAS client</li>
3175           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3176             association</li>
3177           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3178             sequences
3179           </li>
3180         </ul>
3181       </td>
3182     </tr>
3183     <tr>
3184       <td>
3185         <div align="center">
3186           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3187         </div>
3188       </td>
3189       <td>
3190         <ul>
3191           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3192           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3193           <li>Slide sequences</li>
3194           <li>Edit sequence in place</li>
3195           <li>EMBL CDS features</li>
3196           <li>DAS Feature mapping</li>
3197           <li>Feature ordering</li>
3198           <li>Alignment Properties</li>
3199           <li>Annotation Scores</li>
3200           <li>Sort by scores</li>
3201           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3202         </ul>
3203       </td>
3204       <td>
3205         <ul>
3206           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3207           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3208           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3209           <li>Feature group display state in XML</li>
3210           <li>Feature ordering in XML</li>
3211           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3212           <li>Stockholm alignment properties</li>
3213           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3214           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3215           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3216           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3217         </ul>
3218       </td>
3219
3220     </tr>
3221     <tr>
3222       <td>
3223         <div align="center">
3224           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3225         </div>
3226       </td>
3227       <td>
3228         <ul>
3229           <li>Non standard characters can be read and displayed
3230           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3231             applet via textbox
3232           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3233             name &amp; description
3234           <li>Preference setting to display sequence name in
3235             italics
3236           <li>Annotation file format extended to allow
3237             Sequence_groups to be defined
3238           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3239             specified in preferences
3240           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3241             sequences
3242         </ul>
3243       </td>
3244       <td>
3245         <ul>
3246           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3247             installed
3248           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3249           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3250         </ul>
3251       </td>
3252     </tr>
3253     <tr>
3254       <td>
3255         <div align="center">
3256           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3257         </div>
3258       </td>
3259       <td>
3260         <ul>
3261           <li>Multiple views on alignment
3262           <li>Sequence feature editing
3263           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3264           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3265           <li>Background dependent text colour
3266           <li>Right align sequence ids
3267           <li>User-defined lower case residue colours
3268           <li>Format Menu
3269           <li>Select Menu
3270           <li>Menu item accelerator keys
3271           <li>Control-V pastes to current alignment
3272           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3273           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3274           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3275
3276           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3277         </ul>
3278       </td>
3279       <td>
3280         <ul>
3281           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3282           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3283             calculations
3284           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3285             edits
3286           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3287             of alignment)
3288           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3289
3290           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3291             display correctly
3292           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3293           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3294             analysis results
3295           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3296             &#8739;
3297           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3298           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3299           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3300
3301         </ul>
3302       </td>
3303     </tr>
3304     <tr>
3305       <td>
3306         <div align="center">
3307           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3308         </div>
3309       </td>
3310       <td>
3311         <ul>
3312           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3313         </ul>
3314       </td>
3315       <td>
3316         <ul>
3317           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3318             sequence id panel has been resized</li>
3319           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3320             rendered</li>
3321           <li>Annotation files with sequence references - all
3322             elements in file are relative to sequence position</li>
3323           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3324         </ul>
3325       </td>
3326     </tr>
3327     <tr>
3328       <td>
3329         <div align="center">
3330           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3331         </div>
3332       </td>
3333       <td>
3334         <ul>
3335           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3336           <li>DAS Feature fetching</li>
3337           <li>Hide sequences and columns</li>
3338           <li>Export Annotations and Features</li>
3339           <li>GFF file reading / writing</li>
3340           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3341             files</li>
3342           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3343           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3344           <li>Applet can launch the full application</li>
3345           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3346             required)</li>
3347           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3348           <li>Applet can load sequences from parameter
3349             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3350           </li>
3351         </ul>
3352       </td>
3353       <td>
3354         <ul>
3355           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3356           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3357           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3358         </ul>
3359       </td>
3360     </tr>
3361     <tr>
3362       <td>
3363         <div align="center">
3364           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3365         </div>
3366       </td>
3367       <td>
3368         <ul>
3369           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3370           <li>Choose to match case when searching</li>
3371           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3372             expand the visible width and height of the alignment</li>
3373         </ul>
3374       </td>
3375       <td>
3376         <ul>
3377           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3378         </ul>
3379       </td>
3380     </tr>
3381     <tr>
3382       <td>
3383         <div align="center">
3384           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3385         </div>
3386       </td>
3387       <td>&nbsp;</td>
3388       <td>
3389         <ul>
3390           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3391           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3392             value</li>
3393         </ul>
3394       </td>
3395     </tr>
3396     <tr>
3397       <td>
3398         <div align="center">
3399           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3400         </div>
3401       </td>
3402       <td>
3403         <ul>
3404           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3405           <li>Keyboard editing</li>
3406           <li>Create sequence features from searches</li>
3407           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3408             alignments</li>
3409           <li>Features file allows grouping of features</li>
3410           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3411           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3412           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3413         </ul>
3414       </td>
3415       <td>
3416         <ul>
3417           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3418           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3419             descriptions saved.</li>
3420         </ul>
3421       </td>
3422     </tr>
3423     <tr>
3424       <td>
3425         <div align="center">
3426           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3427         </div>
3428       </td>
3429       <td>
3430         <ul>
3431           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3432           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3433           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3434             name for file output</li>
3435           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3436           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3437             used for HTML form input</li>
3438         </ul>
3439       </td>
3440       <td>
3441         <ul>
3442           <li>HTML output writes groups and features</li>
3443           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3444           <li>File IO bugs</li>
3445         </ul>
3446       </td>
3447     </tr>
3448     <tr>
3449       <td>
3450         <div align="center">
3451           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3452         </div>
3453       </td>
3454       <td>
3455         <ul>
3456           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3457           <li>More options for PCA viewer</li>
3458         </ul>
3459       </td>
3460       <td>
3461         <ul>
3462           <li>GUI bugs resolved</li>
3463           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3464         </ul>
3465       </td>
3466     </tr>
3467     <tr>
3468       <td height="63">
3469         <div align="center">
3470           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3471         </div>
3472       </td>
3473       <td>
3474         <ul>
3475           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3476           <li>Jar files are executable</li>
3477           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3478         </ul>
3479       </td>
3480       <td>
3481         <ul>
3482           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3483           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3484           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3485         </ul>
3486       </td>
3487     </tr>
3488     <tr>
3489       <td>
3490         <div align="center">
3491           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3492         </div>
3493       </td>
3494       <td>
3495         <ul>
3496           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3497         </ul>
3498       </td>
3499       <td>
3500         <ul>
3501           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3502         </ul>
3503       </td>
3504     </tr>
3505     <tr>
3506       <td>
3507         <div align="center">
3508           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3509         </div>
3510       </td>
3511       <td>
3512         <ul>
3513           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3514             size</li>
3515         </ul>
3516       </td>
3517       <td>
3518         <ul>
3519           <li>Improved JPred client reliability</li>
3520           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3521         </ul>
3522       </td>
3523     </tr>
3524     <tr>
3525       <td>
3526         <div align="center">
3527           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3528         </div>
3529       </td>
3530       <td>
3531         <ul>
3532           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3533           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3534           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3535             to Colour Menu</li>
3536           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3537           <li>Unix users can set default web browser</li>
3538           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3539           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3540         </ul>
3541       </td>
3542       <td>
3543         <ul>
3544           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3545         </ul>
3546       </td>
3547     </tr>
3548     <tr>
3549       <td>
3550         <div align="center">
3551           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3552         </div>
3553       </td>
3554       <td>&nbsp;</td>
3555       <td>
3556         <ul>
3557           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3558             alignment order.</li>
3559         </ul>
3560       </td>
3561     </tr>
3562     <tr>
3563       <td>
3564         <div align="center">
3565           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3566         </div>
3567       </td>
3568       <td>
3569         <ul>
3570           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3571           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3572           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3573             annotations.</li>
3574           <li>Version and build date written to build properties
3575             file.</li>
3576           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3577             at launch of Jalview.</li>
3578         </ul>
3579       </td>
3580       <td>
3581         <ul>
3582           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3583           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3584           <li>Can remove groups one by one.</li>
3585           <li>Filechooser icons installed.</li>
3586           <li>Finder ignores return character when searching.
3587             Return key will initiate a search.<br>
3588           </li>
3589         </ul>
3590       </td>
3591     </tr>
3592     <tr>
3593       <td>
3594         <div align="center">
3595           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3596         </div>
3597       </td>
3598       <td>
3599         <ul>
3600           <li>New codebase</li>
3601         </ul>
3602       </td>
3603       <td>&nbsp;</td>
3604     </tr>
3605   </table>
3606   <p>&nbsp;</p>
3607 </body>
3608 </html>