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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84           <li><!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be omitted in Overview</li>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  87               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
  91               extension when importing structure files without embedded
  92               names or PDB accessions
  93             </li>
  94           </ul>
  95           <em>Application</em>
  96           <ul>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2447 -->
  99               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
 100               menu to hide or show untested features in the application.
 101             </li>
 102             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
 103           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
 104           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
 105           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 106           </ul>
 107           <em>Experimental features</em>
 108           <ul>
 109             <li>
 110               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 111               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 112               features, and vice-versa.
 113             </li>
 114           </ul>
 115           <em>Applet</em>
 116           <ul>
 117           <li><!--  --></li>
 118           </ul>
 119           <em>Test Suite</em>
 120           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite</li>
 121           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 122           <li><!--  -->
 123           </ul>
 124           </div></td><td><div align="left">
 125           <em>General</em>
 126           <ul>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 129               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 130               this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 134               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 135               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 136               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 137               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 138               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 139               Jalview's PCAs were different to those produced by
 140               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 141               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 142               behaviour<br />
 143               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 144               2.10.1 mode<br />
 145               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 146               restore 2.10.2 mode
 147             </li>
 148             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 149           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 150           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 151           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 152           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 153           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 154           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 155           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 156           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 157           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 158           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 159           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 160           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 161           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 162           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 163           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 164           <li><!-- JAL-2563 -->Sequence position for ambiguous codon not shown in status bar</li>
 165           </ul>
 166           <em>Application</em>
 167           <ul>
 168           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 169           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 170           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 171           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 172           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 173           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 174           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 175           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 176           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 177           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 178           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 179           <li><!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL</li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 182               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 183               the project is loaded and the structure viewed
 184             </li>
 185           </ul>
 186           <em>Applet</em>
 187           <ul>
 188           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 189           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 190           <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
 191           </ul>
 192           <em>New Known Issues</em>
 193           <ul>
 194           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 195           <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 196           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 197           </ul>
 198
 199           </div>
 200     <tr>
 201       <td width="60" nowrap>
 202         <div align="center">
 203           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 204             <em>29/11/2016</em></strong>
 205         </div>
 206       </td>
 207       <td><div align="left">
 208           <em>General</em>
 209           <ul>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 212               for all consensus calculations
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 216             </li>
 217             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 218               for 2016-2017</li>
 219           </ul>
 220           <em>Application</em>
 221           <ul>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 224               set of database cross-references, sorted alphabetically
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 228               from database cross references. Users with custom links
 229               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 230                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 234               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 235               Chimera session
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 239               the Chimera it is connected to is shut down
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 243               columns menu item to mark columns containing
 244               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 245               of a Find operation)
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 249               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 250               MSAviewer
 251             </li>
 252           </ul>
 253         </div></td>
 254       <td>
 255         <div align="left">
 256           <em>General</em>
 257           <ul>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 260               are not coloured or thresholded according to percent
 261               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 265               hydrophobic
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 269               threshold, amino acid properties)
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 273               reported as mapped to residues in a structure file in the
 274               View Mapping report
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 278               could be added multiple times to a sequence
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 282               bond features shown as two highlighted residues rather
 283               than a range in linked structure views, and treated
 284               correctly when selecting and computing trees from features
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 288               cross-references are matched to database name regardless
 289               of case
 290             </li>
 291
 292           </ul>
 293           <em>Application</em>
 294           <ul>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 297               names without regular expressions also offer links from
 298               Sequence ID
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 302               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 303               update Jalview configuration
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 307               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 311               files with similarly named sequences if dropped onto the
 312               alignment
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 316               entries where more chains exist in the PDB accession than
 317               are reported in the SIFTS file
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 321               the structure view when displayed with Chimera
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 325               panel's View->Show Chains submenu
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 329               work for wrapped alignment views
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 333               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 337               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 338               first annotation row
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 342               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 343             </li>
 344             <li>
 345             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 346             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 347           </ul>
 348 <!--           <em>New Known Issues</em>
 349           <ul>
 350             <li></li>
 351           </ul> -->
 352         </div>
 353       </td>
 354     </tr>
 355       <td width="60" nowrap>
 356         <div align="center">
 357           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 358             <em>25/10/2016</em></strong>
 359         </div>
 360       </td>
 361       <td><em>Application</em>
 362         <ul>
 363           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 364             view if structures already loaded</li>
 365           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 366             structure views</li>
 367         </ul></td>
 368       <td>
 369         <div align="left">
 370           <em>General</em>
 371           <ul>
 372             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 373               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 374             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 375               example sequences/projects/trees</li>
 376           </ul>
 377           <em>Application</em>
 378           <ul>
 379             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 380               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 381             <li>Multiple structure views can be opened and
 382               superposed without timeout for structures with multiple
 383               models or multiple sequences in alignment</li>
 384             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 385               a PDB ID HEADER line</li>
 386             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 387               superposition is performed</li>
 388             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 389               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 390             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 391             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 392               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 393               Refs UI option</li>
 394             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 395               view is created on the alignment</li>
 396             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 397               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 398               to open group pop-up menu</li>
 399           </ul>
 400           <em>Build and deployment</em>
 401           <ul>
 402             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 403               tags</li>
 404           </ul>
 405           <em>New Known Issues</em>
 406           <ul>
 407             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 408               work on Windows</li>
 409           </ul>
 410         </div>
 411       </td>
 412     </tr>
 413     <tr>
 414       <td width="60" nowrap>
 415         <div align="center">
 416           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 417         </div>
 418       </td>
 419       <td><em>General</em>
 420         <ul>
 421           <li>
 422           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 426             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 427             better PDB parsing.
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 431             reference sequence
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 435             mousing over sequence associated annotation
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 439             for manual entry
 440           </li>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 443             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 444             for each column
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 448             showing or hiding columns containing a feature
 449           </li>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 452             group and sequence associated annotation labels
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 456             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 457             dialogs
 458           </li>
 459
 460         </ul> <em>Application</em>
 461         <ul>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 464             gene/transcript view
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 468             dialog
 469           </li>
 470           <li>
 471             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 472             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 476             Pfam sources to xfam.org
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 483             over sequences in Jalview
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 487             regions in ENA and EMBL
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 491             for record retrieval via ENA rest API
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 495             complement operator
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 499             groovy script execution
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 503             alignment window's Calculate menu
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 507             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 511             calculation workers from groovy scripts
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 515             Jalview projects
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 519             associations are now saved/restored from project
 520           </li>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 523             before sequence fetcher is opened
 524           </li>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 527             database chooser opens a sequence fetcher
 528           </li>
 529           <li>
 530             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 531             the UniProt REST API
 532           </li>
 533           <li>
 534             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 535             the news reader opening
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 539             querying stored in preferences
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 543             search results
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 550             menu for nucleotide sequences
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 554             and feature counts preserves alignment ordering (and
 555             debugged for complex feature sets).
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 559             viewing structures with Jalview 2.10
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 563             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 564             Ensembl Genomes REST API
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 568             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 569             (Ensembl)
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 573             sequences
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 577             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 578             data from external database records.
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 582             efficient recovery of sequence coding and alignment
 583             annotation relationships.
 584           </li>
 585         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 586         <ul>
 587           <li>
 588             -- JAL---
 589           </li>
 590         </ul> --></td>
 591       <td>
 592         <div align="left">
 593           <em>General</em>
 594           <ul>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 597               menu on OSX
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 601               includes graduated colourschemes
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 605               working with big alignments and lots of hidden columns
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 609               at right of alignment window
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 613               contents
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 617               for DNA alignments
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 621               based tree calculation
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 625               unconserved enabled for group on alignment
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 629               set as reference
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 633               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 634               annotation
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 638               hidden columns present
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 642               user created annotation added to alignment
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 646               '()' base pair annotation
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 650               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 651               Consensus
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 655               feature not working
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 659               beginning of sequence
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 663               entry 3a6s
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 667               from a tree when t-coffee scores are shown
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 671               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 675               some structures
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 679               to Clustal, PIR and PileUp output
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 683               not visible causes alignment window to repaint
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 687               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 688               scores associated with features and annotation rows
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 692               calculation should be case independent
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 696               columns
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 700               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 701               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 705               problems when reference sequence defined and 'show
 706               non-conserved' enabled
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 710               load even when Consensus calculation is disabled
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 714               alignment does nothing
 715             </li>
 716           </ul>
 717           <em>Application</em>
 718           <ul>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 721               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 722               yet fixed for El Capitan)
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 726               output when running on non-gb/us i18n platforms
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 730               hidden sequences as flat-file alignment
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 734               launching Chimera
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 738               (also hotfix for 2.9.0b2)
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 742               reference sequence defined
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 746               alignments and views when revealing hidden columns
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 750               view in a cDNA/Protein splitframe
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 754               sequence from project when only one sequence is
 755               represented
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 759               in Structure Chooser
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 763               structure consensus didn't refresh annotation panel
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 767               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 771               dialogs format columns correctly, don't display array
 772               data, sort columns according to type
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 776               file chooser is cancelled during an image export
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 780               sequence name containing special characters
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 784               case insensitive
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 788               formatting don't wrap
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 792               truncated so L looks like I in consensus annotation
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 796               currently displayed features for the current selection or
 797               view
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 801               after fetching cross-references, and restoring from project
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 805               followed in the structure viewer
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 809               splitframe not restored from project
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 813               trailing end of protein alignment in transcript/product
 814               splitview when pad-gaps not enabled by default
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 818               is case dependent
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 822               article has been read (reopened issue due to
 823               internationalisation problems)
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 827               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 828               cross-references
 829             </li>
 830
 831             <li>
 832               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 833               alignment as HTML
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 837               multiple structures are shown for one or more sequences.
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 841               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 842               is enabled.
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 846               specific PDB id for sequence
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 850               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 851               columns' is disabled.
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 855               selects lowest rather than highest resolution structures
 856               for each sequence
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 860               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 864               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 865             </li>
 866             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 867               after clicking on it to create new annotation for a
 868               column.
 869             </li>
 870             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 871             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 872           </ul>
 873           <em>Applet</em>
 874           <ul>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 877               hidden columns present before start of sequence
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 881               (JSON jars)
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 885               sequences are hidden in applet
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 889               deployment on examples pages.
 890             </li>
 891           </ul>
 892         </div>
 893       </td>
 894     </tr>
 895     <tr>
 896       <td width="60" nowrap>
 897         <div align="center">
 898           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 899             <em>16/10/2015</em></strong>
 900         </div>
 901       </td>
 902       <td><em>General</em>
 903         <ul>
 904           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 905             jars</li>
 906         </ul></td>
 907       <td>
 908         <div align="left">
 909           <em>Application</em>
 910           <ul>
 911             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 912               shown when tree is partitioned</li>
 913             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 914               multiple cDNA/Protein split views</li>
 915           </ul>
 916         </div>
 917       </td>
 918     </tr>
 919     <tr>
 920       <td width="60" nowrap>
 921         <div align="center">
 922           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 923             <em>8/10/2015</em></strong>
 924         </div>
 925       </td>
 926       <td><em>General</em>
 927         <ul>
 928           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 929             2.9</li>
 930         </ul> <em>Application</em>
 931         <ul>
 932           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 933           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 934           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 935         </ul> <em>Applet</em>
 936         <ul>
 937           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 938         </ul><em>Build and Deployment</em>
 939         <ul>
 940           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 941         </ul></td>
 942       <td>
 943         <div align="left">
 944           <em>General</em>
 945           <ul>
 946             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 947               incorrect when sequence start > 1</li>
 948             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 949               documentation</li>
 950             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 951             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 952               loading a features file containing HTML tags in feature
 953               description</li>
 954
 955           </ul>
 956           <em>Application</em>
 957           <ul>
 958             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 959               reimport</li>
 960             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 961               with 'trim retrieved sequences'</li>
 962             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 963               deleting selected columns</li>
 964             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 965               JNLP templates for webstart launch</li>
 966             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 967               unreleased structures for download or viewing</li>
 968             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 969               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 970             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 971               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 972             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 973               recovered from jalview project</li>
 974             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 975               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 976               alignment view</li>
 977             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 978               color schemes from BioJSON</li>
 979           </ul>
 980           <em>Applet</em>
 981           <ul>
 982             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 983               frame</li>
 984             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 985           </ul>
 986         </div>
 987       </td>
 988     </tr>
 989     <tr>
 990       <td><div align="center">
 991           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 992         </div></td>
 993       <td><em>General</em>
 994         <ul>
 995           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 996             alignments:
 997             <ul>
 998               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 999                 and DNA alignment views</li>
1000               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1001                 cDNA alignment views</li>
1002               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1003                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1004               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1005                 protein sequences</li>
1006             </ul>
1007           </li>
1008           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1009           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1010             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1011           <li>New alignment annotation file statements for
1012             reference sequences and marking hidden columns</li>
1013           <li>Reference sequence based alignment shading to
1014             highlight variation</li>
1015           <li>Select or hide columns according to alignment
1016             annotation</li>
1017           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1018           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1019             acid conservation row</li>
1020           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1021         </ul> <em>Application</em>
1022         <ul>
1023           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1024             <ul>
1025               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1026                 view with cDNA/Protein</li>
1027               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1028                 sequences are placed in the same alignment</li>
1029               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1030                 projects</li>
1031             </ul>
1032           </li>
1033
1034           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1035           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1036             Jalview windows</li>
1037
1038           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1039           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1040           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1041             be shown in VARNA</li>
1042
1043           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1044             as the active selected region</li>
1045
1046           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1047             similarity</li>
1048           <li>New Export options
1049             <ul>
1050               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1051                 region export in flat file generation</li>
1052
1053               <li>Export alignment views for display with the <a
1054                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1055
1056               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1057               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1058                 alignment figures to HTML</li>
1059           </li>
1060           <li>3D structure retrieval and display
1061             <ul>
1062               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1063                 Search API</li>
1064               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1065                 PDB structures for a sequence set</li>
1066             </ul>
1067           </li>
1068
1069           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1070             predictions</li>
1071           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1072             for one or a group of sequences</li>
1073           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1074             from the JPred4 web server</li>
1075           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1076             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1077             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1078           </li>
1079           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1080             VARNA 2D Structure'</li>
1081           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1082             Structure ..."</li>
1083
1084         </ul> <em>Applet</em>
1085         <ul>
1086           <li>New layout for applet example pages</li>
1087           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1088             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1089           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1090             Protein alignments</li>
1091         </ul> <em>Development and deployment</em>
1092         <ul>
1093           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1094           <li>Include installation type and git revision in build
1095             properties and console log output</li>
1096           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1097             storing BioJsMSA Templates</li>
1098           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1099         </ul></td>
1100       <td>
1101         <!-- <em>General</em>
1102         <ul>
1103         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1104         <ul>
1105           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1106           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1107           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1108             predictions are not highlighted in amber</li>
1109           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1110             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1111           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1112             associated structure views</li>
1113           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1114             width checkbox not enabled</li>
1115           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1116             creating user defined colours</li>
1117           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1118             mappings for just that viewer's sequences</li>
1119           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1120             multiple models in Chimera</li>
1121           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1122             over Jmol structure</li>
1123           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1124             output to text box</li>
1125           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1126             have incorrect sequence start/end</li>
1127           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1128             Jalview fails</li>
1129           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1130             work for nucleotide</li>
1131           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1132             to a grey/invisible alignment window</li>
1133           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1134             imports to different position</li>
1135           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1136             on some platforms</li>
1137           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1138             populated</li>
1139           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1140             console if Chimera has been opened</li>
1141           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1142           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1143             retrieved</li>
1144           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1145           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1146             either sequence shows on first structure</li>
1147           <li>'Show annotations' options should not make
1148             non-positional annotations visible</li>
1149           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1150             in right place after 'view flanking regions'</li>
1151           <li>File Save As type unset when current file format is
1152             unknown</li>
1153           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1154             projects</li>
1155           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1156             responsive</li>
1157           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1158             several views on same alignment</li>
1159           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1160           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1161             spaces</li>
1162         </ul> <em>Applet</em>
1163         <ul>
1164           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1165           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1166             descriptions containing angle brackets</li>
1167         </ul> <em>General</em>
1168         <ul>
1169           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1170             via jalview annotation file</li>
1171           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1172             with RNA secondary structure</li>
1173           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1174             translation doesn't work.</li>
1175           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1176           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1177             positions</li>
1178           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1179             choosing 1pt font</li>
1180           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1181             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1182             'h'</li>
1183           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1184             new feature</li>
1185           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1186             order dependent</li>
1187           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1188             sequences</li>
1189           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1190         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1191         <ul>
1192           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1193             www.jalview.org</li>
1194         </ul> <em>Application Known issues</em>
1195         <ul>
1196           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1197           <li>Misleading message appears after trying to delete
1198             solid column.</li>
1199           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1200             version launches</li>
1201           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1202             fails with a sequence mismatch</li>
1203           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1204             scrolling alignment to right</li>
1205           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1206             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1207           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1208             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1209           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1210             ultra-high resolution</li>
1211           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1212             quality and conservation</li>
1213           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1214             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1215         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1216         <ul>
1217           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1218           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1219             window is being resized</li>
1220
1221         </ul>
1222       </td>
1223     </tr>
1224     <tr>
1225       <td><div align="center">
1226           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1227         </div></td>
1228       <td><em>General</em>
1229         <ul>
1230           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1231             Certum.PL.</li>
1232           <li>Features and annotation preserved when performing
1233             pairwise alignment</li>
1234           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1235             imported/exported/displayed</li>
1236           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1237             protein secondary structure</li>
1238           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1239               post-hoc with 2.9 release</em>)
1240           </li>
1241
1242         </ul> <em>Application</em>
1243         <ul>
1244           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1245             with 3D structures</li>
1246           <li>Support for parsing RNAML</li>
1247           <li>Annotations menu for layout
1248             <ul>
1249               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1250               <li>place sequence annotation above/below alignment
1251                 annotation</li>
1252             </ul>
1253           <li>Output in Stockholm format</li>
1254           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1255             translation</li>
1256           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1257           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1258             shared between alignments</li>
1259           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1260             Jalview</li>
1261           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1262             all or current selection</li>
1263           <li>disorder and secondary structure predictions
1264             available as dataset annotation</li>
1265           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1266
1267
1268           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1269             alignments from Rfam</li>
1270           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1271
1272           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1273             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1274           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1275           <li>include installation type in build properties and
1276             console log output</li>
1277           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1278             annotation</li>
1279         </ul></td>
1280       <td>
1281         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1282         <ul>
1283           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1284             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1285           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1286             alignment</li>
1287           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1288           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1289           <li>Double click on sequence associated annotation
1290             selects only first column</li>
1291           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1292             leaves shown in tree</li>
1293           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1294             properly</li>
1295           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1296           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1297             screen and buttons not visible</li>
1298           <li>author list isn't updated if already written to
1299             Jalview properties</li>
1300           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1301             from database</li>
1302           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1303           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1304             browser search window</li>
1305           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1306             in feature settings dialog</li>
1307           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1308             desktop</li>
1309           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1310             pass validation</li>
1311           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1312             fit on screen</li>
1313           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1314             tooltip</li>
1315           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1316             defined user preset</li>
1317           <li>MSA web services warns user if they were launched
1318             with invalid input</li>
1319           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1320             Java 8</li>
1321           <li>
1322             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1323             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1324             created
1325           </li>
1326
1327         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1328                                 <ul>
1329                                 </ul> <em>General</em>
1330                                 <ul>
1331                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1332         <ul>
1333           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1334             memory allocation</li>
1335           <li>launchApp service doesn't automatically open
1336             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1337           <li>
1338             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1339             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1340             1.7_055 is available
1341           </li>
1342         </ul> <em>Application Known issues</em>
1343         <ul>
1344           <li>
1345             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1346             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1347             alignment to right
1348           </li>
1349           <li>
1350             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1351             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1352             with large number of ID
1353           </li>
1354           <li>
1355             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1356             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1357             start/end
1358           </li>
1359           <li>
1360             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1361             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1362             structure tracks are rearranged
1363           </li>
1364           <li>
1365             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1366             invalid rna structure positional highlighting does not
1367             highlight position of invalid base pairs
1368           </li>
1369           <li>
1370             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1371             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1372             project from alignment window file menu
1373           </li>
1374           <li>
1375             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1376             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1377             structures
1378           </li>
1379           <li>
1380             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1381             colour by RNA Helices not enabled when user created
1382             annotation added to alignment
1383           </li>
1384           <li>
1385             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1386             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1387           </li>
1388         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1389         <ul>
1390           <li>
1391             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1392             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1393           </li>
1394           <li>
1395             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1396             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1397           </li>
1398
1399           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1400             when selected</li>
1401         </ul>
1402       </td>
1403     </tr>
1404     <tr>
1405       <td><div align="center">
1406           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1407         </div></td>
1408       <td>
1409         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1410         <em>General</em>
1411         <ul>
1412           <li>Internationalisation of user interface (usually
1413             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1414           <li>Define/Undefine group on current selection with
1415             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1416           <li>Improved group creation/removal options in
1417             alignment/sequence Popup menu</li>
1418           <li>Sensible precision for symbol distribution
1419             percentages shown in logo tooltip.</li>
1420           <li>Annotation panel height set according to amount of
1421             annotation when alignment first opened</li>
1422         </ul> <em>Application</em>
1423         <ul>
1424           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1425             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1426           <li>Select columns containing particular features from
1427             Feature Settings dialog</li>
1428           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1429             sequences</li>
1430           <li>Update Jalview project format:
1431             <ul>
1432               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1433               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1434                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1435               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1436                 colouring</li>
1437             </ul>
1438           </li>
1439           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1440             (PAM250)</li>
1441           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1442             flanking regions for an alignment</li>
1443         </ul>
1444       </td>
1445       <td>
1446         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1447         <ul>
1448           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1449             running after job is cancelled</li>
1450           <li>cannot export features from alignments imported from
1451             Jalview/VAMSAS projects</li>
1452           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1453             float values</li>
1454           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1455             have 'display all symbols' flag set</li>
1456           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1457             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1458           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1459             Jalview</li>
1460           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1461             Lion/Webstart</li>
1462           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1463           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1464           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1465             alignment onto desktop</li>
1466           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1467             'extract scores' function</li>
1468           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1469             alignment window</li>
1470           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1471             performing IUPred disorder prediction</li>
1472           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1473             changing 'normalise logo' display setting</li>
1474           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1475             nothing matches query</li>
1476           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1477             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1478           </li>
1479           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1480             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1481           </li>
1482           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1483             Jalview's menu</li>
1484           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1485             'invalid literal/length code'</li>
1486           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1487             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1488           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1489             colourscheme</li>
1490
1491         </ul> <em>Applet</em>
1492         <ul>
1493           <li>Remove group option is shown even when selection is
1494             not a group</li>
1495           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1496             don't affect groups</li>
1497           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1498             colourscheme name</li>
1499           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1500             Annotation panel is not displayed</li>
1501           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1502             embedded windows</li>
1503         </ul> <em>Other</em>
1504         <ul>
1505           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1506             single sequence were not calculated</li>
1507           <li>annotation files that contain only groups imported as
1508             annotation and junk sequences</li>
1509           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1510             recognised as PFAM or BLC</li>
1511           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1512             doesn't affect background (2.8.0b1)
1513           <li></li>
1514           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1515           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1516             trailing gaps</li>
1517           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1518             registered correctly on import</li>
1519           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1520             certain alignments</li>
1521           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1522             existing annotation based 'use original colours'
1523             colourscheme loses original colours setting</li>
1524         </ul>
1525       </td>
1526     </tr>
1527     <tr>
1528       <td><div align="center">
1529           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1530             <em>30/1/2014</em></strong>
1531         </div></td>
1532       <td>
1533         <ul>
1534           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1535             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1536             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1537             open source project).
1538           </li>
1539           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1540           </li>
1541           <li>Output in Stockholm format</li>
1542           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1543           <li>Export/import group and sequence associated line
1544             graph thresholds</li>
1545           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1546             ambiguity codes</li>
1547           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1548             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1549             works</li>
1550           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1551         </ul> <em>Other improvements</em>
1552         <ul>
1553           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1554           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1555             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1556           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1557             files</li>
1558           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1559           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1560             link but no description</li>
1561           <li>Select primary source when selecting authority in
1562             database fetcher GUI</li>
1563           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1564             Jalview</li>
1565           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1566         </ul>
1567       </td>
1568       <td>
1569         <ul>
1570           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1571             displayed</li>
1572           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1573             secondary structure annotation line</li>
1574           <li>Sequence database accessions not imported when
1575             fetching alignments from Rfam</li>
1576           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1577             identical IDs</li>
1578           <li>View all structures does not always superpose
1579             structures</li>
1580           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1581             reflect user or preset settings</li>
1582           <li>Null pointer exceptions for some services without
1583             presets or adjustable parameters</li>
1584           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1585             discover PDB xRefs</li>
1586           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1587             features with DAS</li>
1588           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1589             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1590           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1591             residue follows a gap</li>
1592           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1593             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1594           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1595             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1596           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1597             annotation already exists on alignment</li>
1598           <li>oninit javascript function should be called after
1599             initialisation completes</li>
1600           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1601             alignment window display</li>
1602           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1603           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1604             to annotation file</li>
1605           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1606             groups created</li>
1607           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1608             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1609           <li>Pressing return several times causes Number Format
1610             exceptions in keyboard mode</li>
1611           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1612             correct partitions for input data</li>
1613           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1614           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1615           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1616           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1617             mode</li>
1618           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1619             changes one row&#39;s threshold</li>
1620           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1621             doesn&#39;t open</li>
1622           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1623             quality histograms</li>
1624         </ul>
1625       </td>
1626     </tr>
1627     <tr>
1628       <td><div align="center">
1629           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1630         </div></td>
1631       <td><em>Application</em>
1632         <ul>
1633           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1634             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1635           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1636             preferences</li>
1637           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1638             in Jalview alignment window</li>
1639           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1640             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1641           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1642             RNA and ambiguity codes</li>
1643
1644           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1645           <li>Support fetching and database reference look up
1646             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1647             refs')</li>
1648           <li>Jalview project improvements
1649             <ul>
1650               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1651                 flag for annotation</li>
1652               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1653                 alignment</li>
1654               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1655                 Jalview project</li>
1656
1657             </ul>
1658           </li>
1659           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1660           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1661             running</li>
1662           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1663           <li>visual indication that web service results are still
1664             being retrieved from server</li>
1665           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1666             starts up for first time</li>
1667           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1668             services</li>
1669           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1670             client library</li>
1671           <li>Examples directory and Groovy library included in
1672             InstallAnywhere distribution</li>
1673         </ul> <em>Applet</em>
1674         <ul>
1675           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1676             visualization applet example</li>
1677         </ul> <em>General</em>
1678         <ul>
1679           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1680           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1681             defaults</li>
1682           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1683             calculation</li>
1684           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1685             matrices
1686           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1687             in HTML</li>
1688           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1689             structure contacts</li>
1690           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1691           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1692           <li>Parse sequence associated secondary structure
1693             information in Stockholm files</li>
1694           <li>HTML Export database accessions and annotation
1695             information presented in tooltip for sequences</li>
1696           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1697             style RNA alignment files</li>
1698           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1699             alignment</li>
1700           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1701             shade each sequence according to its associated alignment
1702             annotation</li>
1703           <li>New Jalview Logo</li>
1704         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1705         <ul>
1706           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1707           <li>New Website!</li>
1708         </ul></td>
1709       <td><em>Application</em>
1710         <ul>
1711           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1712             wsdbfetch REST service</li>
1713           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1714           <li>Filetype associations not installed for webstart
1715             launch</li>
1716           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1717             job execution in full once it is complete</li>
1718           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1719             uploaded via ali_file parameter</li>
1720           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1721           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1722           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1723             submitted for prediction</li>
1724           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1725             desktop window</li>
1726           <li>Putting fractional value into integer text box in
1727             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1728           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1729             windows 7</li>
1730           <li>View all structures fails with exception shown in
1731             structure view</li>
1732           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1733             escaped in a platform independent way</li>
1734           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1735             using proxy</li>
1736           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1737             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1738           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1739             failure when java web start temporary file caching is
1740             disabled</li>
1741           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1742             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1743           <li>Errors during processing of command line arguments
1744             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1745           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1746             DAS sources in sequence fetcher</li>
1747           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1748             dialog is shown</li>
1749           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1750           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1751           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1752           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1753             on OSX Mountain Lion</li>
1754           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1755             sequences with alignment annotation are pasted into the
1756             alignment</li>
1757           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1758             when loaded from Jalview project</li>
1759           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1760           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1761             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1762           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1763             associated with all views</li>
1764           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1765             annotation rows to new window</li>
1766         </ul> <em>Applet</em>
1767         <ul>
1768           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1769             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1770           <li>loading features via javascript API automatically
1771             enables feature display</li>
1772           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1773             work</li>
1774         </ul> <em>General</em>
1775         <ul>
1776           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1777           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1778             and then deselected</li>
1779           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1780           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1781             coloured with clustalx</li>
1782           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1783             exceptions and redraw errors</li>
1784           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1785             reconfigured view</li>
1786           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1787             colour</li>
1788           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1789             for lots of labels</li>
1790         </ul>
1791     </tr>
1792     <tr>
1793       <td>
1794         <div align="center">
1795           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1796         </div>
1797       </td>
1798       <td><em>Application</em>
1799         <ul>
1800           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1801           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1802           <li>View/alignment association menu to enable user to
1803             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1804             its colours/correspondences from</li>
1805           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1806           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1807             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1808           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1809           <li>Annotation row column label formatting attributes
1810             stored in project file</li>
1811           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1812             rows preserved in Jalview project file</li>
1813           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1814             saved using Desktop window menu</li>
1815           <li>Visual indication that command line arguments are
1816             still being processed</li>
1817           <li>Groovy script execution from URL</li>
1818           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1819             preferences</li>
1820           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1821             alignment with sequences that have high similarity and
1822             matching IDs</li>
1823           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1824           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1825             structures in same window</li>
1826           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1827           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1828             analysis function in its own submenu</li>
1829         </ul> <em>Applet</em>
1830         <ul>
1831           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1832             groups</li>
1833           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1834           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1835           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1836           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1837           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1838             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1839           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1840           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1841             parameters are treated as such</li>
1842           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1843             <ul>
1844               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1845               <li>Javascript callbacks for
1846                 <ul>
1847                   <li>Applet initialisation</li>
1848                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1849                 </ul>
1850               </li>
1851               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1852                 functions</li>
1853               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1854               <li>javascript structure viewer harness to pass
1855                 messages between Jmol and Jalview when running as
1856                 distinct applets</li>
1857               <li>sortBy method</li>
1858               <li>Set of applet and application examples shipped
1859                 with documentation</li>
1860               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1861                 javascript message exchange</li>
1862             </ul>
1863         </ul> <em>General</em>
1864         <ul>
1865           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1866             multiple alignments</li>
1867           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1868           <li>User configurable link to enable redirects to a
1869             www.Jalview.org mirror</li>
1870           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1871           <li>Configurable newline string when writing alignment
1872             and other flat files</li>
1873           <li>Allow alignment annotation description lines to
1874             contain html tags</li>
1875         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1876         <ul>
1877           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1878             examples</li>
1879           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1880             using a web service before displaying the result in the
1881             Jalview desktop</li>
1882           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1883           <li>Ant target to publish example html files with applet
1884             archive</li>
1885           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1886           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1887         </ul></td>
1888       <td><em>Application</em>
1889         <ul>
1890           <li>User defined colourscheme throws exception when
1891             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1892           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1893             dialog for valid filename/format</li>
1894           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1895           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1896             P37173</li>
1897           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1898             which sequence is to be associated with the file</li>
1899           <li>Find All raises null pointer exception when query
1900             only matches sequence IDs</li>
1901           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1902           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1903             2.4 cannot be loaded</li>
1904           <li>Filetype associations not installed for webstart
1905             launch</li>
1906           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1907             with sequences in different alignments do not get coloured
1908             by their associated sequence</li>
1909           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1910             not preserved when project is loaded</li>
1911           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1912             stored in Jalview project</li>
1913           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1914             Jalview project</li>
1915           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1916           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1917             by conservation</li>
1918           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1919             created on new view</li>
1920           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1921             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1922           <li>Alignment quality not updated after alignment
1923             annotation row is hidden then shown</li>
1924           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1925             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1926           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1927             properly</li>
1928           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1929             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1930           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1931           <li>Structures imported from file and saved in project
1932             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1933           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1934             job execution in full once it is complete</li>
1935         </ul> <em>Applet</em>
1936         <ul>
1937           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1938             annotation rows are displayed</li>
1939           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1940             codebase</li>
1941           <li>View follows highlighting does not work for positions
1942             in sequences</li>
1943           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1944           <li>Export features raises exception when no features
1945             exist</li>
1946           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1947             for javascript api is modified when separator string
1948             provided as parameter</li>
1949           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1950             alignment with no existing selection</li>
1951           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1952             to applet&#39;s codebase</li>
1953           <li>Status bar not updated after finished searching and
1954             search wraps around to first result</li>
1955           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1956             several Jalview applets causes race conditions and memory
1957             leaks</li>
1958           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1959             not sent from Jmol in applet</li>
1960           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1961             applet API fatally hang browser</li>
1962         </ul> <em>General</em>
1963         <ul>
1964           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1965             position with wrapped view and hidden regions</li>
1966           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1967             with/without hidden columns</li>
1968           <li>Sequence length given in alignment properties window
1969             is off by 1</li>
1970           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1971             import PDB like structure files</li>
1972           <li>Positional search results are only highlighted
1973             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1974           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1975           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1976             given sequence position</li>
1977           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1978             output</li>
1979           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1980             from nucleotide chains correctly</li>
1981           <li>Structure colours not updated when tree partition
1982             changed in alignment</li>
1983           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1984             parsed in interleaved stockholm</li>
1985           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1986             state</li>
1987           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1988             properly</li>
1989           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1990             properly associated with their pdb files</li>
1991         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1992         <ul>
1993           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1994             ApplyCopyright tool</li>
1995         </ul></td>
1996     </tr>
1997     <tr>
1998       <td>
1999         <div align="center">
2000           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2001         </div>
2002       </td>
2003       <td><em>Application</em>
2004         <ul>
2005           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2006             contact web services</li>
2007           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2008             service job window</li>
2009           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2010         </ul></td>
2011       <td>
2012         <ul>
2013           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2014             pir file emitted by Jalview</li>
2015           <li>Existing feature settings transferred to new
2016             alignment view created from cut'n'paste</li>
2017           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2018             parsing PDB files</li>
2019           <li>Consensus and conservation annotation rows
2020             occasionally become blank for all new windows</li>
2021           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2022             in wrapped view mode</li>
2023         </ul> <em>Application</em>
2024         <ul>
2025           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2026             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2027           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2028             parameter names</li>
2029           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2030             is down</li>
2031         </ul>
2032       </td>
2033     </tr>
2034     <tr>
2035       <td>
2036         <div align="center">
2037           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2038         </div>
2039       </td>
2040       <td><em>Application</em>
2041         <ul>
2042           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2043             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2044             (JABAWS)
2045           </li>
2046           <li>Web Services preference tab</li>
2047           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2048             preferences</li>
2049           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2050           <li>Superpose structures using associated sequence
2051             alignment</li>
2052           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2053             viewer</li>
2054         </ul> <em>Applet</em>
2055         <ul>
2056           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2057             link out mechanism</li>
2058         </ul> <em>Other</em>
2059         <ul>
2060           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2061             series 12</li>
2062           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2063             require Java 1.5</li>
2064           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2065             sequence annotation files</li>
2066           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2067             type colour specification</li>
2068           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2069             script to check if it being run in an interactive session or
2070             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2071         </ul></td>
2072       <td>
2073         <ul>
2074           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2075             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2076         </ul> <em>Application</em>
2077         <ul>
2078           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2079             selected Regions menu item</li>
2080           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2081             part of a valid accession ID</li>
2082           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2083             runs out of memory</li>
2084           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2085             analysis results</li>
2086           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2087             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2088           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2089         </ul> <em>Applet</em>
2090         <ul>
2091           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2092             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2093             defined.</li>
2094         </ul>
2095       </td>
2096     </tr>
2097     <tr>
2098       <td>
2099         <div align="center">
2100           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2101         </div>
2102       </td>
2103       <td></td>
2104       <td>
2105         <ul>
2106           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2107             sequence IDs</li>
2108           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2109             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2110           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2111             import correctly</li>
2112           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2113             number of columns are hidden</li>
2114           <li>annotation label popup menu not providing correct
2115             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2116             present</li>
2117           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2118             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2119           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2120             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2121
2122         </ul> <em>Applet</em>
2123         <ul>
2124           <li>annotation panel disappears when annotation is
2125             hidden/removed</li>
2126         </ul> <em>Application</em>
2127         <ul>
2128           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2129             alignment opened where annotation panel is visible but no
2130             annotations are present on alignment</li>
2131           <li>pasted region containing hidden columns is
2132             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2133           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2134             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2135           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2136             selected Rregions menu item.</li>
2137           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2138             'Un' or 'Non'conserved</li>
2139           <li>Sequence feature settings are being shared by
2140             multiple distinct alignments</li>
2141           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2142             changed</li>
2143           <li>double click on group annotation to select sequences
2144             does not propagate to associated trees</li>
2145           <li>Mac OSX specific issues:
2146             <ul>
2147               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2148                 window background</li>
2149               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2150                 name set correctly</li>
2151               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2152                 save feature colourscheme button</li>
2153             </ul>
2154           </li>
2155         </ul>
2156       </td>
2157     </tr>
2158     <tr>
2159
2160       <td>
2161         <div align="center">
2162           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2163         </div>
2164       </td>
2165       <td><em>New Capabilities</em>
2166         <ul>
2167           <li>URL links generated from description line for
2168             regular-expression based URL links (applet and application)
2169
2170
2171
2172
2173
2174
2175           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2176             menu</li>
2177           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2178             structures</li>
2179           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2180             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2181           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2182             average score or total feature count for each sequence.</li>
2183           <li>Shading features by score or associated description</li>
2184           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2185             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2186           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2187             hide everything but the currently selected region.</li>
2188           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2189         </ul> <em>Application</em>
2190         <ul>
2191           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2192             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2193           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2194             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2195           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2196             database references and protein_name is parsed as
2197             description line (BioSapiens terms).</li>
2198           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2199             references in sequence ID tooltip from View menu in
2200             application.</li>
2201           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2202                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2203           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2204             conservation plots</li>
2205           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2206             and visualized as sequence logos</li>
2207           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2208             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2209           </li>
2210           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2211             when a new tree is opened.</li>
2212           <li>Jalview Java Console</li>
2213           <li>Better placement of desktop window when moving
2214             between different screens.</li>
2215           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2216             consensus annotation</li>
2217           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2218             Workflows</li>
2219           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2220             <ul>
2221               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2222                 used to preserve views, structures, and tree display
2223                 settings)</li>
2224               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2225                 command line</li>
2226               <li>Sharing of selected regions between views and
2227                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2228               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2229             </ul></li>
2230         </ul> <em>Applet</em>
2231         <ul>
2232           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2233           <li>New Parameters
2234             <ul>
2235               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2236                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2237                 opened.</li>
2238               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2239                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2240               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2241                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2242               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2243                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2244                 view</li>
2245               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2246                 increase the height or width of a cell in the alignment
2247                 grid relative to the current font size.</li>
2248             </ul>
2249           </li>
2250           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2251             tooltip</li>
2252         </ul> <em>Other</em>
2253         <ul>
2254           <li>Features format: graduated colour definitions and
2255             specification of feature scores</li>
2256           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2257             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2258             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2259           <li>XML formats extended to support graduated feature
2260             colourschemes, group associated annotation, and profile
2261             visualization settings.</li></td>
2262       <td>
2263         <ul>
2264           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2265             rather than description</li>
2266           <li>Non-positional features are now included in sequence
2267             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2268             visibility in tooltip).</li>
2269           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2270           <li>Added URL embedding instructions to features file
2271             documentation.</li>
2272           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2273             'X' in peptide product</li>
2274           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2275             sequence ID and sequence string and query strings do not
2276             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2277           <li>AMSA files only contain first column of
2278             multi-character column annotation labels</li>
2279           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2280             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2281             exported and re-imported)</li>
2282           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2283             name</li>
2284           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2285             as subsequence matches, and correctly reports total number
2286             of both.</li>
2287           <li>Application:
2288             <ul>
2289               <li>Better handling of exceptions during sequence
2290                 retrieval</li>
2291               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2292                 link text excludes the start_end suffix</li>
2293               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2294                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2295               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2296               <li>Sequence description lines properly shared via
2297                 VAMSAS</li>
2298               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2299                 data sources</li>
2300               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2301                 completes before alignment figures are generated.</li>
2302               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2303                 first time.</li>
2304               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2305                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2306               <li>User defined group colours properly recovered
2307                 from Jalview projects.</li>
2308             </ul>
2309           </li>
2310         </ul>
2311       </td>
2312
2313     </tr>
2314     <tr>
2315       <td>
2316         <div align="center">
2317           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2318         </div>
2319       </td>
2320       <td>
2321         <ul>
2322           <li>Experimental support for google analytics usage
2323             tracking.</li>
2324           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2325         </ul>
2326       </td>
2327       <td>
2328         <ul>
2329           <li>Race condition in applet preventing startup in
2330             jre1.6.0u12+.</li>
2331           <li>Exception when feature created from selection beyond
2332             length of sequence.</li>
2333           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2334           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2335             all sequences with a given id</li>
2336           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2337             ID string searches</li>
2338           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2339             alignment to fail with exception</li>
2340         </ul> <em>Application Issues</em>
2341         <ul>
2342           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2343           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2344             data sources</li>
2345         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2346         <ul>
2347           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2348             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2349           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2350             version (java class versioning error fixed)</li>
2351         </ul>
2352       </td>
2353     </tr>
2354     <tr>
2355       <td>
2356
2357         <div align="center">
2358           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2359         </div>
2360       </td>
2361       <td><em>User Interface</em>
2362         <ul>
2363           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2364             translation and protein products</li>
2365           <li>Linked highlighting of structure associated with
2366             residue mapping to codon position</li>
2367           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2368             and 'clear' button</li>
2369           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2370             Tools menu</li>
2371           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2372             numeric data in description line</li>
2373           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2374           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2375             of sequence</li>
2376         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2377         <ul>
2378           <li>JPred3 web service</li>
2379           <li>Prototype sequence search client (no public services
2380             available yet)</li>
2381           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2382             PFAM</li>
2383           <li>URL Links created for matching database cross
2384             references as well as sequence ID</li>
2385           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2386         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2387         <ul>
2388           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2389             databases</li>
2390           <li>Generalised database reference retrieval and
2391             validation to all fetchable databases</li>
2392           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2393             sequence command</li>
2394         </ul> <em>Import and Export</em>
2395         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2396         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2397           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2398         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2399           File</li>
2400         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2401           triplet as name of colourscheme</li>
2402         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2403         <ul>
2404           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2405           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2406             alignments (experimental)</li>
2407           <li>Create new or select existing session to join</li>
2408           <li>load and save of vamsas documents</li>
2409         </ul> <em>Application command line</em>
2410         <ul>
2411           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2412             from applet)</li>
2413           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2414             of DAS servers to query for alignment features</li>
2415           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2416             that are also automatically queried for features</li>
2417           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2418             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2419         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2420         <ul>
2421           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2422             application (when using &quot;View in full
2423             application&quot;)</li>
2424         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2425         <ul>
2426           <li>feature group display control parameter</li>
2427           <li>debug parameter</li>
2428           <li>showbutton parameter</li>
2429         </ul> <em>Applet API methods</em>
2430         <ul>
2431           <li>newView public method</li>
2432           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2433           <li>Feature display control methods</li>
2434           <li>get list of currently selected sequences</li>
2435         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2436         <ul>
2437           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2438           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2439             Jalview release.</li>
2440           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2441             property controls execution of obfuscator</li>
2442           <li>Build target for generating source distribution</li>
2443           <li>Debug flag for javacc</li>
2444           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2445             jalview.bin.Cache</li>
2446           <li>Continuous Build Integration for stable and
2447             development version of Application, Applet and source
2448             distribution</li>
2449         </ul></td>
2450       <td>
2451         <ul>
2452           <li>selected region output includes visible annotations
2453             (for certain formats)</li>
2454           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2455             for editing</li>
2456           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2457           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2458           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2459           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2460             comments</li>
2461           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2462             filenames containing a ':'</li>
2463           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2464             global sequence features</li>
2465           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2466             references from alignment sequences goes to zero</li>
2467           <li>Close of tree branch colour box without colour
2468             selection causes cascading exceptions</li>
2469           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2470           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2471             file parsing fails.</li>
2472           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2473           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2474             not a valid output format</li>
2475           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2476             vamsas</li>
2477           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2478           <li>error messages passed up and output when data read
2479             fails</li>
2480           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2481             sequence is edited</li>
2482           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2483             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2484           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2485             filetype</li>
2486           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2487             import fixed for PFAM records</li>
2488           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2489             window list</li>
2490           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2491             can be read and written correctly to annotation file</li>
2492           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2493             correctly</li>
2494           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2495             non-italic font for representatives in Applet</li>
2496           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2497             Macs.</li>
2498           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2499             Applet)</li>
2500           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2501             due to null pointer exceptions</li>
2502           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2503             first column of alignment</li>
2504           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2505             July 2008</li>
2506           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2507             file is case-insensitive</li>
2508           <li>Sequence features read from Features file appended to
2509             all sequences with matching IDs</li>
2510           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2511             containing a sub-sequence</li>
2512           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2513           <li>feature and annotation file applet parameters
2514             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2515           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2516           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2517             splash-screen version check to complete</li>
2518           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2519             when passing them to the launchApp service</li>
2520           <li>display name and local features preserved in results
2521             retrieved from web service</li>
2522           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2523             sequence fetcher initialisation</li>
2524           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2525             dasobert DAS client</li>
2526           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2527             association</li>
2528           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2529             sequences
2530           </li>
2531         </ul>
2532       </td>
2533     </tr>
2534     <tr>
2535       <td>
2536         <div align="center">
2537           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2538         </div>
2539       </td>
2540       <td>
2541         <ul>
2542           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2543           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2544           <li>Slide sequences</li>
2545           <li>Edit sequence in place</li>
2546           <li>EMBL CDS features</li>
2547           <li>DAS Feature mapping</li>
2548           <li>Feature ordering</li>
2549           <li>Alignment Properties</li>
2550           <li>Annotation Scores</li>
2551           <li>Sort by scores</li>
2552           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2553         </ul>
2554       </td>
2555       <td>
2556         <ul>
2557           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2558           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2559           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2560           <li>Feature group display state in XML</li>
2561           <li>Feature ordering in XML</li>
2562           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2563           <li>Stockholm alignment properties</li>
2564           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2565           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2566           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2567           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2568         </ul>
2569       </td>
2570
2571     </tr>
2572     <tr>
2573       <td>
2574         <div align="center">
2575           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2576         </div>
2577       </td>
2578       <td>
2579         <ul>
2580           <li>Non standard characters can be read and displayed
2581           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2582             applet via textbox
2583           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2584             name &amp; description
2585           <li>Preference setting to display sequence name in
2586             italics
2587           <li>Annotation file format extended to allow
2588             Sequence_groups to be defined
2589           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2590             specified in preferences
2591           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2592             sequences
2593         </ul>
2594       </td>
2595       <td>
2596         <ul>
2597           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2598             installed
2599           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2600           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2601         </ul>
2602       </td>
2603     </tr>
2604     <tr>
2605       <td>
2606         <div align="center">
2607           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2608         </div>
2609       </td>
2610       <td>
2611         <ul>
2612           <li>Multiple views on alignment
2613           <li>Sequence feature editing
2614           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2615           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2616           <li>Background dependent text colour
2617           <li>Right align sequence ids
2618           <li>User-defined lower case residue colours
2619           <li>Format Menu
2620           <li>Select Menu
2621           <li>Menu item accelerator keys
2622           <li>Control-V pastes to current alignment
2623           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2624           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2625           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2626
2627
2628
2629
2630
2631
2632           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2633         </ul>
2634       </td>
2635       <td>
2636         <ul>
2637           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2638           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2639             calculations
2640           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2641             edits
2642           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2643             of alignment)
2644           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2645
2646
2647
2648
2649
2650
2651           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2652             display correctly
2653           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2654           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2655             analysis results
2656           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2657             &#8739;
2658           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2659           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2660           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2661
2662
2663
2664
2665
2666
2667         </ul>
2668       </td>
2669     </tr>
2670     <tr>
2671       <td>
2672         <div align="center">
2673           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2674         </div>
2675       </td>
2676       <td>
2677         <ul>
2678           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2679         </ul>
2680       </td>
2681       <td>
2682         <ul>
2683           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2684             sequence id panel has been resized</li>
2685           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2686             rendered</li>
2687           <li>Annotation files with sequence references - all
2688             elements in file are relative to sequence position</li>
2689           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2690         </ul>
2691       </td>
2692     </tr>
2693     <tr>
2694       <td>
2695         <div align="center">
2696           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2697         </div>
2698       </td>
2699       <td>
2700         <ul>
2701           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2702           <li>DAS Feature fetching</li>
2703           <li>Hide sequences and columns</li>
2704           <li>Export Annotations and Features</li>
2705           <li>GFF file reading / writing</li>
2706           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2707             files</li>
2708           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2709           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2710           <li>Applet can launch the full application</li>
2711           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2712             required)</li>
2713           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2714           <li>Applet can load sequences from parameter
2715             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2716           </li>
2717         </ul>
2718       </td>
2719       <td>
2720         <ul>
2721           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2722           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2723           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2724         </ul>
2725       </td>
2726     </tr>
2727     <tr>
2728       <td>
2729         <div align="center">
2730           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2731         </div>
2732       </td>
2733       <td>
2734         <ul>
2735           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2736           <li>Choose to match case when searching</li>
2737           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2738             expand the visible width and height of the alignment</li>
2739         </ul>
2740       </td>
2741       <td>
2742         <ul>
2743           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2744         </ul>
2745       </td>
2746     </tr>
2747     <tr>
2748       <td>
2749         <div align="center">
2750           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2751         </div>
2752       </td>
2753       <td>&nbsp;</td>
2754       <td>
2755         <ul>
2756           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2757           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2758             value</li>
2759         </ul>
2760       </td>
2761     </tr>
2762     <tr>
2763       <td>
2764         <div align="center">
2765           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2766         </div>
2767       </td>
2768       <td>
2769         <ul>
2770           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2771           <li>Keyboard editing</li>
2772           <li>Create sequence features from searches</li>
2773           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2774             alignments</li>
2775           <li>Features file allows grouping of features</li>
2776           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2777           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2778           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2779         </ul>
2780       </td>
2781       <td>
2782         <ul>
2783           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2784           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2785             descriptions saved.</li>
2786         </ul>
2787       </td>
2788     </tr>
2789     <tr>
2790       <td>
2791         <div align="center">
2792           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2793         </div>
2794       </td>
2795       <td>
2796         <ul>
2797           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2798           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2799           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2800             name for file output</li>
2801           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2802           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2803             used for HTML form input</li>
2804         </ul>
2805       </td>
2806       <td>
2807         <ul>
2808           <li>HTML output writes groups and features</li>
2809           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2810           <li>File IO bugs</li>
2811         </ul>
2812       </td>
2813     </tr>
2814     <tr>
2815       <td>
2816         <div align="center">
2817           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2818         </div>
2819       </td>
2820       <td>
2821         <ul>
2822           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2823           <li>More options for PCA viewer</li>
2824         </ul>
2825       </td>
2826       <td>
2827         <ul>
2828           <li>GUI bugs resolved</li>
2829           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2830         </ul>
2831       </td>
2832     </tr>
2833     <tr>
2834       <td height="63">
2835         <div align="center">
2836           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2837         </div>
2838       </td>
2839       <td>
2840         <ul>
2841           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2842           <li>Jar files are executable</li>
2843           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2844         </ul>
2845       </td>
2846       <td>
2847         <ul>
2848           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2849           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2850           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2851         </ul>
2852       </td>
2853     </tr>
2854     <tr>
2855       <td>
2856         <div align="center">
2857           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2858         </div>
2859       </td>
2860       <td>
2861         <ul>
2862           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2863         </ul>
2864       </td>
2865       <td>
2866         <ul>
2867           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2868         </ul>
2869       </td>
2870     </tr>
2871     <tr>
2872       <td>
2873         <div align="center">
2874           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2875         </div>
2876       </td>
2877       <td>
2878         <ul>
2879           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2880             size</li>
2881         </ul>
2882       </td>
2883       <td>
2884         <ul>
2885           <li>Improved JPred client reliability</li>
2886           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2887         </ul>
2888       </td>
2889     </tr>
2890     <tr>
2891       <td>
2892         <div align="center">
2893           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2894         </div>
2895       </td>
2896       <td>
2897         <ul>
2898           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2899           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2900           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2901             to Colour Menu</li>
2902           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2903           <li>Unix users can set default web browser</li>
2904           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2905           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2906         </ul>
2907       </td>
2908       <td>
2909         <ul>
2910           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2911         </ul>
2912       </td>
2913     </tr>
2914     <tr>
2915       <td>
2916         <div align="center">
2917           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2918         </div>
2919       </td>
2920       <td>&nbsp;</td>
2921       <td>
2922         <ul>
2923           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2924             alignment order.</li>
2925         </ul>
2926       </td>
2927     </tr>
2928     <tr>
2929       <td>
2930         <div align="center">
2931           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2932         </div>
2933       </td>
2934       <td>
2935         <ul>
2936           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2937           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2938           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2939             annotations.</li>
2940           <li>Version and build date written to build properties
2941             file.</li>
2942           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2943             at launch of Jalview.</li>
2944         </ul>
2945       </td>
2946       <td>
2947         <ul>
2948           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2949           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2950           <li>Can remove groups one by one.</li>
2951           <li>Filechooser icons installed.</li>
2952           <li>Finder ignores return character when searching.
2953             Return key will initiate a search.<br>
2954           </li>
2955         </ul>
2956       </td>
2957     </tr>
2958     <tr>
2959       <td>
2960         <div align="center">
2961           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2962         </div>
2963       </td>
2964       <td>
2965         <ul>
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