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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  74             <em>TBA</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80           </ul>
  81         </div></td>
  82       <td><div align="left">
  83           <em></em>
  84           <ul>
  85           </ul>
  86         </div></td>
  87
  88     <tr>
  89       <td width="60" nowrap>
  90         <div align="center">
  91           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
  92         </div>
  93       </td>
  94       <td><div align="left">
  95           <em>Calculations</em>
  96           <ul>
  97
  98             <li>
  99               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 100               ungapped positions in each column of the alignment.
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 104               a calculation dialog box
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 108               and memory efficiency (~30x faster)
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 112               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 113               and other calculations
 114             </li>
 115             <li>
 116               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 117               files within the Jalview codebase
 118             </li>
 119             <li>
 120               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 121               Similarity may have different topology due to increased
 122               precision
 123             </li>
 124           </ul>
 125           <em>Rendering</em>
 126           <ul>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 129               model for alignments and groups
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 133               scripts
 134             </li>
 135           </ul>
 136           <em>Overview</em>
 137           <ul>
 138             <li>
 139               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 140               with alignment and overview windows
 141             </li>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 144               overview
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 148               omitted in Overview
 149             </li>
 150             <li>
 151               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 152               adjustment of visible position
 153             </li>
 154           </ul>
 155
 156           <em>Data import/export</em>
 157           <ul>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 160               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 164               annotation input/output via stockholm flatfile
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 168               extension when importing structure files without embedded
 169               names or PDB accessions
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 173               format sequence substitution matrices
 174             </li>
 175           </ul>
 176           <em>User Interface</em>
 177           <ul>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 180               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 181               the application.
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 185               via Overview or sequence motif search operations
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 189               opened by double clicking gaps within sequence feature
 190               extent
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 194               aligned positions were available to create a 3D structure
 195               superposition.
 196             </li>
 197           </ul>
 198           <em>3D Structure</em>
 199           <ul>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 202               coloured in linked structure views
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 206               file-based command exchange
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 210               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 211               structures are already available for sequences
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 215               the Jalview project rather than downloaded again when the
 216               project is reopened.
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 220               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 221               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 222                 Feature</strong>)
 223             </li>
 224           </ul>
 225           <em>Web Services</em>
 226           <ul>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 232               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 233               Analysis services
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 237               cross-references provided by identifiers.org and the
 238               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 239             </li>
 240           </ul>
 241
 242           <em>Scripting</em>
 243           <ul>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 246               identifying file formats (instead of String constants)
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 250               efficiency when counting all displayed features (not
 251               backwards compatible with 2.10.1)
 252             </li>
 253           </ul>
 254           <em>Example files</em>
 255           <ul>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 258               included in the example feature file
 259             </li>
 260           </ul>
 261           <em>Documentation</em>
 262           <ul>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 265               with the built-in Java help viewer
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 269               sequence description' option
 270             </li>
 271           </ul>
 272           <em>Test Suite</em>
 273           <ul>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 276               Uniprot REST Free Text Search Client
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 283               during tests
 284             </li>
 285           </ul>
 286         </div></td>
 287       <td><div align="left">
 288           <em>Calculations</em>
 289           <ul>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 292               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 293               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 294             </li>
 295             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 296               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 297               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 298               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 299               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 300               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 301               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 302               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 303               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 304               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 305               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 306               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 307               // for 2.10.1 mode <br />
 308               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 309               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 310                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 311                 calculations (not recommended)</em></li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 314               scaling of branch lengths for trees computed using
 315               Sequence Feature Similarity.
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 319               generating output report when working with highly
 320               redundant alignments
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 324               right of selected region when gaps present on right-hand
 325               boundary
 326             </li>
 327           </ul>
 328           <em>User Interface</em>
 329           <ul>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 332               doesn't reselect a specific sequence's associated
 333               annotation after it was used for colouring a view
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 337               opened on a region of alignment without groups
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 341               of an alignment with overlapping groups
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 345               name and description match
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 349               hidden regions results in incorrect hidden regions
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 353               changing colour does not apply Conservation slider value
 354               to all groups
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 358               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 362               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 366               gaps before start of features
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 370               restored to UI when feature colour is edited
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 374               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 378               as graduate feature colour settings are modified via the
 379               dialog box
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 383               when a group defined on the alignment is resized
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 387               wrapped view result in positional status updates
 388             </li>
 389
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 392               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 396               alignment included gapped columns
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 400               widgets don't permanently disappear
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 404               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 405               T-Coffee column reliability scores)
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 409               sequence feature on gaps only
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 413               button from a Find inherit previously defined feature type
 414               rather than the Find query string
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 418               exporting tree calculated in Jalview
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 422               and then revealing them reorders sequences on the
 423               alignment
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 427               doesn't update to reflect available set of groups after
 428               interactively adding or modifying features
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 432               Linux
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 436               only excluded gaps in current sequence and ignored
 437               selection.
 438             </li>
 439           </ul>
 440           <em>Rendering</em>
 441           <ul>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 444               erratically when hidden rows or columns are present
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 448               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 449               sequence colouring
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 453               colour and group colour menu for protein alignments
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 457               reflect currently selected view or group's shading
 458               thresholds
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 462               when rendered on overview and structures when opacity at
 463               100%
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 467               overview when features overlaid on alignment
 468             </li>
 469           </ul>
 470           <em>Data import/export</em>
 471           <ul>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 474               load
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 478               added after a sequence was imported are not written to
 479               Stockholm File
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 483               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 487               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 491               with lightGray or darkGray via features file (but can
 492               specify lightgray)
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 496               when alignment view imported from project
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 500               structure and sequences extracted from structure files
 501               imported via URL and viewed in Jmol
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 505               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 506               the project is loaded and the structure viewed
 507             </li>
 508           </ul>
 509           <em>Web Services</em>
 510           <ul>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 513               release of Ensembl v.88
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 517               appear enabled in Preferences->Connections
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 521               removed from console output
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 525               Ensembl by Peptide ID
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 529               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 530               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 531               due to 'null' string rather than empty string used for
 532               residues with no corresponding PDB mapping).
 533             </li>
 534           </ul>
 535           <em>Application UI</em>
 536           <ul>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 539               menu
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 543               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 544               new documentation and tooltips added)
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 548               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 552               new features are added to alignment
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 556               changes to feature colours via the Amend features dialog
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 560               edit graduated feature colour via amend features dialog
 561               box
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 565               selection menu changes colours of alignment views
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 569               from alignment calculation workers after alignment has
 570               been closed
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 574               groups now 'Create Group'
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 578               Create/Undefine group doesn't always work
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 582               shown again after pressing 'Cancel'
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 586               adjusts start position in wrap mode
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 590               ambiguous amino acids
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 594               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 595               proteins
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 599               Defined' don't appear in Colours menu
 600             </li>
 601           </ul>
 602           <em>Applet</em>
 603           <ul>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 606               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 610               overview or linked structure view
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 614               work (since 2.8)
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 618               user-defined colourscheme doesn't restore original
 619               colourscheme
 620             </li>
 621           </ul>
 622           <em>Test Suite</em>
 623           <ul>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 626               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 630               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 631               problems with deep array comparison equality asserts in
 632               successive versions of TestNG
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 636               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 637             </li>
 638           </ul>
 639           <em>New Known Issues</em>
 640           <ul>
 641             <li>
 642               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 643               phase after a sequence motif find operation
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 647               containing just upper and lower case letters are
 648               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 652               reliably from eggnog Ortholog database
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 656               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 657               to mark columns containing highlighted regions.
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 661               doesn't always add secondary structure annotation.
 662             </li>
 663           </ul>
 664         </div>
 665     <tr>
 666       <td width="60" nowrap>
 667         <div align="center">
 668           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 669         </div>
 670       </td>
 671       <td><div align="left">
 672           <em>General</em>
 673           <ul>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 676               for all consensus calculations
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 680               3rd Oct 2016)
 681             </li>
 682             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 683               for 2016-2017</li>
 684           </ul>
 685           <em>Application</em>
 686           <ul>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 689               set of database cross-references, sorted alphabetically
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 693               from database cross references. Users with custom links
 694               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 695                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 699               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 700               Chimera session
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 704               the Chimera it is connected to is shut down
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 708               columns menu item to mark columns containing highlighted
 709               regions (e.g. from structure selections or results of a
 710               Find operation)
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 714               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 715               MSAviewer
 716             </li>
 717           </ul>
 718         </div></td>
 719       <td>
 720         <div align="left">
 721           <em>General</em>
 722           <ul>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 725               are not coloured or thresholded according to percent
 726               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 730               hydrophobic
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 734               threshold, amino acid properties)
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 738               reported as mapped to residues in a structure file in the
 739               View Mapping report
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 743               could be added multiple times to a sequence
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 747               bond features shown as two highlighted residues rather
 748               than a range in linked structure views, and treated
 749               correctly when selecting and computing trees from features
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 753               cross-references are matched to database name regardless
 754               of case
 755             </li>
 756
 757           </ul>
 758           <em>Application</em>
 759           <ul>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 762               names without regular expressions also offer links from
 763               Sequence ID
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 767               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 768               update Jalview configuration
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 772               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 776               files with similarly named sequences if dropped onto the
 777               alignment
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 781               entries where more chains exist in the PDB accession than
 782               are reported in the SIFTS file
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 786               the structure view when displayed with Chimera
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 790               panel's View->Show Chains submenu
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 794               work for wrapped alignment views
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 798               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 802               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 803               first annotation row
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 807               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 811               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 812             </li>
 813             <!-- JAL-2319 -->
 814             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 815             coordindate data
 816             </li>
 817           </ul>
 818           <!--           <em>New Known Issues</em>
 819           <ul>
 820             <li></li>
 821           </ul> -->
 822         </div>
 823       </td>
 824     </tr>
 825     <td width="60" nowrap>
 826       <div align="center">
 827         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 828           <em>25/10/2016</em></strong>
 829       </div>
 830     </td>
 831     <td><em>Application</em>
 832       <ul>
 833         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 834           view if structures already loaded</li>
 835         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 836           structure views</li>
 837       </ul></td>
 838     <td>
 839       <div align="left">
 840         <em>General</em>
 841         <ul>
 842           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 843             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 844           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 845             example sequences/projects/trees</li>
 846         </ul>
 847         <em>Application</em>
 848         <ul>
 849           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 850             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 851           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 852             without timeout for structures with multiple models or
 853             multiple sequences in alignment</li>
 854           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 855             PDB ID HEADER line</li>
 856           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 857             is performed</li>
 858           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 859             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 860           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 861           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 862             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 863             option</li>
 864           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 865             is created on the alignment</li>
 866           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 867             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 868             pop-up menu</li>
 869         </ul>
 870         <em>Build and deployment</em>
 871         <ul>
 872           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 873             tags</li>
 874         </ul>
 875         <em>New Known Issues</em>
 876         <ul>
 877           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 878             on Windows</li>
 879         </ul>
 880       </div>
 881     </td>
 882     </tr>
 883     <tr>
 884       <td width="60" nowrap>
 885         <div align="center">
 886           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 887         </div>
 888       </td>
 889       <td><em>General</em>
 890         <ul>
 891           <li>
 892             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 893           </li>
 894           <li>
 895             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 896             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 897             better PDB parsing.
 898           </li>
 899           <li>
 900             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 901             reference sequence
 902           </li>
 903           <li>
 904             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 905             mousing over sequence associated annotation
 906           </li>
 907           <li>
 908             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 909             for manual entry
 910           </li>
 911           <li>
 912             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 913             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 914             for each column
 915           </li>
 916           <li>
 917             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 918             showing or hiding columns containing a feature
 919           </li>
 920           <li>
 921             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 922             group and sequence associated annotation labels
 923           </li>
 924           <li>
 925             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 926             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 927             dialogs
 928           </li>
 929
 930         </ul> <em>Application</em>
 931         <ul>
 932           <li>
 933             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 934             gene/transcript view
 935           </li>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 938             dialog
 939           </li>
 940           <li>
 941             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 942             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 946             Pfam sources to xfam.org
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 950           </li>
 951           <li>
 952             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 953             over sequences in Jalview
 954           </li>
 955           <li>
 956             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 957             regions in ENA and EMBL
 958           </li>
 959           <li>
 960             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 961             for record retrieval via ENA rest API
 962           </li>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 965             complement operator
 966           </li>
 967           <li>
 968             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 969             groovy script execution
 970           </li>
 971           <li>
 972             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 973             alignment window's Calculate menu
 974           </li>
 975           <li>
 976             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 977             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 978           </li>
 979           <li>
 980             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 981             calculation workers from groovy scripts
 982           </li>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 985             Jalview projects
 986           </li>
 987           <li>
 988             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 989             associations are now saved/restored from project
 990           </li>
 991           <li>
 992             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 993             before sequence fetcher is opened
 994           </li>
 995           <li>
 996             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 997             database chooser opens a sequence fetcher
 998           </li>
 999           <li>
1000             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1001             the UniProt REST API
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1005             the news reader opening
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1009             querying stored in preferences
1010           </li>
1011           <li>
1012             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1013             search results
1014           </li>
1015           <li>
1016             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1020             menu for nucleotide sequences
1021           </li>
1022           <li>
1023             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1024             and feature counts preserves alignment ordering (and
1025             debugged for complex feature sets).
1026           </li>
1027           <li>
1028             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1029             viewing structures with Jalview 2.10
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1033             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1034             Ensembl Genomes REST API
1035           </li>
1036           <li>
1037             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1038             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1039             (Ensembl)
1040           </li>
1041           <li>
1042             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1043             sequences
1044           </li>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1047             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1048             data from external database records.
1049           </li>
1050           <li>
1051             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1052             efficient recovery of sequence coding and alignment
1053             annotation relationships.
1054           </li>
1055         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1056         <ul>
1057           <li>
1058             -- JAL---
1059           </li>
1060         </ul> --></td>
1061       <td>
1062         <div align="left">
1063           <em>General</em>
1064           <ul>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1067               menu on OSX
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1071               includes graduated colourschemes
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1075               working with big alignments and lots of hidden columns
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1079               at right of alignment window
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1083               contents
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1087               for DNA alignments
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1091               based tree calculation
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1095               unconserved enabled for group on alignment
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1099               set as reference
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1103               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1104               annotation
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1108               hidden columns present
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1112               user created annotation added to alignment
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1116               '()' base pair annotation
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1120               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1121               Consensus
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1125               feature not working
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1129               beginning of sequence
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1133               entry 3a6s
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1137               from a tree when t-coffee scores are shown
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1141               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1145               some structures
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1149               to Clustal, PIR and PileUp output
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1153               not visible causes alignment window to repaint
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1157               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1158               scores associated with features and annotation rows
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1162               calculation should be case independent
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1166               columns
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1170               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1171               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1175               problems when reference sequence defined and 'show
1176               non-conserved' enabled
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1180               load even when Consensus calculation is disabled
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1184               alignment does nothing
1185             </li>
1186           </ul>
1187           <em>Application</em>
1188           <ul>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1191               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1192               yet fixed for El Capitan)
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1196               output when running on non-gb/us i18n platforms
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1200               hidden sequences as flat-file alignment
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1204               launching Chimera
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1208               (also hotfix for 2.9.0b2)
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1212               reference sequence defined
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1216               alignments and views when revealing hidden columns
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1220               view in a cDNA/Protein splitframe
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1224               sequence from project when only one sequence is
1225               represented
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1229               in Structure Chooser
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1233               structure consensus didn't refresh annotation panel
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1237               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1241               dialogs format columns correctly, don't display array
1242               data, sort columns according to type
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1246               file chooser is cancelled during an image export
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1250               sequence name containing special characters
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1254               case insensitive
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1258               formatting don't wrap
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1262               truncated so L looks like I in consensus annotation
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1266               currently displayed features for the current selection or
1267               view
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1271               after fetching cross-references, and restoring from
1272               project
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1276               followed in the structure viewer
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1280               splitframe not restored from project
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1284               trailing end of protein alignment in transcript/product
1285               splitview when pad-gaps not enabled by default
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1289               is case dependent
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1293               article has been read (reopened issue due to
1294               internationalisation problems)
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1298               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1299               cross-references
1300             </li>
1301
1302             <li>
1303               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1304               alignment as HTML
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1308               multiple structures are shown for one or more sequences.
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1312               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1313               is enabled.
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1317               specific PDB id for sequence
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1321               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1322               columns' is disabled.
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1326               selects lowest rather than highest resolution structures
1327               for each sequence
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1331               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1335               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1339               after clicking on it to create new annotation for a
1340               column.
1341             </li>
1342             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1343             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1344           </ul>
1345           <em>Applet</em>
1346           <ul>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1349               hidden columns present before start of sequence
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1353               (JSON jars)
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1357               sequences are hidden in applet
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1361               deployment on examples pages.
1362             </li>
1363           </ul>
1364         </div>
1365       </td>
1366     </tr>
1367     <tr>
1368       <td width="60" nowrap>
1369         <div align="center">
1370           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1371             <em>16/10/2015</em></strong>
1372         </div>
1373       </td>
1374       <td><em>General</em>
1375         <ul>
1376           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1377             jars</li>
1378         </ul></td>
1379       <td>
1380         <div align="left">
1381           <em>Application</em>
1382           <ul>
1383             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1384               shown when tree is partitioned</li>
1385             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1386               multiple cDNA/Protein split views</li>
1387           </ul>
1388         </div>
1389       </td>
1390     </tr>
1391     <tr>
1392       <td width="60" nowrap>
1393         <div align="center">
1394           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1395             <em>8/10/2015</em></strong>
1396         </div>
1397       </td>
1398       <td><em>General</em>
1399         <ul>
1400           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1401             2.9</li>
1402         </ul> <em>Application</em>
1403         <ul>
1404           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1405           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1406           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1407         </ul> <em>Applet</em>
1408         <ul>
1409           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1410         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1411         <ul>
1412           <li>
1413             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1414             suite
1415           </li>
1416         </ul></td>
1417       <td>
1418         <div align="left">
1419           <em>General</em>
1420           <ul>
1421             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1422               incorrect when sequence start > 1</li>
1423             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1424               documentation</li>
1425             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1426             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1427               loading a features file containing HTML tags in feature
1428               description</li>
1429
1430           </ul>
1431           <em>Application</em>
1432           <ul>
1433             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1434               reimport</li>
1435             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1436               with 'trim retrieved sequences'</li>
1437             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1438               deleting selected columns</li>
1439             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1440               JNLP templates for webstart launch</li>
1441             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1442               unreleased structures for download or viewing</li>
1443             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1444               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1445             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1446               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1447             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1448               recovered from jalview project</li>
1449             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1450               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1451               alignment view</li>
1452             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1453               color schemes from BioJSON</li>
1454           </ul>
1455           <em>Applet</em>
1456           <ul>
1457             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1458               frame</li>
1459             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1460           </ul>
1461         </div>
1462       </td>
1463     </tr>
1464     <tr>
1465       <td><div align="center">
1466           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1467         </div></td>
1468       <td><em>General</em>
1469         <ul>
1470           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1471             alignments:
1472             <ul>
1473               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1474                 and DNA alignment views</li>
1475               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1476                 cDNA alignment views</li>
1477               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1478                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1479               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1480                 protein sequences</li>
1481             </ul>
1482           </li>
1483           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1484           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1485             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1486           <li>New alignment annotation file statements for
1487             reference sequences and marking hidden columns</li>
1488           <li>Reference sequence based alignment shading to
1489             highlight variation</li>
1490           <li>Select or hide columns according to alignment
1491             annotation</li>
1492           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1493           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1494             acid conservation row</li>
1495           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1496         </ul> <em>Application</em>
1497         <ul>
1498           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1499             <ul>
1500               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1501                 view with cDNA/Protein</li>
1502               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1503                 sequences are placed in the same alignment</li>
1504               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1505                 projects</li>
1506             </ul>
1507           </li>
1508
1509           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1510           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1511             Jalview windows</li>
1512
1513           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1514           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1515           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1516             be shown in VARNA</li>
1517
1518           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1519             as the active selected region</li>
1520
1521           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1522             similarity</li>
1523           <li>New Export options
1524             <ul>
1525               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1526                 region export in flat file generation</li>
1527
1528               <li>Export alignment views for display with the <a
1529                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1530
1531               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1532               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1533                 alignment figures to HTML</li>
1534           </li>
1535           <li>3D structure retrieval and display
1536             <ul>
1537               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1538                 Search API</li>
1539               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1540                 PDB structures for a sequence set</li>
1541             </ul>
1542           </li>
1543
1544           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1545             predictions</li>
1546           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1547             for one or a group of sequences</li>
1548           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1549             from the JPred4 web server</li>
1550           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1551             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1552             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1553           </li>
1554           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1555             VARNA 2D Structure'</li>
1556           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1557             Structure ..."</li>
1558
1559         </ul> <em>Applet</em>
1560         <ul>
1561           <li>New layout for applet example pages</li>
1562           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1563             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1564           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1565             Protein alignments</li>
1566         </ul> <em>Development and deployment</em>
1567         <ul>
1568           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1569           <li>Include installation type and git revision in build
1570             properties and console log output</li>
1571           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1572             storing BioJsMSA Templates</li>
1573           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1574         </ul></td>
1575       <td>
1576         <!-- <em>General</em>
1577         <ul>
1578         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1579         <ul>
1580           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1581           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1582           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1583             predictions are not highlighted in amber</li>
1584           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1585             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1586           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1587             associated structure views</li>
1588           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1589             width checkbox not enabled</li>
1590           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1591             creating user defined colours</li>
1592           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1593             mappings for just that viewer's sequences</li>
1594           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1595             multiple models in Chimera</li>
1596           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1597             over Jmol structure</li>
1598           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1599             output to text box</li>
1600           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1601             have incorrect sequence start/end</li>
1602           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1603             Jalview fails</li>
1604           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1605             work for nucleotide</li>
1606           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1607             to a grey/invisible alignment window</li>
1608           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1609             imports to different position</li>
1610           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1611             on some platforms</li>
1612           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1613             populated</li>
1614           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1615             console if Chimera has been opened</li>
1616           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1617           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1618             retrieved</li>
1619           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1620           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1621             either sequence shows on first structure</li>
1622           <li>'Show annotations' options should not make
1623             non-positional annotations visible</li>
1624           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1625             in right place after 'view flanking regions'</li>
1626           <li>File Save As type unset when current file format is
1627             unknown</li>
1628           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1629             projects</li>
1630           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1631             responsive</li>
1632           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1633             several views on same alignment</li>
1634           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1635           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1636             spaces</li>
1637         </ul> <em>Applet</em>
1638         <ul>
1639           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1640           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1641             descriptions containing angle brackets</li>
1642         </ul> <em>General</em>
1643         <ul>
1644           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1645             via jalview annotation file</li>
1646           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1647             with RNA secondary structure</li>
1648           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1649             translation doesn't work.</li>
1650           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1651           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1652             positions</li>
1653           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1654             choosing 1pt font</li>
1655           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1656             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1657             'h'</li>
1658           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1659             new feature</li>
1660           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1661             order dependent</li>
1662           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1663             sequences</li>
1664           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1665         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1666         <ul>
1667           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1668             www.jalview.org</li>
1669         </ul> <em>Application Known issues</em>
1670         <ul>
1671           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1672           <li>Misleading message appears after trying to delete
1673             solid column.</li>
1674           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1675             version launches</li>
1676           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1677             fails with a sequence mismatch</li>
1678           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1679             scrolling alignment to right</li>
1680           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1681             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1682           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1683             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1684           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1685             ultra-high resolution</li>
1686           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1687             quality and conservation</li>
1688           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1689             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1690         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1691         <ul>
1692           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1693           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1694             window is being resized</li>
1695
1696         </ul>
1697       </td>
1698     </tr>
1699     <tr>
1700       <td><div align="center">
1701           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1702         </div></td>
1703       <td><em>General</em>
1704         <ul>
1705           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1706             Certum.PL.</li>
1707           <li>Features and annotation preserved when performing
1708             pairwise alignment</li>
1709           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1710             imported/exported/displayed</li>
1711           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1712             protein secondary structure</li>
1713           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1714               post-hoc with 2.9 release</em>)
1715           </li>
1716
1717         </ul> <em>Application</em>
1718         <ul>
1719           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1720             with 3D structures</li>
1721           <li>Support for parsing RNAML</li>
1722           <li>Annotations menu for layout
1723             <ul>
1724               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1725               <li>place sequence annotation above/below alignment
1726                 annotation</li>
1727             </ul>
1728           <li>Output in Stockholm format</li>
1729           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1730             translation</li>
1731           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1732           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1733             shared between alignments</li>
1734           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1735             Jalview</li>
1736           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1737             all or current selection</li>
1738           <li>disorder and secondary structure predictions
1739             available as dataset annotation</li>
1740           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1741
1742
1743           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1744             alignments from Rfam</li>
1745           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1746
1747           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1748             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1749           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1750           <li>include installation type in build properties and
1751             console log output</li>
1752           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1753             annotation</li>
1754         </ul></td>
1755       <td>
1756         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1757         <ul>
1758           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1759             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1760           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1761             alignment</li>
1762           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1763           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1764           <li>Double click on sequence associated annotation
1765             selects only first column</li>
1766           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1767             leaves shown in tree</li>
1768           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1769             properly</li>
1770           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1771           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1772             screen and buttons not visible</li>
1773           <li>author list isn't updated if already written to
1774             Jalview properties</li>
1775           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1776             from database</li>
1777           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1778           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1779             browser search window</li>
1780           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1781             in feature settings dialog</li>
1782           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1783             desktop</li>
1784           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1785             pass validation</li>
1786           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1787             fit on screen</li>
1788           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1789             tooltip</li>
1790           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1791             defined user preset</li>
1792           <li>MSA web services warns user if they were launched
1793             with invalid input</li>
1794           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1795             Java 8</li>
1796           <li>
1797             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1798             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1799             created
1800           </li>
1801
1802         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1803         <ul>
1804         </ul> <em>General</em>
1805         <ul>
1806         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1807         <ul>
1808           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1809             memory allocation</li>
1810           <li>launchApp service doesn't automatically open
1811             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1812           <li>
1813             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1814             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1815             1.7_055 is available
1816           </li>
1817         </ul> <em>Application Known issues</em>
1818         <ul>
1819           <li>
1820             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1821             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1822             alignment to right
1823           </li>
1824           <li>
1825             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1826             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1827             with large number of ID
1828           </li>
1829           <li>
1830             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1831             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1832             start/end
1833           </li>
1834           <li>
1835             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1836             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1837             structure tracks are rearranged
1838           </li>
1839           <li>
1840             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1841             invalid rna structure positional highlighting does not
1842             highlight position of invalid base pairs
1843           </li>
1844           <li>
1845             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1846             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1847             project from alignment window file menu
1848           </li>
1849           <li>
1850             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1851             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1852             structures
1853           </li>
1854           <li>
1855             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1856             colour by RNA Helices not enabled when user created
1857             annotation added to alignment
1858           </li>
1859           <li>
1860             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1861             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1862           </li>
1863         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1864         <ul>
1865           <li>
1866             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1867             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1868           </li>
1869           <li>
1870             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1871             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1872           </li>
1873
1874           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1875             when selected</li>
1876         </ul>
1877       </td>
1878     </tr>
1879     <tr>
1880       <td><div align="center">
1881           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1882         </div></td>
1883       <td>
1884         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1885         <em>General</em>
1886         <ul>
1887           <li>Internationalisation of user interface (usually
1888             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1889           <li>Define/Undefine group on current selection with
1890             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1891           <li>Improved group creation/removal options in
1892             alignment/sequence Popup menu</li>
1893           <li>Sensible precision for symbol distribution
1894             percentages shown in logo tooltip.</li>
1895           <li>Annotation panel height set according to amount of
1896             annotation when alignment first opened</li>
1897         </ul> <em>Application</em>
1898         <ul>
1899           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1900             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1901           <li>Select columns containing particular features from
1902             Feature Settings dialog</li>
1903           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1904             sequences</li>
1905           <li>Update Jalview project format:
1906             <ul>
1907               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1908               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1909                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1910               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1911                 colouring</li>
1912             </ul>
1913           </li>
1914           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1915             (PAM250)</li>
1916           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1917             flanking regions for an alignment</li>
1918         </ul>
1919       </td>
1920       <td>
1921         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1922         <ul>
1923           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1924             running after job is cancelled</li>
1925           <li>cannot export features from alignments imported from
1926             Jalview/VAMSAS projects</li>
1927           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1928             float values</li>
1929           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1930             have 'display all symbols' flag set</li>
1931           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1932             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1933           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1934             Jalview</li>
1935           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1936             Lion/Webstart</li>
1937           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1938           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1939           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1940             alignment onto desktop</li>
1941           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1942             'extract scores' function</li>
1943           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1944             alignment window</li>
1945           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1946             performing IUPred disorder prediction</li>
1947           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1948             changing 'normalise logo' display setting</li>
1949           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1950             nothing matches query</li>
1951           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1952             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1953           </li>
1954           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1955             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1956           </li>
1957           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1958             Jalview's menu</li>
1959           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1960             'invalid literal/length code'</li>
1961           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1962             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1963           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1964             colourscheme</li>
1965
1966         </ul> <em>Applet</em>
1967         <ul>
1968           <li>Remove group option is shown even when selection is
1969             not a group</li>
1970           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1971             don't affect groups</li>
1972           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1973             colourscheme name</li>
1974           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1975             Annotation panel is not displayed</li>
1976           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1977             embedded windows</li>
1978         </ul> <em>Other</em>
1979         <ul>
1980           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1981             single sequence were not calculated</li>
1982           <li>annotation files that contain only groups imported as
1983             annotation and junk sequences</li>
1984           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1985             recognised as PFAM or BLC</li>
1986           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1987             doesn't affect background (2.8.0b1)
1988           <li></li>
1989           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1990           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1991             trailing gaps</li>
1992           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1993             registered correctly on import</li>
1994           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1995             certain alignments</li>
1996           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1997             existing annotation based 'use original colours'
1998             colourscheme loses original colours setting</li>
1999         </ul>
2000       </td>
2001     </tr>
2002     <tr>
2003       <td><div align="center">
2004           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2005             <em>30/1/2014</em></strong>
2006         </div></td>
2007       <td>
2008         <ul>
2009           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2010             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2011             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2012             open source project).
2013           </li>
2014           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2015           <li>Output in Stockholm format</li>
2016           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2017           <li>Export/import group and sequence associated line
2018             graph thresholds</li>
2019           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2020             ambiguity codes</li>
2021           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2022             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2023             works</li>
2024           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2025         </ul> <em>Other improvements</em>
2026         <ul>
2027           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2028           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2029             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2030           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2031             files</li>
2032           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2033           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2034             link but no description</li>
2035           <li>Select primary source when selecting authority in
2036             database fetcher GUI</li>
2037           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2038             Jalview</li>
2039           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2040         </ul>
2041       </td>
2042       <td>
2043         <ul>
2044           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2045             displayed</li>
2046           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2047             secondary structure annotation line</li>
2048           <li>Sequence database accessions not imported when
2049             fetching alignments from Rfam</li>
2050           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2051             identical IDs</li>
2052           <li>View all structures does not always superpose
2053             structures</li>
2054           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2055             reflect user or preset settings</li>
2056           <li>Null pointer exceptions for some services without
2057             presets or adjustable parameters</li>
2058           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2059             discover PDB xRefs</li>
2060           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2061             features with DAS</li>
2062           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2063             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2064           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2065             residue follows a gap</li>
2066           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2067             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2068           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2069             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2070           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2071             annotation already exists on alignment</li>
2072           <li>oninit javascript function should be called after
2073             initialisation completes</li>
2074           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2075             alignment window display</li>
2076           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2077           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2078             to annotation file</li>
2079           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2080             groups created</li>
2081           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2082             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2083           <li>Pressing return several times causes Number Format
2084             exceptions in keyboard mode</li>
2085           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2086             correct partitions for input data</li>
2087           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2088           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2089           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2090           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2091             mode</li>
2092           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2093             changes one row&#39;s threshold</li>
2094           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2095             doesn&#39;t open</li>
2096           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2097             quality histograms</li>
2098         </ul>
2099       </td>
2100     </tr>
2101     <tr>
2102       <td><div align="center">
2103           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2104         </div></td>
2105       <td><em>Application</em>
2106         <ul>
2107           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2108             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2109           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2110             preferences</li>
2111           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2112             in Jalview alignment window</li>
2113           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2114             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2115           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2116             RNA and ambiguity codes</li>
2117
2118           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2119           <li>Support fetching and database reference look up
2120             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2121             refs')</li>
2122           <li>Jalview project improvements
2123             <ul>
2124               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2125                 flag for annotation</li>
2126               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2127                 alignment</li>
2128               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2129                 Jalview project</li>
2130
2131             </ul>
2132           </li>
2133           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2134           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2135             running</li>
2136           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2137           <li>visual indication that web service results are still
2138             being retrieved from server</li>
2139           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2140             starts up for first time</li>
2141           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2142             services</li>
2143           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2144             client library</li>
2145           <li>Examples directory and Groovy library included in
2146             InstallAnywhere distribution</li>
2147         </ul> <em>Applet</em>
2148         <ul>
2149           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2150             visualization applet example</li>
2151         </ul> <em>General</em>
2152         <ul>
2153           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2154           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2155             defaults</li>
2156           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2157             calculation</li>
2158           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2159             matrices
2160           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2161             in HTML</li>
2162           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2163             structure contacts</li>
2164           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2165           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2166           <li>Parse sequence associated secondary structure
2167             information in Stockholm files</li>
2168           <li>HTML Export database accessions and annotation
2169             information presented in tooltip for sequences</li>
2170           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2171             style RNA alignment files</li>
2172           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2173             alignment</li>
2174           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2175             shade each sequence according to its associated alignment
2176             annotation</li>
2177           <li>New Jalview Logo</li>
2178         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2179         <ul>
2180           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2181           <li>New Website!</li>
2182         </ul></td>
2183       <td><em>Application</em>
2184         <ul>
2185           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2186             wsdbfetch REST service</li>
2187           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2188           <li>Filetype associations not installed for webstart
2189             launch</li>
2190           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2191             job execution in full once it is complete</li>
2192           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2193             uploaded via ali_file parameter</li>
2194           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2195           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2196           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2197             submitted for prediction</li>
2198           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2199             desktop window</li>
2200           <li>Putting fractional value into integer text box in
2201             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2202           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2203             windows 7</li>
2204           <li>View all structures fails with exception shown in
2205             structure view</li>
2206           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2207             escaped in a platform independent way</li>
2208           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2209             using proxy</li>
2210           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2211             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2212           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2213             failure when java web start temporary file caching is
2214             disabled</li>
2215           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2216             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2217           <li>Errors during processing of command line arguments
2218             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2219           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2220             DAS sources in sequence fetcher</li>
2221           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2222             dialog is shown</li>
2223           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2224           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2225           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2226           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2227             on OSX Mountain Lion</li>
2228           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2229             sequences with alignment annotation are pasted into the
2230             alignment</li>
2231           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2232             when loaded from Jalview project</li>
2233           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2234           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2235             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2236           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2237             associated with all views</li>
2238           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2239             annotation rows to new window</li>
2240         </ul> <em>Applet</em>
2241         <ul>
2242           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2243             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2244           <li>loading features via javascript API automatically
2245             enables feature display</li>
2246           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2247             work</li>
2248         </ul> <em>General</em>
2249         <ul>
2250           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2251           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2252             and then deselected</li>
2253           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2254           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2255             coloured with clustalx</li>
2256           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2257             exceptions and redraw errors</li>
2258           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2259             reconfigured view</li>
2260           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2261             colour</li>
2262           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2263             for lots of labels</li>
2264         </ul>
2265     </tr>
2266     <tr>
2267       <td>
2268         <div align="center">
2269           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2270         </div>
2271       </td>
2272       <td><em>Application</em>
2273         <ul>
2274           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2275           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2276           <li>View/alignment association menu to enable user to
2277             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2278             its colours/correspondences from</li>
2279           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2280           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2281             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2282           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2283           <li>Annotation row column label formatting attributes
2284             stored in project file</li>
2285           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2286             rows preserved in Jalview project file</li>
2287           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2288             saved using Desktop window menu</li>
2289           <li>Visual indication that command line arguments are
2290             still being processed</li>
2291           <li>Groovy script execution from URL</li>
2292           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2293             preferences</li>
2294           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2295             alignment with sequences that have high similarity and
2296             matching IDs</li>
2297           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2298           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2299             structures in same window</li>
2300           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2301           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2302             analysis function in its own submenu</li>
2303         </ul> <em>Applet</em>
2304         <ul>
2305           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2306             groups</li>
2307           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2308           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2309           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2310           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2311           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2312             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2313           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2314           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2315             parameters are treated as such</li>
2316           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2317             <ul>
2318               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2319               <li>Javascript callbacks for
2320                 <ul>
2321                   <li>Applet initialisation</li>
2322                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2323                 </ul>
2324               </li>
2325               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2326                 functions</li>
2327               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2328               <li>javascript structure viewer harness to pass
2329                 messages between Jmol and Jalview when running as
2330                 distinct applets</li>
2331               <li>sortBy method</li>
2332               <li>Set of applet and application examples shipped
2333                 with documentation</li>
2334               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2335                 javascript message exchange</li>
2336             </ul>
2337         </ul> <em>General</em>
2338         <ul>
2339           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2340             multiple alignments</li>
2341           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2342           <li>User configurable link to enable redirects to a
2343             www.Jalview.org mirror</li>
2344           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2345           <li>Configurable newline string when writing alignment
2346             and other flat files</li>
2347           <li>Allow alignment annotation description lines to
2348             contain html tags</li>
2349         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2350         <ul>
2351           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2352             examples</li>
2353           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2354             using a web service before displaying the result in the
2355             Jalview desktop</li>
2356           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2357           <li>Ant target to publish example html files with applet
2358             archive</li>
2359           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2360           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2361         </ul></td>
2362       <td><em>Application</em>
2363         <ul>
2364           <li>User defined colourscheme throws exception when
2365             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2366           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2367             dialog for valid filename/format</li>
2368           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2369           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2370             P37173</li>
2371           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2372             which sequence is to be associated with the file</li>
2373           <li>Find All raises null pointer exception when query
2374             only matches sequence IDs</li>
2375           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2376           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2377             2.4 cannot be loaded</li>
2378           <li>Filetype associations not installed for webstart
2379             launch</li>
2380           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2381             with sequences in different alignments do not get coloured
2382             by their associated sequence</li>
2383           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2384             not preserved when project is loaded</li>
2385           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2386             stored in Jalview project</li>
2387           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2388             Jalview project</li>
2389           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2390           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2391             by conservation</li>
2392           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2393             created on new view</li>
2394           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2395             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2396           <li>Alignment quality not updated after alignment
2397             annotation row is hidden then shown</li>
2398           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2399             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2400           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2401             properly</li>
2402           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2403             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2404           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2405           <li>Structures imported from file and saved in project
2406             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2407           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2408             job execution in full once it is complete</li>
2409         </ul> <em>Applet</em>
2410         <ul>
2411           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2412             annotation rows are displayed</li>
2413           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2414             codebase</li>
2415           <li>View follows highlighting does not work for positions
2416             in sequences</li>
2417           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2418           <li>Export features raises exception when no features
2419             exist</li>
2420           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2421             for javascript api is modified when separator string
2422             provided as parameter</li>
2423           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2424             alignment with no existing selection</li>
2425           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2426             to applet&#39;s codebase</li>
2427           <li>Status bar not updated after finished searching and
2428             search wraps around to first result</li>
2429           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2430             several Jalview applets causes race conditions and memory
2431             leaks</li>
2432           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2433             not sent from Jmol in applet</li>
2434           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2435             applet API fatally hang browser</li>
2436         </ul> <em>General</em>
2437         <ul>
2438           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2439             position with wrapped view and hidden regions</li>
2440           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2441             with/without hidden columns</li>
2442           <li>Sequence length given in alignment properties window
2443             is off by 1</li>
2444           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2445             import PDB like structure files</li>
2446           <li>Positional search results are only highlighted
2447             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2448           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2449           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2450             given sequence position</li>
2451           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2452             output</li>
2453           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2454             from nucleotide chains correctly</li>
2455           <li>Structure colours not updated when tree partition
2456             changed in alignment</li>
2457           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2458             parsed in interleaved stockholm</li>
2459           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2460             state</li>
2461           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2462             properly</li>
2463           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2464             properly associated with their pdb files</li>
2465         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2466         <ul>
2467           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2468             ApplyCopyright tool</li>
2469         </ul></td>
2470     </tr>
2471     <tr>
2472       <td>
2473         <div align="center">
2474           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2475         </div>
2476       </td>
2477       <td><em>Application</em>
2478         <ul>
2479           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2480             contact web services</li>
2481           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2482             service job window</li>
2483           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2484         </ul></td>
2485       <td>
2486         <ul>
2487           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2488             pir file emitted by Jalview</li>
2489           <li>Existing feature settings transferred to new
2490             alignment view created from cut'n'paste</li>
2491           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2492             parsing PDB files</li>
2493           <li>Consensus and conservation annotation rows
2494             occasionally become blank for all new windows</li>
2495           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2496             in wrapped view mode</li>
2497         </ul> <em>Application</em>
2498         <ul>
2499           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2500             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2501           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2502             parameter names</li>
2503           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2504             is down</li>
2505         </ul>
2506       </td>
2507     </tr>
2508     <tr>
2509       <td>
2510         <div align="center">
2511           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2512         </div>
2513       </td>
2514       <td><em>Application</em>
2515         <ul>
2516           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2517             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2518             (JABAWS)
2519           </li>
2520           <li>Web Services preference tab</li>
2521           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2522             preferences</li>
2523           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2524           <li>Superpose structures using associated sequence
2525             alignment</li>
2526           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2527             viewer</li>
2528         </ul> <em>Applet</em>
2529         <ul>
2530           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2531             link out mechanism</li>
2532         </ul> <em>Other</em>
2533         <ul>
2534           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2535             series 12</li>
2536           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2537             require Java 1.5</li>
2538           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2539             sequence annotation files</li>
2540           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2541             type colour specification</li>
2542           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2543             script to check if it being run in an interactive session or
2544             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2545         </ul></td>
2546       <td>
2547         <ul>
2548           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2549             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2550         </ul> <em>Application</em>
2551         <ul>
2552           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2553             selected Regions menu item</li>
2554           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2555             part of a valid accession ID</li>
2556           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2557             runs out of memory</li>
2558           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2559             analysis results</li>
2560           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2561             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2562           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2563         </ul> <em>Applet</em>
2564         <ul>
2565           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2566             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2567             defined.</li>
2568         </ul>
2569       </td>
2570     </tr>
2571     <tr>
2572       <td>
2573         <div align="center">
2574           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2575         </div>
2576       </td>
2577       <td></td>
2578       <td>
2579         <ul>
2580           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2581             sequence IDs</li>
2582           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2583             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2584           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2585             import correctly</li>
2586           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2587             number of columns are hidden</li>
2588           <li>annotation label popup menu not providing correct
2589             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2590             present</li>
2591           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2592             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2593           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2594             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2595
2596         </ul> <em>Applet</em>
2597         <ul>
2598           <li>annotation panel disappears when annotation is
2599             hidden/removed</li>
2600         </ul> <em>Application</em>
2601         <ul>
2602           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2603             alignment opened where annotation panel is visible but no
2604             annotations are present on alignment</li>
2605           <li>pasted region containing hidden columns is
2606             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2607           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2608             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2609           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2610             selected Rregions menu item.</li>
2611           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2612             'Un' or 'Non'conserved</li>
2613           <li>Sequence feature settings are being shared by
2614             multiple distinct alignments</li>
2615           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2616             changed</li>
2617           <li>double click on group annotation to select sequences
2618             does not propagate to associated trees</li>
2619           <li>Mac OSX specific issues:
2620             <ul>
2621               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2622                 window background</li>
2623               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2624                 name set correctly</li>
2625               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2626                 save feature colourscheme button</li>
2627             </ul>
2628           </li>
2629         </ul>
2630       </td>
2631     </tr>
2632     <tr>
2633
2634       <td>
2635         <div align="center">
2636           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2637         </div>
2638       </td>
2639       <td><em>New Capabilities</em>
2640         <ul>
2641           <li>URL links generated from description line for
2642             regular-expression based URL links (applet and application)
2643
2644           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2645             menu</li>
2646           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2647             structures</li>
2648           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2649             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2650           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2651             average score or total feature count for each sequence.</li>
2652           <li>Shading features by score or associated description</li>
2653           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2654             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2655           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2656             hide everything but the currently selected region.</li>
2657           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2658         </ul> <em>Application</em>
2659         <ul>
2660           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2661             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2662           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2663             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2664           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2665             database references and protein_name is parsed as
2666             description line (BioSapiens terms).</li>
2667           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2668             references in sequence ID tooltip from View menu in
2669             application.</li>
2670           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2671       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2672           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2673             conservation plots</li>
2674           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2675             and visualized as sequence logos</li>
2676           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2677             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2678           </li>
2679           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2680             when a new tree is opened.</li>
2681           <li>Jalview Java Console</li>
2682           <li>Better placement of desktop window when moving
2683             between different screens.</li>
2684           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2685             consensus annotation</li>
2686           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2687             Workflows</li>
2688           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2689             <ul>
2690               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2691                 used to preserve views, structures, and tree display
2692                 settings)</li>
2693               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2694                 command line</li>
2695               <li>Sharing of selected regions between views and
2696                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2697               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2698             </ul></li>
2699         </ul> <em>Applet</em>
2700         <ul>
2701           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2702           <li>New Parameters
2703             <ul>
2704               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2705                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2706                 opened.</li>
2707               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2708                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2709               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2710                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2711               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2712                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2713                 view</li>
2714               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2715                 increase the height or width of a cell in the alignment
2716                 grid relative to the current font size.</li>
2717             </ul>
2718           </li>
2719           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2720             tooltip</li>
2721         </ul> <em>Other</em>
2722         <ul>
2723           <li>Features format: graduated colour definitions and
2724             specification of feature scores</li>
2725           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2726             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2727             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2728           <li>XML formats extended to support graduated feature
2729             colourschemes, group associated annotation, and profile
2730             visualization settings.</li></td>
2731       <td>
2732         <ul>
2733           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2734             rather than description</li>
2735           <li>Non-positional features are now included in sequence
2736             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2737             visibility in tooltip).</li>
2738           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2739           <li>Added URL embedding instructions to features file
2740             documentation.</li>
2741           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2742             'X' in peptide product</li>
2743           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2744             sequence ID and sequence string and query strings do not
2745             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2746           <li>AMSA files only contain first column of
2747             multi-character column annotation labels</li>
2748           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2749             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2750             exported and re-imported)</li>
2751           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2752             name</li>
2753           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2754             as subsequence matches, and correctly reports total number
2755             of both.</li>
2756           <li>Application:
2757             <ul>
2758               <li>Better handling of exceptions during sequence
2759                 retrieval</li>
2760               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2761                 link text excludes the start_end suffix</li>
2762               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2763                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2764               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2765               <li>Sequence description lines properly shared via
2766                 VAMSAS</li>
2767               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2768                 data sources</li>
2769               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2770                 completes before alignment figures are generated.</li>
2771               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2772                 first time.</li>
2773               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2774                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2775               <li>User defined group colours properly recovered
2776                 from Jalview projects.</li>
2777             </ul>
2778           </li>
2779         </ul>
2780       </td>
2781
2782     </tr>
2783     <tr>
2784       <td>
2785         <div align="center">
2786           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2787         </div>
2788       </td>
2789       <td>
2790         <ul>
2791           <li>Experimental support for google analytics usage
2792             tracking.</li>
2793           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2794         </ul>
2795       </td>
2796       <td>
2797         <ul>
2798           <li>Race condition in applet preventing startup in
2799             jre1.6.0u12+.</li>
2800           <li>Exception when feature created from selection beyond
2801             length of sequence.</li>
2802           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2803           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2804             all sequences with a given id</li>
2805           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2806             ID string searches</li>
2807           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2808             alignment to fail with exception</li>
2809         </ul> <em>Application Issues</em>
2810         <ul>
2811           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2812           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2813             data sources</li>
2814         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2815         <ul>
2816           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2817             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2818           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2819             version (java class versioning error fixed)</li>
2820         </ul>
2821       </td>
2822     </tr>
2823     <tr>
2824       <td>
2825
2826         <div align="center">
2827           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2828         </div>
2829       </td>
2830       <td><em>User Interface</em>
2831         <ul>
2832           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2833             translation and protein products</li>
2834           <li>Linked highlighting of structure associated with
2835             residue mapping to codon position</li>
2836           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2837             and 'clear' button</li>
2838           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2839             Tools menu</li>
2840           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2841             numeric data in description line</li>
2842           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2843           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2844             of sequence</li>
2845         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2846         <ul>
2847           <li>JPred3 web service</li>
2848           <li>Prototype sequence search client (no public services
2849             available yet)</li>
2850           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2851             PFAM</li>
2852           <li>URL Links created for matching database cross
2853             references as well as sequence ID</li>
2854           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2855         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2856         <ul>
2857           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2858             databases</li>
2859           <li>Generalised database reference retrieval and
2860             validation to all fetchable databases</li>
2861           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2862             sequence command</li>
2863         </ul> <em>Import and Export</em>
2864         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2865         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2866           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2867         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2868           File</li>
2869         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2870           triplet as name of colourscheme</li>
2871         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2872         <ul>
2873           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2874           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2875             alignments (experimental)</li>
2876           <li>Create new or select existing session to join</li>
2877           <li>load and save of vamsas documents</li>
2878         </ul> <em>Application command line</em>
2879         <ul>
2880           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2881             from applet)</li>
2882           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2883             of DAS servers to query for alignment features</li>
2884           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2885             that are also automatically queried for features</li>
2886           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2887             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2888         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2889         <ul>
2890           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2891             application (when using &quot;View in full
2892             application&quot;)</li>
2893         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2894         <ul>
2895           <li>feature group display control parameter</li>
2896           <li>debug parameter</li>
2897           <li>showbutton parameter</li>
2898         </ul> <em>Applet API methods</em>
2899         <ul>
2900           <li>newView public method</li>
2901           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2902           <li>Feature display control methods</li>
2903           <li>get list of currently selected sequences</li>
2904         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2905         <ul>
2906           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2907           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2908             Jalview release.</li>
2909           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2910             property controls execution of obfuscator</li>
2911           <li>Build target for generating source distribution</li>
2912           <li>Debug flag for javacc</li>
2913           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2914             jalview.bin.Cache</li>
2915           <li>Continuous Build Integration for stable and
2916             development version of Application, Applet and source
2917             distribution</li>
2918         </ul></td>
2919       <td>
2920         <ul>
2921           <li>selected region output includes visible annotations
2922             (for certain formats)</li>
2923           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2924             for editing</li>
2925           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2926           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2927           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2928           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2929             comments</li>
2930           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2931             filenames containing a ':'</li>
2932           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2933             global sequence features</li>
2934           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2935             references from alignment sequences goes to zero</li>
2936           <li>Close of tree branch colour box without colour
2937             selection causes cascading exceptions</li>
2938           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2939           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2940             file parsing fails.</li>
2941           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2942           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2943             not a valid output format</li>
2944           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2945             vamsas</li>
2946           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2947           <li>error messages passed up and output when data read
2948             fails</li>
2949           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2950             sequence is edited</li>
2951           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2952             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2953           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2954             filetype</li>
2955           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2956             import fixed for PFAM records</li>
2957           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2958             window list</li>
2959           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2960             can be read and written correctly to annotation file</li>
2961           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2962             correctly</li>
2963           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2964             non-italic font for representatives in Applet</li>
2965           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2966             Macs.</li>
2967           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2968             Applet)</li>
2969           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2970             due to null pointer exceptions</li>
2971           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2972             first column of alignment</li>
2973           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2974             July 2008</li>
2975           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2976             file is case-insensitive</li>
2977           <li>Sequence features read from Features file appended to
2978             all sequences with matching IDs</li>
2979           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2980             containing a sub-sequence</li>
2981           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2982           <li>feature and annotation file applet parameters
2983             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2984           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2985           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2986             splash-screen version check to complete</li>
2987           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2988             when passing them to the launchApp service</li>
2989           <li>display name and local features preserved in results
2990             retrieved from web service</li>
2991           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2992             sequence fetcher initialisation</li>
2993           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2994             dasobert DAS client</li>
2995           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2996             association</li>
2997           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2998             sequences
2999           </li>
3000         </ul>
3001       </td>
3002     </tr>
3003     <tr>
3004       <td>
3005         <div align="center">
3006           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3007         </div>
3008       </td>
3009       <td>
3010         <ul>
3011           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3012           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3013           <li>Slide sequences</li>
3014           <li>Edit sequence in place</li>
3015           <li>EMBL CDS features</li>
3016           <li>DAS Feature mapping</li>
3017           <li>Feature ordering</li>
3018           <li>Alignment Properties</li>
3019           <li>Annotation Scores</li>
3020           <li>Sort by scores</li>
3021           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3022         </ul>
3023       </td>
3024       <td>
3025         <ul>
3026           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3027           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3028           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3029           <li>Feature group display state in XML</li>
3030           <li>Feature ordering in XML</li>
3031           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3032           <li>Stockholm alignment properties</li>
3033           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3034           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3035           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3036           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3037         </ul>
3038       </td>
3039
3040     </tr>
3041     <tr>
3042       <td>
3043         <div align="center">
3044           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3045         </div>
3046       </td>
3047       <td>
3048         <ul>
3049           <li>Non standard characters can be read and displayed
3050           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3051             applet via textbox
3052           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3053             name &amp; description
3054           <li>Preference setting to display sequence name in
3055             italics
3056           <li>Annotation file format extended to allow
3057             Sequence_groups to be defined
3058           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3059             specified in preferences
3060           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3061             sequences
3062         </ul>
3063       </td>
3064       <td>
3065         <ul>
3066           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3067             installed
3068           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3069           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3070         </ul>
3071       </td>
3072     </tr>
3073     <tr>
3074       <td>
3075         <div align="center">
3076           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3077         </div>
3078       </td>
3079       <td>
3080         <ul>
3081           <li>Multiple views on alignment
3082           <li>Sequence feature editing
3083           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3084           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3085           <li>Background dependent text colour
3086           <li>Right align sequence ids
3087           <li>User-defined lower case residue colours
3088           <li>Format Menu
3089           <li>Select Menu
3090           <li>Menu item accelerator keys
3091           <li>Control-V pastes to current alignment
3092           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3093           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3094           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3095
3096           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3097         </ul>
3098       </td>
3099       <td>
3100         <ul>
3101           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3102           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3103             calculations
3104           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3105             edits
3106           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3107             of alignment)
3108           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3109
3110           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3111             display correctly
3112           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3113           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3114             analysis results
3115           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3116             &#8739;
3117           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3118           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3119           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3120
3121         </ul>
3122       </td>
3123     </tr>
3124     <tr>
3125       <td>
3126         <div align="center">
3127           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3128         </div>
3129       </td>
3130       <td>
3131         <ul>
3132           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3133         </ul>
3134       </td>
3135       <td>
3136         <ul>
3137           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3138             sequence id panel has been resized</li>
3139           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3140             rendered</li>
3141           <li>Annotation files with sequence references - all
3142             elements in file are relative to sequence position</li>
3143           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3144         </ul>
3145       </td>
3146     </tr>
3147     <tr>
3148       <td>
3149         <div align="center">
3150           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3151         </div>
3152       </td>
3153       <td>
3154         <ul>
3155           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3156           <li>DAS Feature fetching</li>
3157           <li>Hide sequences and columns</li>
3158           <li>Export Annotations and Features</li>
3159           <li>GFF file reading / writing</li>
3160           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3161             files</li>
3162           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3163           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3164           <li>Applet can launch the full application</li>
3165           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3166             required)</li>
3167           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3168           <li>Applet can load sequences from parameter
3169             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3170           </li>
3171         </ul>
3172       </td>
3173       <td>
3174         <ul>
3175           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3176           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3177           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3178         </ul>
3179       </td>
3180     </tr>
3181     <tr>
3182       <td>
3183         <div align="center">
3184           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3185         </div>
3186       </td>
3187       <td>
3188         <ul>
3189           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3190           <li>Choose to match case when searching</li>
3191           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3192             expand the visible width and height of the alignment</li>
3193         </ul>
3194       </td>
3195       <td>
3196         <ul>
3197           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3198         </ul>
3199       </td>
3200     </tr>
3201     <tr>
3202       <td>
3203         <div align="center">
3204           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3205         </div>
3206       </td>
3207       <td>&nbsp;</td>
3208       <td>
3209         <ul>
3210           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3211           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3212             value</li>
3213         </ul>
3214       </td>
3215     </tr>
3216     <tr>
3217       <td>
3218         <div align="center">
3219           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3220         </div>
3221       </td>
3222       <td>
3223         <ul>
3224           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3225           <li>Keyboard editing</li>
3226           <li>Create sequence features from searches</li>
3227           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3228             alignments</li>
3229           <li>Features file allows grouping of features</li>
3230           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3231           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3232           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3233         </ul>
3234       </td>
3235       <td>
3236         <ul>
3237           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3238           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3239             descriptions saved.</li>
3240         </ul>
3241       </td>
3242     </tr>
3243     <tr>
3244       <td>
3245         <div align="center">
3246           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3247         </div>
3248       </td>
3249       <td>
3250         <ul>
3251           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3252           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3253           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3254             name for file output</li>
3255           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3256           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3257             used for HTML form input</li>
3258         </ul>
3259       </td>
3260       <td>
3261         <ul>
3262           <li>HTML output writes groups and features</li>
3263           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3264           <li>File IO bugs</li>
3265         </ul>
3266       </td>
3267     </tr>
3268     <tr>
3269       <td>
3270         <div align="center">
3271           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3272         </div>
3273       </td>
3274       <td>
3275         <ul>
3276           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3277           <li>More options for PCA viewer</li>
3278         </ul>
3279       </td>
3280       <td>
3281         <ul>
3282           <li>GUI bugs resolved</li>
3283           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3284         </ul>
3285       </td>
3286     </tr>
3287     <tr>
3288       <td height="63">
3289         <div align="center">
3290           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3291         </div>
3292       </td>
3293       <td>
3294         <ul>
3295           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3296           <li>Jar files are executable</li>
3297           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3298         </ul>
3299       </td>
3300       <td>
3301         <ul>
3302           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3303           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3304           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3305         </ul>
3306       </td>
3307     </tr>
3308     <tr>
3309       <td>
3310         <div align="center">
3311           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3312         </div>
3313       </td>
3314       <td>
3315         <ul>
3316           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3317         </ul>
3318       </td>
3319       <td>
3320         <ul>
3321           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3322         </ul>
3323       </td>
3324     </tr>
3325     <tr>
3326       <td>
3327         <div align="center">
3328           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3329         </div>
3330       </td>
3331       <td>
3332         <ul>
3333           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3334             size</li>
3335         </ul>
3336       </td>
3337       <td>
3338         <ul>
3339           <li>Improved JPred client reliability</li>
3340           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3341         </ul>
3342       </td>
3343     </tr>
3344     <tr>
3345       <td>
3346         <div align="center">
3347           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3348         </div>
3349       </td>
3350       <td>
3351         <ul>
3352           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3353           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3354           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3355             to Colour Menu</li>
3356           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3357           <li>Unix users can set default web browser</li>
3358           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3359           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3360         </ul>
3361       </td>
3362       <td>
3363         <ul>
3364           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3365         </ul>
3366       </td>
3367     </tr>
3368     <tr>
3369       <td>
3370         <div align="center">
3371           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3372         </div>
3373       </td>
3374       <td>&nbsp;</td>
3375       <td>
3376         <ul>
3377           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3378             alignment order.</li>
3379         </ul>
3380       </td>
3381     </tr>
3382     <tr>
3383       <td>
3384         <div align="center">
3385           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3386         </div>
3387       </td>
3388       <td>
3389         <ul>
3390           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3391           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3392           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3393             annotations.</li>
3394           <li>Version and build date written to build properties
3395             file.</li>
3396           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3397             at launch of Jalview.</li>
3398         </ul>
3399       </td>
3400       <td>
3401         <ul>
3402           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3403           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3404           <li>Can remove groups one by one.</li>
3405           <li>Filechooser icons installed.</li>
3406           <li>Finder ignores return character when searching.
3407             Return key will initiate a search.<br>
3408           </li>
3409         </ul>
3410       </td>
3411     </tr>
3412     <tr>
3413       <td>
3414         <div align="center">
3415           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3416         </div>
3417       </td>
3418       <td>
3419         <ul>
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