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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84           <li><!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be omitted in Overview</li>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  87               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
  91               extension when importing structure files without embedded
  92               names or PDB accessions
  93             </li>
  94             <li><!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be opened by double clicking gaps within sequence feature extent</li>
  95           </ul>
  96           <em>Application</em>
  97           <ul>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-2447 -->
 100               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
 101               menu to hide or show untested features in the application.
 102             </li>
 103             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
 104           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
 105           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
 106           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 107           </ul>
 108           <em>Experimental features</em>
 109           <ul>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 112               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 113               features, and vice-versa.
 114             </li>
 115           </ul>
 116           <em>Applet</em>
 117           <ul>
 118           <li><!--  --></li>
 119           </ul>
 120           <em>Test Suite</em>
 121           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite</li>
 122           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 123           <li><!--  -->
 124           </ul>
 125           </div></td><td><div align="left">
 126           <em>General</em>
 127           <ul>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 130               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 131               this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 135               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 136               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 137               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 138               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 139               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 140               Jalview's PCAs were different to those produced by
 141               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 142               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 143               behaviour<br />
 144               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 145               2.10.1 mode<br />
 146               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 147               restore 2.10.2 mode
 148             </li>
 149             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 150           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 151           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 152           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 153           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 154           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 155           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 156           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 157           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 158           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 159           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 160           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 161           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 162           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 163           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 164           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 165           </ul>
 166           <em>Application</em>
 167           <ul>
 168           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 169           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 170           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 171           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 172           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 173           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 174           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 175           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 176           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 177           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 178           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 179           <li><!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL</li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 182               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 183               the project is loaded and the structure viewed
 184             </li>
 185             <li><!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture adjusts start position in wrap mode</li>
 186             <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 187             <li><!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes gaps in selection, current sequence and only within selected columns</li>
 188           </ul>
 189           <em>Applet</em>
 190           <ul>
 191           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 192           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 193           <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
 194           </ul>
 195           <em>New Known Issues</em>
 196           <ul>
 197           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 198           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 199           </ul>
 200
 201           </div>
 202     <tr>
 203       <td width="60" nowrap>
 204         <div align="center">
 205           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 206             <em>29/11/2016</em></strong>
 207         </div>
 208       </td>
 209       <td><div align="left">
 210           <em>General</em>
 211           <ul>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 214               for all consensus calculations
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 218             </li>
 219             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 220               for 2016-2017</li>
 221           </ul>
 222           <em>Application</em>
 223           <ul>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 226               set of database cross-references, sorted alphabetically
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 230               from database cross references. Users with custom links
 231               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 232                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 236               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 237               Chimera session
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 241               the Chimera it is connected to is shut down
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 245               columns menu item to mark columns containing
 246               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 247               of a Find operation)
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 251               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 252               MSAviewer
 253             </li>
 254           </ul>
 255         </div></td>
 256       <td>
 257         <div align="left">
 258           <em>General</em>
 259           <ul>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 262               are not coloured or thresholded according to percent
 263               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 267               hydrophobic
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 271               threshold, amino acid properties)
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 275               reported as mapped to residues in a structure file in the
 276               View Mapping report
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 280               could be added multiple times to a sequence
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 284               bond features shown as two highlighted residues rather
 285               than a range in linked structure views, and treated
 286               correctly when selecting and computing trees from features
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 290               cross-references are matched to database name regardless
 291               of case
 292             </li>
 293
 294           </ul>
 295           <em>Application</em>
 296           <ul>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 299               names without regular expressions also offer links from
 300               Sequence ID
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 304               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 305               update Jalview configuration
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 309               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 313               files with similarly named sequences if dropped onto the
 314               alignment
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 318               entries where more chains exist in the PDB accession than
 319               are reported in the SIFTS file
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 323               the structure view when displayed with Chimera
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 327               panel's View->Show Chains submenu
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 331               work for wrapped alignment views
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 335               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 339               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 340               first annotation row
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 344               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 345             </li>
 346             <li>
 347             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 348             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 349           </ul>
 350 <!--           <em>New Known Issues</em>
 351           <ul>
 352             <li></li>
 353           </ul> -->
 354         </div>
 355       </td>
 356     </tr>
 357       <td width="60" nowrap>
 358         <div align="center">
 359           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 360             <em>25/10/2016</em></strong>
 361         </div>
 362       </td>
 363       <td><em>Application</em>
 364         <ul>
 365           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 366             view if structures already loaded</li>
 367           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 368             structure views</li>
 369         </ul></td>
 370       <td>
 371         <div align="left">
 372           <em>General</em>
 373           <ul>
 374             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 375               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 376             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 377               example sequences/projects/trees</li>
 378           </ul>
 379           <em>Application</em>
 380           <ul>
 381             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 382               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 383             <li>Multiple structure views can be opened and
 384               superposed without timeout for structures with multiple
 385               models or multiple sequences in alignment</li>
 386             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 387               a PDB ID HEADER line</li>
 388             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 389               superposition is performed</li>
 390             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 391               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 392             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 393             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 394               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 395               Refs UI option</li>
 396             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 397               view is created on the alignment</li>
 398             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 399               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 400               to open group pop-up menu</li>
 401           </ul>
 402           <em>Build and deployment</em>
 403           <ul>
 404             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 405               tags</li>
 406           </ul>
 407           <em>New Known Issues</em>
 408           <ul>
 409             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 410               work on Windows</li>
 411           </ul>
 412         </div>
 413       </td>
 414     </tr>
 415     <tr>
 416       <td width="60" nowrap>
 417         <div align="center">
 418           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 419         </div>
 420       </td>
 421       <td><em>General</em>
 422         <ul>
 423           <li>
 424           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 425           </li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 428             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 429             better PDB parsing.
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 433             reference sequence
 434           </li>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 437             mousing over sequence associated annotation
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 441             for manual entry
 442           </li>
 443           <li>
 444             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 445             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 446             for each column
 447           </li>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 450             showing or hiding columns containing a feature
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 454             group and sequence associated annotation labels
 455           </li>
 456           <li>
 457             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 458             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 459             dialogs
 460           </li>
 461
 462         </ul> <em>Application</em>
 463         <ul>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 466             gene/transcript view
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 470             dialog
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 474             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 478             Pfam sources to xfam.org
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 485             over sequences in Jalview
 486           </li>
 487           <li>
 488             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 489             regions in ENA and EMBL
 490           </li>
 491           <li>
 492             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 493             for record retrieval via ENA rest API
 494           </li>
 495           <li>
 496             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 497             complement operator
 498           </li>
 499           <li>
 500             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 501             groovy script execution
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 505             alignment window's Calculate menu
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 509             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 513             calculation workers from groovy scripts
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 517             Jalview projects
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 521             associations are now saved/restored from project
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 525             before sequence fetcher is opened
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 529             database chooser opens a sequence fetcher
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 533             the UniProt REST API
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 537             the news reader opening
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 541             querying stored in preferences
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 545             search results
 546           </li>
 547           <li>
 548             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 552             menu for nucleotide sequences
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 556             and feature counts preserves alignment ordering (and
 557             debugged for complex feature sets).
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 561             viewing structures with Jalview 2.10
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 565             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 566             Ensembl Genomes REST API
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 570             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 571             (Ensembl)
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 575             sequences
 576           </li>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 579             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 580             data from external database records.
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 584             efficient recovery of sequence coding and alignment
 585             annotation relationships.
 586           </li>
 587         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 588         <ul>
 589           <li>
 590             -- JAL---
 591           </li>
 592         </ul> --></td>
 593       <td>
 594         <div align="left">
 595           <em>General</em>
 596           <ul>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 599               menu on OSX
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 603               includes graduated colourschemes
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 607               working with big alignments and lots of hidden columns
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 611               at right of alignment window
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 615               contents
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 619               for DNA alignments
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 623               based tree calculation
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 627               unconserved enabled for group on alignment
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 631               set as reference
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 635               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 636               annotation
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 640               hidden columns present
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 644               user created annotation added to alignment
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 648               '()' base pair annotation
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 652               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 653               Consensus
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 657               feature not working
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 661               beginning of sequence
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 665               entry 3a6s
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 669               from a tree when t-coffee scores are shown
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 673               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 677               some structures
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 681               to Clustal, PIR and PileUp output
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 685               not visible causes alignment window to repaint
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 689               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 690               scores associated with features and annotation rows
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 694               calculation should be case independent
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 698               columns
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 702               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 703               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 707               problems when reference sequence defined and 'show
 708               non-conserved' enabled
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 712               load even when Consensus calculation is disabled
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 716               alignment does nothing
 717             </li>
 718           </ul>
 719           <em>Application</em>
 720           <ul>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 723               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 724               yet fixed for El Capitan)
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 728               output when running on non-gb/us i18n platforms
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 732               hidden sequences as flat-file alignment
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 736               launching Chimera
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 740               (also hotfix for 2.9.0b2)
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 744               reference sequence defined
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 748               alignments and views when revealing hidden columns
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 752               view in a cDNA/Protein splitframe
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 756               sequence from project when only one sequence is
 757               represented
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 761               in Structure Chooser
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 765               structure consensus didn't refresh annotation panel
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 769               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 773               dialogs format columns correctly, don't display array
 774               data, sort columns according to type
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 778               file chooser is cancelled during an image export
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 782               sequence name containing special characters
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 786               case insensitive
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 790               formatting don't wrap
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 794               truncated so L looks like I in consensus annotation
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 798               currently displayed features for the current selection or
 799               view
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 803               after fetching cross-references, and restoring from project
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 807               followed in the structure viewer
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 811               splitframe not restored from project
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 815               trailing end of protein alignment in transcript/product
 816               splitview when pad-gaps not enabled by default
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 820               is case dependent
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 824               article has been read (reopened issue due to
 825               internationalisation problems)
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 829               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 830               cross-references
 831             </li>
 832
 833             <li>
 834               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 835               alignment as HTML
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 839               multiple structures are shown for one or more sequences.
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 843               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 844               is enabled.
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 848               specific PDB id for sequence
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 852               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 853               columns' is disabled.
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 857               selects lowest rather than highest resolution structures
 858               for each sequence
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 862               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 866               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 867             </li>
 868             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 869               after clicking on it to create new annotation for a
 870               column.
 871             </li>
 872             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 873             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 874           </ul>
 875           <em>Applet</em>
 876           <ul>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 879               hidden columns present before start of sequence
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 883               (JSON jars)
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 887               sequences are hidden in applet
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 891               deployment on examples pages.
 892             </li>
 893           </ul>
 894         </div>
 895       </td>
 896     </tr>
 897     <tr>
 898       <td width="60" nowrap>
 899         <div align="center">
 900           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 901             <em>16/10/2015</em></strong>
 902         </div>
 903       </td>
 904       <td><em>General</em>
 905         <ul>
 906           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 907             jars</li>
 908         </ul></td>
 909       <td>
 910         <div align="left">
 911           <em>Application</em>
 912           <ul>
 913             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 914               shown when tree is partitioned</li>
 915             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 916               multiple cDNA/Protein split views</li>
 917           </ul>
 918         </div>
 919       </td>
 920     </tr>
 921     <tr>
 922       <td width="60" nowrap>
 923         <div align="center">
 924           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 925             <em>8/10/2015</em></strong>
 926         </div>
 927       </td>
 928       <td><em>General</em>
 929         <ul>
 930           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 931             2.9</li>
 932         </ul> <em>Application</em>
 933         <ul>
 934           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 935           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 936           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 937         </ul> <em>Applet</em>
 938         <ul>
 939           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 940         </ul><em>Build and Deployment</em>
 941         <ul>
 942           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 943         </ul></td>
 944       <td>
 945         <div align="left">
 946           <em>General</em>
 947           <ul>
 948             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 949               incorrect when sequence start > 1</li>
 950             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 951               documentation</li>
 952             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 953             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 954               loading a features file containing HTML tags in feature
 955               description</li>
 956
 957           </ul>
 958           <em>Application</em>
 959           <ul>
 960             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 961               reimport</li>
 962             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 963               with 'trim retrieved sequences'</li>
 964             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 965               deleting selected columns</li>
 966             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 967               JNLP templates for webstart launch</li>
 968             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 969               unreleased structures for download or viewing</li>
 970             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 971               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 972             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 973               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 974             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 975               recovered from jalview project</li>
 976             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 977               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 978               alignment view</li>
 979             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 980               color schemes from BioJSON</li>
 981           </ul>
 982           <em>Applet</em>
 983           <ul>
 984             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 985               frame</li>
 986             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 987           </ul>
 988         </div>
 989       </td>
 990     </tr>
 991     <tr>
 992       <td><div align="center">
 993           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 994         </div></td>
 995       <td><em>General</em>
 996         <ul>
 997           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 998             alignments:
 999             <ul>
1000               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1001                 and DNA alignment views</li>
1002               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1003                 cDNA alignment views</li>
1004               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1005                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1006               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1007                 protein sequences</li>
1008             </ul>
1009           </li>
1010           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1011           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1012             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1013           <li>New alignment annotation file statements for
1014             reference sequences and marking hidden columns</li>
1015           <li>Reference sequence based alignment shading to
1016             highlight variation</li>
1017           <li>Select or hide columns according to alignment
1018             annotation</li>
1019           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1020           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1021             acid conservation row</li>
1022           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1023         </ul> <em>Application</em>
1024         <ul>
1025           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1026             <ul>
1027               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1028                 view with cDNA/Protein</li>
1029               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1030                 sequences are placed in the same alignment</li>
1031               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1032                 projects</li>
1033             </ul>
1034           </li>
1035
1036           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1037           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1038             Jalview windows</li>
1039
1040           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1041           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1042           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1043             be shown in VARNA</li>
1044
1045           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1046             as the active selected region</li>
1047
1048           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1049             similarity</li>
1050           <li>New Export options
1051             <ul>
1052               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1053                 region export in flat file generation</li>
1054
1055               <li>Export alignment views for display with the <a
1056                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1057
1058               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1059               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1060                 alignment figures to HTML</li>
1061           </li>
1062           <li>3D structure retrieval and display
1063             <ul>
1064               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1065                 Search API</li>
1066               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1067                 PDB structures for a sequence set</li>
1068             </ul>
1069           </li>
1070
1071           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1072             predictions</li>
1073           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1074             for one or a group of sequences</li>
1075           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1076             from the JPred4 web server</li>
1077           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1078             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1079             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1080           </li>
1081           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1082             VARNA 2D Structure'</li>
1083           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1084             Structure ..."</li>
1085
1086         </ul> <em>Applet</em>
1087         <ul>
1088           <li>New layout for applet example pages</li>
1089           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1090             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1091           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1092             Protein alignments</li>
1093         </ul> <em>Development and deployment</em>
1094         <ul>
1095           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1096           <li>Include installation type and git revision in build
1097             properties and console log output</li>
1098           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1099             storing BioJsMSA Templates</li>
1100           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1101         </ul></td>
1102       <td>
1103         <!-- <em>General</em>
1104         <ul>
1105         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1106         <ul>
1107           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1108           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1109           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1110             predictions are not highlighted in amber</li>
1111           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1112             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1113           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1114             associated structure views</li>
1115           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1116             width checkbox not enabled</li>
1117           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1118             creating user defined colours</li>
1119           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1120             mappings for just that viewer's sequences</li>
1121           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1122             multiple models in Chimera</li>
1123           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1124             over Jmol structure</li>
1125           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1126             output to text box</li>
1127           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1128             have incorrect sequence start/end</li>
1129           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1130             Jalview fails</li>
1131           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1132             work for nucleotide</li>
1133           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1134             to a grey/invisible alignment window</li>
1135           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1136             imports to different position</li>
1137           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1138             on some platforms</li>
1139           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1140             populated</li>
1141           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1142             console if Chimera has been opened</li>
1143           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1144           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1145             retrieved</li>
1146           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1147           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1148             either sequence shows on first structure</li>
1149           <li>'Show annotations' options should not make
1150             non-positional annotations visible</li>
1151           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1152             in right place after 'view flanking regions'</li>
1153           <li>File Save As type unset when current file format is
1154             unknown</li>
1155           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1156             projects</li>
1157           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1158             responsive</li>
1159           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1160             several views on same alignment</li>
1161           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1162           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1163             spaces</li>
1164         </ul> <em>Applet</em>
1165         <ul>
1166           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1167           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1168             descriptions containing angle brackets</li>
1169         </ul> <em>General</em>
1170         <ul>
1171           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1172             via jalview annotation file</li>
1173           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1174             with RNA secondary structure</li>
1175           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1176             translation doesn't work.</li>
1177           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1178           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1179             positions</li>
1180           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1181             choosing 1pt font</li>
1182           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1183             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1184             'h'</li>
1185           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1186             new feature</li>
1187           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1188             order dependent</li>
1189           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1190             sequences</li>
1191           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1192         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1193         <ul>
1194           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1195             www.jalview.org</li>
1196         </ul> <em>Application Known issues</em>
1197         <ul>
1198           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1199           <li>Misleading message appears after trying to delete
1200             solid column.</li>
1201           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1202             version launches</li>
1203           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1204             fails with a sequence mismatch</li>
1205           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1206             scrolling alignment to right</li>
1207           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1208             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1209           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1210             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1211           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1212             ultra-high resolution</li>
1213           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1214             quality and conservation</li>
1215           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1216             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1217         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1218         <ul>
1219           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1220           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1221             window is being resized</li>
1222
1223         </ul>
1224       </td>
1225     </tr>
1226     <tr>
1227       <td><div align="center">
1228           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1229         </div></td>
1230       <td><em>General</em>
1231         <ul>
1232           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1233             Certum.PL.</li>
1234           <li>Features and annotation preserved when performing
1235             pairwise alignment</li>
1236           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1237             imported/exported/displayed</li>
1238           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1239             protein secondary structure</li>
1240           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1241               post-hoc with 2.9 release</em>)
1242           </li>
1243
1244         </ul> <em>Application</em>
1245         <ul>
1246           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1247             with 3D structures</li>
1248           <li>Support for parsing RNAML</li>
1249           <li>Annotations menu for layout
1250             <ul>
1251               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1252               <li>place sequence annotation above/below alignment
1253                 annotation</li>
1254             </ul>
1255           <li>Output in Stockholm format</li>
1256           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1257             translation</li>
1258           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1259           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1260             shared between alignments</li>
1261           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1262             Jalview</li>
1263           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1264             all or current selection</li>
1265           <li>disorder and secondary structure predictions
1266             available as dataset annotation</li>
1267           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1268
1269
1270           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1271             alignments from Rfam</li>
1272           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1273
1274           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1275             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1276           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1277           <li>include installation type in build properties and
1278             console log output</li>
1279           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1280             annotation</li>
1281         </ul></td>
1282       <td>
1283         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1284         <ul>
1285           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1286             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1287           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1288             alignment</li>
1289           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1290           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1291           <li>Double click on sequence associated annotation
1292             selects only first column</li>
1293           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1294             leaves shown in tree</li>
1295           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1296             properly</li>
1297           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1298           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1299             screen and buttons not visible</li>
1300           <li>author list isn't updated if already written to
1301             Jalview properties</li>
1302           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1303             from database</li>
1304           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1305           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1306             browser search window</li>
1307           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1308             in feature settings dialog</li>
1309           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1310             desktop</li>
1311           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1312             pass validation</li>
1313           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1314             fit on screen</li>
1315           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1316             tooltip</li>
1317           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1318             defined user preset</li>
1319           <li>MSA web services warns user if they were launched
1320             with invalid input</li>
1321           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1322             Java 8</li>
1323           <li>
1324             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1325             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1326             created
1327           </li>
1328
1329         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1330                                 <ul>
1331                                 </ul> <em>General</em>
1332                                 <ul>
1333                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1334         <ul>
1335           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1336             memory allocation</li>
1337           <li>launchApp service doesn't automatically open
1338             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1339           <li>
1340             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1341             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1342             1.7_055 is available
1343           </li>
1344         </ul> <em>Application Known issues</em>
1345         <ul>
1346           <li>
1347             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1348             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1349             alignment to right
1350           </li>
1351           <li>
1352             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1353             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1354             with large number of ID
1355           </li>
1356           <li>
1357             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1358             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1359             start/end
1360           </li>
1361           <li>
1362             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1363             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1364             structure tracks are rearranged
1365           </li>
1366           <li>
1367             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1368             invalid rna structure positional highlighting does not
1369             highlight position of invalid base pairs
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1373             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1374             project from alignment window file menu
1375           </li>
1376           <li>
1377             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1378             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1379             structures
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1383             colour by RNA Helices not enabled when user created
1384             annotation added to alignment
1385           </li>
1386           <li>
1387             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1388             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1389           </li>
1390         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1391         <ul>
1392           <li>
1393             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1394             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1398             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1399           </li>
1400
1401           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1402             when selected</li>
1403         </ul>
1404       </td>
1405     </tr>
1406     <tr>
1407       <td><div align="center">
1408           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1409         </div></td>
1410       <td>
1411         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1412         <em>General</em>
1413         <ul>
1414           <li>Internationalisation of user interface (usually
1415             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1416           <li>Define/Undefine group on current selection with
1417             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1418           <li>Improved group creation/removal options in
1419             alignment/sequence Popup menu</li>
1420           <li>Sensible precision for symbol distribution
1421             percentages shown in logo tooltip.</li>
1422           <li>Annotation panel height set according to amount of
1423             annotation when alignment first opened</li>
1424         </ul> <em>Application</em>
1425         <ul>
1426           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1427             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1428           <li>Select columns containing particular features from
1429             Feature Settings dialog</li>
1430           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1431             sequences</li>
1432           <li>Update Jalview project format:
1433             <ul>
1434               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1435               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1436                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1437               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1438                 colouring</li>
1439             </ul>
1440           </li>
1441           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1442             (PAM250)</li>
1443           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1444             flanking regions for an alignment</li>
1445         </ul>
1446       </td>
1447       <td>
1448         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1449         <ul>
1450           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1451             running after job is cancelled</li>
1452           <li>cannot export features from alignments imported from
1453             Jalview/VAMSAS projects</li>
1454           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1455             float values</li>
1456           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1457             have 'display all symbols' flag set</li>
1458           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1459             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1460           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1461             Jalview</li>
1462           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1463             Lion/Webstart</li>
1464           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1465           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1466           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1467             alignment onto desktop</li>
1468           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1469             'extract scores' function</li>
1470           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1471             alignment window</li>
1472           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1473             performing IUPred disorder prediction</li>
1474           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1475             changing 'normalise logo' display setting</li>
1476           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1477             nothing matches query</li>
1478           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1479             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1480           </li>
1481           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1482             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1483           </li>
1484           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1485             Jalview's menu</li>
1486           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1487             'invalid literal/length code'</li>
1488           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1489             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1490           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1491             colourscheme</li>
1492
1493         </ul> <em>Applet</em>
1494         <ul>
1495           <li>Remove group option is shown even when selection is
1496             not a group</li>
1497           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1498             don't affect groups</li>
1499           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1500             colourscheme name</li>
1501           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1502             Annotation panel is not displayed</li>
1503           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1504             embedded windows</li>
1505         </ul> <em>Other</em>
1506         <ul>
1507           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1508             single sequence were not calculated</li>
1509           <li>annotation files that contain only groups imported as
1510             annotation and junk sequences</li>
1511           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1512             recognised as PFAM or BLC</li>
1513           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1514             doesn't affect background (2.8.0b1)
1515           <li></li>
1516           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1517           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1518             trailing gaps</li>
1519           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1520             registered correctly on import</li>
1521           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1522             certain alignments</li>
1523           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1524             existing annotation based 'use original colours'
1525             colourscheme loses original colours setting</li>
1526         </ul>
1527       </td>
1528     </tr>
1529     <tr>
1530       <td><div align="center">
1531           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1532             <em>30/1/2014</em></strong>
1533         </div></td>
1534       <td>
1535         <ul>
1536           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1537             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1538             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1539             open source project).
1540           </li>
1541           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1542           </li>
1543           <li>Output in Stockholm format</li>
1544           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1545           <li>Export/import group and sequence associated line
1546             graph thresholds</li>
1547           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1548             ambiguity codes</li>
1549           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1550             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1551             works</li>
1552           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1553         </ul> <em>Other improvements</em>
1554         <ul>
1555           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1556           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1557             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1558           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1559             files</li>
1560           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1561           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1562             link but no description</li>
1563           <li>Select primary source when selecting authority in
1564             database fetcher GUI</li>
1565           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1566             Jalview</li>
1567           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1568         </ul>
1569       </td>
1570       <td>
1571         <ul>
1572           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1573             displayed</li>
1574           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1575             secondary structure annotation line</li>
1576           <li>Sequence database accessions not imported when
1577             fetching alignments from Rfam</li>
1578           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1579             identical IDs</li>
1580           <li>View all structures does not always superpose
1581             structures</li>
1582           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1583             reflect user or preset settings</li>
1584           <li>Null pointer exceptions for some services without
1585             presets or adjustable parameters</li>
1586           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1587             discover PDB xRefs</li>
1588           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1589             features with DAS</li>
1590           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1591             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1592           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1593             residue follows a gap</li>
1594           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1595             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1596           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1597             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1598           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1599             annotation already exists on alignment</li>
1600           <li>oninit javascript function should be called after
1601             initialisation completes</li>
1602           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1603             alignment window display</li>
1604           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1605           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1606             to annotation file</li>
1607           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1608             groups created</li>
1609           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1610             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1611           <li>Pressing return several times causes Number Format
1612             exceptions in keyboard mode</li>
1613           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1614             correct partitions for input data</li>
1615           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1616           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1617           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1618           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1619             mode</li>
1620           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1621             changes one row&#39;s threshold</li>
1622           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1623             doesn&#39;t open</li>
1624           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1625             quality histograms</li>
1626         </ul>
1627       </td>
1628     </tr>
1629     <tr>
1630       <td><div align="center">
1631           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1632         </div></td>
1633       <td><em>Application</em>
1634         <ul>
1635           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1636             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1637           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1638             preferences</li>
1639           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1640             in Jalview alignment window</li>
1641           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1642             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1643           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1644             RNA and ambiguity codes</li>
1645
1646           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1647           <li>Support fetching and database reference look up
1648             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1649             refs')</li>
1650           <li>Jalview project improvements
1651             <ul>
1652               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1653                 flag for annotation</li>
1654               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1655                 alignment</li>
1656               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1657                 Jalview project</li>
1658
1659             </ul>
1660           </li>
1661           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1662           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1663             running</li>
1664           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1665           <li>visual indication that web service results are still
1666             being retrieved from server</li>
1667           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1668             starts up for first time</li>
1669           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1670             services</li>
1671           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1672             client library</li>
1673           <li>Examples directory and Groovy library included in
1674             InstallAnywhere distribution</li>
1675         </ul> <em>Applet</em>
1676         <ul>
1677           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1678             visualization applet example</li>
1679         </ul> <em>General</em>
1680         <ul>
1681           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1682           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1683             defaults</li>
1684           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1685             calculation</li>
1686           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1687             matrices
1688           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1689             in HTML</li>
1690           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1691             structure contacts</li>
1692           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1693           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1694           <li>Parse sequence associated secondary structure
1695             information in Stockholm files</li>
1696           <li>HTML Export database accessions and annotation
1697             information presented in tooltip for sequences</li>
1698           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1699             style RNA alignment files</li>
1700           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1701             alignment</li>
1702           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1703             shade each sequence according to its associated alignment
1704             annotation</li>
1705           <li>New Jalview Logo</li>
1706         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1707         <ul>
1708           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1709           <li>New Website!</li>
1710         </ul></td>
1711       <td><em>Application</em>
1712         <ul>
1713           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1714             wsdbfetch REST service</li>
1715           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1716           <li>Filetype associations not installed for webstart
1717             launch</li>
1718           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1719             job execution in full once it is complete</li>
1720           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1721             uploaded via ali_file parameter</li>
1722           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1723           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1724           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1725             submitted for prediction</li>
1726           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1727             desktop window</li>
1728           <li>Putting fractional value into integer text box in
1729             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1730           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1731             windows 7</li>
1732           <li>View all structures fails with exception shown in
1733             structure view</li>
1734           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1735             escaped in a platform independent way</li>
1736           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1737             using proxy</li>
1738           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1739             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1740           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1741             failure when java web start temporary file caching is
1742             disabled</li>
1743           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1744             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1745           <li>Errors during processing of command line arguments
1746             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1747           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1748             DAS sources in sequence fetcher</li>
1749           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1750             dialog is shown</li>
1751           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1752           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1753           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1754           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1755             on OSX Mountain Lion</li>
1756           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1757             sequences with alignment annotation are pasted into the
1758             alignment</li>
1759           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1760             when loaded from Jalview project</li>
1761           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1762           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1763             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1764           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1765             associated with all views</li>
1766           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1767             annotation rows to new window</li>
1768         </ul> <em>Applet</em>
1769         <ul>
1770           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1771             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1772           <li>loading features via javascript API automatically
1773             enables feature display</li>
1774           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1775             work</li>
1776         </ul> <em>General</em>
1777         <ul>
1778           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1779           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1780             and then deselected</li>
1781           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1782           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1783             coloured with clustalx</li>
1784           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1785             exceptions and redraw errors</li>
1786           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1787             reconfigured view</li>
1788           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1789             colour</li>
1790           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1791             for lots of labels</li>
1792         </ul>
1793     </tr>
1794     <tr>
1795       <td>
1796         <div align="center">
1797           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1798         </div>
1799       </td>
1800       <td><em>Application</em>
1801         <ul>
1802           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1803           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1804           <li>View/alignment association menu to enable user to
1805             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1806             its colours/correspondences from</li>
1807           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1808           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1809             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1810           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1811           <li>Annotation row column label formatting attributes
1812             stored in project file</li>
1813           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1814             rows preserved in Jalview project file</li>
1815           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1816             saved using Desktop window menu</li>
1817           <li>Visual indication that command line arguments are
1818             still being processed</li>
1819           <li>Groovy script execution from URL</li>
1820           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1821             preferences</li>
1822           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1823             alignment with sequences that have high similarity and
1824             matching IDs</li>
1825           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1826           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1827             structures in same window</li>
1828           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1829           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1830             analysis function in its own submenu</li>
1831         </ul> <em>Applet</em>
1832         <ul>
1833           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1834             groups</li>
1835           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1836           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1837           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1838           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1839           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1840             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1841           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1842           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1843             parameters are treated as such</li>
1844           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1845             <ul>
1846               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1847               <li>Javascript callbacks for
1848                 <ul>
1849                   <li>Applet initialisation</li>
1850                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1851                 </ul>
1852               </li>
1853               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1854                 functions</li>
1855               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1856               <li>javascript structure viewer harness to pass
1857                 messages between Jmol and Jalview when running as
1858                 distinct applets</li>
1859               <li>sortBy method</li>
1860               <li>Set of applet and application examples shipped
1861                 with documentation</li>
1862               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1863                 javascript message exchange</li>
1864             </ul>
1865         </ul> <em>General</em>
1866         <ul>
1867           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1868             multiple alignments</li>
1869           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1870           <li>User configurable link to enable redirects to a
1871             www.Jalview.org mirror</li>
1872           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1873           <li>Configurable newline string when writing alignment
1874             and other flat files</li>
1875           <li>Allow alignment annotation description lines to
1876             contain html tags</li>
1877         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1878         <ul>
1879           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1880             examples</li>
1881           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1882             using a web service before displaying the result in the
1883             Jalview desktop</li>
1884           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1885           <li>Ant target to publish example html files with applet
1886             archive</li>
1887           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1888           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1889         </ul></td>
1890       <td><em>Application</em>
1891         <ul>
1892           <li>User defined colourscheme throws exception when
1893             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1894           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1895             dialog for valid filename/format</li>
1896           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1897           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1898             P37173</li>
1899           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1900             which sequence is to be associated with the file</li>
1901           <li>Find All raises null pointer exception when query
1902             only matches sequence IDs</li>
1903           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1904           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1905             2.4 cannot be loaded</li>
1906           <li>Filetype associations not installed for webstart
1907             launch</li>
1908           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1909             with sequences in different alignments do not get coloured
1910             by their associated sequence</li>
1911           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1912             not preserved when project is loaded</li>
1913           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1914             stored in Jalview project</li>
1915           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1916             Jalview project</li>
1917           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1918           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1919             by conservation</li>
1920           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1921             created on new view</li>
1922           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1923             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1924           <li>Alignment quality not updated after alignment
1925             annotation row is hidden then shown</li>
1926           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1927             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1928           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1929             properly</li>
1930           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1931             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1932           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1933           <li>Structures imported from file and saved in project
1934             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1935           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1936             job execution in full once it is complete</li>
1937         </ul> <em>Applet</em>
1938         <ul>
1939           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1940             annotation rows are displayed</li>
1941           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1942             codebase</li>
1943           <li>View follows highlighting does not work for positions
1944             in sequences</li>
1945           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1946           <li>Export features raises exception when no features
1947             exist</li>
1948           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1949             for javascript api is modified when separator string
1950             provided as parameter</li>
1951           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1952             alignment with no existing selection</li>
1953           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1954             to applet&#39;s codebase</li>
1955           <li>Status bar not updated after finished searching and
1956             search wraps around to first result</li>
1957           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1958             several Jalview applets causes race conditions and memory
1959             leaks</li>
1960           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1961             not sent from Jmol in applet</li>
1962           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1963             applet API fatally hang browser</li>
1964         </ul> <em>General</em>
1965         <ul>
1966           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1967             position with wrapped view and hidden regions</li>
1968           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1969             with/without hidden columns</li>
1970           <li>Sequence length given in alignment properties window
1971             is off by 1</li>
1972           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1973             import PDB like structure files</li>
1974           <li>Positional search results are only highlighted
1975             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1976           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1977           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1978             given sequence position</li>
1979           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1980             output</li>
1981           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1982             from nucleotide chains correctly</li>
1983           <li>Structure colours not updated when tree partition
1984             changed in alignment</li>
1985           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1986             parsed in interleaved stockholm</li>
1987           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1988             state</li>
1989           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1990             properly</li>
1991           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1992             properly associated with their pdb files</li>
1993         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1994         <ul>
1995           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1996             ApplyCopyright tool</li>
1997         </ul></td>
1998     </tr>
1999     <tr>
2000       <td>
2001         <div align="center">
2002           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2003         </div>
2004       </td>
2005       <td><em>Application</em>
2006         <ul>
2007           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2008             contact web services</li>
2009           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2010             service job window</li>
2011           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2012         </ul></td>
2013       <td>
2014         <ul>
2015           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2016             pir file emitted by Jalview</li>
2017           <li>Existing feature settings transferred to new
2018             alignment view created from cut'n'paste</li>
2019           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2020             parsing PDB files</li>
2021           <li>Consensus and conservation annotation rows
2022             occasionally become blank for all new windows</li>
2023           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2024             in wrapped view mode</li>
2025         </ul> <em>Application</em>
2026         <ul>
2027           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2028             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2029           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2030             parameter names</li>
2031           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2032             is down</li>
2033         </ul>
2034       </td>
2035     </tr>
2036     <tr>
2037       <td>
2038         <div align="center">
2039           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2040         </div>
2041       </td>
2042       <td><em>Application</em>
2043         <ul>
2044           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2045             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2046             (JABAWS)
2047           </li>
2048           <li>Web Services preference tab</li>
2049           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2050             preferences</li>
2051           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2052           <li>Superpose structures using associated sequence
2053             alignment</li>
2054           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2055             viewer</li>
2056         </ul> <em>Applet</em>
2057         <ul>
2058           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2059             link out mechanism</li>
2060         </ul> <em>Other</em>
2061         <ul>
2062           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2063             series 12</li>
2064           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2065             require Java 1.5</li>
2066           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2067             sequence annotation files</li>
2068           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2069             type colour specification</li>
2070           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2071             script to check if it being run in an interactive session or
2072             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2073         </ul></td>
2074       <td>
2075         <ul>
2076           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2077             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2078         </ul> <em>Application</em>
2079         <ul>
2080           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2081             selected Regions menu item</li>
2082           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2083             part of a valid accession ID</li>
2084           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2085             runs out of memory</li>
2086           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2087             analysis results</li>
2088           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2089             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2090           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2091         </ul> <em>Applet</em>
2092         <ul>
2093           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2094             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2095             defined.</li>
2096         </ul>
2097       </td>
2098     </tr>
2099     <tr>
2100       <td>
2101         <div align="center">
2102           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2103         </div>
2104       </td>
2105       <td></td>
2106       <td>
2107         <ul>
2108           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2109             sequence IDs</li>
2110           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2111             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2112           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2113             import correctly</li>
2114           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2115             number of columns are hidden</li>
2116           <li>annotation label popup menu not providing correct
2117             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2118             present</li>
2119           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2120             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2121           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2122             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2123
2124         </ul> <em>Applet</em>
2125         <ul>
2126           <li>annotation panel disappears when annotation is
2127             hidden/removed</li>
2128         </ul> <em>Application</em>
2129         <ul>
2130           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2131             alignment opened where annotation panel is visible but no
2132             annotations are present on alignment</li>
2133           <li>pasted region containing hidden columns is
2134             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2135           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2136             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2137           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2138             selected Rregions menu item.</li>
2139           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2140             'Un' or 'Non'conserved</li>
2141           <li>Sequence feature settings are being shared by
2142             multiple distinct alignments</li>
2143           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2144             changed</li>
2145           <li>double click on group annotation to select sequences
2146             does not propagate to associated trees</li>
2147           <li>Mac OSX specific issues:
2148             <ul>
2149               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2150                 window background</li>
2151               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2152                 name set correctly</li>
2153               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2154                 save feature colourscheme button</li>
2155             </ul>
2156           </li>
2157         </ul>
2158       </td>
2159     </tr>
2160     <tr>
2161
2162       <td>
2163         <div align="center">
2164           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2165         </div>
2166       </td>
2167       <td><em>New Capabilities</em>
2168         <ul>
2169           <li>URL links generated from description line for
2170             regular-expression based URL links (applet and application)
2171
2172
2173
2174
2175
2176
2177           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2178             menu</li>
2179           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2180             structures</li>
2181           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2182             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2183           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2184             average score or total feature count for each sequence.</li>
2185           <li>Shading features by score or associated description</li>
2186           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2187             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2188           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2189             hide everything but the currently selected region.</li>
2190           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2191         </ul> <em>Application</em>
2192         <ul>
2193           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2194             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2195           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2196             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2197           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2198             database references and protein_name is parsed as
2199             description line (BioSapiens terms).</li>
2200           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2201             references in sequence ID tooltip from View menu in
2202             application.</li>
2203           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2204                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2205           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2206             conservation plots</li>
2207           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2208             and visualized as sequence logos</li>
2209           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2210             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2211           </li>
2212           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2213             when a new tree is opened.</li>
2214           <li>Jalview Java Console</li>
2215           <li>Better placement of desktop window when moving
2216             between different screens.</li>
2217           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2218             consensus annotation</li>
2219           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2220             Workflows</li>
2221           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2222             <ul>
2223               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2224                 used to preserve views, structures, and tree display
2225                 settings)</li>
2226               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2227                 command line</li>
2228               <li>Sharing of selected regions between views and
2229                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2230               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2231             </ul></li>
2232         </ul> <em>Applet</em>
2233         <ul>
2234           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2235           <li>New Parameters
2236             <ul>
2237               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2238                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2239                 opened.</li>
2240               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2241                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2242               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2243                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2244               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2245                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2246                 view</li>
2247               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2248                 increase the height or width of a cell in the alignment
2249                 grid relative to the current font size.</li>
2250             </ul>
2251           </li>
2252           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2253             tooltip</li>
2254         </ul> <em>Other</em>
2255         <ul>
2256           <li>Features format: graduated colour definitions and
2257             specification of feature scores</li>
2258           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2259             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2260             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2261           <li>XML formats extended to support graduated feature
2262             colourschemes, group associated annotation, and profile
2263             visualization settings.</li></td>
2264       <td>
2265         <ul>
2266           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2267             rather than description</li>
2268           <li>Non-positional features are now included in sequence
2269             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2270             visibility in tooltip).</li>
2271           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2272           <li>Added URL embedding instructions to features file
2273             documentation.</li>
2274           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2275             'X' in peptide product</li>
2276           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2277             sequence ID and sequence string and query strings do not
2278             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2279           <li>AMSA files only contain first column of
2280             multi-character column annotation labels</li>
2281           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2282             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2283             exported and re-imported)</li>
2284           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2285             name</li>
2286           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2287             as subsequence matches, and correctly reports total number
2288             of both.</li>
2289           <li>Application:
2290             <ul>
2291               <li>Better handling of exceptions during sequence
2292                 retrieval</li>
2293               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2294                 link text excludes the start_end suffix</li>
2295               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2296                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2297               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2298               <li>Sequence description lines properly shared via
2299                 VAMSAS</li>
2300               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2301                 data sources</li>
2302               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2303                 completes before alignment figures are generated.</li>
2304               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2305                 first time.</li>
2306               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2307                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2308               <li>User defined group colours properly recovered
2309                 from Jalview projects.</li>
2310             </ul>
2311           </li>
2312         </ul>
2313       </td>
2314
2315     </tr>
2316     <tr>
2317       <td>
2318         <div align="center">
2319           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2320         </div>
2321       </td>
2322       <td>
2323         <ul>
2324           <li>Experimental support for google analytics usage
2325             tracking.</li>
2326           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2327         </ul>
2328       </td>
2329       <td>
2330         <ul>
2331           <li>Race condition in applet preventing startup in
2332             jre1.6.0u12+.</li>
2333           <li>Exception when feature created from selection beyond
2334             length of sequence.</li>
2335           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2336           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2337             all sequences with a given id</li>
2338           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2339             ID string searches</li>
2340           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2341             alignment to fail with exception</li>
2342         </ul> <em>Application Issues</em>
2343         <ul>
2344           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2345           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2346             data sources</li>
2347         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2348         <ul>
2349           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2350             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2351           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2352             version (java class versioning error fixed)</li>
2353         </ul>
2354       </td>
2355     </tr>
2356     <tr>
2357       <td>
2358
2359         <div align="center">
2360           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2361         </div>
2362       </td>
2363       <td><em>User Interface</em>
2364         <ul>
2365           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2366             translation and protein products</li>
2367           <li>Linked highlighting of structure associated with
2368             residue mapping to codon position</li>
2369           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2370             and 'clear' button</li>
2371           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2372             Tools menu</li>
2373           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2374             numeric data in description line</li>
2375           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2376           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2377             of sequence</li>
2378         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2379         <ul>
2380           <li>JPred3 web service</li>
2381           <li>Prototype sequence search client (no public services
2382             available yet)</li>
2383           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2384             PFAM</li>
2385           <li>URL Links created for matching database cross
2386             references as well as sequence ID</li>
2387           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2388         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2389         <ul>
2390           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2391             databases</li>
2392           <li>Generalised database reference retrieval and
2393             validation to all fetchable databases</li>
2394           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2395             sequence command</li>
2396         </ul> <em>Import and Export</em>
2397         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2398         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2399           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2400         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2401           File</li>
2402         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2403           triplet as name of colourscheme</li>
2404         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2405         <ul>
2406           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2407           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2408             alignments (experimental)</li>
2409           <li>Create new or select existing session to join</li>
2410           <li>load and save of vamsas documents</li>
2411         </ul> <em>Application command line</em>
2412         <ul>
2413           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2414             from applet)</li>
2415           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2416             of DAS servers to query for alignment features</li>
2417           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2418             that are also automatically queried for features</li>
2419           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2420             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2421         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2422         <ul>
2423           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2424             application (when using &quot;View in full
2425             application&quot;)</li>
2426         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2427         <ul>
2428           <li>feature group display control parameter</li>
2429           <li>debug parameter</li>
2430           <li>showbutton parameter</li>
2431         </ul> <em>Applet API methods</em>
2432         <ul>
2433           <li>newView public method</li>
2434           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2435           <li>Feature display control methods</li>
2436           <li>get list of currently selected sequences</li>
2437         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2438         <ul>
2439           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2440           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2441             Jalview release.</li>
2442           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2443             property controls execution of obfuscator</li>
2444           <li>Build target for generating source distribution</li>
2445           <li>Debug flag for javacc</li>
2446           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2447             jalview.bin.Cache</li>
2448           <li>Continuous Build Integration for stable and
2449             development version of Application, Applet and source
2450             distribution</li>
2451         </ul></td>
2452       <td>
2453         <ul>
2454           <li>selected region output includes visible annotations
2455             (for certain formats)</li>
2456           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2457             for editing</li>
2458           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2459           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2460           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2461           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2462             comments</li>
2463           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2464             filenames containing a ':'</li>
2465           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2466             global sequence features</li>
2467           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2468             references from alignment sequences goes to zero</li>
2469           <li>Close of tree branch colour box without colour
2470             selection causes cascading exceptions</li>
2471           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2472           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2473             file parsing fails.</li>
2474           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2475           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2476             not a valid output format</li>
2477           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2478             vamsas</li>
2479           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2480           <li>error messages passed up and output when data read
2481             fails</li>
2482           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2483             sequence is edited</li>
2484           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2485             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2486           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2487             filetype</li>
2488           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2489             import fixed for PFAM records</li>
2490           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2491             window list</li>
2492           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2493             can be read and written correctly to annotation file</li>
2494           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2495             correctly</li>
2496           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2497             non-italic font for representatives in Applet</li>
2498           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2499             Macs.</li>
2500           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2501             Applet)</li>
2502           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2503             due to null pointer exceptions</li>
2504           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2505             first column of alignment</li>
2506           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2507             July 2008</li>
2508           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2509             file is case-insensitive</li>
2510           <li>Sequence features read from Features file appended to
2511             all sequences with matching IDs</li>
2512           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2513             containing a sub-sequence</li>
2514           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2515           <li>feature and annotation file applet parameters
2516             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2517           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2518           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2519             splash-screen version check to complete</li>
2520           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2521             when passing them to the launchApp service</li>
2522           <li>display name and local features preserved in results
2523             retrieved from web service</li>
2524           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2525             sequence fetcher initialisation</li>
2526           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2527             dasobert DAS client</li>
2528           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2529             association</li>
2530           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2531             sequences
2532           </li>
2533         </ul>
2534       </td>
2535     </tr>
2536     <tr>
2537       <td>
2538         <div align="center">
2539           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2540         </div>
2541       </td>
2542       <td>
2543         <ul>
2544           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2545           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2546           <li>Slide sequences</li>
2547           <li>Edit sequence in place</li>
2548           <li>EMBL CDS features</li>
2549           <li>DAS Feature mapping</li>
2550           <li>Feature ordering</li>
2551           <li>Alignment Properties</li>
2552           <li>Annotation Scores</li>
2553           <li>Sort by scores</li>
2554           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2555         </ul>
2556       </td>
2557       <td>
2558         <ul>
2559           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2560           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2561           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2562           <li>Feature group display state in XML</li>
2563           <li>Feature ordering in XML</li>
2564           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2565           <li>Stockholm alignment properties</li>
2566           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2567           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2568           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2569           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2570         </ul>
2571       </td>
2572
2573     </tr>
2574     <tr>
2575       <td>
2576         <div align="center">
2577           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2578         </div>
2579       </td>
2580       <td>
2581         <ul>
2582           <li>Non standard characters can be read and displayed
2583           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2584             applet via textbox
2585           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2586             name &amp; description
2587           <li>Preference setting to display sequence name in
2588             italics
2589           <li>Annotation file format extended to allow
2590             Sequence_groups to be defined
2591           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2592             specified in preferences
2593           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2594             sequences
2595         </ul>
2596       </td>
2597       <td>
2598         <ul>
2599           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2600             installed
2601           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2602           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2603         </ul>
2604       </td>
2605     </tr>
2606     <tr>
2607       <td>
2608         <div align="center">
2609           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2610         </div>
2611       </td>
2612       <td>
2613         <ul>
2614           <li>Multiple views on alignment
2615           <li>Sequence feature editing
2616           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2617           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2618           <li>Background dependent text colour
2619           <li>Right align sequence ids
2620           <li>User-defined lower case residue colours
2621           <li>Format Menu
2622           <li>Select Menu
2623           <li>Menu item accelerator keys
2624           <li>Control-V pastes to current alignment
2625           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2626           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2627           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2628
2629
2630
2631
2632
2633
2634           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2635         </ul>
2636       </td>
2637       <td>
2638         <ul>
2639           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2640           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2641             calculations
2642           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2643             edits
2644           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2645             of alignment)
2646           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2647
2648
2649
2650
2651
2652
2653           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2654             display correctly
2655           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2656           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2657             analysis results
2658           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2659             &#8739;
2660           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2661           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2662           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2663
2664
2665
2666
2667
2668
2669         </ul>
2670       </td>
2671     </tr>
2672     <tr>
2673       <td>
2674         <div align="center">
2675           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2676         </div>
2677       </td>
2678       <td>
2679         <ul>
2680           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2681         </ul>
2682       </td>
2683       <td>
2684         <ul>
2685           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2686             sequence id panel has been resized</li>
2687           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2688             rendered</li>
2689           <li>Annotation files with sequence references - all
2690             elements in file are relative to sequence position</li>
2691           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2692         </ul>
2693       </td>
2694     </tr>
2695     <tr>
2696       <td>
2697         <div align="center">
2698           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2699         </div>
2700       </td>
2701       <td>
2702         <ul>
2703           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2704           <li>DAS Feature fetching</li>
2705           <li>Hide sequences and columns</li>
2706           <li>Export Annotations and Features</li>
2707           <li>GFF file reading / writing</li>
2708           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2709             files</li>
2710           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2711           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2712           <li>Applet can launch the full application</li>
2713           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2714             required)</li>
2715           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2716           <li>Applet can load sequences from parameter
2717             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2718           </li>
2719         </ul>
2720       </td>
2721       <td>
2722         <ul>
2723           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2724           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2725           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2726         </ul>
2727       </td>
2728     </tr>
2729     <tr>
2730       <td>
2731         <div align="center">
2732           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2733         </div>
2734       </td>
2735       <td>
2736         <ul>
2737           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2738           <li>Choose to match case when searching</li>
2739           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2740             expand the visible width and height of the alignment</li>
2741         </ul>
2742       </td>
2743       <td>
2744         <ul>
2745           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2746         </ul>
2747       </td>
2748     </tr>
2749     <tr>
2750       <td>
2751         <div align="center">
2752           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2753         </div>
2754       </td>
2755       <td>&nbsp;</td>
2756       <td>
2757         <ul>
2758           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2759           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2760             value</li>
2761         </ul>
2762       </td>
2763     </tr>
2764     <tr>
2765       <td>
2766         <div align="center">
2767           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2768         </div>
2769       </td>
2770       <td>
2771         <ul>
2772           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2773           <li>Keyboard editing</li>
2774           <li>Create sequence features from searches</li>
2775           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2776             alignments</li>
2777           <li>Features file allows grouping of features</li>
2778           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2779           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2780           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2781         </ul>
2782       </td>
2783       <td>
2784         <ul>
2785           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2786           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2787             descriptions saved.</li>
2788         </ul>
2789       </td>
2790     </tr>
2791     <tr>
2792       <td>
2793         <div align="center">
2794           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2795         </div>
2796       </td>
2797       <td>
2798         <ul>
2799           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2800           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2801           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2802             name for file output</li>
2803           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2804           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2805             used for HTML form input</li>
2806         </ul>
2807       </td>
2808       <td>
2809         <ul>
2810           <li>HTML output writes groups and features</li>
2811           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2812           <li>File IO bugs</li>
2813         </ul>
2814       </td>
2815     </tr>
2816     <tr>
2817       <td>
2818         <div align="center">
2819           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2820         </div>
2821       </td>
2822       <td>
2823         <ul>
2824           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2825           <li>More options for PCA viewer</li>
2826         </ul>
2827       </td>
2828       <td>
2829         <ul>
2830           <li>GUI bugs resolved</li>
2831           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2832         </ul>
2833       </td>
2834     </tr>
2835     <tr>
2836       <td height="63">
2837         <div align="center">
2838           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2839         </div>
2840       </td>
2841       <td>
2842         <ul>
2843           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2844           <li>Jar files are executable</li>
2845           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2846         </ul>
2847       </td>
2848       <td>
2849         <ul>
2850           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2851           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2852           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2853         </ul>
2854       </td>
2855     </tr>
2856     <tr>
2857       <td>
2858         <div align="center">
2859           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2860         </div>
2861       </td>
2862       <td>
2863         <ul>
2864           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2865         </ul>
2866       </td>
2867       <td>
2868         <ul>
2869           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2870         </ul>
2871       </td>
2872     </tr>
2873     <tr>
2874       <td>
2875         <div align="center">
2876           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2877         </div>
2878       </td>
2879       <td>
2880         <ul>
2881           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2882             size</li>
2883         </ul>
2884       </td>
2885       <td>
2886         <ul>
2887           <li>Improved JPred client reliability</li>
2888           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2889         </ul>
2890       </td>
2891     </tr>
2892     <tr>
2893       <td>
2894         <div align="center">
2895           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2896         </div>
2897       </td>
2898       <td>
2899         <ul>
2900           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2901           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2902           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2903             to Colour Menu</li>
2904           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2905           <li>Unix users can set default web browser</li>
2906           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2907           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2908         </ul>
2909       </td>
2910       <td>
2911         <ul>
2912           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2913         </ul>
2914       </td>
2915     </tr>
2916     <tr>
2917       <td>
2918         <div align="center">
2919           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2920         </div>
2921       </td>
2922       <td>&nbsp;</td>
2923       <td>
2924         <ul>
2925           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2926             alignment order.</li>
2927         </ul>
2928       </td>
2929     </tr>
2930     <tr>
2931       <td>
2932         <div align="center">
2933           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2934         </div>
2935       </td>
2936       <td>
2937         <ul>
2938           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2939           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2940           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2941             annotations.</li>
2942           <li>Version and build date written to build properties
2943             file.</li>
2944           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2945             at launch of Jalview.</li>
2946         </ul>
2947       </td>
2948       <td>
2949         <ul>
2950           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2951           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2952           <li>Can remove groups one by one.</li>
2953           <li>Filechooser icons installed.</li>
2954           <li>Finder ignores return character when searching.
2955             Return key will initiate a search.<br>
2956           </li>
2957         </ul>
2958       </td>
2959     </tr>
2960     <tr>
2961       <td>
2962         <div align="center">
2963           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2964         </div>
2965       </td>
2966       <td>
2967         <ul>
2968           <li>New codebase</li>
2969         </ul>
2970       </td>
2971       <td>&nbsp;</td>
2972     </tr>
2973   </table>
2974   <p>&nbsp;</p>
2975 </body>
2976 </html>