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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  86               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  87             </li>
  88           </ul>
  89           <em>Application</em>
  90           <ul>
  91             <li>
  92               <!-- JAL-2447 -->
  93               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
  94               menu to hide or show untested features in the application.
  95             </li>
  96             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
  97           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
  98           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
  99           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 100           </ul>
 101           <em>Experimental features</em>
 102           <ul>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 105               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 106               features, and vice-versa.
 107             </li>
 108           </ul>
 109           <em>Applet</em>
 110           <ul>
 111           <li><!--  --></li>
 112           </ul>
 113           <em>Test Suite</em>
 114           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivelegedAccessor to test suite</li>
 115           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 116           <li><!--  -->
 117           </ul>
 118           </div></td><td><div align="left">
 119           <em>General</em>
 120           <ul>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 123               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 124               this one-line groovy script:<br />jalview.schemes.ResidueProperties.BLOSUM62[4][1]=3
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 128               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 129               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 130               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 131               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 132               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 133               Jalview's PCAs were different to those produced by
 134               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 135               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 136               behaviour<br />
 137               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 138               2.10.1 mode<br />
 139               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 140               restore 2.10.2 mode
 141             </li>
 142             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 143           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 144           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 145           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 146           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 147           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 148           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 149           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 150           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 151           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 152           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 153           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 154           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 155           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 156           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 157           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 158           </ul>
 159           <em>Application</em>
 160           <ul>
 161           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 162           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 163           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 164           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 165           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 166           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 167           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 168           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 169           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 170           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 171           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 172
 173           </ul>
 174           <em>Applet</em>
 175           <ul>
 176           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 177           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 178           </ul>
 179           <em>New Known Issues</em>
 180           <ul>
 181           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 182           <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 183           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 184           </ul>
 185
 186           </div>
 187     <tr>
 188       <td width="60" nowrap>
 189         <div align="center">
 190           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 191             <em>29/11/2016</em></strong>
 192         </div>
 193       </td>
 194       <td><div align="left">
 195           <em>General</em>
 196           <ul>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 199               for all consensus calculations
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 203             </li>
 204             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 205               for 2016-2017</li>
 206           </ul>
 207           <em>Application</em>
 208           <ul>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 211               set of database cross-references, sorted alphabetically
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 215               from database cross references. Users with custom links
 216               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 217                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 221               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 222               Chimera session
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 226               the Chimera it is connected to is shut down
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 230               columns menu item to mark columns containing
 231               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 232               of a Find operation)
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 236               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 237               MSAviewer
 238             </li>
 239           </ul>
 240         </div></td>
 241       <td>
 242         <div align="left">
 243           <em>General</em>
 244           <ul>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 247               are not coloured or thresholded according to percent
 248               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 252               hydrophobic
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 256               threshold, amino acid properties)
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 260               reported as mapped to residues in a structure file in the
 261               View Mapping report
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 265               could be added multiple times to a sequence
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 269               bond features shown as two highlighted residues rather
 270               than a range in linked structure views, and treated
 271               correctly when selecting and computing trees from features
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 275               cross-references are matched to database name regardless
 276               of case
 277             </li>
 278
 279           </ul>
 280           <em>Application</em>
 281           <ul>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 284               names without regular expressions also offer links from
 285               Sequence ID
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 289               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 290               update Jalview configuration
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 294               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 298               files with similarly named sequences if dropped onto the
 299               alignment
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 303               entries where more chains exist in the PDB accession than
 304               are reported in the SIFTS file
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 308               the structure view when displayed with Chimera
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 312               panel's View->Show Chains submenu
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 316               work for wrapped alignment views
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 320               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 324               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 325               first annotation row
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 329               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 330             </li>
 331             <li>
 332             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 333             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 334           </ul>
 335 <!--           <em>New Known Issues</em>
 336           <ul>
 337             <li></li>
 338           </ul> -->
 339         </div>
 340       </td>
 341     </tr>
 342       <td width="60" nowrap>
 343         <div align="center">
 344           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 345             <em>25/10/2016</em></strong>
 346         </div>
 347       </td>
 348       <td><em>Application</em>
 349         <ul>
 350           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 351             view if structures already loaded</li>
 352           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 353             structure views</li>
 354         </ul></td>
 355       <td>
 356         <div align="left">
 357           <em>General</em>
 358           <ul>
 359             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 360               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 361             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 362               example sequences/projects/trees</li>
 363           </ul>
 364           <em>Application</em>
 365           <ul>
 366             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 367               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 368             <li>Multiple structure views can be opened and
 369               superposed without timeout for structures with multiple
 370               models or multiple sequences in alignment</li>
 371             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 372               a PDB ID HEADER line</li>
 373             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 374               superposition is performed</li>
 375             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 376               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 377             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 378             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 379               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 380               Refs UI option</li>
 381             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 382               view is created on the alignment</li>
 383             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 384               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 385               to open group pop-up menu</li>
 386           </ul>
 387           <em>Build and deployment</em>
 388           <ul>
 389             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 390               tags</li>
 391           </ul>
 392           <em>New Known Issues</em>
 393           <ul>
 394             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 395               work on Windows</li>
 396           </ul>
 397         </div>
 398       </td>
 399     </tr>
 400     <tr>
 401       <td width="60" nowrap>
 402         <div align="center">
 403           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 404         </div>
 405       </td>
 406       <td><em>General</em>
 407         <ul>
 408           <li>
 409           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 413             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 414             better PDB parsing.
 415           </li>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 418             reference sequence
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 422             mousing over sequence associated annotation
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 426             for manual entry
 427           </li>
 428           <li>
 429             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 430             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 431             for each column
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 435             showing or hiding columns containing a feature
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 439             group and sequence associated annotation labels
 440           </li>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 443             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 444             dialogs
 445           </li>
 446
 447         </ul> <em>Application</em>
 448         <ul>
 449           <li>
 450             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 451             gene/transcript view
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 455             dialog
 456           </li>
 457           <li>
 458             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 459             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 460           </li>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 463             Pfam sources to xfam.org
 464           </li>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 470             over sequences in Jalview
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 474             regions in ENA and EMBL
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 478             for record retrieval via ENA rest API
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 482             complement operator
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 486             groovy script execution
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 490             alignment window's Calculate menu
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 494             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 498             calculation workers from groovy scripts
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 502             Jalview projects
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 506             associations are now saved/restored from project
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 510             before sequence fetcher is opened
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 514             database chooser opens a sequence fetcher
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 518             the UniProt REST API
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 522             the news reader opening
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 526             querying stored in preferences
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 530             search results
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 537             menu for nucleotide sequences
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 541             and feature counts preserves alignment ordering (and
 542             debugged for complex feature sets).
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 546             viewing structures with Jalview 2.10
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 550             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 551             Ensembl Genomes REST API
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 555             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 556             (Ensembl)
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 560             sequences
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 564             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 565             data from external database records.
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 569             efficient recovery of sequence coding and alignment
 570             annotation relationships.
 571           </li>
 572         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 573         <ul>
 574           <li>
 575             -- JAL---
 576           </li>
 577         </ul> --></td>
 578       <td>
 579         <div align="left">
 580           <em>General</em>
 581           <ul>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 584               menu on OSX
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 588               includes graduated colourschemes
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 592               working with big alignments and lots of hidden columns
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 596               at right of alignment window
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 600               contents
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 604               for DNA alignments
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 608               based tree calculation
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 612               unconserved enabled for group on alignment
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 616               set as reference
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 620               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 621               annotation
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 625               hidden columns present
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 629               user created annotation added to alignment
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 633               '()' base pair annotation
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 637               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 638               Consensus
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 642               feature not working
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 646               beginning of sequence
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 650               entry 3a6s
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 654               from a tree when t-coffee scores are shown
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 658               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 662               some structures
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 666               to Clustal, PIR and PileUp output
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 670               not visible causes alignment window to repaint
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 674               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 675               scores associated with features and annotation rows
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 679               calculation should be case independent
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 683               columns
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 687               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 688               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 692               problems when reference sequence defined and 'show
 693               non-conserved' enabled
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 697               load even when Consensus calculation is disabled
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 701               alignment does nothing
 702             </li>
 703           </ul>
 704           <em>Application</em>
 705           <ul>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 708               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 709               yet fixed for El Capitan)
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 713               output when running on non-gb/us i18n platforms
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 717               hidden sequences as flat-file alignment
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 721               launching Chimera
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 725               (also hotfix for 2.9.0b2)
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 729               reference sequence defined
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 733               alignments and views when revealing hidden columns
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 737               view in a cDNA/Protein splitframe
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 741               sequence from project when only one sequence is
 742               represented
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 746               in Structure Chooser
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 750               structure consensus didn't refresh annotation panel
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 754               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 758               dialogs format columns correctly, don't display array
 759               data, sort columns according to type
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 763               file chooser is cancelled during an image export
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 767               sequence name containing special characters
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 771               case insensitive
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 775               formatting don't wrap
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 779               truncated so L looks like I in consensus annotation
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 783               currently displayed features for the current selection or
 784               view
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 788               after fetching cross-references, and restoring from project
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 792               followed in the structure viewer
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 796               splitframe not restored from project
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 800               trailing end of protein alignment in transcript/product
 801               splitview when pad-gaps not enabled by default
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 805               is case dependent
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 809               article has been read (reopened issue due to
 810               internationalisation problems)
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 814               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 815               cross-references
 816             </li>
 817
 818             <li>
 819               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 820               alignment as HTML
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 824               multiple structures are shown for one or more sequences.
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 828               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 829               is enabled.
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 833               specific PDB id for sequence
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 837               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 838               columns' is disabled.
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 842               selects lowest rather than highest resolution structures
 843               for each sequence
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 847               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 851               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 852             </li>
 853             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 854               after clicking on it to create new annotation for a
 855               column.
 856             </li>
 857             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 858             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 859           </ul>
 860           <em>Applet</em>
 861           <ul>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 864               hidden columns present before start of sequence
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 868               (JSON jars)
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 872               sequences are hidden in applet
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 876               deployment on examples pages.
 877             </li>
 878           </ul>
 879         </div>
 880       </td>
 881     </tr>
 882     <tr>
 883       <td width="60" nowrap>
 884         <div align="center">
 885           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 886             <em>16/10/2015</em></strong>
 887         </div>
 888       </td>
 889       <td><em>General</em>
 890         <ul>
 891           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 892             jars</li>
 893         </ul></td>
 894       <td>
 895         <div align="left">
 896           <em>Application</em>
 897           <ul>
 898             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 899               shown when tree is partitioned</li>
 900             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 901               multiple cDNA/Protein split views</li>
 902           </ul>
 903         </div>
 904       </td>
 905     </tr>
 906     <tr>
 907       <td width="60" nowrap>
 908         <div align="center">
 909           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 910             <em>8/10/2015</em></strong>
 911         </div>
 912       </td>
 913       <td><em>General</em>
 914         <ul>
 915           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 916             2.9</li>
 917         </ul> <em>Application</em>
 918         <ul>
 919           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 920           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 921           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 922         </ul> <em>Applet</em>
 923         <ul>
 924           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 925         </ul><em>Build and Deployment</em>
 926         <ul>
 927           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 928         </ul></td>
 929       <td>
 930         <div align="left">
 931           <em>General</em>
 932           <ul>
 933             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 934               incorrect when sequence start > 1</li>
 935             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 936               documentation</li>
 937             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 938             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 939               loading a features file containing HTML tags in feature
 940               description</li>
 941
 942           </ul>
 943           <em>Application</em>
 944           <ul>
 945             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 946               reimport</li>
 947             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 948               with 'trim retrieved sequences'</li>
 949             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 950               deleting selected columns</li>
 951             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 952               JNLP templates for webstart launch</li>
 953             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 954               unreleased structures for download or viewing</li>
 955             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 956               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 957             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 958               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 959             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 960               recovered from jalview project</li>
 961             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 962               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 963               alignment view</li>
 964             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 965               color schemes from BioJSON</li>
 966           </ul>
 967           <em>Applet</em>
 968           <ul>
 969             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 970               frame</li>
 971             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 972           </ul>
 973         </div>
 974       </td>
 975     </tr>
 976     <tr>
 977       <td><div align="center">
 978           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 979         </div></td>
 980       <td><em>General</em>
 981         <ul>
 982           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 983             alignments:
 984             <ul>
 985               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 986                 and DNA alignment views</li>
 987               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 988                 cDNA alignment views</li>
 989               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 990                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 991               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 992                 protein sequences</li>
 993             </ul>
 994           </li>
 995           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 996           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 997             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 998           <li>New alignment annotation file statements for
 999             reference sequences and marking hidden columns</li>
1000           <li>Reference sequence based alignment shading to
1001             highlight variation</li>
1002           <li>Select or hide columns according to alignment
1003             annotation</li>
1004           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1005           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1006             acid conservation row</li>
1007           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1008         </ul> <em>Application</em>
1009         <ul>
1010           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1011             <ul>
1012               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1013                 view with cDNA/Protein</li>
1014               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1015                 sequences are placed in the same alignment</li>
1016               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1017                 projects</li>
1018             </ul>
1019           </li>
1020
1021           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1022           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1023             Jalview windows</li>
1024
1025           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1026           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1027           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1028             be shown in VARNA</li>
1029
1030           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1031             as the active selected region</li>
1032
1033           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1034             similarity</li>
1035           <li>New Export options
1036             <ul>
1037               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1038                 region export in flat file generation</li>
1039
1040               <li>Export alignment views for display with the <a
1041                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1042
1043               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1044               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1045                 alignment figures to HTML</li>
1046           </li>
1047           <li>3D structure retrieval and display
1048             <ul>
1049               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1050                 Search API</li>
1051               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1052                 PDB structures for a sequence set</li>
1053             </ul>
1054           </li>
1055
1056           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1057             predictions</li>
1058           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1059             for one or a group of sequences</li>
1060           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1061             from the JPred4 web server</li>
1062           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1063             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1064             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1065           </li>
1066           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1067             VARNA 2D Structure'</li>
1068           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1069             Structure ..."</li>
1070
1071         </ul> <em>Applet</em>
1072         <ul>
1073           <li>New layout for applet example pages</li>
1074           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1075             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1076           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1077             Protein alignments</li>
1078         </ul> <em>Development and deployment</em>
1079         <ul>
1080           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1081           <li>Include installation type and git revision in build
1082             properties and console log output</li>
1083           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1084             storing BioJsMSA Templates</li>
1085           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1086         </ul></td>
1087       <td>
1088         <!-- <em>General</em>
1089         <ul>
1090         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1091         <ul>
1092           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1093           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1094           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1095             predictions are not highlighted in amber</li>
1096           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1097             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1098           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1099             associated structure views</li>
1100           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1101             width checkbox not enabled</li>
1102           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1103             creating user defined colours</li>
1104           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1105             mappings for just that viewer's sequences</li>
1106           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1107             multiple models in Chimera</li>
1108           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1109             over Jmol structure</li>
1110           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1111             output to text box</li>
1112           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1113             have incorrect sequence start/end</li>
1114           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1115             Jalview fails</li>
1116           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1117             work for nucleotide</li>
1118           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1119             to a grey/invisible alignment window</li>
1120           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1121             imports to different position</li>
1122           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1123             on some platforms</li>
1124           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1125             populated</li>
1126           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1127             console if Chimera has been opened</li>
1128           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1129           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1130             retrieved</li>
1131           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1132           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1133             either sequence shows on first structure</li>
1134           <li>'Show annotations' options should not make
1135             non-positional annotations visible</li>
1136           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1137             in right place after 'view flanking regions'</li>
1138           <li>File Save As type unset when current file format is
1139             unknown</li>
1140           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1141             projects</li>
1142           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1143             responsive</li>
1144           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1145             several views on same alignment</li>
1146           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1147           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1148             spaces</li>
1149         </ul> <em>Applet</em>
1150         <ul>
1151           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1152           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1153             descriptions containing angle brackets</li>
1154         </ul> <em>General</em>
1155         <ul>
1156           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1157             via jalview annotation file</li>
1158           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1159             with RNA secondary structure</li>
1160           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1161             translation doesn't work.</li>
1162           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1163           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1164             positions</li>
1165           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1166             choosing 1pt font</li>
1167           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1168             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1169             'h'</li>
1170           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1171             new feature</li>
1172           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1173             order dependent</li>
1174           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1175             sequences</li>
1176           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1177         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1178         <ul>
1179           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1180             www.jalview.org</li>
1181         </ul> <em>Application Known issues</em>
1182         <ul>
1183           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1184           <li>Misleading message appears after trying to delete
1185             solid column.</li>
1186           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1187             version launches</li>
1188           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1189             fails with a sequence mismatch</li>
1190           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1191             scrolling alignment to right</li>
1192           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1193             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1194           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1195             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1196           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1197             ultra-high resolution</li>
1198           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1199             quality and conservation</li>
1200           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1201             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1202         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1203         <ul>
1204           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1205           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1206             window is being resized</li>
1207
1208         </ul>
1209       </td>
1210     </tr>
1211     <tr>
1212       <td><div align="center">
1213           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1214         </div></td>
1215       <td><em>General</em>
1216         <ul>
1217           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1218             Certum.PL.</li>
1219           <li>Features and annotation preserved when performing
1220             pairwise alignment</li>
1221           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1222             imported/exported/displayed</li>
1223           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1224             protein secondary structure</li>
1225           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1226               post-hoc with 2.9 release</em>)
1227           </li>
1228
1229         </ul> <em>Application</em>
1230         <ul>
1231           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1232             with 3D structures</li>
1233           <li>Support for parsing RNAML</li>
1234           <li>Annotations menu for layout
1235             <ul>
1236               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1237               <li>place sequence annotation above/below alignment
1238                 annotation</li>
1239             </ul>
1240           <li>Output in Stockholm format</li>
1241           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1242             translation</li>
1243           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1244           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1245             shared between alignments</li>
1246           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1247             Jalview</li>
1248           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1249             all or current selection</li>
1250           <li>disorder and secondary structure predictions
1251             available as dataset annotation</li>
1252           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1253
1254
1255           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1256             alignments from Rfam</li>
1257           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1258
1259           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1260             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1261           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1262           <li>include installation type in build properties and
1263             console log output</li>
1264           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1265             annotation</li>
1266         </ul></td>
1267       <td>
1268         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1269         <ul>
1270           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1271             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1272           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1273             alignment</li>
1274           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1275           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1276           <li>Double click on sequence associated annotation
1277             selects only first column</li>
1278           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1279             leaves shown in tree</li>
1280           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1281             properly</li>
1282           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1283           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1284             screen and buttons not visible</li>
1285           <li>author list isn't updated if already written to
1286             Jalview properties</li>
1287           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1288             from database</li>
1289           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1290           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1291             browser search window</li>
1292           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1293             in feature settings dialog</li>
1294           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1295             desktop</li>
1296           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1297             pass validation</li>
1298           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1299             fit on screen</li>
1300           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1301             tooltip</li>
1302           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1303             defined user preset</li>
1304           <li>MSA web services warns user if they were launched
1305             with invalid input</li>
1306           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1307             Java 8</li>
1308           <li>
1309             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1310             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1311             created
1312           </li>
1313
1314         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1315                                 <ul>
1316                                 </ul> <em>General</em>
1317                                 <ul>
1318                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1319         <ul>
1320           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1321             memory allocation</li>
1322           <li>launchApp service doesn't automatically open
1323             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1324           <li>
1325             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1326             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1327             1.7_055 is available
1328           </li>
1329         </ul> <em>Application Known issues</em>
1330         <ul>
1331           <li>
1332             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1333             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1334             alignment to right
1335           </li>
1336           <li>
1337             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1338             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1339             with large number of ID
1340           </li>
1341           <li>
1342             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1343             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1344             start/end
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1348             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1349             structure tracks are rearranged
1350           </li>
1351           <li>
1352             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1353             invalid rna structure positional highlighting does not
1354             highlight position of invalid base pairs
1355           </li>
1356           <li>
1357             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1358             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1359             project from alignment window file menu
1360           </li>
1361           <li>
1362             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1363             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1364             structures
1365           </li>
1366           <li>
1367             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1368             colour by RNA Helices not enabled when user created
1369             annotation added to alignment
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1373             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1374           </li>
1375         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1376         <ul>
1377           <li>
1378             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1379             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1383             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1384           </li>
1385
1386           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1387             when selected</li>
1388         </ul>
1389       </td>
1390     </tr>
1391     <tr>
1392       <td><div align="center">
1393           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1394         </div></td>
1395       <td>
1396         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1397         <em>General</em>
1398         <ul>
1399           <li>Internationalisation of user interface (usually
1400             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1401           <li>Define/Undefine group on current selection with
1402             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1403           <li>Improved group creation/removal options in
1404             alignment/sequence Popup menu</li>
1405           <li>Sensible precision for symbol distribution
1406             percentages shown in logo tooltip.</li>
1407           <li>Annotation panel height set according to amount of
1408             annotation when alignment first opened</li>
1409         </ul> <em>Application</em>
1410         <ul>
1411           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1412             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1413           <li>Select columns containing particular features from
1414             Feature Settings dialog</li>
1415           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1416             sequences</li>
1417           <li>Update Jalview project format:
1418             <ul>
1419               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1420               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1421                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1422               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1423                 colouring</li>
1424             </ul>
1425           </li>
1426           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1427             (PAM250)</li>
1428           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1429             flanking regions for an alignment</li>
1430         </ul>
1431       </td>
1432       <td>
1433         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1434         <ul>
1435           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1436             running after job is cancelled</li>
1437           <li>cannot export features from alignments imported from
1438             Jalview/VAMSAS projects</li>
1439           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1440             float values</li>
1441           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1442             have 'display all symbols' flag set</li>
1443           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1444             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1445           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1446             Jalview</li>
1447           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1448             Lion/Webstart</li>
1449           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1450           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1451           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1452             alignment onto desktop</li>
1453           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1454             'extract scores' function</li>
1455           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1456             alignment window</li>
1457           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1458             performing IUPred disorder prediction</li>
1459           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1460             changing 'normalise logo' display setting</li>
1461           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1462             nothing matches query</li>
1463           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1464             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1465           </li>
1466           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1467             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1468           </li>
1469           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1470             Jalview's menu</li>
1471           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1472             'invalid literal/length code'</li>
1473           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1474             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1475           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1476             colourscheme</li>
1477
1478         </ul> <em>Applet</em>
1479         <ul>
1480           <li>Remove group option is shown even when selection is
1481             not a group</li>
1482           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1483             don't affect groups</li>
1484           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1485             colourscheme name</li>
1486           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1487             Annotation panel is not displayed</li>
1488           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1489             embedded windows</li>
1490         </ul> <em>Other</em>
1491         <ul>
1492           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1493             single sequence were not calculated</li>
1494           <li>annotation files that contain only groups imported as
1495             annotation and junk sequences</li>
1496           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1497             recognised as PFAM or BLC</li>
1498           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1499             doesn't affect background (2.8.0b1)
1500           <li></li>
1501           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1502           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1503             trailing gaps</li>
1504           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1505             registered correctly on import</li>
1506           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1507             certain alignments</li>
1508           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1509             existing annotation based 'use original colours'
1510             colourscheme loses original colours setting</li>
1511         </ul>
1512       </td>
1513     </tr>
1514     <tr>
1515       <td><div align="center">
1516           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1517             <em>30/1/2014</em></strong>
1518         </div></td>
1519       <td>
1520         <ul>
1521           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1522             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1523             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1524             open source project).
1525           </li>
1526           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1527           </li>
1528           <li>Output in Stockholm format</li>
1529           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1530           <li>Export/import group and sequence associated line
1531             graph thresholds</li>
1532           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1533             ambiguity codes</li>
1534           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1535             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1536             works</li>
1537           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1538         </ul> <em>Other improvements</em>
1539         <ul>
1540           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1541           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1542             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1543           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1544             files</li>
1545           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1546           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1547             link but no description</li>
1548           <li>Select primary source when selecting authority in
1549             database fetcher GUI</li>
1550           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1551             Jalview</li>
1552           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1553         </ul>
1554       </td>
1555       <td>
1556         <ul>
1557           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1558             displayed</li>
1559           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1560             secondary structure annotation line</li>
1561           <li>Sequence database accessions not imported when
1562             fetching alignments from Rfam</li>
1563           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1564             identical IDs</li>
1565           <li>View all structures does not always superpose
1566             structures</li>
1567           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1568             reflect user or preset settings</li>
1569           <li>Null pointer exceptions for some services without
1570             presets or adjustable parameters</li>
1571           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1572             discover PDB xRefs</li>
1573           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1574             features with DAS</li>
1575           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1576             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1577           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1578             residue follows a gap</li>
1579           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1580             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1581           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1582             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1583           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1584             annotation already exists on alignment</li>
1585           <li>oninit javascript function should be called after
1586             initialisation completes</li>
1587           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1588             alignment window display</li>
1589           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1590           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1591             to annotation file</li>
1592           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1593             groups created</li>
1594           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1595             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1596           <li>Pressing return several times causes Number Format
1597             exceptions in keyboard mode</li>
1598           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1599             correct partitions for input data</li>
1600           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1601           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1602           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1603           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1604             mode</li>
1605           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1606             changes one row&#39;s threshold</li>
1607           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1608             doesn&#39;t open</li>
1609           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1610             quality histograms</li>
1611         </ul>
1612       </td>
1613     </tr>
1614     <tr>
1615       <td><div align="center">
1616           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1617         </div></td>
1618       <td><em>Application</em>
1619         <ul>
1620           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1621             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1622           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1623             preferences</li>
1624           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1625             in Jalview alignment window</li>
1626           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1627             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1628           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1629             RNA and ambiguity codes</li>
1630
1631           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1632           <li>Support fetching and database reference look up
1633             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1634             refs')</li>
1635           <li>Jalview project improvements
1636             <ul>
1637               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1638                 flag for annotation</li>
1639               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1640                 alignment</li>
1641               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1642                 Jalview project</li>
1643
1644             </ul>
1645           </li>
1646           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1647           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1648             running</li>
1649           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1650           <li>visual indication that web service results are still
1651             being retrieved from server</li>
1652           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1653             starts up for first time</li>
1654           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1655             services</li>
1656           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1657             client library</li>
1658           <li>Examples directory and Groovy library included in
1659             InstallAnywhere distribution</li>
1660         </ul> <em>Applet</em>
1661         <ul>
1662           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1663             visualization applet example</li>
1664         </ul> <em>General</em>
1665         <ul>
1666           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1667           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1668             defaults</li>
1669           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1670             calculation</li>
1671           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1672             matrices
1673           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1674             in HTML</li>
1675           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1676             structure contacts</li>
1677           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1678           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1679           <li>Parse sequence associated secondary structure
1680             information in Stockholm files</li>
1681           <li>HTML Export database accessions and annotation
1682             information presented in tooltip for sequences</li>
1683           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1684             style RNA alignment files</li>
1685           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1686             alignment</li>
1687           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1688             shade each sequence according to its associated alignment
1689             annotation</li>
1690           <li>New Jalview Logo</li>
1691         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1692         <ul>
1693           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1694           <li>New Website!</li>
1695         </ul></td>
1696       <td><em>Application</em>
1697         <ul>
1698           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1699             wsdbfetch REST service</li>
1700           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1701           <li>Filetype associations not installed for webstart
1702             launch</li>
1703           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1704             job execution in full once it is complete</li>
1705           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1706             uploaded via ali_file parameter</li>
1707           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1708           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1709           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1710             submitted for prediction</li>
1711           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1712             desktop window</li>
1713           <li>Putting fractional value into integer text box in
1714             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1715           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1716             windows 7</li>
1717           <li>View all structures fails with exception shown in
1718             structure view</li>
1719           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1720             escaped in a platform independent way</li>
1721           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1722             using proxy</li>
1723           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1724             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1725           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1726             failure when java web start temporary file caching is
1727             disabled</li>
1728           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1729             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1730           <li>Errors during processing of command line arguments
1731             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1732           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1733             DAS sources in sequence fetcher</li>
1734           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1735             dialog is shown</li>
1736           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1737           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1738           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1739           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1740             on OSX Mountain Lion</li>
1741           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1742             sequences with alignment annotation are pasted into the
1743             alignment</li>
1744           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1745             when loaded from Jalview project</li>
1746           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1747           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1748             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1749           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1750             associated with all views</li>
1751           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1752             annotation rows to new window</li>
1753         </ul> <em>Applet</em>
1754         <ul>
1755           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1756             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1757           <li>loading features via javascript API automatically
1758             enables feature display</li>
1759           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1760             work</li>
1761         </ul> <em>General</em>
1762         <ul>
1763           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1764           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1765             and then deselected</li>
1766           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1767           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1768             coloured with clustalx</li>
1769           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1770             exceptions and redraw errors</li>
1771           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1772             reconfigured view</li>
1773           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1774             colour</li>
1775           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1776             for lots of labels</li>
1777         </ul>
1778     </tr>
1779     <tr>
1780       <td>
1781         <div align="center">
1782           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1783         </div>
1784       </td>
1785       <td><em>Application</em>
1786         <ul>
1787           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1788           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1789           <li>View/alignment association menu to enable user to
1790             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1791             its colours/correspondences from</li>
1792           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1793           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1794             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1795           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1796           <li>Annotation row column label formatting attributes
1797             stored in project file</li>
1798           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1799             rows preserved in Jalview project file</li>
1800           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1801             saved using Desktop window menu</li>
1802           <li>Visual indication that command line arguments are
1803             still being processed</li>
1804           <li>Groovy script execution from URL</li>
1805           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1806             preferences</li>
1807           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1808             alignment with sequences that have high similarity and
1809             matching IDs</li>
1810           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1811           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1812             structures in same window</li>
1813           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1814           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1815             analysis function in its own submenu</li>
1816         </ul> <em>Applet</em>
1817         <ul>
1818           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1819             groups</li>
1820           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1821           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1822           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1823           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1824           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1825             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1826           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1827           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1828             parameters are treated as such</li>
1829           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1830             <ul>
1831               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1832               <li>Javascript callbacks for
1833                 <ul>
1834                   <li>Applet initialisation</li>
1835                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1836                 </ul>
1837               </li>
1838               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1839                 functions</li>
1840               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1841               <li>javascript structure viewer harness to pass
1842                 messages between Jmol and Jalview when running as
1843                 distinct applets</li>
1844               <li>sortBy method</li>
1845               <li>Set of applet and application examples shipped
1846                 with documentation</li>
1847               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1848                 javascript message exchange</li>
1849             </ul>
1850         </ul> <em>General</em>
1851         <ul>
1852           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1853             multiple alignments</li>
1854           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1855           <li>User configurable link to enable redirects to a
1856             www.Jalview.org mirror</li>
1857           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1858           <li>Configurable newline string when writing alignment
1859             and other flat files</li>
1860           <li>Allow alignment annotation description lines to
1861             contain html tags</li>
1862         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1863         <ul>
1864           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1865             examples</li>
1866           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1867             using a web service before displaying the result in the
1868             Jalview desktop</li>
1869           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1870           <li>Ant target to publish example html files with applet
1871             archive</li>
1872           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1873           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1874         </ul></td>
1875       <td><em>Application</em>
1876         <ul>
1877           <li>User defined colourscheme throws exception when
1878             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1879           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1880             dialog for valid filename/format</li>
1881           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1882           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1883             P37173</li>
1884           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1885             which sequence is to be associated with the file</li>
1886           <li>Find All raises null pointer exception when query
1887             only matches sequence IDs</li>
1888           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1889           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1890             2.4 cannot be loaded</li>
1891           <li>Filetype associations not installed for webstart
1892             launch</li>
1893           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1894             with sequences in different alignments do not get coloured
1895             by their associated sequence</li>
1896           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1897             not preserved when project is loaded</li>
1898           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1899             stored in Jalview project</li>
1900           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1901             Jalview project</li>
1902           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1903           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1904             by conservation</li>
1905           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1906             created on new view</li>
1907           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1908             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1909           <li>Alignment quality not updated after alignment
1910             annotation row is hidden then shown</li>
1911           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1912             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1913           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1914             properly</li>
1915           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1916             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1917           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1918           <li>Structures imported from file and saved in project
1919             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1920           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1921             job execution in full once it is complete</li>
1922         </ul> <em>Applet</em>
1923         <ul>
1924           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1925             annotation rows are displayed</li>
1926           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1927             codebase</li>
1928           <li>View follows highlighting does not work for positions
1929             in sequences</li>
1930           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1931           <li>Export features raises exception when no features
1932             exist</li>
1933           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1934             for javascript api is modified when separator string
1935             provided as parameter</li>
1936           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1937             alignment with no existing selection</li>
1938           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1939             to applet&#39;s codebase</li>
1940           <li>Status bar not updated after finished searching and
1941             search wraps around to first result</li>
1942           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1943             several Jalview applets causes race conditions and memory
1944             leaks</li>
1945           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1946             not sent from Jmol in applet</li>
1947           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1948             applet API fatally hang browser</li>
1949         </ul> <em>General</em>
1950         <ul>
1951           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1952             position with wrapped view and hidden regions</li>
1953           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1954             with/without hidden columns</li>
1955           <li>Sequence length given in alignment properties window
1956             is off by 1</li>
1957           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1958             import PDB like structure files</li>
1959           <li>Positional search results are only highlighted
1960             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1961           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1962           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1963             given sequence position</li>
1964           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1965             output</li>
1966           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1967             from nucleotide chains correctly</li>
1968           <li>Structure colours not updated when tree partition
1969             changed in alignment</li>
1970           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1971             parsed in interleaved stockholm</li>
1972           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1973             state</li>
1974           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1975             properly</li>
1976           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1977             properly associated with their pdb files</li>
1978         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1979         <ul>
1980           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1981             ApplyCopyright tool</li>
1982         </ul></td>
1983     </tr>
1984     <tr>
1985       <td>
1986         <div align="center">
1987           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1988         </div>
1989       </td>
1990       <td><em>Application</em>
1991         <ul>
1992           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1993             contact web services</li>
1994           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1995             service job window</li>
1996           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1997         </ul></td>
1998       <td>
1999         <ul>
2000           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2001             pir file emitted by Jalview</li>
2002           <li>Existing feature settings transferred to new
2003             alignment view created from cut'n'paste</li>
2004           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2005             parsing PDB files</li>
2006           <li>Consensus and conservation annotation rows
2007             occasionally become blank for all new windows</li>
2008           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2009             in wrapped view mode</li>
2010         </ul> <em>Application</em>
2011         <ul>
2012           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2013             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2014           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2015             parameter names</li>
2016           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2017             is down</li>
2018         </ul>
2019       </td>
2020     </tr>
2021     <tr>
2022       <td>
2023         <div align="center">
2024           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2025         </div>
2026       </td>
2027       <td><em>Application</em>
2028         <ul>
2029           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2030             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2031             (JABAWS)
2032           </li>
2033           <li>Web Services preference tab</li>
2034           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2035             preferences</li>
2036           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2037           <li>Superpose structures using associated sequence
2038             alignment</li>
2039           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2040             viewer</li>
2041         </ul> <em>Applet</em>
2042         <ul>
2043           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2044             link out mechanism</li>
2045         </ul> <em>Other</em>
2046         <ul>
2047           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2048             series 12</li>
2049           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2050             require Java 1.5</li>
2051           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2052             sequence annotation files</li>
2053           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2054             type colour specification</li>
2055           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2056             script to check if it being run in an interactive session or
2057             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2058         </ul></td>
2059       <td>
2060         <ul>
2061           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2062             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2063         </ul> <em>Application</em>
2064         <ul>
2065           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2066             selected Regions menu item</li>
2067           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2068             part of a valid accession ID</li>
2069           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2070             runs out of memory</li>
2071           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2072             analysis results</li>
2073           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2074             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2075           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2076         </ul> <em>Applet</em>
2077         <ul>
2078           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2079             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2080             defined.</li>
2081         </ul>
2082       </td>
2083     </tr>
2084     <tr>
2085       <td>
2086         <div align="center">
2087           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2088         </div>
2089       </td>
2090       <td></td>
2091       <td>
2092         <ul>
2093           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2094             sequence IDs</li>
2095           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2096             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2097           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2098             import correctly</li>
2099           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2100             number of columns are hidden</li>
2101           <li>annotation label popup menu not providing correct
2102             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2103             present</li>
2104           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2105             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2106           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2107             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2108
2109         </ul> <em>Applet</em>
2110         <ul>
2111           <li>annotation panel disappears when annotation is
2112             hidden/removed</li>
2113         </ul> <em>Application</em>
2114         <ul>
2115           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2116             alignment opened where annotation panel is visible but no
2117             annotations are present on alignment</li>
2118           <li>pasted region containing hidden columns is
2119             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2120           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2121             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2122           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2123             selected Rregions menu item.</li>
2124           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2125             'Un' or 'Non'conserved</li>
2126           <li>Sequence feature settings are being shared by
2127             multiple distinct alignments</li>
2128           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2129             changed</li>
2130           <li>double click on group annotation to select sequences
2131             does not propagate to associated trees</li>
2132           <li>Mac OSX specific issues:
2133             <ul>
2134               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2135                 window background</li>
2136               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2137                 name set correctly</li>
2138               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2139                 save feature colourscheme button</li>
2140             </ul>
2141           </li>
2142         </ul>
2143       </td>
2144     </tr>
2145     <tr>
2146
2147       <td>
2148         <div align="center">
2149           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2150         </div>
2151       </td>
2152       <td><em>New Capabilities</em>
2153         <ul>
2154           <li>URL links generated from description line for
2155             regular-expression based URL links (applet and application)
2156
2157
2158
2159
2160
2161
2162           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2163             menu</li>
2164           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2165             structures</li>
2166           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2167             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2168           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2169             average score or total feature count for each sequence.</li>
2170           <li>Shading features by score or associated description</li>
2171           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2172             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2173           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2174             hide everything but the currently selected region.</li>
2175           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2176         </ul> <em>Application</em>
2177         <ul>
2178           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2179             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2180           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2181             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2182           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2183             database references and protein_name is parsed as
2184             description line (BioSapiens terms).</li>
2185           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2186             references in sequence ID tooltip from View menu in
2187             application.</li>
2188           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2189                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2190           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2191             conservation plots</li>
2192           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2193             and visualized as sequence logos</li>
2194           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2195             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2196           </li>
2197           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2198             when a new tree is opened.</li>
2199           <li>Jalview Java Console</li>
2200           <li>Better placement of desktop window when moving
2201             between different screens.</li>
2202           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2203             consensus annotation</li>
2204           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2205             Workflows</li>
2206           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2207             <ul>
2208               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2209                 used to preserve views, structures, and tree display
2210                 settings)</li>
2211               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2212                 command line</li>
2213               <li>Sharing of selected regions between views and
2214                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2215               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2216             </ul></li>
2217         </ul> <em>Applet</em>
2218         <ul>
2219           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2220           <li>New Parameters
2221             <ul>
2222               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2223                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2224                 opened.</li>
2225               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2226                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2227               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2228                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2229               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2230                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2231                 view</li>
2232               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2233                 increase the height or width of a cell in the alignment
2234                 grid relative to the current font size.</li>
2235             </ul>
2236           </li>
2237           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2238             tooltip</li>
2239         </ul> <em>Other</em>
2240         <ul>
2241           <li>Features format: graduated colour definitions and
2242             specification of feature scores</li>
2243           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2244             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2245             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2246           <li>XML formats extended to support graduated feature
2247             colourschemes, group associated annotation, and profile
2248             visualization settings.</li></td>
2249       <td>
2250         <ul>
2251           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2252             rather than description</li>
2253           <li>Non-positional features are now included in sequence
2254             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2255             visibility in tooltip).</li>
2256           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2257           <li>Added URL embedding instructions to features file
2258             documentation.</li>
2259           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2260             'X' in peptide product</li>
2261           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2262             sequence ID and sequence string and query strings do not
2263             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2264           <li>AMSA files only contain first column of
2265             multi-character column annotation labels</li>
2266           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2267             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2268             exported and re-imported)</li>
2269           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2270             name</li>
2271           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2272             as subsequence matches, and correctly reports total number
2273             of both.</li>
2274           <li>Application:
2275             <ul>
2276               <li>Better handling of exceptions during sequence
2277                 retrieval</li>
2278               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2279                 link text excludes the start_end suffix</li>
2280               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2281                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2282               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2283               <li>Sequence description lines properly shared via
2284                 VAMSAS</li>
2285               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2286                 data sources</li>
2287               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2288                 completes before alignment figures are generated.</li>
2289               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2290                 first time.</li>
2291               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2292                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2293               <li>User defined group colours properly recovered
2294                 from Jalview projects.</li>
2295             </ul>
2296           </li>
2297         </ul>
2298       </td>
2299
2300     </tr>
2301     <tr>
2302       <td>
2303         <div align="center">
2304           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2305         </div>
2306       </td>
2307       <td>
2308         <ul>
2309           <li>Experimental support for google analytics usage
2310             tracking.</li>
2311           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2312         </ul>
2313       </td>
2314       <td>
2315         <ul>
2316           <li>Race condition in applet preventing startup in
2317             jre1.6.0u12+.</li>
2318           <li>Exception when feature created from selection beyond
2319             length of sequence.</li>
2320           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2321           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2322             all sequences with a given id</li>
2323           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2324             ID string searches</li>
2325           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2326             alignment to fail with exception</li>
2327         </ul> <em>Application Issues</em>
2328         <ul>
2329           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2330           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2331             data sources</li>
2332         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2333         <ul>
2334           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2335             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2336           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2337             version (java class versioning error fixed)</li>
2338         </ul>
2339       </td>
2340     </tr>
2341     <tr>
2342       <td>
2343
2344         <div align="center">
2345           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2346         </div>
2347       </td>
2348       <td><em>User Interface</em>
2349         <ul>
2350           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2351             translation and protein products</li>
2352           <li>Linked highlighting of structure associated with
2353             residue mapping to codon position</li>
2354           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2355             and 'clear' button</li>
2356           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2357             Tools menu</li>
2358           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2359             numeric data in description line</li>
2360           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2361           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2362             of sequence</li>
2363         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2364         <ul>
2365           <li>JPred3 web service</li>
2366           <li>Prototype sequence search client (no public services
2367             available yet)</li>
2368           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2369             PFAM</li>
2370           <li>URL Links created for matching database cross
2371             references as well as sequence ID</li>
2372           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2373         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2374         <ul>
2375           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2376             databases</li>
2377           <li>Generalised database reference retrieval and
2378             validation to all fetchable databases</li>
2379           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2380             sequence command</li>
2381         </ul> <em>Import and Export</em>
2382         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2383         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2384           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2385         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2386           File</li>
2387         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2388           triplet as name of colourscheme</li>
2389         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2390         <ul>
2391           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2392           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2393             alignments (experimental)</li>
2394           <li>Create new or select existing session to join</li>
2395           <li>load and save of vamsas documents</li>
2396         </ul> <em>Application command line</em>
2397         <ul>
2398           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2399             from applet)</li>
2400           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2401             of DAS servers to query for alignment features</li>
2402           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2403             that are also automatically queried for features</li>
2404           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2405             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2406         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2407         <ul>
2408           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2409             application (when using &quot;View in full
2410             application&quot;)</li>
2411         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2412         <ul>
2413           <li>feature group display control parameter</li>
2414           <li>debug parameter</li>
2415           <li>showbutton parameter</li>
2416         </ul> <em>Applet API methods</em>
2417         <ul>
2418           <li>newView public method</li>
2419           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2420           <li>Feature display control methods</li>
2421           <li>get list of currently selected sequences</li>
2422         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2423         <ul>
2424           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2425           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2426             Jalview release.</li>
2427           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2428             property controls execution of obfuscator</li>
2429           <li>Build target for generating source distribution</li>
2430           <li>Debug flag for javacc</li>
2431           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2432             jalview.bin.Cache</li>
2433           <li>Continuous Build Integration for stable and
2434             development version of Application, Applet and source
2435             distribution</li>
2436         </ul></td>
2437       <td>
2438         <ul>
2439           <li>selected region output includes visible annotations
2440             (for certain formats)</li>
2441           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2442             for editing</li>
2443           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2444           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2445           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2446           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2447             comments</li>
2448           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2449             filenames containing a ':'</li>
2450           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2451             global sequence features</li>
2452           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2453             references from alignment sequences goes to zero</li>
2454           <li>Close of tree branch colour box without colour
2455             selection causes cascading exceptions</li>
2456           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2457           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2458             file parsing fails.</li>
2459           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2460           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2461             not a valid output format</li>
2462           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2463             vamsas</li>
2464           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2465           <li>error messages passed up and output when data read
2466             fails</li>
2467           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2468             sequence is edited</li>
2469           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2470             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2471           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2472             filetype</li>
2473           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2474             import fixed for PFAM records</li>
2475           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2476             window list</li>
2477           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2478             can be read and written correctly to annotation file</li>
2479           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2480             correctly</li>
2481           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2482             non-italic font for representatives in Applet</li>
2483           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2484             Macs.</li>
2485           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2486             Applet)</li>
2487           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2488             due to null pointer exceptions</li>
2489           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2490             first column of alignment</li>
2491           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2492             July 2008</li>
2493           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2494             file is case-insensitive</li>
2495           <li>Sequence features read from Features file appended to
2496             all sequences with matching IDs</li>
2497           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2498             containing a sub-sequence</li>
2499           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2500           <li>feature and annotation file applet parameters
2501             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2502           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2503           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2504             splash-screen version check to complete</li>
2505           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2506             when passing them to the launchApp service</li>
2507           <li>display name and local features preserved in results
2508             retrieved from web service</li>
2509           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2510             sequence fetcher initialisation</li>
2511           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2512             dasobert DAS client</li>
2513           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2514             association</li>
2515           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2516             sequences
2517           </li>
2518         </ul>
2519       </td>
2520     </tr>
2521     <tr>
2522       <td>
2523         <div align="center">
2524           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2525         </div>
2526       </td>
2527       <td>
2528         <ul>
2529           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2530           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2531           <li>Slide sequences</li>
2532           <li>Edit sequence in place</li>
2533           <li>EMBL CDS features</li>
2534           <li>DAS Feature mapping</li>
2535           <li>Feature ordering</li>
2536           <li>Alignment Properties</li>
2537           <li>Annotation Scores</li>
2538           <li>Sort by scores</li>
2539           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2540         </ul>
2541       </td>
2542       <td>
2543         <ul>
2544           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2545           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2546           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2547           <li>Feature group display state in XML</li>
2548           <li>Feature ordering in XML</li>
2549           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2550           <li>Stockholm alignment properties</li>
2551           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2552           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2553           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2554           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2555         </ul>
2556       </td>
2557
2558     </tr>
2559     <tr>
2560       <td>
2561         <div align="center">
2562           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2563         </div>
2564       </td>
2565       <td>
2566         <ul>
2567           <li>Non standard characters can be read and displayed
2568           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2569             applet via textbox
2570           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2571             name &amp; description
2572           <li>Preference setting to display sequence name in
2573             italics
2574           <li>Annotation file format extended to allow
2575             Sequence_groups to be defined
2576           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2577             specified in preferences
2578           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2579             sequences
2580         </ul>
2581       </td>
2582       <td>
2583         <ul>
2584           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2585             installed
2586           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2587           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2588         </ul>
2589       </td>
2590     </tr>
2591     <tr>
2592       <td>
2593         <div align="center">
2594           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2595         </div>
2596       </td>
2597       <td>
2598         <ul>
2599           <li>Multiple views on alignment
2600           <li>Sequence feature editing
2601           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2602           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2603           <li>Background dependent text colour
2604           <li>Right align sequence ids
2605           <li>User-defined lower case residue colours
2606           <li>Format Menu
2607           <li>Select Menu
2608           <li>Menu item accelerator keys
2609           <li>Control-V pastes to current alignment
2610           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2611           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2612           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2613
2614
2615
2616
2617
2618
2619           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2620         </ul>
2621       </td>
2622       <td>
2623         <ul>
2624           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2625           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2626             calculations
2627           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2628             edits
2629           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2630             of alignment)
2631           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2632
2633
2634
2635
2636
2637
2638           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2639             display correctly
2640           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2641           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2642             analysis results
2643           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2644             &#8739;
2645           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2646           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2647           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2648
2649
2650
2651
2652
2653
2654         </ul>
2655       </td>
2656     </tr>
2657     <tr>
2658       <td>
2659         <div align="center">
2660           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2661         </div>
2662       </td>
2663       <td>
2664         <ul>
2665           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2666         </ul>
2667       </td>
2668       <td>
2669         <ul>
2670           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2671             sequence id panel has been resized</li>
2672           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2673             rendered</li>
2674           <li>Annotation files with sequence references - all
2675             elements in file are relative to sequence position</li>
2676           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2677         </ul>
2678       </td>
2679     </tr>
2680     <tr>
2681       <td>
2682         <div align="center">
2683           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2684         </div>
2685       </td>
2686       <td>
2687         <ul>
2688           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2689           <li>DAS Feature fetching</li>
2690           <li>Hide sequences and columns</li>
2691           <li>Export Annotations and Features</li>
2692           <li>GFF file reading / writing</li>
2693           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2694             files</li>
2695           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2696           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2697           <li>Applet can launch the full application</li>
2698           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2699             required)</li>
2700           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2701           <li>Applet can load sequences from parameter
2702             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2703           </li>
2704         </ul>
2705       </td>
2706       <td>
2707         <ul>
2708           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2709           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2710           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2711         </ul>
2712       </td>
2713     </tr>
2714     <tr>
2715       <td>
2716         <div align="center">
2717           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2718         </div>
2719       </td>
2720       <td>
2721         <ul>
2722           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2723           <li>Choose to match case when searching</li>
2724           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2725             expand the visible width and height of the alignment</li>
2726         </ul>
2727       </td>
2728       <td>
2729         <ul>
2730           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2731         </ul>
2732       </td>
2733     </tr>
2734     <tr>
2735       <td>
2736         <div align="center">
2737           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2738         </div>
2739       </td>
2740       <td>&nbsp;</td>
2741       <td>
2742         <ul>
2743           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2744           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2745             value</li>
2746         </ul>
2747       </td>
2748     </tr>
2749     <tr>
2750       <td>
2751         <div align="center">
2752           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2753         </div>
2754       </td>
2755       <td>
2756         <ul>
2757           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2758           <li>Keyboard editing</li>
2759           <li>Create sequence features from searches</li>
2760           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2761             alignments</li>
2762           <li>Features file allows grouping of features</li>
2763           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2764           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2765           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2766         </ul>
2767       </td>
2768       <td>
2769         <ul>
2770           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2771           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2772             descriptions saved.</li>
2773         </ul>
2774       </td>
2775     </tr>
2776     <tr>
2777       <td>
2778         <div align="center">
2779           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2780         </div>
2781       </td>
2782       <td>
2783         <ul>
2784           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2785           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2786           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2787             name for file output</li>
2788           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2789           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2790             used for HTML form input</li>
2791         </ul>
2792       </td>
2793       <td>
2794         <ul>
2795           <li>HTML output writes groups and features</li>
2796           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2797           <li>File IO bugs</li>
2798         </ul>
2799       </td>
2800     </tr>
2801     <tr>
2802       <td>
2803         <div align="center">
2804           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2805         </div>
2806       </td>
2807       <td>
2808         <ul>
2809           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2810           <li>More options for PCA viewer</li>
2811         </ul>
2812       </td>
2813       <td>
2814         <ul>
2815           <li>GUI bugs resolved</li>
2816           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2817         </ul>
2818       </td>
2819     </tr>
2820     <tr>
2821       <td height="63">
2822         <div align="center">
2823           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2824         </div>
2825       </td>
2826       <td>
2827         <ul>
2828           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2829           <li>Jar files are executable</li>
2830           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2831         </ul>
2832       </td>
2833       <td>
2834         <ul>
2835           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2836           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2837           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2838         </ul>
2839       </td>
2840     </tr>
2841     <tr>
2842       <td>
2843         <div align="center">
2844           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2845         </div>
2846       </td>
2847       <td>
2848         <ul>
2849           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2850         </ul>
2851       </td>
2852       <td>
2853         <ul>
2854           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2855         </ul>
2856       </td>
2857     </tr>
2858     <tr>
2859       <td>
2860         <div align="center">
2861           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2862         </div>
2863       </td>
2864       <td>
2865         <ul>
2866           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2867             size</li>
2868         </ul>
2869       </td>
2870       <td>
2871         <ul>
2872           <li>Improved JPred client reliability</li>
2873           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2874         </ul>
2875       </td>
2876     </tr>
2877     <tr>
2878       <td>
2879         <div align="center">
2880           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2881         </div>
2882       </td>
2883       <td>
2884         <ul>
2885           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2886           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2887           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2888             to Colour Menu</li>
2889           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2890           <li>Unix users can set default web browser</li>
2891           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2892           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2893         </ul>
2894       </td>
2895       <td>
2896         <ul>
2897           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2898         </ul>
2899       </td>
2900     </tr>
2901     <tr>
2902       <td>
2903         <div align="center">
2904           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2905         </div>
2906       </td>
2907       <td>&nbsp;</td>
2908       <td>
2909         <ul>
2910           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2911             alignment order.</li>
2912         </ul>
2913       </td>
2914     </tr>
2915     <tr>
2916       <td>
2917         <div align="center">
2918           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2919         </div>
2920       </td>
2921       <td>
2922         <ul>
2923           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2924           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2925           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2926             annotations.</li>
2927           <li>Version and build date written to build properties
2928             file.</li>
2929           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2930             at launch of Jalview.</li>
2931         </ul>
2932       </td>
2933       <td>
2934         <ul>
2935           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2936           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2937           <li>Can remove groups one by one.</li>
2938           <li>Filechooser icons installed.</li>
2939           <li>Finder ignores return character when searching.
2940             Return key will initiate a search.<br>
2941           </li>
2942         </ul>
2943       </td>
2944     </tr>
2945     <tr>
2946       <td>
2947         <div align="center">
2948           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2949         </div>
2950       </td>
2951       <td>
2952         <ul>
2953           <li>New codebase</li>
2954         </ul>
2955       </td>
2956       <td>&nbsp;</td>
2957     </tr>
2958   </table>
2959   <p>&nbsp;</p>
2960 </body>
2961 </html>