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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>8/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>General</em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
  81               and memory efficiency (~30x faster)
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
  85               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
  86               and other calculations
  87               <ul>
  88                 <li>
  89                   <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
  90                   files within the Jalview codebase
  91                 <li>
  92                   <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
  93                   Similarity may have different topology due to
  94                   increased precision
  95                 </li>
  96               </ul>
  97             </li>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 100               a calculation dialog box
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 104               model for alignments and groups
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 108               scripts
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views
 112               via Overview or sequence motif search operations
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 116               with alignment and overview windows
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 120               omitted in Overview
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 124               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 128               extension when importing structure files without embedded
 129               names or PDB accessions
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 133               opened by double clicking gaps within sequence feature
 134               extent
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 138               included in the example feature file
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 142               ungapped positions in each column of the alignment.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2533 -->File extension pruned from Sequence ID
 146               for sequences derived from structure files without
 147               embedded database accession
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 151               aligned positions were available to create a 3D structure
 152               superposition.
 153             </li>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 156               annotation input/output via stockholm flatfile
 157             </li>
 158
 159           </ul>
 160           <em>Application</em>
 161           <ul>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 164               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 165               the application.
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when
 169               there are not enough columns to superimpose structures in
 170               Chimera
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 174               file-based command exchange
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 178               cross-references provided by identifiers.org and the
 179               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 180             </li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 186               format sequence substitution matrices
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 190               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 191               structures are already available for sequences
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 195               the Jalview project rather than downloaded again when the
 196               project is reopened.
 197             </li>
 198
 199           </ul>
 200           <em>Experimental features</em>
 201           <ul>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 204               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 205               features, and vice-versa.
 206             </li>
 207           </ul>
 208           <em>Applet</em>
 209           <ul>
 210             <li>
 211               <!--  -->
 212             </li>
 213           </ul>
 214           <em>Test Suite</em>
 215           <ul>
 216             <li>
 217               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 221               during tests
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 225               Uniprot REST Free Text Search Client
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!--  --> <em>Scripting</em>
 229               <ul>
 230                 <li>
 231                   <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing
 232                   and identifying file formats (instead of String
 233                   constants)
 234                 </li>
 235                 <li>
 236                   <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 237                   efficiency when counting all displayed features (not
 238                   backwards compatible with 2.10.1)
 239                 </li>
 240                 <li></li>
 241
 242
 243               </ul>
 244           </ul>
 245         </div></td>
 246       <td><div align="left">
 247           <em>General</em>
 248           <ul>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 251               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 252               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 256               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 257               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 258               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 259               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 260               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 261               Jalview's PCAs were different to those produced by
 262               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 263               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 264               behaviour<br />
 265               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 266               2.10.1 mode<br />
 267               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 268               restore 2.10.2 mode
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 272               scaling of branch lengths for trees computed using
 273               Sequence Feature Similarity.
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 277               doesn't reselect a specific sequence's associated
 278               annotation after it was used for colouring a view
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 282               coloured in linked structure views
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 286               opened on a region of alignment without groups
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 290               of an alignment with overlapping groups
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 294               name and description match
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 298               hidden regions results in incorrect hidden regions
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 302               generating output report when working with highly
 303               redundant alignments
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with
 307               lightGray or darkGray via features file
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 311               erratically when hidden rows or columns are present
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 315               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 316               sequence colouring
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 320               colour and group colour menu for protein alignments
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 324               changing colour does not apply Conservation slider value
 325               to all groups
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 329               reflect currently selected view or group's shading
 330               thresholds
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 334               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 338               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 342               gaps before start of features
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 346               load
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 350               restored to UI when feature colour is edited
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 354               when rendered on overview and structures when opacity at
 355               100%
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 359               as graduate feature colour settings are modified via the
 360               dialog box
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 364               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 368               when a group defined on the alignment is resized
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 372               wrapped view result in positional status updates
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2563 -->Status bar shows position for ambiguous
 376               amino acid and nucleotide symbols
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 380               alignment included gapped columns
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 384               overview when features overlaid on alignment
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 388               widgets don't permanently disappear
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 392               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 393               T-Coffee column reliability scores)
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2589 -->Gap colours in user-defined colourschemes
 397               are not shown
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 401               sequence feature on gaps only
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 405               right of selected region when gaps present on right-hand
 406               boundary
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 410               button from a Find inherit previously defined feature type
 411               rather than the Find query string
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 415               exporting tree calculated in Jalview
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 419               added after a sequence was imported are not written to
 420               Stockholm File
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 424               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 428               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 432               and then revealing them reorders sequences on the
 433               alignment
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 437               doesn't update to reflect available set of groups after
 438               interactively adding or modifying features
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 442               Linux
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL -->
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL -->
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL -->
 452             </li>
 453           </ul>
 454           <strong>Documentation</strong>
 455           <ul>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 458               with the built-in Java help viewer
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 462               sequence description' option
 463             </li>
 464           </ul>
 465           <em>Application</em>
 466           <ul>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser doesn't show
 469               available databases panel on Linux
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 473               release of Ensembl v.88
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 477               menu
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 481               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 482               new documentation and tooltips added)
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 486               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 490               new features are added to alignment
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 494               changes to feature colours via the Amend features dialog
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 498               edit graduated feature colour via amend features dialog
 499               box
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 503               selection menu changes colours of alignment views
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 507               appear enabled in Preferences->Connections
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 511               from alignment calculation workers after alignment has
 512               been closed
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 516               groups now 'Create Group'
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 520               Create/Undefine group doesn't always work
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 524               shown again after pressing 'Cancel'
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 528               removed from console output
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 532               when alignment view imported from project
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 536               structure and sequences extracted from structure files
 537               imported via URL and viewed in Jmol
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 541               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 542               the project is loaded and the structure viewed
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 546               adjusts start position in wrap mode
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 550               ambiguous amino acids
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes
 554               gaps in selection, current sequence and only within
 555               selected columns
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 559               Ensembl by Peptide ID
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 563               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 564               proteins
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2482 -->SIFTs mappings not created for some
 568               structures
 569             </li>
 570
 571
 572           </ul>
 573           <em>Applet</em>
 574           <ul>
 575             <li>
 576               <!-- JAL- -->
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 580               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 584               overview or linked structure view
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 588               work (since 2.8)
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 592               user-defined colourscheme doesn't restore original
 593               colourscheme
 594             </li>
 595           </ul>
 596           <em>New Known Issues</em>
 597           <ul>
 598             <li>
 599               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 600               phase after a sequence motif find operation
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 604               containing just upper and lower case letters are
 605               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 609               ortholog database
 610             </li>
 611           </ul>
 612           <em>Test Suite</em>
 613           <ul>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 616               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 620               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 621               problems with deep array comparison equality asserts in
 622               successive versions of TestNG
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 626               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 627             </li>
 628
 629           </ul>
 630         </div>
 631
 632     <tr>
 633       <td width="60" nowrap>
 634         <div align="center">
 635           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 636         </div>
 637       </td>
 638       <td><div align="left">
 639           <em>General</em>
 640           <ul>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 643               for all consensus calculations
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 647               3rd Oct 2016)
 648             </li>
 649             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 650               for 2016-2017</li>
 651           </ul>
 652           <em>Application</em>
 653           <ul>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 656               set of database cross-references, sorted alphabetically
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 660               from database cross references. Users with custom links
 661               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 662                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 666               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 667               Chimera session
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 671               the Chimera it is connected to is shut down
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 675               columns menu item to mark columns containing highlighted
 676               regions (e.g. from structure selections or results of a
 677               Find operation)
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 681               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 682               MSAviewer
 683             </li>
 684           </ul>
 685         </div></td>
 686       <td>
 687         <div align="left">
 688           <em>General</em>
 689           <ul>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 692               are not coloured or thresholded according to percent
 693               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 697               hydrophobic
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 701               threshold, amino acid properties)
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 705               reported as mapped to residues in a structure file in the
 706               View Mapping report
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 710               could be added multiple times to a sequence
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 714               bond features shown as two highlighted residues rather
 715               than a range in linked structure views, and treated
 716               correctly when selecting and computing trees from features
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 720               cross-references are matched to database name regardless
 721               of case
 722             </li>
 723
 724           </ul>
 725           <em>Application</em>
 726           <ul>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 729               names without regular expressions also offer links from
 730               Sequence ID
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 734               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 735               update Jalview configuration
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 739               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 743               files with similarly named sequences if dropped onto the
 744               alignment
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 748               entries where more chains exist in the PDB accession than
 749               are reported in the SIFTS file
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 753               the structure view when displayed with Chimera
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 757               panel's View->Show Chains submenu
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 761               work for wrapped alignment views
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 765               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 769               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 770               first annotation row
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 774               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 778               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 779             </li>
 780             <!-- JAL-2319 -->
 781             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 782             coordindate data
 783             </li>
 784           </ul>
 785           <!--           <em>New Known Issues</em>
 786           <ul>
 787             <li></li>
 788           </ul> -->
 789         </div>
 790       </td>
 791     </tr>
 792     <td width="60" nowrap>
 793       <div align="center">
 794         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 795           <em>25/10/2016</em></strong>
 796       </div>
 797     </td>
 798     <td><em>Application</em>
 799       <ul>
 800         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 801           view if structures already loaded</li>
 802         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 803           structure views</li>
 804       </ul></td>
 805     <td>
 806       <div align="left">
 807         <em>General</em>
 808         <ul>
 809           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 810             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 811           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 812             example sequences/projects/trees</li>
 813         </ul>
 814         <em>Application</em>
 815         <ul>
 816           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 817             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 818           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 819             without timeout for structures with multiple models or
 820             multiple sequences in alignment</li>
 821           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 822             PDB ID HEADER line</li>
 823           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 824             is performed</li>
 825           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 826             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 827           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 828           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 829             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 830             option</li>
 831           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 832             is created on the alignment</li>
 833           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 834             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 835             pop-up menu</li>
 836         </ul>
 837         <em>Build and deployment</em>
 838         <ul>
 839           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 840             tags</li>
 841         </ul>
 842         <em>New Known Issues</em>
 843         <ul>
 844           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 845             on Windows</li>
 846         </ul>
 847       </div>
 848     </td>
 849     </tr>
 850     <tr>
 851       <td width="60" nowrap>
 852         <div align="center">
 853           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 854         </div>
 855       </td>
 856       <td><em>General</em>
 857         <ul>
 858           <li>
 859             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 860           </li>
 861           <li>
 862             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 863             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 864             better PDB parsing.
 865           </li>
 866           <li>
 867             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 868             reference sequence
 869           </li>
 870           <li>
 871             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 872             mousing over sequence associated annotation
 873           </li>
 874           <li>
 875             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 876             for manual entry
 877           </li>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 880             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 881             for each column
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 885             showing or hiding columns containing a feature
 886           </li>
 887           <li>
 888             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 889             group and sequence associated annotation labels
 890           </li>
 891           <li>
 892             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 893             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 894             dialogs
 895           </li>
 896
 897         </ul> <em>Application</em>
 898         <ul>
 899           <li>
 900             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 901             gene/transcript view
 902           </li>
 903           <li>
 904             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 905             dialog
 906           </li>
 907           <li>
 908             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 909             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 910           </li>
 911           <li>
 912             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 913             Pfam sources to xfam.org
 914           </li>
 915           <li>
 916             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 917           </li>
 918           <li>
 919             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 920             over sequences in Jalview
 921           </li>
 922           <li>
 923             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 924             regions in ENA and EMBL
 925           </li>
 926           <li>
 927             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 928             for record retrieval via ENA rest API
 929           </li>
 930           <li>
 931             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 932             complement operator
 933           </li>
 934           <li>
 935             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 936             groovy script execution
 937           </li>
 938           <li>
 939             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 940             alignment window's Calculate menu
 941           </li>
 942           <li>
 943             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 944             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 945           </li>
 946           <li>
 947             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 948             calculation workers from groovy scripts
 949           </li>
 950           <li>
 951             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 952             Jalview projects
 953           </li>
 954           <li>
 955             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 956             associations are now saved/restored from project
 957           </li>
 958           <li>
 959             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 960             before sequence fetcher is opened
 961           </li>
 962           <li>
 963             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 964             database chooser opens a sequence fetcher
 965           </li>
 966           <li>
 967             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 968             the UniProt REST API
 969           </li>
 970           <li>
 971             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 972             the news reader opening
 973           </li>
 974           <li>
 975             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 976             querying stored in preferences
 977           </li>
 978           <li>
 979             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 980             search results
 981           </li>
 982           <li>
 983             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 984           </li>
 985           <li>
 986             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 987             menu for nucleotide sequences
 988           </li>
 989           <li>
 990             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 991             and feature counts preserves alignment ordering (and
 992             debugged for complex feature sets).
 993           </li>
 994           <li>
 995             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 996             viewing structures with Jalview 2.10
 997           </li>
 998           <li>
 999             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1000             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1001             Ensembl Genomes REST API
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1005             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1006             (Ensembl)
1007           </li>
1008           <li>
1009             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1010             sequences
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1014             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1015             data from external database records.
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1019             efficient recovery of sequence coding and alignment
1020             annotation relationships.
1021           </li>
1022         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1023         <ul>
1024           <li>
1025             -- JAL---
1026           </li>
1027         </ul> --></td>
1028       <td>
1029         <div align="left">
1030           <em>General</em>
1031           <ul>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1034               menu on OSX
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1038               includes graduated colourschemes
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1042               working with big alignments and lots of hidden columns
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1046               at right of alignment window
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1050               contents
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1054               for DNA alignments
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1058               based tree calculation
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1062               unconserved enabled for group on alignment
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1066               set as reference
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1070               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1071               annotation
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1075               hidden columns present
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1079               user created annotation added to alignment
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1083               '()' base pair annotation
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1087               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1088               Consensus
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1092               feature not working
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1096               beginning of sequence
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1100               entry 3a6s
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1104               from a tree when t-coffee scores are shown
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1108               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1112               some structures
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1116               to Clustal, PIR and PileUp output
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1120               not visible causes alignment window to repaint
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1124               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1125               scores associated with features and annotation rows
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1129               calculation should be case independent
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1133               columns
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1137               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1138               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1142               problems when reference sequence defined and 'show
1143               non-conserved' enabled
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1147               load even when Consensus calculation is disabled
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1151               alignment does nothing
1152             </li>
1153           </ul>
1154           <em>Application</em>
1155           <ul>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1158               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1159               yet fixed for El Capitan)
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1163               output when running on non-gb/us i18n platforms
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1167               hidden sequences as flat-file alignment
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1171               launching Chimera
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1175               (also hotfix for 2.9.0b2)
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1179               reference sequence defined
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1183               alignments and views when revealing hidden columns
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1187               view in a cDNA/Protein splitframe
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1191               sequence from project when only one sequence is
1192               represented
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1196               in Structure Chooser
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1200               structure consensus didn't refresh annotation panel
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1204               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1208               dialogs format columns correctly, don't display array
1209               data, sort columns according to type
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1213               file chooser is cancelled during an image export
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1217               sequence name containing special characters
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1221               case insensitive
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1225               formatting don't wrap
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1229               truncated so L looks like I in consensus annotation
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1233               currently displayed features for the current selection or
1234               view
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1238               after fetching cross-references, and restoring from
1239               project
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1243               followed in the structure viewer
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1247               splitframe not restored from project
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1251               trailing end of protein alignment in transcript/product
1252               splitview when pad-gaps not enabled by default
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1256               is case dependent
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1260               article has been read (reopened issue due to
1261               internationalisation problems)
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1265               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1266               cross-references
1267             </li>
1268
1269             <li>
1270               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1271               alignment as HTML
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1275               multiple structures are shown for one or more sequences.
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1279               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1280               is enabled.
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1284               specific PDB id for sequence
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1288               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1289               columns' is disabled.
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1293               selects lowest rather than highest resolution structures
1294               for each sequence
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1298               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1302               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1306               after clicking on it to create new annotation for a
1307               column.
1308             </li>
1309             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1310             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1311           </ul>
1312           <em>Applet</em>
1313           <ul>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1316               hidden columns present before start of sequence
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1320               (JSON jars)
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1324               sequences are hidden in applet
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1328               deployment on examples pages.
1329             </li>
1330           </ul>
1331         </div>
1332       </td>
1333     </tr>
1334     <tr>
1335       <td width="60" nowrap>
1336         <div align="center">
1337           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1338             <em>16/10/2015</em></strong>
1339         </div>
1340       </td>
1341       <td><em>General</em>
1342         <ul>
1343           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1344             jars</li>
1345         </ul></td>
1346       <td>
1347         <div align="left">
1348           <em>Application</em>
1349           <ul>
1350             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1351               shown when tree is partitioned</li>
1352             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1353               multiple cDNA/Protein split views</li>
1354           </ul>
1355         </div>
1356       </td>
1357     </tr>
1358     <tr>
1359       <td width="60" nowrap>
1360         <div align="center">
1361           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1362             <em>8/10/2015</em></strong>
1363         </div>
1364       </td>
1365       <td><em>General</em>
1366         <ul>
1367           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1368             2.9</li>
1369         </ul> <em>Application</em>
1370         <ul>
1371           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1372           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1373           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1374         </ul> <em>Applet</em>
1375         <ul>
1376           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1377         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1378         <ul>
1379           <li>
1380             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1381             suite
1382           </li>
1383         </ul></td>
1384       <td>
1385         <div align="left">
1386           <em>General</em>
1387           <ul>
1388             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1389               incorrect when sequence start > 1</li>
1390             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1391               documentation</li>
1392             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1393             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1394               loading a features file containing HTML tags in feature
1395               description</li>
1396
1397           </ul>
1398           <em>Application</em>
1399           <ul>
1400             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1401               reimport</li>
1402             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1403               with 'trim retrieved sequences'</li>
1404             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1405               deleting selected columns</li>
1406             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1407               JNLP templates for webstart launch</li>
1408             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1409               unreleased structures for download or viewing</li>
1410             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1411               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1412             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1413               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1414             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1415               recovered from jalview project</li>
1416             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1417               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1418               alignment view</li>
1419             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1420               color schemes from BioJSON</li>
1421           </ul>
1422           <em>Applet</em>
1423           <ul>
1424             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1425               frame</li>
1426             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1427           </ul>
1428         </div>
1429       </td>
1430     </tr>
1431     <tr>
1432       <td><div align="center">
1433           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1434         </div></td>
1435       <td><em>General</em>
1436         <ul>
1437           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1438             alignments:
1439             <ul>
1440               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1441                 and DNA alignment views</li>
1442               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1443                 cDNA alignment views</li>
1444               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1445                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1446               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1447                 protein sequences</li>
1448             </ul>
1449           </li>
1450           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1451           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1452             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1453           <li>New alignment annotation file statements for
1454             reference sequences and marking hidden columns</li>
1455           <li>Reference sequence based alignment shading to
1456             highlight variation</li>
1457           <li>Select or hide columns according to alignment
1458             annotation</li>
1459           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1460           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1461             acid conservation row</li>
1462           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1463         </ul> <em>Application</em>
1464         <ul>
1465           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1466             <ul>
1467               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1468                 view with cDNA/Protein</li>
1469               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1470                 sequences are placed in the same alignment</li>
1471               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1472                 projects</li>
1473             </ul>
1474           </li>
1475
1476           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1477           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1478             Jalview windows</li>
1479
1480           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1481           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1482           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1483             be shown in VARNA</li>
1484
1485           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1486             as the active selected region</li>
1487
1488           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1489             similarity</li>
1490           <li>New Export options
1491             <ul>
1492               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1493                 region export in flat file generation</li>
1494
1495               <li>Export alignment views for display with the <a
1496                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1497
1498               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1499               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1500                 alignment figures to HTML</li>
1501           </li>
1502           <li>3D structure retrieval and display
1503             <ul>
1504               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1505                 Search API</li>
1506               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1507                 PDB structures for a sequence set</li>
1508             </ul>
1509           </li>
1510
1511           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1512             predictions</li>
1513           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1514             for one or a group of sequences</li>
1515           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1516             from the JPred4 web server</li>
1517           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1518             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1519             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1520           </li>
1521           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1522             VARNA 2D Structure'</li>
1523           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1524             Structure ..."</li>
1525
1526         </ul> <em>Applet</em>
1527         <ul>
1528           <li>New layout for applet example pages</li>
1529           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1530             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1531           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1532             Protein alignments</li>
1533         </ul> <em>Development and deployment</em>
1534         <ul>
1535           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1536           <li>Include installation type and git revision in build
1537             properties and console log output</li>
1538           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1539             storing BioJsMSA Templates</li>
1540           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1541         </ul></td>
1542       <td>
1543         <!-- <em>General</em>
1544         <ul>
1545         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1546         <ul>
1547           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1548           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1549           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1550             predictions are not highlighted in amber</li>
1551           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1552             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1553           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1554             associated structure views</li>
1555           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1556             width checkbox not enabled</li>
1557           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1558             creating user defined colours</li>
1559           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1560             mappings for just that viewer's sequences</li>
1561           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1562             multiple models in Chimera</li>
1563           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1564             over Jmol structure</li>
1565           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1566             output to text box</li>
1567           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1568             have incorrect sequence start/end</li>
1569           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1570             Jalview fails</li>
1571           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1572             work for nucleotide</li>
1573           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1574             to a grey/invisible alignment window</li>
1575           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1576             imports to different position</li>
1577           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1578             on some platforms</li>
1579           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1580             populated</li>
1581           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1582             console if Chimera has been opened</li>
1583           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1584           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1585             retrieved</li>
1586           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1587           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1588             either sequence shows on first structure</li>
1589           <li>'Show annotations' options should not make
1590             non-positional annotations visible</li>
1591           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1592             in right place after 'view flanking regions'</li>
1593           <li>File Save As type unset when current file format is
1594             unknown</li>
1595           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1596             projects</li>
1597           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1598             responsive</li>
1599           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1600             several views on same alignment</li>
1601           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1602           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1603             spaces</li>
1604         </ul> <em>Applet</em>
1605         <ul>
1606           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1607           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1608             descriptions containing angle brackets</li>
1609         </ul> <em>General</em>
1610         <ul>
1611           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1612             via jalview annotation file</li>
1613           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1614             with RNA secondary structure</li>
1615           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1616             translation doesn't work.</li>
1617           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1618           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1619             positions</li>
1620           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1621             choosing 1pt font</li>
1622           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1623             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1624             'h'</li>
1625           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1626             new feature</li>
1627           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1628             order dependent</li>
1629           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1630             sequences</li>
1631           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1632         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1633         <ul>
1634           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1635             www.jalview.org</li>
1636         </ul> <em>Application Known issues</em>
1637         <ul>
1638           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1639           <li>Misleading message appears after trying to delete
1640             solid column.</li>
1641           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1642             version launches</li>
1643           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1644             fails with a sequence mismatch</li>
1645           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1646             scrolling alignment to right</li>
1647           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1648             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1649           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1650             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1651           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1652             ultra-high resolution</li>
1653           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1654             quality and conservation</li>
1655           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1656             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1657         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1658         <ul>
1659           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1660           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1661             window is being resized</li>
1662
1663         </ul>
1664       </td>
1665     </tr>
1666     <tr>
1667       <td><div align="center">
1668           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1669         </div></td>
1670       <td><em>General</em>
1671         <ul>
1672           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1673             Certum.PL.</li>
1674           <li>Features and annotation preserved when performing
1675             pairwise alignment</li>
1676           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1677             imported/exported/displayed</li>
1678           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1679             protein secondary structure</li>
1680           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1681               post-hoc with 2.9 release</em>)
1682           </li>
1683
1684         </ul> <em>Application</em>
1685         <ul>
1686           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1687             with 3D structures</li>
1688           <li>Support for parsing RNAML</li>
1689           <li>Annotations menu for layout
1690             <ul>
1691               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1692               <li>place sequence annotation above/below alignment
1693                 annotation</li>
1694             </ul>
1695           <li>Output in Stockholm format</li>
1696           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1697             translation</li>
1698           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1699           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1700             shared between alignments</li>
1701           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1702             Jalview</li>
1703           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1704             all or current selection</li>
1705           <li>disorder and secondary structure predictions
1706             available as dataset annotation</li>
1707           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1708
1709
1710           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1711             alignments from Rfam</li>
1712           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1713
1714           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1715             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1716           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1717           <li>include installation type in build properties and
1718             console log output</li>
1719           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1720             annotation</li>
1721         </ul></td>
1722       <td>
1723         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1724         <ul>
1725           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1726             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1727           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1728             alignment</li>
1729           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1730           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1731           <li>Double click on sequence associated annotation
1732             selects only first column</li>
1733           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1734             leaves shown in tree</li>
1735           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1736             properly</li>
1737           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1738           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1739             screen and buttons not visible</li>
1740           <li>author list isn't updated if already written to
1741             Jalview properties</li>
1742           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1743             from database</li>
1744           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1745           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1746             browser search window</li>
1747           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1748             in feature settings dialog</li>
1749           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1750             desktop</li>
1751           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1752             pass validation</li>
1753           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1754             fit on screen</li>
1755           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1756             tooltip</li>
1757           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1758             defined user preset</li>
1759           <li>MSA web services warns user if they were launched
1760             with invalid input</li>
1761           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1762             Java 8</li>
1763           <li>
1764             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1765             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1766             created
1767           </li>
1768
1769         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1770         <ul>
1771         </ul> <em>General</em>
1772         <ul>
1773         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1774         <ul>
1775           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1776             memory allocation</li>
1777           <li>launchApp service doesn't automatically open
1778             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1779           <li>
1780             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1781             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1782             1.7_055 is available
1783           </li>
1784         </ul> <em>Application Known issues</em>
1785         <ul>
1786           <li>
1787             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1788             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1789             alignment to right
1790           </li>
1791           <li>
1792             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1793             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1794             with large number of ID
1795           </li>
1796           <li>
1797             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1798             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1799             start/end
1800           </li>
1801           <li>
1802             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1803             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1804             structure tracks are rearranged
1805           </li>
1806           <li>
1807             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1808             invalid rna structure positional highlighting does not
1809             highlight position of invalid base pairs
1810           </li>
1811           <li>
1812             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1813             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1814             project from alignment window file menu
1815           </li>
1816           <li>
1817             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1818             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1819             structures
1820           </li>
1821           <li>
1822             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1823             colour by RNA Helices not enabled when user created
1824             annotation added to alignment
1825           </li>
1826           <li>
1827             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1828             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1829           </li>
1830         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1831         <ul>
1832           <li>
1833             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1834             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1835           </li>
1836           <li>
1837             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1838             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1839           </li>
1840
1841           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1842             when selected</li>
1843         </ul>
1844       </td>
1845     </tr>
1846     <tr>
1847       <td><div align="center">
1848           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1849         </div></td>
1850       <td>
1851         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1852         <em>General</em>
1853         <ul>
1854           <li>Internationalisation of user interface (usually
1855             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1856           <li>Define/Undefine group on current selection with
1857             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1858           <li>Improved group creation/removal options in
1859             alignment/sequence Popup menu</li>
1860           <li>Sensible precision for symbol distribution
1861             percentages shown in logo tooltip.</li>
1862           <li>Annotation panel height set according to amount of
1863             annotation when alignment first opened</li>
1864         </ul> <em>Application</em>
1865         <ul>
1866           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1867             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1868           <li>Select columns containing particular features from
1869             Feature Settings dialog</li>
1870           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1871             sequences</li>
1872           <li>Update Jalview project format:
1873             <ul>
1874               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1875               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1876                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1877               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1878                 colouring</li>
1879             </ul>
1880           </li>
1881           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1882             (PAM250)</li>
1883           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1884             flanking regions for an alignment</li>
1885         </ul>
1886       </td>
1887       <td>
1888         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1889         <ul>
1890           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1891             running after job is cancelled</li>
1892           <li>cannot export features from alignments imported from
1893             Jalview/VAMSAS projects</li>
1894           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1895             float values</li>
1896           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1897             have 'display all symbols' flag set</li>
1898           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1899             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1900           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1901             Jalview</li>
1902           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1903             Lion/Webstart</li>
1904           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1905           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1906           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1907             alignment onto desktop</li>
1908           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1909             'extract scores' function</li>
1910           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1911             alignment window</li>
1912           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1913             performing IUPred disorder prediction</li>
1914           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1915             changing 'normalise logo' display setting</li>
1916           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1917             nothing matches query</li>
1918           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1919             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1920           </li>
1921           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1922             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1923           </li>
1924           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1925             Jalview's menu</li>
1926           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1927             'invalid literal/length code'</li>
1928           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1929             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1930           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1931             colourscheme</li>
1932
1933         </ul> <em>Applet</em>
1934         <ul>
1935           <li>Remove group option is shown even when selection is
1936             not a group</li>
1937           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1938             don't affect groups</li>
1939           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1940             colourscheme name</li>
1941           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1942             Annotation panel is not displayed</li>
1943           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1944             embedded windows</li>
1945         </ul> <em>Other</em>
1946         <ul>
1947           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1948             single sequence were not calculated</li>
1949           <li>annotation files that contain only groups imported as
1950             annotation and junk sequences</li>
1951           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1952             recognised as PFAM or BLC</li>
1953           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1954             doesn't affect background (2.8.0b1)
1955           <li></li>
1956           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1957           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1958             trailing gaps</li>
1959           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1960             registered correctly on import</li>
1961           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1962             certain alignments</li>
1963           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1964             existing annotation based 'use original colours'
1965             colourscheme loses original colours setting</li>
1966         </ul>
1967       </td>
1968     </tr>
1969     <tr>
1970       <td><div align="center">
1971           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1972             <em>30/1/2014</em></strong>
1973         </div></td>
1974       <td>
1975         <ul>
1976           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1977             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1978             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1979             open source project).
1980           </li>
1981           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
1982           <li>Output in Stockholm format</li>
1983           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1984           <li>Export/import group and sequence associated line
1985             graph thresholds</li>
1986           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1987             ambiguity codes</li>
1988           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1989             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1990             works</li>
1991           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1992         </ul> <em>Other improvements</em>
1993         <ul>
1994           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1995           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1996             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1997           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1998             files</li>
1999           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2000           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2001             link but no description</li>
2002           <li>Select primary source when selecting authority in
2003             database fetcher GUI</li>
2004           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2005             Jalview</li>
2006           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2007         </ul>
2008       </td>
2009       <td>
2010         <ul>
2011           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2012             displayed</li>
2013           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2014             secondary structure annotation line</li>
2015           <li>Sequence database accessions not imported when
2016             fetching alignments from Rfam</li>
2017           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2018             identical IDs</li>
2019           <li>View all structures does not always superpose
2020             structures</li>
2021           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2022             reflect user or preset settings</li>
2023           <li>Null pointer exceptions for some services without
2024             presets or adjustable parameters</li>
2025           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2026             discover PDB xRefs</li>
2027           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2028             features with DAS</li>
2029           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2030             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2031           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2032             residue follows a gap</li>
2033           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2034             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2035           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2036             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2037           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2038             annotation already exists on alignment</li>
2039           <li>oninit javascript function should be called after
2040             initialisation completes</li>
2041           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2042             alignment window display</li>
2043           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2044           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2045             to annotation file</li>
2046           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2047             groups created</li>
2048           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2049             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2050           <li>Pressing return several times causes Number Format
2051             exceptions in keyboard mode</li>
2052           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2053             correct partitions for input data</li>
2054           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2055           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2056           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2057           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2058             mode</li>
2059           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2060             changes one row&#39;s threshold</li>
2061           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2062             doesn&#39;t open</li>
2063           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2064             quality histograms</li>
2065         </ul>
2066       </td>
2067     </tr>
2068     <tr>
2069       <td><div align="center">
2070           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2071         </div></td>
2072       <td><em>Application</em>
2073         <ul>
2074           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2075             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2076           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2077             preferences</li>
2078           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2079             in Jalview alignment window</li>
2080           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2081             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2082           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2083             RNA and ambiguity codes</li>
2084
2085           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2086           <li>Support fetching and database reference look up
2087             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2088             refs')</li>
2089           <li>Jalview project improvements
2090             <ul>
2091               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2092                 flag for annotation</li>
2093               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2094                 alignment</li>
2095               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2096                 Jalview project</li>
2097
2098             </ul>
2099           </li>
2100           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2101           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2102             running</li>
2103           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2104           <li>visual indication that web service results are still
2105             being retrieved from server</li>
2106           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2107             starts up for first time</li>
2108           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2109             services</li>
2110           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2111             client library</li>
2112           <li>Examples directory and Groovy library included in
2113             InstallAnywhere distribution</li>
2114         </ul> <em>Applet</em>
2115         <ul>
2116           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2117             visualization applet example</li>
2118         </ul> <em>General</em>
2119         <ul>
2120           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2121           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2122             defaults</li>
2123           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2124             calculation</li>
2125           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2126             matrices
2127           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2128             in HTML</li>
2129           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2130             structure contacts</li>
2131           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2132           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2133           <li>Parse sequence associated secondary structure
2134             information in Stockholm files</li>
2135           <li>HTML Export database accessions and annotation
2136             information presented in tooltip for sequences</li>
2137           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2138             style RNA alignment files</li>
2139           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2140             alignment</li>
2141           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2142             shade each sequence according to its associated alignment
2143             annotation</li>
2144           <li>New Jalview Logo</li>
2145         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2146         <ul>
2147           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2148           <li>New Website!</li>
2149         </ul></td>
2150       <td><em>Application</em>
2151         <ul>
2152           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2153             wsdbfetch REST service</li>
2154           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2155           <li>Filetype associations not installed for webstart
2156             launch</li>
2157           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2158             job execution in full once it is complete</li>
2159           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2160             uploaded via ali_file parameter</li>
2161           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2162           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2163           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2164             submitted for prediction</li>
2165           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2166             desktop window</li>
2167           <li>Putting fractional value into integer text box in
2168             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2169           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2170             windows 7</li>
2171           <li>View all structures fails with exception shown in
2172             structure view</li>
2173           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2174             escaped in a platform independent way</li>
2175           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2176             using proxy</li>
2177           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2178             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2179           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2180             failure when java web start temporary file caching is
2181             disabled</li>
2182           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2183             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2184           <li>Errors during processing of command line arguments
2185             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2186           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2187             DAS sources in sequence fetcher</li>
2188           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2189             dialog is shown</li>
2190           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2191           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2192           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2193           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2194             on OSX Mountain Lion</li>
2195           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2196             sequences with alignment annotation are pasted into the
2197             alignment</li>
2198           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2199             when loaded from Jalview project</li>
2200           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2201           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2202             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2203           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2204             associated with all views</li>
2205           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2206             annotation rows to new window</li>
2207         </ul> <em>Applet</em>
2208         <ul>
2209           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2210             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2211           <li>loading features via javascript API automatically
2212             enables feature display</li>
2213           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2214             work</li>
2215         </ul> <em>General</em>
2216         <ul>
2217           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2218           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2219             and then deselected</li>
2220           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2221           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2222             coloured with clustalx</li>
2223           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2224             exceptions and redraw errors</li>
2225           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2226             reconfigured view</li>
2227           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2228             colour</li>
2229           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2230             for lots of labels</li>
2231         </ul>
2232     </tr>
2233     <tr>
2234       <td>
2235         <div align="center">
2236           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2237         </div>
2238       </td>
2239       <td><em>Application</em>
2240         <ul>
2241           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2242           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2243           <li>View/alignment association menu to enable user to
2244             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2245             its colours/correspondences from</li>
2246           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2247           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2248             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2249           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2250           <li>Annotation row column label formatting attributes
2251             stored in project file</li>
2252           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2253             rows preserved in Jalview project file</li>
2254           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2255             saved using Desktop window menu</li>
2256           <li>Visual indication that command line arguments are
2257             still being processed</li>
2258           <li>Groovy script execution from URL</li>
2259           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2260             preferences</li>
2261           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2262             alignment with sequences that have high similarity and
2263             matching IDs</li>
2264           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2265           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2266             structures in same window</li>
2267           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2268           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2269             analysis function in its own submenu</li>
2270         </ul> <em>Applet</em>
2271         <ul>
2272           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2273             groups</li>
2274           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2275           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2276           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2277           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2278           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2279             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2280           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2281           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2282             parameters are treated as such</li>
2283           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2284             <ul>
2285               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2286               <li>Javascript callbacks for
2287                 <ul>
2288                   <li>Applet initialisation</li>
2289                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2290                 </ul>
2291               </li>
2292               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2293                 functions</li>
2294               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2295               <li>javascript structure viewer harness to pass
2296                 messages between Jmol and Jalview when running as
2297                 distinct applets</li>
2298               <li>sortBy method</li>
2299               <li>Set of applet and application examples shipped
2300                 with documentation</li>
2301               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2302                 javascript message exchange</li>
2303             </ul>
2304         </ul> <em>General</em>
2305         <ul>
2306           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2307             multiple alignments</li>
2308           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2309           <li>User configurable link to enable redirects to a
2310             www.Jalview.org mirror</li>
2311           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2312           <li>Configurable newline string when writing alignment
2313             and other flat files</li>
2314           <li>Allow alignment annotation description lines to
2315             contain html tags</li>
2316         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2317         <ul>
2318           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2319             examples</li>
2320           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2321             using a web service before displaying the result in the
2322             Jalview desktop</li>
2323           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2324           <li>Ant target to publish example html files with applet
2325             archive</li>
2326           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2327           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2328         </ul></td>
2329       <td><em>Application</em>
2330         <ul>
2331           <li>User defined colourscheme throws exception when
2332             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2333           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2334             dialog for valid filename/format</li>
2335           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2336           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2337             P37173</li>
2338           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2339             which sequence is to be associated with the file</li>
2340           <li>Find All raises null pointer exception when query
2341             only matches sequence IDs</li>
2342           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2343           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2344             2.4 cannot be loaded</li>
2345           <li>Filetype associations not installed for webstart
2346             launch</li>
2347           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2348             with sequences in different alignments do not get coloured
2349             by their associated sequence</li>
2350           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2351             not preserved when project is loaded</li>
2352           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2353             stored in Jalview project</li>
2354           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2355             Jalview project</li>
2356           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2357           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2358             by conservation</li>
2359           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2360             created on new view</li>
2361           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2362             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2363           <li>Alignment quality not updated after alignment
2364             annotation row is hidden then shown</li>
2365           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2366             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2367           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2368             properly</li>
2369           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2370             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2371           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2372           <li>Structures imported from file and saved in project
2373             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2374           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2375             job execution in full once it is complete</li>
2376         </ul> <em>Applet</em>
2377         <ul>
2378           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2379             annotation rows are displayed</li>
2380           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2381             codebase</li>
2382           <li>View follows highlighting does not work for positions
2383             in sequences</li>
2384           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2385           <li>Export features raises exception when no features
2386             exist</li>
2387           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2388             for javascript api is modified when separator string
2389             provided as parameter</li>
2390           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2391             alignment with no existing selection</li>
2392           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2393             to applet&#39;s codebase</li>
2394           <li>Status bar not updated after finished searching and
2395             search wraps around to first result</li>
2396           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2397             several Jalview applets causes race conditions and memory
2398             leaks</li>
2399           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2400             not sent from Jmol in applet</li>
2401           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2402             applet API fatally hang browser</li>
2403         </ul> <em>General</em>
2404         <ul>
2405           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2406             position with wrapped view and hidden regions</li>
2407           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2408             with/without hidden columns</li>
2409           <li>Sequence length given in alignment properties window
2410             is off by 1</li>
2411           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2412             import PDB like structure files</li>
2413           <li>Positional search results are only highlighted
2414             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2415           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2416           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2417             given sequence position</li>
2418           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2419             output</li>
2420           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2421             from nucleotide chains correctly</li>
2422           <li>Structure colours not updated when tree partition
2423             changed in alignment</li>
2424           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2425             parsed in interleaved stockholm</li>
2426           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2427             state</li>
2428           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2429             properly</li>
2430           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2431             properly associated with their pdb files</li>
2432         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2433         <ul>
2434           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2435             ApplyCopyright tool</li>
2436         </ul></td>
2437     </tr>
2438     <tr>
2439       <td>
2440         <div align="center">
2441           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2442         </div>
2443       </td>
2444       <td><em>Application</em>
2445         <ul>
2446           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2447             contact web services</li>
2448           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2449             service job window</li>
2450           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2451         </ul></td>
2452       <td>
2453         <ul>
2454           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2455             pir file emitted by Jalview</li>
2456           <li>Existing feature settings transferred to new
2457             alignment view created from cut'n'paste</li>
2458           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2459             parsing PDB files</li>
2460           <li>Consensus and conservation annotation rows
2461             occasionally become blank for all new windows</li>
2462           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2463             in wrapped view mode</li>
2464         </ul> <em>Application</em>
2465         <ul>
2466           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2467             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2468           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2469             parameter names</li>
2470           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2471             is down</li>
2472         </ul>
2473       </td>
2474     </tr>
2475     <tr>
2476       <td>
2477         <div align="center">
2478           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2479         </div>
2480       </td>
2481       <td><em>Application</em>
2482         <ul>
2483           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2484             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2485             (JABAWS)
2486           </li>
2487           <li>Web Services preference tab</li>
2488           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2489             preferences</li>
2490           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2491           <li>Superpose structures using associated sequence
2492             alignment</li>
2493           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2494             viewer</li>
2495         </ul> <em>Applet</em>
2496         <ul>
2497           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2498             link out mechanism</li>
2499         </ul> <em>Other</em>
2500         <ul>
2501           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2502             series 12</li>
2503           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2504             require Java 1.5</li>
2505           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2506             sequence annotation files</li>
2507           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2508             type colour specification</li>
2509           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2510             script to check if it being run in an interactive session or
2511             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2512         </ul></td>
2513       <td>
2514         <ul>
2515           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2516             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2517         </ul> <em>Application</em>
2518         <ul>
2519           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2520             selected Regions menu item</li>
2521           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2522             part of a valid accession ID</li>
2523           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2524             runs out of memory</li>
2525           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2526             analysis results</li>
2527           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2528             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2529           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2530         </ul> <em>Applet</em>
2531         <ul>
2532           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2533             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2534             defined.</li>
2535         </ul>
2536       </td>
2537     </tr>
2538     <tr>
2539       <td>
2540         <div align="center">
2541           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2542         </div>
2543       </td>
2544       <td></td>
2545       <td>
2546         <ul>
2547           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2548             sequence IDs</li>
2549           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2550             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2551           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2552             import correctly</li>
2553           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2554             number of columns are hidden</li>
2555           <li>annotation label popup menu not providing correct
2556             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2557             present</li>
2558           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2559             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2560           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2561             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2562
2563         </ul> <em>Applet</em>
2564         <ul>
2565           <li>annotation panel disappears when annotation is
2566             hidden/removed</li>
2567         </ul> <em>Application</em>
2568         <ul>
2569           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2570             alignment opened where annotation panel is visible but no
2571             annotations are present on alignment</li>
2572           <li>pasted region containing hidden columns is
2573             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2574           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2575             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2576           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2577             selected Rregions menu item.</li>
2578           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2579             'Un' or 'Non'conserved</li>
2580           <li>Sequence feature settings are being shared by
2581             multiple distinct alignments</li>
2582           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2583             changed</li>
2584           <li>double click on group annotation to select sequences
2585             does not propagate to associated trees</li>
2586           <li>Mac OSX specific issues:
2587             <ul>
2588               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2589                 window background</li>
2590               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2591                 name set correctly</li>
2592               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2593                 save feature colourscheme button</li>
2594             </ul>
2595           </li>
2596         </ul>
2597       </td>
2598     </tr>
2599     <tr>
2600
2601       <td>
2602         <div align="center">
2603           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2604         </div>
2605       </td>
2606       <td><em>New Capabilities</em>
2607         <ul>
2608           <li>URL links generated from description line for
2609             regular-expression based URL links (applet and application)
2610
2611           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2612             menu</li>
2613           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2614             structures</li>
2615           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2616             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2617           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2618             average score or total feature count for each sequence.</li>
2619           <li>Shading features by score or associated description</li>
2620           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2621             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2622           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2623             hide everything but the currently selected region.</li>
2624           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2625         </ul> <em>Application</em>
2626         <ul>
2627           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2628             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2629           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2630             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2631           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2632             database references and protein_name is parsed as
2633             description line (BioSapiens terms).</li>
2634           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2635             references in sequence ID tooltip from View menu in
2636             application.</li>
2637           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2638       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2639           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2640             conservation plots</li>
2641           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2642             and visualized as sequence logos</li>
2643           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2644             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2645           </li>
2646           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2647             when a new tree is opened.</li>
2648           <li>Jalview Java Console</li>
2649           <li>Better placement of desktop window when moving
2650             between different screens.</li>
2651           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2652             consensus annotation</li>
2653           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2654             Workflows</li>
2655           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2656             <ul>
2657               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2658                 used to preserve views, structures, and tree display
2659                 settings)</li>
2660               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2661                 command line</li>
2662               <li>Sharing of selected regions between views and
2663                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2664               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2665             </ul></li>
2666         </ul> <em>Applet</em>
2667         <ul>
2668           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2669           <li>New Parameters
2670             <ul>
2671               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2672                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2673                 opened.</li>
2674               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2675                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2676               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2677                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2678               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2679                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2680                 view</li>
2681               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2682                 increase the height or width of a cell in the alignment
2683                 grid relative to the current font size.</li>
2684             </ul>
2685           </li>
2686           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2687             tooltip</li>
2688         </ul> <em>Other</em>
2689         <ul>
2690           <li>Features format: graduated colour definitions and
2691             specification of feature scores</li>
2692           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2693             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2694             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2695           <li>XML formats extended to support graduated feature
2696             colourschemes, group associated annotation, and profile
2697             visualization settings.</li></td>
2698       <td>
2699         <ul>
2700           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2701             rather than description</li>
2702           <li>Non-positional features are now included in sequence
2703             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2704             visibility in tooltip).</li>
2705           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2706           <li>Added URL embedding instructions to features file
2707             documentation.</li>
2708           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2709             'X' in peptide product</li>
2710           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2711             sequence ID and sequence string and query strings do not
2712             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2713           <li>AMSA files only contain first column of
2714             multi-character column annotation labels</li>
2715           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2716             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2717             exported and re-imported)</li>
2718           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2719             name</li>
2720           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2721             as subsequence matches, and correctly reports total number
2722             of both.</li>
2723           <li>Application:
2724             <ul>
2725               <li>Better handling of exceptions during sequence
2726                 retrieval</li>
2727               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2728                 link text excludes the start_end suffix</li>
2729               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2730                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2731               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2732               <li>Sequence description lines properly shared via
2733                 VAMSAS</li>
2734               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2735                 data sources</li>
2736               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2737                 completes before alignment figures are generated.</li>
2738               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2739                 first time.</li>
2740               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2741                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2742               <li>User defined group colours properly recovered
2743                 from Jalview projects.</li>
2744             </ul>
2745           </li>
2746         </ul>
2747       </td>
2748
2749     </tr>
2750     <tr>
2751       <td>
2752         <div align="center">
2753           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2754         </div>
2755       </td>
2756       <td>
2757         <ul>
2758           <li>Experimental support for google analytics usage
2759             tracking.</li>
2760           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2761         </ul>
2762       </td>
2763       <td>
2764         <ul>
2765           <li>Race condition in applet preventing startup in
2766             jre1.6.0u12+.</li>
2767           <li>Exception when feature created from selection beyond
2768             length of sequence.</li>
2769           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2770           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2771             all sequences with a given id</li>
2772           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2773             ID string searches</li>
2774           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2775             alignment to fail with exception</li>
2776         </ul> <em>Application Issues</em>
2777         <ul>
2778           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2779           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2780             data sources</li>
2781         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2782         <ul>
2783           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2784             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2785           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2786             version (java class versioning error fixed)</li>
2787         </ul>
2788       </td>
2789     </tr>
2790     <tr>
2791       <td>
2792
2793         <div align="center">
2794           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2795         </div>
2796       </td>
2797       <td><em>User Interface</em>
2798         <ul>
2799           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2800             translation and protein products</li>
2801           <li>Linked highlighting of structure associated with
2802             residue mapping to codon position</li>
2803           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2804             and 'clear' button</li>
2805           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2806             Tools menu</li>
2807           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2808             numeric data in description line</li>
2809           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2810           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2811             of sequence</li>
2812         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2813         <ul>
2814           <li>JPred3 web service</li>
2815           <li>Prototype sequence search client (no public services
2816             available yet)</li>
2817           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2818             PFAM</li>
2819           <li>URL Links created for matching database cross
2820             references as well as sequence ID</li>
2821           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2822         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2823         <ul>
2824           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2825             databases</li>
2826           <li>Generalised database reference retrieval and
2827             validation to all fetchable databases</li>
2828           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2829             sequence command</li>
2830         </ul> <em>Import and Export</em>
2831         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2832         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2833           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2834         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2835           File</li>
2836         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2837           triplet as name of colourscheme</li>
2838         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2839         <ul>
2840           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2841           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2842             alignments (experimental)</li>
2843           <li>Create new or select existing session to join</li>
2844           <li>load and save of vamsas documents</li>
2845         </ul> <em>Application command line</em>
2846         <ul>
2847           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2848             from applet)</li>
2849           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2850             of DAS servers to query for alignment features</li>
2851           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2852             that are also automatically queried for features</li>
2853           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2854             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2855         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2856         <ul>
2857           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2858             application (when using &quot;View in full
2859             application&quot;)</li>
2860         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2861         <ul>
2862           <li>feature group display control parameter</li>
2863           <li>debug parameter</li>
2864           <li>showbutton parameter</li>
2865         </ul> <em>Applet API methods</em>
2866         <ul>
2867           <li>newView public method</li>
2868           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2869           <li>Feature display control methods</li>
2870           <li>get list of currently selected sequences</li>
2871         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2872         <ul>
2873           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2874           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2875             Jalview release.</li>
2876           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2877             property controls execution of obfuscator</li>
2878           <li>Build target for generating source distribution</li>
2879           <li>Debug flag for javacc</li>
2880           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2881             jalview.bin.Cache</li>
2882           <li>Continuous Build Integration for stable and
2883             development version of Application, Applet and source
2884             distribution</li>
2885         </ul></td>
2886       <td>
2887         <ul>
2888           <li>selected region output includes visible annotations
2889             (for certain formats)</li>
2890           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2891             for editing</li>
2892           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2893           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2894           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2895           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2896             comments</li>
2897           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2898             filenames containing a ':'</li>
2899           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2900             global sequence features</li>
2901           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2902             references from alignment sequences goes to zero</li>
2903           <li>Close of tree branch colour box without colour
2904             selection causes cascading exceptions</li>
2905           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2906           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2907             file parsing fails.</li>
2908           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2909           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2910             not a valid output format</li>
2911           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2912             vamsas</li>
2913           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2914           <li>error messages passed up and output when data read
2915             fails</li>
2916           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2917             sequence is edited</li>
2918           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2919             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2920           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2921             filetype</li>
2922           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2923             import fixed for PFAM records</li>
2924           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2925             window list</li>
2926           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2927             can be read and written correctly to annotation file</li>
2928           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2929             correctly</li>
2930           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2931             non-italic font for representatives in Applet</li>
2932           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2933             Macs.</li>
2934           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2935             Applet)</li>
2936           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2937             due to null pointer exceptions</li>
2938           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2939             first column of alignment</li>
2940           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2941             July 2008</li>
2942           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2943             file is case-insensitive</li>
2944           <li>Sequence features read from Features file appended to
2945             all sequences with matching IDs</li>
2946           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2947             containing a sub-sequence</li>
2948           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2949           <li>feature and annotation file applet parameters
2950             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2951           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2952           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2953             splash-screen version check to complete</li>
2954           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2955             when passing them to the launchApp service</li>
2956           <li>display name and local features preserved in results
2957             retrieved from web service</li>
2958           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2959             sequence fetcher initialisation</li>
2960           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2961             dasobert DAS client</li>
2962           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2963             association</li>
2964           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2965             sequences
2966           </li>
2967         </ul>
2968       </td>
2969     </tr>
2970     <tr>
2971       <td>
2972         <div align="center">
2973           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2974         </div>
2975       </td>
2976       <td>
2977         <ul>
2978           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2979           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2980           <li>Slide sequences</li>
2981           <li>Edit sequence in place</li>
2982           <li>EMBL CDS features</li>
2983           <li>DAS Feature mapping</li>
2984           <li>Feature ordering</li>
2985           <li>Alignment Properties</li>
2986           <li>Annotation Scores</li>
2987           <li>Sort by scores</li>
2988           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2989         </ul>
2990       </td>
2991       <td>
2992         <ul>
2993           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2994           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2995           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2996           <li>Feature group display state in XML</li>
2997           <li>Feature ordering in XML</li>
2998           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2999           <li>Stockholm alignment properties</li>
3000           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3001           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3002           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3003           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3004         </ul>
3005       </td>
3006
3007     </tr>
3008     <tr>
3009       <td>
3010         <div align="center">
3011           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3012         </div>
3013       </td>
3014       <td>
3015         <ul>
3016           <li>Non standard characters can be read and displayed
3017           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3018             applet via textbox
3019           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3020             name &amp; description
3021           <li>Preference setting to display sequence name in
3022             italics
3023           <li>Annotation file format extended to allow
3024             Sequence_groups to be defined
3025           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3026             specified in preferences
3027           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3028             sequences
3029         </ul>
3030       </td>
3031       <td>
3032         <ul>
3033           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3034             installed
3035           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3036           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3037         </ul>
3038       </td>
3039     </tr>
3040     <tr>
3041       <td>
3042         <div align="center">
3043           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3044         </div>
3045       </td>
3046       <td>
3047         <ul>
3048           <li>Multiple views on alignment
3049           <li>Sequence feature editing
3050           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3051           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3052           <li>Background dependent text colour
3053           <li>Right align sequence ids
3054           <li>User-defined lower case residue colours
3055           <li>Format Menu
3056           <li>Select Menu
3057           <li>Menu item accelerator keys
3058           <li>Control-V pastes to current alignment
3059           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3060           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3061           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3062
3063           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3064         </ul>
3065       </td>
3066       <td>
3067         <ul>
3068           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3069           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3070             calculations
3071           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3072             edits
3073           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3074             of alignment)
3075           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3076
3077           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3078             display correctly
3079           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3080           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3081             analysis results
3082           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3083             &#8739;
3084           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3085           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3086           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3087
3088         </ul>
3089       </td>
3090     </tr>
3091     <tr>
3092       <td>
3093         <div align="center">
3094           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3095         </div>
3096       </td>
3097       <td>
3098         <ul>
3099           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3100         </ul>
3101       </td>
3102       <td>
3103         <ul>
3104           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3105             sequence id panel has been resized</li>
3106           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3107             rendered</li>
3108           <li>Annotation files with sequence references - all
3109             elements in file are relative to sequence position</li>
3110           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3111         </ul>
3112       </td>
3113     </tr>
3114     <tr>
3115       <td>
3116         <div align="center">
3117           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3118         </div>
3119       </td>
3120       <td>
3121         <ul>
3122           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3123           <li>DAS Feature fetching</li>
3124           <li>Hide sequences and columns</li>
3125           <li>Export Annotations and Features</li>
3126           <li>GFF file reading / writing</li>
3127           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3128             files</li>
3129           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3130           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3131           <li>Applet can launch the full application</li>
3132           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3133             required)</li>
3134           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3135           <li>Applet can load sequences from parameter
3136             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3137           </li>
3138         </ul>
3139       </td>
3140       <td>
3141         <ul>
3142           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3143           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3144           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3145         </ul>
3146       </td>
3147     </tr>
3148     <tr>
3149       <td>
3150         <div align="center">
3151           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3152         </div>
3153       </td>
3154       <td>
3155         <ul>
3156           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3157           <li>Choose to match case when searching</li>
3158           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3159             expand the visible width and height of the alignment</li>
3160         </ul>
3161       </td>
3162       <td>
3163         <ul>
3164           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3165         </ul>
3166       </td>
3167     </tr>
3168     <tr>
3169       <td>
3170         <div align="center">
3171           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3172         </div>
3173       </td>
3174       <td>&nbsp;</td>
3175       <td>
3176         <ul>
3177           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3178           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3179             value</li>
3180         </ul>
3181       </td>
3182     </tr>
3183     <tr>
3184       <td>
3185         <div align="center">
3186           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3187         </div>
3188       </td>
3189       <td>
3190         <ul>
3191           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3192           <li>Keyboard editing</li>
3193           <li>Create sequence features from searches</li>
3194           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3195             alignments</li>
3196           <li>Features file allows grouping of features</li>
3197           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3198           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3199           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3200         </ul>
3201       </td>
3202       <td>
3203         <ul>
3204           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3205           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3206             descriptions saved.</li>
3207         </ul>
3208       </td>
3209     </tr>
3210     <tr>
3211       <td>
3212         <div align="center">
3213           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3214         </div>
3215       </td>
3216       <td>
3217         <ul>
3218           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3219           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3220           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3221             name for file output</li>
3222           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3223           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3224             used for HTML form input</li>
3225         </ul>
3226       </td>
3227       <td>
3228         <ul>
3229           <li>HTML output writes groups and features</li>
3230           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3231           <li>File IO bugs</li>
3232         </ul>
3233       </td>
3234     </tr>
3235     <tr>
3236       <td>
3237         <div align="center">
3238           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3239         </div>
3240       </td>
3241       <td>
3242         <ul>
3243           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3244           <li>More options for PCA viewer</li>
3245         </ul>
3246       </td>
3247       <td>
3248         <ul>
3249           <li>GUI bugs resolved</li>
3250           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3251         </ul>
3252       </td>
3253     </tr>
3254     <tr>
3255       <td height="63">
3256         <div align="center">
3257           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3258         </div>
3259       </td>
3260       <td>
3261         <ul>
3262           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3263           <li>Jar files are executable</li>
3264           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3265         </ul>
3266       </td>
3267       <td>
3268         <ul>
3269           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3270           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3271           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3272         </ul>
3273       </td>
3274     </tr>
3275     <tr>
3276       <td>
3277         <div align="center">
3278           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3279         </div>
3280       </td>
3281       <td>
3282         <ul>
3283           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3284         </ul>
3285       </td>
3286       <td>
3287         <ul>
3288           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3289         </ul>
3290       </td>
3291     </tr>
3292     <tr>
3293       <td>
3294         <div align="center">
3295           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3296         </div>
3297       </td>
3298       <td>
3299         <ul>
3300           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3301             size</li>
3302         </ul>
3303       </td>
3304       <td>
3305         <ul>
3306           <li>Improved JPred client reliability</li>
3307           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3308         </ul>
3309       </td>
3310     </tr>
3311     <tr>
3312       <td>
3313         <div align="center">
3314           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3315         </div>
3316       </td>
3317       <td>
3318         <ul>
3319           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3320           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3321           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3322             to Colour Menu</li>
3323           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3324           <li>Unix users can set default web browser</li>
3325           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3326           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3327         </ul>
3328       </td>
3329       <td>
3330         <ul>
3331           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3332         </ul>
3333       </td>
3334     </tr>
3335     <tr>
3336       <td>
3337         <div align="center">
3338           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3339         </div>
3340       </td>
3341       <td>&nbsp;</td>
3342       <td>
3343         <ul>
3344           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3345             alignment order.</li>
3346         </ul>
3347       </td>
3348     </tr>
3349     <tr>
3350       <td>
3351         <div align="center">
3352           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3353         </div>
3354       </td>
3355       <td>
3356         <ul>
3357           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3358           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3359           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3360             annotations.</li>
3361           <li>Version and build date written to build properties
3362             file.</li>
3363           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3364             at launch of Jalview.</li>
3365         </ul>
3366       </td>
3367       <td>
3368         <ul>
3369           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3370           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3371           <li>Can remove groups one by one.</li>
3372           <li>Filechooser icons installed.</li>
3373           <li>Finder ignores return character when searching.
3374             Return key will initiate a search.<br>
3375           </li>
3376         </ul>
3377       </td>
3378     </tr>
3379     <tr>
3380       <td>
3381         <div align="center">
3382           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3383         </div>
3384       </td>
3385       <td>
3386         <ul>
3387           <li>New codebase</li>
3388         </ul>
3389       </td>
3390       <td>&nbsp;</td>
3391     </tr>
3392   </table>
3393   <p>&nbsp;</p>
3394 </body>
3395 </html>