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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>8/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>Calculations</em>
  78           <ul>
  79
  80             <li>
  81               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
  82               ungapped positions in each column of the alignment.
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
  86               a calculation dialog box
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
  90               and memory efficiency (~30x faster)
  91             </li>
  92             <li>
  93               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
  94               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
  95               and other calculations
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
  99               files within the Jalview codebase
 100             </li>
 101             <li>
 102               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 103               Similarity may have different topology due to increased
 104               precision
 105             </li>
 106           </ul>
 107           <em>Rendering</em>
 108           <ul>
 109             <li>
 110               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 111               model for alignments and groups
 112             </li>
 113             <li>
 114               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 115               scripts
 116             </li>
 117           </ul>
 118           <em>Overview</em>
 119           <ul>
 120             <li>
 121               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 122               with alignment and overview windows
 123             </li>
 124             <li>
 125               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 126               via Overview or sequence motif search operations
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 130               overview
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 134               omitted in Overview
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 138               adjustment of visible position
 139             </li>
 140           </ul>
 141
 142           <em>Data import/export</em>
 143           <ul>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 146               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 150               annotation input/output via stockholm flatfile
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 154               extension when importing structure files without embedded
 155               names or PDB accessions
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 159               format sequence substitution matrices
 160             </li>
 161           </ul>
 162           <em>User Interface</em>
 163           <ul>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 166               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 167               the application.
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 171               opened by double clicking gaps within sequence feature
 172               extent
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 176               aligned positions were available to create a 3D structure
 177               superposition.
 178             </li>
 179           </ul>
 180           <em>3D Structure</em>
 181           <ul>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 184               file-based command exchange
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 188               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 189               structures are already available for sequences
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 193               the Jalview project rather than downloaded again when the
 194               project is reopened.
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 198               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 199               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 200                 Feauture</strong>)
 201             </li>
 202           </ul>
 203           <em>Web Services</em>
 204           <ul>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 210               cross-references provided by identifiers.org and the
 211               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 212             </li>
 213           </ul>
 214
 215           <em>Scripting</em>
 216           <ul>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 219               identifying file formats (instead of String constants)
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 223               efficiency when counting all displayed features (not
 224               backwards compatible with 2.10.1)
 225             </li>
 226           </ul>
 227           <em>Example files</em>
 228           <ul>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 231               included in the example feature file
 232             </li>
 233           </ul>
 234           <em>Documentation</em>
 235           <ul>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 238               with the built-in Java help viewer
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 242               sequence description' option
 243             </li>
 244           </ul>
 245           <em>Test Suite</em>
 246           <ul>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 249               Uniprot REST Free Text Search Client
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 256               during tests
 257             </li>
 258           </ul>
 259         </div></td>
 260       <td><div align="left">
 261           <em>Calculations</em>
 262           <ul>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 265               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 266               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 270               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 271               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 272               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 273               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 274               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 275               Jalview's PCAs were different to those produced by
 276               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 277               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 278               behaviour<br />
 279               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 280               2.10.1 mode<br />
 281               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 282               restore 2.10.2 mode
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 286               scaling of branch lengths for trees computed using
 287               Sequence Feature Similarity.
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 291               generating output report when working with highly
 292               redundant alignments
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 296               right of selected region when gaps present on right-hand
 297               boundary
 298             </li>
 299           </ul>
 300           <em>User Interface</em>
 301           <ul>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 304               doesn't reselect a specific sequence's associated
 305               annotation after it was used for colouring a view
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 309               opened on a region of alignment without groups
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 313               of an alignment with overlapping groups
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 317               name and description match
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 321               hidden regions results in incorrect hidden regions
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 325               changing colour does not apply Conservation slider value
 326               to all groups
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 330               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 334               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 338               gaps before start of features
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 342               restored to UI when feature colour is edited
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 346               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 350               as graduate feature colour settings are modified via the
 351               dialog box
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 355               when a group defined on the alignment is resized
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 359               wrapped view result in positional status updates
 360             </li>
 361
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 364               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 368               alignment included gapped columns
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 372               widgets don't permanently disappear
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 376               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 377               T-Coffee column reliability scores)
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 381               sequence feature on gaps only
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 385               button from a Find inherit previously defined feature type
 386               rather than the Find query string
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 390               exporting tree calculated in Jalview
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 394               and then revealing them reorders sequences on the
 395               alignment
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 399               doesn't update to reflect available set of groups after
 400               interactively adding or modifying features
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 404               Linux
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 408               only excluded gaps in current sequence and ignored
 409               selection.
 410             </li>
 411           </ul>
 412           <em>Rendering</em>
 413           <ul>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 416               coloured in linked structure views
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 420               erratically when hidden rows or columns are present
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 424               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 425               sequence colouring
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 429               colour and group colour menu for protein alignments
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 433               reflect currently selected view or group's shading
 434               thresholds
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 438               when rendered on overview and structures when opacity at
 439               100%
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 443               overview when features overlaid on alignment
 444             </li>
 445           </ul>
 446           <em>Data import/export</em>
 447           <ul>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 450               load
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 454               added after a sequence was imported are not written to
 455               Stockholm File
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 459               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 463               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 467               with lightGray or darkGray via features file (but can
 468               specify lightgray)
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 472               when alignment view imported from project
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 476               structure and sequences extracted from structure files
 477               imported via URL and viewed in Jmol
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 481               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 482               the project is loaded and the structure viewed
 483             </li>
 484           </ul>
 485           <em>Web Services</em>
 486           <ul>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 489               release of Ensembl v.88
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 493               appear enabled in Preferences->Connections
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 497               removed from console output
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 501               Ensembl by Peptide ID
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 505               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 506               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 507               due to 'null' string rather than empty string used for
 508               residues with no corresponding PDB mapping).
 509             </li>
 510           </ul>
 511           <em>Application UI</em>
 512           <ul>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 515               menu
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 519               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 520               new documentation and tooltips added)
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 524               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 528               new features are added to alignment
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 532               changes to feature colours via the Amend features dialog
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 536               edit graduated feature colour via amend features dialog
 537               box
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 541               selection menu changes colours of alignment views
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 545               from alignment calculation workers after alignment has
 546               been closed
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 550               groups now 'Create Group'
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 554               Create/Undefine group doesn't always work
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 558               shown again after pressing 'Cancel'
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 562               adjusts start position in wrap mode
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 566               ambiguous amino acids
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 570               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 571               proteins
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 575               Defined' don't appear in Colours menu
 576             </li>
 577           </ul>
 578           <em>Applet</em>
 579           <ul>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 582               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 586               overview or linked structure view
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 590               work (since 2.8)
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 594               user-defined colourscheme doesn't restore original
 595               colourscheme
 596             </li>
 597           </ul>
 598           <em>Test Suite</em>
 599           <ul>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 602               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 606               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 607               problems with deep array comparison equality asserts in
 608               successive versions of TestNG
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 612               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 613             </li>
 614           </ul>
 615           <em>New Known Issues</em>
 616           <ul>
 617             <li>
 618               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 619               phase after a sequence motif find operation
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 623               containing just upper and lower case letters are
 624               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 628               ortholog database
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 632               containing features of type Highlight' when 'B" is pressed
 633               to mark columns containing highlighted regions.
 634             </li>
 635           </ul>
 636         </div><tr>
 637       <td width="60" nowrap>
 638         <div align="center">
 639           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 640         </div>
 641       </td>
 642       <td><div align="left">
 643           <em>General</em>
 644           <ul>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 647               for all consensus calculations
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 651               3rd Oct 2016)
 652             </li>
 653             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 654               for 2016-2017</li>
 655           </ul>
 656           <em>Application</em>
 657           <ul>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 660               set of database cross-references, sorted alphabetically
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 664               from database cross references. Users with custom links
 665               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 666                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 670               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 671               Chimera session
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 675               the Chimera it is connected to is shut down
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 679               columns menu item to mark columns containing highlighted
 680               regions (e.g. from structure selections or results of a
 681               Find operation)
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 685               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 686               MSAviewer
 687             </li>
 688           </ul>
 689         </div></td>
 690       <td>
 691         <div align="left">
 692           <em>General</em>
 693           <ul>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 696               are not coloured or thresholded according to percent
 697               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 701               hydrophobic
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 705               threshold, amino acid properties)
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 709               reported as mapped to residues in a structure file in the
 710               View Mapping report
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 714               could be added multiple times to a sequence
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 718               bond features shown as two highlighted residues rather
 719               than a range in linked structure views, and treated
 720               correctly when selecting and computing trees from features
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 724               cross-references are matched to database name regardless
 725               of case
 726             </li>
 727
 728           </ul>
 729           <em>Application</em>
 730           <ul>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 733               names without regular expressions also offer links from
 734               Sequence ID
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 738               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 739               update Jalview configuration
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 743               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 747               files with similarly named sequences if dropped onto the
 748               alignment
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 752               entries where more chains exist in the PDB accession than
 753               are reported in the SIFTS file
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 757               the structure view when displayed with Chimera
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 761               panel's View->Show Chains submenu
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 765               work for wrapped alignment views
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 769               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 773               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 774               first annotation row
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 778               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 782               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 783             </li>
 784             <!-- JAL-2319 -->
 785             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 786             coordindate data
 787             </li>
 788           </ul>
 789           <!--           <em>New Known Issues</em>
 790           <ul>
 791             <li></li>
 792           </ul> -->
 793         </div>
 794       </td>
 795     </tr>
 796     <td width="60" nowrap>
 797       <div align="center">
 798         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 799           <em>25/10/2016</em></strong>
 800       </div>
 801     </td>
 802     <td><em>Application</em>
 803       <ul>
 804         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 805           view if structures already loaded</li>
 806         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 807           structure views</li>
 808       </ul></td>
 809     <td>
 810       <div align="left">
 811         <em>General</em>
 812         <ul>
 813           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 814             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 815           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 816             example sequences/projects/trees</li>
 817         </ul>
 818         <em>Application</em>
 819         <ul>
 820           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 821             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 822           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 823             without timeout for structures with multiple models or
 824             multiple sequences in alignment</li>
 825           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 826             PDB ID HEADER line</li>
 827           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 828             is performed</li>
 829           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 830             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 831           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 832           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 833             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 834             option</li>
 835           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 836             is created on the alignment</li>
 837           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 838             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 839             pop-up menu</li>
 840         </ul>
 841         <em>Build and deployment</em>
 842         <ul>
 843           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 844             tags</li>
 845         </ul>
 846         <em>New Known Issues</em>
 847         <ul>
 848           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 849             on Windows</li>
 850         </ul>
 851       </div>
 852     </td>
 853     </tr>
 854     <tr>
 855       <td width="60" nowrap>
 856         <div align="center">
 857           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 858         </div>
 859       </td>
 860       <td><em>General</em>
 861         <ul>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 864           </li>
 865           <li>
 866             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 867             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 868             better PDB parsing.
 869           </li>
 870           <li>
 871             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 872             reference sequence
 873           </li>
 874           <li>
 875             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 876             mousing over sequence associated annotation
 877           </li>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 880             for manual entry
 881           </li>
 882           <li>
 883             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 884             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 885             for each column
 886           </li>
 887           <li>
 888             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 889             showing or hiding columns containing a feature
 890           </li>
 891           <li>
 892             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 893             group and sequence associated annotation labels
 894           </li>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 897             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 898             dialogs
 899           </li>
 900
 901         </ul> <em>Application</em>
 902         <ul>
 903           <li>
 904             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 905             gene/transcript view
 906           </li>
 907           <li>
 908             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 909             dialog
 910           </li>
 911           <li>
 912             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 913             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 914           </li>
 915           <li>
 916             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 917             Pfam sources to xfam.org
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 921           </li>
 922           <li>
 923             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 924             over sequences in Jalview
 925           </li>
 926           <li>
 927             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 928             regions in ENA and EMBL
 929           </li>
 930           <li>
 931             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 932             for record retrieval via ENA rest API
 933           </li>
 934           <li>
 935             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 936             complement operator
 937           </li>
 938           <li>
 939             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 940             groovy script execution
 941           </li>
 942           <li>
 943             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 944             alignment window's Calculate menu
 945           </li>
 946           <li>
 947             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 948             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 949           </li>
 950           <li>
 951             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 952             calculation workers from groovy scripts
 953           </li>
 954           <li>
 955             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 956             Jalview projects
 957           </li>
 958           <li>
 959             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 960             associations are now saved/restored from project
 961           </li>
 962           <li>
 963             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 964             before sequence fetcher is opened
 965           </li>
 966           <li>
 967             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 968             database chooser opens a sequence fetcher
 969           </li>
 970           <li>
 971             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 972             the UniProt REST API
 973           </li>
 974           <li>
 975             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 976             the news reader opening
 977           </li>
 978           <li>
 979             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 980             querying stored in preferences
 981           </li>
 982           <li>
 983             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 984             search results
 985           </li>
 986           <li>
 987             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 988           </li>
 989           <li>
 990             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 991             menu for nucleotide sequences
 992           </li>
 993           <li>
 994             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 995             and feature counts preserves alignment ordering (and
 996             debugged for complex feature sets).
 997           </li>
 998           <li>
 999             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1000             viewing structures with Jalview 2.10
1001           </li>
1002           <li>
1003             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1004             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1005             Ensembl Genomes REST API
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1009             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1010             (Ensembl)
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1014             sequences
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1018             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1019             data from external database records.
1020           </li>
1021           <li>
1022             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1023             efficient recovery of sequence coding and alignment
1024             annotation relationships.
1025           </li>
1026         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1027         <ul>
1028           <li>
1029             -- JAL---
1030           </li>
1031         </ul> --></td>
1032       <td>
1033         <div align="left">
1034           <em>General</em>
1035           <ul>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1038               menu on OSX
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1042               includes graduated colourschemes
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1046               working with big alignments and lots of hidden columns
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1050               at right of alignment window
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1054               contents
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1058               for DNA alignments
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1062               based tree calculation
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1066               unconserved enabled for group on alignment
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1070               set as reference
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1074               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1075               annotation
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1079               hidden columns present
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1083               user created annotation added to alignment
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1087               '()' base pair annotation
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1091               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1092               Consensus
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1096               feature not working
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1100               beginning of sequence
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1104               entry 3a6s
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1108               from a tree when t-coffee scores are shown
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1112               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1116               some structures
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1120               to Clustal, PIR and PileUp output
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1124               not visible causes alignment window to repaint
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1128               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1129               scores associated with features and annotation rows
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1133               calculation should be case independent
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1137               columns
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1141               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1142               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1146               problems when reference sequence defined and 'show
1147               non-conserved' enabled
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1151               load even when Consensus calculation is disabled
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1155               alignment does nothing
1156             </li>
1157           </ul>
1158           <em>Application</em>
1159           <ul>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1162               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1163               yet fixed for El Capitan)
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1167               output when running on non-gb/us i18n platforms
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1171               hidden sequences as flat-file alignment
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1175               launching Chimera
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1179               (also hotfix for 2.9.0b2)
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1183               reference sequence defined
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1187               alignments and views when revealing hidden columns
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1191               view in a cDNA/Protein splitframe
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1195               sequence from project when only one sequence is
1196               represented
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1200               in Structure Chooser
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1204               structure consensus didn't refresh annotation panel
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1208               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1212               dialogs format columns correctly, don't display array
1213               data, sort columns according to type
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1217               file chooser is cancelled during an image export
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1221               sequence name containing special characters
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1225               case insensitive
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1229               formatting don't wrap
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1233               truncated so L looks like I in consensus annotation
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1237               currently displayed features for the current selection or
1238               view
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1242               after fetching cross-references, and restoring from
1243               project
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1247               followed in the structure viewer
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1251               splitframe not restored from project
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1255               trailing end of protein alignment in transcript/product
1256               splitview when pad-gaps not enabled by default
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1260               is case dependent
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1264               article has been read (reopened issue due to
1265               internationalisation problems)
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1269               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1270               cross-references
1271             </li>
1272
1273             <li>
1274               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1275               alignment as HTML
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1279               multiple structures are shown for one or more sequences.
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1283               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1284               is enabled.
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1288               specific PDB id for sequence
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1292               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1293               columns' is disabled.
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1297               selects lowest rather than highest resolution structures
1298               for each sequence
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1302               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1306               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1310               after clicking on it to create new annotation for a
1311               column.
1312             </li>
1313             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1314             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1315           </ul>
1316           <em>Applet</em>
1317           <ul>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1320               hidden columns present before start of sequence
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1324               (JSON jars)
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1328               sequences are hidden in applet
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1332               deployment on examples pages.
1333             </li>
1334           </ul>
1335         </div>
1336       </td>
1337     </tr>
1338     <tr>
1339       <td width="60" nowrap>
1340         <div align="center">
1341           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1342             <em>16/10/2015</em></strong>
1343         </div>
1344       </td>
1345       <td><em>General</em>
1346         <ul>
1347           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1348             jars</li>
1349         </ul></td>
1350       <td>
1351         <div align="left">
1352           <em>Application</em>
1353           <ul>
1354             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1355               shown when tree is partitioned</li>
1356             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1357               multiple cDNA/Protein split views</li>
1358           </ul>
1359         </div>
1360       </td>
1361     </tr>
1362     <tr>
1363       <td width="60" nowrap>
1364         <div align="center">
1365           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1366             <em>8/10/2015</em></strong>
1367         </div>
1368       </td>
1369       <td><em>General</em>
1370         <ul>
1371           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1372             2.9</li>
1373         </ul> <em>Application</em>
1374         <ul>
1375           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1376           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1377           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1378         </ul> <em>Applet</em>
1379         <ul>
1380           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1381         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1382         <ul>
1383           <li>
1384             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1385             suite
1386           </li>
1387         </ul></td>
1388       <td>
1389         <div align="left">
1390           <em>General</em>
1391           <ul>
1392             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1393               incorrect when sequence start > 1</li>
1394             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1395               documentation</li>
1396             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1397             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1398               loading a features file containing HTML tags in feature
1399               description</li>
1400
1401           </ul>
1402           <em>Application</em>
1403           <ul>
1404             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1405               reimport</li>
1406             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1407               with 'trim retrieved sequences'</li>
1408             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1409               deleting selected columns</li>
1410             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1411               JNLP templates for webstart launch</li>
1412             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1413               unreleased structures for download or viewing</li>
1414             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1415               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1416             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1417               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1418             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1419               recovered from jalview project</li>
1420             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1421               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1422               alignment view</li>
1423             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1424               color schemes from BioJSON</li>
1425           </ul>
1426           <em>Applet</em>
1427           <ul>
1428             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1429               frame</li>
1430             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1431           </ul>
1432         </div>
1433       </td>
1434     </tr>
1435     <tr>
1436       <td><div align="center">
1437           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1438         </div></td>
1439       <td><em>General</em>
1440         <ul>
1441           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1442             alignments:
1443             <ul>
1444               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1445                 and DNA alignment views</li>
1446               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1447                 cDNA alignment views</li>
1448               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1449                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1450               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1451                 protein sequences</li>
1452             </ul>
1453           </li>
1454           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1455           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1456             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1457           <li>New alignment annotation file statements for
1458             reference sequences and marking hidden columns</li>
1459           <li>Reference sequence based alignment shading to
1460             highlight variation</li>
1461           <li>Select or hide columns according to alignment
1462             annotation</li>
1463           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1464           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1465             acid conservation row</li>
1466           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1467         </ul> <em>Application</em>
1468         <ul>
1469           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1470             <ul>
1471               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1472                 view with cDNA/Protein</li>
1473               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1474                 sequences are placed in the same alignment</li>
1475               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1476                 projects</li>
1477             </ul>
1478           </li>
1479
1480           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1481           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1482             Jalview windows</li>
1483
1484           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1485           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1486           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1487             be shown in VARNA</li>
1488
1489           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1490             as the active selected region</li>
1491
1492           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1493             similarity</li>
1494           <li>New Export options
1495             <ul>
1496               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1497                 region export in flat file generation</li>
1498
1499               <li>Export alignment views for display with the <a
1500                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1501
1502               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1503               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1504                 alignment figures to HTML</li>
1505           </li>
1506           <li>3D structure retrieval and display
1507             <ul>
1508               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1509                 Search API</li>
1510               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1511                 PDB structures for a sequence set</li>
1512             </ul>
1513           </li>
1514
1515           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1516             predictions</li>
1517           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1518             for one or a group of sequences</li>
1519           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1520             from the JPred4 web server</li>
1521           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1522             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1523             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1524           </li>
1525           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1526             VARNA 2D Structure'</li>
1527           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1528             Structure ..."</li>
1529
1530         </ul> <em>Applet</em>
1531         <ul>
1532           <li>New layout for applet example pages</li>
1533           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1534             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1535           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1536             Protein alignments</li>
1537         </ul> <em>Development and deployment</em>
1538         <ul>
1539           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1540           <li>Include installation type and git revision in build
1541             properties and console log output</li>
1542           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1543             storing BioJsMSA Templates</li>
1544           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1545         </ul></td>
1546       <td>
1547         <!-- <em>General</em>
1548         <ul>
1549         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1550         <ul>
1551           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1552           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1553           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1554             predictions are not highlighted in amber</li>
1555           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1556             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1557           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1558             associated structure views</li>
1559           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1560             width checkbox not enabled</li>
1561           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1562             creating user defined colours</li>
1563           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1564             mappings for just that viewer's sequences</li>
1565           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1566             multiple models in Chimera</li>
1567           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1568             over Jmol structure</li>
1569           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1570             output to text box</li>
1571           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1572             have incorrect sequence start/end</li>
1573           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1574             Jalview fails</li>
1575           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1576             work for nucleotide</li>
1577           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1578             to a grey/invisible alignment window</li>
1579           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1580             imports to different position</li>
1581           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1582             on some platforms</li>
1583           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1584             populated</li>
1585           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1586             console if Chimera has been opened</li>
1587           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1588           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1589             retrieved</li>
1590           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1591           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1592             either sequence shows on first structure</li>
1593           <li>'Show annotations' options should not make
1594             non-positional annotations visible</li>
1595           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1596             in right place after 'view flanking regions'</li>
1597           <li>File Save As type unset when current file format is
1598             unknown</li>
1599           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1600             projects</li>
1601           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1602             responsive</li>
1603           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1604             several views on same alignment</li>
1605           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1606           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1607             spaces</li>
1608         </ul> <em>Applet</em>
1609         <ul>
1610           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1611           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1612             descriptions containing angle brackets</li>
1613         </ul> <em>General</em>
1614         <ul>
1615           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1616             via jalview annotation file</li>
1617           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1618             with RNA secondary structure</li>
1619           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1620             translation doesn't work.</li>
1621           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1622           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1623             positions</li>
1624           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1625             choosing 1pt font</li>
1626           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1627             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1628             'h'</li>
1629           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1630             new feature</li>
1631           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1632             order dependent</li>
1633           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1634             sequences</li>
1635           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1636         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1637         <ul>
1638           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1639             www.jalview.org</li>
1640         </ul> <em>Application Known issues</em>
1641         <ul>
1642           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1643           <li>Misleading message appears after trying to delete
1644             solid column.</li>
1645           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1646             version launches</li>
1647           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1648             fails with a sequence mismatch</li>
1649           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1650             scrolling alignment to right</li>
1651           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1652             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1653           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1654             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1655           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1656             ultra-high resolution</li>
1657           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1658             quality and conservation</li>
1659           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1660             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1661         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1662         <ul>
1663           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1664           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1665             window is being resized</li>
1666
1667         </ul>
1668       </td>
1669     </tr>
1670     <tr>
1671       <td><div align="center">
1672           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1673         </div></td>
1674       <td><em>General</em>
1675         <ul>
1676           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1677             Certum.PL.</li>
1678           <li>Features and annotation preserved when performing
1679             pairwise alignment</li>
1680           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1681             imported/exported/displayed</li>
1682           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1683             protein secondary structure</li>
1684           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1685               post-hoc with 2.9 release</em>)
1686           </li>
1687
1688         </ul> <em>Application</em>
1689         <ul>
1690           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1691             with 3D structures</li>
1692           <li>Support for parsing RNAML</li>
1693           <li>Annotations menu for layout
1694             <ul>
1695               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1696               <li>place sequence annotation above/below alignment
1697                 annotation</li>
1698             </ul>
1699           <li>Output in Stockholm format</li>
1700           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1701             translation</li>
1702           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1703           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1704             shared between alignments</li>
1705           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1706             Jalview</li>
1707           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1708             all or current selection</li>
1709           <li>disorder and secondary structure predictions
1710             available as dataset annotation</li>
1711           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1712
1713
1714           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1715             alignments from Rfam</li>
1716           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1717
1718           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1719             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1720           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1721           <li>include installation type in build properties and
1722             console log output</li>
1723           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1724             annotation</li>
1725         </ul></td>
1726       <td>
1727         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1728         <ul>
1729           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1730             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1731           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1732             alignment</li>
1733           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1734           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1735           <li>Double click on sequence associated annotation
1736             selects only first column</li>
1737           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1738             leaves shown in tree</li>
1739           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1740             properly</li>
1741           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1742           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1743             screen and buttons not visible</li>
1744           <li>author list isn't updated if already written to
1745             Jalview properties</li>
1746           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1747             from database</li>
1748           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1749           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1750             browser search window</li>
1751           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1752             in feature settings dialog</li>
1753           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1754             desktop</li>
1755           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1756             pass validation</li>
1757           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1758             fit on screen</li>
1759           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1760             tooltip</li>
1761           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1762             defined user preset</li>
1763           <li>MSA web services warns user if they were launched
1764             with invalid input</li>
1765           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1766             Java 8</li>
1767           <li>
1768             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1769             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1770             created
1771           </li>
1772
1773         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1774         <ul>
1775         </ul> <em>General</em>
1776         <ul>
1777         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1778         <ul>
1779           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1780             memory allocation</li>
1781           <li>launchApp service doesn't automatically open
1782             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1783           <li>
1784             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1785             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1786             1.7_055 is available
1787           </li>
1788         </ul> <em>Application Known issues</em>
1789         <ul>
1790           <li>
1791             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1792             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1793             alignment to right
1794           </li>
1795           <li>
1796             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1797             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1798             with large number of ID
1799           </li>
1800           <li>
1801             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1802             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1803             start/end
1804           </li>
1805           <li>
1806             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1807             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1808             structure tracks are rearranged
1809           </li>
1810           <li>
1811             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1812             invalid rna structure positional highlighting does not
1813             highlight position of invalid base pairs
1814           </li>
1815           <li>
1816             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1817             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1818             project from alignment window file menu
1819           </li>
1820           <li>
1821             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1822             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1823             structures
1824           </li>
1825           <li>
1826             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1827             colour by RNA Helices not enabled when user created
1828             annotation added to alignment
1829           </li>
1830           <li>
1831             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1832             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1833           </li>
1834         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1835         <ul>
1836           <li>
1837             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1838             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1839           </li>
1840           <li>
1841             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1842             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1843           </li>
1844
1845           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1846             when selected</li>
1847         </ul>
1848       </td>
1849     </tr>
1850     <tr>
1851       <td><div align="center">
1852           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1853         </div></td>
1854       <td>
1855         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1856         <em>General</em>
1857         <ul>
1858           <li>Internationalisation of user interface (usually
1859             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1860           <li>Define/Undefine group on current selection with
1861             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1862           <li>Improved group creation/removal options in
1863             alignment/sequence Popup menu</li>
1864           <li>Sensible precision for symbol distribution
1865             percentages shown in logo tooltip.</li>
1866           <li>Annotation panel height set according to amount of
1867             annotation when alignment first opened</li>
1868         </ul> <em>Application</em>
1869         <ul>
1870           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1871             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1872           <li>Select columns containing particular features from
1873             Feature Settings dialog</li>
1874           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1875             sequences</li>
1876           <li>Update Jalview project format:
1877             <ul>
1878               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1879               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1880                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1881               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1882                 colouring</li>
1883             </ul>
1884           </li>
1885           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1886             (PAM250)</li>
1887           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1888             flanking regions for an alignment</li>
1889         </ul>
1890       </td>
1891       <td>
1892         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1893         <ul>
1894           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1895             running after job is cancelled</li>
1896           <li>cannot export features from alignments imported from
1897             Jalview/VAMSAS projects</li>
1898           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1899             float values</li>
1900           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1901             have 'display all symbols' flag set</li>
1902           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1903             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1904           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1905             Jalview</li>
1906           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1907             Lion/Webstart</li>
1908           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1909           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1910           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1911             alignment onto desktop</li>
1912           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1913             'extract scores' function</li>
1914           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1915             alignment window</li>
1916           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1917             performing IUPred disorder prediction</li>
1918           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1919             changing 'normalise logo' display setting</li>
1920           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1921             nothing matches query</li>
1922           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1923             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1924           </li>
1925           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1926             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1927           </li>
1928           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1929             Jalview's menu</li>
1930           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1931             'invalid literal/length code'</li>
1932           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1933             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1934           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1935             colourscheme</li>
1936
1937         </ul> <em>Applet</em>
1938         <ul>
1939           <li>Remove group option is shown even when selection is
1940             not a group</li>
1941           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1942             don't affect groups</li>
1943           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1944             colourscheme name</li>
1945           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1946             Annotation panel is not displayed</li>
1947           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1948             embedded windows</li>
1949         </ul> <em>Other</em>
1950         <ul>
1951           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1952             single sequence were not calculated</li>
1953           <li>annotation files that contain only groups imported as
1954             annotation and junk sequences</li>
1955           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1956             recognised as PFAM or BLC</li>
1957           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1958             doesn't affect background (2.8.0b1)
1959           <li></li>
1960           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1961           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1962             trailing gaps</li>
1963           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1964             registered correctly on import</li>
1965           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1966             certain alignments</li>
1967           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1968             existing annotation based 'use original colours'
1969             colourscheme loses original colours setting</li>
1970         </ul>
1971       </td>
1972     </tr>
1973     <tr>
1974       <td><div align="center">
1975           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1976             <em>30/1/2014</em></strong>
1977         </div></td>
1978       <td>
1979         <ul>
1980           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1981             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1982             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1983             open source project).
1984           </li>
1985           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
1986           <li>Output in Stockholm format</li>
1987           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1988           <li>Export/import group and sequence associated line
1989             graph thresholds</li>
1990           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1991             ambiguity codes</li>
1992           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1993             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1994             works</li>
1995           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1996         </ul> <em>Other improvements</em>
1997         <ul>
1998           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1999           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2000             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2001           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2002             files</li>
2003           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2004           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2005             link but no description</li>
2006           <li>Select primary source when selecting authority in
2007             database fetcher GUI</li>
2008           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2009             Jalview</li>
2010           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2011         </ul>
2012       </td>
2013       <td>
2014         <ul>
2015           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2016             displayed</li>
2017           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2018             secondary structure annotation line</li>
2019           <li>Sequence database accessions not imported when
2020             fetching alignments from Rfam</li>
2021           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2022             identical IDs</li>
2023           <li>View all structures does not always superpose
2024             structures</li>
2025           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2026             reflect user or preset settings</li>
2027           <li>Null pointer exceptions for some services without
2028             presets or adjustable parameters</li>
2029           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2030             discover PDB xRefs</li>
2031           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2032             features with DAS</li>
2033           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2034             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2035           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2036             residue follows a gap</li>
2037           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2038             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2039           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2040             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2041           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2042             annotation already exists on alignment</li>
2043           <li>oninit javascript function should be called after
2044             initialisation completes</li>
2045           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2046             alignment window display</li>
2047           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2048           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2049             to annotation file</li>
2050           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2051             groups created</li>
2052           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2053             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2054           <li>Pressing return several times causes Number Format
2055             exceptions in keyboard mode</li>
2056           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2057             correct partitions for input data</li>
2058           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2059           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2060           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2061           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2062             mode</li>
2063           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2064             changes one row&#39;s threshold</li>
2065           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2066             doesn&#39;t open</li>
2067           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2068             quality histograms</li>
2069         </ul>
2070       </td>
2071     </tr>
2072     <tr>
2073       <td><div align="center">
2074           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2075         </div></td>
2076       <td><em>Application</em>
2077         <ul>
2078           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2079             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2080           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2081             preferences</li>
2082           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2083             in Jalview alignment window</li>
2084           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2085             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2086           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2087             RNA and ambiguity codes</li>
2088
2089           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2090           <li>Support fetching and database reference look up
2091             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2092             refs')</li>
2093           <li>Jalview project improvements
2094             <ul>
2095               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2096                 flag for annotation</li>
2097               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2098                 alignment</li>
2099               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2100                 Jalview project</li>
2101
2102             </ul>
2103           </li>
2104           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2105           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2106             running</li>
2107           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2108           <li>visual indication that web service results are still
2109             being retrieved from server</li>
2110           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2111             starts up for first time</li>
2112           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2113             services</li>
2114           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2115             client library</li>
2116           <li>Examples directory and Groovy library included in
2117             InstallAnywhere distribution</li>
2118         </ul> <em>Applet</em>
2119         <ul>
2120           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2121             visualization applet example</li>
2122         </ul> <em>General</em>
2123         <ul>
2124           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2125           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2126             defaults</li>
2127           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2128             calculation</li>
2129           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2130             matrices
2131           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2132             in HTML</li>
2133           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2134             structure contacts</li>
2135           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2136           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2137           <li>Parse sequence associated secondary structure
2138             information in Stockholm files</li>
2139           <li>HTML Export database accessions and annotation
2140             information presented in tooltip for sequences</li>
2141           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2142             style RNA alignment files</li>
2143           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2144             alignment</li>
2145           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2146             shade each sequence according to its associated alignment
2147             annotation</li>
2148           <li>New Jalview Logo</li>
2149         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2150         <ul>
2151           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2152           <li>New Website!</li>
2153         </ul></td>
2154       <td><em>Application</em>
2155         <ul>
2156           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2157             wsdbfetch REST service</li>
2158           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2159           <li>Filetype associations not installed for webstart
2160             launch</li>
2161           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2162             job execution in full once it is complete</li>
2163           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2164             uploaded via ali_file parameter</li>
2165           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2166           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2167           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2168             submitted for prediction</li>
2169           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2170             desktop window</li>
2171           <li>Putting fractional value into integer text box in
2172             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2173           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2174             windows 7</li>
2175           <li>View all structures fails with exception shown in
2176             structure view</li>
2177           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2178             escaped in a platform independent way</li>
2179           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2180             using proxy</li>
2181           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2182             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2183           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2184             failure when java web start temporary file caching is
2185             disabled</li>
2186           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2187             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2188           <li>Errors during processing of command line arguments
2189             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2190           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2191             DAS sources in sequence fetcher</li>
2192           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2193             dialog is shown</li>
2194           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2195           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2196           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2197           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2198             on OSX Mountain Lion</li>
2199           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2200             sequences with alignment annotation are pasted into the
2201             alignment</li>
2202           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2203             when loaded from Jalview project</li>
2204           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2205           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2206             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2207           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2208             associated with all views</li>
2209           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2210             annotation rows to new window</li>
2211         </ul> <em>Applet</em>
2212         <ul>
2213           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2214             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2215           <li>loading features via javascript API automatically
2216             enables feature display</li>
2217           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2218             work</li>
2219         </ul> <em>General</em>
2220         <ul>
2221           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2222           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2223             and then deselected</li>
2224           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2225           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2226             coloured with clustalx</li>
2227           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2228             exceptions and redraw errors</li>
2229           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2230             reconfigured view</li>
2231           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2232             colour</li>
2233           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2234             for lots of labels</li>
2235         </ul>
2236     </tr>
2237     <tr>
2238       <td>
2239         <div align="center">
2240           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2241         </div>
2242       </td>
2243       <td><em>Application</em>
2244         <ul>
2245           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2246           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2247           <li>View/alignment association menu to enable user to
2248             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2249             its colours/correspondences from</li>
2250           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2251           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2252             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2253           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2254           <li>Annotation row column label formatting attributes
2255             stored in project file</li>
2256           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2257             rows preserved in Jalview project file</li>
2258           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2259             saved using Desktop window menu</li>
2260           <li>Visual indication that command line arguments are
2261             still being processed</li>
2262           <li>Groovy script execution from URL</li>
2263           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2264             preferences</li>
2265           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2266             alignment with sequences that have high similarity and
2267             matching IDs</li>
2268           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2269           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2270             structures in same window</li>
2271           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2272           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2273             analysis function in its own submenu</li>
2274         </ul> <em>Applet</em>
2275         <ul>
2276           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2277             groups</li>
2278           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2279           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2280           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2281           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2282           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2283             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2284           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2285           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2286             parameters are treated as such</li>
2287           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2288             <ul>
2289               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2290               <li>Javascript callbacks for
2291                 <ul>
2292                   <li>Applet initialisation</li>
2293                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2294                 </ul>
2295               </li>
2296               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2297                 functions</li>
2298               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2299               <li>javascript structure viewer harness to pass
2300                 messages between Jmol and Jalview when running as
2301                 distinct applets</li>
2302               <li>sortBy method</li>
2303               <li>Set of applet and application examples shipped
2304                 with documentation</li>
2305               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2306                 javascript message exchange</li>
2307             </ul>
2308         </ul> <em>General</em>
2309         <ul>
2310           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2311             multiple alignments</li>
2312           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2313           <li>User configurable link to enable redirects to a
2314             www.Jalview.org mirror</li>
2315           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2316           <li>Configurable newline string when writing alignment
2317             and other flat files</li>
2318           <li>Allow alignment annotation description lines to
2319             contain html tags</li>
2320         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2321         <ul>
2322           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2323             examples</li>
2324           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2325             using a web service before displaying the result in the
2326             Jalview desktop</li>
2327           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2328           <li>Ant target to publish example html files with applet
2329             archive</li>
2330           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2331           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2332         </ul></td>
2333       <td><em>Application</em>
2334         <ul>
2335           <li>User defined colourscheme throws exception when
2336             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2337           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2338             dialog for valid filename/format</li>
2339           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2340           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2341             P37173</li>
2342           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2343             which sequence is to be associated with the file</li>
2344           <li>Find All raises null pointer exception when query
2345             only matches sequence IDs</li>
2346           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2347           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2348             2.4 cannot be loaded</li>
2349           <li>Filetype associations not installed for webstart
2350             launch</li>
2351           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2352             with sequences in different alignments do not get coloured
2353             by their associated sequence</li>
2354           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2355             not preserved when project is loaded</li>
2356           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2357             stored in Jalview project</li>
2358           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2359             Jalview project</li>
2360           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2361           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2362             by conservation</li>
2363           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2364             created on new view</li>
2365           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2366             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2367           <li>Alignment quality not updated after alignment
2368             annotation row is hidden then shown</li>
2369           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2370             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2371           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2372             properly</li>
2373           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2374             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2375           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2376           <li>Structures imported from file and saved in project
2377             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2378           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2379             job execution in full once it is complete</li>
2380         </ul> <em>Applet</em>
2381         <ul>
2382           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2383             annotation rows are displayed</li>
2384           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2385             codebase</li>
2386           <li>View follows highlighting does not work for positions
2387             in sequences</li>
2388           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2389           <li>Export features raises exception when no features
2390             exist</li>
2391           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2392             for javascript api is modified when separator string
2393             provided as parameter</li>
2394           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2395             alignment with no existing selection</li>
2396           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2397             to applet&#39;s codebase</li>
2398           <li>Status bar not updated after finished searching and
2399             search wraps around to first result</li>
2400           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2401             several Jalview applets causes race conditions and memory
2402             leaks</li>
2403           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2404             not sent from Jmol in applet</li>
2405           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2406             applet API fatally hang browser</li>
2407         </ul> <em>General</em>
2408         <ul>
2409           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2410             position with wrapped view and hidden regions</li>
2411           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2412             with/without hidden columns</li>
2413           <li>Sequence length given in alignment properties window
2414             is off by 1</li>
2415           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2416             import PDB like structure files</li>
2417           <li>Positional search results are only highlighted
2418             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2419           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2420           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2421             given sequence position</li>
2422           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2423             output</li>
2424           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2425             from nucleotide chains correctly</li>
2426           <li>Structure colours not updated when tree partition
2427             changed in alignment</li>
2428           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2429             parsed in interleaved stockholm</li>
2430           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2431             state</li>
2432           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2433             properly</li>
2434           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2435             properly associated with their pdb files</li>
2436         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2437         <ul>
2438           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2439             ApplyCopyright tool</li>
2440         </ul></td>
2441     </tr>
2442     <tr>
2443       <td>
2444         <div align="center">
2445           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2446         </div>
2447       </td>
2448       <td><em>Application</em>
2449         <ul>
2450           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2451             contact web services</li>
2452           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2453             service job window</li>
2454           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2455         </ul></td>
2456       <td>
2457         <ul>
2458           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2459             pir file emitted by Jalview</li>
2460           <li>Existing feature settings transferred to new
2461             alignment view created from cut'n'paste</li>
2462           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2463             parsing PDB files</li>
2464           <li>Consensus and conservation annotation rows
2465             occasionally become blank for all new windows</li>
2466           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2467             in wrapped view mode</li>
2468         </ul> <em>Application</em>
2469         <ul>
2470           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2471             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2472           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2473             parameter names</li>
2474           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2475             is down</li>
2476         </ul>
2477       </td>
2478     </tr>
2479     <tr>
2480       <td>
2481         <div align="center">
2482           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2483         </div>
2484       </td>
2485       <td><em>Application</em>
2486         <ul>
2487           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2488             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2489             (JABAWS)
2490           </li>
2491           <li>Web Services preference tab</li>
2492           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2493             preferences</li>
2494           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2495           <li>Superpose structures using associated sequence
2496             alignment</li>
2497           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2498             viewer</li>
2499         </ul> <em>Applet</em>
2500         <ul>
2501           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2502             link out mechanism</li>
2503         </ul> <em>Other</em>
2504         <ul>
2505           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2506             series 12</li>
2507           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2508             require Java 1.5</li>
2509           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2510             sequence annotation files</li>
2511           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2512             type colour specification</li>
2513           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2514             script to check if it being run in an interactive session or
2515             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2516         </ul></td>
2517       <td>
2518         <ul>
2519           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2520             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2521         </ul> <em>Application</em>
2522         <ul>
2523           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2524             selected Regions menu item</li>
2525           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2526             part of a valid accession ID</li>
2527           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2528             runs out of memory</li>
2529           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2530             analysis results</li>
2531           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2532             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2533           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2534         </ul> <em>Applet</em>
2535         <ul>
2536           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2537             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2538             defined.</li>
2539         </ul>
2540       </td>
2541     </tr>
2542     <tr>
2543       <td>
2544         <div align="center">
2545           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2546         </div>
2547       </td>
2548       <td></td>
2549       <td>
2550         <ul>
2551           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2552             sequence IDs</li>
2553           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2554             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2555           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2556             import correctly</li>
2557           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2558             number of columns are hidden</li>
2559           <li>annotation label popup menu not providing correct
2560             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2561             present</li>
2562           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2563             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2564           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2565             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2566
2567         </ul> <em>Applet</em>
2568         <ul>
2569           <li>annotation panel disappears when annotation is
2570             hidden/removed</li>
2571         </ul> <em>Application</em>
2572         <ul>
2573           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2574             alignment opened where annotation panel is visible but no
2575             annotations are present on alignment</li>
2576           <li>pasted region containing hidden columns is
2577             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2578           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2579             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2580           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2581             selected Rregions menu item.</li>
2582           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2583             'Un' or 'Non'conserved</li>
2584           <li>Sequence feature settings are being shared by
2585             multiple distinct alignments</li>
2586           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2587             changed</li>
2588           <li>double click on group annotation to select sequences
2589             does not propagate to associated trees</li>
2590           <li>Mac OSX specific issues:
2591             <ul>
2592               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2593                 window background</li>
2594               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2595                 name set correctly</li>
2596               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2597                 save feature colourscheme button</li>
2598             </ul>
2599           </li>
2600         </ul>
2601       </td>
2602     </tr>
2603     <tr>
2604
2605       <td>
2606         <div align="center">
2607           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2608         </div>
2609       </td>
2610       <td><em>New Capabilities</em>
2611         <ul>
2612           <li>URL links generated from description line for
2613             regular-expression based URL links (applet and application)
2614
2615           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2616             menu</li>
2617           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2618             structures</li>
2619           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2620             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2621           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2622             average score or total feature count for each sequence.</li>
2623           <li>Shading features by score or associated description</li>
2624           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2625             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2626           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2627             hide everything but the currently selected region.</li>
2628           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2629         </ul> <em>Application</em>
2630         <ul>
2631           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2632             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2633           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2634             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2635           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2636             database references and protein_name is parsed as
2637             description line (BioSapiens terms).</li>
2638           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2639             references in sequence ID tooltip from View menu in
2640             application.</li>
2641           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2642       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2643           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2644             conservation plots</li>
2645           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2646             and visualized as sequence logos</li>
2647           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2648             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2649           </li>
2650           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2651             when a new tree is opened.</li>
2652           <li>Jalview Java Console</li>
2653           <li>Better placement of desktop window when moving
2654             between different screens.</li>
2655           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2656             consensus annotation</li>
2657           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2658             Workflows</li>
2659           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2660             <ul>
2661               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2662                 used to preserve views, structures, and tree display
2663                 settings)</li>
2664               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2665                 command line</li>
2666               <li>Sharing of selected regions between views and
2667                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2668               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2669             </ul></li>
2670         </ul> <em>Applet</em>
2671         <ul>
2672           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2673           <li>New Parameters
2674             <ul>
2675               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2676                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2677                 opened.</li>
2678               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2679                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2680               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2681                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2682               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2683                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2684                 view</li>
2685               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2686                 increase the height or width of a cell in the alignment
2687                 grid relative to the current font size.</li>
2688             </ul>
2689           </li>
2690           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2691             tooltip</li>
2692         </ul> <em>Other</em>
2693         <ul>
2694           <li>Features format: graduated colour definitions and
2695             specification of feature scores</li>
2696           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2697             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2698             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2699           <li>XML formats extended to support graduated feature
2700             colourschemes, group associated annotation, and profile
2701             visualization settings.</li></td>
2702       <td>
2703         <ul>
2704           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2705             rather than description</li>
2706           <li>Non-positional features are now included in sequence
2707             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2708             visibility in tooltip).</li>
2709           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2710           <li>Added URL embedding instructions to features file
2711             documentation.</li>
2712           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2713             'X' in peptide product</li>
2714           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2715             sequence ID and sequence string and query strings do not
2716             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2717           <li>AMSA files only contain first column of
2718             multi-character column annotation labels</li>
2719           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2720             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2721             exported and re-imported)</li>
2722           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2723             name</li>
2724           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2725             as subsequence matches, and correctly reports total number
2726             of both.</li>
2727           <li>Application:
2728             <ul>
2729               <li>Better handling of exceptions during sequence
2730                 retrieval</li>
2731               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2732                 link text excludes the start_end suffix</li>
2733               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2734                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2735               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2736               <li>Sequence description lines properly shared via
2737                 VAMSAS</li>
2738               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2739                 data sources</li>
2740               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2741                 completes before alignment figures are generated.</li>
2742               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2743                 first time.</li>
2744               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2745                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2746               <li>User defined group colours properly recovered
2747                 from Jalview projects.</li>
2748             </ul>
2749           </li>
2750         </ul>
2751       </td>
2752
2753     </tr>
2754     <tr>
2755       <td>
2756         <div align="center">
2757           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2758         </div>
2759       </td>
2760       <td>
2761         <ul>
2762           <li>Experimental support for google analytics usage
2763             tracking.</li>
2764           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2765         </ul>
2766       </td>
2767       <td>
2768         <ul>
2769           <li>Race condition in applet preventing startup in
2770             jre1.6.0u12+.</li>
2771           <li>Exception when feature created from selection beyond
2772             length of sequence.</li>
2773           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2774           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2775             all sequences with a given id</li>
2776           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2777             ID string searches</li>
2778           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2779             alignment to fail with exception</li>
2780         </ul> <em>Application Issues</em>
2781         <ul>
2782           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2783           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2784             data sources</li>
2785         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2786         <ul>
2787           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2788             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2789           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2790             version (java class versioning error fixed)</li>
2791         </ul>
2792       </td>
2793     </tr>
2794     <tr>
2795       <td>
2796
2797         <div align="center">
2798           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2799         </div>
2800       </td>
2801       <td><em>User Interface</em>
2802         <ul>
2803           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2804             translation and protein products</li>
2805           <li>Linked highlighting of structure associated with
2806             residue mapping to codon position</li>
2807           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2808             and 'clear' button</li>
2809           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2810             Tools menu</li>
2811           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2812             numeric data in description line</li>
2813           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2814           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2815             of sequence</li>
2816         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2817         <ul>
2818           <li>JPred3 web service</li>
2819           <li>Prototype sequence search client (no public services
2820             available yet)</li>
2821           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2822             PFAM</li>
2823           <li>URL Links created for matching database cross
2824             references as well as sequence ID</li>
2825           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2826         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2827         <ul>
2828           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2829             databases</li>
2830           <li>Generalised database reference retrieval and
2831             validation to all fetchable databases</li>
2832           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2833             sequence command</li>
2834         </ul> <em>Import and Export</em>
2835         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2836         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2837           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2838         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2839           File</li>
2840         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2841           triplet as name of colourscheme</li>
2842         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2843         <ul>
2844           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2845           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2846             alignments (experimental)</li>
2847           <li>Create new or select existing session to join</li>
2848           <li>load and save of vamsas documents</li>
2849         </ul> <em>Application command line</em>
2850         <ul>
2851           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2852             from applet)</li>
2853           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2854             of DAS servers to query for alignment features</li>
2855           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2856             that are also automatically queried for features</li>
2857           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2858             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2859         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2860         <ul>
2861           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2862             application (when using &quot;View in full
2863             application&quot;)</li>
2864         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2865         <ul>
2866           <li>feature group display control parameter</li>
2867           <li>debug parameter</li>
2868           <li>showbutton parameter</li>
2869         </ul> <em>Applet API methods</em>
2870         <ul>
2871           <li>newView public method</li>
2872           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2873           <li>Feature display control methods</li>
2874           <li>get list of currently selected sequences</li>
2875         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2876         <ul>
2877           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2878           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2879             Jalview release.</li>
2880           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2881             property controls execution of obfuscator</li>
2882           <li>Build target for generating source distribution</li>
2883           <li>Debug flag for javacc</li>
2884           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2885             jalview.bin.Cache</li>
2886           <li>Continuous Build Integration for stable and
2887             development version of Application, Applet and source
2888             distribution</li>
2889         </ul></td>
2890       <td>
2891         <ul>
2892           <li>selected region output includes visible annotations
2893             (for certain formats)</li>
2894           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2895             for editing</li>
2896           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2897           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2898           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2899           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2900             comments</li>
2901           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2902             filenames containing a ':'</li>
2903           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2904             global sequence features</li>
2905           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2906             references from alignment sequences goes to zero</li>
2907           <li>Close of tree branch colour box without colour
2908             selection causes cascading exceptions</li>
2909           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2910           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2911             file parsing fails.</li>
2912           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2913           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2914             not a valid output format</li>
2915           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2916             vamsas</li>
2917           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2918           <li>error messages passed up and output when data read
2919             fails</li>
2920           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2921             sequence is edited</li>
2922           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2923             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2924           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2925             filetype</li>
2926           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2927             import fixed for PFAM records</li>
2928           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2929             window list</li>
2930           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2931             can be read and written correctly to annotation file</li>
2932           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2933             correctly</li>
2934           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2935             non-italic font for representatives in Applet</li>
2936           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2937             Macs.</li>
2938           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2939             Applet)</li>
2940           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2941             due to null pointer exceptions</li>
2942           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2943             first column of alignment</li>
2944           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2945             July 2008</li>
2946           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2947             file is case-insensitive</li>
2948           <li>Sequence features read from Features file appended to
2949             all sequences with matching IDs</li>
2950           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2951             containing a sub-sequence</li>
2952           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2953           <li>feature and annotation file applet parameters
2954             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2955           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2956           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2957             splash-screen version check to complete</li>
2958           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2959             when passing them to the launchApp service</li>
2960           <li>display name and local features preserved in results
2961             retrieved from web service</li>
2962           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2963             sequence fetcher initialisation</li>
2964           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2965             dasobert DAS client</li>
2966           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2967             association</li>
2968           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2969             sequences
2970           </li>
2971         </ul>
2972       </td>
2973     </tr>
2974     <tr>
2975       <td>
2976         <div align="center">
2977           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2978         </div>
2979       </td>
2980       <td>
2981         <ul>
2982           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2983           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2984           <li>Slide sequences</li>
2985           <li>Edit sequence in place</li>
2986           <li>EMBL CDS features</li>
2987           <li>DAS Feature mapping</li>
2988           <li>Feature ordering</li>
2989           <li>Alignment Properties</li>
2990           <li>Annotation Scores</li>
2991           <li>Sort by scores</li>
2992           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2993         </ul>
2994       </td>
2995       <td>
2996         <ul>
2997           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2998           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2999           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3000           <li>Feature group display state in XML</li>
3001           <li>Feature ordering in XML</li>
3002           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3003           <li>Stockholm alignment properties</li>
3004           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3005           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3006           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3007           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3008         </ul>
3009       </td>
3010
3011     </tr>
3012     <tr>
3013       <td>
3014         <div align="center">
3015           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3016         </div>
3017       </td>
3018       <td>
3019         <ul>
3020           <li>Non standard characters can be read and displayed
3021           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3022             applet via textbox
3023           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3024             name &amp; description
3025           <li>Preference setting to display sequence name in
3026             italics
3027           <li>Annotation file format extended to allow
3028             Sequence_groups to be defined
3029           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3030             specified in preferences
3031           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3032             sequences
3033         </ul>
3034       </td>
3035       <td>
3036         <ul>
3037           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3038             installed
3039           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3040           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3041         </ul>
3042       </td>
3043     </tr>
3044     <tr>
3045       <td>
3046         <div align="center">
3047           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3048         </div>
3049       </td>
3050       <td>
3051         <ul>
3052           <li>Multiple views on alignment
3053           <li>Sequence feature editing
3054           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3055           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3056           <li>Background dependent text colour
3057           <li>Right align sequence ids
3058           <li>User-defined lower case residue colours
3059           <li>Format Menu
3060           <li>Select Menu
3061           <li>Menu item accelerator keys
3062           <li>Control-V pastes to current alignment
3063           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3064           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3065           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3066
3067           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3068         </ul>
3069       </td>
3070       <td>
3071         <ul>
3072           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3073           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3074             calculations
3075           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3076             edits
3077           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3078             of alignment)
3079           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3080
3081           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3082             display correctly
3083           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3084           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3085             analysis results
3086           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3087             &#8739;
3088           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3089           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3090           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3091
3092         </ul>
3093       </td>
3094     </tr>
3095     <tr>
3096       <td>
3097         <div align="center">
3098           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3099         </div>
3100       </td>
3101       <td>
3102         <ul>
3103           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3104         </ul>
3105       </td>
3106       <td>
3107         <ul>
3108           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3109             sequence id panel has been resized</li>
3110           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3111             rendered</li>
3112           <li>Annotation files with sequence references - all
3113             elements in file are relative to sequence position</li>
3114           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3115         </ul>
3116       </td>
3117     </tr>
3118     <tr>
3119       <td>
3120         <div align="center">
3121           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3122         </div>
3123       </td>
3124       <td>
3125         <ul>
3126           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3127           <li>DAS Feature fetching</li>
3128           <li>Hide sequences and columns</li>
3129           <li>Export Annotations and Features</li>
3130           <li>GFF file reading / writing</li>
3131           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3132             files</li>
3133           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3134           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3135           <li>Applet can launch the full application</li>
3136           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3137             required)</li>
3138           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3139           <li>Applet can load sequences from parameter
3140             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3141           </li>
3142         </ul>
3143       </td>
3144       <td>
3145         <ul>
3146           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3147           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3148           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3149         </ul>
3150       </td>
3151     </tr>
3152     <tr>
3153       <td>
3154         <div align="center">
3155           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3156         </div>
3157       </td>
3158       <td>
3159         <ul>
3160           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3161           <li>Choose to match case when searching</li>
3162           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3163             expand the visible width and height of the alignment</li>
3164         </ul>
3165       </td>
3166       <td>
3167         <ul>
3168           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3169         </ul>
3170       </td>
3171     </tr>
3172     <tr>
3173       <td>
3174         <div align="center">
3175           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3176         </div>
3177       </td>
3178       <td>&nbsp;</td>
3179       <td>
3180         <ul>
3181           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3182           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3183             value</li>
3184         </ul>
3185       </td>
3186     </tr>
3187     <tr>
3188       <td>
3189         <div align="center">
3190           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3191         </div>
3192       </td>
3193       <td>
3194         <ul>
3195           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3196           <li>Keyboard editing</li>
3197           <li>Create sequence features from searches</li>
3198           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3199             alignments</li>
3200           <li>Features file allows grouping of features</li>
3201           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3202           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3203           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3204         </ul>
3205       </td>
3206       <td>
3207         <ul>
3208           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3209           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3210             descriptions saved.</li>
3211         </ul>
3212       </td>
3213     </tr>
3214     <tr>
3215       <td>
3216         <div align="center">
3217           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3218         </div>
3219       </td>
3220       <td>
3221         <ul>
3222           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3223           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3224           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3225             name for file output</li>
3226           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3227           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3228             used for HTML form input</li>
3229         </ul>
3230       </td>
3231       <td>
3232         <ul>
3233           <li>HTML output writes groups and features</li>
3234           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3235           <li>File IO bugs</li>
3236         </ul>
3237       </td>
3238     </tr>
3239     <tr>
3240       <td>
3241         <div align="center">
3242           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3243         </div>
3244       </td>
3245       <td>
3246         <ul>
3247           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3248           <li>More options for PCA viewer</li>
3249         </ul>
3250       </td>
3251       <td>
3252         <ul>
3253           <li>GUI bugs resolved</li>
3254           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3255         </ul>
3256       </td>
3257     </tr>
3258     <tr>
3259       <td height="63">
3260         <div align="center">
3261           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3262         </div>
3263       </td>
3264       <td>
3265         <ul>
3266           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3267           <li>Jar files are executable</li>
3268           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3269         </ul>
3270       </td>
3271       <td>
3272         <ul>
3273           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3274           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3275           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3276         </ul>
3277       </td>
3278     </tr>
3279     <tr>
3280       <td>
3281         <div align="center">
3282           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3283         </div>
3284       </td>
3285       <td>
3286         <ul>
3287           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3288         </ul>
3289       </td>
3290       <td>
3291         <ul>
3292           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3293         </ul>
3294       </td>
3295     </tr>
3296     <tr>
3297       <td>
3298         <div align="center">
3299           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3300         </div>
3301       </td>
3302       <td>
3303         <ul>
3304           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3305             size</li>
3306         </ul>
3307       </td>
3308       <td>
3309         <ul>
3310           <li>Improved JPred client reliability</li>
3311           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3312         </ul>
3313       </td>
3314     </tr>
3315     <tr>
3316       <td>
3317         <div align="center">
3318           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3319         </div>
3320       </td>
3321       <td>
3322         <ul>
3323           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3324           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3325           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3326             to Colour Menu</li>
3327           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3328           <li>Unix users can set default web browser</li>
3329           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3330           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3331         </ul>
3332       </td>
3333       <td>
3334         <ul>
3335           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3336         </ul>
3337       </td>
3338     </tr>
3339     <tr>
3340       <td>
3341         <div align="center">
3342           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3343         </div>
3344       </td>
3345       <td>&nbsp;</td>
3346       <td>
3347         <ul>
3348           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3349             alignment order.</li>
3350         </ul>
3351       </td>
3352     </tr>
3353     <tr>
3354       <td>
3355         <div align="center">
3356           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3357         </div>
3358       </td>
3359       <td>
3360         <ul>
3361           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3362           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3363           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3364             annotations.</li>
3365           <li>Version and build date written to build properties
3366             file.</li>
3367           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3368             at launch of Jalview.</li>
3369         </ul>
3370       </td>
3371       <td>
3372         <ul>
3373           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3374           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3375           <li>Can remove groups one by one.</li>
3376           <li>Filechooser icons installed.</li>
3377           <li>Finder ignores return character when searching.
3378             Return key will initiate a search.<br>
3379           </li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382     </tr>
3383     <tr>
3384       <td>
3385         <div align="center">
3386           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3387         </div>
3388       </td>
3389       <td>
3390         <ul>
3391           <li>New codebase</li>
3392         </ul>
3393       </td>
3394       <td>&nbsp;</td>
3395     </tr>
3396   </table>
3397   <p>&nbsp;</p>
3398 </body>
3399 </html>