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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  12  *
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>27/9/2016</em></strong>
  51         </div>
  52       </td>
  53       <td><em>General</em>
  54         <ul>
  55             <li><!-- JAL-2164,JAL-1919,-->Jmol now primary parser for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and better PDB parsing.</li>
  56             <li><!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to reference sequence</li>
  57             <li><!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when mousing over sequence associated annotation</li>
  58             <li><!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket' for manual entry</li>
  59             <li><!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations for each column</li>
  60             <li><!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for showing or hiding columns containing a feature</li>
  61             <li><!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on group and sequence associated annotation labels</li>
  62         </ul> <em>Application</em>
  63         <ul>
  64             <li><!-- JAL---></li>
  65             <li><!-- JAL---></li>
  66             <li><!-- JAL---></li>
  67             <li><!-- JAL---></li>
  68             <li><!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database</li>
  69             <li><!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and Pfam sources to xfam.org</li>
  70             <li><!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher</li>
  71             <li><!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing over sequences in Jalview</li>
  72             <li><!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding regions in ENA and EMBL</li>
  73             <li><!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2 for ENA record retrieval</li>
  74             <li><!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse complement operator</li>
  75             <li><!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an alignment window's Calculate menu</li>
  76             <li><!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode</li>
  77             <li><!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment calculation workers from groovy scripts</li>
  78             <li><!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in Jalview projects</li>
  79             <li><!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB associations are now saved/restored from project</li>
  80             <li><!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's database chooser opens a sequence fetcher</li>
  81             <li><!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using the UniProt REST API</li>
  82             <li><!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent the news reader opening</li>
  83
  84
  85         </ul> <em>Applet</em>
  86         <ul>
  87             <li><!-- JAL---></li>
  88         </ul></td>
  89       <td>
  90         <div align="left">
  91           <em>General</em>
  92           <ul>
  93             <li><!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up menu on OSX</li>
  94             <li><!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again) includes graduated colourschemes</li>
  95             <li><!-- JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when working with big alignments and lots of hidden columns</li>
  96             <li><!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered at right of alignment window</li>
  97             <li><!-- JAL-2067, JAL-  -->Tidied up links in help file table of contents</li>
  98             <li><!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown for DNA alignments</li>
  99             <li><!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature based tree calculation</li>
 100             <li><!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show unconserved enabled for group on alignment</li>
 101             <li><!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when set as reference</li>
 102             <li><!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over annotation</li>
 103             <li><!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when hidden columns present</li>
 104             <li><!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when user created annotation added to alignment</li>
 105             <li><!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for '()' base pair annotation</li>
 106             <li><!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results in zero scores for all base pairs in RNA Structure Consensus</li>
 107             <li><!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing feature not working</li>
 108             <li><!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at beginning of sequence</li>
 109             <li><!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb entry 3a6s </li>
 110
 111           </ul>
 112           <em>Application</em>
 113           <ul>
 114             <li><!-- JAL-1944 not yet fixed Error thrown when exporting a view with hidden sequences as flat-file alignment--></li>
 115             <li><!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML output when running on non-gb/us i18n platforms</li>
 116             <li><!-- JAL-1552-->URLs and links can imported by drag'n'drop on OSX webstart</li>
 117             <li><!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when launching Chimera</li>
 118             <li><!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart (also hotfix for 2.9.0b2)</li>
 119             <li><!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a reference sequence defined</li>
 120             <li><!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other alignments and views when revealing hidden columns</li>
 121             <li><!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement view in a cDNA/Protein splitframe</li>
 122             <li><!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative sequence from project when only one sequence is represented</li>
 123             <li><!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option in Structure Chooser</li>
 124             <li><!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or structure consensus didn't refresh annotation panel</li>
 125             <li><!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows mappings between sequence and all chains in a PDB file</li>
 126             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941 /> RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 127           </ul>
 128           <em>Applet</em>
 129           <ul>
 130             <li><!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when hidden columns present before start of sequence</li>
 131           </ul>
 132         </div>
 133       </td>
 134     </tr>
 135     <tr>
 136       <td width="60" nowrap>
 137         <div align="center">
 138           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 139             <em>16/10/2015</em></strong>
 140         </div>
 141       </td>
 142       <td><em>General</em>
 143         <ul>
 144           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 145             jars</li>
 146         </ul></td>
 147       <td>
 148         <div align="left">
 149           <em>Application</em>
 150           <ul>
 151             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 152               shown when tree is partitioned</li>
 153             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 154               multiple cDNA/Protein split views</li>
 155           </ul>
 156         </div>
 157       </td>
 158     </tr>
 159     <tr>
 160       <td width="60" nowrap>
 161         <div align="center">
 162           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 163             <em>8/10/2015</em></strong>
 164         </div>
 165       </td>
 166       <td><em>General</em>
 167         <ul>
 168           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 169             2.9</li>
 170         </ul> <em>Application</em>
 171       <ul>
 172           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 173           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 174           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 175         </ul> <em>Applet</em>
 176         <ul>
 177           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 178         </ul></td>
 179       <td>
 180         <div align="left">
 181           <em>General</em>
 182           <ul>
 183             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 184               incorrect when sequence start > 1</li>
 185             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 186               documentation</li>
 187             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 188             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 189               loading a features file containing HTML tags in feature
 190               description</li>
 191
 192           </ul>
 193           <em>Application</em>
 194           <ul>
 195             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 196               reimport</li>
 197             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 198               with 'trim retrieved sequences'</li>
 199             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 200               deleting selected columns</li>
 201             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 202               JNLP templates for webstart launch</li>
 203             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 204               unreleased structures for download or viewing</li>
 205             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 206               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 207             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 208               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 209             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 210               recovered from jalview project</li>
 211             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 212               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 213               alignment view</li>
 214             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 215               color schemes from BioJSON</li>
 216           </ul>
 217           <em>Applet</em>
 218           <ul>
 219             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 220               frame</li>
 221             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 222           </ul>
 223         </div>
 224       </td>
 225     </tr>
 226     <tr>
 227       <td><div align="center">
 228           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 229         </div></td>
 230       <td><em>General</em>
 231         <ul>
 232           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 233             alignments:
 234             <ul>
 235               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 236                 and DNA alignment views</li>
 237               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 238                 cDNA alignment views</li>
 239               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 240                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 241               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 242                 protein sequences</li>
 243             </ul>
 244           </li>
 245           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 246           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 247             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 248           <li>New alignment annotation file statements for
 249             reference sequences and marking hidden columns</li>
 250           <li>Reference sequence based alignment shading to
 251             highlight variation</li>
 252           <li>Select or hide columns according to alignment
 253             annotation</li>
 254           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 255           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 256             acid conservation row</li>
 257           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 258         </ul> <em>Application</em>
 259         <ul>
 260           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 261             <ul>
 262               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 263                 view with cDNA/Protein</li>
 264               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 265                 sequences are placed in the same alignment</li>
 266               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 267                 projects</li>
 268             </ul>
 269           </li>
 270
 271           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 272           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 273             Jalview windows</li>
 274
 275           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 276           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 277           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 278             be shown in VARNA</li>
 279
 280           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 281             as the active selected region</li>
 282
 283           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 284             similarity</li>
 285           <li>New Export options
 286             <ul>
 287               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 288                 region export in flat file generation</li>
 289
 290               <li>Export alignment views for display with the <a
 291                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 292
 293               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 294               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 295                 alignment figures to HTML</li>
 296           </li>
 297           <li>3D structure retrieval and display
 298             <ul>
 299               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 300                 Search API</li>
 301               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 302                 PDB structures for a sequence set</li>
 303             </ul>
 304           </li>
 305
 306           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 307             predictions</li>
 308           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 309             for one or a group of sequences</li>
 310           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 311             from the JPred4 web server</li>
 312           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 313             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 314             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 315           </li>
 316           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 317             VARNA 2D Structure'</li>
 318           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 319             Structure ..."</li>
 320
 321         </ul> <em>Applet</em>
 322         <ul>
 323           <li>New layout for applet example pages</li>
 324           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 325             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 326           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 327             Protein alignments</li>
 328         </ul> <em>Development and deployment</em>
 329         <ul>
 330           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 331           <li>Include installation type and git revision in build
 332             properties and console log output</li>
 333           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 334             storing BioJsMSA Templates</li>
 335           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 336         </ul></td>
 337       <td>
 338         <!-- <em>General</em>
 339         <ul>
 340         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 341         <ul>
 342           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 343           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 344           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 345             predictions are not highlighted in amber</li>
 346           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 347             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 348           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 349             associated structure views</li>
 350           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 351             width checkbox not enabled</li>
 352           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 353             creating user defined colours</li>
 354           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 355             mappings for just that viewer's sequences</li>
 356           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 357             multiple models in Chimera</li>
 358           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 359             over Jmol structure</li>
 360           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 361             output to text box</li>
 362           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 363             have incorrect sequence start/end</li>
 364           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 365             Jalview fails</li>
 366           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 367             work for nucleotide</li>
 368           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 369             to a grey/invisible alignment window</li>
 370           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 371             imports to different position</li>
 372           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 373             on some platforms</li>
 374           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 375             populated</li>
 376           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 377             console if Chimera has been opened</li>
 378           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 379           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 380             retrieved</li>
 381           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 382           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 383             either sequence shows on first structure</li>
 384           <li>'Show annotations' options should not make
 385             non-positional annotations visible</li>
 386           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 387             in right place after 'view flanking regions'</li>
 388           <li>File Save As type unset when current file format is
 389             unknown</li>
 390           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 391             projects</li>
 392           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 393             responsive</li>
 394           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 395             several views on same alignment</li>
 396           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 397           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 398             spaces</li>
 399         </ul> <em>Applet</em>
 400         <ul>
 401           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 402           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 403             descriptions containing angle brackets</li>
 404         </ul> <em>General</em>
 405         <ul>
 406           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 407             via jalview annotation file</li>
 408           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 409             with RNA secondary structure</li>
 410           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 411             translation doesn't work.</li>
 412           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 413           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 414             positions</li>
 415           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 416             choosing 1pt font</li>
 417           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 418             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 419             'h'</li>
 420           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 421             new feature</li>
 422           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 423             order dependent</li>
 424           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 425             sequences</li>
 426           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 427         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 428         <ul>
 429           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 430             www.jalview.org</li>
 431         </ul> <em>Application Known issues</em>
 432         <ul>
 433           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 434           <li>Misleading message appears after trying to delete
 435             solid column.</li>
 436           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 437             version launches</li>
 438           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 439             fails with a sequence mismatch</li>
 440           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 441             scrolling alignment to right</li>
 442           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 443             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 444           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 445             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 446           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 447             ultra-high resolution</li>
 448           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 449             quality and conservation</li>
 450           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 451             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 452         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 453         <ul>
 454           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 455           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 456             window is being resized</li>
 457
 458         </ul>
 459       </td>
 460     </tr>
 461     <tr>
 462       <td><div align="center">
 463           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 464         </div></td>
 465       <td><em>General</em>
 466         <ul>
 467           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 468             Certum.PL.</li>
 469           <li>Features and annotation preserved when performing
 470             pairwise alignment</li>
 471           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 472             imported/exported/displayed</li>
 473           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 474             protein secondary structure</li>
 475           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 476               post-hoc with 2.9 release</em>)
 477           </li>
 478
 479         </ul> <em>Application</em>
 480         <ul>
 481           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 482             with 3D structures</li>
 483           <li>Support for parsing RNAML</li>
 484           <li>Annotations menu for layout
 485             <ul>
 486               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 487               <li>place sequence annotation above/below alignment
 488                 annotation</li>
 489             </ul>
 490           <li>Output in Stockholm format</li>
 491           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 492             translation</li>
 493           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 494           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 495             shared between alignments</li>
 496           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 497             Jalview</li>
 498           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 499             all or current selection</li>
 500           <li>disorder and secondary structure predictions
 501             available as dataset annotation</li>
 502           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 503
 504
 505           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 506             alignments from Rfam</li>
 507           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 508
 509           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 510             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 511           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 512           <li>include installation type in build properties and
 513             console log output</li>
 514           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 515             annotation</li>
 516         </ul></td>
 517       <td>
 518         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 519         <ul>
 520           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 521             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 522           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 523             alignment</li>
 524           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 525           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 526           <li>Double click on sequence associated annotation
 527             selects only first column</li>
 528           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 529             leaves shown in tree</li>
 530           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 531             properly</li>
 532           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 533           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 534             screen and buttons not visible</li>
 535           <li>author list isn't updated if already written to
 536             Jalview properties</li>
 537           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 538             from database</li>
 539           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 540           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 541             browser search window</li>
 542           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 543             in feature settings dialog</li>
 544           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 545             desktop</li>
 546           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 547             pass validation</li>
 548           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 549             fit on screen</li>
 550           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 551             tooltip</li>
 552           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 553             defined user preset</li>
 554           <li>MSA web services warns user if they were launched
 555             with invalid input</li>
 556           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 557             Java 8</li>
 558           <li>
 559             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 560             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 561             created
 562           </li>
 563
 564         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 565                                 <ul>
 566                                 </ul> <em>General</em>
 567                                 <ul>
 568                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 569         <ul>
 570           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 571             memory allocation</li>
 572           <li>launchApp service doesn't automatically open
 573             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 574           <li>
 575             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 576             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 577             1.7_055 is available
 578           </li>
 579         </ul> <em>Application Known issues</em>
 580         <ul>
 581           <li>
 582             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 583             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 584             alignment to right
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 588             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 589             with large number of ID
 590           </li>
 591           <li>
 592             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 593             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 594             start/end
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 598             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 599             structure tracks are rearranged
 600           </li>
 601           <li>
 602             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 603             invalid rna structure positional highlighting does not
 604             highlight position of invalid base pairs
 605           </li>
 606           <li>
 607             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 608             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 609             project from alignment window file menu
 610           </li>
 611           <li>
 612             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 613             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 614             structures
 615           </li>
 616           <li>
 617             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 618             colour by RNA Helices not enabled when user created
 619             annotation added to alignment
 620           </li>
 621           <li>
 622             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
 623             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
 624           </li>
 625         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 626         <ul>
 627           <li>
 628             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
 629             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
 633             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
 634           </li>
 635
 636           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
 637             when selected</li>
 638         </ul>
 639       </td>
 640     </tr>
 641     <tr>
 642       <td><div align="center">
 643           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
 644         </div></td>
 645       <td>
 646         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
 647         <em>General</em>
 648         <ul>
 649           <li>Internationalisation of user interface (usually
 650             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
 651           <li>Define/Undefine group on current selection with
 652             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
 653           <li>Improved group creation/removal options in
 654             alignment/sequence Popup menu</li>
 655           <li>Sensible precision for symbol distribution
 656             percentages shown in logo tooltip.</li>
 657           <li>Annotation panel height set according to amount of
 658             annotation when alignment first opened</li>
 659         </ul> <em>Application</em>
 660         <ul>
 661           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
 662             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
 663           <li>Select columns containing particular features from
 664             Feature Settings dialog</li>
 665           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
 666             sequences</li>
 667           <li>Update Jalview project format:
 668             <ul>
 669               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
 670               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
 671                 store secondary structure annotation,etc)</li>
 672               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
 673                 colouring</li>
 674             </ul>
 675           </li>
 676           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
 677             (PAM250)</li>
 678           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
 679             flanking regions for an alignment</li>
 680         </ul>
 681       </td>
 682       <td>
 683         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 684         <ul>
 685           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
 686             running after job is cancelled</li>
 687           <li>cannot export features from alignments imported from
 688             Jalview/VAMSAS projects</li>
 689           <li>Buggy slider for web service parameters that take
 690             float values</li>
 691           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
 692             have 'display all symbols' flag set</li>
 693           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
 694             annotation shading not saved in Jalview project</li>
 695           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
 696             Jalview</li>
 697           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
 698             Lion/Webstart</li>
 699           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
 700           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
 701           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
 702             alignment onto desktop</li>
 703           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
 704             'extract scores' function</li>
 705           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
 706             alignment window</li>
 707           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
 708             performing IUPred disorder prediction</li>
 709           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
 710             changing 'normalise logo' display setting</li>
 711           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
 712             nothing matches query</li>
 713           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
 714             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
 715           </li>
 716           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
 717             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
 718           </li>
 719           <li>Not all working JABAWS services are shown in
 720             Jalview's menu</li>
 721           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
 722             'invalid literal/length code'</li>
 723           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
 724             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
 725           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
 726             colourscheme</li>
 727
 728         </ul> <em>Applet</em>
 729         <ul>
 730           <li>Remove group option is shown even when selection is
 731             not a group</li>
 732           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
 733             don't affect groups</li>
 734           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
 735             colourscheme name</li>
 736           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
 737             Annotation panel is not displayed</li>
 738           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
 739             embedded windows</li>
 740         </ul> <em>Other</em>
 741         <ul>
 742           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
 743             single sequence were not calculated</li>
 744           <li>annotation files that contain only groups imported as
 745             annotation and junk sequences</li>
 746           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
 747             recognised as PFAM or BLC</li>
 748           <li>conservation/PID slider apply all groups option
 749             doesn't affect background (2.8.0b1)
 750           <li></li>
 751           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
 752           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
 753             trailing gaps</li>
 754           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
 755             registered correctly on import</li>
 756           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
 757             certain alignments</li>
 758           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
 759             existing annotation based 'use original colours'
 760             colourscheme loses original colours setting</li>
 761         </ul>
 762       </td>
 763     </tr>
 764     <tr>
 765       <td><div align="center">
 766           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
 767             <em>30/1/2014</em></strong>
 768         </div></td>
 769       <td>
 770         <ul>
 771           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
 772             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
 773             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
 774             open source project).
 775           </li>
 776           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
 777           </li>
 778           <li>Output in Stockholm format</li>
 779           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
 780           <li>Export/import group and sequence associated line
 781             graph thresholds</li>
 782           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
 783             ambiguity codes</li>
 784           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
 785             selection (or visible selection) in the same way that JPred
 786             works</li>
 787           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
 788         </ul> <em>Other improvements</em>
 789         <ul>
 790           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
 791           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
 792             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
 793           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
 794             files</li>
 795           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
 796           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
 797             link but no description</li>
 798           <li>Select primary source when selecting authority in
 799             database fetcher GUI</li>
 800           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
 801             Jalview</li>
 802           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
 803         </ul>
 804       </td>
 805       <td>
 806         <ul>
 807           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
 808             displayed</li>
 809           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
 810             secondary structure annotation line</li>
 811           <li>Sequence database accessions not imported when
 812             fetching alignments from Rfam</li>
 813           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
 814             identical IDs</li>
 815           <li>View all structures does not always superpose
 816             structures</li>
 817           <li>Option widgets in service parameters not updated to
 818             reflect user or preset settings</li>
 819           <li>Null pointer exceptions for some services without
 820             presets or adjustable parameters</li>
 821           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
 822             discover PDB xRefs</li>
 823           <li>Exception encountered while trying to retrieve
 824             features with DAS</li>
 825           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
 826             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
 827           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
 828             residue follows a gap</li>
 829           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
 830             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
 831           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
 832             shown in wrap mode when no annotations present</li>
 833           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
 834             annotation already exists on alignment</li>
 835           <li>oninit javascript function should be called after
 836             initialisation completes</li>
 837           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
 838             alignment window display</li>
 839           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
 840           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
 841             to annotation file</li>
 842           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
 843             groups created</li>
 844           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
 845             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
 846           <li>Pressing return several times causes Number Format
 847             exceptions in keyboard mode</li>
 848           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
 849             correct partitions for input data</li>
 850           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
 851           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
 852           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
 853           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
 854             mode</li>
 855           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
 856             changes one row&#39;s threshold</li>
 857           <li>Preferences and Feature settings panel panel
 858             doesn&#39;t open</li>
 859           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
 860             quality histograms</li>
 861         </ul>
 862       </td>
 863     </tr>
 864     <tr>
 865       <td><div align="center">
 866           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
 867         </div></td>
 868       <td><em>Application</em>
 869         <ul>
 870           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
 871             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
 872           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
 873             preferences</li>
 874           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
 875             in Jalview alignment window</li>
 876           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
 877             mountain lion, windows 7, and 8</li>
 878           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
 879             RNA and ambiguity codes</li>
 880
 881           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
 882           <li>Support fetching and database reference look up
 883             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
 884             refs')</li>
 885           <li>Jalview project improvements
 886             <ul>
 887               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
 888                 flag for annotation</li>
 889               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
 890                 alignment</li>
 891               <li>Store AACon calculation settings for a view in
 892                 Jalview project</li>
 893
 894             </ul>
 895           </li>
 896           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
 897           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
 898             running</li>
 899           <li>Simpler JABA web services menus</li>
 900           <li>visual indication that web service results are still
 901             being retrieved from server</li>
 902           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
 903             starts up for first time</li>
 904           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
 905             services</li>
 906           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
 907             client library</li>
 908           <li>Examples directory and Groovy library included in
 909             InstallAnywhere distribution</li>
 910         </ul> <em>Applet</em>
 911         <ul>
 912           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
 913             visualization applet example</li>
 914         </ul> <em>General</em>
 915         <ul>
 916           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
 917           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
 918             defaults</li>
 919           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
 920             calculation</li>
 921           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
 922             matrices
 923           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
 924             in HTML</li>
 925           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
 926             structure contacts</li>
 927           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
 928           <li>RNA base pair logo consensus</li>
 929           <li>Parse sequence associated secondary structure
 930             information in Stockholm files</li>
 931           <li>HTML Export database accessions and annotation
 932             information presented in tooltip for sequences</li>
 933           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
 934             style RNA alignment files</li>
 935           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
 936             alignment</li>
 937           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
 938             shade each sequence according to its associated alignment
 939             annotation</li>
 940           <li>New Jalview Logo</li>
 941         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 942         <ul>
 943           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
 944           <li>New Website!</li>
 945         </ul></td>
 946       <td><em>Application</em>
 947         <ul>
 948           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
 949             wsdbfetch REST service</li>
 950           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
 951           <li>Filetype associations not installed for webstart
 952             launch</li>
 953           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
 954             job execution in full once it is complete</li>
 955           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
 956             uploaded via ali_file parameter</li>
 957           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
 958           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
 959           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
 960             submitted for prediction</li>
 961           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
 962             desktop window</li>
 963           <li>Putting fractional value into integer text box in
 964             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
 965           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
 966             windows 7</li>
 967           <li>View all structures fails with exception shown in
 968             structure view</li>
 969           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
 970             escaped in a platform independent way</li>
 971           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
 972             using proxy</li>
 973           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
 974             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
 975           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
 976             failure when java web start temporary file caching is
 977             disabled</li>
 978           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
 979             results in sequence xref which includes range qualification</li>
 980           <li>Errors during processing of command line arguments
 981             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
 982           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
 983             DAS sources in sequence fetcher</li>
 984           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
 985             dialog is shown</li>
 986           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
 987           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
 988           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
 989           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
 990             on OSX Mountain Lion</li>
 991           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
 992             sequences with alignment annotation are pasted into the
 993             alignment</li>
 994           <li>Sequence associated annotation rows not associated
 995             when loaded from Jalview project</li>
 996           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
 997           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
 998             cancelled or job failed due to invalid input</li>
 999           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1000             associated with all views</li>
1001           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1002             annotation rows to new window</li>
1003         </ul> <em>Applet</em>
1004         <ul>
1005           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1006             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1007           <li>loading features via javascript API automatically
1008             enables feature display</li>
1009           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1010             work</li>
1011         </ul> <em>General</em>
1012         <ul>
1013           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1014           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1015             and then deselected</li>
1016           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1017           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1018             coloured with clustalx</li>
1019           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1020             exceptions and redraw errors</li>
1021           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1022             reconfigured view</li>
1023           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1024             colour</li>
1025           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1026             for lots of labels</li>
1027         </ul>
1028     </tr>
1029     <tr>
1030       <td>
1031         <div align="center">
1032           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1033         </div>
1034       </td>
1035       <td><em>Application</em>
1036         <ul>
1037           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1038           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1039           <li>View/alignment association menu to enable user to
1040             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1041             its colours/correspondences from</li>
1042           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1043           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1044             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1045           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1046           <li>Annotation row column label formatting attributes
1047             stored in project file</li>
1048           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1049             rows preserved in Jalview project file</li>
1050           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1051             saved using Desktop window menu</li>
1052           <li>Visual indication that command line arguments are
1053             still being processed</li>
1054           <li>Groovy script execution from URL</li>
1055           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1056             preferences</li>
1057           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1058             alignment with sequences that have high similarity and
1059             matching IDs</li>
1060           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1061           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1062             structures in same window</li>
1063           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1064           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1065             analysis function in its own submenu</li>
1066         </ul> <em>Applet</em>
1067         <ul>
1068           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1069             groups</li>
1070           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1071           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1072           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1073           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1074           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1075             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1076           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1077           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1078             parameters are treated as such</li>
1079           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1080             <ul>
1081               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1082               <li>Javascript callbacks for
1083                 <ul>
1084                   <li>Applet initialisation</li>
1085                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1086                 </ul>
1087               </li>
1088               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1089                 functions</li>
1090               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1091               <li>javascript structure viewer harness to pass
1092                 messages between Jmol and Jalview when running as
1093                 distinct applets</li>
1094               <li>sortBy method</li>
1095               <li>Set of applet and application examples shipped
1096                 with documentation</li>
1097               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1098                 javascript message exchange</li>
1099             </ul>
1100         </ul> <em>General</em>
1101         <ul>
1102           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1103             multiple alignments</li>
1104           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1105           <li>User configurable link to enable redirects to a
1106             www.Jalview.org mirror</li>
1107           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1108           <li>Configurable newline string when writing alignment
1109             and other flat files</li>
1110           <li>Allow alignment annotation description lines to
1111             contain html tags</li>
1112         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1113         <ul>
1114           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1115             examples</li>
1116           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1117             using a web service before displaying the result in the
1118             Jalview desktop</li>
1119           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1120           <li>Ant target to publish example html files with applet
1121             archive</li>
1122           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1123           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1124         </ul></td>
1125       <td><em>Application</em>
1126         <ul>
1127           <li>User defined colourscheme throws exception when
1128             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1129           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1130             dialog for valid filename/format</li>
1131           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1132           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1133             P37173</li>
1134           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1135             which sequence is to be associated with the file</li>
1136           <li>Find All raises null pointer exception when query
1137             only matches sequence IDs</li>
1138           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1139           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1140             2.4 cannot be loaded</li>
1141           <li>Filetype associations not installed for webstart
1142             launch</li>
1143           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1144             with sequences in different alignments do not get coloured
1145             by their associated sequence</li>
1146           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1147             not preserved when project is loaded</li>
1148           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1149             stored in Jalview project</li>
1150           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1151             Jalview project</li>
1152           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1153           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1154             by conservation</li>
1155           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1156             created on new view</li>
1157           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1158             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1159           <li>Alignment quality not updated after alignment
1160             annotation row is hidden then shown</li>
1161           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1162             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1163           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1164             properly</li>
1165           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1166             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1167           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1168           <li>Structures imported from file and saved in project
1169             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1170           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1171             job execution in full once it is complete</li>
1172         </ul> <em>Applet</em>
1173         <ul>
1174           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1175             annotation rows are displayed</li>
1176           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1177             codebase</li>
1178           <li>View follows highlighting does not work for positions
1179             in sequences</li>
1180           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1181           <li>Export features raises exception when no features
1182             exist</li>
1183           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1184             for javascript api is modified when separator string
1185             provided as parameter</li>
1186           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1187             alignment with no existing selection</li>
1188           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1189             to applet&#39;s codebase</li>
1190           <li>Status bar not updated after finished searching and
1191             search wraps around to first result</li>
1192           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1193             several Jalview applets causes race conditions and memory
1194             leaks</li>
1195           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1196             not sent from Jmol in applet</li>
1197           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1198             applet API fatally hang browser</li>
1199         </ul> <em>General</em>
1200         <ul>
1201           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1202             position with wrapped view and hidden regions</li>
1203           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1204             with/without hidden columns</li>
1205           <li>Sequence length given in alignment properties window
1206             is off by 1</li>
1207           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1208             import PDB like structure files</li>
1209           <li>Positional search results are only highlighted
1210             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1211           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1212           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1213             given sequence position</li>
1214           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1215             output</li>
1216           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1217             from nucleotide chains correctly</li>
1218           <li>Structure colours not updated when tree partition
1219             changed in alignment</li>
1220           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1221             parsed in interleaved stockholm</li>
1222           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1223             state</li>
1224           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1225             properly</li>
1226           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1227             properly associated with their pdb files</li>
1228         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1229         <ul>
1230           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1231             ApplyCopyright tool</li>
1232         </ul></td>
1233     </tr>
1234     <tr>
1235       <td>
1236         <div align="center">
1237           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1238         </div>
1239       </td>
1240       <td><em>Application</em>
1241         <ul>
1242           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1243             contact web services</li>
1244           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1245             service job window</li>
1246           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1247         </ul></td>
1248       <td>
1249         <ul>
1250           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1251             pir file emitted by Jalview</li>
1252           <li>Existing feature settings transferred to new
1253             alignment view created from cut'n'paste</li>
1254           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1255             parsing PDB files</li>
1256           <li>Consensus and conservation annotation rows
1257             occasionally become blank for all new windows</li>
1258           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1259             in wrapped view mode</li>
1260         </ul> <em>Application</em>
1261         <ul>
1262           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1263             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1264           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1265             parameter names</li>
1266           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1267             is down</li>
1268         </ul>
1269       </td>
1270     </tr>
1271     <tr>
1272       <td>
1273         <div align="center">
1274           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1275         </div>
1276       </td>
1277       <td><em>Application</em>
1278         <ul>
1279           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1280             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1281             (JABAWS)
1282           </li>
1283           <li>Web Services preference tab</li>
1284           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1285             preferences</li>
1286           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1287           <li>Superpose structures using associated sequence
1288             alignment</li>
1289           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1290             viewer</li>
1291         </ul> <em>Applet</em>
1292         <ul>
1293           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1294             link out mechanism</li>
1295         </ul> <em>Other</em>
1296         <ul>
1297           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1298             series 12</li>
1299           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1300             require Java 1.5</li>
1301           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1302             sequence annotation files</li>
1303           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1304             type colour specification</li>
1305           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1306             script to check if it being run in an interactive session or
1307             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1308         </ul></td>
1309       <td>
1310         <ul>
1311           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1312             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1313         </ul> <em>Application</em>
1314         <ul>
1315           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1316             selected Regions menu item</li>
1317           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1318             part of a valid accession ID</li>
1319           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1320             runs out of memory</li>
1321           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1322             analysis results</li>
1323           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1324             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1325           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1326         </ul> <em>Applet</em>
1327         <ul>
1328           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1329             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1330             defined.</li>
1331         </ul>
1332       </td>
1333     </tr>
1334     <tr>
1335       <td>
1336         <div align="center">
1337           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1338         </div>
1339       </td>
1340       <td></td>
1341       <td>
1342         <ul>
1343           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1344             sequence IDs</li>
1345           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1346             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1347           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1348             import correctly</li>
1349           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1350             number of columns are hidden</li>
1351           <li>annotation label popup menu not providing correct
1352             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1353             present</li>
1354           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1355             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1356           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1357             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1358
1359         </ul> <em>Applet</em>
1360         <ul>
1361           <li>annotation panel disappears when annotation is
1362             hidden/removed</li>
1363         </ul> <em>Application</em>
1364         <ul>
1365           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1366             alignment opened where annotation panel is visible but no
1367             annotations are present on alignment</li>
1368           <li>pasted region containing hidden columns is
1369             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1370           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1371             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1372           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1373             selected Rregions menu item.</li>
1374           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1375             'Un' or 'Non'conserved</li>
1376           <li>Sequence feature settings are being shared by
1377             multiple distinct alignments</li>
1378           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1379             changed</li>
1380           <li>double click on group annotation to select sequences
1381             does not propagate to associated trees</li>
1382           <li>Mac OSX specific issues:
1383             <ul>
1384               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1385                 window background</li>
1386               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1387                 name set correctly</li>
1388               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1389                 save feature colourscheme button</li>
1390             </ul>
1391           </li>
1392         </ul>
1393       </td>
1394     </tr>
1395     <tr>
1396
1397       <td>
1398         <div align="center">
1399           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1400         </div>
1401       </td>
1402       <td><em>New Capabilities</em>
1403         <ul>
1404           <li>URL links generated from description line for
1405             regular-expression based URL links (applet and application)
1406
1407
1408           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1409             menu</li>
1410           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1411             structures</li>
1412           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1413             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1414           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1415             average score or total feature count for each sequence.</li>
1416           <li>Shading features by score or associated description</li>
1417           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1418             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1419           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1420             hide everything but the currently selected region.</li>
1421           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1422         </ul> <em>Application</em>
1423         <ul>
1424           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1425             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1426           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1427             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1428           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1429             database references and protein_name is parsed as
1430             description line (BioSapiens terms).</li>
1431           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1432             references in sequence ID tooltip from View menu in
1433             application.</li>
1434           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1435                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1436           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1437             conservation plots</li>
1438           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1439             and visualized as sequence logos</li>
1440           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1441             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1442           </li>
1443           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1444             when a new tree is opened.</li>
1445           <li>Jalview Java Console</li>
1446           <li>Better placement of desktop window when moving
1447             between different screens.</li>
1448           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1449             consensus annotation</li>
1450           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2 Workflows</li>
1451           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1452             <ul>
1453               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1454                 used to preserve views, structures, and tree display
1455                 settings)</li>
1456               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1457                 command line</li>
1458               <li>Sharing of selected regions between views and
1459                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1460               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1461             </ul></li>
1462         </ul> <em>Applet</em>
1463         <ul>
1464           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1465           <li>New Parameters
1466             <ul>
1467               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1468                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1469                 opened.</li>
1470               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1471                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1472               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1473                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1474               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1475                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1476                 view</li>
1477               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1478                 increase the height or width of a cell in the alignment
1479                 grid relative to the current font size.</li>
1480             </ul>
1481           </li>
1482           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1483             tooltip</li>
1484         </ul> <em>Other</em>
1485         <ul>
1486           <li>Features format: graduated colour definitions and
1487             specification of feature scores</li>
1488           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1489             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1490             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1491           <li>XML formats extended to support graduated feature
1492             colourschemes, group associated annotation, and profile
1493             visualization settings.</li></td>
1494       <td>
1495         <ul>
1496           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1497             rather than description</li>
1498           <li>Non-positional features are now included in sequence
1499             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1500             visibility in tooltip).</li>
1501           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1502           <li>Added URL embedding instructions to features file
1503             documentation.</li>
1504           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1505             'X' in peptide product</li>
1506           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1507             sequence ID and sequence string and query strings do not
1508             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1509           <li>AMSA files only contain first column of
1510             multi-character column annotation labels</li>
1511           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1512             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1513             exported and re-imported)</li>
1514           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1515             name</li>
1516           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1517             as subsequence matches, and correctly reports total number
1518             of both.</li>
1519           <li>Application:
1520             <ul>
1521               <li>Better handling of exceptions during sequence
1522                 retrieval</li>
1523               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1524                 link text excludes the start_end suffix</li>
1525               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1526                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1527               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1528               <li>Sequence description lines properly shared via
1529                 VAMSAS</li>
1530               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1531                 data sources</li>
1532               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1533                 completes before alignment figures are generated.</li>
1534               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1535                 first time.</li>
1536               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1537                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1538               <li>User defined group colours properly recovered
1539                 from Jalview projects.</li>
1540             </ul>
1541           </li>
1542         </ul>
1543       </td>
1544
1545     </tr>
1546     <tr>
1547       <td>
1548         <div align="center">
1549           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1550         </div>
1551       </td>
1552       <td>
1553         <ul>
1554           <li>Experimental support for google analytics usage
1555             tracking.</li>
1556           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1557         </ul>
1558       </td>
1559       <td>
1560         <ul>
1561           <li>Race condition in applet preventing startup in
1562             jre1.6.0u12+.</li>
1563           <li>Exception when feature created from selection beyond
1564             length of sequence.</li>
1565           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1566           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1567             all sequences with a given id</li>
1568           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1569             ID string searches</li>
1570           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1571             alignment to fail with exception</li>
1572         </ul> <em>Application Issues</em>
1573         <ul>
1574           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1575           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1576             data sources</li>
1577         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1578         <ul>
1579           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1580             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1581           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1582             version (java class versioning error fixed)</li>
1583         </ul>
1584       </td>
1585     </tr>
1586     <tr>
1587       <td>
1588
1589         <div align="center">
1590           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1591         </div>
1592       </td>
1593       <td><em>User Interface</em>
1594         <ul>
1595           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1596             translation and protein products</li>
1597           <li>Linked highlighting of structure associated with
1598             residue mapping to codon position</li>
1599           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1600             and 'clear' button</li>
1601           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1602             Tools menu</li>
1603           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1604             numeric data in description line</li>
1605           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1606           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1607             of sequence</li>
1608         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1609         <ul>
1610           <li>JPred3 web service</li>
1611           <li>Prototype sequence search client (no public services
1612             available yet)</li>
1613           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1614             PFAM</li>
1615           <li>URL Links created for matching database cross
1616             references as well as sequence ID</li>
1617           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1618         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1619         <ul>
1620           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1621             databases</li>
1622           <li>Generalised database reference retrieval and
1623             validation to all fetchable databases</li>
1624           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1625             sequence command</li>
1626         </ul> <em>Import and Export</em>
1627         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1628         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1629           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1630         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1631           File</li>
1632         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1633           triplet as name of colourscheme</li>
1634         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1635         <ul>
1636           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1637           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1638             alignments (experimental)</li>
1639           <li>Create new or select existing session to join</li>
1640           <li>load and save of vamsas documents</li>
1641         </ul> <em>Application command line</em>
1642         <ul>
1643           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1644             from applet)</li>
1645           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1646             of DAS servers to query for alignment features</li>
1647           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1648             that are also automatically queried for features</li>
1649           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1650             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1651         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1652         <ul>
1653           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1654             application (when using &quot;View in full
1655             application&quot;)</li>
1656         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1657         <ul>
1658           <li>feature group display control parameter</li>
1659           <li>debug parameter</li>
1660           <li>showbutton parameter</li>
1661         </ul> <em>Applet API methods</em>
1662         <ul>
1663           <li>newView public method</li>
1664           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1665           <li>Feature display control methods</li>
1666           <li>get list of currently selected sequences</li>
1667         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1668         <ul>
1669           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1670           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1671             Jalview release.</li>
1672           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1673             property controls execution of obfuscator</li>
1674           <li>Build target for generating source distribution</li>
1675           <li>Debug flag for javacc</li>
1676           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1677             jalview.bin.Cache</li>
1678           <li>Continuous Build Integration for stable and
1679             development version of Application, Applet and source
1680             distribution</li>
1681         </ul></td>
1682       <td>
1683         <ul>
1684           <li>selected region output includes visible annotations
1685             (for certain formats)</li>
1686           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1687             for editing</li>
1688           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1689           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1690           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1691           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1692             comments</li>
1693           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1694             filenames containing a ':'</li>
1695           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1696             global sequence features</li>
1697           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1698             references from alignment sequences goes to zero</li>
1699           <li>Close of tree branch colour box without colour
1700             selection causes cascading exceptions</li>
1701           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1702           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1703             file parsing fails.</li>
1704           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1705           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1706             not a valid output format</li>
1707           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
1708             vamsas</li>
1709           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1710           <li>error messages passed up and output when data read
1711             fails</li>
1712           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1713             sequence is edited</li>
1714           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1715             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1716           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1717             filetype</li>
1718           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1719             import fixed for PFAM records</li>
1720           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1721             window list</li>
1722           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1723             can be read and written correctly to annotation file</li>
1724           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1725             correctly</li>
1726           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1727             non-italic font for representatives in Applet</li>
1728           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1729             Macs.</li>
1730           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1731             Applet)</li>
1732           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1733             due to null pointer exceptions</li>
1734           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1735             first column of alignment</li>
1736           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
1737             July 2008</li>
1738           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1739             file is case-insensitive</li>
1740           <li>Sequence features read from Features file appended to
1741             all sequences with matching IDs</li>
1742           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1743             containing a sub-sequence</li>
1744           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1745           <li>feature and annotation file applet parameters
1746             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1747           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1748           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1749             splash-screen version check to complete</li>
1750           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1751             when passing them to the launchApp service</li>
1752           <li>display name and local features preserved in results
1753             retrieved from web service</li>
1754           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1755             sequence fetcher initialisation</li>
1756           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1757             dasobert DAS client</li>
1758           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1759             association</li>
1760           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1761             sequences
1762           </li>
1763         </ul>
1764       </td>
1765     </tr>
1766     <tr>
1767       <td>
1768         <div align="center">
1769           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1770         </div>
1771       </td>
1772       <td>
1773         <ul>
1774           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1775           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1776           <li>Slide sequences</li>
1777           <li>Edit sequence in place</li>
1778           <li>EMBL CDS features</li>
1779           <li>DAS Feature mapping</li>
1780           <li>Feature ordering</li>
1781           <li>Alignment Properties</li>
1782           <li>Annotation Scores</li>
1783           <li>Sort by scores</li>
1784           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1785         </ul>
1786       </td>
1787       <td>
1788         <ul>
1789           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1790           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1791           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1792           <li>Feature group display state in XML</li>
1793           <li>Feature ordering in XML</li>
1794           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1795           <li>Stockholm alignment properties</li>
1796           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1797           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1798           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1799           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1800         </ul>
1801       </td>
1802
1803     </tr>
1804     <tr>
1805       <td>
1806         <div align="center">
1807           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1808         </div>
1809       </td>
1810       <td>
1811         <ul>
1812           <li>Non standard characters can be read and displayed
1813           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1814             applet via textbox
1815           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1816             name &amp; description
1817           <li>Preference setting to display sequence name in
1818             italics
1819           <li>Annotation file format extended to allow
1820             Sequence_groups to be defined
1821           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1822             specified in preferences
1823           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1824             sequences
1825         </ul>
1826       </td>
1827       <td>
1828         <ul>
1829           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1830             installed
1831           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1832           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1833         </ul>
1834       </td>
1835     </tr>
1836     <tr>
1837       <td>
1838         <div align="center">
1839           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1840         </div>
1841       </td>
1842       <td>
1843         <ul>
1844           <li>Multiple views on alignment
1845           <li>Sequence feature editing
1846           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1847           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1848           <li>Background dependent text colour
1849           <li>Right align sequence ids
1850           <li>User-defined lower case residue colours
1851           <li>Format Menu
1852           <li>Select Menu
1853           <li>Menu item accelerator keys
1854           <li>Control-V pastes to current alignment
1855           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1856           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1857           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1858
1859
1860           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1861         </ul>
1862       </td>
1863       <td>
1864         <ul>
1865           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1866           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1867             calculations
1868           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1869             edits
1870           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1871             of alignment)
1872           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1873
1874
1875           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1876             display correctly
1877           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1878           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1879             analysis results
1880           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
1881             &#8739;
1882           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1883           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1884           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1885
1886
1887         </ul>
1888       </td>
1889     </tr>
1890     <tr>
1891       <td>
1892         <div align="center">
1893           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
1894         </div>
1895       </td>
1896       <td>
1897         <ul>
1898           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
1899         </ul>
1900       </td>
1901       <td>
1902         <ul>
1903           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
1904             sequence id panel has been resized</li>
1905           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
1906             rendered</li>
1907           <li>Annotation files with sequence references - all
1908             elements in file are relative to sequence position</li>
1909           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
1910         </ul>
1911       </td>
1912     </tr>
1913     <tr>
1914       <td>
1915         <div align="center">
1916           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
1917         </div>
1918       </td>
1919       <td>
1920         <ul>
1921           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
1922           <li>DAS Feature fetching</li>
1923           <li>Hide sequences and columns</li>
1924           <li>Export Annotations and Features</li>
1925           <li>GFF file reading / writing</li>
1926           <li>Associate structures with sequences from local PDB
1927             files</li>
1928           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
1929           <li>Recently opened files / URL lists</li>
1930           <li>Applet can launch the full application</li>
1931           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
1932             required)</li>
1933           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
1934           <li>Applet can load sequences from parameter
1935             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
1936           </li>
1937         </ul>
1938       </td>
1939       <td>
1940         <ul>
1941           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
1942           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
1943           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
1944         </ul>
1945       </td>
1946     </tr>
1947     <tr>
1948       <td>
1949         <div align="center">
1950           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
1951         </div>
1952       </td>
1953       <td>
1954         <ul>
1955           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
1956           <li>Choose to match case when searching</li>
1957           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
1958             expand the visible width and height of the alignment</li>
1959         </ul>
1960       </td>
1961       <td>
1962         <ul>
1963           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
1964         </ul>
1965       </td>
1966     </tr>
1967     <tr>
1968       <td>
1969         <div align="center">
1970           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
1971         </div>
1972       </td>
1973       <td>&nbsp;</td>
1974       <td>
1975         <ul>
1976           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
1977           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
1978             value</li>
1979         </ul>
1980       </td>
1981     </tr>
1982     <tr>
1983       <td>
1984         <div align="center">
1985           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
1986         </div>
1987       </td>
1988       <td>
1989         <ul>
1990           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
1991           <li>Keyboard editing</li>
1992           <li>Create sequence features from searches</li>
1993           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
1994             alignments</li>
1995           <li>Features file allows grouping of features</li>
1996           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
1997           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
1998           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
1999         </ul>
2000       </td>
2001       <td>
2002         <ul>
2003           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2004           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2005             descriptions saved.</li>
2006         </ul>
2007       </td>
2008     </tr>
2009     <tr>
2010       <td>
2011         <div align="center">
2012           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2013         </div>
2014       </td>
2015       <td>
2016         <ul>
2017           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2018           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2019           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2020             name for file output</li>
2021           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2022           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2023             used for HTML form input</li>
2024         </ul>
2025       </td>
2026       <td>
2027         <ul>
2028           <li>HTML output writes groups and features</li>
2029           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2030           <li>File IO bugs</li>
2031         </ul>
2032       </td>
2033     </tr>
2034     <tr>
2035       <td>
2036         <div align="center">
2037           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2038         </div>
2039       </td>
2040       <td>
2041         <ul>
2042           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2043           <li>More options for PCA viewer</li>
2044         </ul>
2045       </td>
2046       <td>
2047         <ul>
2048           <li>GUI bugs resolved</li>
2049           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2050         </ul>
2051       </td>
2052     </tr>
2053     <tr>
2054       <td height="63">
2055         <div align="center">
2056           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2057         </div>
2058       </td>
2059       <td>
2060         <ul>
2061           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2062           <li>Jar files are executable</li>
2063           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2064         </ul>
2065       </td>
2066       <td>
2067         <ul>
2068           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2069           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2070           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2071         </ul>
2072       </td>
2073     </tr>
2074     <tr>
2075       <td>
2076         <div align="center">
2077           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2078         </div>
2079       </td>
2080       <td>
2081         <ul>
2082           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2083         </ul>
2084       </td>
2085       <td>
2086         <ul>
2087           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2088         </ul>
2089       </td>
2090     </tr>
2091     <tr>
2092       <td>
2093         <div align="center">
2094           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2095         </div>
2096       </td>
2097       <td>
2098         <ul>
2099           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2100             size</li>
2101         </ul>
2102       </td>
2103       <td>
2104         <ul>
2105           <li>Improved JPred client reliability</li>
2106           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2107         </ul>
2108       </td>
2109     </tr>
2110     <tr>
2111       <td>
2112         <div align="center">
2113           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2114         </div>
2115       </td>
2116       <td>
2117         <ul>
2118           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2119           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2120           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2121             to Colour Menu</li>
2122           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2123           <li>Unix users can set default web browser</li>
2124           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2125           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2126         </ul>
2127       </td>
2128       <td>
2129         <ul>
2130           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2131         </ul>
2132       </td>
2133     </tr>
2134     <tr>
2135       <td>
2136         <div align="center">
2137           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2138         </div>
2139       </td>
2140       <td>&nbsp;</td>
2141       <td>
2142         <ul>
2143           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2144             alignment order.</li>
2145         </ul>
2146       </td>
2147     </tr>
2148     <tr>
2149       <td>
2150         <div align="center">
2151           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2152         </div>
2153       </td>
2154       <td>
2155         <ul>
2156           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2157           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2158           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2159             annotations.</li>
2160           <li>Version and build date written to build properties
2161             file.</li>
2162           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2163             at launch of Jalview.</li>
2164         </ul>
2165       </td>
2166       <td>
2167         <ul>
2168           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2169           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2170           <li>Can remove groups one by one.</li>
2171           <li>Filechooser icons installed.</li>
2172           <li>Finder ignores return character when searching.
2173             Return key will initiate a search.<br>
2174           </li>
2175         </ul>
2176       </td>
2177     </tr>
2178     <tr>
2179       <td>
2180         <div align="center">
2181           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
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2185         <ul>
2186           <li>New codebase</li>
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2194 </html>