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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
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  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
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  37   padding-left: 6px;
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  39
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  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>27/02/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence ID and annotation area margins can be click-dragged to adjust them.</li>
  81           </ul>
  82           </div>
  83       </td>
  84       <td><div align="left">
  85           <ul>
  86             <li>
  87               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown overlapping alignment panel
  88             </li>
  89           </ul>
  90       </div>
  91       </td>
  92     </tr>
  93     <tr>
  94       <td width="60" nowrap>
  95         <div align="center">
  96           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
  97         </div>
  98       </td>
  99       <td><div align="left">
 100           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 101               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 102       <td><div align="left">
 103           <em>Desktop</em><ul>
 104           <ul>
 105             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 106             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 107             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 108             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 109             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 110             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 111             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 112           </ul>
 113           </div>
 114       </td>
 115     </tr>
 116     <tr>
 117       <td width="60" nowrap>
 118         <div align="center">
 119           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 120         </div>
 121       </td>
 122       <td><div align="left">
 123           <em></em>
 124           <ul>
 125             <li>
 126               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 127               rendering of sequence features
 128             </li>
 129             <li>
 130               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 131               429 rate limit request hander
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 135               their colours have changed
 136             </li>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 139               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 143               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 144             </li>
 145             <li>
 146               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 147               view from Ensembl locus cross-references
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 151               Alignment report
 152             </li>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 155               feature can be disabled
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 159               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 163               Uniprot
 164             </li>
 165           </ul>
 166           <em>Scripting</em>
 167           <ul>
 168             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 169             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 170               percent identity scores for current alignment.</li>
 171           </ul>
 172           <em>Testing and Deployment</em>
 173           <ul>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 176             </li>
 177           </ul>
 178         </div></td>
 179       <td><div align="left">
 180           <em>General</em>
 181           <ul>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 184               threshold text field doesn't trigger an update to the
 185               alignment view
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 189               strings in parallel
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 193               alignment window is closed
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 197               group visibility
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 201               takes a long time in Cursor mode
 202             </li>
 203           </ul>
 204           <em>Desktop</em>
 205           <ul>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 208               cannot be viewed in Chimera
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 212               CDS/Protein view
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 216               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 217               Search Dialogs
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 227               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 231               scrolling right in unwapped alignment view
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 235               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 236               database
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 240               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 244               features of same type and group to be selected for
 245               amending
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 249               alignments when hidden columns are present
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 253               displaying several structures
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 257               moving a window
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 261               within the Jalview desktop on OSX
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 265               when in wrapped alignment mode
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 269               hand end of alignment
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 273               each selected sequence do not have correct start/end
 274               positions
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 278               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 282               restoring project until a new view is created
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 286               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 287               configured (since 2.10.2b2)
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 291               position is adjusted
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 295               in a multi-chain structure when viewing alignment
 296               involving more than one chain (since 2.10)
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 300               if new selection moves alignment window
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 304               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 308               that produces correctly annotated transcripts and products
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 312               doesn't update associated structure view
 313             </li>
 314           </ul>
 315           <em>Applet</em><br />
 316           <ul>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 319               closing alignment panel
 320             </li>
 321           </ul>
 322           <em>BioJSON</em><br />
 323           <ul>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 326               non-positional features
 327             </li>
 328           </ul>
 329           <em>New Known Issues</em>
 330           <ul>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 333               sequence features correctly (for many previous versions of
 334               Jalview)
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 338               using cursor in wrapped panel other than top
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 342               graduated colour threshold
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 346               always preserve numbering and sequence features
 347             </li>
 348           </ul>
 349           <em>Known Java 9 Issues</em>
 350           <ul>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 353               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 354               9.01, OSX 10.10)
 355             </li>
 356           </ul>
 357         </div></td>
 358     </tr>
 359     <tr>
 360       <td width="60" nowrap>
 361         <div align="center">
 362           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 363             <em>2/10/2017</em></strong>
 364         </div>
 365       </td>
 366       <td><div align="left">
 367           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 368           <ul>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 371             </li>
 372             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 373             </li>
 374           </ul>
 375         </div></td>
 376       <td><div align="left">
 377         </div></td>
 378     </tr>
 379     <tr>
 380       <td width="60" nowrap>
 381         <div align="center">
 382           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 383             <em>7/9/2017</em></strong>
 384         </div>
 385       </td>
 386       <td><div align="left">
 387           <em></em>
 388           <ul>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 391               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 392               white)
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 396               Preferences
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 400               in size and progress bar shown as higher resolution
 401               overview is recalculated
 402             </li>
 403
 404           </ul>
 405         </div></td>
 406       <td><div align="left">
 407           <em></em>
 408           <ul>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 411               column region row by row
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 415               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 419               format setting is unticked
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 423               if group has show boxes format setting unticked
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 427               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 428               include sequences and columns not currently displayed
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 432               assemblies are imported via CIF file
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 436               displayed when threshold or conservation colouring is also
 437               enabled.
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 441               server version
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 445               dragging a selected region off the visible region of the
 446               alignment
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 450               colourscheme to all groups in a view
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 454               initially after font size change using the Font chooser or
 455               middle-mouse zoom
 456             </li>
 457           </ul>
 458         </div></td>
 459     </tr>
 460     <tr>
 461       <td width="60" nowrap>
 462         <div align="center">
 463           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 464         </div>
 465       </td>
 466       <td><div align="left">
 467           <em>Calculations</em>
 468           <ul>
 469
 470             <li>
 471               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 472               ungapped positions in each column of the alignment.
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 476               a calculation dialog box
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 480               and memory efficiency (~30x faster)
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 484               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 485               and other calculations
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 489               files within the Jalview codebase
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 493               Similarity may have different topology due to increased
 494               precision
 495             </li>
 496           </ul>
 497           <em>Rendering</em>
 498           <ul>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 501               model for alignments and groups
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 505               scripts
 506             </li>
 507           </ul>
 508           <em>Overview</em>
 509           <ul>
 510             <li>
 511               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 512               with alignment and overview windows
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 516               overview
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 520               omitted in Overview
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 524               adjustment of visible position
 525             </li>
 526           </ul>
 527
 528           <em>Data import/export</em>
 529           <ul>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 532               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 536               annotation input/output via stockholm flatfile
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 540               extension when importing structure files without embedded
 541               names or PDB accessions
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 545               format sequence substitution matrices
 546             </li>
 547           </ul>
 548           <em>User Interface</em>
 549           <ul>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 552               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 553               the application.
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 557               via Overview or sequence motif search operations
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 561               opened by double clicking gaps within sequence feature
 562               extent
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 566               aligned positions were available to create a 3D structure
 567               superposition.
 568             </li>
 569           </ul>
 570           <em>3D Structure</em>
 571           <ul>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 574               coloured in linked structure views
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 578               file-based command exchange
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 582               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 583               structures are already available for sequences
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 587               the Jalview project rather than downloaded again when the
 588               project is reopened.
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 592               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 593               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 594                 Feature</strong>)
 595             </li>
 596           </ul>
 597           <em>Web Services</em>
 598           <ul>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 604               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 605               Analysis services
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 609               cross-references provided by identifiers.org and the
 610               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 611             </li>
 612           </ul>
 613
 614           <em>Scripting</em>
 615           <ul>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 618               identifying file formats (instead of String constants)
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 622               efficiency when counting all displayed features (not
 623               backwards compatible with 2.10.1)
 624             </li>
 625           </ul>
 626           <em>Example files</em>
 627           <ul>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 630               included in the example feature file
 631             </li>
 632           </ul>
 633           <em>Documentation</em>
 634           <ul>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 637               with the built-in Java help viewer
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 641               sequence description' option
 642             </li>
 643           </ul>
 644           <em>Test Suite</em>
 645           <ul>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 648               Uniprot REST Free Text Search Client
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 655               during tests
 656             </li>
 657           </ul>
 658         </div></td>
 659       <td><div align="left">
 660           <em>Calculations</em>
 661           <ul>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 664               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 665               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 666             </li>
 667             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 668               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 669               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 670               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 671               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 672               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 673               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 674               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 675               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 676               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 677               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 678               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 679               // for 2.10.1 mode <br />
 680               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 681               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 682                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 683                 calculations (not recommended)</em></li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 686               scaling of branch lengths for trees computed using
 687               Sequence Feature Similarity.
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 691               generating output report when working with highly
 692               redundant alignments
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 696               right of selected region when gaps present on right-hand
 697               boundary
 698             </li>
 699           </ul>
 700           <em>User Interface</em>
 701           <ul>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 704               doesn't reselect a specific sequence's associated
 705               annotation after it was used for colouring a view
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 709               opened on a region of alignment without groups
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 713               of an alignment with overlapping groups
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 717               name and description match
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 721               hidden regions results in incorrect hidden regions
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 725               changing colour does not apply Conservation slider value
 726               to all groups
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 730               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 734               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 738               gaps before start of features
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 742               restored to UI when feature colour is edited
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 746               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 750               as graduate feature colour settings are modified via the
 751               dialog box
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 755               when a group defined on the alignment is resized
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 759               wrapped view result in positional status updates
 760             </li>
 761
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 764               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 768               alignment included gapped columns
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 772               widgets don't permanently disappear
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 776               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 777               T-Coffee column reliability scores)
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 781               sequence feature on gaps only
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 785               button from a Find inherit previously defined feature type
 786               rather than the Find query string
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 790               exporting tree calculated in Jalview
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 794               and then revealing them reorders sequences on the
 795               alignment
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 799               doesn't update to reflect available set of groups after
 800               interactively adding or modifying features
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 804               Linux
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 808               only excluded gaps in current sequence and ignored
 809               selection.
 810             </li>
 811           </ul>
 812           <em>Rendering</em>
 813           <ul>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 816               erratically when hidden rows or columns are present
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 820               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 821               sequence colouring
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 825               colour and group colour menu for protein alignments
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 829               reflect currently selected view or group's shading
 830               thresholds
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 834               when rendered on overview and structures when opacity at
 835               100%
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 839               overview when features overlaid on alignment
 840             </li>
 841           </ul>
 842           <em>Data import/export</em>
 843           <ul>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 846               load
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 850               added after a sequence was imported are not written to
 851               Stockholm File
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 855               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 859               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 863               with lightGray or darkGray via features file (but can
 864               specify lightgray)
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 868               when alignment view imported from project
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 872               structure and sequences extracted from structure files
 873               imported via URL and viewed in Jmol
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 877               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 878               the project is loaded and the structure viewed
 879             </li>
 880           </ul>
 881           <em>Web Services</em>
 882           <ul>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 885               release of Ensembl v.88
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 889               appear enabled in Preferences->Connections
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 893               removed from console output
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 897               Ensembl by Peptide ID
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 901               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 902               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 903               due to 'null' string rather than empty string used for
 904               residues with no corresponding PDB mapping).
 905             </li>
 906           </ul>
 907           <em>Application UI</em>
 908           <ul>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 911               menu
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 915               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 916               new documentation and tooltips added)
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 920               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 924               new features are added to alignment
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 928               changes to feature colours via the Amend features dialog
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 932               edit graduated feature colour via amend features dialog
 933               box
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 937               selection menu changes colours of alignment views
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 941               from alignment calculation workers after alignment has
 942               been closed
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 946               groups now 'Create Group'
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 950               Create/Undefine group doesn't always work
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 954               shown again after pressing 'Cancel'
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 958               adjusts start position in wrap mode
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 962               ambiguous amino acids
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 966               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 967               proteins
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 971               Defined' don't appear in Colours menu
 972             </li>
 973           </ul>
 974           <em>Applet</em>
 975           <ul>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 978               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 982               overview or linked structure view
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 986               work (since 2.8)
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 990               user-defined colourscheme doesn't restore original
 991               colourscheme
 992             </li>
 993           </ul>
 994           <em>Test Suite</em>
 995           <ul>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 998               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1002               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1003               problems with deep array comparison equality asserts in
1004               successive versions of TestNG
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1008               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1009             </li>
1010           </ul>
1011           <em>New Known Issues</em>
1012           <ul>
1013             <li>
1014               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1015               phase after a sequence motif find operation
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1019               containing just upper and lower case letters are
1020               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1024               reliably from eggnog Ortholog database
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1028               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1029               to mark columns containing highlighted regions.
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1033               doesn't always add secondary structure annotation.
1034             </li>
1035           </ul>
1036         </div>
1037     <tr>
1038       <td width="60" nowrap>
1039         <div align="center">
1040           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1041         </div>
1042       </td>
1043       <td><div align="left">
1044           <em>General</em>
1045           <ul>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1048               for all consensus calculations
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1052               3rd Oct 2016)
1053             </li>
1054             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1055               for 2016-2017</li>
1056           </ul>
1057           <em>Application</em>
1058           <ul>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1061               set of database cross-references, sorted alphabetically
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1065               from database cross references. Users with custom links
1066               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1067                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1071               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1072               Chimera session
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1076               the Chimera it is connected to is shut down
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1080               columns menu item to mark columns containing highlighted
1081               regions (e.g. from structure selections or results of a
1082               Find operation)
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1086               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1087               MSAviewer
1088             </li>
1089           </ul>
1090         </div></td>
1091       <td>
1092         <div align="left">
1093           <em>General</em>
1094           <ul>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1097               are not coloured or thresholded according to percent
1098               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1102               hydrophobic
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1106               threshold, amino acid properties)
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1110               reported as mapped to residues in a structure file in the
1111               View Mapping report
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1115               could be added multiple times to a sequence
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1119               bond features shown as two highlighted residues rather
1120               than a range in linked structure views, and treated
1121               correctly when selecting and computing trees from features
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1125               cross-references are matched to database name regardless
1126               of case
1127             </li>
1128
1129           </ul>
1130           <em>Application</em>
1131           <ul>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1134               names without regular expressions also offer links from
1135               Sequence ID
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1139               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1140               update Jalview configuration
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1144               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1148               files with similarly named sequences if dropped onto the
1149               alignment
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1153               entries where more chains exist in the PDB accession than
1154               are reported in the SIFTS file
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1158               the structure view when displayed with Chimera
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1162               panel's View->Show Chains submenu
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1166               work for wrapped alignment views
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1170               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1174               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1175               first annotation row
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1179               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1183               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1184             </li>
1185             <!-- JAL-2319 -->
1186             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1187             coordindate data
1188             </li>
1189           </ul>
1190           <!--           <em>New Known Issues</em>
1191           <ul>
1192             <li></li>
1193           </ul> -->
1194         </div>
1195       </td>
1196     </tr>
1197     <td width="60" nowrap>
1198       <div align="center">
1199         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1200           <em>25/10/2016</em></strong>
1201       </div>
1202     </td>
1203     <td><em>Application</em>
1204       <ul>
1205         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1206           view if structures already loaded</li>
1207         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1208           structure views</li>
1209       </ul></td>
1210     <td>
1211       <div align="left">
1212         <em>General</em>
1213         <ul>
1214           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1215             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1216           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1217             example sequences/projects/trees</li>
1218         </ul>
1219         <em>Application</em>
1220         <ul>
1221           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1222             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1223           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1224             without timeout for structures with multiple models or
1225             multiple sequences in alignment</li>
1226           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1227             PDB ID HEADER line</li>
1228           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1229             is performed</li>
1230           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1231             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1232           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1233           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1234             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1235             option</li>
1236           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1237             is created on the alignment</li>
1238           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1239             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1240             pop-up menu</li>
1241         </ul>
1242         <em>Build and deployment</em>
1243         <ul>
1244           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1245             tags</li>
1246         </ul>
1247         <em>New Known Issues</em>
1248         <ul>
1249           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1250             on Windows</li>
1251         </ul>
1252       </div>
1253     </td>
1254     </tr>
1255     <tr>
1256       <td width="60" nowrap>
1257         <div align="center">
1258           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1259         </div>
1260       </td>
1261       <td><em>General</em>
1262         <ul>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1265           </li>
1266           <li>
1267             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1268             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1269             better PDB parsing.
1270           </li>
1271           <li>
1272             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1273             reference sequence
1274           </li>
1275           <li>
1276             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1277             mousing over sequence associated annotation
1278           </li>
1279           <li>
1280             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1281             for manual entry
1282           </li>
1283           <li>
1284             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1285             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1286             for each column
1287           </li>
1288           <li>
1289             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1290             showing or hiding columns containing a feature
1291           </li>
1292           <li>
1293             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1294             group and sequence associated annotation labels
1295           </li>
1296           <li>
1297             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1298             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1299             dialogs
1300           </li>
1301
1302         </ul> <em>Application</em>
1303         <ul>
1304           <li>
1305             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1306             gene/transcript view
1307           </li>
1308           <li>
1309             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1310             dialog
1311           </li>
1312           <li>
1313             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1314             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1315           </li>
1316           <li>
1317             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1318             Pfam sources to xfam.org
1319           </li>
1320           <li>
1321             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1322           </li>
1323           <li>
1324             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1325             over sequences in Jalview
1326           </li>
1327           <li>
1328             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1329             regions in ENA and EMBL
1330           </li>
1331           <li>
1332             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1333             for record retrieval via ENA rest API
1334           </li>
1335           <li>
1336             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1337             complement operator
1338           </li>
1339           <li>
1340             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1341             groovy script execution
1342           </li>
1343           <li>
1344             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1345             alignment window's Calculate menu
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1349             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1350           </li>
1351           <li>
1352             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1353             calculation workers from groovy scripts
1354           </li>
1355           <li>
1356             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1357             Jalview projects
1358           </li>
1359           <li>
1360             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1361             associations are now saved/restored from project
1362           </li>
1363           <li>
1364             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1365             before sequence fetcher is opened
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1369             database chooser opens a sequence fetcher
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1373             the UniProt REST API
1374           </li>
1375           <li>
1376             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1377             the news reader opening
1378           </li>
1379           <li>
1380             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1381             querying stored in preferences
1382           </li>
1383           <li>
1384             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1385             search results
1386           </li>
1387           <li>
1388             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1389           </li>
1390           <li>
1391             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1392             menu for nucleotide sequences
1393           </li>
1394           <li>
1395             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1396             and feature counts preserves alignment ordering (and
1397             debugged for complex feature sets).
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1401             viewing structures with Jalview 2.10
1402           </li>
1403           <li>
1404             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1405             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1406             Ensembl Genomes REST API
1407           </li>
1408           <li>
1409             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1410             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1411             (Ensembl)
1412           </li>
1413           <li>
1414             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1415             sequences
1416           </li>
1417           <li>
1418             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1419             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1420             data from external database records.
1421           </li>
1422           <li>
1423             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1424             efficient recovery of sequence coding and alignment
1425             annotation relationships.
1426           </li>
1427         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1428         <ul>
1429           <li>
1430             -- JAL---
1431           </li>
1432         </ul> --></td>
1433       <td>
1434         <div align="left">
1435           <em>General</em>
1436           <ul>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1439               menu on OSX
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1443               includes graduated colourschemes
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1447               working with big alignments and lots of hidden columns
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1451               at right of alignment window
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1455               contents
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1459               for DNA alignments
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1463               based tree calculation
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1467               unconserved enabled for group on alignment
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1471               set as reference
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1475               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1476               annotation
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1480               hidden columns present
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1484               user created annotation added to alignment
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1488               '()' base pair annotation
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1492               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1493               Consensus
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1497               feature not working
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1501               beginning of sequence
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1505               entry 3a6s
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1509               from a tree when t-coffee scores are shown
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1513               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1517               some structures
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1521               to Clustal, PIR and PileUp output
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1525               not visible causes alignment window to repaint
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1529               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1530               scores associated with features and annotation rows
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1534               calculation should be case independent
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1538               columns
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1542               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1543               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1547               problems when reference sequence defined and 'show
1548               non-conserved' enabled
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1552               load even when Consensus calculation is disabled
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1556               alignment does nothing
1557             </li>
1558           </ul>
1559           <em>Application</em>
1560           <ul>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1563               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1564               yet fixed for El Capitan)
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1568               output when running on non-gb/us i18n platforms
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1572               hidden sequences as flat-file alignment
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1576               launching Chimera
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1580               (also hotfix for 2.9.0b2)
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1584               reference sequence defined
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1588               alignments and views when revealing hidden columns
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1592               view in a cDNA/Protein splitframe
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1596               sequence from project when only one sequence is
1597               represented
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1601               in Structure Chooser
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1605               structure consensus didn't refresh annotation panel
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1609               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1613               dialogs format columns correctly, don't display array
1614               data, sort columns according to type
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1618               file chooser is cancelled during an image export
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1622               sequence name containing special characters
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1626               case insensitive
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1630               formatting don't wrap
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1634               truncated so L looks like I in consensus annotation
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1638               currently displayed features for the current selection or
1639               view
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1643               after fetching cross-references, and restoring from
1644               project
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1648               followed in the structure viewer
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1652               splitframe not restored from project
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1656               trailing end of protein alignment in transcript/product
1657               splitview when pad-gaps not enabled by default
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1661               is case dependent
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1665               article has been read (reopened issue due to
1666               internationalisation problems)
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1670               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1671               cross-references
1672             </li>
1673
1674             <li>
1675               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1676               alignment as HTML
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1680               multiple structures are shown for one or more sequences.
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1684               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1685               is enabled.
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1689               specific PDB id for sequence
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1693               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1694               columns' is disabled.
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1698               selects lowest rather than highest resolution structures
1699               for each sequence
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1703               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1707               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1711               after clicking on it to create new annotation for a
1712               column.
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1716               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1717             </li>
1718             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1719             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1720           </ul>
1721           <em>Applet</em>
1722           <ul>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1725               hidden columns present before start of sequence
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1729               (JSON jars)
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1733               sequences are hidden in applet
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1737               deployment on examples pages.
1738             </li>
1739           </ul>
1740         </div>
1741       </td>
1742     </tr>
1743     <tr>
1744       <td width="60" nowrap>
1745         <div align="center">
1746           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1747             <em>16/10/2015</em></strong>
1748         </div>
1749       </td>
1750       <td><em>General</em>
1751         <ul>
1752           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1753             jars</li>
1754         </ul></td>
1755       <td>
1756         <div align="left">
1757           <em>Application</em>
1758           <ul>
1759             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1760               shown when tree is partitioned</li>
1761             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1762               multiple cDNA/Protein split views</li>
1763           </ul>
1764         </div>
1765       </td>
1766     </tr>
1767     <tr>
1768       <td width="60" nowrap>
1769         <div align="center">
1770           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1771             <em>8/10/2015</em></strong>
1772         </div>
1773       </td>
1774       <td><em>General</em>
1775         <ul>
1776           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1777             2.9</li>
1778         </ul> <em>Application</em>
1779         <ul>
1780           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1781           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1782           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1783         </ul> <em>Applet</em>
1784         <ul>
1785           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1786         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1787         <ul>
1788           <li>
1789             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1790             suite
1791           </li>
1792         </ul></td>
1793       <td>
1794         <div align="left">
1795           <em>General</em>
1796           <ul>
1797             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1798               incorrect when sequence start > 1</li>
1799             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1800               documentation</li>
1801             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1802             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1803               loading a features file containing HTML tags in feature
1804               description</li>
1805
1806           </ul>
1807           <em>Application</em>
1808           <ul>
1809             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1810               reimport</li>
1811             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1812               with 'trim retrieved sequences'</li>
1813             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1814               deleting selected columns</li>
1815             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1816               JNLP templates for webstart launch</li>
1817             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1818               unreleased structures for download or viewing</li>
1819             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1820               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1821             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1822               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1823             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1824               recovered from jalview project</li>
1825             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1826               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1827               alignment view</li>
1828             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1829               color schemes from BioJSON</li>
1830           </ul>
1831           <em>Applet</em>
1832           <ul>
1833             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1834               frame</li>
1835             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1836           </ul>
1837         </div>
1838       </td>
1839     </tr>
1840     <tr>
1841       <td><div align="center">
1842           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1843         </div></td>
1844       <td><em>General</em>
1845         <ul>
1846           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1847             alignments:
1848             <ul>
1849               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1850                 and DNA alignment views</li>
1851               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1852                 cDNA alignment views</li>
1853               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1854                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1855               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1856                 protein sequences</li>
1857             </ul>
1858           </li>
1859           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1860           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1861             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1862           <li>New alignment annotation file statements for
1863             reference sequences and marking hidden columns</li>
1864           <li>Reference sequence based alignment shading to
1865             highlight variation</li>
1866           <li>Select or hide columns according to alignment
1867             annotation</li>
1868           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1869           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1870             acid conservation row</li>
1871           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1872         </ul> <em>Application</em>
1873         <ul>
1874           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1875             <ul>
1876               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1877                 view with cDNA/Protein</li>
1878               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1879                 sequences are placed in the same alignment</li>
1880               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1881                 projects</li>
1882             </ul>
1883           </li>
1884
1885           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1886           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1887             Jalview windows</li>
1888
1889           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1890           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1891           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1892             be shown in VARNA</li>
1893
1894           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1895             as the active selected region</li>
1896
1897           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1898             similarity</li>
1899           <li>New Export options
1900             <ul>
1901               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1902                 region export in flat file generation</li>
1903
1904               <li>Export alignment views for display with the <a
1905                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1906
1907               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1908               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1909                 alignment figures to HTML</li>
1910           </li>
1911           <li>3D structure retrieval and display
1912             <ul>
1913               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1914                 Search API</li>
1915               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1916                 PDB structures for a sequence set</li>
1917             </ul>
1918           </li>
1919
1920           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1921             predictions</li>
1922           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1923             for one or a group of sequences</li>
1924           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1925             from the JPred4 web server</li>
1926           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1927             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1928             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1929           </li>
1930           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1931             VARNA 2D Structure'</li>
1932           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1933             Structure ..."</li>
1934
1935         </ul> <em>Applet</em>
1936         <ul>
1937           <li>New layout for applet example pages</li>
1938           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1939             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1940           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1941             Protein alignments</li>
1942         </ul> <em>Development and deployment</em>
1943         <ul>
1944           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1945           <li>Include installation type and git revision in build
1946             properties and console log output</li>
1947           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1948             storing BioJsMSA Templates</li>
1949           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1950         </ul></td>
1951       <td>
1952         <!-- <em>General</em>
1953         <ul>
1954         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1955         <ul>
1956           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1957           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1958           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1959             predictions are not highlighted in amber</li>
1960           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1961             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1962           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1963             associated structure views</li>
1964           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1965             width checkbox not enabled</li>
1966           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1967             creating user defined colours</li>
1968           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1969             mappings for just that viewer's sequences</li>
1970           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1971             multiple models in Chimera</li>
1972           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1973             over Jmol structure</li>
1974           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1975             output to text box</li>
1976           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1977             have incorrect sequence start/end</li>
1978           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1979             Jalview fails</li>
1980           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1981             work for nucleotide</li>
1982           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1983             to a grey/invisible alignment window</li>
1984           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1985             imports to different position</li>
1986           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1987             on some platforms</li>
1988           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1989             populated</li>
1990           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1991             console if Chimera has been opened</li>
1992           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1993           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1994             retrieved</li>
1995           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1996           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1997             either sequence shows on first structure</li>
1998           <li>'Show annotations' options should not make
1999             non-positional annotations visible</li>
2000           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2001             in right place after 'view flanking regions'</li>
2002           <li>File Save As type unset when current file format is
2003             unknown</li>
2004           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2005             projects</li>
2006           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2007             responsive</li>
2008           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2009             several views on same alignment</li>
2010           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2011           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2012             spaces</li>
2013         </ul> <em>Applet</em>
2014         <ul>
2015           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2016           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2017             descriptions containing angle brackets</li>
2018         </ul> <em>General</em>
2019         <ul>
2020           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2021             via jalview annotation file</li>
2022           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2023             with RNA secondary structure</li>
2024           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2025             translation doesn't work.</li>
2026           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2027           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2028             positions</li>
2029           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2030             choosing 1pt font</li>
2031           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2032             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2033             'h'</li>
2034           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2035             new feature</li>
2036           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2037             order dependent</li>
2038           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2039             sequences</li>
2040           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2041         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2042         <ul>
2043           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2044             www.jalview.org</li>
2045         </ul> <em>Application Known issues</em>
2046         <ul>
2047           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2048           <li>Misleading message appears after trying to delete
2049             solid column.</li>
2050           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2051             version launches</li>
2052           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2053             fails with a sequence mismatch</li>
2054           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2055             scrolling alignment to right</li>
2056           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2057             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2058           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2059             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2060           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2061             ultra-high resolution</li>
2062           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2063             quality and conservation</li>
2064           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2065             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2066         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2067         <ul>
2068           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2069           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2070             window is being resized</li>
2071
2072         </ul>
2073       </td>
2074     </tr>
2075     <tr>
2076       <td><div align="center">
2077           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2078         </div></td>
2079       <td><em>General</em>
2080         <ul>
2081           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2082             Certum.PL.</li>
2083           <li>Features and annotation preserved when performing
2084             pairwise alignment</li>
2085           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2086             imported/exported/displayed</li>
2087           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2088             protein secondary structure</li>
2089           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2090               post-hoc with 2.9 release</em>)
2091           </li>
2092
2093         </ul> <em>Application</em>
2094         <ul>
2095           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2096             with 3D structures</li>
2097           <li>Support for parsing RNAML</li>
2098           <li>Annotations menu for layout
2099             <ul>
2100               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2101               <li>place sequence annotation above/below alignment
2102                 annotation</li>
2103             </ul>
2104           <li>Output in Stockholm format</li>
2105           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2106             translation</li>
2107           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2108           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2109             shared between alignments</li>
2110           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2111             Jalview</li>
2112           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2113             all or current selection</li>
2114           <li>disorder and secondary structure predictions
2115             available as dataset annotation</li>
2116           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2117
2118
2119           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2120             alignments from Rfam</li>
2121           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2122
2123           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2124             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2125           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2126           <li>include installation type in build properties and
2127             console log output</li>
2128           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2129             annotation</li>
2130         </ul></td>
2131       <td>
2132         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2133         <ul>
2134           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2135             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2136           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2137             alignment</li>
2138           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2139           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2140           <li>Double click on sequence associated annotation
2141             selects only first column</li>
2142           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2143             leaves shown in tree</li>
2144           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2145             properly</li>
2146           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2147           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2148             screen and buttons not visible</li>
2149           <li>author list isn't updated if already written to
2150             Jalview properties</li>
2151           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2152             from database</li>
2153           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2154           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2155             browser search window</li>
2156           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2157             in feature settings dialog</li>
2158           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2159             desktop</li>
2160           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2161             pass validation</li>
2162           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2163             fit on screen</li>
2164           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2165             tooltip</li>
2166           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2167             defined user preset</li>
2168           <li>MSA web services warns user if they were launched
2169             with invalid input</li>
2170           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2171             Java 8</li>
2172           <li>
2173             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2174             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2175             created
2176           </li>
2177
2178         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2179         <ul>
2180         </ul> <em>General</em>
2181         <ul>
2182         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2183         <ul>
2184           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2185             memory allocation</li>
2186           <li>launchApp service doesn't automatically open
2187             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2188           <li>
2189             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2190             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2191             1.7_055 is available
2192           </li>
2193         </ul> <em>Application Known issues</em>
2194         <ul>
2195           <li>
2196             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2197             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2198             alignment to right
2199           </li>
2200           <li>
2201             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2202             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2203             with large number of ID
2204           </li>
2205           <li>
2206             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2207             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2208             start/end
2209           </li>
2210           <li>
2211             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2212             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2213             structure tracks are rearranged
2214           </li>
2215           <li>
2216             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2217             invalid rna structure positional highlighting does not
2218             highlight position of invalid base pairs
2219           </li>
2220           <li>
2221             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2222             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2223             project from alignment window file menu
2224           </li>
2225           <li>
2226             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2227             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2228             structures
2229           </li>
2230           <li>
2231             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2232             colour by RNA Helices not enabled when user created
2233             annotation added to alignment
2234           </li>
2235           <li>
2236             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2237             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2238           </li>
2239         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2240         <ul>
2241           <li>
2242             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2243             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2244           </li>
2245           <li>
2246             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2247             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2248           </li>
2249
2250           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2251             when selected</li>
2252         </ul>
2253       </td>
2254     </tr>
2255     <tr>
2256       <td><div align="center">
2257           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2258         </div></td>
2259       <td>
2260         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2261         <em>General</em>
2262         <ul>
2263           <li>Internationalisation of user interface (usually
2264             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2265           <li>Define/Undefine group on current selection with
2266             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2267           <li>Improved group creation/removal options in
2268             alignment/sequence Popup menu</li>
2269           <li>Sensible precision for symbol distribution
2270             percentages shown in logo tooltip.</li>
2271           <li>Annotation panel height set according to amount of
2272             annotation when alignment first opened</li>
2273         </ul> <em>Application</em>
2274         <ul>
2275           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2276             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2277           <li>Select columns containing particular features from
2278             Feature Settings dialog</li>
2279           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2280             sequences</li>
2281           <li>Update Jalview project format:
2282             <ul>
2283               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2284               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2285                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2286               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2287                 colouring</li>
2288             </ul>
2289           </li>
2290           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2291             (PAM250)</li>
2292           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2293             flanking regions for an alignment</li>
2294         </ul>
2295       </td>
2296       <td>
2297         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2298         <ul>
2299           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2300             running after job is cancelled</li>
2301           <li>cannot export features from alignments imported from
2302             Jalview/VAMSAS projects</li>
2303           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2304             float values</li>
2305           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2306             have 'display all symbols' flag set</li>
2307           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2308             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2309           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2310             Jalview</li>
2311           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2312             Lion/Webstart</li>
2313           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2314           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2315           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2316             alignment onto desktop</li>
2317           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2318             'extract scores' function</li>
2319           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2320             alignment window</li>
2321           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2322             performing IUPred disorder prediction</li>
2323           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2324             changing 'normalise logo' display setting</li>
2325           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2326             nothing matches query</li>
2327           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2328             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2329           </li>
2330           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2331             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2332           </li>
2333           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2334             Jalview's menu</li>
2335           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2336             'invalid literal/length code'</li>
2337           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2338             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2339           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2340             colourscheme</li>
2341
2342         </ul> <em>Applet</em>
2343         <ul>
2344           <li>Remove group option is shown even when selection is
2345             not a group</li>
2346           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2347             don't affect groups</li>
2348           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2349             colourscheme name</li>
2350           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2351             Annotation panel is not displayed</li>
2352           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2353             embedded windows</li>
2354         </ul> <em>Other</em>
2355         <ul>
2356           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2357             single sequence were not calculated</li>
2358           <li>annotation files that contain only groups imported as
2359             annotation and junk sequences</li>
2360           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2361             recognised as PFAM or BLC</li>
2362           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2363             doesn't affect background (2.8.0b1)
2364           <li></li>
2365           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2366           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2367             trailing gaps</li>
2368           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2369             registered correctly on import</li>
2370           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2371             certain alignments</li>
2372           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2373             existing annotation based 'use original colours'
2374             colourscheme loses original colours setting</li>
2375         </ul>
2376       </td>
2377     </tr>
2378     <tr>
2379       <td><div align="center">
2380           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2381             <em>30/1/2014</em></strong>
2382         </div></td>
2383       <td>
2384         <ul>
2385           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2386             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2387             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2388             open source project).
2389           </li>
2390           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2391           <li>Output in Stockholm format</li>
2392           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2393           <li>Export/import group and sequence associated line
2394             graph thresholds</li>
2395           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2396             ambiguity codes</li>
2397           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2398             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2399             works</li>
2400           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2401         </ul> <em>Other improvements</em>
2402         <ul>
2403           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2404           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2405             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2406           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2407             files</li>
2408           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2409           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2410             link but no description</li>
2411           <li>Select primary source when selecting authority in
2412             database fetcher GUI</li>
2413           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2414             Jalview</li>
2415           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2416         </ul>
2417       </td>
2418       <td>
2419         <ul>
2420           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2421             displayed</li>
2422           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2423             secondary structure annotation line</li>
2424           <li>Sequence database accessions not imported when
2425             fetching alignments from Rfam</li>
2426           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2427             identical IDs</li>
2428           <li>View all structures does not always superpose
2429             structures</li>
2430           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2431             reflect user or preset settings</li>
2432           <li>Null pointer exceptions for some services without
2433             presets or adjustable parameters</li>
2434           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2435             discover PDB xRefs</li>
2436           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2437             features with DAS</li>
2438           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2439             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2440           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2441             residue follows a gap</li>
2442           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2443             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2444           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2445             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2446           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2447             annotation already exists on alignment</li>
2448           <li>oninit javascript function should be called after
2449             initialisation completes</li>
2450           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2451             alignment window display</li>
2452           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2453           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2454             to annotation file</li>
2455           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2456             groups created</li>
2457           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2458             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2459           <li>Pressing return several times causes Number Format
2460             exceptions in keyboard mode</li>
2461           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2462             correct partitions for input data</li>
2463           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2464           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2465           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2466           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2467             mode</li>
2468           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2469             changes one row&#39;s threshold</li>
2470           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2471             doesn&#39;t open</li>
2472           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2473             quality histograms</li>
2474         </ul>
2475       </td>
2476     </tr>
2477     <tr>
2478       <td><div align="center">
2479           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2480         </div></td>
2481       <td><em>Application</em>
2482         <ul>
2483           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2484             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2485           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2486             preferences</li>
2487           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2488             in Jalview alignment window</li>
2489           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2490             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2491           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2492             RNA and ambiguity codes</li>
2493
2494           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2495           <li>Support fetching and database reference look up
2496             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2497             refs')</li>
2498           <li>Jalview project improvements
2499             <ul>
2500               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2501                 flag for annotation</li>
2502               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2503                 alignment</li>
2504               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2505                 Jalview project</li>
2506
2507             </ul>
2508           </li>
2509           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2510           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2511             running</li>
2512           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2513           <li>visual indication that web service results are still
2514             being retrieved from server</li>
2515           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2516             starts up for first time</li>
2517           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2518             services</li>
2519           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2520             client library</li>
2521           <li>Examples directory and Groovy library included in
2522             InstallAnywhere distribution</li>
2523         </ul> <em>Applet</em>
2524         <ul>
2525           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2526             visualization applet example</li>
2527         </ul> <em>General</em>
2528         <ul>
2529           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2530           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2531             defaults</li>
2532           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2533             calculation</li>
2534           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2535             matrices
2536           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2537             in HTML</li>
2538           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2539             structure contacts</li>
2540           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2541           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2542           <li>Parse sequence associated secondary structure
2543             information in Stockholm files</li>
2544           <li>HTML Export database accessions and annotation
2545             information presented in tooltip for sequences</li>
2546           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2547             style RNA alignment files</li>
2548           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2549             alignment</li>
2550           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2551             shade each sequence according to its associated alignment
2552             annotation</li>
2553           <li>New Jalview Logo</li>
2554         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2555         <ul>
2556           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2557           <li>New Website!</li>
2558         </ul></td>
2559       <td><em>Application</em>
2560         <ul>
2561           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2562             wsdbfetch REST service</li>
2563           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2564           <li>Filetype associations not installed for webstart
2565             launch</li>
2566           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2567             job execution in full once it is complete</li>
2568           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2569             uploaded via ali_file parameter</li>
2570           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2571           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2572           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2573             submitted for prediction</li>
2574           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2575             desktop window</li>
2576           <li>Putting fractional value into integer text box in
2577             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2578           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2579             windows 7</li>
2580           <li>View all structures fails with exception shown in
2581             structure view</li>
2582           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2583             escaped in a platform independent way</li>
2584           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2585             using proxy</li>
2586           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2587             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2588           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2589             failure when java web start temporary file caching is
2590             disabled</li>
2591           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2592             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2593           <li>Errors during processing of command line arguments
2594             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2595           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2596             DAS sources in sequence fetcher</li>
2597           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2598             dialog is shown</li>
2599           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2600           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2601           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2602           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2603             on OSX Mountain Lion</li>
2604           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2605             sequences with alignment annotation are pasted into the
2606             alignment</li>
2607           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2608             when loaded from Jalview project</li>
2609           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2610           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2611             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2612           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2613             associated with all views</li>
2614           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2615             annotation rows to new window</li>
2616         </ul> <em>Applet</em>
2617         <ul>
2618           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2619             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2620           <li>loading features via javascript API automatically
2621             enables feature display</li>
2622           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2623             work</li>
2624         </ul> <em>General</em>
2625         <ul>
2626           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2627           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2628             and then deselected</li>
2629           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2630           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2631             coloured with clustalx</li>
2632           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2633             exceptions and redraw errors</li>
2634           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2635             reconfigured view</li>
2636           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2637             colour</li>
2638           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2639             for lots of labels</li>
2640         </ul>
2641     </tr>
2642     <tr>
2643       <td>
2644         <div align="center">
2645           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2646         </div>
2647       </td>
2648       <td><em>Application</em>
2649         <ul>
2650           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2651           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2652           <li>View/alignment association menu to enable user to
2653             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2654             its colours/correspondences from</li>
2655           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2656           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2657             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2658           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2659           <li>Annotation row column label formatting attributes
2660             stored in project file</li>
2661           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2662             rows preserved in Jalview project file</li>
2663           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2664             saved using Desktop window menu</li>
2665           <li>Visual indication that command line arguments are
2666             still being processed</li>
2667           <li>Groovy script execution from URL</li>
2668           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2669             preferences</li>
2670           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2671             alignment with sequences that have high similarity and
2672             matching IDs</li>
2673           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2674           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2675             structures in same window</li>
2676           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2677           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2678             analysis function in its own submenu</li>
2679         </ul> <em>Applet</em>
2680         <ul>
2681           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2682             groups</li>
2683           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2684           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2685           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2686           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2687           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2688             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2689           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2690           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2691             parameters are treated as such</li>
2692           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2693             <ul>
2694               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2695               <li>Javascript callbacks for
2696                 <ul>
2697                   <li>Applet initialisation</li>
2698                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2699                 </ul>
2700               </li>
2701               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2702                 functions</li>
2703               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2704               <li>javascript structure viewer harness to pass
2705                 messages between Jmol and Jalview when running as
2706                 distinct applets</li>
2707               <li>sortBy method</li>
2708               <li>Set of applet and application examples shipped
2709                 with documentation</li>
2710               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2711                 javascript message exchange</li>
2712             </ul>
2713         </ul> <em>General</em>
2714         <ul>
2715           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2716             multiple alignments</li>
2717           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2718           <li>User configurable link to enable redirects to a
2719             www.Jalview.org mirror</li>
2720           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2721           <li>Configurable newline string when writing alignment
2722             and other flat files</li>
2723           <li>Allow alignment annotation description lines to
2724             contain html tags</li>
2725         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2726         <ul>
2727           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2728             examples</li>
2729           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2730             using a web service before displaying the result in the
2731             Jalview desktop</li>
2732           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2733           <li>Ant target to publish example html files with applet
2734             archive</li>
2735           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2736           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2737         </ul></td>
2738       <td><em>Application</em>
2739         <ul>
2740           <li>User defined colourscheme throws exception when
2741             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2742           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2743             dialog for valid filename/format</li>
2744           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2745           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2746             P37173</li>
2747           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2748             which sequence is to be associated with the file</li>
2749           <li>Find All raises null pointer exception when query
2750             only matches sequence IDs</li>
2751           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2752           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2753             2.4 cannot be loaded</li>
2754           <li>Filetype associations not installed for webstart
2755             launch</li>
2756           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2757             with sequences in different alignments do not get coloured
2758             by their associated sequence</li>
2759           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2760             not preserved when project is loaded</li>
2761           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2762             stored in Jalview project</li>
2763           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2764             Jalview project</li>
2765           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2766           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2767             by conservation</li>
2768           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2769             created on new view</li>
2770           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2771             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2772           <li>Alignment quality not updated after alignment
2773             annotation row is hidden then shown</li>
2774           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2775             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2776           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2777             properly</li>
2778           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2779             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2780           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2781           <li>Structures imported from file and saved in project
2782             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2783           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2784             job execution in full once it is complete</li>
2785         </ul> <em>Applet</em>
2786         <ul>
2787           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2788             annotation rows are displayed</li>
2789           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2790             codebase</li>
2791           <li>View follows highlighting does not work for positions
2792             in sequences</li>
2793           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2794           <li>Export features raises exception when no features
2795             exist</li>
2796           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2797             for javascript api is modified when separator string
2798             provided as parameter</li>
2799           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2800             alignment with no existing selection</li>
2801           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2802             to applet&#39;s codebase</li>
2803           <li>Status bar not updated after finished searching and
2804             search wraps around to first result</li>
2805           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2806             several Jalview applets causes race conditions and memory
2807             leaks</li>
2808           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2809             not sent from Jmol in applet</li>
2810           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2811             applet API fatally hang browser</li>
2812         </ul> <em>General</em>
2813         <ul>
2814           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2815             position with wrapped view and hidden regions</li>
2816           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2817             with/without hidden columns</li>
2818           <li>Sequence length given in alignment properties window
2819             is off by 1</li>
2820           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2821             import PDB like structure files</li>
2822           <li>Positional search results are only highlighted
2823             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2824           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2825           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2826             given sequence position</li>
2827           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2828             output</li>
2829           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2830             from nucleotide chains correctly</li>
2831           <li>Structure colours not updated when tree partition
2832             changed in alignment</li>
2833           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2834             parsed in interleaved stockholm</li>
2835           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2836             state</li>
2837           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2838             properly</li>
2839           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2840             properly associated with their pdb files</li>
2841         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2842         <ul>
2843           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2844             ApplyCopyright tool</li>
2845         </ul></td>
2846     </tr>
2847     <tr>
2848       <td>
2849         <div align="center">
2850           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2851         </div>
2852       </td>
2853       <td><em>Application</em>
2854         <ul>
2855           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2856             contact web services</li>
2857           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2858             service job window</li>
2859           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2860         </ul></td>
2861       <td>
2862         <ul>
2863           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2864             pir file emitted by Jalview</li>
2865           <li>Existing feature settings transferred to new
2866             alignment view created from cut'n'paste</li>
2867           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2868             parsing PDB files</li>
2869           <li>Consensus and conservation annotation rows
2870             occasionally become blank for all new windows</li>
2871           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2872             in wrapped view mode</li>
2873         </ul> <em>Application</em>
2874         <ul>
2875           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2876             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2877           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2878             parameter names</li>
2879           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2880             is down</li>
2881         </ul>
2882       </td>
2883     </tr>
2884     <tr>
2885       <td>
2886         <div align="center">
2887           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2888         </div>
2889       </td>
2890       <td><em>Application</em>
2891         <ul>
2892           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2893             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2894             (JABAWS)
2895           </li>
2896           <li>Web Services preference tab</li>
2897           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2898             preferences</li>
2899           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2900           <li>Superpose structures using associated sequence
2901             alignment</li>
2902           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2903             viewer</li>
2904         </ul> <em>Applet</em>
2905         <ul>
2906           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2907             link out mechanism</li>
2908         </ul> <em>Other</em>
2909         <ul>
2910           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2911             series 12</li>
2912           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2913             require Java 1.5</li>
2914           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2915             sequence annotation files</li>
2916           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2917             type colour specification</li>
2918           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2919             script to check if it being run in an interactive session or
2920             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2921         </ul></td>
2922       <td>
2923         <ul>
2924           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2925             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2926         </ul> <em>Application</em>
2927         <ul>
2928           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2929             selected Regions menu item</li>
2930           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2931             part of a valid accession ID</li>
2932           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2933             runs out of memory</li>
2934           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2935             analysis results</li>
2936           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2937             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2938           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2939         </ul> <em>Applet</em>
2940         <ul>
2941           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2942             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2943             defined.</li>
2944         </ul>
2945       </td>
2946     </tr>
2947     <tr>
2948       <td>
2949         <div align="center">
2950           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2951         </div>
2952       </td>
2953       <td></td>
2954       <td>
2955         <ul>
2956           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2957             sequence IDs</li>
2958           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2959             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2960           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2961             import correctly</li>
2962           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2963             number of columns are hidden</li>
2964           <li>annotation label popup menu not providing correct
2965             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2966             present</li>
2967           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2968             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2969           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2970             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2971
2972         </ul> <em>Applet</em>
2973         <ul>
2974           <li>annotation panel disappears when annotation is
2975             hidden/removed</li>
2976         </ul> <em>Application</em>
2977         <ul>
2978           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2979             alignment opened where annotation panel is visible but no
2980             annotations are present on alignment</li>
2981           <li>pasted region containing hidden columns is
2982             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2983           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2984             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2985           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2986             selected Rregions menu item.</li>
2987           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2988             'Un' or 'Non'conserved</li>
2989           <li>Sequence feature settings are being shared by
2990             multiple distinct alignments</li>
2991           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2992             changed</li>
2993           <li>double click on group annotation to select sequences
2994             does not propagate to associated trees</li>
2995           <li>Mac OSX specific issues:
2996             <ul>
2997               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2998                 window background</li>
2999               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3000                 name set correctly</li>
3001               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3002                 save feature colourscheme button</li>
3003             </ul>
3004           </li>
3005         </ul>
3006       </td>
3007     </tr>
3008     <tr>
3009
3010       <td>
3011         <div align="center">
3012           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3013         </div>
3014       </td>
3015       <td><em>New Capabilities</em>
3016         <ul>
3017           <li>URL links generated from description line for
3018             regular-expression based URL links (applet and application)
3019
3020           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3021             menu</li>
3022           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3023             structures</li>
3024           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3025             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3026           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3027             average score or total feature count for each sequence.</li>
3028           <li>Shading features by score or associated description</li>
3029           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3030             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3031           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3032             hide everything but the currently selected region.</li>
3033           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3034         </ul> <em>Application</em>
3035         <ul>
3036           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3037             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3038           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3039             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3040           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3041             database references and protein_name is parsed as
3042             description line (BioSapiens terms).</li>
3043           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3044             references in sequence ID tooltip from View menu in
3045             application.</li>
3046           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3047       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3048           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3049             conservation plots</li>
3050           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3051             and visualized as sequence logos</li>
3052           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3053             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3054           </li>
3055           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3056             when a new tree is opened.</li>
3057           <li>Jalview Java Console</li>
3058           <li>Better placement of desktop window when moving
3059             between different screens.</li>
3060           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3061             consensus annotation</li>
3062           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3063             Workflows</li>
3064           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3065             <ul>
3066               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3067                 used to preserve views, structures, and tree display
3068                 settings)</li>
3069               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3070                 command line</li>
3071               <li>Sharing of selected regions between views and
3072                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3073               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3074             </ul></li>
3075         </ul> <em>Applet</em>
3076         <ul>
3077           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3078           <li>New Parameters
3079             <ul>
3080               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3081                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3082                 opened.</li>
3083               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3084                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3085               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3086                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3087               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3088                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3089                 view</li>
3090               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3091                 increase the height or width of a cell in the alignment
3092                 grid relative to the current font size.</li>
3093             </ul>
3094           </li>
3095           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3096             tooltip</li>
3097         </ul> <em>Other</em>
3098         <ul>
3099           <li>Features format: graduated colour definitions and
3100             specification of feature scores</li>
3101           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3102             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3103             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3104           <li>XML formats extended to support graduated feature
3105             colourschemes, group associated annotation, and profile
3106             visualization settings.</li></td>
3107       <td>
3108         <ul>
3109           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3110             rather than description</li>
3111           <li>Non-positional features are now included in sequence
3112             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3113             visibility in tooltip).</li>
3114           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3115           <li>Added URL embedding instructions to features file
3116             documentation.</li>
3117           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3118             'X' in peptide product</li>
3119           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3120             sequence ID and sequence string and query strings do not
3121             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3122           <li>AMSA files only contain first column of
3123             multi-character column annotation labels</li>
3124           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3125             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3126             exported and re-imported)</li>
3127           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3128             name</li>
3129           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3130             as subsequence matches, and correctly reports total number
3131             of both.</li>
3132           <li>Application:
3133             <ul>
3134               <li>Better handling of exceptions during sequence
3135                 retrieval</li>
3136               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3137                 link text excludes the start_end suffix</li>
3138               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3139                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3140               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3141               <li>Sequence description lines properly shared via
3142                 VAMSAS</li>
3143               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3144                 data sources</li>
3145               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3146                 completes before alignment figures are generated.</li>
3147               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3148                 first time.</li>
3149               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3150                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3151               <li>User defined group colours properly recovered
3152                 from Jalview projects.</li>
3153             </ul>
3154           </li>
3155         </ul>
3156       </td>
3157
3158     </tr>
3159     <tr>
3160       <td>
3161         <div align="center">
3162           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3163         </div>
3164       </td>
3165       <td>
3166         <ul>
3167           <li>Experimental support for google analytics usage
3168             tracking.</li>
3169           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3170         </ul>
3171       </td>
3172       <td>
3173         <ul>
3174           <li>Race condition in applet preventing startup in
3175             jre1.6.0u12+.</li>
3176           <li>Exception when feature created from selection beyond
3177             length of sequence.</li>
3178           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3179           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3180             all sequences with a given id</li>
3181           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3182             ID string searches</li>
3183           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3184             alignment to fail with exception</li>
3185         </ul> <em>Application Issues</em>
3186         <ul>
3187           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3188           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3189             data sources</li>
3190         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3191         <ul>
3192           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3193             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3194           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3195             version (java class versioning error fixed)</li>
3196         </ul>
3197       </td>
3198     </tr>
3199     <tr>
3200       <td>
3201
3202         <div align="center">
3203           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3204         </div>
3205       </td>
3206       <td><em>User Interface</em>
3207         <ul>
3208           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3209             translation and protein products</li>
3210           <li>Linked highlighting of structure associated with
3211             residue mapping to codon position</li>
3212           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3213             and 'clear' button</li>
3214           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3215             Tools menu</li>
3216           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3217             numeric data in description line</li>
3218           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3219           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3220             of sequence</li>
3221         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3222         <ul>
3223           <li>JPred3 web service</li>
3224           <li>Prototype sequence search client (no public services
3225             available yet)</li>
3226           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3227             PFAM</li>
3228           <li>URL Links created for matching database cross
3229             references as well as sequence ID</li>
3230           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3231         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3232         <ul>
3233           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3234             databases</li>
3235           <li>Generalised database reference retrieval and
3236             validation to all fetchable databases</li>
3237           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3238             sequence command</li>
3239         </ul> <em>Import and Export</em>
3240         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3241         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3242           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3243         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3244           File</li>
3245         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3246           triplet as name of colourscheme</li>
3247         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3248         <ul>
3249           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3250           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3251             alignments (experimental)</li>
3252           <li>Create new or select existing session to join</li>
3253           <li>load and save of vamsas documents</li>
3254         </ul> <em>Application command line</em>
3255         <ul>
3256           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3257             from applet)</li>
3258           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3259             of DAS servers to query for alignment features</li>
3260           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3261             that are also automatically queried for features</li>
3262           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3263             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3264         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3265         <ul>
3266           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3267             application (when using &quot;View in full
3268             application&quot;)</li>
3269         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3270         <ul>
3271           <li>feature group display control parameter</li>
3272           <li>debug parameter</li>
3273           <li>showbutton parameter</li>
3274         </ul> <em>Applet API methods</em>
3275         <ul>
3276           <li>newView public method</li>
3277           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3278           <li>Feature display control methods</li>
3279           <li>get list of currently selected sequences</li>
3280         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3281         <ul>
3282           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3283           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3284             Jalview release.</li>
3285           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3286             property controls execution of obfuscator</li>
3287           <li>Build target for generating source distribution</li>
3288           <li>Debug flag for javacc</li>
3289           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3290             jalview.bin.Cache</li>
3291           <li>Continuous Build Integration for stable and
3292             development version of Application, Applet and source
3293             distribution</li>
3294         </ul></td>
3295       <td>
3296         <ul>
3297           <li>selected region output includes visible annotations
3298             (for certain formats)</li>
3299           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3300             for editing</li>
3301           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3302           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3303           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3304           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3305             comments</li>
3306           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3307             filenames containing a ':'</li>
3308           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3309             global sequence features</li>
3310           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3311             references from alignment sequences goes to zero</li>
3312           <li>Close of tree branch colour box without colour
3313             selection causes cascading exceptions</li>
3314           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3315           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3316             file parsing fails.</li>
3317           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3318           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3319             not a valid output format</li>
3320           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3321             vamsas</li>
3322           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3323           <li>error messages passed up and output when data read
3324             fails</li>
3325           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3326             sequence is edited</li>
3327           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3328             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3329           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3330             filetype</li>
3331           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3332             import fixed for PFAM records</li>
3333           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3334             window list</li>
3335           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3336             can be read and written correctly to annotation file</li>
3337           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3338             correctly</li>
3339           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3340             non-italic font for representatives in Applet</li>
3341           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3342             Macs.</li>
3343           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3344             Applet)</li>
3345           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3346             due to null pointer exceptions</li>
3347           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3348             first column of alignment</li>
3349           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3350             July 2008</li>
3351           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3352             file is case-insensitive</li>
3353           <li>Sequence features read from Features file appended to
3354             all sequences with matching IDs</li>
3355           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3356             containing a sub-sequence</li>
3357           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3358           <li>feature and annotation file applet parameters
3359             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3360           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3361           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3362             splash-screen version check to complete</li>
3363           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3364             when passing them to the launchApp service</li>
3365           <li>display name and local features preserved in results
3366             retrieved from web service</li>
3367           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3368             sequence fetcher initialisation</li>
3369           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3370             dasobert DAS client</li>
3371           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3372             association</li>
3373           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3374             sequences
3375           </li>
3376         </ul>
3377       </td>
3378     </tr>
3379     <tr>
3380       <td>
3381         <div align="center">
3382           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3383         </div>
3384       </td>
3385       <td>
3386         <ul>
3387           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3388           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3389           <li>Slide sequences</li>
3390           <li>Edit sequence in place</li>
3391           <li>EMBL CDS features</li>
3392           <li>DAS Feature mapping</li>
3393           <li>Feature ordering</li>
3394           <li>Alignment Properties</li>
3395           <li>Annotation Scores</li>
3396           <li>Sort by scores</li>
3397           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3398         </ul>
3399       </td>
3400       <td>
3401         <ul>
3402           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3403           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3404           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3405           <li>Feature group display state in XML</li>
3406           <li>Feature ordering in XML</li>
3407           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3408           <li>Stockholm alignment properties</li>
3409           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3410           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3411           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3412           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3413         </ul>
3414       </td>
3415
3416     </tr>
3417     <tr>
3418       <td>
3419         <div align="center">
3420           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3421         </div>
3422       </td>
3423       <td>
3424         <ul>
3425           <li>Non standard characters can be read and displayed
3426           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3427             applet via textbox
3428           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3429             name &amp; description
3430           <li>Preference setting to display sequence name in
3431             italics
3432           <li>Annotation file format extended to allow
3433             Sequence_groups to be defined
3434           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3435             specified in preferences
3436           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3437             sequences
3438         </ul>
3439       </td>
3440       <td>
3441         <ul>
3442           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3443             installed
3444           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3445           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3446         </ul>
3447       </td>
3448     </tr>
3449     <tr>
3450       <td>
3451         <div align="center">
3452           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3453         </div>
3454       </td>
3455       <td>
3456         <ul>
3457           <li>Multiple views on alignment
3458           <li>Sequence feature editing
3459           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3460           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3461           <li>Background dependent text colour
3462           <li>Right align sequence ids
3463           <li>User-defined lower case residue colours
3464           <li>Format Menu
3465           <li>Select Menu
3466           <li>Menu item accelerator keys
3467           <li>Control-V pastes to current alignment
3468           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3469           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3470           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3471
3472           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3473         </ul>
3474       </td>
3475       <td>
3476         <ul>
3477           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3478           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3479             calculations
3480           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3481             edits
3482           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3483             of alignment)
3484           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3485
3486           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3487             display correctly
3488           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3489           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3490             analysis results
3491           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3492             &#8739;
3493           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3494           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3495           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3496
3497         </ul>
3498       </td>
3499     </tr>
3500     <tr>
3501       <td>
3502         <div align="center">
3503           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3504         </div>
3505       </td>
3506       <td>
3507         <ul>
3508           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3509         </ul>
3510       </td>
3511       <td>
3512         <ul>
3513           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3514             sequence id panel has been resized</li>
3515           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3516             rendered</li>
3517           <li>Annotation files with sequence references - all
3518             elements in file are relative to sequence position</li>
3519           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3520         </ul>
3521       </td>
3522     </tr>
3523     <tr>
3524       <td>
3525         <div align="center">
3526           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3527         </div>
3528       </td>
3529       <td>
3530         <ul>
3531           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3532           <li>DAS Feature fetching</li>
3533           <li>Hide sequences and columns</li>
3534           <li>Export Annotations and Features</li>
3535           <li>GFF file reading / writing</li>
3536           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3537             files</li>
3538           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3539           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3540           <li>Applet can launch the full application</li>
3541           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3542             required)</li>
3543           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3544           <li>Applet can load sequences from parameter
3545             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3546           </li>
3547         </ul>
3548       </td>
3549       <td>
3550         <ul>
3551           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3552           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3553           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3554         </ul>
3555       </td>
3556     </tr>
3557     <tr>
3558       <td>
3559         <div align="center">
3560           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3561         </div>
3562       </td>
3563       <td>
3564         <ul>
3565           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3566           <li>Choose to match case when searching</li>
3567           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3568             expand the visible width and height of the alignment</li>
3569         </ul>
3570       </td>
3571       <td>
3572         <ul>
3573           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3574         </ul>
3575       </td>
3576     </tr>
3577     <tr>
3578       <td>
3579         <div align="center">
3580           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3581         </div>
3582       </td>
3583       <td>&nbsp;</td>
3584       <td>
3585         <ul>
3586           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3587           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3588             value</li>
3589         </ul>
3590       </td>
3591     </tr>
3592     <tr>
3593       <td>
3594         <div align="center">
3595           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3596         </div>
3597       </td>
3598       <td>
3599         <ul>
3600           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3601           <li>Keyboard editing</li>
3602           <li>Create sequence features from searches</li>
3603           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3604             alignments</li>
3605           <li>Features file allows grouping of features</li>
3606           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3607           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3608           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3609         </ul>
3610       </td>
3611       <td>
3612         <ul>
3613           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3614           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3615             descriptions saved.</li>
3616         </ul>
3617       </td>
3618     </tr>
3619     <tr>
3620       <td>
3621         <div align="center">
3622           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3623         </div>
3624       </td>
3625       <td>
3626         <ul>
3627           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3628           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3629           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3630             name for file output</li>
3631           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3632           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3633             used for HTML form input</li>
3634         </ul>
3635       </td>
3636       <td>
3637         <ul>
3638           <li>HTML output writes groups and features</li>
3639           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3640           <li>File IO bugs</li>
3641         </ul>
3642       </td>
3643     </tr>
3644     <tr>
3645       <td>
3646         <div align="center">
3647           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3648         </div>
3649       </td>
3650       <td>
3651         <ul>
3652           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3653           <li>More options for PCA viewer</li>
3654         </ul>
3655       </td>
3656       <td>
3657         <ul>
3658           <li>GUI bugs resolved</li>
3659           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3660         </ul>
3661       </td>
3662     </tr>
3663     <tr>
3664       <td height="63">
3665         <div align="center">
3666           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3667         </div>
3668       </td>
3669       <td>
3670         <ul>
3671           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3672           <li>Jar files are executable</li>
3673           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3674         </ul>
3675       </td>
3676       <td>
3677         <ul>
3678           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3679           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3680           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3681         </ul>
3682       </td>
3683     </tr>
3684     <tr>
3685       <td>
3686         <div align="center">
3687           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3688         </div>
3689       </td>
3690       <td>
3691         <ul>
3692           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3693         </ul>
3694       </td>
3695       <td>
3696         <ul>
3697           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3698         </ul>
3699       </td>
3700     </tr>
3701     <tr>
3702       <td>
3703         <div align="center">
3704           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3705         </div>
3706       </td>
3707       <td>
3708         <ul>
3709           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3710             size</li>
3711         </ul>
3712       </td>
3713       <td>
3714         <ul>
3715           <li>Improved JPred client reliability</li>
3716           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3717         </ul>
3718       </td>
3719     </tr>
3720     <tr>
3721       <td>
3722         <div align="center">
3723           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3724         </div>
3725       </td>
3726       <td>
3727         <ul>
3728           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3729           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3730           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3731             to Colour Menu</li>
3732           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3733           <li>Unix users can set default web browser</li>
3734           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3735           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3736         </ul>
3737       </td>
3738       <td>
3739         <ul>
3740           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3741         </ul>
3742       </td>
3743     </tr>
3744     <tr>
3745       <td>
3746         <div align="center">
3747           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3748         </div>
3749       </td>
3750       <td>&nbsp;</td>
3751       <td>
3752         <ul>
3753           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3754             alignment order.</li>
3755         </ul>
3756       </td>
3757     </tr>
3758     <tr>
3759       <td>
3760         <div align="center">
3761           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3762         </div>
3763       </td>
3764       <td>
3765         <ul>
3766           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3767           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3768           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3769             annotations.</li>
3770           <li>Version and build date written to build properties
3771             file.</li>
3772           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3773             at launch of Jalview.</li>
3774         </ul>
3775       </td>
3776       <td>
3777         <ul>
3778           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3779           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3780           <li>Can remove groups one by one.</li>
3781           <li>Filechooser icons installed.</li>
3782           <li>Finder ignores return character when searching.
3783             Return key will initiate a search.<br>
3784           </li>
3785         </ul>
3786       </td>
3787     </tr>
3788     <tr>
3789       <td>
3790         <div align="center">
3791           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3792         </div>
3793       </td>
3794       <td>
3795         <ul>
3796           <li>New codebase</li>
3797         </ul>
3798       </td>
3799       <td>&nbsp;</td>
3800     </tr>
3801   </table>
3802   <p>&nbsp;</p>
3803 </body>
3804 </html>