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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
  51             <em>22/11/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><div align="left">
  55             <em>General</em>
  56             <ul>
  57               <li><!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used for all consensus calculations</li>
  58               <li><!-- JAL- --></li>
  59           </ul>
  60           <em>Application</em>
  61           <ul>
  62         <li><!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tips have been tamed (databases sorted alphabetically, abridged ID sets) </li>
  63             <li><!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em> from database cross references. Users with custom links will receive a warning dialog asking them to update their preferences.</li>
  64             <li><!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on dialog warning user about disconnecting Jalview from a Chimera session</li>
  65             <li><!-- JAL-2281-->Custom URL links for database cross-references are matched to database name regardless of case</li>
  66             <li></li>
  67
  68
  69           </ul>
  70           <em>Applet</em>
  71           <ul>
  72           </ul>
  73           <em>Build and deployment</em>
  74           <ul>
  75             <li></li>
  76           </ul>
  77           </div>
  78       </td>
  79       <td>
  80         <div align="left">
  81           <em>General</em>
  82           <ul>
  83             <li><!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue are not coloured or thresholded according to percent identity (first observed in Jalview 2.8.2)</li>
  84             <li><!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not hydrophobic</li>
  85             <li><!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID threshold, amino acid properties)</li>
  86             <li><!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not reported as mapped to residues in a structure file in the View Mapping report</li>
  87           </ul>
  88           <em>Application</em>
  89           <ul>
  90             <li><!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database names without regular expressions also offer invalid links from Sequence ID</li>
  91             <li><!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the URL links pane in Connections preferences doesn't actually update Jalview configuration</li>
  92             <li><!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan</li>
  93             <li><!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF files with similarly named sequences if dropped onto the alignment</li>
  94             <li><!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB entries where more chains exist in the PDB accession than are reported in the SIFTS file</li>
  95             <li><!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to the structure view when displayed with Chimera</li>
  96             <li><!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view panel's View->Show Chains submenu</li>
  97
  98       <li><!-- --></li>
  99             <li><!-- --></li>
 100           </ul>
 101           <em>Applet</em>
 102           <ul>
 103           </ul>
 104           <em>Build and deployment</em>
 105           <ul>
 106             <li><!-- JAL-2308, -->Failing/passing unit tests</li>
 107           </ul>
 108           <em>New Known Issues</em>
 109           <ul>
 110             <li></li>
 111           </ul>
 112         </div>
 113       </td>
 114     </tr>
 115       <td width="60" nowrap>
 116         <div align="center">
 117           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 118             <em>25/10/2016</em></strong>
 119         </div>
 120       </td>
 121       <td><em>Application</em>
 122         <ul>
 123           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 124             view if structures already loaded</li>
 125           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 126             structure views</li>
 127         </ul></td>
 128       <td>
 129         <div align="left">
 130           <em>General</em>
 131           <ul>
 132             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 133               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 134             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 135               example sequences/projects/trees</li>
 136           </ul>
 137           <em>Application</em>
 138           <ul>
 139             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 140               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 141             <li>Multiple structure views can be opened and
 142               superposed without timeout for structures with multiple
 143               models or multiple sequences in alignment</li>
 144             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 145               a PDB ID HEADER line</li>
 146             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 147               superposition is performed</li>
 148             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 149               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 150             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 151             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 152               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 153               Refs UI option</li>
 154             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 155               view is created on the alignment</li>
 156             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 157               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 158               to open group pop-up menu</li>
 159           </ul>
 160           <em>Build and deployment</em>
 161           <ul>
 162             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 163               tags</li>
 164           </ul>
 165           <em>New Known Issues</em>
 166           <ul>
 167             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 168               work on Windows</li>
 169           </ul>
 170         </div>
 171       </td>
 172     </tr>
 173     <tr>
 174       <td width="60" nowrap>
 175         <div align="center">
 176           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 177         </div>
 178       </td>
 179       <td><em>General</em>
 180         <ul>
 181           <li>
 182           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 186             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 187             better PDB parsing.
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 191             reference sequence
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 195             mousing over sequence associated annotation
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 199             for manual entry
 200           </li>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 203             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 204             for each column
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 208             showing or hiding columns containing a feature
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 212             group and sequence associated annotation labels
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 216             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 217             dialogs
 218           </li>
 219
 220         </ul> <em>Application</em>
 221         <ul>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 224             gene/transcript view
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 228             dialog
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 232             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 236             Pfam sources to xfam.org
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 243             over sequences in Jalview
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 247             regions in ENA and EMBL
 248           </li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 251             for record retrieval via ENA rest API
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 255             complement operator
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 259             groovy script execution
 260           </li>
 261           <li>
 262             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 263             alignment window's Calculate menu
 264           </li>
 265           <li>
 266             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 267             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 268           </li>
 269           <li>
 270             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 271             calculation workers from groovy scripts
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 275             Jalview projects
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 279             associations are now saved/restored from project
 280           </li>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 283             before sequence fetcher is opened
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 287             database chooser opens a sequence fetcher
 288           </li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 291             the UniProt REST API
 292           </li>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 295             the news reader opening
 296           </li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 299             querying stored in preferences
 300           </li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 303             search results
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 310             menu for nucleotide sequences
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 314             and feature counts preserves alignment ordering (and
 315             debugged for complex feature sets).
 316           </li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 319             viewing structures with Jalview 2.10
 320           </li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 323             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 324             Ensembl Genomes REST API
 325           </li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 328             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 329             (Ensembl)
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 333             sequences
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 337             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 338             data from external database records.
 339           </li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 342             efficient recovery of sequence coding and alignment
 343             annotation relationships.
 344           </li>
 345         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 346         <ul>
 347           <li>
 348             -- JAL---
 349           </li>
 350         </ul> --></td>
 351       <td>
 352         <div align="left">
 353           <em>General</em>
 354           <ul>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 357               menu on OSX
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 361               includes graduated colourschemes
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 365               working with big alignments and lots of hidden columns
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 369               at right of alignment window
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 373               contents
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 377               for DNA alignments
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 381               based tree calculation
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 385               unconserved enabled for group on alignment
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 389               set as reference
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 393               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 394               annotation
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 398               hidden columns present
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 402               user created annotation added to alignment
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 406               '()' base pair annotation
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 410               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 411               Consensus
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 415               feature not working
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 419               beginning of sequence
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 423               entry 3a6s
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 427               from a tree when t-coffee scores are shown
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 431               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 435               some structures
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 439               to Clustal, PIR and PileUp output
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 443               not visible causes alignment window to repaint
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 447               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 448               scores associated with features and annotation rows
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 452               calculation should be case independent
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 456               columns
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 460               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 461               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 465               problems when reference sequence defined and 'show
 466               non-conserved' enabled
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 470               load even when Consensus calculation is disabled
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 474               alignment does nothing
 475             </li>
 476           </ul>
 477           <em>Application</em>
 478           <ul>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 481               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 482               yet fixed for El Capitan)
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 486               output when running on non-gb/us i18n platforms
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 490               hidden sequences as flat-file alignment
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 494               launching Chimera
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 498               (also hotfix for 2.9.0b2)
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 502               reference sequence defined
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 506               alignments and views when revealing hidden columns
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 510               view in a cDNA/Protein splitframe
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 514               sequence from project when only one sequence is
 515               represented
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 519               in Structure Chooser
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 523               structure consensus didn't refresh annotation panel
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 527               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 531               dialogs format columns correctly, don't display array
 532               data, sort columns according to type
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 536               file chooser is cancelled during an image export
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 540               sequence name containing special characters
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 544               case insensitive
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 548               formatting don't wrap
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 552               truncated so L looks like I in consensus annotation
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 556               currently displayed features for the current selection or
 557               view
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 561               after fetching cross-references, and restoring from project
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 565               followed in the structure viewer
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 569               splitframe not restored from project
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 573               trailing end of protein alignment in transcript/product
 574               splitview when pad-gaps not enabled by default
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 578               is case dependent
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 582               article has been read (reopened issue due to
 583               internationalisation problems)
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 587               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 588               cross-references
 589             </li>
 590
 591             <li>
 592               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 593               alignment as HTML
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 597               multiple structures are shown for one or more sequences.
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 601               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 602               is enabled.
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 606               specific PDB id for sequence
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 610               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 611               columns' is disabled.
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 615               selects lowest rather than highest resolution structures
 616               for each sequence
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 620               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 621             </li>
 622             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 623             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 624           </ul>
 625           <em>Applet</em>
 626           <ul>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 629               hidden columns present before start of sequence
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 633               (JSON jars)
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 637               sequences are hidden in applet
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 641               deployment on examples pages.
 642             </li>
 643           </ul>
 644         </div>
 645       </td>
 646     </tr>
 647     <tr>
 648       <td width="60" nowrap>
 649         <div align="center">
 650           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 651             <em>16/10/2015</em></strong>
 652         </div>
 653       </td>
 654       <td><em>General</em>
 655         <ul>
 656           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 657             jars</li>
 658         </ul></td>
 659       <td>
 660         <div align="left">
 661           <em>Application</em>
 662           <ul>
 663             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 664               shown when tree is partitioned</li>
 665             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 666               multiple cDNA/Protein split views</li>
 667           </ul>
 668         </div>
 669       </td>
 670     </tr>
 671     <tr>
 672       <td width="60" nowrap>
 673         <div align="center">
 674           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 675             <em>8/10/2015</em></strong>
 676         </div>
 677       </td>
 678       <td><em>General</em>
 679         <ul>
 680           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 681             2.9</li>
 682         </ul> <em>Application</em>
 683         <ul>
 684           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 685           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 686           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 687         </ul> <em>Applet</em>
 688         <ul>
 689           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 690         </ul><em>Build and Deployment</em>
 691         <ul>
 692           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 693         </ul></td>
 694       <td>
 695         <div align="left">
 696           <em>General</em>
 697           <ul>
 698             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 699               incorrect when sequence start > 1</li>
 700             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 701               documentation</li>
 702             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 703             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 704               loading a features file containing HTML tags in feature
 705               description</li>
 706
 707           </ul>
 708           <em>Application</em>
 709           <ul>
 710             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 711               reimport</li>
 712             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 713               with 'trim retrieved sequences'</li>
 714             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 715               deleting selected columns</li>
 716             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 717               JNLP templates for webstart launch</li>
 718             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 719               unreleased structures for download or viewing</li>
 720             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 721               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 722             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 723               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 724             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 725               recovered from jalview project</li>
 726             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 727               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 728               alignment view</li>
 729             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 730               color schemes from BioJSON</li>
 731           </ul>
 732           <em>Applet</em>
 733           <ul>
 734             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 735               frame</li>
 736             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 737           </ul>
 738         </div>
 739       </td>
 740     </tr>
 741     <tr>
 742       <td><div align="center">
 743           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 744         </div></td>
 745       <td><em>General</em>
 746         <ul>
 747           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 748             alignments:
 749             <ul>
 750               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 751                 and DNA alignment views</li>
 752               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 753                 cDNA alignment views</li>
 754               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 755                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 756               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 757                 protein sequences</li>
 758             </ul>
 759           </li>
 760           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 761           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 762             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 763           <li>New alignment annotation file statements for
 764             reference sequences and marking hidden columns</li>
 765           <li>Reference sequence based alignment shading to
 766             highlight variation</li>
 767           <li>Select or hide columns according to alignment
 768             annotation</li>
 769           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 770           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 771             acid conservation row</li>
 772           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 773         </ul> <em>Application</em>
 774         <ul>
 775           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 776             <ul>
 777               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 778                 view with cDNA/Protein</li>
 779               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 780                 sequences are placed in the same alignment</li>
 781               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 782                 projects</li>
 783             </ul>
 784           </li>
 785
 786           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 787           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 788             Jalview windows</li>
 789
 790           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 791           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 792           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 793             be shown in VARNA</li>
 794
 795           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 796             as the active selected region</li>
 797
 798           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 799             similarity</li>
 800           <li>New Export options
 801             <ul>
 802               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 803                 region export in flat file generation</li>
 804
 805               <li>Export alignment views for display with the <a
 806                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 807
 808               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 809               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 810                 alignment figures to HTML</li>
 811           </li>
 812           <li>3D structure retrieval and display
 813             <ul>
 814               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 815                 Search API</li>
 816               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 817                 PDB structures for a sequence set</li>
 818             </ul>
 819           </li>
 820
 821           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 822             predictions</li>
 823           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 824             for one or a group of sequences</li>
 825           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 826             from the JPred4 web server</li>
 827           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 828             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 829             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 830           </li>
 831           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 832             VARNA 2D Structure'</li>
 833           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 834             Structure ..."</li>
 835
 836         </ul> <em>Applet</em>
 837         <ul>
 838           <li>New layout for applet example pages</li>
 839           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 840             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 841           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 842             Protein alignments</li>
 843         </ul> <em>Development and deployment</em>
 844         <ul>
 845           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 846           <li>Include installation type and git revision in build
 847             properties and console log output</li>
 848           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 849             storing BioJsMSA Templates</li>
 850           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 851         </ul></td>
 852       <td>
 853         <!-- <em>General</em>
 854         <ul>
 855         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 856         <ul>
 857           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 858           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 859           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 860             predictions are not highlighted in amber</li>
 861           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 862             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 863           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 864             associated structure views</li>
 865           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 866             width checkbox not enabled</li>
 867           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 868             creating user defined colours</li>
 869           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 870             mappings for just that viewer's sequences</li>
 871           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 872             multiple models in Chimera</li>
 873           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 874             over Jmol structure</li>
 875           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 876             output to text box</li>
 877           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 878             have incorrect sequence start/end</li>
 879           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 880             Jalview fails</li>
 881           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 882             work for nucleotide</li>
 883           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 884             to a grey/invisible alignment window</li>
 885           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 886             imports to different position</li>
 887           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 888             on some platforms</li>
 889           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 890             populated</li>
 891           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 892             console if Chimera has been opened</li>
 893           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 894           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 895             retrieved</li>
 896           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 897           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 898             either sequence shows on first structure</li>
 899           <li>'Show annotations' options should not make
 900             non-positional annotations visible</li>
 901           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 902             in right place after 'view flanking regions'</li>
 903           <li>File Save As type unset when current file format is
 904             unknown</li>
 905           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 906             projects</li>
 907           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 908             responsive</li>
 909           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 910             several views on same alignment</li>
 911           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 912           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 913             spaces</li>
 914         </ul> <em>Applet</em>
 915         <ul>
 916           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 917           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 918             descriptions containing angle brackets</li>
 919         </ul> <em>General</em>
 920         <ul>
 921           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 922             via jalview annotation file</li>
 923           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 924             with RNA secondary structure</li>
 925           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 926             translation doesn't work.</li>
 927           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 928           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 929             positions</li>
 930           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 931             choosing 1pt font</li>
 932           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 933             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 934             'h'</li>
 935           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 936             new feature</li>
 937           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 938             order dependent</li>
 939           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 940             sequences</li>
 941           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 942         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 943         <ul>
 944           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 945             www.jalview.org</li>
 946         </ul> <em>Application Known issues</em>
 947         <ul>
 948           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 949           <li>Misleading message appears after trying to delete
 950             solid column.</li>
 951           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 952             version launches</li>
 953           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 954             fails with a sequence mismatch</li>
 955           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 956             scrolling alignment to right</li>
 957           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 958             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 959           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 960             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 961           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 962             ultra-high resolution</li>
 963           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 964             quality and conservation</li>
 965           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 966             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 967         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 968         <ul>
 969           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 970           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 971             window is being resized</li>
 972
 973         </ul>
 974       </td>
 975     </tr>
 976     <tr>
 977       <td><div align="center">
 978           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 979         </div></td>
 980       <td><em>General</em>
 981         <ul>
 982           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 983             Certum.PL.</li>
 984           <li>Features and annotation preserved when performing
 985             pairwise alignment</li>
 986           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 987             imported/exported/displayed</li>
 988           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 989             protein secondary structure</li>
 990           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 991               post-hoc with 2.9 release</em>)
 992           </li>
 993
 994         </ul> <em>Application</em>
 995         <ul>
 996           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 997             with 3D structures</li>
 998           <li>Support for parsing RNAML</li>
 999           <li>Annotations menu for layout
1000             <ul>
1001               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1002               <li>place sequence annotation above/below alignment
1003                 annotation</li>
1004             </ul>
1005           <li>Output in Stockholm format</li>
1006           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1007             translation</li>
1008           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1009           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1010             shared between alignments</li>
1011           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1012             Jalview</li>
1013           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1014             all or current selection</li>
1015           <li>disorder and secondary structure predictions
1016             available as dataset annotation</li>
1017           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1018
1019
1020           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1021             alignments from Rfam</li>
1022           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1023
1024           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1025             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1026           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1027           <li>include installation type in build properties and
1028             console log output</li>
1029           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1030             annotation</li>
1031         </ul></td>
1032       <td>
1033         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1034         <ul>
1035           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1036             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1037           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1038             alignment</li>
1039           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1040           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1041           <li>Double click on sequence associated annotation
1042             selects only first column</li>
1043           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1044             leaves shown in tree</li>
1045           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1046             properly</li>
1047           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1048           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1049             screen and buttons not visible</li>
1050           <li>author list isn't updated if already written to
1051             Jalview properties</li>
1052           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1053             from database</li>
1054           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1055           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1056             browser search window</li>
1057           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1058             in feature settings dialog</li>
1059           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1060             desktop</li>
1061           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1062             pass validation</li>
1063           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1064             fit on screen</li>
1065           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1066             tooltip</li>
1067           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1068             defined user preset</li>
1069           <li>MSA web services warns user if they were launched
1070             with invalid input</li>
1071           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1072             Java 8</li>
1073           <li>
1074             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1075             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1076             created
1077           </li>
1078
1079         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1080                                 <ul>
1081                                 </ul> <em>General</em>
1082                                 <ul>
1083                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1084         <ul>
1085           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1086             memory allocation</li>
1087           <li>launchApp service doesn't automatically open
1088             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1089           <li>
1090             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1091             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1092             1.7_055 is available
1093           </li>
1094         </ul> <em>Application Known issues</em>
1095         <ul>
1096           <li>
1097             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1098             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1099             alignment to right
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1103             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1104             with large number of ID
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1108             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1109             start/end
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1113             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1114             structure tracks are rearranged
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1118             invalid rna structure positional highlighting does not
1119             highlight position of invalid base pairs
1120           </li>
1121           <li>
1122             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1123             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1124             project from alignment window file menu
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1128             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1129             structures
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1133             colour by RNA Helices not enabled when user created
1134             annotation added to alignment
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1138             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1139           </li>
1140         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1141         <ul>
1142           <li>
1143             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1144             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1145           </li>
1146           <li>
1147             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1148             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1149           </li>
1150
1151           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1152             when selected</li>
1153         </ul>
1154       </td>
1155     </tr>
1156     <tr>
1157       <td><div align="center">
1158           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1159         </div></td>
1160       <td>
1161         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1162         <em>General</em>
1163         <ul>
1164           <li>Internationalisation of user interface (usually
1165             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1166           <li>Define/Undefine group on current selection with
1167             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1168           <li>Improved group creation/removal options in
1169             alignment/sequence Popup menu</li>
1170           <li>Sensible precision for symbol distribution
1171             percentages shown in logo tooltip.</li>
1172           <li>Annotation panel height set according to amount of
1173             annotation when alignment first opened</li>
1174         </ul> <em>Application</em>
1175         <ul>
1176           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1177             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1178           <li>Select columns containing particular features from
1179             Feature Settings dialog</li>
1180           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1181             sequences</li>
1182           <li>Update Jalview project format:
1183             <ul>
1184               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1185               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1186                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1187               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1188                 colouring</li>
1189             </ul>
1190           </li>
1191           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1192             (PAM250)</li>
1193           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1194             flanking regions for an alignment</li>
1195         </ul>
1196       </td>
1197       <td>
1198         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1199         <ul>
1200           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1201             running after job is cancelled</li>
1202           <li>cannot export features from alignments imported from
1203             Jalview/VAMSAS projects</li>
1204           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1205             float values</li>
1206           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1207             have 'display all symbols' flag set</li>
1208           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1209             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1210           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1211             Jalview</li>
1212           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1213             Lion/Webstart</li>
1214           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1215           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1216           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1217             alignment onto desktop</li>
1218           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1219             'extract scores' function</li>
1220           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1221             alignment window</li>
1222           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1223             performing IUPred disorder prediction</li>
1224           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1225             changing 'normalise logo' display setting</li>
1226           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1227             nothing matches query</li>
1228           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1229             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1230           </li>
1231           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1232             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1233           </li>
1234           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1235             Jalview's menu</li>
1236           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1237             'invalid literal/length code'</li>
1238           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1239             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1240           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1241             colourscheme</li>
1242
1243         </ul> <em>Applet</em>
1244         <ul>
1245           <li>Remove group option is shown even when selection is
1246             not a group</li>
1247           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1248             don't affect groups</li>
1249           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1250             colourscheme name</li>
1251           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1252             Annotation panel is not displayed</li>
1253           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1254             embedded windows</li>
1255         </ul> <em>Other</em>
1256         <ul>
1257           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1258             single sequence were not calculated</li>
1259           <li>annotation files that contain only groups imported as
1260             annotation and junk sequences</li>
1261           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1262             recognised as PFAM or BLC</li>
1263           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1264             doesn't affect background (2.8.0b1)
1265           <li></li>
1266           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1267           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1268             trailing gaps</li>
1269           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1270             registered correctly on import</li>
1271           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1272             certain alignments</li>
1273           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1274             existing annotation based 'use original colours'
1275             colourscheme loses original colours setting</li>
1276         </ul>
1277       </td>
1278     </tr>
1279     <tr>
1280       <td><div align="center">
1281           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1282             <em>30/1/2014</em></strong>
1283         </div></td>
1284       <td>
1285         <ul>
1286           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1287             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1288             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1289             open source project).
1290           </li>
1291           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1292           </li>
1293           <li>Output in Stockholm format</li>
1294           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1295           <li>Export/import group and sequence associated line
1296             graph thresholds</li>
1297           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1298             ambiguity codes</li>
1299           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1300             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1301             works</li>
1302           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1303         </ul> <em>Other improvements</em>
1304         <ul>
1305           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1306           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1307             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1308           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1309             files</li>
1310           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1311           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1312             link but no description</li>
1313           <li>Select primary source when selecting authority in
1314             database fetcher GUI</li>
1315           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1316             Jalview</li>
1317           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1318         </ul>
1319       </td>
1320       <td>
1321         <ul>
1322           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1323             displayed</li>
1324           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1325             secondary structure annotation line</li>
1326           <li>Sequence database accessions not imported when
1327             fetching alignments from Rfam</li>
1328           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1329             identical IDs</li>
1330           <li>View all structures does not always superpose
1331             structures</li>
1332           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1333             reflect user or preset settings</li>
1334           <li>Null pointer exceptions for some services without
1335             presets or adjustable parameters</li>
1336           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1337             discover PDB xRefs</li>
1338           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1339             features with DAS</li>
1340           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1341             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1342           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1343             residue follows a gap</li>
1344           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1345             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1346           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1347             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1348           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1349             annotation already exists on alignment</li>
1350           <li>oninit javascript function should be called after
1351             initialisation completes</li>
1352           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1353             alignment window display</li>
1354           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1355           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1356             to annotation file</li>
1357           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1358             groups created</li>
1359           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1360             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1361           <li>Pressing return several times causes Number Format
1362             exceptions in keyboard mode</li>
1363           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1364             correct partitions for input data</li>
1365           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1366           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1367           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1368           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1369             mode</li>
1370           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1371             changes one row&#39;s threshold</li>
1372           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1373             doesn&#39;t open</li>
1374           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1375             quality histograms</li>
1376         </ul>
1377       </td>
1378     </tr>
1379     <tr>
1380       <td><div align="center">
1381           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1382         </div></td>
1383       <td><em>Application</em>
1384         <ul>
1385           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1386             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1387           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1388             preferences</li>
1389           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1390             in Jalview alignment window</li>
1391           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1392             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1393           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1394             RNA and ambiguity codes</li>
1395
1396           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1397           <li>Support fetching and database reference look up
1398             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1399             refs')</li>
1400           <li>Jalview project improvements
1401             <ul>
1402               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1403                 flag for annotation</li>
1404               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1405                 alignment</li>
1406               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1407                 Jalview project</li>
1408
1409             </ul>
1410           </li>
1411           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1412           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1413             running</li>
1414           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1415           <li>visual indication that web service results are still
1416             being retrieved from server</li>
1417           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1418             starts up for first time</li>
1419           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1420             services</li>
1421           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1422             client library</li>
1423           <li>Examples directory and Groovy library included in
1424             InstallAnywhere distribution</li>
1425         </ul> <em>Applet</em>
1426         <ul>
1427           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1428             visualization applet example</li>
1429         </ul> <em>General</em>
1430         <ul>
1431           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1432           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1433             defaults</li>
1434           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1435             calculation</li>
1436           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1437             matrices
1438           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1439             in HTML</li>
1440           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1441             structure contacts</li>
1442           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1443           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1444           <li>Parse sequence associated secondary structure
1445             information in Stockholm files</li>
1446           <li>HTML Export database accessions and annotation
1447             information presented in tooltip for sequences</li>
1448           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1449             style RNA alignment files</li>
1450           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1451             alignment</li>
1452           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1453             shade each sequence according to its associated alignment
1454             annotation</li>
1455           <li>New Jalview Logo</li>
1456         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1457         <ul>
1458           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1459           <li>New Website!</li>
1460         </ul></td>
1461       <td><em>Application</em>
1462         <ul>
1463           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1464             wsdbfetch REST service</li>
1465           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1466           <li>Filetype associations not installed for webstart
1467             launch</li>
1468           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1469             job execution in full once it is complete</li>
1470           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1471             uploaded via ali_file parameter</li>
1472           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1473           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1474           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1475             submitted for prediction</li>
1476           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1477             desktop window</li>
1478           <li>Putting fractional value into integer text box in
1479             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1480           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1481             windows 7</li>
1482           <li>View all structures fails with exception shown in
1483             structure view</li>
1484           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1485             escaped in a platform independent way</li>
1486           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1487             using proxy</li>
1488           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1489             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1490           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1491             failure when java web start temporary file caching is
1492             disabled</li>
1493           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1494             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1495           <li>Errors during processing of command line arguments
1496             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1497           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1498             DAS sources in sequence fetcher</li>
1499           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1500             dialog is shown</li>
1501           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1502           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1503           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1504           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1505             on OSX Mountain Lion</li>
1506           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1507             sequences with alignment annotation are pasted into the
1508             alignment</li>
1509           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1510             when loaded from Jalview project</li>
1511           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1512           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1513             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1514           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1515             associated with all views</li>
1516           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1517             annotation rows to new window</li>
1518         </ul> <em>Applet</em>
1519         <ul>
1520           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1521             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1522           <li>loading features via javascript API automatically
1523             enables feature display</li>
1524           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1525             work</li>
1526         </ul> <em>General</em>
1527         <ul>
1528           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1529           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1530             and then deselected</li>
1531           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1532           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1533             coloured with clustalx</li>
1534           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1535             exceptions and redraw errors</li>
1536           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1537             reconfigured view</li>
1538           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1539             colour</li>
1540           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1541             for lots of labels</li>
1542         </ul>
1543     </tr>
1544     <tr>
1545       <td>
1546         <div align="center">
1547           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1548         </div>
1549       </td>
1550       <td><em>Application</em>
1551         <ul>
1552           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1553           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1554           <li>View/alignment association menu to enable user to
1555             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1556             its colours/correspondences from</li>
1557           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1558           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1559             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1560           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1561           <li>Annotation row column label formatting attributes
1562             stored in project file</li>
1563           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1564             rows preserved in Jalview project file</li>
1565           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1566             saved using Desktop window menu</li>
1567           <li>Visual indication that command line arguments are
1568             still being processed</li>
1569           <li>Groovy script execution from URL</li>
1570           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1571             preferences</li>
1572           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1573             alignment with sequences that have high similarity and
1574             matching IDs</li>
1575           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1576           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1577             structures in same window</li>
1578           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1579           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1580             analysis function in its own submenu</li>
1581         </ul> <em>Applet</em>
1582         <ul>
1583           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1584             groups</li>
1585           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1586           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1587           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1588           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1589           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1590             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1591           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1592           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1593             parameters are treated as such</li>
1594           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1595             <ul>
1596               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1597               <li>Javascript callbacks for
1598                 <ul>
1599                   <li>Applet initialisation</li>
1600                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1601                 </ul>
1602               </li>
1603               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1604                 functions</li>
1605               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1606               <li>javascript structure viewer harness to pass
1607                 messages between Jmol and Jalview when running as
1608                 distinct applets</li>
1609               <li>sortBy method</li>
1610               <li>Set of applet and application examples shipped
1611                 with documentation</li>
1612               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1613                 javascript message exchange</li>
1614             </ul>
1615         </ul> <em>General</em>
1616         <ul>
1617           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1618             multiple alignments</li>
1619           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1620           <li>User configurable link to enable redirects to a
1621             www.Jalview.org mirror</li>
1622           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1623           <li>Configurable newline string when writing alignment
1624             and other flat files</li>
1625           <li>Allow alignment annotation description lines to
1626             contain html tags</li>
1627         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1628         <ul>
1629           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1630             examples</li>
1631           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1632             using a web service before displaying the result in the
1633             Jalview desktop</li>
1634           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1635           <li>Ant target to publish example html files with applet
1636             archive</li>
1637           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1638           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1639         </ul></td>
1640       <td><em>Application</em>
1641         <ul>
1642           <li>User defined colourscheme throws exception when
1643             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1644           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1645             dialog for valid filename/format</li>
1646           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1647           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1648             P37173</li>
1649           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1650             which sequence is to be associated with the file</li>
1651           <li>Find All raises null pointer exception when query
1652             only matches sequence IDs</li>
1653           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1654           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1655             2.4 cannot be loaded</li>
1656           <li>Filetype associations not installed for webstart
1657             launch</li>
1658           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1659             with sequences in different alignments do not get coloured
1660             by their associated sequence</li>
1661           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1662             not preserved when project is loaded</li>
1663           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1664             stored in Jalview project</li>
1665           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1666             Jalview project</li>
1667           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1668           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1669             by conservation</li>
1670           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1671             created on new view</li>
1672           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1673             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1674           <li>Alignment quality not updated after alignment
1675             annotation row is hidden then shown</li>
1676           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1677             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1678           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1679             properly</li>
1680           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1681             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1682           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1683           <li>Structures imported from file and saved in project
1684             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1685           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1686             job execution in full once it is complete</li>
1687         </ul> <em>Applet</em>
1688         <ul>
1689           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1690             annotation rows are displayed</li>
1691           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1692             codebase</li>
1693           <li>View follows highlighting does not work for positions
1694             in sequences</li>
1695           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1696           <li>Export features raises exception when no features
1697             exist</li>
1698           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1699             for javascript api is modified when separator string
1700             provided as parameter</li>
1701           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1702             alignment with no existing selection</li>
1703           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1704             to applet&#39;s codebase</li>
1705           <li>Status bar not updated after finished searching and
1706             search wraps around to first result</li>
1707           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1708             several Jalview applets causes race conditions and memory
1709             leaks</li>
1710           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1711             not sent from Jmol in applet</li>
1712           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1713             applet API fatally hang browser</li>
1714         </ul> <em>General</em>
1715         <ul>
1716           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1717             position with wrapped view and hidden regions</li>
1718           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1719             with/without hidden columns</li>
1720           <li>Sequence length given in alignment properties window
1721             is off by 1</li>
1722           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1723             import PDB like structure files</li>
1724           <li>Positional search results are only highlighted
1725             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1726           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1727           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1728             given sequence position</li>
1729           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1730             output</li>
1731           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1732             from nucleotide chains correctly</li>
1733           <li>Structure colours not updated when tree partition
1734             changed in alignment</li>
1735           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1736             parsed in interleaved stockholm</li>
1737           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1738             state</li>
1739           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1740             properly</li>
1741           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1742             properly associated with their pdb files</li>
1743         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1744         <ul>
1745           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1746             ApplyCopyright tool</li>
1747         </ul></td>
1748     </tr>
1749     <tr>
1750       <td>
1751         <div align="center">
1752           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1753         </div>
1754       </td>
1755       <td><em>Application</em>
1756         <ul>
1757           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1758             contact web services</li>
1759           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1760             service job window</li>
1761           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1762         </ul></td>
1763       <td>
1764         <ul>
1765           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1766             pir file emitted by Jalview</li>
1767           <li>Existing feature settings transferred to new
1768             alignment view created from cut'n'paste</li>
1769           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1770             parsing PDB files</li>
1771           <li>Consensus and conservation annotation rows
1772             occasionally become blank for all new windows</li>
1773           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1774             in wrapped view mode</li>
1775         </ul> <em>Application</em>
1776         <ul>
1777           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1778             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1779           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1780             parameter names</li>
1781           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1782             is down</li>
1783         </ul>
1784       </td>
1785     </tr>
1786     <tr>
1787       <td>
1788         <div align="center">
1789           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1790         </div>
1791       </td>
1792       <td><em>Application</em>
1793         <ul>
1794           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1795             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1796             (JABAWS)
1797           </li>
1798           <li>Web Services preference tab</li>
1799           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1800             preferences</li>
1801           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1802           <li>Superpose structures using associated sequence
1803             alignment</li>
1804           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1805             viewer</li>
1806         </ul> <em>Applet</em>
1807         <ul>
1808           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1809             link out mechanism</li>
1810         </ul> <em>Other</em>
1811         <ul>
1812           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1813             series 12</li>
1814           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1815             require Java 1.5</li>
1816           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1817             sequence annotation files</li>
1818           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1819             type colour specification</li>
1820           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1821             script to check if it being run in an interactive session or
1822             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1823         </ul></td>
1824       <td>
1825         <ul>
1826           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1827             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1828         </ul> <em>Application</em>
1829         <ul>
1830           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1831             selected Regions menu item</li>
1832           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1833             part of a valid accession ID</li>
1834           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1835             runs out of memory</li>
1836           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1837             analysis results</li>
1838           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1839             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1840           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1841         </ul> <em>Applet</em>
1842         <ul>
1843           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1844             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1845             defined.</li>
1846         </ul>
1847       </td>
1848     </tr>
1849     <tr>
1850       <td>
1851         <div align="center">
1852           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1853         </div>
1854       </td>
1855       <td></td>
1856       <td>
1857         <ul>
1858           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1859             sequence IDs</li>
1860           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1861             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1862           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1863             import correctly</li>
1864           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1865             number of columns are hidden</li>
1866           <li>annotation label popup menu not providing correct
1867             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1868             present</li>
1869           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1870             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1871           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1872             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1873
1874         </ul> <em>Applet</em>
1875         <ul>
1876           <li>annotation panel disappears when annotation is
1877             hidden/removed</li>
1878         </ul> <em>Application</em>
1879         <ul>
1880           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1881             alignment opened where annotation panel is visible but no
1882             annotations are present on alignment</li>
1883           <li>pasted region containing hidden columns is
1884             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1885           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1886             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1887           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1888             selected Rregions menu item.</li>
1889           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1890             'Un' or 'Non'conserved</li>
1891           <li>Sequence feature settings are being shared by
1892             multiple distinct alignments</li>
1893           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1894             changed</li>
1895           <li>double click on group annotation to select sequences
1896             does not propagate to associated trees</li>
1897           <li>Mac OSX specific issues:
1898             <ul>
1899               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1900                 window background</li>
1901               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1902                 name set correctly</li>
1903               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1904                 save feature colourscheme button</li>
1905             </ul>
1906           </li>
1907         </ul>
1908       </td>
1909     </tr>
1910     <tr>
1911
1912       <td>
1913         <div align="center">
1914           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1915         </div>
1916       </td>
1917       <td><em>New Capabilities</em>
1918         <ul>
1919           <li>URL links generated from description line for
1920             regular-expression based URL links (applet and application)
1921
1922
1923
1924
1925
1926
1927           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1928             menu</li>
1929           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1930             structures</li>
1931           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1932             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1933           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1934             average score or total feature count for each sequence.</li>
1935           <li>Shading features by score or associated description</li>
1936           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1937             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1938           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1939             hide everything but the currently selected region.</li>
1940           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1941         </ul> <em>Application</em>
1942         <ul>
1943           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1944             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1945           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1946             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1947           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1948             database references and protein_name is parsed as
1949             description line (BioSapiens terms).</li>
1950           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1951             references in sequence ID tooltip from View menu in
1952             application.</li>
1953           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1954                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1955           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1956             conservation plots</li>
1957           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1958             and visualized as sequence logos</li>
1959           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1960             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1961           </li>
1962           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1963             when a new tree is opened.</li>
1964           <li>Jalview Java Console</li>
1965           <li>Better placement of desktop window when moving
1966             between different screens.</li>
1967           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1968             consensus annotation</li>
1969           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1970             Workflows</li>
1971           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1972             <ul>
1973               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1974                 used to preserve views, structures, and tree display
1975                 settings)</li>
1976               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1977                 command line</li>
1978               <li>Sharing of selected regions between views and
1979                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1980               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1981             </ul></li>
1982         </ul> <em>Applet</em>
1983         <ul>
1984           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1985           <li>New Parameters
1986             <ul>
1987               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1988                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1989                 opened.</li>
1990               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1991                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1992               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1993                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1994               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1995                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1996                 view</li>
1997               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1998                 increase the height or width of a cell in the alignment
1999                 grid relative to the current font size.</li>
2000             </ul>
2001           </li>
2002           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2003             tooltip</li>
2004         </ul> <em>Other</em>
2005         <ul>
2006           <li>Features format: graduated colour definitions and
2007             specification of feature scores</li>
2008           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2009             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2010             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2011           <li>XML formats extended to support graduated feature
2012             colourschemes, group associated annotation, and profile
2013             visualization settings.</li></td>
2014       <td>
2015         <ul>
2016           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2017             rather than description</li>
2018           <li>Non-positional features are now included in sequence
2019             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2020             visibility in tooltip).</li>
2021           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2022           <li>Added URL embedding instructions to features file
2023             documentation.</li>
2024           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2025             'X' in peptide product</li>
2026           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2027             sequence ID and sequence string and query strings do not
2028             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2029           <li>AMSA files only contain first column of
2030             multi-character column annotation labels</li>
2031           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2032             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2033             exported and re-imported)</li>
2034           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2035             name</li>
2036           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2037             as subsequence matches, and correctly reports total number
2038             of both.</li>
2039           <li>Application:
2040             <ul>
2041               <li>Better handling of exceptions during sequence
2042                 retrieval</li>
2043               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2044                 link text excludes the start_end suffix</li>
2045               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2046                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2047               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2048               <li>Sequence description lines properly shared via
2049                 VAMSAS</li>
2050               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2051                 data sources</li>
2052               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2053                 completes before alignment figures are generated.</li>
2054               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2055                 first time.</li>
2056               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2057                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2058               <li>User defined group colours properly recovered
2059                 from Jalview projects.</li>
2060             </ul>
2061           </li>
2062         </ul>
2063       </td>
2064
2065     </tr>
2066     <tr>
2067       <td>
2068         <div align="center">
2069           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2070         </div>
2071       </td>
2072       <td>
2073         <ul>
2074           <li>Experimental support for google analytics usage
2075             tracking.</li>
2076           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2077         </ul>
2078       </td>
2079       <td>
2080         <ul>
2081           <li>Race condition in applet preventing startup in
2082             jre1.6.0u12+.</li>
2083           <li>Exception when feature created from selection beyond
2084             length of sequence.</li>
2085           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2086           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2087             all sequences with a given id</li>
2088           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2089             ID string searches</li>
2090           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2091             alignment to fail with exception</li>
2092         </ul> <em>Application Issues</em>
2093         <ul>
2094           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2095           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2096             data sources</li>
2097         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2098         <ul>
2099           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2100             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2101           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2102             version (java class versioning error fixed)</li>
2103         </ul>
2104       </td>
2105     </tr>
2106     <tr>
2107       <td>
2108
2109         <div align="center">
2110           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2111         </div>
2112       </td>
2113       <td><em>User Interface</em>
2114         <ul>
2115           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2116             translation and protein products</li>
2117           <li>Linked highlighting of structure associated with
2118             residue mapping to codon position</li>
2119           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2120             and 'clear' button</li>
2121           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2122             Tools menu</li>
2123           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2124             numeric data in description line</li>
2125           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2126           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2127             of sequence</li>
2128         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2129         <ul>
2130           <li>JPred3 web service</li>
2131           <li>Prototype sequence search client (no public services
2132             available yet)</li>
2133           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2134             PFAM</li>
2135           <li>URL Links created for matching database cross
2136             references as well as sequence ID</li>
2137           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2138         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2139         <ul>
2140           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2141             databases</li>
2142           <li>Generalised database reference retrieval and
2143             validation to all fetchable databases</li>
2144           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2145             sequence command</li>
2146         </ul> <em>Import and Export</em>
2147         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2148         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2149           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2150         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2151           File</li>
2152         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2153           triplet as name of colourscheme</li>
2154         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2155         <ul>
2156           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2157           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2158             alignments (experimental)</li>
2159           <li>Create new or select existing session to join</li>
2160           <li>load and save of vamsas documents</li>
2161         </ul> <em>Application command line</em>
2162         <ul>
2163           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2164             from applet)</li>
2165           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2166             of DAS servers to query for alignment features</li>
2167           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2168             that are also automatically queried for features</li>
2169           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2170             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2171         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2172         <ul>
2173           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2174             application (when using &quot;View in full
2175             application&quot;)</li>
2176         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2177         <ul>
2178           <li>feature group display control parameter</li>
2179           <li>debug parameter</li>
2180           <li>showbutton parameter</li>
2181         </ul> <em>Applet API methods</em>
2182         <ul>
2183           <li>newView public method</li>
2184           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2185           <li>Feature display control methods</li>
2186           <li>get list of currently selected sequences</li>
2187         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2188         <ul>
2189           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2190           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2191             Jalview release.</li>
2192           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2193             property controls execution of obfuscator</li>
2194           <li>Build target for generating source distribution</li>
2195           <li>Debug flag for javacc</li>
2196           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2197             jalview.bin.Cache</li>
2198           <li>Continuous Build Integration for stable and
2199             development version of Application, Applet and source
2200             distribution</li>
2201         </ul></td>
2202       <td>
2203         <ul>
2204           <li>selected region output includes visible annotations
2205             (for certain formats)</li>
2206           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2207             for editing</li>
2208           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2209           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2210           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2211           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2212             comments</li>
2213           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2214             filenames containing a ':'</li>
2215           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2216             global sequence features</li>
2217           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2218             references from alignment sequences goes to zero</li>
2219           <li>Close of tree branch colour box without colour
2220             selection causes cascading exceptions</li>
2221           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2222           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2223             file parsing fails.</li>
2224           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2225           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2226             not a valid output format</li>
2227           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2228             vamsas</li>
2229           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2230           <li>error messages passed up and output when data read
2231             fails</li>
2232           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2233             sequence is edited</li>
2234           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2235             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2236           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2237             filetype</li>
2238           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2239             import fixed for PFAM records</li>
2240           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2241             window list</li>
2242           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2243             can be read and written correctly to annotation file</li>
2244           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2245             correctly</li>
2246           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2247             non-italic font for representatives in Applet</li>
2248           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2249             Macs.</li>
2250           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2251             Applet)</li>
2252           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2253             due to null pointer exceptions</li>
2254           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2255             first column of alignment</li>
2256           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2257             July 2008</li>
2258           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2259             file is case-insensitive</li>
2260           <li>Sequence features read from Features file appended to
2261             all sequences with matching IDs</li>
2262           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2263             containing a sub-sequence</li>
2264           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2265           <li>feature and annotation file applet parameters
2266             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2267           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2268           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2269             splash-screen version check to complete</li>
2270           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2271             when passing them to the launchApp service</li>
2272           <li>display name and local features preserved in results
2273             retrieved from web service</li>
2274           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2275             sequence fetcher initialisation</li>
2276           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2277             dasobert DAS client</li>
2278           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2279             association</li>
2280           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2281             sequences
2282           </li>
2283         </ul>
2284       </td>
2285     </tr>
2286     <tr>
2287       <td>
2288         <div align="center">
2289           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2290         </div>
2291       </td>
2292       <td>
2293         <ul>
2294           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2295           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2296           <li>Slide sequences</li>
2297           <li>Edit sequence in place</li>
2298           <li>EMBL CDS features</li>
2299           <li>DAS Feature mapping</li>
2300           <li>Feature ordering</li>
2301           <li>Alignment Properties</li>
2302           <li>Annotation Scores</li>
2303           <li>Sort by scores</li>
2304           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2305         </ul>
2306       </td>
2307       <td>
2308         <ul>
2309           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2310           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2311           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2312           <li>Feature group display state in XML</li>
2313           <li>Feature ordering in XML</li>
2314           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2315           <li>Stockholm alignment properties</li>
2316           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2317           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2318           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2319           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2320         </ul>
2321       </td>
2322
2323     </tr>
2324     <tr>
2325       <td>
2326         <div align="center">
2327           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2328         </div>
2329       </td>
2330       <td>
2331         <ul>
2332           <li>Non standard characters can be read and displayed
2333           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2334             applet via textbox
2335           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2336             name &amp; description
2337           <li>Preference setting to display sequence name in
2338             italics
2339           <li>Annotation file format extended to allow
2340             Sequence_groups to be defined
2341           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2342             specified in preferences
2343           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2344             sequences
2345         </ul>
2346       </td>
2347       <td>
2348         <ul>
2349           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2350             installed
2351           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2352           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2353         </ul>
2354       </td>
2355     </tr>
2356     <tr>
2357       <td>
2358         <div align="center">
2359           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2360         </div>
2361       </td>
2362       <td>
2363         <ul>
2364           <li>Multiple views on alignment
2365           <li>Sequence feature editing
2366           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2367           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2368           <li>Background dependent text colour
2369           <li>Right align sequence ids
2370           <li>User-defined lower case residue colours
2371           <li>Format Menu
2372           <li>Select Menu
2373           <li>Menu item accelerator keys
2374           <li>Control-V pastes to current alignment
2375           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2376           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2377           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2378
2379
2380
2381
2382
2383
2384           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2385         </ul>
2386       </td>
2387       <td>
2388         <ul>
2389           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2390           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2391             calculations
2392           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2393             edits
2394           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2395             of alignment)
2396           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2397
2398
2399
2400
2401
2402
2403           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2404             display correctly
2405           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2406           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2407             analysis results
2408           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2409             &#8739;
2410           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2411           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2412           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2413
2414
2415
2416
2417
2418
2419         </ul>
2420       </td>
2421     </tr>
2422     <tr>
2423       <td>
2424         <div align="center">
2425           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2426         </div>
2427       </td>
2428       <td>
2429         <ul>
2430           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2431         </ul>
2432       </td>
2433       <td>
2434         <ul>
2435           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2436             sequence id panel has been resized</li>
2437           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2438             rendered</li>
2439           <li>Annotation files with sequence references - all
2440             elements in file are relative to sequence position</li>
2441           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2442         </ul>
2443       </td>
2444     </tr>
2445     <tr>
2446       <td>
2447         <div align="center">
2448           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2449         </div>
2450       </td>
2451       <td>
2452         <ul>
2453           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2454           <li>DAS Feature fetching</li>
2455           <li>Hide sequences and columns</li>
2456           <li>Export Annotations and Features</li>
2457           <li>GFF file reading / writing</li>
2458           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2459             files</li>
2460           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2461           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2462           <li>Applet can launch the full application</li>
2463           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2464             required)</li>
2465           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2466           <li>Applet can load sequences from parameter
2467             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2468           </li>
2469         </ul>
2470       </td>
2471       <td>
2472         <ul>
2473           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2474           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2475           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2476         </ul>
2477       </td>
2478     </tr>
2479     <tr>
2480       <td>
2481         <div align="center">
2482           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2483         </div>
2484       </td>
2485       <td>
2486         <ul>
2487           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2488           <li>Choose to match case when searching</li>
2489           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2490             expand the visible width and height of the alignment</li>
2491         </ul>
2492       </td>
2493       <td>
2494         <ul>
2495           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2496         </ul>
2497       </td>
2498     </tr>
2499     <tr>
2500       <td>
2501         <div align="center">
2502           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2503         </div>
2504       </td>
2505       <td>&nbsp;</td>
2506       <td>
2507         <ul>
2508           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2509           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2510             value</li>
2511         </ul>
2512       </td>
2513     </tr>
2514     <tr>
2515       <td>
2516         <div align="center">
2517           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2518         </div>
2519       </td>
2520       <td>
2521         <ul>
2522           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2523           <li>Keyboard editing</li>
2524           <li>Create sequence features from searches</li>
2525           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2526             alignments</li>
2527           <li>Features file allows grouping of features</li>
2528           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2529           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2530           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2531         </ul>
2532       </td>
2533       <td>
2534         <ul>
2535           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2536           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2537             descriptions saved.</li>
2538         </ul>
2539       </td>
2540     </tr>
2541     <tr>
2542       <td>
2543         <div align="center">
2544           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2545         </div>
2546       </td>
2547       <td>
2548         <ul>
2549           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2550           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2551           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2552             name for file output</li>
2553           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2554           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2555             used for HTML form input</li>
2556         </ul>
2557       </td>
2558       <td>
2559         <ul>
2560           <li>HTML output writes groups and features</li>
2561           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2562           <li>File IO bugs</li>
2563         </ul>
2564       </td>
2565     </tr>
2566     <tr>
2567       <td>
2568         <div align="center">
2569           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2570         </div>
2571       </td>
2572       <td>
2573         <ul>
2574           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2575           <li>More options for PCA viewer</li>
2576         </ul>
2577       </td>
2578       <td>
2579         <ul>
2580           <li>GUI bugs resolved</li>
2581           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2582         </ul>
2583       </td>
2584     </tr>
2585     <tr>
2586       <td height="63">
2587         <div align="center">
2588           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2589         </div>
2590       </td>
2591       <td>
2592         <ul>
2593           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2594           <li>Jar files are executable</li>
2595           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2596         </ul>
2597       </td>
2598       <td>
2599         <ul>
2600           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2601           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2602           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2603         </ul>
2604       </td>
2605     </tr>
2606     <tr>
2607       <td>
2608         <div align="center">
2609           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2610         </div>
2611       </td>
2612       <td>
2613         <ul>
2614           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2615         </ul>
2616       </td>
2617       <td>
2618         <ul>
2619           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2620         </ul>
2621       </td>
2622     </tr>
2623     <tr>
2624       <td>
2625         <div align="center">
2626           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2627         </div>
2628       </td>
2629       <td>
2630         <ul>
2631           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2632             size</li>
2633         </ul>
2634       </td>
2635       <td>
2636         <ul>
2637           <li>Improved JPred client reliability</li>
2638           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2639         </ul>
2640       </td>
2641     </tr>
2642     <tr>
2643       <td>
2644         <div align="center">
2645           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2646         </div>
2647       </td>
2648       <td>
2649         <ul>
2650           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2651           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2652           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2653             to Colour Menu</li>
2654           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2655           <li>Unix users can set default web browser</li>
2656           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2657           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2658         </ul>
2659       </td>
2660       <td>
2661         <ul>
2662           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2663         </ul>
2664       </td>
2665     </tr>
2666     <tr>
2667       <td>
2668         <div align="center">
2669           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2670         </div>
2671       </td>
2672       <td>&nbsp;</td>
2673       <td>
2674         <ul>
2675           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2676             alignment order.</li>
2677         </ul>
2678       </td>
2679     </tr>
2680     <tr>
2681       <td>
2682         <div align="center">
2683           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2684         </div>
2685       </td>
2686       <td>
2687         <ul>
2688           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2689           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2690           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2691             annotations.</li>
2692           <li>Version and build date written to build properties
2693             file.</li>
2694           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2695             at launch of Jalview.</li>
2696         </ul>
2697       </td>
2698       <td>
2699         <ul>
2700           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2701           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2702           <li>Can remove groups one by one.</li>
2703           <li>Filechooser icons installed.</li>
2704           <li>Finder ignores return character when searching.
2705             Return key will initiate a search.<br>
2706           </li>
2707         </ul>
2708       </td>
2709     </tr>
2710     <tr>
2711       <td>
2712         <div align="center">
2713           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2714         </div>
2715       </td>
2716       <td>
2717         <ul>
2718           <li>New codebase</li>
2719         </ul>
2720       </td>
2721       <td>&nbsp;</td>
2722     </tr>
2723   </table>
2724   <p>&nbsp;</p>
2725 </body>
2726 </html>