help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>04/10/2016</em></strong>
  51         </div>
  52       </td>
  53       <td><em>General</em>
  54         <ul>
  55             <li><!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and better PDB parsing.</li>
  56             <li><!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to reference sequence</li>
  57             <li><!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when mousing over sequence associated annotation</li>
  58             <li><!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket' for manual entry</li>
  59             <li><!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations for each column</li>
  60             <li><!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for showing or hiding columns containing a feature</li>
  61             <li><!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on group and sequence associated annotation labels</li>
  62             <li><!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in select/hide columns by annotation and colour by annotation dialogs</li>
  63
  64         </ul> <em>Application</em>
  65         <ul>
  66             <li><!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a gene/transcript view</li>
  67             <li><!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search dialog</li>
  68             <li><!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database</li>
  69             <li><!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and Pfam sources to xfam.org</li>
  70             <li><!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher</li>
  71             <li><!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing over sequences in Jalview</li>
  72             <li><!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding regions in ENA and EMBL</li>
  73             <li><!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2 for record retrieval via ENA rest API</li>
  74             <li><!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse complement operator</li>
  75             <li><!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster groovy script execution</li>
  76             <li><!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an alignment window's Calculate menu</li>
  77             <li><!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode</li>
  78             <li><!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment calculation workers from groovy scripts</li>
  79             <li><!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in Jalview projects</li>
  80             <li><!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB associations are now saved/restored from project</li>
  81             <li><!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown before sequence fetcher is opened</li>
  82             <li><!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's database chooser opens a sequence fetcher</li>
  83             <li><!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using the UniProt REST API</li>
  84             <li><!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent the news reader opening</li>
  85             <li><!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot querying stored in preferences</li>
  86             <li><!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot search results</li>
  87             <li><!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser</li>
  88             <li><!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate menu for nucleotide sequences</li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores and feature counts preserves alignment ordering (and debugged for complex feature sets).
  91             </li>
  92             <li>
  93               <!-- -->
  94             </li>
  95             <li>
  96               <!-- JAL- -->
  97             </li>
  98             <li>
  99               <!-- JAL- -->
 100             </li>
 101             <li>
 102               <!-- JAL- -->
 103             </li>
 104
 105
 106         </ul> <em>Applet</em>
 107         <ul>
 108             <li><!-- JAL---></li>
 109         </ul></td>
 110       <td>
 111         <div align="left">
 112           <em>General</em>
 113           <ul>
 114             <li><!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up menu on OSX</li>
 115             <li><!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again) includes graduated colourschemes</li>
 116             <li><!-- JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when working with big alignments and lots of hidden columns</li>
 117             <li><!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered at right of alignment window</li>
 118             <li><!-- JAL-2067, JAL-  -->Tidied up links in help file table of contents</li>
 119             <li><!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown for DNA alignments</li>
 120             <li><!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature based tree calculation</li>
 121             <li><!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show unconserved enabled for group on alignment</li>
 122             <li><!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when set as reference</li>
 123             <li><!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over annotation</li>
 124             <li><!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when hidden columns present</li>
 125             <li><!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when user created annotation added to alignment</li>
 126             <li><!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for '()' base pair annotation</li>
 127             <li><!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results in zero scores for all base pairs in RNA Structure Consensus</li>
 128             <li><!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing feature not working</li>
 129             <li><!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at beginning of sequence</li>
 130             <li><!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb entry 3a6s </li>
 131             <li><!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from from a tree when t-coffee scores are shown</li>
 132             <li><!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB structures with chains containing negative resnums (4q4h)</li>
 133             <li><!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing some structures</li>
 134             <li><!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added to Clustal, PIR and PileUp output</li>
 135             <li><!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are not visible causes alignment window to repaint</li>
 136             <li>
 137               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 138               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 139               scores associated with features and annotation rows
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 143               calculation should be case independent
 144             </li>
 145             <li>
 146               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 147               columns
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa, exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw problems when reference sequence defined and 'show non-conserved' enabled
 154             </li>
 155             <li>
 156               <!-- JAL- -->
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL- -->
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL- -->
 163             </li>
 164           </ul>
 165           <em>Application</em>
 166           <ul>
 167             <li><!-- JAL-1944 not yet fixed Error thrown when exporting a view with hidden sequences as flat-file alignment--></li>
 168             <li><!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML output when running on non-gb/us i18n platforms</li>
 169             <li><!-- JAL-1552-->URLs and links can imported by drag'n'drop on OSX webstart</li>
 170             <li><!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when launching Chimera</li>
 171             <li><!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart (also hotfix for 2.9.0b2)</li>
 172             <li><!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a reference sequence defined</li>
 173             <li><!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other alignments and views when revealing hidden columns</li>
 174             <li><!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement view in a cDNA/Protein splitframe</li>
 175             <li><!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative sequence from project when only one sequence is represented</li>
 176             <li><!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option in Structure Chooser</li>
 177             <li><!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or structure consensus didn't refresh annotation panel</li>
 178             <li><!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows mappings between sequence and all chains in a PDB file</li>
 179             <li><!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS dialogs format columns correctly, don't display array data, sort columns according to type</li>
 180             <li><!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination file chooser is cancelled during an image export </li>
 181             <li><!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with sequence name containing special characters</li>
 182             <li><!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be case insensitive</li>
 183             <li><!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML formatting don't wrap</li>
 184             <li><!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are truncated so L looks like I in consensus annotation</li>
 185             <li><!-- JAL-2003 -->Export features should only export the currently displayed features for the current selection or view</li>
 186             <li><!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu after fetching cross-references</li>
 187             <li><!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not followed in the structure viewer</li>
 188             <li><!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in splitframe not restored from project</li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at trailing end of protein alignment in transcript/product splitview when pad-gaps not enabled by default
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation is case dependent
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last article has been read (reopened issue due to internationalisation problems)
 197             </li>
 198             <li><!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure viewer based on sequence name, PDB and Uniprot cross-references</li>
 199
 200             <li>
 201               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of alignment as HTML
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence data from external database records.
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after multiple structures are shown for one or more sequences.
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option is enabled.
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering specific PDB id for sequence
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when 'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden columns' is disabled.
 217             </li>
 218             <li><!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser selects lowest rather than highest resolution structures for each sequence</li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB to sequence mapping in 'View Mappings' report
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL- -->
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL- -->
 227             </li>
 228
 229             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941 /> RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 230           </ul>
 231           <em>Applet</em>
 232           <ul>
 233             <li><!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when hidden columns present before start of sequence</li>
 234             <li><!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages (JSON jars)</li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when sequences are hidden in applet
 237             </li>
 238             <li><!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet deployment on examples pages.
 239             </li>
 240           </ul>
 241         </div>
 242       </td>
 243     </tr>
 244     <tr>
 245       <td width="60" nowrap>
 246         <div align="center">
 247           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 248             <em>16/10/2015</em></strong>
 249         </div>
 250       </td>
 251       <td><em>General</em>
 252         <ul>
 253           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 254             jars</li>
 255         </ul></td>
 256       <td>
 257         <div align="left">
 258           <em>Application</em>
 259           <ul>
 260             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 261               shown when tree is partitioned</li>
 262             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 263               multiple cDNA/Protein split views</li>
 264           </ul>
 265         </div>
 266       </td>
 267     </tr>
 268     <tr>
 269       <td width="60" nowrap>
 270         <div align="center">
 271           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 272             <em>8/10/2015</em></strong>
 273         </div>
 274       </td>
 275       <td><em>General</em>
 276         <ul>
 277           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 278             2.9</li>
 279         </ul> <em>Application</em>
 280       <ul>
 281           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 282           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 283           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 284         </ul> <em>Applet</em>
 285         <ul>
 286           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 287         </ul></td>
 288       <td>
 289         <div align="left">
 290           <em>General</em>
 291           <ul>
 292             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 293               incorrect when sequence start > 1</li>
 294             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 295               documentation</li>
 296             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 297             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 298               loading a features file containing HTML tags in feature
 299               description</li>
 300
 301           </ul>
 302           <em>Application</em>
 303           <ul>
 304             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 305               reimport</li>
 306             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 307               with 'trim retrieved sequences'</li>
 308             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 309               deleting selected columns</li>
 310             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 311               JNLP templates for webstart launch</li>
 312             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 313               unreleased structures for download or viewing</li>
 314             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 315               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 316             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 317               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 318             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 319               recovered from jalview project</li>
 320             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 321               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 322               alignment view</li>
 323             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 324               color schemes from BioJSON</li>
 325           </ul>
 326           <em>Applet</em>
 327           <ul>
 328             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 329               frame</li>
 330             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 331           </ul>
 332         </div>
 333       </td>
 334     </tr>
 335     <tr>
 336       <td><div align="center">
 337           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 338         </div></td>
 339       <td><em>General</em>
 340         <ul>
 341           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 342             alignments:
 343             <ul>
 344               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 345                 and DNA alignment views</li>
 346               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 347                 cDNA alignment views</li>
 348               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 349                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 350               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 351                 protein sequences</li>
 352             </ul>
 353           </li>
 354           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 355           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 356             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 357           <li>New alignment annotation file statements for
 358             reference sequences and marking hidden columns</li>
 359           <li>Reference sequence based alignment shading to
 360             highlight variation</li>
 361           <li>Select or hide columns according to alignment
 362             annotation</li>
 363           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 364           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 365             acid conservation row</li>
 366           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 367         </ul> <em>Application</em>
 368         <ul>
 369           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 370             <ul>
 371               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 372                 view with cDNA/Protein</li>
 373               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 374                 sequences are placed in the same alignment</li>
 375               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 376                 projects</li>
 377             </ul>
 378           </li>
 379
 380           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 381           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 382             Jalview windows</li>
 383
 384           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 385           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 386           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 387             be shown in VARNA</li>
 388
 389           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 390             as the active selected region</li>
 391
 392           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 393             similarity</li>
 394           <li>New Export options
 395             <ul>
 396               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 397                 region export in flat file generation</li>
 398
 399               <li>Export alignment views for display with the <a
 400                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 401
 402               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 403               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 404                 alignment figures to HTML</li>
 405           </li>
 406           <li>3D structure retrieval and display
 407             <ul>
 408               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 409                 Search API</li>
 410               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 411                 PDB structures for a sequence set</li>
 412             </ul>
 413           </li>
 414
 415           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 416             predictions</li>
 417           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 418             for one or a group of sequences</li>
 419           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 420             from the JPred4 web server</li>
 421           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 422             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 423             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 424           </li>
 425           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 426             VARNA 2D Structure'</li>
 427           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 428             Structure ..."</li>
 429
 430         </ul> <em>Applet</em>
 431         <ul>
 432           <li>New layout for applet example pages</li>
 433           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 434             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 435           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 436             Protein alignments</li>
 437         </ul> <em>Development and deployment</em>
 438         <ul>
 439           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 440           <li>Include installation type and git revision in build
 441             properties and console log output</li>
 442           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 443             storing BioJsMSA Templates</li>
 444           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 445         </ul></td>
 446       <td>
 447         <!-- <em>General</em>
 448         <ul>
 449         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 450         <ul>
 451           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 452           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 453           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 454             predictions are not highlighted in amber</li>
 455           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 456             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 457           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 458             associated structure views</li>
 459           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 460             width checkbox not enabled</li>
 461           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 462             creating user defined colours</li>
 463           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 464             mappings for just that viewer's sequences</li>
 465           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 466             multiple models in Chimera</li>
 467           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 468             over Jmol structure</li>
 469           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 470             output to text box</li>
 471           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 472             have incorrect sequence start/end</li>
 473           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 474             Jalview fails</li>
 475           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 476             work for nucleotide</li>
 477           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 478             to a grey/invisible alignment window</li>
 479           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 480             imports to different position</li>
 481           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 482             on some platforms</li>
 483           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 484             populated</li>
 485           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 486             console if Chimera has been opened</li>
 487           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 488           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 489             retrieved</li>
 490           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 491           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 492             either sequence shows on first structure</li>
 493           <li>'Show annotations' options should not make
 494             non-positional annotations visible</li>
 495           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 496             in right place after 'view flanking regions'</li>
 497           <li>File Save As type unset when current file format is
 498             unknown</li>
 499           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 500             projects</li>
 501           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 502             responsive</li>
 503           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 504             several views on same alignment</li>
 505           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 506           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 507             spaces</li>
 508         </ul> <em>Applet</em>
 509         <ul>
 510           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 511           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 512             descriptions containing angle brackets</li>
 513         </ul> <em>General</em>
 514         <ul>
 515           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 516             via jalview annotation file</li>
 517           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 518             with RNA secondary structure</li>
 519           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 520             translation doesn't work.</li>
 521           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 522           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 523             positions</li>
 524           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 525             choosing 1pt font</li>
 526           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 527             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 528             'h'</li>
 529           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 530             new feature</li>
 531           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 532             order dependent</li>
 533           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 534             sequences</li>
 535           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 536         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 537         <ul>
 538           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 539             www.jalview.org</li>
 540         </ul> <em>Application Known issues</em>
 541         <ul>
 542           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 543           <li>Misleading message appears after trying to delete
 544             solid column.</li>
 545           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 546             version launches</li>
 547           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 548             fails with a sequence mismatch</li>
 549           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 550             scrolling alignment to right</li>
 551           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 552             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 553           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 554             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 555           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 556             ultra-high resolution</li>
 557           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 558             quality and conservation</li>
 559           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 560             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 561         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 562         <ul>
 563           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 564           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 565             window is being resized</li>
 566
 567         </ul>
 568       </td>
 569     </tr>
 570     <tr>
 571       <td><div align="center">
 572           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 573         </div></td>
 574       <td><em>General</em>
 575         <ul>
 576           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 577             Certum.PL.</li>
 578           <li>Features and annotation preserved when performing
 579             pairwise alignment</li>
 580           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 581             imported/exported/displayed</li>
 582           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 583             protein secondary structure</li>
 584           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 585               post-hoc with 2.9 release</em>)
 586           </li>
 587
 588         </ul> <em>Application</em>
 589         <ul>
 590           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 591             with 3D structures</li>
 592           <li>Support for parsing RNAML</li>
 593           <li>Annotations menu for layout
 594             <ul>
 595               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 596               <li>place sequence annotation above/below alignment
 597                 annotation</li>
 598             </ul>
 599           <li>Output in Stockholm format</li>
 600           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 601             translation</li>
 602           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 603           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 604             shared between alignments</li>
 605           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 606             Jalview</li>
 607           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 608             all or current selection</li>
 609           <li>disorder and secondary structure predictions
 610             available as dataset annotation</li>
 611           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 612
 613
 614           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 615             alignments from Rfam</li>
 616           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 617
 618           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 619             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 620           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 621           <li>include installation type in build properties and
 622             console log output</li>
 623           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 624             annotation</li>
 625         </ul></td>
 626       <td>
 627         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 628         <ul>
 629           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 630             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 631           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 632             alignment</li>
 633           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 634           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 635           <li>Double click on sequence associated annotation
 636             selects only first column</li>
 637           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 638             leaves shown in tree</li>
 639           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 640             properly</li>
 641           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 642           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 643             screen and buttons not visible</li>
 644           <li>author list isn't updated if already written to
 645             Jalview properties</li>
 646           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 647             from database</li>
 648           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 649           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 650             browser search window</li>
 651           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 652             in feature settings dialog</li>
 653           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 654             desktop</li>
 655           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 656             pass validation</li>
 657           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 658             fit on screen</li>
 659           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 660             tooltip</li>
 661           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 662             defined user preset</li>
 663           <li>MSA web services warns user if they were launched
 664             with invalid input</li>
 665           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 666             Java 8</li>
 667           <li>
 668             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 669             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 670             created
 671           </li>
 672
 673         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 674                                 <ul>
 675                                 </ul> <em>General</em>
 676                                 <ul>
 677                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 678         <ul>
 679           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 680             memory allocation</li>
 681           <li>launchApp service doesn't automatically open
 682             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 683           <li>
 684             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 685             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 686             1.7_055 is available
 687           </li>
 688         </ul> <em>Application Known issues</em>
 689         <ul>
 690           <li>
 691             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 692             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 693             alignment to right
 694           </li>
 695           <li>
 696             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 697             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 698             with large number of ID
 699           </li>
 700           <li>
 701             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 702             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 703             start/end
 704           </li>
 705           <li>
 706             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 707             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 708             structure tracks are rearranged
 709           </li>
 710           <li>
 711             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 712             invalid rna structure positional highlighting does not
 713             highlight position of invalid base pairs
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 717             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 718             project from alignment window file menu
 719           </li>
 720           <li>
 721             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 722             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 723             structures
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 727             colour by RNA Helices not enabled when user created
 728             annotation added to alignment
 729           </li>
 730           <li>
 731             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
 732             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
 733           </li>
 734         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 735         <ul>
 736           <li>
 737             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
 738             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
 742             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
 743           </li>
 744
 745           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
 746             when selected</li>
 747         </ul>
 748       </td>
 749     </tr>
 750     <tr>
 751       <td><div align="center">
 752           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
 753         </div></td>
 754       <td>
 755         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
 756         <em>General</em>
 757         <ul>
 758           <li>Internationalisation of user interface (usually
 759             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
 760           <li>Define/Undefine group on current selection with
 761             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
 762           <li>Improved group creation/removal options in
 763             alignment/sequence Popup menu</li>
 764           <li>Sensible precision for symbol distribution
 765             percentages shown in logo tooltip.</li>
 766           <li>Annotation panel height set according to amount of
 767             annotation when alignment first opened</li>
 768         </ul> <em>Application</em>
 769         <ul>
 770           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
 771             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
 772           <li>Select columns containing particular features from
 773             Feature Settings dialog</li>
 774           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
 775             sequences</li>
 776           <li>Update Jalview project format:
 777             <ul>
 778               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
 779               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
 780                 store secondary structure annotation,etc)</li>
 781               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
 782                 colouring</li>
 783             </ul>
 784           </li>
 785           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
 786             (PAM250)</li>
 787           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
 788             flanking regions for an alignment</li>
 789         </ul>
 790       </td>
 791       <td>
 792         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 793         <ul>
 794           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
 795             running after job is cancelled</li>
 796           <li>cannot export features from alignments imported from
 797             Jalview/VAMSAS projects</li>
 798           <li>Buggy slider for web service parameters that take
 799             float values</li>
 800           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
 801             have 'display all symbols' flag set</li>
 802           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
 803             annotation shading not saved in Jalview project</li>
 804           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
 805             Jalview</li>
 806           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
 807             Lion/Webstart</li>
 808           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
 809           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
 810           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
 811             alignment onto desktop</li>
 812           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
 813             'extract scores' function</li>
 814           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
 815             alignment window</li>
 816           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
 817             performing IUPred disorder prediction</li>
 818           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
 819             changing 'normalise logo' display setting</li>
 820           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
 821             nothing matches query</li>
 822           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
 823             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
 824           </li>
 825           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
 826             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
 827           </li>
 828           <li>Not all working JABAWS services are shown in
 829             Jalview's menu</li>
 830           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
 831             'invalid literal/length code'</li>
 832           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
 833             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
 834           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
 835             colourscheme</li>
 836
 837         </ul> <em>Applet</em>
 838         <ul>
 839           <li>Remove group option is shown even when selection is
 840             not a group</li>
 841           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
 842             don't affect groups</li>
 843           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
 844             colourscheme name</li>
 845           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
 846             Annotation panel is not displayed</li>
 847           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
 848             embedded windows</li>
 849         </ul> <em>Other</em>
 850         <ul>
 851           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
 852             single sequence were not calculated</li>
 853           <li>annotation files that contain only groups imported as
 854             annotation and junk sequences</li>
 855           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
 856             recognised as PFAM or BLC</li>
 857           <li>conservation/PID slider apply all groups option
 858             doesn't affect background (2.8.0b1)
 859           <li></li>
 860           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
 861           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
 862             trailing gaps</li>
 863           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
 864             registered correctly on import</li>
 865           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
 866             certain alignments</li>
 867           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
 868             existing annotation based 'use original colours'
 869             colourscheme loses original colours setting</li>
 870         </ul>
 871       </td>
 872     </tr>
 873     <tr>
 874       <td><div align="center">
 875           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
 876             <em>30/1/2014</em></strong>
 877         </div></td>
 878       <td>
 879         <ul>
 880           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
 881             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
 882             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
 883             open source project).
 884           </li>
 885           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
 886           </li>
 887           <li>Output in Stockholm format</li>
 888           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
 889           <li>Export/import group and sequence associated line
 890             graph thresholds</li>
 891           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
 892             ambiguity codes</li>
 893           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
 894             selection (or visible selection) in the same way that JPred
 895             works</li>
 896           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
 897         </ul> <em>Other improvements</em>
 898         <ul>
 899           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
 900           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
 901             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
 902           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
 903             files</li>
 904           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
 905           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
 906             link but no description</li>
 907           <li>Select primary source when selecting authority in
 908             database fetcher GUI</li>
 909           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
 910             Jalview</li>
 911           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
 912         </ul>
 913       </td>
 914       <td>
 915         <ul>
 916           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
 917             displayed</li>
 918           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
 919             secondary structure annotation line</li>
 920           <li>Sequence database accessions not imported when
 921             fetching alignments from Rfam</li>
 922           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
 923             identical IDs</li>
 924           <li>View all structures does not always superpose
 925             structures</li>
 926           <li>Option widgets in service parameters not updated to
 927             reflect user or preset settings</li>
 928           <li>Null pointer exceptions for some services without
 929             presets or adjustable parameters</li>
 930           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
 931             discover PDB xRefs</li>
 932           <li>Exception encountered while trying to retrieve
 933             features with DAS</li>
 934           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
 935             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
 936           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
 937             residue follows a gap</li>
 938           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
 939             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
 940           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
 941             shown in wrap mode when no annotations present</li>
 942           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
 943             annotation already exists on alignment</li>
 944           <li>oninit javascript function should be called after
 945             initialisation completes</li>
 946           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
 947             alignment window display</li>
 948           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
 949           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
 950             to annotation file</li>
 951           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
 952             groups created</li>
 953           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
 954             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
 955           <li>Pressing return several times causes Number Format
 956             exceptions in keyboard mode</li>
 957           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
 958             correct partitions for input data</li>
 959           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
 960           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
 961           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
 962           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
 963             mode</li>
 964           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
 965             changes one row&#39;s threshold</li>
 966           <li>Preferences and Feature settings panel panel
 967             doesn&#39;t open</li>
 968           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
 969             quality histograms</li>
 970         </ul>
 971       </td>
 972     </tr>
 973     <tr>
 974       <td><div align="center">
 975           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
 976         </div></td>
 977       <td><em>Application</em>
 978         <ul>
 979           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
 980             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
 981           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
 982             preferences</li>
 983           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
 984             in Jalview alignment window</li>
 985           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
 986             mountain lion, windows 7, and 8</li>
 987           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
 988             RNA and ambiguity codes</li>
 989
 990           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
 991           <li>Support fetching and database reference look up
 992             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
 993             refs')</li>
 994           <li>Jalview project improvements
 995             <ul>
 996               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
 997                 flag for annotation</li>
 998               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
 999                 alignment</li>
1000               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1001                 Jalview project</li>
1002
1003             </ul>
1004           </li>
1005           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1006           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1007             running</li>
1008           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1009           <li>visual indication that web service results are still
1010             being retrieved from server</li>
1011           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1012             starts up for first time</li>
1013           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1014             services</li>
1015           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1016             client library</li>
1017           <li>Examples directory and Groovy library included in
1018             InstallAnywhere distribution</li>
1019         </ul> <em>Applet</em>
1020         <ul>
1021           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1022             visualization applet example</li>
1023         </ul> <em>General</em>
1024         <ul>
1025           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1026           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1027             defaults</li>
1028           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1029             calculation</li>
1030           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1031             matrices
1032           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1033             in HTML</li>
1034           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1035             structure contacts</li>
1036           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1037           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1038           <li>Parse sequence associated secondary structure
1039             information in Stockholm files</li>
1040           <li>HTML Export database accessions and annotation
1041             information presented in tooltip for sequences</li>
1042           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1043             style RNA alignment files</li>
1044           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1045             alignment</li>
1046           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1047             shade each sequence according to its associated alignment
1048             annotation</li>
1049           <li>New Jalview Logo</li>
1050         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1051         <ul>
1052           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1053           <li>New Website!</li>
1054         </ul></td>
1055       <td><em>Application</em>
1056         <ul>
1057           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1058             wsdbfetch REST service</li>
1059           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1060           <li>Filetype associations not installed for webstart
1061             launch</li>
1062           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1063             job execution in full once it is complete</li>
1064           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1065             uploaded via ali_file parameter</li>
1066           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1067           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1068           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1069             submitted for prediction</li>
1070           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1071             desktop window</li>
1072           <li>Putting fractional value into integer text box in
1073             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1074           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1075             windows 7</li>
1076           <li>View all structures fails with exception shown in
1077             structure view</li>
1078           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1079             escaped in a platform independent way</li>
1080           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1081             using proxy</li>
1082           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1083             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1084           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1085             failure when java web start temporary file caching is
1086             disabled</li>
1087           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1088             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1089           <li>Errors during processing of command line arguments
1090             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1091           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1092             DAS sources in sequence fetcher</li>
1093           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1094             dialog is shown</li>
1095           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1096           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1097           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1098           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1099             on OSX Mountain Lion</li>
1100           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1101             sequences with alignment annotation are pasted into the
1102             alignment</li>
1103           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1104             when loaded from Jalview project</li>
1105           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1106           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1107             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1108           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1109             associated with all views</li>
1110           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1111             annotation rows to new window</li>
1112         </ul> <em>Applet</em>
1113         <ul>
1114           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1115             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1116           <li>loading features via javascript API automatically
1117             enables feature display</li>
1118           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1119             work</li>
1120         </ul> <em>General</em>
1121         <ul>
1122           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1123           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1124             and then deselected</li>
1125           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1126           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1127             coloured with clustalx</li>
1128           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1129             exceptions and redraw errors</li>
1130           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1131             reconfigured view</li>
1132           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1133             colour</li>
1134           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1135             for lots of labels</li>
1136         </ul>
1137     </tr>
1138     <tr>
1139       <td>
1140         <div align="center">
1141           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1142         </div>
1143       </td>
1144       <td><em>Application</em>
1145         <ul>
1146           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1147           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1148           <li>View/alignment association menu to enable user to
1149             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1150             its colours/correspondences from</li>
1151           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1152           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1153             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1154           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1155           <li>Annotation row column label formatting attributes
1156             stored in project file</li>
1157           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1158             rows preserved in Jalview project file</li>
1159           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1160             saved using Desktop window menu</li>
1161           <li>Visual indication that command line arguments are
1162             still being processed</li>
1163           <li>Groovy script execution from URL</li>
1164           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1165             preferences</li>
1166           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1167             alignment with sequences that have high similarity and
1168             matching IDs</li>
1169           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1170           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1171             structures in same window</li>
1172           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1173           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1174             analysis function in its own submenu</li>
1175         </ul> <em>Applet</em>
1176         <ul>
1177           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1178             groups</li>
1179           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1180           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1181           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1182           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1183           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1184             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1185           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1186           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1187             parameters are treated as such</li>
1188           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1189             <ul>
1190               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1191               <li>Javascript callbacks for
1192                 <ul>
1193                   <li>Applet initialisation</li>
1194                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1195                 </ul>
1196               </li>
1197               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1198                 functions</li>
1199               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1200               <li>javascript structure viewer harness to pass
1201                 messages between Jmol and Jalview when running as
1202                 distinct applets</li>
1203               <li>sortBy method</li>
1204               <li>Set of applet and application examples shipped
1205                 with documentation</li>
1206               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1207                 javascript message exchange</li>
1208             </ul>
1209         </ul> <em>General</em>
1210         <ul>
1211           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1212             multiple alignments</li>
1213           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1214           <li>User configurable link to enable redirects to a
1215             www.Jalview.org mirror</li>
1216           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1217           <li>Configurable newline string when writing alignment
1218             and other flat files</li>
1219           <li>Allow alignment annotation description lines to
1220             contain html tags</li>
1221         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1222         <ul>
1223           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1224             examples</li>
1225           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1226             using a web service before displaying the result in the
1227             Jalview desktop</li>
1228           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1229           <li>Ant target to publish example html files with applet
1230             archive</li>
1231           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1232           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1233         </ul></td>
1234       <td><em>Application</em>
1235         <ul>
1236           <li>User defined colourscheme throws exception when
1237             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1238           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1239             dialog for valid filename/format</li>
1240           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1241           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1242             P37173</li>
1243           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1244             which sequence is to be associated with the file</li>
1245           <li>Find All raises null pointer exception when query
1246             only matches sequence IDs</li>
1247           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1248           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1249             2.4 cannot be loaded</li>
1250           <li>Filetype associations not installed for webstart
1251             launch</li>
1252           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1253             with sequences in different alignments do not get coloured
1254             by their associated sequence</li>
1255           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1256             not preserved when project is loaded</li>
1257           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1258             stored in Jalview project</li>
1259           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1260             Jalview project</li>
1261           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1262           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1263             by conservation</li>
1264           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1265             created on new view</li>
1266           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1267             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1268           <li>Alignment quality not updated after alignment
1269             annotation row is hidden then shown</li>
1270           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1271             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1272           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1273             properly</li>
1274           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1275             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1276           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1277           <li>Structures imported from file and saved in project
1278             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1279           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1280             job execution in full once it is complete</li>
1281         </ul> <em>Applet</em>
1282         <ul>
1283           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1284             annotation rows are displayed</li>
1285           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1286             codebase</li>
1287           <li>View follows highlighting does not work for positions
1288             in sequences</li>
1289           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1290           <li>Export features raises exception when no features
1291             exist</li>
1292           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1293             for javascript api is modified when separator string
1294             provided as parameter</li>
1295           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1296             alignment with no existing selection</li>
1297           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1298             to applet&#39;s codebase</li>
1299           <li>Status bar not updated after finished searching and
1300             search wraps around to first result</li>
1301           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1302             several Jalview applets causes race conditions and memory
1303             leaks</li>
1304           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1305             not sent from Jmol in applet</li>
1306           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1307             applet API fatally hang browser</li>
1308         </ul> <em>General</em>
1309         <ul>
1310           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1311             position with wrapped view and hidden regions</li>
1312           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1313             with/without hidden columns</li>
1314           <li>Sequence length given in alignment properties window
1315             is off by 1</li>
1316           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1317             import PDB like structure files</li>
1318           <li>Positional search results are only highlighted
1319             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1320           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1321           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1322             given sequence position</li>
1323           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1324             output</li>
1325           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1326             from nucleotide chains correctly</li>
1327           <li>Structure colours not updated when tree partition
1328             changed in alignment</li>
1329           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1330             parsed in interleaved stockholm</li>
1331           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1332             state</li>
1333           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1334             properly</li>
1335           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1336             properly associated with their pdb files</li>
1337         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1338         <ul>
1339           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1340             ApplyCopyright tool</li>
1341         </ul></td>
1342     </tr>
1343     <tr>
1344       <td>
1345         <div align="center">
1346           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1347         </div>
1348       </td>
1349       <td><em>Application</em>
1350         <ul>
1351           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1352             contact web services</li>
1353           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1354             service job window</li>
1355           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1356         </ul></td>
1357       <td>
1358         <ul>
1359           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1360             pir file emitted by Jalview</li>
1361           <li>Existing feature settings transferred to new
1362             alignment view created from cut'n'paste</li>
1363           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1364             parsing PDB files</li>
1365           <li>Consensus and conservation annotation rows
1366             occasionally become blank for all new windows</li>
1367           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1368             in wrapped view mode</li>
1369         </ul> <em>Application</em>
1370         <ul>
1371           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1372             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1373           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1374             parameter names</li>
1375           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1376             is down</li>
1377         </ul>
1378       </td>
1379     </tr>
1380     <tr>
1381       <td>
1382         <div align="center">
1383           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1384         </div>
1385       </td>
1386       <td><em>Application</em>
1387         <ul>
1388           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1389             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1390             (JABAWS)
1391           </li>
1392           <li>Web Services preference tab</li>
1393           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1394             preferences</li>
1395           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1396           <li>Superpose structures using associated sequence
1397             alignment</li>
1398           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1399             viewer</li>
1400         </ul> <em>Applet</em>
1401         <ul>
1402           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1403             link out mechanism</li>
1404         </ul> <em>Other</em>
1405         <ul>
1406           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1407             series 12</li>
1408           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1409             require Java 1.5</li>
1410           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1411             sequence annotation files</li>
1412           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1413             type colour specification</li>
1414           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1415             script to check if it being run in an interactive session or
1416             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1417         </ul></td>
1418       <td>
1419         <ul>
1420           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1421             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1422         </ul> <em>Application</em>
1423         <ul>
1424           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1425             selected Regions menu item</li>
1426           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1427             part of a valid accession ID</li>
1428           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1429             runs out of memory</li>
1430           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1431             analysis results</li>
1432           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1433             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1434           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1435         </ul> <em>Applet</em>
1436         <ul>
1437           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1438             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1439             defined.</li>
1440         </ul>
1441       </td>
1442     </tr>
1443     <tr>
1444       <td>
1445         <div align="center">
1446           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1447         </div>
1448       </td>
1449       <td></td>
1450       <td>
1451         <ul>
1452           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1453             sequence IDs</li>
1454           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1455             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1456           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1457             import correctly</li>
1458           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1459             number of columns are hidden</li>
1460           <li>annotation label popup menu not providing correct
1461             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1462             present</li>
1463           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1464             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1465           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1466             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1467
1468         </ul> <em>Applet</em>
1469         <ul>
1470           <li>annotation panel disappears when annotation is
1471             hidden/removed</li>
1472         </ul> <em>Application</em>
1473         <ul>
1474           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1475             alignment opened where annotation panel is visible but no
1476             annotations are present on alignment</li>
1477           <li>pasted region containing hidden columns is
1478             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1479           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1480             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1481           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1482             selected Rregions menu item.</li>
1483           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1484             'Un' or 'Non'conserved</li>
1485           <li>Sequence feature settings are being shared by
1486             multiple distinct alignments</li>
1487           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1488             changed</li>
1489           <li>double click on group annotation to select sequences
1490             does not propagate to associated trees</li>
1491           <li>Mac OSX specific issues:
1492             <ul>
1493               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1494                 window background</li>
1495               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1496                 name set correctly</li>
1497               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1498                 save feature colourscheme button</li>
1499             </ul>
1500           </li>
1501         </ul>
1502       </td>
1503     </tr>
1504     <tr>
1505
1506       <td>
1507         <div align="center">
1508           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1509         </div>
1510       </td>
1511       <td><em>New Capabilities</em>
1512         <ul>
1513           <li>URL links generated from description line for
1514             regular-expression based URL links (applet and application)
1515
1516
1517           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1518             menu</li>
1519           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1520             structures</li>
1521           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1522             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1523           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1524             average score or total feature count for each sequence.</li>
1525           <li>Shading features by score or associated description</li>
1526           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1527             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1528           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1529             hide everything but the currently selected region.</li>
1530           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1531         </ul> <em>Application</em>
1532         <ul>
1533           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1534             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1535           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1536             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1537           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1538             database references and protein_name is parsed as
1539             description line (BioSapiens terms).</li>
1540           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1541             references in sequence ID tooltip from View menu in
1542             application.</li>
1543           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1544                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1545           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1546             conservation plots</li>
1547           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1548             and visualized as sequence logos</li>
1549           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1550             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1551           </li>
1552           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1553             when a new tree is opened.</li>
1554           <li>Jalview Java Console</li>
1555           <li>Better placement of desktop window when moving
1556             between different screens.</li>
1557           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1558             consensus annotation</li>
1559           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2 Workflows</li>
1560           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1561             <ul>
1562               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1563                 used to preserve views, structures, and tree display
1564                 settings)</li>
1565               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1566                 command line</li>
1567               <li>Sharing of selected regions between views and
1568                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1569               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1570             </ul></li>
1571         </ul> <em>Applet</em>
1572         <ul>
1573           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1574           <li>New Parameters
1575             <ul>
1576               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1577                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1578                 opened.</li>
1579               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1580                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1581               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1582                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1583               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1584                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1585                 view</li>
1586               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1587                 increase the height or width of a cell in the alignment
1588                 grid relative to the current font size.</li>
1589             </ul>
1590           </li>
1591           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1592             tooltip</li>
1593         </ul> <em>Other</em>
1594         <ul>
1595           <li>Features format: graduated colour definitions and
1596             specification of feature scores</li>
1597           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1598             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1599             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1600           <li>XML formats extended to support graduated feature
1601             colourschemes, group associated annotation, and profile
1602             visualization settings.</li></td>
1603       <td>
1604         <ul>
1605           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1606             rather than description</li>
1607           <li>Non-positional features are now included in sequence
1608             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1609             visibility in tooltip).</li>
1610           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1611           <li>Added URL embedding instructions to features file
1612             documentation.</li>
1613           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1614             'X' in peptide product</li>
1615           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1616             sequence ID and sequence string and query strings do not
1617             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1618           <li>AMSA files only contain first column of
1619             multi-character column annotation labels</li>
1620           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1621             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1622             exported and re-imported)</li>
1623           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1624             name</li>
1625           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1626             as subsequence matches, and correctly reports total number
1627             of both.</li>
1628           <li>Application:
1629             <ul>
1630               <li>Better handling of exceptions during sequence
1631                 retrieval</li>
1632               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1633                 link text excludes the start_end suffix</li>
1634               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1635                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1636               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1637               <li>Sequence description lines properly shared via
1638                 VAMSAS</li>
1639               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1640                 data sources</li>
1641               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1642                 completes before alignment figures are generated.</li>
1643               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1644                 first time.</li>
1645               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1646                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1647               <li>User defined group colours properly recovered
1648                 from Jalview projects.</li>
1649             </ul>
1650           </li>
1651         </ul>
1652       </td>
1653
1654     </tr>
1655     <tr>
1656       <td>
1657         <div align="center">
1658           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1659         </div>
1660       </td>
1661       <td>
1662         <ul>
1663           <li>Experimental support for google analytics usage
1664             tracking.</li>
1665           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1666         </ul>
1667       </td>
1668       <td>
1669         <ul>
1670           <li>Race condition in applet preventing startup in
1671             jre1.6.0u12+.</li>
1672           <li>Exception when feature created from selection beyond
1673             length of sequence.</li>
1674           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1675           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1676             all sequences with a given id</li>
1677           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1678             ID string searches</li>
1679           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1680             alignment to fail with exception</li>
1681         </ul> <em>Application Issues</em>
1682         <ul>
1683           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1684           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1685             data sources</li>
1686         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1687         <ul>
1688           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1689             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1690           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1691             version (java class versioning error fixed)</li>
1692         </ul>
1693       </td>
1694     </tr>
1695     <tr>
1696       <td>
1697
1698         <div align="center">
1699           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1700         </div>
1701       </td>
1702       <td><em>User Interface</em>
1703         <ul>
1704           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1705             translation and protein products</li>
1706           <li>Linked highlighting of structure associated with
1707             residue mapping to codon position</li>
1708           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1709             and 'clear' button</li>
1710           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1711             Tools menu</li>
1712           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1713             numeric data in description line</li>
1714           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1715           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1716             of sequence</li>
1717         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1718         <ul>
1719           <li>JPred3 web service</li>
1720           <li>Prototype sequence search client (no public services
1721             available yet)</li>
1722           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1723             PFAM</li>
1724           <li>URL Links created for matching database cross
1725             references as well as sequence ID</li>
1726           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1727         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1728         <ul>
1729           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1730             databases</li>
1731           <li>Generalised database reference retrieval and
1732             validation to all fetchable databases</li>
1733           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1734             sequence command</li>
1735         </ul> <em>Import and Export</em>
1736         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1737         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1738           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1739         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1740           File</li>
1741         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1742           triplet as name of colourscheme</li>
1743         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1744         <ul>
1745           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1746           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1747             alignments (experimental)</li>
1748           <li>Create new or select existing session to join</li>
1749           <li>load and save of vamsas documents</li>
1750         </ul> <em>Application command line</em>
1751         <ul>
1752           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1753             from applet)</li>
1754           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1755             of DAS servers to query for alignment features</li>
1756           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1757             that are also automatically queried for features</li>
1758           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1759             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1760         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1761         <ul>
1762           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1763             application (when using &quot;View in full
1764             application&quot;)</li>
1765         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1766         <ul>
1767           <li>feature group display control parameter</li>
1768           <li>debug parameter</li>
1769           <li>showbutton parameter</li>
1770         </ul> <em>Applet API methods</em>
1771         <ul>
1772           <li>newView public method</li>
1773           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1774           <li>Feature display control methods</li>
1775           <li>get list of currently selected sequences</li>
1776         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1777         <ul>
1778           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1779           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1780             Jalview release.</li>
1781           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1782             property controls execution of obfuscator</li>
1783           <li>Build target for generating source distribution</li>
1784           <li>Debug flag for javacc</li>
1785           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1786             jalview.bin.Cache</li>
1787           <li>Continuous Build Integration for stable and
1788             development version of Application, Applet and source
1789             distribution</li>
1790         </ul></td>
1791       <td>
1792         <ul>
1793           <li>selected region output includes visible annotations
1794             (for certain formats)</li>
1795           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1796             for editing</li>
1797           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1798           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1799           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1800           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1801             comments</li>
1802           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1803             filenames containing a ':'</li>
1804           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1805             global sequence features</li>
1806           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1807             references from alignment sequences goes to zero</li>
1808           <li>Close of tree branch colour box without colour
1809             selection causes cascading exceptions</li>
1810           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1811           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1812             file parsing fails.</li>
1813           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1814           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1815             not a valid output format</li>
1816           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
1817             vamsas</li>
1818           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1819           <li>error messages passed up and output when data read
1820             fails</li>
1821           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1822             sequence is edited</li>
1823           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1824             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1825           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1826             filetype</li>
1827           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1828             import fixed for PFAM records</li>
1829           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1830             window list</li>
1831           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1832             can be read and written correctly to annotation file</li>
1833           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1834             correctly</li>
1835           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1836             non-italic font for representatives in Applet</li>
1837           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1838             Macs.</li>
1839           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1840             Applet)</li>
1841           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1842             due to null pointer exceptions</li>
1843           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1844             first column of alignment</li>
1845           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
1846             July 2008</li>
1847           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1848             file is case-insensitive</li>
1849           <li>Sequence features read from Features file appended to
1850             all sequences with matching IDs</li>
1851           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1852             containing a sub-sequence</li>
1853           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1854           <li>feature and annotation file applet parameters
1855             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1856           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1857           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1858             splash-screen version check to complete</li>
1859           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1860             when passing them to the launchApp service</li>
1861           <li>display name and local features preserved in results
1862             retrieved from web service</li>
1863           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1864             sequence fetcher initialisation</li>
1865           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1866             dasobert DAS client</li>
1867           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1868             association</li>
1869           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1870             sequences
1871           </li>
1872         </ul>
1873       </td>
1874     </tr>
1875     <tr>
1876       <td>
1877         <div align="center">
1878           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1879         </div>
1880       </td>
1881       <td>
1882         <ul>
1883           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1884           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1885           <li>Slide sequences</li>
1886           <li>Edit sequence in place</li>
1887           <li>EMBL CDS features</li>
1888           <li>DAS Feature mapping</li>
1889           <li>Feature ordering</li>
1890           <li>Alignment Properties</li>
1891           <li>Annotation Scores</li>
1892           <li>Sort by scores</li>
1893           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1894         </ul>
1895       </td>
1896       <td>
1897         <ul>
1898           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1899           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1900           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1901           <li>Feature group display state in XML</li>
1902           <li>Feature ordering in XML</li>
1903           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1904           <li>Stockholm alignment properties</li>
1905           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1906           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1907           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1908           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1909         </ul>
1910       </td>
1911
1912     </tr>
1913     <tr>
1914       <td>
1915         <div align="center">
1916           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1917         </div>
1918       </td>
1919       <td>
1920         <ul>
1921           <li>Non standard characters can be read and displayed
1922           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1923             applet via textbox
1924           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1925             name &amp; description
1926           <li>Preference setting to display sequence name in
1927             italics
1928           <li>Annotation file format extended to allow
1929             Sequence_groups to be defined
1930           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1931             specified in preferences
1932           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1933             sequences
1934         </ul>
1935       </td>
1936       <td>
1937         <ul>
1938           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1939             installed
1940           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1941           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1942         </ul>
1943       </td>
1944     </tr>
1945     <tr>
1946       <td>
1947         <div align="center">
1948           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1949         </div>
1950       </td>
1951       <td>
1952         <ul>
1953           <li>Multiple views on alignment
1954           <li>Sequence feature editing
1955           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1956           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1957           <li>Background dependent text colour
1958           <li>Right align sequence ids
1959           <li>User-defined lower case residue colours
1960           <li>Format Menu
1961           <li>Select Menu
1962           <li>Menu item accelerator keys
1963           <li>Control-V pastes to current alignment
1964           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1965           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1966           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1967
1968
1969           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1970         </ul>
1971       </td>
1972       <td>
1973         <ul>
1974           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1975           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1976             calculations
1977           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1978             edits
1979           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1980             of alignment)
1981           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1982
1983
1984           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1985             display correctly
1986           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1987           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1988             analysis results
1989           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
1990             &#8739;
1991           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1992           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1993           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1994
1995
1996         </ul>
1997       </td>
1998     </tr>
1999     <tr>
2000       <td>
2001         <div align="center">
2002           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2003         </div>
2004       </td>
2005       <td>
2006         <ul>
2007           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2008         </ul>
2009       </td>
2010       <td>
2011         <ul>
2012           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2013             sequence id panel has been resized</li>
2014           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2015             rendered</li>
2016           <li>Annotation files with sequence references - all
2017             elements in file are relative to sequence position</li>
2018           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2019         </ul>
2020       </td>
2021     </tr>
2022     <tr>
2023       <td>
2024         <div align="center">
2025           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2026         </div>
2027       </td>
2028       <td>
2029         <ul>
2030           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2031           <li>DAS Feature fetching</li>
2032           <li>Hide sequences and columns</li>
2033           <li>Export Annotations and Features</li>
2034           <li>GFF file reading / writing</li>
2035           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2036             files</li>
2037           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2038           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2039           <li>Applet can launch the full application</li>
2040           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2041             required)</li>
2042           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2043           <li>Applet can load sequences from parameter
2044             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2045           </li>
2046         </ul>
2047       </td>
2048       <td>
2049         <ul>
2050           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2051           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2052           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2053         </ul>
2054       </td>
2055     </tr>
2056     <tr>
2057       <td>
2058         <div align="center">
2059           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2060         </div>
2061       </td>
2062       <td>
2063         <ul>
2064           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2065           <li>Choose to match case when searching</li>
2066           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2067             expand the visible width and height of the alignment</li>
2068         </ul>
2069       </td>
2070       <td>
2071         <ul>
2072           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2073         </ul>
2074       </td>
2075     </tr>
2076     <tr>
2077       <td>
2078         <div align="center">
2079           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2080         </div>
2081       </td>
2082       <td>&nbsp;</td>
2083       <td>
2084         <ul>
2085           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2086           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2087             value</li>
2088         </ul>
2089       </td>
2090     </tr>
2091     <tr>
2092       <td>
2093         <div align="center">
2094           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2095         </div>
2096       </td>
2097       <td>
2098         <ul>
2099           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2100           <li>Keyboard editing</li>
2101           <li>Create sequence features from searches</li>
2102           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2103             alignments</li>
2104           <li>Features file allows grouping of features</li>
2105           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2106           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2107           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2108         </ul>
2109       </td>
2110       <td>
2111         <ul>
2112           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2113           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2114             descriptions saved.</li>
2115         </ul>
2116       </td>
2117     </tr>
2118     <tr>
2119       <td>
2120         <div align="center">
2121           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2122         </div>
2123       </td>
2124       <td>
2125         <ul>
2126           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2127           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2128           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2129             name for file output</li>
2130           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2131           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2132             used for HTML form input</li>
2133         </ul>
2134       </td>
2135       <td>
2136         <ul>
2137           <li>HTML output writes groups and features</li>
2138           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2139           <li>File IO bugs</li>
2140         </ul>
2141       </td>
2142     </tr>
2143     <tr>
2144       <td>
2145         <div align="center">
2146           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2147         </div>
2148       </td>
2149       <td>
2150         <ul>
2151           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2152           <li>More options for PCA viewer</li>
2153         </ul>
2154       </td>
2155       <td>
2156         <ul>
2157           <li>GUI bugs resolved</li>
2158           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2159         </ul>
2160       </td>
2161     </tr>
2162     <tr>
2163       <td height="63">
2164         <div align="center">
2165           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2166         </div>
2167       </td>
2168       <td>
2169         <ul>
2170           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2171           <li>Jar files are executable</li>
2172           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2173         </ul>
2174       </td>
2175       <td>
2176         <ul>
2177           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2178           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2179           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2180         </ul>
2181       </td>
2182     </tr>
2183     <tr>
2184       <td>
2185         <div align="center">
2186           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2187         </div>
2188       </td>
2189       <td>
2190         <ul>
2191           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2192         </ul>
2193       </td>
2194       <td>
2195         <ul>
2196           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2197         </ul>
2198       </td>
2199     </tr>
2200     <tr>
2201       <td>
2202         <div align="center">
2203           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2204         </div>
2205       </td>
2206       <td>
2207         <ul>
2208           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2209             size</li>
2210         </ul>
2211       </td>
2212       <td>
2213         <ul>
2214           <li>Improved JPred client reliability</li>
2215           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2216         </ul>
2217       </td>
2218     </tr>
2219     <tr>
2220       <td>
2221         <div align="center">
2222           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2223         </div>
2224       </td>
2225       <td>
2226         <ul>
2227           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2228           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2229           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2230             to Colour Menu</li>
2231           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2232           <li>Unix users can set default web browser</li>
2233           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2234           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2235         </ul>
2236       </td>
2237       <td>
2238         <ul>
2239           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2240         </ul>
2241       </td>
2242     </tr>
2243     <tr>
2244       <td>
2245         <div align="center">
2246           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2247         </div>
2248       </td>
2249       <td>&nbsp;</td>
2250       <td>
2251         <ul>
2252           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2253             alignment order.</li>
2254         </ul>
2255       </td>
2256     </tr>
2257     <tr>
2258       <td>
2259         <div align="center">
2260           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2261         </div>
2262       </td>
2263       <td>
2264         <ul>
2265           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2266           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2267           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2268             annotations.</li>
2269           <li>Version and build date written to build properties
2270             file.</li>
2271           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2272             at launch of Jalview.</li>
2273         </ul>
2274       </td>
2275       <td>
2276         <ul>
2277           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2278           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2279           <li>Can remove groups one by one.</li>
2280           <li>Filechooser icons installed.</li>
2281           <li>Finder ignores return character when searching.
2282             Return key will initiate a search.<br>
2283           </li>
2284         </ul>
2285       </td>
2286     </tr>
2287     <tr>
2288       <td>
2289         <div align="center">
2290           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2291         </div>
2292       </td>
2293       <td>
2294         <ul>
2295           <li>New codebase</li>
2296         </ul>
2297       </td>
2298       <td>&nbsp;</td>
2299     </tr>
2300   </table>
2301   <p>&nbsp;</p>
2302 </body>
2303 </html>