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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
  93           </ul>
  94           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  95       </td>
  96       <td><div align="left">
  97           <em>General</em>
  98           <ul>
  99             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 100             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 101             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 102           </ul>
 103           <em>Desktop</em>
 104           <ul>
 105             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 106             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 107             </li>
 108             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 109             </li>
 110             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 111             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 112             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 113             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 114             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 115             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 116             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 117            </ul>
 118           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 119            <ul>
 120             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 121           </ul>
 122       </td>
 123     </tr>
 124     <tr>
 125       <td width="60" nowrap>
 126         <div align="center">
 127           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 128             <em>2/10/2017</em></strong>
 129         </div>
 130       </td>
 131       <td><div align="left">
 132           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 133           <ul>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 136             </li>
 137             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 138             </li>
 139           </ul>
 140         </div></td>
 141       <td><div align="left">
 142         </div></td>
 143     </tr>
 144     <tr>
 145       <td width="60" nowrap>
 146         <div align="center">
 147           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 148             <em>7/9/2017</em></strong>
 149         </div>
 150       </td>
 151       <td><div align="left">
 152           <em></em>
 153           <ul>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 156               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 157               white)
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 161               Preferences
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 165               in size and progress bar shown as higher resolution
 166               overview is recalculated
 167             </li>
 168
 169           </ul>
 170         </div></td>
 171       <td><div align="left">
 172           <em></em>
 173           <ul>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 176               column region row by row
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 180               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 184               format setting is unticked
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 188               if group has show boxes format setting unticked
 189             </li>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 192               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 193               include sequences and columns not currently displayed
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 197               assemblies are imported via CIF file
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 201               displayed when threshold or conservation colouring is also
 202               enabled.
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 206               server version
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 210               dragging a selected region off the visible region of the
 211               alignment
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 215               colourscheme to all groups in a view
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 219               initially after font size change using the Font chooser or
 220               middle-mouse zoom
 221             </li>
 222           </ul>
 223         </div></td>
 224     </tr>
 225     <tr>
 226       <td width="60" nowrap>
 227         <div align="center">
 228           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 229         </div>
 230       </td>
 231       <td><div align="left">
 232           <em>Calculations</em>
 233           <ul>
 234
 235             <li>
 236               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 237               ungapped positions in each column of the alignment.
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 241               a calculation dialog box
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 245               and memory efficiency (~30x faster)
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 249               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 250               and other calculations
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 254               files within the Jalview codebase
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 258               Similarity may have different topology due to increased
 259               precision
 260             </li>
 261           </ul>
 262           <em>Rendering</em>
 263           <ul>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 266               model for alignments and groups
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 270               scripts
 271             </li>
 272           </ul>
 273           <em>Overview</em>
 274           <ul>
 275             <li>
 276               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 277               with alignment and overview windows
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 281               overview
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 285               omitted in Overview
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 289               adjustment of visible position
 290             </li>
 291           </ul>
 292
 293           <em>Data import/export</em>
 294           <ul>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 297               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 301               annotation input/output via stockholm flatfile
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 305               extension when importing structure files without embedded
 306               names or PDB accessions
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 310               format sequence substitution matrices
 311             </li>
 312           </ul>
 313           <em>User Interface</em>
 314           <ul>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 317               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 318               the application.
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 322               via Overview or sequence motif search operations
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 326               opened by double clicking gaps within sequence feature
 327               extent
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 331               aligned positions were available to create a 3D structure
 332               superposition.
 333             </li>
 334           </ul>
 335           <em>3D Structure</em>
 336           <ul>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 339               coloured in linked structure views
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 343               file-based command exchange
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 347               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 348               structures are already available for sequences
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 352               the Jalview project rather than downloaded again when the
 353               project is reopened.
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 357               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 358               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 359                 Feature</strong>)
 360             </li>
 361           </ul>
 362           <em>Web Services</em>
 363           <ul>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 369               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 370               Analysis services
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 374               cross-references provided by identifiers.org and the
 375               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 376             </li>
 377           </ul>
 378
 379           <em>Scripting</em>
 380           <ul>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 383               identifying file formats (instead of String constants)
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 387               efficiency when counting all displayed features (not
 388               backwards compatible with 2.10.1)
 389             </li>
 390           </ul>
 391           <em>Example files</em>
 392           <ul>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 395               included in the example feature file
 396             </li>
 397           </ul>
 398           <em>Documentation</em>
 399           <ul>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 402               with the built-in Java help viewer
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 406               sequence description' option
 407             </li>
 408           </ul>
 409           <em>Test Suite</em>
 410           <ul>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 413               Uniprot REST Free Text Search Client
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 420               during tests
 421             </li>
 422           </ul>
 423         </div></td>
 424       <td><div align="left">
 425           <em>Calculations</em>
 426           <ul>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 429               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 430               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 431             </li>
 432             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 433               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 434               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 435               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 436               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 437               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 438               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 439               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 440               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 441               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 442               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 443               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 444               // for 2.10.1 mode <br />
 445               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 446               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 447                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 448                 calculations (not recommended)</em></li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 451               scaling of branch lengths for trees computed using
 452               Sequence Feature Similarity.
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 456               generating output report when working with highly
 457               redundant alignments
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 461               right of selected region when gaps present on right-hand
 462               boundary
 463             </li>
 464           </ul>
 465           <em>User Interface</em>
 466           <ul>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 469               doesn't reselect a specific sequence's associated
 470               annotation after it was used for colouring a view
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 474               opened on a region of alignment without groups
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 478               of an alignment with overlapping groups
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 482               name and description match
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 486               hidden regions results in incorrect hidden regions
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 490               changing colour does not apply Conservation slider value
 491               to all groups
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 495               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 499               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 503               gaps before start of features
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 507               restored to UI when feature colour is edited
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 511               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 515               as graduate feature colour settings are modified via the
 516               dialog box
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 520               when a group defined on the alignment is resized
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 524               wrapped view result in positional status updates
 525             </li>
 526
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 529               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 533               alignment included gapped columns
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 537               widgets don't permanently disappear
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 541               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 542               T-Coffee column reliability scores)
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 546               sequence feature on gaps only
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 550               button from a Find inherit previously defined feature type
 551               rather than the Find query string
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 555               exporting tree calculated in Jalview
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 559               and then revealing them reorders sequences on the
 560               alignment
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 564               doesn't update to reflect available set of groups after
 565               interactively adding or modifying features
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 569               Linux
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 573               only excluded gaps in current sequence and ignored
 574               selection.
 575             </li>
 576           </ul>
 577           <em>Rendering</em>
 578           <ul>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 581               erratically when hidden rows or columns are present
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 585               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 586               sequence colouring
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 590               colour and group colour menu for protein alignments
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 594               reflect currently selected view or group's shading
 595               thresholds
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 599               when rendered on overview and structures when opacity at
 600               100%
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 604               overview when features overlaid on alignment
 605             </li>
 606           </ul>
 607           <em>Data import/export</em>
 608           <ul>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 611               load
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 615               added after a sequence was imported are not written to
 616               Stockholm File
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 620               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 624               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 628               with lightGray or darkGray via features file (but can
 629               specify lightgray)
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 633               when alignment view imported from project
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 637               structure and sequences extracted from structure files
 638               imported via URL and viewed in Jmol
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 642               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 643               the project is loaded and the structure viewed
 644             </li>
 645           </ul>
 646           <em>Web Services</em>
 647           <ul>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 650               release of Ensembl v.88
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 654               appear enabled in Preferences->Connections
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 658               removed from console output
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 662               Ensembl by Peptide ID
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 666               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 667               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 668               due to 'null' string rather than empty string used for
 669               residues with no corresponding PDB mapping).
 670             </li>
 671           </ul>
 672           <em>Application UI</em>
 673           <ul>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 676               menu
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 680               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 681               new documentation and tooltips added)
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 685               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 689               new features are added to alignment
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 693               changes to feature colours via the Amend features dialog
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 697               edit graduated feature colour via amend features dialog
 698               box
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 702               selection menu changes colours of alignment views
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 706               from alignment calculation workers after alignment has
 707               been closed
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 711               groups now 'Create Group'
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 715               Create/Undefine group doesn't always work
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 719               shown again after pressing 'Cancel'
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 723               adjusts start position in wrap mode
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 727               ambiguous amino acids
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 731               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 732               proteins
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 736               Defined' don't appear in Colours menu
 737             </li>
 738           </ul>
 739           <em>Applet</em>
 740           <ul>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 743               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 747               overview or linked structure view
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 751               work (since 2.8)
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 755               user-defined colourscheme doesn't restore original
 756               colourscheme
 757             </li>
 758           </ul>
 759           <em>Test Suite</em>
 760           <ul>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 763               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 767               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 768               problems with deep array comparison equality asserts in
 769               successive versions of TestNG
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 773               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 774             </li>
 775           </ul>
 776           <em>New Known Issues</em>
 777           <ul>
 778             <li>
 779               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 780               phase after a sequence motif find operation
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 784               containing just upper and lower case letters are
 785               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 789               reliably from eggnog Ortholog database
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 793               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 794               to mark columns containing highlighted regions.
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 798               doesn't always add secondary structure annotation.
 799             </li>
 800           </ul>
 801         </div>
 802     <tr>
 803       <td width="60" nowrap>
 804         <div align="center">
 805           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 806         </div>
 807       </td>
 808       <td><div align="left">
 809           <em>General</em>
 810           <ul>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 813               for all consensus calculations
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 817               3rd Oct 2016)
 818             </li>
 819             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 820               for 2016-2017</li>
 821           </ul>
 822           <em>Application</em>
 823           <ul>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 826               set of database cross-references, sorted alphabetically
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 830               from database cross references. Users with custom links
 831               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 832                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 836               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 837               Chimera session
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 841               the Chimera it is connected to is shut down
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 845               columns menu item to mark columns containing highlighted
 846               regions (e.g. from structure selections or results of a
 847               Find operation)
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 851               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 852               MSAviewer
 853             </li>
 854           </ul>
 855         </div></td>
 856       <td>
 857         <div align="left">
 858           <em>General</em>
 859           <ul>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 862               are not coloured or thresholded according to percent
 863               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 867               hydrophobic
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 871               threshold, amino acid properties)
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 875               reported as mapped to residues in a structure file in the
 876               View Mapping report
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 880               could be added multiple times to a sequence
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 884               bond features shown as two highlighted residues rather
 885               than a range in linked structure views, and treated
 886               correctly when selecting and computing trees from features
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 890               cross-references are matched to database name regardless
 891               of case
 892             </li>
 893
 894           </ul>
 895           <em>Application</em>
 896           <ul>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 899               names without regular expressions also offer links from
 900               Sequence ID
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 904               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 905               update Jalview configuration
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 909               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 913               files with similarly named sequences if dropped onto the
 914               alignment
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 918               entries where more chains exist in the PDB accession than
 919               are reported in the SIFTS file
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 923               the structure view when displayed with Chimera
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 927               panel's View->Show Chains submenu
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 931               work for wrapped alignment views
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 935               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 939               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 940               first annotation row
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 944               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 948               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 949             </li>
 950             <!-- JAL-2319 -->
 951             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 952             coordindate data
 953             </li>
 954           </ul>
 955           <!--           <em>New Known Issues</em>
 956           <ul>
 957             <li></li>
 958           </ul> -->
 959         </div>
 960       </td>
 961     </tr>
 962     <td width="60" nowrap>
 963       <div align="center">
 964         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 965           <em>25/10/2016</em></strong>
 966       </div>
 967     </td>
 968     <td><em>Application</em>
 969       <ul>
 970         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 971           view if structures already loaded</li>
 972         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 973           structure views</li>
 974       </ul></td>
 975     <td>
 976       <div align="left">
 977         <em>General</em>
 978         <ul>
 979           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 980             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 981           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 982             example sequences/projects/trees</li>
 983         </ul>
 984         <em>Application</em>
 985         <ul>
 986           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 987             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 988           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 989             without timeout for structures with multiple models or
 990             multiple sequences in alignment</li>
 991           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 992             PDB ID HEADER line</li>
 993           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 994             is performed</li>
 995           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 996             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 997           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 998           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 999             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1000             option</li>
1001           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1002             is created on the alignment</li>
1003           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1004             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1005             pop-up menu</li>
1006         </ul>
1007         <em>Build and deployment</em>
1008         <ul>
1009           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1010             tags</li>
1011         </ul>
1012         <em>New Known Issues</em>
1013         <ul>
1014           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1015             on Windows</li>
1016         </ul>
1017       </div>
1018     </td>
1019     </tr>
1020     <tr>
1021       <td width="60" nowrap>
1022         <div align="center">
1023           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1024         </div>
1025       </td>
1026       <td><em>General</em>
1027         <ul>
1028           <li>
1029             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1033             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1034             better PDB parsing.
1035           </li>
1036           <li>
1037             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1038             reference sequence
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1042             mousing over sequence associated annotation
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1046             for manual entry
1047           </li>
1048           <li>
1049             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1050             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1051             for each column
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1055             showing or hiding columns containing a feature
1056           </li>
1057           <li>
1058             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1059             group and sequence associated annotation labels
1060           </li>
1061           <li>
1062             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1063             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1064             dialogs
1065           </li>
1066
1067         </ul> <em>Application</em>
1068         <ul>
1069           <li>
1070             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1071             gene/transcript view
1072           </li>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1075             dialog
1076           </li>
1077           <li>
1078             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1079             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1080           </li>
1081           <li>
1082             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1083             Pfam sources to xfam.org
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1087           </li>
1088           <li>
1089             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1090             over sequences in Jalview
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1094             regions in ENA and EMBL
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1098             for record retrieval via ENA rest API
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1102             complement operator
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1106             groovy script execution
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1110             alignment window's Calculate menu
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1114             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1118             calculation workers from groovy scripts
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1122             Jalview projects
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1126             associations are now saved/restored from project
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1130             before sequence fetcher is opened
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1134             database chooser opens a sequence fetcher
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1138             the UniProt REST API
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1142             the news reader opening
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1146             querying stored in preferences
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1150             search results
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1154           </li>
1155           <li>
1156             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1157             menu for nucleotide sequences
1158           </li>
1159           <li>
1160             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1161             and feature counts preserves alignment ordering (and
1162             debugged for complex feature sets).
1163           </li>
1164           <li>
1165             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1166             viewing structures with Jalview 2.10
1167           </li>
1168           <li>
1169             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1170             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1171             Ensembl Genomes REST API
1172           </li>
1173           <li>
1174             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1175             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1176             (Ensembl)
1177           </li>
1178           <li>
1179             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1180             sequences
1181           </li>
1182           <li>
1183             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1184             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1185             data from external database records.
1186           </li>
1187           <li>
1188             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1189             efficient recovery of sequence coding and alignment
1190             annotation relationships.
1191           </li>
1192         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1193         <ul>
1194           <li>
1195             -- JAL---
1196           </li>
1197         </ul> --></td>
1198       <td>
1199         <div align="left">
1200           <em>General</em>
1201           <ul>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1204               menu on OSX
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1208               includes graduated colourschemes
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1212               working with big alignments and lots of hidden columns
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1216               at right of alignment window
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1220               contents
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1224               for DNA alignments
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1228               based tree calculation
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1232               unconserved enabled for group on alignment
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1236               set as reference
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1240               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1241               annotation
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1245               hidden columns present
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1249               user created annotation added to alignment
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1253               '()' base pair annotation
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1257               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1258               Consensus
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1262               feature not working
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1266               beginning of sequence
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1270               entry 3a6s
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1274               from a tree when t-coffee scores are shown
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1278               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1282               some structures
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1286               to Clustal, PIR and PileUp output
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1290               not visible causes alignment window to repaint
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1294               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1295               scores associated with features and annotation rows
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1299               calculation should be case independent
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1303               columns
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1307               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1308               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1312               problems when reference sequence defined and 'show
1313               non-conserved' enabled
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1317               load even when Consensus calculation is disabled
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1321               alignment does nothing
1322             </li>
1323           </ul>
1324           <em>Application</em>
1325           <ul>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1328               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1329               yet fixed for El Capitan)
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1333               output when running on non-gb/us i18n platforms
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1337               hidden sequences as flat-file alignment
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1341               launching Chimera
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1345               (also hotfix for 2.9.0b2)
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1349               reference sequence defined
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1353               alignments and views when revealing hidden columns
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1357               view in a cDNA/Protein splitframe
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1361               sequence from project when only one sequence is
1362               represented
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1366               in Structure Chooser
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1370               structure consensus didn't refresh annotation panel
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1374               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1378               dialogs format columns correctly, don't display array
1379               data, sort columns according to type
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1383               file chooser is cancelled during an image export
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1387               sequence name containing special characters
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1391               case insensitive
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1395               formatting don't wrap
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1399               truncated so L looks like I in consensus annotation
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1403               currently displayed features for the current selection or
1404               view
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1408               after fetching cross-references, and restoring from
1409               project
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1413               followed in the structure viewer
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1417               splitframe not restored from project
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1421               trailing end of protein alignment in transcript/product
1422               splitview when pad-gaps not enabled by default
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1426               is case dependent
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1430               article has been read (reopened issue due to
1431               internationalisation problems)
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1435               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1436               cross-references
1437             </li>
1438
1439             <li>
1440               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1441               alignment as HTML
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1445               multiple structures are shown for one or more sequences.
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1449               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1450               is enabled.
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1454               specific PDB id for sequence
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1458               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1459               columns' is disabled.
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1463               selects lowest rather than highest resolution structures
1464               for each sequence
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1468               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1472               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1476               after clicking on it to create new annotation for a
1477               column.
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1481               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1482             </li>
1483             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1484             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1485           </ul>
1486           <em>Applet</em>
1487           <ul>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1490               hidden columns present before start of sequence
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1494               (JSON jars)
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1498               sequences are hidden in applet
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1502               deployment on examples pages.
1503             </li>
1504           </ul>
1505         </div>
1506       </td>
1507     </tr>
1508     <tr>
1509       <td width="60" nowrap>
1510         <div align="center">
1511           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1512             <em>16/10/2015</em></strong>
1513         </div>
1514       </td>
1515       <td><em>General</em>
1516         <ul>
1517           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1518             jars</li>
1519         </ul></td>
1520       <td>
1521         <div align="left">
1522           <em>Application</em>
1523           <ul>
1524             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1525               shown when tree is partitioned</li>
1526             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1527               multiple cDNA/Protein split views</li>
1528           </ul>
1529         </div>
1530       </td>
1531     </tr>
1532     <tr>
1533       <td width="60" nowrap>
1534         <div align="center">
1535           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1536             <em>8/10/2015</em></strong>
1537         </div>
1538       </td>
1539       <td><em>General</em>
1540         <ul>
1541           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1542             2.9</li>
1543         </ul> <em>Application</em>
1544         <ul>
1545           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1546           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1547           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1548         </ul> <em>Applet</em>
1549         <ul>
1550           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1551         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1552         <ul>
1553           <li>
1554             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1555             suite
1556           </li>
1557         </ul></td>
1558       <td>
1559         <div align="left">
1560           <em>General</em>
1561           <ul>
1562             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1563               incorrect when sequence start > 1</li>
1564             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1565               documentation</li>
1566             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1567             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1568               loading a features file containing HTML tags in feature
1569               description</li>
1570
1571           </ul>
1572           <em>Application</em>
1573           <ul>
1574             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1575               reimport</li>
1576             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1577               with 'trim retrieved sequences'</li>
1578             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1579               deleting selected columns</li>
1580             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1581               JNLP templates for webstart launch</li>
1582             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1583               unreleased structures for download or viewing</li>
1584             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1585               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1586             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1587               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1588             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1589               recovered from jalview project</li>
1590             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1591               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1592               alignment view</li>
1593             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1594               color schemes from BioJSON</li>
1595           </ul>
1596           <em>Applet</em>
1597           <ul>
1598             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1599               frame</li>
1600             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1601           </ul>
1602         </div>
1603       </td>
1604     </tr>
1605     <tr>
1606       <td><div align="center">
1607           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1608         </div></td>
1609       <td><em>General</em>
1610         <ul>
1611           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1612             alignments:
1613             <ul>
1614               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1615                 and DNA alignment views</li>
1616               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1617                 cDNA alignment views</li>
1618               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1619                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1620               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1621                 protein sequences</li>
1622             </ul>
1623           </li>
1624           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1625           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1626             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1627           <li>New alignment annotation file statements for
1628             reference sequences and marking hidden columns</li>
1629           <li>Reference sequence based alignment shading to
1630             highlight variation</li>
1631           <li>Select or hide columns according to alignment
1632             annotation</li>
1633           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1634           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1635             acid conservation row</li>
1636           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1637         </ul> <em>Application</em>
1638         <ul>
1639           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1640             <ul>
1641               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1642                 view with cDNA/Protein</li>
1643               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1644                 sequences are placed in the same alignment</li>
1645               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1646                 projects</li>
1647             </ul>
1648           </li>
1649
1650           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1651           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1652             Jalview windows</li>
1653
1654           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1655           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1656           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1657             be shown in VARNA</li>
1658
1659           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1660             as the active selected region</li>
1661
1662           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1663             similarity</li>
1664           <li>New Export options
1665             <ul>
1666               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1667                 region export in flat file generation</li>
1668
1669               <li>Export alignment views for display with the <a
1670                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1671
1672               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1673               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1674                 alignment figures to HTML</li>
1675           </li>
1676           <li>3D structure retrieval and display
1677             <ul>
1678               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1679                 Search API</li>
1680               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1681                 PDB structures for a sequence set</li>
1682             </ul>
1683           </li>
1684
1685           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1686             predictions</li>
1687           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1688             for one or a group of sequences</li>
1689           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1690             from the JPred4 web server</li>
1691           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1692             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1693             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1694           </li>
1695           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1696             VARNA 2D Structure'</li>
1697           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1698             Structure ..."</li>
1699
1700         </ul> <em>Applet</em>
1701         <ul>
1702           <li>New layout for applet example pages</li>
1703           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1704             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1705           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1706             Protein alignments</li>
1707         </ul> <em>Development and deployment</em>
1708         <ul>
1709           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1710           <li>Include installation type and git revision in build
1711             properties and console log output</li>
1712           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1713             storing BioJsMSA Templates</li>
1714           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1715         </ul></td>
1716       <td>
1717         <!-- <em>General</em>
1718         <ul>
1719         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1720         <ul>
1721           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1722           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1723           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1724             predictions are not highlighted in amber</li>
1725           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1726             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1727           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1728             associated structure views</li>
1729           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1730             width checkbox not enabled</li>
1731           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1732             creating user defined colours</li>
1733           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1734             mappings for just that viewer's sequences</li>
1735           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1736             multiple models in Chimera</li>
1737           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1738             over Jmol structure</li>
1739           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1740             output to text box</li>
1741           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1742             have incorrect sequence start/end</li>
1743           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1744             Jalview fails</li>
1745           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1746             work for nucleotide</li>
1747           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1748             to a grey/invisible alignment window</li>
1749           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1750             imports to different position</li>
1751           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1752             on some platforms</li>
1753           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1754             populated</li>
1755           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1756             console if Chimera has been opened</li>
1757           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1758           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1759             retrieved</li>
1760           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1761           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1762             either sequence shows on first structure</li>
1763           <li>'Show annotations' options should not make
1764             non-positional annotations visible</li>
1765           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1766             in right place after 'view flanking regions'</li>
1767           <li>File Save As type unset when current file format is
1768             unknown</li>
1769           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1770             projects</li>
1771           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1772             responsive</li>
1773           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1774             several views on same alignment</li>
1775           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1776           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1777             spaces</li>
1778         </ul> <em>Applet</em>
1779         <ul>
1780           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1781           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1782             descriptions containing angle brackets</li>
1783         </ul> <em>General</em>
1784         <ul>
1785           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1786             via jalview annotation file</li>
1787           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1788             with RNA secondary structure</li>
1789           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1790             translation doesn't work.</li>
1791           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1792           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1793             positions</li>
1794           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1795             choosing 1pt font</li>
1796           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1797             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1798             'h'</li>
1799           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1800             new feature</li>
1801           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1802             order dependent</li>
1803           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1804             sequences</li>
1805           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1806         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1807         <ul>
1808           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1809             www.jalview.org</li>
1810         </ul> <em>Application Known issues</em>
1811         <ul>
1812           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1813           <li>Misleading message appears after trying to delete
1814             solid column.</li>
1815           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1816             version launches</li>
1817           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1818             fails with a sequence mismatch</li>
1819           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1820             scrolling alignment to right</li>
1821           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1822             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1823           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1824             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1825           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1826             ultra-high resolution</li>
1827           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1828             quality and conservation</li>
1829           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1830             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1831         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1832         <ul>
1833           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1834           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1835             window is being resized</li>
1836
1837         </ul>
1838       </td>
1839     </tr>
1840     <tr>
1841       <td><div align="center">
1842           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1843         </div></td>
1844       <td><em>General</em>
1845         <ul>
1846           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1847             Certum.PL.</li>
1848           <li>Features and annotation preserved when performing
1849             pairwise alignment</li>
1850           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1851             imported/exported/displayed</li>
1852           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1853             protein secondary structure</li>
1854           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1855               post-hoc with 2.9 release</em>)
1856           </li>
1857
1858         </ul> <em>Application</em>
1859         <ul>
1860           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1861             with 3D structures</li>
1862           <li>Support for parsing RNAML</li>
1863           <li>Annotations menu for layout
1864             <ul>
1865               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1866               <li>place sequence annotation above/below alignment
1867                 annotation</li>
1868             </ul>
1869           <li>Output in Stockholm format</li>
1870           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1871             translation</li>
1872           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1873           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1874             shared between alignments</li>
1875           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1876             Jalview</li>
1877           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1878             all or current selection</li>
1879           <li>disorder and secondary structure predictions
1880             available as dataset annotation</li>
1881           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1882
1883
1884           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1885             alignments from Rfam</li>
1886           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1887
1888           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1889             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1890           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1891           <li>include installation type in build properties and
1892             console log output</li>
1893           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1894             annotation</li>
1895         </ul></td>
1896       <td>
1897         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1898         <ul>
1899           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1900             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1901           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1902             alignment</li>
1903           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1904           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1905           <li>Double click on sequence associated annotation
1906             selects only first column</li>
1907           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1908             leaves shown in tree</li>
1909           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1910             properly</li>
1911           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1912           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1913             screen and buttons not visible</li>
1914           <li>author list isn't updated if already written to
1915             Jalview properties</li>
1916           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1917             from database</li>
1918           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1919           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1920             browser search window</li>
1921           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1922             in feature settings dialog</li>
1923           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1924             desktop</li>
1925           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1926             pass validation</li>
1927           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1928             fit on screen</li>
1929           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1930             tooltip</li>
1931           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1932             defined user preset</li>
1933           <li>MSA web services warns user if they were launched
1934             with invalid input</li>
1935           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1936             Java 8</li>
1937           <li>
1938             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1939             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1940             created
1941           </li>
1942
1943         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1944         <ul>
1945         </ul> <em>General</em>
1946         <ul>
1947         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1948         <ul>
1949           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1950             memory allocation</li>
1951           <li>launchApp service doesn't automatically open
1952             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1953           <li>
1954             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1955             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1956             1.7_055 is available
1957           </li>
1958         </ul> <em>Application Known issues</em>
1959         <ul>
1960           <li>
1961             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1962             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1963             alignment to right
1964           </li>
1965           <li>
1966             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1967             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1968             with large number of ID
1969           </li>
1970           <li>
1971             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1972             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1973             start/end
1974           </li>
1975           <li>
1976             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1977             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1978             structure tracks are rearranged
1979           </li>
1980           <li>
1981             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1982             invalid rna structure positional highlighting does not
1983             highlight position of invalid base pairs
1984           </li>
1985           <li>
1986             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1987             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1988             project from alignment window file menu
1989           </li>
1990           <li>
1991             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1992             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1993             structures
1994           </li>
1995           <li>
1996             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1997             colour by RNA Helices not enabled when user created
1998             annotation added to alignment
1999           </li>
2000           <li>
2001             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2002             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2003           </li>
2004         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2005         <ul>
2006           <li>
2007             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2008             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2009           </li>
2010           <li>
2011             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2012             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2013           </li>
2014
2015           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2016             when selected</li>
2017         </ul>
2018       </td>
2019     </tr>
2020     <tr>
2021       <td><div align="center">
2022           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2023         </div></td>
2024       <td>
2025         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2026         <em>General</em>
2027         <ul>
2028           <li>Internationalisation of user interface (usually
2029             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2030           <li>Define/Undefine group on current selection with
2031             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2032           <li>Improved group creation/removal options in
2033             alignment/sequence Popup menu</li>
2034           <li>Sensible precision for symbol distribution
2035             percentages shown in logo tooltip.</li>
2036           <li>Annotation panel height set according to amount of
2037             annotation when alignment first opened</li>
2038         </ul> <em>Application</em>
2039         <ul>
2040           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2041             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2042           <li>Select columns containing particular features from
2043             Feature Settings dialog</li>
2044           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2045             sequences</li>
2046           <li>Update Jalview project format:
2047             <ul>
2048               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2049               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2050                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2051               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2052                 colouring</li>
2053             </ul>
2054           </li>
2055           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2056             (PAM250)</li>
2057           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2058             flanking regions for an alignment</li>
2059         </ul>
2060       </td>
2061       <td>
2062         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2063         <ul>
2064           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2065             running after job is cancelled</li>
2066           <li>cannot export features from alignments imported from
2067             Jalview/VAMSAS projects</li>
2068           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2069             float values</li>
2070           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2071             have 'display all symbols' flag set</li>
2072           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2073             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2074           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2075             Jalview</li>
2076           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2077             Lion/Webstart</li>
2078           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2079           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2080           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2081             alignment onto desktop</li>
2082           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2083             'extract scores' function</li>
2084           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2085             alignment window</li>
2086           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2087             performing IUPred disorder prediction</li>
2088           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2089             changing 'normalise logo' display setting</li>
2090           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2091             nothing matches query</li>
2092           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2093             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2094           </li>
2095           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2096             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2097           </li>
2098           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2099             Jalview's menu</li>
2100           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2101             'invalid literal/length code'</li>
2102           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2103             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2104           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2105             colourscheme</li>
2106
2107         </ul> <em>Applet</em>
2108         <ul>
2109           <li>Remove group option is shown even when selection is
2110             not a group</li>
2111           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2112             don't affect groups</li>
2113           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2114             colourscheme name</li>
2115           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2116             Annotation panel is not displayed</li>
2117           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2118             embedded windows</li>
2119         </ul> <em>Other</em>
2120         <ul>
2121           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2122             single sequence were not calculated</li>
2123           <li>annotation files that contain only groups imported as
2124             annotation and junk sequences</li>
2125           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2126             recognised as PFAM or BLC</li>
2127           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2128             doesn't affect background (2.8.0b1)
2129           <li></li>
2130           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2131           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2132             trailing gaps</li>
2133           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2134             registered correctly on import</li>
2135           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2136             certain alignments</li>
2137           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2138             existing annotation based 'use original colours'
2139             colourscheme loses original colours setting</li>
2140         </ul>
2141       </td>
2142     </tr>
2143     <tr>
2144       <td><div align="center">
2145           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2146             <em>30/1/2014</em></strong>
2147         </div></td>
2148       <td>
2149         <ul>
2150           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2151             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2152             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2153             open source project).
2154           </li>
2155           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2156           <li>Output in Stockholm format</li>
2157           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2158           <li>Export/import group and sequence associated line
2159             graph thresholds</li>
2160           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2161             ambiguity codes</li>
2162           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2163             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2164             works</li>
2165           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2166         </ul> <em>Other improvements</em>
2167         <ul>
2168           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2169           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2170             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2171           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2172             files</li>
2173           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2174           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2175             link but no description</li>
2176           <li>Select primary source when selecting authority in
2177             database fetcher GUI</li>
2178           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2179             Jalview</li>
2180           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2181         </ul>
2182       </td>
2183       <td>
2184         <ul>
2185           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2186             displayed</li>
2187           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2188             secondary structure annotation line</li>
2189           <li>Sequence database accessions not imported when
2190             fetching alignments from Rfam</li>
2191           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2192             identical IDs</li>
2193           <li>View all structures does not always superpose
2194             structures</li>
2195           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2196             reflect user or preset settings</li>
2197           <li>Null pointer exceptions for some services without
2198             presets or adjustable parameters</li>
2199           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2200             discover PDB xRefs</li>
2201           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2202             features with DAS</li>
2203           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2204             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2205           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2206             residue follows a gap</li>
2207           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2208             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2209           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2210             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2211           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2212             annotation already exists on alignment</li>
2213           <li>oninit javascript function should be called after
2214             initialisation completes</li>
2215           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2216             alignment window display</li>
2217           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2218           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2219             to annotation file</li>
2220           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2221             groups created</li>
2222           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2223             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2224           <li>Pressing return several times causes Number Format
2225             exceptions in keyboard mode</li>
2226           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2227             correct partitions for input data</li>
2228           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2229           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2230           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2231           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2232             mode</li>
2233           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2234             changes one row&#39;s threshold</li>
2235           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2236             doesn&#39;t open</li>
2237           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2238             quality histograms</li>
2239         </ul>
2240       </td>
2241     </tr>
2242     <tr>
2243       <td><div align="center">
2244           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2245         </div></td>
2246       <td><em>Application</em>
2247         <ul>
2248           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2249             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2250           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2251             preferences</li>
2252           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2253             in Jalview alignment window</li>
2254           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2255             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2256           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2257             RNA and ambiguity codes</li>
2258
2259           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2260           <li>Support fetching and database reference look up
2261             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2262             refs')</li>
2263           <li>Jalview project improvements
2264             <ul>
2265               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2266                 flag for annotation</li>
2267               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2268                 alignment</li>
2269               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2270                 Jalview project</li>
2271
2272             </ul>
2273           </li>
2274           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2275           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2276             running</li>
2277           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2278           <li>visual indication that web service results are still
2279             being retrieved from server</li>
2280           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2281             starts up for first time</li>
2282           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2283             services</li>
2284           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2285             client library</li>
2286           <li>Examples directory and Groovy library included in
2287             InstallAnywhere distribution</li>
2288         </ul> <em>Applet</em>
2289         <ul>
2290           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2291             visualization applet example</li>
2292         </ul> <em>General</em>
2293         <ul>
2294           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2295           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2296             defaults</li>
2297           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2298             calculation</li>
2299           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2300             matrices
2301           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2302             in HTML</li>
2303           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2304             structure contacts</li>
2305           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2306           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2307           <li>Parse sequence associated secondary structure
2308             information in Stockholm files</li>
2309           <li>HTML Export database accessions and annotation
2310             information presented in tooltip for sequences</li>
2311           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2312             style RNA alignment files</li>
2313           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2314             alignment</li>
2315           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2316             shade each sequence according to its associated alignment
2317             annotation</li>
2318           <li>New Jalview Logo</li>
2319         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2320         <ul>
2321           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2322           <li>New Website!</li>
2323         </ul></td>
2324       <td><em>Application</em>
2325         <ul>
2326           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2327             wsdbfetch REST service</li>
2328           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2329           <li>Filetype associations not installed for webstart
2330             launch</li>
2331           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2332             job execution in full once it is complete</li>
2333           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2334             uploaded via ali_file parameter</li>
2335           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2336           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2337           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2338             submitted for prediction</li>
2339           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2340             desktop window</li>
2341           <li>Putting fractional value into integer text box in
2342             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2343           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2344             windows 7</li>
2345           <li>View all structures fails with exception shown in
2346             structure view</li>
2347           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2348             escaped in a platform independent way</li>
2349           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2350             using proxy</li>
2351           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2352             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2353           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2354             failure when java web start temporary file caching is
2355             disabled</li>
2356           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2357             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2358           <li>Errors during processing of command line arguments
2359             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2360           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2361             DAS sources in sequence fetcher</li>
2362           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2363             dialog is shown</li>
2364           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2365           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2366           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2367           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2368             on OSX Mountain Lion</li>
2369           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2370             sequences with alignment annotation are pasted into the
2371             alignment</li>
2372           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2373             when loaded from Jalview project</li>
2374           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2375           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2376             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2377           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2378             associated with all views</li>
2379           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2380             annotation rows to new window</li>
2381         </ul> <em>Applet</em>
2382         <ul>
2383           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2384             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2385           <li>loading features via javascript API automatically
2386             enables feature display</li>
2387           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2388             work</li>
2389         </ul> <em>General</em>
2390         <ul>
2391           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2392           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2393             and then deselected</li>
2394           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2395           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2396             coloured with clustalx</li>
2397           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2398             exceptions and redraw errors</li>
2399           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2400             reconfigured view</li>
2401           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2402             colour</li>
2403           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2404             for lots of labels</li>
2405         </ul>
2406     </tr>
2407     <tr>
2408       <td>
2409         <div align="center">
2410           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2411         </div>
2412       </td>
2413       <td><em>Application</em>
2414         <ul>
2415           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2416           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2417           <li>View/alignment association menu to enable user to
2418             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2419             its colours/correspondences from</li>
2420           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2421           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2422             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2423           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2424           <li>Annotation row column label formatting attributes
2425             stored in project file</li>
2426           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2427             rows preserved in Jalview project file</li>
2428           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2429             saved using Desktop window menu</li>
2430           <li>Visual indication that command line arguments are
2431             still being processed</li>
2432           <li>Groovy script execution from URL</li>
2433           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2434             preferences</li>
2435           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2436             alignment with sequences that have high similarity and
2437             matching IDs</li>
2438           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2439           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2440             structures in same window</li>
2441           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2442           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2443             analysis function in its own submenu</li>
2444         </ul> <em>Applet</em>
2445         <ul>
2446           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2447             groups</li>
2448           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2449           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2450           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2451           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2452           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2453             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2454           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2455           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2456             parameters are treated as such</li>
2457           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2458             <ul>
2459               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2460               <li>Javascript callbacks for
2461                 <ul>
2462                   <li>Applet initialisation</li>
2463                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2464                 </ul>
2465               </li>
2466               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2467                 functions</li>
2468               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2469               <li>javascript structure viewer harness to pass
2470                 messages between Jmol and Jalview when running as
2471                 distinct applets</li>
2472               <li>sortBy method</li>
2473               <li>Set of applet and application examples shipped
2474                 with documentation</li>
2475               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2476                 javascript message exchange</li>
2477             </ul>
2478         </ul> <em>General</em>
2479         <ul>
2480           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2481             multiple alignments</li>
2482           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2483           <li>User configurable link to enable redirects to a
2484             www.Jalview.org mirror</li>
2485           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2486           <li>Configurable newline string when writing alignment
2487             and other flat files</li>
2488           <li>Allow alignment annotation description lines to
2489             contain html tags</li>
2490         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2491         <ul>
2492           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2493             examples</li>
2494           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2495             using a web service before displaying the result in the
2496             Jalview desktop</li>
2497           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2498           <li>Ant target to publish example html files with applet
2499             archive</li>
2500           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2501           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2502         </ul></td>
2503       <td><em>Application</em>
2504         <ul>
2505           <li>User defined colourscheme throws exception when
2506             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2507           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2508             dialog for valid filename/format</li>
2509           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2510           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2511             P37173</li>
2512           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2513             which sequence is to be associated with the file</li>
2514           <li>Find All raises null pointer exception when query
2515             only matches sequence IDs</li>
2516           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2517           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2518             2.4 cannot be loaded</li>
2519           <li>Filetype associations not installed for webstart
2520             launch</li>
2521           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2522             with sequences in different alignments do not get coloured
2523             by their associated sequence</li>
2524           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2525             not preserved when project is loaded</li>
2526           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2527             stored in Jalview project</li>
2528           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2529             Jalview project</li>
2530           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2531           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2532             by conservation</li>
2533           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2534             created on new view</li>
2535           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2536             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2537           <li>Alignment quality not updated after alignment
2538             annotation row is hidden then shown</li>
2539           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2540             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2541           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2542             properly</li>
2543           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2544             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2545           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2546           <li>Structures imported from file and saved in project
2547             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2548           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2549             job execution in full once it is complete</li>
2550         </ul> <em>Applet</em>
2551         <ul>
2552           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2553             annotation rows are displayed</li>
2554           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2555             codebase</li>
2556           <li>View follows highlighting does not work for positions
2557             in sequences</li>
2558           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2559           <li>Export features raises exception when no features
2560             exist</li>
2561           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2562             for javascript api is modified when separator string
2563             provided as parameter</li>
2564           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2565             alignment with no existing selection</li>
2566           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2567             to applet&#39;s codebase</li>
2568           <li>Status bar not updated after finished searching and
2569             search wraps around to first result</li>
2570           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2571             several Jalview applets causes race conditions and memory
2572             leaks</li>
2573           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2574             not sent from Jmol in applet</li>
2575           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2576             applet API fatally hang browser</li>
2577         </ul> <em>General</em>
2578         <ul>
2579           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2580             position with wrapped view and hidden regions</li>
2581           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2582             with/without hidden columns</li>
2583           <li>Sequence length given in alignment properties window
2584             is off by 1</li>
2585           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2586             import PDB like structure files</li>
2587           <li>Positional search results are only highlighted
2588             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2589           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2590           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2591             given sequence position</li>
2592           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2593             output</li>
2594           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2595             from nucleotide chains correctly</li>
2596           <li>Structure colours not updated when tree partition
2597             changed in alignment</li>
2598           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2599             parsed in interleaved stockholm</li>
2600           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2601             state</li>
2602           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2603             properly</li>
2604           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2605             properly associated with their pdb files</li>
2606         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2607         <ul>
2608           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2609             ApplyCopyright tool</li>
2610         </ul></td>
2611     </tr>
2612     <tr>
2613       <td>
2614         <div align="center">
2615           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2616         </div>
2617       </td>
2618       <td><em>Application</em>
2619         <ul>
2620           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2621             contact web services</li>
2622           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2623             service job window</li>
2624           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2625         </ul></td>
2626       <td>
2627         <ul>
2628           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2629             pir file emitted by Jalview</li>
2630           <li>Existing feature settings transferred to new
2631             alignment view created from cut'n'paste</li>
2632           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2633             parsing PDB files</li>
2634           <li>Consensus and conservation annotation rows
2635             occasionally become blank for all new windows</li>
2636           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2637             in wrapped view mode</li>
2638         </ul> <em>Application</em>
2639         <ul>
2640           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2641             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2642           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2643             parameter names</li>
2644           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2645             is down</li>
2646         </ul>
2647       </td>
2648     </tr>
2649     <tr>
2650       <td>
2651         <div align="center">
2652           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2653         </div>
2654       </td>
2655       <td><em>Application</em>
2656         <ul>
2657           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2658             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2659             (JABAWS)
2660           </li>
2661           <li>Web Services preference tab</li>
2662           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2663             preferences</li>
2664           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2665           <li>Superpose structures using associated sequence
2666             alignment</li>
2667           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2668             viewer</li>
2669         </ul> <em>Applet</em>
2670         <ul>
2671           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2672             link out mechanism</li>
2673         </ul> <em>Other</em>
2674         <ul>
2675           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2676             series 12</li>
2677           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2678             require Java 1.5</li>
2679           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2680             sequence annotation files</li>
2681           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2682             type colour specification</li>
2683           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2684             script to check if it being run in an interactive session or
2685             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2686         </ul></td>
2687       <td>
2688         <ul>
2689           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2690             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2691         </ul> <em>Application</em>
2692         <ul>
2693           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2694             selected Regions menu item</li>
2695           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2696             part of a valid accession ID</li>
2697           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2698             runs out of memory</li>
2699           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2700             analysis results</li>
2701           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2702             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2703           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2704         </ul> <em>Applet</em>
2705         <ul>
2706           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2707             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2708             defined.</li>
2709         </ul>
2710       </td>
2711     </tr>
2712     <tr>
2713       <td>
2714         <div align="center">
2715           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2716         </div>
2717       </td>
2718       <td></td>
2719       <td>
2720         <ul>
2721           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2722             sequence IDs</li>
2723           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2724             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2725           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2726             import correctly</li>
2727           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2728             number of columns are hidden</li>
2729           <li>annotation label popup menu not providing correct
2730             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2731             present</li>
2732           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2733             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2734           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2735             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2736
2737         </ul> <em>Applet</em>
2738         <ul>
2739           <li>annotation panel disappears when annotation is
2740             hidden/removed</li>
2741         </ul> <em>Application</em>
2742         <ul>
2743           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2744             alignment opened where annotation panel is visible but no
2745             annotations are present on alignment</li>
2746           <li>pasted region containing hidden columns is
2747             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2748           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2749             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2750           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2751             selected Rregions menu item.</li>
2752           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2753             'Un' or 'Non'conserved</li>
2754           <li>Sequence feature settings are being shared by
2755             multiple distinct alignments</li>
2756           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2757             changed</li>
2758           <li>double click on group annotation to select sequences
2759             does not propagate to associated trees</li>
2760           <li>Mac OSX specific issues:
2761             <ul>
2762               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2763                 window background</li>
2764               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2765                 name set correctly</li>
2766               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2767                 save feature colourscheme button</li>
2768             </ul>
2769           </li>
2770         </ul>
2771       </td>
2772     </tr>
2773     <tr>
2774
2775       <td>
2776         <div align="center">
2777           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2778         </div>
2779       </td>
2780       <td><em>New Capabilities</em>
2781         <ul>
2782           <li>URL links generated from description line for
2783             regular-expression based URL links (applet and application)
2784
2785           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2786             menu</li>
2787           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2788             structures</li>
2789           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2790             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2791           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2792             average score or total feature count for each sequence.</li>
2793           <li>Shading features by score or associated description</li>
2794           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2795             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2796           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2797             hide everything but the currently selected region.</li>
2798           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2799         </ul> <em>Application</em>
2800         <ul>
2801           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2802             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2803           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2804             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2805           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2806             database references and protein_name is parsed as
2807             description line (BioSapiens terms).</li>
2808           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2809             references in sequence ID tooltip from View menu in
2810             application.</li>
2811           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2812       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2813           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2814             conservation plots</li>
2815           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2816             and visualized as sequence logos</li>
2817           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2818             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2819           </li>
2820           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2821             when a new tree is opened.</li>
2822           <li>Jalview Java Console</li>
2823           <li>Better placement of desktop window when moving
2824             between different screens.</li>
2825           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2826             consensus annotation</li>
2827           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2828             Workflows</li>
2829           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2830             <ul>
2831               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2832                 used to preserve views, structures, and tree display
2833                 settings)</li>
2834               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2835                 command line</li>
2836               <li>Sharing of selected regions between views and
2837                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2838               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2839             </ul></li>
2840         </ul> <em>Applet</em>
2841         <ul>
2842           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2843           <li>New Parameters
2844             <ul>
2845               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2846                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2847                 opened.</li>
2848               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2849                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2850               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2851                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2852               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2853                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2854                 view</li>
2855               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2856                 increase the height or width of a cell in the alignment
2857                 grid relative to the current font size.</li>
2858             </ul>
2859           </li>
2860           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2861             tooltip</li>
2862         </ul> <em>Other</em>
2863         <ul>
2864           <li>Features format: graduated colour definitions and
2865             specification of feature scores</li>
2866           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2867             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2868             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2869           <li>XML formats extended to support graduated feature
2870             colourschemes, group associated annotation, and profile
2871             visualization settings.</li></td>
2872       <td>
2873         <ul>
2874           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2875             rather than description</li>
2876           <li>Non-positional features are now included in sequence
2877             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2878             visibility in tooltip).</li>
2879           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2880           <li>Added URL embedding instructions to features file
2881             documentation.</li>
2882           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2883             'X' in peptide product</li>
2884           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2885             sequence ID and sequence string and query strings do not
2886             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2887           <li>AMSA files only contain first column of
2888             multi-character column annotation labels</li>
2889           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2890             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2891             exported and re-imported)</li>
2892           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2893             name</li>
2894           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2895             as subsequence matches, and correctly reports total number
2896             of both.</li>
2897           <li>Application:
2898             <ul>
2899               <li>Better handling of exceptions during sequence
2900                 retrieval</li>
2901               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2902                 link text excludes the start_end suffix</li>
2903               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2904                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2905               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2906               <li>Sequence description lines properly shared via
2907                 VAMSAS</li>
2908               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2909                 data sources</li>
2910               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2911                 completes before alignment figures are generated.</li>
2912               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2913                 first time.</li>
2914               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2915                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2916               <li>User defined group colours properly recovered
2917                 from Jalview projects.</li>
2918             </ul>
2919           </li>
2920         </ul>
2921       </td>
2922
2923     </tr>
2924     <tr>
2925       <td>
2926         <div align="center">
2927           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2928         </div>
2929       </td>
2930       <td>
2931         <ul>
2932           <li>Experimental support for google analytics usage
2933             tracking.</li>
2934           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2935         </ul>
2936       </td>
2937       <td>
2938         <ul>
2939           <li>Race condition in applet preventing startup in
2940             jre1.6.0u12+.</li>
2941           <li>Exception when feature created from selection beyond
2942             length of sequence.</li>
2943           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2944           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2945             all sequences with a given id</li>
2946           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2947             ID string searches</li>
2948           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2949             alignment to fail with exception</li>
2950         </ul> <em>Application Issues</em>
2951         <ul>
2952           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2953           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2954             data sources</li>
2955         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2956         <ul>
2957           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2958             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2959           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2960             version (java class versioning error fixed)</li>
2961         </ul>
2962       </td>
2963     </tr>
2964     <tr>
2965       <td>
2966
2967         <div align="center">
2968           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2969         </div>
2970       </td>
2971       <td><em>User Interface</em>
2972         <ul>
2973           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2974             translation and protein products</li>
2975           <li>Linked highlighting of structure associated with
2976             residue mapping to codon position</li>
2977           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2978             and 'clear' button</li>
2979           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2980             Tools menu</li>
2981           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2982             numeric data in description line</li>
2983           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2984           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2985             of sequence</li>
2986         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2987         <ul>
2988           <li>JPred3 web service</li>
2989           <li>Prototype sequence search client (no public services
2990             available yet)</li>
2991           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2992             PFAM</li>
2993           <li>URL Links created for matching database cross
2994             references as well as sequence ID</li>
2995           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2996         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2997         <ul>
2998           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2999             databases</li>
3000           <li>Generalised database reference retrieval and
3001             validation to all fetchable databases</li>
3002           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3003             sequence command</li>
3004         </ul> <em>Import and Export</em>
3005         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3006         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3007           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3008         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3009           File</li>
3010         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3011           triplet as name of colourscheme</li>
3012         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3013         <ul>
3014           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3015           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3016             alignments (experimental)</li>
3017           <li>Create new or select existing session to join</li>
3018           <li>load and save of vamsas documents</li>
3019         </ul> <em>Application command line</em>
3020         <ul>
3021           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3022             from applet)</li>
3023           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3024             of DAS servers to query for alignment features</li>
3025           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3026             that are also automatically queried for features</li>
3027           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3028             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3029         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3030         <ul>
3031           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3032             application (when using &quot;View in full
3033             application&quot;)</li>
3034         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3035         <ul>
3036           <li>feature group display control parameter</li>
3037           <li>debug parameter</li>
3038           <li>showbutton parameter</li>
3039         </ul> <em>Applet API methods</em>
3040         <ul>
3041           <li>newView public method</li>
3042           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3043           <li>Feature display control methods</li>
3044           <li>get list of currently selected sequences</li>
3045         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3046         <ul>
3047           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3048           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3049             Jalview release.</li>
3050           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3051             property controls execution of obfuscator</li>
3052           <li>Build target for generating source distribution</li>
3053           <li>Debug flag for javacc</li>
3054           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3055             jalview.bin.Cache</li>
3056           <li>Continuous Build Integration for stable and
3057             development version of Application, Applet and source
3058             distribution</li>
3059         </ul></td>
3060       <td>
3061         <ul>
3062           <li>selected region output includes visible annotations
3063             (for certain formats)</li>
3064           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3065             for editing</li>
3066           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3067           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3068           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3069           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3070             comments</li>
3071           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3072             filenames containing a ':'</li>
3073           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3074             global sequence features</li>
3075           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3076             references from alignment sequences goes to zero</li>
3077           <li>Close of tree branch colour box without colour
3078             selection causes cascading exceptions</li>
3079           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3080           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3081             file parsing fails.</li>
3082           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3083           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3084             not a valid output format</li>
3085           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3086             vamsas</li>
3087           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3088           <li>error messages passed up and output when data read
3089             fails</li>
3090           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3091             sequence is edited</li>
3092           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3093             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3094           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3095             filetype</li>
3096           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3097             import fixed for PFAM records</li>
3098           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3099             window list</li>
3100           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3101             can be read and written correctly to annotation file</li>
3102           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3103             correctly</li>
3104           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3105             non-italic font for representatives in Applet</li>
3106           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3107             Macs.</li>
3108           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3109             Applet)</li>
3110           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3111             due to null pointer exceptions</li>
3112           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3113             first column of alignment</li>
3114           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3115             July 2008</li>
3116           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3117             file is case-insensitive</li>
3118           <li>Sequence features read from Features file appended to
3119             all sequences with matching IDs</li>
3120           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3121             containing a sub-sequence</li>
3122           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3123           <li>feature and annotation file applet parameters
3124             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3125           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3126           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3127             splash-screen version check to complete</li>
3128           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3129             when passing them to the launchApp service</li>
3130           <li>display name and local features preserved in results
3131             retrieved from web service</li>
3132           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3133             sequence fetcher initialisation</li>
3134           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3135             dasobert DAS client</li>
3136           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3137             association</li>
3138           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3139             sequences
3140           </li>
3141         </ul>
3142       </td>
3143     </tr>
3144     <tr>
3145       <td>
3146         <div align="center">
3147           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3148         </div>
3149       </td>
3150       <td>
3151         <ul>
3152           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3153           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3154           <li>Slide sequences</li>
3155           <li>Edit sequence in place</li>
3156           <li>EMBL CDS features</li>
3157           <li>DAS Feature mapping</li>
3158           <li>Feature ordering</li>
3159           <li>Alignment Properties</li>
3160           <li>Annotation Scores</li>
3161           <li>Sort by scores</li>
3162           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3163         </ul>
3164       </td>
3165       <td>
3166         <ul>
3167           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3168           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3169           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3170           <li>Feature group display state in XML</li>
3171           <li>Feature ordering in XML</li>
3172           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3173           <li>Stockholm alignment properties</li>
3174           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3175           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3176           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3177           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3178         </ul>
3179       </td>
3180
3181     </tr>
3182     <tr>
3183       <td>
3184         <div align="center">
3185           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3186         </div>
3187       </td>
3188       <td>
3189         <ul>
3190           <li>Non standard characters can be read and displayed
3191           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3192             applet via textbox
3193           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3194             name &amp; description
3195           <li>Preference setting to display sequence name in
3196             italics
3197           <li>Annotation file format extended to allow
3198             Sequence_groups to be defined
3199           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3200             specified in preferences
3201           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3202             sequences
3203         </ul>
3204       </td>
3205       <td>
3206         <ul>
3207           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3208             installed
3209           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3210           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3211         </ul>
3212       </td>
3213     </tr>
3214     <tr>
3215       <td>
3216         <div align="center">
3217           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3218         </div>
3219       </td>
3220       <td>
3221         <ul>
3222           <li>Multiple views on alignment
3223           <li>Sequence feature editing
3224           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3225           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3226           <li>Background dependent text colour
3227           <li>Right align sequence ids
3228           <li>User-defined lower case residue colours
3229           <li>Format Menu
3230           <li>Select Menu
3231           <li>Menu item accelerator keys
3232           <li>Control-V pastes to current alignment
3233           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3234           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3235           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3236
3237           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3238         </ul>
3239       </td>
3240       <td>
3241         <ul>
3242           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3243           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3244             calculations
3245           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3246             edits
3247           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3248             of alignment)
3249           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3250
3251           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3252             display correctly
3253           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3254           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3255             analysis results
3256           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3257             &#8739;
3258           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3259           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3260           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3261
3262         </ul>
3263       </td>
3264     </tr>
3265     <tr>
3266       <td>
3267         <div align="center">
3268           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3269         </div>
3270       </td>
3271       <td>
3272         <ul>
3273           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3274         </ul>
3275       </td>
3276       <td>
3277         <ul>
3278           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3279             sequence id panel has been resized</li>
3280           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3281             rendered</li>
3282           <li>Annotation files with sequence references - all
3283             elements in file are relative to sequence position</li>
3284           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3285         </ul>
3286       </td>
3287     </tr>
3288     <tr>
3289       <td>
3290         <div align="center">
3291           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3292         </div>
3293       </td>
3294       <td>
3295         <ul>
3296           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3297           <li>DAS Feature fetching</li>
3298           <li>Hide sequences and columns</li>
3299           <li>Export Annotations and Features</li>
3300           <li>GFF file reading / writing</li>
3301           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3302             files</li>
3303           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3304           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3305           <li>Applet can launch the full application</li>
3306           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3307             required)</li>
3308           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3309           <li>Applet can load sequences from parameter
3310             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3311           </li>
3312         </ul>
3313       </td>
3314       <td>
3315         <ul>
3316           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3317           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3318           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3319         </ul>
3320       </td>
3321     </tr>
3322     <tr>
3323       <td>
3324         <div align="center">
3325           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3326         </div>
3327       </td>
3328       <td>
3329         <ul>
3330           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3331           <li>Choose to match case when searching</li>
3332           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3333             expand the visible width and height of the alignment</li>
3334         </ul>
3335       </td>
3336       <td>
3337         <ul>
3338           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3339         </ul>
3340       </td>
3341     </tr>
3342     <tr>
3343       <td>
3344         <div align="center">
3345           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3346         </div>
3347       </td>
3348       <td>&nbsp;</td>
3349       <td>
3350         <ul>
3351           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3352           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3353             value</li>
3354         </ul>
3355       </td>
3356     </tr>
3357     <tr>
3358       <td>
3359         <div align="center">
3360           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3361         </div>
3362       </td>
3363       <td>
3364         <ul>
3365           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3366           <li>Keyboard editing</li>
3367           <li>Create sequence features from searches</li>
3368           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3369             alignments</li>
3370           <li>Features file allows grouping of features</li>
3371           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3372           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3373           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3374         </ul>
3375       </td>
3376       <td>
3377         <ul>
3378           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3379           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3380             descriptions saved.</li>
3381         </ul>
3382       </td>
3383     </tr>
3384     <tr>
3385       <td>
3386         <div align="center">
3387           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3388         </div>
3389       </td>
3390       <td>
3391         <ul>
3392           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3393           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3394           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3395             name for file output</li>
3396           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3397           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3398             used for HTML form input</li>
3399         </ul>
3400       </td>
3401       <td>
3402         <ul>
3403           <li>HTML output writes groups and features</li>
3404           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3405           <li>File IO bugs</li>
3406         </ul>
3407       </td>
3408     </tr>
3409     <tr>
3410       <td>
3411         <div align="center">
3412           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3413         </div>
3414       </td>
3415       <td>
3416         <ul>
3417           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3418           <li>More options for PCA viewer</li>
3419         </ul>
3420       </td>
3421       <td>
3422         <ul>
3423           <li>GUI bugs resolved</li>
3424           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3425         </ul>
3426       </td>
3427     </tr>
3428     <tr>
3429       <td height="63">
3430         <div align="center">
3431           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3432         </div>
3433       </td>
3434       <td>
3435         <ul>
3436           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3437           <li>Jar files are executable</li>
3438           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3439         </ul>
3440       </td>
3441       <td>
3442         <ul>
3443           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3444           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3445           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3446         </ul>
3447       </td>
3448     </tr>
3449     <tr>
3450       <td>
3451         <div align="center">
3452           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3453         </div>
3454       </td>
3455       <td>
3456         <ul>
3457           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3458         </ul>
3459       </td>
3460       <td>
3461         <ul>
3462           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3463         </ul>
3464       </td>
3465     </tr>
3466     <tr>
3467       <td>
3468         <div align="center">
3469           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3470         </div>
3471       </td>
3472       <td>
3473         <ul>
3474           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3475             size</li>
3476         </ul>
3477       </td>
3478       <td>
3479         <ul>
3480           <li>Improved JPred client reliability</li>
3481           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3482         </ul>
3483       </td>
3484     </tr>
3485     <tr>
3486       <td>
3487         <div align="center">
3488           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3489         </div>
3490       </td>
3491       <td>
3492         <ul>
3493           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3494           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3495           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3496             to Colour Menu</li>
3497           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3498           <li>Unix users can set default web browser</li>
3499           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3500           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3501         </ul>
3502       </td>
3503       <td>
3504         <ul>
3505           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3506         </ul>
3507       </td>
3508     </tr>
3509     <tr>
3510       <td>
3511         <div align="center">
3512           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3513         </div>
3514       </td>
3515       <td>&nbsp;</td>
3516       <td>
3517         <ul>
3518           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3519             alignment order.</li>
3520         </ul>
3521       </td>
3522     </tr>
3523     <tr>
3524       <td>
3525         <div align="center">
3526           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3527         </div>
3528       </td>
3529       <td>
3530         <ul>
3531           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3532           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3533           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3534             annotations.</li>
3535           <li>Version and build date written to build properties
3536             file.</li>
3537           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3538             at launch of Jalview.</li>
3539         </ul>
3540       </td>
3541       <td>
3542         <ul>
3543           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3544           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3545           <li>Can remove groups one by one.</li>
3546           <li>Filechooser icons installed.</li>
3547           <li>Finder ignores return character when searching.
3548             Return key will initiate a search.<br>
3549           </li>
3550         </ul>
3551       </td>
3552     </tr>
3553     <tr>
3554       <td>
3555         <div align="center">
3556           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3557         </div>
3558       </td>
3559       <td>
3560         <ul>
3561           <li>New codebase</li>
3562         </ul>
3563       </td>
3564       <td>&nbsp;</td>
3565     </tr>
3566   </table>
3567   <p>&nbsp;</p>
3568 </body>
3569 </html>