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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
  51             <em>16/10/2015</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td>
  55       <em>General</em>
  56       <ul>
  57             <li>Time stamps for signed Jalview application and applet jars</li>
  58       </ul>
  59       </td>
  60       <td>
  61         <div align="left">
  62         <em>Application</em><ul>
  63           <li>Duplicate group consensus and conservation rows shown when tree is partitioned</li>
  64             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with multiple cDNA/Protein split views</li>
  65             </ul>
  66         </div>
  67       </td>
  68     </tr>
  69     <tr>
  70       <td width="60" nowrap>
  71         <div align="center">
  72           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
  73             <em>8/10/2015</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td>
  77       <em>General</em>
  78       <ul>
  79             <li>Updated Spanish translations of localized text for 2.9</li>
  80       </ul>
  81       <em>Application</em><ul>
  82       <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
  83       <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
  84       <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li></ul>
  85         <em>Applet</em>
  86         <ul><li>Split frame example added to applet examples page</li>
  87             </ul>
  88       </td>
  89       <td>
  90         <div align="left">
  91         <em>General</em>
  92           <ul>
  93             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames incorrect when sequence start > 1</li>
  94             <li>Broken images in filter column by annotation dialog documentation</li>
  95             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
  96             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when loading a features file containing HTML tags in feature description</li>
  97
  98           </ul>
  99       <em>Application</em><ul>
 100             <li>Annotations corrupted after BioJS export and reimport</li>
 101             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References with 'trim retrieved sequences'</li>
 102             <li>Incorrect warning about deleting all data when deleting selected columns</li>
 103             <li>Patch to build system for shipping properly signed JNLP templates for webstart launch</li>
 104             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer unreleased structures for download or viewing</li>
 105             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 106             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 107             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not recovered from jalview project</li>
 108             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to alignment view</li>
 109             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee color schemes from BioJSON</li>
 110             </ul>
 111       <em>Applet</em><ul>
 112             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split frame</li>
 113             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 114             </ul>
 115         </div>
 116       </td>
 117     </tr>
 118     <tr>
 119       <td><div align="center">
 120           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 121         </div></td>
 122       <td><em>General</em>
 123         <ul>
 124           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 125             alignments:
 126             <ul>
 127               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 128                 and DNA alignment views</li>
 129               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 130                 cDNA alignment views</li>
 131               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 132                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 133               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 134                 protein sequences</li>
 135             </ul>
 136           </li>
 137           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 138           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 139             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 140           <li>New alignment annotation file statements for
 141             reference sequences and marking hidden columns</li>
 142           <li>Reference sequence based alignment shading to
 143             highlight variation</li>
 144           <li>Select or hide columns according to alignment
 145             annotation</li>
 146           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 147           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 148             acid conservation row</li>
 149           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 150         </ul> <em>Application</em>
 151         <ul>
 152           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 153             <ul>
 154               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 155                 view with cDNA/Protein</li>
 156               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 157                 sequences are placed in the same alignment</li>
 158               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 159                 projects</li>
 160             </ul>
 161           </li>
 162
 163           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 164           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 165             Jalview windows</li>
 166
 167           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 168           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 169           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 170             be shown in VARNA</li>
 171
 172           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 173             as the active selected region</li>
 174
 175           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 176             similarity</li>
 177           <li>New Export options
 178             <ul>
 179               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 180                 region export in flat file generation</li>
 181
 182               <li>Export alignment views for display with the <a
 183                 href="http://biojs.io/d/msa">BioJS MSAViewer</a></li>
 184
 185               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 186               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 187                 alignment figures to HTML</li>
 188           </li>
 189           <li>3D structure retrieval and display
 190             <ul>
 191               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 192                 Search API</li>
 193               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 194                 PDB structures for a sequence set</li>
 195             </ul>
 196           </li>
 197
 198           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 199             predictions</li>
 200           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 201             for one or a group of sequences</li>
 202           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 203             from the JPred4 web server</li>
 204           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 205             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 206             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 207           </li>
 208           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 209             VARNA 2D Structure'</li>
 210           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 211             Structure ..."</li>
 212
 213         </ul> <em>Applet</em>
 214         <ul>
 215           <li>New layout for applet example pages</li>
 216           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 217             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 218           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 219             Protein alignments</li>
 220         </ul> <em>Development and deployment</em>
 221         <ul>
 222           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 223           <li>Include installation type and git revision in build
 224             properties and console log output</li>
 225           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 226             storing BioJsMSA Templates</li>
 227           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 228         </ul></td>
 229       <td>
 230         <!-- <em>General</em>
 231         <ul>
 232         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 233         <ul>
 234           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 235           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 236           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 237             predictions are not highlighted in amber</li>
 238           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 239             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 240           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 241             associated structure views</li>
 242           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 243             width checkbox not enabled</li>
 244           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 245             creating user defined colours</li>
 246           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 247             mappings for just that viewer's sequences</li>
 248           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 249             multiple models in Chimera</li>
 250           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 251             over Jmol structure</li>
 252           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 253             output to text box</li>
 254           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 255             have incorrect sequence start/end</li>
 256           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 257             Jalview fails</li>
 258           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 259             work for nucleotide</li>
 260           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 261             to a grey/invisible alignment window</li>
 262           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 263             imports to different position</li>
 264           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 265             on some platforms</li>
 266           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 267             populated</li>
 268           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 269             console if Chimera has been opened</li>
 270           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 271           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 272             retrieved</li>
 273           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 274           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 275             either sequence shows on first structure</li>
 276           <li>'Show annotations' options should not make
 277             non-positional annotations visible</li>
 278           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 279             in right place after 'view flanking regions'</li>
 280           <li>File Save As type unset when current file format is
 281             unknown</li>
 282           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 283             projects</li>
 284           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 285             responsive</li>
 286           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 287             several views on same alignment</li>
 288           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 289           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 290             spaces</li>
 291         </ul> <em>Applet</em>
 292         <ul>
 293           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 294           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 295             descriptions containing angle brackets</li>
 296         </ul> <em>General</em>
 297         <ul>
 298           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 299             via jalview annotation file</li>
 300           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 301             with RNA secondary structure</li>
 302           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 303             translation doesn't work.</li>
 304           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 305           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 306             positions</li>
 307           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 308             choosing 1pt font</li>
 309           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 310             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 311             'h'</li>
 312           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 313             new feature</li>
 314           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 315             order dependent</li>
 316           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 317             sequences</li>
 318           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 319         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 320         <ul>
 321           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 322             www.jalview.org</li>
 323         </ul> <em>Application Known issues</em>
 324         <ul>
 325           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 326           <li>Misleading message appears after trying to delete
 327             solid column.</li>
 328           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 329             version launches</li>
 330           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 331             fails with a sequence mismatch</li>
 332           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 333             scrolling alignment to right</li>
 334           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 335             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 336           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 337             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 338           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 339             ultra-high resolution</li>
 340           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 341             quality and conservation</li>
 342           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 343             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 344         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 345         <ul>
 346           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 347           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 348             window is being resized</li>
 349
 350         </ul>
 351       </td>
 352     </tr>
 353     <tr>
 354       <td><div align="center">
 355           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 356         </div></td>
 357       <td><em>General</em>
 358         <ul>
 359           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 360             Certum.PL.</li>
 361           <li>Features and annotation preserved when performing
 362             pairwise alignment</li>
 363           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 364             imported/exported/displayed</li>
 365           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 366             protein secondary structure</li>
 367           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 368               post-hoc with 2.9 release</em>)
 369           </li>
 370
 371         </ul> <em>Application</em>
 372         <ul>
 373           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 374             with 3D structures</li>
 375           <li>Support for parsing RNAML</li>
 376           <li>Annotations menu for layout
 377             <ul>
 378               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 379               <li>place sequence annotation above/below alignment
 380                 annotation</li>
 381             </ul>
 382           <li>Output in Stockholm format</li>
 383           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 384             translation</li>
 385           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 386           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 387             shared between alignments</li>
 388           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 389             Jalview</li>
 390           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 391             all or current selection</li>
 392           <li>disorder and secondary structure predictions
 393             available as dataset annotation</li>
 394           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 395
 396
 397           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 398             alignments from Rfam</li>
 399           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 400
 401           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 402             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 403           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 404           <li>include installation type in build properties and
 405             console log output</li>
 406           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 407             annotation</li>
 408         </ul></td>
 409       <td>
 410         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 411         <ul>
 412           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 413             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 414           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 415             alignment</li>
 416           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 417           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 418           <li>Double click on sequence associated annotation
 419             selects only first column</li>
 420           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 421             leaves shown in tree</li>
 422           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 423             properly</li>
 424           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 425           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 426             screen and buttons not visible</li>
 427           <li>author list isn't updated if already written to
 428             Jalview properties</li>
 429           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 430             from database</li>
 431           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 432           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 433             browser search window</li>
 434           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 435             in feature settings dialog</li>
 436           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 437             desktop</li>
 438           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 439             pass validation</li>
 440           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 441             fit on screen</li>
 442           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 443             tooltip</li>
 444           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 445             defined user preset</li>
 446           <li>MSA web services warns user if they were launched
 447             with invalid input</li>
 448           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 449             Java 8</li>
 450           <li>
 451             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 452             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 453             created
 454           </li>
 455
 456         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 457                                 <ul>
 458                                 </ul> <em>General</em>
 459                                 <ul>
 460                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 461         <ul>
 462           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 463             memory allocation</li>
 464           <li>launchApp service doesn't automatically open
 465             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 466           <li>
 467             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 468             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 469             1.7_055 is available
 470           </li>
 471         </ul> <em>Application Known issues</em>
 472         <ul>
 473           <li>
 474             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 475             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 476             alignment to right
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 480             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 481             with large number of ID
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 485             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 486             start/end
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 490             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 491             structure tracks are rearranged
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 495             invalid rna structure positional highlighting does not
 496             highlight position of invalid base pairs
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 500             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 501             project from alignment window file menu
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 505             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 506             structures
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 510             colour by RNA Helices not enabled when user created
 511             annotation added to alignment
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
 515             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
 516           </li>
 517         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 518         <ul>
 519           <li>
 520             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
 521             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
 525             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
 526           </li>
 527
 528           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
 529             when selected</li>
 530         </ul>
 531       </td>
 532     </tr>
 533     <tr>
 534       <td><div align="center">
 535           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
 536         </div></td>
 537       <td>
 538         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
 539         <em>General</em>
 540         <ul>
 541           <li>Internationalisation of user interface (usually
 542             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
 543           <li>Define/Undefine group on current selection with
 544             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
 545           <li>Improved group creation/removal options in
 546             alignment/sequence Popup menu</li>
 547           <li>Sensible precision for symbol distribution
 548             percentages shown in logo tooltip.</li>
 549           <li>Annotation panel height set according to amount of
 550             annotation when alignment first opened</li>
 551         </ul> <em>Application</em>
 552         <ul>
 553           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
 554             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
 555           <li>Select columns containing particular features from
 556             Feature Settings dialog</li>
 557           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
 558             sequences</li>
 559           <li>Update Jalview project format:
 560             <ul>
 561               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
 562               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
 563                 store secondary structure annotation,etc)</li>
 564               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
 565                 colouring</li>
 566             </ul>
 567           </li>
 568           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
 569             (PAM250)</li>
 570           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
 571             flanking regions for an alignment</li>
 572         </ul>
 573       </td>
 574       <td>
 575         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 576         <ul>
 577           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
 578             running after job is cancelled</li>
 579           <li>cannot export features from alignments imported from
 580             Jalview/VAMSAS projects</li>
 581           <li>Buggy slider for web service parameters that take
 582             float values</li>
 583           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
 584             have 'display all symbols' flag set</li>
 585           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
 586             annotation shading not saved in Jalview project</li>
 587           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
 588             Jalview</li>
 589           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
 590             Lion/Webstart</li>
 591           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
 592           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
 593           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
 594             alignment onto desktop</li>
 595           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
 596             'extract scores' function</li>
 597           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
 598             alignment window</li>
 599           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
 600             performing IUPred disorder prediction</li>
 601           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
 602             changing 'normalise logo' display setting</li>
 603           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
 604             nothing matches query</li>
 605           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
 606             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
 607           </li>
 608           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
 609             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
 610           </li>
 611           <li>Not all working JABAWS services are shown in
 612             Jalview's menu</li>
 613           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
 614             'invalid literal/length code'</li>
 615           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
 616             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
 617           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
 618             colourscheme</li>
 619
 620         </ul> <em>Applet</em>
 621         <ul>
 622           <li>Remove group option is shown even when selection is
 623             not a group</li>
 624           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
 625             don't affect groups</li>
 626           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
 627             colourscheme name</li>
 628           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
 629             Annotation panel is not displayed</li>
 630           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
 631             embedded windows</li>
 632         </ul> <em>Other</em>
 633         <ul>
 634           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
 635             single sequence were not calculated</li>
 636           <li>annotation files that contain only groups imported as
 637             annotation and junk sequences</li>
 638           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
 639             recognised as PFAM or BLC</li>
 640           <li>conservation/PID slider apply all groups option
 641             doesn't affect background (2.8.0b1)
 642           <li></li>
 643           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
 644           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
 645             trailing gaps</li>
 646           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
 647             registered correctly on import</li>
 648           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
 649             certain alignments</li>
 650           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
 651             existing annotation based 'use original colours'
 652             colourscheme loses original colours setting</li>
 653         </ul>
 654       </td>
 655     </tr>
 656     <tr>
 657       <td><div align="center">
 658           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
 659           <em>30/1/2014</em></strong>
 660         </div></td>
 661       <td>
 662         <ul>
 663           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
 664             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
 665             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
 666             open source project).
 667           </li>
 668           <li>Jalview SRS links replaced by Uniprot and EBI-search
 669           </li>
 670           <li>Output in Stockholm format</li>
 671           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
 672           <li>Export/import group and sequence associated line
 673             graph thresholds</li>
 674           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
 675             ambiguity codes</li>
 676           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
 677             selection (or visible selection) in the same way that JPred
 678             works</li>
 679           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
 680         </ul> <em>Other improvements</em>
 681         <ul>
 682           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
 683           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
 684             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
 685           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
 686             files</li>
 687           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
 688           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
 689             link but no description</li>
 690           <li>Select primary source when selecting authority in
 691             database fetcher GUI</li>
 692           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
 693             Jalview</li>
 694           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
 695         </ul>
 696       </td>
 697       <td>
 698         <ul>
 699           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
 700             displayed</li>
 701           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
 702             secondary structure annotation line</li>
 703           <li>Sequence database accessions not imported when
 704             fetching alignments from Rfam</li>
 705           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
 706             identical IDs</li>
 707           <li>View all structures does not always superpose
 708             structures</li>
 709           <li>Option widgets in service parameters not updated to
 710             reflect user or preset settings</li>
 711           <li>Null pointer exceptions for some services without
 712             presets or adjustable parameters</li>
 713           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
 714             discover PDB xRefs</li>
 715           <li>Exception encountered while trying to retrieve
 716             features with DAS</li>
 717           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
 718             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
 719           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
 720             residue follows a gap</li>
 721           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
 722             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
 723           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
 724             shown in wrap mode when no annotations present</li>
 725           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
 726             annotation already exists on alignment</li>
 727           <li>oninit javascript function should be called after
 728             initialisation completes</li>
 729           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
 730             alignment window display</li>
 731           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
 732           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
 733             to annotation file</li>
 734           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
 735             groups created</li>
 736           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
 737             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
 738           <li>Pressing return several times causes Number Format
 739             exceptions in keyboard mode</li>
 740           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
 741             correct partitions for input data</li>
 742           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
 743           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
 744           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
 745           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
 746             mode</li>
 747           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
 748             changes one row&#39;s threshold</li>
 749           <li>Preferences and Feature settings panel panel
 750             doesn&#39;t open</li>
 751           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
 752             quality histograms</li>
 753         </ul>
 754       </td>
 755     </tr>
 756     <tr>
 757       <td><div align="center">
 758           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
 759         </div></td>
 760       <td><em>Application</em>
 761         <ul>
 762           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
 763             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
 764           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
 765             preferences</li>
 766           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
 767             in Jalview alignment window</li>
 768           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
 769             mountain lion, windows 7, and 8</li>
 770           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
 771             RNA and ambiguity codes</li>
 772
 773           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
 774           <li>Support fetching and database reference look up
 775             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
 776             refs')</li>
 777           <li>Jalview project improvements
 778             <ul>
 779               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
 780                 flag for annotation</li>
 781               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
 782                 alignment</li>
 783               <li>Store AACon calculation settings for a view in
 784                 Jalview project</li>
 785
 786             </ul>
 787           </li>
 788           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
 789           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
 790             running</li>
 791           <li>Simpler JABA web services menus</li>
 792           <li>visual indication that web service results are still
 793             being retrieved from server</li>
 794           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
 795             starts up for first time</li>
 796           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
 797             services</li>
 798           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
 799             client library</li>
 800           <li>Examples directory and Groovy library included in
 801             InstallAnywhere distribution</li>
 802         </ul> <em>Applet</em>
 803         <ul>
 804           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
 805             visualization applet example</li>
 806         </ul> <em>General</em>
 807         <ul>
 808           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
 809           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
 810             defaults</li>
 811           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
 812             calculation</li>
 813           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
 814             matrices
 815           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
 816             in HTML</li>
 817           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
 818             structure contacts</li>
 819           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
 820           <li>RNA base pair logo consensus</li>
 821           <li>Parse sequence associated secondary structure
 822             information in Stockholm files</li>
 823           <li>HTML Export database accessions and annotation
 824             information presented in tooltip for sequences</li>
 825           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
 826             style RNA alignment files</li>
 827           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
 828             alignment</li>
 829           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
 830             shade each sequence according to its associated alignment
 831             annotation</li>
 832           <li>New Jalview Logo</li>
 833         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 834         <ul>
 835           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
 836           <li>New Website!</li>
 837         </ul></td>
 838       <td><em>Application</em>
 839         <ul>
 840           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
 841             wsdbfetch REST service</li>
 842           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
 843           <li>Filetype associations not installed for webstart
 844             launch</li>
 845           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
 846             job execution in full once it is complete</li>
 847           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
 848             uploaded via ali_file parameter</li>
 849           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
 850           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
 851           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
 852             submitted for prediction</li>
 853           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
 854             desktop window</li>
 855           <li>Putting fractional value into integer text box in
 856             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
 857           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
 858             windows 7</li>
 859           <li>View all structures fails with exception shown in
 860             structure view</li>
 861           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
 862             escaped in a platform independent way</li>
 863           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
 864             using proxy</li>
 865           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
 866             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
 867           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
 868             failure when java web start temporary file caching is
 869             disabled</li>
 870           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
 871             results in sequence xref which includes range qualification</li>
 872           <li>Errors during processing of command line arguments
 873             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
 874           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
 875             DAS sources in sequence fetcher</li>
 876           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
 877             dialog is shown</li>
 878           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
 879           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
 880           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
 881           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
 882             on OSX Mountain Lion</li>
 883           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
 884             sequences with alignment annotation are pasted into the
 885             alignment</li>
 886           <li>Sequence associated annotation rows not associated
 887             when loaded from Jalview project</li>
 888           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
 889           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
 890             cancelled or job failed due to invalid input</li>
 891           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
 892             associated with all views</li>
 893           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
 894             annotation rows to new window</li>
 895         </ul> <em>Applet</em>
 896         <ul>
 897           <li>Sequence features are momentarily displayed before
 898             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
 899           <li>loading features via javascript API automatically
 900             enables feature display</li>
 901           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
 902             work</li>
 903         </ul> <em>General</em>
 904         <ul>
 905           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
 906           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
 907             and then deselected</li>
 908           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
 909           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
 910             coloured with clustalx</li>
 911           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
 912             exceptions and redraw errors</li>
 913           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
 914             reconfigured view</li>
 915           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
 916             colour</li>
 917           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
 918             for lots of labels</li>
 919         </ul>
 920     </tr>
 921     <tr>
 922       <td>
 923         <div align="center">
 924           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
 925         </div>
 926       </td>
 927       <td><em>Application</em>
 928         <ul>
 929           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
 930           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
 931           <li>View/alignment association menu to enable user to
 932             easily specify which alignment a multi-structure view takes
 933             its colours/correspondences from</li>
 934           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
 935           <li>Extend Jalview project to preserve associations
 936             between many alignment views and a single Jmol display</li>
 937           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
 938           <li>Annotation row column label formatting attributes
 939             stored in project file</li>
 940           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
 941             rows preserved in Jalview project file</li>
 942           <li>Visual progress indication when Jalview state is
 943             saved using Desktop window menu</li>
 944           <li>Visual indication that command line arguments are
 945             still being processed</li>
 946           <li>Groovy script execution from URL</li>
 947           <li>Colour by annotation default min and max colours in
 948             preferences</li>
 949           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
 950             alignment with sequences that have high similarity and
 951             matching IDs</li>
 952           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
 953           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
 954             structures in same window</li>
 955           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
 956           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
 957             analysis function in its own submenu</li>
 958         </ul> <em>Applet</em>
 959         <ul>
 960           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
 961             groups</li>
 962           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
 963           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
 964           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
 965           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
 966           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
 967             annotated from GFF/Jalview features files</li>
 968           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
 969           <li>Absolute paths relative to host server in applet
 970             parameters are treated as such</li>
 971           <li>New in the JalviewLite javascript API:
 972             <ul>
 973               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
 974               <li>Javascript callbacks for
 975                 <ul>
 976                   <li>Applet initialisation</li>
 977                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
 978                 </ul>
 979               </li>
 980               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
 981                 functions</li>
 982               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
 983               <li>javascript structure viewer harness to pass
 984                 messages between Jmol and Jalview when running as
 985                 distinct applets</li>
 986               <li>sortBy method</li>
 987               <li>Set of applet and application examples shipped
 988                 with documentation</li>
 989               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
 990                 javascript message exchange</li>
 991             </ul>
 992         </ul> <em>General</em>
 993         <ul>
 994           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
 995             multiple alignments</li>
 996           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
 997           <li>User configurable link to enable redirects to a
 998             www.Jalview.org mirror</li>
 999           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1000           <li>Configurable newline string when writing alignment
1001             and other flat files</li>
1002           <li>Allow alignment annotation description lines to
1003             contain html tags</li>
1004         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1005         <ul>
1006           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1007             examples</li>
1008           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1009             using a web service before displaying the result in the
1010             Jalview desktop</li>
1011           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1012           <li>Ant target to publish example html files with applet
1013             archive</li>
1014           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1015           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1016         </ul></td>
1017       <td><em>Application</em>
1018         <ul>
1019           <li>User defined colourscheme throws exception when
1020             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1021           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1022             dialog for valid filename/format</li>
1023           <li>Cannot view associated structure for Uniprot sequence</li>
1024           <li>PDB file association breaks for Uniprot sequence
1025             P37173</li>
1026           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1027             which sequence is to be associated with the file</li>
1028           <li>Find All raises null pointer exception when query
1029             only matches sequence IDs</li>
1030           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1031           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1032             2.4 cannot be loaded</li>
1033           <li>Filetype associations not installed for webstart
1034             launch</li>
1035           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1036             with sequences in different alignments do not get coloured
1037             by their associated sequence</li>
1038           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1039             not preserved when project is loaded</li>
1040           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1041             stored in Jalview project</li>
1042           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1043             Jalview project</li>
1044           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1045           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1046             by conservation</li>
1047           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1048             created on new view</li>
1049           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1050             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1051           <li>Alignment quality not updated after alignment
1052             annotation row is hidden then shown</li>
1053           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1054             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1055           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1056             properly</li>
1057           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1058             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1059           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1060           <li>Structures imported from file and saved in project
1061             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1062           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1063             job execution in full once it is complete</li>
1064         </ul> <em>Applet</em>
1065         <ul>
1066           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1067             annotation rows are displayed</li>
1068           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1069             codebase</li>
1070           <li>View follows highlighting does not work for positions
1071             in sequences</li>
1072           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1073           <li>Export features raises exception when no features
1074             exist</li>
1075           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1076             for javascript api is modified when separator string
1077             provided as parameter</li>
1078           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1079             alignment with no existing selection</li>
1080           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1081             to applet&#39;s codebase</li>
1082           <li>Status bar not updated after finished searching and
1083             search wraps around to first result</li>
1084           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1085             several Jalview applets causes race conditions and memory
1086             leaks</li>
1087           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1088             not sent from Jmol in applet</li>
1089           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1090             applet API fatally hang browser</li>
1091         </ul> <em>General</em>
1092         <ul>
1093           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1094             position with wrapped view and hidden regions</li>
1095           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1096             with/without hidden columns</li>
1097           <li>Sequence length given in alignment properties window
1098             is off by 1</li>
1099           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1100             import PDB like structure files</li>
1101           <li>Positional search results are only highlighted
1102             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1103           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1104           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1105             given sequence position</li>
1106           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1107             output</li>
1108           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1109             from nucleotide chains correctly</li>
1110           <li>Structure colours not updated when tree partition
1111             changed in alignment</li>
1112           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1113             parsed in interleaved stockholm</li>
1114           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1115             state</li>
1116           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1117             properly</li>
1118           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1119             properly associated with their pdb files</li>
1120         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1121         <ul>
1122           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1123             ApplyCopyright tool</li>
1124         </ul></td>
1125     </tr>
1126     <tr>
1127       <td>
1128         <div align="center">
1129           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1130         </div>
1131       </td>
1132       <td><em>Application</em>
1133         <ul>
1134           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1135             contact web services</li>
1136           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1137             service job window</li>
1138           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1139         </ul></td>
1140       <td>
1141         <ul>
1142           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1143             pir file emitted by Jalview</li>
1144           <li>Existing feature settings transferred to new
1145             alignment view created from cut'n'paste</li>
1146           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1147             parsing PDB files</li>
1148           <li>Consensus and conservation annotation rows
1149             occasionally become blank for all new windows</li>
1150           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1151             in wrapped view mode</li>
1152         </ul> <em>Application</em>
1153         <ul>
1154           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1155             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1156           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1157             parameter names</li>
1158           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1159             is down</li>
1160         </ul>
1161       </td>
1162     </tr>
1163     <tr>
1164       <td>
1165         <div align="center">
1166           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1167         </div>
1168       </td>
1169       <td><em>Application</em>
1170         <ul>
1171           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1172             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1173             (JABAWS)
1174           </li>
1175           <li>Web Services preference tab</li>
1176           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1177             preferences</li>
1178           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1179           <li>Superpose structures using associated sequence
1180             alignment</li>
1181           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1182             viewer</li>
1183         </ul> <em>Applet</em>
1184         <ul>
1185           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1186             link out mechanism</li>
1187         </ul> <em>Other</em>
1188         <ul>
1189           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1190             series 12</li>
1191           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1192             require Java 1.5</li>
1193           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1194             sequence annotation files</li>
1195           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1196             type colour specification</li>
1197           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1198             script to check if it being run in an interactive session or
1199             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1200         </ul></td>
1201       <td>
1202         <ul>
1203           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1204             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1205         </ul> <em>Application</em>
1206         <ul>
1207           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1208             selected Regions menu item</li>
1209           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1210             part of a valid accession ID</li>
1211           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1212             runs out of memory</li>
1213           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1214             analysis results</li>
1215           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1216             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1217           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1218         </ul> <em>Applet</em>
1219         <ul>
1220           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1221             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1222             defined.</li>
1223         </ul>
1224       </td>
1225     </tr>
1226     <tr>
1227       <td>
1228         <div align="center">
1229           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1230         </div>
1231       </td>
1232       <td></td>
1233       <td>
1234         <ul>
1235           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1236             sequence IDs</li>
1237           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1238             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1239           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1240             import correctly</li>
1241           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1242             number of columns are hidden</li>
1243           <li>annotation label popup menu not providing correct
1244             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1245             present</li>
1246           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1247             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1248           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1249             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1250
1251         </ul> <em>Applet</em>
1252         <ul>
1253           <li>annotation panel disappears when annotation is
1254             hidden/removed</li>
1255         </ul> <em>Application</em>
1256         <ul>
1257           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1258             alignment opened where annotation panel is visible but no
1259             annotations are present on alignment</li>
1260           <li>pasted region containing hidden columns is
1261             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1262           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1263             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1264           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1265             selected Rregions menu item.</li>
1266           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1267             'Un' or 'Non'conserved</li>
1268           <li>Sequence feature settings are being shared by
1269             multiple distinct alignments</li>
1270           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1271             changed</li>
1272           <li>double click on group annotation to select sequences
1273             does not propagate to associated trees</li>
1274           <li>Mac OSX specific issues:
1275             <ul>
1276               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1277                 window background</li>
1278               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1279                 name set correctly</li>
1280               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1281                 save feature colourscheme button</li>
1282             </ul>
1283           </li>
1284         </ul>
1285       </td>
1286     </tr>
1287     <tr>
1288
1289       <td>
1290         <div align="center">
1291           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1292         </div>
1293       </td>
1294       <td><em>New Capabilities</em>
1295         <ul>
1296           <li>URL links generated from description line for
1297             regular-expression based URL links (applet and application)
1298
1299           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1300             menu</li>
1301           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1302             structures</li>
1303           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1304             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1305           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1306             average score or total feature count for each sequence.</li>
1307           <li>Shading features by score or associated description</li>
1308           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1309             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1310           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1311             hide everything but the currently selected region.</li>
1312           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1313         </ul> <em>Application</em>
1314         <ul>
1315           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1316             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1317           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1318             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1319           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1320             database references and protein_name is parsed as
1321             description line (BioSapiens terms).</li>
1322           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1323             references in sequence ID tooltip from View menu in
1324             application.</li>
1325           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1326                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1327           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1328             conservation plots</li>
1329           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1330             and visualized as sequence logos</li>
1331           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1332             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1333           </li>
1334           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1335             when a new tree is opened.</li>
1336           <li>Jalview Java Console</li>
1337           <li>Better placement of desktop window when moving
1338             between different screens.</li>
1339           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1340             consensus annotation</li>
1341           <li>Client to submit sequences and IDs to <a
1342             href="webServices/index.html#envision2">Envision2</a>
1343             Workflows
1344           </li>
1345           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1346             <ul>
1347               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1348                 used to preserve views, structures, and tree display
1349                 settings)</li>
1350               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1351                 command line</li>
1352               <li>Sharing of selected regions between views and
1353                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1354               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1355             </ul></li>
1356         </ul> <em>Applet</em>
1357         <ul>
1358           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1359           <li>New Parameters
1360             <ul>
1361               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1362                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1363                 opened.</li>
1364               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1365                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1366               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1367                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1368               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1369                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1370                 view</li>
1371               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1372                 increase the height or width of a cell in the alignment
1373                 grid relative to the current font size.</li>
1374             </ul>
1375           </li>
1376           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1377             tooltip</li>
1378         </ul> <em>Other</em>
1379         <ul>
1380           <li>Features format: graduated colour definitions and
1381             specification of feature scores</li>
1382           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1383             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1384             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1385           <li>XML formats extended to support graduated feature
1386             colourschemes, group associated annotation, and profile
1387             visualization settings.</li></td>
1388       <td>
1389         <ul>
1390           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1391             rather than description</li>
1392           <li>Non-positional features are now included in sequence
1393             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1394             visibility in tooltip).</li>
1395           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1396           <li>Added URL embedding instructions to features file
1397             documentation.</li>
1398           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1399             'X' in peptide product</li>
1400           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1401             sequence ID and sequence string and query strings do not
1402             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1403           <li>AMSA files only contain first column of
1404             multi-character column annotation labels</li>
1405           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1406             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1407             exported and re-imported)</li>
1408           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1409             name</li>
1410           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1411             as subsequence matches, and correctly reports total number
1412             of both.</li>
1413           <li>Application:
1414             <ul>
1415               <li>Better handling of exceptions during sequence
1416                 retrieval</li>
1417               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1418                 link text excludes the start_end suffix</li>
1419               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1420                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1421               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1422               <li>Sequence description lines properly shared via
1423                 VAMSAS</li>
1424               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1425                 data sources</li>
1426               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1427                 completes before alignment figures are generated.</li>
1428               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1429                 first time.</li>
1430               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1431                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1432               <li>User defined group colours properly recovered
1433                 from Jalview projects.</li>
1434             </ul>
1435           </li>
1436         </ul>
1437       </td>
1438
1439     </tr>
1440     <tr>
1441       <td>
1442         <div align="center">
1443           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1444         </div>
1445       </td>
1446       <td>
1447         <ul>
1448           <li>Experimental support for google analytics usage
1449             tracking.</li>
1450           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1451         </ul>
1452       </td>
1453       <td>
1454         <ul>
1455           <li>Race condition in applet preventing startup in
1456             jre1.6.0u12+.</li>
1457           <li>Exception when feature created from selection beyond
1458             length of sequence.</li>
1459           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1460           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1461             all sequences with a given id</li>
1462           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1463             ID string searches</li>
1464           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1465             alignment to fail with exception</li>
1466         </ul> <em>Application Issues</em>
1467         <ul>
1468           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1469           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1470             data sources</li>
1471         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1472         <ul>
1473           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1474             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1475           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1476             version (java class versioning error fixed)</li>
1477         </ul>
1478       </td>
1479     </tr>
1480     <tr>
1481       <td>
1482
1483         <div align="center">
1484           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1485         </div>
1486       </td>
1487       <td><em>User Interface</em>
1488         <ul>
1489           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1490             translation and protein products</li>
1491           <li>Linked highlighting of structure associated with
1492             residue mapping to codon position</li>
1493           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1494             and 'clear' button</li>
1495           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1496             Tools menu</li>
1497           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1498             numeric data in description line</li>
1499           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1500           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1501             of sequence</li>
1502         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1503         <ul>
1504           <li>JPred3 web service</li>
1505           <li>Prototype sequence search client (no public services
1506             available yet)</li>
1507           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1508             PFAM</li>
1509           <li>URL Links created for matching database cross
1510             references as well as sequence ID</li>
1511           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1512         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1513         <ul>
1514           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1515             databases</li>
1516           <li>Generalised database reference retrieval and
1517             validation to all fetchable databases</li>
1518           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1519             sequence command</li>
1520         </ul> <em>Import and Export</em>
1521         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1522         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1523           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1524         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1525           File</li>
1526         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1527           triplet as name of colourscheme</li>
1528         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1529         <ul>
1530           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1531           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1532             alignments (experimental)</li>
1533           <li>Create new or select existing session to join</li>
1534           <li>load and save of vamsas documents</li>
1535         </ul> <em>Application command line</em>
1536         <ul>
1537           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1538             from applet)</li>
1539           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1540             of DAS servers to query for alignment features</li>
1541           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1542             that are also automatically queried for features</li>
1543           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1544             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1545         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1546         <ul>
1547           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1548             application (when using &quot;View in full
1549             application&quot;)</li>
1550         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1551         <ul>
1552           <li>feature group display control parameter</li>
1553           <li>debug parameter</li>
1554           <li>showbutton parameter</li>
1555         </ul> <em>Applet API methods</em>
1556         <ul>
1557           <li>newView public method</li>
1558           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1559           <li>Feature display control methods</li>
1560           <li>get list of currently selected sequences</li>
1561         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1562         <ul>
1563           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1564           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1565             Jalview release.</li>
1566           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1567             property controls execution of obfuscator</li>
1568           <li>Build target for generating source distribution</li>
1569           <li>Debug flag for javacc</li>
1570           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1571             jalview.bin.Cache</li>
1572           <li>Continuous Build Integration for stable and
1573             development version of Application, Applet and source
1574             distribution</li>
1575         </ul></td>
1576       <td>
1577         <ul>
1578           <li>selected region output includes visible annotations
1579             (for certain formats)</li>
1580           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1581             for editing</li>
1582           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1583           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1584           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1585           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1586             comments</li>
1587           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1588             filenames containing a ':'</li>
1589           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1590             global sequence features</li>
1591           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1592             references from alignment sequences goes to zero</li>
1593           <li>Close of tree branch colour box without colour
1594             selection causes cascading exceptions</li>
1595           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1596           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1597             file parsing fails.</li>
1598           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1599           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1600             not a valid output format</li>
1601           <li>Uniprot canonical names introduced for both das and
1602             vamsas</li>
1603           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1604           <li>error messages passed up and output when data read
1605             fails</li>
1606           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1607             sequence is edited</li>
1608           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1609             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1610           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1611             filetype</li>
1612           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1613             import fixed for PFAM records</li>
1614           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1615             window list</li>
1616           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1617             can be read and written correctly to annotation file</li>
1618           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1619             correctly</li>
1620           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1621             non-italic font for representatives in Applet</li>
1622           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1623             Macs.</li>
1624           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1625             Applet)</li>
1626           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1627             due to null pointer exceptions</li>
1628           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1629             first column of alignment</li>
1630           <li>Uniprot XML import updated for new schema release in
1631             July 2008</li>
1632           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1633             file is case-insensitive</li>
1634           <li>Sequence features read from Features file appended to
1635             all sequences with matching IDs</li>
1636           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1637             containing a sub-sequence</li>
1638           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1639           <li>feature and annotation file applet parameters
1640             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1641           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1642           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1643             splash-screen version check to complete</li>
1644           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1645             when passing them to the launchApp service</li>
1646           <li>display name and local features preserved in results
1647             retrieved from web service</li>
1648           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1649             sequence fetcher initialisation</li>
1650           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1651             dasobert DAS client</li>
1652           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1653             association</li>
1654           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1655             sequences
1656           </li>
1657         </ul>
1658       </td>
1659     </tr>
1660     <tr>
1661       <td>
1662         <div align="center">
1663           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1664         </div>
1665       </td>
1666       <td>
1667         <ul>
1668           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1669           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1670           <li>Slide sequences</li>
1671           <li>Edit sequence in place</li>
1672           <li>EMBL CDS features</li>
1673           <li>DAS Feature mapping</li>
1674           <li>Feature ordering</li>
1675           <li>Alignment Properties</li>
1676           <li>Annotation Scores</li>
1677           <li>Sort by scores</li>
1678           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1679         </ul>
1680       </td>
1681       <td>
1682         <ul>
1683           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1684           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1685           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1686           <li>Feature group display state in XML</li>
1687           <li>Feature ordering in XML</li>
1688           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1689           <li>Stockholm alignment properties</li>
1690           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1691           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1692           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1693           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1694         </ul>
1695       </td>
1696
1697     </tr>
1698     <tr>
1699       <td>
1700         <div align="center">
1701           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1702         </div>
1703       </td>
1704       <td>
1705         <ul>
1706           <li>Non standard characters can be read and displayed
1707           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1708             applet via textbox
1709           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1710             name &amp; description
1711           <li>Preference setting to display sequence name in
1712             italics
1713           <li>Annotation file format extended to allow
1714             Sequence_groups to be defined
1715           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1716             specified in preferences
1717           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1718             sequences
1719         </ul>
1720       </td>
1721       <td>
1722         <ul>
1723           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1724             installed
1725           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1726           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1727         </ul>
1728       </td>
1729     </tr>
1730     <tr>
1731       <td>
1732         <div align="center">
1733           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1734         </div>
1735       </td>
1736       <td>
1737         <ul>
1738           <li>Multiple views on alignment
1739           <li>Sequence feature editing
1740           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1741           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1742           <li>Background dependent text colour
1743           <li>Right align sequence ids
1744           <li>User-defined lower case residue colours
1745           <li>Format Menu
1746           <li>Select Menu
1747           <li>Menu item accelerator keys
1748           <li>Control-V pastes to current alignment
1749           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1750           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1751           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1752
1753           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1754         </ul>
1755       </td>
1756       <td>
1757         <ul>
1758           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1759           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1760             calculations
1761           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1762             edits
1763           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1764             of alignment)
1765           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1766
1767           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1768             display correctly
1769           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1770           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1771             analysis results
1772           <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by
1773             &#8739;
1774           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1775           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1776           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1777
1778         </ul>
1779       </td>
1780     </tr>
1781     <tr>
1782       <td>
1783         <div align="center">
1784           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
1785         </div>
1786       </td>
1787       <td>
1788         <ul>
1789           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
1790         </ul>
1791       </td>
1792       <td>
1793         <ul>
1794           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
1795             sequence id panel has been resized</li>
1796           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
1797             rendered</li>
1798           <li>Annotation files with sequence references - all
1799             elements in file are relative to sequence position</li>
1800           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
1801         </ul>
1802       </td>
1803     </tr>
1804     <tr>
1805       <td>
1806         <div align="center">
1807           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
1808         </div>
1809       </td>
1810       <td>
1811         <ul>
1812           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
1813           <li>DAS Feature fetching</li>
1814           <li>Hide sequences and columns</li>
1815           <li>Export Annotations and Features</li>
1816           <li>GFF file reading / writing</li>
1817           <li>Associate structures with sequences from local PDB
1818             files</li>
1819           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
1820           <li>Recently opened files / URL lists</li>
1821           <li>Applet can launch the full application</li>
1822           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
1823             required)</li>
1824           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
1825           <li>Applet can load sequences from parameter
1826             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
1827           </li>
1828         </ul>
1829       </td>
1830       <td>
1831         <ul>
1832           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
1833           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
1834           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
1835         </ul>
1836       </td>
1837     </tr>
1838     <tr>
1839       <td>
1840         <div align="center">
1841           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
1842         </div>
1843       </td>
1844       <td>
1845         <ul>
1846           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
1847           <li>Choose to match case when searching</li>
1848           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
1849             expand the visible width and height of the alignment</li>
1850         </ul>
1851       </td>
1852       <td>
1853         <ul>
1854           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
1855         </ul>
1856       </td>
1857     </tr>
1858     <tr>
1859       <td>
1860         <div align="center">
1861           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
1862         </div>
1863       </td>
1864       <td>&nbsp;</td>
1865       <td>
1866         <ul>
1867           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
1868           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
1869             value</li>
1870         </ul>
1871       </td>
1872     </tr>
1873     <tr>
1874       <td>
1875         <div align="center">
1876           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
1877         </div>
1878       </td>
1879       <td>
1880         <ul>
1881           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
1882           <li>Keyboard editing</li>
1883           <li>Create sequence features from searches</li>
1884           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
1885             alignments</li>
1886           <li>Features file allows grouping of features</li>
1887           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
1888           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
1889           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
1890         </ul>
1891       </td>
1892       <td>
1893         <ul>
1894           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
1895           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
1896             descriptions saved.</li>
1897         </ul>
1898       </td>
1899     </tr>
1900     <tr>
1901       <td>
1902         <div align="center">
1903           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
1904         </div>
1905       </td>
1906       <td>
1907         <ul>
1908           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
1909           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
1910           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
1911             name for file output</li>
1912           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
1913           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
1914             used for HTML form input</li>
1915         </ul>
1916       </td>
1917       <td>
1918         <ul>
1919           <li>HTML output writes groups and features</li>
1920           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
1921           <li>File IO bugs</li>
1922         </ul>
1923       </td>
1924     </tr>
1925     <tr>
1926       <td>
1927         <div align="center">
1928           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
1929         </div>
1930       </td>
1931       <td>
1932         <ul>
1933           <li>View annotations in wrapped mode</li>
1934           <li>More options for PCA viewer</li>
1935         </ul>
1936       </td>
1937       <td>
1938         <ul>
1939           <li>GUI bugs resolved</li>
1940           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
1941         </ul>
1942       </td>
1943     </tr>
1944     <tr>
1945       <td height="63">
1946         <div align="center">
1947           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
1948         </div>
1949       </td>
1950       <td>
1951         <ul>
1952           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
1953           <li>Jar files are executable</li>
1954           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
1955         </ul>
1956       </td>
1957       <td>
1958         <ul>
1959           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
1960           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
1961           <li>Several GUI bugs resolved</li>
1962         </ul>
1963       </td>
1964     </tr>
1965     <tr>
1966       <td>
1967         <div align="center">
1968           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
1969         </div>
1970       </td>
1971       <td>
1972         <ul>
1973           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
1974         </ul>
1975       </td>
1976       <td>
1977         <ul>
1978           <li>Several GUI bugs resolved</li>
1979         </ul>
1980       </td>
1981     </tr>
1982     <tr>
1983       <td>
1984         <div align="center">
1985           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
1986         </div>
1987       </td>
1988       <td>
1989         <ul>
1990           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
1991             size</li>
1992         </ul>
1993       </td>
1994       <td>
1995         <ul>
1996           <li>Improved JPred client reliability</li>
1997           <li>Improved loading of Jalview files</li>
1998         </ul>
1999       </td>
2000     </tr>
2001     <tr>
2002       <td>
2003         <div align="center">
2004           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2005         </div>
2006       </td>
2007       <td>
2008         <ul>
2009           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2010           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2011           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2012             to Colour Menu</li>
2013           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2014           <li>Unix users can set default web browser</li>
2015           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2016           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2017         </ul>
2018       </td>
2019       <td>
2020         <ul>
2021           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2022         </ul>
2023       </td>
2024     </tr>
2025     <tr>
2026       <td>
2027         <div align="center">
2028           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2029         </div>
2030       </td>
2031       <td>&nbsp;</td>
2032       <td>
2033         <ul>
2034           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2035             alignment order.</li>
2036         </ul>
2037       </td>
2038     </tr>
2039     <tr>
2040       <td>
2041         <div align="center">
2042           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2043         </div>
2044       </td>
2045       <td>
2046         <ul>
2047           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2048           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2049           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2050             annotations.</li>
2051           <li>Version and build date written to build properties
2052             file.</li>
2053           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2054             at launch of Jalview.</li>
2055         </ul>
2056       </td>
2057       <td>
2058         <ul>
2059           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2060           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2061           <li>Can remove groups one by one.</li>
2062           <li>Filechooser icons installed.</li>
2063           <li>Finder ignores return character when searching.
2064             Return key will initiate a search.<br>
2065           </li>
2066         </ul>
2067       </td>
2068     </tr>
2069     <tr>
2070       <td>
2071         <div align="center">
2072           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2073         </div>
2074       </td>
2075       <td>
2076         <ul>
2077           <li>New codebase</li>
2078         </ul>
2079       </td>
2080       <td>&nbsp;</td>
2081     </tr>
2082   </table>
2083   <p>&nbsp;</p>
2084 </body>
2085 </html>