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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
  51             <em>24/11/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><div align="left">
  55           <em>General</em>
  56           <ul>
  57             <li>
  58               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
  59               for all consensus calculations
  60             </li>
  61             <li>
  62               <!-- JAL-2177 -->Updated Jmol shipped with applet and
  63               desktop to 14.6.4
  64             </li>
  65             <li>
  66               <!--  -->
  67             </li>
  68
  69           </ul>
  70           <em>Application</em>
  71           <ul>
  72             <li>
  73               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
  74               set of database cross-references, sorted alphabetically
  75             </li>
  76             <li>
  77               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
  78               from database cross references. Users with custom links
  79               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
  80                 dialog</a> asking them to update their preferences.
  81             </li>
  82             <li>
  83               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
  84               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
  85               Chimera session
  86             </li>
  87             <li>
  88               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
  89               the Chimera it is connected to is shut down
  90             </li>
  91             <li>
  92               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
  93               columns menu item to mark columns containing
  94               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
  95               of a Find operation)
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
  99               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 100               MSAviewer
 101             </li>
 102           </ul>
 103 <!--  -->          <em>Applet</em>
 104           <ul>
 105           </ul> -->
 106           <em>Build and deployment</em>
 107           <ul>
 108             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 109               for 2016-2017</li>
 110           </ul>
 111         </div></td>
 112       <td>
 113         <div align="left">
 114           <em>General</em>
 115           <ul>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 118               are not coloured or thresholded according to percent
 119               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 120             </li>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 123               hydrophobic
 124             </li>
 125             <li>
 126               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 127               threshold, amino acid properties)
 128             </li>
 129             <li>
 130               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 131               reported as mapped to residues in a structure file in the
 132               View Mapping report
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 136               could be added multiple times to a sequence
 137             </li>
 138             <li>
 139               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 140               bond features shown as two highlighted residues rather
 141               than a range in linked structure views, and treated
 142               correctly when selecting and computing trees from features
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 146               cross-references are matched to database name regardless
 147               of case
 148             </li>
 149
 150           </ul>
 151           <em>Application</em>
 152           <ul>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 155               names without regular expressions also offer links from
 156               Sequence ID
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 160               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 161               update Jalview configuration
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 165               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 169               files with similarly named sequences if dropped onto the
 170               alignment
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 174               entries where more chains exist in the PDB accession than
 175               are reported in the SIFTS file
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 179               the structure view when displayed with Chimera
 180             </li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 183               panel's View->Show Chains submenu
 184             </li>
 185             <li>
 186               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 187               work for wrapped alignment views
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 191               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 195               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 196               first annotation row
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 200               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 201             </li>
 202           </ul>
 203           <!--
 204           <em>Applet</em>
 205           <ul>
 206           </ul> -->
 207           <em>Build and deployment</em>
 208           <ul>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2308, -->Failing/passing unit tests
 211             </li>
 212           </ul>
 213           <em>New Known Issues</em>
 214           <ul>
 215             <li></li>
 216           </ul>
 217         </div>
 218       </td>
 219     </tr>
 220       <td width="60" nowrap>
 221         <div align="center">
 222           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 223             <em>25/10/2016</em></strong>
 224         </div>
 225       </td>
 226       <td><em>Application</em>
 227         <ul>
 228           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 229             view if structures already loaded</li>
 230           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 231             structure views</li>
 232         </ul></td>
 233       <td>
 234         <div align="left">
 235           <em>General</em>
 236           <ul>
 237             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 238               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 239             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 240               example sequences/projects/trees</li>
 241           </ul>
 242           <em>Application</em>
 243           <ul>
 244             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 245               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 246             <li>Multiple structure views can be opened and
 247               superposed without timeout for structures with multiple
 248               models or multiple sequences in alignment</li>
 249             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 250               a PDB ID HEADER line</li>
 251             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 252               superposition is performed</li>
 253             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 254               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 255             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 256             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 257               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 258               Refs UI option</li>
 259             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 260               view is created on the alignment</li>
 261             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 262               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 263               to open group pop-up menu</li>
 264           </ul>
 265           <em>Build and deployment</em>
 266           <ul>
 267             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 268               tags</li>
 269           </ul>
 270           <em>New Known Issues</em>
 271           <ul>
 272             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 273               work on Windows</li>
 274           </ul>
 275         </div>
 276       </td>
 277     </tr>
 278     <tr>
 279       <td width="60" nowrap>
 280         <div align="center">
 281           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 282         </div>
 283       </td>
 284       <td><em>General</em>
 285         <ul>
 286           <li>
 287           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 288           </li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 291             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 292             better PDB parsing.
 293           </li>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 296             reference sequence
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 300             mousing over sequence associated annotation
 301           </li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 304             for manual entry
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 308             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 309             for each column
 310           </li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 313             showing or hiding columns containing a feature
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 317             group and sequence associated annotation labels
 318           </li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 321             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 322             dialogs
 323           </li>
 324
 325         </ul> <em>Application</em>
 326         <ul>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 329             gene/transcript view
 330           </li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 333             dialog
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 337             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 341             Pfam sources to xfam.org
 342           </li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 345           </li>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 348             over sequences in Jalview
 349           </li>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 352             regions in ENA and EMBL
 353           </li>
 354           <li>
 355             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 356             for record retrieval via ENA rest API
 357           </li>
 358           <li>
 359             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 360             complement operator
 361           </li>
 362           <li>
 363             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 364             groovy script execution
 365           </li>
 366           <li>
 367             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 368             alignment window's Calculate menu
 369           </li>
 370           <li>
 371             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 372             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 373           </li>
 374           <li>
 375             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 376             calculation workers from groovy scripts
 377           </li>
 378           <li>
 379             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 380             Jalview projects
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 384             associations are now saved/restored from project
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 388             before sequence fetcher is opened
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 392             database chooser opens a sequence fetcher
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 396             the UniProt REST API
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 400             the news reader opening
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 404             querying stored in preferences
 405           </li>
 406           <li>
 407             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 408             search results
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 412           </li>
 413           <li>
 414             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 415             menu for nucleotide sequences
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 419             and feature counts preserves alignment ordering (and
 420             debugged for complex feature sets).
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 424             viewing structures with Jalview 2.10
 425           </li>
 426           <li>
 427             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 428             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 429             Ensembl Genomes REST API
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 433             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 434             (Ensembl)
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 438             sequences
 439           </li>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 442             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 443             data from external database records.
 444           </li>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 447             efficient recovery of sequence coding and alignment
 448             annotation relationships.
 449           </li>
 450         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 451         <ul>
 452           <li>
 453             -- JAL---
 454           </li>
 455         </ul> --></td>
 456       <td>
 457         <div align="left">
 458           <em>General</em>
 459           <ul>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 462               menu on OSX
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 466               includes graduated colourschemes
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 470               working with big alignments and lots of hidden columns
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 474               at right of alignment window
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 478               contents
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 482               for DNA alignments
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 486               based tree calculation
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 490               unconserved enabled for group on alignment
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 494               set as reference
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 498               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 499               annotation
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 503               hidden columns present
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 507               user created annotation added to alignment
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 511               '()' base pair annotation
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 515               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 516               Consensus
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 520               feature not working
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 524               beginning of sequence
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 528               entry 3a6s
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 532               from a tree when t-coffee scores are shown
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 536               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 540               some structures
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 544               to Clustal, PIR and PileUp output
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 548               not visible causes alignment window to repaint
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 552               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 553               scores associated with features and annotation rows
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 557               calculation should be case independent
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 561               columns
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 565               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 566               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 570               problems when reference sequence defined and 'show
 571               non-conserved' enabled
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 575               load even when Consensus calculation is disabled
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 579               alignment does nothing
 580             </li>
 581           </ul>
 582           <em>Application</em>
 583           <ul>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 586               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 587               yet fixed for El Capitan)
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 591               output when running on non-gb/us i18n platforms
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 595               hidden sequences as flat-file alignment
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 599               launching Chimera
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 603               (also hotfix for 2.9.0b2)
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 607               reference sequence defined
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 611               alignments and views when revealing hidden columns
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 615               view in a cDNA/Protein splitframe
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 619               sequence from project when only one sequence is
 620               represented
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 624               in Structure Chooser
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 628               structure consensus didn't refresh annotation panel
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 632               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 636               dialogs format columns correctly, don't display array
 637               data, sort columns according to type
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 641               file chooser is cancelled during an image export
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 645               sequence name containing special characters
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 649               case insensitive
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 653               formatting don't wrap
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 657               truncated so L looks like I in consensus annotation
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 661               currently displayed features for the current selection or
 662               view
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 666               after fetching cross-references, and restoring from project
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 670               followed in the structure viewer
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 674               splitframe not restored from project
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 678               trailing end of protein alignment in transcript/product
 679               splitview when pad-gaps not enabled by default
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 683               is case dependent
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 687               article has been read (reopened issue due to
 688               internationalisation problems)
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 692               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 693               cross-references
 694             </li>
 695
 696             <li>
 697               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 698               alignment as HTML
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 702               multiple structures are shown for one or more sequences.
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 706               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 707               is enabled.
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 711               specific PDB id for sequence
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 715               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 716               columns' is disabled.
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 720               selects lowest rather than highest resolution structures
 721               for each sequence
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 725               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 729               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 730             </li>
 731             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 732               after clicking on it to create new annotation for a
 733               column.
 734             </li>
 735             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 736             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 737           </ul>
 738           <em>Applet</em>
 739           <ul>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 742               hidden columns present before start of sequence
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 746               (JSON jars)
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 750               sequences are hidden in applet
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 754               deployment on examples pages.
 755             </li>
 756           </ul>
 757         </div>
 758       </td>
 759     </tr>
 760     <tr>
 761       <td width="60" nowrap>
 762         <div align="center">
 763           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 764             <em>16/10/2015</em></strong>
 765         </div>
 766       </td>
 767       <td><em>General</em>
 768         <ul>
 769           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 770             jars</li>
 771         </ul></td>
 772       <td>
 773         <div align="left">
 774           <em>Application</em>
 775           <ul>
 776             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 777               shown when tree is partitioned</li>
 778             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 779               multiple cDNA/Protein split views</li>
 780           </ul>
 781         </div>
 782       </td>
 783     </tr>
 784     <tr>
 785       <td width="60" nowrap>
 786         <div align="center">
 787           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 788             <em>8/10/2015</em></strong>
 789         </div>
 790       </td>
 791       <td><em>General</em>
 792         <ul>
 793           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 794             2.9</li>
 795         </ul> <em>Application</em>
 796         <ul>
 797           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 798           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 799           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 800         </ul> <em>Applet</em>
 801         <ul>
 802           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 803         </ul><em>Build and Deployment</em>
 804         <ul>
 805           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 806         </ul></td>
 807       <td>
 808         <div align="left">
 809           <em>General</em>
 810           <ul>
 811             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 812               incorrect when sequence start > 1</li>
 813             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 814               documentation</li>
 815             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 816             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 817               loading a features file containing HTML tags in feature
 818               description</li>
 819
 820           </ul>
 821           <em>Application</em>
 822           <ul>
 823             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 824               reimport</li>
 825             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 826               with 'trim retrieved sequences'</li>
 827             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 828               deleting selected columns</li>
 829             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 830               JNLP templates for webstart launch</li>
 831             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 832               unreleased structures for download or viewing</li>
 833             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 834               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 835             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 836               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 837             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 838               recovered from jalview project</li>
 839             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 840               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 841               alignment view</li>
 842             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 843               color schemes from BioJSON</li>
 844           </ul>
 845           <em>Applet</em>
 846           <ul>
 847             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 848               frame</li>
 849             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 850           </ul>
 851         </div>
 852       </td>
 853     </tr>
 854     <tr>
 855       <td><div align="center">
 856           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 857         </div></td>
 858       <td><em>General</em>
 859         <ul>
 860           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 861             alignments:
 862             <ul>
 863               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 864                 and DNA alignment views</li>
 865               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 866                 cDNA alignment views</li>
 867               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 868                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 869               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 870                 protein sequences</li>
 871             </ul>
 872           </li>
 873           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 874           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 875             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 876           <li>New alignment annotation file statements for
 877             reference sequences and marking hidden columns</li>
 878           <li>Reference sequence based alignment shading to
 879             highlight variation</li>
 880           <li>Select or hide columns according to alignment
 881             annotation</li>
 882           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 883           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 884             acid conservation row</li>
 885           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 886         </ul> <em>Application</em>
 887         <ul>
 888           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 889             <ul>
 890               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 891                 view with cDNA/Protein</li>
 892               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 893                 sequences are placed in the same alignment</li>
 894               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 895                 projects</li>
 896             </ul>
 897           </li>
 898
 899           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 900           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 901             Jalview windows</li>
 902
 903           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 904           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 905           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 906             be shown in VARNA</li>
 907
 908           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 909             as the active selected region</li>
 910
 911           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 912             similarity</li>
 913           <li>New Export options
 914             <ul>
 915               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 916                 region export in flat file generation</li>
 917
 918               <li>Export alignment views for display with the <a
 919                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 920
 921               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 922               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 923                 alignment figures to HTML</li>
 924           </li>
 925           <li>3D structure retrieval and display
 926             <ul>
 927               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 928                 Search API</li>
 929               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 930                 PDB structures for a sequence set</li>
 931             </ul>
 932           </li>
 933
 934           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 935             predictions</li>
 936           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 937             for one or a group of sequences</li>
 938           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 939             from the JPred4 web server</li>
 940           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 941             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 942             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 943           </li>
 944           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 945             VARNA 2D Structure'</li>
 946           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 947             Structure ..."</li>
 948
 949         </ul> <em>Applet</em>
 950         <ul>
 951           <li>New layout for applet example pages</li>
 952           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 953             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 954           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 955             Protein alignments</li>
 956         </ul> <em>Development and deployment</em>
 957         <ul>
 958           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 959           <li>Include installation type and git revision in build
 960             properties and console log output</li>
 961           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 962             storing BioJsMSA Templates</li>
 963           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 964         </ul></td>
 965       <td>
 966         <!-- <em>General</em>
 967         <ul>
 968         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 969         <ul>
 970           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 971           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 972           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 973             predictions are not highlighted in amber</li>
 974           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 975             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 976           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 977             associated structure views</li>
 978           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 979             width checkbox not enabled</li>
 980           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 981             creating user defined colours</li>
 982           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 983             mappings for just that viewer's sequences</li>
 984           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 985             multiple models in Chimera</li>
 986           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 987             over Jmol structure</li>
 988           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 989             output to text box</li>
 990           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 991             have incorrect sequence start/end</li>
 992           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 993             Jalview fails</li>
 994           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 995             work for nucleotide</li>
 996           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 997             to a grey/invisible alignment window</li>
 998           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 999             imports to different position</li>
1000           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1001             on some platforms</li>
1002           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1003             populated</li>
1004           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1005             console if Chimera has been opened</li>
1006           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1007           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1008             retrieved</li>
1009           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1010           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1011             either sequence shows on first structure</li>
1012           <li>'Show annotations' options should not make
1013             non-positional annotations visible</li>
1014           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1015             in right place after 'view flanking regions'</li>
1016           <li>File Save As type unset when current file format is
1017             unknown</li>
1018           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1019             projects</li>
1020           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1021             responsive</li>
1022           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1023             several views on same alignment</li>
1024           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1025           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1026             spaces</li>
1027         </ul> <em>Applet</em>
1028         <ul>
1029           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1030           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1031             descriptions containing angle brackets</li>
1032         </ul> <em>General</em>
1033         <ul>
1034           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1035             via jalview annotation file</li>
1036           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1037             with RNA secondary structure</li>
1038           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1039             translation doesn't work.</li>
1040           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1041           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1042             positions</li>
1043           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1044             choosing 1pt font</li>
1045           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1046             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1047             'h'</li>
1048           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1049             new feature</li>
1050           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1051             order dependent</li>
1052           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1053             sequences</li>
1054           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1055         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1056         <ul>
1057           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1058             www.jalview.org</li>
1059         </ul> <em>Application Known issues</em>
1060         <ul>
1061           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1062           <li>Misleading message appears after trying to delete
1063             solid column.</li>
1064           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1065             version launches</li>
1066           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1067             fails with a sequence mismatch</li>
1068           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1069             scrolling alignment to right</li>
1070           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1071             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1072           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1073             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1074           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1075             ultra-high resolution</li>
1076           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1077             quality and conservation</li>
1078           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1079             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1080         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1081         <ul>
1082           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1083           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1084             window is being resized</li>
1085
1086         </ul>
1087       </td>
1088     </tr>
1089     <tr>
1090       <td><div align="center">
1091           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1092         </div></td>
1093       <td><em>General</em>
1094         <ul>
1095           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1096             Certum.PL.</li>
1097           <li>Features and annotation preserved when performing
1098             pairwise alignment</li>
1099           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1100             imported/exported/displayed</li>
1101           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1102             protein secondary structure</li>
1103           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1104               post-hoc with 2.9 release</em>)
1105           </li>
1106
1107         </ul> <em>Application</em>
1108         <ul>
1109           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1110             with 3D structures</li>
1111           <li>Support for parsing RNAML</li>
1112           <li>Annotations menu for layout
1113             <ul>
1114               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1115               <li>place sequence annotation above/below alignment
1116                 annotation</li>
1117             </ul>
1118           <li>Output in Stockholm format</li>
1119           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1120             translation</li>
1121           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1122           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1123             shared between alignments</li>
1124           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1125             Jalview</li>
1126           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1127             all or current selection</li>
1128           <li>disorder and secondary structure predictions
1129             available as dataset annotation</li>
1130           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1131
1132
1133           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1134             alignments from Rfam</li>
1135           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1136
1137           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1138             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1139           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1140           <li>include installation type in build properties and
1141             console log output</li>
1142           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1143             annotation</li>
1144         </ul></td>
1145       <td>
1146         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1147         <ul>
1148           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1149             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1150           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1151             alignment</li>
1152           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1153           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1154           <li>Double click on sequence associated annotation
1155             selects only first column</li>
1156           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1157             leaves shown in tree</li>
1158           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1159             properly</li>
1160           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1161           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1162             screen and buttons not visible</li>
1163           <li>author list isn't updated if already written to
1164             Jalview properties</li>
1165           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1166             from database</li>
1167           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1168           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1169             browser search window</li>
1170           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1171             in feature settings dialog</li>
1172           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1173             desktop</li>
1174           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1175             pass validation</li>
1176           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1177             fit on screen</li>
1178           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1179             tooltip</li>
1180           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1181             defined user preset</li>
1182           <li>MSA web services warns user if they were launched
1183             with invalid input</li>
1184           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1185             Java 8</li>
1186           <li>
1187             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1188             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1189             created
1190           </li>
1191
1192         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1193                                 <ul>
1194                                 </ul> <em>General</em>
1195                                 <ul>
1196                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1197         <ul>
1198           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1199             memory allocation</li>
1200           <li>launchApp service doesn't automatically open
1201             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1202           <li>
1203             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1204             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1205             1.7_055 is available
1206           </li>
1207         </ul> <em>Application Known issues</em>
1208         <ul>
1209           <li>
1210             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1211             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1212             alignment to right
1213           </li>
1214           <li>
1215             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1216             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1217             with large number of ID
1218           </li>
1219           <li>
1220             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1221             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1222             start/end
1223           </li>
1224           <li>
1225             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1226             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1227             structure tracks are rearranged
1228           </li>
1229           <li>
1230             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1231             invalid rna structure positional highlighting does not
1232             highlight position of invalid base pairs
1233           </li>
1234           <li>
1235             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1236             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1237             project from alignment window file menu
1238           </li>
1239           <li>
1240             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1241             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1242             structures
1243           </li>
1244           <li>
1245             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1246             colour by RNA Helices not enabled when user created
1247             annotation added to alignment
1248           </li>
1249           <li>
1250             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1251             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1252           </li>
1253         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1254         <ul>
1255           <li>
1256             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1257             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1258           </li>
1259           <li>
1260             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1261             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1262           </li>
1263
1264           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1265             when selected</li>
1266         </ul>
1267       </td>
1268     </tr>
1269     <tr>
1270       <td><div align="center">
1271           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1272         </div></td>
1273       <td>
1274         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1275         <em>General</em>
1276         <ul>
1277           <li>Internationalisation of user interface (usually
1278             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1279           <li>Define/Undefine group on current selection with
1280             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1281           <li>Improved group creation/removal options in
1282             alignment/sequence Popup menu</li>
1283           <li>Sensible precision for symbol distribution
1284             percentages shown in logo tooltip.</li>
1285           <li>Annotation panel height set according to amount of
1286             annotation when alignment first opened</li>
1287         </ul> <em>Application</em>
1288         <ul>
1289           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1290             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1291           <li>Select columns containing particular features from
1292             Feature Settings dialog</li>
1293           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1294             sequences</li>
1295           <li>Update Jalview project format:
1296             <ul>
1297               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1298               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1299                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1300               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1301                 colouring</li>
1302             </ul>
1303           </li>
1304           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1305             (PAM250)</li>
1306           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1307             flanking regions for an alignment</li>
1308         </ul>
1309       </td>
1310       <td>
1311         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1312         <ul>
1313           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1314             running after job is cancelled</li>
1315           <li>cannot export features from alignments imported from
1316             Jalview/VAMSAS projects</li>
1317           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1318             float values</li>
1319           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1320             have 'display all symbols' flag set</li>
1321           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1322             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1323           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1324             Jalview</li>
1325           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1326             Lion/Webstart</li>
1327           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1328           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1329           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1330             alignment onto desktop</li>
1331           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1332             'extract scores' function</li>
1333           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1334             alignment window</li>
1335           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1336             performing IUPred disorder prediction</li>
1337           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1338             changing 'normalise logo' display setting</li>
1339           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1340             nothing matches query</li>
1341           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1342             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1343           </li>
1344           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1345             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1346           </li>
1347           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1348             Jalview's menu</li>
1349           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1350             'invalid literal/length code'</li>
1351           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1352             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1353           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1354             colourscheme</li>
1355
1356         </ul> <em>Applet</em>
1357         <ul>
1358           <li>Remove group option is shown even when selection is
1359             not a group</li>
1360           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1361             don't affect groups</li>
1362           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1363             colourscheme name</li>
1364           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1365             Annotation panel is not displayed</li>
1366           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1367             embedded windows</li>
1368         </ul> <em>Other</em>
1369         <ul>
1370           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1371             single sequence were not calculated</li>
1372           <li>annotation files that contain only groups imported as
1373             annotation and junk sequences</li>
1374           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1375             recognised as PFAM or BLC</li>
1376           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1377             doesn't affect background (2.8.0b1)
1378           <li></li>
1379           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1380           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1381             trailing gaps</li>
1382           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1383             registered correctly on import</li>
1384           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1385             certain alignments</li>
1386           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1387             existing annotation based 'use original colours'
1388             colourscheme loses original colours setting</li>
1389         </ul>
1390       </td>
1391     </tr>
1392     <tr>
1393       <td><div align="center">
1394           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1395             <em>30/1/2014</em></strong>
1396         </div></td>
1397       <td>
1398         <ul>
1399           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1400             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1401             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1402             open source project).
1403           </li>
1404           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1405           </li>
1406           <li>Output in Stockholm format</li>
1407           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1408           <li>Export/import group and sequence associated line
1409             graph thresholds</li>
1410           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1411             ambiguity codes</li>
1412           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1413             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1414             works</li>
1415           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1416         </ul> <em>Other improvements</em>
1417         <ul>
1418           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1419           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1420             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1421           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1422             files</li>
1423           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1424           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1425             link but no description</li>
1426           <li>Select primary source when selecting authority in
1427             database fetcher GUI</li>
1428           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1429             Jalview</li>
1430           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1431         </ul>
1432       </td>
1433       <td>
1434         <ul>
1435           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1436             displayed</li>
1437           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1438             secondary structure annotation line</li>
1439           <li>Sequence database accessions not imported when
1440             fetching alignments from Rfam</li>
1441           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1442             identical IDs</li>
1443           <li>View all structures does not always superpose
1444             structures</li>
1445           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1446             reflect user or preset settings</li>
1447           <li>Null pointer exceptions for some services without
1448             presets or adjustable parameters</li>
1449           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1450             discover PDB xRefs</li>
1451           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1452             features with DAS</li>
1453           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1454             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1455           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1456             residue follows a gap</li>
1457           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1458             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1459           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1460             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1461           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1462             annotation already exists on alignment</li>
1463           <li>oninit javascript function should be called after
1464             initialisation completes</li>
1465           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1466             alignment window display</li>
1467           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1468           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1469             to annotation file</li>
1470           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1471             groups created</li>
1472           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1473             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1474           <li>Pressing return several times causes Number Format
1475             exceptions in keyboard mode</li>
1476           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1477             correct partitions for input data</li>
1478           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1479           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1480           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1481           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1482             mode</li>
1483           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1484             changes one row&#39;s threshold</li>
1485           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1486             doesn&#39;t open</li>
1487           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1488             quality histograms</li>
1489         </ul>
1490       </td>
1491     </tr>
1492     <tr>
1493       <td><div align="center">
1494           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1495         </div></td>
1496       <td><em>Application</em>
1497         <ul>
1498           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1499             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1500           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1501             preferences</li>
1502           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1503             in Jalview alignment window</li>
1504           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1505             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1506           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1507             RNA and ambiguity codes</li>
1508
1509           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1510           <li>Support fetching and database reference look up
1511             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1512             refs')</li>
1513           <li>Jalview project improvements
1514             <ul>
1515               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1516                 flag for annotation</li>
1517               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1518                 alignment</li>
1519               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1520                 Jalview project</li>
1521
1522             </ul>
1523           </li>
1524           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1525           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1526             running</li>
1527           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1528           <li>visual indication that web service results are still
1529             being retrieved from server</li>
1530           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1531             starts up for first time</li>
1532           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1533             services</li>
1534           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1535             client library</li>
1536           <li>Examples directory and Groovy library included in
1537             InstallAnywhere distribution</li>
1538         </ul> <em>Applet</em>
1539         <ul>
1540           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1541             visualization applet example</li>
1542         </ul> <em>General</em>
1543         <ul>
1544           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1545           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1546             defaults</li>
1547           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1548             calculation</li>
1549           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1550             matrices
1551           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1552             in HTML</li>
1553           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1554             structure contacts</li>
1555           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1556           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1557           <li>Parse sequence associated secondary structure
1558             information in Stockholm files</li>
1559           <li>HTML Export database accessions and annotation
1560             information presented in tooltip for sequences</li>
1561           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1562             style RNA alignment files</li>
1563           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1564             alignment</li>
1565           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1566             shade each sequence according to its associated alignment
1567             annotation</li>
1568           <li>New Jalview Logo</li>
1569         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1570         <ul>
1571           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1572           <li>New Website!</li>
1573         </ul></td>
1574       <td><em>Application</em>
1575         <ul>
1576           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1577             wsdbfetch REST service</li>
1578           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1579           <li>Filetype associations not installed for webstart
1580             launch</li>
1581           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1582             job execution in full once it is complete</li>
1583           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1584             uploaded via ali_file parameter</li>
1585           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1586           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1587           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1588             submitted for prediction</li>
1589           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1590             desktop window</li>
1591           <li>Putting fractional value into integer text box in
1592             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1593           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1594             windows 7</li>
1595           <li>View all structures fails with exception shown in
1596             structure view</li>
1597           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1598             escaped in a platform independent way</li>
1599           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1600             using proxy</li>
1601           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1602             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1603           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1604             failure when java web start temporary file caching is
1605             disabled</li>
1606           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1607             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1608           <li>Errors during processing of command line arguments
1609             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1610           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1611             DAS sources in sequence fetcher</li>
1612           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1613             dialog is shown</li>
1614           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1615           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1616           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1617           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1618             on OSX Mountain Lion</li>
1619           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1620             sequences with alignment annotation are pasted into the
1621             alignment</li>
1622           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1623             when loaded from Jalview project</li>
1624           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1625           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1626             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1627           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1628             associated with all views</li>
1629           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1630             annotation rows to new window</li>
1631         </ul> <em>Applet</em>
1632         <ul>
1633           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1634             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1635           <li>loading features via javascript API automatically
1636             enables feature display</li>
1637           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1638             work</li>
1639         </ul> <em>General</em>
1640         <ul>
1641           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1642           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1643             and then deselected</li>
1644           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1645           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1646             coloured with clustalx</li>
1647           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1648             exceptions and redraw errors</li>
1649           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1650             reconfigured view</li>
1651           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1652             colour</li>
1653           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1654             for lots of labels</li>
1655         </ul>
1656     </tr>
1657     <tr>
1658       <td>
1659         <div align="center">
1660           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1661         </div>
1662       </td>
1663       <td><em>Application</em>
1664         <ul>
1665           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1666           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1667           <li>View/alignment association menu to enable user to
1668             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1669             its colours/correspondences from</li>
1670           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1671           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1672             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1673           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1674           <li>Annotation row column label formatting attributes
1675             stored in project file</li>
1676           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1677             rows preserved in Jalview project file</li>
1678           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1679             saved using Desktop window menu</li>
1680           <li>Visual indication that command line arguments are
1681             still being processed</li>
1682           <li>Groovy script execution from URL</li>
1683           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1684             preferences</li>
1685           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1686             alignment with sequences that have high similarity and
1687             matching IDs</li>
1688           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1689           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1690             structures in same window</li>
1691           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1692           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1693             analysis function in its own submenu</li>
1694         </ul> <em>Applet</em>
1695         <ul>
1696           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1697             groups</li>
1698           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1699           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1700           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1701           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1702           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1703             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1704           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1705           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1706             parameters are treated as such</li>
1707           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1708             <ul>
1709               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1710               <li>Javascript callbacks for
1711                 <ul>
1712                   <li>Applet initialisation</li>
1713                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1714                 </ul>
1715               </li>
1716               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1717                 functions</li>
1718               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1719               <li>javascript structure viewer harness to pass
1720                 messages between Jmol and Jalview when running as
1721                 distinct applets</li>
1722               <li>sortBy method</li>
1723               <li>Set of applet and application examples shipped
1724                 with documentation</li>
1725               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1726                 javascript message exchange</li>
1727             </ul>
1728         </ul> <em>General</em>
1729         <ul>
1730           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1731             multiple alignments</li>
1732           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1733           <li>User configurable link to enable redirects to a
1734             www.Jalview.org mirror</li>
1735           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1736           <li>Configurable newline string when writing alignment
1737             and other flat files</li>
1738           <li>Allow alignment annotation description lines to
1739             contain html tags</li>
1740         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1741         <ul>
1742           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1743             examples</li>
1744           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1745             using a web service before displaying the result in the
1746             Jalview desktop</li>
1747           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1748           <li>Ant target to publish example html files with applet
1749             archive</li>
1750           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1751           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1752         </ul></td>
1753       <td><em>Application</em>
1754         <ul>
1755           <li>User defined colourscheme throws exception when
1756             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1757           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1758             dialog for valid filename/format</li>
1759           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1760           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1761             P37173</li>
1762           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1763             which sequence is to be associated with the file</li>
1764           <li>Find All raises null pointer exception when query
1765             only matches sequence IDs</li>
1766           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1767           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1768             2.4 cannot be loaded</li>
1769           <li>Filetype associations not installed for webstart
1770             launch</li>
1771           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1772             with sequences in different alignments do not get coloured
1773             by their associated sequence</li>
1774           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1775             not preserved when project is loaded</li>
1776           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1777             stored in Jalview project</li>
1778           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1779             Jalview project</li>
1780           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1781           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1782             by conservation</li>
1783           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1784             created on new view</li>
1785           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1786             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1787           <li>Alignment quality not updated after alignment
1788             annotation row is hidden then shown</li>
1789           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1790             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1791           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1792             properly</li>
1793           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1794             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1795           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1796           <li>Structures imported from file and saved in project
1797             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1798           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1799             job execution in full once it is complete</li>
1800         </ul> <em>Applet</em>
1801         <ul>
1802           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1803             annotation rows are displayed</li>
1804           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1805             codebase</li>
1806           <li>View follows highlighting does not work for positions
1807             in sequences</li>
1808           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1809           <li>Export features raises exception when no features
1810             exist</li>
1811           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1812             for javascript api is modified when separator string
1813             provided as parameter</li>
1814           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1815             alignment with no existing selection</li>
1816           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1817             to applet&#39;s codebase</li>
1818           <li>Status bar not updated after finished searching and
1819             search wraps around to first result</li>
1820           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1821             several Jalview applets causes race conditions and memory
1822             leaks</li>
1823           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1824             not sent from Jmol in applet</li>
1825           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1826             applet API fatally hang browser</li>
1827         </ul> <em>General</em>
1828         <ul>
1829           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1830             position with wrapped view and hidden regions</li>
1831           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1832             with/without hidden columns</li>
1833           <li>Sequence length given in alignment properties window
1834             is off by 1</li>
1835           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1836             import PDB like structure files</li>
1837           <li>Positional search results are only highlighted
1838             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1839           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1840           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1841             given sequence position</li>
1842           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1843             output</li>
1844           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1845             from nucleotide chains correctly</li>
1846           <li>Structure colours not updated when tree partition
1847             changed in alignment</li>
1848           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1849             parsed in interleaved stockholm</li>
1850           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1851             state</li>
1852           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1853             properly</li>
1854           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1855             properly associated with their pdb files</li>
1856         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1857         <ul>
1858           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1859             ApplyCopyright tool</li>
1860         </ul></td>
1861     </tr>
1862     <tr>
1863       <td>
1864         <div align="center">
1865           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1866         </div>
1867       </td>
1868       <td><em>Application</em>
1869         <ul>
1870           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1871             contact web services</li>
1872           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1873             service job window</li>
1874           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1875         </ul></td>
1876       <td>
1877         <ul>
1878           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1879             pir file emitted by Jalview</li>
1880           <li>Existing feature settings transferred to new
1881             alignment view created from cut'n'paste</li>
1882           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1883             parsing PDB files</li>
1884           <li>Consensus and conservation annotation rows
1885             occasionally become blank for all new windows</li>
1886           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1887             in wrapped view mode</li>
1888         </ul> <em>Application</em>
1889         <ul>
1890           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1891             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1892           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1893             parameter names</li>
1894           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1895             is down</li>
1896         </ul>
1897       </td>
1898     </tr>
1899     <tr>
1900       <td>
1901         <div align="center">
1902           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1903         </div>
1904       </td>
1905       <td><em>Application</em>
1906         <ul>
1907           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1908             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1909             (JABAWS)
1910           </li>
1911           <li>Web Services preference tab</li>
1912           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1913             preferences</li>
1914           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1915           <li>Superpose structures using associated sequence
1916             alignment</li>
1917           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1918             viewer</li>
1919         </ul> <em>Applet</em>
1920         <ul>
1921           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1922             link out mechanism</li>
1923         </ul> <em>Other</em>
1924         <ul>
1925           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1926             series 12</li>
1927           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1928             require Java 1.5</li>
1929           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1930             sequence annotation files</li>
1931           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1932             type colour specification</li>
1933           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1934             script to check if it being run in an interactive session or
1935             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1936         </ul></td>
1937       <td>
1938         <ul>
1939           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1940             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1941         </ul> <em>Application</em>
1942         <ul>
1943           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1944             selected Regions menu item</li>
1945           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1946             part of a valid accession ID</li>
1947           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1948             runs out of memory</li>
1949           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1950             analysis results</li>
1951           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1952             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1953           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1954         </ul> <em>Applet</em>
1955         <ul>
1956           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1957             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1958             defined.</li>
1959         </ul>
1960       </td>
1961     </tr>
1962     <tr>
1963       <td>
1964         <div align="center">
1965           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1966         </div>
1967       </td>
1968       <td></td>
1969       <td>
1970         <ul>
1971           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1972             sequence IDs</li>
1973           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1974             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1975           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1976             import correctly</li>
1977           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1978             number of columns are hidden</li>
1979           <li>annotation label popup menu not providing correct
1980             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1981             present</li>
1982           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1983             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1984           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1985             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1986
1987         </ul> <em>Applet</em>
1988         <ul>
1989           <li>annotation panel disappears when annotation is
1990             hidden/removed</li>
1991         </ul> <em>Application</em>
1992         <ul>
1993           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1994             alignment opened where annotation panel is visible but no
1995             annotations are present on alignment</li>
1996           <li>pasted region containing hidden columns is
1997             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1998           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1999             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2000           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2001             selected Rregions menu item.</li>
2002           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2003             'Un' or 'Non'conserved</li>
2004           <li>Sequence feature settings are being shared by
2005             multiple distinct alignments</li>
2006           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2007             changed</li>
2008           <li>double click on group annotation to select sequences
2009             does not propagate to associated trees</li>
2010           <li>Mac OSX specific issues:
2011             <ul>
2012               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2013                 window background</li>
2014               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2015                 name set correctly</li>
2016               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2017                 save feature colourscheme button</li>
2018             </ul>
2019           </li>
2020         </ul>
2021       </td>
2022     </tr>
2023     <tr>
2024
2025       <td>
2026         <div align="center">
2027           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2028         </div>
2029       </td>
2030       <td><em>New Capabilities</em>
2031         <ul>
2032           <li>URL links generated from description line for
2033             regular-expression based URL links (applet and application)
2034
2035
2036
2037
2038
2039
2040           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2041             menu</li>
2042           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2043             structures</li>
2044           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2045             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2046           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2047             average score or total feature count for each sequence.</li>
2048           <li>Shading features by score or associated description</li>
2049           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2050             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2051           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2052             hide everything but the currently selected region.</li>
2053           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2054         </ul> <em>Application</em>
2055         <ul>
2056           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2057             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2058           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2059             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2060           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2061             database references and protein_name is parsed as
2062             description line (BioSapiens terms).</li>
2063           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2064             references in sequence ID tooltip from View menu in
2065             application.</li>
2066           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2067                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2068           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2069             conservation plots</li>
2070           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2071             and visualized as sequence logos</li>
2072           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2073             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2074           </li>
2075           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2076             when a new tree is opened.</li>
2077           <li>Jalview Java Console</li>
2078           <li>Better placement of desktop window when moving
2079             between different screens.</li>
2080           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2081             consensus annotation</li>
2082           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2083             Workflows</li>
2084           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2085             <ul>
2086               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2087                 used to preserve views, structures, and tree display
2088                 settings)</li>
2089               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2090                 command line</li>
2091               <li>Sharing of selected regions between views and
2092                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2093               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2094             </ul></li>
2095         </ul> <em>Applet</em>
2096         <ul>
2097           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2098           <li>New Parameters
2099             <ul>
2100               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2101                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2102                 opened.</li>
2103               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2104                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2105               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2106                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2107               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2108                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2109                 view</li>
2110               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2111                 increase the height or width of a cell in the alignment
2112                 grid relative to the current font size.</li>
2113             </ul>
2114           </li>
2115           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2116             tooltip</li>
2117         </ul> <em>Other</em>
2118         <ul>
2119           <li>Features format: graduated colour definitions and
2120             specification of feature scores</li>
2121           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2122             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2123             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2124           <li>XML formats extended to support graduated feature
2125             colourschemes, group associated annotation, and profile
2126             visualization settings.</li></td>
2127       <td>
2128         <ul>
2129           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2130             rather than description</li>
2131           <li>Non-positional features are now included in sequence
2132             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2133             visibility in tooltip).</li>
2134           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2135           <li>Added URL embedding instructions to features file
2136             documentation.</li>
2137           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2138             'X' in peptide product</li>
2139           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2140             sequence ID and sequence string and query strings do not
2141             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2142           <li>AMSA files only contain first column of
2143             multi-character column annotation labels</li>
2144           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2145             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2146             exported and re-imported)</li>
2147           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2148             name</li>
2149           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2150             as subsequence matches, and correctly reports total number
2151             of both.</li>
2152           <li>Application:
2153             <ul>
2154               <li>Better handling of exceptions during sequence
2155                 retrieval</li>
2156               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2157                 link text excludes the start_end suffix</li>
2158               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2159                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2160               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2161               <li>Sequence description lines properly shared via
2162                 VAMSAS</li>
2163               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2164                 data sources</li>
2165               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2166                 completes before alignment figures are generated.</li>
2167               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2168                 first time.</li>
2169               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2170                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2171               <li>User defined group colours properly recovered
2172                 from Jalview projects.</li>
2173             </ul>
2174           </li>
2175         </ul>
2176       </td>
2177
2178     </tr>
2179     <tr>
2180       <td>
2181         <div align="center">
2182           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2183         </div>
2184       </td>
2185       <td>
2186         <ul>
2187           <li>Experimental support for google analytics usage
2188             tracking.</li>
2189           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2190         </ul>
2191       </td>
2192       <td>
2193         <ul>
2194           <li>Race condition in applet preventing startup in
2195             jre1.6.0u12+.</li>
2196           <li>Exception when feature created from selection beyond
2197             length of sequence.</li>
2198           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2199           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2200             all sequences with a given id</li>
2201           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2202             ID string searches</li>
2203           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2204             alignment to fail with exception</li>
2205         </ul> <em>Application Issues</em>
2206         <ul>
2207           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2208           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2209             data sources</li>
2210         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2211         <ul>
2212           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2213             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2214           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2215             version (java class versioning error fixed)</li>
2216         </ul>
2217       </td>
2218     </tr>
2219     <tr>
2220       <td>
2221
2222         <div align="center">
2223           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2224         </div>
2225       </td>
2226       <td><em>User Interface</em>
2227         <ul>
2228           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2229             translation and protein products</li>
2230           <li>Linked highlighting of structure associated with
2231             residue mapping to codon position</li>
2232           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2233             and 'clear' button</li>
2234           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2235             Tools menu</li>
2236           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2237             numeric data in description line</li>
2238           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2239           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2240             of sequence</li>
2241         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2242         <ul>
2243           <li>JPred3 web service</li>
2244           <li>Prototype sequence search client (no public services
2245             available yet)</li>
2246           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2247             PFAM</li>
2248           <li>URL Links created for matching database cross
2249             references as well as sequence ID</li>
2250           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2251         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2252         <ul>
2253           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2254             databases</li>
2255           <li>Generalised database reference retrieval and
2256             validation to all fetchable databases</li>
2257           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2258             sequence command</li>
2259         </ul> <em>Import and Export</em>
2260         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2261         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2262           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2263         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2264           File</li>
2265         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2266           triplet as name of colourscheme</li>
2267         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2268         <ul>
2269           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2270           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2271             alignments (experimental)</li>
2272           <li>Create new or select existing session to join</li>
2273           <li>load and save of vamsas documents</li>
2274         </ul> <em>Application command line</em>
2275         <ul>
2276           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2277             from applet)</li>
2278           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2279             of DAS servers to query for alignment features</li>
2280           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2281             that are also automatically queried for features</li>
2282           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2283             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2284         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2285         <ul>
2286           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2287             application (when using &quot;View in full
2288             application&quot;)</li>
2289         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2290         <ul>
2291           <li>feature group display control parameter</li>
2292           <li>debug parameter</li>
2293           <li>showbutton parameter</li>
2294         </ul> <em>Applet API methods</em>
2295         <ul>
2296           <li>newView public method</li>
2297           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2298           <li>Feature display control methods</li>
2299           <li>get list of currently selected sequences</li>
2300         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2301         <ul>
2302           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2303           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2304             Jalview release.</li>
2305           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2306             property controls execution of obfuscator</li>
2307           <li>Build target for generating source distribution</li>
2308           <li>Debug flag for javacc</li>
2309           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2310             jalview.bin.Cache</li>
2311           <li>Continuous Build Integration for stable and
2312             development version of Application, Applet and source
2313             distribution</li>
2314         </ul></td>
2315       <td>
2316         <ul>
2317           <li>selected region output includes visible annotations
2318             (for certain formats)</li>
2319           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2320             for editing</li>
2321           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2322           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2323           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2324           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2325             comments</li>
2326           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2327             filenames containing a ':'</li>
2328           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2329             global sequence features</li>
2330           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2331             references from alignment sequences goes to zero</li>
2332           <li>Close of tree branch colour box without colour
2333             selection causes cascading exceptions</li>
2334           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2335           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2336             file parsing fails.</li>
2337           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2338           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2339             not a valid output format</li>
2340           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2341             vamsas</li>
2342           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2343           <li>error messages passed up and output when data read
2344             fails</li>
2345           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2346             sequence is edited</li>
2347           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2348             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2349           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2350             filetype</li>
2351           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2352             import fixed for PFAM records</li>
2353           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2354             window list</li>
2355           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2356             can be read and written correctly to annotation file</li>
2357           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2358             correctly</li>
2359           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2360             non-italic font for representatives in Applet</li>
2361           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2362             Macs.</li>
2363           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2364             Applet)</li>
2365           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2366             due to null pointer exceptions</li>
2367           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2368             first column of alignment</li>
2369           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2370             July 2008</li>
2371           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2372             file is case-insensitive</li>
2373           <li>Sequence features read from Features file appended to
2374             all sequences with matching IDs</li>
2375           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2376             containing a sub-sequence</li>
2377           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2378           <li>feature and annotation file applet parameters
2379             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2380           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2381           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2382             splash-screen version check to complete</li>
2383           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2384             when passing them to the launchApp service</li>
2385           <li>display name and local features preserved in results
2386             retrieved from web service</li>
2387           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2388             sequence fetcher initialisation</li>
2389           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2390             dasobert DAS client</li>
2391           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2392             association</li>
2393           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2394             sequences
2395           </li>
2396         </ul>
2397       </td>
2398     </tr>
2399     <tr>
2400       <td>
2401         <div align="center">
2402           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2403         </div>
2404       </td>
2405       <td>
2406         <ul>
2407           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2408           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2409           <li>Slide sequences</li>
2410           <li>Edit sequence in place</li>
2411           <li>EMBL CDS features</li>
2412           <li>DAS Feature mapping</li>
2413           <li>Feature ordering</li>
2414           <li>Alignment Properties</li>
2415           <li>Annotation Scores</li>
2416           <li>Sort by scores</li>
2417           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2418         </ul>
2419       </td>
2420       <td>
2421         <ul>
2422           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2423           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2424           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2425           <li>Feature group display state in XML</li>
2426           <li>Feature ordering in XML</li>
2427           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2428           <li>Stockholm alignment properties</li>
2429           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2430           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2431           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2432           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2433         </ul>
2434       </td>
2435
2436     </tr>
2437     <tr>
2438       <td>
2439         <div align="center">
2440           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2441         </div>
2442       </td>
2443       <td>
2444         <ul>
2445           <li>Non standard characters can be read and displayed
2446           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2447             applet via textbox
2448           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2449             name &amp; description
2450           <li>Preference setting to display sequence name in
2451             italics
2452           <li>Annotation file format extended to allow
2453             Sequence_groups to be defined
2454           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2455             specified in preferences
2456           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2457             sequences
2458         </ul>
2459       </td>
2460       <td>
2461         <ul>
2462           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2463             installed
2464           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2465           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2466         </ul>
2467       </td>
2468     </tr>
2469     <tr>
2470       <td>
2471         <div align="center">
2472           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2473         </div>
2474       </td>
2475       <td>
2476         <ul>
2477           <li>Multiple views on alignment
2478           <li>Sequence feature editing
2479           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2480           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2481           <li>Background dependent text colour
2482           <li>Right align sequence ids
2483           <li>User-defined lower case residue colours
2484           <li>Format Menu
2485           <li>Select Menu
2486           <li>Menu item accelerator keys
2487           <li>Control-V pastes to current alignment
2488           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2489           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2490           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2491
2492
2493
2494
2495
2496
2497           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2498         </ul>
2499       </td>
2500       <td>
2501         <ul>
2502           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2503           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2504             calculations
2505           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2506             edits
2507           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2508             of alignment)
2509           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2510
2511
2512
2513
2514
2515
2516           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2517             display correctly
2518           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2519           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2520             analysis results
2521           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2522             &#8739;
2523           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2524           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2525           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2526
2527
2528
2529
2530
2531
2532         </ul>
2533       </td>
2534     </tr>
2535     <tr>
2536       <td>
2537         <div align="center">
2538           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2539         </div>
2540       </td>
2541       <td>
2542         <ul>
2543           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2544         </ul>
2545       </td>
2546       <td>
2547         <ul>
2548           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2549             sequence id panel has been resized</li>
2550           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2551             rendered</li>
2552           <li>Annotation files with sequence references - all
2553             elements in file are relative to sequence position</li>
2554           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2555         </ul>
2556       </td>
2557     </tr>
2558     <tr>
2559       <td>
2560         <div align="center">
2561           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2562         </div>
2563       </td>
2564       <td>
2565         <ul>
2566           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2567           <li>DAS Feature fetching</li>
2568           <li>Hide sequences and columns</li>
2569           <li>Export Annotations and Features</li>
2570           <li>GFF file reading / writing</li>
2571           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2572             files</li>
2573           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2574           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2575           <li>Applet can launch the full application</li>
2576           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2577             required)</li>
2578           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2579           <li>Applet can load sequences from parameter
2580             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2581           </li>
2582         </ul>
2583       </td>
2584       <td>
2585         <ul>
2586           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2587           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2588           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2589         </ul>
2590       </td>
2591     </tr>
2592     <tr>
2593       <td>
2594         <div align="center">
2595           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2596         </div>
2597       </td>
2598       <td>
2599         <ul>
2600           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2601           <li>Choose to match case when searching</li>
2602           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2603             expand the visible width and height of the alignment</li>
2604         </ul>
2605       </td>
2606       <td>
2607         <ul>
2608           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2609         </ul>
2610       </td>
2611     </tr>
2612     <tr>
2613       <td>
2614         <div align="center">
2615           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2616         </div>
2617       </td>
2618       <td>&nbsp;</td>
2619       <td>
2620         <ul>
2621           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2622           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2623             value</li>
2624         </ul>
2625       </td>
2626     </tr>
2627     <tr>
2628       <td>
2629         <div align="center">
2630           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2631         </div>
2632       </td>
2633       <td>
2634         <ul>
2635           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2636           <li>Keyboard editing</li>
2637           <li>Create sequence features from searches</li>
2638           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2639             alignments</li>
2640           <li>Features file allows grouping of features</li>
2641           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2642           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2643           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2644         </ul>
2645       </td>
2646       <td>
2647         <ul>
2648           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2649           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2650             descriptions saved.</li>
2651         </ul>
2652       </td>
2653     </tr>
2654     <tr>
2655       <td>
2656         <div align="center">
2657           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2658         </div>
2659       </td>
2660       <td>
2661         <ul>
2662           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2663           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2664           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2665             name for file output</li>
2666           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2667           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2668             used for HTML form input</li>
2669         </ul>
2670       </td>
2671       <td>
2672         <ul>
2673           <li>HTML output writes groups and features</li>
2674           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2675           <li>File IO bugs</li>
2676         </ul>
2677       </td>
2678     </tr>
2679     <tr>
2680       <td>
2681         <div align="center">
2682           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2683         </div>
2684       </td>
2685       <td>
2686         <ul>
2687           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2688           <li>More options for PCA viewer</li>
2689         </ul>
2690       </td>
2691       <td>
2692         <ul>
2693           <li>GUI bugs resolved</li>
2694           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2695         </ul>
2696       </td>
2697     </tr>
2698     <tr>
2699       <td height="63">
2700         <div align="center">
2701           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2702         </div>
2703       </td>
2704       <td>
2705         <ul>
2706           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2707           <li>Jar files are executable</li>
2708           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2709         </ul>
2710       </td>
2711       <td>
2712         <ul>
2713           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2714           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2715           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2716         </ul>
2717       </td>
2718     </tr>
2719     <tr>
2720       <td>
2721         <div align="center">
2722           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2723         </div>
2724       </td>
2725       <td>
2726         <ul>
2727           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2728         </ul>
2729       </td>
2730       <td>
2731         <ul>
2732           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2733         </ul>
2734       </td>
2735     </tr>
2736     <tr>
2737       <td>
2738         <div align="center">
2739           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2740         </div>
2741       </td>
2742       <td>
2743         <ul>
2744           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2745             size</li>
2746         </ul>
2747       </td>
2748       <td>
2749         <ul>
2750           <li>Improved JPred client reliability</li>
2751           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2752         </ul>
2753       </td>
2754     </tr>
2755     <tr>
2756       <td>
2757         <div align="center">
2758           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2759         </div>
2760       </td>
2761       <td>
2762         <ul>
2763           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2764           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2765           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2766             to Colour Menu</li>
2767           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2768           <li>Unix users can set default web browser</li>
2769           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2770           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2771         </ul>
2772       </td>
2773       <td>
2774         <ul>
2775           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2776         </ul>
2777       </td>
2778     </tr>
2779     <tr>
2780       <td>
2781         <div align="center">
2782           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2783         </div>
2784       </td>
2785       <td>&nbsp;</td>
2786       <td>
2787         <ul>
2788           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2789             alignment order.</li>
2790         </ul>
2791       </td>
2792     </tr>
2793     <tr>
2794       <td>
2795         <div align="center">
2796           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2797         </div>
2798       </td>
2799       <td>
2800         <ul>
2801           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2802           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2803           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2804             annotations.</li>
2805           <li>Version and build date written to build properties
2806             file.</li>
2807           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2808             at launch of Jalview.</li>
2809         </ul>
2810       </td>
2811       <td>
2812         <ul>
2813           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2814           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2815           <li>Can remove groups one by one.</li>
2816           <li>Filechooser icons installed.</li>
2817           <li>Finder ignores return character when searching.
2818             Return key will initiate a search.<br>
2819           </li>
2820         </ul>
2821       </td>
2822     </tr>
2823     <tr>
2824       <td>
2825         <div align="center">
2826           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2827         </div>
2828       </td>
2829       <td>
2830         <ul>
2831           <li>New codebase</li>
2832         </ul>
2833       </td>
2834       <td>&nbsp;</td>
2835     </tr>
2836   </table>
2837   <p>&nbsp;</p>
2838 </body>
2839 </html>