help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>27/02/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence ID and annotation area margins can be click-dragged to adjust them.</li>
  81           </ul>
  82           </div>
  83       </td>
  84       <td><div align="left">
  85           <ul>
  86             <li>
  87               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown overlapping alignment panel
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
  91             </li>
  92           </ul>
  93       </div>
  94       </td>
  95     </tr>
  96     <tr>
  97       <td width="60" nowrap>
  98         <div align="center">
  99           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 100         </div>
 101       </td>
 102       <td><div align="left">
 103           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 104               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 105       <td><div align="left">
 106           <em>Desktop</em><ul>
 107           <ul>
 108             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 109             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 110             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 111             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 112             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 113             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 114             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 115           </ul>
 116           </div>
 117       </td>
 118     </tr>
 119     <tr>
 120       <td width="60" nowrap>
 121         <div align="center">
 122           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 123         </div>
 124       </td>
 125       <td><div align="left">
 126           <em></em>
 127           <ul>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 130               rendering of sequence features
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 134               429 rate limit request hander
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 138               their colours have changed
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 142               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 146               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 150               view from Ensembl locus cross-references
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 154               Alignment report
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 158               feature can be disabled
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 162               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 166               Uniprot
 167             </li>
 168           </ul>
 169           <em>Scripting</em>
 170           <ul>
 171             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 172             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 173               percent identity scores for current alignment.</li>
 174           </ul>
 175           <em>Testing and Deployment</em>
 176           <ul>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 179             </li>
 180           </ul>
 181         </div></td>
 182       <td><div align="left">
 183           <em>General</em>
 184           <ul>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 187               threshold text field doesn't trigger an update to the
 188               alignment view
 189             </li>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 192               strings in parallel
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 196               alignment window is closed
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 200               group visibility
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 204               takes a long time in Cursor mode
 205             </li>
 206           </ul>
 207           <em>Desktop</em>
 208           <ul>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 211               cannot be viewed in Chimera
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 215               CDS/Protein view
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 219               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 220               Search Dialogs
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 230               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 234               scrolling right in unwapped alignment view
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 238               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 239               database
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 243               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 247               features of same type and group to be selected for
 248               amending
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 252               alignments when hidden columns are present
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 256               displaying several structures
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 260               moving a window
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 264               within the Jalview desktop on OSX
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 268               when in wrapped alignment mode
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 272               hand end of alignment
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 276               each selected sequence do not have correct start/end
 277               positions
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 281               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 285               restoring project until a new view is created
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 289               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 290               configured (since 2.10.2b2)
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 294               position is adjusted
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 298               in a multi-chain structure when viewing alignment
 299               involving more than one chain (since 2.10)
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 303               if new selection moves alignment window
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 307               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 311               that produces correctly annotated transcripts and products
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 315               doesn't update associated structure view
 316             </li>
 317           </ul>
 318           <em>Applet</em><br />
 319           <ul>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 322               closing alignment panel
 323             </li>
 324           </ul>
 325           <em>BioJSON</em><br />
 326           <ul>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 329               non-positional features
 330             </li>
 331           </ul>
 332           <em>New Known Issues</em>
 333           <ul>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 336               sequence features correctly (for many previous versions of
 337               Jalview)
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 341               using cursor in wrapped panel other than top
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 345               graduated colour threshold
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 349               always preserve numbering and sequence features
 350             </li>
 351           </ul>
 352           <em>Known Java 9 Issues</em>
 353           <ul>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 356               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 357               9.01, OSX 10.10)
 358             </li>
 359           </ul>
 360         </div></td>
 361     </tr>
 362     <tr>
 363       <td width="60" nowrap>
 364         <div align="center">
 365           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 366             <em>2/10/2017</em></strong>
 367         </div>
 368       </td>
 369       <td><div align="left">
 370           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 371           <ul>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 374             </li>
 375             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 376             </li>
 377           </ul>
 378         </div></td>
 379       <td><div align="left">
 380         </div></td>
 381     </tr>
 382     <tr>
 383       <td width="60" nowrap>
 384         <div align="center">
 385           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 386             <em>7/9/2017</em></strong>
 387         </div>
 388       </td>
 389       <td><div align="left">
 390           <em></em>
 391           <ul>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 394               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 395               white)
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 399               Preferences
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 403               in size and progress bar shown as higher resolution
 404               overview is recalculated
 405             </li>
 406
 407           </ul>
 408         </div></td>
 409       <td><div align="left">
 410           <em></em>
 411           <ul>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 414               column region row by row
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 418               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 422               format setting is unticked
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 426               if group has show boxes format setting unticked
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 430               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 431               include sequences and columns not currently displayed
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 435               assemblies are imported via CIF file
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 439               displayed when threshold or conservation colouring is also
 440               enabled.
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 444               server version
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 448               dragging a selected region off the visible region of the
 449               alignment
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 453               colourscheme to all groups in a view
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 457               initially after font size change using the Font chooser or
 458               middle-mouse zoom
 459             </li>
 460           </ul>
 461         </div></td>
 462     </tr>
 463     <tr>
 464       <td width="60" nowrap>
 465         <div align="center">
 466           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 467         </div>
 468       </td>
 469       <td><div align="left">
 470           <em>Calculations</em>
 471           <ul>
 472
 473             <li>
 474               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 475               ungapped positions in each column of the alignment.
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 479               a calculation dialog box
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 483               and memory efficiency (~30x faster)
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 487               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 488               and other calculations
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 492               files within the Jalview codebase
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 496               Similarity may have different topology due to increased
 497               precision
 498             </li>
 499           </ul>
 500           <em>Rendering</em>
 501           <ul>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 504               model for alignments and groups
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 508               scripts
 509             </li>
 510           </ul>
 511           <em>Overview</em>
 512           <ul>
 513             <li>
 514               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 515               with alignment and overview windows
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 519               overview
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 523               omitted in Overview
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 527               adjustment of visible position
 528             </li>
 529           </ul>
 530
 531           <em>Data import/export</em>
 532           <ul>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 535               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 539               annotation input/output via stockholm flatfile
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 543               extension when importing structure files without embedded
 544               names or PDB accessions
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 548               format sequence substitution matrices
 549             </li>
 550           </ul>
 551           <em>User Interface</em>
 552           <ul>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 555               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 556               the application.
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 560               via Overview or sequence motif search operations
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 564               opened by double clicking gaps within sequence feature
 565               extent
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 569               aligned positions were available to create a 3D structure
 570               superposition.
 571             </li>
 572           </ul>
 573           <em>3D Structure</em>
 574           <ul>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 577               coloured in linked structure views
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 581               file-based command exchange
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 585               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 586               structures are already available for sequences
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 590               the Jalview project rather than downloaded again when the
 591               project is reopened.
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 595               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 596               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 597                 Feature</strong>)
 598             </li>
 599           </ul>
 600           <em>Web Services</em>
 601           <ul>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 607               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 608               Analysis services
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 612               cross-references provided by identifiers.org and the
 613               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 614             </li>
 615           </ul>
 616
 617           <em>Scripting</em>
 618           <ul>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 621               identifying file formats (instead of String constants)
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 625               efficiency when counting all displayed features (not
 626               backwards compatible with 2.10.1)
 627             </li>
 628           </ul>
 629           <em>Example files</em>
 630           <ul>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 633               included in the example feature file
 634             </li>
 635           </ul>
 636           <em>Documentation</em>
 637           <ul>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 640               with the built-in Java help viewer
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 644               sequence description' option
 645             </li>
 646           </ul>
 647           <em>Test Suite</em>
 648           <ul>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 651               Uniprot REST Free Text Search Client
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 658               during tests
 659             </li>
 660           </ul>
 661         </div></td>
 662       <td><div align="left">
 663           <em>Calculations</em>
 664           <ul>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 667               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 668               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 669             </li>
 670             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 671               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 672               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 673               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 674               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 675               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 676               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 677               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 678               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 679               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 680               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 681               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 682               // for 2.10.1 mode <br />
 683               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 684               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 685                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 686                 calculations (not recommended)</em></li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 689               scaling of branch lengths for trees computed using
 690               Sequence Feature Similarity.
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 694               generating output report when working with highly
 695               redundant alignments
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 699               right of selected region when gaps present on right-hand
 700               boundary
 701             </li>
 702           </ul>
 703           <em>User Interface</em>
 704           <ul>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 707               doesn't reselect a specific sequence's associated
 708               annotation after it was used for colouring a view
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 712               opened on a region of alignment without groups
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 716               of an alignment with overlapping groups
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 720               name and description match
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 724               hidden regions results in incorrect hidden regions
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 728               changing colour does not apply Conservation slider value
 729               to all groups
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 733               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 737               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 741               gaps before start of features
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 745               restored to UI when feature colour is edited
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 749               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 753               as graduate feature colour settings are modified via the
 754               dialog box
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 758               when a group defined on the alignment is resized
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 762               wrapped view result in positional status updates
 763             </li>
 764
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 767               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 771               alignment included gapped columns
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 775               widgets don't permanently disappear
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 779               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 780               T-Coffee column reliability scores)
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 784               sequence feature on gaps only
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 788               button from a Find inherit previously defined feature type
 789               rather than the Find query string
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 793               exporting tree calculated in Jalview
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 797               and then revealing them reorders sequences on the
 798               alignment
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 802               doesn't update to reflect available set of groups after
 803               interactively adding or modifying features
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 807               Linux
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 811               only excluded gaps in current sequence and ignored
 812               selection.
 813             </li>
 814           </ul>
 815           <em>Rendering</em>
 816           <ul>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 819               erratically when hidden rows or columns are present
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 823               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 824               sequence colouring
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 828               colour and group colour menu for protein alignments
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 832               reflect currently selected view or group's shading
 833               thresholds
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 837               when rendered on overview and structures when opacity at
 838               100%
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 842               overview when features overlaid on alignment
 843             </li>
 844           </ul>
 845           <em>Data import/export</em>
 846           <ul>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 849               load
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 853               added after a sequence was imported are not written to
 854               Stockholm File
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 858               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 862               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 866               with lightGray or darkGray via features file (but can
 867               specify lightgray)
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 871               when alignment view imported from project
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 875               structure and sequences extracted from structure files
 876               imported via URL and viewed in Jmol
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 880               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 881               the project is loaded and the structure viewed
 882             </li>
 883           </ul>
 884           <em>Web Services</em>
 885           <ul>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 888               release of Ensembl v.88
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 892               appear enabled in Preferences->Connections
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 896               removed from console output
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 900               Ensembl by Peptide ID
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 904               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 905               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 906               due to 'null' string rather than empty string used for
 907               residues with no corresponding PDB mapping).
 908             </li>
 909           </ul>
 910           <em>Application UI</em>
 911           <ul>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 914               menu
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 918               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 919               new documentation and tooltips added)
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 923               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 927               new features are added to alignment
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 931               changes to feature colours via the Amend features dialog
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 935               edit graduated feature colour via amend features dialog
 936               box
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 940               selection menu changes colours of alignment views
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 944               from alignment calculation workers after alignment has
 945               been closed
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 949               groups now 'Create Group'
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 953               Create/Undefine group doesn't always work
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 957               shown again after pressing 'Cancel'
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 961               adjusts start position in wrap mode
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 965               ambiguous amino acids
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 969               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 970               proteins
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 974               Defined' don't appear in Colours menu
 975             </li>
 976           </ul>
 977           <em>Applet</em>
 978           <ul>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 981               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 985               overview or linked structure view
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 989               work (since 2.8)
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 993               user-defined colourscheme doesn't restore original
 994               colourscheme
 995             </li>
 996           </ul>
 997           <em>Test Suite</em>
 998           <ul>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1001               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1005               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1006               problems with deep array comparison equality asserts in
1007               successive versions of TestNG
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1011               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1012             </li>
1013           </ul>
1014           <em>New Known Issues</em>
1015           <ul>
1016             <li>
1017               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1018               phase after a sequence motif find operation
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1022               containing just upper and lower case letters are
1023               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1027               reliably from eggnog Ortholog database
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1031               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1032               to mark columns containing highlighted regions.
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1036               doesn't always add secondary structure annotation.
1037             </li>
1038           </ul>
1039         </div>
1040     <tr>
1041       <td width="60" nowrap>
1042         <div align="center">
1043           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1044         </div>
1045       </td>
1046       <td><div align="left">
1047           <em>General</em>
1048           <ul>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1051               for all consensus calculations
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1055               3rd Oct 2016)
1056             </li>
1057             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1058               for 2016-2017</li>
1059           </ul>
1060           <em>Application</em>
1061           <ul>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1064               set of database cross-references, sorted alphabetically
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1068               from database cross references. Users with custom links
1069               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1070                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1074               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1075               Chimera session
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1079               the Chimera it is connected to is shut down
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1083               columns menu item to mark columns containing highlighted
1084               regions (e.g. from structure selections or results of a
1085               Find operation)
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1089               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1090               MSAviewer
1091             </li>
1092           </ul>
1093         </div></td>
1094       <td>
1095         <div align="left">
1096           <em>General</em>
1097           <ul>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1100               are not coloured or thresholded according to percent
1101               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1105               hydrophobic
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1109               threshold, amino acid properties)
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1113               reported as mapped to residues in a structure file in the
1114               View Mapping report
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1118               could be added multiple times to a sequence
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1122               bond features shown as two highlighted residues rather
1123               than a range in linked structure views, and treated
1124               correctly when selecting and computing trees from features
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1128               cross-references are matched to database name regardless
1129               of case
1130             </li>
1131
1132           </ul>
1133           <em>Application</em>
1134           <ul>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1137               names without regular expressions also offer links from
1138               Sequence ID
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1142               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1143               update Jalview configuration
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1147               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1151               files with similarly named sequences if dropped onto the
1152               alignment
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1156               entries where more chains exist in the PDB accession than
1157               are reported in the SIFTS file
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1161               the structure view when displayed with Chimera
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1165               panel's View->Show Chains submenu
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1169               work for wrapped alignment views
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1173               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1177               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1178               first annotation row
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1182               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1186               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1187             </li>
1188             <!-- JAL-2319 -->
1189             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1190             coordindate data
1191             </li>
1192           </ul>
1193           <!--           <em>New Known Issues</em>
1194           <ul>
1195             <li></li>
1196           </ul> -->
1197         </div>
1198       </td>
1199     </tr>
1200     <td width="60" nowrap>
1201       <div align="center">
1202         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1203           <em>25/10/2016</em></strong>
1204       </div>
1205     </td>
1206     <td><em>Application</em>
1207       <ul>
1208         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1209           view if structures already loaded</li>
1210         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1211           structure views</li>
1212       </ul></td>
1213     <td>
1214       <div align="left">
1215         <em>General</em>
1216         <ul>
1217           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1218             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1219           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1220             example sequences/projects/trees</li>
1221         </ul>
1222         <em>Application</em>
1223         <ul>
1224           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1225             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1226           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1227             without timeout for structures with multiple models or
1228             multiple sequences in alignment</li>
1229           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1230             PDB ID HEADER line</li>
1231           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1232             is performed</li>
1233           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1234             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1235           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1236           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1237             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1238             option</li>
1239           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1240             is created on the alignment</li>
1241           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1242             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1243             pop-up menu</li>
1244         </ul>
1245         <em>Build and deployment</em>
1246         <ul>
1247           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1248             tags</li>
1249         </ul>
1250         <em>New Known Issues</em>
1251         <ul>
1252           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1253             on Windows</li>
1254         </ul>
1255       </div>
1256     </td>
1257     </tr>
1258     <tr>
1259       <td width="60" nowrap>
1260         <div align="center">
1261           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1262         </div>
1263       </td>
1264       <td><em>General</em>
1265         <ul>
1266           <li>
1267             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1268           </li>
1269           <li>
1270             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1271             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1272             better PDB parsing.
1273           </li>
1274           <li>
1275             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1276             reference sequence
1277           </li>
1278           <li>
1279             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1280             mousing over sequence associated annotation
1281           </li>
1282           <li>
1283             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1284             for manual entry
1285           </li>
1286           <li>
1287             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1288             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1289             for each column
1290           </li>
1291           <li>
1292             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1293             showing or hiding columns containing a feature
1294           </li>
1295           <li>
1296             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1297             group and sequence associated annotation labels
1298           </li>
1299           <li>
1300             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1301             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1302             dialogs
1303           </li>
1304
1305         </ul> <em>Application</em>
1306         <ul>
1307           <li>
1308             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1309             gene/transcript view
1310           </li>
1311           <li>
1312             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1313             dialog
1314           </li>
1315           <li>
1316             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1317             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1318           </li>
1319           <li>
1320             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1321             Pfam sources to xfam.org
1322           </li>
1323           <li>
1324             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1325           </li>
1326           <li>
1327             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1328             over sequences in Jalview
1329           </li>
1330           <li>
1331             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1332             regions in ENA and EMBL
1333           </li>
1334           <li>
1335             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1336             for record retrieval via ENA rest API
1337           </li>
1338           <li>
1339             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1340             complement operator
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1344             groovy script execution
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1348             alignment window's Calculate menu
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1352             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1353           </li>
1354           <li>
1355             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1356             calculation workers from groovy scripts
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1360             Jalview projects
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1364             associations are now saved/restored from project
1365           </li>
1366           <li>
1367             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1368             before sequence fetcher is opened
1369           </li>
1370           <li>
1371             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1372             database chooser opens a sequence fetcher
1373           </li>
1374           <li>
1375             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1376             the UniProt REST API
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1380             the news reader opening
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1384             querying stored in preferences
1385           </li>
1386           <li>
1387             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1388             search results
1389           </li>
1390           <li>
1391             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1392           </li>
1393           <li>
1394             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1395             menu for nucleotide sequences
1396           </li>
1397           <li>
1398             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1399             and feature counts preserves alignment ordering (and
1400             debugged for complex feature sets).
1401           </li>
1402           <li>
1403             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1404             viewing structures with Jalview 2.10
1405           </li>
1406           <li>
1407             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1408             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1409             Ensembl Genomes REST API
1410           </li>
1411           <li>
1412             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1413             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1414             (Ensembl)
1415           </li>
1416           <li>
1417             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1418             sequences
1419           </li>
1420           <li>
1421             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1422             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1423             data from external database records.
1424           </li>
1425           <li>
1426             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1427             efficient recovery of sequence coding and alignment
1428             annotation relationships.
1429           </li>
1430         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1431         <ul>
1432           <li>
1433             -- JAL---
1434           </li>
1435         </ul> --></td>
1436       <td>
1437         <div align="left">
1438           <em>General</em>
1439           <ul>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1442               menu on OSX
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1446               includes graduated colourschemes
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1450               working with big alignments and lots of hidden columns
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1454               at right of alignment window
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1458               contents
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1462               for DNA alignments
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1466               based tree calculation
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1470               unconserved enabled for group on alignment
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1474               set as reference
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1478               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1479               annotation
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1483               hidden columns present
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1487               user created annotation added to alignment
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1491               '()' base pair annotation
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1495               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1496               Consensus
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1500               feature not working
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1504               beginning of sequence
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1508               entry 3a6s
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1512               from a tree when t-coffee scores are shown
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1516               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1520               some structures
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1524               to Clustal, PIR and PileUp output
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1528               not visible causes alignment window to repaint
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1532               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1533               scores associated with features and annotation rows
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1537               calculation should be case independent
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1541               columns
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1545               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1546               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1550               problems when reference sequence defined and 'show
1551               non-conserved' enabled
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1555               load even when Consensus calculation is disabled
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1559               alignment does nothing
1560             </li>
1561           </ul>
1562           <em>Application</em>
1563           <ul>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1566               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1567               yet fixed for El Capitan)
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1571               output when running on non-gb/us i18n platforms
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1575               hidden sequences as flat-file alignment
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1579               launching Chimera
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1583               (also hotfix for 2.9.0b2)
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1587               reference sequence defined
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1591               alignments and views when revealing hidden columns
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1595               view in a cDNA/Protein splitframe
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1599               sequence from project when only one sequence is
1600               represented
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1604               in Structure Chooser
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1608               structure consensus didn't refresh annotation panel
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1612               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1616               dialogs format columns correctly, don't display array
1617               data, sort columns according to type
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1621               file chooser is cancelled during an image export
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1625               sequence name containing special characters
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1629               case insensitive
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1633               formatting don't wrap
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1637               truncated so L looks like I in consensus annotation
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1641               currently displayed features for the current selection or
1642               view
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1646               after fetching cross-references, and restoring from
1647               project
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1651               followed in the structure viewer
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1655               splitframe not restored from project
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1659               trailing end of protein alignment in transcript/product
1660               splitview when pad-gaps not enabled by default
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1664               is case dependent
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1668               article has been read (reopened issue due to
1669               internationalisation problems)
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1673               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1674               cross-references
1675             </li>
1676
1677             <li>
1678               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1679               alignment as HTML
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1683               multiple structures are shown for one or more sequences.
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1687               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1688               is enabled.
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1692               specific PDB id for sequence
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1696               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1697               columns' is disabled.
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1701               selects lowest rather than highest resolution structures
1702               for each sequence
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1706               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1710               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1714               after clicking on it to create new annotation for a
1715               column.
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1719               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1720             </li>
1721             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1722             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1723           </ul>
1724           <em>Applet</em>
1725           <ul>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1728               hidden columns present before start of sequence
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1732               (JSON jars)
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1736               sequences are hidden in applet
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1740               deployment on examples pages.
1741             </li>
1742           </ul>
1743         </div>
1744       </td>
1745     </tr>
1746     <tr>
1747       <td width="60" nowrap>
1748         <div align="center">
1749           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1750             <em>16/10/2015</em></strong>
1751         </div>
1752       </td>
1753       <td><em>General</em>
1754         <ul>
1755           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1756             jars</li>
1757         </ul></td>
1758       <td>
1759         <div align="left">
1760           <em>Application</em>
1761           <ul>
1762             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1763               shown when tree is partitioned</li>
1764             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1765               multiple cDNA/Protein split views</li>
1766           </ul>
1767         </div>
1768       </td>
1769     </tr>
1770     <tr>
1771       <td width="60" nowrap>
1772         <div align="center">
1773           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1774             <em>8/10/2015</em></strong>
1775         </div>
1776       </td>
1777       <td><em>General</em>
1778         <ul>
1779           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1780             2.9</li>
1781         </ul> <em>Application</em>
1782         <ul>
1783           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1784           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1785           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1786         </ul> <em>Applet</em>
1787         <ul>
1788           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1789         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1790         <ul>
1791           <li>
1792             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1793             suite
1794           </li>
1795         </ul></td>
1796       <td>
1797         <div align="left">
1798           <em>General</em>
1799           <ul>
1800             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1801               incorrect when sequence start > 1</li>
1802             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1803               documentation</li>
1804             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1805             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1806               loading a features file containing HTML tags in feature
1807               description</li>
1808
1809           </ul>
1810           <em>Application</em>
1811           <ul>
1812             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1813               reimport</li>
1814             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1815               with 'trim retrieved sequences'</li>
1816             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1817               deleting selected columns</li>
1818             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1819               JNLP templates for webstart launch</li>
1820             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1821               unreleased structures for download or viewing</li>
1822             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1823               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1824             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1825               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1826             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1827               recovered from jalview project</li>
1828             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1829               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1830               alignment view</li>
1831             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1832               color schemes from BioJSON</li>
1833           </ul>
1834           <em>Applet</em>
1835           <ul>
1836             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1837               frame</li>
1838             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1839           </ul>
1840         </div>
1841       </td>
1842     </tr>
1843     <tr>
1844       <td><div align="center">
1845           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1846         </div></td>
1847       <td><em>General</em>
1848         <ul>
1849           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1850             alignments:
1851             <ul>
1852               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1853                 and DNA alignment views</li>
1854               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1855                 cDNA alignment views</li>
1856               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1857                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1858               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1859                 protein sequences</li>
1860             </ul>
1861           </li>
1862           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1863           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1864             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1865           <li>New alignment annotation file statements for
1866             reference sequences and marking hidden columns</li>
1867           <li>Reference sequence based alignment shading to
1868             highlight variation</li>
1869           <li>Select or hide columns according to alignment
1870             annotation</li>
1871           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1872           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1873             acid conservation row</li>
1874           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1875         </ul> <em>Application</em>
1876         <ul>
1877           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1878             <ul>
1879               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1880                 view with cDNA/Protein</li>
1881               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1882                 sequences are placed in the same alignment</li>
1883               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1884                 projects</li>
1885             </ul>
1886           </li>
1887
1888           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1889           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1890             Jalview windows</li>
1891
1892           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1893           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1894           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1895             be shown in VARNA</li>
1896
1897           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1898             as the active selected region</li>
1899
1900           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1901             similarity</li>
1902           <li>New Export options
1903             <ul>
1904               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1905                 region export in flat file generation</li>
1906
1907               <li>Export alignment views for display with the <a
1908                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1909
1910               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1911               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1912                 alignment figures to HTML</li>
1913           </li>
1914           <li>3D structure retrieval and display
1915             <ul>
1916               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1917                 Search API</li>
1918               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1919                 PDB structures for a sequence set</li>
1920             </ul>
1921           </li>
1922
1923           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1924             predictions</li>
1925           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1926             for one or a group of sequences</li>
1927           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1928             from the JPred4 web server</li>
1929           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1930             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1931             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1932           </li>
1933           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1934             VARNA 2D Structure'</li>
1935           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1936             Structure ..."</li>
1937
1938         </ul> <em>Applet</em>
1939         <ul>
1940           <li>New layout for applet example pages</li>
1941           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1942             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1943           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1944             Protein alignments</li>
1945         </ul> <em>Development and deployment</em>
1946         <ul>
1947           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1948           <li>Include installation type and git revision in build
1949             properties and console log output</li>
1950           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1951             storing BioJsMSA Templates</li>
1952           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1953         </ul></td>
1954       <td>
1955         <!-- <em>General</em>
1956         <ul>
1957         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1958         <ul>
1959           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1960           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1961           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1962             predictions are not highlighted in amber</li>
1963           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1964             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1965           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1966             associated structure views</li>
1967           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1968             width checkbox not enabled</li>
1969           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1970             creating user defined colours</li>
1971           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1972             mappings for just that viewer's sequences</li>
1973           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1974             multiple models in Chimera</li>
1975           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1976             over Jmol structure</li>
1977           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1978             output to text box</li>
1979           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1980             have incorrect sequence start/end</li>
1981           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1982             Jalview fails</li>
1983           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1984             work for nucleotide</li>
1985           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1986             to a grey/invisible alignment window</li>
1987           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1988             imports to different position</li>
1989           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1990             on some platforms</li>
1991           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1992             populated</li>
1993           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1994             console if Chimera has been opened</li>
1995           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1996           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1997             retrieved</li>
1998           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1999           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2000             either sequence shows on first structure</li>
2001           <li>'Show annotations' options should not make
2002             non-positional annotations visible</li>
2003           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2004             in right place after 'view flanking regions'</li>
2005           <li>File Save As type unset when current file format is
2006             unknown</li>
2007           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2008             projects</li>
2009           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2010             responsive</li>
2011           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2012             several views on same alignment</li>
2013           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2014           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2015             spaces</li>
2016         </ul> <em>Applet</em>
2017         <ul>
2018           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2019           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2020             descriptions containing angle brackets</li>
2021         </ul> <em>General</em>
2022         <ul>
2023           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2024             via jalview annotation file</li>
2025           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2026             with RNA secondary structure</li>
2027           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2028             translation doesn't work.</li>
2029           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2030           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2031             positions</li>
2032           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2033             choosing 1pt font</li>
2034           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2035             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2036             'h'</li>
2037           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2038             new feature</li>
2039           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2040             order dependent</li>
2041           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2042             sequences</li>
2043           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2044         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2045         <ul>
2046           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2047             www.jalview.org</li>
2048         </ul> <em>Application Known issues</em>
2049         <ul>
2050           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2051           <li>Misleading message appears after trying to delete
2052             solid column.</li>
2053           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2054             version launches</li>
2055           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2056             fails with a sequence mismatch</li>
2057           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2058             scrolling alignment to right</li>
2059           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2060             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2061           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2062             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2063           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2064             ultra-high resolution</li>
2065           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2066             quality and conservation</li>
2067           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2068             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2069         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2070         <ul>
2071           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2072           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2073             window is being resized</li>
2074
2075         </ul>
2076       </td>
2077     </tr>
2078     <tr>
2079       <td><div align="center">
2080           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2081         </div></td>
2082       <td><em>General</em>
2083         <ul>
2084           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2085             Certum.PL.</li>
2086           <li>Features and annotation preserved when performing
2087             pairwise alignment</li>
2088           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2089             imported/exported/displayed</li>
2090           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2091             protein secondary structure</li>
2092           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2093               post-hoc with 2.9 release</em>)
2094           </li>
2095
2096         </ul> <em>Application</em>
2097         <ul>
2098           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2099             with 3D structures</li>
2100           <li>Support for parsing RNAML</li>
2101           <li>Annotations menu for layout
2102             <ul>
2103               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2104               <li>place sequence annotation above/below alignment
2105                 annotation</li>
2106             </ul>
2107           <li>Output in Stockholm format</li>
2108           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2109             translation</li>
2110           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2111           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2112             shared between alignments</li>
2113           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2114             Jalview</li>
2115           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2116             all or current selection</li>
2117           <li>disorder and secondary structure predictions
2118             available as dataset annotation</li>
2119           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2120
2121
2122           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2123             alignments from Rfam</li>
2124           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2125
2126           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2127             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2128           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2129           <li>include installation type in build properties and
2130             console log output</li>
2131           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2132             annotation</li>
2133         </ul></td>
2134       <td>
2135         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2136         <ul>
2137           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2138             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2139           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2140             alignment</li>
2141           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2142           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2143           <li>Double click on sequence associated annotation
2144             selects only first column</li>
2145           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2146             leaves shown in tree</li>
2147           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2148             properly</li>
2149           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2150           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2151             screen and buttons not visible</li>
2152           <li>author list isn't updated if already written to
2153             Jalview properties</li>
2154           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2155             from database</li>
2156           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2157           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2158             browser search window</li>
2159           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2160             in feature settings dialog</li>
2161           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2162             desktop</li>
2163           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2164             pass validation</li>
2165           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2166             fit on screen</li>
2167           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2168             tooltip</li>
2169           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2170             defined user preset</li>
2171           <li>MSA web services warns user if they were launched
2172             with invalid input</li>
2173           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2174             Java 8</li>
2175           <li>
2176             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2177             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2178             created
2179           </li>
2180
2181         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2182         <ul>
2183         </ul> <em>General</em>
2184         <ul>
2185         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2186         <ul>
2187           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2188             memory allocation</li>
2189           <li>launchApp service doesn't automatically open
2190             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2191           <li>
2192             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2193             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2194             1.7_055 is available
2195           </li>
2196         </ul> <em>Application Known issues</em>
2197         <ul>
2198           <li>
2199             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2200             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2201             alignment to right
2202           </li>
2203           <li>
2204             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2205             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2206             with large number of ID
2207           </li>
2208           <li>
2209             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2210             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2211             start/end
2212           </li>
2213           <li>
2214             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2215             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2216             structure tracks are rearranged
2217           </li>
2218           <li>
2219             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2220             invalid rna structure positional highlighting does not
2221             highlight position of invalid base pairs
2222           </li>
2223           <li>
2224             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2225             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2226             project from alignment window file menu
2227           </li>
2228           <li>
2229             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2230             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2231             structures
2232           </li>
2233           <li>
2234             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2235             colour by RNA Helices not enabled when user created
2236             annotation added to alignment
2237           </li>
2238           <li>
2239             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2240             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2241           </li>
2242         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2243         <ul>
2244           <li>
2245             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2246             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2247           </li>
2248           <li>
2249             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2250             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2251           </li>
2252
2253           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2254             when selected</li>
2255         </ul>
2256       </td>
2257     </tr>
2258     <tr>
2259       <td><div align="center">
2260           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2261         </div></td>
2262       <td>
2263         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2264         <em>General</em>
2265         <ul>
2266           <li>Internationalisation of user interface (usually
2267             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2268           <li>Define/Undefine group on current selection with
2269             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2270           <li>Improved group creation/removal options in
2271             alignment/sequence Popup menu</li>
2272           <li>Sensible precision for symbol distribution
2273             percentages shown in logo tooltip.</li>
2274           <li>Annotation panel height set according to amount of
2275             annotation when alignment first opened</li>
2276         </ul> <em>Application</em>
2277         <ul>
2278           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2279             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2280           <li>Select columns containing particular features from
2281             Feature Settings dialog</li>
2282           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2283             sequences</li>
2284           <li>Update Jalview project format:
2285             <ul>
2286               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2287               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2288                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2289               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2290                 colouring</li>
2291             </ul>
2292           </li>
2293           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2294             (PAM250)</li>
2295           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2296             flanking regions for an alignment</li>
2297         </ul>
2298       </td>
2299       <td>
2300         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2301         <ul>
2302           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2303             running after job is cancelled</li>
2304           <li>cannot export features from alignments imported from
2305             Jalview/VAMSAS projects</li>
2306           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2307             float values</li>
2308           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2309             have 'display all symbols' flag set</li>
2310           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2311             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2312           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2313             Jalview</li>
2314           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2315             Lion/Webstart</li>
2316           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2317           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2318           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2319             alignment onto desktop</li>
2320           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2321             'extract scores' function</li>
2322           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2323             alignment window</li>
2324           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2325             performing IUPred disorder prediction</li>
2326           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2327             changing 'normalise logo' display setting</li>
2328           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2329             nothing matches query</li>
2330           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2331             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2332           </li>
2333           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2334             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2335           </li>
2336           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2337             Jalview's menu</li>
2338           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2339             'invalid literal/length code'</li>
2340           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2341             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2342           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2343             colourscheme</li>
2344
2345         </ul> <em>Applet</em>
2346         <ul>
2347           <li>Remove group option is shown even when selection is
2348             not a group</li>
2349           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2350             don't affect groups</li>
2351           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2352             colourscheme name</li>
2353           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2354             Annotation panel is not displayed</li>
2355           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2356             embedded windows</li>
2357         </ul> <em>Other</em>
2358         <ul>
2359           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2360             single sequence were not calculated</li>
2361           <li>annotation files that contain only groups imported as
2362             annotation and junk sequences</li>
2363           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2364             recognised as PFAM or BLC</li>
2365           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2366             doesn't affect background (2.8.0b1)
2367           <li></li>
2368           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2369           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2370             trailing gaps</li>
2371           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2372             registered correctly on import</li>
2373           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2374             certain alignments</li>
2375           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2376             existing annotation based 'use original colours'
2377             colourscheme loses original colours setting</li>
2378         </ul>
2379       </td>
2380     </tr>
2381     <tr>
2382       <td><div align="center">
2383           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2384             <em>30/1/2014</em></strong>
2385         </div></td>
2386       <td>
2387         <ul>
2388           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2389             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2390             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2391             open source project).
2392           </li>
2393           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2394           <li>Output in Stockholm format</li>
2395           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2396           <li>Export/import group and sequence associated line
2397             graph thresholds</li>
2398           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2399             ambiguity codes</li>
2400           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2401             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2402             works</li>
2403           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2404         </ul> <em>Other improvements</em>
2405         <ul>
2406           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2407           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2408             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2409           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2410             files</li>
2411           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2412           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2413             link but no description</li>
2414           <li>Select primary source when selecting authority in
2415             database fetcher GUI</li>
2416           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2417             Jalview</li>
2418           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2419         </ul>
2420       </td>
2421       <td>
2422         <ul>
2423           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2424             displayed</li>
2425           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2426             secondary structure annotation line</li>
2427           <li>Sequence database accessions not imported when
2428             fetching alignments from Rfam</li>
2429           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2430             identical IDs</li>
2431           <li>View all structures does not always superpose
2432             structures</li>
2433           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2434             reflect user or preset settings</li>
2435           <li>Null pointer exceptions for some services without
2436             presets or adjustable parameters</li>
2437           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2438             discover PDB xRefs</li>
2439           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2440             features with DAS</li>
2441           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2442             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2443           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2444             residue follows a gap</li>
2445           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2446             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2447           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2448             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2449           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2450             annotation already exists on alignment</li>
2451           <li>oninit javascript function should be called after
2452             initialisation completes</li>
2453           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2454             alignment window display</li>
2455           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2456           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2457             to annotation file</li>
2458           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2459             groups created</li>
2460           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2461             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2462           <li>Pressing return several times causes Number Format
2463             exceptions in keyboard mode</li>
2464           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2465             correct partitions for input data</li>
2466           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2467           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2468           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2469           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2470             mode</li>
2471           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2472             changes one row&#39;s threshold</li>
2473           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2474             doesn&#39;t open</li>
2475           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2476             quality histograms</li>
2477         </ul>
2478       </td>
2479     </tr>
2480     <tr>
2481       <td><div align="center">
2482           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2483         </div></td>
2484       <td><em>Application</em>
2485         <ul>
2486           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2487             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2488           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2489             preferences</li>
2490           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2491             in Jalview alignment window</li>
2492           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2493             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2494           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2495             RNA and ambiguity codes</li>
2496
2497           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2498           <li>Support fetching and database reference look up
2499             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2500             refs')</li>
2501           <li>Jalview project improvements
2502             <ul>
2503               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2504                 flag for annotation</li>
2505               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2506                 alignment</li>
2507               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2508                 Jalview project</li>
2509
2510             </ul>
2511           </li>
2512           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2513           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2514             running</li>
2515           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2516           <li>visual indication that web service results are still
2517             being retrieved from server</li>
2518           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2519             starts up for first time</li>
2520           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2521             services</li>
2522           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2523             client library</li>
2524           <li>Examples directory and Groovy library included in
2525             InstallAnywhere distribution</li>
2526         </ul> <em>Applet</em>
2527         <ul>
2528           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2529             visualization applet example</li>
2530         </ul> <em>General</em>
2531         <ul>
2532           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2533           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2534             defaults</li>
2535           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2536             calculation</li>
2537           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2538             matrices
2539           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2540             in HTML</li>
2541           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2542             structure contacts</li>
2543           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2544           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2545           <li>Parse sequence associated secondary structure
2546             information in Stockholm files</li>
2547           <li>HTML Export database accessions and annotation
2548             information presented in tooltip for sequences</li>
2549           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2550             style RNA alignment files</li>
2551           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2552             alignment</li>
2553           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2554             shade each sequence according to its associated alignment
2555             annotation</li>
2556           <li>New Jalview Logo</li>
2557         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2558         <ul>
2559           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2560           <li>New Website!</li>
2561         </ul></td>
2562       <td><em>Application</em>
2563         <ul>
2564           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2565             wsdbfetch REST service</li>
2566           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2567           <li>Filetype associations not installed for webstart
2568             launch</li>
2569           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2570             job execution in full once it is complete</li>
2571           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2572             uploaded via ali_file parameter</li>
2573           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2574           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2575           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2576             submitted for prediction</li>
2577           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2578             desktop window</li>
2579           <li>Putting fractional value into integer text box in
2580             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2581           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2582             windows 7</li>
2583           <li>View all structures fails with exception shown in
2584             structure view</li>
2585           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2586             escaped in a platform independent way</li>
2587           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2588             using proxy</li>
2589           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2590             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2591           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2592             failure when java web start temporary file caching is
2593             disabled</li>
2594           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2595             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2596           <li>Errors during processing of command line arguments
2597             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2598           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2599             DAS sources in sequence fetcher</li>
2600           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2601             dialog is shown</li>
2602           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2603           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2604           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2605           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2606             on OSX Mountain Lion</li>
2607           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2608             sequences with alignment annotation are pasted into the
2609             alignment</li>
2610           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2611             when loaded from Jalview project</li>
2612           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2613           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2614             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2615           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2616             associated with all views</li>
2617           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2618             annotation rows to new window</li>
2619         </ul> <em>Applet</em>
2620         <ul>
2621           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2622             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2623           <li>loading features via javascript API automatically
2624             enables feature display</li>
2625           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2626             work</li>
2627         </ul> <em>General</em>
2628         <ul>
2629           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2630           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2631             and then deselected</li>
2632           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2633           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2634             coloured with clustalx</li>
2635           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2636             exceptions and redraw errors</li>
2637           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2638             reconfigured view</li>
2639           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2640             colour</li>
2641           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2642             for lots of labels</li>
2643         </ul>
2644     </tr>
2645     <tr>
2646       <td>
2647         <div align="center">
2648           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2649         </div>
2650       </td>
2651       <td><em>Application</em>
2652         <ul>
2653           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2654           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2655           <li>View/alignment association menu to enable user to
2656             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2657             its colours/correspondences from</li>
2658           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2659           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2660             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2661           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2662           <li>Annotation row column label formatting attributes
2663             stored in project file</li>
2664           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2665             rows preserved in Jalview project file</li>
2666           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2667             saved using Desktop window menu</li>
2668           <li>Visual indication that command line arguments are
2669             still being processed</li>
2670           <li>Groovy script execution from URL</li>
2671           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2672             preferences</li>
2673           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2674             alignment with sequences that have high similarity and
2675             matching IDs</li>
2676           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2677           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2678             structures in same window</li>
2679           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2680           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2681             analysis function in its own submenu</li>
2682         </ul> <em>Applet</em>
2683         <ul>
2684           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2685             groups</li>
2686           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2687           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2688           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2689           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2690           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2691             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2692           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2693           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2694             parameters are treated as such</li>
2695           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2696             <ul>
2697               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2698               <li>Javascript callbacks for
2699                 <ul>
2700                   <li>Applet initialisation</li>
2701                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2702                 </ul>
2703               </li>
2704               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2705                 functions</li>
2706               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2707               <li>javascript structure viewer harness to pass
2708                 messages between Jmol and Jalview when running as
2709                 distinct applets</li>
2710               <li>sortBy method</li>
2711               <li>Set of applet and application examples shipped
2712                 with documentation</li>
2713               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2714                 javascript message exchange</li>
2715             </ul>
2716         </ul> <em>General</em>
2717         <ul>
2718           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2719             multiple alignments</li>
2720           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2721           <li>User configurable link to enable redirects to a
2722             www.Jalview.org mirror</li>
2723           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2724           <li>Configurable newline string when writing alignment
2725             and other flat files</li>
2726           <li>Allow alignment annotation description lines to
2727             contain html tags</li>
2728         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2729         <ul>
2730           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2731             examples</li>
2732           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2733             using a web service before displaying the result in the
2734             Jalview desktop</li>
2735           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2736           <li>Ant target to publish example html files with applet
2737             archive</li>
2738           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2739           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2740         </ul></td>
2741       <td><em>Application</em>
2742         <ul>
2743           <li>User defined colourscheme throws exception when
2744             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2745           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2746             dialog for valid filename/format</li>
2747           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2748           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2749             P37173</li>
2750           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2751             which sequence is to be associated with the file</li>
2752           <li>Find All raises null pointer exception when query
2753             only matches sequence IDs</li>
2754           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2755           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2756             2.4 cannot be loaded</li>
2757           <li>Filetype associations not installed for webstart
2758             launch</li>
2759           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2760             with sequences in different alignments do not get coloured
2761             by their associated sequence</li>
2762           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2763             not preserved when project is loaded</li>
2764           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2765             stored in Jalview project</li>
2766           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2767             Jalview project</li>
2768           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2769           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2770             by conservation</li>
2771           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2772             created on new view</li>
2773           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2774             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2775           <li>Alignment quality not updated after alignment
2776             annotation row is hidden then shown</li>
2777           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2778             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2779           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2780             properly</li>
2781           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2782             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2783           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2784           <li>Structures imported from file and saved in project
2785             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2786           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2787             job execution in full once it is complete</li>
2788         </ul> <em>Applet</em>
2789         <ul>
2790           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2791             annotation rows are displayed</li>
2792           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2793             codebase</li>
2794           <li>View follows highlighting does not work for positions
2795             in sequences</li>
2796           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2797           <li>Export features raises exception when no features
2798             exist</li>
2799           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2800             for javascript api is modified when separator string
2801             provided as parameter</li>
2802           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2803             alignment with no existing selection</li>
2804           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2805             to applet&#39;s codebase</li>
2806           <li>Status bar not updated after finished searching and
2807             search wraps around to first result</li>
2808           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2809             several Jalview applets causes race conditions and memory
2810             leaks</li>
2811           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2812             not sent from Jmol in applet</li>
2813           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2814             applet API fatally hang browser</li>
2815         </ul> <em>General</em>
2816         <ul>
2817           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2818             position with wrapped view and hidden regions</li>
2819           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2820             with/without hidden columns</li>
2821           <li>Sequence length given in alignment properties window
2822             is off by 1</li>
2823           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2824             import PDB like structure files</li>
2825           <li>Positional search results are only highlighted
2826             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2827           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2828           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2829             given sequence position</li>
2830           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2831             output</li>
2832           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2833             from nucleotide chains correctly</li>
2834           <li>Structure colours not updated when tree partition
2835             changed in alignment</li>
2836           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2837             parsed in interleaved stockholm</li>
2838           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2839             state</li>
2840           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2841             properly</li>
2842           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2843             properly associated with their pdb files</li>
2844         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2845         <ul>
2846           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2847             ApplyCopyright tool</li>
2848         </ul></td>
2849     </tr>
2850     <tr>
2851       <td>
2852         <div align="center">
2853           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2854         </div>
2855       </td>
2856       <td><em>Application</em>
2857         <ul>
2858           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2859             contact web services</li>
2860           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2861             service job window</li>
2862           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2863         </ul></td>
2864       <td>
2865         <ul>
2866           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2867             pir file emitted by Jalview</li>
2868           <li>Existing feature settings transferred to new
2869             alignment view created from cut'n'paste</li>
2870           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2871             parsing PDB files</li>
2872           <li>Consensus and conservation annotation rows
2873             occasionally become blank for all new windows</li>
2874           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2875             in wrapped view mode</li>
2876         </ul> <em>Application</em>
2877         <ul>
2878           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2879             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2880           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2881             parameter names</li>
2882           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2883             is down</li>
2884         </ul>
2885       </td>
2886     </tr>
2887     <tr>
2888       <td>
2889         <div align="center">
2890           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2891         </div>
2892       </td>
2893       <td><em>Application</em>
2894         <ul>
2895           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2896             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2897             (JABAWS)
2898           </li>
2899           <li>Web Services preference tab</li>
2900           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2901             preferences</li>
2902           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2903           <li>Superpose structures using associated sequence
2904             alignment</li>
2905           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2906             viewer</li>
2907         </ul> <em>Applet</em>
2908         <ul>
2909           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2910             link out mechanism</li>
2911         </ul> <em>Other</em>
2912         <ul>
2913           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2914             series 12</li>
2915           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2916             require Java 1.5</li>
2917           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2918             sequence annotation files</li>
2919           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2920             type colour specification</li>
2921           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2922             script to check if it being run in an interactive session or
2923             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2924         </ul></td>
2925       <td>
2926         <ul>
2927           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2928             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2929         </ul> <em>Application</em>
2930         <ul>
2931           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2932             selected Regions menu item</li>
2933           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2934             part of a valid accession ID</li>
2935           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2936             runs out of memory</li>
2937           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2938             analysis results</li>
2939           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2940             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2941           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2942         </ul> <em>Applet</em>
2943         <ul>
2944           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2945             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2946             defined.</li>
2947         </ul>
2948       </td>
2949     </tr>
2950     <tr>
2951       <td>
2952         <div align="center">
2953           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2954         </div>
2955       </td>
2956       <td></td>
2957       <td>
2958         <ul>
2959           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2960             sequence IDs</li>
2961           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2962             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2963           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2964             import correctly</li>
2965           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2966             number of columns are hidden</li>
2967           <li>annotation label popup menu not providing correct
2968             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2969             present</li>
2970           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2971             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2972           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2973             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2974
2975         </ul> <em>Applet</em>
2976         <ul>
2977           <li>annotation panel disappears when annotation is
2978             hidden/removed</li>
2979         </ul> <em>Application</em>
2980         <ul>
2981           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2982             alignment opened where annotation panel is visible but no
2983             annotations are present on alignment</li>
2984           <li>pasted region containing hidden columns is
2985             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2986           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2987             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2988           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2989             selected Rregions menu item.</li>
2990           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2991             'Un' or 'Non'conserved</li>
2992           <li>Sequence feature settings are being shared by
2993             multiple distinct alignments</li>
2994           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2995             changed</li>
2996           <li>double click on group annotation to select sequences
2997             does not propagate to associated trees</li>
2998           <li>Mac OSX specific issues:
2999             <ul>
3000               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3001                 window background</li>
3002               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3003                 name set correctly</li>
3004               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3005                 save feature colourscheme button</li>
3006             </ul>
3007           </li>
3008         </ul>
3009       </td>
3010     </tr>
3011     <tr>
3012
3013       <td>
3014         <div align="center">
3015           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3016         </div>
3017       </td>
3018       <td><em>New Capabilities</em>
3019         <ul>
3020           <li>URL links generated from description line for
3021             regular-expression based URL links (applet and application)
3022
3023           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3024             menu</li>
3025           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3026             structures</li>
3027           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3028             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3029           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3030             average score or total feature count for each sequence.</li>
3031           <li>Shading features by score or associated description</li>
3032           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3033             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3034           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3035             hide everything but the currently selected region.</li>
3036           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3037         </ul> <em>Application</em>
3038         <ul>
3039           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3040             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3041           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3042             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3043           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3044             database references and protein_name is parsed as
3045             description line (BioSapiens terms).</li>
3046           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3047             references in sequence ID tooltip from View menu in
3048             application.</li>
3049           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3050       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3051           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3052             conservation plots</li>
3053           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3054             and visualized as sequence logos</li>
3055           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3056             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3057           </li>
3058           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3059             when a new tree is opened.</li>
3060           <li>Jalview Java Console</li>
3061           <li>Better placement of desktop window when moving
3062             between different screens.</li>
3063           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3064             consensus annotation</li>
3065           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3066             Workflows</li>
3067           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3068             <ul>
3069               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3070                 used to preserve views, structures, and tree display
3071                 settings)</li>
3072               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3073                 command line</li>
3074               <li>Sharing of selected regions between views and
3075                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3076               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3077             </ul></li>
3078         </ul> <em>Applet</em>
3079         <ul>
3080           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3081           <li>New Parameters
3082             <ul>
3083               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3084                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3085                 opened.</li>
3086               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3087                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3088               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3089                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3090               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3091                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3092                 view</li>
3093               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3094                 increase the height or width of a cell in the alignment
3095                 grid relative to the current font size.</li>
3096             </ul>
3097           </li>
3098           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3099             tooltip</li>
3100         </ul> <em>Other</em>
3101         <ul>
3102           <li>Features format: graduated colour definitions and
3103             specification of feature scores</li>
3104           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3105             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3106             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3107           <li>XML formats extended to support graduated feature
3108             colourschemes, group associated annotation, and profile
3109             visualization settings.</li></td>
3110       <td>
3111         <ul>
3112           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3113             rather than description</li>
3114           <li>Non-positional features are now included in sequence
3115             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3116             visibility in tooltip).</li>
3117           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3118           <li>Added URL embedding instructions to features file
3119             documentation.</li>
3120           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3121             'X' in peptide product</li>
3122           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3123             sequence ID and sequence string and query strings do not
3124             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3125           <li>AMSA files only contain first column of
3126             multi-character column annotation labels</li>
3127           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3128             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3129             exported and re-imported)</li>
3130           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3131             name</li>
3132           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3133             as subsequence matches, and correctly reports total number
3134             of both.</li>
3135           <li>Application:
3136             <ul>
3137               <li>Better handling of exceptions during sequence
3138                 retrieval</li>
3139               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3140                 link text excludes the start_end suffix</li>
3141               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3142                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3143               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3144               <li>Sequence description lines properly shared via
3145                 VAMSAS</li>
3146               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3147                 data sources</li>
3148               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3149                 completes before alignment figures are generated.</li>
3150               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3151                 first time.</li>
3152               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3153                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3154               <li>User defined group colours properly recovered
3155                 from Jalview projects.</li>
3156             </ul>
3157           </li>
3158         </ul>
3159       </td>
3160
3161     </tr>
3162     <tr>
3163       <td>
3164         <div align="center">
3165           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3166         </div>
3167       </td>
3168       <td>
3169         <ul>
3170           <li>Experimental support for google analytics usage
3171             tracking.</li>
3172           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3173         </ul>
3174       </td>
3175       <td>
3176         <ul>
3177           <li>Race condition in applet preventing startup in
3178             jre1.6.0u12+.</li>
3179           <li>Exception when feature created from selection beyond
3180             length of sequence.</li>
3181           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3182           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3183             all sequences with a given id</li>
3184           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3185             ID string searches</li>
3186           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3187             alignment to fail with exception</li>
3188         </ul> <em>Application Issues</em>
3189         <ul>
3190           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3191           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3192             data sources</li>
3193         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3194         <ul>
3195           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3196             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3197           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3198             version (java class versioning error fixed)</li>
3199         </ul>
3200       </td>
3201     </tr>
3202     <tr>
3203       <td>
3204
3205         <div align="center">
3206           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3207         </div>
3208       </td>
3209       <td><em>User Interface</em>
3210         <ul>
3211           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3212             translation and protein products</li>
3213           <li>Linked highlighting of structure associated with
3214             residue mapping to codon position</li>
3215           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3216             and 'clear' button</li>
3217           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3218             Tools menu</li>
3219           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3220             numeric data in description line</li>
3221           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3222           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3223             of sequence</li>
3224         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3225         <ul>
3226           <li>JPred3 web service</li>
3227           <li>Prototype sequence search client (no public services
3228             available yet)</li>
3229           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3230             PFAM</li>
3231           <li>URL Links created for matching database cross
3232             references as well as sequence ID</li>
3233           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3234         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3235         <ul>
3236           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3237             databases</li>
3238           <li>Generalised database reference retrieval and
3239             validation to all fetchable databases</li>
3240           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3241             sequence command</li>
3242         </ul> <em>Import and Export</em>
3243         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3244         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3245           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3246         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3247           File</li>
3248         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3249           triplet as name of colourscheme</li>
3250         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3251         <ul>
3252           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3253           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3254             alignments (experimental)</li>
3255           <li>Create new or select existing session to join</li>
3256           <li>load and save of vamsas documents</li>
3257         </ul> <em>Application command line</em>
3258         <ul>
3259           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3260             from applet)</li>
3261           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3262             of DAS servers to query for alignment features</li>
3263           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3264             that are also automatically queried for features</li>
3265           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3266             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3267         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3268         <ul>
3269           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3270             application (when using &quot;View in full
3271             application&quot;)</li>
3272         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3273         <ul>
3274           <li>feature group display control parameter</li>
3275           <li>debug parameter</li>
3276           <li>showbutton parameter</li>
3277         </ul> <em>Applet API methods</em>
3278         <ul>
3279           <li>newView public method</li>
3280           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3281           <li>Feature display control methods</li>
3282           <li>get list of currently selected sequences</li>
3283         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3284         <ul>
3285           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3286           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3287             Jalview release.</li>
3288           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3289             property controls execution of obfuscator</li>
3290           <li>Build target for generating source distribution</li>
3291           <li>Debug flag for javacc</li>
3292           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3293             jalview.bin.Cache</li>
3294           <li>Continuous Build Integration for stable and
3295             development version of Application, Applet and source
3296             distribution</li>
3297         </ul></td>
3298       <td>
3299         <ul>
3300           <li>selected region output includes visible annotations
3301             (for certain formats)</li>
3302           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3303             for editing</li>
3304           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3305           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3306           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3307           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3308             comments</li>
3309           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3310             filenames containing a ':'</li>
3311           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3312             global sequence features</li>
3313           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3314             references from alignment sequences goes to zero</li>
3315           <li>Close of tree branch colour box without colour
3316             selection causes cascading exceptions</li>
3317           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3318           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3319             file parsing fails.</li>
3320           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3321           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3322             not a valid output format</li>
3323           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3324             vamsas</li>
3325           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3326           <li>error messages passed up and output when data read
3327             fails</li>
3328           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3329             sequence is edited</li>
3330           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3331             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3332           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3333             filetype</li>
3334           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3335             import fixed for PFAM records</li>
3336           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3337             window list</li>
3338           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3339             can be read and written correctly to annotation file</li>
3340           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3341             correctly</li>
3342           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3343             non-italic font for representatives in Applet</li>
3344           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3345             Macs.</li>
3346           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3347             Applet)</li>
3348           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3349             due to null pointer exceptions</li>
3350           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3351             first column of alignment</li>
3352           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3353             July 2008</li>
3354           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3355             file is case-insensitive</li>
3356           <li>Sequence features read from Features file appended to
3357             all sequences with matching IDs</li>
3358           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3359             containing a sub-sequence</li>
3360           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3361           <li>feature and annotation file applet parameters
3362             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3363           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3364           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3365             splash-screen version check to complete</li>
3366           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3367             when passing them to the launchApp service</li>
3368           <li>display name and local features preserved in results
3369             retrieved from web service</li>
3370           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3371             sequence fetcher initialisation</li>
3372           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3373             dasobert DAS client</li>
3374           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3375             association</li>
3376           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3377             sequences
3378           </li>
3379         </ul>
3380       </td>
3381     </tr>
3382     <tr>
3383       <td>
3384         <div align="center">
3385           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3386         </div>
3387       </td>
3388       <td>
3389         <ul>
3390           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3391           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3392           <li>Slide sequences</li>
3393           <li>Edit sequence in place</li>
3394           <li>EMBL CDS features</li>
3395           <li>DAS Feature mapping</li>
3396           <li>Feature ordering</li>
3397           <li>Alignment Properties</li>
3398           <li>Annotation Scores</li>
3399           <li>Sort by scores</li>
3400           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3401         </ul>
3402       </td>
3403       <td>
3404         <ul>
3405           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3406           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3407           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3408           <li>Feature group display state in XML</li>
3409           <li>Feature ordering in XML</li>
3410           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3411           <li>Stockholm alignment properties</li>
3412           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3413           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3414           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3415           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3416         </ul>
3417       </td>
3418
3419     </tr>
3420     <tr>
3421       <td>
3422         <div align="center">
3423           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3424         </div>
3425       </td>
3426       <td>
3427         <ul>
3428           <li>Non standard characters can be read and displayed
3429           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3430             applet via textbox
3431           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3432             name &amp; description
3433           <li>Preference setting to display sequence name in
3434             italics
3435           <li>Annotation file format extended to allow
3436             Sequence_groups to be defined
3437           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3438             specified in preferences
3439           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3440             sequences
3441         </ul>
3442       </td>
3443       <td>
3444         <ul>
3445           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3446             installed
3447           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3448           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3449         </ul>
3450       </td>
3451     </tr>
3452     <tr>
3453       <td>
3454         <div align="center">
3455           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3456         </div>
3457       </td>
3458       <td>
3459         <ul>
3460           <li>Multiple views on alignment
3461           <li>Sequence feature editing
3462           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3463           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3464           <li>Background dependent text colour
3465           <li>Right align sequence ids
3466           <li>User-defined lower case residue colours
3467           <li>Format Menu
3468           <li>Select Menu
3469           <li>Menu item accelerator keys
3470           <li>Control-V pastes to current alignment
3471           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3472           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3473           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3474
3475           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3476         </ul>
3477       </td>
3478       <td>
3479         <ul>
3480           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3481           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3482             calculations
3483           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3484             edits
3485           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3486             of alignment)
3487           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3488
3489           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3490             display correctly
3491           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3492           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3493             analysis results
3494           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3495             &#8739;
3496           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3497           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3498           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3499
3500         </ul>
3501       </td>
3502     </tr>
3503     <tr>
3504       <td>
3505         <div align="center">
3506           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3507         </div>
3508       </td>
3509       <td>
3510         <ul>
3511           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3512         </ul>
3513       </td>
3514       <td>
3515         <ul>
3516           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3517             sequence id panel has been resized</li>
3518           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3519             rendered</li>
3520           <li>Annotation files with sequence references - all
3521             elements in file are relative to sequence position</li>
3522           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3523         </ul>
3524       </td>
3525     </tr>
3526     <tr>
3527       <td>
3528         <div align="center">
3529           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3530         </div>
3531       </td>
3532       <td>
3533         <ul>
3534           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3535           <li>DAS Feature fetching</li>
3536           <li>Hide sequences and columns</li>
3537           <li>Export Annotations and Features</li>
3538           <li>GFF file reading / writing</li>
3539           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3540             files</li>
3541           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3542           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3543           <li>Applet can launch the full application</li>
3544           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3545             required)</li>
3546           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3547           <li>Applet can load sequences from parameter
3548             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3549           </li>
3550         </ul>
3551       </td>
3552       <td>
3553         <ul>
3554           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3555           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3556           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3557         </ul>
3558       </td>
3559     </tr>
3560     <tr>
3561       <td>
3562         <div align="center">
3563           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3564         </div>
3565       </td>
3566       <td>
3567         <ul>
3568           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3569           <li>Choose to match case when searching</li>
3570           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3571             expand the visible width and height of the alignment</li>
3572         </ul>
3573       </td>
3574       <td>
3575         <ul>
3576           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3577         </ul>
3578       </td>
3579     </tr>
3580     <tr>
3581       <td>
3582         <div align="center">
3583           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3584         </div>
3585       </td>
3586       <td>&nbsp;</td>
3587       <td>
3588         <ul>
3589           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3590           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3591             value</li>
3592         </ul>
3593       </td>
3594     </tr>
3595     <tr>
3596       <td>
3597         <div align="center">
3598           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3599         </div>
3600       </td>
3601       <td>
3602         <ul>
3603           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3604           <li>Keyboard editing</li>
3605           <li>Create sequence features from searches</li>
3606           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3607             alignments</li>
3608           <li>Features file allows grouping of features</li>
3609           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3610           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3611           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3612         </ul>
3613       </td>
3614       <td>
3615         <ul>
3616           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3617           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3618             descriptions saved.</li>
3619         </ul>
3620       </td>
3621     </tr>
3622     <tr>
3623       <td>
3624         <div align="center">
3625           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3626         </div>
3627       </td>
3628       <td>
3629         <ul>
3630           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3631           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3632           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3633             name for file output</li>
3634           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3635           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3636             used for HTML form input</li>
3637         </ul>
3638       </td>
3639       <td>
3640         <ul>
3641           <li>HTML output writes groups and features</li>
3642           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3643           <li>File IO bugs</li>
3644         </ul>
3645       </td>
3646     </tr>
3647     <tr>
3648       <td>
3649         <div align="center">
3650           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3651         </div>
3652       </td>
3653       <td>
3654         <ul>
3655           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3656           <li>More options for PCA viewer</li>
3657         </ul>
3658       </td>
3659       <td>
3660         <ul>
3661           <li>GUI bugs resolved</li>
3662           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3663         </ul>
3664       </td>
3665     </tr>
3666     <tr>
3667       <td height="63">
3668         <div align="center">
3669           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3670         </div>
3671       </td>
3672       <td>
3673         <ul>
3674           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3675           <li>Jar files are executable</li>
3676           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3677         </ul>
3678       </td>
3679       <td>
3680         <ul>
3681           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3682           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3683           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3684         </ul>
3685       </td>
3686     </tr>
3687     <tr>
3688       <td>
3689         <div align="center">
3690           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3691         </div>
3692       </td>
3693       <td>
3694         <ul>
3695           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3696         </ul>
3697       </td>
3698       <td>
3699         <ul>
3700           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3701         </ul>
3702       </td>
3703     </tr>
3704     <tr>
3705       <td>
3706         <div align="center">
3707           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3708         </div>
3709       </td>
3710       <td>
3711         <ul>
3712           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3713             size</li>
3714         </ul>
3715       </td>
3716       <td>
3717         <ul>
3718           <li>Improved JPred client reliability</li>
3719           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3720         </ul>
3721       </td>
3722     </tr>
3723     <tr>
3724       <td>
3725         <div align="center">
3726           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3727         </div>
3728       </td>
3729       <td>
3730         <ul>
3731           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3732           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3733           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3734             to Colour Menu</li>
3735           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3736           <li>Unix users can set default web browser</li>
3737           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3738           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3739         </ul>
3740       </td>
3741       <td>
3742         <ul>
3743           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3744         </ul>
3745       </td>
3746     </tr>
3747     <tr>
3748       <td>
3749         <div align="center">
3750           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3751         </div>
3752       </td>
3753       <td>&nbsp;</td>
3754       <td>
3755         <ul>
3756           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3757             alignment order.</li>
3758         </ul>
3759       </td>
3760     </tr>
3761     <tr>
3762       <td>
3763         <div align="center">
3764           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3765         </div>
3766       </td>
3767       <td>
3768         <ul>
3769           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3770           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3771           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3772             annotations.</li>
3773           <li>Version and build date written to build properties
3774             file.</li>
3775           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3776             at launch of Jalview.</li>
3777         </ul>
3778       </td>
3779       <td>
3780         <ul>
3781           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3782           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3783           <li>Can remove groups one by one.</li>
3784           <li>Filechooser icons installed.</li>
3785           <li>Finder ignores return character when searching.
3786             Return key will initiate a search.<br>
3787           </li>
3788         </ul>
3789       </td>
3790     </tr>
3791     <tr>
3792       <td>
3793         <div align="center">
3794           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3795         </div>
3796       </td>
3797       <td>
3798         <ul>
3799           <li>New codebase</li>
3800         </ul>
3801       </td>
3802       <td>&nbsp;</td>
3803     </tr>
3804   </table>
3805   <p>&nbsp;</p>
3806 </body>
3807 </html>