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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>8/8/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84           <li><!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be omitted in Overview</li>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  87               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
  91               extension when importing structure files without embedded
  92               names or PDB accessions
  93             </li>
  94           <li><!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be opened by double clicking gaps within sequence feature extent</li>
  95           <li><!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example included in the example feature file</li>
  96           </ul>
  97           <em>Application</em>
  98           <ul>
  99             <li>
 100               <!-- JAL-2447 -->
 101               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
 102               menu to hide or show untested features in the application.
 103             </li>
 104             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
 105           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
 106           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
 107           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 108           </ul>
 109           <em>Experimental features</em>
 110           <ul>
 111             <li>
 112               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 113               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 114               features, and vice-versa.
 115             </li>
 116           </ul>
 117           <em>Applet</em>
 118           <ul>
 119           <li><!--  --></li>
 120           </ul>
 121           <em>Test Suite</em>
 122           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite</li>
 123           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 124           <li><!--  -->
 125           </ul>
 126           </div></td><td><div align="left">
 127           <em>General</em>
 128           <ul>
 129             <li>
 130               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 131               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored with
 132               this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 136               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 137               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 138               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 139               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 140               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 141               Jalview's PCAs were different to those produced by
 142               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 143               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 144               behaviour<br />
 145               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 146               2.10.1 mode<br />
 147               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 148               restore 2.10.2 mode
 149             </li>
 150             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 151           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 152           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 153           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 154           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 155           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 156           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 157           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 158           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 159           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 160           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 161           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 162           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 163           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 164           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 165           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 166           <li><!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to load</li>
 167             <li><!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not restored to UI when feature colour is edited</li>
 168             <li><!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected when rendered on overview and structures when opacity at 100%</li>
 169             <li><!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update as graduate feature colour settings are modified via the dialog box</li>
 170             <li><!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at a time when scrolling vertically in wrapped mode.</li>
 171             <li><!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update when a group defined on the alignment is resized</li>
 172             <li><!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in wrapped view result in positional status updates</li>
 173             <li><!-- JAL-2563 -->Status bar shows position for ambiguous amino acid and nucleotide symbols</li>
 174           </ul>
 175           <em>Application</em>
 176           <ul>
 177           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 178           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 179           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 180           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 181           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 182           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 183           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 184           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 185           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 186           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 187           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 188           <li><!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL</li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 191               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 192               the project is loaded and the structure viewed
 193             </li>
 194             <li><!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture adjusts start position in wrap mode</li>
 195             <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 196             <li><!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes gaps in selection, current sequence and only within selected columns</li>
 197           </ul>
 198           <em>Applet</em>
 199           <ul>
 200           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 201           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 202           <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
 203           </ul>
 204           <em>New Known Issues</em>
 205           <ul>
 206           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 207           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 208             <li><!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog ortholog database</li>
 209           </ul>
 210
 211           </div>
 212     <tr>
 213       <td width="60" nowrap>
 214         <div align="center">
 215           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 216             <em>29/11/2016</em></strong>
 217         </div>
 218       </td>
 219       <td><div align="left">
 220           <em>General</em>
 221           <ul>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 224               for all consensus calculations
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 228             </li>
 229             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 230               for 2016-2017</li>
 231           </ul>
 232           <em>Application</em>
 233           <ul>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 236               set of database cross-references, sorted alphabetically
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 240               from database cross references. Users with custom links
 241               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 242                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 246               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 247               Chimera session
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 251               the Chimera it is connected to is shut down
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 255               columns menu item to mark columns containing
 256               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 257               of a Find operation)
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 261               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 262               MSAviewer
 263             </li>
 264           </ul>
 265         </div></td>
 266       <td>
 267         <div align="left">
 268           <em>General</em>
 269           <ul>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 272               are not coloured or thresholded according to percent
 273               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 277               hydrophobic
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 281               threshold, amino acid properties)
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 285               reported as mapped to residues in a structure file in the
 286               View Mapping report
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 290               could be added multiple times to a sequence
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 294               bond features shown as two highlighted residues rather
 295               than a range in linked structure views, and treated
 296               correctly when selecting and computing trees from features
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 300               cross-references are matched to database name regardless
 301               of case
 302             </li>
 303
 304           </ul>
 305           <em>Application</em>
 306           <ul>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 309               names without regular expressions also offer links from
 310               Sequence ID
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 314               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 315               update Jalview configuration
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 319               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 323               files with similarly named sequences if dropped onto the
 324               alignment
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 328               entries where more chains exist in the PDB accession than
 329               are reported in the SIFTS file
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 333               the structure view when displayed with Chimera
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 337               panel's View->Show Chains submenu
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 341               work for wrapped alignment views
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 345               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 349               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 350               first annotation row
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 354               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 355             </li>
 356             <li>
 357             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 358             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 359           </ul>
 360 <!--           <em>New Known Issues</em>
 361           <ul>
 362             <li></li>
 363           </ul> -->
 364         </div>
 365       </td>
 366     </tr>
 367       <td width="60" nowrap>
 368         <div align="center">
 369           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 370             <em>25/10/2016</em></strong>
 371         </div>
 372       </td>
 373       <td><em>Application</em>
 374         <ul>
 375           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 376             view if structures already loaded</li>
 377           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 378             structure views</li>
 379         </ul></td>
 380       <td>
 381         <div align="left">
 382           <em>General</em>
 383           <ul>
 384             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 385               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 386             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 387               example sequences/projects/trees</li>
 388           </ul>
 389           <em>Application</em>
 390           <ul>
 391             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 392               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 393             <li>Multiple structure views can be opened and
 394               superposed without timeout for structures with multiple
 395               models or multiple sequences in alignment</li>
 396             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 397               a PDB ID HEADER line</li>
 398             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 399               superposition is performed</li>
 400             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 401               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 402             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 403             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 404               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 405               Refs UI option</li>
 406             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 407               view is created on the alignment</li>
 408             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 409               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 410               to open group pop-up menu</li>
 411           </ul>
 412           <em>Build and deployment</em>
 413           <ul>
 414             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 415               tags</li>
 416           </ul>
 417           <em>New Known Issues</em>
 418           <ul>
 419             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 420               work on Windows</li>
 421           </ul>
 422         </div>
 423       </td>
 424     </tr>
 425     <tr>
 426       <td width="60" nowrap>
 427         <div align="center">
 428           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 429         </div>
 430       </td>
 431       <td><em>General</em>
 432         <ul>
 433           <li>
 434           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 438             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 439             better PDB parsing.
 440           </li>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 443             reference sequence
 444           </li>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 447             mousing over sequence associated annotation
 448           </li>
 449           <li>
 450             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 451             for manual entry
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 455             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 456             for each column
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 460             showing or hiding columns containing a feature
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 464             group and sequence associated annotation labels
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 468             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 469             dialogs
 470           </li>
 471
 472         </ul> <em>Application</em>
 473         <ul>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 476             gene/transcript view
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 480             dialog
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 484             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 488             Pfam sources to xfam.org
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 495             over sequences in Jalview
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 499             regions in ENA and EMBL
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 503             for record retrieval via ENA rest API
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 507             complement operator
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 511             groovy script execution
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 515             alignment window's Calculate menu
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 519             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 520           </li>
 521           <li>
 522             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 523             calculation workers from groovy scripts
 524           </li>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 527             Jalview projects
 528           </li>
 529           <li>
 530             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 531             associations are now saved/restored from project
 532           </li>
 533           <li>
 534             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 535             before sequence fetcher is opened
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 539             database chooser opens a sequence fetcher
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 543             the UniProt REST API
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 547             the news reader opening
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 551             querying stored in preferences
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 555             search results
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 562             menu for nucleotide sequences
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 566             and feature counts preserves alignment ordering (and
 567             debugged for complex feature sets).
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 571             viewing structures with Jalview 2.10
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 575             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 576             Ensembl Genomes REST API
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 580             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 581             (Ensembl)
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 585             sequences
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 589             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 590             data from external database records.
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 594             efficient recovery of sequence coding and alignment
 595             annotation relationships.
 596           </li>
 597         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 598         <ul>
 599           <li>
 600             -- JAL---
 601           </li>
 602         </ul> --></td>
 603       <td>
 604         <div align="left">
 605           <em>General</em>
 606           <ul>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 609               menu on OSX
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 613               includes graduated colourschemes
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 617               working with big alignments and lots of hidden columns
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 621               at right of alignment window
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 625               contents
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 629               for DNA alignments
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 633               based tree calculation
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 637               unconserved enabled for group on alignment
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 641               set as reference
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 645               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 646               annotation
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 650               hidden columns present
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 654               user created annotation added to alignment
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 658               '()' base pair annotation
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 662               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 663               Consensus
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 667               feature not working
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 671               beginning of sequence
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 675               entry 3a6s
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 679               from a tree when t-coffee scores are shown
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 683               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 687               some structures
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 691               to Clustal, PIR and PileUp output
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 695               not visible causes alignment window to repaint
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 699               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 700               scores associated with features and annotation rows
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 704               calculation should be case independent
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 708               columns
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 712               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 713               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 717               problems when reference sequence defined and 'show
 718               non-conserved' enabled
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 722               load even when Consensus calculation is disabled
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 726               alignment does nothing
 727             </li>
 728           </ul>
 729           <em>Application</em>
 730           <ul>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 733               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 734               yet fixed for El Capitan)
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 738               output when running on non-gb/us i18n platforms
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 742               hidden sequences as flat-file alignment
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 746               launching Chimera
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 750               (also hotfix for 2.9.0b2)
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 754               reference sequence defined
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 758               alignments and views when revealing hidden columns
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 762               view in a cDNA/Protein splitframe
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 766               sequence from project when only one sequence is
 767               represented
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 771               in Structure Chooser
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 775               structure consensus didn't refresh annotation panel
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 779               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 783               dialogs format columns correctly, don't display array
 784               data, sort columns according to type
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 788               file chooser is cancelled during an image export
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 792               sequence name containing special characters
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 796               case insensitive
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 800               formatting don't wrap
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 804               truncated so L looks like I in consensus annotation
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 808               currently displayed features for the current selection or
 809               view
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 813               after fetching cross-references, and restoring from project
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 817               followed in the structure viewer
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 821               splitframe not restored from project
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 825               trailing end of protein alignment in transcript/product
 826               splitview when pad-gaps not enabled by default
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 830               is case dependent
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 834               article has been read (reopened issue due to
 835               internationalisation problems)
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 839               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 840               cross-references
 841             </li>
 842
 843             <li>
 844               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 845               alignment as HTML
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 849               multiple structures are shown for one or more sequences.
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 853               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 854               is enabled.
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 858               specific PDB id for sequence
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 862               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 863               columns' is disabled.
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 867               selects lowest rather than highest resolution structures
 868               for each sequence
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 872               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 876               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 877             </li>
 878             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 879               after clicking on it to create new annotation for a
 880               column.
 881             </li>
 882             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 883             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 884           </ul>
 885           <em>Applet</em>
 886           <ul>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 889               hidden columns present before start of sequence
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 893               (JSON jars)
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 897               sequences are hidden in applet
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 901               deployment on examples pages.
 902             </li>
 903           </ul>
 904         </div>
 905       </td>
 906     </tr>
 907     <tr>
 908       <td width="60" nowrap>
 909         <div align="center">
 910           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 911             <em>16/10/2015</em></strong>
 912         </div>
 913       </td>
 914       <td><em>General</em>
 915         <ul>
 916           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 917             jars</li>
 918         </ul></td>
 919       <td>
 920         <div align="left">
 921           <em>Application</em>
 922           <ul>
 923             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 924               shown when tree is partitioned</li>
 925             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 926               multiple cDNA/Protein split views</li>
 927           </ul>
 928         </div>
 929       </td>
 930     </tr>
 931     <tr>
 932       <td width="60" nowrap>
 933         <div align="center">
 934           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 935             <em>8/10/2015</em></strong>
 936         </div>
 937       </td>
 938       <td><em>General</em>
 939         <ul>
 940           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 941             2.9</li>
 942         </ul> <em>Application</em>
 943         <ul>
 944           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 945           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 946           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 947         </ul> <em>Applet</em>
 948         <ul>
 949           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 950         </ul><em>Build and Deployment</em>
 951         <ul>
 952           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 953         </ul></td>
 954       <td>
 955         <div align="left">
 956           <em>General</em>
 957           <ul>
 958             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 959               incorrect when sequence start > 1</li>
 960             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 961               documentation</li>
 962             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 963             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 964               loading a features file containing HTML tags in feature
 965               description</li>
 966
 967           </ul>
 968           <em>Application</em>
 969           <ul>
 970             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 971               reimport</li>
 972             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 973               with 'trim retrieved sequences'</li>
 974             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 975               deleting selected columns</li>
 976             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 977               JNLP templates for webstart launch</li>
 978             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 979               unreleased structures for download or viewing</li>
 980             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 981               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 982             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 983               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 984             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 985               recovered from jalview project</li>
 986             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 987               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 988               alignment view</li>
 989             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 990               color schemes from BioJSON</li>
 991           </ul>
 992           <em>Applet</em>
 993           <ul>
 994             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 995               frame</li>
 996             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 997           </ul>
 998         </div>
 999       </td>
1000     </tr>
1001     <tr>
1002       <td><div align="center">
1003           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1004         </div></td>
1005       <td><em>General</em>
1006         <ul>
1007           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1008             alignments:
1009             <ul>
1010               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1011                 and DNA alignment views</li>
1012               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1013                 cDNA alignment views</li>
1014               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1015                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1016               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1017                 protein sequences</li>
1018             </ul>
1019           </li>
1020           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1021           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1022             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1023           <li>New alignment annotation file statements for
1024             reference sequences and marking hidden columns</li>
1025           <li>Reference sequence based alignment shading to
1026             highlight variation</li>
1027           <li>Select or hide columns according to alignment
1028             annotation</li>
1029           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1030           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1031             acid conservation row</li>
1032           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1033         </ul> <em>Application</em>
1034         <ul>
1035           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1036             <ul>
1037               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1038                 view with cDNA/Protein</li>
1039               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1040                 sequences are placed in the same alignment</li>
1041               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1042                 projects</li>
1043             </ul>
1044           </li>
1045
1046           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1047           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1048             Jalview windows</li>
1049
1050           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1051           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1052           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1053             be shown in VARNA</li>
1054
1055           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1056             as the active selected region</li>
1057
1058           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1059             similarity</li>
1060           <li>New Export options
1061             <ul>
1062               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1063                 region export in flat file generation</li>
1064
1065               <li>Export alignment views for display with the <a
1066                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1067
1068               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1069               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1070                 alignment figures to HTML</li>
1071           </li>
1072           <li>3D structure retrieval and display
1073             <ul>
1074               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1075                 Search API</li>
1076               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1077                 PDB structures for a sequence set</li>
1078             </ul>
1079           </li>
1080
1081           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1082             predictions</li>
1083           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1084             for one or a group of sequences</li>
1085           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1086             from the JPred4 web server</li>
1087           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1088             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1089             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1090           </li>
1091           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1092             VARNA 2D Structure'</li>
1093           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1094             Structure ..."</li>
1095
1096         </ul> <em>Applet</em>
1097         <ul>
1098           <li>New layout for applet example pages</li>
1099           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1100             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1101           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1102             Protein alignments</li>
1103         </ul> <em>Development and deployment</em>
1104         <ul>
1105           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1106           <li>Include installation type and git revision in build
1107             properties and console log output</li>
1108           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1109             storing BioJsMSA Templates</li>
1110           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1111         </ul></td>
1112       <td>
1113         <!-- <em>General</em>
1114         <ul>
1115         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1116         <ul>
1117           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1118           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1119           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1120             predictions are not highlighted in amber</li>
1121           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1122             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1123           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1124             associated structure views</li>
1125           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1126             width checkbox not enabled</li>
1127           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1128             creating user defined colours</li>
1129           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1130             mappings for just that viewer's sequences</li>
1131           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1132             multiple models in Chimera</li>
1133           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1134             over Jmol structure</li>
1135           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1136             output to text box</li>
1137           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1138             have incorrect sequence start/end</li>
1139           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1140             Jalview fails</li>
1141           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1142             work for nucleotide</li>
1143           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1144             to a grey/invisible alignment window</li>
1145           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1146             imports to different position</li>
1147           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1148             on some platforms</li>
1149           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1150             populated</li>
1151           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1152             console if Chimera has been opened</li>
1153           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1154           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1155             retrieved</li>
1156           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1157           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1158             either sequence shows on first structure</li>
1159           <li>'Show annotations' options should not make
1160             non-positional annotations visible</li>
1161           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1162             in right place after 'view flanking regions'</li>
1163           <li>File Save As type unset when current file format is
1164             unknown</li>
1165           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1166             projects</li>
1167           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1168             responsive</li>
1169           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1170             several views on same alignment</li>
1171           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1172           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1173             spaces</li>
1174         </ul> <em>Applet</em>
1175         <ul>
1176           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1177           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1178             descriptions containing angle brackets</li>
1179         </ul> <em>General</em>
1180         <ul>
1181           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1182             via jalview annotation file</li>
1183           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1184             with RNA secondary structure</li>
1185           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1186             translation doesn't work.</li>
1187           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1188           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1189             positions</li>
1190           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1191             choosing 1pt font</li>
1192           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1193             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1194             'h'</li>
1195           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1196             new feature</li>
1197           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1198             order dependent</li>
1199           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1200             sequences</li>
1201           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1202         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1203         <ul>
1204           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1205             www.jalview.org</li>
1206         </ul> <em>Application Known issues</em>
1207         <ul>
1208           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1209           <li>Misleading message appears after trying to delete
1210             solid column.</li>
1211           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1212             version launches</li>
1213           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1214             fails with a sequence mismatch</li>
1215           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1216             scrolling alignment to right</li>
1217           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1218             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1219           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1220             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1221           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1222             ultra-high resolution</li>
1223           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1224             quality and conservation</li>
1225           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1226             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1227         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1228         <ul>
1229           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1230           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1231             window is being resized</li>
1232
1233         </ul>
1234       </td>
1235     </tr>
1236     <tr>
1237       <td><div align="center">
1238           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1239         </div></td>
1240       <td><em>General</em>
1241         <ul>
1242           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1243             Certum.PL.</li>
1244           <li>Features and annotation preserved when performing
1245             pairwise alignment</li>
1246           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1247             imported/exported/displayed</li>
1248           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1249             protein secondary structure</li>
1250           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1251               post-hoc with 2.9 release</em>)
1252           </li>
1253
1254         </ul> <em>Application</em>
1255         <ul>
1256           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1257             with 3D structures</li>
1258           <li>Support for parsing RNAML</li>
1259           <li>Annotations menu for layout
1260             <ul>
1261               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1262               <li>place sequence annotation above/below alignment
1263                 annotation</li>
1264             </ul>
1265           <li>Output in Stockholm format</li>
1266           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1267             translation</li>
1268           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1269           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1270             shared between alignments</li>
1271           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1272             Jalview</li>
1273           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1274             all or current selection</li>
1275           <li>disorder and secondary structure predictions
1276             available as dataset annotation</li>
1277           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1278
1279
1280           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1281             alignments from Rfam</li>
1282           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1283
1284           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1285             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1286           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1287           <li>include installation type in build properties and
1288             console log output</li>
1289           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1290             annotation</li>
1291         </ul></td>
1292       <td>
1293         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1294         <ul>
1295           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1296             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1297           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1298             alignment</li>
1299           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1300           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1301           <li>Double click on sequence associated annotation
1302             selects only first column</li>
1303           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1304             leaves shown in tree</li>
1305           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1306             properly</li>
1307           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1308           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1309             screen and buttons not visible</li>
1310           <li>author list isn't updated if already written to
1311             Jalview properties</li>
1312           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1313             from database</li>
1314           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1315           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1316             browser search window</li>
1317           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1318             in feature settings dialog</li>
1319           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1320             desktop</li>
1321           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1322             pass validation</li>
1323           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1324             fit on screen</li>
1325           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1326             tooltip</li>
1327           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1328             defined user preset</li>
1329           <li>MSA web services warns user if they were launched
1330             with invalid input</li>
1331           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1332             Java 8</li>
1333           <li>
1334             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1335             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1336             created
1337           </li>
1338
1339         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1340                                 <ul>
1341                                 </ul> <em>General</em>
1342                                 <ul>
1343                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1344         <ul>
1345           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1346             memory allocation</li>
1347           <li>launchApp service doesn't automatically open
1348             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1349           <li>
1350             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1351             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1352             1.7_055 is available
1353           </li>
1354         </ul> <em>Application Known issues</em>
1355         <ul>
1356           <li>
1357             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1358             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1359             alignment to right
1360           </li>
1361           <li>
1362             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1363             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1364             with large number of ID
1365           </li>
1366           <li>
1367             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1368             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1369             start/end
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1373             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1374             structure tracks are rearranged
1375           </li>
1376           <li>
1377             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1378             invalid rna structure positional highlighting does not
1379             highlight position of invalid base pairs
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1383             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1384             project from alignment window file menu
1385           </li>
1386           <li>
1387             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1388             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1389             structures
1390           </li>
1391           <li>
1392             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1393             colour by RNA Helices not enabled when user created
1394             annotation added to alignment
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1398             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1399           </li>
1400         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1401         <ul>
1402           <li>
1403             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1404             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1405           </li>
1406           <li>
1407             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1408             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1409           </li>
1410
1411           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1412             when selected</li>
1413         </ul>
1414       </td>
1415     </tr>
1416     <tr>
1417       <td><div align="center">
1418           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1419         </div></td>
1420       <td>
1421         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1422         <em>General</em>
1423         <ul>
1424           <li>Internationalisation of user interface (usually
1425             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1426           <li>Define/Undefine group on current selection with
1427             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1428           <li>Improved group creation/removal options in
1429             alignment/sequence Popup menu</li>
1430           <li>Sensible precision for symbol distribution
1431             percentages shown in logo tooltip.</li>
1432           <li>Annotation panel height set according to amount of
1433             annotation when alignment first opened</li>
1434         </ul> <em>Application</em>
1435         <ul>
1436           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1437             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1438           <li>Select columns containing particular features from
1439             Feature Settings dialog</li>
1440           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1441             sequences</li>
1442           <li>Update Jalview project format:
1443             <ul>
1444               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1445               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1446                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1447               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1448                 colouring</li>
1449             </ul>
1450           </li>
1451           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1452             (PAM250)</li>
1453           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1454             flanking regions for an alignment</li>
1455         </ul>
1456       </td>
1457       <td>
1458         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1459         <ul>
1460           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1461             running after job is cancelled</li>
1462           <li>cannot export features from alignments imported from
1463             Jalview/VAMSAS projects</li>
1464           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1465             float values</li>
1466           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1467             have 'display all symbols' flag set</li>
1468           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1469             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1470           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1471             Jalview</li>
1472           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1473             Lion/Webstart</li>
1474           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1475           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1476           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1477             alignment onto desktop</li>
1478           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1479             'extract scores' function</li>
1480           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1481             alignment window</li>
1482           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1483             performing IUPred disorder prediction</li>
1484           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1485             changing 'normalise logo' display setting</li>
1486           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1487             nothing matches query</li>
1488           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1489             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1490           </li>
1491           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1492             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1493           </li>
1494           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1495             Jalview's menu</li>
1496           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1497             'invalid literal/length code'</li>
1498           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1499             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1500           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1501             colourscheme</li>
1502
1503         </ul> <em>Applet</em>
1504         <ul>
1505           <li>Remove group option is shown even when selection is
1506             not a group</li>
1507           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1508             don't affect groups</li>
1509           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1510             colourscheme name</li>
1511           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1512             Annotation panel is not displayed</li>
1513           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1514             embedded windows</li>
1515         </ul> <em>Other</em>
1516         <ul>
1517           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1518             single sequence were not calculated</li>
1519           <li>annotation files that contain only groups imported as
1520             annotation and junk sequences</li>
1521           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1522             recognised as PFAM or BLC</li>
1523           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1524             doesn't affect background (2.8.0b1)
1525           <li></li>
1526           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1527           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1528             trailing gaps</li>
1529           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1530             registered correctly on import</li>
1531           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1532             certain alignments</li>
1533           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1534             existing annotation based 'use original colours'
1535             colourscheme loses original colours setting</li>
1536         </ul>
1537       </td>
1538     </tr>
1539     <tr>
1540       <td><div align="center">
1541           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1542             <em>30/1/2014</em></strong>
1543         </div></td>
1544       <td>
1545         <ul>
1546           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1547             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1548             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1549             open source project).
1550           </li>
1551           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1552           </li>
1553           <li>Output in Stockholm format</li>
1554           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1555           <li>Export/import group and sequence associated line
1556             graph thresholds</li>
1557           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1558             ambiguity codes</li>
1559           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1560             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1561             works</li>
1562           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1563         </ul> <em>Other improvements</em>
1564         <ul>
1565           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1566           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1567             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1568           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1569             files</li>
1570           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1571           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1572             link but no description</li>
1573           <li>Select primary source when selecting authority in
1574             database fetcher GUI</li>
1575           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1576             Jalview</li>
1577           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1578         </ul>
1579       </td>
1580       <td>
1581         <ul>
1582           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1583             displayed</li>
1584           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1585             secondary structure annotation line</li>
1586           <li>Sequence database accessions not imported when
1587             fetching alignments from Rfam</li>
1588           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1589             identical IDs</li>
1590           <li>View all structures does not always superpose
1591             structures</li>
1592           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1593             reflect user or preset settings</li>
1594           <li>Null pointer exceptions for some services without
1595             presets or adjustable parameters</li>
1596           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1597             discover PDB xRefs</li>
1598           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1599             features with DAS</li>
1600           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1601             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1602           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1603             residue follows a gap</li>
1604           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1605             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1606           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1607             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1608           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1609             annotation already exists on alignment</li>
1610           <li>oninit javascript function should be called after
1611             initialisation completes</li>
1612           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1613             alignment window display</li>
1614           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1615           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1616             to annotation file</li>
1617           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1618             groups created</li>
1619           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1620             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1621           <li>Pressing return several times causes Number Format
1622             exceptions in keyboard mode</li>
1623           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1624             correct partitions for input data</li>
1625           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1626           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1627           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1628           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1629             mode</li>
1630           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1631             changes one row&#39;s threshold</li>
1632           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1633             doesn&#39;t open</li>
1634           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1635             quality histograms</li>
1636         </ul>
1637       </td>
1638     </tr>
1639     <tr>
1640       <td><div align="center">
1641           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1642         </div></td>
1643       <td><em>Application</em>
1644         <ul>
1645           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1646             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1647           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1648             preferences</li>
1649           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1650             in Jalview alignment window</li>
1651           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1652             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1653           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1654             RNA and ambiguity codes</li>
1655
1656           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1657           <li>Support fetching and database reference look up
1658             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1659             refs')</li>
1660           <li>Jalview project improvements
1661             <ul>
1662               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1663                 flag for annotation</li>
1664               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1665                 alignment</li>
1666               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1667                 Jalview project</li>
1668
1669             </ul>
1670           </li>
1671           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1672           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1673             running</li>
1674           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1675           <li>visual indication that web service results are still
1676             being retrieved from server</li>
1677           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1678             starts up for first time</li>
1679           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1680             services</li>
1681           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1682             client library</li>
1683           <li>Examples directory and Groovy library included in
1684             InstallAnywhere distribution</li>
1685         </ul> <em>Applet</em>
1686         <ul>
1687           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1688             visualization applet example</li>
1689         </ul> <em>General</em>
1690         <ul>
1691           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1692           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1693             defaults</li>
1694           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1695             calculation</li>
1696           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1697             matrices
1698           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1699             in HTML</li>
1700           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1701             structure contacts</li>
1702           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1703           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1704           <li>Parse sequence associated secondary structure
1705             information in Stockholm files</li>
1706           <li>HTML Export database accessions and annotation
1707             information presented in tooltip for sequences</li>
1708           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1709             style RNA alignment files</li>
1710           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1711             alignment</li>
1712           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1713             shade each sequence according to its associated alignment
1714             annotation</li>
1715           <li>New Jalview Logo</li>
1716         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1717         <ul>
1718           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1719           <li>New Website!</li>
1720         </ul></td>
1721       <td><em>Application</em>
1722         <ul>
1723           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1724             wsdbfetch REST service</li>
1725           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1726           <li>Filetype associations not installed for webstart
1727             launch</li>
1728           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1729             job execution in full once it is complete</li>
1730           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1731             uploaded via ali_file parameter</li>
1732           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1733           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1734           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1735             submitted for prediction</li>
1736           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1737             desktop window</li>
1738           <li>Putting fractional value into integer text box in
1739             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1740           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1741             windows 7</li>
1742           <li>View all structures fails with exception shown in
1743             structure view</li>
1744           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1745             escaped in a platform independent way</li>
1746           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1747             using proxy</li>
1748           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1749             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1750           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1751             failure when java web start temporary file caching is
1752             disabled</li>
1753           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1754             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1755           <li>Errors during processing of command line arguments
1756             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1757           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1758             DAS sources in sequence fetcher</li>
1759           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1760             dialog is shown</li>
1761           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1762           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1763           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1764           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1765             on OSX Mountain Lion</li>
1766           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1767             sequences with alignment annotation are pasted into the
1768             alignment</li>
1769           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1770             when loaded from Jalview project</li>
1771           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1772           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1773             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1774           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1775             associated with all views</li>
1776           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1777             annotation rows to new window</li>
1778         </ul> <em>Applet</em>
1779         <ul>
1780           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1781             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1782           <li>loading features via javascript API automatically
1783             enables feature display</li>
1784           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1785             work</li>
1786         </ul> <em>General</em>
1787         <ul>
1788           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1789           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1790             and then deselected</li>
1791           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1792           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1793             coloured with clustalx</li>
1794           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1795             exceptions and redraw errors</li>
1796           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1797             reconfigured view</li>
1798           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1799             colour</li>
1800           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1801             for lots of labels</li>
1802         </ul>
1803     </tr>
1804     <tr>
1805       <td>
1806         <div align="center">
1807           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1808         </div>
1809       </td>
1810       <td><em>Application</em>
1811         <ul>
1812           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1813           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1814           <li>View/alignment association menu to enable user to
1815             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1816             its colours/correspondences from</li>
1817           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1818           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1819             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1820           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1821           <li>Annotation row column label formatting attributes
1822             stored in project file</li>
1823           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1824             rows preserved in Jalview project file</li>
1825           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1826             saved using Desktop window menu</li>
1827           <li>Visual indication that command line arguments are
1828             still being processed</li>
1829           <li>Groovy script execution from URL</li>
1830           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1831             preferences</li>
1832           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1833             alignment with sequences that have high similarity and
1834             matching IDs</li>
1835           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1836           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1837             structures in same window</li>
1838           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1839           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1840             analysis function in its own submenu</li>
1841         </ul> <em>Applet</em>
1842         <ul>
1843           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1844             groups</li>
1845           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1846           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1847           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1848           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1849           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1850             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1851           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1852           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1853             parameters are treated as such</li>
1854           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1855             <ul>
1856               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1857               <li>Javascript callbacks for
1858                 <ul>
1859                   <li>Applet initialisation</li>
1860                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1861                 </ul>
1862               </li>
1863               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1864                 functions</li>
1865               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1866               <li>javascript structure viewer harness to pass
1867                 messages between Jmol and Jalview when running as
1868                 distinct applets</li>
1869               <li>sortBy method</li>
1870               <li>Set of applet and application examples shipped
1871                 with documentation</li>
1872               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1873                 javascript message exchange</li>
1874             </ul>
1875         </ul> <em>General</em>
1876         <ul>
1877           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1878             multiple alignments</li>
1879           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1880           <li>User configurable link to enable redirects to a
1881             www.Jalview.org mirror</li>
1882           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1883           <li>Configurable newline string when writing alignment
1884             and other flat files</li>
1885           <li>Allow alignment annotation description lines to
1886             contain html tags</li>
1887         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1888         <ul>
1889           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1890             examples</li>
1891           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1892             using a web service before displaying the result in the
1893             Jalview desktop</li>
1894           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1895           <li>Ant target to publish example html files with applet
1896             archive</li>
1897           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1898           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1899         </ul></td>
1900       <td><em>Application</em>
1901         <ul>
1902           <li>User defined colourscheme throws exception when
1903             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1904           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1905             dialog for valid filename/format</li>
1906           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1907           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1908             P37173</li>
1909           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1910             which sequence is to be associated with the file</li>
1911           <li>Find All raises null pointer exception when query
1912             only matches sequence IDs</li>
1913           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1914           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1915             2.4 cannot be loaded</li>
1916           <li>Filetype associations not installed for webstart
1917             launch</li>
1918           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1919             with sequences in different alignments do not get coloured
1920             by their associated sequence</li>
1921           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1922             not preserved when project is loaded</li>
1923           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1924             stored in Jalview project</li>
1925           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1926             Jalview project</li>
1927           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1928           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1929             by conservation</li>
1930           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1931             created on new view</li>
1932           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1933             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1934           <li>Alignment quality not updated after alignment
1935             annotation row is hidden then shown</li>
1936           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1937             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1938           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1939             properly</li>
1940           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1941             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1942           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1943           <li>Structures imported from file and saved in project
1944             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1945           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1946             job execution in full once it is complete</li>
1947         </ul> <em>Applet</em>
1948         <ul>
1949           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1950             annotation rows are displayed</li>
1951           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1952             codebase</li>
1953           <li>View follows highlighting does not work for positions
1954             in sequences</li>
1955           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1956           <li>Export features raises exception when no features
1957             exist</li>
1958           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1959             for javascript api is modified when separator string
1960             provided as parameter</li>
1961           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1962             alignment with no existing selection</li>
1963           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1964             to applet&#39;s codebase</li>
1965           <li>Status bar not updated after finished searching and
1966             search wraps around to first result</li>
1967           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1968             several Jalview applets causes race conditions and memory
1969             leaks</li>
1970           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1971             not sent from Jmol in applet</li>
1972           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1973             applet API fatally hang browser</li>
1974         </ul> <em>General</em>
1975         <ul>
1976           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1977             position with wrapped view and hidden regions</li>
1978           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1979             with/without hidden columns</li>
1980           <li>Sequence length given in alignment properties window
1981             is off by 1</li>
1982           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1983             import PDB like structure files</li>
1984           <li>Positional search results are only highlighted
1985             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1986           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1987           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1988             given sequence position</li>
1989           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1990             output</li>
1991           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1992             from nucleotide chains correctly</li>
1993           <li>Structure colours not updated when tree partition
1994             changed in alignment</li>
1995           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1996             parsed in interleaved stockholm</li>
1997           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1998             state</li>
1999           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2000             properly</li>
2001           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2002             properly associated with their pdb files</li>
2003         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2004         <ul>
2005           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2006             ApplyCopyright tool</li>
2007         </ul></td>
2008     </tr>
2009     <tr>
2010       <td>
2011         <div align="center">
2012           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2013         </div>
2014       </td>
2015       <td><em>Application</em>
2016         <ul>
2017           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2018             contact web services</li>
2019           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2020             service job window</li>
2021           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2022         </ul></td>
2023       <td>
2024         <ul>
2025           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2026             pir file emitted by Jalview</li>
2027           <li>Existing feature settings transferred to new
2028             alignment view created from cut'n'paste</li>
2029           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2030             parsing PDB files</li>
2031           <li>Consensus and conservation annotation rows
2032             occasionally become blank for all new windows</li>
2033           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2034             in wrapped view mode</li>
2035         </ul> <em>Application</em>
2036         <ul>
2037           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2038             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2039           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2040             parameter names</li>
2041           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2042             is down</li>
2043         </ul>
2044       </td>
2045     </tr>
2046     <tr>
2047       <td>
2048         <div align="center">
2049           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2050         </div>
2051       </td>
2052       <td><em>Application</em>
2053         <ul>
2054           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2055             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2056             (JABAWS)
2057           </li>
2058           <li>Web Services preference tab</li>
2059           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2060             preferences</li>
2061           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2062           <li>Superpose structures using associated sequence
2063             alignment</li>
2064           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2065             viewer</li>
2066         </ul> <em>Applet</em>
2067         <ul>
2068           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2069             link out mechanism</li>
2070         </ul> <em>Other</em>
2071         <ul>
2072           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2073             series 12</li>
2074           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2075             require Java 1.5</li>
2076           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2077             sequence annotation files</li>
2078           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2079             type colour specification</li>
2080           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2081             script to check if it being run in an interactive session or
2082             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2083         </ul></td>
2084       <td>
2085         <ul>
2086           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2087             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2088         </ul> <em>Application</em>
2089         <ul>
2090           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2091             selected Regions menu item</li>
2092           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2093             part of a valid accession ID</li>
2094           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2095             runs out of memory</li>
2096           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2097             analysis results</li>
2098           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2099             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2100           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2101         </ul> <em>Applet</em>
2102         <ul>
2103           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2104             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2105             defined.</li>
2106         </ul>
2107       </td>
2108     </tr>
2109     <tr>
2110       <td>
2111         <div align="center">
2112           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2113         </div>
2114       </td>
2115       <td></td>
2116       <td>
2117         <ul>
2118           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2119             sequence IDs</li>
2120           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2121             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2122           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2123             import correctly</li>
2124           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2125             number of columns are hidden</li>
2126           <li>annotation label popup menu not providing correct
2127             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2128             present</li>
2129           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2130             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2131           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2132             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2133
2134         </ul> <em>Applet</em>
2135         <ul>
2136           <li>annotation panel disappears when annotation is
2137             hidden/removed</li>
2138         </ul> <em>Application</em>
2139         <ul>
2140           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2141             alignment opened where annotation panel is visible but no
2142             annotations are present on alignment</li>
2143           <li>pasted region containing hidden columns is
2144             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2145           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2146             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2147           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2148             selected Rregions menu item.</li>
2149           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2150             'Un' or 'Non'conserved</li>
2151           <li>Sequence feature settings are being shared by
2152             multiple distinct alignments</li>
2153           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2154             changed</li>
2155           <li>double click on group annotation to select sequences
2156             does not propagate to associated trees</li>
2157           <li>Mac OSX specific issues:
2158             <ul>
2159               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2160                 window background</li>
2161               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2162                 name set correctly</li>
2163               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2164                 save feature colourscheme button</li>
2165             </ul>
2166           </li>
2167         </ul>
2168       </td>
2169     </tr>
2170     <tr>
2171
2172       <td>
2173         <div align="center">
2174           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2175         </div>
2176       </td>
2177       <td><em>New Capabilities</em>
2178         <ul>
2179           <li>URL links generated from description line for
2180             regular-expression based URL links (applet and application)
2181
2182
2183
2184
2185
2186
2187           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2188             menu</li>
2189           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2190             structures</li>
2191           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2192             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2193           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2194             average score or total feature count for each sequence.</li>
2195           <li>Shading features by score or associated description</li>
2196           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2197             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2198           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2199             hide everything but the currently selected region.</li>
2200           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2201         </ul> <em>Application</em>
2202         <ul>
2203           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2204             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2205           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2206             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2207           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2208             database references and protein_name is parsed as
2209             description line (BioSapiens terms).</li>
2210           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2211             references in sequence ID tooltip from View menu in
2212             application.</li>
2213           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2214                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2215           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2216             conservation plots</li>
2217           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2218             and visualized as sequence logos</li>
2219           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2220             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2221           </li>
2222           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2223             when a new tree is opened.</li>
2224           <li>Jalview Java Console</li>
2225           <li>Better placement of desktop window when moving
2226             between different screens.</li>
2227           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2228             consensus annotation</li>
2229           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2230             Workflows</li>
2231           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2232             <ul>
2233               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2234                 used to preserve views, structures, and tree display
2235                 settings)</li>
2236               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2237                 command line</li>
2238               <li>Sharing of selected regions between views and
2239                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2240               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2241             </ul></li>
2242         </ul> <em>Applet</em>
2243         <ul>
2244           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2245           <li>New Parameters
2246             <ul>
2247               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2248                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2249                 opened.</li>
2250               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2251                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2252               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2253                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2254               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2255                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2256                 view</li>
2257               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2258                 increase the height or width of a cell in the alignment
2259                 grid relative to the current font size.</li>
2260             </ul>
2261           </li>
2262           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2263             tooltip</li>
2264         </ul> <em>Other</em>
2265         <ul>
2266           <li>Features format: graduated colour definitions and
2267             specification of feature scores</li>
2268           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2269             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2270             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2271           <li>XML formats extended to support graduated feature
2272             colourschemes, group associated annotation, and profile
2273             visualization settings.</li></td>
2274       <td>
2275         <ul>
2276           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2277             rather than description</li>
2278           <li>Non-positional features are now included in sequence
2279             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2280             visibility in tooltip).</li>
2281           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2282           <li>Added URL embedding instructions to features file
2283             documentation.</li>
2284           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2285             'X' in peptide product</li>
2286           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2287             sequence ID and sequence string and query strings do not
2288             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2289           <li>AMSA files only contain first column of
2290             multi-character column annotation labels</li>
2291           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2292             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2293             exported and re-imported)</li>
2294           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2295             name</li>
2296           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2297             as subsequence matches, and correctly reports total number
2298             of both.</li>
2299           <li>Application:
2300             <ul>
2301               <li>Better handling of exceptions during sequence
2302                 retrieval</li>
2303               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2304                 link text excludes the start_end suffix</li>
2305               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2306                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2307               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2308               <li>Sequence description lines properly shared via
2309                 VAMSAS</li>
2310               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2311                 data sources</li>
2312               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2313                 completes before alignment figures are generated.</li>
2314               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2315                 first time.</li>
2316               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2317                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2318               <li>User defined group colours properly recovered
2319                 from Jalview projects.</li>
2320             </ul>
2321           </li>
2322         </ul>
2323       </td>
2324
2325     </tr>
2326     <tr>
2327       <td>
2328         <div align="center">
2329           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2330         </div>
2331       </td>
2332       <td>
2333         <ul>
2334           <li>Experimental support for google analytics usage
2335             tracking.</li>
2336           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2337         </ul>
2338       </td>
2339       <td>
2340         <ul>
2341           <li>Race condition in applet preventing startup in
2342             jre1.6.0u12+.</li>
2343           <li>Exception when feature created from selection beyond
2344             length of sequence.</li>
2345           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2346           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2347             all sequences with a given id</li>
2348           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2349             ID string searches</li>
2350           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2351             alignment to fail with exception</li>
2352         </ul> <em>Application Issues</em>
2353         <ul>
2354           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2355           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2356             data sources</li>
2357         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2358         <ul>
2359           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2360             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2361           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2362             version (java class versioning error fixed)</li>
2363         </ul>
2364       </td>
2365     </tr>
2366     <tr>
2367       <td>
2368
2369         <div align="center">
2370           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2371         </div>
2372       </td>
2373       <td><em>User Interface</em>
2374         <ul>
2375           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2376             translation and protein products</li>
2377           <li>Linked highlighting of structure associated with
2378             residue mapping to codon position</li>
2379           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2380             and 'clear' button</li>
2381           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2382             Tools menu</li>
2383           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2384             numeric data in description line</li>
2385           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2386           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2387             of sequence</li>
2388         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2389         <ul>
2390           <li>JPred3 web service</li>
2391           <li>Prototype sequence search client (no public services
2392             available yet)</li>
2393           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2394             PFAM</li>
2395           <li>URL Links created for matching database cross
2396             references as well as sequence ID</li>
2397           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2398         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2399         <ul>
2400           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2401             databases</li>
2402           <li>Generalised database reference retrieval and
2403             validation to all fetchable databases</li>
2404           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2405             sequence command</li>
2406         </ul> <em>Import and Export</em>
2407         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2408         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2409           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2410         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2411           File</li>
2412         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2413           triplet as name of colourscheme</li>
2414         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2415         <ul>
2416           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2417           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2418             alignments (experimental)</li>
2419           <li>Create new or select existing session to join</li>
2420           <li>load and save of vamsas documents</li>
2421         </ul> <em>Application command line</em>
2422         <ul>
2423           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2424             from applet)</li>
2425           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2426             of DAS servers to query for alignment features</li>
2427           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2428             that are also automatically queried for features</li>
2429           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2430             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2431         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2432         <ul>
2433           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2434             application (when using &quot;View in full
2435             application&quot;)</li>
2436         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2437         <ul>
2438           <li>feature group display control parameter</li>
2439           <li>debug parameter</li>
2440           <li>showbutton parameter</li>
2441         </ul> <em>Applet API methods</em>
2442         <ul>
2443           <li>newView public method</li>
2444           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2445           <li>Feature display control methods</li>
2446           <li>get list of currently selected sequences</li>
2447         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2448         <ul>
2449           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2450           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2451             Jalview release.</li>
2452           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2453             property controls execution of obfuscator</li>
2454           <li>Build target for generating source distribution</li>
2455           <li>Debug flag for javacc</li>
2456           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2457             jalview.bin.Cache</li>
2458           <li>Continuous Build Integration for stable and
2459             development version of Application, Applet and source
2460             distribution</li>
2461         </ul></td>
2462       <td>
2463         <ul>
2464           <li>selected region output includes visible annotations
2465             (for certain formats)</li>
2466           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2467             for editing</li>
2468           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2469           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2470           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2471           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2472             comments</li>
2473           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2474             filenames containing a ':'</li>
2475           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2476             global sequence features</li>
2477           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2478             references from alignment sequences goes to zero</li>
2479           <li>Close of tree branch colour box without colour
2480             selection causes cascading exceptions</li>
2481           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2482           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2483             file parsing fails.</li>
2484           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2485           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2486             not a valid output format</li>
2487           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2488             vamsas</li>
2489           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2490           <li>error messages passed up and output when data read
2491             fails</li>
2492           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2493             sequence is edited</li>
2494           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2495             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2496           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2497             filetype</li>
2498           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2499             import fixed for PFAM records</li>
2500           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2501             window list</li>
2502           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2503             can be read and written correctly to annotation file</li>
2504           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2505             correctly</li>
2506           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2507             non-italic font for representatives in Applet</li>
2508           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2509             Macs.</li>
2510           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2511             Applet)</li>
2512           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2513             due to null pointer exceptions</li>
2514           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2515             first column of alignment</li>
2516           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2517             July 2008</li>
2518           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2519             file is case-insensitive</li>
2520           <li>Sequence features read from Features file appended to
2521             all sequences with matching IDs</li>
2522           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2523             containing a sub-sequence</li>
2524           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2525           <li>feature and annotation file applet parameters
2526             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2527           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2528           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2529             splash-screen version check to complete</li>
2530           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2531             when passing them to the launchApp service</li>
2532           <li>display name and local features preserved in results
2533             retrieved from web service</li>
2534           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2535             sequence fetcher initialisation</li>
2536           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2537             dasobert DAS client</li>
2538           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2539             association</li>
2540           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2541             sequences
2542           </li>
2543         </ul>
2544       </td>
2545     </tr>
2546     <tr>
2547       <td>
2548         <div align="center">
2549           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2550         </div>
2551       </td>
2552       <td>
2553         <ul>
2554           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2555           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2556           <li>Slide sequences</li>
2557           <li>Edit sequence in place</li>
2558           <li>EMBL CDS features</li>
2559           <li>DAS Feature mapping</li>
2560           <li>Feature ordering</li>
2561           <li>Alignment Properties</li>
2562           <li>Annotation Scores</li>
2563           <li>Sort by scores</li>
2564           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2565         </ul>
2566       </td>
2567       <td>
2568         <ul>
2569           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2570           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2571           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2572           <li>Feature group display state in XML</li>
2573           <li>Feature ordering in XML</li>
2574           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2575           <li>Stockholm alignment properties</li>
2576           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2577           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2578           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2579           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2580         </ul>
2581       </td>
2582
2583     </tr>
2584     <tr>
2585       <td>
2586         <div align="center">
2587           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2588         </div>
2589       </td>
2590       <td>
2591         <ul>
2592           <li>Non standard characters can be read and displayed
2593           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2594             applet via textbox
2595           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2596             name &amp; description
2597           <li>Preference setting to display sequence name in
2598             italics
2599           <li>Annotation file format extended to allow
2600             Sequence_groups to be defined
2601           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2602             specified in preferences
2603           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2604             sequences
2605         </ul>
2606       </td>
2607       <td>
2608         <ul>
2609           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2610             installed
2611           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2612           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2613         </ul>
2614       </td>
2615     </tr>
2616     <tr>
2617       <td>
2618         <div align="center">
2619           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2620         </div>
2621       </td>
2622       <td>
2623         <ul>
2624           <li>Multiple views on alignment
2625           <li>Sequence feature editing
2626           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2627           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2628           <li>Background dependent text colour
2629           <li>Right align sequence ids
2630           <li>User-defined lower case residue colours
2631           <li>Format Menu
2632           <li>Select Menu
2633           <li>Menu item accelerator keys
2634           <li>Control-V pastes to current alignment
2635           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2636           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2637           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2638
2639
2640
2641
2642
2643
2644           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2645         </ul>
2646       </td>
2647       <td>
2648         <ul>
2649           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2650           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2651             calculations
2652           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2653             edits
2654           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2655             of alignment)
2656           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2657
2658
2659
2660
2661
2662
2663           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2664             display correctly
2665           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2666           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2667             analysis results
2668           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2669             &#8739;
2670           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2671           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2672           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2673
2674
2675
2676
2677
2678
2679         </ul>
2680       </td>
2681     </tr>
2682     <tr>
2683       <td>
2684         <div align="center">
2685           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2686         </div>
2687       </td>
2688       <td>
2689         <ul>
2690           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2691         </ul>
2692       </td>
2693       <td>
2694         <ul>
2695           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2696             sequence id panel has been resized</li>
2697           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2698             rendered</li>
2699           <li>Annotation files with sequence references - all
2700             elements in file are relative to sequence position</li>
2701           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2702         </ul>
2703       </td>
2704     </tr>
2705     <tr>
2706       <td>
2707         <div align="center">
2708           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2709         </div>
2710       </td>
2711       <td>
2712         <ul>
2713           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2714           <li>DAS Feature fetching</li>
2715           <li>Hide sequences and columns</li>
2716           <li>Export Annotations and Features</li>
2717           <li>GFF file reading / writing</li>
2718           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2719             files</li>
2720           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2721           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2722           <li>Applet can launch the full application</li>
2723           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2724             required)</li>
2725           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2726           <li>Applet can load sequences from parameter
2727             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2728           </li>
2729         </ul>
2730       </td>
2731       <td>
2732         <ul>
2733           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2734           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2735           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2736         </ul>
2737       </td>
2738     </tr>
2739     <tr>
2740       <td>
2741         <div align="center">
2742           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2743         </div>
2744       </td>
2745       <td>
2746         <ul>
2747           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2748           <li>Choose to match case when searching</li>
2749           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2750             expand the visible width and height of the alignment</li>
2751         </ul>
2752       </td>
2753       <td>
2754         <ul>
2755           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2756         </ul>
2757       </td>
2758     </tr>
2759     <tr>
2760       <td>
2761         <div align="center">
2762           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2763         </div>
2764       </td>
2765       <td>&nbsp;</td>
2766       <td>
2767         <ul>
2768           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2769           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2770             value</li>
2771         </ul>
2772       </td>
2773     </tr>
2774     <tr>
2775       <td>
2776         <div align="center">
2777           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2778         </div>
2779       </td>
2780       <td>
2781         <ul>
2782           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2783           <li>Keyboard editing</li>
2784           <li>Create sequence features from searches</li>
2785           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2786             alignments</li>
2787           <li>Features file allows grouping of features</li>
2788           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2789           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2790           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2791         </ul>
2792       </td>
2793       <td>
2794         <ul>
2795           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2796           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2797             descriptions saved.</li>
2798         </ul>
2799       </td>
2800     </tr>
2801     <tr>
2802       <td>
2803         <div align="center">
2804           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2805         </div>
2806       </td>
2807       <td>
2808         <ul>
2809           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2810           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2811           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2812             name for file output</li>
2813           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2814           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2815             used for HTML form input</li>
2816         </ul>
2817       </td>
2818       <td>
2819         <ul>
2820           <li>HTML output writes groups and features</li>
2821           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2822           <li>File IO bugs</li>
2823         </ul>
2824       </td>
2825     </tr>
2826     <tr>
2827       <td>
2828         <div align="center">
2829           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2830         </div>
2831       </td>
2832       <td>
2833         <ul>
2834           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2835           <li>More options for PCA viewer</li>
2836         </ul>
2837       </td>
2838       <td>
2839         <ul>
2840           <li>GUI bugs resolved</li>
2841           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2842         </ul>
2843       </td>
2844     </tr>
2845     <tr>
2846       <td height="63">
2847         <div align="center">
2848           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2849         </div>
2850       </td>
2851       <td>
2852         <ul>
2853           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2854           <li>Jar files are executable</li>
2855           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2856         </ul>
2857       </td>
2858       <td>
2859         <ul>
2860           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2861           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2862           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2863         </ul>
2864       </td>
2865     </tr>
2866     <tr>
2867       <td>
2868         <div align="center">
2869           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2870         </div>
2871       </td>
2872       <td>
2873         <ul>
2874           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2875         </ul>
2876       </td>
2877       <td>
2878         <ul>
2879           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2880         </ul>
2881       </td>
2882     </tr>
2883     <tr>
2884       <td>
2885         <div align="center">
2886           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2887         </div>
2888       </td>
2889       <td>
2890         <ul>
2891           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2892             size</li>
2893         </ul>
2894       </td>
2895       <td>
2896         <ul>
2897           <li>Improved JPred client reliability</li>
2898           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2899         </ul>
2900       </td>
2901     </tr>
2902     <tr>
2903       <td>
2904         <div align="center">
2905           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2906         </div>
2907       </td>
2908       <td>
2909         <ul>
2910           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2911           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2912           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2913             to Colour Menu</li>
2914           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2915           <li>Unix users can set default web browser</li>
2916           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2917           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2918         </ul>
2919       </td>
2920       <td>
2921         <ul>
2922           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2923         </ul>
2924       </td>
2925     </tr>
2926     <tr>
2927       <td>
2928         <div align="center">
2929           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2930         </div>
2931       </td>
2932       <td>&nbsp;</td>
2933       <td>
2934         <ul>
2935           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2936             alignment order.</li>
2937         </ul>
2938       </td>
2939     </tr>
2940     <tr>
2941       <td>
2942         <div align="center">
2943           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2944         </div>
2945       </td>
2946       <td>
2947         <ul>
2948           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2949           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2950           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2951             annotations.</li>
2952           <li>Version and build date written to build properties
2953             file.</li>
2954           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2955             at launch of Jalview.</li>
2956         </ul>
2957       </td>
2958       <td>
2959         <ul>
2960           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2961           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2962           <li>Can remove groups one by one.</li>
2963           <li>Filechooser icons installed.</li>
2964           <li>Finder ignores return character when searching.
2965             Return key will initiate a search.<br>
2966           </li>
2967         </ul>
2968       </td>
2969     </tr>
2970     <tr>
2971       <td>
2972         <div align="center">
2973           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2974         </div>
2975       </td>
2976       <td>
2977         <ul>
2978           <li>New codebase</li>
2979         </ul>
2980       </td>
2981       <td>&nbsp;</td>
2982     </tr>
2983   </table>
2984   <p>&nbsp;</p>
2985 </body>
2986 </html>