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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  86               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  87             </li>
  88           </ul>
  89           <em>Application</em>
  90           <ul>
  91             <li>
  92               <!-- JAL-2447 -->
  93               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
  94               menu to hide or show untested features in the application.
  95             </li>
  96             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
  97           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
  98           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
  99           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 100           </ul>
 101           <em>Experimental features</em>
 102           <ul>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 105               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 106               features, and vice-versa.
 107             </li>
 108           </ul>
 109           <em>Applet</em>
 110           <ul>
 111           <li><!--  --></li>
 112           </ul>
 113           <em>Test Suite</em>
 114           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivelegedAccessor to test suite</li>
 115           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 116           <li><!--  -->
 117           </ul>
 118           </div></td><td><div align="left">
 119           <em>General</em>
 120           <ul>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 123               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 124               this one-line groovy script:<br />jalview.schemes.ResidueProperties.BLOSUM62[4][1]=3
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 128               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 129               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 130               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 131               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 132               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 133               Jalview's PCAs were different to those produced by
 134               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 135               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 136               behaviour<br />
 137               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 138               2.10.1 mode<br />
 139               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 140               restore 2.10.2 mode
 141             </li>
 142             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 143           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 144           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 145           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 146           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 147           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 148           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 149           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 150           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 151           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 152           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 153           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 154           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 155           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 156           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 157           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 158           </ul>
 159           <em>Application</em>
 160           <ul>
 161           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 162           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 163           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 164           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 165           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 166           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 167           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 168           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 169           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 170           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 171           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 172
 173           </ul>
 174           <em>Applet</em>
 175           <ul>
 176           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 177           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 178           <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
 179           </ul>
 180           <em>New Known Issues</em>
 181           <ul>
 182           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 183           <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 184           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 185           </ul>
 186
 187           </div>
 188     <tr>
 189       <td width="60" nowrap>
 190         <div align="center">
 191           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 192             <em>29/11/2016</em></strong>
 193         </div>
 194       </td>
 195       <td><div align="left">
 196           <em>General</em>
 197           <ul>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 200               for all consensus calculations
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 204             </li>
 205             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 206               for 2016-2017</li>
 207           </ul>
 208           <em>Application</em>
 209           <ul>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 212               set of database cross-references, sorted alphabetically
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 216               from database cross references. Users with custom links
 217               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 218                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 222               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 223               Chimera session
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 227               the Chimera it is connected to is shut down
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 231               columns menu item to mark columns containing
 232               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 233               of a Find operation)
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 237               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 238               MSAviewer
 239             </li>
 240           </ul>
 241         </div></td>
 242       <td>
 243         <div align="left">
 244           <em>General</em>
 245           <ul>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 248               are not coloured or thresholded according to percent
 249               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 253               hydrophobic
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 257               threshold, amino acid properties)
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 261               reported as mapped to residues in a structure file in the
 262               View Mapping report
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 266               could be added multiple times to a sequence
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 270               bond features shown as two highlighted residues rather
 271               than a range in linked structure views, and treated
 272               correctly when selecting and computing trees from features
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 276               cross-references are matched to database name regardless
 277               of case
 278             </li>
 279
 280           </ul>
 281           <em>Application</em>
 282           <ul>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 285               names without regular expressions also offer links from
 286               Sequence ID
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 290               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 291               update Jalview configuration
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 295               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 299               files with similarly named sequences if dropped onto the
 300               alignment
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 304               entries where more chains exist in the PDB accession than
 305               are reported in the SIFTS file
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 309               the structure view when displayed with Chimera
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 313               panel's View->Show Chains submenu
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 317               work for wrapped alignment views
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 321               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 325               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 326               first annotation row
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 330               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 331             </li>
 332             <li>
 333             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 334             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 335           </ul>
 336 <!--           <em>New Known Issues</em>
 337           <ul>
 338             <li></li>
 339           </ul> -->
 340         </div>
 341       </td>
 342     </tr>
 343       <td width="60" nowrap>
 344         <div align="center">
 345           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 346             <em>25/10/2016</em></strong>
 347         </div>
 348       </td>
 349       <td><em>Application</em>
 350         <ul>
 351           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 352             view if structures already loaded</li>
 353           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 354             structure views</li>
 355         </ul></td>
 356       <td>
 357         <div align="left">
 358           <em>General</em>
 359           <ul>
 360             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 361               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 362             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 363               example sequences/projects/trees</li>
 364           </ul>
 365           <em>Application</em>
 366           <ul>
 367             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 368               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 369             <li>Multiple structure views can be opened and
 370               superposed without timeout for structures with multiple
 371               models or multiple sequences in alignment</li>
 372             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 373               a PDB ID HEADER line</li>
 374             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 375               superposition is performed</li>
 376             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 377               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 378             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 379             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 380               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 381               Refs UI option</li>
 382             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 383               view is created on the alignment</li>
 384             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 385               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 386               to open group pop-up menu</li>
 387           </ul>
 388           <em>Build and deployment</em>
 389           <ul>
 390             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 391               tags</li>
 392           </ul>
 393           <em>New Known Issues</em>
 394           <ul>
 395             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 396               work on Windows</li>
 397           </ul>
 398         </div>
 399       </td>
 400     </tr>
 401     <tr>
 402       <td width="60" nowrap>
 403         <div align="center">
 404           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 405         </div>
 406       </td>
 407       <td><em>General</em>
 408         <ul>
 409           <li>
 410           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 414             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 415             better PDB parsing.
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 419             reference sequence
 420           </li>
 421           <li>
 422             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 423             mousing over sequence associated annotation
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 427             for manual entry
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 431             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 432             for each column
 433           </li>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 436             showing or hiding columns containing a feature
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 440             group and sequence associated annotation labels
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 444             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 445             dialogs
 446           </li>
 447
 448         </ul> <em>Application</em>
 449         <ul>
 450           <li>
 451             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 452             gene/transcript view
 453           </li>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 456             dialog
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 460             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 464             Pfam sources to xfam.org
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 468           </li>
 469           <li>
 470             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 471             over sequences in Jalview
 472           </li>
 473           <li>
 474             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 475             regions in ENA and EMBL
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 479             for record retrieval via ENA rest API
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 483             complement operator
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 487             groovy script execution
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 491             alignment window's Calculate menu
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 495             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 499             calculation workers from groovy scripts
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 503             Jalview projects
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 507             associations are now saved/restored from project
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 511             before sequence fetcher is opened
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 515             database chooser opens a sequence fetcher
 516           </li>
 517           <li>
 518             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 519             the UniProt REST API
 520           </li>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 523             the news reader opening
 524           </li>
 525           <li>
 526             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 527             querying stored in preferences
 528           </li>
 529           <li>
 530             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 531             search results
 532           </li>
 533           <li>
 534             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 538             menu for nucleotide sequences
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 542             and feature counts preserves alignment ordering (and
 543             debugged for complex feature sets).
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 547             viewing structures with Jalview 2.10
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 551             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 552             Ensembl Genomes REST API
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 556             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 557             (Ensembl)
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 561             sequences
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 565             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 566             data from external database records.
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 570             efficient recovery of sequence coding and alignment
 571             annotation relationships.
 572           </li>
 573         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 574         <ul>
 575           <li>
 576             -- JAL---
 577           </li>
 578         </ul> --></td>
 579       <td>
 580         <div align="left">
 581           <em>General</em>
 582           <ul>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 585               menu on OSX
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 589               includes graduated colourschemes
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 593               working with big alignments and lots of hidden columns
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 597               at right of alignment window
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 601               contents
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 605               for DNA alignments
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 609               based tree calculation
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 613               unconserved enabled for group on alignment
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 617               set as reference
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 621               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 622               annotation
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 626               hidden columns present
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 630               user created annotation added to alignment
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 634               '()' base pair annotation
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 638               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 639               Consensus
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 643               feature not working
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 647               beginning of sequence
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 651               entry 3a6s
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 655               from a tree when t-coffee scores are shown
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 659               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 663               some structures
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 667               to Clustal, PIR and PileUp output
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 671               not visible causes alignment window to repaint
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 675               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 676               scores associated with features and annotation rows
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 680               calculation should be case independent
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 684               columns
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 688               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 689               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 693               problems when reference sequence defined and 'show
 694               non-conserved' enabled
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 698               load even when Consensus calculation is disabled
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 702               alignment does nothing
 703             </li>
 704           </ul>
 705           <em>Application</em>
 706           <ul>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 709               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 710               yet fixed for El Capitan)
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 714               output when running on non-gb/us i18n platforms
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 718               hidden sequences as flat-file alignment
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 722               launching Chimera
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 726               (also hotfix for 2.9.0b2)
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 730               reference sequence defined
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 734               alignments and views when revealing hidden columns
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 738               view in a cDNA/Protein splitframe
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 742               sequence from project when only one sequence is
 743               represented
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 747               in Structure Chooser
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 751               structure consensus didn't refresh annotation panel
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 755               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 759               dialogs format columns correctly, don't display array
 760               data, sort columns according to type
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 764               file chooser is cancelled during an image export
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 768               sequence name containing special characters
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 772               case insensitive
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 776               formatting don't wrap
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 780               truncated so L looks like I in consensus annotation
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 784               currently displayed features for the current selection or
 785               view
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 789               after fetching cross-references, and restoring from project
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 793               followed in the structure viewer
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 797               splitframe not restored from project
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 801               trailing end of protein alignment in transcript/product
 802               splitview when pad-gaps not enabled by default
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 806               is case dependent
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 810               article has been read (reopened issue due to
 811               internationalisation problems)
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 815               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 816               cross-references
 817             </li>
 818
 819             <li>
 820               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 821               alignment as HTML
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 825               multiple structures are shown for one or more sequences.
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 829               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 830               is enabled.
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 834               specific PDB id for sequence
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 838               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 839               columns' is disabled.
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 843               selects lowest rather than highest resolution structures
 844               for each sequence
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 848               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 852               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 853             </li>
 854             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 855               after clicking on it to create new annotation for a
 856               column.
 857             </li>
 858             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 859             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 860           </ul>
 861           <em>Applet</em>
 862           <ul>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 865               hidden columns present before start of sequence
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 869               (JSON jars)
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 873               sequences are hidden in applet
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 877               deployment on examples pages.
 878             </li>
 879           </ul>
 880         </div>
 881       </td>
 882     </tr>
 883     <tr>
 884       <td width="60" nowrap>
 885         <div align="center">
 886           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 887             <em>16/10/2015</em></strong>
 888         </div>
 889       </td>
 890       <td><em>General</em>
 891         <ul>
 892           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 893             jars</li>
 894         </ul></td>
 895       <td>
 896         <div align="left">
 897           <em>Application</em>
 898           <ul>
 899             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 900               shown when tree is partitioned</li>
 901             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 902               multiple cDNA/Protein split views</li>
 903           </ul>
 904         </div>
 905       </td>
 906     </tr>
 907     <tr>
 908       <td width="60" nowrap>
 909         <div align="center">
 910           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 911             <em>8/10/2015</em></strong>
 912         </div>
 913       </td>
 914       <td><em>General</em>
 915         <ul>
 916           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 917             2.9</li>
 918         </ul> <em>Application</em>
 919         <ul>
 920           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 921           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 922           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 923         </ul> <em>Applet</em>
 924         <ul>
 925           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 926         </ul><em>Build and Deployment</em>
 927         <ul>
 928           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 929         </ul></td>
 930       <td>
 931         <div align="left">
 932           <em>General</em>
 933           <ul>
 934             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 935               incorrect when sequence start > 1</li>
 936             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 937               documentation</li>
 938             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 939             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 940               loading a features file containing HTML tags in feature
 941               description</li>
 942
 943           </ul>
 944           <em>Application</em>
 945           <ul>
 946             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 947               reimport</li>
 948             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 949               with 'trim retrieved sequences'</li>
 950             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 951               deleting selected columns</li>
 952             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 953               JNLP templates for webstart launch</li>
 954             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 955               unreleased structures for download or viewing</li>
 956             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 957               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 958             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 959               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 960             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 961               recovered from jalview project</li>
 962             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 963               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 964               alignment view</li>
 965             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 966               color schemes from BioJSON</li>
 967           </ul>
 968           <em>Applet</em>
 969           <ul>
 970             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 971               frame</li>
 972             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 973           </ul>
 974         </div>
 975       </td>
 976     </tr>
 977     <tr>
 978       <td><div align="center">
 979           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 980         </div></td>
 981       <td><em>General</em>
 982         <ul>
 983           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 984             alignments:
 985             <ul>
 986               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 987                 and DNA alignment views</li>
 988               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 989                 cDNA alignment views</li>
 990               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 991                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 992               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 993                 protein sequences</li>
 994             </ul>
 995           </li>
 996           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 997           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 998             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 999           <li>New alignment annotation file statements for
1000             reference sequences and marking hidden columns</li>
1001           <li>Reference sequence based alignment shading to
1002             highlight variation</li>
1003           <li>Select or hide columns according to alignment
1004             annotation</li>
1005           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1006           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1007             acid conservation row</li>
1008           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1009         </ul> <em>Application</em>
1010         <ul>
1011           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1012             <ul>
1013               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1014                 view with cDNA/Protein</li>
1015               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1016                 sequences are placed in the same alignment</li>
1017               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1018                 projects</li>
1019             </ul>
1020           </li>
1021
1022           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1023           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1024             Jalview windows</li>
1025
1026           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1027           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1028           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1029             be shown in VARNA</li>
1030
1031           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1032             as the active selected region</li>
1033
1034           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1035             similarity</li>
1036           <li>New Export options
1037             <ul>
1038               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1039                 region export in flat file generation</li>
1040
1041               <li>Export alignment views for display with the <a
1042                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1043
1044               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1045               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1046                 alignment figures to HTML</li>
1047           </li>
1048           <li>3D structure retrieval and display
1049             <ul>
1050               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1051                 Search API</li>
1052               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1053                 PDB structures for a sequence set</li>
1054             </ul>
1055           </li>
1056
1057           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1058             predictions</li>
1059           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1060             for one or a group of sequences</li>
1061           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1062             from the JPred4 web server</li>
1063           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1064             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1065             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1066           </li>
1067           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1068             VARNA 2D Structure'</li>
1069           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1070             Structure ..."</li>
1071
1072         </ul> <em>Applet</em>
1073         <ul>
1074           <li>New layout for applet example pages</li>
1075           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1076             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1077           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1078             Protein alignments</li>
1079         </ul> <em>Development and deployment</em>
1080         <ul>
1081           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1082           <li>Include installation type and git revision in build
1083             properties and console log output</li>
1084           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1085             storing BioJsMSA Templates</li>
1086           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1087         </ul></td>
1088       <td>
1089         <!-- <em>General</em>
1090         <ul>
1091         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1092         <ul>
1093           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1094           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1095           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1096             predictions are not highlighted in amber</li>
1097           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1098             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1099           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1100             associated structure views</li>
1101           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1102             width checkbox not enabled</li>
1103           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1104             creating user defined colours</li>
1105           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1106             mappings for just that viewer's sequences</li>
1107           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1108             multiple models in Chimera</li>
1109           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1110             over Jmol structure</li>
1111           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1112             output to text box</li>
1113           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1114             have incorrect sequence start/end</li>
1115           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1116             Jalview fails</li>
1117           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1118             work for nucleotide</li>
1119           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1120             to a grey/invisible alignment window</li>
1121           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1122             imports to different position</li>
1123           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1124             on some platforms</li>
1125           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1126             populated</li>
1127           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1128             console if Chimera has been opened</li>
1129           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1130           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1131             retrieved</li>
1132           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1133           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1134             either sequence shows on first structure</li>
1135           <li>'Show annotations' options should not make
1136             non-positional annotations visible</li>
1137           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1138             in right place after 'view flanking regions'</li>
1139           <li>File Save As type unset when current file format is
1140             unknown</li>
1141           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1142             projects</li>
1143           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1144             responsive</li>
1145           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1146             several views on same alignment</li>
1147           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1148           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1149             spaces</li>
1150         </ul> <em>Applet</em>
1151         <ul>
1152           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1153           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1154             descriptions containing angle brackets</li>
1155         </ul> <em>General</em>
1156         <ul>
1157           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1158             via jalview annotation file</li>
1159           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1160             with RNA secondary structure</li>
1161           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1162             translation doesn't work.</li>
1163           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1164           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1165             positions</li>
1166           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1167             choosing 1pt font</li>
1168           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1169             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1170             'h'</li>
1171           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1172             new feature</li>
1173           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1174             order dependent</li>
1175           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1176             sequences</li>
1177           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1178         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1179         <ul>
1180           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1181             www.jalview.org</li>
1182         </ul> <em>Application Known issues</em>
1183         <ul>
1184           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1185           <li>Misleading message appears after trying to delete
1186             solid column.</li>
1187           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1188             version launches</li>
1189           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1190             fails with a sequence mismatch</li>
1191           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1192             scrolling alignment to right</li>
1193           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1194             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1195           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1196             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1197           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1198             ultra-high resolution</li>
1199           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1200             quality and conservation</li>
1201           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1202             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1203         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1204         <ul>
1205           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1206           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1207             window is being resized</li>
1208
1209         </ul>
1210       </td>
1211     </tr>
1212     <tr>
1213       <td><div align="center">
1214           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1215         </div></td>
1216       <td><em>General</em>
1217         <ul>
1218           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1219             Certum.PL.</li>
1220           <li>Features and annotation preserved when performing
1221             pairwise alignment</li>
1222           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1223             imported/exported/displayed</li>
1224           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1225             protein secondary structure</li>
1226           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1227               post-hoc with 2.9 release</em>)
1228           </li>
1229
1230         </ul> <em>Application</em>
1231         <ul>
1232           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1233             with 3D structures</li>
1234           <li>Support for parsing RNAML</li>
1235           <li>Annotations menu for layout
1236             <ul>
1237               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1238               <li>place sequence annotation above/below alignment
1239                 annotation</li>
1240             </ul>
1241           <li>Output in Stockholm format</li>
1242           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1243             translation</li>
1244           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1245           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1246             shared between alignments</li>
1247           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1248             Jalview</li>
1249           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1250             all or current selection</li>
1251           <li>disorder and secondary structure predictions
1252             available as dataset annotation</li>
1253           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1254
1255
1256           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1257             alignments from Rfam</li>
1258           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1259
1260           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1261             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1262           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1263           <li>include installation type in build properties and
1264             console log output</li>
1265           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1266             annotation</li>
1267         </ul></td>
1268       <td>
1269         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1270         <ul>
1271           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1272             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1273           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1274             alignment</li>
1275           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1276           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1277           <li>Double click on sequence associated annotation
1278             selects only first column</li>
1279           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1280             leaves shown in tree</li>
1281           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1282             properly</li>
1283           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1284           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1285             screen and buttons not visible</li>
1286           <li>author list isn't updated if already written to
1287             Jalview properties</li>
1288           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1289             from database</li>
1290           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1291           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1292             browser search window</li>
1293           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1294             in feature settings dialog</li>
1295           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1296             desktop</li>
1297           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1298             pass validation</li>
1299           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1300             fit on screen</li>
1301           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1302             tooltip</li>
1303           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1304             defined user preset</li>
1305           <li>MSA web services warns user if they were launched
1306             with invalid input</li>
1307           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1308             Java 8</li>
1309           <li>
1310             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1311             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1312             created
1313           </li>
1314
1315         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1316                                 <ul>
1317                                 </ul> <em>General</em>
1318                                 <ul>
1319                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1320         <ul>
1321           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1322             memory allocation</li>
1323           <li>launchApp service doesn't automatically open
1324             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1325           <li>
1326             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1327             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1328             1.7_055 is available
1329           </li>
1330         </ul> <em>Application Known issues</em>
1331         <ul>
1332           <li>
1333             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1334             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1335             alignment to right
1336           </li>
1337           <li>
1338             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1339             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1340             with large number of ID
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1344             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1345             start/end
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1349             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1350             structure tracks are rearranged
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1354             invalid rna structure positional highlighting does not
1355             highlight position of invalid base pairs
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1359             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1360             project from alignment window file menu
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1364             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1365             structures
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1369             colour by RNA Helices not enabled when user created
1370             annotation added to alignment
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1374             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1375           </li>
1376         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1377         <ul>
1378           <li>
1379             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1380             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1384             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1385           </li>
1386
1387           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1388             when selected</li>
1389         </ul>
1390       </td>
1391     </tr>
1392     <tr>
1393       <td><div align="center">
1394           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1395         </div></td>
1396       <td>
1397         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1398         <em>General</em>
1399         <ul>
1400           <li>Internationalisation of user interface (usually
1401             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1402           <li>Define/Undefine group on current selection with
1403             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1404           <li>Improved group creation/removal options in
1405             alignment/sequence Popup menu</li>
1406           <li>Sensible precision for symbol distribution
1407             percentages shown in logo tooltip.</li>
1408           <li>Annotation panel height set according to amount of
1409             annotation when alignment first opened</li>
1410         </ul> <em>Application</em>
1411         <ul>
1412           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1413             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1414           <li>Select columns containing particular features from
1415             Feature Settings dialog</li>
1416           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1417             sequences</li>
1418           <li>Update Jalview project format:
1419             <ul>
1420               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1421               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1422                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1423               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1424                 colouring</li>
1425             </ul>
1426           </li>
1427           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1428             (PAM250)</li>
1429           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1430             flanking regions for an alignment</li>
1431         </ul>
1432       </td>
1433       <td>
1434         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1435         <ul>
1436           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1437             running after job is cancelled</li>
1438           <li>cannot export features from alignments imported from
1439             Jalview/VAMSAS projects</li>
1440           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1441             float values</li>
1442           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1443             have 'display all symbols' flag set</li>
1444           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1445             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1446           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1447             Jalview</li>
1448           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1449             Lion/Webstart</li>
1450           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1451           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1452           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1453             alignment onto desktop</li>
1454           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1455             'extract scores' function</li>
1456           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1457             alignment window</li>
1458           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1459             performing IUPred disorder prediction</li>
1460           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1461             changing 'normalise logo' display setting</li>
1462           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1463             nothing matches query</li>
1464           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1465             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1466           </li>
1467           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1468             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1469           </li>
1470           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1471             Jalview's menu</li>
1472           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1473             'invalid literal/length code'</li>
1474           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1475             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1476           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1477             colourscheme</li>
1478
1479         </ul> <em>Applet</em>
1480         <ul>
1481           <li>Remove group option is shown even when selection is
1482             not a group</li>
1483           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1484             don't affect groups</li>
1485           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1486             colourscheme name</li>
1487           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1488             Annotation panel is not displayed</li>
1489           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1490             embedded windows</li>
1491         </ul> <em>Other</em>
1492         <ul>
1493           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1494             single sequence were not calculated</li>
1495           <li>annotation files that contain only groups imported as
1496             annotation and junk sequences</li>
1497           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1498             recognised as PFAM or BLC</li>
1499           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1500             doesn't affect background (2.8.0b1)
1501           <li></li>
1502           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1503           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1504             trailing gaps</li>
1505           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1506             registered correctly on import</li>
1507           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1508             certain alignments</li>
1509           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1510             existing annotation based 'use original colours'
1511             colourscheme loses original colours setting</li>
1512         </ul>
1513       </td>
1514     </tr>
1515     <tr>
1516       <td><div align="center">
1517           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1518             <em>30/1/2014</em></strong>
1519         </div></td>
1520       <td>
1521         <ul>
1522           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1523             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1524             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1525             open source project).
1526           </li>
1527           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1528           </li>
1529           <li>Output in Stockholm format</li>
1530           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1531           <li>Export/import group and sequence associated line
1532             graph thresholds</li>
1533           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1534             ambiguity codes</li>
1535           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1536             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1537             works</li>
1538           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1539         </ul> <em>Other improvements</em>
1540         <ul>
1541           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1542           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1543             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1544           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1545             files</li>
1546           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1547           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1548             link but no description</li>
1549           <li>Select primary source when selecting authority in
1550             database fetcher GUI</li>
1551           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1552             Jalview</li>
1553           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1554         </ul>
1555       </td>
1556       <td>
1557         <ul>
1558           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1559             displayed</li>
1560           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1561             secondary structure annotation line</li>
1562           <li>Sequence database accessions not imported when
1563             fetching alignments from Rfam</li>
1564           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1565             identical IDs</li>
1566           <li>View all structures does not always superpose
1567             structures</li>
1568           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1569             reflect user or preset settings</li>
1570           <li>Null pointer exceptions for some services without
1571             presets or adjustable parameters</li>
1572           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1573             discover PDB xRefs</li>
1574           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1575             features with DAS</li>
1576           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1577             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1578           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1579             residue follows a gap</li>
1580           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1581             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1582           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1583             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1584           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1585             annotation already exists on alignment</li>
1586           <li>oninit javascript function should be called after
1587             initialisation completes</li>
1588           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1589             alignment window display</li>
1590           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1591           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1592             to annotation file</li>
1593           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1594             groups created</li>
1595           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1596             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1597           <li>Pressing return several times causes Number Format
1598             exceptions in keyboard mode</li>
1599           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1600             correct partitions for input data</li>
1601           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1602           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1603           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1604           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1605             mode</li>
1606           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1607             changes one row&#39;s threshold</li>
1608           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1609             doesn&#39;t open</li>
1610           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1611             quality histograms</li>
1612         </ul>
1613       </td>
1614     </tr>
1615     <tr>
1616       <td><div align="center">
1617           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1618         </div></td>
1619       <td><em>Application</em>
1620         <ul>
1621           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1622             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1623           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1624             preferences</li>
1625           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1626             in Jalview alignment window</li>
1627           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1628             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1629           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1630             RNA and ambiguity codes</li>
1631
1632           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1633           <li>Support fetching and database reference look up
1634             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1635             refs')</li>
1636           <li>Jalview project improvements
1637             <ul>
1638               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1639                 flag for annotation</li>
1640               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1641                 alignment</li>
1642               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1643                 Jalview project</li>
1644
1645             </ul>
1646           </li>
1647           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1648           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1649             running</li>
1650           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1651           <li>visual indication that web service results are still
1652             being retrieved from server</li>
1653           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1654             starts up for first time</li>
1655           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1656             services</li>
1657           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1658             client library</li>
1659           <li>Examples directory and Groovy library included in
1660             InstallAnywhere distribution</li>
1661         </ul> <em>Applet</em>
1662         <ul>
1663           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1664             visualization applet example</li>
1665         </ul> <em>General</em>
1666         <ul>
1667           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1668           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1669             defaults</li>
1670           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1671             calculation</li>
1672           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1673             matrices
1674           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1675             in HTML</li>
1676           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1677             structure contacts</li>
1678           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1679           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1680           <li>Parse sequence associated secondary structure
1681             information in Stockholm files</li>
1682           <li>HTML Export database accessions and annotation
1683             information presented in tooltip for sequences</li>
1684           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1685             style RNA alignment files</li>
1686           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1687             alignment</li>
1688           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1689             shade each sequence according to its associated alignment
1690             annotation</li>
1691           <li>New Jalview Logo</li>
1692         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1693         <ul>
1694           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1695           <li>New Website!</li>
1696         </ul></td>
1697       <td><em>Application</em>
1698         <ul>
1699           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1700             wsdbfetch REST service</li>
1701           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1702           <li>Filetype associations not installed for webstart
1703             launch</li>
1704           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1705             job execution in full once it is complete</li>
1706           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1707             uploaded via ali_file parameter</li>
1708           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1709           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1710           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1711             submitted for prediction</li>
1712           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1713             desktop window</li>
1714           <li>Putting fractional value into integer text box in
1715             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1716           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1717             windows 7</li>
1718           <li>View all structures fails with exception shown in
1719             structure view</li>
1720           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1721             escaped in a platform independent way</li>
1722           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1723             using proxy</li>
1724           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1725             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1726           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1727             failure when java web start temporary file caching is
1728             disabled</li>
1729           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1730             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1731           <li>Errors during processing of command line arguments
1732             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1733           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1734             DAS sources in sequence fetcher</li>
1735           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1736             dialog is shown</li>
1737           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1738           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1739           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1740           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1741             on OSX Mountain Lion</li>
1742           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1743             sequences with alignment annotation are pasted into the
1744             alignment</li>
1745           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1746             when loaded from Jalview project</li>
1747           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1748           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1749             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1750           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1751             associated with all views</li>
1752           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1753             annotation rows to new window</li>
1754         </ul> <em>Applet</em>
1755         <ul>
1756           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1757             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1758           <li>loading features via javascript API automatically
1759             enables feature display</li>
1760           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1761             work</li>
1762         </ul> <em>General</em>
1763         <ul>
1764           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1765           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1766             and then deselected</li>
1767           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1768           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1769             coloured with clustalx</li>
1770           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1771             exceptions and redraw errors</li>
1772           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1773             reconfigured view</li>
1774           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1775             colour</li>
1776           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1777             for lots of labels</li>
1778         </ul>
1779     </tr>
1780     <tr>
1781       <td>
1782         <div align="center">
1783           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1784         </div>
1785       </td>
1786       <td><em>Application</em>
1787         <ul>
1788           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1789           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1790           <li>View/alignment association menu to enable user to
1791             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1792             its colours/correspondences from</li>
1793           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1794           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1795             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1796           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1797           <li>Annotation row column label formatting attributes
1798             stored in project file</li>
1799           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1800             rows preserved in Jalview project file</li>
1801           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1802             saved using Desktop window menu</li>
1803           <li>Visual indication that command line arguments are
1804             still being processed</li>
1805           <li>Groovy script execution from URL</li>
1806           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1807             preferences</li>
1808           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1809             alignment with sequences that have high similarity and
1810             matching IDs</li>
1811           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1812           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1813             structures in same window</li>
1814           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1815           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1816             analysis function in its own submenu</li>
1817         </ul> <em>Applet</em>
1818         <ul>
1819           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1820             groups</li>
1821           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1822           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1823           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1824           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1825           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1826             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1827           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1828           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1829             parameters are treated as such</li>
1830           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1831             <ul>
1832               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1833               <li>Javascript callbacks for
1834                 <ul>
1835                   <li>Applet initialisation</li>
1836                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1837                 </ul>
1838               </li>
1839               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1840                 functions</li>
1841               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1842               <li>javascript structure viewer harness to pass
1843                 messages between Jmol and Jalview when running as
1844                 distinct applets</li>
1845               <li>sortBy method</li>
1846               <li>Set of applet and application examples shipped
1847                 with documentation</li>
1848               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1849                 javascript message exchange</li>
1850             </ul>
1851         </ul> <em>General</em>
1852         <ul>
1853           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1854             multiple alignments</li>
1855           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1856           <li>User configurable link to enable redirects to a
1857             www.Jalview.org mirror</li>
1858           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1859           <li>Configurable newline string when writing alignment
1860             and other flat files</li>
1861           <li>Allow alignment annotation description lines to
1862             contain html tags</li>
1863         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1864         <ul>
1865           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1866             examples</li>
1867           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1868             using a web service before displaying the result in the
1869             Jalview desktop</li>
1870           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1871           <li>Ant target to publish example html files with applet
1872             archive</li>
1873           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1874           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1875         </ul></td>
1876       <td><em>Application</em>
1877         <ul>
1878           <li>User defined colourscheme throws exception when
1879             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1880           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1881             dialog for valid filename/format</li>
1882           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1883           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1884             P37173</li>
1885           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1886             which sequence is to be associated with the file</li>
1887           <li>Find All raises null pointer exception when query
1888             only matches sequence IDs</li>
1889           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1890           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1891             2.4 cannot be loaded</li>
1892           <li>Filetype associations not installed for webstart
1893             launch</li>
1894           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1895             with sequences in different alignments do not get coloured
1896             by their associated sequence</li>
1897           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1898             not preserved when project is loaded</li>
1899           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1900             stored in Jalview project</li>
1901           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1902             Jalview project</li>
1903           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1904           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1905             by conservation</li>
1906           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1907             created on new view</li>
1908           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1909             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1910           <li>Alignment quality not updated after alignment
1911             annotation row is hidden then shown</li>
1912           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1913             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1914           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1915             properly</li>
1916           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1917             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1918           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1919           <li>Structures imported from file and saved in project
1920             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1921           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1922             job execution in full once it is complete</li>
1923         </ul> <em>Applet</em>
1924         <ul>
1925           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1926             annotation rows are displayed</li>
1927           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1928             codebase</li>
1929           <li>View follows highlighting does not work for positions
1930             in sequences</li>
1931           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1932           <li>Export features raises exception when no features
1933             exist</li>
1934           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1935             for javascript api is modified when separator string
1936             provided as parameter</li>
1937           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1938             alignment with no existing selection</li>
1939           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1940             to applet&#39;s codebase</li>
1941           <li>Status bar not updated after finished searching and
1942             search wraps around to first result</li>
1943           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1944             several Jalview applets causes race conditions and memory
1945             leaks</li>
1946           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1947             not sent from Jmol in applet</li>
1948           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1949             applet API fatally hang browser</li>
1950         </ul> <em>General</em>
1951         <ul>
1952           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1953             position with wrapped view and hidden regions</li>
1954           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1955             with/without hidden columns</li>
1956           <li>Sequence length given in alignment properties window
1957             is off by 1</li>
1958           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1959             import PDB like structure files</li>
1960           <li>Positional search results are only highlighted
1961             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1962           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1963           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1964             given sequence position</li>
1965           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1966             output</li>
1967           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1968             from nucleotide chains correctly</li>
1969           <li>Structure colours not updated when tree partition
1970             changed in alignment</li>
1971           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1972             parsed in interleaved stockholm</li>
1973           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1974             state</li>
1975           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1976             properly</li>
1977           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1978             properly associated with their pdb files</li>
1979         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1980         <ul>
1981           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1982             ApplyCopyright tool</li>
1983         </ul></td>
1984     </tr>
1985     <tr>
1986       <td>
1987         <div align="center">
1988           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1989         </div>
1990       </td>
1991       <td><em>Application</em>
1992         <ul>
1993           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1994             contact web services</li>
1995           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1996             service job window</li>
1997           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1998         </ul></td>
1999       <td>
2000         <ul>
2001           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2002             pir file emitted by Jalview</li>
2003           <li>Existing feature settings transferred to new
2004             alignment view created from cut'n'paste</li>
2005           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2006             parsing PDB files</li>
2007           <li>Consensus and conservation annotation rows
2008             occasionally become blank for all new windows</li>
2009           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2010             in wrapped view mode</li>
2011         </ul> <em>Application</em>
2012         <ul>
2013           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2014             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2015           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2016             parameter names</li>
2017           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2018             is down</li>
2019         </ul>
2020       </td>
2021     </tr>
2022     <tr>
2023       <td>
2024         <div align="center">
2025           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2026         </div>
2027       </td>
2028       <td><em>Application</em>
2029         <ul>
2030           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2031             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2032             (JABAWS)
2033           </li>
2034           <li>Web Services preference tab</li>
2035           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2036             preferences</li>
2037           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2038           <li>Superpose structures using associated sequence
2039             alignment</li>
2040           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2041             viewer</li>
2042         </ul> <em>Applet</em>
2043         <ul>
2044           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2045             link out mechanism</li>
2046         </ul> <em>Other</em>
2047         <ul>
2048           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2049             series 12</li>
2050           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2051             require Java 1.5</li>
2052           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2053             sequence annotation files</li>
2054           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2055             type colour specification</li>
2056           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2057             script to check if it being run in an interactive session or
2058             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2059         </ul></td>
2060       <td>
2061         <ul>
2062           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2063             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2064         </ul> <em>Application</em>
2065         <ul>
2066           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2067             selected Regions menu item</li>
2068           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2069             part of a valid accession ID</li>
2070           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2071             runs out of memory</li>
2072           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2073             analysis results</li>
2074           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2075             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2076           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2077         </ul> <em>Applet</em>
2078         <ul>
2079           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2080             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2081             defined.</li>
2082         </ul>
2083       </td>
2084     </tr>
2085     <tr>
2086       <td>
2087         <div align="center">
2088           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2089         </div>
2090       </td>
2091       <td></td>
2092       <td>
2093         <ul>
2094           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2095             sequence IDs</li>
2096           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2097             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2098           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2099             import correctly</li>
2100           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2101             number of columns are hidden</li>
2102           <li>annotation label popup menu not providing correct
2103             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2104             present</li>
2105           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2106             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2107           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2108             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2109
2110         </ul> <em>Applet</em>
2111         <ul>
2112           <li>annotation panel disappears when annotation is
2113             hidden/removed</li>
2114         </ul> <em>Application</em>
2115         <ul>
2116           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2117             alignment opened where annotation panel is visible but no
2118             annotations are present on alignment</li>
2119           <li>pasted region containing hidden columns is
2120             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2121           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2122             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2123           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2124             selected Rregions menu item.</li>
2125           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2126             'Un' or 'Non'conserved</li>
2127           <li>Sequence feature settings are being shared by
2128             multiple distinct alignments</li>
2129           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2130             changed</li>
2131           <li>double click on group annotation to select sequences
2132             does not propagate to associated trees</li>
2133           <li>Mac OSX specific issues:
2134             <ul>
2135               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2136                 window background</li>
2137               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2138                 name set correctly</li>
2139               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2140                 save feature colourscheme button</li>
2141             </ul>
2142           </li>
2143         </ul>
2144       </td>
2145     </tr>
2146     <tr>
2147
2148       <td>
2149         <div align="center">
2150           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2151         </div>
2152       </td>
2153       <td><em>New Capabilities</em>
2154         <ul>
2155           <li>URL links generated from description line for
2156             regular-expression based URL links (applet and application)
2157
2158
2159
2160
2161
2162
2163           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2164             menu</li>
2165           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2166             structures</li>
2167           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2168             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2169           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2170             average score or total feature count for each sequence.</li>
2171           <li>Shading features by score or associated description</li>
2172           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2173             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2174           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2175             hide everything but the currently selected region.</li>
2176           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2177         </ul> <em>Application</em>
2178         <ul>
2179           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2180             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2181           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2182             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2183           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2184             database references and protein_name is parsed as
2185             description line (BioSapiens terms).</li>
2186           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2187             references in sequence ID tooltip from View menu in
2188             application.</li>
2189           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2190                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2191           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2192             conservation plots</li>
2193           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2194             and visualized as sequence logos</li>
2195           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2196             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2197           </li>
2198           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2199             when a new tree is opened.</li>
2200           <li>Jalview Java Console</li>
2201           <li>Better placement of desktop window when moving
2202             between different screens.</li>
2203           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2204             consensus annotation</li>
2205           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2206             Workflows</li>
2207           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2208             <ul>
2209               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2210                 used to preserve views, structures, and tree display
2211                 settings)</li>
2212               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2213                 command line</li>
2214               <li>Sharing of selected regions between views and
2215                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2216               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2217             </ul></li>
2218         </ul> <em>Applet</em>
2219         <ul>
2220           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2221           <li>New Parameters
2222             <ul>
2223               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2224                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2225                 opened.</li>
2226               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2227                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2228               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2229                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2230               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2231                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2232                 view</li>
2233               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2234                 increase the height or width of a cell in the alignment
2235                 grid relative to the current font size.</li>
2236             </ul>
2237           </li>
2238           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2239             tooltip</li>
2240         </ul> <em>Other</em>
2241         <ul>
2242           <li>Features format: graduated colour definitions and
2243             specification of feature scores</li>
2244           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2245             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2246             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2247           <li>XML formats extended to support graduated feature
2248             colourschemes, group associated annotation, and profile
2249             visualization settings.</li></td>
2250       <td>
2251         <ul>
2252           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2253             rather than description</li>
2254           <li>Non-positional features are now included in sequence
2255             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2256             visibility in tooltip).</li>
2257           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2258           <li>Added URL embedding instructions to features file
2259             documentation.</li>
2260           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2261             'X' in peptide product</li>
2262           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2263             sequence ID and sequence string and query strings do not
2264             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2265           <li>AMSA files only contain first column of
2266             multi-character column annotation labels</li>
2267           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2268             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2269             exported and re-imported)</li>
2270           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2271             name</li>
2272           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2273             as subsequence matches, and correctly reports total number
2274             of both.</li>
2275           <li>Application:
2276             <ul>
2277               <li>Better handling of exceptions during sequence
2278                 retrieval</li>
2279               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2280                 link text excludes the start_end suffix</li>
2281               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2282                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2283               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2284               <li>Sequence description lines properly shared via
2285                 VAMSAS</li>
2286               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2287                 data sources</li>
2288               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2289                 completes before alignment figures are generated.</li>
2290               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2291                 first time.</li>
2292               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2293                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2294               <li>User defined group colours properly recovered
2295                 from Jalview projects.</li>
2296             </ul>
2297           </li>
2298         </ul>
2299       </td>
2300
2301     </tr>
2302     <tr>
2303       <td>
2304         <div align="center">
2305           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2306         </div>
2307       </td>
2308       <td>
2309         <ul>
2310           <li>Experimental support for google analytics usage
2311             tracking.</li>
2312           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2313         </ul>
2314       </td>
2315       <td>
2316         <ul>
2317           <li>Race condition in applet preventing startup in
2318             jre1.6.0u12+.</li>
2319           <li>Exception when feature created from selection beyond
2320             length of sequence.</li>
2321           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2322           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2323             all sequences with a given id</li>
2324           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2325             ID string searches</li>
2326           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2327             alignment to fail with exception</li>
2328         </ul> <em>Application Issues</em>
2329         <ul>
2330           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2331           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2332             data sources</li>
2333         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2334         <ul>
2335           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2336             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2337           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2338             version (java class versioning error fixed)</li>
2339         </ul>
2340       </td>
2341     </tr>
2342     <tr>
2343       <td>
2344
2345         <div align="center">
2346           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2347         </div>
2348       </td>
2349       <td><em>User Interface</em>
2350         <ul>
2351           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2352             translation and protein products</li>
2353           <li>Linked highlighting of structure associated with
2354             residue mapping to codon position</li>
2355           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2356             and 'clear' button</li>
2357           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2358             Tools menu</li>
2359           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2360             numeric data in description line</li>
2361           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2362           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2363             of sequence</li>
2364         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2365         <ul>
2366           <li>JPred3 web service</li>
2367           <li>Prototype sequence search client (no public services
2368             available yet)</li>
2369           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2370             PFAM</li>
2371           <li>URL Links created for matching database cross
2372             references as well as sequence ID</li>
2373           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2374         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2375         <ul>
2376           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2377             databases</li>
2378           <li>Generalised database reference retrieval and
2379             validation to all fetchable databases</li>
2380           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2381             sequence command</li>
2382         </ul> <em>Import and Export</em>
2383         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2384         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2385           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2386         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2387           File</li>
2388         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2389           triplet as name of colourscheme</li>
2390         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2391         <ul>
2392           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2393           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2394             alignments (experimental)</li>
2395           <li>Create new or select existing session to join</li>
2396           <li>load and save of vamsas documents</li>
2397         </ul> <em>Application command line</em>
2398         <ul>
2399           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2400             from applet)</li>
2401           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2402             of DAS servers to query for alignment features</li>
2403           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2404             that are also automatically queried for features</li>
2405           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2406             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2407         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2408         <ul>
2409           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2410             application (when using &quot;View in full
2411             application&quot;)</li>
2412         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2413         <ul>
2414           <li>feature group display control parameter</li>
2415           <li>debug parameter</li>
2416           <li>showbutton parameter</li>
2417         </ul> <em>Applet API methods</em>
2418         <ul>
2419           <li>newView public method</li>
2420           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2421           <li>Feature display control methods</li>
2422           <li>get list of currently selected sequences</li>
2423         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2424         <ul>
2425           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2426           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2427             Jalview release.</li>
2428           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2429             property controls execution of obfuscator</li>
2430           <li>Build target for generating source distribution</li>
2431           <li>Debug flag for javacc</li>
2432           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2433             jalview.bin.Cache</li>
2434           <li>Continuous Build Integration for stable and
2435             development version of Application, Applet and source
2436             distribution</li>
2437         </ul></td>
2438       <td>
2439         <ul>
2440           <li>selected region output includes visible annotations
2441             (for certain formats)</li>
2442           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2443             for editing</li>
2444           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2445           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2446           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2447           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2448             comments</li>
2449           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2450             filenames containing a ':'</li>
2451           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2452             global sequence features</li>
2453           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2454             references from alignment sequences goes to zero</li>
2455           <li>Close of tree branch colour box without colour
2456             selection causes cascading exceptions</li>
2457           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2458           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2459             file parsing fails.</li>
2460           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2461           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2462             not a valid output format</li>
2463           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2464             vamsas</li>
2465           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2466           <li>error messages passed up and output when data read
2467             fails</li>
2468           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2469             sequence is edited</li>
2470           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2471             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2472           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2473             filetype</li>
2474           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2475             import fixed for PFAM records</li>
2476           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2477             window list</li>
2478           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2479             can be read and written correctly to annotation file</li>
2480           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2481             correctly</li>
2482           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2483             non-italic font for representatives in Applet</li>
2484           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2485             Macs.</li>
2486           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2487             Applet)</li>
2488           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2489             due to null pointer exceptions</li>
2490           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2491             first column of alignment</li>
2492           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2493             July 2008</li>
2494           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2495             file is case-insensitive</li>
2496           <li>Sequence features read from Features file appended to
2497             all sequences with matching IDs</li>
2498           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2499             containing a sub-sequence</li>
2500           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2501           <li>feature and annotation file applet parameters
2502             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2503           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2504           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2505             splash-screen version check to complete</li>
2506           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2507             when passing them to the launchApp service</li>
2508           <li>display name and local features preserved in results
2509             retrieved from web service</li>
2510           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2511             sequence fetcher initialisation</li>
2512           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2513             dasobert DAS client</li>
2514           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2515             association</li>
2516           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2517             sequences
2518           </li>
2519         </ul>
2520       </td>
2521     </tr>
2522     <tr>
2523       <td>
2524         <div align="center">
2525           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2526         </div>
2527       </td>
2528       <td>
2529         <ul>
2530           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2531           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2532           <li>Slide sequences</li>
2533           <li>Edit sequence in place</li>
2534           <li>EMBL CDS features</li>
2535           <li>DAS Feature mapping</li>
2536           <li>Feature ordering</li>
2537           <li>Alignment Properties</li>
2538           <li>Annotation Scores</li>
2539           <li>Sort by scores</li>
2540           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2541         </ul>
2542       </td>
2543       <td>
2544         <ul>
2545           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2546           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2547           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2548           <li>Feature group display state in XML</li>
2549           <li>Feature ordering in XML</li>
2550           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2551           <li>Stockholm alignment properties</li>
2552           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2553           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2554           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2555           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2556         </ul>
2557       </td>
2558
2559     </tr>
2560     <tr>
2561       <td>
2562         <div align="center">
2563           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2564         </div>
2565       </td>
2566       <td>
2567         <ul>
2568           <li>Non standard characters can be read and displayed
2569           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2570             applet via textbox
2571           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2572             name &amp; description
2573           <li>Preference setting to display sequence name in
2574             italics
2575           <li>Annotation file format extended to allow
2576             Sequence_groups to be defined
2577           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2578             specified in preferences
2579           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2580             sequences
2581         </ul>
2582       </td>
2583       <td>
2584         <ul>
2585           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2586             installed
2587           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2588           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2589         </ul>
2590       </td>
2591     </tr>
2592     <tr>
2593       <td>
2594         <div align="center">
2595           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2596         </div>
2597       </td>
2598       <td>
2599         <ul>
2600           <li>Multiple views on alignment
2601           <li>Sequence feature editing
2602           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2603           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2604           <li>Background dependent text colour
2605           <li>Right align sequence ids
2606           <li>User-defined lower case residue colours
2607           <li>Format Menu
2608           <li>Select Menu
2609           <li>Menu item accelerator keys
2610           <li>Control-V pastes to current alignment
2611           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2612           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2613           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2614
2615
2616
2617
2618
2619
2620           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2621         </ul>
2622       </td>
2623       <td>
2624         <ul>
2625           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2626           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2627             calculations
2628           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2629             edits
2630           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2631             of alignment)
2632           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2633
2634
2635
2636
2637
2638
2639           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2640             display correctly
2641           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2642           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2643             analysis results
2644           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2645             &#8739;
2646           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2647           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2648           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2649
2650
2651
2652
2653
2654
2655         </ul>
2656       </td>
2657     </tr>
2658     <tr>
2659       <td>
2660         <div align="center">
2661           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2662         </div>
2663       </td>
2664       <td>
2665         <ul>
2666           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2667         </ul>
2668       </td>
2669       <td>
2670         <ul>
2671           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2672             sequence id panel has been resized</li>
2673           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2674             rendered</li>
2675           <li>Annotation files with sequence references - all
2676             elements in file are relative to sequence position</li>
2677           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2678         </ul>
2679       </td>
2680     </tr>
2681     <tr>
2682       <td>
2683         <div align="center">
2684           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2685         </div>
2686       </td>
2687       <td>
2688         <ul>
2689           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2690           <li>DAS Feature fetching</li>
2691           <li>Hide sequences and columns</li>
2692           <li>Export Annotations and Features</li>
2693           <li>GFF file reading / writing</li>
2694           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2695             files</li>
2696           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2697           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2698           <li>Applet can launch the full application</li>
2699           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2700             required)</li>
2701           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2702           <li>Applet can load sequences from parameter
2703             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2704           </li>
2705         </ul>
2706       </td>
2707       <td>
2708         <ul>
2709           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2710           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2711           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2712         </ul>
2713       </td>
2714     </tr>
2715     <tr>
2716       <td>
2717         <div align="center">
2718           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2719         </div>
2720       </td>
2721       <td>
2722         <ul>
2723           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2724           <li>Choose to match case when searching</li>
2725           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2726             expand the visible width and height of the alignment</li>
2727         </ul>
2728       </td>
2729       <td>
2730         <ul>
2731           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2732         </ul>
2733       </td>
2734     </tr>
2735     <tr>
2736       <td>
2737         <div align="center">
2738           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2739         </div>
2740       </td>
2741       <td>&nbsp;</td>
2742       <td>
2743         <ul>
2744           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2745           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2746             value</li>
2747         </ul>
2748       </td>
2749     </tr>
2750     <tr>
2751       <td>
2752         <div align="center">
2753           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2754         </div>
2755       </td>
2756       <td>
2757         <ul>
2758           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2759           <li>Keyboard editing</li>
2760           <li>Create sequence features from searches</li>
2761           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2762             alignments</li>
2763           <li>Features file allows grouping of features</li>
2764           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2765           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2766           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2767         </ul>
2768       </td>
2769       <td>
2770         <ul>
2771           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2772           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2773             descriptions saved.</li>
2774         </ul>
2775       </td>
2776     </tr>
2777     <tr>
2778       <td>
2779         <div align="center">
2780           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2781         </div>
2782       </td>
2783       <td>
2784         <ul>
2785           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2786           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2787           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2788             name for file output</li>
2789           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2790           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2791             used for HTML form input</li>
2792         </ul>
2793       </td>
2794       <td>
2795         <ul>
2796           <li>HTML output writes groups and features</li>
2797           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2798           <li>File IO bugs</li>
2799         </ul>
2800       </td>
2801     </tr>
2802     <tr>
2803       <td>
2804         <div align="center">
2805           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2806         </div>
2807       </td>
2808       <td>
2809         <ul>
2810           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2811           <li>More options for PCA viewer</li>
2812         </ul>
2813       </td>
2814       <td>
2815         <ul>
2816           <li>GUI bugs resolved</li>
2817           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2818         </ul>
2819       </td>
2820     </tr>
2821     <tr>
2822       <td height="63">
2823         <div align="center">
2824           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2825         </div>
2826       </td>
2827       <td>
2828         <ul>
2829           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2830           <li>Jar files are executable</li>
2831           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2832         </ul>
2833       </td>
2834       <td>
2835         <ul>
2836           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2837           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2838           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2839         </ul>
2840       </td>
2841     </tr>
2842     <tr>
2843       <td>
2844         <div align="center">
2845           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2846         </div>
2847       </td>
2848       <td>
2849         <ul>
2850           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2851         </ul>
2852       </td>
2853       <td>
2854         <ul>
2855           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2856         </ul>
2857       </td>
2858     </tr>
2859     <tr>
2860       <td>
2861         <div align="center">
2862           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2863         </div>
2864       </td>
2865       <td>
2866         <ul>
2867           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2868             size</li>
2869         </ul>
2870       </td>
2871       <td>
2872         <ul>
2873           <li>Improved JPred client reliability</li>
2874           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2875         </ul>
2876       </td>
2877     </tr>
2878     <tr>
2879       <td>
2880         <div align="center">
2881           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2882         </div>
2883       </td>
2884       <td>
2885         <ul>
2886           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2887           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2888           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2889             to Colour Menu</li>
2890           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2891           <li>Unix users can set default web browser</li>
2892           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2893           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2894         </ul>
2895       </td>
2896       <td>
2897         <ul>
2898           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2899         </ul>
2900       </td>
2901     </tr>
2902     <tr>
2903       <td>
2904         <div align="center">
2905           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2906         </div>
2907       </td>
2908       <td>&nbsp;</td>
2909       <td>
2910         <ul>
2911           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2912             alignment order.</li>
2913         </ul>
2914       </td>
2915     </tr>
2916     <tr>
2917       <td>
2918         <div align="center">
2919           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2920         </div>
2921       </td>
2922       <td>
2923         <ul>
2924           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2925           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2926           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2927             annotations.</li>
2928           <li>Version and build date written to build properties
2929             file.</li>
2930           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2931             at launch of Jalview.</li>
2932         </ul>
2933       </td>
2934       <td>
2935         <ul>
2936           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2937           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2938           <li>Can remove groups one by one.</li>
2939           <li>Filechooser icons installed.</li>
2940           <li>Finder ignores return character when searching.
2941             Return key will initiate a search.<br>
2942           </li>
2943         </ul>
2944       </td>
2945     </tr>
2946     <tr>
2947       <td>
2948         <div align="center">
2949           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2950         </div>
2951       </td>
2952       <td>
2953         <ul>
2954           <li>New codebase</li>
2955         </ul>
2956       </td>
2957       <td>&nbsp;</td>
2958     </tr>
2959   </table>
2960   <p>&nbsp;</p>
2961 </body>
2962 </html>