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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>17/11/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98             <li><!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch' feature can be disabled</li>
  99             <li><!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs</li>
 100             <li><!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from Uniprot</li>
 101           </ul>
 102           <em>Scripting</em>
 103           <ul>
 104             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 105             <li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li>
 106           </ul>
 107           <em>Testing and Deployment</em>
 108           <ul>
 109             <li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li>
 110           </ul>
 111         </div>
 112       </td>
 113       <td><div align="left">
 114           <em>General</em>
 115           <ul>
 116             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 117             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 118             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 119             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 120             <li><!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000 takes a long time in Cursor mode</li>
 121           </ul>
 122           <em>Desktop</em>
 123           <ul>
 124             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 125             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 126             </li>
 127             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 128             </li>
 129             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 130             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 131             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 132             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 133             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 134             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 135             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 136             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 137             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 138             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 139             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 140             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 141             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 142             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of each selected sequence do not have correct start/end positions</li>
 143             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 144             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 145             <li><!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in URL links appears when only default EMBL-EBI link is configured (since 2.10.2b2)</li>
 146             <li><!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box position is adjusted</li>
 147             <li><!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains in a multi-chain structure when viewing alignment involving more than one chain (since 2.10)</li>
 148             <li><!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode if new selection moves alignment window</li>
 149             <li><!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using arrow key in cursor mode to pass hidden column marker</li>
 150            </ul>
 151           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 152            <ul>
 153             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 154           </ul>
 155           <strong><em>BioJSON</em></strong><br/>
 156           <ul>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 159           </li>
 160           </ul>
 161           <strong>Known Java 9 Issues</strong>
 162           <ul>
 163             <li><!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 164             not responsive when entering characters (Webstart, Java 9.01,
 165             OSX 10.10)
 166             </li>
 167           </ul>
 168           <strong>New Known Issues</strong>
 169           <ul>
 170           <li><!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate sequence features correctly (for many previous versions of Jalview)</li>
 171           </ul>
 172           </div>
 173       </td>
 174     </tr>
 175     <tr>
 176       <td width="60" nowrap>
 177         <div align="center">
 178           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 179             <em>2/10/2017</em></strong>
 180         </div>
 181       </td>
 182       <td><div align="left">
 183           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 184           <ul>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 187             </li>
 188             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 189             </li>
 190           </ul>
 191         </div></td>
 192       <td><div align="left">
 193         </div></td>
 194     </tr>
 195     <tr>
 196       <td width="60" nowrap>
 197         <div align="center">
 198           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 199             <em>7/9/2017</em></strong>
 200         </div>
 201       </td>
 202       <td><div align="left">
 203           <em></em>
 204           <ul>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 207               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 208               white)
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 212               Preferences
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 216               in size and progress bar shown as higher resolution
 217               overview is recalculated
 218             </li>
 219
 220           </ul>
 221         </div></td>
 222       <td><div align="left">
 223           <em></em>
 224           <ul>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 227               column region row by row
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 231               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 235               format setting is unticked
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 239               if group has show boxes format setting unticked
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 243               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 244               include sequences and columns not currently displayed
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 248               assemblies are imported via CIF file
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 252               displayed when threshold or conservation colouring is also
 253               enabled.
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 257               server version
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 261               dragging a selected region off the visible region of the
 262               alignment
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 266               colourscheme to all groups in a view
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 270               initially after font size change using the Font chooser or
 271               middle-mouse zoom
 272             </li>
 273           </ul>
 274         </div></td>
 275     </tr>
 276     <tr>
 277       <td width="60" nowrap>
 278         <div align="center">
 279           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 280         </div>
 281       </td>
 282       <td><div align="left">
 283           <em>Calculations</em>
 284           <ul>
 285
 286             <li>
 287               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 288               ungapped positions in each column of the alignment.
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 292               a calculation dialog box
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 296               and memory efficiency (~30x faster)
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 300               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 301               and other calculations
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 305               files within the Jalview codebase
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 309               Similarity may have different topology due to increased
 310               precision
 311             </li>
 312           </ul>
 313           <em>Rendering</em>
 314           <ul>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 317               model for alignments and groups
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 321               scripts
 322             </li>
 323           </ul>
 324           <em>Overview</em>
 325           <ul>
 326             <li>
 327               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 328               with alignment and overview windows
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 332               overview
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 336               omitted in Overview
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 340               adjustment of visible position
 341             </li>
 342           </ul>
 343
 344           <em>Data import/export</em>
 345           <ul>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 348               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 352               annotation input/output via stockholm flatfile
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 356               extension when importing structure files without embedded
 357               names or PDB accessions
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 361               format sequence substitution matrices
 362             </li>
 363           </ul>
 364           <em>User Interface</em>
 365           <ul>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 368               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 369               the application.
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 373               via Overview or sequence motif search operations
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 377               opened by double clicking gaps within sequence feature
 378               extent
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 382               aligned positions were available to create a 3D structure
 383               superposition.
 384             </li>
 385           </ul>
 386           <em>3D Structure</em>
 387           <ul>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 390               coloured in linked structure views
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 394               file-based command exchange
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 398               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 399               structures are already available for sequences
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 403               the Jalview project rather than downloaded again when the
 404               project is reopened.
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 408               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 409               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 410                 Feature</strong>)
 411             </li>
 412           </ul>
 413           <em>Web Services</em>
 414           <ul>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 420               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 421               Analysis services
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 425               cross-references provided by identifiers.org and the
 426               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 427             </li>
 428           </ul>
 429
 430           <em>Scripting</em>
 431           <ul>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 434               identifying file formats (instead of String constants)
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 438               efficiency when counting all displayed features (not
 439               backwards compatible with 2.10.1)
 440             </li>
 441           </ul>
 442           <em>Example files</em>
 443           <ul>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 446               included in the example feature file
 447             </li>
 448           </ul>
 449           <em>Documentation</em>
 450           <ul>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 453               with the built-in Java help viewer
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 457               sequence description' option
 458             </li>
 459           </ul>
 460           <em>Test Suite</em>
 461           <ul>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 464               Uniprot REST Free Text Search Client
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 471               during tests
 472             </li>
 473           </ul>
 474         </div></td>
 475       <td><div align="left">
 476           <em>Calculations</em>
 477           <ul>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 480               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 481               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 482             </li>
 483             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 484               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 485               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 486               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 487               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 488               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 489               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 490               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 491               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 492               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 493               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 494               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 495               // for 2.10.1 mode <br />
 496               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 497               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 498                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 499                 calculations (not recommended)</em></li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 502               scaling of branch lengths for trees computed using
 503               Sequence Feature Similarity.
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 507               generating output report when working with highly
 508               redundant alignments
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 512               right of selected region when gaps present on right-hand
 513               boundary
 514             </li>
 515           </ul>
 516           <em>User Interface</em>
 517           <ul>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 520               doesn't reselect a specific sequence's associated
 521               annotation after it was used for colouring a view
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 525               opened on a region of alignment without groups
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 529               of an alignment with overlapping groups
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 533               name and description match
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 537               hidden regions results in incorrect hidden regions
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 541               changing colour does not apply Conservation slider value
 542               to all groups
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 546               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 550               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 554               gaps before start of features
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 558               restored to UI when feature colour is edited
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 562               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 566               as graduate feature colour settings are modified via the
 567               dialog box
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 571               when a group defined on the alignment is resized
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 575               wrapped view result in positional status updates
 576             </li>
 577
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 580               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 584               alignment included gapped columns
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 588               widgets don't permanently disappear
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 592               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 593               T-Coffee column reliability scores)
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 597               sequence feature on gaps only
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 601               button from a Find inherit previously defined feature type
 602               rather than the Find query string
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 606               exporting tree calculated in Jalview
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 610               and then revealing them reorders sequences on the
 611               alignment
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 615               doesn't update to reflect available set of groups after
 616               interactively adding or modifying features
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 620               Linux
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 624               only excluded gaps in current sequence and ignored
 625               selection.
 626             </li>
 627           </ul>
 628           <em>Rendering</em>
 629           <ul>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 632               erratically when hidden rows or columns are present
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 636               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 637               sequence colouring
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 641               colour and group colour menu for protein alignments
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 645               reflect currently selected view or group's shading
 646               thresholds
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 650               when rendered on overview and structures when opacity at
 651               100%
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 655               overview when features overlaid on alignment
 656             </li>
 657           </ul>
 658           <em>Data import/export</em>
 659           <ul>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 662               load
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 666               added after a sequence was imported are not written to
 667               Stockholm File
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 671               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 675               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 679               with lightGray or darkGray via features file (but can
 680               specify lightgray)
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 684               when alignment view imported from project
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 688               structure and sequences extracted from structure files
 689               imported via URL and viewed in Jmol
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 693               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 694               the project is loaded and the structure viewed
 695             </li>
 696           </ul>
 697           <em>Web Services</em>
 698           <ul>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 701               release of Ensembl v.88
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 705               appear enabled in Preferences->Connections
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 709               removed from console output
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 713               Ensembl by Peptide ID
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 717               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 718               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 719               due to 'null' string rather than empty string used for
 720               residues with no corresponding PDB mapping).
 721             </li>
 722           </ul>
 723           <em>Application UI</em>
 724           <ul>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 727               menu
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 731               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 732               new documentation and tooltips added)
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 736               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 740               new features are added to alignment
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 744               changes to feature colours via the Amend features dialog
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 748               edit graduated feature colour via amend features dialog
 749               box
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 753               selection menu changes colours of alignment views
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 757               from alignment calculation workers after alignment has
 758               been closed
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 762               groups now 'Create Group'
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 766               Create/Undefine group doesn't always work
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 770               shown again after pressing 'Cancel'
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 774               adjusts start position in wrap mode
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 778               ambiguous amino acids
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 782               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 783               proteins
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 787               Defined' don't appear in Colours menu
 788             </li>
 789           </ul>
 790           <em>Applet</em>
 791           <ul>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 794               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 798               overview or linked structure view
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 802               work (since 2.8)
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 806               user-defined colourscheme doesn't restore original
 807               colourscheme
 808             </li>
 809           </ul>
 810           <em>Test Suite</em>
 811           <ul>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 814               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 818               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 819               problems with deep array comparison equality asserts in
 820               successive versions of TestNG
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 824               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 825             </li>
 826           </ul>
 827           <em>New Known Issues</em>
 828           <ul>
 829             <li>
 830               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 831               phase after a sequence motif find operation
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 835               containing just upper and lower case letters are
 836               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 840               reliably from eggnog Ortholog database
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 844               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 845               to mark columns containing highlighted regions.
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 849               doesn't always add secondary structure annotation.
 850             </li>
 851           </ul>
 852         </div>
 853     <tr>
 854       <td width="60" nowrap>
 855         <div align="center">
 856           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 857         </div>
 858       </td>
 859       <td><div align="left">
 860           <em>General</em>
 861           <ul>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 864               for all consensus calculations
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 868               3rd Oct 2016)
 869             </li>
 870             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 871               for 2016-2017</li>
 872           </ul>
 873           <em>Application</em>
 874           <ul>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 877               set of database cross-references, sorted alphabetically
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 881               from database cross references. Users with custom links
 882               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 883                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 887               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 888               Chimera session
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 892               the Chimera it is connected to is shut down
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 896               columns menu item to mark columns containing highlighted
 897               regions (e.g. from structure selections or results of a
 898               Find operation)
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 902               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 903               MSAviewer
 904             </li>
 905           </ul>
 906         </div></td>
 907       <td>
 908         <div align="left">
 909           <em>General</em>
 910           <ul>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 913               are not coloured or thresholded according to percent
 914               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 918               hydrophobic
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 922               threshold, amino acid properties)
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 926               reported as mapped to residues in a structure file in the
 927               View Mapping report
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 931               could be added multiple times to a sequence
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 935               bond features shown as two highlighted residues rather
 936               than a range in linked structure views, and treated
 937               correctly when selecting and computing trees from features
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 941               cross-references are matched to database name regardless
 942               of case
 943             </li>
 944
 945           </ul>
 946           <em>Application</em>
 947           <ul>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 950               names without regular expressions also offer links from
 951               Sequence ID
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 955               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 956               update Jalview configuration
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 960               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 964               files with similarly named sequences if dropped onto the
 965               alignment
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 969               entries where more chains exist in the PDB accession than
 970               are reported in the SIFTS file
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 974               the structure view when displayed with Chimera
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 978               panel's View->Show Chains submenu
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 982               work for wrapped alignment views
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 986               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 990               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 991               first annotation row
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 995               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 999               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1000             </li>
1001             <!-- JAL-2319 -->
1002             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1003             coordindate data
1004             </li>
1005           </ul>
1006           <!--           <em>New Known Issues</em>
1007           <ul>
1008             <li></li>
1009           </ul> -->
1010         </div>
1011       </td>
1012     </tr>
1013     <td width="60" nowrap>
1014       <div align="center">
1015         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1016           <em>25/10/2016</em></strong>
1017       </div>
1018     </td>
1019     <td><em>Application</em>
1020       <ul>
1021         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1022           view if structures already loaded</li>
1023         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1024           structure views</li>
1025       </ul></td>
1026     <td>
1027       <div align="left">
1028         <em>General</em>
1029         <ul>
1030           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1031             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1032           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1033             example sequences/projects/trees</li>
1034         </ul>
1035         <em>Application</em>
1036         <ul>
1037           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1038             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1039           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1040             without timeout for structures with multiple models or
1041             multiple sequences in alignment</li>
1042           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1043             PDB ID HEADER line</li>
1044           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1045             is performed</li>
1046           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1047             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1048           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1049           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1050             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1051             option</li>
1052           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1053             is created on the alignment</li>
1054           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1055             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1056             pop-up menu</li>
1057         </ul>
1058         <em>Build and deployment</em>
1059         <ul>
1060           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1061             tags</li>
1062         </ul>
1063         <em>New Known Issues</em>
1064         <ul>
1065           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1066             on Windows</li>
1067         </ul>
1068       </div>
1069     </td>
1070     </tr>
1071     <tr>
1072       <td width="60" nowrap>
1073         <div align="center">
1074           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1075         </div>
1076       </td>
1077       <td><em>General</em>
1078         <ul>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1084             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1085             better PDB parsing.
1086           </li>
1087           <li>
1088             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1089             reference sequence
1090           </li>
1091           <li>
1092             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1093             mousing over sequence associated annotation
1094           </li>
1095           <li>
1096             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1097             for manual entry
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1101             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1102             for each column
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1106             showing or hiding columns containing a feature
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1110             group and sequence associated annotation labels
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1114             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1115             dialogs
1116           </li>
1117
1118         </ul> <em>Application</em>
1119         <ul>
1120           <li>
1121             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1122             gene/transcript view
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1126             dialog
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1130             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1134             Pfam sources to xfam.org
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1141             over sequences in Jalview
1142           </li>
1143           <li>
1144             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1145             regions in ENA and EMBL
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1149             for record retrieval via ENA rest API
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1153             complement operator
1154           </li>
1155           <li>
1156             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1157             groovy script execution
1158           </li>
1159           <li>
1160             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1161             alignment window's Calculate menu
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1165             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1169             calculation workers from groovy scripts
1170           </li>
1171           <li>
1172             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1173             Jalview projects
1174           </li>
1175           <li>
1176             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1177             associations are now saved/restored from project
1178           </li>
1179           <li>
1180             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1181             before sequence fetcher is opened
1182           </li>
1183           <li>
1184             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1185             database chooser opens a sequence fetcher
1186           </li>
1187           <li>
1188             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1189             the UniProt REST API
1190           </li>
1191           <li>
1192             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1193             the news reader opening
1194           </li>
1195           <li>
1196             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1197             querying stored in preferences
1198           </li>
1199           <li>
1200             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1201             search results
1202           </li>
1203           <li>
1204             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1205           </li>
1206           <li>
1207             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1208             menu for nucleotide sequences
1209           </li>
1210           <li>
1211             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1212             and feature counts preserves alignment ordering (and
1213             debugged for complex feature sets).
1214           </li>
1215           <li>
1216             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1217             viewing structures with Jalview 2.10
1218           </li>
1219           <li>
1220             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1221             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1222             Ensembl Genomes REST API
1223           </li>
1224           <li>
1225             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1226             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1227             (Ensembl)
1228           </li>
1229           <li>
1230             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1231             sequences
1232           </li>
1233           <li>
1234             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1235             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1236             data from external database records.
1237           </li>
1238           <li>
1239             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1240             efficient recovery of sequence coding and alignment
1241             annotation relationships.
1242           </li>
1243         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1244         <ul>
1245           <li>
1246             -- JAL---
1247           </li>
1248         </ul> --></td>
1249       <td>
1250         <div align="left">
1251           <em>General</em>
1252           <ul>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1255               menu on OSX
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1259               includes graduated colourschemes
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1263               working with big alignments and lots of hidden columns
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1267               at right of alignment window
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1271               contents
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1275               for DNA alignments
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1279               based tree calculation
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1283               unconserved enabled for group on alignment
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1287               set as reference
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1291               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1292               annotation
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1296               hidden columns present
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1300               user created annotation added to alignment
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1304               '()' base pair annotation
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1308               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1309               Consensus
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1313               feature not working
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1317               beginning of sequence
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1321               entry 3a6s
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1325               from a tree when t-coffee scores are shown
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1329               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1333               some structures
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1337               to Clustal, PIR and PileUp output
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1341               not visible causes alignment window to repaint
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1345               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1346               scores associated with features and annotation rows
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1350               calculation should be case independent
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1354               columns
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1358               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1359               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1363               problems when reference sequence defined and 'show
1364               non-conserved' enabled
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1368               load even when Consensus calculation is disabled
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1372               alignment does nothing
1373             </li>
1374           </ul>
1375           <em>Application</em>
1376           <ul>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1379               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1380               yet fixed for El Capitan)
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1384               output when running on non-gb/us i18n platforms
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1388               hidden sequences as flat-file alignment
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1392               launching Chimera
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1396               (also hotfix for 2.9.0b2)
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1400               reference sequence defined
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1404               alignments and views when revealing hidden columns
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1408               view in a cDNA/Protein splitframe
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1412               sequence from project when only one sequence is
1413               represented
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1417               in Structure Chooser
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1421               structure consensus didn't refresh annotation panel
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1425               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1429               dialogs format columns correctly, don't display array
1430               data, sort columns according to type
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1434               file chooser is cancelled during an image export
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1438               sequence name containing special characters
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1442               case insensitive
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1446               formatting don't wrap
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1450               truncated so L looks like I in consensus annotation
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1454               currently displayed features for the current selection or
1455               view
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1459               after fetching cross-references, and restoring from
1460               project
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1464               followed in the structure viewer
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1468               splitframe not restored from project
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1472               trailing end of protein alignment in transcript/product
1473               splitview when pad-gaps not enabled by default
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1477               is case dependent
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1481               article has been read (reopened issue due to
1482               internationalisation problems)
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1486               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1487               cross-references
1488             </li>
1489
1490             <li>
1491               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1492               alignment as HTML
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1496               multiple structures are shown for one or more sequences.
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1500               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1501               is enabled.
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1505               specific PDB id for sequence
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1509               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1510               columns' is disabled.
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1514               selects lowest rather than highest resolution structures
1515               for each sequence
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1519               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1523               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1527               after clicking on it to create new annotation for a
1528               column.
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1532               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1533             </li>
1534             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1535             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1536           </ul>
1537           <em>Applet</em>
1538           <ul>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1541               hidden columns present before start of sequence
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1545               (JSON jars)
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1549               sequences are hidden in applet
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1553               deployment on examples pages.
1554             </li>
1555           </ul>
1556         </div>
1557       </td>
1558     </tr>
1559     <tr>
1560       <td width="60" nowrap>
1561         <div align="center">
1562           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1563             <em>16/10/2015</em></strong>
1564         </div>
1565       </td>
1566       <td><em>General</em>
1567         <ul>
1568           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1569             jars</li>
1570         </ul></td>
1571       <td>
1572         <div align="left">
1573           <em>Application</em>
1574           <ul>
1575             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1576               shown when tree is partitioned</li>
1577             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1578               multiple cDNA/Protein split views</li>
1579           </ul>
1580         </div>
1581       </td>
1582     </tr>
1583     <tr>
1584       <td width="60" nowrap>
1585         <div align="center">
1586           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1587             <em>8/10/2015</em></strong>
1588         </div>
1589       </td>
1590       <td><em>General</em>
1591         <ul>
1592           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1593             2.9</li>
1594         </ul> <em>Application</em>
1595         <ul>
1596           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1597           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1598           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1599         </ul> <em>Applet</em>
1600         <ul>
1601           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1602         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1603         <ul>
1604           <li>
1605             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1606             suite
1607           </li>
1608         </ul></td>
1609       <td>
1610         <div align="left">
1611           <em>General</em>
1612           <ul>
1613             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1614               incorrect when sequence start > 1</li>
1615             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1616               documentation</li>
1617             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1618             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1619               loading a features file containing HTML tags in feature
1620               description</li>
1621
1622           </ul>
1623           <em>Application</em>
1624           <ul>
1625             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1626               reimport</li>
1627             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1628               with 'trim retrieved sequences'</li>
1629             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1630               deleting selected columns</li>
1631             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1632               JNLP templates for webstart launch</li>
1633             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1634               unreleased structures for download or viewing</li>
1635             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1636               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1637             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1638               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1639             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1640               recovered from jalview project</li>
1641             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1642               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1643               alignment view</li>
1644             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1645               color schemes from BioJSON</li>
1646           </ul>
1647           <em>Applet</em>
1648           <ul>
1649             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1650               frame</li>
1651             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1652           </ul>
1653         </div>
1654       </td>
1655     </tr>
1656     <tr>
1657       <td><div align="center">
1658           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1659         </div></td>
1660       <td><em>General</em>
1661         <ul>
1662           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1663             alignments:
1664             <ul>
1665               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1666                 and DNA alignment views</li>
1667               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1668                 cDNA alignment views</li>
1669               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1670                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1671               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1672                 protein sequences</li>
1673             </ul>
1674           </li>
1675           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1676           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1677             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1678           <li>New alignment annotation file statements for
1679             reference sequences and marking hidden columns</li>
1680           <li>Reference sequence based alignment shading to
1681             highlight variation</li>
1682           <li>Select or hide columns according to alignment
1683             annotation</li>
1684           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1685           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1686             acid conservation row</li>
1687           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1688         </ul> <em>Application</em>
1689         <ul>
1690           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1691             <ul>
1692               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1693                 view with cDNA/Protein</li>
1694               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1695                 sequences are placed in the same alignment</li>
1696               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1697                 projects</li>
1698             </ul>
1699           </li>
1700
1701           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1702           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1703             Jalview windows</li>
1704
1705           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1706           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1707           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1708             be shown in VARNA</li>
1709
1710           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1711             as the active selected region</li>
1712
1713           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1714             similarity</li>
1715           <li>New Export options
1716             <ul>
1717               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1718                 region export in flat file generation</li>
1719
1720               <li>Export alignment views for display with the <a
1721                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1722
1723               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1724               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1725                 alignment figures to HTML</li>
1726           </li>
1727           <li>3D structure retrieval and display
1728             <ul>
1729               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1730                 Search API</li>
1731               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1732                 PDB structures for a sequence set</li>
1733             </ul>
1734           </li>
1735
1736           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1737             predictions</li>
1738           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1739             for one or a group of sequences</li>
1740           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1741             from the JPred4 web server</li>
1742           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1743             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1744             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1745           </li>
1746           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1747             VARNA 2D Structure'</li>
1748           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1749             Structure ..."</li>
1750
1751         </ul> <em>Applet</em>
1752         <ul>
1753           <li>New layout for applet example pages</li>
1754           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1755             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1756           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1757             Protein alignments</li>
1758         </ul> <em>Development and deployment</em>
1759         <ul>
1760           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1761           <li>Include installation type and git revision in build
1762             properties and console log output</li>
1763           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1764             storing BioJsMSA Templates</li>
1765           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1766         </ul></td>
1767       <td>
1768         <!-- <em>General</em>
1769         <ul>
1770         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1771         <ul>
1772           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1773           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1774           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1775             predictions are not highlighted in amber</li>
1776           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1777             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1778           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1779             associated structure views</li>
1780           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1781             width checkbox not enabled</li>
1782           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1783             creating user defined colours</li>
1784           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1785             mappings for just that viewer's sequences</li>
1786           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1787             multiple models in Chimera</li>
1788           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1789             over Jmol structure</li>
1790           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1791             output to text box</li>
1792           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1793             have incorrect sequence start/end</li>
1794           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1795             Jalview fails</li>
1796           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1797             work for nucleotide</li>
1798           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1799             to a grey/invisible alignment window</li>
1800           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1801             imports to different position</li>
1802           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1803             on some platforms</li>
1804           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1805             populated</li>
1806           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1807             console if Chimera has been opened</li>
1808           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1809           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1810             retrieved</li>
1811           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1812           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1813             either sequence shows on first structure</li>
1814           <li>'Show annotations' options should not make
1815             non-positional annotations visible</li>
1816           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1817             in right place after 'view flanking regions'</li>
1818           <li>File Save As type unset when current file format is
1819             unknown</li>
1820           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1821             projects</li>
1822           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1823             responsive</li>
1824           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1825             several views on same alignment</li>
1826           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1827           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1828             spaces</li>
1829         </ul> <em>Applet</em>
1830         <ul>
1831           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1832           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1833             descriptions containing angle brackets</li>
1834         </ul> <em>General</em>
1835         <ul>
1836           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1837             via jalview annotation file</li>
1838           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1839             with RNA secondary structure</li>
1840           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1841             translation doesn't work.</li>
1842           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1843           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1844             positions</li>
1845           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1846             choosing 1pt font</li>
1847           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1848             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1849             'h'</li>
1850           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1851             new feature</li>
1852           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1853             order dependent</li>
1854           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1855             sequences</li>
1856           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1857         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1858         <ul>
1859           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1860             www.jalview.org</li>
1861         </ul> <em>Application Known issues</em>
1862         <ul>
1863           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1864           <li>Misleading message appears after trying to delete
1865             solid column.</li>
1866           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1867             version launches</li>
1868           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1869             fails with a sequence mismatch</li>
1870           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1871             scrolling alignment to right</li>
1872           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1873             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1874           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1875             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1876           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1877             ultra-high resolution</li>
1878           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1879             quality and conservation</li>
1880           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1881             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1882         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1883         <ul>
1884           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1885           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1886             window is being resized</li>
1887
1888         </ul>
1889       </td>
1890     </tr>
1891     <tr>
1892       <td><div align="center">
1893           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1894         </div></td>
1895       <td><em>General</em>
1896         <ul>
1897           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1898             Certum.PL.</li>
1899           <li>Features and annotation preserved when performing
1900             pairwise alignment</li>
1901           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1902             imported/exported/displayed</li>
1903           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1904             protein secondary structure</li>
1905           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1906               post-hoc with 2.9 release</em>)
1907           </li>
1908
1909         </ul> <em>Application</em>
1910         <ul>
1911           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1912             with 3D structures</li>
1913           <li>Support for parsing RNAML</li>
1914           <li>Annotations menu for layout
1915             <ul>
1916               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1917               <li>place sequence annotation above/below alignment
1918                 annotation</li>
1919             </ul>
1920           <li>Output in Stockholm format</li>
1921           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1922             translation</li>
1923           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1924           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1925             shared between alignments</li>
1926           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1927             Jalview</li>
1928           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1929             all or current selection</li>
1930           <li>disorder and secondary structure predictions
1931             available as dataset annotation</li>
1932           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1933
1934
1935           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1936             alignments from Rfam</li>
1937           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1938
1939           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1940             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1941           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1942           <li>include installation type in build properties and
1943             console log output</li>
1944           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1945             annotation</li>
1946         </ul></td>
1947       <td>
1948         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1949         <ul>
1950           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1951             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1952           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1953             alignment</li>
1954           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1955           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1956           <li>Double click on sequence associated annotation
1957             selects only first column</li>
1958           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1959             leaves shown in tree</li>
1960           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1961             properly</li>
1962           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1963           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1964             screen and buttons not visible</li>
1965           <li>author list isn't updated if already written to
1966             Jalview properties</li>
1967           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1968             from database</li>
1969           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1970           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1971             browser search window</li>
1972           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1973             in feature settings dialog</li>
1974           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1975             desktop</li>
1976           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1977             pass validation</li>
1978           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1979             fit on screen</li>
1980           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1981             tooltip</li>
1982           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1983             defined user preset</li>
1984           <li>MSA web services warns user if they were launched
1985             with invalid input</li>
1986           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1987             Java 8</li>
1988           <li>
1989             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1990             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1991             created
1992           </li>
1993
1994         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1995         <ul>
1996         </ul> <em>General</em>
1997         <ul>
1998         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1999         <ul>
2000           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2001             memory allocation</li>
2002           <li>launchApp service doesn't automatically open
2003             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2004           <li>
2005             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2006             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2007             1.7_055 is available
2008           </li>
2009         </ul> <em>Application Known issues</em>
2010         <ul>
2011           <li>
2012             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2013             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2014             alignment to right
2015           </li>
2016           <li>
2017             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2018             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2019             with large number of ID
2020           </li>
2021           <li>
2022             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2023             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2024             start/end
2025           </li>
2026           <li>
2027             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2028             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2029             structure tracks are rearranged
2030           </li>
2031           <li>
2032             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2033             invalid rna structure positional highlighting does not
2034             highlight position of invalid base pairs
2035           </li>
2036           <li>
2037             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2038             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2039             project from alignment window file menu
2040           </li>
2041           <li>
2042             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2043             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2044             structures
2045           </li>
2046           <li>
2047             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2048             colour by RNA Helices not enabled when user created
2049             annotation added to alignment
2050           </li>
2051           <li>
2052             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2053             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2054           </li>
2055         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2056         <ul>
2057           <li>
2058             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2059             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2060           </li>
2061           <li>
2062             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2063             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2064           </li>
2065
2066           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2067             when selected</li>
2068         </ul>
2069       </td>
2070     </tr>
2071     <tr>
2072       <td><div align="center">
2073           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2074         </div></td>
2075       <td>
2076         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2077         <em>General</em>
2078         <ul>
2079           <li>Internationalisation of user interface (usually
2080             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2081           <li>Define/Undefine group on current selection with
2082             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2083           <li>Improved group creation/removal options in
2084             alignment/sequence Popup menu</li>
2085           <li>Sensible precision for symbol distribution
2086             percentages shown in logo tooltip.</li>
2087           <li>Annotation panel height set according to amount of
2088             annotation when alignment first opened</li>
2089         </ul> <em>Application</em>
2090         <ul>
2091           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2092             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2093           <li>Select columns containing particular features from
2094             Feature Settings dialog</li>
2095           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2096             sequences</li>
2097           <li>Update Jalview project format:
2098             <ul>
2099               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2100               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2101                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2102               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2103                 colouring</li>
2104             </ul>
2105           </li>
2106           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2107             (PAM250)</li>
2108           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2109             flanking regions for an alignment</li>
2110         </ul>
2111       </td>
2112       <td>
2113         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2114         <ul>
2115           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2116             running after job is cancelled</li>
2117           <li>cannot export features from alignments imported from
2118             Jalview/VAMSAS projects</li>
2119           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2120             float values</li>
2121           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2122             have 'display all symbols' flag set</li>
2123           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2124             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2125           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2126             Jalview</li>
2127           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2128             Lion/Webstart</li>
2129           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2130           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2131           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2132             alignment onto desktop</li>
2133           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2134             'extract scores' function</li>
2135           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2136             alignment window</li>
2137           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2138             performing IUPred disorder prediction</li>
2139           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2140             changing 'normalise logo' display setting</li>
2141           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2142             nothing matches query</li>
2143           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2144             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2145           </li>
2146           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2147             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2148           </li>
2149           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2150             Jalview's menu</li>
2151           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2152             'invalid literal/length code'</li>
2153           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2154             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2155           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2156             colourscheme</li>
2157
2158         </ul> <em>Applet</em>
2159         <ul>
2160           <li>Remove group option is shown even when selection is
2161             not a group</li>
2162           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2163             don't affect groups</li>
2164           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2165             colourscheme name</li>
2166           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2167             Annotation panel is not displayed</li>
2168           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2169             embedded windows</li>
2170         </ul> <em>Other</em>
2171         <ul>
2172           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2173             single sequence were not calculated</li>
2174           <li>annotation files that contain only groups imported as
2175             annotation and junk sequences</li>
2176           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2177             recognised as PFAM or BLC</li>
2178           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2179             doesn't affect background (2.8.0b1)
2180           <li></li>
2181           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2182           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2183             trailing gaps</li>
2184           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2185             registered correctly on import</li>
2186           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2187             certain alignments</li>
2188           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2189             existing annotation based 'use original colours'
2190             colourscheme loses original colours setting</li>
2191         </ul>
2192       </td>
2193     </tr>
2194     <tr>
2195       <td><div align="center">
2196           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2197             <em>30/1/2014</em></strong>
2198         </div></td>
2199       <td>
2200         <ul>
2201           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2202             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2203             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2204             open source project).
2205           </li>
2206           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2207           <li>Output in Stockholm format</li>
2208           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2209           <li>Export/import group and sequence associated line
2210             graph thresholds</li>
2211           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2212             ambiguity codes</li>
2213           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2214             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2215             works</li>
2216           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2217         </ul> <em>Other improvements</em>
2218         <ul>
2219           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2220           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2221             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2222           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2223             files</li>
2224           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2225           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2226             link but no description</li>
2227           <li>Select primary source when selecting authority in
2228             database fetcher GUI</li>
2229           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2230             Jalview</li>
2231           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2232         </ul>
2233       </td>
2234       <td>
2235         <ul>
2236           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2237             displayed</li>
2238           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2239             secondary structure annotation line</li>
2240           <li>Sequence database accessions not imported when
2241             fetching alignments from Rfam</li>
2242           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2243             identical IDs</li>
2244           <li>View all structures does not always superpose
2245             structures</li>
2246           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2247             reflect user or preset settings</li>
2248           <li>Null pointer exceptions for some services without
2249             presets or adjustable parameters</li>
2250           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2251             discover PDB xRefs</li>
2252           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2253             features with DAS</li>
2254           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2255             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2256           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2257             residue follows a gap</li>
2258           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2259             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2260           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2261             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2262           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2263             annotation already exists on alignment</li>
2264           <li>oninit javascript function should be called after
2265             initialisation completes</li>
2266           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2267             alignment window display</li>
2268           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2269           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2270             to annotation file</li>
2271           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2272             groups created</li>
2273           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2274             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2275           <li>Pressing return several times causes Number Format
2276             exceptions in keyboard mode</li>
2277           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2278             correct partitions for input data</li>
2279           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2280           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2281           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2282           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2283             mode</li>
2284           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2285             changes one row&#39;s threshold</li>
2286           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2287             doesn&#39;t open</li>
2288           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2289             quality histograms</li>
2290         </ul>
2291       </td>
2292     </tr>
2293     <tr>
2294       <td><div align="center">
2295           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2296         </div></td>
2297       <td><em>Application</em>
2298         <ul>
2299           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2300             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2301           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2302             preferences</li>
2303           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2304             in Jalview alignment window</li>
2305           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2306             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2307           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2308             RNA and ambiguity codes</li>
2309
2310           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2311           <li>Support fetching and database reference look up
2312             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2313             refs')</li>
2314           <li>Jalview project improvements
2315             <ul>
2316               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2317                 flag for annotation</li>
2318               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2319                 alignment</li>
2320               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2321                 Jalview project</li>
2322
2323             </ul>
2324           </li>
2325           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2326           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2327             running</li>
2328           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2329           <li>visual indication that web service results are still
2330             being retrieved from server</li>
2331           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2332             starts up for first time</li>
2333           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2334             services</li>
2335           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2336             client library</li>
2337           <li>Examples directory and Groovy library included in
2338             InstallAnywhere distribution</li>
2339         </ul> <em>Applet</em>
2340         <ul>
2341           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2342             visualization applet example</li>
2343         </ul> <em>General</em>
2344         <ul>
2345           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2346           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2347             defaults</li>
2348           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2349             calculation</li>
2350           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2351             matrices
2352           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2353             in HTML</li>
2354           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2355             structure contacts</li>
2356           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2357           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2358           <li>Parse sequence associated secondary structure
2359             information in Stockholm files</li>
2360           <li>HTML Export database accessions and annotation
2361             information presented in tooltip for sequences</li>
2362           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2363             style RNA alignment files</li>
2364           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2365             alignment</li>
2366           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2367             shade each sequence according to its associated alignment
2368             annotation</li>
2369           <li>New Jalview Logo</li>
2370         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2371         <ul>
2372           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2373           <li>New Website!</li>
2374         </ul></td>
2375       <td><em>Application</em>
2376         <ul>
2377           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2378             wsdbfetch REST service</li>
2379           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2380           <li>Filetype associations not installed for webstart
2381             launch</li>
2382           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2383             job execution in full once it is complete</li>
2384           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2385             uploaded via ali_file parameter</li>
2386           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2387           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2388           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2389             submitted for prediction</li>
2390           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2391             desktop window</li>
2392           <li>Putting fractional value into integer text box in
2393             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2394           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2395             windows 7</li>
2396           <li>View all structures fails with exception shown in
2397             structure view</li>
2398           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2399             escaped in a platform independent way</li>
2400           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2401             using proxy</li>
2402           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2403             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2404           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2405             failure when java web start temporary file caching is
2406             disabled</li>
2407           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2408             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2409           <li>Errors during processing of command line arguments
2410             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2411           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2412             DAS sources in sequence fetcher</li>
2413           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2414             dialog is shown</li>
2415           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2416           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2417           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2418           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2419             on OSX Mountain Lion</li>
2420           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2421             sequences with alignment annotation are pasted into the
2422             alignment</li>
2423           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2424             when loaded from Jalview project</li>
2425           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2426           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2427             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2428           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2429             associated with all views</li>
2430           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2431             annotation rows to new window</li>
2432         </ul> <em>Applet</em>
2433         <ul>
2434           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2435             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2436           <li>loading features via javascript API automatically
2437             enables feature display</li>
2438           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2439             work</li>
2440         </ul> <em>General</em>
2441         <ul>
2442           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2443           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2444             and then deselected</li>
2445           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2446           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2447             coloured with clustalx</li>
2448           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2449             exceptions and redraw errors</li>
2450           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2451             reconfigured view</li>
2452           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2453             colour</li>
2454           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2455             for lots of labels</li>
2456         </ul>
2457     </tr>
2458     <tr>
2459       <td>
2460         <div align="center">
2461           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2462         </div>
2463       </td>
2464       <td><em>Application</em>
2465         <ul>
2466           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2467           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2468           <li>View/alignment association menu to enable user to
2469             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2470             its colours/correspondences from</li>
2471           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2472           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2473             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2474           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2475           <li>Annotation row column label formatting attributes
2476             stored in project file</li>
2477           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2478             rows preserved in Jalview project file</li>
2479           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2480             saved using Desktop window menu</li>
2481           <li>Visual indication that command line arguments are
2482             still being processed</li>
2483           <li>Groovy script execution from URL</li>
2484           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2485             preferences</li>
2486           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2487             alignment with sequences that have high similarity and
2488             matching IDs</li>
2489           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2490           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2491             structures in same window</li>
2492           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2493           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2494             analysis function in its own submenu</li>
2495         </ul> <em>Applet</em>
2496         <ul>
2497           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2498             groups</li>
2499           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2500           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2501           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2502           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2503           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2504             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2505           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2506           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2507             parameters are treated as such</li>
2508           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2509             <ul>
2510               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2511               <li>Javascript callbacks for
2512                 <ul>
2513                   <li>Applet initialisation</li>
2514                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2515                 </ul>
2516               </li>
2517               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2518                 functions</li>
2519               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2520               <li>javascript structure viewer harness to pass
2521                 messages between Jmol and Jalview when running as
2522                 distinct applets</li>
2523               <li>sortBy method</li>
2524               <li>Set of applet and application examples shipped
2525                 with documentation</li>
2526               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2527                 javascript message exchange</li>
2528             </ul>
2529         </ul> <em>General</em>
2530         <ul>
2531           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2532             multiple alignments</li>
2533           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2534           <li>User configurable link to enable redirects to a
2535             www.Jalview.org mirror</li>
2536           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2537           <li>Configurable newline string when writing alignment
2538             and other flat files</li>
2539           <li>Allow alignment annotation description lines to
2540             contain html tags</li>
2541         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2542         <ul>
2543           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2544             examples</li>
2545           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2546             using a web service before displaying the result in the
2547             Jalview desktop</li>
2548           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2549           <li>Ant target to publish example html files with applet
2550             archive</li>
2551           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2552           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2553         </ul></td>
2554       <td><em>Application</em>
2555         <ul>
2556           <li>User defined colourscheme throws exception when
2557             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2558           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2559             dialog for valid filename/format</li>
2560           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2561           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2562             P37173</li>
2563           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2564             which sequence is to be associated with the file</li>
2565           <li>Find All raises null pointer exception when query
2566             only matches sequence IDs</li>
2567           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2568           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2569             2.4 cannot be loaded</li>
2570           <li>Filetype associations not installed for webstart
2571             launch</li>
2572           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2573             with sequences in different alignments do not get coloured
2574             by their associated sequence</li>
2575           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2576             not preserved when project is loaded</li>
2577           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2578             stored in Jalview project</li>
2579           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2580             Jalview project</li>
2581           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2582           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2583             by conservation</li>
2584           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2585             created on new view</li>
2586           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2587             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2588           <li>Alignment quality not updated after alignment
2589             annotation row is hidden then shown</li>
2590           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2591             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2592           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2593             properly</li>
2594           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2595             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2596           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2597           <li>Structures imported from file and saved in project
2598             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2599           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2600             job execution in full once it is complete</li>
2601         </ul> <em>Applet</em>
2602         <ul>
2603           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2604             annotation rows are displayed</li>
2605           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2606             codebase</li>
2607           <li>View follows highlighting does not work for positions
2608             in sequences</li>
2609           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2610           <li>Export features raises exception when no features
2611             exist</li>
2612           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2613             for javascript api is modified when separator string
2614             provided as parameter</li>
2615           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2616             alignment with no existing selection</li>
2617           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2618             to applet&#39;s codebase</li>
2619           <li>Status bar not updated after finished searching and
2620             search wraps around to first result</li>
2621           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2622             several Jalview applets causes race conditions and memory
2623             leaks</li>
2624           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2625             not sent from Jmol in applet</li>
2626           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2627             applet API fatally hang browser</li>
2628         </ul> <em>General</em>
2629         <ul>
2630           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2631             position with wrapped view and hidden regions</li>
2632           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2633             with/without hidden columns</li>
2634           <li>Sequence length given in alignment properties window
2635             is off by 1</li>
2636           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2637             import PDB like structure files</li>
2638           <li>Positional search results are only highlighted
2639             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2640           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2641           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2642             given sequence position</li>
2643           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2644             output</li>
2645           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2646             from nucleotide chains correctly</li>
2647           <li>Structure colours not updated when tree partition
2648             changed in alignment</li>
2649           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2650             parsed in interleaved stockholm</li>
2651           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2652             state</li>
2653           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2654             properly</li>
2655           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2656             properly associated with their pdb files</li>
2657         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2658         <ul>
2659           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2660             ApplyCopyright tool</li>
2661         </ul></td>
2662     </tr>
2663     <tr>
2664       <td>
2665         <div align="center">
2666           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2667         </div>
2668       </td>
2669       <td><em>Application</em>
2670         <ul>
2671           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2672             contact web services</li>
2673           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2674             service job window</li>
2675           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2676         </ul></td>
2677       <td>
2678         <ul>
2679           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2680             pir file emitted by Jalview</li>
2681           <li>Existing feature settings transferred to new
2682             alignment view created from cut'n'paste</li>
2683           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2684             parsing PDB files</li>
2685           <li>Consensus and conservation annotation rows
2686             occasionally become blank for all new windows</li>
2687           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2688             in wrapped view mode</li>
2689         </ul> <em>Application</em>
2690         <ul>
2691           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2692             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2693           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2694             parameter names</li>
2695           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2696             is down</li>
2697         </ul>
2698       </td>
2699     </tr>
2700     <tr>
2701       <td>
2702         <div align="center">
2703           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2704         </div>
2705       </td>
2706       <td><em>Application</em>
2707         <ul>
2708           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2709             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2710             (JABAWS)
2711           </li>
2712           <li>Web Services preference tab</li>
2713           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2714             preferences</li>
2715           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2716           <li>Superpose structures using associated sequence
2717             alignment</li>
2718           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2719             viewer</li>
2720         </ul> <em>Applet</em>
2721         <ul>
2722           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2723             link out mechanism</li>
2724         </ul> <em>Other</em>
2725         <ul>
2726           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2727             series 12</li>
2728           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2729             require Java 1.5</li>
2730           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2731             sequence annotation files</li>
2732           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2733             type colour specification</li>
2734           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2735             script to check if it being run in an interactive session or
2736             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2737         </ul></td>
2738       <td>
2739         <ul>
2740           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2741             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2742         </ul> <em>Application</em>
2743         <ul>
2744           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2745             selected Regions menu item</li>
2746           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2747             part of a valid accession ID</li>
2748           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2749             runs out of memory</li>
2750           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2751             analysis results</li>
2752           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2753             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2754           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2755         </ul> <em>Applet</em>
2756         <ul>
2757           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2758             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2759             defined.</li>
2760         </ul>
2761       </td>
2762     </tr>
2763     <tr>
2764       <td>
2765         <div align="center">
2766           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2767         </div>
2768       </td>
2769       <td></td>
2770       <td>
2771         <ul>
2772           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2773             sequence IDs</li>
2774           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2775             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2776           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2777             import correctly</li>
2778           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2779             number of columns are hidden</li>
2780           <li>annotation label popup menu not providing correct
2781             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2782             present</li>
2783           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2784             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2785           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2786             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2787
2788         </ul> <em>Applet</em>
2789         <ul>
2790           <li>annotation panel disappears when annotation is
2791             hidden/removed</li>
2792         </ul> <em>Application</em>
2793         <ul>
2794           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2795             alignment opened where annotation panel is visible but no
2796             annotations are present on alignment</li>
2797           <li>pasted region containing hidden columns is
2798             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2799           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2800             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2801           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2802             selected Rregions menu item.</li>
2803           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2804             'Un' or 'Non'conserved</li>
2805           <li>Sequence feature settings are being shared by
2806             multiple distinct alignments</li>
2807           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2808             changed</li>
2809           <li>double click on group annotation to select sequences
2810             does not propagate to associated trees</li>
2811           <li>Mac OSX specific issues:
2812             <ul>
2813               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2814                 window background</li>
2815               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2816                 name set correctly</li>
2817               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2818                 save feature colourscheme button</li>
2819             </ul>
2820           </li>
2821         </ul>
2822       </td>
2823     </tr>
2824     <tr>
2825
2826       <td>
2827         <div align="center">
2828           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2829         </div>
2830       </td>
2831       <td><em>New Capabilities</em>
2832         <ul>
2833           <li>URL links generated from description line for
2834             regular-expression based URL links (applet and application)
2835
2836           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2837             menu</li>
2838           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2839             structures</li>
2840           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2841             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2842           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2843             average score or total feature count for each sequence.</li>
2844           <li>Shading features by score or associated description</li>
2845           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2846             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2847           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2848             hide everything but the currently selected region.</li>
2849           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2850         </ul> <em>Application</em>
2851         <ul>
2852           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2853             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2854           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2855             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2856           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2857             database references and protein_name is parsed as
2858             description line (BioSapiens terms).</li>
2859           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2860             references in sequence ID tooltip from View menu in
2861             application.</li>
2862           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2863       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2864           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2865             conservation plots</li>
2866           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2867             and visualized as sequence logos</li>
2868           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2869             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2870           </li>
2871           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2872             when a new tree is opened.</li>
2873           <li>Jalview Java Console</li>
2874           <li>Better placement of desktop window when moving
2875             between different screens.</li>
2876           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2877             consensus annotation</li>
2878           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2879             Workflows</li>
2880           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2881             <ul>
2882               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2883                 used to preserve views, structures, and tree display
2884                 settings)</li>
2885               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2886                 command line</li>
2887               <li>Sharing of selected regions between views and
2888                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2889               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2890             </ul></li>
2891         </ul> <em>Applet</em>
2892         <ul>
2893           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2894           <li>New Parameters
2895             <ul>
2896               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2897                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2898                 opened.</li>
2899               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2900                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2901               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2902                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2903               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2904                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2905                 view</li>
2906               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2907                 increase the height or width of a cell in the alignment
2908                 grid relative to the current font size.</li>
2909             </ul>
2910           </li>
2911           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2912             tooltip</li>
2913         </ul> <em>Other</em>
2914         <ul>
2915           <li>Features format: graduated colour definitions and
2916             specification of feature scores</li>
2917           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2918             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2919             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2920           <li>XML formats extended to support graduated feature
2921             colourschemes, group associated annotation, and profile
2922             visualization settings.</li></td>
2923       <td>
2924         <ul>
2925           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2926             rather than description</li>
2927           <li>Non-positional features are now included in sequence
2928             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2929             visibility in tooltip).</li>
2930           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2931           <li>Added URL embedding instructions to features file
2932             documentation.</li>
2933           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2934             'X' in peptide product</li>
2935           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2936             sequence ID and sequence string and query strings do not
2937             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2938           <li>AMSA files only contain first column of
2939             multi-character column annotation labels</li>
2940           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2941             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2942             exported and re-imported)</li>
2943           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2944             name</li>
2945           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2946             as subsequence matches, and correctly reports total number
2947             of both.</li>
2948           <li>Application:
2949             <ul>
2950               <li>Better handling of exceptions during sequence
2951                 retrieval</li>
2952               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2953                 link text excludes the start_end suffix</li>
2954               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2955                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2956               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2957               <li>Sequence description lines properly shared via
2958                 VAMSAS</li>
2959               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2960                 data sources</li>
2961               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2962                 completes before alignment figures are generated.</li>
2963               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2964                 first time.</li>
2965               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2966                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2967               <li>User defined group colours properly recovered
2968                 from Jalview projects.</li>
2969             </ul>
2970           </li>
2971         </ul>
2972       </td>
2973
2974     </tr>
2975     <tr>
2976       <td>
2977         <div align="center">
2978           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2979         </div>
2980       </td>
2981       <td>
2982         <ul>
2983           <li>Experimental support for google analytics usage
2984             tracking.</li>
2985           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2986         </ul>
2987       </td>
2988       <td>
2989         <ul>
2990           <li>Race condition in applet preventing startup in
2991             jre1.6.0u12+.</li>
2992           <li>Exception when feature created from selection beyond
2993             length of sequence.</li>
2994           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2995           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2996             all sequences with a given id</li>
2997           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2998             ID string searches</li>
2999           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3000             alignment to fail with exception</li>
3001         </ul> <em>Application Issues</em>
3002         <ul>
3003           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3004           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3005             data sources</li>
3006         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3007         <ul>
3008           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3009             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3010           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3011             version (java class versioning error fixed)</li>
3012         </ul>
3013       </td>
3014     </tr>
3015     <tr>
3016       <td>
3017
3018         <div align="center">
3019           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3020         </div>
3021       </td>
3022       <td><em>User Interface</em>
3023         <ul>
3024           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3025             translation and protein products</li>
3026           <li>Linked highlighting of structure associated with
3027             residue mapping to codon position</li>
3028           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3029             and 'clear' button</li>
3030           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3031             Tools menu</li>
3032           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3033             numeric data in description line</li>
3034           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3035           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3036             of sequence</li>
3037         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3038         <ul>
3039           <li>JPred3 web service</li>
3040           <li>Prototype sequence search client (no public services
3041             available yet)</li>
3042           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3043             PFAM</li>
3044           <li>URL Links created for matching database cross
3045             references as well as sequence ID</li>
3046           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3047         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3048         <ul>
3049           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3050             databases</li>
3051           <li>Generalised database reference retrieval and
3052             validation to all fetchable databases</li>
3053           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3054             sequence command</li>
3055         </ul> <em>Import and Export</em>
3056         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3057         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3058           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3059         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3060           File</li>
3061         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3062           triplet as name of colourscheme</li>
3063         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3064         <ul>
3065           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3066           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3067             alignments (experimental)</li>
3068           <li>Create new or select existing session to join</li>
3069           <li>load and save of vamsas documents</li>
3070         </ul> <em>Application command line</em>
3071         <ul>
3072           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3073             from applet)</li>
3074           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3075             of DAS servers to query for alignment features</li>
3076           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3077             that are also automatically queried for features</li>
3078           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3079             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3080         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3081         <ul>
3082           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3083             application (when using &quot;View in full
3084             application&quot;)</li>
3085         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3086         <ul>
3087           <li>feature group display control parameter</li>
3088           <li>debug parameter</li>
3089           <li>showbutton parameter</li>
3090         </ul> <em>Applet API methods</em>
3091         <ul>
3092           <li>newView public method</li>
3093           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3094           <li>Feature display control methods</li>
3095           <li>get list of currently selected sequences</li>
3096         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3097         <ul>
3098           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3099           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3100             Jalview release.</li>
3101           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3102             property controls execution of obfuscator</li>
3103           <li>Build target for generating source distribution</li>
3104           <li>Debug flag for javacc</li>
3105           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3106             jalview.bin.Cache</li>
3107           <li>Continuous Build Integration for stable and
3108             development version of Application, Applet and source
3109             distribution</li>
3110         </ul></td>
3111       <td>
3112         <ul>
3113           <li>selected region output includes visible annotations
3114             (for certain formats)</li>
3115           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3116             for editing</li>
3117           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3118           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3119           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3120           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3121             comments</li>
3122           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3123             filenames containing a ':'</li>
3124           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3125             global sequence features</li>
3126           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3127             references from alignment sequences goes to zero</li>
3128           <li>Close of tree branch colour box without colour
3129             selection causes cascading exceptions</li>
3130           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3131           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3132             file parsing fails.</li>
3133           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3134           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3135             not a valid output format</li>
3136           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3137             vamsas</li>
3138           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3139           <li>error messages passed up and output when data read
3140             fails</li>
3141           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3142             sequence is edited</li>
3143           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3144             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3145           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3146             filetype</li>
3147           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3148             import fixed for PFAM records</li>
3149           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3150             window list</li>
3151           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3152             can be read and written correctly to annotation file</li>
3153           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3154             correctly</li>
3155           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3156             non-italic font for representatives in Applet</li>
3157           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3158             Macs.</li>
3159           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3160             Applet)</li>
3161           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3162             due to null pointer exceptions</li>
3163           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3164             first column of alignment</li>
3165           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3166             July 2008</li>
3167           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3168             file is case-insensitive</li>
3169           <li>Sequence features read from Features file appended to
3170             all sequences with matching IDs</li>
3171           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3172             containing a sub-sequence</li>
3173           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3174           <li>feature and annotation file applet parameters
3175             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3176           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3177           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3178             splash-screen version check to complete</li>
3179           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3180             when passing them to the launchApp service</li>
3181           <li>display name and local features preserved in results
3182             retrieved from web service</li>
3183           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3184             sequence fetcher initialisation</li>
3185           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3186             dasobert DAS client</li>
3187           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3188             association</li>
3189           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3190             sequences
3191           </li>
3192         </ul>
3193       </td>
3194     </tr>
3195     <tr>
3196       <td>
3197         <div align="center">
3198           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3199         </div>
3200       </td>
3201       <td>
3202         <ul>
3203           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3204           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3205           <li>Slide sequences</li>
3206           <li>Edit sequence in place</li>
3207           <li>EMBL CDS features</li>
3208           <li>DAS Feature mapping</li>
3209           <li>Feature ordering</li>
3210           <li>Alignment Properties</li>
3211           <li>Annotation Scores</li>
3212           <li>Sort by scores</li>
3213           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3214         </ul>
3215       </td>
3216       <td>
3217         <ul>
3218           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3219           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3220           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3221           <li>Feature group display state in XML</li>
3222           <li>Feature ordering in XML</li>
3223           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3224           <li>Stockholm alignment properties</li>
3225           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3226           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3227           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3228           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3229         </ul>
3230       </td>
3231
3232     </tr>
3233     <tr>
3234       <td>
3235         <div align="center">
3236           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3237         </div>
3238       </td>
3239       <td>
3240         <ul>
3241           <li>Non standard characters can be read and displayed
3242           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3243             applet via textbox
3244           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3245             name &amp; description
3246           <li>Preference setting to display sequence name in
3247             italics
3248           <li>Annotation file format extended to allow
3249             Sequence_groups to be defined
3250           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3251             specified in preferences
3252           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3253             sequences
3254         </ul>
3255       </td>
3256       <td>
3257         <ul>
3258           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3259             installed
3260           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3261           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3262         </ul>
3263       </td>
3264     </tr>
3265     <tr>
3266       <td>
3267         <div align="center">
3268           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3269         </div>
3270       </td>
3271       <td>
3272         <ul>
3273           <li>Multiple views on alignment
3274           <li>Sequence feature editing
3275           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3276           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3277           <li>Background dependent text colour
3278           <li>Right align sequence ids
3279           <li>User-defined lower case residue colours
3280           <li>Format Menu
3281           <li>Select Menu
3282           <li>Menu item accelerator keys
3283           <li>Control-V pastes to current alignment
3284           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3285           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3286           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3287
3288           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3289         </ul>
3290       </td>
3291       <td>
3292         <ul>
3293           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3294           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3295             calculations
3296           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3297             edits
3298           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3299             of alignment)
3300           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3301
3302           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3303             display correctly
3304           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3305           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3306             analysis results
3307           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3308             &#8739;
3309           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3310           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3311           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3312
3313         </ul>
3314       </td>
3315     </tr>
3316     <tr>
3317       <td>
3318         <div align="center">
3319           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3320         </div>
3321       </td>
3322       <td>
3323         <ul>
3324           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3325         </ul>
3326       </td>
3327       <td>
3328         <ul>
3329           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3330             sequence id panel has been resized</li>
3331           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3332             rendered</li>
3333           <li>Annotation files with sequence references - all
3334             elements in file are relative to sequence position</li>
3335           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3336         </ul>
3337       </td>
3338     </tr>
3339     <tr>
3340       <td>
3341         <div align="center">
3342           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3343         </div>
3344       </td>
3345       <td>
3346         <ul>
3347           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3348           <li>DAS Feature fetching</li>
3349           <li>Hide sequences and columns</li>
3350           <li>Export Annotations and Features</li>
3351           <li>GFF file reading / writing</li>
3352           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3353             files</li>
3354           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3355           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3356           <li>Applet can launch the full application</li>
3357           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3358             required)</li>
3359           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3360           <li>Applet can load sequences from parameter
3361             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3362           </li>
3363         </ul>
3364       </td>
3365       <td>
3366         <ul>
3367           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3368           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3369           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3370         </ul>
3371       </td>
3372     </tr>
3373     <tr>
3374       <td>
3375         <div align="center">
3376           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3377         </div>
3378       </td>
3379       <td>
3380         <ul>
3381           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3382           <li>Choose to match case when searching</li>
3383           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3384             expand the visible width and height of the alignment</li>
3385         </ul>
3386       </td>
3387       <td>
3388         <ul>
3389           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3390         </ul>
3391       </td>
3392     </tr>
3393     <tr>
3394       <td>
3395         <div align="center">
3396           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3397         </div>
3398       </td>
3399       <td>&nbsp;</td>
3400       <td>
3401         <ul>
3402           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3403           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3404             value</li>
3405         </ul>
3406       </td>
3407     </tr>
3408     <tr>
3409       <td>
3410         <div align="center">
3411           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3412         </div>
3413       </td>
3414       <td>
3415         <ul>
3416           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3417           <li>Keyboard editing</li>
3418           <li>Create sequence features from searches</li>
3419           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3420             alignments</li>
3421           <li>Features file allows grouping of features</li>
3422           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3423           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3424           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3425         </ul>
3426       </td>
3427       <td>
3428         <ul>
3429           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3430           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3431             descriptions saved.</li>
3432         </ul>
3433       </td>
3434     </tr>
3435     <tr>
3436       <td>
3437         <div align="center">
3438           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3439         </div>
3440       </td>
3441       <td>
3442         <ul>
3443           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3444           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3445           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3446             name for file output</li>
3447           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3448           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3449             used for HTML form input</li>
3450         </ul>
3451       </td>
3452       <td>
3453         <ul>
3454           <li>HTML output writes groups and features</li>
3455           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3456           <li>File IO bugs</li>
3457         </ul>
3458       </td>
3459     </tr>
3460     <tr>
3461       <td>
3462         <div align="center">
3463           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3464         </div>
3465       </td>
3466       <td>
3467         <ul>
3468           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3469           <li>More options for PCA viewer</li>
3470         </ul>
3471       </td>
3472       <td>
3473         <ul>
3474           <li>GUI bugs resolved</li>
3475           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3476         </ul>
3477       </td>
3478     </tr>
3479     <tr>
3480       <td height="63">
3481         <div align="center">
3482           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3483         </div>
3484       </td>
3485       <td>
3486         <ul>
3487           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3488           <li>Jar files are executable</li>
3489           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3490         </ul>
3491       </td>
3492       <td>
3493         <ul>
3494           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3495           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3496           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3497         </ul>
3498       </td>
3499     </tr>
3500     <tr>
3501       <td>
3502         <div align="center">
3503           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3504         </div>
3505       </td>
3506       <td>
3507         <ul>
3508           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3509         </ul>
3510       </td>
3511       <td>
3512         <ul>
3513           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3514         </ul>
3515       </td>
3516     </tr>
3517     <tr>
3518       <td>
3519         <div align="center">
3520           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3521         </div>
3522       </td>
3523       <td>
3524         <ul>
3525           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3526             size</li>
3527         </ul>
3528       </td>
3529       <td>
3530         <ul>
3531           <li>Improved JPred client reliability</li>
3532           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3533         </ul>
3534       </td>
3535     </tr>
3536     <tr>
3537       <td>
3538         <div align="center">
3539           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3540         </div>
3541       </td>
3542       <td>
3543         <ul>
3544           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3545           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3546           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3547             to Colour Menu</li>
3548           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3549           <li>Unix users can set default web browser</li>
3550           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3551           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3552         </ul>
3553       </td>
3554       <td>
3555         <ul>
3556           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3557         </ul>
3558       </td>
3559     </tr>
3560     <tr>
3561       <td>
3562         <div align="center">
3563           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3564         </div>
3565       </td>
3566       <td>&nbsp;</td>
3567       <td>
3568         <ul>
3569           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3570             alignment order.</li>
3571         </ul>
3572       </td>
3573     </tr>
3574     <tr>
3575       <td>
3576         <div align="center">
3577           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3578         </div>
3579       </td>
3580       <td>
3581         <ul>
3582           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3583           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3584           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3585             annotations.</li>
3586           <li>Version and build date written to build properties
3587             file.</li>
3588           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3589             at launch of Jalview.</li>
3590         </ul>
3591       </td>
3592       <td>
3593         <ul>
3594           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3595           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3596           <li>Can remove groups one by one.</li>
3597           <li>Filechooser icons installed.</li>
3598           <li>Finder ignores return character when searching.
3599             Return key will initiate a search.<br>
3600           </li>
3601         </ul>
3602       </td>
3603     </tr>
3604     <tr>
3605       <td>
3606         <div align="center">
3607           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3608         </div>
3609       </td>
3610       <td>
3611         <ul>
3612           <li>New codebase</li>
3613         </ul>
3614       </td>
3615       <td>&nbsp;</td>
3616     </tr>
3617   </table>
3618   <p>&nbsp;</p>
3619 </body>
3620 </html>