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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
  51             <em>24/11/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><div align="left">
  55           <em>General</em>
  56           <ul>
  57             <li>
  58               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
  59               for all consensus calculations
  60             </li>
  61             <li>
  62               <!-- JAL-2177 -->Updated Jmol shipped with applet and
  63               desktop to 14.6.4
  64             </li>
  65             <li>
  66               <!--  -->
  67             </li>
  68
  69           </ul>
  70           <em>Application</em>
  71           <ul>
  72             <li>
  73               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tips have been tamed
  74               (databases sorted alphabetically, abridged ID sets)
  75             </li>
  76             <li>
  77               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
  78               from database cross references. Users with custom links
  79               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
  80                 dialog</a> asking them to update their preferences.
  81             </li>
  82             <li>
  83               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
  84               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
  85               Chimera session
  86             </li>
  87             <li>
  88               <!-- JAL-2320-->Jalview's chimera control window closes if
  89               the Chimera it is connected to is shut down
  90             </li>
  91             <li>
  92               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
  93               cross-references are matched to database name regardless
  94               of case
  95             </li>
  96             <li>
  97               <!-- JAL-1738-->Select highlighted columns menu item and
  98               keystroke (B) to mark columns containing highlighted
  99               regions from structure selections or results of a Find
 100               operation
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 104               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 105               MSAviewer
 106             </li>
 107
 108
 109           </ul>
 110           <em>Applet</em>
 111           <ul>
 112           </ul>
 113           <em>Build and deployment</em>
 114           <ul>
 115             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 116               for 2016-2017</li>
 117           </ul>
 118         </div></td>
 119       <td>
 120         <div align="left">
 121           <em>General</em>
 122           <ul>
 123             <li>
 124               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 125               are not coloured or thresholded according to percent
 126               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 130               hydrophobic
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 134               threshold, amino acid properties)
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 138               reported as mapped to residues in a structure file in the
 139               View Mapping report
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 143               could be added multiple times to a sequence
 144             </li>
 145             <li>
 146               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 147               bond features shown as two highlighted residues rather
 148               than a range in linked structure views, and treated
 149               correctly when selecting and computing trees from features
 150             </li>
 151
 152           </ul>
 153           <em>Application</em>
 154           <ul>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 157               names without regular expressions also offer links from
 158               Sequence ID
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 162               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 163               update Jalview configuration
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 167               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 171               files with similarly named sequences if dropped onto the
 172               alignment
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 176               entries where more chains exist in the PDB accession than
 177               are reported in the SIFTS file
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 181               the structure view when displayed with Chimera
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 185               panel's View->Show Chains submenu
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 189               work for wrapped alignment views
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 193               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 197               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 198               first annotation row
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 202               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 203             </li>
 204           </ul>
 205           <em>Applet</em>
 206           <ul>
 207           </ul>
 208           <em>Build and deployment</em>
 209           <ul>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2308, -->Failing/passing unit tests
 212             </li>
 213           </ul>
 214           <em>New Known Issues</em>
 215           <ul>
 216             <li></li>
 217           </ul>
 218         </div>
 219       </td>
 220     </tr>
 221       <td width="60" nowrap>
 222         <div align="center">
 223           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 224             <em>25/10/2016</em></strong>
 225         </div>
 226       </td>
 227       <td><em>Application</em>
 228         <ul>
 229           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 230             view if structures already loaded</li>
 231           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 232             structure views</li>
 233         </ul></td>
 234       <td>
 235         <div align="left">
 236           <em>General</em>
 237           <ul>
 238             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 239               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 240             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 241               example sequences/projects/trees</li>
 242           </ul>
 243           <em>Application</em>
 244           <ul>
 245             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 246               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 247             <li>Multiple structure views can be opened and
 248               superposed without timeout for structures with multiple
 249               models or multiple sequences in alignment</li>
 250             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 251               a PDB ID HEADER line</li>
 252             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 253               superposition is performed</li>
 254             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 255               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 256             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 257             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 258               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 259               Refs UI option</li>
 260             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 261               view is created on the alignment</li>
 262             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 263               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 264               to open group pop-up menu</li>
 265           </ul>
 266           <em>Build and deployment</em>
 267           <ul>
 268             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 269               tags</li>
 270           </ul>
 271           <em>New Known Issues</em>
 272           <ul>
 273             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 274               work on Windows</li>
 275           </ul>
 276         </div>
 277       </td>
 278     </tr>
 279     <tr>
 280       <td width="60" nowrap>
 281         <div align="center">
 282           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 283         </div>
 284       </td>
 285       <td><em>General</em>
 286         <ul>
 287           <li>
 288           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 289           </li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 292             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 293             better PDB parsing.
 294           </li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 297             reference sequence
 298           </li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 301             mousing over sequence associated annotation
 302           </li>
 303           <li>
 304             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 305             for manual entry
 306           </li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 309             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 310             for each column
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 314             showing or hiding columns containing a feature
 315           </li>
 316           <li>
 317             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 318             group and sequence associated annotation labels
 319           </li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 322             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 323             dialogs
 324           </li>
 325
 326         </ul> <em>Application</em>
 327         <ul>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 330             gene/transcript view
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 334             dialog
 335           </li>
 336           <li>
 337             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 338             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 339           </li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 342             Pfam sources to xfam.org
 343           </li>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 349             over sequences in Jalview
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 353             regions in ENA and EMBL
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 357             for record retrieval via ENA rest API
 358           </li>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 361             complement operator
 362           </li>
 363           <li>
 364             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 365             groovy script execution
 366           </li>
 367           <li>
 368             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 369             alignment window's Calculate menu
 370           </li>
 371           <li>
 372             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 373             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 374           </li>
 375           <li>
 376             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 377             calculation workers from groovy scripts
 378           </li>
 379           <li>
 380             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 381             Jalview projects
 382           </li>
 383           <li>
 384             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 385             associations are now saved/restored from project
 386           </li>
 387           <li>
 388             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 389             before sequence fetcher is opened
 390           </li>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 393             database chooser opens a sequence fetcher
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 397             the UniProt REST API
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 401             the news reader opening
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 405             querying stored in preferences
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 409             search results
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 413           </li>
 414           <li>
 415             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 416             menu for nucleotide sequences
 417           </li>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 420             and feature counts preserves alignment ordering (and
 421             debugged for complex feature sets).
 422           </li>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 425             viewing structures with Jalview 2.10
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 429             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 430             Ensembl Genomes REST API
 431           </li>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 434             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 435             (Ensembl)
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 439             sequences
 440           </li>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 443             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 444             data from external database records.
 445           </li>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 448             efficient recovery of sequence coding and alignment
 449             annotation relationships.
 450           </li>
 451         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 452         <ul>
 453           <li>
 454             -- JAL---
 455           </li>
 456         </ul> --></td>
 457       <td>
 458         <div align="left">
 459           <em>General</em>
 460           <ul>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 463               menu on OSX
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 467               includes graduated colourschemes
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 471               working with big alignments and lots of hidden columns
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 475               at right of alignment window
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 479               contents
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 483               for DNA alignments
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 487               based tree calculation
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 491               unconserved enabled for group on alignment
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 495               set as reference
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 499               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 500               annotation
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 504               hidden columns present
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 508               user created annotation added to alignment
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 512               '()' base pair annotation
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 516               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 517               Consensus
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 521               feature not working
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 525               beginning of sequence
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 529               entry 3a6s
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 533               from a tree when t-coffee scores are shown
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 537               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 541               some structures
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 545               to Clustal, PIR and PileUp output
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 549               not visible causes alignment window to repaint
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 553               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 554               scores associated with features and annotation rows
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 558               calculation should be case independent
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 562               columns
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 566               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 567               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 571               problems when reference sequence defined and 'show
 572               non-conserved' enabled
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 576               load even when Consensus calculation is disabled
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 580               alignment does nothing
 581             </li>
 582           </ul>
 583           <em>Application</em>
 584           <ul>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 587               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 588               yet fixed for El Capitan)
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 592               output when running on non-gb/us i18n platforms
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 596               hidden sequences as flat-file alignment
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 600               launching Chimera
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 604               (also hotfix for 2.9.0b2)
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 608               reference sequence defined
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 612               alignments and views when revealing hidden columns
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 616               view in a cDNA/Protein splitframe
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 620               sequence from project when only one sequence is
 621               represented
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 625               in Structure Chooser
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 629               structure consensus didn't refresh annotation panel
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 633               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 637               dialogs format columns correctly, don't display array
 638               data, sort columns according to type
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 642               file chooser is cancelled during an image export
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 646               sequence name containing special characters
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 650               case insensitive
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 654               formatting don't wrap
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 658               truncated so L looks like I in consensus annotation
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 662               currently displayed features for the current selection or
 663               view
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 667               after fetching cross-references, and restoring from project
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 671               followed in the structure viewer
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 675               splitframe not restored from project
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 679               trailing end of protein alignment in transcript/product
 680               splitview when pad-gaps not enabled by default
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 684               is case dependent
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 688               article has been read (reopened issue due to
 689               internationalisation problems)
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 693               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 694               cross-references
 695             </li>
 696
 697             <li>
 698               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 699               alignment as HTML
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 703               multiple structures are shown for one or more sequences.
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 707               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 708               is enabled.
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 712               specific PDB id for sequence
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 716               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 717               columns' is disabled.
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 721               selects lowest rather than highest resolution structures
 722               for each sequence
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 726               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 730               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 731             </li>
 732             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 733               after clicking on it to create new annotation for a
 734               column.
 735             </li>
 736             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 737             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 738           </ul>
 739           <em>Applet</em>
 740           <ul>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 743               hidden columns present before start of sequence
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 747               (JSON jars)
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 751               sequences are hidden in applet
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 755               deployment on examples pages.
 756             </li>
 757           </ul>
 758         </div>
 759       </td>
 760     </tr>
 761     <tr>
 762       <td width="60" nowrap>
 763         <div align="center">
 764           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 765             <em>16/10/2015</em></strong>
 766         </div>
 767       </td>
 768       <td><em>General</em>
 769         <ul>
 770           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 771             jars</li>
 772         </ul></td>
 773       <td>
 774         <div align="left">
 775           <em>Application</em>
 776           <ul>
 777             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 778               shown when tree is partitioned</li>
 779             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 780               multiple cDNA/Protein split views</li>
 781           </ul>
 782         </div>
 783       </td>
 784     </tr>
 785     <tr>
 786       <td width="60" nowrap>
 787         <div align="center">
 788           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 789             <em>8/10/2015</em></strong>
 790         </div>
 791       </td>
 792       <td><em>General</em>
 793         <ul>
 794           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 795             2.9</li>
 796         </ul> <em>Application</em>
 797         <ul>
 798           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 799           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 800           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 801         </ul> <em>Applet</em>
 802         <ul>
 803           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 804         </ul><em>Build and Deployment</em>
 805         <ul>
 806           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 807         </ul></td>
 808       <td>
 809         <div align="left">
 810           <em>General</em>
 811           <ul>
 812             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 813               incorrect when sequence start > 1</li>
 814             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 815               documentation</li>
 816             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 817             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 818               loading a features file containing HTML tags in feature
 819               description</li>
 820
 821           </ul>
 822           <em>Application</em>
 823           <ul>
 824             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 825               reimport</li>
 826             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 827               with 'trim retrieved sequences'</li>
 828             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 829               deleting selected columns</li>
 830             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 831               JNLP templates for webstart launch</li>
 832             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 833               unreleased structures for download or viewing</li>
 834             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 835               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 836             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 837               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 838             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 839               recovered from jalview project</li>
 840             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 841               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 842               alignment view</li>
 843             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 844               color schemes from BioJSON</li>
 845           </ul>
 846           <em>Applet</em>
 847           <ul>
 848             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 849               frame</li>
 850             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 851           </ul>
 852         </div>
 853       </td>
 854     </tr>
 855     <tr>
 856       <td><div align="center">
 857           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 858         </div></td>
 859       <td><em>General</em>
 860         <ul>
 861           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 862             alignments:
 863             <ul>
 864               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 865                 and DNA alignment views</li>
 866               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 867                 cDNA alignment views</li>
 868               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 869                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 870               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 871                 protein sequences</li>
 872             </ul>
 873           </li>
 874           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 875           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 876             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 877           <li>New alignment annotation file statements for
 878             reference sequences and marking hidden columns</li>
 879           <li>Reference sequence based alignment shading to
 880             highlight variation</li>
 881           <li>Select or hide columns according to alignment
 882             annotation</li>
 883           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 884           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 885             acid conservation row</li>
 886           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 887         </ul> <em>Application</em>
 888         <ul>
 889           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 890             <ul>
 891               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 892                 view with cDNA/Protein</li>
 893               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 894                 sequences are placed in the same alignment</li>
 895               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 896                 projects</li>
 897             </ul>
 898           </li>
 899
 900           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 901           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 902             Jalview windows</li>
 903
 904           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 905           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 906           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 907             be shown in VARNA</li>
 908
 909           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 910             as the active selected region</li>
 911
 912           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 913             similarity</li>
 914           <li>New Export options
 915             <ul>
 916               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 917                 region export in flat file generation</li>
 918
 919               <li>Export alignment views for display with the <a
 920                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 921
 922               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 923               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 924                 alignment figures to HTML</li>
 925           </li>
 926           <li>3D structure retrieval and display
 927             <ul>
 928               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 929                 Search API</li>
 930               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 931                 PDB structures for a sequence set</li>
 932             </ul>
 933           </li>
 934
 935           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 936             predictions</li>
 937           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 938             for one or a group of sequences</li>
 939           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 940             from the JPred4 web server</li>
 941           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 942             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 943             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 944           </li>
 945           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 946             VARNA 2D Structure'</li>
 947           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 948             Structure ..."</li>
 949
 950         </ul> <em>Applet</em>
 951         <ul>
 952           <li>New layout for applet example pages</li>
 953           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 954             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 955           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 956             Protein alignments</li>
 957         </ul> <em>Development and deployment</em>
 958         <ul>
 959           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 960           <li>Include installation type and git revision in build
 961             properties and console log output</li>
 962           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 963             storing BioJsMSA Templates</li>
 964           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 965         </ul></td>
 966       <td>
 967         <!-- <em>General</em>
 968         <ul>
 969         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 970         <ul>
 971           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 972           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 973           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 974             predictions are not highlighted in amber</li>
 975           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 976             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 977           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 978             associated structure views</li>
 979           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 980             width checkbox not enabled</li>
 981           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 982             creating user defined colours</li>
 983           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 984             mappings for just that viewer's sequences</li>
 985           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 986             multiple models in Chimera</li>
 987           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 988             over Jmol structure</li>
 989           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 990             output to text box</li>
 991           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 992             have incorrect sequence start/end</li>
 993           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 994             Jalview fails</li>
 995           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 996             work for nucleotide</li>
 997           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 998             to a grey/invisible alignment window</li>
 999           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1000             imports to different position</li>
1001           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1002             on some platforms</li>
1003           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1004             populated</li>
1005           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1006             console if Chimera has been opened</li>
1007           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1008           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1009             retrieved</li>
1010           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1011           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1012             either sequence shows on first structure</li>
1013           <li>'Show annotations' options should not make
1014             non-positional annotations visible</li>
1015           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1016             in right place after 'view flanking regions'</li>
1017           <li>File Save As type unset when current file format is
1018             unknown</li>
1019           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1020             projects</li>
1021           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1022             responsive</li>
1023           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1024             several views on same alignment</li>
1025           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1026           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1027             spaces</li>
1028         </ul> <em>Applet</em>
1029         <ul>
1030           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1031           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1032             descriptions containing angle brackets</li>
1033         </ul> <em>General</em>
1034         <ul>
1035           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1036             via jalview annotation file</li>
1037           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1038             with RNA secondary structure</li>
1039           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1040             translation doesn't work.</li>
1041           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1042           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1043             positions</li>
1044           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1045             choosing 1pt font</li>
1046           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1047             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1048             'h'</li>
1049           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1050             new feature</li>
1051           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1052             order dependent</li>
1053           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1054             sequences</li>
1055           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1056         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1057         <ul>
1058           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1059             www.jalview.org</li>
1060         </ul> <em>Application Known issues</em>
1061         <ul>
1062           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1063           <li>Misleading message appears after trying to delete
1064             solid column.</li>
1065           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1066             version launches</li>
1067           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1068             fails with a sequence mismatch</li>
1069           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1070             scrolling alignment to right</li>
1071           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1072             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1073           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1074             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1075           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1076             ultra-high resolution</li>
1077           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1078             quality and conservation</li>
1079           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1080             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1081         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1082         <ul>
1083           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1084           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1085             window is being resized</li>
1086
1087         </ul>
1088       </td>
1089     </tr>
1090     <tr>
1091       <td><div align="center">
1092           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1093         </div></td>
1094       <td><em>General</em>
1095         <ul>
1096           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1097             Certum.PL.</li>
1098           <li>Features and annotation preserved when performing
1099             pairwise alignment</li>
1100           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1101             imported/exported/displayed</li>
1102           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1103             protein secondary structure</li>
1104           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1105               post-hoc with 2.9 release</em>)
1106           </li>
1107
1108         </ul> <em>Application</em>
1109         <ul>
1110           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1111             with 3D structures</li>
1112           <li>Support for parsing RNAML</li>
1113           <li>Annotations menu for layout
1114             <ul>
1115               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1116               <li>place sequence annotation above/below alignment
1117                 annotation</li>
1118             </ul>
1119           <li>Output in Stockholm format</li>
1120           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1121             translation</li>
1122           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1123           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1124             shared between alignments</li>
1125           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1126             Jalview</li>
1127           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1128             all or current selection</li>
1129           <li>disorder and secondary structure predictions
1130             available as dataset annotation</li>
1131           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1132
1133
1134           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1135             alignments from Rfam</li>
1136           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1137
1138           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1139             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1140           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1141           <li>include installation type in build properties and
1142             console log output</li>
1143           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1144             annotation</li>
1145         </ul></td>
1146       <td>
1147         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1148         <ul>
1149           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1150             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1151           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1152             alignment</li>
1153           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1154           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1155           <li>Double click on sequence associated annotation
1156             selects only first column</li>
1157           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1158             leaves shown in tree</li>
1159           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1160             properly</li>
1161           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1162           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1163             screen and buttons not visible</li>
1164           <li>author list isn't updated if already written to
1165             Jalview properties</li>
1166           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1167             from database</li>
1168           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1169           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1170             browser search window</li>
1171           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1172             in feature settings dialog</li>
1173           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1174             desktop</li>
1175           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1176             pass validation</li>
1177           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1178             fit on screen</li>
1179           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1180             tooltip</li>
1181           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1182             defined user preset</li>
1183           <li>MSA web services warns user if they were launched
1184             with invalid input</li>
1185           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1186             Java 8</li>
1187           <li>
1188             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1189             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1190             created
1191           </li>
1192
1193         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1194                                 <ul>
1195                                 </ul> <em>General</em>
1196                                 <ul>
1197                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1198         <ul>
1199           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1200             memory allocation</li>
1201           <li>launchApp service doesn't automatically open
1202             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1203           <li>
1204             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1205             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1206             1.7_055 is available
1207           </li>
1208         </ul> <em>Application Known issues</em>
1209         <ul>
1210           <li>
1211             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1212             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1213             alignment to right
1214           </li>
1215           <li>
1216             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1217             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1218             with large number of ID
1219           </li>
1220           <li>
1221             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1222             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1223             start/end
1224           </li>
1225           <li>
1226             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1227             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1228             structure tracks are rearranged
1229           </li>
1230           <li>
1231             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1232             invalid rna structure positional highlighting does not
1233             highlight position of invalid base pairs
1234           </li>
1235           <li>
1236             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1237             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1238             project from alignment window file menu
1239           </li>
1240           <li>
1241             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1242             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1243             structures
1244           </li>
1245           <li>
1246             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1247             colour by RNA Helices not enabled when user created
1248             annotation added to alignment
1249           </li>
1250           <li>
1251             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1252             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1253           </li>
1254         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1255         <ul>
1256           <li>
1257             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1258             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1259           </li>
1260           <li>
1261             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1262             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1263           </li>
1264
1265           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1266             when selected</li>
1267         </ul>
1268       </td>
1269     </tr>
1270     <tr>
1271       <td><div align="center">
1272           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1273         </div></td>
1274       <td>
1275         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1276         <em>General</em>
1277         <ul>
1278           <li>Internationalisation of user interface (usually
1279             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1280           <li>Define/Undefine group on current selection with
1281             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1282           <li>Improved group creation/removal options in
1283             alignment/sequence Popup menu</li>
1284           <li>Sensible precision for symbol distribution
1285             percentages shown in logo tooltip.</li>
1286           <li>Annotation panel height set according to amount of
1287             annotation when alignment first opened</li>
1288         </ul> <em>Application</em>
1289         <ul>
1290           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1291             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1292           <li>Select columns containing particular features from
1293             Feature Settings dialog</li>
1294           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1295             sequences</li>
1296           <li>Update Jalview project format:
1297             <ul>
1298               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1299               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1300                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1301               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1302                 colouring</li>
1303             </ul>
1304           </li>
1305           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1306             (PAM250)</li>
1307           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1308             flanking regions for an alignment</li>
1309         </ul>
1310       </td>
1311       <td>
1312         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1313         <ul>
1314           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1315             running after job is cancelled</li>
1316           <li>cannot export features from alignments imported from
1317             Jalview/VAMSAS projects</li>
1318           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1319             float values</li>
1320           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1321             have 'display all symbols' flag set</li>
1322           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1323             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1324           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1325             Jalview</li>
1326           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1327             Lion/Webstart</li>
1328           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1329           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1330           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1331             alignment onto desktop</li>
1332           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1333             'extract scores' function</li>
1334           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1335             alignment window</li>
1336           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1337             performing IUPred disorder prediction</li>
1338           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1339             changing 'normalise logo' display setting</li>
1340           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1341             nothing matches query</li>
1342           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1343             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1344           </li>
1345           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1346             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1347           </li>
1348           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1349             Jalview's menu</li>
1350           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1351             'invalid literal/length code'</li>
1352           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1353             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1354           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1355             colourscheme</li>
1356
1357         </ul> <em>Applet</em>
1358         <ul>
1359           <li>Remove group option is shown even when selection is
1360             not a group</li>
1361           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1362             don't affect groups</li>
1363           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1364             colourscheme name</li>
1365           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1366             Annotation panel is not displayed</li>
1367           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1368             embedded windows</li>
1369         </ul> <em>Other</em>
1370         <ul>
1371           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1372             single sequence were not calculated</li>
1373           <li>annotation files that contain only groups imported as
1374             annotation and junk sequences</li>
1375           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1376             recognised as PFAM or BLC</li>
1377           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1378             doesn't affect background (2.8.0b1)
1379           <li></li>
1380           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1381           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1382             trailing gaps</li>
1383           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1384             registered correctly on import</li>
1385           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1386             certain alignments</li>
1387           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1388             existing annotation based 'use original colours'
1389             colourscheme loses original colours setting</li>
1390         </ul>
1391       </td>
1392     </tr>
1393     <tr>
1394       <td><div align="center">
1395           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1396             <em>30/1/2014</em></strong>
1397         </div></td>
1398       <td>
1399         <ul>
1400           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1401             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1402             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1403             open source project).
1404           </li>
1405           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1406           </li>
1407           <li>Output in Stockholm format</li>
1408           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1409           <li>Export/import group and sequence associated line
1410             graph thresholds</li>
1411           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1412             ambiguity codes</li>
1413           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1414             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1415             works</li>
1416           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1417         </ul> <em>Other improvements</em>
1418         <ul>
1419           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1420           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1421             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1422           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1423             files</li>
1424           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1425           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1426             link but no description</li>
1427           <li>Select primary source when selecting authority in
1428             database fetcher GUI</li>
1429           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1430             Jalview</li>
1431           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1432         </ul>
1433       </td>
1434       <td>
1435         <ul>
1436           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1437             displayed</li>
1438           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1439             secondary structure annotation line</li>
1440           <li>Sequence database accessions not imported when
1441             fetching alignments from Rfam</li>
1442           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1443             identical IDs</li>
1444           <li>View all structures does not always superpose
1445             structures</li>
1446           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1447             reflect user or preset settings</li>
1448           <li>Null pointer exceptions for some services without
1449             presets or adjustable parameters</li>
1450           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1451             discover PDB xRefs</li>
1452           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1453             features with DAS</li>
1454           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1455             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1456           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1457             residue follows a gap</li>
1458           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1459             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1460           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1461             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1462           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1463             annotation already exists on alignment</li>
1464           <li>oninit javascript function should be called after
1465             initialisation completes</li>
1466           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1467             alignment window display</li>
1468           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1469           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1470             to annotation file</li>
1471           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1472             groups created</li>
1473           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1474             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1475           <li>Pressing return several times causes Number Format
1476             exceptions in keyboard mode</li>
1477           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1478             correct partitions for input data</li>
1479           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1480           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1481           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1482           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1483             mode</li>
1484           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1485             changes one row&#39;s threshold</li>
1486           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1487             doesn&#39;t open</li>
1488           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1489             quality histograms</li>
1490         </ul>
1491       </td>
1492     </tr>
1493     <tr>
1494       <td><div align="center">
1495           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1496         </div></td>
1497       <td><em>Application</em>
1498         <ul>
1499           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1500             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1501           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1502             preferences</li>
1503           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1504             in Jalview alignment window</li>
1505           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1506             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1507           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1508             RNA and ambiguity codes</li>
1509
1510           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1511           <li>Support fetching and database reference look up
1512             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1513             refs')</li>
1514           <li>Jalview project improvements
1515             <ul>
1516               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1517                 flag for annotation</li>
1518               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1519                 alignment</li>
1520               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1521                 Jalview project</li>
1522
1523             </ul>
1524           </li>
1525           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1526           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1527             running</li>
1528           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1529           <li>visual indication that web service results are still
1530             being retrieved from server</li>
1531           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1532             starts up for first time</li>
1533           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1534             services</li>
1535           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1536             client library</li>
1537           <li>Examples directory and Groovy library included in
1538             InstallAnywhere distribution</li>
1539         </ul> <em>Applet</em>
1540         <ul>
1541           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1542             visualization applet example</li>
1543         </ul> <em>General</em>
1544         <ul>
1545           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1546           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1547             defaults</li>
1548           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1549             calculation</li>
1550           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1551             matrices
1552           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1553             in HTML</li>
1554           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1555             structure contacts</li>
1556           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1557           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1558           <li>Parse sequence associated secondary structure
1559             information in Stockholm files</li>
1560           <li>HTML Export database accessions and annotation
1561             information presented in tooltip for sequences</li>
1562           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1563             style RNA alignment files</li>
1564           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1565             alignment</li>
1566           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1567             shade each sequence according to its associated alignment
1568             annotation</li>
1569           <li>New Jalview Logo</li>
1570         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1571         <ul>
1572           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1573           <li>New Website!</li>
1574         </ul></td>
1575       <td><em>Application</em>
1576         <ul>
1577           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1578             wsdbfetch REST service</li>
1579           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1580           <li>Filetype associations not installed for webstart
1581             launch</li>
1582           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1583             job execution in full once it is complete</li>
1584           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1585             uploaded via ali_file parameter</li>
1586           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1587           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1588           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1589             submitted for prediction</li>
1590           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1591             desktop window</li>
1592           <li>Putting fractional value into integer text box in
1593             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1594           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1595             windows 7</li>
1596           <li>View all structures fails with exception shown in
1597             structure view</li>
1598           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1599             escaped in a platform independent way</li>
1600           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1601             using proxy</li>
1602           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1603             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1604           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1605             failure when java web start temporary file caching is
1606             disabled</li>
1607           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1608             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1609           <li>Errors during processing of command line arguments
1610             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1611           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1612             DAS sources in sequence fetcher</li>
1613           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1614             dialog is shown</li>
1615           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1616           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1617           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1618           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1619             on OSX Mountain Lion</li>
1620           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1621             sequences with alignment annotation are pasted into the
1622             alignment</li>
1623           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1624             when loaded from Jalview project</li>
1625           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1626           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1627             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1628           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1629             associated with all views</li>
1630           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1631             annotation rows to new window</li>
1632         </ul> <em>Applet</em>
1633         <ul>
1634           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1635             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1636           <li>loading features via javascript API automatically
1637             enables feature display</li>
1638           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1639             work</li>
1640         </ul> <em>General</em>
1641         <ul>
1642           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1643           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1644             and then deselected</li>
1645           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1646           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1647             coloured with clustalx</li>
1648           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1649             exceptions and redraw errors</li>
1650           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1651             reconfigured view</li>
1652           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1653             colour</li>
1654           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1655             for lots of labels</li>
1656         </ul>
1657     </tr>
1658     <tr>
1659       <td>
1660         <div align="center">
1661           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1662         </div>
1663       </td>
1664       <td><em>Application</em>
1665         <ul>
1666           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1667           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1668           <li>View/alignment association menu to enable user to
1669             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1670             its colours/correspondences from</li>
1671           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1672           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1673             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1674           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1675           <li>Annotation row column label formatting attributes
1676             stored in project file</li>
1677           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1678             rows preserved in Jalview project file</li>
1679           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1680             saved using Desktop window menu</li>
1681           <li>Visual indication that command line arguments are
1682             still being processed</li>
1683           <li>Groovy script execution from URL</li>
1684           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1685             preferences</li>
1686           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1687             alignment with sequences that have high similarity and
1688             matching IDs</li>
1689           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1690           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1691             structures in same window</li>
1692           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1693           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1694             analysis function in its own submenu</li>
1695         </ul> <em>Applet</em>
1696         <ul>
1697           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1698             groups</li>
1699           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1700           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1701           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1702           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1703           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1704             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1705           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1706           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1707             parameters are treated as such</li>
1708           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1709             <ul>
1710               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1711               <li>Javascript callbacks for
1712                 <ul>
1713                   <li>Applet initialisation</li>
1714                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1715                 </ul>
1716               </li>
1717               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1718                 functions</li>
1719               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1720               <li>javascript structure viewer harness to pass
1721                 messages between Jmol and Jalview when running as
1722                 distinct applets</li>
1723               <li>sortBy method</li>
1724               <li>Set of applet and application examples shipped
1725                 with documentation</li>
1726               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1727                 javascript message exchange</li>
1728             </ul>
1729         </ul> <em>General</em>
1730         <ul>
1731           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1732             multiple alignments</li>
1733           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1734           <li>User configurable link to enable redirects to a
1735             www.Jalview.org mirror</li>
1736           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1737           <li>Configurable newline string when writing alignment
1738             and other flat files</li>
1739           <li>Allow alignment annotation description lines to
1740             contain html tags</li>
1741         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1742         <ul>
1743           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1744             examples</li>
1745           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1746             using a web service before displaying the result in the
1747             Jalview desktop</li>
1748           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1749           <li>Ant target to publish example html files with applet
1750             archive</li>
1751           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1752           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1753         </ul></td>
1754       <td><em>Application</em>
1755         <ul>
1756           <li>User defined colourscheme throws exception when
1757             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1758           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1759             dialog for valid filename/format</li>
1760           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1761           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1762             P37173</li>
1763           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1764             which sequence is to be associated with the file</li>
1765           <li>Find All raises null pointer exception when query
1766             only matches sequence IDs</li>
1767           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1768           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1769             2.4 cannot be loaded</li>
1770           <li>Filetype associations not installed for webstart
1771             launch</li>
1772           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1773             with sequences in different alignments do not get coloured
1774             by their associated sequence</li>
1775           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1776             not preserved when project is loaded</li>
1777           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1778             stored in Jalview project</li>
1779           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1780             Jalview project</li>
1781           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1782           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1783             by conservation</li>
1784           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1785             created on new view</li>
1786           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1787             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1788           <li>Alignment quality not updated after alignment
1789             annotation row is hidden then shown</li>
1790           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1791             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1792           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1793             properly</li>
1794           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1795             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1796           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1797           <li>Structures imported from file and saved in project
1798             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1799           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1800             job execution in full once it is complete</li>
1801         </ul> <em>Applet</em>
1802         <ul>
1803           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1804             annotation rows are displayed</li>
1805           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1806             codebase</li>
1807           <li>View follows highlighting does not work for positions
1808             in sequences</li>
1809           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1810           <li>Export features raises exception when no features
1811             exist</li>
1812           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1813             for javascript api is modified when separator string
1814             provided as parameter</li>
1815           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1816             alignment with no existing selection</li>
1817           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1818             to applet&#39;s codebase</li>
1819           <li>Status bar not updated after finished searching and
1820             search wraps around to first result</li>
1821           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1822             several Jalview applets causes race conditions and memory
1823             leaks</li>
1824           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1825             not sent from Jmol in applet</li>
1826           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1827             applet API fatally hang browser</li>
1828         </ul> <em>General</em>
1829         <ul>
1830           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1831             position with wrapped view and hidden regions</li>
1832           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1833             with/without hidden columns</li>
1834           <li>Sequence length given in alignment properties window
1835             is off by 1</li>
1836           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1837             import PDB like structure files</li>
1838           <li>Positional search results are only highlighted
1839             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1840           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1841           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1842             given sequence position</li>
1843           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1844             output</li>
1845           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1846             from nucleotide chains correctly</li>
1847           <li>Structure colours not updated when tree partition
1848             changed in alignment</li>
1849           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1850             parsed in interleaved stockholm</li>
1851           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1852             state</li>
1853           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1854             properly</li>
1855           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1856             properly associated with their pdb files</li>
1857         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1858         <ul>
1859           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1860             ApplyCopyright tool</li>
1861         </ul></td>
1862     </tr>
1863     <tr>
1864       <td>
1865         <div align="center">
1866           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1867         </div>
1868       </td>
1869       <td><em>Application</em>
1870         <ul>
1871           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1872             contact web services</li>
1873           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1874             service job window</li>
1875           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1876         </ul></td>
1877       <td>
1878         <ul>
1879           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1880             pir file emitted by Jalview</li>
1881           <li>Existing feature settings transferred to new
1882             alignment view created from cut'n'paste</li>
1883           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1884             parsing PDB files</li>
1885           <li>Consensus and conservation annotation rows
1886             occasionally become blank for all new windows</li>
1887           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1888             in wrapped view mode</li>
1889         </ul> <em>Application</em>
1890         <ul>
1891           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1892             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1893           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1894             parameter names</li>
1895           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1896             is down</li>
1897         </ul>
1898       </td>
1899     </tr>
1900     <tr>
1901       <td>
1902         <div align="center">
1903           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1904         </div>
1905       </td>
1906       <td><em>Application</em>
1907         <ul>
1908           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1909             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1910             (JABAWS)
1911           </li>
1912           <li>Web Services preference tab</li>
1913           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1914             preferences</li>
1915           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1916           <li>Superpose structures using associated sequence
1917             alignment</li>
1918           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1919             viewer</li>
1920         </ul> <em>Applet</em>
1921         <ul>
1922           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1923             link out mechanism</li>
1924         </ul> <em>Other</em>
1925         <ul>
1926           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1927             series 12</li>
1928           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1929             require Java 1.5</li>
1930           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1931             sequence annotation files</li>
1932           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1933             type colour specification</li>
1934           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1935             script to check if it being run in an interactive session or
1936             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1937         </ul></td>
1938       <td>
1939         <ul>
1940           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1941             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1942         </ul> <em>Application</em>
1943         <ul>
1944           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1945             selected Regions menu item</li>
1946           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1947             part of a valid accession ID</li>
1948           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1949             runs out of memory</li>
1950           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1951             analysis results</li>
1952           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1953             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1954           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1955         </ul> <em>Applet</em>
1956         <ul>
1957           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1958             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1959             defined.</li>
1960         </ul>
1961       </td>
1962     </tr>
1963     <tr>
1964       <td>
1965         <div align="center">
1966           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1967         </div>
1968       </td>
1969       <td></td>
1970       <td>
1971         <ul>
1972           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1973             sequence IDs</li>
1974           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1975             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1976           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1977             import correctly</li>
1978           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1979             number of columns are hidden</li>
1980           <li>annotation label popup menu not providing correct
1981             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1982             present</li>
1983           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1984             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1985           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1986             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1987
1988         </ul> <em>Applet</em>
1989         <ul>
1990           <li>annotation panel disappears when annotation is
1991             hidden/removed</li>
1992         </ul> <em>Application</em>
1993         <ul>
1994           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1995             alignment opened where annotation panel is visible but no
1996             annotations are present on alignment</li>
1997           <li>pasted region containing hidden columns is
1998             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1999           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2000             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2001           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2002             selected Rregions menu item.</li>
2003           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2004             'Un' or 'Non'conserved</li>
2005           <li>Sequence feature settings are being shared by
2006             multiple distinct alignments</li>
2007           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2008             changed</li>
2009           <li>double click on group annotation to select sequences
2010             does not propagate to associated trees</li>
2011           <li>Mac OSX specific issues:
2012             <ul>
2013               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2014                 window background</li>
2015               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2016                 name set correctly</li>
2017               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2018                 save feature colourscheme button</li>
2019             </ul>
2020           </li>
2021         </ul>
2022       </td>
2023     </tr>
2024     <tr>
2025
2026       <td>
2027         <div align="center">
2028           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2029         </div>
2030       </td>
2031       <td><em>New Capabilities</em>
2032         <ul>
2033           <li>URL links generated from description line for
2034             regular-expression based URL links (applet and application)
2035
2036
2037
2038
2039
2040
2041           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2042             menu</li>
2043           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2044             structures</li>
2045           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2046             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2047           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2048             average score or total feature count for each sequence.</li>
2049           <li>Shading features by score or associated description</li>
2050           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2051             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2052           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2053             hide everything but the currently selected region.</li>
2054           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2055         </ul> <em>Application</em>
2056         <ul>
2057           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2058             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2059           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2060             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2061           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2062             database references and protein_name is parsed as
2063             description line (BioSapiens terms).</li>
2064           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2065             references in sequence ID tooltip from View menu in
2066             application.</li>
2067           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2068                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2069           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2070             conservation plots</li>
2071           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2072             and visualized as sequence logos</li>
2073           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2074             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2075           </li>
2076           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2077             when a new tree is opened.</li>
2078           <li>Jalview Java Console</li>
2079           <li>Better placement of desktop window when moving
2080             between different screens.</li>
2081           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2082             consensus annotation</li>
2083           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2084             Workflows</li>
2085           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2086             <ul>
2087               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2088                 used to preserve views, structures, and tree display
2089                 settings)</li>
2090               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2091                 command line</li>
2092               <li>Sharing of selected regions between views and
2093                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2094               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2095             </ul></li>
2096         </ul> <em>Applet</em>
2097         <ul>
2098           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2099           <li>New Parameters
2100             <ul>
2101               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2102                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2103                 opened.</li>
2104               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2105                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2106               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2107                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2108               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2109                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2110                 view</li>
2111               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2112                 increase the height or width of a cell in the alignment
2113                 grid relative to the current font size.</li>
2114             </ul>
2115           </li>
2116           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2117             tooltip</li>
2118         </ul> <em>Other</em>
2119         <ul>
2120           <li>Features format: graduated colour definitions and
2121             specification of feature scores</li>
2122           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2123             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2124             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2125           <li>XML formats extended to support graduated feature
2126             colourschemes, group associated annotation, and profile
2127             visualization settings.</li></td>
2128       <td>
2129         <ul>
2130           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2131             rather than description</li>
2132           <li>Non-positional features are now included in sequence
2133             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2134             visibility in tooltip).</li>
2135           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2136           <li>Added URL embedding instructions to features file
2137             documentation.</li>
2138           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2139             'X' in peptide product</li>
2140           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2141             sequence ID and sequence string and query strings do not
2142             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2143           <li>AMSA files only contain first column of
2144             multi-character column annotation labels</li>
2145           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2146             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2147             exported and re-imported)</li>
2148           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2149             name</li>
2150           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2151             as subsequence matches, and correctly reports total number
2152             of both.</li>
2153           <li>Application:
2154             <ul>
2155               <li>Better handling of exceptions during sequence
2156                 retrieval</li>
2157               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2158                 link text excludes the start_end suffix</li>
2159               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2160                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2161               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2162               <li>Sequence description lines properly shared via
2163                 VAMSAS</li>
2164               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2165                 data sources</li>
2166               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2167                 completes before alignment figures are generated.</li>
2168               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2169                 first time.</li>
2170               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2171                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2172               <li>User defined group colours properly recovered
2173                 from Jalview projects.</li>
2174             </ul>
2175           </li>
2176         </ul>
2177       </td>
2178
2179     </tr>
2180     <tr>
2181       <td>
2182         <div align="center">
2183           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2184         </div>
2185       </td>
2186       <td>
2187         <ul>
2188           <li>Experimental support for google analytics usage
2189             tracking.</li>
2190           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2191         </ul>
2192       </td>
2193       <td>
2194         <ul>
2195           <li>Race condition in applet preventing startup in
2196             jre1.6.0u12+.</li>
2197           <li>Exception when feature created from selection beyond
2198             length of sequence.</li>
2199           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2200           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2201             all sequences with a given id</li>
2202           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2203             ID string searches</li>
2204           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2205             alignment to fail with exception</li>
2206         </ul> <em>Application Issues</em>
2207         <ul>
2208           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2209           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2210             data sources</li>
2211         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2212         <ul>
2213           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2214             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2215           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2216             version (java class versioning error fixed)</li>
2217         </ul>
2218       </td>
2219     </tr>
2220     <tr>
2221       <td>
2222
2223         <div align="center">
2224           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2225         </div>
2226       </td>
2227       <td><em>User Interface</em>
2228         <ul>
2229           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2230             translation and protein products</li>
2231           <li>Linked highlighting of structure associated with
2232             residue mapping to codon position</li>
2233           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2234             and 'clear' button</li>
2235           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2236             Tools menu</li>
2237           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2238             numeric data in description line</li>
2239           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2240           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2241             of sequence</li>
2242         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2243         <ul>
2244           <li>JPred3 web service</li>
2245           <li>Prototype sequence search client (no public services
2246             available yet)</li>
2247           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2248             PFAM</li>
2249           <li>URL Links created for matching database cross
2250             references as well as sequence ID</li>
2251           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2252         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2253         <ul>
2254           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2255             databases</li>
2256           <li>Generalised database reference retrieval and
2257             validation to all fetchable databases</li>
2258           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2259             sequence command</li>
2260         </ul> <em>Import and Export</em>
2261         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2262         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2263           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2264         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2265           File</li>
2266         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2267           triplet as name of colourscheme</li>
2268         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2269         <ul>
2270           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2271           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2272             alignments (experimental)</li>
2273           <li>Create new or select existing session to join</li>
2274           <li>load and save of vamsas documents</li>
2275         </ul> <em>Application command line</em>
2276         <ul>
2277           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2278             from applet)</li>
2279           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2280             of DAS servers to query for alignment features</li>
2281           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2282             that are also automatically queried for features</li>
2283           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2284             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2285         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2286         <ul>
2287           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2288             application (when using &quot;View in full
2289             application&quot;)</li>
2290         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2291         <ul>
2292           <li>feature group display control parameter</li>
2293           <li>debug parameter</li>
2294           <li>showbutton parameter</li>
2295         </ul> <em>Applet API methods</em>
2296         <ul>
2297           <li>newView public method</li>
2298           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2299           <li>Feature display control methods</li>
2300           <li>get list of currently selected sequences</li>
2301         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2302         <ul>
2303           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2304           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2305             Jalview release.</li>
2306           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2307             property controls execution of obfuscator</li>
2308           <li>Build target for generating source distribution</li>
2309           <li>Debug flag for javacc</li>
2310           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2311             jalview.bin.Cache</li>
2312           <li>Continuous Build Integration for stable and
2313             development version of Application, Applet and source
2314             distribution</li>
2315         </ul></td>
2316       <td>
2317         <ul>
2318           <li>selected region output includes visible annotations
2319             (for certain formats)</li>
2320           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2321             for editing</li>
2322           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2323           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2324           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2325           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2326             comments</li>
2327           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2328             filenames containing a ':'</li>
2329           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2330             global sequence features</li>
2331           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2332             references from alignment sequences goes to zero</li>
2333           <li>Close of tree branch colour box without colour
2334             selection causes cascading exceptions</li>
2335           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2336           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2337             file parsing fails.</li>
2338           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2339           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2340             not a valid output format</li>
2341           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2342             vamsas</li>
2343           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2344           <li>error messages passed up and output when data read
2345             fails</li>
2346           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2347             sequence is edited</li>
2348           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2349             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2350           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2351             filetype</li>
2352           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2353             import fixed for PFAM records</li>
2354           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2355             window list</li>
2356           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2357             can be read and written correctly to annotation file</li>
2358           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2359             correctly</li>
2360           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2361             non-italic font for representatives in Applet</li>
2362           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2363             Macs.</li>
2364           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2365             Applet)</li>
2366           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2367             due to null pointer exceptions</li>
2368           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2369             first column of alignment</li>
2370           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2371             July 2008</li>
2372           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2373             file is case-insensitive</li>
2374           <li>Sequence features read from Features file appended to
2375             all sequences with matching IDs</li>
2376           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2377             containing a sub-sequence</li>
2378           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2379           <li>feature and annotation file applet parameters
2380             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2381           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2382           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2383             splash-screen version check to complete</li>
2384           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2385             when passing them to the launchApp service</li>
2386           <li>display name and local features preserved in results
2387             retrieved from web service</li>
2388           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2389             sequence fetcher initialisation</li>
2390           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2391             dasobert DAS client</li>
2392           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2393             association</li>
2394           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2395             sequences
2396           </li>
2397         </ul>
2398       </td>
2399     </tr>
2400     <tr>
2401       <td>
2402         <div align="center">
2403           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2404         </div>
2405       </td>
2406       <td>
2407         <ul>
2408           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2409           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2410           <li>Slide sequences</li>
2411           <li>Edit sequence in place</li>
2412           <li>EMBL CDS features</li>
2413           <li>DAS Feature mapping</li>
2414           <li>Feature ordering</li>
2415           <li>Alignment Properties</li>
2416           <li>Annotation Scores</li>
2417           <li>Sort by scores</li>
2418           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2419         </ul>
2420       </td>
2421       <td>
2422         <ul>
2423           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2424           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2425           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2426           <li>Feature group display state in XML</li>
2427           <li>Feature ordering in XML</li>
2428           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2429           <li>Stockholm alignment properties</li>
2430           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2431           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2432           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2433           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2434         </ul>
2435       </td>
2436
2437     </tr>
2438     <tr>
2439       <td>
2440         <div align="center">
2441           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2442         </div>
2443       </td>
2444       <td>
2445         <ul>
2446           <li>Non standard characters can be read and displayed
2447           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2448             applet via textbox
2449           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2450             name &amp; description
2451           <li>Preference setting to display sequence name in
2452             italics
2453           <li>Annotation file format extended to allow
2454             Sequence_groups to be defined
2455           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2456             specified in preferences
2457           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2458             sequences
2459         </ul>
2460       </td>
2461       <td>
2462         <ul>
2463           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2464             installed
2465           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2466           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2467         </ul>
2468       </td>
2469     </tr>
2470     <tr>
2471       <td>
2472         <div align="center">
2473           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2474         </div>
2475       </td>
2476       <td>
2477         <ul>
2478           <li>Multiple views on alignment
2479           <li>Sequence feature editing
2480           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2481           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2482           <li>Background dependent text colour
2483           <li>Right align sequence ids
2484           <li>User-defined lower case residue colours
2485           <li>Format Menu
2486           <li>Select Menu
2487           <li>Menu item accelerator keys
2488           <li>Control-V pastes to current alignment
2489           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2490           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2491           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2492
2493
2494
2495
2496
2497
2498           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2499         </ul>
2500       </td>
2501       <td>
2502         <ul>
2503           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2504           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2505             calculations
2506           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2507             edits
2508           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2509             of alignment)
2510           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2511
2512
2513
2514
2515
2516
2517           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2518             display correctly
2519           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2520           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2521             analysis results
2522           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2523             &#8739;
2524           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2525           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2526           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2527
2528
2529
2530
2531
2532
2533         </ul>
2534       </td>
2535     </tr>
2536     <tr>
2537       <td>
2538         <div align="center">
2539           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2540         </div>
2541       </td>
2542       <td>
2543         <ul>
2544           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2545         </ul>
2546       </td>
2547       <td>
2548         <ul>
2549           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2550             sequence id panel has been resized</li>
2551           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2552             rendered</li>
2553           <li>Annotation files with sequence references - all
2554             elements in file are relative to sequence position</li>
2555           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2556         </ul>
2557       </td>
2558     </tr>
2559     <tr>
2560       <td>
2561         <div align="center">
2562           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2563         </div>
2564       </td>
2565       <td>
2566         <ul>
2567           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2568           <li>DAS Feature fetching</li>
2569           <li>Hide sequences and columns</li>
2570           <li>Export Annotations and Features</li>
2571           <li>GFF file reading / writing</li>
2572           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2573             files</li>
2574           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2575           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2576           <li>Applet can launch the full application</li>
2577           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2578             required)</li>
2579           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2580           <li>Applet can load sequences from parameter
2581             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2582           </li>
2583         </ul>
2584       </td>
2585       <td>
2586         <ul>
2587           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2588           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2589           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2590         </ul>
2591       </td>
2592     </tr>
2593     <tr>
2594       <td>
2595         <div align="center">
2596           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2597         </div>
2598       </td>
2599       <td>
2600         <ul>
2601           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2602           <li>Choose to match case when searching</li>
2603           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2604             expand the visible width and height of the alignment</li>
2605         </ul>
2606       </td>
2607       <td>
2608         <ul>
2609           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2610         </ul>
2611       </td>
2612     </tr>
2613     <tr>
2614       <td>
2615         <div align="center">
2616           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2617         </div>
2618       </td>
2619       <td>&nbsp;</td>
2620       <td>
2621         <ul>
2622           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2623           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2624             value</li>
2625         </ul>
2626       </td>
2627     </tr>
2628     <tr>
2629       <td>
2630         <div align="center">
2631           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2632         </div>
2633       </td>
2634       <td>
2635         <ul>
2636           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2637           <li>Keyboard editing</li>
2638           <li>Create sequence features from searches</li>
2639           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2640             alignments</li>
2641           <li>Features file allows grouping of features</li>
2642           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2643           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2644           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2645         </ul>
2646       </td>
2647       <td>
2648         <ul>
2649           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2650           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2651             descriptions saved.</li>
2652         </ul>
2653       </td>
2654     </tr>
2655     <tr>
2656       <td>
2657         <div align="center">
2658           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2659         </div>
2660       </td>
2661       <td>
2662         <ul>
2663           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2664           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2665           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2666             name for file output</li>
2667           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2668           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2669             used for HTML form input</li>
2670         </ul>
2671       </td>
2672       <td>
2673         <ul>
2674           <li>HTML output writes groups and features</li>
2675           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2676           <li>File IO bugs</li>
2677         </ul>
2678       </td>
2679     </tr>
2680     <tr>
2681       <td>
2682         <div align="center">
2683           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2684         </div>
2685       </td>
2686       <td>
2687         <ul>
2688           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2689           <li>More options for PCA viewer</li>
2690         </ul>
2691       </td>
2692       <td>
2693         <ul>
2694           <li>GUI bugs resolved</li>
2695           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2696         </ul>
2697       </td>
2698     </tr>
2699     <tr>
2700       <td height="63">
2701         <div align="center">
2702           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2703         </div>
2704       </td>
2705       <td>
2706         <ul>
2707           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2708           <li>Jar files are executable</li>
2709           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2710         </ul>
2711       </td>
2712       <td>
2713         <ul>
2714           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2715           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2716           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2717         </ul>
2718       </td>
2719     </tr>
2720     <tr>
2721       <td>
2722         <div align="center">
2723           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2724         </div>
2725       </td>
2726       <td>
2727         <ul>
2728           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2729         </ul>
2730       </td>
2731       <td>
2732         <ul>
2733           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2734         </ul>
2735       </td>
2736     </tr>
2737     <tr>
2738       <td>
2739         <div align="center">
2740           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2741         </div>
2742       </td>
2743       <td>
2744         <ul>
2745           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2746             size</li>
2747         </ul>
2748       </td>
2749       <td>
2750         <ul>
2751           <li>Improved JPred client reliability</li>
2752           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2753         </ul>
2754       </td>
2755     </tr>
2756     <tr>
2757       <td>
2758         <div align="center">
2759           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2760         </div>
2761       </td>
2762       <td>
2763         <ul>
2764           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2765           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2766           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2767             to Colour Menu</li>
2768           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2769           <li>Unix users can set default web browser</li>
2770           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2771           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2772         </ul>
2773       </td>
2774       <td>
2775         <ul>
2776           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2777         </ul>
2778       </td>
2779     </tr>
2780     <tr>
2781       <td>
2782         <div align="center">
2783           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2784         </div>
2785       </td>
2786       <td>&nbsp;</td>
2787       <td>
2788         <ul>
2789           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2790             alignment order.</li>
2791         </ul>
2792       </td>
2793     </tr>
2794     <tr>
2795       <td>
2796         <div align="center">
2797           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2798         </div>
2799       </td>
2800       <td>
2801         <ul>
2802           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2803           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2804           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2805             annotations.</li>
2806           <li>Version and build date written to build properties
2807             file.</li>
2808           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2809             at launch of Jalview.</li>
2810         </ul>
2811       </td>
2812       <td>
2813         <ul>
2814           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2815           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2816           <li>Can remove groups one by one.</li>
2817           <li>Filechooser icons installed.</li>
2818           <li>Finder ignores return character when searching.
2819             Return key will initiate a search.<br>
2820           </li>
2821         </ul>
2822       </td>
2823     </tr>
2824     <tr>
2825       <td>
2826         <div align="center">
2827           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2828         </div>
2829       </td>
2830       <td>
2831         <ul>
2832           <li>New codebase</li>
2833         </ul>
2834       </td>
2835       <td>&nbsp;</td>
2836     </tr>
2837   </table>
2838   <p>&nbsp;</p>
2839 </body>
2840 </html>