help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
  51             <em>25/10/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><em>Application</em>
  55         <ul>
  56           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures' view if structures already loaded</li>
  57           <li>Progress bar reports models as they are loaded to structure views</li>
  58         </ul></td>
  59       <td>
  60         <div align="left">
  61           <em>Application</em>
  62           <ul>
  63             <li>Multiple structure views can be opened and superposed without timeout for structures with multiple models or multiple sequences in alignment</li>
  64             <li>Cannot import or associated local PDB files without a PDB ID HEADER line</li>
  65             <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition is performed</li>
  66             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and OSX versions earlier than El Capitan</li>
  67             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
  68             <li>Exceptions are not raised in console when ENA client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI option</li>
  69             <li>Exceptions are not raised in console when a new view is created on the alignment</li>
  70           </ul>
  71           <em>New Known Issues</em>
  72           <ul><li>Drag and drop from URL links in browsers do not work on Windows</li></ul>
  73           <em>Build and deployment</em>
  74           <ul><li>URL link checker now copes with multi-line anchor tags</li></ul>
  75         </div>
  76       </td>
  77     </tr>
  78     <tr>
  79       <td width="60" nowrap>
  80         <div align="center">
  81           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
  82         </div>
  83       </td>
  84       <td><em>General</em>
  85         <ul>
  86           <li>
  87           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
  91             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
  92             better PDB parsing.
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
  96             reference sequence
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 100             mousing over sequence associated annotation
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 104             for manual entry
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 108             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 109             for each column
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 113             showing or hiding columns containing a feature
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 117             group and sequence associated annotation labels
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 121             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 122             dialogs
 123           </li>
 124
 125         </ul> <em>Application</em>
 126         <ul>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 129             gene/transcript view
 130           </li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 133             dialog
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 137             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 138           </li>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 141             Pfam sources to xfam.org
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 148             over sequences in Jalview
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 152             regions in ENA and EMBL
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 156             for record retrieval via ENA rest API
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 160             complement operator
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 164             groovy script execution
 165           </li>
 166           <li>
 167             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 168             alignment window's Calculate menu
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 172             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 173           </li>
 174           <li>
 175             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 176             calculation workers from groovy scripts
 177           </li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 180             Jalview projects
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 184             associations are now saved/restored from project
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 188             before sequence fetcher is opened
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 192             database chooser opens a sequence fetcher
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 196             the UniProt REST API
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 200             the news reader opening
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 204             querying stored in preferences
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 208             search results
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 212           </li>
 213           <li>
 214             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 215             menu for nucleotide sequences
 216           </li>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 219             and feature counts preserves alignment ordering (and
 220             debugged for complex feature sets).
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 224             viewing structures with Jalview 2.10
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 228             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 229             Ensembl Genomes REST API
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 233             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 234             (Ensembl)
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 238             sequences
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 242             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 243             data from external database records.
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 247             efficient recovery of sequence coding and alignment
 248             annotation relationships.
 249           </li>
 250         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 251         <ul>
 252           <li>
 253             -- JAL---
 254           </li>
 255         </ul> --></td>
 256       <td>
 257         <div align="left">
 258           <em>General</em>
 259           <ul>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 262               menu on OSX
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 266               includes graduated colourschemes
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 270               working with big alignments and lots of hidden columns
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 274               at right of alignment window
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 278               contents
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 282               for DNA alignments
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 286               based tree calculation
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 290               unconserved enabled for group on alignment
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 294               set as reference
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 298               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 299               annotation
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 303               hidden columns present
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 307               user created annotation added to alignment
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 311               '()' base pair annotation
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 315               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 316               Consensus
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 320               feature not working
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 324               beginning of sequence
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 328               entry 3a6s
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 332               from a tree when t-coffee scores are shown
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 336               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 340               some structures
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 344               to Clustal, PIR and PileUp output
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 348               not visible causes alignment window to repaint
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 352               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 353               scores associated with features and annotation rows
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 357               calculation should be case independent
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 361               columns
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 365               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 366               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 370               problems when reference sequence defined and 'show
 371               non-conserved' enabled
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 375               load even when Consensus calculation is disabled
 376             </li>
 377           </ul>
 378           <em>Application</em>
 379           <ul>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 382               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 383               yet fixed for El Capitan)
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 387               output when running on non-gb/us i18n platforms
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 391               hidden sequences as flat-file alignment
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 395               launching Chimera
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 399               (also hotfix for 2.9.0b2)
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 403               reference sequence defined
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 407               alignments and views when revealing hidden columns
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 411               view in a cDNA/Protein splitframe
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 415               sequence from project when only one sequence is
 416               represented
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 420               in Structure Chooser
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 424               structure consensus didn't refresh annotation panel
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 428               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 432               dialogs format columns correctly, don't display array
 433               data, sort columns according to type
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 437               file chooser is cancelled during an image export
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 441               sequence name containing special characters
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 445               case insensitive
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 449               formatting don't wrap
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 453               truncated so L looks like I in consensus annotation
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 457               currently displayed features for the current selection or
 458               view
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 462               after fetching cross-references, and restoring from project
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 466               followed in the structure viewer
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 470               splitframe not restored from project
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 474               trailing end of protein alignment in transcript/product
 475               splitview when pad-gaps not enabled by default
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 479               is case dependent
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 483               article has been read (reopened issue due to
 484               internationalisation problems)
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 488               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 489               cross-references
 490             </li>
 491
 492             <li>
 493               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 494               alignment as HTML
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 498               multiple structures are shown for one or more sequences.
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 502               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 503               is enabled.
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 507               specific PDB id for sequence
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 511               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 512               columns' is disabled.
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 516               selects lowest rather than highest resolution structures
 517               for each sequence
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 521               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 522             </li>
 523             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 524             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 525           </ul>
 526           <em>Applet</em>
 527           <ul>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 530               hidden columns present before start of sequence
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 534               (JSON jars)
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 538               sequences are hidden in applet
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 542               deployment on examples pages.
 543             </li>
 544           </ul>
 545         </div>
 546       </td>
 547     </tr>
 548     <tr>
 549       <td width="60" nowrap>
 550         <div align="center">
 551           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 552             <em>16/10/2015</em></strong>
 553         </div>
 554       </td>
 555       <td><em>General</em>
 556         <ul>
 557           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 558             jars</li>
 559         </ul></td>
 560       <td>
 561         <div align="left">
 562           <em>Application</em>
 563           <ul>
 564             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 565               shown when tree is partitioned</li>
 566             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 567               multiple cDNA/Protein split views</li>
 568           </ul>
 569         </div>
 570       </td>
 571     </tr>
 572     <tr>
 573       <td width="60" nowrap>
 574         <div align="center">
 575           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 576             <em>8/10/2015</em></strong>
 577         </div>
 578       </td>
 579       <td><em>General</em>
 580         <ul>
 581           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 582             2.9</li>
 583         </ul> <em>Application</em>
 584         <ul>
 585           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 586           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 587           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 588         </ul> <em>Applet</em>
 589         <ul>
 590           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 591         </ul></td>
 592       <td>
 593         <div align="left">
 594           <em>General</em>
 595           <ul>
 596             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 597               incorrect when sequence start > 1</li>
 598             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 599               documentation</li>
 600             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 601             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 602               loading a features file containing HTML tags in feature
 603               description</li>
 604
 605           </ul>
 606           <em>Application</em>
 607           <ul>
 608             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 609               reimport</li>
 610             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 611               with 'trim retrieved sequences'</li>
 612             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 613               deleting selected columns</li>
 614             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 615               JNLP templates for webstart launch</li>
 616             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 617               unreleased structures for download or viewing</li>
 618             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 619               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 620             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 621               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 622             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 623               recovered from jalview project</li>
 624             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 625               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 626               alignment view</li>
 627             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 628               color schemes from BioJSON</li>
 629           </ul>
 630           <em>Applet</em>
 631           <ul>
 632             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 633               frame</li>
 634             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 635           </ul>
 636         </div>
 637       </td>
 638     </tr>
 639     <tr>
 640       <td><div align="center">
 641           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 642         </div></td>
 643       <td><em>General</em>
 644         <ul>
 645           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 646             alignments:
 647             <ul>
 648               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 649                 and DNA alignment views</li>
 650               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 651                 cDNA alignment views</li>
 652               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 653                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 654               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 655                 protein sequences</li>
 656             </ul>
 657           </li>
 658           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 659           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 660             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 661           <li>New alignment annotation file statements for
 662             reference sequences and marking hidden columns</li>
 663           <li>Reference sequence based alignment shading to
 664             highlight variation</li>
 665           <li>Select or hide columns according to alignment
 666             annotation</li>
 667           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 668           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 669             acid conservation row</li>
 670           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 671         </ul> <em>Application</em>
 672         <ul>
 673           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 674             <ul>
 675               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 676                 view with cDNA/Protein</li>
 677               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 678                 sequences are placed in the same alignment</li>
 679               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 680                 projects</li>
 681             </ul>
 682           </li>
 683
 684           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 685           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 686             Jalview windows</li>
 687
 688           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 689           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 690           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 691             be shown in VARNA</li>
 692
 693           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 694             as the active selected region</li>
 695
 696           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 697             similarity</li>
 698           <li>New Export options
 699             <ul>
 700               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 701                 region export in flat file generation</li>
 702
 703               <li>Export alignment views for display with the <a
 704                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 705
 706               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 707               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 708                 alignment figures to HTML</li>
 709           </li>
 710           <li>3D structure retrieval and display
 711             <ul>
 712               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 713                 Search API</li>
 714               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 715                 PDB structures for a sequence set</li>
 716             </ul>
 717           </li>
 718
 719           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 720             predictions</li>
 721           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 722             for one or a group of sequences</li>
 723           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 724             from the JPred4 web server</li>
 725           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 726             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 727             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 728           </li>
 729           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 730             VARNA 2D Structure'</li>
 731           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 732             Structure ..."</li>
 733
 734         </ul> <em>Applet</em>
 735         <ul>
 736           <li>New layout for applet example pages</li>
 737           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 738             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 739           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 740             Protein alignments</li>
 741         </ul> <em>Development and deployment</em>
 742         <ul>
 743           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 744           <li>Include installation type and git revision in build
 745             properties and console log output</li>
 746           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 747             storing BioJsMSA Templates</li>
 748           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 749         </ul></td>
 750       <td>
 751         <!-- <em>General</em>
 752         <ul>
 753         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 754         <ul>
 755           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 756           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 757           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 758             predictions are not highlighted in amber</li>
 759           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 760             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 761           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 762             associated structure views</li>
 763           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 764             width checkbox not enabled</li>
 765           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 766             creating user defined colours</li>
 767           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 768             mappings for just that viewer's sequences</li>
 769           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 770             multiple models in Chimera</li>
 771           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 772             over Jmol structure</li>
 773           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 774             output to text box</li>
 775           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 776             have incorrect sequence start/end</li>
 777           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 778             Jalview fails</li>
 779           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 780             work for nucleotide</li>
 781           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 782             to a grey/invisible alignment window</li>
 783           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 784             imports to different position</li>
 785           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 786             on some platforms</li>
 787           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 788             populated</li>
 789           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 790             console if Chimera has been opened</li>
 791           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 792           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 793             retrieved</li>
 794           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 795           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 796             either sequence shows on first structure</li>
 797           <li>'Show annotations' options should not make
 798             non-positional annotations visible</li>
 799           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 800             in right place after 'view flanking regions'</li>
 801           <li>File Save As type unset when current file format is
 802             unknown</li>
 803           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 804             projects</li>
 805           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 806             responsive</li>
 807           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 808             several views on same alignment</li>
 809           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 810           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 811             spaces</li>
 812         </ul> <em>Applet</em>
 813         <ul>
 814           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 815           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 816             descriptions containing angle brackets</li>
 817         </ul> <em>General</em>
 818         <ul>
 819           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 820             via jalview annotation file</li>
 821           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 822             with RNA secondary structure</li>
 823           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 824             translation doesn't work.</li>
 825           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 826           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 827             positions</li>
 828           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 829             choosing 1pt font</li>
 830           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 831             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 832             'h'</li>
 833           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 834             new feature</li>
 835           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 836             order dependent</li>
 837           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 838             sequences</li>
 839           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 840         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 841         <ul>
 842           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 843             www.jalview.org</li>
 844         </ul> <em>Application Known issues</em>
 845         <ul>
 846           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 847           <li>Misleading message appears after trying to delete
 848             solid column.</li>
 849           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 850             version launches</li>
 851           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 852             fails with a sequence mismatch</li>
 853           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 854             scrolling alignment to right</li>
 855           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 856             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 857           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 858             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 859           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 860             ultra-high resolution</li>
 861           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 862             quality and conservation</li>
 863           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 864             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 865         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 866         <ul>
 867           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 868           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 869             window is being resized</li>
 870
 871         </ul>
 872       </td>
 873     </tr>
 874     <tr>
 875       <td><div align="center">
 876           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 877         </div></td>
 878       <td><em>General</em>
 879         <ul>
 880           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 881             Certum.PL.</li>
 882           <li>Features and annotation preserved when performing
 883             pairwise alignment</li>
 884           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 885             imported/exported/displayed</li>
 886           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 887             protein secondary structure</li>
 888           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 889               post-hoc with 2.9 release</em>)
 890           </li>
 891
 892         </ul> <em>Application</em>
 893         <ul>
 894           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 895             with 3D structures</li>
 896           <li>Support for parsing RNAML</li>
 897           <li>Annotations menu for layout
 898             <ul>
 899               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 900               <li>place sequence annotation above/below alignment
 901                 annotation</li>
 902             </ul>
 903           <li>Output in Stockholm format</li>
 904           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 905             translation</li>
 906           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 907           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 908             shared between alignments</li>
 909           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 910             Jalview</li>
 911           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 912             all or current selection</li>
 913           <li>disorder and secondary structure predictions
 914             available as dataset annotation</li>
 915           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 916
 917
 918           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 919             alignments from Rfam</li>
 920           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 921
 922           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 923             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 924           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 925           <li>include installation type in build properties and
 926             console log output</li>
 927           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 928             annotation</li>
 929         </ul></td>
 930       <td>
 931         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 932         <ul>
 933           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 934             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 935           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 936             alignment</li>
 937           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 938           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 939           <li>Double click on sequence associated annotation
 940             selects only first column</li>
 941           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 942             leaves shown in tree</li>
 943           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 944             properly</li>
 945           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 946           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 947             screen and buttons not visible</li>
 948           <li>author list isn't updated if already written to
 949             Jalview properties</li>
 950           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 951             from database</li>
 952           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 953           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 954             browser search window</li>
 955           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 956             in feature settings dialog</li>
 957           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 958             desktop</li>
 959           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 960             pass validation</li>
 961           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 962             fit on screen</li>
 963           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 964             tooltip</li>
 965           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 966             defined user preset</li>
 967           <li>MSA web services warns user if they were launched
 968             with invalid input</li>
 969           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 970             Java 8</li>
 971           <li>
 972             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 973             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 974             created
 975           </li>
 976
 977         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 978                                 <ul>
 979                                 </ul> <em>General</em>
 980                                 <ul>
 981                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 982         <ul>
 983           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 984             memory allocation</li>
 985           <li>launchApp service doesn't automatically open
 986             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 987           <li>
 988             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 989             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 990             1.7_055 is available
 991           </li>
 992         </ul> <em>Application Known issues</em>
 993         <ul>
 994           <li>
 995             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 996             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 997             alignment to right
 998           </li>
 999           <li>
1000             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1001             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1002             with large number of ID
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1006             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1007             start/end
1008           </li>
1009           <li>
1010             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1011             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1012             structure tracks are rearranged
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1016             invalid rna structure positional highlighting does not
1017             highlight position of invalid base pairs
1018           </li>
1019           <li>
1020             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1021             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1022             project from alignment window file menu
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1026             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1027             structures
1028           </li>
1029           <li>
1030             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1031             colour by RNA Helices not enabled when user created
1032             annotation added to alignment
1033           </li>
1034           <li>
1035             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1036             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1037           </li>
1038         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1039         <ul>
1040           <li>
1041             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1042             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1046             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1047           </li>
1048
1049           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1050             when selected</li>
1051         </ul>
1052       </td>
1053     </tr>
1054     <tr>
1055       <td><div align="center">
1056           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1057         </div></td>
1058       <td>
1059         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1060         <em>General</em>
1061         <ul>
1062           <li>Internationalisation of user interface (usually
1063             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1064           <li>Define/Undefine group on current selection with
1065             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1066           <li>Improved group creation/removal options in
1067             alignment/sequence Popup menu</li>
1068           <li>Sensible precision for symbol distribution
1069             percentages shown in logo tooltip.</li>
1070           <li>Annotation panel height set according to amount of
1071             annotation when alignment first opened</li>
1072         </ul> <em>Application</em>
1073         <ul>
1074           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1075             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1076           <li>Select columns containing particular features from
1077             Feature Settings dialog</li>
1078           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1079             sequences</li>
1080           <li>Update Jalview project format:
1081             <ul>
1082               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1083               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1084                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1085               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1086                 colouring</li>
1087             </ul>
1088           </li>
1089           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1090             (PAM250)</li>
1091           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1092             flanking regions for an alignment</li>
1093         </ul>
1094       </td>
1095       <td>
1096         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1097         <ul>
1098           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1099             running after job is cancelled</li>
1100           <li>cannot export features from alignments imported from
1101             Jalview/VAMSAS projects</li>
1102           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1103             float values</li>
1104           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1105             have 'display all symbols' flag set</li>
1106           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1107             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1108           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1109             Jalview</li>
1110           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1111             Lion/Webstart</li>
1112           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1113           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1114           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1115             alignment onto desktop</li>
1116           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1117             'extract scores' function</li>
1118           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1119             alignment window</li>
1120           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1121             performing IUPred disorder prediction</li>
1122           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1123             changing 'normalise logo' display setting</li>
1124           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1125             nothing matches query</li>
1126           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1127             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1128           </li>
1129           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1130             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1131           </li>
1132           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1133             Jalview's menu</li>
1134           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1135             'invalid literal/length code'</li>
1136           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1137             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1138           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1139             colourscheme</li>
1140
1141         </ul> <em>Applet</em>
1142         <ul>
1143           <li>Remove group option is shown even when selection is
1144             not a group</li>
1145           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1146             don't affect groups</li>
1147           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1148             colourscheme name</li>
1149           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1150             Annotation panel is not displayed</li>
1151           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1152             embedded windows</li>
1153         </ul> <em>Other</em>
1154         <ul>
1155           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1156             single sequence were not calculated</li>
1157           <li>annotation files that contain only groups imported as
1158             annotation and junk sequences</li>
1159           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1160             recognised as PFAM or BLC</li>
1161           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1162             doesn't affect background (2.8.0b1)
1163           <li></li>
1164           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1165           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1166             trailing gaps</li>
1167           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1168             registered correctly on import</li>
1169           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1170             certain alignments</li>
1171           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1172             existing annotation based 'use original colours'
1173             colourscheme loses original colours setting</li>
1174         </ul>
1175       </td>
1176     </tr>
1177     <tr>
1178       <td><div align="center">
1179           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1180             <em>30/1/2014</em></strong>
1181         </div></td>
1182       <td>
1183         <ul>
1184           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1185             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1186             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1187             open source project).
1188           </li>
1189           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1190           </li>
1191           <li>Output in Stockholm format</li>
1192           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1193           <li>Export/import group and sequence associated line
1194             graph thresholds</li>
1195           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1196             ambiguity codes</li>
1197           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1198             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1199             works</li>
1200           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1201         </ul> <em>Other improvements</em>
1202         <ul>
1203           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1204           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1205             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1206           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1207             files</li>
1208           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1209           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1210             link but no description</li>
1211           <li>Select primary source when selecting authority in
1212             database fetcher GUI</li>
1213           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1214             Jalview</li>
1215           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1216         </ul>
1217       </td>
1218       <td>
1219         <ul>
1220           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1221             displayed</li>
1222           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1223             secondary structure annotation line</li>
1224           <li>Sequence database accessions not imported when
1225             fetching alignments from Rfam</li>
1226           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1227             identical IDs</li>
1228           <li>View all structures does not always superpose
1229             structures</li>
1230           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1231             reflect user or preset settings</li>
1232           <li>Null pointer exceptions for some services without
1233             presets or adjustable parameters</li>
1234           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1235             discover PDB xRefs</li>
1236           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1237             features with DAS</li>
1238           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1239             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1240           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1241             residue follows a gap</li>
1242           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1243             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1244           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1245             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1246           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1247             annotation already exists on alignment</li>
1248           <li>oninit javascript function should be called after
1249             initialisation completes</li>
1250           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1251             alignment window display</li>
1252           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1253           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1254             to annotation file</li>
1255           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1256             groups created</li>
1257           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1258             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1259           <li>Pressing return several times causes Number Format
1260             exceptions in keyboard mode</li>
1261           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1262             correct partitions for input data</li>
1263           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1264           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1265           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1266           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1267             mode</li>
1268           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1269             changes one row&#39;s threshold</li>
1270           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1271             doesn&#39;t open</li>
1272           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1273             quality histograms</li>
1274         </ul>
1275       </td>
1276     </tr>
1277     <tr>
1278       <td><div align="center">
1279           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1280         </div></td>
1281       <td><em>Application</em>
1282         <ul>
1283           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1284             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1285           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1286             preferences</li>
1287           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1288             in Jalview alignment window</li>
1289           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1290             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1291           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1292             RNA and ambiguity codes</li>
1293
1294           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1295           <li>Support fetching and database reference look up
1296             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1297             refs')</li>
1298           <li>Jalview project improvements
1299             <ul>
1300               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1301                 flag for annotation</li>
1302               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1303                 alignment</li>
1304               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1305                 Jalview project</li>
1306
1307             </ul>
1308           </li>
1309           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1310           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1311             running</li>
1312           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1313           <li>visual indication that web service results are still
1314             being retrieved from server</li>
1315           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1316             starts up for first time</li>
1317           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1318             services</li>
1319           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1320             client library</li>
1321           <li>Examples directory and Groovy library included in
1322             InstallAnywhere distribution</li>
1323         </ul> <em>Applet</em>
1324         <ul>
1325           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1326             visualization applet example</li>
1327         </ul> <em>General</em>
1328         <ul>
1329           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1330           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1331             defaults</li>
1332           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1333             calculation</li>
1334           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1335             matrices
1336           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1337             in HTML</li>
1338           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1339             structure contacts</li>
1340           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1341           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1342           <li>Parse sequence associated secondary structure
1343             information in Stockholm files</li>
1344           <li>HTML Export database accessions and annotation
1345             information presented in tooltip for sequences</li>
1346           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1347             style RNA alignment files</li>
1348           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1349             alignment</li>
1350           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1351             shade each sequence according to its associated alignment
1352             annotation</li>
1353           <li>New Jalview Logo</li>
1354         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1355         <ul>
1356           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1357           <li>New Website!</li>
1358         </ul></td>
1359       <td><em>Application</em>
1360         <ul>
1361           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1362             wsdbfetch REST service</li>
1363           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1364           <li>Filetype associations not installed for webstart
1365             launch</li>
1366           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1367             job execution in full once it is complete</li>
1368           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1369             uploaded via ali_file parameter</li>
1370           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1371           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1372           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1373             submitted for prediction</li>
1374           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1375             desktop window</li>
1376           <li>Putting fractional value into integer text box in
1377             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1378           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1379             windows 7</li>
1380           <li>View all structures fails with exception shown in
1381             structure view</li>
1382           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1383             escaped in a platform independent way</li>
1384           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1385             using proxy</li>
1386           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1387             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1388           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1389             failure when java web start temporary file caching is
1390             disabled</li>
1391           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1392             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1393           <li>Errors during processing of command line arguments
1394             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1395           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1396             DAS sources in sequence fetcher</li>
1397           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1398             dialog is shown</li>
1399           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1400           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1401           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1402           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1403             on OSX Mountain Lion</li>
1404           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1405             sequences with alignment annotation are pasted into the
1406             alignment</li>
1407           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1408             when loaded from Jalview project</li>
1409           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1410           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1411             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1412           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1413             associated with all views</li>
1414           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1415             annotation rows to new window</li>
1416         </ul> <em>Applet</em>
1417         <ul>
1418           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1419             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1420           <li>loading features via javascript API automatically
1421             enables feature display</li>
1422           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1423             work</li>
1424         </ul> <em>General</em>
1425         <ul>
1426           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1427           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1428             and then deselected</li>
1429           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1430           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1431             coloured with clustalx</li>
1432           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1433             exceptions and redraw errors</li>
1434           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1435             reconfigured view</li>
1436           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1437             colour</li>
1438           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1439             for lots of labels</li>
1440         </ul>
1441     </tr>
1442     <tr>
1443       <td>
1444         <div align="center">
1445           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1446         </div>
1447       </td>
1448       <td><em>Application</em>
1449         <ul>
1450           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1451           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1452           <li>View/alignment association menu to enable user to
1453             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1454             its colours/correspondences from</li>
1455           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1456           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1457             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1458           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1459           <li>Annotation row column label formatting attributes
1460             stored in project file</li>
1461           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1462             rows preserved in Jalview project file</li>
1463           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1464             saved using Desktop window menu</li>
1465           <li>Visual indication that command line arguments are
1466             still being processed</li>
1467           <li>Groovy script execution from URL</li>
1468           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1469             preferences</li>
1470           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1471             alignment with sequences that have high similarity and
1472             matching IDs</li>
1473           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1474           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1475             structures in same window</li>
1476           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1477           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1478             analysis function in its own submenu</li>
1479         </ul> <em>Applet</em>
1480         <ul>
1481           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1482             groups</li>
1483           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1484           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1485           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1486           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1487           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1488             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1489           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1490           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1491             parameters are treated as such</li>
1492           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1493             <ul>
1494               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1495               <li>Javascript callbacks for
1496                 <ul>
1497                   <li>Applet initialisation</li>
1498                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1499                 </ul>
1500               </li>
1501               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1502                 functions</li>
1503               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1504               <li>javascript structure viewer harness to pass
1505                 messages between Jmol and Jalview when running as
1506                 distinct applets</li>
1507               <li>sortBy method</li>
1508               <li>Set of applet and application examples shipped
1509                 with documentation</li>
1510               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1511                 javascript message exchange</li>
1512             </ul>
1513         </ul> <em>General</em>
1514         <ul>
1515           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1516             multiple alignments</li>
1517           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1518           <li>User configurable link to enable redirects to a
1519             www.Jalview.org mirror</li>
1520           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1521           <li>Configurable newline string when writing alignment
1522             and other flat files</li>
1523           <li>Allow alignment annotation description lines to
1524             contain html tags</li>
1525         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1526         <ul>
1527           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1528             examples</li>
1529           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1530             using a web service before displaying the result in the
1531             Jalview desktop</li>
1532           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1533           <li>Ant target to publish example html files with applet
1534             archive</li>
1535           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1536           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1537         </ul></td>
1538       <td><em>Application</em>
1539         <ul>
1540           <li>User defined colourscheme throws exception when
1541             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1542           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1543             dialog for valid filename/format</li>
1544           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1545           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1546             P37173</li>
1547           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1548             which sequence is to be associated with the file</li>
1549           <li>Find All raises null pointer exception when query
1550             only matches sequence IDs</li>
1551           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1552           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1553             2.4 cannot be loaded</li>
1554           <li>Filetype associations not installed for webstart
1555             launch</li>
1556           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1557             with sequences in different alignments do not get coloured
1558             by their associated sequence</li>
1559           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1560             not preserved when project is loaded</li>
1561           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1562             stored in Jalview project</li>
1563           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1564             Jalview project</li>
1565           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1566           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1567             by conservation</li>
1568           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1569             created on new view</li>
1570           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1571             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1572           <li>Alignment quality not updated after alignment
1573             annotation row is hidden then shown</li>
1574           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1575             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1576           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1577             properly</li>
1578           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1579             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1580           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1581           <li>Structures imported from file and saved in project
1582             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1583           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1584             job execution in full once it is complete</li>
1585         </ul> <em>Applet</em>
1586         <ul>
1587           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1588             annotation rows are displayed</li>
1589           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1590             codebase</li>
1591           <li>View follows highlighting does not work for positions
1592             in sequences</li>
1593           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1594           <li>Export features raises exception when no features
1595             exist</li>
1596           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1597             for javascript api is modified when separator string
1598             provided as parameter</li>
1599           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1600             alignment with no existing selection</li>
1601           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1602             to applet&#39;s codebase</li>
1603           <li>Status bar not updated after finished searching and
1604             search wraps around to first result</li>
1605           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1606             several Jalview applets causes race conditions and memory
1607             leaks</li>
1608           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1609             not sent from Jmol in applet</li>
1610           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1611             applet API fatally hang browser</li>
1612         </ul> <em>General</em>
1613         <ul>
1614           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1615             position with wrapped view and hidden regions</li>
1616           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1617             with/without hidden columns</li>
1618           <li>Sequence length given in alignment properties window
1619             is off by 1</li>
1620           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1621             import PDB like structure files</li>
1622           <li>Positional search results are only highlighted
1623             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1624           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1625           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1626             given sequence position</li>
1627           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1628             output</li>
1629           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1630             from nucleotide chains correctly</li>
1631           <li>Structure colours not updated when tree partition
1632             changed in alignment</li>
1633           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1634             parsed in interleaved stockholm</li>
1635           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1636             state</li>
1637           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1638             properly</li>
1639           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1640             properly associated with their pdb files</li>
1641         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1642         <ul>
1643           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1644             ApplyCopyright tool</li>
1645         </ul></td>
1646     </tr>
1647     <tr>
1648       <td>
1649         <div align="center">
1650           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1651         </div>
1652       </td>
1653       <td><em>Application</em>
1654         <ul>
1655           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1656             contact web services</li>
1657           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1658             service job window</li>
1659           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1660         </ul></td>
1661       <td>
1662         <ul>
1663           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1664             pir file emitted by Jalview</li>
1665           <li>Existing feature settings transferred to new
1666             alignment view created from cut'n'paste</li>
1667           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1668             parsing PDB files</li>
1669           <li>Consensus and conservation annotation rows
1670             occasionally become blank for all new windows</li>
1671           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1672             in wrapped view mode</li>
1673         </ul> <em>Application</em>
1674         <ul>
1675           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1676             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1677           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1678             parameter names</li>
1679           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1680             is down</li>
1681         </ul>
1682       </td>
1683     </tr>
1684     <tr>
1685       <td>
1686         <div align="center">
1687           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1688         </div>
1689       </td>
1690       <td><em>Application</em>
1691         <ul>
1692           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1693             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1694             (JABAWS)
1695           </li>
1696           <li>Web Services preference tab</li>
1697           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1698             preferences</li>
1699           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1700           <li>Superpose structures using associated sequence
1701             alignment</li>
1702           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1703             viewer</li>
1704         </ul> <em>Applet</em>
1705         <ul>
1706           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1707             link out mechanism</li>
1708         </ul> <em>Other</em>
1709         <ul>
1710           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1711             series 12</li>
1712           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1713             require Java 1.5</li>
1714           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1715             sequence annotation files</li>
1716           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1717             type colour specification</li>
1718           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1719             script to check if it being run in an interactive session or
1720             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1721         </ul></td>
1722       <td>
1723         <ul>
1724           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1725             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1726         </ul> <em>Application</em>
1727         <ul>
1728           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1729             selected Regions menu item</li>
1730           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1731             part of a valid accession ID</li>
1732           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1733             runs out of memory</li>
1734           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1735             analysis results</li>
1736           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1737             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1738           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1739         </ul> <em>Applet</em>
1740         <ul>
1741           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1742             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1743             defined.</li>
1744         </ul>
1745       </td>
1746     </tr>
1747     <tr>
1748       <td>
1749         <div align="center">
1750           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1751         </div>
1752       </td>
1753       <td></td>
1754       <td>
1755         <ul>
1756           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1757             sequence IDs</li>
1758           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1759             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1760           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1761             import correctly</li>
1762           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1763             number of columns are hidden</li>
1764           <li>annotation label popup menu not providing correct
1765             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1766             present</li>
1767           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1768             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1769           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1770             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1771
1772         </ul> <em>Applet</em>
1773         <ul>
1774           <li>annotation panel disappears when annotation is
1775             hidden/removed</li>
1776         </ul> <em>Application</em>
1777         <ul>
1778           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1779             alignment opened where annotation panel is visible but no
1780             annotations are present on alignment</li>
1781           <li>pasted region containing hidden columns is
1782             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1783           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1784             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1785           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1786             selected Rregions menu item.</li>
1787           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1788             'Un' or 'Non'conserved</li>
1789           <li>Sequence feature settings are being shared by
1790             multiple distinct alignments</li>
1791           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1792             changed</li>
1793           <li>double click on group annotation to select sequences
1794             does not propagate to associated trees</li>
1795           <li>Mac OSX specific issues:
1796             <ul>
1797               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1798                 window background</li>
1799               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1800                 name set correctly</li>
1801               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1802                 save feature colourscheme button</li>
1803             </ul>
1804           </li>
1805         </ul>
1806       </td>
1807     </tr>
1808     <tr>
1809
1810       <td>
1811         <div align="center">
1812           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1813         </div>
1814       </td>
1815       <td><em>New Capabilities</em>
1816         <ul>
1817           <li>URL links generated from description line for
1818             regular-expression based URL links (applet and application)
1819
1820
1821
1822
1823
1824
1825           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1826             menu</li>
1827           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1828             structures</li>
1829           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1830             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1831           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1832             average score or total feature count for each sequence.</li>
1833           <li>Shading features by score or associated description</li>
1834           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1835             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1836           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1837             hide everything but the currently selected region.</li>
1838           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1839         </ul> <em>Application</em>
1840         <ul>
1841           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1842             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1843           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1844             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1845           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1846             database references and protein_name is parsed as
1847             description line (BioSapiens terms).</li>
1848           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1849             references in sequence ID tooltip from View menu in
1850             application.</li>
1851           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1852                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1853           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1854             conservation plots</li>
1855           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1856             and visualized as sequence logos</li>
1857           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1858             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1859           </li>
1860           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1861             when a new tree is opened.</li>
1862           <li>Jalview Java Console</li>
1863           <li>Better placement of desktop window when moving
1864             between different screens.</li>
1865           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1866             consensus annotation</li>
1867           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1868             Workflows</li>
1869           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1870             <ul>
1871               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1872                 used to preserve views, structures, and tree display
1873                 settings)</li>
1874               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1875                 command line</li>
1876               <li>Sharing of selected regions between views and
1877                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1878               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1879             </ul></li>
1880         </ul> <em>Applet</em>
1881         <ul>
1882           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1883           <li>New Parameters
1884             <ul>
1885               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1886                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1887                 opened.</li>
1888               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1889                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1890               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1891                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1892               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1893                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1894                 view</li>
1895               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1896                 increase the height or width of a cell in the alignment
1897                 grid relative to the current font size.</li>
1898             </ul>
1899           </li>
1900           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1901             tooltip</li>
1902         </ul> <em>Other</em>
1903         <ul>
1904           <li>Features format: graduated colour definitions and
1905             specification of feature scores</li>
1906           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1907             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1908             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1909           <li>XML formats extended to support graduated feature
1910             colourschemes, group associated annotation, and profile
1911             visualization settings.</li></td>
1912       <td>
1913         <ul>
1914           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1915             rather than description</li>
1916           <li>Non-positional features are now included in sequence
1917             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1918             visibility in tooltip).</li>
1919           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1920           <li>Added URL embedding instructions to features file
1921             documentation.</li>
1922           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1923             'X' in peptide product</li>
1924           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1925             sequence ID and sequence string and query strings do not
1926             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1927           <li>AMSA files only contain first column of
1928             multi-character column annotation labels</li>
1929           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1930             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1931             exported and re-imported)</li>
1932           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1933             name</li>
1934           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1935             as subsequence matches, and correctly reports total number
1936             of both.</li>
1937           <li>Application:
1938             <ul>
1939               <li>Better handling of exceptions during sequence
1940                 retrieval</li>
1941               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1942                 link text excludes the start_end suffix</li>
1943               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1944                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1945               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1946               <li>Sequence description lines properly shared via
1947                 VAMSAS</li>
1948               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1949                 data sources</li>
1950               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1951                 completes before alignment figures are generated.</li>
1952               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1953                 first time.</li>
1954               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1955                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1956               <li>User defined group colours properly recovered
1957                 from Jalview projects.</li>
1958             </ul>
1959           </li>
1960         </ul>
1961       </td>
1962
1963     </tr>
1964     <tr>
1965       <td>
1966         <div align="center">
1967           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1968         </div>
1969       </td>
1970       <td>
1971         <ul>
1972           <li>Experimental support for google analytics usage
1973             tracking.</li>
1974           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1975         </ul>
1976       </td>
1977       <td>
1978         <ul>
1979           <li>Race condition in applet preventing startup in
1980             jre1.6.0u12+.</li>
1981           <li>Exception when feature created from selection beyond
1982             length of sequence.</li>
1983           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1984           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1985             all sequences with a given id</li>
1986           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1987             ID string searches</li>
1988           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1989             alignment to fail with exception</li>
1990         </ul> <em>Application Issues</em>
1991         <ul>
1992           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1993           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1994             data sources</li>
1995         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1996         <ul>
1997           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1998             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1999           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2000             version (java class versioning error fixed)</li>
2001         </ul>
2002       </td>
2003     </tr>
2004     <tr>
2005       <td>
2006
2007         <div align="center">
2008           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2009         </div>
2010       </td>
2011       <td><em>User Interface</em>
2012         <ul>
2013           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2014             translation and protein products</li>
2015           <li>Linked highlighting of structure associated with
2016             residue mapping to codon position</li>
2017           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2018             and 'clear' button</li>
2019           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2020             Tools menu</li>
2021           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2022             numeric data in description line</li>
2023           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2024           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2025             of sequence</li>
2026         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2027         <ul>
2028           <li>JPred3 web service</li>
2029           <li>Prototype sequence search client (no public services
2030             available yet)</li>
2031           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2032             PFAM</li>
2033           <li>URL Links created for matching database cross
2034             references as well as sequence ID</li>
2035           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2036         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2037         <ul>
2038           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2039             databases</li>
2040           <li>Generalised database reference retrieval and
2041             validation to all fetchable databases</li>
2042           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2043             sequence command</li>
2044         </ul> <em>Import and Export</em>
2045         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2046         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2047           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2048         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2049           File</li>
2050         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2051           triplet as name of colourscheme</li>
2052         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2053         <ul>
2054           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2055           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2056             alignments (experimental)</li>
2057           <li>Create new or select existing session to join</li>
2058           <li>load and save of vamsas documents</li>
2059         </ul> <em>Application command line</em>
2060         <ul>
2061           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2062             from applet)</li>
2063           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2064             of DAS servers to query for alignment features</li>
2065           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2066             that are also automatically queried for features</li>
2067           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2068             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2069         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2070         <ul>
2071           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2072             application (when using &quot;View in full
2073             application&quot;)</li>
2074         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2075         <ul>
2076           <li>feature group display control parameter</li>
2077           <li>debug parameter</li>
2078           <li>showbutton parameter</li>
2079         </ul> <em>Applet API methods</em>
2080         <ul>
2081           <li>newView public method</li>
2082           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2083           <li>Feature display control methods</li>
2084           <li>get list of currently selected sequences</li>
2085         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2086         <ul>
2087           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2088           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2089             Jalview release.</li>
2090           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2091             property controls execution of obfuscator</li>
2092           <li>Build target for generating source distribution</li>
2093           <li>Debug flag for javacc</li>
2094           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2095             jalview.bin.Cache</li>
2096           <li>Continuous Build Integration for stable and
2097             development version of Application, Applet and source
2098             distribution</li>
2099         </ul></td>
2100       <td>
2101         <ul>
2102           <li>selected region output includes visible annotations
2103             (for certain formats)</li>
2104           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2105             for editing</li>
2106           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2107           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2108           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2109           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2110             comments</li>
2111           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2112             filenames containing a ':'</li>
2113           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2114             global sequence features</li>
2115           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2116             references from alignment sequences goes to zero</li>
2117           <li>Close of tree branch colour box without colour
2118             selection causes cascading exceptions</li>
2119           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2120           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2121             file parsing fails.</li>
2122           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2123           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2124             not a valid output format</li>
2125           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2126             vamsas</li>
2127           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2128           <li>error messages passed up and output when data read
2129             fails</li>
2130           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2131             sequence is edited</li>
2132           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2133             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2134           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2135             filetype</li>
2136           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2137             import fixed for PFAM records</li>
2138           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2139             window list</li>
2140           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2141             can be read and written correctly to annotation file</li>
2142           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2143             correctly</li>
2144           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2145             non-italic font for representatives in Applet</li>
2146           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2147             Macs.</li>
2148           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2149             Applet)</li>
2150           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2151             due to null pointer exceptions</li>
2152           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2153             first column of alignment</li>
2154           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2155             July 2008</li>
2156           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2157             file is case-insensitive</li>
2158           <li>Sequence features read from Features file appended to
2159             all sequences with matching IDs</li>
2160           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2161             containing a sub-sequence</li>
2162           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2163           <li>feature and annotation file applet parameters
2164             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2165           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2166           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2167             splash-screen version check to complete</li>
2168           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2169             when passing them to the launchApp service</li>
2170           <li>display name and local features preserved in results
2171             retrieved from web service</li>
2172           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2173             sequence fetcher initialisation</li>
2174           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2175             dasobert DAS client</li>
2176           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2177             association</li>
2178           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2179             sequences
2180           </li>
2181         </ul>
2182       </td>
2183     </tr>
2184     <tr>
2185       <td>
2186         <div align="center">
2187           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2188         </div>
2189       </td>
2190       <td>
2191         <ul>
2192           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2193           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2194           <li>Slide sequences</li>
2195           <li>Edit sequence in place</li>
2196           <li>EMBL CDS features</li>
2197           <li>DAS Feature mapping</li>
2198           <li>Feature ordering</li>
2199           <li>Alignment Properties</li>
2200           <li>Annotation Scores</li>
2201           <li>Sort by scores</li>
2202           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2203         </ul>
2204       </td>
2205       <td>
2206         <ul>
2207           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2208           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2209           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2210           <li>Feature group display state in XML</li>
2211           <li>Feature ordering in XML</li>
2212           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2213           <li>Stockholm alignment properties</li>
2214           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2215           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2216           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2217           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2218         </ul>
2219       </td>
2220
2221     </tr>
2222     <tr>
2223       <td>
2224         <div align="center">
2225           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2226         </div>
2227       </td>
2228       <td>
2229         <ul>
2230           <li>Non standard characters can be read and displayed
2231           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2232             applet via textbox
2233           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2234             name &amp; description
2235           <li>Preference setting to display sequence name in
2236             italics
2237           <li>Annotation file format extended to allow
2238             Sequence_groups to be defined
2239           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2240             specified in preferences
2241           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2242             sequences
2243         </ul>
2244       </td>
2245       <td>
2246         <ul>
2247           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2248             installed
2249           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2250           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2251         </ul>
2252       </td>
2253     </tr>
2254     <tr>
2255       <td>
2256         <div align="center">
2257           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2258         </div>
2259       </td>
2260       <td>
2261         <ul>
2262           <li>Multiple views on alignment
2263           <li>Sequence feature editing
2264           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2265           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2266           <li>Background dependent text colour
2267           <li>Right align sequence ids
2268           <li>User-defined lower case residue colours
2269           <li>Format Menu
2270           <li>Select Menu
2271           <li>Menu item accelerator keys
2272           <li>Control-V pastes to current alignment
2273           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2274           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2275           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2276
2277
2278
2279
2280
2281
2282           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2283         </ul>
2284       </td>
2285       <td>
2286         <ul>
2287           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2288           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2289             calculations
2290           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2291             edits
2292           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2293             of alignment)
2294           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2295
2296
2297
2298
2299
2300
2301           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2302             display correctly
2303           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2304           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2305             analysis results
2306           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2307             &#8739;
2308           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2309           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2310           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2311
2312
2313
2314
2315
2316
2317         </ul>
2318       </td>
2319     </tr>
2320     <tr>
2321       <td>
2322         <div align="center">
2323           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2324         </div>
2325       </td>
2326       <td>
2327         <ul>
2328           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2329         </ul>
2330       </td>
2331       <td>
2332         <ul>
2333           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2334             sequence id panel has been resized</li>
2335           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2336             rendered</li>
2337           <li>Annotation files with sequence references - all
2338             elements in file are relative to sequence position</li>
2339           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2340         </ul>
2341       </td>
2342     </tr>
2343     <tr>
2344       <td>
2345         <div align="center">
2346           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2347         </div>
2348       </td>
2349       <td>
2350         <ul>
2351           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2352           <li>DAS Feature fetching</li>
2353           <li>Hide sequences and columns</li>
2354           <li>Export Annotations and Features</li>
2355           <li>GFF file reading / writing</li>
2356           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2357             files</li>
2358           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2359           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2360           <li>Applet can launch the full application</li>
2361           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2362             required)</li>
2363           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2364           <li>Applet can load sequences from parameter
2365             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2366           </li>
2367         </ul>
2368       </td>
2369       <td>
2370         <ul>
2371           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2372           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2373           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2374         </ul>
2375       </td>
2376     </tr>
2377     <tr>
2378       <td>
2379         <div align="center">
2380           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2381         </div>
2382       </td>
2383       <td>
2384         <ul>
2385           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2386           <li>Choose to match case when searching</li>
2387           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2388             expand the visible width and height of the alignment</li>
2389         </ul>
2390       </td>
2391       <td>
2392         <ul>
2393           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2394         </ul>
2395       </td>
2396     </tr>
2397     <tr>
2398       <td>
2399         <div align="center">
2400           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2401         </div>
2402       </td>
2403       <td>&nbsp;</td>
2404       <td>
2405         <ul>
2406           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2407           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2408             value</li>
2409         </ul>
2410       </td>
2411     </tr>
2412     <tr>
2413       <td>
2414         <div align="center">
2415           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2416         </div>
2417       </td>
2418       <td>
2419         <ul>
2420           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2421           <li>Keyboard editing</li>
2422           <li>Create sequence features from searches</li>
2423           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2424             alignments</li>
2425           <li>Features file allows grouping of features</li>
2426           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2427           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2428           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2429         </ul>
2430       </td>
2431       <td>
2432         <ul>
2433           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2434           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2435             descriptions saved.</li>
2436         </ul>
2437       </td>
2438     </tr>
2439     <tr>
2440       <td>
2441         <div align="center">
2442           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2443         </div>
2444       </td>
2445       <td>
2446         <ul>
2447           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2448           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2449           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2450             name for file output</li>
2451           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2452           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2453             used for HTML form input</li>
2454         </ul>
2455       </td>
2456       <td>
2457         <ul>
2458           <li>HTML output writes groups and features</li>
2459           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2460           <li>File IO bugs</li>
2461         </ul>
2462       </td>
2463     </tr>
2464     <tr>
2465       <td>
2466         <div align="center">
2467           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2468         </div>
2469       </td>
2470       <td>
2471         <ul>
2472           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2473           <li>More options for PCA viewer</li>
2474         </ul>
2475       </td>
2476       <td>
2477         <ul>
2478           <li>GUI bugs resolved</li>
2479           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2480         </ul>
2481       </td>
2482     </tr>
2483     <tr>
2484       <td height="63">
2485         <div align="center">
2486           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2487         </div>
2488       </td>
2489       <td>
2490         <ul>
2491           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2492           <li>Jar files are executable</li>
2493           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2494         </ul>
2495       </td>
2496       <td>
2497         <ul>
2498           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2499           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2500           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2501         </ul>
2502       </td>
2503     </tr>
2504     <tr>
2505       <td>
2506         <div align="center">
2507           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2508         </div>
2509       </td>
2510       <td>
2511         <ul>
2512           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2513         </ul>
2514       </td>
2515       <td>
2516         <ul>
2517           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2518         </ul>
2519       </td>
2520     </tr>
2521     <tr>
2522       <td>
2523         <div align="center">
2524           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2525         </div>
2526       </td>
2527       <td>
2528         <ul>
2529           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2530             size</li>
2531         </ul>
2532       </td>
2533       <td>
2534         <ul>
2535           <li>Improved JPred client reliability</li>
2536           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2537         </ul>
2538       </td>
2539     </tr>
2540     <tr>
2541       <td>
2542         <div align="center">
2543           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2544         </div>
2545       </td>
2546       <td>
2547         <ul>
2548           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2549           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2550           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2551             to Colour Menu</li>
2552           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2553           <li>Unix users can set default web browser</li>
2554           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2555           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2556         </ul>
2557       </td>
2558       <td>
2559         <ul>
2560           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2561         </ul>
2562       </td>
2563     </tr>
2564     <tr>
2565       <td>
2566         <div align="center">
2567           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2568         </div>
2569       </td>
2570       <td>&nbsp;</td>
2571       <td>
2572         <ul>
2573           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2574             alignment order.</li>
2575         </ul>
2576       </td>
2577     </tr>
2578     <tr>
2579       <td>
2580         <div align="center">
2581           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2582         </div>
2583       </td>
2584       <td>
2585         <ul>
2586           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2587           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2588           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2589             annotations.</li>
2590           <li>Version and build date written to build properties
2591             file.</li>
2592           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2593             at launch of Jalview.</li>
2594         </ul>
2595       </td>
2596       <td>
2597         <ul>
2598           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2599           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2600           <li>Can remove groups one by one.</li>
2601           <li>Filechooser icons installed.</li>
2602           <li>Finder ignores return character when searching.
2603             Return key will initiate a search.<br>
2604           </li>
2605         </ul>
2606       </td>
2607     </tr>
2608     <tr>
2609       <td>
2610         <div align="center">
2611           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2612         </div>
2613       </td>
2614       <td>
2615         <ul>
2616           <li>New codebase</li>
2617         </ul>
2618       </td>
2619       <td>&nbsp;</td>
2620     </tr>
2621   </table>
2622   <p>&nbsp;</p>
2623 </body>
2624 </html>