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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
  51             <em>6/10/2015</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td>
  55       <em>General</em>
  56       <ul>
  57             <li>Updated Spanish translations of localized text for 2.9</li>
  58       </ul>
  59       <em>Application</em><ul>
  60       <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
  61       <li>Signed OSX InstallAnywhere installer</li></ul>
  62         <em>Applet</em>
  63         <ul><li>Split frame example added to applet examples page</li>
  64             </ul>
  65       </td>
  66       <td>
  67         <div align="left">
  68         <em>General</em>
  69           <ul>
  70             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames incorrect when sequence start > 1</li>
  71             <li>Fix broken images in filter column by annotation dialog documentation</li>
  72             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
  73             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when loading a features file containing HTML tags in feature description</li>
  74
  75           </ul>
  76       <em>Application</em><ul>
  77             <li>Annotations corrupted after BioJS export and reimport</li>
  78             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References with 'trim retrieved sequences'</li>
  79             <li>Incorrect warning about deleting all data when deleting selected columns</li>
  80             <li>Patch to build system for shipping properly signed JNLP templates for webstart launch</li>
  81             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer unreleased structures for download or viewing</li>
  82             <li></li>
  83             </ul>
  84       <em>Applet</em><ul>
  85             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split frame</li>
  86             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
  87             </ul>
  88         </div>
  89       </td>
  90     </tr>
  91     <tr>
  92       <td><div align="center">
  93           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
  94         </div></td>
  95       <td><em>General</em>
  96         <ul>
  97           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
  98             alignments:
  99             <ul>
 100               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 101                 and DNA alignment views</li>
 102               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 103                 cDNA alignment views</li>
 104               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 105                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 106               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 107                 protein sequences</li>
 108             </ul>
 109           </li>
 110           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 111           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 112             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 113           <li>New alignment annotation file statements for
 114             reference sequences and marking hidden columns</li>
 115           <li>Reference sequence based alignment shading to
 116             highlight variation</li>
 117           <li>Select or hide columns according to alignment
 118             annotation</li>
 119           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 120           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 121             acid conservation row</li>
 122           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 123         </ul> <em>Application</em>
 124         <ul>
 125           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 126             <ul>
 127               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 128                 view with cDNA/Protein</li>
 129               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 130                 sequences are placed in the same alignment</li>
 131               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 132                 projects</li>
 133             </ul>
 134           </li>
 135
 136           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 137           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 138             Jalview windows</li>
 139
 140           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 141           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 142           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 143             be shown in VARNA</li>
 144
 145           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 146             as the active selected region</li>
 147
 148           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 149             similarity</li>
 150           <li>New Export options
 151             <ul>
 152               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 153                 region export in flat file generation</li>
 154
 155               <li>Export alignment views for display with the <a
 156                 href="http://biojs.io/d/msa">BioJS MSAViewer</a></li>
 157
 158               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 159               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 160                 alignment figures to HTML</li>
 161           </li>
 162           <li>3D structure retrieval and display
 163             <ul>
 164               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 165                 Search API</li>
 166               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 167                 PDB structures for a sequence set</li>
 168             </ul>
 169           </li>
 170
 171           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 172             predictions</li>
 173           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 174             for one or a group of sequences</li>
 175           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 176             from the JPred4 web server</li>
 177           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 178             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 179             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 180           </li>
 181           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 182             VARNA 2D Structure'</li>
 183           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 184             Structure ..."</li>
 185
 186         </ul> <em>Applet</em>
 187         <ul>
 188           <li>New layout for applet example pages</li>
 189           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 190             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 191           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 192             Protein alignments</li>
 193         </ul> <em>Development and deployment</em>
 194         <ul>
 195           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 196           <li>Include installation type and git revision in build
 197             properties and console log output</li>
 198           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 199             storing BioJsMSA Templates</li>
 200           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 201         </ul></td>
 202       <td>
 203         <!-- <em>General</em>
 204         <ul>
 205         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 206         <ul>
 207           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 208           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 209           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 210             predictions are not highlighted in amber</li>
 211           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 212             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 213           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 214             associated structure views</li>
 215           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 216             width checkbox not enabled</li>
 217           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 218             creating user defined colours</li>
 219           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 220             mappings for just that viewer's sequences</li>
 221           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 222             multiple models in Chimera</li>
 223           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 224             over Jmol structure</li>
 225           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 226             output to text box</li>
 227           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 228             have incorrect sequence start/end</li>
 229           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 230             Jalview fails</li>
 231           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 232             work for nucleotide</li>
 233           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 234             to a grey/invisible alignment window</li>
 235           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 236             imports to different position</li>
 237           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 238             on some platforms</li>
 239           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 240             populated</li>
 241           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 242             console if Chimera has been opened</li>
 243           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 244           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 245             retrieved</li>
 246           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 247           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 248             either sequence shows on first structure</li>
 249           <li>'Show annotations' options should not make
 250             non-positional annotations visible</li>
 251           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 252             in right place after 'view flanking regions'</li>
 253           <li>File Save As type unset when current file format is
 254             unknown</li>
 255           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 256             projects</li>
 257           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 258             responsive</li>
 259           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 260             several views on same alignment</li>
 261           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 262           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 263             spaces</li>
 264         </ul> <em>Applet</em>
 265         <ul>
 266           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 267           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 268             descriptions containing angle brackets</li>
 269         </ul> <em>General</em>
 270         <ul>
 271           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 272             via jalview annotation file</li>
 273           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 274             with RNA secondary structure</li>
 275           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 276             translation doesn't work.</li>
 277           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 278           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 279             positions</li>
 280           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 281             choosing 1pt font</li>
 282           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 283             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 284             'h'</li>
 285           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 286             new feature</li>
 287           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 288             order dependent</li>
 289           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 290             sequences</li>
 291           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 292         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 293         <ul>
 294           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 295             www.jalview.org</li>
 296         </ul> <em>Application Known issues</em>
 297         <ul>
 298           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 299           <li>Misleading message appears after trying to delete
 300             solid column.</li>
 301           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 302             version launches</li>
 303           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 304             fails with a sequence mismatch</li>
 305           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 306             scrolling alignment to right</li>
 307           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 308             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 309           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 310             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 311           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 312             ultra-high resolution</li>
 313           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 314             quality and conservation</li>
 315           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 316             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 317         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 318         <ul>
 319           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 320           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 321             window is being resized</li>
 322
 323         </ul>
 324       </td>
 325     </tr>
 326     <tr>
 327       <td><div align="center">
 328           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 329         </div></td>
 330       <td><em>General</em>
 331         <ul>
 332           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 333             Certum.PL.</li>
 334           <li>Features and annotation preserved when performing
 335             pairwise alignment</li>
 336           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 337             imported/exported/displayed</li>
 338           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 339             protein secondary structure</li>
 340           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 341               post-hoc with 2.9 release</em>)
 342           </li>
 343
 344         </ul> <em>Application</em>
 345         <ul>
 346           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 347             with 3D structures</li>
 348           <li>Support for parsing RNAML</li>
 349           <li>Annotations menu for layout
 350             <ul>
 351               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 352               <li>place sequence annotation above/below alignment
 353                 annotation</li>
 354             </ul>
 355           <li>Output in Stockholm format</li>
 356           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 357             translation</li>
 358           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 359           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 360             shared between alignments</li>
 361           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 362             Jalview</li>
 363           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 364             all or current selection</li>
 365           <li>disorder and secondary structure predictions
 366             available as dataset annotation</li>
 367           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 368
 369
 370           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 371             alignments from Rfam</li>
 372           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 373
 374           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 375             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 376           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 377           <li>include installation type in build properties and
 378             console log output</li>
 379           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 380             annotation</li>
 381         </ul></td>
 382       <td>
 383         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 384         <ul>
 385           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 386             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 387           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 388             alignment</li>
 389           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 390           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 391           <li>Double click on sequence associated annotation
 392             selects only first column</li>
 393           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 394             leaves shown in tree</li>
 395           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 396             properly</li>
 397           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 398           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 399             screen and buttons not visible</li>
 400           <li>author list isn't updated if already written to
 401             Jalview properties</li>
 402           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 403             from database</li>
 404           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 405           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 406             browser search window</li>
 407           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 408             in feature settings dialog</li>
 409           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 410             desktop</li>
 411           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 412             pass validation</li>
 413           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 414             fit on screen</li>
 415           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 416             tooltip</li>
 417           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 418             defined user preset</li>
 419           <li>MSA web services warns user if they were launched
 420             with invalid input</li>
 421           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 422             Java 8</li>
 423           <li>
 424             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 425             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 426             created
 427           </li>
 428
 429         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 430                                 <ul>
 431                                 </ul> <em>General</em>
 432                                 <ul>
 433                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 434         <ul>
 435           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 436             memory allocation</li>
 437           <li>launchApp service doesn't automatically open
 438             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 439           <li>
 440             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 441             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 442             1.7_055 is available
 443           </li>
 444         </ul> <em>Application Known issues</em>
 445         <ul>
 446           <li>
 447             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 448             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 449             alignment to right
 450           </li>
 451           <li>
 452             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 453             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 454             with large number of ID
 455           </li>
 456           <li>
 457             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 458             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 459             start/end
 460           </li>
 461           <li>
 462             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 463             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 464             structure tracks are rearranged
 465           </li>
 466           <li>
 467             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 468             invalid rna structure positional highlighting does not
 469             highlight position of invalid base pairs
 470           </li>
 471           <li>
 472             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 473             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 474             project from alignment window file menu
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 478             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 479             structures
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 483             colour by RNA Helices not enabled when user created
 484             annotation added to alignment
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
 488             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
 489           </li>
 490         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 491         <ul>
 492           <li>
 493             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
 494             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
 498             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
 499           </li>
 500
 501           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
 502             when selected</li>
 503         </ul>
 504       </td>
 505     </tr>
 506     <tr>
 507       <td><div align="center">
 508           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
 509         </div></td>
 510       <td>
 511         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
 512         <em>General</em>
 513         <ul>
 514           <li>Internationalisation of user interface (usually
 515             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
 516           <li>Define/Undefine group on current selection with
 517             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
 518           <li>Improved group creation/removal options in
 519             alignment/sequence Popup menu</li>
 520           <li>Sensible precision for symbol distribution
 521             percentages shown in logo tooltip.</li>
 522           <li>Annotation panel height set according to amount of
 523             annotation when alignment first opened</li>
 524         </ul> <em>Application</em>
 525         <ul>
 526           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
 527             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
 528           <li>Select columns containing particular features from
 529             Feature Settings dialog</li>
 530           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
 531             sequences</li>
 532           <li>Update Jalview project format:
 533             <ul>
 534               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
 535               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
 536                 store secondary structure annotation,etc)</li>
 537               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
 538                 colouring</li>
 539             </ul>
 540           </li>
 541           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
 542             (PAM250)</li>
 543           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
 544             flanking regions for an alignment</li>
 545         </ul>
 546       </td>
 547       <td>
 548         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 549         <ul>
 550           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
 551             running after job is cancelled</li>
 552           <li>cannot export features from alignments imported from
 553             Jalview/VAMSAS projects</li>
 554           <li>Buggy slider for web service parameters that take
 555             float values</li>
 556           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
 557             have 'display all symbols' flag set</li>
 558           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
 559             annotation shading not saved in Jalview project</li>
 560           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
 561             Jalview</li>
 562           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
 563             Lion/Webstart</li>
 564           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
 565           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
 566           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
 567             alignment onto desktop</li>
 568           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
 569             'extract scores' function</li>
 570           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
 571             alignment window</li>
 572           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
 573             performing IUPred disorder prediction</li>
 574           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
 575             changing 'normalise logo' display setting</li>
 576           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
 577             nothing matches query</li>
 578           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
 579             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
 580           </li>
 581           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
 582             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
 583           </li>
 584           <li>Not all working JABAWS services are shown in
 585             Jalview's menu</li>
 586           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
 587             'invalid literal/length code'</li>
 588           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
 589             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
 590           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
 591             colourscheme</li>
 592
 593         </ul> <em>Applet</em>
 594         <ul>
 595           <li>Remove group option is shown even when selection is
 596             not a group</li>
 597           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
 598             don't affect groups</li>
 599           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
 600             colourscheme name</li>
 601           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
 602             Annotation panel is not displayed</li>
 603           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
 604             embedded windows</li>
 605         </ul> <em>Other</em>
 606         <ul>
 607           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
 608             single sequence were not calculated</li>
 609           <li>annotation files that contain only groups imported as
 610             annotation and junk sequences</li>
 611           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
 612             recognised as PFAM or BLC</li>
 613           <li>conservation/PID slider apply all groups option
 614             doesn't affect background (2.8.0b1)
 615           <li></li>
 616           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
 617           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
 618             trailing gaps</li>
 619           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
 620             registered correctly on import</li>
 621           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
 622             certain alignments</li>
 623           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
 624             existing annotation based 'use original colours'
 625             colourscheme loses original colours setting</li>
 626         </ul>
 627       </td>
 628     </tr>
 629     <tr>
 630       <td><div align="center">
 631           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
 632           <em>30/1/2014</em></strong>
 633         </div></td>
 634       <td>
 635         <ul>
 636           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
 637             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
 638             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
 639             open source project).
 640           </li>
 641           <li>Jalview SRS links replaced by Uniprot and EBI-search
 642           </li>
 643           <li>Output in Stockholm format</li>
 644           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
 645           <li>Export/import group and sequence associated line
 646             graph thresholds</li>
 647           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
 648             ambiguity codes</li>
 649           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
 650             selection (or visible selection) in the same way that JPred
 651             works</li>
 652           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
 653         </ul> <em>Other improvements</em>
 654         <ul>
 655           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
 656           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
 657             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
 658           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
 659             files</li>
 660           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
 661           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
 662             link but no description</li>
 663           <li>Select primary source when selecting authority in
 664             database fetcher GUI</li>
 665           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
 666             Jalview</li>
 667           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
 668         </ul>
 669       </td>
 670       <td>
 671         <ul>
 672           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
 673             displayed</li>
 674           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
 675             secondary structure annotation line</li>
 676           <li>Sequence database accessions not imported when
 677             fetching alignments from Rfam</li>
 678           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
 679             identical IDs</li>
 680           <li>View all structures does not always superpose
 681             structures</li>
 682           <li>Option widgets in service parameters not updated to
 683             reflect user or preset settings</li>
 684           <li>Null pointer exceptions for some services without
 685             presets or adjustable parameters</li>
 686           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
 687             discover PDB xRefs</li>
 688           <li>Exception encountered while trying to retrieve
 689             features with DAS</li>
 690           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
 691             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
 692           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
 693             residue follows a gap</li>
 694           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
 695             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
 696           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
 697             shown in wrap mode when no annotations present</li>
 698           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
 699             annotation already exists on alignment</li>
 700           <li>oninit javascript function should be called after
 701             initialisation completes</li>
 702           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
 703             alignment window display</li>
 704           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
 705           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
 706             to annotation file</li>
 707           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
 708             groups created</li>
 709           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
 710             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
 711           <li>Pressing return several times causes Number Format
 712             exceptions in keyboard mode</li>
 713           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
 714             correct partitions for input data</li>
 715           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
 716           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
 717           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
 718           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
 719             mode</li>
 720           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
 721             changes one row&#39;s threshold</li>
 722           <li>Preferences and Feature settings panel panel
 723             doesn&#39;t open</li>
 724           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
 725             quality histograms</li>
 726         </ul>
 727       </td>
 728     </tr>
 729     <tr>
 730       <td><div align="center">
 731           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
 732         </div></td>
 733       <td><em>Application</em>
 734         <ul>
 735           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
 736             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
 737           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
 738             preferences</li>
 739           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
 740             in Jalview alignment window</li>
 741           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
 742             mountain lion, windows 7, and 8</li>
 743           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
 744             RNA and ambiguity codes</li>
 745
 746           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
 747           <li>Support fetching and database reference look up
 748             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
 749             refs')</li>
 750           <li>Jalview project improvements
 751             <ul>
 752               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
 753                 flag for annotation</li>
 754               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
 755                 alignment</li>
 756               <li>Store AACon calculation settings for a view in
 757                 Jalview project</li>
 758
 759             </ul>
 760           </li>
 761           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
 762           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
 763             running</li>
 764           <li>Simpler JABA web services menus</li>
 765           <li>visual indication that web service results are still
 766             being retrieved from server</li>
 767           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
 768             starts up for first time</li>
 769           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
 770             services</li>
 771           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
 772             client library</li>
 773           <li>Examples directory and Groovy library included in
 774             InstallAnywhere distribution</li>
 775         </ul> <em>Applet</em>
 776         <ul>
 777           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
 778             visualization applet example</li>
 779         </ul> <em>General</em>
 780         <ul>
 781           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
 782           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
 783             defaults</li>
 784           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
 785             calculation</li>
 786           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
 787             matrices
 788           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
 789             in HTML</li>
 790           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
 791             structure contacts</li>
 792           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
 793           <li>RNA base pair logo consensus</li>
 794           <li>Parse sequence associated secondary structure
 795             information in Stockholm files</li>
 796           <li>HTML Export database accessions and annotation
 797             information presented in tooltip for sequences</li>
 798           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
 799             style RNA alignment files</li>
 800           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
 801             alignment</li>
 802           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
 803             shade each sequence according to its associated alignment
 804             annotation</li>
 805           <li>New Jalview Logo</li>
 806         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 807         <ul>
 808           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
 809           <li>New Website!</li>
 810         </ul></td>
 811       <td><em>Application</em>
 812         <ul>
 813           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
 814             wsdbfetch REST service</li>
 815           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
 816           <li>Filetype associations not installed for webstart
 817             launch</li>
 818           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
 819             job execution in full once it is complete</li>
 820           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
 821             uploaded via ali_file parameter</li>
 822           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
 823           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
 824           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
 825             submitted for prediction</li>
 826           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
 827             desktop window</li>
 828           <li>Putting fractional value into integer text box in
 829             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
 830           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
 831             windows 7</li>
 832           <li>View all structures fails with exception shown in
 833             structure view</li>
 834           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
 835             escaped in a platform independent way</li>
 836           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
 837             using proxy</li>
 838           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
 839             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
 840           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
 841             failure when java web start temporary file caching is
 842             disabled</li>
 843           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
 844             results in sequence xref which includes range qualification</li>
 845           <li>Errors during processing of command line arguments
 846             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
 847           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
 848             DAS sources in sequence fetcher</li>
 849           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
 850             dialog is shown</li>
 851           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
 852           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
 853           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
 854           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
 855             on OSX Mountain Lion</li>
 856           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
 857             sequences with alignment annotation are pasted into the
 858             alignment</li>
 859           <li>Sequence associated annotation rows not associated
 860             when loaded from Jalview project</li>
 861           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
 862           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
 863             cancelled or job failed due to invalid input</li>
 864           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
 865             associated with all views</li>
 866           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
 867             annotation rows to new window</li>
 868         </ul> <em>Applet</em>
 869         <ul>
 870           <li>Sequence features are momentarily displayed before
 871             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
 872           <li>loading features via javascript API automatically
 873             enables feature display</li>
 874           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
 875             work</li>
 876         </ul> <em>General</em>
 877         <ul>
 878           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
 879           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
 880             and then deselected</li>
 881           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
 882           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
 883             coloured with clustalx</li>
 884           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
 885             exceptions and redraw errors</li>
 886           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
 887             reconfigured view</li>
 888           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
 889             colour</li>
 890           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
 891             for lots of labels</li>
 892         </ul>
 893     </tr>
 894     <tr>
 895       <td>
 896         <div align="center">
 897           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
 898         </div>
 899       </td>
 900       <td><em>Application</em>
 901         <ul>
 902           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
 903           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
 904           <li>View/alignment association menu to enable user to
 905             easily specify which alignment a multi-structure view takes
 906             its colours/correspondences from</li>
 907           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
 908           <li>Extend Jalview project to preserve associations
 909             between many alignment views and a single Jmol display</li>
 910           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
 911           <li>Annotation row column label formatting attributes
 912             stored in project file</li>
 913           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
 914             rows preserved in Jalview project file</li>
 915           <li>Visual progress indication when Jalview state is
 916             saved using Desktop window menu</li>
 917           <li>Visual indication that command line arguments are
 918             still being processed</li>
 919           <li>Groovy script execution from URL</li>
 920           <li>Colour by annotation default min and max colours in
 921             preferences</li>
 922           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
 923             alignment with sequences that have high similarity and
 924             matching IDs</li>
 925           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
 926           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
 927             structures in same window</li>
 928           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
 929           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
 930             analysis function in its own submenu</li>
 931         </ul> <em>Applet</em>
 932         <ul>
 933           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
 934             groups</li>
 935           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
 936           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
 937           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
 938           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
 939           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
 940             annotated from GFF/Jalview features files</li>
 941           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
 942           <li>Absolute paths relative to host server in applet
 943             parameters are treated as such</li>
 944           <li>New in the JalviewLite javascript API:
 945             <ul>
 946               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
 947               <li>Javascript callbacks for
 948                 <ul>
 949                   <li>Applet initialisation</li>
 950                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
 951                 </ul>
 952               </li>
 953               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
 954                 functions</li>
 955               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
 956               <li>javascript structure viewer harness to pass
 957                 messages between Jmol and Jalview when running as
 958                 distinct applets</li>
 959               <li>sortBy method</li>
 960               <li>Set of applet and application examples shipped
 961                 with documentation</li>
 962               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
 963                 javascript message exchange</li>
 964             </ul>
 965         </ul> <em>General</em>
 966         <ul>
 967           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
 968             multiple alignments</li>
 969           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
 970           <li>User configurable link to enable redirects to a
 971             www.Jalview.org mirror</li>
 972           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
 973           <li>Configurable newline string when writing alignment
 974             and other flat files</li>
 975           <li>Allow alignment annotation description lines to
 976             contain html tags</li>
 977         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 978         <ul>
 979           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
 980             examples</li>
 981           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
 982             using a web service before displaying the result in the
 983             Jalview desktop</li>
 984           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
 985           <li>Ant target to publish example html files with applet
 986             archive</li>
 987           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
 988           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
 989         </ul></td>
 990       <td><em>Application</em>
 991         <ul>
 992           <li>User defined colourscheme throws exception when
 993             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
 994           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
 995             dialog for valid filename/format</li>
 996           <li>Cannot view associated structure for Uniprot sequence</li>
 997           <li>PDB file association breaks for Uniprot sequence
 998             P37173</li>
 999           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1000             which sequence is to be associated with the file</li>
1001           <li>Find All raises null pointer exception when query
1002             only matches sequence IDs</li>
1003           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1004           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1005             2.4 cannot be loaded</li>
1006           <li>Filetype associations not installed for webstart
1007             launch</li>
1008           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1009             with sequences in different alignments do not get coloured
1010             by their associated sequence</li>
1011           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1012             not preserved when project is loaded</li>
1013           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1014             stored in Jalview project</li>
1015           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1016             Jalview project</li>
1017           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1018           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1019             by conservation</li>
1020           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1021             created on new view</li>
1022           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1023             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1024           <li>Alignment quality not updated after alignment
1025             annotation row is hidden then shown</li>
1026           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1027             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1028           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1029             properly</li>
1030           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1031             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1032           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1033           <li>Structures imported from file and saved in project
1034             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1035           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1036             job execution in full once it is complete</li>
1037         </ul> <em>Applet</em>
1038         <ul>
1039           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1040             annotation rows are displayed</li>
1041           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1042             codebase</li>
1043           <li>View follows highlighting does not work for positions
1044             in sequences</li>
1045           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1046           <li>Export features raises exception when no features
1047             exist</li>
1048           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1049             for javascript api is modified when separator string
1050             provided as parameter</li>
1051           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1052             alignment with no existing selection</li>
1053           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1054             to applet&#39;s codebase</li>
1055           <li>Status bar not updated after finished searching and
1056             search wraps around to first result</li>
1057           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1058             several Jalview applets causes race conditions and memory
1059             leaks</li>
1060           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1061             not sent from Jmol in applet</li>
1062           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1063             applet API fatally hang browser</li>
1064         </ul> <em>General</em>
1065         <ul>
1066           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1067             position with wrapped view and hidden regions</li>
1068           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1069             with/without hidden columns</li>
1070           <li>Sequence length given in alignment properties window
1071             is off by 1</li>
1072           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1073             import PDB like structure files</li>
1074           <li>Positional search results are only highlighted
1075             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1076           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1077           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1078             given sequence position</li>
1079           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1080             output</li>
1081           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1082             from nucleotide chains correctly</li>
1083           <li>Structure colours not updated when tree partition
1084             changed in alignment</li>
1085           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1086             parsed in interleaved stockholm</li>
1087           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1088             state</li>
1089           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1090             properly</li>
1091           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1092             properly associated with their pdb files</li>
1093         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1094         <ul>
1095           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1096             ApplyCopyright tool</li>
1097         </ul></td>
1098     </tr>
1099     <tr>
1100       <td>
1101         <div align="center">
1102           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1103         </div>
1104       </td>
1105       <td><em>Application</em>
1106         <ul>
1107           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1108             contact web services</li>
1109           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1110             service job window</li>
1111           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1112         </ul></td>
1113       <td>
1114         <ul>
1115           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1116             pir file emitted by Jalview</li>
1117           <li>Existing feature settings transferred to new
1118             alignment view created from cut'n'paste</li>
1119           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1120             parsing PDB files</li>
1121           <li>Consensus and conservation annotation rows
1122             occasionally become blank for all new windows</li>
1123           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1124             in wrapped view mode</li>
1125         </ul> <em>Application</em>
1126         <ul>
1127           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1128             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1129           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1130             parameter names</li>
1131           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1132             is down</li>
1133         </ul>
1134       </td>
1135     </tr>
1136     <tr>
1137       <td>
1138         <div align="center">
1139           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1140         </div>
1141       </td>
1142       <td><em>Application</em>
1143         <ul>
1144           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1145             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1146             (JABAWS)
1147           </li>
1148           <li>Web Services preference tab</li>
1149           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1150             preferences</li>
1151           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1152           <li>Superpose structures using associated sequence
1153             alignment</li>
1154           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1155             viewer</li>
1156         </ul> <em>Applet</em>
1157         <ul>
1158           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1159             link out mechanism</li>
1160         </ul> <em>Other</em>
1161         <ul>
1162           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1163             series 12</li>
1164           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1165             require Java 1.5</li>
1166           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1167             sequence annotation files</li>
1168           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1169             type colour specification</li>
1170           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1171             script to check if it being run in an interactive session or
1172             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1173         </ul></td>
1174       <td>
1175         <ul>
1176           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1177             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1178         </ul> <em>Application</em>
1179         <ul>
1180           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1181             selected Regions menu item</li>
1182           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1183             part of a valid accession ID</li>
1184           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1185             runs out of memory</li>
1186           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1187             analysis results</li>
1188           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1189             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1190           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1191         </ul> <em>Applet</em>
1192         <ul>
1193           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1194             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1195             defined.</li>
1196         </ul>
1197       </td>
1198     </tr>
1199     <tr>
1200       <td>
1201         <div align="center">
1202           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1203         </div>
1204       </td>
1205       <td></td>
1206       <td>
1207         <ul>
1208           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1209             sequence IDs</li>
1210           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1211             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1212           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1213             import correctly</li>
1214           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1215             number of columns are hidden</li>
1216           <li>annotation label popup menu not providing correct
1217             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1218             present</li>
1219           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1220             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1221           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1222             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1223
1224         </ul> <em>Applet</em>
1225         <ul>
1226           <li>annotation panel disappears when annotation is
1227             hidden/removed</li>
1228         </ul> <em>Application</em>
1229         <ul>
1230           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1231             alignment opened where annotation panel is visible but no
1232             annotations are present on alignment</li>
1233           <li>pasted region containing hidden columns is
1234             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1235           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1236             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1237           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1238             selected Rregions menu item.</li>
1239           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1240             'Un' or 'Non'conserved</li>
1241           <li>Sequence feature settings are being shared by
1242             multiple distinct alignments</li>
1243           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1244             changed</li>
1245           <li>double click on group annotation to select sequences
1246             does not propagate to associated trees</li>
1247           <li>Mac OSX specific issues:
1248             <ul>
1249               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1250                 window background</li>
1251               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1252                 name set correctly</li>
1253               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1254                 save feature colourscheme button</li>
1255             </ul>
1256           </li>
1257         </ul>
1258       </td>
1259     </tr>
1260     <tr>
1261
1262       <td>
1263         <div align="center">
1264           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1265         </div>
1266       </td>
1267       <td><em>New Capabilities</em>
1268         <ul>
1269           <li>URL links generated from description line for
1270             regular-expression based URL links (applet and application)
1271
1272           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1273             menu</li>
1274           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1275             structures</li>
1276           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1277             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1278           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1279             average score or total feature count for each sequence.</li>
1280           <li>Shading features by score or associated description</li>
1281           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1282             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1283           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1284             hide everything but the currently selected region.</li>
1285           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1286         </ul> <em>Application</em>
1287         <ul>
1288           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1289             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1290           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1291             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1292           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1293             database references and protein_name is parsed as
1294             description line (BioSapiens terms).</li>
1295           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1296             references in sequence ID tooltip from View menu in
1297             application.</li>
1298           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1299                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1300           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1301             conservation plots</li>
1302           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1303             and visualized as sequence logos</li>
1304           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1305             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1306           </li>
1307           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1308             when a new tree is opened.</li>
1309           <li>Jalview Java Console</li>
1310           <li>Better placement of desktop window when moving
1311             between different screens.</li>
1312           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1313             consensus annotation</li>
1314           <li>Client to submit sequences and IDs to <a
1315             href="webServices/index.html#envision2">Envision2</a>
1316             Workflows
1317           </li>
1318           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1319             <ul>
1320               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1321                 used to preserve views, structures, and tree display
1322                 settings)</li>
1323               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1324                 command line</li>
1325               <li>Sharing of selected regions between views and
1326                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1327               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1328             </ul></li>
1329         </ul> <em>Applet</em>
1330         <ul>
1331           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1332           <li>New Parameters
1333             <ul>
1334               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1335                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1336                 opened.</li>
1337               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1338                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1339               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1340                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1341               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1342                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1343                 view</li>
1344               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1345                 increase the height or width of a cell in the alignment
1346                 grid relative to the current font size.</li>
1347             </ul>
1348           </li>
1349           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1350             tooltip</li>
1351         </ul> <em>Other</em>
1352         <ul>
1353           <li>Features format: graduated colour definitions and
1354             specification of feature scores</li>
1355           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1356             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1357             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1358           <li>XML formats extended to support graduated feature
1359             colourschemes, group associated annotation, and profile
1360             visualization settings.</li></td>
1361       <td>
1362         <ul>
1363           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1364             rather than description</li>
1365           <li>Non-positional features are now included in sequence
1366             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1367             visibility in tooltip).</li>
1368           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1369           <li>Added URL embedding instructions to features file
1370             documentation.</li>
1371           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1372             'X' in peptide product</li>
1373           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1374             sequence ID and sequence string and query strings do not
1375             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1376           <li>AMSA files only contain first column of
1377             multi-character column annotation labels</li>
1378           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1379             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1380             exported and re-imported)</li>
1381           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1382             name</li>
1383           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1384             as subsequence matches, and correctly reports total number
1385             of both.</li>
1386           <li>Application:
1387             <ul>
1388               <li>Better handling of exceptions during sequence
1389                 retrieval</li>
1390               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1391                 link text excludes the start_end suffix</li>
1392               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1393                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1394               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1395               <li>Sequence description lines properly shared via
1396                 VAMSAS</li>
1397               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1398                 data sources</li>
1399               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1400                 completes before alignment figures are generated.</li>
1401               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1402                 first time.</li>
1403               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1404                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1405               <li>User defined group colours properly recovered
1406                 from Jalview projects.</li>
1407             </ul>
1408           </li>
1409         </ul>
1410       </td>
1411
1412     </tr>
1413     <tr>
1414       <td>
1415         <div align="center">
1416           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1417         </div>
1418       </td>
1419       <td>
1420         <ul>
1421           <li>Experimental support for google analytics usage
1422             tracking.</li>
1423           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1424         </ul>
1425       </td>
1426       <td>
1427         <ul>
1428           <li>Race condition in applet preventing startup in
1429             jre1.6.0u12+.</li>
1430           <li>Exception when feature created from selection beyond
1431             length of sequence.</li>
1432           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1433           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1434             all sequences with a given id</li>
1435           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1436             ID string searches</li>
1437           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1438             alignment to fail with exception</li>
1439         </ul> <em>Application Issues</em>
1440         <ul>
1441           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1442           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1443             data sources</li>
1444         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1445         <ul>
1446           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1447             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1448           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1449             version (java class versioning error fixed)</li>
1450         </ul>
1451       </td>
1452     </tr>
1453     <tr>
1454       <td>
1455
1456         <div align="center">
1457           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1458         </div>
1459       </td>
1460       <td><em>User Interface</em>
1461         <ul>
1462           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1463             translation and protein products</li>
1464           <li>Linked highlighting of structure associated with
1465             residue mapping to codon position</li>
1466           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1467             and 'clear' button</li>
1468           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1469             Tools menu</li>
1470           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1471             numeric data in description line</li>
1472           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1473           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1474             of sequence</li>
1475         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1476         <ul>
1477           <li>JPred3 web service</li>
1478           <li>Prototype sequence search client (no public services
1479             available yet)</li>
1480           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1481             PFAM</li>
1482           <li>URL Links created for matching database cross
1483             references as well as sequence ID</li>
1484           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1485         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1486         <ul>
1487           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1488             databases</li>
1489           <li>Generalised database reference retrieval and
1490             validation to all fetchable databases</li>
1491           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1492             sequence command</li>
1493         </ul> <em>Import and Export</em>
1494         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1495         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1496           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1497         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1498           File</li>
1499         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1500           triplet as name of colourscheme</li>
1501         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1502         <ul>
1503           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1504           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1505             alignments (experimental)</li>
1506           <li>Create new or select existing session to join</li>
1507           <li>load and save of vamsas documents</li>
1508         </ul> <em>Application command line</em>
1509         <ul>
1510           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1511             from applet)</li>
1512           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1513             of DAS servers to query for alignment features</li>
1514           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1515             that are also automatically queried for features</li>
1516           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1517             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1518         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1519         <ul>
1520           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1521             application (when using &quot;View in full
1522             application&quot;)</li>
1523         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1524         <ul>
1525           <li>feature group display control parameter</li>
1526           <li>debug parameter</li>
1527           <li>showbutton parameter</li>
1528         </ul> <em>Applet API methods</em>
1529         <ul>
1530           <li>newView public method</li>
1531           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1532           <li>Feature display control methods</li>
1533           <li>get list of currently selected sequences</li>
1534         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1535         <ul>
1536           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1537           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1538             Jalview release.</li>
1539           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1540             property controls execution of obfuscator</li>
1541           <li>Build target for generating source distribution</li>
1542           <li>Debug flag for javacc</li>
1543           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1544             jalview.bin.Cache</li>
1545           <li>Continuous Build Integration for stable and
1546             development version of Application, Applet and source
1547             distribution</li>
1548         </ul></td>
1549       <td>
1550         <ul>
1551           <li>selected region output includes visible annotations
1552             (for certain formats)</li>
1553           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1554             for editing</li>
1555           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1556           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1557           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1558           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1559             comments</li>
1560           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1561             filenames containing a ':'</li>
1562           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1563             global sequence features</li>
1564           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1565             references from alignment sequences goes to zero</li>
1566           <li>Close of tree branch colour box without colour
1567             selection causes cascading exceptions</li>
1568           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1569           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1570             file parsing fails.</li>
1571           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1572           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1573             not a valid output format</li>
1574           <li>Uniprot canonical names introduced for both das and
1575             vamsas</li>
1576           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1577           <li>error messages passed up and output when data read
1578             fails</li>
1579           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1580             sequence is edited</li>
1581           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1582             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1583           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1584             filetype</li>
1585           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1586             import fixed for PFAM records</li>
1587           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1588             window list</li>
1589           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1590             can be read and written correctly to annotation file</li>
1591           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1592             correctly</li>
1593           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1594             non-italic font for representatives in Applet</li>
1595           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1596             Macs.</li>
1597           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1598             Applet)</li>
1599           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1600             due to null pointer exceptions</li>
1601           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1602             first column of alignment</li>
1603           <li>Uniprot XML import updated for new schema release in
1604             July 2008</li>
1605           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1606             file is case-insensitive</li>
1607           <li>Sequence features read from Features file appended to
1608             all sequences with matching IDs</li>
1609           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1610             containing a sub-sequence</li>
1611           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1612           <li>feature and annotation file applet parameters
1613             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1614           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1615           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1616             splash-screen version check to complete</li>
1617           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1618             when passing them to the launchApp service</li>
1619           <li>display name and local features preserved in results
1620             retrieved from web service</li>
1621           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1622             sequence fetcher initialisation</li>
1623           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1624             dasobert DAS client</li>
1625           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1626             association</li>
1627           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1628             sequences
1629           </li>
1630         </ul>
1631       </td>
1632     </tr>
1633     <tr>
1634       <td>
1635         <div align="center">
1636           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1637         </div>
1638       </td>
1639       <td>
1640         <ul>
1641           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1642           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1643           <li>Slide sequences</li>
1644           <li>Edit sequence in place</li>
1645           <li>EMBL CDS features</li>
1646           <li>DAS Feature mapping</li>
1647           <li>Feature ordering</li>
1648           <li>Alignment Properties</li>
1649           <li>Annotation Scores</li>
1650           <li>Sort by scores</li>
1651           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1652         </ul>
1653       </td>
1654       <td>
1655         <ul>
1656           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1657           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1658           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1659           <li>Feature group display state in XML</li>
1660           <li>Feature ordering in XML</li>
1661           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1662           <li>Stockholm alignment properties</li>
1663           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1664           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1665           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1666           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1667         </ul>
1668       </td>
1669
1670     </tr>
1671     <tr>
1672       <td>
1673         <div align="center">
1674           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1675         </div>
1676       </td>
1677       <td>
1678         <ul>
1679           <li>Non standard characters can be read and displayed
1680           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1681             applet via textbox
1682           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1683             name &amp; description
1684           <li>Preference setting to display sequence name in
1685             italics
1686           <li>Annotation file format extended to allow
1687             Sequence_groups to be defined
1688           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1689             specified in preferences
1690           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1691             sequences
1692         </ul>
1693       </td>
1694       <td>
1695         <ul>
1696           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1697             installed
1698           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1699           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1700         </ul>
1701       </td>
1702     </tr>
1703     <tr>
1704       <td>
1705         <div align="center">
1706           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1707         </div>
1708       </td>
1709       <td>
1710         <ul>
1711           <li>Multiple views on alignment
1712           <li>Sequence feature editing
1713           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1714           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1715           <li>Background dependent text colour
1716           <li>Right align sequence ids
1717           <li>User-defined lower case residue colours
1718           <li>Format Menu
1719           <li>Select Menu
1720           <li>Menu item accelerator keys
1721           <li>Control-V pastes to current alignment
1722           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1723           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1724           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1725
1726           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1727         </ul>
1728       </td>
1729       <td>
1730         <ul>
1731           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1732           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1733             calculations
1734           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1735             edits
1736           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1737             of alignment)
1738           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1739
1740           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1741             display correctly
1742           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1743           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1744             analysis results
1745           <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by
1746             &#8739;
1747           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1748           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1749           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1750
1751         </ul>
1752       </td>
1753     </tr>
1754     <tr>
1755       <td>
1756         <div align="center">
1757           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
1758         </div>
1759       </td>
1760       <td>
1761         <ul>
1762           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
1763         </ul>
1764       </td>
1765       <td>
1766         <ul>
1767           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
1768             sequence id panel has been resized</li>
1769           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
1770             rendered</li>
1771           <li>Annotation files with sequence references - all
1772             elements in file are relative to sequence position</li>
1773           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
1774         </ul>
1775       </td>
1776     </tr>
1777     <tr>
1778       <td>
1779         <div align="center">
1780           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
1781         </div>
1782       </td>
1783       <td>
1784         <ul>
1785           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
1786           <li>DAS Feature fetching</li>
1787           <li>Hide sequences and columns</li>
1788           <li>Export Annotations and Features</li>
1789           <li>GFF file reading / writing</li>
1790           <li>Associate structures with sequences from local PDB
1791             files</li>
1792           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
1793           <li>Recently opened files / URL lists</li>
1794           <li>Applet can launch the full application</li>
1795           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
1796             required)</li>
1797           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
1798           <li>Applet can load sequences from parameter
1799             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
1800           </li>
1801         </ul>
1802       </td>
1803       <td>
1804         <ul>
1805           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
1806           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
1807           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
1808         </ul>
1809       </td>
1810     </tr>
1811     <tr>
1812       <td>
1813         <div align="center">
1814           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
1815         </div>
1816       </td>
1817       <td>
1818         <ul>
1819           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
1820           <li>Choose to match case when searching</li>
1821           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
1822             expand the visible width and height of the alignment</li>
1823         </ul>
1824       </td>
1825       <td>
1826         <ul>
1827           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
1828         </ul>
1829       </td>
1830     </tr>
1831     <tr>
1832       <td>
1833         <div align="center">
1834           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
1835         </div>
1836       </td>
1837       <td>&nbsp;</td>
1838       <td>
1839         <ul>
1840           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
1841           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
1842             value</li>
1843         </ul>
1844       </td>
1845     </tr>
1846     <tr>
1847       <td>
1848         <div align="center">
1849           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
1850         </div>
1851       </td>
1852       <td>
1853         <ul>
1854           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
1855           <li>Keyboard editing</li>
1856           <li>Create sequence features from searches</li>
1857           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
1858             alignments</li>
1859           <li>Features file allows grouping of features</li>
1860           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
1861           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
1862           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
1863         </ul>
1864       </td>
1865       <td>
1866         <ul>
1867           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
1868           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
1869             descriptions saved.</li>
1870         </ul>
1871       </td>
1872     </tr>
1873     <tr>
1874       <td>
1875         <div align="center">
1876           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
1877         </div>
1878       </td>
1879       <td>
1880         <ul>
1881           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
1882           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
1883           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
1884             name for file output</li>
1885           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
1886           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
1887             used for HTML form input</li>
1888         </ul>
1889       </td>
1890       <td>
1891         <ul>
1892           <li>HTML output writes groups and features</li>
1893           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
1894           <li>File IO bugs</li>
1895         </ul>
1896       </td>
1897     </tr>
1898     <tr>
1899       <td>
1900         <div align="center">
1901           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
1902         </div>
1903       </td>
1904       <td>
1905         <ul>
1906           <li>View annotations in wrapped mode</li>
1907           <li>More options for PCA viewer</li>
1908         </ul>
1909       </td>
1910       <td>
1911         <ul>
1912           <li>GUI bugs resolved</li>
1913           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
1914         </ul>
1915       </td>
1916     </tr>
1917     <tr>
1918       <td height="63">
1919         <div align="center">
1920           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
1921         </div>
1922       </td>
1923       <td>
1924         <ul>
1925           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
1926           <li>Jar files are executable</li>
1927           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
1928         </ul>
1929       </td>
1930       <td>
1931         <ul>
1932           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
1933           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
1934           <li>Several GUI bugs resolved</li>
1935         </ul>
1936       </td>
1937     </tr>
1938     <tr>
1939       <td>
1940         <div align="center">
1941           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
1942         </div>
1943       </td>
1944       <td>
1945         <ul>
1946           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
1947         </ul>
1948       </td>
1949       <td>
1950         <ul>
1951           <li>Several GUI bugs resolved</li>
1952         </ul>
1953       </td>
1954     </tr>
1955     <tr>
1956       <td>
1957         <div align="center">
1958           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
1959         </div>
1960       </td>
1961       <td>
1962         <ul>
1963           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
1964             size</li>
1965         </ul>
1966       </td>
1967       <td>
1968         <ul>
1969           <li>Improved JPred client reliability</li>
1970           <li>Improved loading of Jalview files</li>
1971         </ul>
1972       </td>
1973     </tr>
1974     <tr>
1975       <td>
1976         <div align="center">
1977           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
1978         </div>
1979       </td>
1980       <td>
1981         <ul>
1982           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
1983           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
1984           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
1985             to Colour Menu</li>
1986           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
1987           <li>Unix users can set default web browser</li>
1988           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
1989           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
1990         </ul>
1991       </td>
1992       <td>
1993         <ul>
1994           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
1995         </ul>
1996       </td>
1997     </tr>
1998     <tr>
1999       <td>
2000         <div align="center">
2001           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2002         </div>
2003       </td>
2004       <td>&nbsp;</td>
2005       <td>
2006         <ul>
2007           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2008             alignment order.</li>
2009         </ul>
2010       </td>
2011     </tr>
2012     <tr>
2013       <td>
2014         <div align="center">
2015           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2016         </div>
2017       </td>
2018       <td>
2019         <ul>
2020           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2021           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2022           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2023             annotations.</li>
2024           <li>Version and build date written to build properties
2025             file.</li>
2026           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2027             at launch of Jalview.</li>
2028         </ul>
2029       </td>
2030       <td>
2031         <ul>
2032           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2033           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2034           <li>Can remove groups one by one.</li>
2035           <li>Filechooser icons installed.</li>
2036           <li>Finder ignores return character when searching.
2037             Return key will initiate a search.<br>
2038           </li>
2039         </ul>
2040       </td>
2041     </tr>
2042     <tr>
2043       <td>
2044         <div align="center">
2045           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2046         </div>
2047       </td>
2048       <td>
2049         <ul>
2050           <li>New codebase</li>
2051         </ul>
2052       </td>
2053       <td>&nbsp;</td>
2054     </tr>
2055   </table>
2056   <p>&nbsp;</p>
2057 </body>
2058 </html>