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   1 <html>
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>AACon Web Service</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23         <strong>AACon Alignment Conservation Calculation Service</strong>
  24         <p>The JABAWS AACon service implements 17 different conservation
  25                 scores for protein sequence alignments.</p>
  26         <p>
  27                 The majority of these scores were described by Valdar in 2002 (Scoring
  28                 residue conservation. <em>Proteins: Structure, Function, and
  29                         Genetics</em> 43(2): 227-241. <a
  30                         href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12112692">PubMed</a> or
  31                 available on the <a
  32                         href="http://www.well.ox.ac.uk/~valdar/publications.html">Valdar
  33                         Group publications page</a>), but the SMERFs score was developed later
  34                 and described by Manning et al. in 2008 (<a
  35                         href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/51">BMC
  36                         Bioinformatics 2008, 9:51 doi:10.1186/1471-2105-9-51</a>).
  37         </p>
  38         <p>
  39                 <strong>Enabling and disabling AACon calculations</strong><br /> When
  40                 the <strong>AACon Calculation</strong> entry in the <strong>Web
  41                         Services&rarr;Conservation</strong> is ticked, AACon calculations will be
  42                 performed every time the alignment is modified. Selecting the menu
  43                 item will enable or disable automatic recalculation.
  44         </p>
  45         <p>
  46                 <strong>Configuring which AACon calculations are performed</strong><br />
  47                 The <strong>Web Services&rarr;Conservation&rarr;Change AACon
  48                         Settings ...</strong> menu entry will open a <a href="webServicesParams.html">web
  49                         services parameter dialog</a> for the currently configured AACon server.
  50                 Standard presets are provided for quick and more expensive
  51                 conservation calculations, and parameters are also provided to change
  52                 the way that SMERFS calculations are performed.<br /> <em>AACon
  53                         settings for an alignment are saved in <a
  54                         href="../features/jalarchive.html">Jalview projects</a> along with
  55                         the latest calculation results.
  56                 </em>
  57         </p>
  58         <p>
  59                 <strong>Changing the server used for AACon calculations</strong><br />
  60                 If you are working with alignments too large to analyse with the
  61                 public JABAWS server, then you will most likely have already
  62                 configured <a href="webServicesPrefs.html">additional JABAWS
  63                         servers</a>. By default, Jalview will chose the first AACon service
  64                 available from the list of JABAWS servers available. If available, you can switch to
  65                 use another AACon service by selecting it from the <strong>Web
  66                         Services&rarr;Conservation&rarr;Switch Server</strong> submenu.
  67         </p>
  68 </body>
  69 </html>