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   1 <html>
   2 <!--
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>AACon Web Service</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <strong>AACon Alignment Conservation Calculation Service</strong>
  27   <p>The JABAWS AACon service implements 17 different conservation
  28     scores for protein sequence alignments.</p>
  29   <p>
  30     The majority of these scores were described by Valdar in 2002
  31     (Scoring residue conservation. <em>Proteins: Structure,
  32       Function, and Genetics</em> 43(2): 227-241. <a
  33       href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12112692"
  34     >PubMed</a> or available on the <a
  35       href="http://www.well.ox.ac.uk/~valdar/publications.html"
  36     >Valdar Group publications page</a>), but the SMERFs score was
  37     developed later and described by Manning et al. in 2008 (<a
  38       href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/51"
  39     >BMC Bioinformatics 2008, 9:51 doi:10.1186/1471-2105-9-51</a>).
  40   </p>
  41   <p>
  42     <strong>Enabling and disabling AACon calculations</strong><br />
  43     When the <strong>AACon Calculation</strong> entry in the <strong>Web
  44       Services&rarr;Conservation</strong> is ticked, AACon calculations will be
  45     performed every time the alignment is modified. Selecting the menu
  46     item will enable or disable automatic recalculation.
  47   </p>
  48   <p>
  49     <strong>Configuring which AACon calculations are performed</strong><br />
  50     The <strong>Web Services&rarr;Conservation&rarr;Change
  51       AACon Settings ...</strong> menu entry will open a <a
  52       href="webServicesParams.html"
  53     >web services parameter dialog</a> for the currently configured AACon
  54     server. Standard presets are provided for quick and more expensive
  55     conservation calculations, and parameters are also provided to
  56     change the way that SMERFS calculations are performed.<br /> <em>AACon
  57       settings for an alignment are saved in <a
  58       href="../features/jalarchive.html"
  59     >Jalview projects</a> along with the latest calculation results.
  60     </em>
  61   </p>
  62   <p>
  63     <strong>Changing the server used for AACon calculations</strong><br />
  64     If you are working with alignments too large to analyse with the
  65     public JABAWS server, then you will most likely have already
  66     configured <a href="webServicesPrefs.html">additional JABAWS
  67       servers</a>. By default, Jalview will chose the first AACon service
  68     available from the list of JABAWS servers available. If available,
  69     you can switch to use another AACon service by selecting it from the
  70     <strong>Web Services&rarr;Conservation&rarr;Switch Server</strong>
  71     submenu.
  72   </p>
  73 </body>
  74 </html>