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   1 <html>
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  19 -->
  20 <head>
  21 <title>AACon Web Service</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24         <strong>AACon Alignment Conservation Calculation Service</strong>
  25         <p>The JABAWS AACon service implements 17 different conservation
  26                 scores for protein sequence alignments.</p>
  27         <p>
  28                 The majority of these scores were described by Valdar in 2002 (Scoring
  29                 residue conservation. <em>Proteins: Structure, Function, and
  30                         Genetics</em> 43(2): 227-241. <a
  31                         href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12112692">PubMed</a> or
  32                 available on the <a
  33                         href="http://www.well.ox.ac.uk/~valdar/publications.html">Valdar
  34                         Group publications page</a>), but the SMERFs score was developed later
  35                 and described by Manning et al. in 2008 (<a
  36                         href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/51">BMC
  37                         Bioinformatics 2008, 9:51 doi:10.1186/1471-2105-9-51</a>).
  38         </p>
  39         <p>
  40                 <strong>Enabling and disabling AACon calculations</strong><br /> When
  41                 the <strong>AACon Calculation</strong> entry in the <strong>Web
  42                         Services&rarr;Conservation</strong> is ticked, AACon calculations will be
  43                 performed every time the alignment is modified. Selecting the menu
  44                 item will enable or disable automatic recalculation.
  45         </p>
  46         <p>
  47                 <strong>Configuring which AACon calculations are performed</strong><br />
  48                 The <strong>Web Services&rarr;Conservation&rarr;Change AACon
  49                         Settings ...</strong> menu entry will open a <a href="webServicesParams.html">web
  50                         services parameter dialog</a> for the currently configured AACon server.
  51                 Standard presets are provided for quick and more expensive
  52                 conservation calculations, and parameters are also provided to change
  53                 the way that SMERFS calculations are performed.<br /> <em>AACon
  54                         settings for an alignment are saved in <a
  55                         href="../features/jalarchive.html">Jalview projects</a> along with
  56                         the latest calculation results.
  57                 </em>
  58         </p>
  59         <p>
  60                 <strong>Changing the server used for AACon calculations</strong><br />
  61                 If you are working with alignments too large to analyse with the
  62                 public JABAWS server, then you will most likely have already
  63                 configured <a href="webServicesPrefs.html">additional JABAWS
  64                         servers</a>. By default, Jalview will chose the first AACon service
  65                 available from the list of JABAWS servers available. If available, you can switch to
  66                 use another AACon service by selecting it from the <strong>Web
  67                         Services&rarr;Conservation&rarr;Switch Server</strong> submenu.
  68         </p>
  69 </body>
  70 </html>