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   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>The JABAWS system</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>The</strong> <strong><em>JA</em></strong>va <strong><em>B</em></strong>ioinformatics
  24 <strong><em>A</em></strong>nalysis <strong><em>W</em></strong>eb <strong><em>S</em></strong>ervices
  25 <strong>system</strong> (<strong>JABAWS</strong>)<br>
  26 Jalview includes a client for interacting with programmatic (SOAP) web
  27 services for the <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS</a>
  28 service model, developed at the University of Dundee by Peter Troshin
  29 and Geoff Barton. This is an open source system that provides a
  30 framework for wrapping command line bioinformatics analysis programs
  31 that enables them to be executed locally or on a cluster using data and
  32 analysis parameters provided by a program linked with the JABA engine directly or
  33 accessing it remotely <em>via</em> its web services interface.</p>
  34 <p>The list of JABAWS servers known to the Jalview desktop is shown
  35 in the <a href="webServicesPrefs.html">Web Services Preferences
  36 Panel</a>, and detailed information about a particular service is available
  37 from the help text and web pages accessible from its <a
  38         href="webServicesParams.html">job parameters dialog box</a>.</p>
  39 <p><strong>Obtaining JABAWS</strong><br>
  40 One of the aims of JABAWS is to enable you to easily perform
  41 computationally intensive bioinformatics analysis tasks using your own
  42 computational facilities. It can be installed on a workstation to
  43 provide stand-alone execution of analysis programs, or as a job
  44 submission engine - enabling larger numbers of jobs to be handled. If
  45 you would like to download and install JABAWS for your own use, please
  46 go to <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws</a>
  47 for more information.</p>
  48 <p><strong>Configuring your own JABAWS services for use by
  49 Jalview</strong><br>
  50 Once you have downloaded and installed JABAWS, and verified it is
  51 working, all that is needed is to add the URL for your JABAWS server(s) to
  52 the list in the <a href="webServicesPrefs.html">Web Services
  53 Preferences Panel</a>. After adding your service and saving your preferences
  54 or hitting the 'refresh web services' button, you should be able to
  55 submit jobs to the server via the alignment window's web services menu.
  56 Your JABAWS servers list is stored in your Jalview preferences, so you
  57 will only have to configure Jalview once for each new server.</p>
  58 <p><em>Support for accessing JABAWS servers was introduced in
  59 Jalview 2.6.</em></p>
  60 </body>
  61 </html>