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   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  -->
  21 <!DOCTYPE html>
  22 <html>
  23 <head>
  24 <meta charset="ISO-8859-1">
  25 <title>RNAalifold Web Service</title>
  26 </head>
  27 <body>
  28   <strong>RNAalifold RNA Alignment Secondary Structure
  29     Prediction Service</strong>
  30   <p>
  31     RNAalifold analyses the pattern of base pair conservation in an RNA
  32     alignment in order to predict a consensus secondary structure.<br>It
  33     is part of the <a href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/">Vienna
  34       RNA</a> Secondary Structure Prediction and Comparison Package. It was
  35     described in 2008 by Ivo L. Hofacker, Sebastian Will, Andreas R.
  36     Gruber, and Peter F. Stadler, <em>RNAalifold: Improved
  37       consensus structure prediction for RNA alignments</em> (BMC
  38     Bioinformatics, 9:474, 2008). Download the paper at <a
  39       href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/474"
  40     >http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/474</a>.
  41   </p>
  42   <p>
  43     <strong>Running RNAalifold from Jalview</strong><br />
  44   <p>
  45     Jalview supports access to RNAalifold services provided by JABA 2.1
  46     servers. To enable RNAalifold predictions for an RNA alignment, go
  47     to <strong>Webservices&rarr;Secondary Structure Prediction</strong>
  48     and select <strong>RNAalifold prediction</strong> to run with
  49     current defaults, and <strong>Change settings ...</strong> to adjust
  50     prediction parameters. The RNA secondary structure prediction for
  51     the alignment will be shown as alignment annotation, and any edits
  52     will trigger the prediction to be recalculated.
  53   <p>
  54     <Strong>RNAalifold prediction parameters</Strong> <br /> JABAWS and
  55     Jalview only provide access to a selection of the RNAalifold
  56     arguments. For a full description, see the documentation at <a
  57       href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAalifold.html"
  58     >http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAalifold.html</a>.
  59   </p>
  60   <p>
  61     <strong>Supported Arguments which give alternate structures</strong>
  62   </p>
  63   <p>
  64     <em>Partition Function (-p)</em><br /> Calculate the Partition
  65     Function and base pairing probability matrix in addition to the mfe
  66     structure. A coarse representation of the pair probabilities in the
  67     form of a pseudo bracket notation, as well as the centroid structure
  68     derived from the pair probabilities are displayed. The most likely
  69     base pairings are stored in a separate file by RNAalifold and
  70     represented in Jalview by a bar graph annotation line labeled
  71     'Contact Probabilities'.
  72   </p>
  73   <p>
  74     <em>Maximum Expected Accuracy Structure (--MEA)</em><br />
  75     Calculate an MEA structure where the expected Accuracy is computed
  76     from the base pair probabilities. A more detailed description can be
  77     found in the <strong>RNAfold</strong> program documentation at <a
  78       href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.html"
  79     >http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.html</a>.
  80   </p>
  81   <p>
  82     <strong>Example RNAalifold Structure Annotation rows</strong>
  83   <p>
  84   <div align="center">
  85     <img src="RNAalifoldAnnotationRows.png" width="500" height="216">
  86   </div>
  87   <p>
  88 </body>
  89 </html>