help/html/webServices/RNAalifold.html

   1 <!DOCTYPE html>
   2 <html>
   3 <head>
   4 <meta charset="ISO-8859-1">
   5 <title>RNAalifold Web Service</title>
   6 </head>
   7 <body>
   8         <strong>RNAalifold RNA Alignment Secondary Structure
   9                 Prediction Service</strong>
  10         <p>
  11                 RNAalifold analyses the pattern of base pair conservation in an RNA
  12                 alignment in order to predict a consensus secondary structure.<br>It
  13                 is part of the <a href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/">Vienna
  14                         RNA</a> Secondary Structure Prediction and Comparison Package. It was
  15                 described in 2008 by Ivo L. Hofacker, Sebastian Will, Andreas R.
  16                 Gruber, and Peter F. Stadler, <em>RNAalifold: Improved consensus
  17                         structure prediction for RNA alignments</em> (BMC Bioinformatics, 9:474,
  18                 2008). Download the paper at <a
  19                         href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/474">http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/474</a>.
  20         </p>
  21         <p>
  22                 <strong>Running RNAalifold from Jalview</strong><br />
  23         <p>
  24                 Jalview supports access to RNAalifold services provided by JABA 2.1
  25                 servers. To enable RNAalifold predictions for an RNA alignment, go to
  26                 <strong>Webservices&rarr;Secondary Structure Prediction</strong> and
  27                 select <strong>RNAalifold prediction</strong> to run with current
  28                 defaults, and <strong>Change settings ...</strong> to adjust
  29                 prediction parameters. The RNA secondary structure prediction for the
  30                 alignment will be shown as alignment annotation, and any edits will
  31                 trigger the prediction to be recalculated.
  32         <p>
  33                 <Strong>RNAalifold prediction parameters</Strong> <br /> JABAWS and
  34                 Jalview only provide access to a selection of the RNAalifold
  35                 arguments. For a full description, see the documentation at <a
  36                         href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAalifold.html">http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAalifold.html</a>.
  37         </p>
  38         <p>
  39                 <strong>Supported Arguments which give alternate structures</strong>
  40         </p>
  41         <p>
  42                 <em>Partition Function (-p)</em><br /> Calculate the Partition
  43                 Function and base pairing probability matrix in addition to the mfe
  44                 structure. A coarse representation of the pair probabilities in the
  45                 from of a pseudo bracket notation, as well as the centroid structure
  46                 derived from the pair probabilities are displayed. The most likely
  47                 base pairings are stored in a separate file by RNAalifold and
  48                 represented in Jalview by a bar graph annotation line labeled
  49                 'Contact Probabilities'.
  50         </p>
  51         <p>
  52                 <em>Maximum Expected Accuracy Structure (--MEA)</em><br /> Calculate
  53                 an MEA structure where the expected Accuracy is computed from the base
  54                 pair probabilities. A more detailed description can be found in the <strong>RNAfold</strong>
  55                 program documentation at <a
  56                         href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.html">http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.html</a>.
  57         </p>
  58         <p>
  59                 <strong>Example RNAalifold Structure Annotation rows</strong>
  60         <p>
  61         <div align="center">
  62                 <img src="RNAalifoldAnnotationRows.png" width="500" height="216">
  63         </div>
  64         <p>
  65 </body>
  66 </html>