help/html/webServices/RNAalifold.html

   1 <!DOCTYPE html>
   2 <html>
   3 <head>
   4 <meta charset="ISO-8859-1">
   5 <title>RNAalifold Web Service</title>
   6 </head>
   7 <body>
   8         <strong>RNAalifold RNA Alignment Secondary Structure
   9                 Prediction Service</strong>
  10         <p>
  11                 RNAalifold is part of the <a href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/">Vienna
  12                         RNA</a> Secondary Structure Prediction and Comparison Package. It was
  13                 described in 2008 by Ivo L. Hofacker, Sebastian Will, Andreas R.
  14                 Gruber, and Peter F. Stadler, <em>RNAalifold: Improved consensus
  15                 structure prediction for RNA alignments</em>. (<a
  16                         href=http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/474>BMC
  17                         Bioinformatics, 9:474, 2008</a>).
  18         </p>
  19         <p>
  20                 <strong>Example RNAalifold Output</strong><br />
  21                 RNAalifold prints a consensus alignment and mfe structure to stdout with its
  22                 associated energy. Depending on the arguments given, other information such as
  23                 alternate structures are displayed below while base pairing probabilities (-p or --MEA
  24                 options) are stored in a separate 'alifold.out' file.<br />
  25                 <pre><br />
  26 G_UUUCAUU___AUGACGGCCUGUGCU_UAAA__CCUCC____GAG__C________GGGUCA_G_G_UCUGAU___CUUG_______GAGAC
  27 (.((((...........(((((((((........(((......)))............))))).).).))..................))))) (-19.16 = -11.80 +  -7.36)
  28 (.((((...........(((((((((........(((......)))............))))).).).))..................))))) [-19.32]
  29         frequency of mfe structure in ensemble 0.765639
  30 (.((((...........(((((((((........(((......)))............))))).).).))..................))))) -19.16 {-11.80 +  -7.36}
  31 (.((((...........(((((((((........(((......)))............))))).).).))..................))))) { 13.20 MEA=92.14}
  32
  33 Alifold.out
  34         6    89  9  99.2%   0.023 CG:29   GC:14   UA:9
  35         4    91 11  99.1%   0.028 CG:20   GC:11   UG:2    UA:17
  36         3    92 18  96.9%   0.090 CG:5    GC:2    GU:1    UG:4    AU:6    UA:25
  37         35    46  3  93.3%   0.195 CG:31   GC:16   UG:2    AU:5    UA:4
  38         36    45 10  93.6%   0.185 CG:16   GC:6    GU:1    UG:2    AU:8    UA:18
  39                 .
  40                 .
  41                 .
  42         </pre>
  43         </p>
  44         <p>
  45                 <strong>Running RNAalifold from Jalview</strong><br />
  46                 To run RNAalifold go to <strong>Webservices&rarr;RNA Structure Prediction</strong>
  47                 and choose <strong>RNAalifold Defaults</strong> to run with no arguments or
  48                 <strong>edit settings and run ...</strong> to adjust the parameters before running.
  49                 Details of all the RNAalifold parameters can be found in the
  50                 <a href=http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/man/RNAalifold.html>RNAalifold Manpage</a>.
  51                 JABAWS and Jalview support a selection of the RNAalifold arguments only.
  52         </p>
  53         <p><strong>Supported Arguments which give alternate structures</strong></p>
  54         <p>
  55         <em>Partition Function (-p)</em><br />
  56         Calculate the Partition Function and base pairing probability matrix in addition to the mfe
  57         structure. A coarse representation of the pair probabilities in the from of a psuedo
  58         bracket notation, as well as the centroid structure derived from the pair probabilities
  59         are displayed. The most likely base pairings are stored in a separate file by RNAalifold
  60         and represented in Jalview by a bar graph annotation line labelled 'Contact Probabilities'.
  61         </p>
  62         <p>
  63         <em>Maximum Expected Accuracy Structure (--MEA)</em><br />
  64         Calculate an MEA structure where the expected Accuracy is computed from the base pair
  65         probabilities. A more detailed description is found in the <a href=http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/man/RNAfold.html>
  66         RNAfold documentation</a>.
  67         </p>
  68         <p><strong>Example RNAalifold Structure Annotation rows</strong><p>
  69
  70                 <div align="center">
  71                 <img src="RNAalifoldAnnotationRows.png" width="500" height="216"></div>
  72
  73 </body>
  74 </html>