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   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  21 <!DOCTYPE html SYSTEM "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
  22 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
  23 <head>
  24 Database Reference Fetching
  25 </head>
  26 <p>
  27 <p><strong>Discovering Database References for Sequences</strong><br>
  28 Database references are associated with a sequence are displayed as a
  29 list in the tooltip shown when mousing over its sequence ID. Jalview
  30 uses references for the retrieval of <a
  31         href="../features/viewingpdbs.html">PDB structures</a> and <a
  32         href="../features/dasfeatures.html">DAS features</a>, and for
  33 retrieving sequence cross-references such as the protein products of a
  34 DNA sequence.</p>
  35 <p><strong>Initiating reference retrieval</strong><br>
  36 The application provides three ways to access the retrieval function. Either:
  37 <ul><li>select the <strong>Discover PDB IDs</strong> option from the structure submenu of the sequence's popup menu</li>
  38 <li>Choose one of the options from the 'Fetch DB Refs' submenu in the alignment window's <strong>Web Services</strong> menu:<ul>
  39 <li><em>Standard Databases</em> will fetch references from the EBI databases plus currently selected DAS sources</li>
  40 <li>The other entries submenus leading to lists of individual database sources that Jalview can access.</li></ul></li>
  41 <li>Answer 'Yes' when asked if you wish to retrieve database references for your sequences after initiating a DAS Sequence Feature fetch.</li>
  42 </ul>
  43 <p>Jalview discovers references for a sequence by generating a set
  44 of ID queries from the ID string of each sequence in the alignment. It
  45 then tries to query a subset of all the databases it can access in order to match
  46 the alignment sequence to any records retrieved from the database. If a
  47 match is found, then the sequence is annotated with that database's
  48 reference, and any cross-references that its records contain.</p>
  49 <p><strong>The Sequence Identification Process</strong><br>
  50 The method of accession id discovery is derived from the method which
  51 earlier Jalview versions used for Uniprot sequence feature retrieval,
  52 and was originally restricted to the identification of valid Uniprot
  53 accessions.<br>
  54 Essentially, Jalview will try to retrieve records from a subset of the databases
  55 accessible by the <a href="../features/seqfetch.html">sequence
  56 fetcher</a> using each sequence's ID string (or each string in the ID
  57 separated by the '&#8739;' symbol).</p>
  58 <p>If a record (or set of records) is retrieved by any query derived
  59 from the ID string of a sequence, then the sequence is aligned to the
  60 ones retrieved to determine the correct start and end residue positions
  61 (which are displayed when the 'Show Full Sequence ID' option). This is
  62 important for the correct display of the location of any features
  63 associated with that database.</p>
  64 <p>If the alignment reveals differences between the sequence in the
  65 alignment and the one in the record, then Jalview will assume that the
  66 aligned sequence is not the one in the retrieved record.</p>
  67 <p>In some cases, the ID used to retrieve records may be out
  68 of date and a dialog box will be opened indicating that a 100% match
  69 between the sequence and the record was identified, but the
  70 sequence name is different. In this case, the can be manually
  71 changed (by right clicking on the sequence ID and selecting <strong>Sequence&#8594;Edit
  72 Name</strong>).
  73 <ul>
  74         <li><em>Note</em><br>
  75         Please remember to save your alignment if either the start/end
  76         numbering, or the sequence IDs were updated during the ID
  77         retrieval process.</li>
  78 </ul>
  79 <body></body>
  80 </html>