help/html/webServices/index.html

   1         <html>
   2         <head><title>Web Services</title></head>
   3         <body>
   4         <p><strong>Web services</strong></p>
   5
   6         <p>Jalview includes clients for a variety of web services for both bioinformatic data retrieval and analysis.
   7 <ul>
   8 <li>The <a href="../features/seqfetcher.html">Sequence Fetcher</a> utilises web services for sequence, alignment and structure retrieval provided by the European Bioinformatics Institute (EBI) and Distributed Annotation System servers that are capable of serving sequences.</li>
   9 <li>The DAS Feature Fetcher enables the retrieval and visualization of features from DAS annotation sources</li>
  10 <li>Jalview SOAP Web Services for sequence and alignment analysis are provided by the University of Dundee, and are available from the Alignment window's <strong>
  11   Web Service</strong> menu.</li></ul>
  12 </p>
  13             <p>Jalview's distributed computations are SOAP based services exposing
  14               protein sequence alignment and secondary structure prediction programs. These services actually run
  15                 on the cluster based in the School of Life Sciences, University of
  16                   Dundee, and are maintained by the Barton group.
  17                   </p>
  18                   <p><strong>Web Service Dialog Box</strong></p>
  19 <img src="clwqueued.gif">
  20 <p>
  21                   This dialog box is displayed when a web service job
  22                   is submitted. It gives the name of the service and
  23                   any method citation information, and monitors the
  24                   progress of the calculation. The cancel button will
  25                   permanently cancel the job, but this is only
  26                   possible for some services.
  27                   </p>
  28                   <p>Current services:
  29                   <ul><a href="msaclient.html"><strong>Multiple
  30                   Sequence Alignment Services</strong></a><ul>
  31                   <li><a href="clustalw.html">ClustalW Multiple Alignment and re-alignment</a><br>
  32                   The clustal W service remains one of the more
  33                   popular Jalview features.
  34                   </li>
  35                   <li><a href="muscle.html">Muscle Multiple Alignment</a><br>
  36                   High Quality and High Throughput multiple alignments of proteins. This
  37                   method can sometimes be more accurate than ClustalW when dealing with
  38                   diverse sets of sequences.
  39                   </li>
  40                   <li><a href="mafft.html">MAFFT</a><br>
  41                   Multiple Alignment with Fast Fourier Transforms -
  42                   a highly accurate and high throughput dna and amino
  43                   acid alignment method, performing at least as well
  44                   as ClustalW and Muscle.
  45                   </li>
  46                   </ul>
  47                   </li>
  48                   <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
  49                   <ul>
  50                   <li><a href="jnet.html">JNet</a><br>This is a front end to the existing <a
  51                   href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/">JNet
  52                   www server</a> allowing single sequence or profile
  53                   based prediction.
  54                   </li>
  55                   </ul>
  56                   </li>
  57                   </ul>
  58                   </p>
  59                   <p>Watch this space! These are some of the services
  60                   planned to be released soon:<ul>
  61                   <li>Repeat analysis
  62                   </li>
  63                   <li>Remote Homology Detection<br>
  64                   </li>
  65                   </ul>
  66                   In the future, Jalview will also be able to new discover services
  67                   dynamically, and distribute expensive analysis functions like <a
  68                   href="../calculations/pca.html">PCA</a> to the Dundee machines.</p>
  69 </body>
  70 </html>